İnsan Mikrobiyom Projesi

2007 yılında İnsan Genom Projesinin (Human Genome Project, HGP) bir devamı olarak İnsan Mikrobiyom Projesi (Human Microbiome Project, HMP) başlatıldı.

ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü (NIH) girişimi olan bu proje ile hem sağlıklı hem de hasta insanlarla (onların mikrobiyal florası) ilişkili olduğu düşünülen mikroorganizmaların tespit edilmesi ve özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu projenin asıl amacı, insan sağlığı ya da hastalığı ile ilgili olarak insan mikrobiyomunun nasıl değiştiğini test edip sağlıkla olan ilişkisini belirlemektir. Başlangıçta toplamda 115 milyon dolarlık bir bütçe ve beş yıllık bir proje olarak planlansa da elde edilen verilerle proje kapsamı genişletilmiştir. Günümüzde ABD yanında Avrupa ve Asya’nın dahil olduğu dünya çapında, birden fazla projeden oluşan disiplinler arası bir çalışma haline gelmiştir.

Klasik anlamda mikrobiyoloji, laboratuvar şartlarında kültürü yapılabilen bakteriler üzerine yoğunlaşır. Fakat bu yaklaşım, doğal ortamlarından yalıtılıp laboratuvar şartlarında büyütülemeyen mikroorganizmaların göz ardı edilmesi sonucunu doğurmuştur. DNA
sekanslama tekniklerindeki ilerlemeler mikroorganizma topluluklarının doğal ortamından alınıp birlikte incelenmesi olan ‘metagenomik‘ bilim dalını ortaya çıkarmıştır ve böylece ekosistemlerin karmaşık mikroflora/mikrobiyota içerikleri, evrimsel ve metabolik özellikler yönünden sorgulanmış olacaktır

Başlangıçta HMP kapsamında 300 gönüllü bireyden çalışmaya uygun olarak seçilen 242 bireyin (129 erkek, 113 kadın) vücudunun belli bölgelerinden toplamda 4,788 adet örnek alınmıştır. Örnekler vücudun 5 ana bölgesinden toplanmış (oral kavite
(9 bölge), deri (4 bölge), burun, gastrointestinal sistem ve ürogenital sistem(3 bölge)) ve çalışmaya dahil edilen 131 bireyden farklı zamanlarda tekrar örnek alınarak mikrobiyomun stabilitesi değerlendirilmiştir. Bu örneklerin kalite kontrolleri 16S-rRNA pyro-sekanslama yöntemi kullanılarak yapılmış ve 681 örnek paired-end Illumina shotgun metagenomik okuyucular kullanılarak sekanslanmıştır.

Arşiv Kaynak Tarama Dergisi . Archives Medical Review Journal

#insan #mikrobiyom #projesi