Tek Hücre İçinde DNA Mutasyonu Saptayabilen Program Geliştirildi
Yeni geliştirilen karmaşık bir bilgisayar programı, tek bir kanser hücresi içindeki DNA mutasyonlarını belirleyebiliyor.
Duyarlılığın bu denli yükselmesiyle birlikte, doktorların hastalığı teşhisinde muhtemelen çığır açıcı gelişmeler olacak. Ayrıca tedavi sürecindeki kullanılan kemoterapi ve radyoterapi gibi sıkıntılı yöntemler yerine, kişiye özel ve sıkıntısız yöntemler ortaya çıkabilir.
Şu anda varolan “yeni nesil dizilim” (NGS [İng. next-generation sequencing]) teknikler, milyonlarca hücreden elde edilen genomları ölçerken, Monovar yöntemi olarak adlandırılan yeni program, doku örnekleri içindeki (normalde tüm o gürültü içinde kaybolan) önemli varyasyonları bulabiliyor.
Monovar, tek hücre dizilimi (SCS [İng. single cell sequencing]) olarak bilinen bir teknolojiyi temel alıyor. Bu teknoloji kanser araştırmalarının yanısıra nörobiyoloji, mikrobiyoloji ve immunolojide de kullanılıyor. Daha yeni SCS yöntemleri, milyonlarca hücre yerine tekil hücrelerden genom verisi çekiyor.
Monovar bu yeni veriyi alıp, hücreleri birbirleriyle kıyaslayabiliyor. Böylece yüksek bir doğrulukla anomalileri saptayabiliyor. SCS’den farklı olarak Monovar, tekil nükleotid varyantları (SNV [İng. single nucleotide variant]) denilen çok ince DNA varyasyonlarını da belirleme yetisine sahip. Bu da belli tip kanserlerin teşhisinde çok işe yarayabilir.
“Monovar’ın algoritması istatistiksel analizler üzerine kurulu. Sistem çok sayıda tekil hücreden veri alıp, SNV’leri keşfediyor ve herbiri hakkında çok ayrıntılı genetik veri sağlayabiliyor,” diyor ekip üyelerinden Texas Üniversitesi MD Anderson Kanser Merkezi’nde çalışan Nicholas Navin. Çalışma sonuçlarını Nature Methods dergisinde yayımladıkları makale ile duyuran araştırmacılar, SNV’lerin doğru tespitinin hasta bakımı açısından kritik olduğunu ifade ediyor. Bunun nedeni, kişinin bir hastalığı nasıl geliştirdiği ve ilaçlara ya da aşılara nasıl tepki verdiği üzerinde doğrudan etkide bulunabilmesinden kaynaklanıyor. Kişiye özel ilaç ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde, bu moleküler varyantlar kilit rol oynuyor.
Kaynaklar:
- Science Alert, “This new program can spot DNA mutations in a single cancer cell “
< http://www.sciencealert.com/a-new-computer-program-promises-personalised-cancer-treatment > - MD Anderson, “First computer program developed to detect DNA mutations in single cancer cells”
< https://www.mdanderson.org/newsroom/2016/04/first-computer-progr.html >
İlgili Makale: Nature, “Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells”
< http://www.nature.com/nmeth/journal/v13/n6/full/nmeth.3835.html >
İlgili Yazılım: MonoVar
< https://bitbucket.org/hamimzafar/monovar >
http://bilimfili.com/tek-hucre-icinde-dna-mutasyonu-saptayabilen-program/
Biyolojik Gelişmeler
-
Arkeologlar Korunmuş İnsan Beyinleri Bulmaya Devam Ediyor
-
Yapay Zeka istilacı Asya eşekarılarını tespit etmeye yardımcı oluyor.
-
Avustralya fosili, fotosentezin en az 1,75 milyar yıl önce evrimleştiğini öne sürüyor
-
Böcek kanatlarının solungaçlardan evrimleştiğine dair yeni kanıtlar
-
Denizyıldızının Başı Neresi? Tahmininiz Büyük İhtimalle Yanlış
-
Biyoloji bölümü seçenler ve biyolojiye ilgi duyanlar için bazı öneriler
-
Canlıların Gizemli Dünyasını Keşfetmek: Biyologların Gözüyle Doğa, Genetik ve Evrim
-
Biyolojik ve Kimyasal Silahlar Ne Zamandan Beri Var?
-
Filler Gerçekten ‘Asla Unutmaz’ mı?
-
Sibirya’da Bulunan Ayı Mumyası, Mağara Ayısı Değilmiş
-
California Bilimler Akademisi Bilim adamları 2022'de 146 yeni tür tanımladı
-
Yapay zeka hücre hareketini mikroskop altında analiz edebiliyor.
-
Ağaçlardan Önce Yeryüzünde Devasa Mantarlar Vardı
-
Biyoloji Terimleri Sözlüğü Yayımlandı
-
Avcı-Toplayıcılıktan Tarıma Geçiş Tam Olarak Nasıl Gerçekleşti?