Biyologlar - Biyolojiye Gerçekçi Yaklaşım

Devasa Genomlu Yüzlerce Yeni Virüs Yaşamın Sınırlarını Belirsizleştiriyor…

---

Devasa Genomlu Yüzlerce Bakteriyofaj Bulundu. Henüz Bunların Nasıl Göründüğünü Bilmiyoruz. Fakat Bu Bakteriyofajlar En Yaygın Faj Olan T4’ün Daha Kısa Ve Kalın Olan Versiyonlarıdır. /Ewa Parylak

Yaşamın tanımlanması oldukça zor… Bitkiler, hayvanlar ve amipler için sorun yok, peki ama virüsler veya prionlar ne olacak? Virüsleri cansızlar sınıfına dahil eden bilim insanları için, genomu bakterilere benzer yüzlerce virüsün keşfedilmesi ile birlikte işler garip bir hale dönüştü.

Bakteriyofajlar, bakterileri enfekte eden virüslerdir. Bazıları antibiyotikler yerine kullanıldı, fakat muazzam çeşitliliği sebebiyle zar zor yüzeyi çizilebilmiştir. Nature’da 351 bakteriyofaj türünün bulunduğunu bildiren bir çalışma yayınlandı. Bu araştırmadaki bakteriyofaj türü kendi sınıfındaki çoğu üyeden en az 4 kat daha geniş genoma sahiptir ve bu miktar çalışmanın başlangıcında bilinen sayının yaklaşık dört katı büyüklüktedir. Bu virüsler canlı organizmalar ile genellikle ortak özelliklere sahip olup, canlı ile cansız arasındaki çizgiyi belirsizleştirir. Bir genomik giant (devasa büyüklükte genom) 735,000 baz çiftine sahiptir, bu sayı tipik bir fajın 15 katından daha fazlasıdır, kendinden önceki kayıtlı sayı 596,000 ve pek çok bakteriyi geride bırakmıştır.

Bu yayında ‘jumbo-faj’ ve ‘mega-fajların’ birbiri ile ilişkili olduğu ve genom büyüklüklerinin son anda oluşmadığı aslında evrimsel, kararlı bir özellik olduğu öne sürülmüş.

Geniş genomlar, bazen tümüyle kodlama yapmayan ‘junk’ DNA olarak isimlendirilen ‘çöp DNA’ ile dolu olur ama bu virüsler farklı. Bu devasal genomlar CRISPR sistemin parçalarını taşırlar. İnsanların kendi genlerini düzenleyebileceği bir yöntem olarak popüler olan CRISPR sistemi, aslında bakterilerin viral saldırıya karşı koyabilmesi için icat edilmiş bir yöntemdir. Türler arasında genlerin karıştırıldığı mikrobiyal dünyada, görünen o ki bu bakteriyofajlar

CRISPR’ı ele geçirip kendi amaçları için kullanıyor. UC Berkeley yüksek lisans öğrencisi, yazar Basem Al-Shayeb, bakteriyofların ev sahibi bakteri kontrolü için savaştıkları diğer virüsleri yenmek için CRISPR’ı görevlendirdiğini düşünüyor.

Devasa boyutlu fajlar (kırmızı) daha normal boyuttaki fajlar ile karşılaştırıldığında hepsinin aynı bakteriyi enfekte etmeyi çalıştığı görülür. Tüm fajlar gibi devasa fajlarda DNA’larını avına enjekte ederler. Enjekte edilen bu DNA diğer virüsler ile savaşan CRISPR sistemin parçasını içerir. UC Berkeley

Söz konusu bu fajlar, insan bağırsak florasından, ağız içine, topraktan, kaplıcalara, tatlı su gölleri ve bazen yakından ilişkili virüs fajları ile çok şaşırtıcı ortamlarda yaşıyorlar.

Profesör Jill Banfield konuyla ilgili ifadesinde şöyle dedi: “Bizler Dünya mikrobiyomlarını araştırıyoruz ve bazen hiç beklenmedik şeyler ortaya çıkıyor. Bu bakteri virüsleri biyolojinin bir parçası ve haklarında çok az şey biliyoruz.” “Geleneksel virüsler ve canlı organizmalar arasında kalan hibritlerin başarılı bir var olma yöntemleri olduğu görülüyor.

Daha önceden görmediğimiz birçok gen barındıran bir virüsün bu hafta duyurulmasıyla beraber, bizleri enfekte etmeyen virüslerin genetikleri hakkında ne kadar az bilgi sahibi olduğumuzu öğreniyoruz.

Ekip, bakteriyofajların CRISPR adaptasyonlarını anlamanın, bunları kendimiz için nasıl kullanabileceğimizin işaretçilerini sağlayacağını zannediyor.

Fajlar, insanları doğrudan enfekte etmezler fakat buna rağmen sağlığımızı etkileyebilirler. Çünkü, fajlar antibiyotik direnci olanların yayılması da dahil bakteriler arasındaki gen transferini hızlandırıyorlar. Banfield, daha geniş genomların bunun gibi gen transferini daha kolay yapabildiğini ifade etti. Sonuç itibariyle, Banfield’in keşifleri özellikle tehlikeli olabilir, bu nedenle bizim onları daha iyi anlamayı öğrenmemizi önemli kılar.

Kaynak: https://www.iflscience.com/editors-blog/hundreds-of-new-viruses-with-enormous-genomes-blur-the-boundaries-of-life/

Çeviren ve Derleyen: Rukiye Varol Canoğu

---