BAKTERİLERDE RNA SENTEZİ
BAKTERİDEN RNA SENTEZİ
A-Sentez için gerekli başlangıç elemanları:
1- Model DNA
2- RNA polimeraz
3-Dört çeşit ribonükleotid trifosfatlar (ATP,GTP,CTP,UTP)
4-Mg ++ ya da Mn++ iyonları
B-Setezin genel görünümü:
1- RNA sentezi de DNA ‘da olduğu gibi 5’à 3’ yönünde yapılır.
2- DNA ‘nın iplikçiği üzerinde bulunan ilgili gen bölgesi (kalıp iplikçik) de 3’-5” yönünde uzanır. Kalıp iplikciğin sarmalı olan ve 5’---3’ yönünde uzanan iplikçiğe de kodlayıcı denilir. Çün-kü bu iplikçiğin gen bölgesindeki baz dilimi , T yerine U (urasil) konulacak olursa, sentezlenen RNA’daki baz diziliminin aynısıdır:
Kodlayıcı 5’-------------------------------------- 3’
ATGCTTAGCTCCAATAT
TACGAATCGAGGTTATA
Kalıp 3’ ------------------------------------- 5’
ppp-AUGCUUAGCUCCAAUAU
mRNA 5’ ------------------------------------ 3’
3- DNA ‘nın her iki iplikçikleri üzerinde de gen bölgeleri bulunabilir.
mRNA ( c )
3’ <-----5’
5’ -----------------------------------------ı----------ı-------- 3’
C gen bölgesi
A geni B geni
3’ ------ı-------ı------------ı----------ı---------------------- 5’
5’.......>3’ 5’..........>3’
m RNA (a) m RNA (b)
4- RNA sentezinde 1. baz trifosfat durumunda bulunur (5’-ppp-). Diğerleri sırası ile prifos-fat gruplarını atarak dizilirler:
(RNA) n baz + RNTP (ribonükleotid trifosfat )......... > (RNA) n+1 + PPi
Pirofosfataz
PPi ............................................> 2Pi
DNA polimerizasyonunda olduğu gibi , RNA ‘nın 3’- OH grubu. yeni gelen ribonükleozid
trifosfatın α fosforuna nükleofil atak yapar ve bir fosfodiester bağı kurulurken bir pirofosfat açığa çıkar. Bu pirofosfat da pirofosfataz tarafından ortofosfat (Pi )’ larına ayrıştırılır.
5- RNA sentezinin RNA polimeraz tarafından verilen DNA modeline uygun olarak ya-
pıldığı, in vitro olarak sentetik modellerle de gösterilebilmektedir. Eğer model olarak poli-dT (polideoksiribotimidilat) kullanılacak olursa , in vitro sentezlenen RNA da , poliriboadenilat ol-maktadır. Diğer üç nükleotid trifosfat (UTP,GTP ve CTP) ortamda bulundukları halde , RNA sen-tezinde kullanılmamaktadırlar. Yine bir iplikçikten yapılma DNA modeli olarak poli (A-T) kulla-nılacak olursa, sentezlenen RNA da poli (U-A) olmaktadır.
3’ ------------------------------ 5’ Kalıp DNAlar 3’ ------------------------------ 5’
TTTTTTTTTTTTTTTT ATATATATATATATAT
AAAAAAAAAAAAA UAUAUAUAUAUAUAUA
5’--------------------------------3’oluşan RNAlar 5’-------------------------------3’
6- Bazı virüslerde çifte sarmalın sadece bir iplikçiği kalıp görevi yapar: ψx174 fajı, bakte-riyi enfekte etmeden önce bir DNA iplikçiği halinde bulunur. Buna (+) iplikçik denilir. Bu(+) iplikçik bakteri içine girdiğinde, kendisine bir (-) iplikçik sentezleterek ,hem çifte sarmal, hem de halka yapılı şekle girer.Buna da katlanma hali (KH) denilir.KH, mRNA sentezlerini yönetir. Bu mRNA ‘lar da virüsün kılıf proteinlerini kodlarlar. Faj bakteriyi enfekte ettiğinde ortama ³²P katılarak mRNA ‘ları etiketlendi ve ayrıştırıldı. Çoğalmış olan virüslerden kolayca ayrıştırılabilen (+) DNA iplikçiliği ile bu mRNA ‘lar hipritleme reaksiyonuna sokulup CsCI yoğunluk gradyantına tutulduklarında, hiçbir sarmal yapı oluşturmadılar. Aynı mRNA ‘lar, bakteri içine sonradan sentezlenen (-) DNA iplikçikleri ile melez çifte sarmal oluşturdular. O halde, ψx 174 bakteriyofajı DNA’ sı katlanma halinde iken, bu çifte sarmalın sadece bir iplikçiği (- iplikçiği) kalıp görevi yapmaktadır.
Genetik
-
İnsanlarda Kaç Kromozom Vardır?
-
Sık görülen mikrodelesyon sendromları nelerdir?
-
Bilim insanları kromozomları nasıl inceler?
-
Arkea'da Kromozomlar ve DNA Replikasyonu
-
DNA Onarım Mekanizmaları Nelerdir?
-
DNA hasarına neden olan etkenler nelerdir?
-
XYY Süper Erkek Sendromu - JACOB’S, Sendromu
-
Bitki doku kültürü çalışmaları ile haploid bitkiler elde edilebilir
-
Gram pozitif bakterilerden genomik DNA izolasyon protokolü
-
E. coli bakterisinden genomik DNA izolasyon protokolü
-
DNA’nın Keşfi
-
İnsan Genom Projesi Nedir ? Amaçları Nelerdir ?
-
Genomik mikrodizilimlerle ikilenme teşhisi yöntemi
-
Gen duplikasyonu ve amplifikasyonu nedir?
-
DNA ile RNA Arasndaki Farklar ve Benzerlikler Nelerdir