Proteinlerde İkincil Yapı
Bir polipeptid zinciri içindeki (=N-H) ve (=C=O) grupları arasında molekül içi (alfa-helezon yapı) veya moleküller arası (b-kırmalı tabaka yapı) hidrojen bağlarının teşekkülü sonucunda meydana gelen tertibe protein molekülünün ikincil yapısı denir.
Peptid bağının =N-H grubunun ortaklanmamış elektron çiftleri ile =C-O grubu arasındaki mezomeri nedeniyle C-N bağı (peptid bağı) kısmen çift bağ özelliği gösterir ve bu nedenle de peptid grubu bir düzlem üzerinde bulunur. Polipeptid zinciri bu çift bağın etrafında serbestçe dönemez. Polipeptid zinciri C2 karbon (alfa karbon) atomu etrafından peptid grubunun her iki tarafına serbestçe dönebilir. Sonuç olarak bazıları diğerlerine oranla daha kararlı olan çeşitli polipeptid tertipleri mümkün olabilir. Bunlar arasında en dayanıklı olanları (=N-H) grupları ile (=C=O) gruplarına hidrojen bağı ile bağlı olanlarıdır. Bu şekilde iki çeşit tertiplenme olabilir:
1 - Bir polipeptid zincirin kendi =N-H ve =C=O grupları arasında (molekül içi) hidrojen bağlarının oluşumu ile polipeptid zinciri düşey bir eksenin etrafında helezon tarzında kıvrılır (sarmal yapı). Bu tertibe ikincil yapının alfa şekli (a-konformasyon) veya a-sarmal yapı denir. Alfa sarmal yapının her sarmalında 3,6 amino asit kalıntısı bulunur. Bu şekil düz bir zincir halinde devam etmez, yer yer bükülmeler gösterir. Ala, Leu, Phe, Tyr, Trp, Cys, Met, His, Asn, Gln, Val a-sarmal yapıyı sağlamlaştıran amino asitlerdir. Ser, İle, Thr, Glu, Asp, Lys, Arg, Gly ise yapıyı zayıflatırlar. Prolin ve hidroksiprolin a-sarmal yapıyı kıran amino asitlerdir.
2 - Bir kaç polipeptid zinciri aralarında hidrojen bağlarının meydana gelmesiyle ve C2 atomundaki R gruplarının aynı veya zıt yönde sıralanmasıyla ya birbirine paralel veya anti paralel tertipler meydana gelir ki buna ikincil yapının beta şekli (b-konformasyon) veya kırmalı tabaka yapısı denir. Met, Val ve İle kırmalı tabaka yapının çekirdeğini oluştururlar.
İkincil yapının alfa ve beta şekli özellikle fibriler proteinlerde görülür. Miyozin, fibrinojen, yün ve saç keratin’i (alfa keratin) alfa şekle, ipek fibroini ve kuş tüyü keratin’i (b-keratin) ise beta şekle örnek oluştururlar.
Peptid bağının =N-H grubunun ortaklanmamış elektron çiftleri ile =C-O grubu arasındaki mezomeri nedeniyle C-N bağı (peptid bağı) kısmen çift bağ özelliği gösterir ve bu nedenle de peptid grubu bir düzlem üzerinde bulunur. Polipeptid zinciri bu çift bağın etrafında serbestçe dönemez. Polipeptid zinciri C2 karbon (alfa karbon) atomu etrafından peptid grubunun her iki tarafına serbestçe dönebilir. Sonuç olarak bazıları diğerlerine oranla daha kararlı olan çeşitli polipeptid tertipleri mümkün olabilir. Bunlar arasında en dayanıklı olanları (=N-H) grupları ile (=C=O) gruplarına hidrojen bağı ile bağlı olanlarıdır. Bu şekilde iki çeşit tertiplenme olabilir:
1 - Bir polipeptid zincirin kendi =N-H ve =C=O grupları arasında (molekül içi) hidrojen bağlarının oluşumu ile polipeptid zinciri düşey bir eksenin etrafında helezon tarzında kıvrılır (sarmal yapı). Bu tertibe ikincil yapının alfa şekli (a-konformasyon) veya a-sarmal yapı denir. Alfa sarmal yapının her sarmalında 3,6 amino asit kalıntısı bulunur. Bu şekil düz bir zincir halinde devam etmez, yer yer bükülmeler gösterir. Ala, Leu, Phe, Tyr, Trp, Cys, Met, His, Asn, Gln, Val a-sarmal yapıyı sağlamlaştıran amino asitlerdir. Ser, İle, Thr, Glu, Asp, Lys, Arg, Gly ise yapıyı zayıflatırlar. Prolin ve hidroksiprolin a-sarmal yapıyı kıran amino asitlerdir.
2 - Bir kaç polipeptid zinciri aralarında hidrojen bağlarının meydana gelmesiyle ve C2 atomundaki R gruplarının aynı veya zıt yönde sıralanmasıyla ya birbirine paralel veya anti paralel tertipler meydana gelir ki buna ikincil yapının beta şekli (b-konformasyon) veya kırmalı tabaka yapısı denir. Met, Val ve İle kırmalı tabaka yapının çekirdeğini oluştururlar.
İkincil yapının alfa ve beta şekli özellikle fibriler proteinlerde görülür. Miyozin, fibrinojen, yün ve saç keratin’i (alfa keratin) alfa şekle, ipek fibroini ve kuş tüyü keratin’i (b-keratin) ise beta şekle örnek oluştururlar.
loading...
Biyokimya
-
Serum Enzimlerini Tayin Yöntemleri
-
Fosfatazlar (Alkali fosfataz= ALP)
-
Transferazlar
-
Transaminazlar
-
Enzimlerin Görev, İşlev ve Özellikleri - Enzimlerin İsimlendirilmesi
-
Kanda Bilirubin
-
Serum Proteinleri
-
Fosfolipidler
-
Trigliseridler
-
Kolesterol Nedir?
-
Kan Lipitleri Nelerdir?
-
Kan Şekeri Nedir?
-
Araşidonik Asit (ARA) Nedir?
-
Lizozim enzimleri
-
Lizozim: İlk Antibiyotik
