Agaroz Jel Elektroforezi

Jel elektroforezi, saflaştırılmış nükleik asit ve proteinlerin molekül ağırlığı, miktarı ve alt tiplerinin saptanmasında yaygın olarak kullanılan moleküler bir inceleme yöntemidir.

Jel elektroforez sistemi yatay ya da dikey olarak kurulabilir. En çok kullanılan jel elektroforezi yöntemleri agaroz jel elektroforezi ve poliakrilamid jel elektroforezidir.Agar deniz yosunundan ekstrakte edilen doğal, lineer bir polimerdir. Nükleik asitler için genellikle agaroz jel, proteinler için ise poliakrilamid jel elektroforezi kullanılmaktadır.Agaroz jel orta ve büyük boyutlu nükleik asitlerin ayrılmasında en çok kullanılan destek ortamıdır. Agaroz jelin hazırlanması poliakrilamid jellere göre daha kolaydır ve jelden geri kazanım yapılabilir. Poliakrilamid jellerde daha küçük baz değişimleri takip edilebilir,ayrım gücü daha fazladır ancak hazırlanması agaroz jele göre daha zordur. Poliakrilamid jelin ayrım gücü daha fazladır.Poliakrilamid jel elektroforezinde düşük konsantrasyonda daha büyük porlar oluşur ve yüksek molekül ağırlıklı biyolojik moleküllerin analizi yapılabilir. Yüksek konsantrasyonlarda ise küçük porlar oluşur ve düşük molekül ağırlıklı moleküllerin ayrımı yapılır.

Elektroforetik analiz elektriksel bir alanda, ortamda çözünmüş moleküllerin elektrik yüklerine göre göç etmeleri prensibine dayanır. Büyük moleküller jel üzerinde yürümekte zorluk çekerken küçük moleküller daha hızlı ve rahat hareket edebilirler. Molekülün anoda mı (+ kutup) yoksa katoda mı (- kutup) doğru hareket edeceği molekül üzerindeki net yük ile belirlenir. Agaroz içerisine konulan EtBr anottan katota doğru hareket ederek DNA ile karşılaştığında DNA bazlarının arasına girerek UV ışık altında ışıma yapar.DNA ve RNA molekülleri serbest fosfat gruplarından dolayı eksi yüklü moleküllerdir. Bu nedenle jel üzerinde katoddan anoda doğru hareketlenirler. Protein molekülleri üzerlerinde hem artı hem de eksi yükler taşıdıklarından dolayı üzerlerindeki net yük miktarı ortamın pH’sı değiştirilerek istenirse artı istenirse eksi hale getirilebilir.

Jel elektroforez sisteminde yüklenen örneğin boyutunun belirlenmesi için örneğin boyutuna uygun belli DNA(RNA veya protein) fragmentlerini içeren marker denilen saf bir örnek kullanılır. İncelenmek istenen örneğin markerın bantlanmasına dayanarak boyutuyla ilgili yaklaşık tahmin yapılabilir.Yüklenen örneğin kuyucuklarda dibe batmasını, bir yoğunluk kazanmasını ve boyanmasını sağlayan gliserol veya sükroz içeren bir yükleme boyası kullanılır. Bu yükleme boyası örnek jele yüklenemeden önce örnekle karıştırıldıktan sonra yükleme yapılır.

Derleyen: Merve Gül Turan

#agaroz #elektroforezi