Biyolojiye gercekci yaklasimin tek adresi.

Arama Sonuçları..

Toplam 47 kayıt bulundu.

Doku Kültürü Histoloji

Canlıdan alınan hücreleri uygun ortamda invitro olarak yaşatıp üretmek ve bunlar üzerinde inceleme yapmak esasına dayanır. Kültür ortamı olarak fizyolojik sıvılarla beraber kan plazması ya da embriyonal doku sıvıları kullanılır. Doku kültürü lamlarının ortası oyuk olup kültür sıvısı ve taze doku parçası buraya konur. Koyduğumuz doku içindeki canlı hücreler kültür sıvısında, 37°C ısıda canlılıklarını korurlar ve kısa bir süre sonra üremeye başlarlar. Bu hücreler canlı olarak faz kontrast mikroskobu ile incelenebilirler, vital boyalarla boyanabilirler.Ayrıca kültür sıvısına bazı maddeler eklenerek bu maddelerin canlı hücreler üzerine etkileri araştırılabilir.Otoradyografi Organik ya da inorganik bileşikler halinde organizmaya verilen radyoaktif elementler vücutmetabolizmasına katılır. Özellikle o maddenin sürekli ve hızlı kullanıldığı yerlerde kısa sürede o elementin yerini alır (iyotun tiroid bezlerinde tutulması gibi). O dokuya ait histolojik kesitlerde radyoaktif elementin saldığı ışınların bir fotoğraf plağını etkilemesiyle ortaya çıkan görüntünün incelenmesi bu yöntemin esasını oluşturur. Otoradyografide kullanılmaya elverişli radyoizotoplar, radyoakitf karbon, trityum, fosfor, kükürt ve iyottur.Histokimya Çeşitli organik ve inorganik maddelerin doku içindeki varlığını, miktarını, yerleşme özelliklerini ortaya koyan bir çalışma yöntemidir. Bu yöntem, aradığımız madde üzerine bu madde ile reaksiyona giren renkli bir maddenin çöktürülmesi esasına dayanır. Ya da başka bir ifade ile sadece aradığımız maddenin bulunduğu yerlerin kullandığımız boya ile boyanıyor olmasıdır. Örneğin, Prusya mavisi ile doku içindeki demirin, PAS (periyodik Asit Schiff) ile polisakkaritlerin varlığını, hatta miktarını ortaya koymak mümkündür. Renkli maddenin koyuluğu o bölgede aradığımız maddenin yoğunluğu hakkına bilgi verir. Daha kantitatif sonuçlar elde etmek için fotometrik çalışmalar bu yönteme eklenebilir.Kaynaklar: Aykaç İ., Histolojik ve Histoşimik Boya Teknikleri, Atatürk Üniversitesi Yayınları, Erzurum, 1977.Bancroft J.D., Stevens A., Theory and Practice of Histological Techniques, Churchil Livingstone, Edinburg, London and New York, 1977.Biological stain commision, Stainin Procedurs, Second Ed., The William Wilkins Comp., Baltimore, 1960.Bloom W., Fawcet D.W., A Texbook of Histology, IIth Ed., Sounders Compi Philadephia, 1986.Buck H.C., Histologishe Technic, Georg Thieme Verlag, Stuttgart, 1933.Erkoçak A., Genel Histoloji, Ankara Üniversitesi Yayınları, Ankara, 1978.Gabe M., Histological Techniques, Masson Springer Verlag, Paris, 1976.Johnson K.E., Histology and Cell Biology, Williams Wilkins Comp., Baltimore, Maryland, 1991.Kayalı H., Genel Histoloji, Taş Matbaası, İstanbul, 1985.Knoche H., Leitfaden der Histologischen Technik, Gustav Fischer Verlag Stuttgart, 1979.

http://www.biyologlar.com/doku-kulturu-histoloji

Doku Kültürü

Canlıdan alınan hücreleri uygun ortamda invitro olarak yaşatıp üretmek ve bunlar üzerinde inceleme yapmak esasına dayanır. Kültür ortamı olarak fizyolojik sıvılarla beraber kan plazması ya da embriyonal doku sıvıları kullanılır. Doku kültürü lamlarının ortası oyuk olup kültür sıvısı ve taze doku parçası buraya konur. Koyduğumuz doku içindeki canlı hücreler kültür sıvısında, 37°C ısıda canlılıklarını korurlar ve kısa bir süre sonra üremeye başlarlar. Bu hücreler canlı olarak faz kontrast mikroskobu ile incelenebilirler, vital boyalarla boyanabilirler. Ayrıca kültür sıvısına bazı maddeler eklenerek bu maddelerin canlı hücreler üzerine etkileri araştırılabilir. Otoradyografi Organik ya da inorganik bileşikler halinde organizmaya verilen radyoaktif elementler vücut metabolizmasına katılır. Özellikle o maddenin sürekli ve hızlı kullanıldığı yerlerde kısa sürede o elementin yerini alır (iyotun tiroid bezlerinde tutulması gibi). O dokuya ait histolojik kesitlerde radyoaktif elementin saldığı ışınların bir fotoğraf plağını etkilemesiyle ortaya çıkan görüntünün incelenmesi bu yöntemin esasını oluşturur. Otoradyografide kullanılmaya elverişli radyoizotoplar, radyoakitf karbon, trityum, fosfor, kükürt ve iyottur. Histokimya Çeşitli organik ve inorganik maddelerin doku içindeki varlığını, miktarını, yerleşme özelliklerini ortaya koyan bir çalışma yöntemidir. Bu yöntem, aradığımız madde üzerine bu madde ile reaksiyona giren renkli bir maddenin çöktürülmesi esasına dayanır. Ya da başka bir ifade ile sadece aradığımız maddenin bulunduğu yerlerin kullandığımız boya ile boyanıyor olmasıdır. Örneğin, Prusya mavisi ile doku içindeki demirin, PAS (periyodik Asit Schiff) ile polisakkaritlerin varlığını, hatta miktarını ortaya koymak mümkündür. Renkli maddenin koyuluğu o bölgede aradığımız maddenin yoğunluğu hakkına bilgi verir. Daha kantitatif sonuçlar elde etmek için fotometrik çalışmalar bu yönteme eklenebilir. Kaynaklar: Aykaç İ., Histolojik ve Histoşimik Boya Teknikleri, Atatürk Üniversitesi Yayınları, Erzurum, 1977. Bancroft J.D., Stevens A., Theory and Practice of Histological Techniques, Churchil Livingstone, Edinburg, London and New York, 1977. Biological stain commision, Stainin Procedurs, Second Ed., The William Wilkins Comp., Baltimore, 1960. Bloom W., Fawcet D.W., A Texbook of Histology, IIth Ed., Sounders Compi Philadephia, 1986. Buck H.C., Histologishe Technic, Georg Thieme Verlag, Stuttgart, 1933. Erkoçak A., Genel Histoloji, Ankara Üniversitesi Yayınları, Ankara, 1978. Gabe M., Histological Techniques, Masson Springer Verlag, Paris, 1976. Johnson K.E., Histology and Cell Biology, Williams Wilkins Comp., Baltimore, Maryland, 1991. Kayalı H., Genel Histoloji, Taş Matbaası, İstanbul, 1985. Knoche H., Leitfaden der Histologischen Technik, Gustav Fischer Verlag Stuttgart, 1979.

http://www.biyologlar.com/doku-kulturu

E. coli Besiyerleri

Geliştirme koşullarından bağımsız olarak yeterli bir aktivite gösteren karakteristik yapısal enzimlerin belirlenmesi bakterilerde hızlı bir identifikasyon sağlamaktadır. E. coli, bir kaç Salmonella ve Shigella suşu dışında ß-D-glucuronidase (MUGase) enzimine sahip Enterobacteriaceae üyesi olan tek türdür. Bu enzim, 4-methylumbelliferyl-ß-D-glucuronide (MUG)'i uzun dalga boylu UV ışığı altında fluoresans veren 4-methylumbelliferon 'a parçalar. E. coli aranması/sayılması için hazırlanan besiyerlerine MUG ilave edilmesi, geliştirilmesin bu besiyerinde yapılması ve sonuçta sıvı kültürün/koloninin uzun dalga boylu UV lamba ile kontrolü E. coli tayinini hemen hemen bitirmektedir. Sahte pozitif reaksiyonlardan kurtulmak için indol testi yeterli olmaktadır. Hepsi Merck/fluorocult cinsi olmak üzere; BRILA (Brillant Green Bile Broth), CASO (Tryptic Soy) Agar, DEV Lactose Peptone Broth, ECD (E. coli direct) Agar, Lauryl Sulphate Broth, LMX Broth besiyerlerinde UV ile fluoresans pozitif alındıktan sonra doğrudan sıvı besiyerinde gelişen kültürün üzerine veya katı besiyerinde gelişen koloni üzerine Kovac's indol ayıracı damlatılarak indol testi yapılır. Floresan ve indol pozitif tek bakteri E. coli 'dir.Bazı kültürlerde MUG reaksiyonu (fluoresans) net bir şekilde belirlenemez. Bu gibi durumlarda 1N NaOH 'den 1 mL kadar ilave edilmesi ile fluoresans reaksiyon netleşir. MUG, selektif katkı olarak besiyeri üreten diğer firmalar tarafından da pazarlanmaktadır.E. coli 0157: H7 Agar (Merck)Enterohemorajik E. coli 0157: H7 'nin izolasyonu ve ayrımı için geliştirilmiş bir besiyeridir. Bileşimindeki sodium deoxycholate gram pozitiflerin gelişimini inhibe eder. Bromothymol blue pH indikatörü olarak sorbitolun kullanımını gösterir. Sorbitol pozitif bakteri kolonileri sarı renk alırken sorbitol negatif koloniler yeşil renkli olarak kalırlar. Sodium thiosulphate ve ammonium iron (III) citrate, H2S oluşturan patojenlerin ayrımında rol alır. E. coli 0157: H7, diğer E. coli suşlarından farklı olarak MUG negatif bir özellik gösterir. Bu besiyerinde gelişebilen farklı bakterilerin kültürel özellikleri aşağıdaki gibidir.Bakteri Koloni rengi Presipitat MUG SorbitolE. coli 0157: H7 yeşilimsi - - -E. coli sarı ± + +Proteus mirabilis siyah-kahve - - -Shigella sonnei yeşilimsi - + -Enterobacter aerogenes sarı ± - +Chromocult Coliform Agar (Merck)Karakteristik bakteriyel enzimlerin kromojenik bir substrat ile belirlenmesine yönelik hızlı bir identifikasyon yöntemi ve bu yönteme dayalı besiyeridir. Kromojenik substrat besiyeri bileşimine dahil edilmiştir. İdentifikasyon, karakteristik koloni rengi ile bir anlamda tamamlanır. Renk bir kaç gün stabil kalır, pH 'dan sıcaklıktan ve ışıktan etkilenmez. Renk, besiyerine difüze olmadığı için yüksek sayıda koloni varlığında dahi tek koloni izolasyonu mümkündür.Besiyeri formülasyonu içinde yer alan seçilmiş peptonlar, pyruvate ve fosfat tampon aşırı hasar görmüş koliformlar için gelişme ortamı sağlar. Lauryl sulphate koliform bakteriler için bir olumsuzluk yaratmazken Gram pozitif bakterilerin gelişimini önemli ölçüde inhibe eder.Koliform grubu bakteriler için karakteristik olan ß-D-galactosidase enzimi kromojenik bir substrat olan Salmon-GAL ile, E. coli için karakteristik olan ß-D-glucuronidase enzimi ise yine kromojenik bir substrat olan X-glucuronide ile belirlenir.35-37 oC 'da 24-48 saat inkübasyon sonunda koyu mavi-menekşe renkli koloniler üzerine Kovac's çözeltici damlatılarak indol reaksiyonu belirlenebilir. Bu besiyerinde gelişen bakterilerin kültürel özellikleri aşağıdaki gibidir.Salmon X-Bakteri Koloni rengi -GAL Glucuronide IndolE. coli koyu mavi/menekşe + + + Citrobacter freundii kırmızı + - -Klebsiella pneumoniae kırmızı + - -Enterobacter cloacae kırmızı + - -Salmonella enteritidis renksiz - - -Shigella flexneri renksiz - - -

http://www.biyologlar.com/e-coli-besiyerleri

E. coli Besiyerleri

Geliştirme koşullarından bağımsız olarak yeterli bir aktivite gösteren karakteristik yapısal enzimlerin belirlenmesi bakterilerde hızlı bir identifikasyon sağlamaktadır. E. coli, bir kaç Salmonella ve Shigella suşu dışında ß-D-glucuronidase (MUGase) enzimine sahip Enterobacteriaceae üyesi olan tek türdür. Bu enzim, 4-methylumbelliferyl-ß-D-glucuronide (MUG)'i uzun dalga boylu UV ışığı altında fluoresans veren 4-methylumbelliferon 'a parçalar. E. coli aranması/sayılması için hazırlanan besiyerlerine MUG ilave edilmesi, geliştirilmesin bu besiyerinde yapılması ve sonuçta sıvı kültürün/koloninin uzun dalga boylu UV lamba ile kontrolü E. coli tayinini hemen hemen bitirmektedir. Sahte pozitif reaksiyonlardan kurtulmak için indol testi yeterli olmaktadır. Hepsi Merck/fluorocult cinsi olmak üzere; BRILA (Brillant Green Bile Broth), CASO (Tryptic Soy) Agar, DEV Lactose Peptone Broth, ECD (E. coli direct) Agar, Lauryl Sulphate Broth, LMX Broth besiyerlerinde UV ile fluoresans pozitif alındıktan sonra doğrudan sıvı besiyerinde gelişen kültürün üzerine veya katı besiyerinde gelişen koloni üzerine Kovac's indol ayıracı damlatılarak indol testi yapılır. Floresan ve indol pozitif tek bakteri E. coli 'dir.Bazı kültürlerde MUG reaksiyonu (fluoresans) net bir şekilde belirlenemez. Bu gibi durumlarda 1N NaOH 'den 1 mL kadar ilave edilmesi ile fluoresans reaksiyon netleşir. MUG, selektif katkı olarak besiyeri üreten diğer firmalar tarafından da pazarlanmaktadır.E. coli 0157: H7 Agar (Merck)Enterohemorajik E. coli 0157: H7 'nin izolasyonu ve ayrımı için geliştirilmiş bir besiyeridir. Bileşimindeki sodium deoxycholate gram pozitiflerin gelişimini inhibe eder. Bromothymol blue pH indikatörü olarak sorbitolun kullanımını gösterir. Sorbitol pozitif bakteri kolonileri sarı renk alırken sorbitol negatif koloniler yeşil renkli olarak kalırlar. Sodium thiosulphate ve ammonium iron (III) citrate, H2S oluşturan patojenlerin ayrımında rol alır. E. coli 0157: H7, diğer E. coli suşlarından farklı olarak MUG negatif bir özellik gösterir. Bu besiyerinde gelişebilen farklı bakterilerin kültürel özellikleri aşağıdaki gibidir.Bakteri Koloni rengi Presipitat MUG SorbitolE. coli 0157: H7 yeşilimsi - - -E. coli sarı ± + +Proteus mirabilis siyah-kahve - - -Shigella sonnei yeşilimsi - + -Enterobacter aerogenes sarı ± - +Chromocult Coliform Agar (Merck)Karakteristik bakteriyel enzimlerin kromojenik bir substrat ile belirlenmesine yönelik hızlı bir identifikasyon yöntemi ve bu yönteme dayalı besiyeridir. Kromojenik substrat besiyeri bileşimine dahil edilmiştir. İdentifikasyon, karakteristik koloni rengi ile bir anlamda tamamlanır. Renk bir kaç gün stabil kalır, pH 'dan sıcaklıktan ve ışıktan etkilenmez. Renk, besiyerine difüze olmadığı için yüksek sayıda koloni varlığında dahi tek koloni izolasyonu mümkündür.Besiyeri formülasyonu içinde yer alan seçilmiş peptonlar, pyruvate ve fosfat tampon aşırı hasar görmüş koliformlar için gelişme ortamı sağlar. Lauryl sulphate koliform bakteriler için bir olumsuzluk yaratmazken Gram pozitif bakterilerin gelişimini önemli ölçüde inhibe eder.Koliform grubu bakteriler için karakteristik olan ß-D-galactosidase enzimi kromojenik bir substrat olan Salmon-GAL ile, E. coli için karakteristik olan ß-D-glucuronidase enzimi ise yine kromojenik bir substrat olan X-glucuronide ile belirlenir.35-37 oC 'da 24-48 saat inkübasyon sonunda koyu mavi-menekşe renkli koloniler üzerine Kovac's çözeltici damlatılarak indol reaksiyonu belirlenebilir. Bu besiyerinde gelişen bakterilerin kültürel özellikleri aşağıdaki gibidir.Salmon X-Bakteri Koloni rengi -GAL Glucuronide IndolE. coli koyu mavi/menekşe + + + Citrobacter freundii kırmızı + - -Klebsiella pneumoniae kırmızı + - -Enterobacter cloacae kırmızı + - -Salmonella enteritidis renksiz - - -Shigella flexneri renksiz - - -

http://www.biyologlar.com/e-coli-besiyerleri-1

Kıtaların Kayma Kuramı (=Continental Drift)

Günümüzde Wegener (1912)’ın kıtaların kayma kuramı genel bir kabul görmektedir. Bu kuram özet olarak dünya yaklaşık olarak 200-250 milyon yıl önce tek bir kıtadan oluştuğunu ve daha sonra bu kıtanın parçalaranark günümüzdeki kıtaları oluşturduğu şeklinde ifade edilebilir. . Wegener bu bütün kıtaya “Dünya Kıtası” anlamında Pangea adını vermiştir. Tek kıtadan bahsedilince, tek bir okyanustan da bahsetmek gerekir. Okyanuslarda, “Bütün Okyanuslar” anlamında Panthalasse olarak adlandırılmıştır. Bu kuram ileride daha detaylı olarak ele alınacaktır. Kıtaların Kayma Kuramını anlayabilmek için, paleomanyetizmadan elde edilen bilgilerin bilinmesi gerekmektedir. Paleomanyetizma: Dünyada, yanardağ işlevleriyle içinde demir minerali bulunan mıknatıslanabilir kayaçlar oluşmaktadır. Yanardağlardan çıkan akıcı sıcak lavlar yeryüzüne ulaştıklarında (Curie sıcaklığı altına düştüklerinde), soğuyup katılaşmaya başlarlar. Bu soğuma anında demir molekülleri yönelimlerini o andaki manyetik alanın etkisi altında gerçekleştirirler. Bugün böyle bir soğumada demir molekülleri, bugünkü manyetik kuzey-güney yönünde dizilirlerdi. İşlevini uzun bir süre sürdüren bir yanardağdan dikine alınan bir kesitinde, lavlardaki katmanların içindeki demirli minerallerinin yönüne bakılarak kutuplarda meydana gelmiş bulunan değişiklikler saptanabilir. Bu yönteme dayanılarak, dünyanın birçok yerinde değişik katmanlardan örnekler alınarak manyetik alanlar incelenmeye başlandı. Çok şaşırtıcı sonuçlar elde ediliyordu. Daha önceki manyetik kutuplaşmanın, bugünkünden tamamen farklı olduğu görülüyordu. 200 milyon yıl önce dünyanın iki kuzey ve iki güney kutbu varmış gibi sonuçlar elde edildi. Yapılan çok titiz çalışmalardan sonra, kayan manyetik kutuplar değil kıtaların kendileri olduğu sonucuna varıldı. Bu sonuç 1912 yılında Alman jeofizikçi Alfred Wegener (1880-1930) ’in yaptığı saptamayı destekliyordu. Wegener’e (1912) göre, Güney Amerika’nın doğu kıyısında bulunan dirsek şeklindeki çıkıntının, Afrika’nın batı kıyısındaki girintiyle uyum içinde olması rastlantı değil, bu iki kıtanın bir zamanlar birlikte olması sonucuydu. Wegener, bir zamanlar birlikte olan bu iki kıtanın, dünyanın plastik magması üzerinde kayarak birbirinden uzaklaştığını varsayıyordu. Yapılan detaylı gözlemlerle, bir çok kıta parçasının birbirinden ayrıldığını gösteriyordu. Örneğin, Hindistan Afrika’nın güneydoğu kıyısından kopmuştu. Wegener’in kıtaların kayma kuramının karşılaştığı en büyük zorluk, hiç kimse, kıtaların magma üzerinde kaymasını sağlayacak gücü açıklayamıyordu. Bugün bu gücün varlığı tartışılmamakta, ancak kaynağı hala tartışılmaktadır. Bir kısım jeofizikçi bu kuvvetin kökeninin konveksiyon (yerin içindeki sıcaklık farkından meydana gelen hareketler) olduğunu savunmaktadır. Wegener’e (1912) göre, Güney Amerika’nın doğu kıyısında bulunan dirsek şeklindeki çıkıntının, Afrika’nın batı kıyısındaki girintiyle uyum içinde olması rastlantı değil, bu iki kıtanın bir zamanlar birlikte olması sonucuydu. Wegener, bir zamanlar birlikte olan bu iki kıtanın, dünyanın plastik magması üzerinde kayarak birbirinden uzaklaştığını varsayıyordu. Yapılan detaylı gözlemlerle, bir çok kıta parçasının birbirinden ayrıldığını gösteriyordu. Örneğin, Hindistan Afrika’nın güneydoğu kıyısından kopmuştu. Wegener’in kıtaların kayma kuramının karşılaştığı en büyük zorluk, hiç kimse, kıtaların magma üzerinde kaymasını sağlayacak gücü açıklayamıyordu. Bugün bu gücün varlığı tartışılmamakta, ancak kaynağı hala tartışılmaktadır. Bir kısım jeofizikçi bu kuvvetin kökeninin konveksiyon (yerin içindeki sıcaklık farkından meydana gelen hareketler) olduğunu savunmaktadır. Kıtaların kayması : a) Süper kıta olarak adlandırılan bundan yaklaşık 200 milyon yıl önceki (Triyasta) kara parçası Pangaea, b) Bundan yaklaşık 135 milyon yıl önce (Kretase'de) parçalanan bu süper kıta, Laurasia (Kuzey Yarımkürede) ve Gondwana (Güney Yarımküre) diye iki büyük parçaya ayrılmıştır, c) Daha sonraki parçalanmalar, bundan aşağı yukarı 65 milyon yıl önce (Tersiyer'de) ortaya çıkmıştır. Bu evrede Avrupa ile Kuzey Amerika'nın hâlâ bağlantılı olduğuna dikkat ediniz, d) Bugünkü kıtaların genel konumlanması ve e) Yaklaşık 50 milyon yıl sonra kıtaların alabileceği konumun bir projeksiyonu (Norstog ve Long'dan 1950 li yıllarda yapılan araştırmalar, Afrika’nın batı kıyılarının şeklinin Güney Amerika’nın doğu kıyılarının şekline uyumundan öte, her iki kıyıdaki taş formasyonlarının çeşidinin ve yapısının da büyük ölçüde birbirine uyduğunu göstermiştir. Bu kuram zoolojik bulgular ile de desteklenmiştir. Kökeni eskiye dayanan yengeçler üzerine yapılan çalışmalar ( daha sonra biraz daha detaylı verilecek), Batı Afrika ile Güney Amerika’nın doğu kısmındaki nehirlerin yaşayan bazı yengeçlerin yakın akraba olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu hayvanlar tamamen tatlı suya bağımlılar ve deniz yoluyla yayılmaları söz konusu olamaz. Bazı amfibi ve sürüngenler için de bu geçerlidir. Bu canlılardan bazıları hem Güney Afrika hem de Brezilya’da aynı jeolojik zamanlara ait tortullarda bulunması da bu bağlantı konusunda bilgi vermektedir. Bunların Atlantik okyanusunu yüzerek geçmeleri olanaksızdır. Kıtaların bu şekilde farklı coğrafik bölgelere kayması, birlikte getirdiği ya da götürdüğü canlıların, yeni ortama uyum yaparken, dallanmasına ve çeşitlenmesine neden olmuş ve çok sayıda tür çeşitliliği ortaya çıkmıştır. Sonuç olarak eğer kıtalar kaymamış olsaydı, bu denli zengin bir biyolojik çeşitlilik ortaya çıkmayacaktı. kıtanın yani Kuzey Amerika ile Avrasya arasında “ Lomonossow Sırtı” denen bir yükseltinin varlığı kabul edilmiştir. Gondwana kökenli olmasına karşın, Hindistan, kuzeydoğu’ya doğru göçüne devam ederek, Tersiyerde Avrasya’ya bağlanmıştır. Yine tersiyerin sonunda (Neojen’in sonu) farklı kökenli Kuzey Amerika ile Güney Amerika kıtaları Panama geçidi ile karasal bağlantı kurmuştur. Tetis denizinin tortullarından (Hindistan’nın Asya ile çarpışması etkisiyle de) Himalaya, Toros, Alp gibi sıradağlar oluştu. Alplerin oluşmasıyla Tetisin varlığı sona erdi. Bugünkü Akdeniz, Tetis denizinin bir kalıntısıdır. Tetis denizi Anadolu fauna tarihi açısından çok önemlidir. Yine bu zamanlarda Sarmatik denizi adı verilen bir iç deniz oluşmuştu. Bu iç deniz Karadeniz, Hazar denizi ve Aral gölü olmak üzere 3 kısma ayrıldı. Daha sonra Akdeniz ve Karadeniz arasında boğazlar yoluyla bağlantı kurulmuştur. Anadolu’nun büyük kısmı Kuzeyde yer almış ve güneydeki faunadan büyük ölçüde ayrı kalmıştır. Bu nedenle ülkemizdeki canlı formları Afrika elemanlarından daha çok Avrupa ve Asya elemanlarına benzemektedir. Kıtaların Kayma Kuramı’na, daha önce değindiğimiz paleomanyetizma, manyetik kutupların başka yerdeymiş gibi saptanması, geçmişte birbirinin devamı olduğu varsayılan kıyılarda aynı zamanda olduğu saptanan buzul kalıntıları, Güney Amerika ile Afrika kıtasının topoğrafik benzerliği, kutup bölgelerindeki fosillerin tropik iklimi işaret etmesi ve uzay çalışmalarından kıtaların hareket ettiklerinin saptanması, büyük ölçüde destek sağlamıştır. Kıtaların Kayma Kuramı özellikle Kretase ve Jura’daki hayvansal yayılışlar için mantıklı açıklamalar getirilmesini sağlamıştır. Kıta kaymaları dünya üzerindeki su ve hava akımlarını büyük ölçüde etkilemiş ve değiştirmiştir. Dolaysıyla iklimlerde büyük değişikliklere neden olmuştur. Daha önce değinildiği gibi kıtaların kayması ile zengin bir biyolojik çeşitlilik oluşmuştur. Biyolojik çeşitliliğin artmasında kıtaların kaymasından başka etkenlerinde rol aldığı varsayılmaktadır. Bunlardan özellikle dünyayı çepeçevre saran manyetik şemisyedeki yırtımalararın neden olduğu sanılmaktadır. Manyetik şemsiyedeki yırtılmalar mutasyonların çoğalmasına neden olmuş, mutasyonların çoğalması da (doğal seçilim için seçeneklerin çoğalması) canlıların çeşitlenmesine yol açmıştır. Bu yırtılmaların tekrarlandığı sanılmaktadır. Olay tekrarlanırken, mutasyon miktarı artar, doğal seçilim olanakları fazlalaşır; manyetik kalkan yeniden kurulunca yeniden dengeli populasyonlar ortaya çıkar. Kıtaların Kayma Kuramı'ndaki başlıca olayları ana hatları ile yeniden şöyle özetlemek mümkündür. Permiyenin sonunda, yani 225 milyon yıl önce yeryüzünün bütün kara parçaları Pangea adı verilen bir tek kıtadan ibaretti. Daha sonra ikiye ayrıldı. Böylece güneyde Gondwana, kuzeyde de Laurasia kıtaları oluştu. Bu iki kıtanın arasında Tetis Denizi yer aldı. Mezozoyikte Güney Amerika kuzeybatıya, Hindistan ve Avustralya kuzeydoğuya hareket etti. Kuzey yarımküresinde Avrasya ile Kuzey Amerika biribirinden ayrıldı. Tersiyer'de Hindistan Avrasya'ya bağlandı ve keza Afrika bu kıta ile temasa geçti. Tersiyer'in sonunda Kuzey Amerika'nın Güney Amerika ile kara bağlantısı gerçekleşti.

http://www.biyologlar.com/kitalarin-kayma-kurami-continental-drift

Kısırlık ve Genetik

İnfertilite (Kısırlık) konusunda genetik sebepler nelerdir ve ne gibi tedavilersöz konusudur; bu konuda sıkça sorulan soruları ve yanıtlarını bir kez de burada vermek istedim. Erkek kısırlığında genetik incelemenin önemi Son yıllarda genetik alanında ilerlemeler erkek kısırlığının nedenleri hakkında çok önemli bilgiler elde etmemizi sağlamıştır. Seks kromozomlarından Y kromozomu üzerindeki genlerdeki silinmeler vücut yapısı ve fonksiyonları normal olmasına rağmen testiste sperm yapımının azalması veya hiç sperm yapılmaması gibi duruma yol açmaktadır. Aynı şekilde yine seks kromozomlarındaki sayı anomalileri örneğin en sık görülen 47 XXY Klinefelter sendromugibi genetik hastalıkta da testis gelişimi yetersiz kalmış ve sperm yapımı azalmış olabilir. Ayrıca testislerden sperm taşıyan kanalların doğuştan olmaması halinde testiste normal sperm üretimi olmasına rağmen çıkış imkanı olmadığı için menide sperm görülmez. Bu da genetik olarak Konjenital Bilateral Vas Deferens Agenezisi (CBAVD) denilen bir hastalığa bağlıdır. Preimplantasyon genetik tanı nedir, hangi çiftlerde uygulanmaktadır ve avantajları nelerdir? Günümüzde genetik hastalıklar gebelik sırasında veya doğumdan sonra tanımlanabilmektedir. Ancak bebekteki muhtemel genetik hastalıklar ultrasonografi, amniosentez gibi yöntemler ile gebeliğin ancak dördüncü ayında belirlenebilmekte ve ciddi bir anormallik saptanması durumunda gebelik 5. ay civarında sonlandırılmaktadır. Bu durum anne ve baba adayını psikolojik ve fiziksel olarak travmaya uğramaktadır. Son yıllarda genetik bilimindeki gelişmeler henüz gebelik oluşmadan, tüp bebek yöntemleriyle laboratuar ortamında geliştirilen embriyolar üzerinde genetik inceleme yapılmasına ve seçilmiş olan sağlıklı embriyoların anne adayının rahmine yerleştirilmesine imkan tanımaktadır. Bu yönteme gebelik öncesi genetik tanı (Preimplantasyon Genetik Tanı - PGT) adı verilmektedir. Gebelik öncesi genetik tanı, anne ve baba adayından elde edilen yumurta ve sperm hücrelerinin laboratuvar ortamında döllendirilmesi sonucu gelişen embriyolardan bir adet hücre alınması ile gerçekleştirilmektedir. Genetik tanı için Floresence İn Situ Hibridizasyon (FISH) veya Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) adı verilen özel yöntemler kullanılmaktadır. Doğacak bebekte monozomi veya trizomi (Down sendromu ve diğer trizomiler) gibi sayısal kromozom bozukluklarının ve tek gen hastalıklarının (Hemofili, Akdeniz anemisi, kistik fibrozis, muskuler distrofiler gibi) tanısı PGT ile mümkündür. Böylece hastalık taşımayan, sağlıklı embriyoların anne adayına transferi ile sağlıklı bebeklerin doğması sağlanmaktadır. Gebelik öncesi tanı Genetik veya kalıtsal bir hastalık taşıyıcılığı bulunan çiftlerde, daha önce genetik hastalığı olan çocuk veya çocuklara sahip çiftlerde,HLA genotyping (doku tiplemesi) yapılması amacı ile, genetik predispozisyon gösteren hastalıkların tanımlamasında, yardımcı üreme teknikleri için kabul edilmiş ileri yaş grubundaki kadınlarda (37 yaş ve üzeri), tekrarlayan erken gebelik düşükleri olan çiftlerde, çok sayıda uygulanmasına rağmen yardımcı üreme teknikleri ile gebelik elde edilememiş veya düşüklerle gebeliklerini kaybetmiş olan çiftlerde, şiddetli erkek kısırlığı ile birlikte görülen kromozom bozuklukları veya genetik hastalıklarda uygulanmaktadır. Talasemi, hemofili vb. hastalıklarda PGT'nin önemi nedir, embriyolarda doku tiplemesi yapılması mümkün müdür? Bireyler, taşıdıkları kalıtsal hastalığı değişik oranlarda çocuklarına aktarırlar. Bu nedenle genetik hastalıkların çiftlerde ve embriyolarda belirlenmesi çiftlerin sağlıklı çocuk sahibi olabilmesi için önemlidir. Günümüzde DNA analizi yöntemi ile çok sayıda kalıtsal hastalığın henüz embriyo düzeyinde iken tanımlanması mümkün hale gelmiştir. Kalıtsal bir hastalığa neden olan genetik bozukluğun tanımlanması için hastalığa neden olan genin yapısının belirlenmiş olması gerekmektedir. Yapılan araştırmalar sonucu B-talasemi, Hemofili, Kistik Fibrosis, Orak Hücre Anemisi, Muskuler Distrofiler, Frajil X gibi hastalıklara sebep olan bir çok genin yapısı belirlenmiş ve bunların genetik tanısına yönelik yöntemler geliştirilmiştir. Bu yöntemle, öncelikle anne baba ve varsa hasta çocuklara ait kan örneklerinde genetik bozukluğun gösterilmesi için genetik analizler yapılır. Sonrasında kalıtsal hastalık taşıyıcısı olan çiftlerin tüp bebek yöntemi ile elde edilen embriyolarından alınan hücrelerde hastalığa neden olan genetik yapı özel yöntemlerle çoğaltılmakta ve taranan hastalığa ait gen bölgesi DNA analizi yöntemi ile tanımlanabilmektedir. Sonuçta, kalıtsal hastalığı taşıyan embriyolar elenirken sağlıklı embriyoların transferi ile genetik hastalık taşımayan çocukların dünyaya gelmesi sağlanabilmektedir. Yapılan araştırmalar sonucu B-talasemi, Kistik Fibrosis, Orak Hücre Anemisi, Hemofili, Muskuler Distrofiler, Frajil X gibi hastalıklara sebeb olan bir çok genin yapısı belirlenmiş ve bunların genetik tanısına yönelik yöntemler geliştirilmiştir. Ayrıca; B-talasemi, Fanconi anemisi ve lösemi gibi hastalıklarda, DNA dizi analizi yöntemi ile sağlıklı embriyoların saptanmasının yanısıra HLA genotyping (doku tiplemesi) işlemi de aynı anda uygulanabilmekte ve embriyoların doku tipi belirlenebilmektedir. HLA genotyping yöntemiyle talasemi veya lösemi hastalığı saptanmış çocuklara sahip ailelerde, anne ve baba ile çocuğa ait doku tiplerinin belirlenmesinden sonra, hastalığı taşımayan embriyolar içerisinden doku tipi hasta çocuk ile uygun olan embriyolar seçilebilmektedir. Bu şekilde elde edilen sağlıklı gebelikler, sağlıklı doğan çocukların kordon kanı ve kemik iliğinin kullanılması ile hasta çocuklar için tedavi sağlayıcı olmaktadır. Bu yöntemle aile prenatal tanı işlemi sonrasında uygulanan gebelik sonlandırılmasına bağlı tıbbi ve psikolojik travmalardan da korunmaktadır. Ayrıca; gebelik öncesi tanı, hasta kişilerin yaşam boyu karşılaştıkları sağlık problemleri, hastalıkların tedavisindeki güçlükler ve yüksek tedavi maliyetleri nedeniyle ailelerin sağlıklı çocuk sahibi olmalarını sağlaması ve hasta kişiler için tedavi olanağı sunması nedeniyle çok önemli bir tekniktir. Günümüzde yapılmakta olan çalışmalar sonucunda hastalıkların genetik yapısının belirlenmesiyle birlikte çok daha fazla sayıda hastalığın embriyolarda tanımlanması mümkün olacaktır. Talasemi, hemofili vb. hastalıklarda PGT'nin önemi nedir, embriyolarda doku tiplemesi yapılması mümkün müdür? Preimplantasyon genetik tanı uygulanarak kromozom bozukluğu taşıyan embriyolar seçilip sadece sağlam olanlar transfer edilebilmektedir. Gebelik oluşmadan önce genetik problemler konusunda alınabilecek önlemler var mı? Preimplantasyon Genetik Tanı yöntemi bu amaçla uygulanmaktadır. Bu yöntemle kalıtsal hastalıklar yönünden riskli ailelerde tüp bebek işlemi uygulanarak elde edilen embriyolar incelenip hastalık taşımadığı saptanan sağlıklı embriyolar transfer edilmektedir. Kadın yaşının ileri olması ile (35–45 ) başarı oranı azalmakta, gebelik elde edildiğinde ise düşükle sonlanabilmektedir. Yaşla birlikte yumurtalarda kromozom bozukluklarının artması sebebiyle tüp bebek tedavisi yapılacak olan çiftlerden elde edilen embriyolar üçüncü güne ulaştıklarında biyopsi yapılmaktadır. Elde edilen bir veya iki adet hücrenin moleküler tanı yöntemleri kullanılarak birkaç saat içinde değerlendirilmesini takiben sağlıklı embriyolar ayrılmakta ve transfer edilmektedir. Yaşla birlikte en çok artış gösteren ve yaşamla bağdaşabilen kromozom bozuklukları (Trizomi 13, 16, 18, 21, 22, 15, 17 ve X,Y ) hakkında bilgi vermektedir. Bu yöntemle yeterli embriyo elde edilen ileri yaş kadınlarda gebelik oranı arttırılabilmekte ve düşük riski azaltılmaktadır. More Sharing ServicesBu Sayfayı Paylaşın|Share on facebookShare on emailShare on favoritesShare on print Embriyolarda genetik inceleme kimlere önerilmekte? Tüp bebek programına alınan her çiftte embriyoların genetik olarak incelenmesine gerek duyulmamakta, buna karşın belirli özelliklere ve risklere sahip olan çiftlerde bu inceleme önerilmektedir. Bu özellikler şu şekilde sıralanabilir: Genetik veya kalıtsal bir hastalık taşıyıcılığı bulunan çiftlerde Daha önce genetik hastalığı olan çocuk veya çocuklara sahip çiftlerde Yardımcı üreme teknikleri(tüp bebek için kabul edilmiş ileri yaş grubundaki kadınlarda (37 yaş ve üzeri) Tekrarlayan erken gebelik kayıpları-düşükleri olan çiftlerde Birçok kez yardımcı üreme teknikleri uygulanmasına rağmen gebelik elde edilememiş veya düşüklerle gebeliklerini kaybetmiş olan çiftlerde Şiddetli erkek kısırlığı ile birlikte görülen kromozom bozuklukları veya genetik hastalıklarda HLA genotyping (doku tiplemesi) yapılması amaca ile Genetik predispozisyon gösteren hastalıkların tanımlanması Preimplantasyon Genetik Tanı'nın avantajları nelerdir? Gebelik şansını artırmakta, düşük şansını azaltmaktadır Ailelerin sağlıklı çocuk sahibi olmaları sağlanmaktadır Aile, gebelik sonlandırılmasına bağlı tıbbi ve psikolojik travmalardan korunmaktadır Talasemi gibi hastalıklarda doku tiplemesi ile doğacak olan bebek ailenin hasta çocukları için tedavi imkanı sağlamaktadır Gebelik öncesi tanı; hasta kişilerin yaşam boyu karşılaştıkları sağlık problemleri, hastalıkların tedavisindeki güçlükler ve yüksek tedavi maliyetleri ile karşılaştırıldığında çok daha faydalı ve ucuz bir tanı yöntemidir Kromozom analizi normal olan çiftlerin embryolarında da genetik hastalıklar görülebilir mi? Çiftlerden alınan kan hücrelerinden yapılan genetik testlerde kromozom yapısı normal bulunabilir. Ancak embriyo genetik yapısının yarısını anneye ait yumurta hücresinden alırken diğer yarısını da babaya ait sperm hücresinden alır. Bu nedenle vücut hücrelerinin genetik yapısı normal olmasına rağmen bazı çiftlerde sadece üreme (yumurta veya sperm) hücrelerinde görülebilen kromozom bozuklukları bulunabilir ve bu bozukluk embriyolara aktarılabilir. Gebelik öncesi genetik tanı ile embriyolarda oluşan bu tür genetik bozukluklar saptanabilmektedir. Akraba evliliğinin genetik hastalıkların ortaya çıkmasındaki etkisi nedir? Akraba evlilikleri, aralarında kan yakınlığı olan kişiler arasında yapılan evliliklerdir. Akrabalık derecelerine göre en yakını 1. derece akraba evliliği dediğimiz kuzen evlilikleri olup teyze, hala, amca ve dayı çocuklarının arasında yapılan evliliklerdir. Yurdumuzda akraba evliliği oranı % 21- 40 oranında olup bölgelere göre değişmektedir. Genel olarak toplumda doğan her 100 çocuğun 2–3 ünde çeşitli sebeplerden kaynaklanan anomaliler saptanır. Bu risk akraba evliliği yapmış olan çiftlerde % 4–5 oranına kadar yükselebilmektedir. Genetik açıdan risk taşıyan kişiler kimlerdir? Genetik veya kalıtsal bir hastalık taşıyıcılığı bulunan çiftler ,daha önce genetik hastalığı olan çocuk veya çocuklara sahip çiftler, yapısal olarak vücudunda anomaliler saptanan, mental retardasyonlu çocuk öyküsü, cinsiyet gelişimi anomalileri, gelişme geriliği ve boy kısalığı, yakın akrabalarında (1. kuzen gibi) genetik bir hastalık öyküsü çiftler, tekrarlayan düşükleri ve ölü doğumları olan çiftlerde, 37 yaş üzerindeki kadınlar ve birçok kez yardımcı üreme teknikleri uygulanmasına rağmen gebelik elde edilemeyen çiftler. Bu çiftlerde, öncelikle bir genetik uzmanı tarafından ayrıntılı aile öyküsü alınmalı ve aile ağacı çıkartılmalıdır. Ailede düşünülen hastalık için ve varsa önceki gebelikler için ayrıntılı bilgilerin alınması gereklidir. Hasta çocuklar ve aile bireyleri muayene edilmeli ve gerekli testler istenmelidir. Tüm bu işlemlerden sonra hastalığın tanısı konmuş veya genetik neden saptanmış ise çiftlere saptanan problemler ile ilgili ayrıntılı bilgi verilir. Genetik hastalığın neden olabileceği problemler, sonuçları, yeni gebeliklerdeki riskler, gebelik öncesi ve sonrasında yapılması gerekenler konusunda aile aydınlatılır. Bu işlemler sonrasında çiftlerin yeni gebeliklerindeki riskler tekrarlama riskinin olmamasından %100 e kadar değişebilmektedir. Çiftlerin bir kısmında preimplantasyon genetik tanı önerilebileceği gibi bazı hastalarda da prenatal dönemde genetik tanı uygulanması önerilir. İnfertilitenin (kısırlık) oluşmasında genetik faktörlerin rolü nedir? Günümüzde çiftlerin yaklaşık %15 inde azalmış fertilite saptanmaktadır. Bu olguların büyük bir kısmında neden erkek infertilitesidir. Erkek infertilisinde özellikle sperm bulunmayan kişilerde patojenik sebep Y kromozomu mikrodelesyonlarına bağlı sperm üretiminin azalması veya kistik fibrozis transmembran regülatör (CFTR) gen mutasyonlarına bağlı oluşan konjenital vaz deferens yokluğu ile karakterize obstrüktif azospermidir. Bunların yanı sıra cinsiyet kromozomlarındaki sayısal anomaliler ve yapısal kromozom bozuklukları da spermatogenezde, dolayısıyla da fertilizasyonda problemlere neden olur. Ayrıca hipogonadotropik hipogonadizme neden olan KAL (X e bağlı kalıtılan Kalman sendromu), DAX1 (X e bağlı kalıtılan Konjenital Adrenal Hipoplazisi), GNRHR (GnRH sekresyonunda bozukluk) ve PC1 (prohormon convertase 1 ) gen mutasyonları ile Androjen Reseptör gen mutasyonları spermatogenezis yetmezliği ile birlikte gözlenebilir. Ayrıca sekonder infertil olarak adlandırılan tekrarlayan gebelik kayıpları veya ölü doğum öyküsü olan çiftlerde bazı genetik bozukluk taşıyıcılığı gözlenebilir. Gebelik oluştuktan sonra genetik problemler tanılanabilir mi? Gebelikte uygulanması gereken bazı tarama testler mevcuttur. (11–14 tarama testi - ikili test - üçlü test ...) Bu tarama testleri gebelikteki genetik risk hakkında bize bilgi verir. Böyle bir risk belirlendiğinde 11–14. haftada fetusun eşinden biyopsi yapılarak veya 16–18 haftada bebeğin içinde bulunduğu sıvıdan örnek alınarak bebeğin kromozom analizinin yapılması mümkündür. Ayrıca ultrasonografi de bu konuda bize yardımcı olmaktadır.

http://www.biyologlar.com/kisirlik-ve-genetik

PGT Nedir?

Genetik biliminde son yıllardaki gelişmeler; tüp bebek yöntemleriyle geliştirilen embriyolarda genetik incelemeler yapılmasına imkan tanımaktadır. Bu yönteme “embriyoda genetik tanı” (Preimplantasyon Genetik Tanı) adı verilmektedir. Gebelik öncesi genetik tanı (PGT) adı verilen bu işlem; yumurta ve sperm hücrelerinin laboratuvar ortamında döllenmesi sonucunda gelişen embriyolardan 1 veya 2 adet hücre alınması ile gerçekleştirilmektedir. Alınan hücrelerde özel yöntemler kullanılmakta ve doğacak bebekteki sayısal ve yapısal kromozom bozuklukları ile tek gen hastalıklarının (talasemi, orak hücreli anemisi, kistik fibrozis gibi) tanısı yapılabilmektedir. Böylece sağlıklı embriyoların anne adayına transferi ile sağlıklı bebeklerin doğması sağlanmaktadır.

http://www.biyologlar.com/pgt-nedir

Aflatoksin Nedir

Aflatoksin Nedir

Aspergillus flavus ve Aspergillus parasiticus tarafından üretilen toksik ve karsinojenik maddelerdir. Karaciğer tarafından M1 tipine ve epoksite metabolize olur. Sıklıkla alfatoksin ile karışıtırlır.

http://www.biyologlar.com/aflatoksin-nedir

Işık ve ekolojik etkisi

İnsanlığın mutluluğu için gelişen uygarlık, bir çelişki olarak, çevre sorunlarını da birlikte getirdi. Son yıllarda ülkemizde çevre ve doğa bilinci gelişti, yaygınlaşıp kökleşti. Kimi zaman, termik santrallerde olduğu gibi, enerji gereksinmemizi karşılamak için seçilen yönteme çevrecilerimiz, ve çevrecilerimizi destekleyen kamuoyu karşı çıktı. Çevreciler tarafından tanınan çevre kirliliği çeşitleri arasında, bildiğimiz kadarıyla, ışık kirliliğine pek değinilmez. Işık kirlenmesi, yanlış yerde ve yanlış zamanda yanlış miktarda ve yönde ışık kullanılmasıdır; bunun sonucu olarak göğün doğal fon parlaklığı artar, yollarda göz kamaşması nedeniyle görüş bozulur; ışığı üretmek için harcanan enerjinin önemli bir kısmı boşa gider. Işık Kirliliği ve Gökbilim Işık, foton denen küçük, enerjili parçacıklardan oluşmuş kabul edilebilir. Gökbilimciler en az sayıda fotondan en çok bilgiyi elde etmede uzmanlaşmışlardır. Çağdaş teleskoplarla algılanan her foton çok pahalıya mal olmaktadır. Işık kirlenmesinin neden olduğu yapay gök parlaklığı, her gözlemevini olumsuz etkilemektedir: Fotoğraflarda kararma olmakta, ışık sönük gökcisimlerinin gözlenmesini zorlaştırmakta; gökcisimlerinin parlaklık ölçümlerine karışmakta ve tayfını yani renklerini çarpıtmaktadır. Bugünün gökbilim gözlemevleri, ışıklı kentlerden uzak, havası açık ve temiz yerlerde kuruluyor. Hava ve ışık kirliliği nedeniyle böyle yerlerin sayısı, bizim ülkemizde de, gittikçe azalmaktadır. Altı yıllık bir yer seçimi çalışması sonunda, Antalya sınırları içinde Bey Dağları’nda 2550 m yükseklikteki Bakırlıtepe’yi “Ulusal Gözlemevi” yeri olarak seçtik. Takiyüddin Efendi, gözlemevini İstanbul’a kurmuştu, biz Bey Dağları’nda kurduk. Çevredeki kent ve kasabaların göğü aydınlatması sürerse, oradan nereye gideceğiz acaba? İkinci Dünya Savaşı sırasında, karartma uygulamasından yararlanan Walter Baade, aynasının çapı 2,5 m olan Mount Wilson Teleskopu’nun gücünün sınırını zorlayarak, 2 milyon ışık yılı ötedeki Andromeda Galaksisi’ni yıldızlarına ayrıştırmayı başardı. Aynı teleskop 1920’lerde evrenin genişlemesini keşfetmişti. Bu teleskobun bulunduğu gözlemevi, Los Angeles şehrinin ışıkları göğü 6 kez daha parlak yaptığı için, 1985 yılında kapandı. Yerleşim yerlerinin gelişigüzel aydınlatılmasının, genel olarak herkesi ve gökyüzünü özel araçlarla izlemeyi seven amatör astronomları da etkilemektedir; fakat profesyonel gökbilime etkisi bir başka olmaktadır. İçinde yaşadığımız evrenin kökenini, yaşını ve yapısını anlamak; evrenin derinliklerine, yani ışığının bize ulaşması milyarlarca yıl alan gökadalara bakmayı gerektirir. Güneş Sistemi’mizin yaşının 2-3 katı kadar zamandır yolda olan fotonun tam bize ulaşacakken kent ışıklarında kaybolması ne yazıkÖ Gözlemevleri, -kentlerden yüzlerce kilometre uzakta olsalar bile- bu sorunla karşı karşıyadır. Kötü aydınlatmadan zarar görenler yalnız devlet bütçesi ya da gece gökyüzünü izlemek isteyenler değildir. Yukarıda değinildiği gibi, doğal hayat da etkilenmektedir. Gökbilimciler gece aydınlatmasına karşı değillerdir. Onlar da herkes gibi, nitelikli aydınlatmaya gereksinme duyarlar. Onların istediği, göğü aydınlatmada, iyi düşünülmüş ışıklandırma kurallarının uygulanması ve ışığın gerektiği yerde kullanılmasıdır. Gözlemevleri için iyi olan bu çeşit aydınlatma, sokak-cadde aydınlatmasından yararlananlar için de, devlet bütçesi için de iyidir. TÜBİTAK Ulusal Gözlemevi (TUG) ve Işık Kirliliği 1979-1986 yıllarını kapsayan yer seçimi çalışması sonunda TUG yeri olarak 2550 m yükseklikteki Bakırlıtepe’de karar kılındığı zaman, Antalya’dan kaynaklanan ışık kirliliği yok denecek kadar azdı. Ancak geçen zaman içinde Antalya çok büyüdü ve sokak-cadde aydınlatmaları çok arttı. Bugün yaptığımız ölçümlere göre, Bakırlıtepe’den bakıldığında ufkun 450 üstündeki gök parlaklığı doğal gök parlaklığına göre %27 daha fazladır. Antalya ve çevresinde hızlı kentleşme sürüyor. Gelecekte ışık kirliliğinin daha büyük boyutlara ulaşmasından kaygılıyız. Bu kaygımızı Antalya Belediye Başkanı Hasan Subaşı’na iletildi ve beklenenin üstünde ilgi gördü: Antalya’nın bu konuda iyi bir örnek oluşturacağını umuyoruz. Işık Kirliliğinin Kaynakları Işık kirlenmesinin esas kaynağı, cadde-sokak aydınlatmasıdır; buna dış aydınlatma diyebiliriz. Dış aydınlatma, gelişmiş ülkelerin ardından, ülkemizde de hızla yaygınlaşmaktadır. Bir Amerikalı gökbilimci “eğer kentlerimizin bugünkü aydınlatma hızı böyle sürerse, 20-30 yıl içinde Ay’daki bir gözlemci büyük kentlerimizi çıplak gözle görebilecektir” demiştir. Elbette caddeleri, sokakları, evlerimizin çevresini aydınlatacağız. Buna hiç kimse karşı değildir. Sorun aydınlatmada değil, kötü ve savurgan aydınlatmadadır, sokak lambaları armatürlerinin niteliksiz olmasında ve kötü yerleştirilmesindedir. İlk fırsatta çevrenizdeki sokak lambalarına bir bakın: Birçoğu, gereken yeri yani hemen altındaki yolu değil, yanları ve göğü aydınlatır. Yüksek direk üstüne tünemiş kimi lambanın ışığı yere ulaşmaz bile. Kentlerin, örneğin Ankara’nın, Antalya’nın üstünde uçaktan gece aşağı bakmış olanlar savurgan aydınlatmayı kolayca fark etmişlerdir: Yanlış yönlendirilmiş sokak ve cadde lambaları, ilanlar, reklamlar,Ö Yüzeyin yansıtma oranı, kar örtüsü hariç, genelde %15’in altındadır. Dolayısıyla, uçaktan görünen ışık denizi, çoğunlukla yukarı yönlendirilmiş ışıktır; bu savurulmuş ışıktır, boşa giden enerjidir, boşa giden yakıt kaynaklarıdır, boşa giden vergidir, boşa giden paradır ve boşa giden karanlık gökyüzüdür. IŞIK KİRLİLİĞİNİN CANLILAR VE EKOSİSTEM ÜZERİNE ETKİLERİ Işık kirliliği bitkilerin büyüme ritmini bozuyor, böcek ve kuşların yön bulma duygularını zayıflatarak ekosistemlere zarar veriyor. Işık kirliliğinin çevre üzerindeki etkilerini değerlendiren Ankara Üniversitesi (AÜ) Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Ekoloji ve Çevre Biyolojisi Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Osman Ketenoğlu, gökyüzüne dik ve gereğinden fazla aydınlatmanın “ışık kirliliği” olarak adlandırıldığını anlattı. Prof. Dr. Ketenoğlu, özellikle yol, cadde ve sokak aydınlatmalarının ışık kirliliğine neden olduğunu belirterek, park, bahçe, gece aydınlatılan halı sahalar, güvenlik amaçlı aydınlatmalar, reklam panoları ve evlerin pencerelerinden taşan ışıkların da kirliliğe etki ettiğini ifade etti. Bazı ülkelerde ışık kirliliğine karşı önlemlerin alındığını, dünyada ilk kez Yeni Zelanda’da yönetmelik yayımlandığını, Slovenya’nın kanun yoluyla kirliliği engelleme yoluna gittiğini kaydeden Ketenoğlu, Yunanistan’da da 1990’lı yıllarda konuyla ilgili eğitimler verildiğini söyledi. “GÖÇMEN KUŞLAR, TELEF OLUYOR” Prof. Dr. Osman Ketenoğlu, günlük ve mevsimlik sıcaklık ve ışık değişimlerinin canlıların biyolojik ritmlerini etkilediğini belirterek şöyle konuştu: “Aşırı gece aydınlatmaları biyolojiyi yakından ilgilendiriyor. Bu nedenle de olayın fiziksel özelliklerinden ziyade biyolojik etkileri ön plana çıkıyor. Işık kirliliği, ekolojik sistemleri etkiliyor, hayvan göçlerinin, av avcı ilişkilerinin değişmesine neden oluyor, ekolojik yapıyı bozuyor. Işık kirliliği, bitkilerin büyüme ritmini bozuyor, böcek ve kuşların yön bulma duyguları zayıflatarak ekosistemleri yok ediyor.” KELEBEK VE BÖCEKLER TOZLAŞMA YAPAMIYOR Osman Ketenoğlu, kirlilikten etkilenen kelebek ve diğer gece böceklerinin tozlaşmayı sağlayamadığı için bitkilerin zamanla yok olduğunu ifade etti. Ketenoğlu, göçmen kuşların geceleri takım yıldızlarıyla yön belirlediklerini ancak ışık kirliliği yüzünden çok aydınlatılmış yüksek binaların etrafında dolaşarak telef olduklarını belirtti. Ketenoğlu, bunun önlenmesi için Kanada ve Toronto da göç dönemlerinde yüksek binaların ışıklarının kapatılması yönünde çalışmalar yapıldığını söyledi. “CARETTA CARETTALAR, TEHDİT ALTINDA” Prof. Dr. Ketenoğlu, Akdeniz kıyılarında görülen caretta caretta türü deniz kaplumbağasının ışık kirliliği yüzünden yok olmak üzere olduğunu bildirerek, yumurtadan çıktıktan sonra deniz sanarak aşırı aydınlatılmış sahillere yönelen yavruların öldüklerini belirtti. Gece kurbağaları ve semenderlerin de (kertenkele türü) ışık kirliliğinden etkilendiğini ifade den Ketenoğlu, gece canlısı olarak sınıflandırılan bu türlerin aşırı aydınlatma nedeniyle bulundukları yerden geç çıktıklarını, bunun da çiftleşmelerini engellediğini bildirdi. Osman Ketenoğlu, tropikal bölgelerde mercan topluluklarının üzerlerine düşen ışık yüzünden kendilerine renk veren “alg”leri kabul etmediklerini, bu durumun mercanların renklerinin solmasına ve ekolojik yapılarının bozulmasına neden olduğunu kaydetti. Ketenoğlu, ışık kirliliğinin göllerde “su piresi” gibi canlıların su yüzeyindeki “alg”leri tüketmesini engellediğini, bunun da “alg”lerin çoğalıp göl bitkilerinin ölmesine ve su kalitesinin düşmesine yol açtığını söyledi. “KAYNAKLAR BOŞA HARCANIYOR” Gereğinden çok aydınlatmanın öncelikle enerji kaybına neden olduğunu aktaran Ketenoğlu, “Bu demektir ki, elektrik üretiminde kullanılan kömür, su ve petrol gibi kaynaklar boşa harcanıyor. Özetle ışık kirliliği, boşa giden para anlamına da geliyor” diye konuştu. Aydınlatma yapılırken ışığın gökyüzüne yöneltilmemesi, doğrudan aydınlatılacak zemine çevrilmesi gerektiğine işaret eden Ketenoğlu, geniş aydınlatma yerine istenen alanın iyi aydınlatılması gerektiğini belirtti. Işık kirliliğinin, uzay alanındaki araştırmaları olumsuz yönde etkilediğini bildiren Ketenoğlu, bu durumun gökyüzündeki ani değişimlerin izlenmesini de engellediğini söyledi. Nasıl Bir Aydınlatma Gerekli? Gece güvenliğinden ve aydınlatmanın işlevselliğinden ödün vermeden ışıklandırmada enerji tasarrufu nasıl sağlanabilir ve aynı zamanda ışık kirliliği en aza nasıl indirgenebilir? Göğü aydınlatmanın bir yararı yoktur; güvenliğe de katkı sağlamadığı ABD gibi ışık kirliliğinin fazla olduğu ülkelerde yapılan araştırmalardan anlaşılmaktadır: Işıklandırma suç işlemeyi engellemiyor, suçun nedeni ışık ya da karanlık değildir. Suçluları da gökte aramamalıdır! Dahası, ışık kirliliği kaynak savurganlığına da neden olur. O halde, ilke olarak, izlenecek yol şudur: (1) ışığın göğe yönelmesini kesmek ve aydınlatılacak yere daha doğru şekilde yöneltmek, (2) birim enerji başına daha çok ışık veren kaynakları kullanmak ve (3) zamanlayıcılar kullanarak, gereksiz aydınlatmaları -örneğin, reklam ve ilan ışıklandırmalarını- gece yarısından sonra kapatmak. Burada bunların ayrıntılarına girmeden Uluslararası Karanlık Gökyüzü Birliği’nin önerilerini vermekle yetineceğiz: Genel olarak dış aydınlatma lambaları, lambaların bulunduğu yerden geçen yatay düzlemden daha yukarıya gitmeyecek şekilde perdelenmelidir. Böylece istenmeyen yer aydınlatılmaz; ışığın gözü kamaştırıp görmeyi olumsuz etkilemesi ve ışık kirliliği en küçük, enerji tasarrufu en büyük olur. Aydınlatmada kullanılan lambalar elektrik enerjisi harcadığına göre elektrik gücünü ışık gücüne çevirmede en verimli lamba tercih edilmelidir. Mevcut en verimli kaynak düşük basınçlı sodyum buharı lambasıdır. Bunun verdiği ışık kendine özgü sarı-turuncu renktedir. Böyle lambalar kullanıldığı zaman uzaydan gelen ışığın %99’u hâlâ görülebilir. Rastlantı olarak bu sarımsı ışık gözün en duyarlı olduğu renktir, görmemizde en etkili olanıdır. O halde enerji tasarrufunun önemli olduğu her yerde, renk ayrımının önemsiz olduğu her yerde, sodyum lambaları, özellikle düşük basınçlı sodyum lambaları kullanılmalıdır. Örneğin, yollar, caddeler, park yerleri, güvenlik nedeniyle ışıklandırılması gereken yerler, renk farkının kritik olmadığı yerler gibi. Civa buharı ve akkor lambaları verimli ışıklandırma kaynakları değildirler; ancak, düşük güçteki uygulamalarda -örneğin evlerin önünü aydınlatmada- iyi perdelenmek koşuluyla- kullanılabilir. Düşük basınçlı sodyum lambası harcanan enerji başına en az 3 kat daha fazla ışık ürettiğine göre, bu yolla %30’un üstünde enerji tasarrufu mümkündür. Alınabilecek Önlemler Işık kirliliğini en aza indirme önerileri, aynı zamanda tasarruf önlemleri oldukları için, TEK yetkililerinin üzerinde durduğu konulardır. Temennimiz, her geçen gün artan aydınlanma nedeniyle, artan aydınlanma giderlerini en aza indirmede ışık kirliliğinin de bir etken olarak ele alınması, TSE standartlarının yeniden belirlenmesi ve üretilecek yeni lamba ve armatürlere uygulanmasıdır. Hangi çeşit lambaların nerelerde kullanılabileceği kurallara bağlanmalı, bu konuda yerel yönetimlere yardımcı olacak yasal önlemler alınmalıdır. Çevre kirlenmesini gelişmiş ülkeler -Avrupa ve Kuzey Amerika- başlatmıştır. Çevreye karşı duyarlılık da önce o toplumlarda gelişmiştir. Işık kirlenmesinde de durum aynıdır. Örneğin ABD’de Tucson, Chicago gibi büyük kentler dahil 50’den fazla yerel yönetim, ışıklandırma için yeni yasalar ve yönetmelikler çıkartmış ve yukarıdakilere benzer önlemlerle başarılı sonuçlar almıştır. Bu kervana Kanada, Avustralya, Yeni Zelanda, İngiltere, Japonya gibi birçok ülke de katılmıştır. Macaristan, ışık kirliliğine karşı eğitime ilkokuldan başlamıştır. Etkili aydınlatma için armatürlerde uzmanlaşan firma sayısı giderek artmaktadır. Gerektiğinde eski civa buharlı lambaları yeni armatürlü düşük basınçlı sodyum lambaları ile değiştirilmektedir. Bu konuda en yaygın uygulamayı Kanarya Adalarında İspanya gerçekleştirmiştir. Bu değişikliğin maliyetini ilk 3-5 yıldaki enerji tasarrufunun karşılayabileceği hesaplanmaktadır. Zeki Aslan Prof.Dr., Akdeniz Üniversitesi Fizik Bölümü ve TÜBİTAK Ulusal Gözlemevi Kaynaklar: Garstang R. H., “Night-Sky Brightness at Observatories and Sites” Astrophysical Society of Pasific No. 101, 306 - 329, 1989 Uluslararası Karanlık Gökyüzü Birliği’nin yayınları Spektrum: GE Aydınlatma ürünleri kataloğu: 1997/98 Bilim Teknik Ocak98

http://www.biyologlar.com/isik-ve-ekolojik-etkisi

Antosiyaninlerin çiçeklerin renklendirilmelerindeki rolleri

Antosiyanin ismi, Yunanca iki kelimeden, anthos (çiçek) ve kyanos (mavi) kelimelerinden oluşmuştur. E163 kodu ile bilinen antosiyaninler, suda iyi çözünebilen ve birçok meyveye, sebzeye ve çiçeğe etkileyici mavi, kırmızı ve mor renklerini veren pigmentlerdir. Bugün dünyada 200'ün üzerinde farklı antosiyanin kaynağı bulunmuştur. Antosiyaninler, pH değişimine karşı duyarlıdırlar. Çoğu antosiyanin, yüksek asitli koşulda kırmızıya, düşük asitli koşulda ise maviye döner. Antosiyanin pigmentleri, antosiyanidin ve glikozittir. Bu pigmentler suda çözünür ve gıdalarda kullanıma uygundur. Genel olarak ısıya ve ışığa karşı stabiliteleri yüksektir. Pastörizasyon ve UHT uygulamalarındaki yüksek sıcaklıklarda dahi stabildir. Özellikle üzüm kabuğundan elde edilmiş, yüksek polimerik yapıya sahip antosiyaninler, çok daha dayanıklıdır. Renklendirici olarak kullanılmasının yanı sıra, ürün bir polifenol olduğundan, son yıllarda, sağlığa yararları konusunda geniş çalışmalar yapılmıştır. Kırmızı şarabın her gün bir kadeh alınması şeklindeki tavsiyeler de, içerdiği antosiyaninlerden dolayıdır. Pigmentin bu özelliği, gelecekte fonksiyonel gıdalarda ve sağlıklı gıdalarda çok daha fazla kullanılacağını göstermektedir.   Gıda sektörü: İçecekler, dondurma çeşitleri, yenilebilir buzlar, jöleler, reçeller, şekerlemeler, süsleme ve kaplama malzemeleri, unlu mamuller, baık yumurtası, tüm çerezler, diyet ürünler, ek gıdalar, sıvı ve katı gıda katkıları, aromalandırılmış şaraplar, distile alkollü içkiler, kokteyller, meyve şarapları, elma şarabı, soslar, hardal, çeşni maddeleri, turşular ve şalgam suyu. Kozmetik sektörü: Cilt bakım ürünleri, saç bakım ürünleri. Antosiyaninlerin kullanımları için pH’nın düşük olması, bulanıklığın olmaması gerekir Alkolsüz İçecekler: Antosiyanin renk maddelerinin temel kullanım alanları alkolsüz içkilerdir. Koruyucu olarak SO2 içermeyen pH 3,4’ün altındaki berrak içecekler ideal uygulamalardır. Doğal renkleri ve antosiyanini hesaplarken, renk katkısı yapılacak gıdanın rengini belirlemeden önce, rengin sabitlenmesi için 24 saat beklemek akıllıca bir önlem olur. Antosiyaninlerin sülfit türevlerinden serbest bırakılmaları peryodu boyunca renkteki artışı görmek mümkündür. İçime hazır içeceklerde koyu kırmızı rengi vermek için 30 ile 40 ppm antosiyanin dozu yeterlidir. Antosiyaninlerin her zaman bulanık içeceklerde kullanımları uygun değildir. Ticari uygulamaları sınırlı olmasına rağmen, teknik olarak alkollü içecek ve sirke içeren ürünlerin antosiyaninlerle renklendirilmesi mümkündür. Meyveler: Antosiyaninler, meyve preparatlarında, marmelatlarda kullanılır. Meyvenin kalitesi ve özelliği önemlidir. Taze veya donmuş meyve, sülfitlenmiş ya da konserve meyveler tercih edilir. Konserve meyveler daha kahverengi olabilir. Antosiyaninler kahverengi alanda absorbe ettiklerinden (420-440nm) kahverengiliğin antosiyanin kullanarak maskelenmesi zordur. Şekerlemeler: Asit kullanılarak yüksek sıcaklıklarda kaynatılan şekerlemeler ve pektin jelleri, kırmızı rengin gözlendiği antosiyaninler için ideal uygulamalardır. Bazı antosiyanin ekstraktları, özellikle üzüm türevliler jelatinle birbirine uymazlar bu nedenle son üründe istenen rengi elde etmek için doğru uygulama biçimi seçimine dikkat edilmelidir. Üzümden elde edilen konsantre antosiyaninler, jelatin çözeltisine eklendiğinde bulanıklık veya çökelti oluşabilir. Konsantrasyon derecesinin artması daha fazla problem demektir. Rengi kullanmadan önce seyreltmek ve üretim denemelerini başarmadan önce jelatin uygunluğunu kontrol etmek gerekir. Kuru Karışımlar: Asidik tatlı karışım çeşitlerinde ve püskürtmeli kurutucuyla kurutulmuş toz içeceklerin renklendirilmesinde antosiyaninler kullanılır. (Küçük ve Ballıkaya, 2003)   Antosiyaninlerin Ekstraksiyonu Antosiyaninlerin çeşitli bitkisel kaynaklardan ekstraksiyonunda kullanılacak yöntemler, çoğunlukla ekstraksiyonun amacına ve antosiyaninlerin yapısına bağlı olmaktadır. Ekstraksiyon işlemleri için antosiyaninlerin yapısını ve stabilitesini etkileyen faktörlerin bilinmesi gerekmektedir. Ekstrakte edilen pigmentler kalitatif veya kantitatif olarak hemen analiz edilecekse yöntem pigmentleri mümkün olduğunca doğal durumlarına yakın tutacak şekilde seçilmelidir. Ekstrakte edilen pigmentlerin renklendirici veya gıda bileşeni olarak kullanılması durumunda maksimum pigment verimi, boyama kuvveti ve stabilite gibi faktörler de önem kazanmaktadır. Ayrıca ekstraksiyon ve temizleme işlemlerinin çok kompleks olmaması, zaman alıcı ve pahalı olmaması gerekmektedir . Antosiyaninler nötral veya alkali çözeltilerde stabil olmadığından ekstraksiyon işlemlerinde genellikle asidik çözeltilerin kullanılması önerilmektedir. Antosiyaninlerin ekstraksiyonunda geleneksel ve en yaygın yöntem bitkisel materyalin az miktarda mineral asit içeren ve düşük kaynama noktasına sahip olan alkol ile ekstraksiyonudur. Alkol olarak çoğunlukla metanol kullanılmakla birlikte metanolün toksik etkisinden dolayı, ekstrakte etme gücü metanole göre daha düşük olmasına ve yüksek kaynama noktasından dolayı daha zor konsantre edilmesine rağmen asitlendirilmiş etanol de gıda esaslı preparatların hazırlanmasında tercih edilmektedir. HCI ile asitlendirme düşük pH’yı korumaya yardımcı olmakla birlikte, bu gibi mineral asitlerin kullanımı, kompleks yapıdaki pigmentlerin doğal formunu değiştirebilmekte ve daha sonraki konsantrasyon aşamasında dayanıklı olmayan acil ve şeker kalıntılarında kayıplara neden olabilmektedir. Bu nedenle pek çok araştırmacı açillenmiş pigmentlerin bozunmasını en aza indirmek için çok düşük konsantrasyonlarda asit kullanımını önermişler, güçlü asit çözeltilerinin bazı bileşiklere zarar verdiğini bildirmişlerdir. Bu nedenle antosiyaninleri doğal formlarına yakın elde etmek için pek çok araştırmacı tarafindan başlangıç pigment ekstraksiyonunda nötral çözgenlerin kullanımı (% 60 metanol, aseton/metanol/su karışımları, n- butanol, soğuk aseton veya kaynamış su ) önerilmiştir. Ayrıca zayıf organik asitlerin de (çoğunlukla formik asit, asetik asit, sitrik asit ve tartarik asit) ekstraksiyon çözgenlerinde kullanıldığı bildirilmektedir. Rengin bitkisel materyalden yeterli ekstraksiyonu sağlandığında, alkol içeren çözelti düşük sıcaklıklarda konsantre edilmekte ve daha sonra gerekirse konsantratın kolon veya kağıt kromatografisi gibi tekniklerle saflaştırılması yoluna gidilmektedir. Antosiyaninlerin çeşitli bitkisel materyalllerden ekstraksiyonu üzerine günümüze kadar pek çok çalışma yapılmıştır. Bu konuyla ilgili literatür özetleri aşağıda verilmektedir. Bir çeşit erik meyvesinin (Prunus cerasifera) kabuğu ve yapraklarının antosiyanin kaynağı olarak kullanılabilme durumunun araştırıldığı Baker ve ark., 1974,nın çalışmasında siyanidin ve peonidin 3- glikozit ve 3-rutinozitleri içeren erik antosiyaninleri, asitlendirilmiş etanol kullanılarak ekstrakte edilmiş ve elde edilen ekstraktın organoleptik açıdan kabul edilebilir özelliklere sahip olduğu ifade edilmiştir. Antosiyaninler için en iyi kaynaklardan biri olan üzüm küspesinin kullanıldığı Tiinberlake ve Bridle, 1980, in çalışmalarında, ekstrakte edici çözgen olarak %0.1-1.0 oranında tartarik asit içeren metanol sonra tartarik asidin fazlası %40’lık KOH çözeltisi kullanılarak çöktürülmüştür . Metivier ve ark.(1980), antosiyaninlerin üzüm posasından ekstraksiyonunda kullanılan çözgen ve asidin ekstraksiyon derecesi ve oranı üzerine etkisini incelemişlerdir. Çalışmada çözgen olarak etanol, metanol ve su; asit olarak hidroklorik asit, sitrik asit, tartarik asit, formik asit ve propiyonik asit kullanılmış ve kullanılan ekstraksiyon çözgenleri arasında en iyi ekstraktantın metanol olduğu bildirilmiştir. %10 HCI içeren metanolün , etanolden %20 ve sudan %73 oranında daha etkili olduğu saptanmıştır. Metanol ekstraktındaki en yüksek pigment konsantrasyonuna 48 saat sonunda ulaşıldığı bildirilmiştir. HCI’nın oldukça korozif bir etkiye sahip olmasından dolayı çalışmada ekstraksiyon çözgeninde asit olarak organik asitler de denenmiştir. Organik asitle yapılan denemelerden elde edilen bulgulara göre sitrik asidin metanol ile ve asetik asidin su ile birlikte kullanıldığında daha etkili olduğu rapor edilmiştir. Pigment analizi Fuleki ve Francis (1968)’in uyguladığı yönteme göre pH 1 ve 4.5’da pH differential yöntem ile yapılmıştır. Bu çalışmada 100 g üzüm posasında 85 mg antosiyanin içeriği saptanmıştır. Kocabıyık ve Yurdagel (1987) de kırmızı üzüm cibresinden boyar bileşiklerin eldesi ve bunların gıdalarda kullanılabilirliği üzerinde çalışmışlardır. Araştırmada Carignane Grenache çeşidi üzümlerin artığı karışık cibre kullanılmış, cibredeki renk maddeleri sitrik asit içeren metanol ile ekstrakte edilmiştir. Ekstrakt süzüldükten sonra vakum altında konsantre edilmiş ve buzdolabı koşullannda depolanmıştır. Elde edilen doğal renk maddeleri gül reçeli, gül likörü, akide şekeri ve oksidasyona uğramış beyaz şaraplann roze formunun renklendirilmesinde kullanılmış ve 60 gün boyunca belirli zaman aralıklarında absorbans değerlerine bakılarak renk kayıpları incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre renklendirilen gıdalarda renk açılmalarının kullanılan gıdanın pH’sına bağlı olarak değiştiği ve gül reçelinde alıkonan renk şiddetinin oldukça yüksek olduğu bulunmuş, bu nedenle renk maddelerinin pH 4 altındaki gıdalarda kullanılabileceği ifade edilmiştir. Palmidis ve Markakis (1975) de fermente üzüm kabuklarındaki antosiyaninleri sıcak su ve farklı konsantrasyonlarda (500, 1000 ve 2000 ppm) SO2 çözeltisi ile ekstrakte ederek alkolsüz karbonatlı içeceklerdeki stabilitelerini incelemişlerdir. Sıcak su ve 500 ppm SO2 çözeltisinin diğerlerinden daha iyi sonuç verdiği rapor edilmiştir. Ekstraktlar konsantre edilip kurutulduktan sonra hazırlanan karbonatlı içecek karışımına katılmış, içecekler farklı sıcaklık ve ışık koşullarında depolanarak belirli aralıklarla antosiyanin içerikleri saptanmıştır. Ekstrakt ve içeceklerin antosiyanin içeriği pH differential yöntem ile saptanmıştır. pH’ları 1 ve 4.5 olan iki tampon kullanılarak örneklerin absorbansları 520 nm’ de okunmuş ve pigment içeriği enosiyanin eşdeğeri olarak ifade edilmiştir. Sıcak su ekstraksiyonu ile elde edilen antosiyaninlerle hazırlanan içeceğin 581 mg enosiyanin /100 mg ve 500 ppm SO2 çözeltisi ile hazırlanan içeceğin ise 640 mg enosiyanin/100 mg içerdiği saptanmıştır. Sıcaklık ve ışığın karbonatlı içeceğe eklenen antosiyaninin stabilitesini etkilediği, depolama sıcaklığı ve ışık şiddetindeki artışın pigment degradasyonunu hızlandırdığı bulunmuştur. Aynca 500 ppm SO2 çözeltisi ile ekstrakte edilen pigmentlerin sıcak su ile ekstrakte edilenlere göre %30-60 oranında daha stabil olduğu saptanmıştır. Mok ve Hettiarachchy (1991), ayçiçeği kabuğundaki antosiyaninlerin 65-95 °C arasında değişen sıcaklıklarda ve pH 1-5 aralığında termal stabiliteleri üzerinde çalışmış ve ekstraksiyon çözgeninde SO2 kullanımının elde edilen pigmentlerin termal stabilitesi üzerine etkilerini incelemişlerdir. Ekstraksiyon çözgeni olarak 500, 1000 ve 2000 ppm SO2 içeren sulu çözeltilerin kullanıldığı çalışmada 1000 ppm SO2 içeren çözeltinin en yüksek termal stabiliteye ve antosiyanin içeriğine sahip olduğu saptanmıştır. 1000 ppm’in üzerindeki konsantrasyonlarda SO2 çözeltisinin daha düşük antosiyanin içeriği vermesinin sebebi SO2 nin yüksek konsantrasyonlarda geri dönüşümsüz ağartma etkisi ile açıklanmıştır. Isıl işlem görmüş ekstraktlardaki toplam antosiyanin içeriği pH differential yöntem ile saptamış ve mg siyanidin 3-glikozit/L olarak ifade edilmiştir. Antosiyaninlerin degradasyon indeksi (DI) değerleri Fuleki ve Francis (l968)’in yöntemine göre saptanmıştır. Degradasyon indeksi, örnekteki degrade olmuş antosiyanin kısmını belirten bir ifadedir. Bu değerin sıcaklık ve süre arttıkça arttığı, 95 °C’deki DI değerinin 65 ve 80°C dekine göre daha yüksek olduğu ve 65 ve 80 °C’de elde edilen DI değerleri arasında önemli bir fark olmadığı bildirilmiştir. En yüksek DI değerinin pH 5’de elde edildiği, bu değeri sırasıyla pH 1 ve pH 3’ de elde edilen değerlerin izlediği rapor edilmiştir.   Antosiyaninlerin Antioksidan Aktivitesi documents/240934301.pdf

http://www.biyologlar.com/antosiyaninlerin-ciceklerin-renklendirilmelerindeki-rolleri

Koliform grubu bakterıler ve bunlar hakkında bilgi

Koliform bakteriler gıda ve suların sıhhi durumunu gösteren göstergeç bakterilerdir. Tanım olarak çubuksu, Gram-negatif olup 35-37 °C'de laktoz fermante ederek asit ve gaz üretirler. Koliformlar sıcak kanlı hayvanların dışkılarında bolca bulunurlar, ama sulak ortamlarda, toprakta ve bitkilerde de bulunurlar. Coğu zaman kloliformalar kendileri hastalığa neden olmazlar ama kolay kültürlenirler, ve varlıkları dışkı kaynaklı zararlı patojenlerin de mevcut olabileceğine işaret eder. Dışkıya ait (fekal) patojenlere bakteriler, virüsler, protozoalar ve parazitler dahildir. Koliform bakterileri oluşturan cinsler arasında şunlar sayılabilir:[1] Citrobacter, Enterobacter, Escherichia, Hafnia, Klebsiella, Serratia ve Yersinia. Escherichia coli (E. coli) bakterisinin diğer koliformlardan ayırdedici özelliği 44 °C'da laktoz fermantasyonu yapabilmesi, bazı özel kültür ortamlarında büyüyebilmesi ve bu ortamlarda oluşturduğu renktir. Genel koliform grubundan farklı olarak E. coli hemen tamamen dışkı kaynaklıdır ve onun varlığı dışkı kirlenmesinin açık bir belirtisidir. Koliform grup bakteriler, Enterobacteriaceae familyası içinde yer alan, fakültatif anaerob, gram negatif, spor oluşturmayan, 35 oC' de 48 saat içinde laktozdan gaz ve asit oluşturan, çubuk şeklindeki bakterilerdir. Bu grupta yer alan ve gıda mikrobiyolojisi açısından önemli olan mikroorganizmalar; Citrobacter freundii, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae 'dir. Koliform grup mikroorganizmalara pek çok gıda hammaddesinde rastlanmaktadır. Bunların başında; taze sebzeler, taze yumurta, çiğ süt, kanatlı etleri ve koliform bakımından sayıca zengin sulardan alınan kabuklu ve diğer su ürünleri gelmektedir. Gıdalarda koliform mikroorganizmaların bulunması; kötü sanitasyon koşullarının, yetersiz veya yanlış pastörizasyon uygulamalarının, pişirme ve pastörizasyon sonrası tekrar bulaşma olduğunun bir göstergesi olarak kabul edilmektedir. Koliform grubu mikroorganizmaların hepsi dışkı kökenli değildir. Bu grupta bulunan bakterilerden normal florası insanların ve sıcak kanlı hayvanların alt sindirim sistemleri olanlar "fekal koliform" olarak tanımlanmakta ve bunlar fekal kontaminasyonun bir göstergesi olarak kabul edilmektedirler. Koliform grup içinde fekal koliform olarak tanımlanan bakterilerin büyük çoğunluğunun E. coli olduğu bilinmektedir. Grubun diğer üyeleri toprak ve bitki kökenli olabilmektedirler. Herhangi bir örnekte E. coli 'ye ve/veya fekal koliform bakterilere rastlanması oraya doğrudan ya da dolaylı olarak dışkı bulaştığının ve yine bağırsak kökenli Salmonella ve Shigella gibi primer patojenlerin de olabileceğinin bir göstergesidir. Bu nedenle hiçbir gıda maddesinde, içme ve kullanma sularında, denizlerde ve göllerde E. coli ve fekal koliform bulunmasına izin verilmezken, bazı gıdalarda belirli sayıda koliform bakteri bulunmasına izin verilebilmektedir. E. coli fekal kontaminasyonun bir göstergesi olması yanında genetik yapısı en iyi bilinen canlı olma özelliğine de sahiptir. Suşlarının birçoğu zararsız olan bu bakterinin bazı patojenik tipleri, insan ve hayvanlarda sonucu ölüme kadar giden ishallere, yara enfeksiyonlarına,menenjit, septisemi, artheriosklerosis, hemolitik üremik sendrom, çeşitli immünolojik hastalıklar vb. gibi hastalıklara sebep olabilmektedir. 02. Analiz Yöntemleri Bir gıda maddesinde ya da herhangi bir materyalde E. coli aranma ve sayılması için kullanılan tüm standart yöntemler koliform grup aranmasına yöneliktir. Bu yöntemler en muhtemel sayı (EMS) yöntemi, katı besiyeri kullanılan yöntemler, membran filtrasyon yöntemi ve hızlı sayım yöntemleri olarak gruplandırılmaktadır. 02.01. En Muhtemel Sayı Yöntemi Genel olarak koliform grup/fekal koliform grup bakteriler / E. coli sayılmasında EMS yöntemi kullanılmakta ve yöntem üç aşamada uygulanmaktadır. Bu aşamalar sırasıyla: - Koliform grup bakterilerin muhtemel sayısını belirlemek, - Koliformların kesin sayısını onaylamak ve aynı anda farklı bir besiyerinde fekal koliformların sayısını belirlemek, - E. coli sayısını belirlemektir. Türk Standartları Enstitüsü (TSE) ve Uluslararası Standartlar Örgütü (ISO)' nün koliform grup mikroorganizma aramak için kullanılan standart analiz yöntemlerine göre örnek hazırlanıp dilüsyonları yapıldıktan sonra ardışık 5 dilüsyondan 3 'er adet Lauril Sülfat Triptoz Broth (LST) besiyerine 1'er ml ekim yapılmakta ve 37 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübasyondan sonra pozitif sonuç veren tüpler muhtemel koliform olarak değerlendirilmektedir. Bu yönteme göre, muhtemel koliformların sayısını doğrulamak için de Brilliant Green Bile Broth (BGBB ) besiyerine ekim yapılmakta ve 37 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübasyondan sonra pozitif sonuç veren tüpler koliform grup olarak doğrulanmaktadır. TS 6063/ISO 7251 'e göre E. coli aranmasında analize koliform grupta olduğu gibi örneğin hazırlanıp dilüsyonlarının yapılmasından sonra, ardışık 5 dilüsyondan 3'er adet LST besiyerine 1 'er ml ekim yapılmakta ve tüpler 37 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübasyona bırakılmaktadır. Burada pozitif sonuç veren tüplerden, su banyosunda 44,5 oC 'de tutulan E. coli (EC) Broth besiyerlerine ekim yapılmakta ve gaz oluşumu için yine 44,5 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübe edilmektedir. Bu sürenin sonunda gaz oluşumu görülen tüpler fekal koliform olarak değerlendirilmektedir. Testin devamında EC Broth besiyerinde pozitif sonuç veren tüplerden 44,5 oC 'deki Tripton Water (TW) besiyerine ekim yapılmakta ve aynı derecede 48 saat inkübasyona bırakıldıktan sonra indol testi yapılmaktadır. Bu testin sonunda indol pozitif reaksiyon veren tüpler E. coli, negatif reaksiyon verenler ise E. coli dışındaki diğer fekal koliformlar olarak değerlendirilmektedir. Amerikan Resmi Analitik Kimyacılar Birliği (AOAC) 'nin koliform grup/E. coli aranması için önerdiği yöntem EMS yöntemidir. AOAC 'ye göre örnek hazırlanıp dilüsyonları yapıldıktan sonra, ardışık 3 dilüsyondan 3 'er adet LST besiyerine 1 'er ml ekim yapılmakta, 35 oC 'de 48 saat süren inkübasyondan sonra pozitif sonuç veren tüpler muhtemel koliform grup olarak değerlendirilmektedir. İkinci aşamada pozitif sonuç veren bu tüplerden BGBB ve EC Broth besiyerlerine ekim yapılıp, 35 oC 'de 48 saat inkübe edildikten sonra, BGBB tüplerinden alınan pozitif sonuçlar koliform grup olarak doğrulanmakta, 44,5 oC 'de 48 saate kadar inkübeedilen EC Broth tüplerinden alınan pozitif sonuçlar ise fekal koliform olarak kabul edilmekte ve sayılmaktadır. Son olarak EC Broth besiyerinde gaz pozitif tüplerden Eosin Metilen Blue Agar (EMB ) besiyerine sürme yapılarak, ayrıca gram boyama ve IMVEC testleri uygulanarak E. coli doğrulanmaktadır. Amerikan Halk Sağlığı Kuruluşu (American Public Health Association; APHA) tarafından özellikle suların mikrobiyolojik analizinde kullanılmak üzere önerilen Amerikan Standartları metoduna göre koliform grup/fekal koliform/E. coli aranmasında %0,5 Laktoz Broth (LB ) kullanılmaktadır. Bu yönteme göre; her biri 20 ml LB besiyeri içeren 15 adet tüpe, 5 X 10 ml, 5 X 1 ml ve 5 X 0,1 ml olacak şekilde ekim yapılmakta ve tüpler 35 oC 'de 24-48 saat inkübasyona bırakılmaktadır. İnkübasyon sonunda gaz oluşturan tüpler muhtemel koliform olarak kabul edilmektedir. Daha sonra gaz oluşturan bu tüplerden EMB agara sürme yapılmakta ve 35 oC 'de 24 saat inkübasyona bırakılmaktadır. Eğer bu besiyerinde tipik E. coli kolonileri oluşmuş ise tamamlama testi yapılmakta, oluşmamış ise teste burada son verilmektedir. Tamamlama testinde EMB agardan birkaç değişik koloni alınarak LB fermentasyon besiyerine ve yatık Nutrient Agar (NA) besiyerine ekim yapılarak her iki besiyeri de 35 oC' de 24 saat inkübasyona bırakılmaktadır. İnkübasyon sonunda LB besiyerinde gaz oluşmuş ve NA' dan alınan kolonilerde gram negatif sporsuz çubuk bakteriler tespit edilmiş ise su örneğinde koliform grup mikroorganizma olduğu kabul edilmektedir. Aynı kuruluş fekal koliform testi için EC Broth besiyerinde 44±0,2 oC 'de 48 saat inkübasyon sonunda gaz oluşumu görülen tüplerin fekal koliform olarak değerlendirilmesini önermektedir. Koliform grup mikroorganizma aranmasında kullanılan diğer bazı sıvı besiyerleri; LMX Broth, MOSSEL Broth, MacConkey Broth ve EE Broth' dur. 02.02. Katı Besiyeri Yöntemi Pek çok kuruluş tarafından koliform grup ve E. coli aranmasında standart yöntem olarak EMS yöntemi gösterilirken, özellikle izolasyon amaçlı sayım çalışmalarında katı besiyeri kullanılmaktadır. Bu amaçla yaygın olarak kullanılan besiyeri Violet Bile Red (VRB ) Agardır. Bu besiyerinde sayım yapılırken yayma, dökme ve çift tabaka dökme plak yöntemleri uygulanmaktadır. VRB Agar besiyerine alternatif olarak Petrifilm VRB yöntemi de kullanılabilmektedir. Bu yönteme göre VRB Laktoz Agar besiyeri kullanılması önerilmektedir. Besiyeri bileşiminde katılaştırıcı ajan olarak agar yerine soğuk suda çözülebilen bir madde kullanılmaktadır. Bileşenler kurutularak üzeri plastik film ile kaplanmış halde kullanıma hazır olarak satılmaktadır. Yönteme göre seyreltiden veya direkt örnekten 1 ml alınarak besiyeri üzerine ilave edilir. Plastik film üzerine basınç uygulanarak örneğin 20 cm2 alana yayılması sağlanır. 32±1 oC 'da 24±2 saat inkübasyondan sonra, etrafında bir veya daha fazla gaz kabarcığı görünen koloniler koliform olarak sayılır. Burada ister koliform olsun ister başka bir tür kolonilerin kırmızı renkli olacağı unutulmamalıdır. E. coli sayımında katı besiyeri olarak Triptik Soy Agar (TSA) besiyeri de kullanılmaktadır. Dökme plak yöntemi ile hazırlanan petri kutuları 35 oC 'de 2 saat inkübasyondan sonra besiyerinin üzeri ikinci tabaka olarak VRB Agar ile kaplanmakta ve inkübasyona 44,5 o C 'de 24 saat devam edilmektedir. Bu yöntemle, hasar görmüş E. coli hücrelerinin sayımında daha iyi sonuçlar alınmaktadır. Koliform bakteri izolasyonunda kullanılan diğer bazı katı besiyerleri; Enriched Lauryl Sulphate Aniline Blue Agar, Fecal Coliform Agar, Pepton Tergitol Glucuronide Agar, Deoxycholate Agar, Endo Agar, EMB Agar, Brillant Green Agar, XLD Agar' dır. 02.03. Membran Filtrasyon Yöntemi Hidrofobik Grid Membran Filtre (HGMF) tekniği, özellikle su ve diğer sıvı gıdaların analizinde kullanılmaktadır. Bu teknikte örnek önce bir membran filtreden geçirilerek mikroorganizmalar filtre üzerinde tutulmaktadır. Daha sonra bu filtreler uygun bir besiyeri üzerine, arada hava kabarcığı kalmayacak şekilde yerleştirilmekte ve oluşan koloni sayısından materyaldeki mikroorganizma sayısı hesaplanmaktadır. Filtreler üzerinde bulunan birbirini dik kesen hidrofobik hatlar, oluşan kolonilerin dağılmasını önlemekte ve böylece sayım yapılmasını kolaylaştırmaktadır. HGMF tekniği ile E. coli sayımı AOAC tarafından standart analiz yöntemi olarak kabul edilmiştir. Membran filtrasyon tekniğinin bazı üstünlükleri bulunmaktadır. Bunlardan en önemlileri; örnekte az sayıda mikroorganizmanın bulunması durumunda bile belirleme imkânı vermesi ve inkübasyondan sonra filtrelerin kurutularak saklanabilmesidir. HGMF ile fekal koliform sayılmasında filtre, TSA besiyerine yerleştirilmekte ve kuru gıdalar için 25 oC 'de 4-5 saat, diğer gıdalar için 35 oC 'da 4-5 saat olmak üzere, hasar görmüş ve stres altındaki mikroorganizmaların tekrar aktivite kazanmalarını sağlamak amacı ile bir ön inkübasyon uygulanmaktadır. Filtreler buradan m-FC Agar besiyerine alınmakta ve 44,5 oC 'da 24 saat inkübasyona bırakılmaktadır. İnkübasyon sonunda bir veya daha çok mavi renkli koloni gelişimi görülen alanlar belirlenmekte ve değerlendirme koliform sayımında olduğu gibi yapılmaktadır. HGMF tekniğinde amaca uygun olan her tür besiyeri kullanılabilmektedir. Bunlardan bazıları; m-T7 (membran Tegritol-7) Agar, Tamponlanmış Tripton Bile Agar, MI Agar, m-ENDO Agar, m-TEC (membran Thermotolerant E. coli) Agar, m-Coli Blue 24 Agar besiyerleri ve ticari olarak hazırlanmış (Sartorius) ve besiyeri emdirilmiş steril pedlerdir. 02.04. Koliform Grup ve E. coli İdentifikasyonu Uluslararası standart kontrol örgütleri tarafından E. coli 'nin doğrulama testleri olarak IMVEC testleri gösterilmektedir (I: İndol testi, M: Metil red testi, V: Voges-Proskauer testi, E: Eijkman testi veya 44,5±0,2 oC 'de gelişme testi, C: Sitrat testi). IMVEC testlerine ilaveten HOMoC testleri de yapılmaktadır (H: Hidrojen sülfür oluşum testi, O: Ornitin dekarboksilaz testi, Mo: Hareketlilik testi, C: Sitrat testi). Ayrıca; glikozdan gaz oluşumu, laktoz, mannit, sorbitol fermentasyon testleri, lisin dekarboksilasyonu, H2S oluşumu testleri koliform grup bakterilerin identifikasyonu için önerilen diğer bazı testlerdir. Bu testlerde koliform grup bakteriler ve E. coli 'nin test sonuçları çizelge 1 'de verilmiştir. 02.05. MUG ve Diğer Hızlı Analiz Yöntemleri AOAC tarafından bildirilen E. coli hızlı tayin yönteminde örnekten dilüsyonlar hazırlandıktan sonra ardışık 3 dilüsyondan 3'er adet LST Broth besiyerine inokülasyon yapılıp, tüpler kapalı su banyosunda 44,0±0,2 oC' de 24 saat inkübasyona bırakılmakta ve pozitif sonuç veren tüpler muhtemel E. coli olarak değerlendirilmektedir. Daha sonra bu kültürlerden EMB Agar besiyerine sürme yapılarak E. coli 'nin varlığı doğrulanmaktadır. Bu yönteme göre analiz süresi toplam 48 saattir. İlk kez 1982 yılında ortaya konulan MUG tekniği, son yıllarda E. coli sayımına yeni bir yaklaşım getirmiştir. Bu tekniğin prensibi; doğrudan besiyerinin ilave edilen ya da selektif katkı olarak ilave edilen 4-methyleumbelliferyl-β-D-glucuronide (MUG) adlı bileşiğin E. coli 'de yapısal bir enzim olarak olarak bulunan β-D-glucuronidase (MUGase, β-GUR) enzimi tarafından 4-methyleumbelliferone adlı florojenik bir ürüne dönüşmesi ve bu ürünün de 366 nm uzun dalga boylu ultraviyole ışık altında floresan ışıma vermesi esasına dayanmaktadır. MUG, katı ve sıvı besiyerlerinin bileşimine kolaylıkla ilave edilebildiği için, EMS yöntemi, katı besiyerleri ve membran filtrasyon yöntemi ile yapılan koliform grup/E. coli analizlerinde kullanılmaktadır. β-D-glucuronidase pozitif olan bakteriler içinde indol pozitif olan tek bakteri E. coli 'dir. Bu nedenle E. coli dışında bazı β-D-glucuronidase pozitif Citrobacter, Enterobacter, Salmonella, Shigella suşlarının neden olduğu sahte pozitif reaksiyonlar indol testi ile belirlenebilmektedir. Ayrıca bazı E. coli suşları yoğun üremeye bağlı olarak aşırı miktarda asit oluşturmakta ve bu da floresan ışımayı maskelemektedir. Bu gibi durumlarda besiyerine 1 ml, 1 N NaOH ilavesi ile floresan reaksiyon kesinleştirilebilmektedir. Koliform grup/E. coli analizlerinde en fazla kullanılan MUG' lu besiyerleri LST Broth ile VRB Agar' dır. Bu besiyerlerinde inkübasyondan sonra UV ile floresan pozitif sonuç alındıktan sonra, doğrudan sıvı besiyerinde gelişen kültürün üzerine veya katı besiyerinde gelişen koloni üzerine Kovac's indol ayıracı damlatılarak indol testi yapılmakta ve böylece 16-18 saat gibi kısa bir sürede, floresan ve indol pozitif reaksiyon verenler E. coli olarak belirlenebilmektedir. Sıvı besiyerlerinde MUG kullanılan yöntemlerde, istenirse fekal koliform bakterilerin analizi de yapılabilmektedir. Ancak fekal koliform grubun %90'dan fazlasının E. coli olduğu düşünülürse buna ancak özel durumlarda gerek olacağı düşünülmektedir. Standart yöntemle 6 gün süren koliform grup/E. coli aranması ve sayılması MUG sistemi kullanıldığında 24-48 saatte yapılabilmektedir. Hatta sıvı besiyerlerinde 16-18 saatte gelişme olduğu düşünülürse analiz süresi oldukça kısalmaktadır. MUG sistemi kullanıldığında dikkat edilmesi gereken en önemli nokta kendiliğinden floresan veren cam tüplerdir. Analiz sonucu negatif olsa dahi bu tür tüplerde pozitifmiş gibi görünmekte ve bu da sahte pozitif sonuçların alınmasına neden olmaktadır. Bunu önlemek için besiyeri tüplere dağıtılmadan önce tüpler UV lamba ile kontrol edilmeli ve böyle tüpler kullanılmamalıdır. MUG içeren katı besiyerlerinde koliform grup / E. coli aranması ve sayılmasında yaygın olarak kullanılan besiyerinden birisi VRB Agar' dır. VRB+MUG Agar besiyerinde standart dökme ve yayma yöntemleri kullanılmaktadır. Eğer ekim yayma yöntemi ile yapılıyor ise çift tabaka ekim yapılmalıdır. Bu besiyerinde 35-37 oC 'de 16-18 saat inkübasyon sonunda oluşan tipik koloniler koliform grup, floresan veren koloniler ise E. coli olarak değerlendirilmektedir. Burada yine E. coli olan kolonilerin IMVEC testleri ile veya hızlı identifikasyon kitleri ile doğrulanması gerekmektedir. MUG yöntemi kromojenik substratlarla beraber kullanıldığında daha etkin ve çabuk sonuçlar alınmaktadır. Koliform grubu bakteriler için karakteristik olan β-D-galactosidase enzimi kromojenik bir substrat olan Salmon-GAL ile, E. coli için karakteristik olan β-D-glucuronidase enzimi ise yine kromojenik bir substrat olan X-glucuronide ile belirlenir. Kromojenik substratlar kullanılarak koliform grup ve E. coli aranması için geliştirilmiş besiyerlerinden birisi de Lauryl Sulphate-MUG-X-GAL (LMX) Brothdur. Bu besiyerinin bileşiminde 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galacto pyranoside (X-GAL) adı verilen kromojenik bir substrat ve MUG bulunmaktadır. Bu besiyerinde koliformlar ürediğinde kromojenik substrat parçalanmakta ve mavi-yeşil renk oluşmakta, E. coli ürediğinde ise MUGase varlığına bağlı olarak floresans ışıma oluşmaktadır. Bu sisteme göre hazırlanmış Readycult Koliform (Merck) arama kitleri de bulunmaktadır. Koliform grup/E. coli analizlerinde kullanılan enzimlerin adaptif değil yapısal nitelikte olması gerekmektedir. Enzimatik yönteme dayalı olarak geliştirilen Chromojenic E. coli/Koliform Medium (Oxoid) adlı besiyerinde, gıda ve diğer çevresel örneklerde bulunan E. coli ve koliformların ön tanısı 18 saatte yapılabilmektedir. Bu yöntem, besiyerinde bulunan iki kromojenik substrattan birinin, %97'si E. coli tarafından üretilen glukoronidaz enzimi tarafından parçalanarak mor koloniler oluşumuna neden olması; diğerinin ise yine büyük çoğunluğu koliform grup tarafından üretilen galaktosidaz enzimi tarafından parçalanarak kırmızı/pembe renkli koloniler oluşumuna neden olması prensibine dayanmaktadır. Besiyerinde oluşan bu mor ve pembe kolonilerin dışında saman sarısı koloniler de oluşmakta ancak bunlar renklerinden dolayı diğerlerinden kolaylıkla ayırt edilebilmektedir. Serolojik yöntemlerle koliform grup mikroorganizma aranmasında ilk akla gelen teknik Floresan Antikor (FA) Tekniğidir. Bu teknikte örnekten izole edilen mikroorganizmalar floresan bir madde ile işaretli antiserumla kaplanmış bir filtre üzerinde tutulmakta ve filtrenin floresan mikroskobu altında incelenerek belirlenmesi esasına dayanmaktadır. Bu yöntem daha çok su analizlerinde kullanılmaktadır. Koliform grup/E. coli aranmasında elektro kimyasal yöntemler de kullanılmaktadır. Bu yöntemlerin esası gelişmekte olan bakteri kültüründe oluşan moleküler hidrojenin ölçülmesi, bakteri kültürünün ortama uyum sağlarken oluşan direncin ölçülmesi ve elektrot yüzeyi ile ilişki kurulduğunda bakteri yüzeyleri ile arada oluşan elektron transferinin ölçülmesi esasına dayanmaktadır. Çiğ süt, yoğurt, dondurma ve pastörize krema gibi süt ürünlerinde koliform grup mikroorganizma aranmasında kullanılmak üzere geliştirilmiş BactometerTM mikrobiyel analiz cihazi impedans-kondüktans prensibine göre çalışmaktadır. Bu yönteme göre önce standart miktarda test örneği alınarak aletin inkübatör kısmına yerleştirilerek 35 oC' da 3 saat ön zenginleştirmeye bırakılır. Bu aşamada Coliform Medium (CM) besiyeri kullanılmaktadır. Ön zenginleştirme aşamasından sonra 1,5 ml örnek alınarak aletin inkübasyon kuyucuklarına yerleştirilip yine aynı derecede inkübasyona bırakılır. Kuyucuk içindeki test karışımı renginin menekşeden sarıya dönmesi koliform grup pozitif reaksiyon olarak değerlendirilmektedir. Analiz cihazı bilgisayar donanımlı olduğu için sonuçlar direkt bilgisayara kaydedilebilmekte veya yazdırılabilmektedir. E. coli sayımında kullanılan hızlı yöntemlerden bir tanesi de BioSys (BioSys, Inc., Ann Arbor Mich.) optik ölçüm sistemidir. Yöntemin prensibi mikroorganizma gelişimi sonucu meydana gelen pH ve redoks değişimlerinin optik okuyucu yardımı ile ölçülmesi esasına dayanır. pH 'da meydana gelen değişiklikler besiyerinde bulunan brom cresol purple indikatörü yardımıyla tespit edilir. Burada indikatörün renginin değişmesi ile besiyerinden geçen ışık şiddetinde meydana gelen değişimler tespit edilmektedir. Bu yönteme göre önce uygun bir seyreltme çözeltisi içinde homojenize edilen örnekten 4,5 ml alınarak BioSys tüplerine aktarılır. BioSys tüplerinde %2 dekstroz ilave edilmiş çift kuvvetli Coliform Medium (bioMerieux Vitek Inc.) besiyeri bulunmakta olup ayrıca tüplerin dip kısmında agar içeren bir bölme bulunmaktadır. İnokülasyondan sonra tüpler aletin inkübasyon kısmına yerleştirilerek (42 oC) inkübasyon süresi boyunca sonuçlar optik okuyucuya kaydedilir. Bactometer ve BioSys analiz sistemleri ile E. coli sayımı 1-11 saatte gerçekleştirilebilmektedir.

http://www.biyologlar.com/koliform-grubu-bakteriler-ve-bunlar-hakkinda-bilgi

İmmüno onkoloji ile kanser tedavisinde yeni bir çağın kapıları açılıyor!

İmmüno onkoloji ile kanser tedavisinde yeni bir çağın kapıları açılıyor!

Son bir kaç yılda immüno onkolojide çok önemli gelişmeler yaşandıİmmüno onkoloji alanında ilk önemli sonuçların 2012 yılında alınmaya başlandığını ama çalışmaların geçmişinin 30 yıl geriye kadar gittiğini söyleyen Hacettepe Üniversitesi Kanser Enstitüsü Medikal Onkoloji Bölümü öğretim üyesi Prof. Dr. İsmail Çelik, immüno onkoloji ile kanser tedavisinde yeni bir çağa girildiğini ve hızla kemoterapisiz bir döneme doğru gidildiğini belirtti. Kanser tedavisinde immüno onkolojinin giderek daha yaygın kullanılmaya başlayacağını dile getiren Prof. Dr. İsmail Çelik, ONCOLife Ankara Temsilcisi Hatice Pala Kaya’nın sorularını yanıtladı. Günümüzde immüno onkolojinin kanser tedavisindeki yeri nedir? Mekanizması hakkında bilgi verir misiniz?Prof. Dr. İsmail Çelik: İmmüno onkolojiyi kansere karşı kişinin kendi savunma hücreleri ile mücadele etmesi olarak özetleyebiliriz. Burada iki tane önemli verimiz var; birincisi, her gün vücudumuzda bir milyon kanser hücresi oluşuyor. İstisnasız olarak vücut savunma hücreleri bunları bularak yok ediyor. Demek ki savunma hücreleri işini baştan iyi yapsa, kanser olmama imkanı var. Peki kanser olduktan sonra savunma hücresi var olan kansere ne yapabiliyor?Bu güne kadar savunma hücrelerinin önemini biliyorduk ama T hücrelerinin görevini yapmadığı durumlarda işimize yarayamadılar. Savunma hücresi o hücreyi gözden kaçırırsa, o zaman kanser oluyor. İşte o zaman bizim T hücresine şunu deme hakkımız var; “Bak gözden kaçırdın, bu senin suçun. Git o zaman onu orada tedavi et”. Suçunu biliyorduk ama tedavide hiç kullanamamıştık. İmmüno onkolojiyi de, vücudun kendi savunma hücreleri ve özel ilaçlarla “acemi erlerden komando yapmak” gibi düşünebiliriz.Normal T hücresine diyorsunuz ki, “bak orada kanser hücresi var, sorumlusu sensin çünkü gözden kaçırdın. Gidip o kanser hücresini yok edeceksin.” Bu hikaye güzel, mantık da güzel ama bugüne kadar hiç yapılamamıştı. Yani hiçbir ilaçla T hücresini tümörün üzerine salıp bir başarı elde edememiştik. 2012 yılında yeni bir çığır açıldı. İmmüno onkoloji ilaç bazında o kadar yeni ki, sadece üç senelik mazisi var ama araştırma anlamında mazisi otuz seneye dayanıyor. Bu alanda kullanıma giren ilaçlarla kanser tedavisinde yeni bir çağa girdik. Kemoterapinin olmadığı, konuşulmayacağı bir çağa giriyoruz. Belki; bir hasta sadece başlangıçta bir iki kür kemoterapi alacak ama daha sonra kemoterapiden hiç söz etmeyeceğiz.yumruk-kanserİmmüno onkolojinin kanser tedavisine getirdiği yenilikler hakkında bilgi verebilir misiniz? Bu yaklaşımın ne tür üstünlükleri var?Prof. Dr. İsmail Çelik: Buna kemoterapinin bittiği çağ diyebiliriz; yani kemoterapisiz bir onkoloji çağı başlıyor. İmmüno onkolojinin şöyle bir üstünlüğü var; kemoterapi ile başarı sağladığımız pek çok kanser var ama kemoterapi altında nüks oluyorsa, elimizde seçenek kalmıyor. Kanser hücresi nüks durumunda kemoterapi ile nasıl başa çıkacağını çok iyi biliyor, dolayısıyla hastaya bir daha kemoterapi vermek neredeyse anlamsız. İşte immüno onkoloji tam burada işe yarıyor. Kanser hücresini hiç tanımadığı bir yerden vuruyorsunuz, hiç beklemediği bir yerden saldırıya uğruyor.Biz genelde ikinci sıra kemoterapide çok başarısız oluruz, hemen hemen hiçbir işe yaramaz. İmmüno onkolojinin en önemli üstünlüğü burada; öyle ki kemoterapi ile aldığımız cevaptan daha büyük bir cevap alabiliyoruz bu ilaçlarla. Kemoterapi tedavisi verip cevap aldığımız hastalarda nüks olduktan sonra silahımız yoktu, bu bizim için yeni bir silah. Ne üstünlüğü var derseniz; ikinci sıra kemoterapide çok başarısız olduğumuzda bu ilaçların daha başarılı sonuçları var. Hasta için de güzel tarafı, saçı dökülmüyor, bulantısı olmuyor, kusması olmuyor. Özellikle nüks sorununa maruz kalmış olan kanser hastası için hayata tutunmak için yeni bir umut. Sıra kemoterapi olmayan ilaca geldi, daha güçlü seçeneklerimizde var dediğimizde, hastalar yeniden hayata tutunuyor ve boş vermişlikten kurtuluyor.İmmüno onkolojinin yakın gelecekte daha da ilerleyeceğini düşünüyor musunuz? Kanser tedavisinde yaygın kullanılan bir yönteme dönüşebilir mi?Dr. İsmail Çelik: Yakın gelecekte bu alanda inanılmaz ölçülerde ilerlemeler olacağını düşünüyorum. Ülkemizde immüno onkoloji ve hedefe yönelik tedavide kullanılan ajanların sayısı her geçen gün hızla artıyor. Geçen yıl bu sayı 30’du, bu yıl 50 oldu. Önümüzdeki yıl muhtemelen 200 olacak. Çünkü herkes bu alana yatırım yapıyor. İlaç piyasasındaki bu rekabet fiyatlara da yansıyacaktır ve bu ilaçları Türkiye’de çok rahat kullanma imkanı oluşacak diye düşünüyorum. Bu da hastalar için muhteşem olacak.Ülkemizde immüno onkolojik tedavide kullanılan ürünler var mı? Bu alandaki ilaçların yaygın kullanımı başladı mı?Prof. Dr. İsmail Çelik: Ülkemizde immüno onkoloji, 2012’de gelen ipilimumab (CTLA 4 inhibitörü) ile başladı ve artık ipilimumab ile ilgili yaygın kullanım standart hale geldi diyebiliriz. Ipilimumab sadece cilt kanserinde, yani melanomda kullanılıyor. Bu alanda endikasyonu var ve orada çığır açan bir uygulama oldu. İmmüno Onkoloji alanında CTLA 4 inhibitörü dışında, iki farklı ürün grubu var. Bunlar birbirine çok benzeyen iki PD-1 ve ayrıca PDL-1 inhibitörleri dediğimiz programlı hücre ölümü ve bunun ligandı üzerine etki eden moleküller. O da şöyle; T hücresini eğittiniz ve hadi git kanseri öldür dediniz. Tümör hücresi bu durumda, T hücresi ile arasına bir engel koyuyor ve T hücresinin yaklaşmasına izin vermiyor. İşte anti PD-1’ler ve anti PD-L1’ler o engeli kaldıran moleküller. Dolayısıyla bu grup moleküller, tümöre yapışıp onu orada etkisiz hale getiriyor. Daha üst düzey bir teknoloji diyebiliriz. Anti PD-1’larla ilgili iki tane ürün var. Bir tanesi Nivolumab, diğeri de Pembrolizumab. Dünyada onayları geçen yıl çıktı. Eylül’de pembrolizumab onay aldı, Aralık’ta nivolumab aldı. Bu güne kadar hiçbir tedavisi olmayan cilt kanserinde immüno onkoloji ile arka arkaya gelişmeler oldu.Ben çok mutluyum çünkü yirmi senedir cilt kanseri uzmanı olarak çalışıyorum. Ancak hastalarımın durumu çok kötüydü. Son üç yıldır çok mutlu bir doktor oldum. İlk kez bu ilaçlarla birlikte hastalarımı istediğim düzeyde tedavi edebildim. Çünkü melanomda kemoterapi bile yok. İlerlemiş melanom tedavisinde her iki anti PD1 molekülünün de tedavi etkililiğine ilişkin önemli kanıtlar var. Hatta kombine kullanımla tedavide sağlanan gelişim çok daha ileri seviyelere erişecek gibi gözüküyor.Diğer yandan, Mart ayında FDA, nivolumab’ı akciğer kanseri tedavisinde onayladı. Bu çok önemli bir çalışma ve bizim için de çok önemli bir gelişme. Akciğer kanserinde yine kemoterapide bazı seçenekler vardı, hedefe yönelik tedaviler vardı. Melanomda hiçbir şey yoktu o yüzden bu ilaçlar melanomda bir çığır açtı diyebilirim.Kemoterapi altında nüks olduğunda elinizde seçenek kalmıyor. İşte nivolumab FDA onayını bunda aldı zaten. Platin tabanlı kemoterapi altında nüks eden hastalarda elimizde sınırlı seçenek kalıyordu. Şimdi nivolumab, platin bazlı ilaç alan akciğer kanserinde ikinci sırada kullanıldığında uzun süredir görmeye alışık olmadığımız bir başarı sağladı. Ulaştığım verilere göre şöyle sonuçlar var: Ölüm riskinde yüzde 41 azalma var. 1 yıllık sağkalımın %41 olarak gerçekleştiği ve bu sonucun bu alanda bugüne kadar sağlanan en yüksek sağkalım oranı olduğu bildirilmekte.Pembrolizumabın ve Anti-PDL1 moleküllerinin de akciğer kanseri dahil farklı tümör tiplerine yönelik çalışmaları devam etmekte; umarız immuno-onkoloji alanında çok daha fazla molekül onay alır ve hastalarımıza sunabileceğimiz alternatifler artar.Uzun bir geçmişe sahip olmamasına rağmen immuno onkoloji çalışmaları tüm dünyada büyük heyecan yarattı. Kısa tarihine rağmen tedavide elde edilen ilk veriler hakkında ne düşünüyorsunuz?Prof. Dr. İsmail Çelik: Aslında immüno onkolojide çalışmalar 30 yıldır devam ediyordu fakat ilaçlar işe yaramıyordu. Denemeler başarısız olmuyordu. 2012’de, ipilimumab molekülünden sonra ilk kez gol attık. Yani maçı hep kaybediyorduk, sürekli kaybettiğimiz maçlarda bu ilk goldü. Şimdi artık beraberlik ve kazanma sırası bize geliyor. Biz kemoterapi verdik, bekledik, nüks oldu, Anti-PD1 verdik.Biraz önce de belirtmiştim önce kemoterapi vermek durumundayız diye ama bunun sırası ileride ya değişirse? Biz ilk sırada iki immunoonkolojik molekülü birarada kombine olarak versek mesela. İki ayrı ajanla en başta müdahale etsek yani immüno onkolojik tedaviyi en başta versek, o zaman belki çok daha uzun bir sağkalım sağlayacağız. Bu alandaki çalışmalar devam ediyor, büyük bir ihtimalle bir yıl içinde sonuçları açıklanacak, o zaman başka bir şey konuşacağız. Akciğer kanseri en zor tümördü, en zorunu başardıktan sonra bence tüm diğer kanserlerin hemen hemen hepsinde immüno onkoloji kullanılır. En sık görülen, en tehlikeli ve ölümcül kanser türüne ilk kez gol attık.http://www.medikalakademi.com.tr

http://www.biyologlar.com/immuno-onkoloji-ile-kanser-tedavisinde-yeni-bir-cagin-kapilari-aciliyor

BİLİMSEL ÇALIŞMA VE BİYOLOJİNİN ALT BİLİM DALLARI

Bilim , tarafsız yapılan gözlem ve deneyler sonucu elde edilen bilgidir. Bilim , gercekleri bulma yolunda yapılan gözlem, dusunme ve arastirma yöntemidir. Bilim ,özünde bir arayıştır; gerçeği bulmaya , olgusal dünyayı açıklamaya yönelik bilişsel bir arayış! Bilimsel gelişme karmaşık bir süreçtir : ne salt bireysel atılımlara ya da kendi iç dinamizmine , ne de salt sosyal ya da ekonomik koşulların etkisine indirgenebilir.Bilimsel gelişmeyi tek boyutlu açıklayamayız. Tüm kültürel etkinlikler gibi bilim de üstün yetenekli kişilerin gerçeğe yönelik arayışlarına elveren bir ortamın ürünüdür Bilim ile uğraşan kişilere bilim adamı denir.Bilim adamında olması gereken başlıca özellikler şunlardır : * Amacı insanlığa faydalı olmaktır. * Akılcı , gerçekçi ve yeniliğe açık olmalıdır. * Objektif olmalıdır. * Meraklı, Sabırlı, Azimli ve Hırslı olmalıdır. * Şüpheci olmalıdır. * Diğer bilim adamları ve diğer bilim dalları ile ilişki içinde olmalıdır. * Bilgilerini paylaşmalıdır. Bilim adamı çalışmalarını belli bir yönteme bağlı kalarak yapmaktadır, bu yönteme bilimsel çalışma yöntemi denir. Bilimsel Çalışma Yönteminin Basamakları: 1- Problemin Belirlenmesi Öncelikle problemin iyi anlaşılması gerekiyor. "Problemi anlamak, problemi yarı-yarıya çözmek demektir." 2- Gözlem Nitel ve Nicel olmak üzere iki çeşit gözlem vardır. Nitel Gözlem : Beş duyumuzu kullanarak yaptığımız gözlemlerdir.Örneğin "çaydanlıktaki su sıcaktır".Buradaki gözlem nitel bir gözlemdir.Bunu, suya dokunarak veya sudan çıkan buharı gözlemleyerek karar veririz. Nicel Gözlem : Ölçü aletleri kullanılarak yapılan gözlemlerdir. Örneğin "çaydanlıktaki su 80ºC dir".Buradaki gözlem nicel bir gözlemdir.Burada termometre aleti kullanılarak bir gözlem yapılmıştır. Yukarıdaki örneklerden de anlaşıldığı gibi nitel gözlemler kişiler arasında farklılık gösterebilirken , nicel gözlemler daha objektifdir. Bu yüzden bilimsel bir çalışma sırasında nicel gözlemlere daha fazla ağırlık verilir. 3- Verilerin Toplanması Veriler problem ile ilgili gerçekleri içerir. Gözlemler sonucu elde edilen veriler toplanıp, düzenlenir. 4- Hipotezin Kurulması Hipotez , probleme geçici bir çözümdür.Bu çözüm yapılan gözlemler ve toplanan veriler ışığında kurulmuştur.İyi bir hipotez; - probleme iyi bir çözüm önermeli, - deney ve gözlemlere açık olmalı, - toplanan tüm verilere uygun olmalıdır. 5- Tahminlerde Bulunma Kurulan hipotezler doğrultusunda mantıklı sonuçların çıkartılmasıdır ve bu sonuçlar ile hipotezler test edilir.Tahminler, "Eğer.................... ise ................. dır" şeklindeki cümlelerle ifade edilir.Tahminler genellikle "Tümdengelim" ve "Tümevarım" yöntemleri ile gerçekleştirilir. Tümdengelim yönteminde bir ön bilgi kullanılarak genelleme yapılır. Örnek : Eğer bütün canlılar hücrelerden meydana gelmiş ise ,insanda hücrelerden meydana gelmiştir. Tümevarım yönteminde ise özel gözlemler yapılarak bir sonuca varılır.Örnek : Eğer insanlar, hayvanlar, bitkiler hücrelerden meydana gelmiş ise bütün canlıların yapı birimi hücredir. 6- Kontrollü Deney Yapılan tahminlerin geçerli olup olmadığı kontrollü deneyler sonucu tespit edilir.Kontrollü deneylerde iki deney grubu vardır: Birine kontrol grubu , diğerine ise deney grubu denir.Her iki grupta da aynı deney aynı şartlar altında yapılır iken sadece araştırılan faktör gruplar arasında farklı tutulur. Deney sonuçları tahminleri doğrular ise hipotez geçerlilik kazanır.Aksi durumda ise eldeki verilerle yeni hipotezler kurularak bilimsel çalışmaya devam edilir. 7- Gerçek Deneyler ile kanıtlanmış bilimsel doğrulardır. 8- Teori Tekrarlanan deneylerle doğruluğu tam olarak değil, ama büyük ölçüde kabul edilmiş hipotezlerdir.Teorilerin çürütülme ihtimalleri vardır. 9- Kanun Bir teori veya hipotez , doğruluğu bütün bilimlerce kabul edilmiş ise kanun halini alır.Örnek : Yerçekimi kanunu, Mendel Kanunları ÖRNEK BİR BİLİMSEL ÇALIŞMA YÖNTEMİ Problem : Orta Anadolu Bölgesinde yetişen bitkilerdeki çinko eksikliğinin nedeni nedir? Gözlem ve Verilerin toplanması : - Bu bölgedeki topraklarda toplam çinko miktarının zengin olduğu gözlemlenmiştir - Bu bölgedeki toprakların kireç içeriği fazla ve pH değeri yüksek. - Bu bölgedeki topraklar kil minerali bakımından zengin. - Bu bölgedeki topraklar organik maddeler bakımından fakir. - Bu bölgedeki toprakların nem oranı az. - Bu bölgedeki topraklara her yıl yüksek dozlarda fosfor ve fosfor içerikli gübreler verilmektedir. - Bu bölgedeki topraklarda yetişen bitkiler kısa boylu kalmaktadır. Hipotez : 1- Bitkideki çinko eksikliğinin sebebi, topraktaki fazla kireç ve yüksek pH dır. 2- Bitkideki çinko eksikliğinin sebebi, topraktaki kil miktarının fazla olmasıdır. 3- Bitkideki çinko eksikliğinin sebebi, topraktaki organik maddenin az olmasıdır. 4- Bitkideki çinko eksikliğinin sebebi, yağışların az olmasıdır. 5- Bitkideki çinko eksikliğinin sebebi, topraktaki fazla fosfordur. Tahmin : 1- Eğer 1. hipotezim doğru ise , fazla kireç ve yüksek pH 'lı topraklarda yetişen bitkilerde çinko eksikliği görülmelidir. 2- Eğer 2. hipotezim doğru ise , kil miktarının fazla olduğu topraklarda yetişen bitkilerde çinko eksikliği görülmelidir. 3- Eğer 3. hipotezim doğru ise , organik maddenin az olduğu topraklarda yetişen bitkilerde çinko eksikliği görülmelidir. 4- Eğer 4. hipotezim doğru ise , kurak bölgelerde yaşayan bitkilerde çinko eksikliği görülmelidir. 5- Eğer 5. hipotezim doğru ise , fosfor içerikli gübrelerin verildiği topraklarda yetişen bitkilerde çinko eksikliği görülmelidir. Kontrollü Deney : Aynı tür buğday bitkileri ile çalışmalar yapılır.Her tahmin için bir deney grubu bir de kontrol grubu oluşturulur. 1- Yapılan çalışmalarda toprak pH'sının 6'dan 7'ye yükseltilmesiyle bitkilerin topraktan çinko alımının 100-150 kez bir azalma gösterdiği bulunmuştur. 2- Kilin , toprağın çinkoyu kuvvetlice bağlayarak tutmasını sağladığı bulunmuştur. 3- Organik maddelerin , toprakta çinkonun kolaylıkla hareket etmesine ve çözünür formda kalmasını sağladığı ortaya çıkmıştır. 4- Toprak neminin , çinkonun bitki köklerine taşınmasında ve dolayısı ile köklerce alımında belirleyici bir rol oynadığı saptanmıştır. 5- Yüksek dozlarda uygulanan fosfor , bitkilerin köklenme etkinliğini azaltarak bitkinin toprakla yeterince bağlantı kurmasını ve dolayısı ile bitkinin toprağın çinkosundan yararlanmasının sınırlandığı ortaya çıkmıştır.Ayrıca, yüksek dozdaki fosfor , bitki köklerinde ortak yaşayan ve bitkilerin topraktan çinko alımında büyük rol oynayan mikoriza mantarının etkinliğinin azalmasına neden olduğu saptanmıştır. Gerçek : Bitkilerdeki çinko eksikliğinin , topraktaki çinko miktarıyla direkt bağlantılı olmadığı, toprağın sahip olduğu birtakım fiziksel ve kimyasal özelliklerden kaynaklandığı bulunmuştur.Bu özelliklerden başlıcaları : Toprağın pH'sı, topraktaki kil, organik madde ve fosfor miktarı ve toprağın nemi. Biyolojinin Konusu ve Bölümleri Biyoloji; kelime anlamı canlı bilimidir (bio= canlı, loji= bilim), yani kısaca canlıları inceleyen bir bilim dalıdır.Canlıların yapılarını, özelliklerini, davranışlarını, birbirleri ile olan ilişkilerini, çevreleri ile olan ilişkilerini, çeşitliliğini ve yapılarında gerçekleşen temel yaşamsal olayları inceler.Canlıları anlamak şüphesiz ki yaşamı kolaylaştırır ve zevkli hale getirir. Canlıların çeşitliliği ve sahip oldukları birçok özelliği düşünülürse , canlıları tek biyoloji başlığı altında incelemek bir hayli zor, hatta imkansızdır.Bu yüzden biyoloji bilimi kendi içersinde bir çok alt bilim dallarına ayrılmıştır. Bunlardan " Zooloji ve Botanik" Biyolojinin ana dallarını oluşturur: Zooloji : Hayvanları inceleyen bilim dalıdır. Botanik : Bitkileri inceleyen bilim dalıdır. Sitoloji : Hücre bilimidir.Hücrelerin yapısını ve metabolizmasını inceler. Histoloji : Doku bilmidir.Dokuların yapısını , görevlerini inceler. Fizyoloji : Doku , organ ve sistemlerin çalışmasını ve görevlerini inceler.Histoloji ile Anatomi bilimlerinin bir bileşkesi denilebilir. Anatomi : İç organların yapsını, görevlerini ve birbirleri ile olan ilişkilerini inceler. Morfoloji : Canlıların dış yapılarını inceler. Embriyoloji : Canlıları zigottan yeni bir fert oluncaya kadar geçirdiği evreleri inceler. Genetik : Canlıların kalıtsal özelliklerini ata canlıdan oğul döllere nasıl aktarıldığını inceler.Ayrıca genlerin çalışma mekanizmasını inceler. Taksonomi : Canlıların sınıflandırılmalarını inceler. Biyokimya : Canlıların kimyasal yapısını inceler. Moleküler Biyoloji : Canlıların yapısını moleküler seviyede inceler.Ör: protein sentezi. Mikrobiyoloji : Mikroorganizmaları inceler. Mikoloji : Mantarları inceler. Patoloji : Hastalıklı doku ve organları inceler. Ekoloji : Canlıların birbirleri ile ve çevreleri ile olan ilişkilerini inceler. Palentoloji : Fosil bilmi. Entomoloji : Böcek bilmi. İhtiyoloji : Balık bilmi. Ornitoloji : Kuş bilmi. Bakteriyoloji : Bakteri bilmi., Viroloji : Virüs bilmi. Parazitoloji : Parazit bilmi. Biyoteknoloji : Biyolojik sistemlere ve organizmalara uygulanan , kendilerinden yararlanılması ve istenilen biçimlere ve ürünlere dönüştürülebilmeleri amacıyla kullanılan bilimsel teknikler ve endüstriyel yöntemlerdir.

http://www.biyologlar.com/bilimsel-calisma-ve-biyolojinin-alt-bilim-dallari

Canlılık nerede ve nasıl meydana gelmiş olabilir

Canlı, değişen ve kendiliğinden çoğalan yapı olarak tanımlanabilir. Bu tanım, onların işlevleri dikkate alınarak yapılmıştır. Çünkü, yan yana getirilen bir canlı ile cansız arasında kimyasal ve fiziksel özellikleri bakımından önemli bir fark yoktur. Yani, canlılar, cansız yapılarda bulunmayan bir element içermezler ve cansızlar için geçerli olan fizik kanunları canlılar için de geçerlidir. Aralarındaki fark, canlılarda yukarıdaki işlevleri yapılabilir kılan organizasyon düzeyidir. Canlılığın nerede meydana geldiği sorusuna verilen yanıtlardan biri, onların başka bir gezegen veya yıldız sisteminden geldiği şeklindedir. Bu önerme, aşağıdaki gözlem ve varsayımlara dayandırılmaktadır. 1- Canlılığın meydana gelmesinde rolü olduğu ileri sürülen elementler, evrenin başka yerlerinde de bulunmaktadır. 2- Bütün galaksilerde kütlesel olarak en fazla bulunan element, gaz halindeki moleküler hidrojendir. Buna ek olarak, uzayda organik moleküllerin bulunduğu; hatta, yıldızlararası toz bulutunda toprak bakterilerininkine benzer özelliklere sahip taneciklerin varlığı 1980 li yıllardan beri ileri sürülmektedir. Bilindiği gibi, toprak bakterilerinin özellikleri arasında; spor oluşturmak, anaerob koşullarda (oksijensiz ortam) yaşamlarını sürdürebilmek, hidrojeni enerji kaynağı olarak kullanabilmek (kemolitotrof özelliği) gibi uzay koşullarında canlı kalmalarını mümkün kılacak özellikler bulunmaktadır. 3- Herhangi bir yıldızın yörüngelerinden birinde bulunan bir bakteri, kütlesinin küçüklüğü nedeniyle, yıldızın çekim gücünü yenen ışınım enerjisiyle yörüngesini terkederek yıldızlararası ortamda dolaşabilir. 4- Bakteriler arasında, uzayda maruz kaldıkları ve yerde bulunmayan derecede soğuğa, UV radyasyonuna ve kozmik radyasyona dayanıklı olanlar bulunmaktadır. 5- Bakteri türlerinin, bulundukları çevrenin ekolojik koşullarına uygun olması beklenirken, kutuplarda sıcak seven; tropikal bölgede soğuk seven veya soğuğa dayanıklı bakterilere rastlanmaktadır. 6- Çiçek hastalığının 700-800 yıllık aralıklarla yeryüzünde salgınlar meydana getirdiği ifade edilerek, yerin periyodik olarak bazı bakteriyel ve viral yağışlara maruz kaldığı ileri sürülmektedir. Bunun yanında, canlılığın yerde meydana geldiğini düşündüren gözlem ve önermeler de aşağıda sıralanmıştır. 1- Paleontolojik bulgular, bilinen en basit organizmadan en komplekse kadar, canlı çeşitliliğinin tüm örneklerinin yeryüzünde gelişip çeşitlendiğini göstermektedir. 2- Canlılığın meydana geldiği ileri sürülen dönemde, bunun olabilmesi için gerekli olan koşullara yeryüzünün sahip olduğu bildirilmektedir. 3- Canlılığın başka bir gezegende meydana gelmiş olabileceğini ileri süren görüşün kullandığı gerekçeler, uzay ortamını diğer gezegenlerle ortak olarak kullanan yer için de geçerlidir. Yer ve içinde yer aldığı güneş sistemi, büyük patlamadan sonra meydana gelen galaksiler arasında “samanyolu“ galaksisi içinde yer almıştır. Şçinde yaklaşık 100 trilyon yıldızın bulunduğu ileri sürülen bu galaksinin çapının 100 000 ışık yılı olduğu (bir başka anlatımla ışığın samanyolunu 100 000 yılda katedebileceği) tahmin edilmektedir. Radyometrik yaş tayini yöntemleriyle yerin yaşının 4,6 milyar yıl olduğu hesaplanmaktadır. Apollo 11 ve 12 ile Ay‟dan getirilen kaya örnekleri de Ay‟ın yaşının yerinkine benzer olduğunu göstermiştir. Başlangıçda çok sıcak olduğu için kaya oluşumu ve su birikiminin mümkün olmadığı yeryüzünde, ısınarak atmosfere yükselen ve soğuyarak tekrar yağış şeklinde yere inen suyun sağladığı ısı transferiyle, yaklaşık 3,8 milyar yıl önce yeterince soğuyarak kayaları oluşturmaya başladığı ve ilk canlıların (protocell) bundan sonra oluştuğu düşünülmektedir (Şekil 19). Günümüze kadar ulaşan bu kayaların incelenmesi, içlerindeki (+2) değerlikli demir oksitlerinin (Fe2O3) bugünkü “hematit” yataklarını oluşturduğunu göstermektedir. Bu durum, 3,8 milyar yıl önceki atmosferin serbest oksijenden yoksun olduğunun kanıtı olarak kabul edilmektedir. Gerçekten de, serbest oksijenin bulunması durumunda oluşması gereken demir bileşiği Fe3O4 (Magnetit) dir. Serbest halde oksijenin bulunmadığı yerin ilkel atmosferinde, volkanik faaliyetlerle yeryüzüne ulaşan CO, CO2, N2, H2S, NH3, NH4, H2 ve H2O buharının bulunduğu ve o döneme ait kayaçlar içinde karbonatlı minerallerin bol bulunması, ilkel atmosfer içinde CO2 in CH4 den fazla bu unduğunun delili olarak kabul edilmektedir. Yerde yaşam, başka bir gezegende meydana gelmiş olan canlılığın yere aşılanması ile meydana gelmedi ise, yukarıdaki bulguların ortaya koyduğu atmosferik, hidrosferik ve litosferik özelliklere sahip olan yerde canlılık nasıl meydana gelmiştir ? Canlılığın meydana gelmesi için gerekli olan organik moleküller arasında önemli bir yere sahip olan proteinlerin nasıl meydana geldiğine ışık tutan ilk deney, Harold Urey (1893-1981) tarafından tasarlanarak Stanley Miller tarafından 1953 yılında Chicago Üniversitesinde yapılmıştır (Şekil 15). Bu çalışmasında Miller, bir erlenmeyer içindeki metan, amonyak, hidrojen ve su buharı karışımını 1 hafta süreyle elektrik boşalmalarına maruz bıraktıktan sonra erlenmeyerin tabanında biriken köpüklü tabaka içinde, canlı organizmalarda bulunan 4 amino asit, üre ve çeşitli yağ asitlerinin meydana geldiğini saptamıştır. Daha sonra yapılan benzer çalışmalarda, yerin ilkel döneminde toprağın olası sıcaklığı; atmosferinde ozon bulunmayışı nedeniyle UV spektrumunun geniş bir bandına yoğun bir şekilde maruz kalmış olması ve o dönemde yoğun olarak meydana geldiği düşünülen şimşeklerin varlığı dikkate alınarak, değişik enerji şekilleri ve gaz karışımları kullanılarak meydana getirilen organik bileşikler Tablo 4 de görülmektedir. Bugüne kadar aynı konuda yapılan araştırmalar, amino asit ve diğer “prebiyotik” (canlılık öncesi) dönem makro moleküllerinin meydana gelmesi için, Miller‟in deneyinde kullandığı çevre koşullarının ve maddelerin tamamının gerekli olmadığını da göstermiştir. Örneğin canlı yapısında bulunan pek çok organik bileşiğin sentezlenmesinde anahtar role sahip olduğu gözlenen hidrojen siyanür (HCN) ve formaldehit (CH2O) in prebiyotik dönemde sentezlendiği düşünülmektedir. Bu deneysel olarak, metan, azot ve su karışımının elektrik boşalmasına maruz bırakılmasıyla, aşağıdaki denkleme göre elde edilmiştir. (elektrik boşalması) 2CH4 + N2 + H2O ---> HCN + CH2O + 2H2 + NH3 HCN tekrar elektrik arkından geçirildiğinde; CO, N2 ve H2 gazlarını meydana getirirken, CH2O kalsiyum hidroksit ile birlikte bulunduğu eriyik içinde şeker meydana getirmektedir. 1861 den beri “formoz reaksiyonu” olarak bilinen bu yöntem dışında, inorganik maddelerden şeker meydana getiren bir başka yol bulunamamıştır. 1980 yılında, formaldehitin fotokimyasal yöntemle CO2 ve su buharından da meydana gelebileceği gösterilmiştir. Bu yönteme göre, formaldehitin meydana gelişi gaz halindeki H2O ve CO2 in UV ışınlarına maruz bırakılmasıyla başlamaktadır. H2O + hv ---> OH + H  240 nm. CO2 + hv ---> CO + O 230 nm. Burada, h = Planck sabiti; = ışığın frekansı; = ışığın dalga boyuna karşılıktır. Yukarıdaki formüllere göre meydana gelen radikallerden H ve CO birleşerek CHO “formil” radikali meydana gelmektedir. H + CO CHO Bundan sonraki aşamada formil radikalleri birleşerek formaldehiti meydana getirmektedirler. CHO + CHO CH2O + CO Gaz halindeki formaldehit yağışla atmosferden yıkanabilecek niteliktedir. Bu şekilde, atmosferden yıkanan formaldehitin yeryüzünde milimolar konsantrasyonlarının meydana gelmesi için 10 milyonlarca yılın geçmesi gerektiği tahmin edilmektedir. Formaldehit molekülleri girdikleri reaksiyon sonunda aşağıdaki formüle göre glikolaldehiti; 2 CH2O ---> CH2OHCHO Glikolaldehit ve formaldehit molekülleri gliseraldehiti; CH2OHCHO + CH2O ---> CH2OH CH2O CHO Nihayet, glikolaldehit ve gliseraldehit yoğunlaşarak pentozu meydana getirmektedirler. CH2OHCHO + CH2OHCHOHCHO ---> CH2OH(CHOH)3CHO Formaldehit ve glikolaldehitten bu yolla şeker molekülünün meydana gelmesi sırasında, çevre koşullarının 40 0C sıcaklık ve pH =10 değerlerinde olması ve ortamda kalsiyum hidroksit veya kireç taşı bulunması, oluşum süresinin uzamasına neden olmaktadır. Daha küçük pH değerlerinde Alüminyumun katalizör olarak kullanılması oluşum süresini kısaltmaktadır. Sıcaklık derecesinin 60 0C ın üzerine çıkması, dallanmış zincir yapısında şekerlerin meydana gelmesine sebep olmaktadır. Şekerin diğer şekilleri, örneğin RNA için gerekli olan “riboz” meydana gelişi de formoz reaksiyonunun bir modifikasyonu ile gösterilmiştir.

http://www.biyologlar.com/canlilik-nerede-ve-nasil-meydana-gelmis-olabilir

Primatların Evrimi

Bu süreçde meydana gelen ilk memeli formlarından biri de primatlardır. Uzun kuyruklu maymunlar; gibbon, orangutan, goril ve şempanze gibi kuyruksuz maymunlar ve insanın içinde yer aldığı primatların atasının, bugün yaşayan ve ilkel bir insektivor olan Tupaia (Şekil 53) ya benzer bir canlı olduğu ileri sürülmektedir. Çünkü bu hayvanda dişler primatlarda olduğu gibi, kesici, köpek, ön ve arka öğütücü şeklinde farklılaşmıştır (heterodonti), üyeleri 5 parmaklıdır ve yere tabanlarıyla basarlar. Şekil 53. Tupaia Primatlar, ön ve arka üyelerinin 5 parkaklı olması, baş parmağın diğer dört parmağa karşı gelmesi, genellikle parmaklarında pençe tırnağı (kanca şeklinde) yerine yassı tırnakların bulunması, burun çıkıntısının diğer memelilere göre kısalması ve çenelerin küçülmesi, ağız içinde morfolojik ve işlevsel olarak farklı 4 diş tipinin (kesici, köpek, ön ve arka azılar) bulunması, gözlerin kafatasının temporal bölgesinden ön bölgesine gelmesiyle binoküler görüşün ve buna bağlı olarak görüntülerde derinlik boyutunun ve uzaklık tahmini olanağının kazanılması, gözler üzerinde kaş çıkıntısının bulunması, üst beyin (cerebrum) in gelişmiş olması ve doğum sonrası gelişmenin diğer memelilere göre daha yavaş olması, yavru bakımının gelişmiş olması ve alet kullanma gibi ortak özelliklere sahiptirler. Primates takımı, sistematik olarak Prosimii ve Antropoidea olmak üzere iki büyük alt takıma ayrılırlar. Prosimianlar, Lemur gibi küçük, ilkel ve ağaçlar üzerinde yaşayan primatlardır. Prosimianların, Senozoik olarak bilinen yakın zamanda, günümüzden 65 MYÖ (Paleosen alt tabakaları) ortaya çıktıkları bilinmektedir. Antropoidler ise, kuyruklu maymunlar (yeni dünya maymunları ve eski dünya maymunları) ile Gibbon, Orangutan, Goril ve Şempanze gibi kuyruksuz maymunları ve insanı kapsar (Şekil 54). Önce Afrika kıtasında meydana gelen eski dünya maymunlarının o devirde bu kıtaya yakın olan bugünkü Amerika kıtasına sürüklenmesi ve kıtaların ayrı kalması sonunda (genetik sürüklenme) Amerika kıtasında kendi gen havuzunu oluşturan yeni dünya maymunlarının günümüzden 35-40 milyon yıl önce meydana geldikleri ileri sürülmektedir. Yeni dünya maymunları, küçük yapılı, ağaçlar üzerinde yaşayan ve eski dünya maymunlarına nazaran kendi aralarında ortak karakterleri fazla olan maymunlardır. Az sayıda farklarla birbirlerinden ayrılırlar. Uzun ve sarılma özelliği olan bir kuyruğa ve burun delikleri arasında geniş bir çukura sahiptirler. Şnsana uzanan evrim çizgisi üzerinde yer almayan bu maymunlar üzerinde daha fazla durmaya gerek yoktur. Eski dünya maymunları arasında, şimdiye kadar bulunan en eski örnek; kuzey Mısırda Oligosen devrine (26-38 MYÖ) ait bir tropikal ormanda bulunmuştur. Eski dünya maymunlarının aktüel örnekleri "resus maymunu" ve "habeş maymunu" dur. Eski dünya maymunlarının kuyruklarının sarılma yeteneği olmadığı gibi, burun delikleri arasındaki mesafede dardır. Diş karakterleri dikkate alındığında eski ve yeni dünya maymunlarının 35 MYÖ farklılaşmaya başladıkları görülmektedir. Miyosen devrinde (7-26 MYÖ) kuyruksuz maymunların eski dünya maymunlarından tamamen ayrılarak farklı türler meydana getirdikleri bilinmektedir. Mısır da Oligosen devrinin genç tabakaları arasında, kuyruksuz bir maymuna ait kafatasının tamamı ile alt çenesi ortaya çıkarılarak Aegyptopithecus adı verilmiştir. Bu örneğin kafatası kuyruklu maymunlarınkine, çenesi ve dişleri kuyruksuz maymunlarınkine benzemektedir. Daha sonra yapılan çalışmalar aynı tabakalarda 3 kuyruksuz maymun kafatasının daha bulunmasına neden oldu. Kedi büyüklüğünde ve meyve ile beslendikleri düşünülen bu maymunların günümüzden yaklaşık 32 MYÖ ortaya çıktıkları ve sosyal gruplar oluşturdukları bilinmektedir. Beyin hacimleri eş zamanlı örneklere göre daha büyük ve yüz şekli önemli ölçüde farklı olan bu maymunların kafatasları asyalı maymunlardan çok afrikalı maymunlarınkine benzemektedir. Bu özelliklere sahip olan ve Proconsul adı verilen mısır kuyruksuz maymunlarının gövdesi, kolları ve elleri kuyruklu maymunlara; kafatası ve dişleri kuyruksuz maymunlara benzeyen afrika kuyruksuz maymunlarının yerini aldığı düşünülmektedir. Bu arada, Proconsul ün 20 MYÖ sine kadar yaşadığı anlaşılmaktadır. Kuyruksuz maymunlar, sistematik olarak genellikle Hominoidea üst ailesi içinde toplanırlar. Bu üst aile içinde, Gibbon, Orangutan, Goril ve Şempanzeye Pongidae; Australopithecus (Şekil 55) üzerinden insana giden Homo cinsinin türlerine de Hominidae ailesi içinde yer verilmektedir. Şekil 55. Australopithecus afarensis Son zamanlarda bazı antropologlar tarafından Hominidae yerine "afrikalı kuyruksuz maymunlar" teriminin kullanılması, kuyruksuz maymunlar ile insan arasındaki yakın ilişkinin bir göstergesidir. Eski dünyada günümüzden yaklaşık 26 MYÖ başlayarak 18 MYÖ kadar devam eden Miyosen tabakalarında pek çok hominoid fosil bulunması, onların bu dönemde yüksek düzeyde adaptif radyasyon gösterdiklerinin kanıtı olarak kabul edilmektedir. Ancak bu fosillerin yorumunda önemli farklar bulunmaktadır. Fosillerin sahip oldukları morfolojik farklar yanında, yorumlarda terminolojik birliğin olmayışı ve bilimsel isimlendirmenin fazlalığı da konunun anlaşılmasını güçleştirmekte ve görüş farklılıklarını artırmaktadır. Karışıklığa konu olan fosillerden Afrikada bulunan Proconsul, Hindistanda bulunan Ramapithecus, Afrikada ve Asyada bulunan Sivapithecus temel karakterleri bakımından biribirlerine benzemektedirler ve pek çok antropolog Ramapithecus ve Sivapithecus arasında önemli bir fark olmadığını savunmaktadır. Bu konuda eski bir görüş, günümüzden 12-14 MYÖ yaşamış olan Ramapithecus un bir hominid olarak insanın atası olduğudur. Son zamanlarda, bu görüşe itibar etmeyen antropologlar tarafından ileri sürülen bir başka görüş, 6 - 8 MYÖ kadar uzanan bir geçmiş içinde, insanın kuyruksuz maymunlardan ayrılan bir kol üzerinde meydana gelmiş olmasıdır. Bir diğer görüşe göre, Sivapithecus Afrikadaki hominid ve büyük kuyruksuz maymunların ortak atasıdır. Nitekim, Kenya da bulunan Sivapithecus 'a ait üst ve alt çene parçaları ile femur parçaları paleontologlar tarafından 17 MYÖ ait olarak tanımlanmıştır. Bu görüşe göre, Sivapithecus 'un bir kolu 13 MYÖ Asyaya geçerek Orangutanı meydana getirmiş; Afrikada kalan populasyonlar ise insan, Şempanze ve Gorili meydana getirmişlerdir. Ancak, Sivapithecus 'a ait yeni bulgular Orangutan soyoluşunun önce düşünülenden daha eskiye dayandığını göstermektedir. Bazı yazarlara göre, çene şekli ve mine kalınlığı bakımından insan Sivapithecus „un en geri kalmış soyudur. Çünkü, Şempanze ve Gorilde daha ince olan mine tabakasının diş üzerinde meydana getirdiği motifler daha zengindir ve çene kasları değişik şekillerde düzenlenmişlerdir. Bu durum, Şempanze ve Gorilin insana benzer bir atadan türediği (kladogenezis) düşüncesini desteklemektedir. Bu konunun, yeni yöntemlerle elde edilecek yeni bulgular ışığında daha çok tartışılması gerekmektedir. Böylece, insanın soyoluşu ve türler arasındaki yakınlıkların giderek netleşeceği düşünülmektedir. Burada, bu yöntemlerden ikisi tartışılacaktır. Moleküler saat ve DNA hibridizasyonu, sistematik bakımdan biribirlerine yakın bilinen grupların yakınlık ya da uzaklık derecesi ve bir uzaklaşma söz konusu ise, bunun ne kadar zaman önce başladığını bulmak üzere kullanılan moleküler düzeyde yöntemlerdir. "Moleküler saat yöntemi" nin dayandığı temel düşünce şu şekilde açıklanabilir. Bir kodonda değişikliğe neden olan ve fenotipin ortama uyumunda avantaj veya dezavantaj sağlamayan bir mutasyon (nötr etkili mutasyon), fenotipte meydana getirdiği değişiklik aynı kaldığı sürece doğal seçim tarafından farkedilmez. Populasyon baskısı (mutasyonun meydana geliş sıklığının geri mutasyona izin vermeyecek kadar fazla olması) ve/veya genetik sürüklenme nedeniyle bu mutasyon populasyon içinde yayılabilir. Buna göre, Şempanze ve Şnsan gibi evrimsel geçmişlerinde ortak bir ataya sahip oldukları düşünülen türler biriktirdikleri nötr etkili mutasyonların miktarı ölçüsünde biribirlerinden uzaktırlar. Örneğin, fosil deliller eski dünya maymunlarının maymunsu insan olarak tanımlanan atadan, yaklaşık 25-35 MYÖ ayrıldığını göstermektedir. Moleküler saat yöntemine göre de, eski dünya maymunlarının ve “maymunsu insan” atanın albuminleri arasında 2,3 düzeyinde bir benzemezlik indeksinin bulunduğu; bunun da 30 000 000 yıla karşılık geldiği ifade edilmektedir. Aynı yöntemle Şnsan ve Şempanze arasındaki benzemezlik indeksinin 1,17 düzeyinde olduğu; buna göre Şnsan ve Şempanze arasındaki ayrılmanın 5 000 000 yıl kadar eski olduğu sonucu ortaya çıkmaktadır. Şnsan ve maymunların genetik bakımdan çok benzer oldukları bilinmektedir. Aralarındaki farkın çoğu, farklı vücut bölümlerinin göreceli gelişimi üzerinde etkili olan bir kaç regülatör gen ile sınırlıdır. Bu bakımdan, insan ve maymun genetik olarak, biribirlerinden göründükleri kadar farklı değillerdir. Ancak, bir protein çeşidine dayalı olarak elde edilen sonuca güvenerek yorum yapmak bilimsel bakımdan doğru olmayacaktır. Bu yöntemde, her protein kendine özgü bir benzemezlik indeksi verecek ve farklı proteinler arasında, elde edilen indekslerin farklı olduğu görülecektir. Bu nedenle, bazı paleoantropologlar bu yöntemin sonuçlarını güvenli bulmamaktadırlar. Buna karşın "DNA hibridizasyon yöntemi" milyon yıl mertebesindeki süreleri, milyarlarca nükleotidin tamamını değerlendirerek bulan bir yöntemdir. Böylece yöntem, insanda 46 kromozom üzerinde yerleşik 30 000 gende bulunan 109 baz çiftini değerlendirmektedir. Bilindiği gibi kromozomlar, iki DNA ipliğinin bazları arasında oluşan bağlar yardımıyla ana ve babaya ait olan karakterleri bir arada tutarlar. Aynı türden ana ve babanın yavrularında bu bağlar noksansız olmasına rağmen; farklı tür veya alt türlere ait ana ve babadan elde edilen yavrularda, kromozomları oluşturan DNA iplikleri arasındaki bağlarda noksanlıklar bulunmaktadır. Bu teorik bilgiye dayanan yöntem, ısıtılan DNA ipliklerinin birbirinden ayrılma derecesine bağlı olarak soyoluş yaşının göreceli olarak tahmin edilmesine imkan sağlamaktadır. Bunun için, DNA ipliklerinin birbirinden ayrılma derecesini gösteren bir cetvelin hazırlanması ve bu cetvelin soyoluşu bilinen bir fosilin yaşı ile kalibre edilmesi gerekmektedir. Bu yönteme göre, primatların evrimi sürecinde, eski dünya kuyruklu maymunlarının 25-34 MYÖ; Gibbonun 16,4-23 MYÖ; Orangutanın 12,2-17 MYÖ; Gorilin 7,7-11 MYÖ; Şempanzenin 5,5-7,7 MYÖ soyoluş çizgisinden ayrıldıkları tahmin edilmektedir. Benzer şekilde, Şempanzenin iki türü olan Pan troglodytes ve P. paniscus 'un 2,4-3,4 MYÖ birbirlerinden ayrıldıkları hesaplanmaktadır (Şekil 36). Miyosen devri (7-26 MYÖ) dünya üzerinde Pirene, Alp ve Himalaya dağlarının meydana geldiği, bugünkü Afrikanın doğu kıyılarının Asya ile bitişik olduğu ve karasal omurgalılarının Asya ve Afrika 'da yayıldıkları devirdir. Hominoidea üst ailesi kapsamında yer alan Hominidae ailesinin evrimi üzerinde ileri sürülen görüşlerden biri, Miyosen devrinde bugünkü Yunanistan, Anadolu yarımadası, Pakistan, Çin ve doğu Afrika 'da bulunan Ramapithecus cinsinin Hominidae ailesinin atası olduğu yolundadır. Anadolu 'da bulunan Ramapithecus kalıntısının 15 MYÖ; Pakistan ve Hindistan 'da bulunanların 13 MYÖ ait oldukları bulunmuştur. Bu sonuçlara göre, Ramapithecus 'un 2 MY süresince geniş bir alanda yayılarak, farklı ortamlara uyum sağladığı anlaşılmaktadır. Ramapithecus 'un Hominidae ailesinin atası olduğunu ileri sürenlere göre, biribirlerinden 15 MYÖ ayrılmış olan Hominidae ve Pongidae aileleri arasındaki farklar aşağıdaki şekilde sıralanabilir. 1) Hominidler Australopithecus 'dan başlayarak, bel kemiği yere dik olarak yürüyen primatlar olmalarına karşın, pongidler dört ayak üzerinde yürürler ve omurgaları yere paraleldir. 2) Pongidler ve hominidler arasında nesneleri tutuş biçimleri bakımından fark vardır. Pongidler nesneleri avuç içine alarak "kavrama" şeklinde tutarken; hominidler kavramanın yanı sıra nesneleri parmakları arasında da tutabilirler. 3) Pongidlerde kolların bacaklara göre uzun olmasına karşın, hominidlerde insana uzanan evrimsel gelişimde bacakların kollara oranının büyüdüğü görülür. Pongidlerin iyi birer tırmanıcı olmalarına karşın, hominidler koşucudurlar. Ayakta duruş sırasında, ağırlığın tabandaki dağılımı, pongidlerde içe dönük durumdaki parmaklar ile ayağın dış kenarı arasında; hominidlerde düz duran baş parmak ve küçük parmak ile topuk üçgeni arasındadır. 4) Pongidler sahip oldukları büyük alt çene, uzun köpek dişleri ve diastema bulunuşu (ön öğütücü dişlerde meydana gelen eksilmeye bağlı olarak ortaya çıkan boşluk) nedeniyle hominidlere göre daha güçlü çiğneme ve özellikle koparma yeteneğine sahiptirler. Buna karşın hominidler besinlerini öğüterek yerler. 5) Beyin hacminin gövdeye oranı hominidlerde daha büyüktür. Bu büyümenin iki ayak üzerinde yürümeye geçişten 1,5-2 MY sonra meydana geldiği tahmin edilmektedir (mozayik evrim; farklı organların farklı zamanlarda gelişmesi). 6) Hominidler içinde yer alan insan konuşan tek primattır. Larinks, Şnsanda 1,5-2 yaşından sonra 4 -7 numaralı omurlar arasına yerleşir. Şnsanın evrim sürecinde yer alan hominid buluntularda da larinksin boyun bölgesinin alt bölümlerine indiği görülmektedir. Bu gelişmeye paralel olarak, pongidlerde düz olan kafatası tabanının Homo erectus dan itibaren dış bükey bir yapıya dönüştüğü ve kafatası hacminde, konuşmaya olanak sağlayacak bir büyüme meydana geldiği görülmektedir. 7) Hominidlerde, insana giden evrimsel gelişim çizgisinde, kültür oluşturmanın meydana geldiği görülmektedir. Pongidlerde ve diğer memelilerde bilinen mevsimlik ya da geçici yer tutma yerine, hominidlerin bulundukları yerde uzun süre kalarak kültürlerini geliştirmek eğiliminde oldukları görülmektedir. Bilinçli iş bölümü, paylaşma ve yardımlaşma gibi davranışların bu evrim çizgisinde giderek geliştiği bir başka önemli bulgudur. Günümüzden 4 MYÖ yaşamış olan Australopithecus primatlar içinde insana uzanan evrimsel çizgide önemli bir geçiş formudur. Beyin hacmi maymununki kadar olmakla birlikte; kafatası, çene eklemi ve kalça kemiği, daha çok hominidlerinkine benzer karakterler içermektedir. Dik yürüyen ilk hominiddir. Bazı yazarlar insanın atası olduğunu ileri sürmektedirler. Ancak, Australopithecus buluntuları ile bir arada herhangi bir taş alete ve kültürel delile rastlanmamıştır. Bu bakımdan, genellikle Homo cinsinin dışında tutulmakta ve Homo erectus insanın atası olarak kabul edilmektedir. iskeletinin % 40 ı Etiyopyanın kuzeyinde "Afar" bölgesinde ele geçirilen, bu arada bilateral simetri nedeniyle % 80 i bilinen ve 1981 de "Lucy" olarak adlandırılan Australopithecus örneği ile "Hadar" bölgesinde bulunan 3,5 MYÖ yaşamış olan 13 ferde ait iskeletlerde kalça kemiği, çene eklemi, femur kemiği, ayak parmağı eklemleri ve Tanzanyanın "Laetoli" bölgesinde bulunan iyi korunmuş ayak izleri, bu canlıların iki ayak üzerinde dik olarak yürüdüklerinin kanıtıdır. Ayrıca, insana benzer diş yapısına rağmen; kuyruksuz maymunlar kadar küçük bir beyin hacmine sahip oluşları, ayak parmak izlerinin dar oluşu, bir ölçüde ağaçlara bağımlılığı gösteren tırnakların kıvrık oluşu maymuna benzer karakterlerdir. insana göre çok ilkel olan ve yaklaşık bir milyon yıl boyunca yeryüzünde değişmeden kaan "Lucy" ve aynı bölgede bulunan diğer Australopithecus 'lar bulundukları yerin adıyla A. afarensis olarak isimlendirilmişlerdir. Erkeği dişisinin iki katı kadar ağırlıkta olabilen bu canlılar 30-68 Kg. Ağırlıkta ve100-140 cm. boyda idiler. Ömürlerinin 40 yıldan az olduğu tahmin edilmektedir. Beyin hacmi 380-500 cm3 aralığında olan A. afarensis, iki ayak üzerinde dik yürüyen maymun başlı bir geçiş fosilidir. Fosil buluntular, A. afarensis 'den sonra sırasıyla, A. africanus (2,8 – 1,9 MYÖ), güney Afrikada bulunan ve daha ağır yapılı olan A. robustus (2,0 – 1,5 MYÖ) ve doğu Afrikada bulunan ve evrimsel bakımdan daha gelişmiş olan A. boisei (2,0 – 1,2 MYÖ) nin yaşamış olduklarını göstermektedir. Bazı uzmanlar, A. boisei 'nin aslında bir A. robustus olduğunu aralarındaki farkın coğrafik bir temele dayalı varyasyon olduğunu ileri sürmektedirler. A. robustus ve A. boisei 'nin Homo cinsine göre daha kalın ve kuvvetli çene kemiklerine ve iri dişlere sahip oldukları bilinmektedir. Bu özelliklerin, kaba, lifli ve işlenmemiş yiyeceklerle beslenmelerine bağlı olarak geliştiği düşünülmektedir. Günümüzden 1,8 MYÖ yaşadığı tahmin edilen bir A. robustus 'a ait el kemiklerinin anatomik yapısı, bu canlının parmak uçlarının insanınkine benzer şekilde enli ve yastıklı, yani kan damarları ve sinir uçları bakımından zengin olduğunu göstermektedir. Bazı yazarlar, bu anatomik yapıdaki parmaklara sahip olan A. robustus 'un besinleri dokunarak tanıma ve seçme; kazma sapı tutmaya elverişli tutuş yeteneği ile besinini üretebilme avantajlarına sahip olduğunu düşünmektedirler. Ancak, taş alet yapımı, günümüzden 2,5 MYÖ Homo cinsi ile birlikte görülmeye başlandığı, Australopithecus fosilleri ile birlikte herhangi bir alet bulunamadığı ve nihayet, bulunan aletlere, sadece Australopithecus ve Homo cinslerinin birlikte bulunduğu daha üst tabakalarda rastlanması nedenleriyle, genel olarak, alet yapımının Homo cinsine özgü bir yetenek olduğu kabul edilmektedir.

http://www.biyologlar.com/primatlarin-evrimi

İSTİRİDYE BİYOLOJİSİ VE YETİŞTİRME TEKNİKLERİ

Aynur LÖK - Ege Üniversitesi Su Ürünleri Fakültesi, Yetiştiricilik Bölümü Bornova-izmir Mollusca bireylerinin tüketimi insanoğlunun tarihi ile yakından ilgilidir. Bugün arkeolojik verilerden de anlaşılacağı gibi, deniz kıyısında yerleşim alanları oluşturmuş insanların balık avlamadan önce bu sabit canlıları tükettikleri bilinmektedir. Mağaralarda çok miktarda yenmiş midye ve istridye kabukları bulunmuş; ve bunların bir kısmından kolye yapılmışlardır. Doğal ortamlardan toplanarak tüketim ilk günden bu güne kadar gelmektedir. İlk kültür çalışmaları 17. yüzyılda Japonlar tarafından ele alınmıştır. Bambu kamışları dikerek istridyelerin bunların üzerine tutunmasını sağlayarak yetiştirmişlerdir. Yine bambu kamışlarından sal yaparak denizde sadece dikey değil yatay olarak da yetiştiriciliği başlatmışlardır. Bu dönemde yavruların çoğu doğadan toplanmaktadır. İnsan kontrolü altında ilk yavru üretimi 1879 yılında ele alınmıştır. 1920’de ise kültüre alınacak boya kadar yetiştirilmişlerdir. Bugün birçok ülke yarı kontrollü olarak dipte, kazıklarda, halatlarda, rafta ve sallarda yetiştiricilik yaparken, tam kontrollü olarak yumurtadan pazar boyuna kadar istiridye üretimini de başarılı bir şekilde yapmaktadırlar. Istiridye yetiştiriciliğinde söz sahibi olan ülkelerin birkaçını ve yetiştirdikleri türleri sıralayacak olursak şöyledir; Japonya Crassostrea gigas Fransa Ostrea edulis, Crassostrea angulata, C. gigas Amerika Crassostrea virginica Portekiz Crassostrea angulata Filipinler Crassostrea eradelis Avustralya Crassostrea commercialis Ingiltere Ostrea edulis İnsan gıdası olarak yararlanılan kabuklu su canlıları görüldüğü gibi dış ülkelerde önemli bir yer tutmaktadır. Ülkemizde ise kabuklu deniz canlılarının tüketimi sadece deniz kıyısı olan bölgelerde yaygındır. Kıyı harici şehirlerimizde bu kabuklu canlıların pazarlandığını görmek sanırız pek mümkün değildir. Bu kabuklu su canlıları son yıllarda ülkemizde tanınmaya başlanmıştır. Ülkemizde tüketiminin pek fazla olmamasına rağmen dış talebin yüksek olaması nedeni ile bazı ihracatçılar bu canlıları doğadan toplatarak Italya, Ispanya, Yunanistan gibi ülkelere pazarlanmaktadır(Alpbaz, 1993). İstridyenin Sistematikdeki Yeri Phylum: Mollusca Classis: Bivalvia (Lamelibranchiata) Ordo: Filibranchiata Familia: Ostreidae Genus: Ostrea (Linne, 1758) Species : Ostrea edulis (Linne) Ostrea lurida (Carpenter) Ostrea angasi (Sowerby) Ostrea chilensis (Philippi) Genus: Crassostrea (Sacco, 1897) Species: Crassostrea gigas (Thunberg) Crassostrea virginica (Glein) Crassostrea angulata (Lamarck) Crassostrea rhizophorae (Guilding) Crassostrea madrasensis (Preston) Ülkemiz sularını temsil eden tek tür Ostrea edulis’tir. Marmara Denizi, Ege Denizi, Akdeniz ve Karadeniz’in Istanbul Boğazı ile birleştiği noktada görülmektedir. -Genus: Crassostrea (Sacco, 1897) Olgun istiridyelerde kabuklar karınlı ve uzundur. CaCo3’ın depolanması nedeniyle kabuklar yapraksı görünümdedir, ve sol kapağın karınlı alanı içerideki canlının gelişmesine imkan verir. Sağ kapakçık tamamen düzdür. C. gigas’ta süslü yapıda kapak mevcuttur. Ovipardırlar ve büyük üreme kabiliyetine sahiptirler. Intertidal zonda yaşarlar. Tuzluluk değişimlerine dayanıklı olduklarından acı sularda kolonize olabilirler. C. gigas Pasifik Okyanusu kökenlidir. Ayrıca S.S.C.B.’nin Vladivostok Denizi’nde, Sacolin Adası’nda, Japonya’da lokal 2 ırkı vardır. Iwata bölgesinde, Hiroşima’da, Kore’de, Kuzey Amerika’da (Alaska’dan, Kalifornya’ya kadar) yayılım gösterir(Korringa, 1976a). Bazı araştırıcılar C. gigas ve C. angulata’nın aynı tür olduğunu belirtirler. Portekiz türünün C. gigas’tan türediğini, 15-17. yüzyıla kadar ticaret seferleri yapan tahta gemilere yapışarak Avrupa’ya gelip yerleştiklerini söylemektedirler. Bununla birlikte bu iki türün farklı özellikler gösterdiği belirlenmiştir. Bunlar; solunum metabolizması, küçük zerrecikleri tutma özelliği, büyüme kabiliyeti, üreme şekilleri, farklı hastalıklar karşısındaki durum fizyolojik olarak her iki ırkın az da olsa farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. -Genus: Ostrea (Linne, 1758) Kabuk oval şekilli olup, belirsiz kanca burunlu (gagalı), yaprak şeklinde, sarımsı kahverengi renge sahiptir. Sol kabuk hafif küp, sağ kabuk yassı görünümdedir. En önemli türü O.edulis olup max. 12cm, genellikle 6-7cm uzunluğunda olurlar. Yetişkin türlerde bireyin şekli yuvarlaktır. Sınırlı bir üreme vardır ve larvipardır. Tuzlu sularda yaşayıp bulanıklılığa karşı toleransı azdır. Doğal ve kültür yatakları daima denizin içerisinde olmalıdır(Infralittoral zon). Bu daha çok Kuzey Avrupa türü olup Norveç’ten Fransa’ya kadar (Ingiltere, Almanya, Hollanda, Irlanda ve diğer ülkeler) uzanır. Daha güneyde Ispanya kıyıları ile Fas’ın güney ucuna kadar yayılmışlardır(Korringa, 1976b). Akdeniz’de Fransa, Italya, Sicilya’dan Karadeniz’e kadar uzanır. Ülkemizde sahil ötesi kumlu, çamurlu veya kayalık bölgelerde yaşarlar. 2-İSTRİDYENİN BİYOLOJİSİ Morfolojik olarak Ostrea edulis dairesel şekilli iki kabuktan meydana gelmiştir.Her iki kabuk dorsal kenarlarından boynuza benzeyen ligamentlerle birbirine bağlanmıştır. Ligamentin esnekliği kabukların açık durmasını sağlar. Bu, hasta yada ölü istridyenin karakteristik bir özelliğidir. Açılmış kabukların canlılığı herbiri ayrı fonksiyona sahip olan iki kısma ayrılmış adductor kası tarafından kontrol edilir. Adduktor kası merkezdedir ve her iki kabuğa sıkıca yapışmış durumdadır. Vücut kısmı addüktör kası ile mafsal arasında uzanır. Kalp, bağırsak, böbrek, mide bu bölümdedir. Gonadlar da buradadır. Üreme zamanında gonadlar tüm yüzeyi kaplayarak krem beyaz görünüm alırlar. Manto, vücut kısmının her iki yanını kaplayan düz bir dokudur ve kabuk kenarı boyunca sabit olarak uzanır. Manto kenarlarında bulunan materyalin ilavesi sonucu kenar kısmında kabuk oldukça gelişmiştir. İstridye kabuklarının %95’den fazlası kalsiyum karbonattır. Manto vücudun iki yanında kabukla vücut arasında bir örtü gibi bağ dokuya asılıdır. Bu nedenle bir ada gibidir. Mantonu uçları üç yaprak şeklindedir. Bunlardan iki sıra kabuk üretiminde görev alırlar, içteki ve en geniş olanı vücut ile kabuk arasında perde görevi yapar. Mantonun öbür ucundaki yapraklar ayrı ayrı veya birlikte hareket ederek suyun manto içine akışını kontrol eder, bu durumda kabuklar yuva gibidir. Manto bölgesine giriş manto uçlarının birleşmesi ile sınırlandırılır. Küçük organizmaların girmesine ve suyun atılmasına olanak verir. İstiridye solungaçları vücudun 2/3’ünü sarar. Belli aralıklar ile birbirine bağlanmış küçük filamentlerden oluşur. Su, manto boşluğundaki su alma bölümünden filamentler üzerinde bulunan kırbaç biçimindeki sayısız sillerin hareketi ile su tüplerine hareket eder. Bunlar sadece suyun hareketini sağlamaz, aynı zamanda istiridyenin besinin oluşturan küçük parçaları da sudan filtre eder. Bu süzülen su, solungaç tüplerine geçer ve oradan su verme bölümüne, en sonunda manto boşluğundan dışarı atılır. Solungaçlar dört adet yarı ay şeklinde tabakalardan ibarettir. Manto uçlarının birleşmesi, manto kısmını manto odası ve solungaçları içeren geniş bir oda küçük bir boşaltım odası olmak üzere ikiye ayırır. Ayrıca bir boşaltım kanalı içerir. Bu manto ile vücudun sağ yanı arasında bulunur ve istiridyelerin özellikle çamurlu ortamda yaşamasına yardımcı olur(Walne, 1974). Solungaçlar basit bir süzgeç mekanizması değildir. Aynı zamanda komplex bir ayırma aygıtı gibi olup, uygun gıdanın yeterli miktarda ayırım ve değerlendirilmesini yapar. Gıdasını teşkil edecekler ağıza, diğerleri atık bölgeye liflerin yardımı ile yollanır. Çok iri olanlar mantonun altına düşürülür (Walne, 1974). Kabuklularda solungaç yapısı birbirlerine benzemesine karşın farklılık filamentlerin bağlantı şeklinde olup, Mytilus edulis’te filamentler arası organik bağlara rastlanmaz. Fakat istiridyelerde bu olay yukarıda görüldüğü gibi bulunmaktadır. Örneğin akivadeslerde bu filament bağlantılarının derecesi istiridyelerde bulunanlardan çok daha yüksektir. İstiridyenin sağ kabuğu düzdür ve larva metamorfoza ulaştığında kendini sol kabuk üzerinde zemine tespit eder. Uygun koşullarda istiridyeler bütün gün boyunca kabuklarını açıp su içerisindeki planktonları ve zerrecikler halindeki organik maddeleri, hatta su içerisindeki mineraller maddeleri bile süzerek gıda olarak kullanırlar(Claus, 1981). Böylece su içerisindeki organik maddeleri ete çeviren canlılar olarak önem kazanırlar. Su akımının esas rolü şüphesiz ki beslenme üzerinedir. Fakat bunun yanında su, sindirim sisteminde ve böbreklerde oluşan atıkları uzaklaştırmaya yarar ve ayrıca canlıya O2 sağlar. İstiridyelerin filtrasyon hızını sıcaklık, suyun debisi ve partikül konsantrasyonu etki eder. 3-İSTİRİDYELERDE ÜREME İstridyeler eşeyli üreme gösterirler. Üreme organları erkek ve dişi gametleri oluşturur. Bunların üreme mevsimi ilkbahar sonu ile sonbahar arasında olup havaların ısınmasıyla başlar, soğumaya başlaması ile sona erer. Her iki seksdeki gonadlar birçok hayvanda bulunan ile karşılaştırıldığında basit yapıdadır. Sindirim sistemi üzerinde yerleşmiş durumdadır. Avrupa istiridyesi, Ostrea edulis, olgun durumda iken gonadlar 2 veya 3mm kalınlığında bir tabaka biçimindedir. Seksler arasındaki farklılık yumurta ve sperm varlığından hariç dış görünüşten belli olamaz. 3.1 İstiridyelerin Gonad Gelişim Safhaları İstiridyelerin gonad safhalarını belirlemek için alınan histolojik örneklerde gonad aşamaları beş grup altında değerlendirilmektedir(Cole 1942; Brausseau, 1995; Garcia-Dominguez ve ark., 1996, Yolkolu, 2000). Bu gruplar: Safha 0 Dinlenme Safha 1 Ilk Gametogenesis Safha 2 Olgunlaşmaya başlama Safha 3 Döl atımına hazır Safha 4 Kısmı olarak döl atımı olarak sınıflandırılır. 3.1.1 Dinlenme safhası Bu safhada olan bireylerde istiridyelerin cinsiyetinin belirlenmesi açısından histolojik olarak herhangi bir ip ucu yoktur. Ortamda cinsiyeti belirleyici olan germ(cinsiyet) hücreleri bulunmamaktadır. 3.1.1.1 Testis Safha 1: Ilk gametogenesis safhasındadır. Bu özellikte olan örneklerde foliküler küçüktür, yuvarlak veya oval şekillidir. Bağ dokusunun kapladığı alan geniştir. Spermatagonialar bir arada ve koyu renklidir. Safha 2:Foliküller oldukça büyümüştür. Bağ dokusunun kapladığı alan iyice azalmıştır. Spermatozoalar merkeze doğru yönelmiştir ve kırmızı şeritler halinde kuyruklar belirgindir. Safha 3: Istiridyelerin döl atımına hazır olduğu safhadır. Foliküller şişip birleşmiş ve çoğunluğu tamamen spermatazoa ile doludur ve kuyrukları kırmızı renktedir ve açıkca belirgindir. Maturasyon ile incelmeye başlamış olan folikül duvarlarının iç kısmına doğru spermatositler ve spermatidler sıralandırılmışlardır. Serbest spermatazoalar follikül lümellerine tamamen yerleşmişlerdir. Çok sayıda hareketli spermatazoa görülmektedir. Bağ dokusu alanı azalmıştır. Safha 4:Foliküller tamamen boşalmış ve dinlenme safhasına geçilmiştir. Bu da ortamda inaktif olan spermatagoniumlardan anlaşılmaktadır. Foliküller arası bağ dokusu iyice gelişmiştir. 3.1.1.2 Ovaryum Safha 1: Foliküller başlangıçta küçük, boş ve belirgin değildir. Folikül duvarları, gelişen oositler ve kök hücreleri ile belirginleşmiştir. Oogonia ve primer oositler küçüktür ve yumurta sarısı yoktur. Bu aşamadaki primer oositlerin çekirdeği büyüktür ve belirgindir. Sık demetler şeklinde folikül duvarına doğru yapışma olmaktadır. Oogenesis ilerlemektedir. Birkaç büyük oositin uzamaya başlaması ile genç oositler bölünmektedir. Safha 2: Oositler, lumenlere doğru genişlemiş ve yığılmaya başlamıştır. Sekonder oositler yoğun miktarda görülmektedir. Primer oosit ve serbest oosit birkaç tanedir. Bu serbest oositler, lümel merkezinde görülmektedir. Hala folikül duvarları ile bağlantılı olan uzamış oositler ile hemen hemen olgunlaşmış olan oositler yoğun olarak bulunmaktadır. Oositler konik ve oval şekildedirler. Bağ dokusunun alanı iyice azalmıştır. Safha 3: Birleşmiş foliküller, bir çekirdekçiği ve çekirdeğinin gözüktüğü polygonal şekilli, tamamen serbest olan oositler ile doludur. Sekonder oosit bir kaç tanedir. Safha 4: Oositler olgunlaşmış atıma hazır hale gelmişlerdir. Bağ dokusu tekrar belirginleşmeye başlamıştır. Ayrıca oositlerin şekli hekzogenal hale gelmiştir. Bazı boşalmış ve yıkıma uğramış foliküller bulunmaktadır. Avrupa istiridyesi, Ostrea edulis sukseksif hermafroditizm gösterir. Seksüel olgunluğa ilk ulaştığı zaman gonad normal olarak bir erkek gibi gelişir ve sperm verir. Gonad spermi bıraktıktan sonra dişi safhasına geçer ve sperm yerine yumurta üretir. Bu düzenli bir şekilde tüm yaşamı boyunca devam eder. Erkek tarafından dışarı bırakılan spermalar dişi tarafından su alma kanalı ile alınarak yumurtalar dişinin içinde döllenir. Döllenmiş yumurtalar 8-10 gün kadar dişinin palial boşluğunda kuluçkalandıktan sonra dışarıya serbest yüzen veliger larva durumunda bırakılırlar(Alpbaz ve Hindioğlu, 1991). Avrupa istiridyesinin döl verimi üzerine sıcaklığın, besinin, büyüklüğün ve yaşın etkisi büyüktür Avrupa istiridyesinin larva boyu 150-190µm büyüklüktedir. 120-130µm büyüklükte larvalar görülse de, yetiştiricilikte büyük larvalar alınır. Küçük larvalar elenir. Böylece daha dayanıklı ve sağlıklı bireyler elde edilebilir. Suya bırakılan veliger larvaları velumları sayesinde hareket ederler. Besin olarak fitoplanton tüketirler. 10-15 gün pelajikte yaşamlarını sürdüren larvalar 290-300µm ve bazen de 360µm büyüklükte iken zemine inerek, hayatlarının geri kalan kısmını sürdürecekleri sert bir substratuma kendilerini tespit ederler. Larvanın kuru ağırlığı hareketli dönemi boyunca 1µg’dan 4µg’a çıkar. Bunun %75-80’i kabuk ağırlığıdır. Yeni bırakılmış bir larvanın kuru ağırlığının %14’ü glikojen, %15,5-22,5’i yağdır. Crassostrea genusuna ait istiridyeler ise 100 milyonun üzerinde yumurta dökebilmektedirler. Bu yumurtaların hepsi aynı zamanda değil, üreme dönemi boyunca bırakılırlar. Crassostrea gigas’da ise dişi birey yumurtalarını deniz suyuna bırakır ve erkek bireyin bıraktığı spermalar ile su içinde döllenme olur. Yumurtalar yaklaşık 50µm büyüklükte olup çok küçüktürler. Yumurtalar ovaryumda iken armut şeklindedir. Ovaryumdan bırakılıp su ortamında döllendikten sonra spiral şekil alır. Birinci ve ikinci polar vücut görünerek yarılma devam eder. Gelişme, morula, blastula ve gastrula safhalarına doğru ilerler. Veliger safhada larvanın velumu ortaya çıkar ve aktif hareket etmeye başlar. Daha sonra D şekilli larvaya dönüşür. Larvada umbo oluştuğunda umbo safhasındadır ve kabuk uzunluğu 0,2mm’ye ulaştığında metamorfoz başlar(Bardach ve ark., 1972). Larva metamorfoz aşamasına geldiğinde anacına benzer bir hal alır. Her iki genusda da benzer belirti olan göz noktası ve ayağın görülmesi metamorfozun en önemli işaretidir. Zemine inen larvada velum kaybolur ve yüzme hareketi ayak ile sürünme hareketine dönüşür. Uygun substrat bulduğunda kendini sol kabuğundan salgıladığı özel bir salgı ile oraya yapıştırarak sesil hayatı başlamış olur. Hareket kabiliyeti artık bitmiştir. 4-İSTİRİDYE YETİŞTİRİCİLİĞİ İstiridye kültüründe yavru bireyler ya kuluçkahanelerde üretilerek ya da doğal alanlardan toplanarak elde edilmektedir. Kuluçkahaneden yavru üretimi gerçekleştirilirse, genetik seleksiyonlar yapılarak hızlı büyüyen, zor şartlara karşı dayanıklı, et verimi fazla, hastalıklara karşı dayanıklı bireylerin elde edilmesi söz konusu olabilmektedir(Rodriguez ve Frias, 1992). Doğal ortamdan toplanan yavrularda ise böyle bir seleksiyon şansı yoktur. 4.1. Kuluçkahaneden Yavru Temini Bu kültür yönteminde kıyısal alanda bir kuçkahane binasının olması gerekmektedir. Bir istiridye kuluçkahanesinde filtre odası, fitoplankton üretim birimi, anaç, larva ve yavru üretim birimi olmalıdır. 4.1.1. Deniz Suyu İstiridye kültüründe suyun filtrasyonu önemli bir konudur. Anaç ve yavru biriminde kullanılan suyun 40-60µm’lik kum filtrelerinden geçmesi yeterli olurken, fitoplankton ve larva üretiminde kullanılacak suyun 20, 10, 5, 1µm’lik kartuj filtrelerinden geçerek partiküllerden ve suda bulunabilecek diğer organizmalardan ayrılması gerekmektedir. Bazı üreticiler deniz suyu ile gelebilecek bazı organizmaların istiridye larvaları tarafından besin olarak değerlendirilebileceğini düşünerek kaba bir filtrasyon yapmaktadırlar. Fakat üretimi riske atmamak için iyi bir filtrasyon ve sterilizasyon önemlidir. Suyun iyi filtre edilmiş olması U.V. ışınları ile yapılacak sterilizasyon etkisini arttırmaktadır. 4.2. Anaç Özellikleri Genellikle istiridye anaçları üretim zamanında doğal stok alanlarından döl almak amacıyla kuluçkahaneye getirilir ve döl alma işlemi tamamlandıktan sonra tekrar denize bırakılırlar. Bu anaçlar hızlı büyüyen, zor şartlara karşı dayanıklı, et oluşturma kapasitesi yüksek, düzgün kabuk şekilli gibi özelliklere sahip istiridye stoklarından seçilmasi tercih edilir. 4.2.1. Anaç istiridyelerden döl alım yöntemleri Olgun istiridyelerden yumurta ve larva elde etmek için birkaç yöntem vardır. İstiridyenin yumurta ve larvalarını ortama normal olarak kendi isteği ile bırakması haricinde yumurtlamayı uyarıcı şok yöntemler de uygulanır. Bu şok yöntemler şöyledir; Termik şok: Şok yöntemlerin en çok kullanılanıdır. Olgun istiridyelerin ani olarak sıcak sudan soğuk suya, soğuk sudan sıcak suya bırakılması ile olur (Field, 1922). Bu işlem birkaç defa tekrarlanır ve istiridyenin larva bırakması beklenir. Kimyasal şok: İstiridyelerin manto boşluğuna 2cc, 0.5 mollük KCL solüsyonu enjekte etmek sureti ile yapılmaktadır. (Bayne; 1965) Elektrik şok: İstiridyelere düşük voltta elektrik verilmek sureti ile uygulanır (Iwata, 1950; Sugiura, 1962). Mekanik şok: İstiridyelerin adduktor kasına enjektör iğnesi ile dokunularak uyarı yapılmaktadır (Loosanoff ve Davis, 1963). Diğer Yöntemler Diseksiyon yöntemi Olgun İstiridyelerin kapama kasları kesilerek gonadlardaki yumurta veya spermler C.gigas’ta alınırken, O. edulis’te palial boşluktaki larvalar alınabilir. Sperm solusyonu Yumurtlamayı uyarmak için suya sperm solüsyonu verildiğinde de istiridyeler bir süre sonra yumurta bırakmış olur. Bu amaçla şok uygulamalar sonrasında elde edilecek fazla sperm solusyonu kullanılabilir. Şok yönetemlerin uygulanmasından yaklaşık 30dk sonra istiridyeler döllerini su ortamına dökerler. Eğer istiridyeler döllerini bırakmaya hazır değiller ise şok yöntemler ile başarılı bir sonuç elde edilemez. İstiridyeler bilindiği gibi yaz aylarını üreme için kullanılır. Kışın ise doğada üreme görülmez. Laboratuvarda uygun koşullar yaratılarak kış aylarında da istiridye üretimi yapılabilir. Bunun için doğal ortamdan alınan istiridyeler 10°C sıcaklıktaki suya bırakılırlar. Ortama alışan damızlıkların tutulduğu havuzdaki su sıcaklığı tedrici olarak 18°C’ye veya biraz daha yüksek sıcaklığa çıkartılır. Bu sıcaklıkta istiridyeler 2-4 hafta tutulur. Bu süre üretim mevsimine bağlı olarak değişir. İstiridyeler bu süre içerisinde gonadlarını olgunlaştırırlar ve sıcaklık 20°C’ye ulaştığında döllerini dökerler. Bu işleme gonad olgunlaştırarak döllerin alınması işlemi denilir. Burada kullanılan anaçlar genellikle genetik olarak istenilen özelliklere sahip özel anaçlardır. 4.3. Larva Kültürü Yumurta veya larvalar anaç biriminde elde edildikten sonra larva birimine alınırlar. Burada 50lt’den 2tona kadar silindir-konik polyester tanklar kullanılabilmektedir. Tank hacmi üretim kapasitesine ve üreticinin tercihine bağlı olarak değişir. Bu tankların alt kısmında bir su çıkış vanası olur. Tanklar 40watt’lık floresan lambalar altına yerleştirilir. Tuzluluğu ‰33-35 ve sıcaklığı 20-22 °C olan iyi filtre edilip sterilize edilmiş deniz suyu doldurulur. Bu tanklara başlangıçta veliger larvaları 10 adet/ml’yi geçmeyecek şekilde stoklanır. Larvalar büyüdükçe stoklama yoğunluğu 3-5adet/ml’ye indirilir. Tankların temizliği gün aşırı yapılır. Tank suyu tamamen süzülerek larvalar yıkanır ve temiz su ile doldurulmuş yeni tanka aktarılırlar. Bu temizlik işlemi larva kültür boyunca devam eder. Veliger safhasında 170-190µm büyüklükte olan larvalar metamorfoza yakın gözlenmiş safhada iken 240-350µm boya ulaşırlar. 4.3.1 Fitoplankton Üretimi Kuluçkahanede bulunan anaç, larva ve yavru istiridyelerin besinleri bu birimde üretilerek temin edilir. Larva beslemede açıklanan Wells-glancy veya Milford yöntemine göre kültür gerçekleştirilmektedir 4.3.1.1 Wells-glancy yöntemi Wells-glancy yönteminde deniz suyu sadece kum filtresinden geçirilir ve sera ortamındaki büyük hacimli tanklara(20-30 tonluk) gönderilir. Tanklara deniz suyu ile gelen fitoplankton hücrelerinin artmasına izin verecek nutriyent karışımı verilir. Bu tank suyu 5-6 gün içinde kahverengi veya yeşil renk aldığında doğrudan larva tanklarında besleme amaçlı kullanılır. Bu yöntemin dezavantajı deniz suyu iyi filtre edilmediği için zararlı fitoplanktonlar türleri de kısa sürede çoğalarak istiridye larvalarına zarar verebilir. Suyla birlikte gelen zooplanktonlar hem larvalara predatör olarak zarar verdiği gibi bazıları da ortamda çoğalan besine ortak olur. Deniz suyu sterilize edilmediği için hastalıklara neden olabilecek mikroorganizma bulaşması da söz konusu olabilir. Böyle bir kültür yönteminde larva yetiştirciliği riske atılmış olmaktadır. Bu yönteme dayalı yapılan fitoplankton kültürü daha çok yavru veya anaç beslemede kullanılabilir. Wells-glancy yöntemi fitoplankton üretim masrafını çok azalttığı için tercih edilmektedir(Bardach ve ark., 1972). 4.3.1.2. Milford yöntemi Milford yönteminde ise alg hücreleri tek tek ayrı tüplerde ve saf kültür olarak inkübatörde muhafaza edilir. Larva kültürüne başlamadan önce bu hücreler steril şartlar altında arttırılmaya başlar. Kültür suyu 0.45µm göz açıklığındaki Milipore filtreden süzüldükten sonra otoklavda sterilize edilir. Kültür hacmi 6lt’yi geçtiğinde suyun filtrasyonu 1µm’lik kartuj filtrelerde, sterilizaysonu ise U.V. lambalarından yararlanarak yapılır. Böylece larva beslemede istenilen hücrelerin kültürü ayrı tanklarda yapılmış olur. Kültür biriminin iyi bir fitoplankton artışı sağlanması için 18-22°C arasında olması sağlanır. Şeffaf polyester tanklar veya naylon torbalarda(50-500lt hacimli) kültür gerçekleştirilir(Bardach ve ark., 1972). 4.3.2 Larva Besleme Milford yöntemine göre kültüre alınan fitoplankton hücrelerinden larvalara ilk olarak Isochrysis galbana ve Monochrysis lutheri besin olarak verilir. Larvalar büyüdükçe Tetraselmis suecica, Dunaliella tertiolecta, Chaetoceras calcitrans gibi besinler kullanılmaktadır. Genellikle tek tür beslemesinden ziyade karışık türler ile besleme iyi sonuç vermektedir. Isochrysis galbana, Monochrysis lutheri 100 000 hücre/ml, Tetraselmis suecica, Dunaliella tertiolecta 50 000-80 000 hücre/ml larva tankında olacak şekilde besleme yapılır. Karışık besleme başlangıçta %50 Monochrysis lutheri ve %50 Isochrysis galbana, larva metamorfoza yaklaştığında ise %20-30 Tetraselmis suecica ile karışık besleme yapılır. Beslemede kullanılacak fitoplankton hücrelerinin canlı olmasına dikkat edilir. Bu nedenle logaritmik artış fazında iken fitoplankton hasat edilerek larvalara verilir. Chlorella sp., ve Phaedactylun tricornutum besleyici değeri düşükolduğu için kullanılması tercih edilmez. Ayrıca Chlorella sp kalın hücre duvarına sahip olmaları nedeniyle larvalar tarafından sindirilememekte ve metabolik artıkları istiridye larvaları için toksik etkiye neden olmaktadır. Bu sebeplerden dolayı kabuklu larva kültüründe besin olarak kullanılmazlar(De Pauw, 1981). Son yıllarda kurutulmuş alg tozlarının kullanılması ile kuluçkahaneler fitoplankton üretim birimlerini küçültmüşler veya tamamen kaldırmışlardır. İhtiyaç duydukları kadar toz fitoplanktonu satın alarak larva beslemede kullanmaktadırlar(De Pauw, 1981). Metamorfoz Larva kültüründe metamorfoz dönemi en önemli dönemlerden biridir. Larvaların günlük sayımları ve ölçümleri alınırken göz ve ayak noktasının oluşumu çok iyi takip edilmelidir. Bu dönemde larvalar zemine iner ve kendilerine uygun gördüklere yerlere yapışırlar. Larva kontrolü iyi yapılmadığı taktirde larvalar tank çeperlerine yapışırlar ve buralardan çıkarılmaları çok zor olur. Böylece bir larva üretim dönemi başarısızlıkla bitmiş olur. Metamorfoz aşamasına gelen larvalar ya ayrı tanlara alınırlar ya da bulundukları tanklar içersine yapışma işlemi başlamadan önce çeşitli kollektör malzemeleri bırakılarak larvaların bunların üzerine yapışması sağlanır. Burada kullanılan kollektör malzemesi larvanın en çok tercih ettiği materyal olan istiridye kabuklarıdır. Bir ip üzerine 3-4 cm aralıklar ile dizilen istiridye kabukları larva tanklarının içerisine tank dibine değecek boyda hazırlanarak sık bir sekilde tank yüzeyinden aşağı doğru sarkıtılırlar. 3-5 gün içinde larvalar bu kabuklar üzerine tutunarak metamorfozlarını tamamlamış olurlar. Bu yeni tutunmuş istiridye yavrularına “spat” adı verilir. Yeni tutunmuş bir spat 1,2-5,7mg canlı ağırlığa sahiptir. Bu spatlar 10-11 hafta sonra 220-500mg canlı ağırlığa ulaşır. Yavrular kollektörler vasıtası ile yetiştirme alanlarına taşınarak uygun sistemlerde büyümeye alınırlar(Utting, 1988). Eğer spatlar tek tek herhangi bir yüzeye yapışık istenmiyorsa, metamorfoz aşamasında iken su sikülasyonunun olduğu spat tanklarına alınırlar. Bu tanklar. 50cm genişliğinde, 30cm derinliğinde olup 2m uzunluğundadır. Tankların içine derinliği 10-15cm olan altı plankton bezi ile çevrelenmiş tepsiler tabanları dibe değmeyecek şekilde yerleştirilir. Tanka su girişi herbir tepsinin üstünden olurken su çıkışı ana tankın sifon çıkışından olmaktadır. Başlangıçta tepsilerin plankton bezi büyüklüğü 150µm’dir. Bu sistemin esas özelliği larvalar bu tepsilere yerleştirilmeden önce kum haline getirilmiş istiridye ve midye kabuklarının tepsi tabanındaki plankton bezini örtecek şekilde yayılmasıdır. Plankton bezi başlangıç boyunun larva boyuna göre çok küçük olmasının nedeni de bu kabukların tepsiden akıp gitmesini engellemek içindir. Kabuk tozu serpilen tepsilere larvalar bırakılır ve 3-5 gün içinde larvalar bu kabuk tozlarına yapışırlar. Zaman içinde spat istiridyeler büyüdükçe kabuk tozları görünmez, spatlar gözle rahatlıkla görünür hale gelirler. Spat büyüklüğüne paralel olarak tepsinin plankton bezi göz açıklığı arttırılır. Spatların 2-3mm boya kadar bu sistemlerde kalabilmektedir. Bu aşamada verilen deniz suyu sadece kaba filtreden geçmektedir ve besin olarak da diatom ağırlıklı besleme yapılmaktadır. Kuluçkahanelerde yapılan larva çalışmaları sırasında metamorfoz aşamasına yaklaşan istiridye larvalarının tutunmasını uyarmak ve hızlandırmak için bazı neuroaktif bileşikler kullanılmaktadır (Shau-Hwaitan ve Wong, 1995). Bazı araştırıcılar bu amaçla sıcaklığı arttırırken bazıları da tank suyuna kabuklu glikojeni, potasyum klorür veya bakır klorür solusyonu kullanırlar(Nell ve Holliday, 1986).. Bu bileşikler larvalarda göz noktası ve ayak oluştuktan sonra kullanılarak larvaların hemen hepsinin aynı anda metamorfozu tamamlaması sağlanmış olur. Kuluçkahanede 3-4mm boya ulaşana kadar spat istiridyeler tuttulur. Bu aşamadan sonra deniz alanında hazırlanmış olan uygun sistemlere taşınarak yetiştiriciliğe devam edilir. 4.4. Doğal Ortamdan Yavru Temini İstiridyelerin yavruları doğal ortamdan ya dreçler ile avlanarak toplanırlar ya da istiridye yataklarının olduğu alanlara üreme dönemlerinde bırakılan çeşitli malzemelerden hazırlanmış kollektörler ile toplanırlar. İstiridyeler biyolojik yapılarından dolayı tutunmak için özellikle kendi anaç kabuklarına benzer materyalleri tercih etmektedirler. Eğer ortamda kabuk yoksa, spatlar buldukları sert substrata kendini yapıştırırlar(Pascual ve Zampatti 1995). Birçok ülkede, yarı kontrollü yetiştiricilik çalışmalarında, spat istiridyelerin toplanmasında, geleneksel yöntemlerin yanında geliştirilmiş yeni malzemelerden hazırlanan kollektörler de kullanılmaktadır. 4.4.1 Kollektör Tipleri Spat toplamada kullanılacak kollektör tipi önemlidir. Şimdiye kadar birçok materyal ve dizayn kullanılmıştır. Fakat bunlardan hiçbiri için her yerde ve her tür için çok iyi sonuç veren sistem denilemez. Bir tür için iyi olan kollektör diğer bir tür için arzu edilen sonucu vermeyebilir(Bardach ve ark., 1972). Uzak doğuda mangrov (Rhizophora sp., Avicennia sp.) bitkilerinin kökleri ile başlayan spat toplama işlemi günümüzde kiremit, çeşitli mollusk kabukları(midye, istiridye, tarak gibi), ahşap, PVC, metal materyallerin kullanımına kadar uzanmaktadır. (Burrell, 1980; Heral, 1990). 4.4.1.1 Kabuk kollektörler Japonya’dan Amerika’ya kadar çok yaygın bir kullanım alanına sahiptir. Bir ucu sivri olan özel çekiçlerle delinen kabuklar, 2 m. uzunluğundaki galvaniz tele dizilmektedir. Teldeki kabuk sayısı 80 ila 100 arasında değişmektedir. Kabuklar arasında mesafe bırakabilmek için önceleri bambu kamışlar kullanılmaktaydı, ancak maliyet ve geri dönüşüm açısından daha karlı olan plastik tüpler son yıllarda tercih edilmektedir. Kabukların bol olduğu bölgelerde ise herhangi bir mesafe bırakmadan ip veya galveniz tel üzerine üst üste gelecek şekilde kabuklar dizilerek kollektörler hazırlanmaktadır (Korringa, 1976a-b; Haven ve ark., 1987; Mann ve ark., 1990). Fransa’da Ostrea edulis spatlarının toplanmasında kabuk kollektörler içerisinde en iyi sonucu midye kabukları vermektedir. Bu kabuklar ince uzun ağ fileler içerisine yerleştirilmekte ve daha önceden hazırlanmış olan metal çerçeveler üzerine bağlanarak deniz tabanına bırakılmaktadır. Bunlar daha çok gel-git’in olmadığı derin sulara yerleştirmektedir (Heral, 1990). Hazırlanan tüm kabuk kollektör çeşitleri raf veya sallardan sarkıtılarak denize bırakılırlar. Bir çok kuluçkahanede, çeşitli kabuklular kırılıp toz haline getirildikten sonra metamorfoz aşamasına gelmiş larvaların yerleştirildiği tavaların tabanına serilmekte ve larvaların bu kabuk tozlarına tutunması sağlanmaktadır. Bu istiridye yavrularının tek tek elde edilmesi amacıyla da avantajlı bir yöntemdir. Bu şekilde elde edilen spat istiridyeler torbalara yerleştirilip kültür sistemlerine yerleştirlmektedir(Pascual ve Zampatti, 1995). 4.4.2 Kiremitler Kollektör olarak kullanılan kremitler, yaklaşık olarak yarı silindirik şekildedir. 33cm uzunluğunda, 15cm genişliğinde ve ortalama 5cm yüksekliğindedirler. Bu kiremitlerden birinin ortalama ağırlığı 900gr’dır. Kiremitler 10’luk gruplar halinde bir araya getirilirler ve Bouquets olarak adllandırılırlar. Bu onluk grupların oluşturulması için kısa kenarından 7,5cm uzaklıkta iki delik açılmaktadır. 110cm uzunluğunda 1,5mm kalınlığında galvanizli tel ile köşeler kesişecek şekilde birbirine bağlanmaktadır. Daha sonra kirece batırılıp kuruyuncaya kadar bekletilmektedir Kiremit kollektörlerde, kireç solusyonunun kullanılması ile spatlar kiremitler üzerinden rahatlıkla çıkarılmaktadır(Walne, 1974; Korringa, 1976a-b; Heral, 1990). Hollanda’da S-tipi kiremitler istiridye yavrusu toplamak için daha uygun olduğu bildirilmektedir (Dutch Tipi). Burada kullanılan kiremitlerin kuru ağırlıkları 2kg’dır. Ancak deniz suyu içindeki ağırlıkları ortalama 2,5kg. cıvarındadır. 35x23cm boyutlarında ve 13mm kalınlığındadırlar. Bu kiremitler de kreç ile kaplandıktan sonra denize bırakılmaktadırlar (Korringa,1976b). Gerek Crassostrea gerekse Ostrea türleri için gel-git’in olduğu alanlarda yaygın olarak kullanılan kremit kollektörler zemine yerleştirilmektedir. Kollektörlerin bırakılacağı alanlar daha önceden deniz yıldızları ve yengeçlerden temizlenerek kollektör veriminin olumsuz etkilenmesi önlenmiş olur. 4.4.3. Plastik malzemeler Günümüzde geleneksel olarak kullanılan bir çok materyalin yanında kolay şekil verilebilen plastik malzemeler de kullanılmaktadır. Bu malzemelerin maliyeti diğer kollektörlere göre daha yüksek olmasına karşın, tekrar kullanılması nedeni ile tercih edilmektedir. PVC çubuklar, yarı silindir plastik kollektörler, plastik levhalar ve fileler en çok kullanılan plastik materyal tipleridir(Korringa, 1976a-b). Dayanıklı ve hafifitirler., spat hasatı pratiktir. 4.4.4. Bambu kamışı ve ahşap materyaller Özellikle Filipinler’de Crassostrea eradelie için kullanılan bir kollektördür. Hazırlanışı basit olduğu için Filipin’li üreticiler tarafından özellikle tercih edilmektedir. Bu bambu kamışlar 5-10cm çapında ve sağlam olanları tercih edilmektedir. Bambu kamışları kesildikten sonra güneşte kurutulmakta ve eğer kalın bambu kamışları varsa bunlar da ikiye ayrılarak kullanılmaktadır. Daha önceleri bu ülkede istiridye kabukları yaygın olarak kollektör yapımında kullanılmasına karşın, bambu kamışlarının iyi bir spat toplayıcı olmasının belirlenmesinden sonra istiridye kabuklarının kullanımı azalmaya başlamıştır. Kullanılan bu kamışlar intertidal alanlara 0,3-0,7m aralıklar ile yanyana dikilmektedir. Her bir bambu sırası arasında bir küçük tekne gezebilecek kadar mesafe bırakılmaktadır. Bambu kamışlarının sıralar halinde kullanımının dışında kamışların bir araya getirilmesi ile ızgaralar hazırlanmıştır. Hazırlanan bu ızgaralar deniz dibine dik olacak şekilde ve özellikle gel-git alanlarına yerleştirilmektedir (Bardach ve ark., 1972). 4.4.5. Ahşap ızgaralar Avusturalya’da Crassostrea commercialis ‘in spatlarını toplamada tahta ızgaralardan yararlanılır. 2m uzunluğundaki ve 22-25mm2 yüzey alanına sahip olan bu çıtalar belli aralıklar ile kafes şeklinde çakılarak ızgaralar oluşturulur. Bunlar zeminden 1-1,3m yukarıdaki raflara üst üste gelecek şekilde yerleştirilerek tren yoluna benzer uzun hatlar oluşturulur. Her bir sıra arasında tekne girecek kadar mesafe bırakılır(Kesteven, 1941). Pek yaygın olmamakla birlikte, ahşap kaplamalar güneş altında kurutulup spral şekline getirilerek, spat toplama için kullanılmaktadır (Quayle,1969). 4.4.6 Kayrak taşı Kayrak taşı, özellikle Fransa’da kullanılan materyaldir. İnce kare parçalar halinde kesilen taşlar bir çelik tel üzerine araları 4-5cm mesafe ile dizilirler. Tel üzerindeki taş adeti 15 ila 20 adet arasındadır. Bu şekilde hazırlanan kollektörler gel-git etkisinde olan raf sistemlerinin üzerine yerleştirilerek kullanılmaktadır. Bu taşlar aynı zamanda ince uzun dirtdörtgen şeritler halinde de değerlendirilebilmektedir. Hazırlanan dirtdörtgen plakalar aralarında 5-6cm’lik mesafe ile yan yana gelecek şekilde birleştirilirler ve raflar üzerine bırakılırlar(Berthome ve ark., 1984). 4.4.7 Spat toplamada kullanılan diğer malzemeler İngiltere’nin bazı bölgelerinde kullanılan, ince bir beton tabakası ile kaplanmış yumurta kolileri Karasal hayvanların kümesi olarak kullanılan küçük tel kafesler, Seramikten hazırlanmış, çatı kremitlerine benzer yarı silindirik yapılar, Plastik ile kaplanmış tel ızgaralar, Çimentolu alçı taşı, İnce dilimler halinde kesilmiş lastik parçaları çeşitli dizaynlarda hazırlanarak kollektör olarak kullanılmaktadır((Bardach ve ark., 1972; Mann ve ark., 1990; Soniat ve ark., 1991; Lök ve Yolkolu, 1999). Günümüze kadar birçok kollektör materyali ve dizaynı denenmiş olmasına karşın genel olarak en iyi kollektör şudur demek yanlış olur. Bir tür veya bölge için iyi olan bir kollektör, diğer bir tür ve bölge için arzu edilen sonucu vermeyebilir. Bir yörede kullanılacak olan kollektörün seçiminde dikkat edilecek belli başlı özellikler vardır. Bu özelliklerin başında istiridyenin türü gelmektedir ki, yetiştiriciliği yapılacak olan türün özellikle hangi materyallere tutunduğunu belirlemek gerekmektedir. Kullanılacak olan kollektör tipinin ekonomik açıdan maliyetinin düşük olması ve tekrar kullanılabilirliğinin olabilmesi yada dayanıklılığının uzun vadeli olması tercih sebebini oluşturmaktadır. Yine seçilen kollektör tipinin o yörede bol miktarda olması aranılan özellikler arasındadır. Larvalar yapışmak için temiz, sert yüzeyleri tercih eder. Kollektörler yapışkan, kaygan veya düz zeminli olmamalıdır. Kaba yüzeyler larvalar tarafından daha çok tercih edilmektedir. Kollektör rengi önemsizdir. Kollektörler batabilme özelliğine sahip olmasına karşın hafif olmalı, larvaların hareketine izin verecek kadar kollektörler arasında su hareketi olmalıdır. Kollektörler ile yavru toplama işlemine başlamadan önce, o bölgede mevcut olan istiridye yatakları ve bu istiridyelerin üreme zamanlarının çok iyi belirlenmesi gerekmektedir. Bu amaçla araştırıcılar bölgede plankton çekimi yapıp istiridye larvalarının bolluğunu ve yaşını takip ederek en uygun zamanı bildirirler. Bazı bölgelerde ise üreticiler geçmiş yılların tecrübesine göre kollektörlerini denize bırakırlar. Eğer kollektörler denize çok erken bırakılırlarsa çok fazla sayıda balanus veya diğer arzu edilmeyen fouling organizmalar kollektörlere yapışır ve spat toplama başarısını olumsuz etkiler. Kollektörlerin bırakılacağı alanlarda yapılacak ön çalışmalar ile en iyi kollektör tipi ve en uygun spat toplama zamanı tespit edilir(Mori, 1987). Larva toplama zamanı araştırma istasyonları tarafından belirlenir ve ilgilenen üreticilere ilan edilir. Yeni yapışan larva 0.3mm büyüklüğündedir. Yaklaşık bir ay sonra 1-1.5cm olur. Bu boydan sonra kollektörden ayrılarak büyütme alanlarına transfer edilirler. Bazı yetiştiriciler kollektör tipleri uygun ise spatları ayırmadan ya aynı alanda ya da gelişmenin daha iyi olacağı başka bir alana taşıyarak uygun kültür sistemlerine yerleştirilerek büyümeye alınırlar. 5- YETİŞTİRİCİLİK YÖNTEMLERİ Gerek kuluçkahaneden elde edilen ve gerekse doğal alanlardan toplanan yavru istiridyeler, pazar boyuna kadar büyütülecekleri yetiştirme alanlarına yerleştirilirler. Yetiştirme alanlarının seçiminde aşağıdaki konulara dikkat edilmelidir: a) İstiridyenin büyümesine izin verecek uygun su koşullarına(sıcaklık, tuzluluk) sahip olmalıdır. b)Evsel ve endüstriyel bir atık girdisi olmamalıdır. c)Plankton açısından zengin olmalıdır. d) Toksik plankton patlaması olmamalıdır. e)Suda belli bir su akıntısı olmalı, durgun su olmamalıdır f)Denizyolu ulaşımı üzerinde olmamalıdır. 5.1 Dip Kültürü Gel-git etkisindeki kıyı alanlarında uygulanana en eski kültür yöntemidir. İplere dizilmiş olan kabuk kollektörler spatlar tutunduktan sonra iplerden çıkarılarak spatlar ile birlikte deniz tabanına bırakılırlar. Bu genç bireyler 22 ay bu alanda kalırlar. Bir yaz sezonunun geçmesi et dolgunluğu için yeterli olmaktadır. İstiridyeler sonbaharda hasat edilirler. Hasat işlemi elle veya dreçler ile yapılır. Toplanan istiridyeler basınçlı su ile yıkanarak temizlenir ve pazara sunulurlar. Bu dip kültür sistemi zemine hazırlanan raylı sistemler ile biraz daha geliştirilmiştir. Raylı sistemlere istiridye büyüklüğüne uygun göz açıklığına sahip kasalar yerleştirilir. Kasaların üstü ağ fileler ile örtülür. Böylece sular yükseldiğinde kasa içersindeki istiridyelere bazı organizmaların zararı olmayacaktır. Ayrıca kasalara yerleştirilen istiridyeler zemine direk temastan kurtulmuş olmaktadırlar. Böylece istiridye üstünde çamur birikerek boğulma riski de azaltılmış olmaktadır(Iversen, 1976). 5.2.Sehpalarda kültür Dip kültüründe zararlı organizmalar ve istiridyeler üzerinde çamur birikmesi verimin düşük olmasına neden olmaktadır. Bu nedenle üreticiler ilk zeminden uzak kültür yöntemi olarak sehpa sistemini uygulamaya başlamışlardır. Gelgitin fazla olduğu yerlerde zeminden 30cm yukarıda ve 2m uzunlukta olacak şekilde metal çubuklardan 30-40cm genişliğinde sehpalar yapılmaktadır. Bu sehpalar üzerine kollktörlerden temizlenen veya kuluçkahanelerden alınan spatlar plastik torbalar içersine konarak yerleştirilir. Plastik gözenekli torbalar sehpalara her iki ucundan metel maşalar ile sabitlenirler. İstiridyeler büyüdükçe torbaların göz açıklığı da büyültülür. 2-2,5 yıl sonra istiridyeler hasat edilir. Bu sistemin en önemli sorunu torbalar üzerinde makro alg birikiminin fazla olması ve gözenekleri kapatmasıdır. Torbalar sık sık kontrol edilmeli ve fazla alg birikimi temizlenmelidir. Temizleme işleminde algin tamamı alınmaz. Kalan algler torba üzerinde sular çekildiğinde gölgeleme yaptığı için istiridyelerin sıcaklıktan etkilenmesini azaltır(Bardach, ve ark., 1972). 5.3.Raf Kültürü Raf kültürü ile istiridye yetiştiriciliği hem horizontal, hem de vertikal alanda yapılır hale gelmiştir. Gelgit etkisinin az olduğu deniz derinliği 1.5-2m’den 5-6m’ye kadar olan kıyısal alanlarda raf kültürü uygulanmaktadır. Bazı üreticile gelgit etkisindeki alanlarda da uygulamaya almaktadır. Bambu kamışlar aralarında 2-3m mesafe olacak şekilde 2 ila 5m derinliklerdeki suların bulunduğu yerlere çakılırlar. Diğer bambular ise denize dik çakılan kazıkların üstlerine yatay olarak olarak bağlanırlar. Bu rafların dizaynı uzun ikili sıralar halinde olabileceği gibi 10x10m ebatlarında da yapılabilir. Bu durumda bambu sıraları arasındaki mesafeler 50-60cm olacak şekilde ayarlanır. İstiridye spatlanın tutunduğu kollektörler yatay bambu kamışlarının üzerinden 40-50cm aralıklar ile sarkıtılarak spatların büyümesine izin verilir. Bu sistemde kollektör uçlarının deniz tabanına değmemesine dikkat edilir. Böylece zararlı organizmalardan kollektörler uzak tutulmuş olur. Raf sisteminde bambu kamışı dışında dayanıklı ahşap materyaller ve deniz suyuna dayanıklı metal konstrüksiyon da kullanılmaktadır(Korringa, 1976a-b). 5.4 Sal Kültürü Sallarda yetiştiricilik genellikle iç denizlerde uygulanır. Salların inşasında tropik kuşakta 10-15cm çaplı bambular veya sedir ağacı kullanılmaktadır. Birbirine 30 veya 60cm aralıkla monte edilirler. Salların ebadı, 9x5,4m dir. Bu büyüklükdeki bir sal, 500-600 adet istiridye kollektörü(spatlı) taşır. Salların yüzdürülmesinde tercihen dayanıklı plastik variller (50 galonluk), fıçılar veya yüzdürücüler (stypor) kullanılır. Sallar 5-10m aralıklarla birbirlerine bağlanır. Bir ünite yaklaşık 10 saldan teşekküldür. Salların büyüklükleri ve sayıları değişiklik gösterebilir(Bardach, ve ark., 1972; Burrell, 1980). Sallar genellikle bambulardan yapılır. Plastik borularda bu amaçla kullanılabilir (PVC sulama boruları). Bu tür malzemenin esneme payı fazladır. Elemanlar 8 numara telle bağlanır. Salların sabitlenmesi için (deniz demiri) çapalar kullanılır, diğer bir yöntem ise, biri 3 tonluk, diğeri 5 tonluk iki beton bloğun yardımı ile sabitlemektir. Sert havalarda salı sürükleyen dalgalar güçlü ise, 3 tonluk bloğu oynatırlar. 5 tonluk bloğu oynatmaya çalışırken dalga aralarında 3 tonluk blok boşu alarak dibe çöker ve salın sürüklenmesini önler. Çapalı sabitlemede çapayı bırakmak ve ipin kopması çok görülmüştür. Bir salın ömrü 5 yıldan fazla olabilmektedir. Sal kültürü ile 25mm büyüklüğündeki bir istiridye 9 ay içinde pazar büyüklüğüne ulaşabilmektedir. Bu sistem ile su alanında hem horizantal, hem de vertikal olarak yararlanma söz konusudur. Dipte yapılan bir kültür ile karşılaştırıldığında verim en az%50 artmaktadır. 5.5. Halatlarda Kültür Aralarında 3-6m mesafe ile bir kalın halat üzerine sabitlenmiş yüzdürücülerden oluşur. Yüzdürücü olarak 30-40 lt hacimli plastik bidonlardan yararlanılır. Bu sistem tek halat ile hazırlanabileceği gibi arasında 30-40cm mesafe olacak şekilde çift halat olarak da hazırlanabilir. Uzunluğu 60-75m arasında değişir. Her hattın ucunda duruma göre 1-3 arası çapa bulunur ve deniz dbine sabitlenir. Her ünitede 10-12 yüzdürücü vardır.Yüzdürücülere bağlı olan ana halat bedene spatlar tutunmuş kabuk kollektörler asılabileceği gibi, içinde istiridye olan ağ fileler de asılabilir. İstiridye kollektörleri veya fileleri 30cm aralıkla asılırlar. Sahilden uzak derin sularda kurulabilir ve zor hava şartlarına karşı dayanıklıdır. Sistemin yıpranma ömrü diğer sistemlere göre daha uzundur. Planktonnun daha az olduğu derin, sahilden uzak sularda kurulması tercih edilen bir sistem olduğundan spatların Pazar boyuna ulaşması 2 yılı geçebilir(Bardach, ve ark., 1972; Iversen, 1976; Burrell, 1980). 5.6 Kafes Kültürü Kollektörler ile toplanıp bir yıl sonra seyreltilen istiridyelerden güzel şekilli olanlar seçilirler. Tel çerçeveli ızgara şeklindeki kafeslere herbirinin ayrı ayrı konabileceği bölmelere istiridyeler yerleştirilir, sal veya halat sistemlerinden asılır. Yaklaşık 6-8 ay sonra 10-20 cm uzunluğa ve 10-30 gr et ağırlığına ulaşır. Bu yöntem daha çok istiridyeler pazara çiğ olarak sunulacağı durumlarda uygulanır. Izgara sistemi nedeni ile sıkışan istiridyelerde kabuk şekli düzgün olarak büyüme gerçekleştiğinden tüketici tarafında tercih edilmektedir. Sal veya halat kültür alanlarındaki yerleşim akıntı, tuzluluk, besin ve yerel balıkçılık aktivitelerine bağlı olarak ayarlanmalıdır. Yoğun istiridye ölümleri kıyısal ve acı sularda yapılan kültür alanlarında ve doğal stoklarda görülmektedir. Bu ölümlerin başlıca nedenleri; -yetersiz beslenme -aşırı yağmurlar ve seller nedeni ile oluşan ekstrem tuzluluk ve sıcaklık değerleri, -predatörlerin aşırı üreyip yayılması, -çamur birikimi, -düşük oksijen seviyeleri, -yoğun stoklamalar -hastalıklardır. Bunlara ilaveten yaz aylarında seksüel olgunlaşma ve yumurtlama esnasında da anaç istiridyelerde yoğun ölümler görülmektedir. 6-Zararlı Organizmalar İstridye doğal ortamda iken suda mevcut olan diğer canlılar tarafından da bazı etkilere maruz kalmaktadır. Bu etkilerin başında onları besin olarak kullananlar, yaşadıkları ortama ve besine ortak olanlar, üzerinde yaşayarak direk ve indirek etki edenler veya kabuklarını delip içine girerek yaşamlarını istiridye içinde geçirenler gelmektedir. Kabuklu yetiştiricileri bu zararlıları bilip önlem almak zorundadırlar. Bu zararlıları predatörler(bazı balık türleri, yengeçler, istiridye matkabı, deniz yıldızı, ahtopot ve deniz kuşları (Haemotopus ostrolegus), rakip canlılar ve fouling, boring organizmalar olarak sınıflandırmak mümkündür(Korringa,1976a-b, Spencer, 1990; Lök ve Köse, 1999). Bunların dışında kabuklularda toksik madde birikimlerine neden olan Gonyaulax sp., Dinophysis sp. gibi fitoplanton türlerinin olduğu alanlardan istiridye hasatı yapılmamalı veya toksik etkisi geçene kadar beklenmelidir. Toksik fitoplankton patlamaları sonucunda toplanıp tüketilen istiridye, midye gibi kabuklu su canlıları bünyelerinde biriktirdikleri toksite nedeni ile insanlarda ölümlere kadar varan sonuçlar ile karşılaşılabilmektedir(Hindioğlu, 1998). 7- SONUÇ İstiridye kültürü Romalılar zanında başlamış ve günümüze kadar birçok kültür yöntemi ve sistemi geliştirilmiştir. Kültür uygulamaları ülkelere, istiridye türüne ve üreticinin tercihine göre değişiklik göstermektedir. Üreticiler kendi ülke şartları için en uygun sistemi geliştirmişler ve halen daha başarılı sonuçlar alma yönünde çalışmalar devam etmektedir. Ülkemizde ise istiridye kültürünün başlatılması hem ekonomik sonuçları hem de uygun deniz alanlarının değerlendirimesi açısından önemli olacaktır. KAYNAKLAR Alpbaz, A., 1993. Kabuklu ve eklembacaklılar yetiştiriciliği. E.Ü. Su ürünleri Fakültesi yayınları No. 26, s. 82-130. Bardach, J. E., Ryther, J.H., McLarney, W. O., 1972. Oyster culture. Aquaculture, The Farming and Husbandry of Freshwater and Marine Organisms :. pp. 674-742. Bayne, B. L., 1965. Growth and delay of metamorphosis of the larvae of Mytilus edulis(L.) Ophelia, Vol:2, No:1, Denmark. Berthome, J.P., Prou, J., Razet, D. & Garnier, J., 1984. Premiere approche d’unemethode d’estimation previsionelle de la production potentielle d’huitre creuse C.gigas d’elavage. Haliotis 14 39-38. Brausseau, D. J.,1995. Gametogenesis and spawning in intertidal oysters (Crassostrea virginica) from Westrn Long Island Sound. Journal of Shellfish Research. Vol.14, No.2 pp.483-487. Burrell, Jr.V.G., 1980. Oyster culture. In: Huner,J.V., ve Brown E.E.(eds), Crustacean and Mollusk Aquaculture in the United States. pp. 235-305. Claus, C., 1981. Trends in nursery rearing of Bivalve Molluscs. In:Claus, C., De Pauw, N., Jaspers, E.(eds) Nursery Culturing of Bivalve Molluscs European Mariculture Society Specıal Publication. No.7 pp.1-33. Cole, H. A., 1942.Primary sex phase in Ostrea edulis. Quart. J. Micros. Sci., 83. pp. 317-356. De Pauw, N., 1981. Use and Production of Microalgae as Food for Nursery Bivalves. In:Claus, C., De Pauw, N., Jaspers, E.(eds). Nursery Culturing of Bivalve Molluscs European Mariculture Society Specıal Publication. No.7 pp.35-69. Field, I. A., 1922. Biology and Economic Value of the Sea Mussel Mytilus edulis. Bull. U. S. Bur. of Fisheries, Vol: 38, pp. 127-259, Washıngton. Garcia-Dominguez F., Ceballos-Vazquez , P. B., Qezada A.T. 1996. Spawning cycle of the pearl oyster, Pinctada mazatlanica (Hanley, 1856) (Pteriidae) at Isla Espirito Santo, Baja California Sur, Mexico. Journal of Shellfish Research, Vol.15, No.2. pp.293-303. Haywood, E. L., Soniat, T. M.1992. The use of cement-stabilizied gypsum as cultch for the Eastern oyster, Crassostrea virginica (Glein, 1791). J Shellfish Res.vol.11, No.2 pp. 417-419. Haven, D. S., Zeigler, J. M., Dealteris, J. T., Whitcomb, J. P., 1987. Comparative Attachment, Growth and Mortalities of Oyster (Crassostrea virginica) Spat on Slate and Oyster Shell In The James River, Virginia. Journal of Shellfish Research , Vol:6, No:2, pp. 45-48. Heral, M.,1990. Traditional oyster culture in France. In: Barnabe, G. (ed.), Aquaculture Vol.1, pp. 342-387. Hindioğlu, A., Alpbaz, A., 1991. İstiridye (Ostrea edulis, L.1758) larvası üretimi üzerine araştırmala. Eğitiminin 10.yılında Su Ürünleri Sempozyumu, sayfa: 578-589. Hindioğlu, A., Serdar, S., Yolkolu, S., 1998. Kabuklularda (Bivalve-Mollusk) algal biotoksin ve insan üzerindeki etkileri. Özhan, E. (ed.) Türkiye’ nin Kıyı ve Deniz Alanları II. Ulusal Konferansı,Türkiye Kıyıları 98 Bildiriler Kitabı,22-25 Eylül 1998.ODTÜ Ankara pp.173-187. Iversen, E.S., 1976. Farming the edge of the sea, pp.134-158. Surrey England. Iwata , K. S., 1950. Spawing Mytilus edulis discharge by electirical stimulation. Bull. Jap. Soc. Scic. Fish. 15, pp.443-446. Loosanoff, V.L., Davis, H.C., 1963. Rearing Molluscs. Advances in Marine Biology. Vol. I, pp. 14-106. Academic Press, London. Lök, A., Yolkolu, S., 1999. İstiridye yavrularının (spat) toplanmasında kullanılan kollektör tipleri. Sualtı Bilim Teknolojisi Toplantısı Bildiriler Kitabı SBT-99. s.109-114. Lök, A., Köse, A., 1999. İstiridye kültüründe karşılaşılan zararlı organizmalar. Sualtı Bilim Teknolojisi Toplantısı Bildiriler Kitabı SBT-99. s.114-119. Mann, R.; Barber, B.J.; Whitcomb, J. P., Walker, K. S., 1990. Settlement of oysters, C. virginica (Glein, 1791), on oyster shell, expanded shale and tire chips in the James River, Virginia. J Shellfish Res, vol. 9, No.1 pp.173-175. Mori, K., 1987. Managed coastal water for oyster culture in Japan. In: Michael, R. G.(eds.).Ecosystems of the World 29 Managed Aquatic Ecosystems pp.125-143. Nell, A. J., Holliday J. E., 1986. Effects of potassium and copper on the settling rate of Sydney rock oyster (Saccostrea commercialis) larvae. Aquaculture, 58 pp.263-267. Kesteven, G.L., 1941. The biology and cultivation of oysters in Australia. CSIRO, Divisionof Fisheries. Report 5, pp.1-32. Korringa, P., 1976a. Farming the cupped oysters of the genus Crassostrea P.219. Elsevıer Scientific Publishing Company-Newyork Korringa, P.,1976b. Farming the flat oysters of the genus Ostrea P.231 Elsevier Scientific Publishing Company-Newyork. Pascual, M.S., Zampatti, E.A., 1995. Evidence of a Chemically mediated adult-larval interaction triggering settlement in Ostrea puclchana: applications in hatchery production-Aquaculture133, pp.33-34 Rodriguez J., Frias, J. A., 1992. Tropical mangrove oyster production from hatchery-raised seed in Cuba. Journal of Shellfish Research, vol. 11, No.2, pp.455-460. Quayle,D. B., 1969. Pacific oyster culture in British Columbia. Fisheriesresearch Board of Canada Biological Station, Nanaimo, B.C. pp. 57-65. Shau-Hwaitan ve Tat-meng Wong, 1995. Introduction of settlement and Metamorphosis in The Tropical Oyster, Crassostrea belcheri (Sowerby), byNeuroactive Compounds, Journal of Shellfish Research, vol. 14 pp.435-438. Soniat, T. M., R. C. Bioadhurst III & E.L. Haywood III. 1991.Alternatives to clamshell as cultch for oysters, and the use of gypsum for the production of cultchless oyster. J Shellfish Res. 10:405-410. Spencer, B.E., 1990. Cultivation of Pacific oysters. Ministry of Agriculture, Fisheries and Food Directorate of Fisheries Research. No: 63, p.47. Sugiura, Y., 1962. Electirical induction of spawing in two marine invertebrates (Urechis unucintus and hermahproditic Mytilus edulis). Biol. Bull. Woods Hole Cilt:123, pp.203-206. Utting, S.D., 1988. The growth and survival of hatchery-reared Ostrea edulis L. spat in relation to environmental conditions at the on-growing site.Aquaculture,69:27-38. Walne, P. R., 1974. Culture of Bivalve Mollusch 50 years experience at Conwy.Fishing News Books Ltd. Farnham, Surrey England. Yolkolu, S., 2000. İstiridye (Ostrea edulis)’nin gonad gelişimi ve cinsiyet oranı üzerine bir araştırma. E.Ü. Su Ürünleri Fakültesi. Yüksek Lisans Tezi, p.69.

http://www.biyologlar.com/istiridye-biyolojisi-ve-yetistirme-teknikleri

Laktik Asit Bakterilerinin tiplendirmesinde kullanılan Moleküler (Genotipik) Yöntemler

Organizmanın genetik yapısının analizini temel alan yöntemlerdir. DNA temelli yöntemler, kullanılan tekniğin tipine bağlı olarak mikroorganizmaların genus seviyesinden suş seviyesine kadar identifikasyonunu sağlayabilmektedir. Nükleotit sekanslarının kullanımını içeren bu teknikler oldukça hızlı teknikler olup besiyerindeki değişikliklerden etkilenmemeleri bakımından fenotipik identifikasyon yöntemlerine kıyasla oldukça önemli avantajlar sunmaktadır . Bununla beraber, genotipik yöntemler kromozomal DNA molekülünün insersiyon ve delesyonu, ekstrakromozomal DNA’nın kazanılması/kaybedilmesi veya restriksiyon endonükleaz kesim bölgelerinin yaratılmasına veya var olan kesim bölgelerinin elimine olmasına sebep olan rastgele mutasyonlardan etkilenmekle beraber doğal varyasyona daha az maruz kalmaktadırlar. Fenotipik ya da genotipik olsun, tüm identifikasyon sistemleri yorum ve performans rahatlığı, ayrım gücü, üretilebilirlik ve tiplendirilebilirlik bakımından karakterize edilmelidir. Günümüzde, LAB identifikasyon/tiplendirme çalışmalarında ilgi odağı fenotipik yöntemlerden daha kesin ve hassas sonuçlar veren moleküler (genotipik) yöntemlere doğru kaymıştır . DNA temelli moleküler yöntemler filogenetik çalışmalarda mikroorganizmaların birbirleri ile bağlantısının belirlenmesinde sıklıkla kullanılan yaklaşımlardandır ve kullanılan yönteme bağlı olarak genus düzeyinden suş düzeyine kadar mikroorganizmaların farklı seviyelerde tanımlanmasında gelişmiş bir bakış açısı sunmaktadır. Uygulamalı bakış açısından bakıldığında, ideal bir tiplendirme sistemi Tablo 1’de belirtilen bir takım önemli özelliklere sahip olmalıdır

http://www.biyologlar.com/laktik-asit-bakterilerinin-tiplendirmesinde-kullanilan-molekuler-genotipik-yontemler

Arılar Balmumunu Nasıl Üretirler

Arı peteklerinin temel inşaat malzemesi balmumudur. Arılar balmumunu, karınlarının altında yer alan 4 çift salgı bezinden salgılarlar. Bu salgı bezlerinin bitiştiği yerde iki küçük aralık vardır. Balmumu bu aralıklarda ufak ince pullar şeklinde oluşur. Arılar bu küçük tabakaları almak için tüylerden oluşan arka bacaklarındaki kancalarını kullanırlar. Bunu balmumu plakasına geçirir ve arka bacaklarıyla çekip dışarı çıkarırlar. Sonra ileri iterek önce orta, sonra ön ayaklarına ulaştırırlar. (Arılar 6 bacaklıdır) Son olarak plakayı çene kemikleri ile alır ve yoğurarak işlenebilir kıvama getirirler (1). Bir mum pulcuğu alınır alınmaz, aralıktan hemen ikincisi çıkar. Yalnız balmumunun salgılanması için en önemli unsur sıcaklıktır. Bu yüzden işçi arılar peteği inşa etmeye başladıklarında ilk olarak birbirlerine zincir halinde kenetlenir, adeta bir top halini alırlar. Bu sayede balmumu için gerekli olan 35oC ısı sağlanmış olur. Yoğurma işlemi bu en uygun ısı derecesinde yapılır ve böylece plastikleştirilmiş, inşaata elverişli balmumu hazır olur. Balmumu üretimi oldukça fazla enerji gerektiren bir işlemdir. Bu nedenle arılar 1 kg. balmumu yapmak için yaklaşık olarak 22 kg. bal tüketirler. Arılar balmumunu salgı bezlerinden her seferinde yaklaşık olarak bir toplu iğnenin başı büyüklüğünde parçalar halinde çıkartırlar (2) Bu oran göz önünde bulundurulduğunda balmumunun neden bu kadar kıymetli olduğu daha iyi anlaşılmaktadır. Arılar en küçük bir mum kırıntısını bile çok iyi değerlendirerek balmumundan maksimum istifade ederler. Hatta bir kovanı tamamen terk etmeleri gerektiğinde de bal tüketerek balmumu üretmek yerine, eski kovandan balmumu taşımak gibi bir yönteme başvurdukları bile gözlenmiştir. Bu konuda araştırma yapan Alman bilim adamı Dr. N. Koeniger başka bir yerde yeni bir kovan yapmak için eski kovanı terk eden bir arı kolonisi bulmuştur. Ertesi gün işçi arıların kovana geri döndüğünü gözlemleyen Koeniger, arıların eski hücrelerden balmumu kemirdiğini ve bunları yeni yuvalarına taşıdığını tespit etmiştir. Arıların bu tutumlu davranışlarının nedeni balmumunun üretiminde çok enerji gerekmesidir. Arılar toplu iğne başı büyüklüğünde parçalardan oluşturdukları balmumunu çok akılcı bir şekilde kullanarak en az balmumu ile en fazla petek inşa ederler. Örneğin arıların 22.5x37 cm. ebatlarında bir petek için sadece 40 gr. balmumu harcadıkları saptanmıştır. Boş ağırlığı 40 gr. olan bu petek yaklaşık 2 kg. bal depolayabilmektedir (3) (1) Prof. Karl von Frisch, Arıların Hayatı, s. 22 (2) Mark L. Winston, The Biology of the Honey Bee, Harvard Unv. Press, 1991, s.83 (3) Prof. Karl von Frisch, Animal Architecture, A Helen and Kurt Wolff Book/Harcourt Brace Jovanavich, Inc. New York and London; s.87

http://www.biyologlar.com/arilar-balmumunu-nasil-uretirler

Sularda Kimyasal oksijen ihtiyacı (KOİ (COD)) belirlenmesi

Kirli sularda bulunan organik maddelerin tümünün biyolojik olarak ayrışabilir nitelikli olmayışı, BOİ deneyinin uzun sürmesi gibi etkenler nedeniyle sulardaki organik atıkların oksidasyonunda gerekli oksijenin belirlenmesi için kimyasal yöntemlerin uygulanması yönteme hız kazandırmaktadır. Bu deneyde ortamdaki organik maddelerin hepsi, asitlendirilmiş ortamdaki bikromat ile reaksiyona girip oksitlenirken, BOİ deneyinde yalnızca biyolojik olarak hızlı ayrışabilir organik fraksiyon söz konusudur. CxHyOz + Cr2O7 -2 + CO2+ H2O + Cr +3 Organik madde Asit ortam Asitin, hidroliz sonrası, geriye kalanı aşırı bikromat (oksidasyonda kullanılmayan kısım) ayarlı demir amonyum sülfat çözeltisi ile geri titrasyon yapılarak saptanır ve bundan yararlanarak oksidasyonda kullanılan miktar hesaplanır. BOİ ve KOİ değerlerinin her ikisi de atıkların arıtımı sırasında değişir. Arıtma sırasında biyolojik olarak okside olabilen maddeler azalırken, kimyasal olarak oksitlenebilen maddelerde değişiklik olmaz. Biyolojik olmayan maddeler arıtılmamış atıklarda bulunduğunda KOİ/BOİ oranı, biyolojik ayrışır maddelerin kararlı yapıya ulaşmaları ile nisbi bir artış gösterir. Bu oran atıkların oksitlenebilirliği ve göreceli ayrışabilirliğinin tahmininde kullanılır. Küçük KOİ/BOİ oranları, atıkların içinde biyolojik olarak ayrışmayan fraksiyonun azlığını, büyük değerler ise çokluğunu gösterir. KOİ yönteminin yetersiz yönleri şunlardır: • Bazı organik maddeler, örneğin düz zincirli organik asitler, alkoller ve aminoasitler bikromat ile kısmen oksitlenirler, bazı organik maddeler ise (benzen, piridin, toluen gibi) oksitlenmezler, • S-2 , SO3-2 , NO2- ve F+2 gibi anorganik maddelerin oksitlenmesi sonucu, KOİ yüksek değerler gösterebilir, • Cl- iyonu, bikromat ile reaksiyona girdiğinden, bunun önlenmesi gerekir. Bu amaçla civa sülfat ilavesi ile klorür iyonları çözünmeyen civa (II) klorür şekline dönüştürülür. Hayvan atıkları ve bazı besin işleme endüstrisi atıkları yüksek düzeyde klorür içerir. Bu nedenle klorür düzeltme faktörü olarak, KOİ analizlerinde civa sülfat gerekmektedir. Benzen ve amonyak gibi bileşiklerin etkisi, bu test ile ölçülememektedir, çünkü KOİ işlemi amonyağı oksitleyememektedir. BOİ ve KOİ analizleri farklı sonuçlar verirler. KOİ değeri her zaman BOİ değerinden büyüktür. İki değer arasındaki farklılıklar pek çok faktörler ilgilidir. Örneğin lignin gibi biyolojik ayrışmaya dirençli maddeler bu farkın oluşmasında etkendir. Kimyasal maddelerin bazıları, kimyasal olarak okside olabildikleri gibi biyolojik kimyasal yöntemlerin uygulanması yönteme hız kazandırmaktadır. Bu deneyde ortamdaki organik maddelerin hepsi, asitlendirilmiş ortamdaki bikromat ile reaksiyona girip oksitlenirken, BOİ deneyinde yalnızca biyolojik olarak hızlı ayrışabilir organik fraksiyon söz konusudur. CxHyOz + Cr2O7 -2 + CO2+ H2O + Cr +3 Organik madde Asit ortam Asitin, hidroliz sonrası, geriye kalanı aşırı bikromat (oksidasyonda kullanılmayan kısım) ayarlı demir amonyum sülfat çözeltisi ile geri titrasyon yapılarak saptanır ve bundan yararlanarak oksidasyonda kullanılan miktar hesaplanır. BOİ ve KOİ değerlerinin her ikisi de atıkların arıtımı sırasında değişir. Arıtma sırasında biyolojik olarak okside olabilen maddeler azalırken, kimyasal olarak oksitlenebilen maddelerde değişiklik olmaz. Biyolojik olmayan maddeler arıtılmamış atıklarda bulunduğunda KOİ/BOİ oranı, biyolojik ayrışır maddelerin kararlı yapıya ulaşmaları ile nisbi bir artış gösterir. Bu oran atıkların oksitlenebilirliği ve göreceli ayrışabilirliğinin tahmininde kullanılır. Küçük KOİ/BOİ oranları, atıkların içinde biyolojik olarak ayrışmayan fraksiyonun azlığını, büyük değerler ise çokluğunu gösterir. KOİ yönteminin yetersiz yönleri şunlardır: • Bazı organik maddeler, örneğin düz zincirli organik asitler, alkoller ve aminoasitler bikromat ile kısmen oksitlenirler, bazı organik maddeler ise (benzen, piridin, toluen gibi) oksitlenmezler, • S-2 , SO3-2 , NO2- ve F+2 gibi anorganik maddelerin oksitlenmesi sonucu, KOİ yüksek değerler gösterebilir, • Cl- iyonu, bikromat ile reaksiyona girdiğinden, bunun önlenmesi gerekir. Bu amaçla civa sülfat ilavesi ile klorür iyonları çözünmeyen civa (II) klorür şekline dönüştürülür. Hayvan atıkları ve bazı besin işleme endüstrisi atıkları yüksek düzeyde klorür içerir. Bu nedenle klorür düzeltme faktörü olarak, KOİ analizlerinde civa sülfat gerekmektedir. Benzen ve amonyak gibi bileşiklerin etkisi, bu test ile ölçülememektedir, çünkü KOİ işlemi amonyağı oksitleyememektedir. BOİ ve KOİ analizleri farklı sonuçlar verirler. KOİ değeri her zaman BOİ değerinden büyüktür. İki değer arasındaki farklılıklar pek çok faktörler ilgilidir. Örneğin lignin gibi biyolojik ayrışmaya dirençli maddeler bu farkın oluşmasında etkendir. Kimyasal maddelerin bazıları, kimyasal olarak okside olabildikleri gibi biyolojik olarakta oksitlenebilirler. Ancak BOİ testindeki 5 günlük reaksiyon süresi yetersizdir. Selüloz, uzun zincirli yağlar veya mikrobiyal hücreler ile atıklardaki zehirli maddeler, BOİ testi ile girişim oluşturmasına karşın KOİ belirlemesinde sorun oluşturmaz. KOİ belirlemesi, atıkların biyolojik okside olabilirliği ölçümünde bir fikir vermemesine rağman pratikte önemlidir.

http://www.biyologlar.com/sularda-kimyasal-oksijen-ihtiyaci-koi-cod-belirlenmesi

PROTEİNLERİN GÖSTERİMİ

Proteinler organizmada ya saf proteinler olarak veya karbohidratlar veya lipidlerle kombine olarak bulunurlar. Hayvansal dokulardaki proteinler basit proteinler ve konjuge proteinler olarak ikiye ayrılır. Basit proteinler Globuler Proteinler: Albumin, globulin, histonlar Fibröz Proteinler: Kollajen, retikülin, elastin, keratin, fibrin Konjuge proteinler:Nükleroproteinler, gikoproteinler ve lipoproteinler Tüm basit proteinler, hidroliz ile aminoasitlerine ayrılırlar. Proteinler çekirdeklerde bulunur ve nükleoproteinler olarak adlandırılırlar. Dokularda en yaygın proteinler kollajen, retikülin, elastik ve keratin gibi fibröz proteinlerdir. Bunlar suda çözünmezler fakat albumin, globulin gibi basit proteinler suda çözündüklerinden gösterilmeleri daha zordur. Proteinlerin Saptanması ve Boyanması:Proteinlerin ve protein içeren bileşiklerin boyanma reaksiyonları amino asit yapısına ve boyama çözeltisinin pH' sına dayanmaktadır. Eğer protein karboksil gibi asidik gruplu çok sayıda aminoasitlerden oluşmuşsa, bazik boyalarla boyanan bir asit protein olacaktır. Eğer çok sayıda amino grupları(-NH2) varsa asit boyalara affiniteye sahip bazik bir proteindir. Bazı amino asitler 1 amino ve 1 karboksil grubuna sahiptir ve nötral proteinlerdir. Buna benzer olarak yaklaşık eşit sayıdaki asidik ve bazik amino asitlere sahip proteinler de nötral olacaktır. Proteinlerin, asit veya bazik maddeler olarak iyonize olabilme yetenekleri ortam pH' sına bağlı olabilir. Boya çözeltisinin pH’sı, proteinlerin iyonize olmalarına izin verecek uygunlukta olmalıdır ki boyalarla birleşebilsin. Amfoterik boyalar veya doku bileşenleri, pH’larına bağlı olarak bazik veya asidiktirler. Bu faktörler, proteinlerin boyalarla boyanmalarında önemlidir. Fakat konjuge proteinlerin boyanma reaksiyonları karbohidrat veya lipit veya nükleik asit içeriğine de bağlı olacaktır. Proteinlerin kusursuz histokimyasal reaksiyonları reaktif gruplarına bağlıdır. Bunlar bir amino asite veya bir tip proteine özgü değildirler. Amino grupları hemen hemen tüm amino asitlerde vardır fakat reaktif karboksil grupları, glutamik asit ve aspartik asit amino asitlerinde bulunur. Disülfit ve sülfidril grupları ise sistin, sistein ve metionin de bulunur. Proteinlerin birçok bileşenden oluşmuş çok kompleks yapılar oldukları unutulmamalıdır. Bu yöntemler, proteinlerin yapısı hakkında çok az bilgi verirler. Ayrıca fiksasyon da korunmayı ve reaktif son grupların gösterimini etkileyebilir. Bu nedenle fiksasyon, yönteme uygun olmalıdır. Formalin fiksasyonu kısa olmalıdır ve osmiyum tetroksit zararlıdır, kullanılmamalıdır. Enzimler de spesifik aktiviteleri ile gösterilebilir. Immunglobulinler de doku kesitlerinde küçük hacimlerde olmalarına rağmen kesin olarak saptanabilirler. Antibodiler ve antijenler için immünofloresans ve immünoenzim yöntemleri uygulanabilir. Çok az miktardaki proteinler kesitlerde immünolojik teknıklerle gösterilebilir.

http://www.biyologlar.com/proteinlerin-gosterimi

Schmorl Yöntemi

Tespit: Kritik değildir. % 10'luk formal-salin elverişlidir. Kesitler:Selüloz nitrat veya frozen kesitler Teknik: Selüloz nitrat veya frozen kesitler 10 dakika birçok değişim yapılarak distile suda yıkanır. 5-10 dakika thionin’ in yarı-doymuş sulu solüsyonu ile( % 0.125) boyanır. Distile suda yıkanır. Suda doyurulmuş pikrik asitte 30-60 saniye bırakılır. Distile suda yıkanır. % 70' lik alkolde boya kesitten akana kadar ( 5-6 dak.) differensiye edilir. Distile suda çalkalanır. Doymuş pikrik asitte 30-60 saniye bırakılır. Distile suda çalkalanır. % 95' lik alkolde dehidre edilir. Lama monte edilerek, % 95' lik alkol-terpineol karışımı ile şeffaflandırılır.. Euparal ile kapatılır. Sonuçlar: Laküna ve kanaliküller koyu kahverengiden siyaha Kemik matriksi sarı veya sarımsı kahverengi Çekirdekler kırmızı Kıkırdak menekşemsi Açıklamalar: Tionin örnekleri bu metoda uyabilirliğinde önemli olarak değişebilir. Eğer bir test kesiti iyi boyanmazsa, her 25 cc' lik boyaya 1 damla kuvvetli amonyak ekleyip filtre edip hemen kullanınız. Pikrik asitle ikinci uygulama orijinal yönteme bir ilavedir. Alkol ve sudan geçirilirken bazen kaybolan kemik matriksinin renklenmesini sağlamaya yaramaktadır. % 70' lik alkolde bir zaman saklanan selüloz nitrat kesit¬ler tatminkar olarak olmayabilirler. Nedeni bilinmemektedir; aynı materyelden taze kesitler güzel boyanmaktadır. Thioninden başka boyalar bu yöntemde kullanılabilir. Azur A iyi sonuçlar vermektedir.

http://www.biyologlar.com/schmorl-yontemi

Histopatoloji nedir ?

Histopatoloji ya da patolojik histoloji, hastalıklı dokunun histolojik incelenmesinde uzmanlaşan patoloji dalıdır. Anatomik patoloji açısından önemli bir araç olan histopatoloji, aynı zamanda kanser ve diğer hastalıkların doğru ve kesin teşhisi için kullanılır ve bu açıdan da büyük bir önem arz etmektedir. Histoloji yunancada zar ya da doku anlamına gelen histos ve bilim anlamına gelen logos kelimelerinin birleşmesi ile dilimize doku bilimi olarak çevrilir. Histoloji canlıya ait yapıların özelliklerini, yapılarla fonksiyonların ilişkilerini mikroskobik olarak inceleyen bilim dalıdır. Histoloji genel histoloji ve özel histoloji olarak ikiye ayrılır. Genel histoloji temel dokulara ait özellikleri incelerken özel histoloji ise organlar ve sistemlere ait mikroskobik özellikleri araştırır. Özel histoloji aslında bir nevi mikroskopik anatomidir. Histopatoloji organ, doku ve hücrelerde oluşan değişikliklerin çeşitli yöntemler kullanılarak mikroskopta incelenmesidir. İncelenecek dokular öncelikle mikrotom adı verilen mikro kesicide incelenmeye uygun kalınlıklarda kesilir. Bundan sonraki işlemler ise tespit aşamasıdır. İnceleme sonucunda hastalıkların teşhisi konulur. Bazı histopatolojik çalışmalarda elektron mikroskopisi kullanılır. Bu yönteme ise ultrastrüktürel inceleme denir. Histopatoloji alanındaki çalışmalarla elde edilen bilgiler dokuların mikroskopik yapısına ışık tutar. Çeşitli hastalıkların dokularda oluşturduğu farklı patolojik özelliklerden yararlanılarak tanı konulmasında yararlanılır. Histopatolojik incelemelerde rutin olarak Hematoksilen-Eozin boyama yontemi ( H&E) kullanılır.

http://www.biyologlar.com/histopatoloji-nedir-

KLONLAMANIN TARİHÇESİ

İlk defa, Leipzig Üniversitesinden Hans Adolph Eduard Dreisch deniz kirpikleriyle yaptığı deneylerde erken dönemdeki bir deniz kirpisi embriyosunun blastomerlerini birbirbirinden ayırırak “Blastomere Separation” yöntemini buldu. Blastomere Seperation yönteminde döllenmiş yumurtanın besi ortamında 4 – 8 hücreli blastomer aşamasına kadar bölünmesine izin verilmektedir. Daha sonraları, blastomer aşamasına gelen bu 8 hücreli yapıdaki her bir hücre alınarak bir blastosit oluşturulmakta ve sanki yeni döllenmiş zigot gibi taşıyıcı anneye aktarılarak genetik olarak birbirinin aynısı klonlar meydana getirilmektedir. *1902 de Hans Speamann aynı yöntemi kullanarak semender blastomerlerini ayırdı ve her blastomerden yeni bir semender oluştub bu yöntemin keşfiyle klonlamanın temeli atılmış oldu. *1938-Hans Speamann, fantastik bir deney olarak tanımladığı halbuki klonlama diyebileceğimiz bir deneyde geç evredeki bir embriyonun çekirdeği çıkarılarak çekirdeği olmayan bir yumurtaya aktarıyodu Speamann 1938 yılında yayınladığı Embriyonik Development and Indiction adlı kitabında bu deneyi fantastik olarak nitelendiriyordu. Halbuki bu deney 1952 yılında gerçekleştirilmiştir. *1952-Robert Briggs ve T.J. King ilk klonlama deneyini gerçekleştirdiler. İleri aşamadaki bir kurbağa yumurtasının çekirdeği çıkarıldı ve başka bir kurbağa yumurtası içine aktarıldı. Ancak deney sonunda yumurta gelişmedi. Briggs ve King bu yönteme “Nüklear Transfer” ismini verdiler. *1970 – Aynı deney yine kurbağalar üzerinde Jogn Gordon tarafından denendi. Daha iyi bir sonuç alındı. Kurbağa yumurtaları, iribaş olana kadar gelişti ama daha sonra öldüler. *1984 – Steen Willadsen, Nüklear Transfer yöntemini kullanarak olgunlaşmamış koyun embriyo hücrelerinden yaşayan bir kuzu klonladığını açıkladı. Daha sonra Willadsen, inek, domuz, keçi, tavşan ve rhesus maymunu da klonladı. Bu deneylerde çok hücreli koyun embriyosundan çekirdek alınıp yumurta hücresine aktarılıyordu. Daha sonra hücre bölünmesi başlıyor, fetus oluşuyor ve gelişme devam ediyordu. *1994 – Daha gelişkin embriyo hücrelerinin ilk klonlamasını Neal First gerçekleştirdi. En az 120 hücrelik buzağı embriyosu klonlandı. Bu çok hücreli inek embriyosunun çekirdeği çıkarıldı ve çekirdek yumurta hücresine aktarıldı. *1996 – Ian Wilmut, Neal First’ in deneyini koyunlar üzerinde yaptı Ancak embriyo hücrelerinin çekirdeğini almak için hücrelerin duraklama dönemine gelmesini bekledi. Sonra çekirdekleri çıkarıp yumurta hücresine aktardı. *1997 – Dr. Wilmut, 6 yaşındaki bir koyunun meme hücresinden klon üretti. Bu defa çekirdek erişkin bir hücreden yani meme hücresinden alınıp yumurta hücresine aktarılmıştı. Bu olaya “Somatik Nüklear Transfer” adı verilmiştir. Dolly 277 yumurta içinde tek hayatta kalan kuzuydu. Dolly’ nin oluştuğu hücre Ocak 1996’ da birleştirilmişti. *1998 – Tıp doktoru G. Richard Seed, o günlerde anne rahminden aldığı insan embriyosunu başka bir annenin rahmine aktarıyordu. İnsan klonlamaya karşı duyduğu ilgiyi ilan etti. Bu konudaki hassas denge, ahlakî tartışmalara yol açtı. Tartışmalar sonucu Amerika Birleşik Devletlerinde insan klonlamaya karşı yasalar konuldu. *1999 – 19 Avrupa ülkesi insanın genetik olarak kopyalanmasını yasaklayan sözleşmeyi Paris’ te imzaladı.

http://www.biyologlar.com/klonlamanin-tarihcesi

Preimplantasyon genetik tanı işlemi nedir

Günümüzde genetik hastalıklar gebelik sırasında veya doğumdan sonra tanımlanabilmektedir. Ancak bebekteki muhtemel genetik hastalıklar ultrasonografi, amniosentez gibi yöntemler ile gebeliğin ancak dördüncü ayında belirlenebilmekte ve ciddi bir anormallik saptanması durumunda gebelik 5. ay civarında sonlandırılmaktadır. Bu durum anne ve baba adayını psikolojik ve fiziksel olarak travmaya uğramaktadır. Son yıllarda genetik bilimindeki gelişmeler henüz gebelik oluşmadan, tüp bebek yöntemleriyle laboratuvar ortamında geliştirilen embriyolar üzerinde genetik inceleme yapılmasına ve seçilmiş olan sağlıklı embriyoların anne adayının rahimine yerleştirilmesine imkan tanımaktadır. Bu yönteme gebelik öncesi genetik tanı (Preimplantasyon Genetik Tanı-PGT) adı verilmektedir. Gebelik öncesi genetik tanı, anne ve baba adayından elde edilen yumurta ve sperm hücrelerinin laboratuvar ortamında döllendirilmesi sonucu gelişen embriyolardan bir adet hücre alınması ile gerçekleştirilmektedir. Genetik tanı için Floresence İn Situ Hibridizasyon (FISH) veya Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) adı verilen özel yöntemler kullanılmaktadır. Doğacak bebekte monozomi veya trizomi (Down sendromu ve diğer trizomiler) gibi sayısal kromozom bozukluklarının ve tek gen hastalıklarının (Hemofili, Akdeniz anemisi, kistik fibrozis, muskuler distrofiler gibi) tanısı PGT ile mümkündür. Böylece hastalık taşımayan, sağlıklı embriyoların anne adayına transferi ile sağlıklı bebeklerin doğması sağlanmaktadır. Gebelik öncesi tanı: • Genetik veya kalıtsal bir hastalık taşıyıcılığı bulunan çiftlerde, • Daha önce genetik hastalığı olan çocuk veya çocuklara sahip çiftlerde, • HLA genotyping (doku tiplemesi) yapılması amacı ile, • Genetik predispozisyon gösteren hastalıkların tanımlamasında • Yardımcı üreme teknikleri için kabul edilmiş ileri yaş grubundaki kadınlarda (37 yaş ve üzeri), • Tekrarlayan erken gebelik düşükleri olan çiftlerde, • Çok sayıda uygulanmasına rağmen yardımcı üreme teknikleri ile gebelik elde edilememiş veya düşüklerle gebeliklerini kaybetmiş olan çiftlerde, • Şiddetli erkek kısırlığı ile birlikte görülen kromozom bozuklukları veya genetik hastalıklarda

http://www.biyologlar.com/preimplantasyon-genetik-tani-islemi-nedir

Kromozom analizi nedir

Kromozom karyotiplemesinde günümüzde beş özellik incelenmekteir. 1.Uzunluk, ayrı ayrı veya toplam kol uzunlukları, 2.Sentromer konumu, buna göre telomerler ve kromozom şekli belirlenir. 3.Sekonder boğumun bulunup bulunmaması ve varsa konumu, 4.Kromozomların bant özellikleri , Giemsa ve fleurosans boyalarla aynı gruptaki kromozomların tayininde kullanılır. 5.Otoradyografik özellikler, radyoizotop maddelerle işaretlenmiş ve nukleotidlerin kalıtımı ve DNA içi tekrarları belirlenebilir. İşte bu karakterlerin esas alınarak ayrılan kromozomların belli bir sisteme göre sınıflandırılmasına Karyotip, karyotipin şekil halinde gösterilmesine İdiogram denir. En büyükten başlayarak insan genomunu oluşturan otozomlar 1'den 22'ye kadar numaralandırılır ve A'dan G'ye kadar gruplara ayrılır. Buna göre; 13,14,15 ve 21. çiftlerde kısa olan kromozom kolunun ucunda satellit gözlenmiştir. Dişilerde 22. çiftte de satellit vardır. Genom içinde ayrı bir numarası ve grubu olmayan eşey kromozomları da X ve Y kromozomlarıdır. X kromozomu C grubunun büyük kromozomlarına benzemekte, Y kromozomu ise, G grubu kromozomlarına benzemekte ve karyotipteki yeri 22. kromozomdan sonra sıralanmaktadır. ğ== Tarihte == 1912'de Winiwater, insanda erkek bireylerde 47 kromozom (46 otozom+ X) ve dişi bireylerde 48 kromozom (46 otozom +XX) saptamıştır. Painter 1923'de her ikisinde XX ve XY eşey kromozomları dahil 48 kromozom olduğunu ileri sürmüş ve 1956'ya kadar böylece kabul edilmiştir. Daha sonra kültür denemelerinin artması, tuz solüsyonları kullanarak yayma preparatlarının hazırlanması ile sayının gerçekte 48 değil 46 olduğu görülmüştür. Erkek bireylerde 44 AA+XY, dişilerde ise 44 AA+XX karyotipindedir. Haploid setteki 22 kromozom boylarına ve sentromer konumlarına göre sınıflandırılmış ilk defa 1960 yılında ABD Denver'de yapılan toplantıda 7 gruba ayrılmıştır. Daha sonraki bir dizi toplantıda Denver sistemi geliştirilmiş ve insan kromozomları bir standardizasyona sokularak ortak bir adlandırma sistemi kabul edilmiştir. Paris konferansında kabul edilen şekle göre karyotip belirlenmesinde toplam kromozom sayısı, eşey kromozomları ve fazla veya eksik kromozomları (+), (-) gösterimi sağlanır. Örneğin, 47,XX+21 ifadesi canlının genomunda 47 kromozom bulunduğunu ve 21. kromozomun trizomik (üç tane) olduğunu belirtmektedir. Ayrıca kol uzunluklarındaki artış ve eksilme durumu belirtilmesi 46,XY,1q+ şeklinde gösterilmektedir. Bu genomda 1. kromozomun uzun kolunun fazladan bulunuşu ya da normalden daha uzun olduğu söz konusudur. Fakat 47,XY,+14p+ ifadesinde toplam 47 kromozomlu genomda 14. kromozomun trizomisi ve uzun kol fazlalığı gösterilmiştir. Yapısal mutasyonlarda ise def, dup, r, inv, ve t sembolleri kullanılmaktadır. Genetik ve sitolojide kullanılan yeni tekniklerin insanlara da uygulanmasıyla biyoloji ve tıp alanında yeni çalışma alanları açılmıştır. Bu ilerlemeler genellikle kromozom çalışma tekniklerinin geliştirilmesi ile sağlanmış ve insanlarda normal veya anormal karyotip durumları incelenmiştir. En önemli yöntem kan lökositlerinin, kemik iliğinin, fibroblastların ve diğer dokuların kültür şartlaına alınıp in vitro yetiştirilebilmesidir. Gebe bir ana rahminden alınan amnion sıvısı içindeki serbest hücreler veya amnion zarı hücreleri incelenerek doğacak çocuğun kromozomları, genetik yapısı görülebilmektedir. Bu yönteme "amniosentez" denilmekte ve günümüzde çoğu gebeliklerde uygulanmaktadır.  

http://www.biyologlar.com/kromozom-analizi-nedir

Gen Nakli Nedir ?

İstenilen özellikte organizma yaratmak amacıyla istenilen genleri kromozomlara ekleme yöntemlerini kapsayan uğraşların tümü genetik mühendisliği çatısı altında toplanmaktadır. Gregor Mendel’in özellikle bezelye bitkileri üzerinde yaptığı çaprazlama çalışmalarının amacı temel genetik kurallarını keşfetmekti. Elde edilecek bulgularla doğanın imkan verdici en üstün kalitedeki ürünü çok sayıda elde fikrine de hizmet ediyordu. Fakat yapılan çalışmalar ayni tür içindeki bitkiler ile kısıtlı kalmaktaydı. Yıllar boyunca organizmalar da istenilen niteliklerin elde edilmesi çalışmaları tür içinde kısıtlı kalmış ve büyük ölçüde rastlantıya dayanmıştır Bu kısıtlamanın bilincine varan araştırmacılar çalışmalarını tür engelini kırma yolunda çabalara yöneltmiştir. Genetik mühendisliği diye bir terimin kullanılmadığı ve bugünkü anlamda çalışmaların henüz yapılmadığı yıllarda özellikle bitki ıslahçıları çeşitli teknikler geliştirerek doğal olarak eşleşmeyen türlere ait organizmalar arasında gen aktarımları (yapay tozlaştırma) gerçekleştirmişlerdir. Elde ettikleri rekombinant bireyleri eşeyli üreme(çiftleşme) yöntemi ile üretmeyi başarmışlardır. Bu şekilde doğal olarak meydana gelemeyen gen kombinasyonları elde etmeye yönelik uğraşlar bir anlamda genetik mühendisliğinin başlangıcı olarak kabul edilebilir. 1960’li yıllarda somatik (2n kromozoma sahip vücut hücreleri=diploid) hücrelerin birbirleriyle kaynaşabildiği (Füzyon yöntemi) ortaya konulmuş ve genetiğin biliminin bir alt birimi olan somatik hücre genetiğine dayanarak gen aktarım çalışmaları somatik hücre düzeyine indirilmiştir. Bu çalışmalar eşeyli üremenin dışındaki yollardan yararlanılan ilk çalışmalardı. 1970’li yılların başında ise o yıllara kadar oluşan temel ve teknik bilgilerin birikiminin yardımıyla amaçlanan genetik yapıya uygun gen kombinasyonu yaratılmasına yönelik çalışmalar moleküler düzeye inmiştir. DNA nin üç boyutlu moleküler yapısının keşfi replikasyon rekombinasyon yeteneklerinin aydınlatılması genin işlevsel tanımının yapılması gen anlatımının ve düzenlenmesi işlevlerini açıklığa kavuşturmuş böylelikle rekombinant DNA teknolojisinin gelişimine de ön ayak olmuştur. Rekombinant DNA teknolojisi gen klonlamasi DNA klonlamasi genetik manipülasyon ve en popüler olarak da genetik mühendisliği terimleri bir çok bilim adamı tarafında çoğunlukla es anlamlı olarak kullanılmaktadır.Genetik Mühendisliği; genetik analiz yapmak ya da istenilen özellikte organizma geliştirmek amacıyla bir tür içinde veya farklı türlere ait organizmaların genleri üzerinde planlı yürütülen çalışmalardır. Bu teknolojinin uygulama alanları temelde ekonomik bakımdan önemli organizmaların ve onların özelliklerinin geliştirilmesini kapsamaktadır. Genetik mühendisliğinin etkilediği uygulama alanlarının başında endüstri gelmektedir. Çeşitli endüstriyel ürünlerin (ilaçbesin vb.) istenilen nitelikte ve bol miktarda elde edilmesine yönelik çalışmalar endüstri sektörünün bu teknolojiye büyük yatırımlar yapmasına yol açmıştır. Tipta özellikle kalıtsal hastalıkların tanısının konmasına olanak sağlamakta ve bu hastalıkların tedavisi açısından da ileriye yönelik ümit vermektedir. Tarım ve hayvancılıkta da istenilen niteliklere sahip bitki ve hayvanların yetiştirilmesinde büyük ölçüde kullanılmaktadır. Bunlara ek olarak çevre kirlenmesinin önlenmesi madencilik vb. daha bir çok alanda genetik mühendisliğinden yararlanılmaktadır. Bir Amerikan firması mısır yada daha başka tahılların köklerinde yasayan Pseudomonas fluorescens türü bakteriye normalde toprakta yasamayan ama böcek öldürücü bir zehir sentezleyebilen Bacillus thuringiensis adli bakterinin zehir kodlayan gen bölgesini eklemiştir. Genetik yapısı değiştirilerek tarlalara bırakılan Pseudomonas fluorescenstahılların köklerine zarar veren mayıs böcekleriyle mücadelede çiftçilerin en büyük yardımcısı olmuştur.Tarımcılıkta etkin başarıların elde edilmesinde büyük katkısı olan genetik mühendisliği ayni basariyi hayvancılık sektöründe henüz sağlayamamıştır. Bunun nedeni genetik araştırmacıları henüz naklettikleri genin kromozomda nereye girdiğini kontrol edememeleri dolayısıyla da yanlış proteinlerin sentez edilmesidir. Yanlış proteinler üretilen hayvanların fizyolojilerinde ve morfolojilerinde istenmeyen olumsuz sonuçların görülmesine sebep olur.Rekombinant DNA teknolojisinde izlenen olaylar dizisi geneldebir organizmadan elde edilen ve içinde istenilen geni taşıyan DNA parçalarının taşıyıcı özellikte bir DNA molekülüne bağlanarak rekombinant DNA oluşturulması rekombinant DNA moleküllerinin uygun bir konak hücreye sokularak orada çoğaltılmasıdır. Çoğaltılan genler (DNA parçalar) ile kitaplıklar oluşturulmaktadır. Bu olaylar dizisine genel olarak gen klonlamasi adi verilir ve neticede çeşitli genlere ait bir kitaplık oluşturulur. Genetik Mühendisliğinde yürütülen çalışmaların aşamaları sırasıyla şöyledir: Gen izolasyonu: İstenilen geni taşıyan DNA parçalarının elde edilmesidir. Bu amaç için çeşitli yollar kullanılır. Bunlardan biri izole edilip saflaştırılmış DNA moleküllerini çift zincirli yapılarını bozmadan parçalamaktır. Bunun için özel enzimler kullanılmaktadır. Bu enzimler DNA molekülünde özel nükleotid dizilerini tanır ve orada kesmeler yapar. Rekombinant DNA moleküllerinin oluşturulması: İzole edilen geni taşıyan DNA parçalarının çoğaltılmasını sağlamak üzere onlara taşıyıcılık görevi yapacak uygun DNA moleküllerine bağlanmasıyla elde edilen moleküllere rekombinant DNA adi verilmektedir. Buna göre genetik mühendisliğinde rekombinant DNA kavramı doğal olarak birlikte bulunmayan (farklı kökenli) DNA molekülleri arasında laboratuar koşullarında yaratılmış yeni bir düzenlemeyi (birliği) ifade eder. Geni taşıyacak DNA molekülleri virüs DNAları plazmidler ve cosmidlerdir. Uygun bir hücreye sokulması: Rekombinant DNA moleküllerinin konak hücreye sokulmasında vesiküller veya küçük ve suda erimeyen lipit(yağ) yapısında cisimler olan lipozomlar kullanılır. Lipozomlar hücrelerle(özellikle hayvan hücresi) kolaylıkla kaynaşır ve DNA hücre içinde serbest duruma geçer. Son yıllarda mikroenjeksiyon tekniği başarıyla kullanılmaktadır. Genin konak hücre içine çok ince iğne ile enjekte edilmesidir. Bakteriyofajlarin (Virüs) konak hücrelere de kendini esleyebilmesi esasına dayanarak genin virüs içine yerleştirilip rekombinant DNA molekülünün oluşturulması ve istediğimiz geni taşıyan fajın konak hücreye girmesi ile sağlanır. Bu yönteme Transfeksiyon adi verilmektedir. Çoğaltılan genlerin seleksiyonu: Konak hücrede istenilen genin bir çok kopyası oluşturulmasından sonra bu genlerin izole edilmesi gerekmektedir. Bunun için daha önceden radyoaktif olarak işaretlenmiş genler(marker) kullanılmaktadır. Bu işaret geni U.V. ışığının altında kendini belli edeceğinden kolaylıkla yeri saptanabilmektedir. Saptanan gen özel enzimler yardımı ile yabancı genden arıtılır ve saf olarak elde edilir. Bir diğer yöntem ise genin anlatım yapması ile konak hücrede fenotipik (gözlemlenebilen özellikler Ör:hücrede mavi renk plakları oluşturması) değişikliler oluşturması ile klonlanan hücreler ile klonlanmayanlar birbirlerinden ayrılabilir. Bütün bu işlemlerden sonra gen bankaları (genom kitaplığı) oluşturulur. Kitaplık bir organizmanın tüm genotipini DNA dizilerinin tümünü yada bir kısmını içeren DNA klonlari topluluğudur. 1997 Şubat ayında kuzu Dolly’i ortaya çıkaran klonlama teknolojisi ve ertesi yıl insana ait embriyonik kök hücresi kültürü oluşturulması genetik mühendisliğinde iki büyük atilimi gerçekleştirmiştir. Özellikle embriyonik kök hücreleri blastosistlerden kişiye özel organ ve dokuların üretilmesi ile organ bağışında sürekli olarak sorun yaratan doku uyuşmazlığı sorununun ortadan kalkması bu beklentiye temel oluşturuyor. Tedavi amaçlı klonlama fikrinden tam uyum içindeki yeni dokuların yaratılması düşüncesine geçiş ile yeni umutlar doğmuştur. Bu yöndeki çalışmaların neticeye ermesi ile bireyin kendi hücrelerinden üretilmiş organların nakli ile hasarlı organların değişimi mümkün olacaktır. Farklı histolojik karakterleri sergileyen hücrelerimizin aslında ortak bir DNA programına sahip olması klonlama tekniklerine gerek kalmaksızın nükleotid dizilerde yapılacak değişikliklerle arzu edilen tipte hücrelerin elde edilebilmesi mümkün olacaktır.

http://www.biyologlar.com/gen-nakli-nedir-

Moleküler Sitogenetik

Moleküler sitogenetik; moleküler biyoloji ve sitogenetik tekniklerin birlikte kullanımı ile rutin kromozom analizlerinin kapsamını genişleten ve tanı değerini yükselten bir disiplindir. Konvansiyonel sitogenetik yöntemlerle teşhis edilemeyen anomalilerin renkli DNA probları kullanılarak tanımlanmasını sağlayan efektif ve hızlı yöntemleri içermektedir. Moleküler sitogenetik departmanımızda standart FISH ve SKY teknikleri rutin olarak kullanılmaktadır. FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) 799px-FISH_%28Fluorescent_In_Situ_Hybridization%29.jpg Nükleik asit propları mikroskop lamına fikse edilmiş kromozomların içerdiği DNA ile hibridize olabilme yeteneğine sahiptirler. Bu teknik in situ hibridizasyon olarak tanımlanmaktadır. Bu yönteme in situ denmesinin sebebi DNA’nın iki iplikli halde lamel üzerinde denature olmasıdır. Bu denatürasyon durumu işaretli bir probun DNA ile hibridize olmasına olanak vermektedir. FISH tekniğinde proplarda işaretleyici olarak fluoresan boya kullanıldığı için fluoresan in situ hibridizasyon denilmektedir. FISH yönteminde klinik materyaldeki anormal bir kromozomun varlığını hızla saptamak veya kromozomların belirli yeniden düzenlenimlerini tespit edebilmek amacıyla kromozomlar/genler için spesifik DNA probları kullanılmaktadır. Fluoresan işaretli prop hibridize olduğu zaman kromozomlar floresan boyadan yayılan ışığın belirli bir dalga boyunda absorblanması ile görünür hale gelirler. Bu hibridizasyon sinyalinin ve bu prob ile hibridize olan DNA segmentinin lokalizasyonu daha sonra mikroskop altında belirlenir. Probun design’ına bağlı olarak, bir kromozom kolunun büyük bir parçasına, tüm kol veya tüm bir kromozoma hibridize olan problar floresan ile boyanır. Gen veya lokusa özgü problar belirli bir genin varlığını, yokluğunu veya lokalizasyonunu saptamak için hem metafaz kromozomlarında hem de interfaz kromozomlarında kullanılabilir. Tekrarlayan DNA propları sentromerler, telomerler veya heterokromatin bölgeleri gibi spesifik kromozom lokuslarındaki satellit DNA’yı ya da diğer DNA kısımlarını tespit etmeye yarar. FISH teknolojisinin diğer bir kullanım alanı ise farklı florokromların birden fazla probu eş zamanlı saptamak üzere kullanılmasıdır. İki veya üç renkli uygulamalar rutin olarak hem prometafaz veya metafaz preparatlarında hem de interfaz preparatlarında spesifik delesyonları, duplikasyonları ve yeniden düzenlenimleri tanımlamak için kullanılır. Fiber-FISH: Standart FISH tekniğinden daha farklıdır. İnterfaz kromatin lifleri kullanılarak DNA fragmentlerinin floresan boyalarla işaretlenerek daha yüksek rezolüsyonlu haritalama gerçekleştirilir. İnterfaz evresinde kromozomlar daha kondanse olmadıkları için metafaz evresinden daha az yoğun bir durumdadır. İnterfaz durumunda birkaç yüz kb uzaklıkta olan belirleyiciler farklı renkteki boyalarla işaretlendiklerinde birbirlerine göre sıralarını belirlemek mümkün olmaktadır. Fiber FISH tekniği genetik hastalıkların tanımlanmasında son derece yararlı olmuştur çünkü bu teknik bir hastalıkla ilgili genin çevresindeki farklı genlerin sırası ve aralarındaki uzaklıklar hakkında detaylı bilgi verebilmektedir. Spektral Karyotipleme (SKY): Bu teknikte 5 farklı florokrom farklı kombinasyonlarla hazırlanarak 24 farklı kromozom için prob olarak kullanılır. Bu problar 24 farklı kromozoma eş zamanlı hibridize olarak tek bir filtreye sahip floresans mikroskobu ile analiz edilebilir. Bu yöntem ile bir metafaz plağı üzerindeki tüm kromozomlar farklı renklerde görüntülenebilir. Kromozom özgül problar, her bir kromozomun tüm diğer kromozomlardan büyüklük ve bant karakteristiğine göre (floresans-activated kromozom sorting) kullanılarak ayrılmasını sağlar. Her bir kromozoma özgün DNA örneği, farklı dalga boylarında yayılan floresan boyaların farklı kombinasyonları ile işaretlenir. Bu yolla her bir insan kromozomu kendisine ait karakteristik dalga boyunda veya floresanda, bir prob tarafından temsil edilmektedir. Bu teknik ile kromozomlar arası yeniden düzenlemeler ve ilişkili kromozomlar rahatlıkla analiz edilebilir. SKY tekniği ile standart bantlama yönlemleri ie farkedilemeyecek kadar küçük kromozomal değişikler saptanabilmektedir. Hematolojik malignitelerde sık gözlenen translokasyonların saptanmasında oldukça iyi bir yöntemdir. HiSKY Test Bilgisi CGH (Comparative Genomic Hybridization): Mpleküler Sitogenetik - CGHBu teknik kopya sayısındaki farklılıkları veya iki farkı DNA örneği arasındaki belirli kromozomal segmentlerin dozajını ölçmek için kullanılmaktadır. Bir örnekten gelen total DNA kırmızı floresan bir boya ile, diğer örnekten gelen DNA ise yeşil bir boya ile işaretlenir. Bu iki işaretli DNA örneği eşit miktarlarda karıştırılır ve normal insan metafaz kromozomlarının incelenmesi için boyama probu olarak kullanılır. Her bir kromozom boyunca problardan yayılan kırımızı floresanın yeşile oranı ölçülür. Eğer bir kromozomun belirli bir bölgesinden gelen DNA her iki örnekte de eşit bir miktarda sinyal veriyorsa, kırmızı floresanın yeşil floresana oranı 1:1 olacaktır. Eğer normal bir hücre hattından gelen DNA kırmızı ile işaretlenir ve bir kromozomun bir kısmında veya tamamında eksik (monozomi) veya ekstra içeriği (trizomi) olan hücrelerden elde edilen DNA yeşil ile işaretlenir ise, kırmızının yeşile oranı 1:1’den (turuncu) sapmaya başlar. Monozomi vakarında 1’den daha aza doğru (kırmızı) ya da kromozomun bir bölgesinde, anormal gen dozajı olan trizomi vakalarında 1’den yukarı doğru (yeşil) bir sapma göstermektedir. Bu yöntem kolaylıkla karyotiplendirme yapılamayan solid tümörler ve yumuşak doku sarkomaları gibi dokularda gen dozajındaki değişikliklerin bulunması için kullanışlıdır. CGH tekniği micro array çalışmalarının başlangıcı olarak kabul edilmektedir.

http://www.biyologlar.com/molekuler-sitogenetik

GELECEĞİN MİMARI "BİYOTEKNOLOJİ"

GENETİK MÜHENDİSLİĞİ İstenilen özellikte organizma yaratmak amacıyla istenilen genleri kromozomlara ekleme yöntemlerini kapsayan uğraşların tümü, genetik mühendisliği çatısı altında toplanmaktadır. Gregor Mendel'in özellikle bezelye bitkileri üzerinde yaptığı çaprazlama çalışmalarının amacı temel genetik kurallarını keşfetmekti. Elde edilecek bulgularla doğanın imkan verdici en üstün kalitedeki ürünü çok sayıda elde fikrine de hizmet ediyordu. Fakat yapılan çalışmalar ayni tür içindeki bitkiler ile kısıtlı kalmaktaydı. Yıllar boyunca organizmalar da istenilen niteliklerin elde edilmesi çalışmaları tür içinde kısıtlı kalmış ve büyük ölçüde rastlantıya dayanmıştır Bu kısıtlamanın bilincine varan araştırmacılar çalışmalarını tür engelini kırma yolunda çabalara yöneltmiştir. Genetik mühendisliği diye bir terimin kullanılmadığı ve bugünkü anlamda çalışmaların henüz yapılmadığı yıllarda özellikle bitki ıslahçıları çeşitli teknikler geliştirerek doğal olarak eşleşmeyen türlere ait organizmalar arasında gen aktarımları (yapay tozlaştırma) gerçekleştirmişlerdir. Elde ettikleri rekombinant bireyleri eşeyli üreme(çiftleşme) yöntemi ile üretmeyi başarmışlardır. Bu şekilde doğal olarak meydana gelemeyen gen kombinasyonları elde etmeye yönelik uğraşlar, bir anlamda genetik mühendisliğinin başlangıcı olarak kabul edilebilir. 1960'li yıllarda somatik (2n kromozoma sahip vücut hücreleri=diploid) hücrelerin birbirleriyle kaynaşabildiği (Füzyon yöntemi) ortaya konulmuş ve genetiğin biliminin bir alt birimi olan somatik hücre genetiğine dayanarak, gen aktarım çalışmaları somatik hücre düzeyine indirilmiştir. Bu çalışmalar eşeyli üremenin dışındaki yollardan yararlanılan ilk çalışmalardı. 1970'li yılların başında ise, o yıllara kadar oluşan temel ve teknik bilgilerin birikiminin yardımıyla, amaçlanan genetik yapıya uygun gen kombinasyonu yaratılmasına yönelik çalışmalar moleküler düzeye inmiştir. DNA nin üç boyutlu moleküler yapısının keşfi, replikasyon, rekombinasyon yeteneklerinin aydınlatılması, genin işlevsel tanımının yapılması, gen anlatımının ve düzenlenmesi işlevlerini açıklığa kavuşturmuş, böylelikle rekombinant DNA teknolojisinin gelişimine de ön ayak olmuştur. Rekombinant DNA teknolojisi, gen klonlamasi, DNA klonlamasi, genetik manipülasyon ve en popüler olarak da genetik mühendisliği terimleri bir çok bilim adamı tarafında çoğunlukla es anlamlı olarak kullanılmaktadır. Genetik Mühendisliği; genetik analiz yapmak ya da istenilen özellikte organizma geliştirmek amacıyla, bir tür içinde veya farklı türlere ait organizmaların genleri üzerinde, planlı yürütülen çalışmalardır. Bu teknolojinin uygulama alanları, temelde, ekonomik bakımdan önemli organizmaların ve onların özelliklerinin geliştirilmesini kapsamaktadır. Genetik mühendisliğinin etkilediği uygulama alanlarının başında endüstri gelmektedir. Çeşitli endüstriyel ürünlerin (ilaç,besin vb.) istenilen nitelikte ve bol miktarda elde edilmesine yönelik çalışmalar endüstri sektörünün bu teknolojiye büyük yatırımlar yapmasına yol açmıştır. Tipta ,özellikle kalıtsal hastalıkların tanısının konmasına olanak sağlamakta ve bu hastalıkların tedavisi açısından da ileriye yönelik ümit vermektedir. Tarım ve hayvancılıkta da istenilen niteliklere sahip bitki ve hayvanların yetiştirilmesinde büyük ölçüde kullanılmaktadır. Bunlara ek olarak, çevre kirlenmesinin önlenmesi, madencilik vb. daha bir çok alanda genetik mühendisliğinden yararlanılmaktadır. Bir Amerikan firması, mısır yada daha başka tahılların köklerinde yasayan Pseudomonas fluorescens türü bakteriye, normalde toprakta yasamayan, ama böcek öldürücü bir zehir sentezleyebilen Bacillus thuringiensis adli bakterinin zehir kodlayan gen bölgesini eklemiştir. Genetik yapısı değiştirilerek tarlalara bırakılan Pseudomonas fluorescens, tahılların köklerine zarar veren mayıs böcekleriyle mücadelede çiftçilerin en büyük yardımcısı olmuştur. Tarımcılıkta etkin başarıların elde edilmesinde büyük katkısı olan genetik mühendisliği, ayni basariyi hayvancılık sektöründe henüz sağlayamamıştır. Bunun nedeni genetik araştırmacıları, henüz naklettikleri genin kromozomda nereye girdiğini kontrol edememeleri dolayısıyla da yanlış proteinlerin sentez edilmesidir. Yanlış proteinler, üretilen hayvanların fizyolojilerinde ve morfolojilerinde istenmeyen olumsuz sonuçların görülmesine sebep olur. Rekombinant DNA teknolojisinde izlenen olaylar dizisi genelde,bir organizmadan elde edilen ve içinde istenilen geni taşıyan DNA parçalarının, taşıyıcı özellikte bir DNA molekülüne bağlanarak rekombinant DNA oluşturulması, rekombinant DNA moleküllerinin uygun bir konak hücreye sokularak orada çoğaltılmasıdır. Çoğaltılan genler (DNA parçalar) ile kitaplıklar oluşturulmaktadır. Bu olaylar dizisine genel olarak gen klonlamasi adi verilir ve neticede çeşitli genlere ait bir kitaplık oluşturulur. Genetik Mühendisliğinde yürütülen çalışmaların aşamaları sırasıyla şöyledir: Gen izolasyonu: İstenilen geni taşıyan DNA parçalarının elde edilmesidir. Bu amaç için çeşitli yollar kullanılır. Bunlardan biri izole edilip saflaştırılmış DNA moleküllerini çift zincirli yapılarını bozmadan parçalamaktır. Bunun için özel enzimler kullanılmaktadır. Bu enzimler DNA molekülünde özel nükleotid dizilerini tanır ve orada kesmeler yapar. Rekombinant DNA moleküllerinin oluşturulması: İzole edilen geni taşıyan DNA parçalarının çoğaltılmasını sağlamak üzere onlara taşıyıcılık görevi yapacak uygun DNA moleküllerine bağlanmasıyla elde edilen moleküllere rekombinant DNA adi verilmektedir. Buna göre, genetik mühendisliğinde rekombinant DNA kavramı doğal olarak birlikte bulunmayan (farklı kökenli) DNA molekülleri arasında ,laboratuar koşullarında yaratılmış, yeni bir düzenlemeyi (birliği) ifade eder. Geni taşıyacak DNA molekülleri virüs DNAları, plazmidler ve cosmidlerdir. Uygun bir hücreye sokulması: Rekombinant DNA moleküllerinin konak hücreye sokulmasında vesiküller veya küçük ve suda erimeyen lipit(yağ) yapısında cisimler olan lipozomlar kullanılır. Lipozomlar hücrelerle(özellikle hayvan hücresi) kolaylıkla kaynaşır ve DNA hücre içinde serbest duruma geçer. Son yıllarda mikroenjeksiyon tekniği başarıyla kullanılmaktadır. Genin konak hücre içine çok ince iğne ile enjekte edilmesidir. Bakteriyofajlarin (Virüs) konak hücrelere de kendini esleyebilmesi esasına dayanarak genin, virüs içine yerleştirilip rekombinant DNA molekülünün oluşturulması ve istediğimiz geni taşıyan fajın, konak hücreye girmesi ile sağlanır. Bu yönteme Transfeksiyon adi verilmektedir. Çoğaltılan genlerin seleksiyonu: Konak hücrede istenilen genin bir çok kopyası oluşturulmasından sonra bu genlerin izole edilmesi gerekmektedir. Bunun için daha önceden radyoaktif olarak işaretlenmiş genler(marker) kullanılmaktadır. Bu işaret geni U.V. ışığının altında kendini belli edeceğinden kolaylıkla yeri saptanabilmektedir. Saptanan gen özel enzimler yardımı ile yabancı genden arıtılır ve saf olarak elde edilir. Bir diğer yöntem ise genin anlatım yapması ile konak hücrede fenotipik (gözlemlenebilen özellikler Ör:hücrede mavi renk plakları oluşturması) değişikliler oluşturması ile klonlanan hücreler ile klonlanmayanlar birbirlerinden ayrılabilir. Bütün bu işlemlerden sonra gen bankaları (genom kitaplığı) oluşturulur. Kitaplık bir organizmanın tüm genotipini DNA dizilerinin tümünü yada bir kısmını içeren DNA klonlari topluluğudur. 1997 Şubat ayında kuzu Dolly'i ortaya çıkaran klonlama teknolojisi ve ertesi yıl insana ait embriyonik kök hücresi kültürü oluşturulması genetik mühendisliğinde iki büyük atilimi gerçekleştirmiştir. Özellikle embriyonik kök hücreleri blastosistlerden, kişiye özel organ ve dokuların üretilmesi ile organ bağışında sürekli olarak sorun yaratan doku uyuşmazlığı sorununun ortadan kalkması, bu beklentiye temel oluşturuyor. Tedavi amaçlı klonlama fikrinden tam uyum içindeki yeni dokuların yaratılması düşüncesine geçiş ile yeni umutlar doğmuştur. Bu yöndeki çalışmaların neticeye ermesi ile bireyin kendi hücrelerinden üretilmiş organların nakli ile hasarlı organların değişimi mümkün olacaktır. Farklı histolojik karakterleri sergileyen hücrelerimizin aslında ortak bir DNA programına sahip olması, klonlama tekniklerine gerek kalmaksızın, nükleotid dizilerde yapılacak değişikliklerle arzu edilen tipte hücrelerin elde edilebilmesi mümkün olacaktır. *Bu yazı micmuss2.sitemynet.com/ sitesinden alınmıştır. KLONLAMA* Klon, birbirinin tıpatıp benzeri canlılara denir. Klonlama, mevcut bir canlının çeşitli yöntemlerle bir benzerinin kopyalanması işidir. İlk kez 1997 yılında Dolly adında bir koyun başarılı bir şekilde kopyalanmıştır. Basit bir anlatımla klonlama çekirdeği çıkartılmış yumurta hücresine, kopyalanacak canlının genetik materyalinin aktarılması esasına dayanır. ABD'nde bilim adamları, etik komiteleri ve politikacılar reproduktif klonlamanin, yani insan kopyalanmasının yasaklanması konusunda görüş birliğinde iken terapotik klonlama ise farklı değerlendirilmekte: Bilim adamları somatik hücre çekirdek transferi (somatic cell nuclear transfer: SCNT) yolu ile terapotik klonlamanin tıp alanında önemli tedavi yöntemlerini beraberinde getireceğine inanırken, etik komiteleri ise terapotik klonlamanin da sonuçta kaçınılmaz olarak reproduktif klonlama ya yol açacağına inandıkları için yasaklanması gerektiği görüsündeler. Bilim adamları, hastalıklı doku ya da organın yerine konulabilecek ve kişinin bağışıklık sistemi tarafından kabul edilecek doku ve organların klonlamasi ile Parkinson ve Alzheimer gibi norodejeneratif hastalıklar dahil pek çok hastalığın tedavisinde etkili olacak teropatik klonlamanin yasaklanmasının tıp alanında önemli gelişmelere engel olacağını düşünürken, yasa-yapıcılar ve etik komiteleri, yeni ilaç ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde insan kök hücrelerini içermeyen klonlama yöntemleri üzerinde çalışmaların yoğunlaştırılması gerektiği görüsündeler Tün bu görüş ayrılıkları, 1998 yılında Dr. John Gearhart (John Hopkin's University) ve Dr. James Thompson (University of Wisconsin)'in, birbirlerinden bağımsız olarak, insan pluripotent (her türlü özelleşmiş hücreye dönüşebilen) kök hücrelerini izole ettiklerini açıklamalarıyla daha da yoğunlaştı. Dr. Thompson in-vitro olarak büyütülmüş embriyodan alınmış hücreleri, Dr. Gearhart ise kürtajla alınmış fetustan elde edilen primordial hücreleri kullanmıştı ki insan kök hücre çalışmaları ile ilgili itilaflara yol açan da bu hücrelerin elde ediliş sekli idi. Otoritelerce kabul edilen su ki "insan embriyosu, döllenme anından itibaren kişi haklarına sahiptir ve embriyoya zarar veren veya onu yok eden her aktivite insan hayatini sonlandırmış kabul edilir." Kök hücre elde edilmesi sadece embriyodan elde edilen hücrelerle sinirli olmayıp insan kök hücreleri için alternatif kaynaklar ile ilgili çalışmalar yoğun bir şekilde devam etmekte. Yetişkin insan kök hücreleri, insan yağ hücreleri ve plasenta potansiyel kaynaklar olmakla beraber embriyonik kök hücreleri, plastisitesi diğer hücrelere göre daha fazla olduğu için tercih edilmekte. Temel olarak kök hücreleri aşağıdaki kaynaklardan biri yolu ile elde edilebilir: * Seçimli kürtajı takiben elde edilen insan fetus dokularından, * In-vitro fertilizasyon (IVF) ile elde edilmiş ve kısırlık için tedavi edilen çiftler tarafından daha fazla ihtiyaç duyulmayan embriyolardan, * Araştırma amacı ile bağışlanmış gametlerle in-vitro fertilizasyon (IVF) yolu ile elde edilen embriyolardan, * Aseksüel olarak somatik hücre transferi ya da yetişkin insan hücresi çekirdeğinin, çekirdeksiz bir insan ya da hayvan yumurtasına yerleştirildiği benzer bir klonlama tekniği ile elde edilen embriyolardan. *Bu yazı micmuss2.sitemynet.com sitesinden alınmıştır.

http://www.biyologlar.com/gelecegin-mimari-biyoteknoloji

Toxoplasma Enfeksiyonu ve Avidite Testi Nedir?

Toxoplasma Enfeksiyonu ve Avidite Testi Nedir?

Anne adayları,özellikle gebelerin doğum öncesi yaptırdığı testlerden biri de Toxoplasma testleridir.Bu testler iki parametreden oluşur: Toxoplasma IG M ve Toxoplasma IG G.Tahlil yorumlama hizmeti sunan sitemize sık olarak gelen sorularda biri Toxoplasma testlerinin yorumlanmasıdır.Bu testleri ziyaretçilerimizin daha iyi anlayabilmeleri için Toxoplasma Gondii adı verilen protozoon ve yol açtığı enfeksiyon ve tanıda kullanılan avidite testleri hakkında, Tahlil.com olarak sizleri bilgilendirmek istedik.Toxoplasma gondii, bütün dünyada yaygın olan bir protozoondur (tek hücreli mikroorganizmal-parazit). Dünya erişkin nüfusunun yaklaşık %35-40’ında bulunan bu protozoon hastalığı çeşitli klinik tablolar ile karşımıza çıkmaktadır. Serolojik bulgular yani antikor düzeyleri insanın parazitle temasının yüksek oranda olduğunu gösteriyorsa da hastalık tablosu oldukça düşük orandadır.Primer enfeksiyon, sağlıklı erişkinlerde genellikle asemptomatik seyrederken; nadiren ateş, halsizlik, boğaz ağrısı, baş ağrısı, makülopapüler döküntü ve lenfadenopati ile karakterize bir tablo oluşturur. İnsana bulaşma daha çok enfekte kedi dışkısı ile kontamine yiyecekler, içecekler ve ellerle pişmemiş veya az pişmiş kistli etlerin yenmesi, çiğ yumurta ve çiğ süt içilmesi ile olduğu gibi kan transfüzyonu, organ transplantasyonu ve transplasental yolla da olmaktadır. İmmün sistemi sağlam olan kişilerde kliniğin genellikle ağır olmamasına karşın, immün sistemi bozuk olanlarda ağır seyretmesi, bunun yanı sıra gebelerde düşüklere ve erken doğumlara, yeni doğanda ise kongenital toxoplasmosise sebep olması ile dikkatleri üzerinde toplayan önemli bir enfeksiyon hastalığıdır. Toksoplazma enfeksiyonu gebeliğin ilk trimestirinde (üçaylık dönem) oluşması halinde fetüse geçiş riski ortalama %25 iken, son trimestirde bu oran %65’e çıkmaktadır. Fetal enfeksiyon riski gebelik ilerledikçe artmakta (doğuma yakın %90-100); ancak klinik tablo erken gebelik dönemlerinde alınan enfeksiyonlarda daha ağır olmaktadır. Anti-T.gondii antikorlarının avidite değerlerinin hamileliğin ilk trimestirinde IgG ve IgM antikorları ile beraber belirlenmesinin eski ya da yeni enfeksiyon ayırımının yapılmasında etkili olduğu gösterilmiştir. IgG eskiden geçirilmiş enfeksiyonu, IgM yakınlarda geçirilmiş enfeksiyonu gösterir. Kongenital toxoplasmosis, diğer yeni doğan enfeksiyonları ile karışabileceğinden klinik tanısı zordur. Tanıda, anne adaylarının hamilelikten önce Toxoplasma antikorları bakımından sero-negatifken, hamilelik sırasında pozitifleşmesi önemlidir. Ancak hamilelik öncesi Toxoplasma antikorlarına bakılmayan ya da hamileliğin hemen başlangıcında değil de ilerleyen haftalarda toxoplasmosis yönünden incelenen gebelerde (ülkemizde ne yazık ki her iki durum da söz konusudur) anti-T.gondii IgG antikorlarının pozitif olması, kongenital toxoplasmosis riskini ortadan kaldırmaz. Zira hasta etkeni gebelik esnasında almış fakat tetkik ilerleyen haftalarda yapıldığı için geçen süre içerisinde IgG antikorları pozitifleşmiş, IgM antikorları hala pozitif ya da negatifleşmiş olabilir.Böylesi durumlarda hastalığın geçirilmiş bir enfeksiyon mu yoksa akut dönemde bir enfeksiyon mu olduğunun ayrımının yapılabilmesine katkıda bulunmak amacıyla hastada oluşmuş olan IgG antikorlarının avidite değerleri araştırılmaktadır.   Avidite değeri, aynı serum örneğinin üreye tabi tutulanı ile tutulmayanı arasındaki orandır. Kullanılan yönteme göre değişmekle birlikte, yüksek avidite değerine sahip olan bir kişinin enfeksiyonu en az 3-5 aydan önce aldığı söylenebilir. Yüksek avidite değeri eski bir enfeksiyonun, düşük avidite değeri ise yeni bir enfeksiyonun göstergesi olarak kabul edilirken, düşük aviditeli antikorlar serumda aylarca kalabileceğinden düşük avidite değeri çıkmış bir sonuç her zaman yeni kazanılmış bir enfeksiyon anlamına gelmez. Bu açıdan bakıldığında yüksek avidite değerine sahip bir sonucun daha değerli olduğu görülmektedir. Yüksek aviditeli antikorlar son 3-5 ay içinde akut enfeksiyon geçirilmediğini göstermektedir. Avidite indeksi çeşitli yöntemlere göre değişmekle beraber genellikle kabul edilen değerler şöyledir; 0.2 ve daha altı = Düşük Avidite 0.2 – 0.3 = Şüpheli, ancak risk belirgin düşük lehine 0.3 üstü-0.44 = 0 Şüpheli, ancak risk belirgin yüksek lehine 0.45 ve daha üstü =Yüksek Avidite Kaynaklar: 1) Toxoplasma Gondii The Model Apicomplexan: Perspectives and Methods. Weiss MW, Kimi K. Sayfa 89-90. Yıl 2007. 2) Toxoplasma gondii Seropozitif Gebelerde IgG-Avidite. Sonuçlarının Değerlendirilmesi. YAZAR S, YAMAN O, ŞAHİN İ. Türkiye Parazitoloji Dergisi, 29 (4), Sayfa: 221-223, Yıl: 2005   http://tahlil.com

http://www.biyologlar.com/toxoplasma-enfeksiyonu-ve-avidite-testi-nedir

Guatr için kan tahlilleri (Tiroid testleri)

Tiroit hastalıkları nasıl teşhis edilir? Hastanın vereceği öykü tanıda ilk adımdır. Yakınmaların nasıl ve ne zaman başladığı nasıl seyrettiği hekime tam olarak anlatılmalıdır. Ayrıca daha önceden geçirilmiş sorunlar ayrıntıları ile belirtilmeli ve ailede tiroit ile ilgili sorunu olan bireyler hatırlanmalıdır. Bu bilgilerden elde edilenler hekime isteyeceği tetkikler hakkında fikir vereceği gibi gereksiz tetkiklerin de yapılmasını bir ölçüde önleyecektir. Tanıda ikinci önemli adım hastanın hekim tarafından muayenesidir. Gerek tiroit bölgesinin gerekse diğer sistemlerin muayenesi hastalık hakkında önemli ipuçları verecektir. Böylece tiroitte büyüme olup olmadığı, varsa büyümenin şekli ve kanseri çağrıştırıp çağrıştırmadığı belirlenir ve tiroidin çalışması hakkında fikir sahibi olunabilir. Bu bölümde de hasta ile hekim arasındaki uyum olması önemlidir. Kan testleri * Kanda TSH ve tiroit hormonlarının (T3 ve T4) düzeylerinin ölçülmesi: Tiroidin çalışması hakkında önemli bilgiler verir. Başlangıçta öykü ve muayenede çalışma bozukluğu belirlenememişse tek başına TSH'nın ölçülmesi yeterli olabilir. Duyarlı bir sonuç elde edilebilmesi için TSH' ya sensitif ya da ultrasensitif yöntemle bakılması tercih edilir. Üstünde önemle durulması gereken nokta: Bu tetkiklerin normal olması tiroidin çalışmasının normal olduğunu gösterir. Hastada guatr, tiroit kanseri gibi diğer hastalıkların olmadığını belirlemez. Bunlar için diğer tetkiklere gereksinim olabilir. * Bağışıklık sistemini kontrol eden testler: Bunlar antitiroglobulin antikor ( ATA ), anti TPO antikor ( AMA ) ve Anti TSH-R ( TRAb ) gibi isimler almaktadır. Graves hastalığı, Hashimoto hastalığı ve bazı tip tiroiditlerin tanısında yardımcı olurlar. * Tiroglobulin tayini: Bu test özellikle tiroit kanseri nedeniyle ameliyat olmuş hastaların izlenmesinde önemli ip uçları vermektedir. Ancak bu testin tam olarak değer kazanabilmesi için bireyde gözle görülebilir tiroit dokusunun kalmamış olması gerekmektedir. * Medüller kanserlerin tanı ve tedavisinde kanda tirokalsitonin: adı verilen bir hormonun ölçülmesi faydalı bilgiler verir. * Yine medüller kanser olan ailelerde diğer bireylerin taranması için ret genindeki mutasyonları gösterecek genetik çalışmalar yapılabilir. Tiroidin görüntülenmesi: Tiroidin şekli, genel olarak büyüyüp büyümediği, nodül içerip içermediğinin tam olarak belirlenebilmesi için başvurulan testlere görüntüleme yöntemleri denir. Hastaya küçük dozlarda, tiroit tarafından tutulabilen radyoaktif bir madde verildikten sonra özel bir kamera aracılığıyla bu maddenin tiroit tarafından ne oranda ve nasıl tutulduğu gösterilebilir. Bu yönteme tiroit sintigrafisi adı verilmektedir. Böylece tiroidin yapısı ve belli oranda çalışma şekli belirlenebilir. Ultrason ise ses dalgalarını kullanarak tiroidin yapısını göstermeye yönelik bir tetkiktir. Bu yöntemle ele gelmeyen çok küçük nodüller gösterilebilir . Ayrıca nodülün çok önemli olabilen iç yapısı hakkında da fikir edinilir.

http://www.biyologlar.com/guatr-icin-kan-tahlilleri-tiroid-testleri

EŞEYSİZ ÜREME VE ÇEŞİTLERİ

ÜREME ve ÇEŞİTLERİHer canlının neslini devam ettirmek üzere kendine benzer yeni bireyler meydana getirmesi olayına üreme denir.EŞEYSİZ ÜREME Eşey hücrelerinin oluşumu ve döllenme olmadan, bir atadan yeni bir canlının meydana gelmesine denir. Eşeysiz üreme sonucu meydana gelen canlılar arasında görülen farklılıklar mutasyonlar ve modifikasyonlar sonucudur. 1. Bölünerek Üreme Bakteriler, mavi-yeşil alg’ler ve protista grubu canlıların (Amip, Öglena vb.) çoğunda görülür. Genellikle vücudun (hücrenin) ikiye bölünmesi şeklinde olur. 2. Tomurcuklanmayla Üreme Bir hücreli canlılardan bira mayası, çok hücreli canlılardan hidra, bitkilerden de ciğer otlarında görülür. Ana canlının vücudunun bir kısmından meydana gelen tomurcuk (çıkıntı) gelişerek ayrılır ve yeni bir ferdi oluşturur veya beraber bir arada kalarak kolonileri meydana getirirler. 3. Sporla Üreme (Sporogoni) Sporla üremede rol oynayan sporlar, haploit canlılarda mitoz bölünmeyle, diploit canlılarda mayoz bölünmeyle meydana gelir. Sporlar n kromozomludur. Bu üreme şekli; bazı bir hücrelilerde, mantarlarda, eğrelti otlarında, su yosunlarında ve kara yosunlarında görülür. 4. Vejetatif Yollarla Üreme Ana canlıdan düzensiz olarak kopan parçalar eksik kısımlarını tamamlayarak yeni bireyleri oluştururlar. Regenerasyonla üreme : Bir gelişme biçimi sayılabilen yenilenme ya da regenerasyon olayı ile eşeysiz üreme de gerçekleştirilmiş olmaktadır. Organizmanın kopan bir parçasını yeniden oluşturup tamamlaması olayında, kopan parça da tam bir birey oluşturabilmektedir. Örneğin, deniz yıldızı, toprak solucanı ve planaryadan kopan her bir parça kendini tamamlayıp yeni bireyi meydana getirebilir. Kertenkelede kopan kuyruğun tamamlanması üreme değildir. Çünkü kopan parçadan yeni bir canlı oluşmaz. Bitkilerde Vejetatif Üreme : Çiçekli bitkilerde görülen eşeysiz üreme şeklidir. Tarımla uğraşanlar vejetatif üreme şekillerinden yararlanarak tam ataya benzer ürünler elde etmektedirler. Çekirdeksiz üzüm, muz, portakal, mandalin, kavak, söğüt ve bazı süs bitkileri vejetatif (eşeysiz) yolla çoğaltılır. Bitkilerde, herhangi bir organa ait doku örneklerinin özel besiyerlerinde çoğaltılmasıyla yeni bireyler oluşturabilir. Bu yönteme ise “doku kültürü” denir.

http://www.biyologlar.com/eseysiz-ureme-ve-cesitleri

İDRAR OLUŞUMU

Kılcal damarlardaki sıvıların dışarıya çıkması, damarın içinde bulunan basınca (hidrostatik basınç)i dışarıdaki sıvıların damarlara girmesi ise, kan sıvısı içerisinde bulunan bileşiklerin (başta proteinli) meydana getirdiği ozmotik basınca göre olur. Arteriyollerde kan basıncı dolayısıyla hidrostatik basınç fazladır. Bu nedenle kapiller sistemin arteriyoller kısmında hidrostatik basınç ozmotik basınçtan fazla olduğu için sıvılar dokulara, venüller kısmında ise (ozmotik basınç hidrostatik basınçtan fazla olduğu için) dokulardan kılcal damarların içine doğru olur. Bu arada dokuların da kendine özgü bir ozmotik basıncı olduğu için net venüller ozmotik basınç (sıvı çekme gücü) kanın ozmotik basıncı eksi dokuların ozmotik basıncıdır. Keza net hidrostatik basınç da aynı yönteme göre hesaplanır. Sıvının damardan çıkması için etki eden güçlerin toplam değeri ise: Hidrostatik basınç ortalaması – Ozmotik basınç ortalamasıdır. Örneğin arteriyollerde kan basıncı 30 mm. Hg, doku basıncı ise, -8 mm. Hg ise (doku basıncı genellikle eksi değerliklidir; bazı hallerde artı olabilir, o zaman, kan basıncından doku basıncını çıkarmak gerekir; çünkü, bu, bir karşı basınç ifade eder) kan sıvısının damardan çıkmasını sağlayan basınç 30 + 8 = 38 mm. Hg’dir. Fakat kanın ozmotik basıncı da yani dıştaki sıvıları kan içerisine çekmeye çalışan güç 28 mm. Hg, dokuların ozmotik basıncı da 4 mm. Hg ise toplam ozmotik basınç 28 - 4 = 24 ’dür. Bu durumda toplam basınç 38 – 24 = 12 mm. Hg’dir. Yani arteriyollerde kan sıvısı 12mm. Hg’lik bir basınç altında dokulara geçmeye çalışır. Buna karşılık venüllerde kan basıncı azalacağı için, ozmatik basıncın altına düşer ve sıvılar dokulardan kılcal damarlara geçmeye başlarlar. Kılcal damar çeperini en kolay geçen proteinler ve lipoproteinler tekrar kılcal damarlara geçemezler; genellikle lenf damarlarıyla toplar damara dökülürler. Glomeruluslardaki kılcallar iki arteriyol arasında olduğundan, kan basıncı, diğer vücut kılcal damarlarından farklı olarak, tüm kılcal damar boyunca sabittir. Ayrıca kan basıncı diğer kılcalların yaklaşık iki mislidir (70 mm. Hg). Dolayısıyla süzme işlevi daha etkindir. Keza yine diğer kılcallardan farklı olarak çeperleri çift tabakalıdır. Bu yapı onlara hem basınca dayanma hem de protein ve lökositlerin dışarıya çımasını önleme gibi bir özellik kazandırır. Glomerulus kılcallarında su ve suda erimiş maddeler yalnız kapiller endoteliyumdan kanallara geçer; diğer kılcallarda olduğu gibi geri emilim yoktur. Böbrek tarafından kanda bulunan suda erimiş boşaltım maddeleri süzülür. İnsanda ve diğer memelilerde azot içeren en önemli boşaltım maddesi üredir. Daha az miktarlarda amonyak, ürik asit ve seratonin bulunur. Ürenin sarı rengi ürokromdan gelir. Bu pigment hemoglobinin yıkılmasından meydana gelmiştir ve safra pigmentiyle benzerdir. İdrar oluşumunda üç evre vardır. 1) Süzülme (filtrasyon), 2) Geriye emilme (rezorpsiyon), 3) Salgılanma (sekresyon). Süzülme: İdrar oluşumunda ilk adım olan glomerular süzülme, 1920 yılında RICHARDS tarafından geliştirilen bir mikro pipet tekniğiyle, Bowman kapsülünden alınan sıvının tahlili yapılarak açıklanmıştır. Su, çeşitli iyonlar, şeker, aminoasit ve azot içeren boşaltım maddeleri Malpigi (renal korpuskül) cisimciklerinin yarı geçirgen zarından kolaylıkla geçmektedir. Bu yarı geçirgen zar kan plazmasında bulunan tüm küçük moleküllerin süzülmesine izin verir. Kan hücreleri, yağ ve plazma proteinleri gibi büyük moleküller kanda kalır. Küçük moleküllerin bir kısmı da kanda büyük moleküllere bağlanmak suretiyle kalabilir. Bağlanan bu küçük moleküllerden en önemlileri demir, diğer eser mineraller ve belirli vitaminlerdir. Süzülme oranının (Glomerular Süzülme Hızı) hesaplanması enginardan elde edilen “INULIN” denen bir polisakkaritin kullanılmasıyla yapılır. Örneğin, damar içerisine her milimetre kanda bir mg. Olacak şekilde inulin enjekte edilirse, her dakika için 13o mg. İnülinin idrar içerisine süzüldüğü görülür. Çünkü bu madde tüplerden geri emilmez. Dolayısıyla glomeruluslardan süzülen miktarı bize gösterebilir. Bu miktarın süzülebilmesi için dakikada en az 130 ml. Plazmanın böbreklerden geçmesi gereklidir. Bu da günde 188 litre eder. Fakat eğer böbreğin kan dolaşım sistemiyle nasıl desteklendiğini incelerse, bu rakama şaşmayız. Böbrekler kalpten çıkan kanın ¼ ünü alırlar; bu, her 4 –5 dk.’da bir vücut kanının böbreklerden geçmesi demektir. Diğer kılcal damarlarda olduğu gibi, glomeruluslardan geçen kan, orada süzülür. Dolayısıyla gelen kanın miktarı giden kanın miktarından daha fazladır. Bir glomerulus, böbrek arterinden çıkan getirici arteriyolle nefronların tüp kısmına giden götürücü arteriyol arasında bulunur. Götürücü arteriyol (Efferent Arteriol) getirici arteriyolden (Afferent Arteriol) daha dar olduğundan, glomerulus kılcal damarları içerisinde yüksek süzme basıncı sağlar ve burada, kandan, birçok madde ile birlikte önemli miktarda su süzülür. Süzülme basıncı nefron tüplerinin içindeki basıncı ve kanın ozmotik basıncını geçer (bu her iki basınç da nefron tüpünün içindeki sıvının kan içerisine dönmesini sağlayan basınçtır). Süzülme basıncı şöyle hesaplanır: Kalbin pompalamasıyla böbrekte oluşan kan basıncı 70 mm.Hg’dir. Fakat kanın ozmotik basıncı 32 mm. Hg, ayrıca Bowman kapsülünün hidrostatik basıncı da 14 mm. Hg olduğu için, toplam süzülme basıncı 70 - (32 + 14) = 24 mm. Hg’dir. Soğukta kaldığımız zaman periferik kılcal damarlarımız büzüleceğinden, kan basıncında yükselme olacak ve dolayısıyla idrar çıkarma hızımız yükselecektir. Bunun yanı sıra terlediğimizde ya da kan sıvısı yitirdiğimizde idrar miktarı azalacaktır. Ayrıca süzülen sıvı oranında kanın ozmotik basıncı artacağından, kendiliğinden bir denge oluşacaktır. Keza kan akış hızı da süzülmeyi artırır. Fakat kan basıncı 90 –180 mm. Hg arasında değişse de böbrekteki kan akış hızının değişmediğini görürüz. Bu basınç değişimine böbreğin korteksindeki kılcalların direnci artırılmakla tepki gösterilir. Bu sınırların dışında basınç – akım – direnç dengesi bozulur. Bu direnç şöyle sağlanmaktadır. Böbrek atardamarında kan basıncı artınca düz kaslarla afferent arteriyol daraltılır, efferent arteriyol genişler; kan basıncı düşünce tersi olur ve her iki durumda da glomerulusların kılcal damarlarındaki kan basıncı ve süzme oranı sabit tutulur. Ayrıca süzülme azalınca, Henle kulpu, dıştaki dokuların basıncıyla büzülerek bir kapakçık gibi kapanır ve süzülen sıvının birikmesine neden olur. Sıvının birikimi belirli bir basınca yükselince büzülen kısım açılır. İnsandaki dışarıya atılan idrarın miktarı glomeruluslardan süzülen %1’i kadardır. Diğer süzülen maddelerin hepsi (glikoz, aminoasitler ve iyonlar) ve suyun büyük bir kısmı nefronun tüp kısmından geçerken geriye emilerek kana alınır. Bunun yanı sıra süzülen sıvıya tübüler salgılar eklenir. İki önemli teknik yöntem bunun açıklanmasını sağlar. Birincisi temizlenme oranının çalışılmasıdır. Örneğin, bir insan böbreğinde her dakikada 75 ml. Plazmadakine denk üre çıkarılır. Bu şöyle ifade edilebilir. Her dakika 75 ml. Plazma üreden arınmaktadır, yani ürenin temizlenme hızı 75 ml./dakikadır. Diğer maddeler farklı temizlenme oranına sahiptirler. Örneğin inulinde 130 ml./dakikadır. Şayet serbestçe süzülebilen maddelerin temizlenme oranı (üre gibi) bu orandan aşağı ise, bu maddeler tüpler içerisinde tekrar geriye emilmelidir. Eğer temizlenme oranları 130 ml./dakikadan fazla ise o zaman tübüler salgı ile bazı maddeler eklenmelidir. Geriye Emilme: Geriye emilmenin ve salgılanmanın yerini belirlemek için akıntının tıkanması tekniği kullanılır. Bir sonda (Kateter) böbrek pelvisine sokulur ve bağlanır. Tüp içerisindeki sıvı gerilmeye başlar, bir zaman sonra süzülme durur ve tüp içindeki basınç yükselir. miktarı Fakat tüpün farklı kısımları bu hareketsiz sıvı sütununa karşı işlevlerini gösterirler. Uygun zaman aralıklarıyla sonda açılır ve örnekler alınarak analiz edilir. İlk örnek ortak (kollateral) tüpten gelir ve daha sonra alınacak örnekler gittikçe proksimal kısma ait olan örneklerdir. Bu çalışmadan çıkarılan sonuç: Filtreden geçen aminoasitlerin ve glikozun tümünün, ürenin bir kısmının proksimal kıvrık tüpte geriye emildiğidir. Sodyum, klorit ve bikarbonatlar hem proksimal, hem distal kıvrık tüpten geriye emilir. Suyun %90 ı tüpün çeşitli bölgelerinden geriye emilir. Seratonin, amonyak, hidrojen potasyum iyonları ve çeşitli ilaçlar (penisilin gibi) memelilerde tübüler salgı ile dışarıya çıkarılırlar. Bunların çoğu tüpün distal kısmından atılır. Belirli telaost (=kemikli) balıklarda Malpigi cisimcikleri kaybolduğundan boşaltım maddelerini bu yolla elemine edebilirler. a) Proksimal Tüpte Geri Emilme: Geri emilme idrar oluşumunda önemli rol oynar. Bu geri emilme ya tüplerin etrafını saran kılcal damarlara pasif olarak geçmek suretiyle ya da derişim gradiyentine karşı aktif olarak emilme ile olur. (Efferent arteriyoller doğrudan doğruya venlere bağlanmaz. Glomeruluslardan sonra proksimal ve distal kıvrımlı tüplerin etrafında ikinci bir kılcal damar sistemi yaptıktan sonra toplar damarlara bağlanırlar. Böbreğin, kanın bileşimini denetleme yeteneği işte bu çift kılcallar sistemi ile gerçekleşir.). Bu aktif emilmede tüp hücreleri büyük ölçülerde enerji (ATP) kullanırlar. Bu nedenle tüp hücrelerinde bol miktarda mitokontri vardır. Üre göz önüne alınmazsa, geriye emilen çözeltilerin çoğu proksimal kıvrık borudan aktif transportla alınır. Çünkü bu maddelerin derişimi o bölgede bulunan kandaki bu maddelerin derişimi ile eşittir. Bu maddeler aktif taşıma ile, kandaki derişimlerine bağlı olarak geri emilirler. Şayet bu maddelerden birinin kandaki normal değerinden fazla olursa – Böbrek Eşik Değeri – tüplerden tamamen emilmez; eşik değerinden fazla olanı idrar ile dışarı atılır. Böbrek eşik değerinin niceliksel (Kantitatif) değeri maddeden maddeye farklıdır. DIABETES MELLUTUS (şeker hastalığı)’da hücre metabolizması için glikoz tamamen yakılamaz ve kandaki şeker oranı yükselir. Glikoz için böbrek eşik değeri 150 mg. glikoz/100 ml. ‘dir. Bu durumda glikozun hepsi böbrek tüplerinden geri emilemeyeceğinden idrarda bol miktarda glikoza rastlanır (Glikozüri). Vücut ısısının ozmotik basıncı glomerulus süzgecinden geçen tuz miktarıyla pH değeri ise asidik veya bazik maddelerin elemine edilmesi ya da tutunmasıyla sağlanır. Su, pasif olarak emilir. Eğer glomeruluslardan gelen süzüntü aynen atılsaydı, madde yitirilmesinden dolayı ölüm meydana gelirdi. İşte kıvrık tüpler vücut için gerekli olan maddelerin geri emilmesini (rezorpsiyon), işe yaramayanların (idrar) da atılmasını sağlar. İlkel omurgalılarda, üre, kandakinden daha yoğun değildir. Bununla beraber yüksek omurgalılarda özellikle memelilerde hipertonik üre meydana getirilir. b) Henle Kulplarında Geri Emilme: Memeli nefronlarının yoğun idrar meydana getiren eşsiz yapısı Henle kulplarıdır. Uzun zamandan beridir omurgalıların yoğun üre meydana getirdikleri biliniyordu. Fakat mekanizmaları ancak yakın bir zamanda açıklanabildi. Henle kulpu, biri diğerine paralel ve biri inerken diğeri çıkan iki boru sisteminden oluşmuştur. Dolayısıyla içindeki sıvıların akış yönleri de birbirine terstir. Henle kulpunu oluşturan borulardan biri medullanın dış kısmından ortasına doğru inerken öbür kolu aksi yönde “U” harfi şeklinde kıvrılarak medullanın dış kısmına doğru uzanır. Glomeruluslardan çıkan kılcal damarlar “VASA RECTA” Henle kulplarını izleyerek dış medulladan iç medullaya uzanır ve daha sonra kortekse dönerek medullayı terk eder. Bu düzenleme, böbreğe, kana göre hipertonik üre salgılama yeteneği verir. Bu işleyiş şöyle olur: Henle kulpunun yukarıya çıkan (Ascendense) kolu aktif taşıma ile klor iyonlarını proksimal tüpten gelen süzüntüden alarak doku arası sıvıya aktarır. Sodyum iyonları da artı yük taşımaları nedeniyle eksi yük taşıyan klor iyonlarını izleyerek, pasif olarak doku arası sıvıya geçerler. Halbuki kulpun inen kolunda (descendence) klor iyon taşınımı aktif olarak yapılmaz. Bu kolda sodyum ve klor iyonları ozmotik kurallara göre içeri ve dışarı hareket ederler. Kulpun çıkan kolu suya göre geçirgen değildir. Dolayısıyla bu koldan geçen sıvı, tuzu büyük ölçüde alınmış olarak distal tüpe geçer. Doku sıvısının yoğunluğu böylece artar. Bir miktar sodyum ve klor iyonu kulpun inen koluna pasif olarak geçer. Fakat çıkan koldan sürekli aktif Cl- taşınımı olduğu için kulpun “U” şeklindeki ucuna gittikçe sodyum ve klor iyon derişimi artar; kortekse doğru çıktıkça azalır. Bu arada Henle kulpunu inen borusuyla beraber medullaya giren veza rekta damarının içindeki kani doku arasında bulunan derişik sodyum ve kloru pasif taşınmayla alır; fakat yukarıya, yani kortekse çıkarken tekrar geriye verir. Kanın bu şekilde zıt yönlü akışı medullada sodyum ve klor kaybını önler ve böylece kortekse doğru sodyum ve klor azalmasının sabit kalmasını sağlar. Bununla beraber az miktarda elektrolit ve ortak (= toplama) kanallardan doku arasına geçen bol miktarda su, kan ile medulladan uzaklaştırılır. Burada dikkat edilecek husus henle kulplarının kollarındaki sıvının akış yönü ile veza rekta damarındaki kanın akış yönünün birbirine ters olduğudur. Böylece, Henle kulpunun çıkan kolundaki sıvıda ve onu çeviren doku arası sıvıda, sodyum ve klor derişimi azalmasına karşın, kan, yukarıdan aşağıya doğru aktığından, yine doku arasındaki sodyum ve klor iyonlarını alarak medullanın alt kısmına doğru taşır. Veza rekta, yukarıya doğru çıkarken tuz iyonlarını derişim farkından dolayı yine doku arası sıvıya verecektir. Henle kulpunun yukarıya doğru çıkan kolunda tuz iyonlarının taşınımı o kadar güçlüdür ki, distal geçmek üzere bu kolu terk eden sıvı, glomerulustan süzülen sıvıdan çok daha az sodyum derişimine sahiptir. c) Distal Tüpte Geri Emilme: Çıkan borunun, suyu geçirmediğine değinilmişti. Daha sonra bu su, distal borunun içine geçerek tekrar medullanın ortasına doğru akmaya başlar. Fakat distal borunun içindeki sıvı, normal doku sıvısı ile izoozmotiktir (300 miliozmos). Bu sıvı, medullanın iç kısmına doğru akarken, gittikçe daha yoğun ozmotik doku arası sıvıyla karşılaşacağından, ve borunun çeperleri suya geçirgen olduğundan, su, doku içerisine geçerek veza rekta ile hemen oradan uzaklaştırılacak ve geride yoğunlaşmış idrar kalacaktır. Bu arada distal tüplerin suya geçirgenliğinin vazopressin (antidiüretik hormon) ile düzenlendiğini unutmamak gerekir. Vücudun suya gereksinmesi olduğu zaman vazopressin salgılanır, toplama kanalları geçirgen hale geçer ve su, doku arasına, oradan da kana geçer. İdrar, en son medullanın iç kısmını terk ederek böbreğin pelvisine girdiği için yoğunluğu, medullanın iç kısmındaki doku arası sıvının yoğunluğu kadardır. Bu da glomerulustan süzülen sıvıdan daha yoğundur.

http://www.biyologlar.com/idrar-olusumu

Tıbbı laboratuvar hizmetlerinde bakteriyel ve mikotik hastalıklarda kültür sonuçları hangi zaman aralığında veriliyor ?

Koliform grup bakteriler, Enterobacteriaceae familyası içinde yer alan, fakültatif anaerob, gram negatif, spor oluşturmayan, 35 oC' de 48 saat içinde laktozdan gaz ve asit oluşturan, çubuk şeklindeki bakterilerdir. Bu grupta yer alan ve gıda mikrobiyolojisi açısından önemli olan mikroorganizmalar; Citrobacter freundii, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae 'dir. Koliform grup mikroorganizmalara pek çok gıda hammaddesinde rastlanmaktadır. Bunların başında; taze sebzeler, taze yumurta, çiğ süt, kanatlı etleri ve koliform bakımından sayıca zengin sulardan alınan kabuklu ve diğer su ürünleri gelmektedir. Gıdalarda koliform mikroorganizmaların bulunması; kötü sanitasyon koşullarının, yetersiz veya yanlış pastörizasyon uygulamalarının, pişirme ve pastörizasyon sonrası tekrar bulaşma olduğunun bir göstergesi olarak kabul edilmektedir. Koliform grubu mikroorganizmaların hepsi dışkı kökenli değildir. Bu grupta bulunan bakterilerden normal florası insanların ve sıcak kanlı hayvanların alt sindirim sistemleri olanlar "fekal koliform" olarak tanımlanmakta ve bunlar fekal kontaminasyonun bir göstergesi olarak kabul edilmektedirler. Koliform grup içinde fekal koliform olarak tanımlanan bakterilerin büyük çoğunluğunun E. coli olduğu bilinmektedir. Grubun diğer üyeleri toprak ve bitki kökenli olabilmektedirler. Herhangi bir örnekte E. coli 'ye ve/veya fekal koliform bakterilere rastlanması oraya doğrudan ya da dolaylı olarak dışkı bulaştığının ve yine bağırsak kökenli Salmonella ve Shigella gibi primer patojenlerin de olabileceğinin bir göstergesidir. Bu nedenle hiçbir gıda maddesinde, içme ve kullanma sularında, denizlerde ve göllerde E. coli ve fekal koliform bulunmasına izin verilmezken, bazı gıdalarda belirli sayıda koliform bakteri bulunmasına izin verilebilmektedir. E. coli fekal kontaminasyonun bir göstergesi olması yanında genetik yapısı en iyi bilinen canlı olma özelliğine de sahiptir. Suşlarının birçoğu zararsız olan bu bakterinin bazı patojenik tipleri, insan ve hayvanlarda sonucu ölüme kadar giden ishallere, yara enfeksiyonlarına, menenjit, septisemi, artheriosklerosis, hemolitik üremik sendrom, çeşitli immünolojik hastalıklar vb. gibi hastalıklara sebep olabilmektedir. Analiz Yöntemleri Bir gıda maddesinde ya da herhangi bir materyalde E. coli aranma ve sayılması için kullanılan tüm standart yöntemler koliform grup aranmasına yöneliktir. Bu yöntemler en muhtemel sayı (EMS) yöntemi, katı besiyeri kullanılan yöntemler, membran filtrasyon yöntemi ve hızlı sayım yöntemleri olarak gruplandırılmaktadır. En Muhtemel Sayı Yöntemi Genel olarak koliform grup/fekal koliform grup bakteriler / E. coli sayılmasında EMS yöntemi kullanılmakta ve yöntem üç aşamada uygulanmaktadır. Bu aşamalar sırasıyla: - Koliform grup bakterilerin muhtemel sayısını belirlemek, - Koliformların kesin sayısını onaylamak ve aynı anda farklı bir besiyerinde fekal koliformların sayısını belirlemek, - E. coli sayısını belirlemektir. Türk Standartları Enstitüsü (TSE) ve Uluslararası Standartlar Örgütü (ISO)' nün koliform grup mikroorganizma aramak için kullanılan standart analiz yöntemlerine göre örnek hazırlanıp dilüsyonları yapıldıktan sonra ardışık 5 dilüsyondan 3 'er adet Lauril Sülfat Triptoz Broth (LST) besiyerine 1'er ml ekim yapılmakta ve 37 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübasyondan sonra pozitif sonuç veren tüpler muhtemel koliform olarak değerlendirilmektedir. Bu yönteme göre, muhtemel koliformların sayısını doğrulamak için de Brilliant Green Bile Broth (BGBB) besiyerine ekim yapılmakta ve 37 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübasyondan sonra pozitif sonuç veren tüpler koliform grup olarak doğrulanmaktadır. TS 6063/ISO 7251 'e göre E. coli aranmasında analize koliform grupta olduğu gibi örneğin hazırlanıp dilüsyonlarının yapılmasından sonra, ardışık 5 dilüsyondan 3'er adet LST besiyerine 1 'er ml ekim yapılmakta ve tüpler 37 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübasyona bırakılmaktadır. Burada pozitif sonuç veren tüplerden, su banyosunda 44,5 oC 'de tutulan E. coli (EC) Broth besiyerlerine ekim yapılmakta ve gaz oluşumu için yine 44,5 oC 'de 24 (gerekirse 48) saat inkübe edilmektedir. Bu sürenin sonunda gaz oluşumu görülen tüpler fekal koliform olarak değerlendirilmektedir. Testin devamında EC Broth besiyerinde pozitif sonuç veren tüplerden 44,5 oC 'deki Tripton Water (TW) besiyerine ekim yapılmakta ve aynı derecede 48 saat inkübasyona bırakıldıktan sonra indol testi yapılmaktadır. Bu testin sonunda indol pozitif reaksiyon veren tüpler E. coli, negatif reaksiyon verenler ise E. coli dışındaki diğer fekal koliformlar olarak değerlendirilmektedir. Amerikan Resmi Analitik Kimyacılar Birliği (AOAC) 'nin koliform grup/E. coli aranması için önerdiği yöntem EMS yöntemidir. AOAC 'ye göre örnek hazırlanıp dilüsyonları yapıldıktan sonra, ardışık 3 dilüsyondan 3 'er adet LST besiyerine 1 'er ml ekim yapılmakta, 35 oC 'de 48 saat süren inkübasyondan sonra pozitif sonuç veren tüpler muhtemel koliform grup olarak değerlendirilmektedir. İkinci aşamada pozitif sonuç veren bu tüplerden BGBB ve EC Broth besiyerlerine ekim yapılıp, 35 oC 'de 48 saat inkübe edildikten sonra, BGBB tüplerinden alınan pozitif sonuçlar koliform grup olarak doğrulanmakta, 44,5 oC 'de 48 saate kadar inkübe edilen EC Broth tüplerinden alınan pozitif sonuçlar ise fekal koliform olarak kabul edilmekte ve sayılmaktadır. Son olarak EC Broth besiyerinde gaz pozitif tüplerden Eosin Metilen Blue Agar (EMB) besiyerine sürme yapılarak, ayrıca gram boyama ve IMVEC testleri uygulanarak E. coli doğrulanmaktadır. Amerikan Halk Sağlığı Kuruluşu (American Public Health Association; APHA) tarafından özellikle suların mikrobiyolojik analizinde kullanılmak üzere önerilen Amerikan Standartları metoduna göre koliform grup/fekal koliform/E. coli aranmasında %0,5 Laktoz Broth (LB) kullanılmaktadır. Bu yönteme göre; her biri 20 ml LB besiyeri içeren 15 adet tüpe, 5 X 10 ml, 5 X 1 ml ve 5 X 0,1 ml olacak şekilde ekim yapılmakta ve tüpler 35 oC 'de 24-48 saat inkübasyona bırakılmaktadır. İnkübasyon sonunda gaz oluşturan tüpler muhtemel koliform olarak kabul edilmektedir. Daha sonra gaz oluşturan bu tüplerden EMB agara sürme yapılmakta ve 35 oC 'de 24 saat inkübasyona bırakılmaktadır. Eğer bu besiyerinde tipik E. coli kolonileri oluşmuş ise tamamlama testi yapılmakta, oluşmamış ise teste burada son verilmektedir. Tamamlama testinde EMB agardan birkaç değişik koloni alınarak LB fermentasyon besiyerine ve yatık Nutrient Agar (NA) besiyerine ekim yapılarak her iki besiyeri de 35 oC' de 24 saat inkübasyona bırakılmaktadır. İnkübasyon sonunda LB besiyerinde gaz oluşmuş ve NA' dan alınan kolonilerde gram negatif sporsuz çubuk bakteriler tespit edilmiş ise su örneğinde koliform grup mikroorganizma olduğu kabul edilmektedir. Aynı kuruluş fekal koliform testi için EC Broth besiyerinde 44±0,2 oC 'de 48 saat inkübasyon sonunda gaz oluşumu görülen tüplerin fekal koliform olarak değerlendirilmesini önermektedir. Koliform grup mikroorganizma aranmasında kullanılan diğer bazı sıvı besiyerleri; LMX Broth, MOSSEL Broth, MacConkey Broth ve EE Broth' dur. Katı Besiyeri Yöntemi Pek çok kuruluş tarafından koliform grup ve E. coli aranmasında standart yöntem olarak EMS yöntemi gösterilirken, özellikle izolasyon amaçlı sayım çalışmalarında katı besiyeri kullanılmaktadır. Bu amaçla yaygın olarak kullanılan besiyeri Violet Bile Red (VRB) Agardır. Bu besiyerinde sayım yapılırken yayma, dökme ve çift tabaka dökme plak yöntemleri uygulanmaktadır. VRB Agar besiyerine alternatif olarak Petrifilm VRB yöntemi de kullanılabilmektedir. Bu yönteme göre VRB Laktoz Agar besiyeri kullanılması önerilmektedir. Besiyeri bileşiminde katılaştırıcı ajan olarak agar yerine soğuk suda çözülebilen bir madde kullanılmaktadır. Bileşenler kurutularak üzeri plastik film ile kaplanmış halde kullanıma hazır olarak satılmaktadır. Yönteme göre seyreltiden veya direkt örnekten 1 ml alınarak besiyeri üzerine ilave edilir. Plastik film üzerine basınç uygulanarak örneğin 20 cm2 alana yayılması sağlanır. 32±1 oC 'da 24±2 saat inkübasyondan sonra, etrafında bir veya daha fazla gaz kabarcığı görünen koloniler koliform olarak sayılır. Burada ister koliform olsun ister başka bir tür kolonilerin kırmızı renkli olacağı unutulmamalıdır. E. coli sayımında katı besiyeri olarak Triptik Soy Agar (TSA) besiyeri de kullanılmaktadır. Dökme plak yöntemi ile hazırlanan petri kutuları 35 oC 'de 2 saat inkübasyondan sonra besiyerinin üzeri ikinci tabaka olarak VRB Agar ile kaplanmakta ve inkübasyona 44,5 oC 'de 24 saat devam edilmektedir. Bu yöntemle, hasar görmüş E. coli hücrelerinin sayımında daha iyi sonuçlar alınmaktadır. Koliform bakteri izolasyonunda kullanılan diğer bazı katı besiyerleri; Enriched Lauryl Sulphate Aniline Blue Agar, Fecal Coliform Agar, Pepton Tergitol Glucuronide Agar, Deoxycholate Agar, Endo Agar, EMB Agar, Brillant Green Agar, XLD Agar' dır. Membran Filtrasyon Yöntemi Hidrofobik Grid Membran Filtre (HGMF) tekniği, özellikle su ve diğer sıvı gıdaların analizinde kullanılmaktadır. Bu teknikte örnek önce bir membran filtreden geçirilerek mikroorganizmalar filtre üzerinde tutulmaktadır. Daha sonra bu filtreler uygun bir besiyeri üzerine, arada hava kabarcığı kalmayacak şekilde yerleştirilmekte ve oluşan koloni sayısından materyaldeki mikroorganizma sayısı hesaplanmaktadır. Filtreler üzerinde bulunan birbirini dik kesen hidrofobik hatlar, oluşan kolonilerin dağılmasını önlemekte ve böylece sayım yapılmasını kolaylaştırmaktadır. HGMF tekniği ile E. coli sayımı AOAC tarafından standart analiz yöntemi olarak kabul edilmiştir. Membran filtrasyon tekniğinin bazı üstünlükleri bulunmaktadır. Bunlardan en önemlileri; örnekte az sayıda mikroorganizmanın bulunması durumunda bile belirleme imkânı vermesi ve inkübasyondan sonra filtrelerin kurutularak saklanabilmesidir. HGMF ile fekal koliform sayılmasında filtre, TSA besiyerine yerleştirilmekte ve kuru gıdalar için 25 oC 'de 4-5 saat, diğer gıdalar için 35 oC 'da 4-5 saat olmak üzere, hasar görmüş ve stres altındaki mikroorganizmaların tekrar aktivite kazanmalarını sağlamak amacı ile bir ön inkübasyon uygulanmaktadır. Filtreler buradan m-FC Agar besiyerine alınmakta ve 44,5 oC 'da 24 saat inkübasyona bırakılmaktadır. İnkübasyon sonunda bir veya daha çok mavi renkli koloni gelişimi görülen alanlar belirlenmekte ve değerlendirme koliform sayımında olduğu gibi yapılmaktadır. HGMF tekniğinde amaca uygun olan her tür besiyeri kullanılabilmektedir. Bunlardan bazıları; m-T7 (membran Tegritol-7) Agar, Tamponlanmış Tripton Bile Agar, MI Agar, m-ENDO Agar, m-TEC (membran Thermotolerant E. coli) Agar, m-Coli Blue 24 Agar besiyerleri ve ticari olarak hazırlanmış (Sartorius) ve besiyeri emdirilmiş steril pedlerdir. Koliform Grup ve E. coli İdentifikasyonu Uluslararası standart kontrol örgütleri tarafından E. coli 'nin doğrulama testleri olarak IMVEC testleri gösterilmektedir (I: İndol testi, M: Metil red testi, V: Voges-Proskauer testi, E: Eijkman testi veya 44,5±0,2 oC 'de gelişme testi, C: Sitrat testi). IMVEC testlerine ilaveten HOMoC testleri de yapılmaktadır (H: Hidrojen sülfür oluşum testi, O: Ornitin dekarboksilaz testi, Mo: Hareketlilik testi, C: Sitrat testi). Ayrıca; glikozdan gaz oluşumu, laktoz, mannit, sorbitol fermentasyon testleri, lisin dekarboksilasyonu, H2S oluşumu testleri koliform grup bakterilerin identifikasyonu için önerilen diğer bazı testlerdir. Bu testlerde koliform grup bakteriler ve E. coli 'nin test sonuçları çizelge 1 'de verilmiştir. MUG ve Diğer Hızlı Analiz Yöntemleri AOAC tarafından bildirilen E. coli hızlı tayin yönteminde örnekten dilüsyonlar hazırlandıktan sonra ardışık 3 dilüsyondan 3'er adet LST Broth besiyerine inokülasyon yapılıp, tüpler kapalı su banyosunda 44,0±0,2 oC' de 24 saat inkübasyona bırakılmakta ve pozitif sonuç veren tüpler muhtemel E. coli olarak değerlendirilmektedir. Daha sonra bu kültürlerden EMB Agar besiyerine sürme yapılarak E. coli 'nin varlığı doğrulanmaktadır. Bu yönteme göre analiz süresi toplam 48 saattir. İlk kez 1982 yılında ortaya konulan MUG tekniği, son yıllarda E. coli sayımına yeni bir yaklaşım getirmiştir. Bu tekniğin prensibi; doğrudan besiyerinin ilave edilen ya da selektif katkı olarak ilave edilen 4-methyleumbelliferyl-β-D-glucuronide (MUG) adlı bileşiğin E. coli 'de yapısal bir enzim olarak olarak bulunan β-D-glucuronidase (MUGase, β-GUR) enzimi tarafından 4-methyleumbelliferone adlı florojenik bir ürüne dönüşmesi ve bu ürünün de 366 nm uzun dalga boylu ultraviyole ışık altında floresan ışıma vermesi esasına dayanmaktadır. MUG, katı ve sıvı besiyerlerinin bileşimine kolaylıkla ilave edilebildiği için, EMS yöntemi, katı besiyerleri ve membran filtrasyon yöntemi ile yapılan koliform grup/E. coli analizlerinde kullanılmaktadır. β-D-glucuronidase pozitif olan bakteriler içinde indol pozitif olan tek bakteri E. coli 'dir. Bu nedenle E. coli dışında bazı β-D-glucuronidase pozitif Citrobacter, Enterobacter, Salmonella, Shigella suşlarının neden olduğu sahte pozitif reaksiyonlar indol testi ile belirlenebilmektedir. Ayrıca bazı E. coli suşları yoğun üremeye bağlı olarak aşırı miktarda asit oluşturmakta ve bu da floresan ışımayı maskelemektedir. Bu gibi durumlarda besiyerine 1 ml, 1 N NaOH ilavesi ile floresan reaksiyon kesinleştirilebilmektedir. Koliform grup/E. coli analizlerinde en fazla kullanılan MUG' lu besiyerleri LST Broth ile VRB Agar' dır. Bu besiyerlerinde inkübasyondan sonra UV ile floresan pozitif sonuç alındıktan sonra, doğrudan sıvı besiyerinde gelişen kültürün üzerine veya katı besiyerinde gelişen koloni üzerine Kovac's indol ayıracı damlatılarak indol testi yapılmakta ve böylece 16-18 saat gibi kısa bir sürede, floresan ve indol pozitif reaksiyon verenler E. coli olarak belirlenebilmektedir. Sıvı besiyerlerinde MUG kullanılan yöntemlerde, istenirse fekal koliform bakterilerin analizi de yapılabilmektedir. Ancak fekal koliform grubun %90'dan fazlasının E. coli olduğu düşünülürse buna ancak özel durumlarda gerek olacağı düşünülmektedir. Standart yöntemle 6 gün süren koliform grup/E. coli aranması ve sayılması MUG sistemi kullanıldığında 24-48 saatte yapılabilmektedir. Hatta sıvı besiyerlerinde 16-18 saatte gelişme olduğu düşünülürse analiz süresi oldukça kısalmaktadır. MUG sistemi kullanıldığında dikkat edilmesi gereken en önemli nokta kendiliğinden floresan veren cam tüplerdir. Analiz sonucu negatif olsa dahi bu tür tüplerde pozitifmiş gibi görünmekte ve bu da sahte pozitif sonuçların alınmasına neden olmaktadır. Bunu önlemek için besiyeri tüplere dağıtılmadan önce tüpler UV lamba ile kontrol edilmeli ve böyle tüpler kullanılmamalıdır. MUG içeren katı besiyerlerinde koliform grup / E. coli aranması ve sayılmasında yaygın olarak kullanılan besiyerinden birisi VRB Agar' dır. VRB+MUG Agar besiyerinde standart dökme ve yayma yöntemleri kullanılmaktadır. Eğer ekim yayma yöntemi ile yapılıyor ise çift tabaka ekim yapılmalıdır. Bu besiyerinde 35-37 oC 'de 16-18 saat inkübasyon sonunda oluşan tipik koloniler koliform grup, floresan veren koloniler ise E. coli olarak değerlendirilmektedir. Burada yine E. coli olan kolonilerin IMVEC testleri ile veya hızlı identifikasyon kitleri ile doğrulanması gerekmektedir. MUG yöntemi kromojenik substratlarla beraber kullanıldığında daha etkin ve çabuk sonuçlar alınmaktadır. Koliform grubu bakteriler için karakteristik olan β-D-galactosidase enzimi kromojenik bir substrat olan Salmon-GAL ile, E. coli için karakteristik olan β-D-glucuronidase enzimi ise yine kromojenik bir substrat olan X-glucuronide ile belirlenir. Kromojenik substratlar kullanılarak koliform grup ve E. coli aranması için geliştirilmiş besiyerlerinden birisi de Lauryl Sulphate-MUG-X-GAL (LMX) Brothdur. Bu besiyerinin bileşiminde 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galacto pyranoside (X-GAL) adı verilen kromojenik bir substrat ve MUG bulunmaktadır. Bu besiyerinde koliformlar ürediğinde kromojenik substrat parçalanmakta ve mavi-yeşil renk oluşmakta, E. coli ürediğinde ise MUGase varlığına bağlı olarak floresans ışıma oluşmaktadır. Bu sisteme göre hazırlanmış Readycult Koliform (Merck) arama kitleri de bulunmaktadır. Koliform grup/E. coli analizlerinde kullanılan enzimlerin adaptif değil yapısal nitelikte olması gerekmektedir. Enzimatik yönteme dayalı olarak geliştirilen Chromojenic E. coli/Koliform Medium (Oxoid) adlı besiyerinde, gıda ve diğer çevresel örneklerde bulunan E. coli ve koliformların ön tanısı 18 saatte yapılabilmektedir. Bu yöntem, besiyerinde bulunan iki kromojenik substrattan birinin, %97'si E. coli tarafından üretilen glukoronidaz enzimi tarafından parçalanarak mor koloniler oluşumuna neden olması; diğerinin ise yine büyük çoğunluğu koliform grup tarafından üretilen galaktosidaz enzimi tarafından parçalanarak kırmızı/pembe renkli koloniler oluşumuna neden olması prensibine dayanmaktadır. Besiyerinde oluşan bu mor ve pembe kolonilerin dışında saman sarısı koloniler de oluşmakta ancak bunlar renklerinden dolayı diğerlerinden kolaylıkla ayırt edilebilmektedir. Serolojik yöntemlerle koliform grup mikroorganizma aranmasında ilk akla gelen teknik Floresan Antikor (FA) Tekniğidir. Bu teknikte örnekten izole edilen mikroorganizmalar floresan bir madde ile işaretli antiserumla kaplanmış bir filtre üzerinde tutulmakta ve filtrenin floresan mikroskobu altında incelenerek belirlenmesi esasına dayanmaktadır. Bu yöntem daha çok su analizlerinde kullanılmaktadır. Koliform grup/E. coli aranmasında elektro kimyasal yöntemler de kullanılmaktadır. Bu yöntemlerin esası gelişmekte olan bakteri kültüründe oluşan moleküler hidrojenin ölçülmesi, bakteri kültürünün ortama uyum sağlarken oluşan direncin ölçülmesi ve elektrot yüzeyi ile ilişki kurulduğunda bakteri yüzeyleri ile arada oluşan elektron transferinin ölçülmesi esasına dayanmaktadır. Çiğ süt, yoğurt, dondurma ve pastörize krema gibi süt ürünlerinde koliform grup mikroorganizma aranmasında kullanılmak üzere geliştirilmiş BactometerTM mikrobiyel analiz cihazi impedans-kondüktans prensibine göre çalışmaktadır. Bu yönteme göre önce standart miktarda test örneği alınarak aletin inkübatör kısmına yerleştirilerek 35 oC' da 3 saat ön zenginleştirmeye bırakılır. Bu aşamada Coliform Medium (CM) besiyeri kullanılmaktadır. Ön zenginleştirme aşamasından sonra 1,5 ml örnek alınarak aletin inkübasyon kuyucuklarına yerleştirilip yine aynı derecede inkübasyona bırakılır. Kuyucuk içindeki test karışımı renginin menekşeden sarıya dönmesi koliform grup pozitif reaksiyon olarak değerlendirilmektedir. Analiz cihazı bilgisayar donanımlı olduğu için sonuçlar direkt bilgisayara kaydedilebilmekte veya yazdırılabilmektedir. E. coli sayımında kullanılan hızlı yöntemlerden bir tanesi de BioSys (BioSys, Inc., Ann Arbor Mich.) optik ölçüm sistemidir. Yöntemin prensibi mikroorganizma gelişimi sonucu meydana gelen pH ve redoks değişimlerinin optik okuyucu yardımı ile ölçülmesi esasına dayanır. pH 'da meydana gelen değişiklikler besiyerinde bulunan brom cresol purple indikatörü yardımıyla tespit edilir. Burada indikatörün renginin değişmesi ile besiyerinden geçen ışık şiddetinde meydana gelen değişimler tespit edilmektedir. Bu yönteme göre önce uygun bir seyreltme çözeltisi içinde homojenize edilen örnekten 4,5 ml alınarak BioSys tüplerine aktarılır. BioSys tüplerinde %2 dekstroz ilave edilmiş çift kuvvetli Coliform Medium (bioMerieux Vitek Inc.) besiyeri bulunmakta olup ayrıca tüplerin dip kısmında agar içeren bir bölme bulunmaktadır. İnokülasyondan sonra tüpler aletin inkübasyon kısmına yerleştirilerek (42 oC) inkübasyon süresi boyunca sonuçlar optik okuyucuya kaydedilir. Bactometer ve BioSys analiz sistemleri ile E. coli sayımı 1-11 saatte gerçekleştirilebilmektedir.

http://www.biyologlar.com/tibbi-laboratuvar-hizmetlerinde-bakteriyel-ve-mikotik-hastaliklarda-kultur-sonuclari-hangi-zaman-araliginda-veriliyor-

Türleşme mekanizmaları hakkında bilgi

Türleşme - 1: Tür Nedir? Tür Tanımları Üzerine... Bu yazı dizimizde, sizlere doğadaki türlerin nasıl tanımlandığından, türleşmenin nasıl gerçekleşebileceğinden ve doğada gözlenen bazı türleşme örneklerinden bahsedeceğiz. Bu yazı, tahminimizce sizler için çok önemli bir kaynak olacaktır. Bu notu hem kendi planlarımız dahilinde böyle bir açıklama yapmak var olduğu için, hem de bazı arkadaşlarımız sayfada bize buna yönelik sorular yönelttikleri için hazırlıyoruz. Konu uzun olabileceği için hemen başlıyorum: İlk olarak, tür tanımlarından bahsetmemiz gerekir. Çünkü doğa bilginleri ve biyologlar çok uzun yıllardır türleri tanımlamanın kolay bir yolunu aramışlardır. Ne yazık ki günümüzde hala türleri tanımlamak çok kolay bir iş değildir ve çok kapsamlı incelemeler gerektirmektedir. Ancak bu, bize aslında Evrim'in ne kadar güzel ve güçlü bir doğa gerçeği olduğunu gösterir. Günümüzdeki bazı türler, akrabalarına veya atalarına o kadar benzer ki ve bazı özellikleri de onları aynı gruba (türe) koymak için o kadar farklıdır ki, bu canlıları sınıflandırmak zorlayıcı ve hatta hararetli bilimsel tartışmalara sebep olabilir. Bu, Richard Dawkins gibi ünlü biyologların esasen hoşuna gider; çünkü dediğimiz gibi, gerçekten de türler arasındaki yumuşak geçişin, değişimin ve evrimin ispatlayıcısı bir niteliktedir. Yazının sonunda örneklerimize girdiğimiz zaman bu konuyu çok daha net anlayabileceksiniz. Şimdi, günümüze kadar yapılan tür tanımlarını sizlere tanıtalım. Türler Hangi Özelliklerine Göre Tanımlanırlar? Türlerin tanımını yapabilmek için türlerin neyi barındırdığını anlamak gerekir. Bu konu, Biyoloji dünyasında oldukça fazla tartışılmaktadır. Journal of Psychology'de geçmişte, aynı anda yayınlanan üç farklı görüş bu tartışmaların boyutunu bize göstermektedir. (Castenholz 1992, Manhart ve McCourt 1992, Wood ve Leatham 1992).  Biyologlar tarafından kullanılmakta olan çeşitli tür tanımları vardır. Bunlar; ırksal, tipolojik, biyolojik/izolasyon, biyolojik/üreyici, tanıyıcı, morfolojik, ekolojik, mikrotür, kohezyon, genetik, paleontolojik, evrimsel, filogenetik ve biyosistematik tür tanımları olarak isimlendirilebilirler.   Burada şu noktayı anlamak hayati önem taşır: Aslında bunlar her ne kadar bu şekilde çok farklı isimlerde gözükseler de, aslında birbirlerine yakın tanımlardır. Sadece, "tür" kavramını ele alışları farklıdır. Çoğu, hemen hemen her zaman benzer sonuçlar verirler. Sadece bazıları, kimi zaman bir türü tanımlamak için, diğerlerine göre daha kullanışlı olabilmektedir.   Biz burada, aslında diğerlerinin bazılarını da içerisine katan ve gruplandırmayı kolaylaştıran dört tanesini inceleyeceğiz: ırksal tür tanımı, biyolojik tür tanımı, morfolojik tür tanımı ve filogenetik tür tanımı. Bunlarla ilgili daha ayrıntılı tanımlar için 1985 yılında Stuessy tarafından yazılan Kladistik Teori ve Metodoloji (Cladistic Theory and Methdology) isimli kitaba (ve benzerlerin) ve yazının sonuna eklediğimiz daha güncel kaynaklara bakabilirsiniz. Türlerin tanımlarına geçmeden önce, türlerin bilimsel isimlendirilmelerine bakmakta fayda vardır.   Türlerin bilimsel isimlendirilmesi nasıl yapılır?   Biyolojik olarak türler, çoğumuzun bir şekilde aşina olabileceği üzere, genellikle iki kelime ile isimlendirilirler. Bu sisteme, ikili isimlendirme (binomial nomenclature) denir. Bu yöntemin bazı önemli kuralları vardır. Bunlara kısaca değinmemiz gerekirse: Kullanılan dil Latince olmak zorundadır. Her tür, iki kelime ile tanımlanır. Bu kelimelerden ilki, cins adını belirtir. İkinci kelimeye “belirleyici isim” adı verilir. İki kelime, birlikte “tür ismi”ni belirler. Yazılı kaynaklarda mutlaka eğik veya altı çizili olarak yazılırlar. Cins adının ilk harfi mutlaka büyük harfle yazılır. Sonraki isimlerin hepsi küçük harflidir. Kimi zaman, az sonra tanımlayacağımız “alt tür”leri belirtmek için üçüncü bir isim kullanılır. Bu kelime için de kurallar, “belirleyici isim” için uyulması gereken kurallarla aynıdır. İki örnekle üzerinden geçecek olursak: Panthera tigris: Kaplan türünü tanımlar. Panthera tigris altaica: Siberya Kaplanı’nı tanımlar. İki yazım da ikili isimlendirme kurallarına uygun olarak yazılmıştır. Bunu da öğrendikten sonra, tür tanımlarına giriş yapabiliriz.   Irksal Tür Tanımı nedir?   Irk, günlük dilde ve yakın geçmişte değişerek dilimize tamamen farklı olarak yerleşen anlamı aksine, Biyoloji'de bir tür dahilindeki genetik olarak pek fazla birbirine karışmayan, genetik ve morfolojik açıdan birbirine göreceli olarak benzeyen canlı gruplarına verilen isimdir. Biyolojik anlamıyla ırklar genellikle ekolojik olarak (yerel yaşam alanlarının farklılığından kaynaklanıyorsa) veya coğrafi olarak (aralarında coğrafi izolasyon varsa) birbirinden ayrılırlar. Bu şekilde farklı olan ırklar, eğer birbirlerinden gerçekten diğer ırklara göre çok fazla uzaklaşırlarsa, bu yeni ve farklı iki gruba Biyoloji'de "alt tür" denir.  Alt türlerin farklı türler olmadığını kesinlikle belirtmekte fayda vardır. Önrneğin Batı Bal Arısı, pek çok farklı coğrafi ırka ayrılır; ancak bunların hepsi aynı türe Apis mellifera'ya aittir.   Doğa bilimciler, çevrelerinde gördükleri bitki ve hayvanları, bireysel olarak basitçe, birbirleriyle olan benzerliklerine göre gruplayabileceklerini düşünmüşlerdir. Doğada bulunan gruplara (bilimsel ismiyle taksonlara) bu benzerliklere göre isimler vermişlerdir. Bu tip taksonomilerin temelde iki ortak noktası vardır: Bunlardan ilki, üreme açısından (eşeysel) uyumluluk ve bireylerin devamlılığıdır. Basitçe: Köpekler köpeklerle çiftleşirler ve asla kedilerle çiftleşmezler! Bu, ırk tanımının temelini oluşturur. İkinci olaraksa, türler arasında çeşitlilik açısından bir süreklilik olmadığıdır. Yani türlere basitçe bakarak onları ayırt edebilirsiniz (Cronquist 1988).   Biyolojik Tür Tanımı Nedir?   Son birkaç on yıldır, Biyoloji dünyasında genel geçer olarak kabul edilen tür tanımı, Biyolojik Tür Tanımı'dır (BTT). Bu tanım, türleri cinsel olarak üretken bir komünite olarak görür. BTT, belki de en çok bilim adamı tarafından geliştirilen ve kullanılan tanımdır.   BTT, yıllar içerisinde oldukça değişim geçirmiştir. İlk olarak, 1930 yılında Du Rietz tarafından ortaya atılmıştır. Du Rietz, türleri, "...farklı ve sürekli olmayan biyotip kesintileriyle birbirinden ayrılan en küçük doğal popülasyonlar" olarak tanımlamıştır. Bu tanımda, çiftleşmeye karşı doğal bariyerlere üstü kapalı bir biçimde değinilmektedir.   Ondan birkaç sene sonra, 1937'de ünlü Evrimsel Biyolog Dobzhansky, türleşmeyi "... bir zamanlar gerçekten veya potansiyel olarak çiftleşen bireylerin, fiziksel olarak birbirleriyle çiftleşemeyecek hale gelmelerine sebep olan ve iki ayrı grup oluşturan evrimsel süreç" olarak tanımlamıştır. Bu, son derece sınırlandırıcı bir tanımlamadır. Daha sonraları, Dobzhansky de Mayr'ın tanımını kabul eder. Mayr, 1942'de türleri şöyle tanımlar:   "...birbirleriyle gerçekten ya da potansiyel olarak çiftleşebilen ve bu tip diğer popülasyonlardan eşeysel olarak izole olmuş, doğada bir göreve (nişe) sahip olan  doğal popülasyonlardır."   Omurgalıları inceleyen zoologlar ve entomologlar için BTT en çok kabul gören tür açıklamasıdır. Botanikçiler ise bu tanımı kullanmakta zorlanırlar çünkü kara bitkileri, hayvanlara göre çok daha çeşitli üreme yöntemleri izlerler.   Biyoloji'de sıklıkla karşılaşıldığı üzere, BTT için de pek çok istisna doğada bulunabilir. Bunlar için BTT ile uyumlu; ancak BTT ile sınıflandırılamayacak türleri de içerisine alan daha geniş tanımlar geliştirilmiştir. Buna az sonra değineceğiz.   BTT'nin uygulanabilirliği ve geçerliliği hakkında olduça sık eleştirilerde bulunulmuştur (Cracraft 1989, Donoghue 1985, Levin 1979, Mishler and Donoghue 1985, Sokal and Crovello 1970).   BTT'nin birkaç canlı grubuna uygulanması özellikle problemli görülmüştür. Bunların başında da, aralarındaki hibritleşme (farklı tür olarak görülen canlıların çiftleşmesi, at ve eşek gibi) miktarının fazlalığından ötürü, bitkiler gelir (McCourt and Hoshaw 1990, Mishler 1985).   Ayrıca Dünya'da pek çok cinsiyetsiz (aseksüel) popülasyon da vardır ve bunlar üzerinde BTT uygulanamaz (Budd and Mishler 1990). Bunlara birkaç örnek olarak; zorunlu aseksüel olan rotiferleri, öglenoid flagellalıları, Oocystaceae'ye (coccoid yeşil algler) ait birkaç üyeyi, kloromonad flagellalıları ve bazı diatomları gösterebiliriz.   Ayrıca, bilinen bazı cinsiyetli canlıların, cinsiyetsiz biçimleri de bilinmektedir. Örneğin, bazı arktik göllerde Daphnia'nın cinsiyetsiz popülasyonları bulunmaktadır.   BTT, bu türleri sınıflandırmada kullanılamaz. Aynı durum, prokaryotlar için de geçerlidir. Genler, prokaryotlarda bazı yollarla birbirlerine aktarılabilirler; ancak ökaryotlardaki gibi bir çiftleşme prokaryotlarda tanımlanamamaktadır. Önemli bir mikrobiyoloji ders kitabı, BTT'den bahsetmez bile (Brock and Madigan 1988).   BTT'nin uygulanabilirliği, kendi kendini dölleyen (self-pollinate) kara bitkileri açısından da şüphelidir (Cronquist 1988). Ancak kara bitilerini tanıma dahil edecek bazı açıklamalar getirilebilmiştir.   Bu gibi sebeplerden ötürü, Biyolojik Tür Tanımı bazı bilim insanları tarafından eleştirilmektedir. Ne var ki, diğer yöntemlerle birleştirilerek kullanıldığında, Biyolojik Tür Tanımı en çok canlıyı bir seferde birbirinden ayırabilen açıklama olarak karşımıza çıkmaktadır. Buna, diğer iki tanımımıza da değindikten sonra döneceğim.   Morfolojik (Fenetik) Tür Tanımı Nedir?   1988 yılında Cronquist, Biyolojik Tür Tanımı'na alternatif olarak bir tanımlama geliştirdi ve türleri şu şekilde tanımladı:   "... sıradan yöntemlerle birbirlerinden ayırt edilebilen ve ayrı olan en küçük canlı grupları."   Bu tanım oldukça pratiktir; ancak bazı çok kritik ve temel hataları beraberinde getirdiği için Biyolojik Tür Tanımı'ndan daha kötü; ancak onu destekleyen bir tanım olarak görülmelidir. Pratikliği, Cronquist'in "sıradan yöntem" olarak belirttiği tanımlama yöntemlerinin ucuzluğu ve hızından kaynaklanmaktadır. Örneğin bir botanist için bir kapalı tohumluyu incelemek için gereken "basit yöntem" bir büyüteçtir. Bir entomolojist için ise ayrıştırıcı (dissecting) mikroskop yeterli olacaktır. Diatomlar üzerinde çalışan bir fikolojist içinse elektron mikroskobu "sıradan yöntem" olacaktır.   Bu tanımın bir diğer kolaylaştırıcı tarafı, cinsel ilişkileri hesaba çok fazla katmamasıdır. Ancak bu nokta, belki de tanımı güvenilirlikten tamamen çıkaran noktadır. Buna az sonra geleceğim.   Son olarak, morfolojiyi gözlemek oldukça kolaydır. Bu da, onu yine pratik ama güvenilmez yapan bir diğer noktadır.   Morfolojik Tür Tanımı'na göre bir örnek olarak şu verilebilir: Bir bakışta bir tavuk ile bir ördeği birbirinden ayırabiliriz. Bu sebeple, bunlar farklı türlerdir.   Aslında morfolojik sınıflandırma Cronquist'ten çok önce, Carl Linneus (Carl von Linné) isimli ve "sınıflandırmanın babası" olarak tanınan bilim insanına kadar gider. 1700'lerin başında yaşamış olan Linneus, ilk defa canlıları dindar kesimin yaptığı gibi Tanrılara olan yakınlıktan (Tanrı -> Melekler -> Şeytanlar -> Erkekler -> Kadınlar -> Hayvanlar -> Bitkiler -> Cansızlar gibi) çıkararak, biyolojik olarak yapılması gerektiğini ileri sürmüştür. Bu amaçla kolları sıvayan Linne, çok kapsamlı bir sınıflandırma yapmıştır. Sınıflandırmasında en çok morfolojik özelliklere önem verdiği için, Linne, Morfolojik Tür Tanımı'nın mucidi olarak düşünülebilir.   Ancak, Linne ve diğer morfolojiye göre sınıflandırma yapanları tuzağa düşüren çok önemli bir biyolojik olgu vardır: Cinsel iki-biçimlilik (sexual dimorphism). Bazı canlıların erkekleri ile dişileri birbirinden tamamen farklıdır ve sadece morfolojiye bakarak sınıflandırma yapan bir bilim insanı, ciddi bir biçimde hataya düşecektir. Linne ve diğerleri de bu hataya düşmüşlerdir. Linne, Agelaius phoenicus isimli bir türün erkeği ve dişisini yanlışlıkla farklı türler olarak tanımlamıştır. Halbuki bu canlıların tek özelliği, erkek ile dişisinin birbirinden tamamen farklı olmasıdır.   Bu şekilde yola çıkan bir bilim insanı, uzun saçlı insanları bir tür, kısa saçlı insanları bir diğer tür olarak tanımlayabilecektir. Böylece, insanların kadını ve erkeği farklı türler olacak; üstelik uzun saçlı bir erkek, kadınlar türünden sayılabilecektir.   Günümüzde bu tip kargaşalara sebebiyet vermemek açısından, Morfolojik Tür Tanımı oldukça geliştirilmiştir. Örneğin günümüzde bu tür tanımını kullanan bilim insanları, canlıları farklı türler olarak değerlendirmeden önce, kromozom sayılarına, kromozom morfolojilerine, hücre yapılarına, ikincil metabolitlerine, yaşam ortamlarına ve bazı diğer özelliklere de bakmaktadırlar. Bu açılardan güçlendirilen Morfolojik Tür Tanımı sayesinde, çok daha ayrıntılı tanımlar yapılabilmektedir.   Filogenetik (Kladistik) Tür Tanımı Nedir?   Sonuncu ve diğer tüm tanımları tek bir çatı altında başarıyla toplayan tür tanımı, Filogenetik Tür Tanımı'dır ve Evrimsel Biyoloji'nin gelişmesi ve Evrim Kuramı'nın anlaşılmasıyla birlikte gelişmiştir. Bu noktada, Evrim'in bilimi geliştirmedeki önemini bir kere daha görebilmekteyiz.   Filogenetik Tür Tanımı da oldukça eskiye, 19. yüzyılın büyük biyologu Ernst Haeckel'a dayanır. Günümüzdeki teknikleri kullarak tanımı ayrıntılı bir hale getiren isim ise 1992 yılında konuyla ilgili makalesini yayınlayan Baum'dur. Baum, tür tanımını aşağıdaki iki temel noktada toplar:   Bir tür, belirli bir ayırt edici özellik açısından fark taşıyan en küçük canlı grubudur. Bu karakter; morfolojik, biyokimyasal veya moleküler olabilir; ancak mutlaka üreyici (reproductive) kaynaşık birimler içerisinde sabit olmalıdır. Üreyici süreklilik, Biyolojik Tür Tanımı'nda olduğundan farklıdır. Filogenetik Tür Tanımı'na göre farklı türler birbirleriyle çiftleşebilirler. Üreme açısından birbiriyle uyumlu olmayan bireyler farklı türler sayılmak zorunda değildirler. Ancak farklı türler; genel olarak birbirlerinden çok farklı oldukları için, üreme özellikleri de bu farklılaşma sürecinde değişmiş ve birbirleriyle üreyemez hale gelmişlerdir. Bir tür, monofiletik olmak (bir türden farklılaşarak meydana gelen tüm türlerle birlikte, bu ata türü de içerisine alan biyolojik sınıflandırma birimi, de Queiroz and Donoghue 1988, Nelson 1989); yani atadan en az bir özellik almış olmak ve kendisine ait, sonradan kazanılmış (derived) bir veya daha fazla özelliğe sahip olmak zorundadır.    Bazı durumlarda Filogenetik Tür Tanımı da işe yaramayabilir; fakat günümüze kadar tanımlanmış ve en çok canlıyı birbirinden ayırmak için kullanılabilecek en etkili yöntem Filogenetik Tür Tanımı'dır.   Günümüzde türler nasıl birbirinden ayırt edilmekte ve tanımlanmaktadır?   Günümüzde bilim insanları oldukça titiz çalışmaktadırlar ve teknolojiden sonuna kadar faydalanmaktadırlar. Bu sayede, yeni bulunan bir canlı veya bilinen canlılar üzerinde çok ayrıntılı analizler yapılabilmektedir.   Genetik ve moleküler biyoloji alanında yapılan hızlı gelişmeler, çok etkili bir şekilde canlıların genetik haritalarının çıkarılmasını ve modern yöntemlerle farklı genetik haritaların kıyaslanabilmesini sağlamaktadır. Biyolojik Tür Tanımı'nın belirlediği sınırlar ile Filogenetik Tür Tanımı'nın kattığı esneklik, genetik ve moleküler çalışmalarla birleştirildiğinde, çok doğru ve ayrıntılı tür tanımları yapabilmemize olanak sağlamaktadır. Yani bilim insanları, bir türü belirlemek için, günümüzde tek bir yönteme değil pek çok yönteme başvurmaktalardır. Bu sayede çok net sonuçlara ulaşabilmekteyiz. Genetik çalışmaların tür sınıflandırmalarında çok önemli faydaları vardır:   Örneğin sadece 5386 baz çiftine sahip olan Phage Φ-X174 isimli bir virüsün DNA'sını kodlamak 2 sene sürmüştür. Bazı engeller de göz önüne alındığında, 3.200.000.000 (3 milyar 200 milyon) baz çiftine sahip olan Homo sapiens türünün genomu 15 seneden uzun bir sürede çözülebilmiştir. İnsan, sanıldığının aksine en büyük genoma sahip canlı değildir. Pieris japonica isimli bir bitkinin 150 milyar, Polychaos dubium isimli bir amibin (protista türü) ise 670 milyar baz çifti bulunur. Bunların genomları da uzun yıllarda çözülebilmiştir. Günümüzde, bu canlıların genetik haritaları birkaç hafta ile birkaç ay arasında çözülebilmektedir. Şu anda üzerinde çalışılmakta olan bir teknoloji sayesinde, genomun çözülmesinin 8-10 dakikaya kadar indirilmesi beklenmektedir.   İşte bu ayrıntılı yöntemler (bunların en önemlisi de PCR denen Polymerase Chain Reaction denen bir tepkimedir) sayesinde, genetik haritlar yoluyla canlıların birbirlerinden farklılıkları ortaya konulmakta ve türler tanımlanmaktadır. Bu tanımlar, çoğu zaman Biyolojik Tür Tanımı'na uygun bir biçimde birbiriyle üreyemeyecek kadar farklı canlıları farklı türler olarak ortaya koymakla birlikte, bu güncel olmayan tanımın karşılaştığı zorlukları da yenebilmektedir. Ayrıca bir tür tanımlanırken, canlının morfolojik özellikleri ve fenotipik karakterleri de hesaba katılır. Bunun ötesinde ekolojik durumu, nişi, organlarının yapısı gibi özellikler de hesaba katılır. Tüm bu araştırmalar, genetik özelliklerle birleştirilerek türler tanımlanır. İşte bu çalışmalar sonucunda, türler birbirinden ayrılabilmekte ve Filogenetik Ağaçlar (bizim tanımımızla Evrim Ağacı) inşa edilebilmektedir. Günlük yaşantımızda, farklı türleri ayırt edebilmek için basitçe çiftleşebilmelerine bakmamız yeterlidir. Ancak şunu aklımızdan çıkarmamalıyız: Birbiriyle çiftleşemeyen türler çok büyük bir ihtimalle farklı türlerdir; ancak birbiriyle çiftleşebilen türler birbiriyle aynı tür olmak zorunda değildir! BU SAYFALARIDA İNCELEYİN Türleşme - 1: https://www.facebook.com/note.php?note_id=172937476097669 Türleşme - 2: https://www.facebook.com/note.php?note_id=173142902743793 Türleşme - 3: https://www.facebook.com/note.php?note_id=173305632727520 Türleşme - 4: https://www.facebook.com/note.php?note_id=173555289369221 Türleşme - 5: https://www.facebook.com/note.php?note_id=174509862607097 Türleşme - 6: https://www.facebook.com/note.php?note_id=174517832606300 Türleşme - 7: https://www.facebook.com/note.php?note_id=168204866570930

http://www.biyologlar.com/turlesme-mekanizmalari-hakkinda-bilgi

Enzim Aktivitelerinin Tayininde Kullanılan Yöntemler

Enzim aktivite tayininde çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Aktivite tayinlerinde genellikle ya kaybolan substrat miktarı yada meydana gelen ürün miktarı tayin edilerek enzimlerin aktiviteleri ölçülür. Çoğunlukla hücredeki enzim proteinini tayin etmek çok zordur. Bunun yerine kaybolan substrat veya oluşan ürünü ölçerek enzim hakkında bir fikir sahibi olabiliriz. Enzim aktivite tayininde yöntem seçerken metodun pratik oluşuna ve kısa sürede yapılışına, ayrıca hassas oluşuna da özen göstermek gerekir. Aktivite tayininde kullanılan bazı terimleri ve ne anlama geldiğini inceleyelim: Ünite: Bir mikromol substratı bir dakikada ve optimal koşullarda ürüne çeviren enzim miktarı bir ünite olarak kabul edilmektedir. Enzim üniteleri UI şeklinde gösterilmektedir. Spesifik Aktivite: Bir miligram proteinde bulunan enzim ünite sayısı spesifik aktivite olarak kabul edilir. Spesifik aktivite ünite/mg protein olarak kabul edilmektedir. Buna göre spesifik aktiviteyi aşağıdaki gibi yazabiliriz; ...........................ünite spesifik aktivite = ........................miligram protein Örneğin; 5 mg proteinde 750 ünite ölçmüşsek, bu enzimin spesifik aktivitesi 150 UI/ mg bulunur. Enzim aktivite tayininde kullanılan yöntemleri yedi başlık altında toplayabiliriz. • Spektrofotometrik yöntem, • Monometrik yöntem, • Thunberg yöntemi, • Elektrot yöntemi, • Polimerik yöntem, • Kromatografik yöntem, • Kimyasal tayin yöntemi. Yukarıda kullanılan yöntemler aşağıda kısaca açıklanmışlardır. Spektrofotometrik Yöntem Pekçok enzim substratı, ürünü veya koenzimi, görülen ışıkta veya ultraviyole ışıkta bir tepe değeri göstererek, absorbans vermektedir. Bu takdirde ya substratın kaybolması yada ürünün meydana gelişi gibi koenzimdeki değişiklik spektrofotometreden tayin edilir. Spektrofotometrik yöntem kolaylığı, basitliği ve hassas oluşu nedeniyle diğer yöntemlere göre daha çok tercih edilmektedir. Bu yöntemde optik dansite değişimi, belirli miktardaki enzim ünitesini verir. Birçok enzimin aktivite tayini bu yöntem ile yapılmaktadır. Monometrik Yöntem Bir komponenti gaz olan enzimlerin aktivitesini ölçmek için kullanılan yöntemdir. Örneğin; oksidazlarla oksijen alınımı ve dekarboksilazlarla karbon dioksit salınımı bu yöntemle ölçülür. Thunberg Yöntemi Çok sayıda dehidrogenaz enziminin aktivitesi bu yöntem kullanılarak ölçülür. Metilen mavisi elektron akseptörüdür. Bu bileşiğin okside durumu renkli, redükte durumu ise renksizdir. Enzim aktivite tayin ortamına belirli miktarda metilen mavisi ilave edilir. Göz ile renk kaybolmasındaki geçen zaman saptanır. Deney havanın oksijeninden korunmak için özel bir tüpte yapılır. Bu özel tüpe "Thunberg tüpü" denir ve yöntemde adını bu tüpten almıştır. Elektrot Yöntemi Cam elektrotlarla oluşan ürünlerin ölçülmesi esasına dayanır. Polimerik Yöntem Pekçok enzimin substratı optikçe aktiftir. Eğer üründe optik aktivite değişmesi görülecek olursa bu yöntem kullanılmaktadır. Substratın aktif ve ürünün optikçe aktif olduğu durumlarda yine bu yöntem uygulanmaktadır. Eğer substrat ve ürünün ikiside optikçe inaktif ise, o zaman bu yöntemin kullanılması uygun değildir. Kromatografik Yöntem Diğer yöntemlerle bir ölçme yapılamadığında bu yönteme başvurulur. Enzim substrat karışımlarından belli zaman aralıklarında örnekler alınır. Kromatografik yöntemde, substrat ve ürün kromatografi kağıdına veya ince tabaka kromatografisiyle birbirinden ayırt edilir. Bazı hallerde radyoaktif substrat kullanıldığı için ayırımdan sonra leke, ya ince tabaka kromatografisinde olduğu gibi kazınacak, yada kağıt kromatografisinde olduğu gibi kesilerek sayım şişelerine koyulacaktır. Radyoaktivite miktarı sayaçta sayılır ve tayini yapılır. Bazı enzim aktivitelerinde ürünün meydana getirdiği lekenin büyümesi ile enzim faaliyeti hakkında bilgi edinilir. Kimyasal Tayin Yöntemi Birçok enzim reaksiyon başladıktan sonra belirli zaman aralıklarında karışımdan örnek alıp, substrat ve ürünün kimyasal yöntem ile miktarı tayin edilir. FISKE ve SUBBAROW kolorimetrik yöntemi olarak inorganik fosfat tayinini gerçekleştirmiştir. Fosforilaz, fosfotaz, nükleotidaz enzimlerinin aktivite tayinleri aynı yolla yapılır. Pirofosfat (Ppi) bağı, bir normal HCl ve 100 derecede 10 dakika kaynatılmakla kırılmakta ve inorganik fosfat meydana gelmektedir. İnorganik fosfatın miktarı ise,kolorimetrik yöntem ile tayin edilmektedir. Bu yöntem ATP ve ADP'nin karıştığı bazı kinaz ve sentetaz reaksiyonlarında enzim aktivitesi bu yöntem ile tayin edilir. Deneyler Deney 1: Amilaz Aktivitesinin Tayini Alfa ve beta amilazlar, her ikiside nişastanın ve glikojenin alfa-1,4 glikozit bağlarına etki ile onları maltoz ve dekstrinlere parçalarlar. Alfa amilazın sistematik adı 1,4- glukan-4-glukanohidrolaz olup molekül ağırlığı 45.000'dir. Alfa amilaz tükürük, insan pankreası ve Pseudomonas ve Aspergillus mikroorganizmalarından kristalleş- tirilmektedir. Amilaz enzimleri genel olarak üç grupta toplanır: a. Alfa Amilaz (Endoamilaz): Çok yavaş olarak hidroliz olayına katılırlar. Hasta olarak adlandırılan bir seri üç veya daha fazla alfa-1,4 bağlı glikoz birimlerini taşıyan ürünler açığa çıkarırlar. Buna, özellikle klorür ve bazı iyonlar da aktivatör olarak etki eder. Alfa amilaz glikojenin dokularda yıkılmasında rol oynamaz, zira glikojen 1,4 glikozit bağının yıkılışı dokularda fosforilize olur. Glikojendeki 1,6 bağlarını da yine amilaz değil, ancak amilo 1,6 glikozidaz yıkar b. Beta Amilaz (Egzoamilaz): Bunlar nişastanın amiloz kısmını maltoza kadar hızlı bir şekilde hidroliz ederler. Polisakkaritte alfa-1,4 glikon bağlarını hidroliz ederek zincirlerin redükte olmayan uçlarında maltoz birimlerini ayırırlar. Bitkisel bir enzimdir ve özellikle bira, malt ekstrelerinde bulunur. c. Gama Amilazlar: Kısa bir süre önce bağırsak ve karaciğerde ortaya çıkan, nişastayı maltoz birimlerine değil glikoz birimlerine kadar parçalamaktadır. Enzim 1,4 ve 1,6 bağlarını hidrolizleyip nişasta ve glikojeni tamamen parçalayabilir. Tüm bu amilaz enzimlerinin etkisiyle oluşan ürünler, çözülebilen nişasta ve maltozdur. Nişasta beta amilaz ile parçalandığı sırada, serbest asetal hidroksili beta durumunda bulunan beta maltozları oluşturduğu halde, alfa amilazla parçalanmasında alfa maltozlar açığa çıkar. İşte amilazların alfa ve beta adı bu neticeden gelmektedir. Tükürük %99.5 su içerir. Ayrıca tükrük amilazı yani pityalin ve birkaç protein (musin bir glikoproteindir), inorganik iyonlar (kalsiyum, potasyum, sodyum ve klorür) ve fosfatları taşır. Bunlardan başka aminoasitler, üre, ürik asit ve kolesterol gibi biyoorganik bileşiklerde tükürükte bulunurlar. Bunların hepsi amilaz enziminin yapısına girmektedir. Araç ve Gereçler:İnsan tükürüğü ve dana salyası, %1 w/v nişasta çözeltisi, %1 w/v (tuz) NaCl, sulu iyot çözeltisi, fosfat tamponu, su banyosu (38 derecede), pipetler (1 mililitrelik ve 5 mililitrelik), dereceli silindir (100 mililitrelik), beher (50 mililitrelik), test tüpü (18x150 mm ve 30 adet), pastör pipeti. Uygulama: Toplanan insan tükürüğünün bir mililitresi 100 mililitrelik dereceli silindire pipetlenir. 100 mililitre işaretine kadar sulandırılır ve iyice karıştırılır. Bir test tüpüne 5 mililitre %1'lik nişasta çözeltisi konulur. Üzerine 2 mililitre %1 NaCl ve 2 mililitre fosfat tamponu ilave edilir. İyice karıştırıldıktan sonra 38°C sıcaklıktaki su banyosuna yerleştirilir. Birer mililitre açık sarı iyot çözeltisi taşıyan 10 adet test tüpü hazırlanır. Sulandırılmış tükrüğün 1 mililitresi nişastalı deney karışımına konulur ve zaman kaydedilir. Birer dakika arayla inkübasyon karışımından pastör pipeti ile iki damla alarak iyot çözeltisi bulunan tüplerden birine konulur. İyot çözeltisinde renk değişimi olduğu zaman (akromik nokta) geçen süre kaydedilir ve deneye son verilir (eğer geçen süre 5 dakikadan az veya 20 dakikadan çok ise, tükürüğün değişik sulandırımı kullanılarak 10 dakika civarında bir uç nokta bulunmalıdır). Deney insan tükürüğü yerine dana salyası kullanılarak tekrar yapılabilir. Amilaz Aktivitesinin Hesaplanması Bir amilaz üniti; yöntemde tarif edilen deney koşullarında, 10 dakikada %1'lik ni- şastanın 5 ml'sini hidroliz eden amilaz miktarı olarak tarif edilir. Amilaz Ünitesi = 100 (sulandırım faktörü) x 10/T (dakika) T = Nişastanın ortamdan kayboluşu için geçen zaman. Eğer nişasta değişik şekilde sulandırılırsa, sulandırma faktörü de ona göre değişir. Çalışmada değişik sulandırma kullanılmadığı için, böyle bir değişiklik yapılmasına gerek kalmamıştır. Tüplerde renk değişiminin olduğu, berraklığın ortadan kalktığı nokta "akromik nokta" adını alır. Bu nokta nişastanın tümünün amilazla şekere dönüştüğü safhadır. Çalışmada, amilaz enzim aktivitesinin ölçülmesinde insan tükrüğü ile dana salyasında aktiviteler ölçülerek, karşılaştırılması yapılır. Enzim aktivitesinin değerlendirilmesi fotoğraflarla belirlenerek, akromik nokta saptanır (Şekil 3.1, 2, 3, 4). İnsan tükürüğü için: (Akromik nokta = 3. tüpte, 3. dakika) Amilaz Ünitesi = 100 x 10/T = 100 x 10/3 = 333,3 ünit Dana salyası için: (Akromik nokta = 2. tüpte, 2. dakika) Amilaz Ünitesi = 100 x 10/T = 100 x 10/2 = 500 ünit Amilaz, nişasta ve glikojene etkili bir enzimdir. Pankreatik sekresyonun nişasta parçalayıcı etkisi, pankreatik alfa amilaza bağlıdır. Nişasta ve glikojeni maltoz, maltotroz alfa-1,4 bağları ile bağlı 3 adet alfa-glikoz kalıntısı ve dallı 1,6 oligosakkaritler ve bir miktar glikoza parçalayıcı etkisi tükürük amilazınınkine benzemektedir. Yapılan çalışmada analiz materyali olarak, insan tükürüğü ile dana salyası kullanılmıştır. Kullanılan dana salyasında mukus oranının fazla olması ve saf dana salyasının elde edilmesinin zor olması nedeniyle, amilaz enzim aktivitesi kesin olarak saptanamayıp yaklaşık bir değer elde edilmiştir. İnsan tükürüğündeki amilaz düzeyi, dana salyasına göre daha fazladır ve daha çabuk parçalanmanın gerçekleşmesi gerekir. En azından reaksiyonun gerçekleşmesi için aralarında 30 dakika gibi bir zaman sürecinin geçmesi beklenir. Halbuki bulunan değer sadece bir dakikalık farktır. Bu yüzden sadece renk değişimine göre de- ğerlendirme yapabiliriz. Amilaz miktarı hakkında kesin bir karşılaştırma yapamayız. Deney 2. Katalaz Aktivesinin Tayini ve Kimyasal Katalizör Manganez Dioksitle Karşılaştırılması Bu çalışmalarda katalaz denilen bir enzimin deney tüpünde basit kimyasal reaksiyonu hızlandırdığını görecek ve aynı reaksiyonu çabuklaştıran inorganik bir katalizörü, katalazla karşılaştırma fırsatı bulacaksınız. Aktif kimyasal bir madde olan hidrojen peroksit, hücrede meydana gelen kimyasal reaksiyonlardan aralıksız olarak oluşan bir yan üründür. Hidrojen peroksit zehirlidir; eğer derhal atılmaz veya parçalanmazsa, hücrelere zarar verir. Bir katalizör bulunduğu zaman, hidrojen peroksit oksijen ve suya ayrılarak zararsız hale gelir. Araç ve Gereçler : karaciğer, patates, havuç, kuru soğan v.b. bitkisel ve hayvansal dokuları, %3 hidrojen peroksit çözeltisi, manganez dioksit (toz), bitkisel ve hayvansal dokular, ince kum, küçük deney tüpleri, tüplük, pens, bunzen beki, havan. Uygulama: İki deney tüpü alarak her ikisine de 2 ml kadar hidrojen peroksit çözeltisinden koyunuz. Tüplerden birine az miktarda (0.1 gr) ince kum atınız. Eğer bir sonuç elde ederseniz kaydediniz. İkinci tüpe aynı miktarda manganez dioksit katınız. Ne olduğunu gözleyiniz ve kaydediniz. Yanmakta olan küçük bir tahta parçası- nı tüpün ağzına tutunuz. Diğer bir deney tüpüne 2 ml kadar hidrojen peroksit çözeltisinden koyunuz. Pensle küçük bir karaciğer parçası alarak hidrojen peroksit tüpüne atınız. Bir kaç dakika gözleyiniz ve sonucu yazınız. Şimdi bir önceki deneyde kullandığınız büyüklükte bir karaciğer parçasını bir havana koyarak dövünüz. Bunu taze hidrojen peroksit ihtiva eden bir deney tüpüne koyunuz. Dövülmüş karaciğerin faaliyetini, daha önce gözlediğiniz parça karaciğerin faaliyeti ile karşılaştırınız. Şimdi diğer bir karaciğer parçası alarak bir kaç dakika kaynar suda tutunuz. Bundan sonra kaynamış karaciğeri hidrojen peroksite koyunuz ve karaciğer enziminin hidrojen peroksiti parçalayıp parçalamadığını gözleyiniz. Bu deneyleri diğer canlı dokularla tekrarlayınız. Her materyalin faaliyetini şekilde gördüğünüz gibi basit bir tablo haline getiriniz. Reaksiyonların hızlarını gösteren bir cetvel yapınız. Yazarlar Prof.Dr. Ahmet ÖZATA Yrd.Doç.Dr. Cengiz TÜRE

http://www.biyologlar.com/enzim-aktivitelerinin-tayininde-kullanilan-yontemler

WESTERN BLOTTING YÖNTEMİ

Western Blot; dokudaki spesifik bir proteini analiz etmemizi sağlayan moleküler biyoloji tekniğidir. Bu teknik sayesinde dokuda bulunan bir proteinın varlığı, büyüklüğü, konsantrasyonu, konsantrasyon değişimleri, farklı gruplar arasındaki konsantrasyonlarının karşılaştırılması vb. araştırılabilir. NOT: Antikor kullanarak dokulardaki proteini tayin etmemizi sağlayan bir diğer teknik, immünohistokimyadır. Blotlama yöntemeleri; Western Blot: Protein tayini Southern blot: DNA tayini Northern blot: RNA tayini için kullanılır. Western blotlama prosedürü dört ana kısımdan oluşur: 1.Örneklerin Hazırlanması: Öncelikle ister in vitro (hücre kültürü, vb) ister in vivo (deney hayvanı çalışmaları) deneyler yapıldıktan sonra doku içerisindeki hücreler veya kültür hücreleri parçalanarak proteinleri içeren kısım diğer kısımlardan ayrıştırılır. Daha sonra elimizdeki protein karışımlarının protein konsantrasyonu spektrofotometre yöntemiyle belirlenir. Bu basamağın optimum uygulanması Western jelinin her bir kuyucuğuna eşit miktarda protein yükleyebilmemizi sağlar. 2.Yürütme ve Transfer: Öncelikle proteinler denatüre edilip, indirgenerek düzgün yürütülebilecek hale getirilir. Daha sonra örnekler jel üzerindeki kuyucuklara yüklenerek, elektroforez yöntemiyle moleküler ağırlıklarına göre bantlar halinde ayrıştırılırlar (running) ve sonrasında bir membran üzerine aktarılırlar (transfer). Bu basamağın amacı antikorlarla işaretlenebilecek bir yapı elde etmektir (membran veya blot). 3.İlgili Proteinin İşaretlenmesi ve Boyanması: İmmünohistokimyaya çok benzer bir şekilde blokaj, birincil antikor, yıkama, ikincil antikor, yıkama ve boyama kısımlarından oluşur. Görünür dalga boyundaki boyalar yerine kemiluminesan (kimyasal ışıma) işaretlenmesi kullanılır. 4.Görüntüleme ve Analiz: Analog olarak bir filme veya dijital olarak CCD chip üzerine yapılabilir. Bantlar görülebilir ve analiz edilebilir hale getirilir. Önceki basamakların sorunsuz yapılmış olması bu basamağın da sorunsuz yapılabilmesini sağlar. UYGULAMA İlgilenilen protenin bulunduğu dokunun karakteristiğine ya da proteinin bulunduğu hücresel bölgeye veya proteinin özelliğine göre pekçok farklı lizis tamponu kullanılabilir. Deney hayvanları ile yapılan in vivo deneyler sonunda beyin örnekleri genellikle RIPA buffer (Radioimmunoprecipitation assay buffer) ile homojenize edilir. Doku örneği tartılarak 10 katı kadar hacimde buffer eklenir. Proteaz inhibitörü RIPA’ya taze olarak eklenir. Çalışılacak proteinin fosforile olup olmamasına göre proteaz inhibitörünün içeriği değiştirilmelidir ve gerekli durumlarda fosfotaz inhibitörü de kullanılmalıdır, ilgili protein için literatüre bakılmalıdır. Örnek; •50 µg dokuya 500 µL RIPA eklenir, RIPA eklenmeden hemen önce: •1/50 oranında (10µL) Proteaz inhibitör kokteyli ve •1mM PMSF (elimizdeki solüsyondan 1/50 oranında, yani 10 µL) eklenir. RIPA Buffer içindeki proteaz inhibitörü proteinlerin yıkılmasına neden olabilecek proteazların aktivitesini inhibe eder. Homojenizasyon için homojenizatörler kullanılır. Örnekler 1.5 ml’ lik mikrofüj tüplerine konur. Homojenizasyon mutlaka buz içinde yapılmalıdır. RIPA ile doku tamamen karışıp, krema haline gelince işlem tamamlanır. Homojenizasyonu takiben dokunun proteinli kısmını ayrıştırmak amacıyla santrifügasyon yapılır. Bunun için masaüstü tipteki santrifüjü kullanıyoruz. Santrifüj: 14000 RPM'de, +4oC derecede, 15 dakika santrifüj edilir. Üstte: Süpernatan (sıvı) Altta: Pelet (çökelti) Süpernatanlar ayrı birer mikrofüj tüpüne alındıktan sonra bir kere daha santrifüj edilebilir. Süpernatan mikropipet yardımıyla 0.5’lik mikrofüj tüplerine eşit miktarda aliquotlanır ve -80 oC’ de saklanır. Spektrofotometre ile Protein Konsantrasyonu Tayini Spektrofotometre ile protein abzorbansı ölçülür. Bunun için Bradford yöntemini kullanıyoruz. 50 µl örnek (5 µl Süpernatan, 45 µl Distile su ile 10 kat seyreltilerek, bu oran eğer ölçüm sonucunda elde edilen absorbans değeri standart doğrunun dışında çıkarsa arttırılmalıdır, örneğin 20 kat), güzelce karıştırılarak mikroküvete aktarılır ve üzerine: 30 kat (1500 µl) Bradford protein assay reagent (Sigma®, markaya göre protokol değişebilir) eklenir. Örnekler ölçülmeden önce ilk olarak, standart protein solüsyonları (0,1-1,4 mg/mL arasında değişen) hazırlanarak bir standart grafik (protein konsantrasyonu-abzorbans grafiği) oluşturulur. Bu doğru protein ölçümü yapılmadan önce her seferinde yeniden oluşturulmalıdır. Standartların hazırlanması (200 mg/mL stok BSA kullanılır) 1,4 mg/mL 2µL stok BSA + 283,8 µL Dsu 1 mg/mL 100µL 1,4'ten + 40 µL Dsu 0,5 mg/mL 80µL 1'likten + 80µL Dsu 0,25 mg/mL 80µL 0,5'likten + 80µL Dsu 0 mg/mL 50µL Dsu Standart Grafik Hazırlanması: Daha sonra örneklerin abzorbans ölçümü yapılır. Karışım içinde çökelti oluşmaması ve partikül kalmaması gerekir, bunun için de önce örneği üzerine de Bradford çözeltisini koymak tavsiye edilir. Bradford eklendikten sonra tüp birkaç kez ters düz edilerek iyice karıştırılmalıdır. Prensip: Bradford reaktifi içindeki “Coomassie mavisi’’nin, proteine bağlanmasıyla boyanın abzorbansı 465 nm’den 595 nm’ye kayar. Abzorbans değeri protein konsantrasyonuyla doğru orantılıdır. BSA (bovine serum albumine) standart protein olarak kullanıldığında lineer konsantrasyon aralığı 0.1-1,4 mg/mL’dir. Her bir beyin için elinizdeki 1550 µl'lik örneklerle 595 nm'de abzorbans değerleri ölçülür. Standart grafiğin eğim değerinden OD(optik dansite-abzorbans) değerini bildiğimiz proteinin C (konsantrasyon) değerini hesaplayabiliriz. NOT: SP-8001 UV-VIS Spektrofotometre cihazının 9 numaralı menüsü QUANTITATIVE’ den cihaz önce hazırladığımız standart protein örneklerine göre standart grafiği çizer, daha sonrada bu grafiği baz alarak protein örneklerinin konsantrasyonlarını hesaplar. Ama bu özelliği olmayan cihazlar için standart grafiğin hazırlanması yukardaki şekilde yapılmaktadır. Abzorbans değerleri ile protein yoğunluğunun hesaplaması: Protein (mg/ml) = (Abzorbans/0.9929-standart grafiğin eğimi) x dilüsyon oranı Yükleme için kullanacağınız örnekte ne kadar protein olmasını istediğimize karar veririz. Örn : 20-30-40 µg gibi. Az yüklemek düşük miktardaki proteinlerin gözden kaçmasına, fazla yüklemek ise kirli bir background’a ve analizde ciddi zorluklara sebep olabilir. Örnek olarak 20 µg’ı seçmişsek, örneklerdeki protein yoğunluğunu kullanarak (mg/mL), her bir örnekten hangi hacimde alırsak 20 µg protein almış olacağımızı hesaplarız (=20/Protein konsantrasyonu). Kaç µl hacim ile yükleme yapacağınıza karar verin (20-30µl gibi). Yükleme için kullanacağınız solüsyonun %25'i Sampling buffer (4X) olmalı; hesaplanan miktarda örnek ekledikten sonra üzerini distile suyla tamamlayın. Örn: Abzorbans değeri 0.8 olan bir örnekte protein konsantrasyonu, 8.06 mg/ml olarak hesaplanır. Yukardaki formülle : 20 µg protein yüklemeye karar verilmişse, 8.06 mg/ml yoğunluğundaki örnekten 2.48 µl almak gerekir. 30 µl yükleme yapılacaksa: 2.48 µl örnek Yükleme çözeltisi + 7.5 µl (30X0.25) sample buffer hazırlanır + 20.02 µl distile su ile. Yükleme çözeltilerine merkaptoetanol eklenir (%2.5 v/v, yani 30 µl için 0,75 µl). Merkaptoetanol, proteinlerin disülfit bağlarının indirgenmesini sağlar. Sample buffer ise proteinleri denatüre hale getirerek merkaptoetanol ve kaynatma işlemleriyle birlikte proteinlerin denatüre olarak, jel üzerinde düzgün bir şekilde yürüyebilmesine olanak tanır. Ependorflarda hazırlanmış yükleme çözeltilerini önceden 90oC’ye getirilmiş Dryblock’ta 5 dakika kaynatılır.

http://www.biyologlar.com/western-blotting-yontemi

9. sınıf biyoloji soruları

1.Aşağıda verilen özelliklerden hangisi canlılarda gözlenen ortak özellik değildir? A)Nükleik asit taşıma B)Kendi besinini kendi üretme C)Enzim sistemleri taşıma D)Hücrelerinde protein sentezleme E)Besin maddelerinden ATP üretme 2. Memelilerde gerçekleşen üre sentezi ve bu azotlu boşaltım artığının böbreklerden atılma mekanizması Biyolojinin aşağıdaki dallarından hangisi tarafından incelenir? A)Histoloji B)Anatomi C)Fizyoloji D)Moleküler Biyoloji E)Morfoloji 3. Bir deney tüpüne;- 14 molekül Maltoz- 10 molekül Laktoz- 20 molekül Sakkaroz- Maltaz, Sükraz, Laktaz ekleniyor. - Yeterince su Harcanan su miktarı ve oluşacak monomer sayısı nedir? 4. Uzun süre açlık durumunda vücutta karbonhidrat, yağ ve protein moleküllerindeki değişimler nasıl gerçekleşir? 5. Bir gen - bir enzim hipotezine göre aşağıdaki soruyu yorumlayınız. Gen1 Gen2 Gen3 Gen4 El E2 ЕЗ E4 A —► B ► C ► В—►E• Gen 3 mutasyona uğradığında; - ....................sentezlenemezse; - ortamda............................birikir.- ortamda....................... oluşmadığından .............................. olsa bile....................... oluşmaz. 6. DNA’ yı RNA ‘dan ayıran 3 madde yazınız. 7. Hidrolizi için 239 molekül su kullanılan bir nişasta molekülünde bulunan glikozlardan kaç maltoz sentezlenir? 8.Zarsız tek kat zarlı ve çift kat zarlı organel isimlerini belirtiniz. 10. Doğal( filogenetik) sınıflandırmayı kim yapmıştır ve bu sınıflandırmayı yaparken nelere dikkat etmiştir? 11.Analog ve Homolog organ tanımlarını yapınız. 12. Ökaryot bitki hücresine ait organel isimlerini yazınız. 13. Arkebakteri ne demektir ve bu bakterilere 3 örnek veriniz. 14. Omurgasız hayvanları sınıflandırınız ve birer örnek veriniz. 15. Soğukkanlı ve sıcakkanlı hayvan ne demektir örnek vererek açıklayınız. 16. Omurgalı hayvanları sınıflandırarak birer örnek veriniz. 17. Balık, kurbağa ve kuşların kalp yapılarını karşılaştırarak açıklayınız. 18. Memeliler sınıfı kaça ayrılır, sınıflandırınız. 19. Tek çenekli ve çift çenekli bitkileri karşılaştırınız. 20. Açık tohumlu bitkiler nelerdir, özelliklerini açıklayınız. 21. Asit yağmurlarının nedenleri nelerdir? 22. Toprak kirliliği nedenleri nelerdir? 23. Sera etkisi nedir? Önlemek için neler yapılmalıdır? 24. Küresel ısınmanın sonuçları nelerdir? 25. Erozyonu engellemek için neler yapılmalıdır. 26. Küresel ısınma sonucunda; I.Havadaki CO2 miktarının artmasıII.Türlerin yok olmasıIII.Deniz seviyesinin yükselmesi Olaylarından hangileri gerçekleşebilir? A)Yalnız I B)Yalnız II C)I ve II D)II ve III E)I ve III 27.Farklı komünitelerin sınır bölgesi olan ekotonlarda aşağıdakilerden hangisi gözlenmez? A)Türler arası rekabet fazladır. B)Tür içi birey sayısı az olabilir. C)Bu alanlarda birey sayısı çoktur. D)Madde döngüsü hızlıdır. E)Tür çeşitliliği fazladır. 28.Canlıların bilimsel olarak adlandırılmasında kullanılan yönteme göre, I.Pinus nigra II.Felis domesticus III.Allium cepa IV.Felis leo Olarak adlandırılan canlıların cins ve tür adlarına bakarak, hangilerinin birbirleriyle diğerlerinden daha yakın akraba olduğu düşünülebilir? 29.Aşağıdakilerden hangisi bir canlının ökaryot hücre yapısında olduğunu kanıtlar? A)Hücre bölünmesi sırasında iğ iplikleri oluşturma B)Hücre zarının dışında hücre duvarı bulundurma C)Ekzositoz ile sindirim enzimi salgılama D)Güneş ışığından yararlanarak organik madde üretimini gerçekleştirme E)Fagositoz ile organik besin alma 30.Aktif taşıma olayında görev yapan enzimler; I.Sitoplazma, II.Hücre ZarıIII.Mitokondri Kısımlarından hangilerinde bulunur? A)Yalnız II B)Yalnız III C)I ve II D)II ve III E)I,II ve III

http://www.biyologlar.com/9-sinif-biyoloji-sorulari

Hızlı Metabolizma İnsanları Daha Büyük Beyinli ve Daha Şişman Yaptı

Hızlı Metabolizma İnsanları Daha Büyük Beyinli ve Daha Şişman Yaptı

İnsanların yakın akraba olduğu primatlara göre daha hızlı bir metabolizmaya sahip olması, insanların hem daha büyük beyinler geliştirmesine, hem de vücutlarındaki yağ yüzdesinin diğer primatlara göre daha yüksek olmasına neden oldu.

http://www.biyologlar.com/hizli-metabolizma-insanlari-daha-buyuk-beyinli-ve-daha-sisman-yapti

Soyu Tükenen Türleri Yeniden Yaratma Konusunda İlk Başarı!

Soyu Tükenen Türleri Yeniden Yaratma Konusunda İlk Başarı!

New South Wales Üniversitesinden bilim insanları 30 yıl önce nesli tükenmiş bir hayvanın canlı embriyosunu oluşturmayı başardıklarını açıkladılar.

http://www.biyologlar.com/soyu-tukenen-turleri-yeniden-yaratma-konusunda-ilk-basari

Günümüzde türler nasıl birbirinden ayırt edilmekte ve tanımlanmaktadır?

Günümüzde bilim insanları oldukça titiz çalışmaktadırlar ve teknolojiden sonuna kadar faydalanmaktadırlar. Bu sayede, yeni bulunan bir canlı veya bilinen canlılar üzerinde çok ayrıntılı analizler yapılabilmektedir.

http://www.biyologlar.com/gunumuzde-turler-nasil-birbirinden-ayirt-edilmekte-ve-tanimlanmaktadir

Balıklar Zekâ Problemlerinde Primatları Geride Bırakabiliyor

Balıklar Zekâ Problemlerinde Primatları Geride Bırakabiliyor

Bilişsel ekolojiye göre bir canlının zekâsı, günlük yaşamında karşılaştığı hayatta kalma gereklilikleri tarafından şekillenir.

http://www.biyologlar.com/baliklar-zek-problemlerinde-primatlari-geride-birakabiliyor

Kök Hücrelerden İnsan Dünyaya Getirmek

Kök Hücrelerden İnsan Dünyaya Getirmek

Yayımlanan bir makale, ürkütücü bir önermeden söz ediyor: Pek yakında, insanların yanaklarından veya derilerinden alınan kök hücreler, üreme hücreleri (sperm veya yumurta) elde etmek için kültürde yetiştirilebilecek ve böylelikle insan meydana getirilebilecek.

http://www.biyologlar.com/kok-hucrelerden-insan-dunyaya-getirmek

Antik İnsanlara Dair Fosil Yoksa Çamur DNA’sı Var

Antik İnsanlara Dair Fosil Yoksa Çamur DNA’sı Var

Antik insan atalarımız üzerinde çalışmalar yürütmek için artık yeni bir yönteme sahibiz: Mağaralar gibi antik tortul bölgelerde atalarımızın DNA’larını aramak. Görsel Telif: Sylvio Tupke/Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology

http://www.biyologlar.com/antik-insanlara-dair-fosil-yoksa-camur-dnasi-var

Alerji Nedir? Muhtemel Alerji Sebepleri Nelerdir?

Alerji Nedir? Muhtemel Alerji Sebepleri Nelerdir?

Alerji, genellikle birçok insan için zararlı olabilen çevresel maddelere karşı bağışıklık sisteminin ortaya çıkardığı tepkilerdir.

http://www.biyologlar.com/alerji-nedir-muhtemel-alerji-sebepleri-nelerdir

Arke Evriminde Yatay Gen Aktarımının Rolü Sanılandan Büyük Olabilir

Arke Evriminde Yatay Gen Aktarımının Rolü Sanılandan Büyük Olabilir

Arkeler, gezegenimizdeki tüm karmaşık yaşamın ataları olarak görülen bir grup basit hücresel organizmadır.

http://www.biyologlar.com/arke-evriminde-yatay-gen-aktariminin-rolu-sanilandan-buyuk-olabilir

 Kan Şekerini Etkileyen Besinler

Kan Şekerini Etkileyen Besinler

KAN ŞEKERİ (KAN GLUKOZU)Karbonhidratların en küçük parçası olan glukoz, kan şekerini oluşturur. Vücuttaki bütün hücreler glukozu kullanır. Diğer monosakkaritlerin (fruktoz ve galaktoz) vücutta kullanılabilmeleri için karaciğerde glukoza çevrilmeleri gerekir. Açlık durumunda sağlıklı bir bireyin kan glukoz yoğunluğu 70-100 mg/dl’dir. Normal kabul edilen miktarların alt ve üst sınırları kan glukozunun belirlenmesinde kullanılan  yönteme  göre  farklılık  gösterir.  Kan  şeker düzeyi,  yemek  yendikten  sonraki ilk  saat  içinde  120-140  mg/dL’ye yükselir. Yemek sonrası kan şekerinde görülen artışın hızı ve miktarı diyetin örüntüsüne göre farklılık gösterir. Karbonhidrat emilimi tamamlandıktan iki saat sonra normal  seviyesine  döner.  Kompleks  karbonhidratlar basit karbonhidratlara oranla kan şekerini daha yavaş yükseltirler. Kan şekerinin düzenlenmesinde esas organ  karaciğerdir.  Yemek  sonrasında  kan  şekeri  yükseldiğinde insülin salınımı artar, bağırsaklardan emilen glukozun çoğunluğu karaciğerde glikojene çevrilir ve depolanır. İNSÜLİNİN TANIMI VE ETKİNLİĞİİnsülin  protein  yapısında  bir  hormondur. Pankreastaki beta hücrelerinde yapılır. Kandaki  glukoz  düzeyi  yükseldiği  zaman  pankreas birkaç  dakika  içinde  otomatik  olarak  uyarılıp insülin salgılar. Açlıkta insülin düzeyi 5-10 μU/ml iken yemek sonrası 60-90 μU/ml’ye yükselir. İnsülin karbonhidrat, protein ve yağ metabolizmasını etkiler. İnsülinin temel görevlerinden biri de glukozun hücre içine girişini sağlayarak kan glukoz  düzeyini  ayarlamaktır.  İnsülin  kandaki glukozu bağlayarak hücre zarındaki insülin reseptörlerinin yardımıyla, glukozu hücre içerisine alır.GLİSEMİK İNDEKS –GLİSEMİK YÜKGlisemik indeks(GI); karbonhidratlı bir besinin yendikten belirli bir süre sonunda kan şekerini yükseltebilirliğini ifade eder. Besinlerin glisemik indeksi kan şekerinin yavaş veya hızlı yükselmesini etkilemektedir. Glisemik indeks 50 gram karbonhidrat içeren test yiyeceğinin 2 saat içerisinde oluşturduğu kan glukozunu artış alanının, aynı miktarda karbonhidrat içeren referans yiyeceklerin oluşturduğu kan artış alanına kıyaslanmasıdır. Kısaca yenildikten 2 saat sonra besinlerin gösterdikleri glukoz yanıtlarının standart olarak alınan ekmeğin gösterdiği yanıta göre yüzde değeridir.           Besinler verildikten sonraki kan glukoz düzeyi  GI=   -------------------------------------------------------------x 100         Ekmek verildikten sonraki kan glukoz düzeyi Glisemik   indeksi yüksek  besin  alımıyla obezite, diyabet ve bunlarla ilintili diğer kronik hastalıkların görülme sıklığı arasında paralellikler saptandığından, sağlıklı beslenmede yer alan karbonhidratlı yemeklerin glisemik indekslerinin düşük olması önerilir.  Glisemik indeksi etkileyen etmenler1. Nişastanın yapısındaki farklılık: Nişasta molekülü amiloz ve amilopektin denilen iki maddeden oluşur. Amilopektin dallı yapıdadır. Amiloz ise düz yapıdadır. Böylece aralarındaki alan farkına bağlı olarak sindirim farkı oluşur. Nişasta içeren besinler arasındaki GI farkı ortaya çıkabilir.2. Diyet posası: Çözülebilen posanın glisemik etkisinin daha düşük olduğu bildirilmektedir. Çünkü çözülebilen posanın viskozitelerinin karbonhidrat emilimini azaltıcı etkisi olduğu gösterilmiştir.3. Besin öğesi olmayan maddeler: Bu grupta; enzim inhibitörleri, fitatlar, lektin, saponin ve tanin gibi maddeler vardır. Bunlar nişasta sindirimini etkileyerek glisemik indeksi düşürürler.4. Nişasta-protein ilişkisi: Yiyecekteki protein miktarı nişastanın sindirimini etkiler. Bunu şu mekanizmayla yapar: nişasta granüllerinin çevresi proteinle kaplıdır. Protein ağının ince bağırsak lümeninde nişasta emilim oranını azaltacağı ileri sürülmektedir.5. Yiyeceğin emilim ve sindirimi: Emilim ve sindirim oranı arttıkça GI yükselir, 2 gram karbonhidratın emilimi oranı, ekmek için % 27, mercimek için % 15, soya fasulyesi için % 6 olarak bulunmuştur.6. Yiyeceğin yapısı ve yiyeceklere uygulanan işlemler: Taneli besinler, tanesiz veya sıvı besinlere göre daha düşük GI yanıtı oluşturur. İyi pişmiş nişastalı besinlerin GI’i az pişmişlerden daha yüksektir. Piştikten sonra bekleyen besinlerin GI’i düşer. Meyve- meyve suyundan, pişmiş pirinç pilavı-pirinç çorbasından daha düşük glisemik yanıt oluşturur.7. Yavaş yemek yeme: Sindirim ve emilim daha yavaş olacağından GI düşebilir.   Karbonhidratlı Besinlerin Glisemik İndeksi ve Glisemik Yükü Düşük Glisemik İndeksli Diyetlerin Yararları:• Kan şekerinin düzenlenmesine yardımcı olur.• Kan yağlarının düşürülmesine yardımcı olur.• Obezitenin önlenmesine yardımcı olur.• Kalp hastalıkları riskini azaltır.• Tip 2 diyabet riskini azaltır. Diyetin Glisemik İndeksini Düşürmek için; • Günde en az 5 porsiyon sebze ve meyve tüketilmeli.• Tam taneli tahıl ürünleri tercih edilmeli.• Pirinç yerine bulgur tercih edilmeli.• Beyaz ekmek yerine tam buğday ekmeği tercih edilmeli.• Meyve suyu yerine meyvenin kendisi tüketilmeli.•Kurubakalgiller sıklıkla tüketilmeli (haftada 2-3 kez).KAYNAKLAR1. Foster-Powell K, Holt HSA, Brand-Miller JC. International table of glycemic index and glycemin load values:2002. Am J Clin Nutr 2002; 76:5-56.2. Mahan LK, Escott-Stump S. Krause’s Food, Nutrition and Diet Therapy, 11th Edition, Elsevier, Pennsylvanai, 2004.3. Merdol, T.M, Başoğlu, S., Örer, N. Beslenme ve Diyetetik Açıklamalı Sözlük. Hatipoğlu Yayınevi, Ankara, 1997.4. Baysal, A. Beslenme. Hatipoğlu Yayınevi, 7. baskı, Ankara, 1997.5. Baysal, A, Bozkurt, N, Aksoy, M. ve ark. Diyet El Kitabı, Hatipoğlu Yayınevi, 4. Baskı, Ankara, 2002.6. Aksoy M. Ansiklopedik Diyet ve Gıda Sözlüğü. Hatipoğlu Yayınevi, Ankara, 2007.HazırlayanlarAraş. Gör. Hilal ÇiftçiAraş. Gör. Gamze AkbulutYrd. Doç. Dr. Emine YıldızDoç. Dr. Seyit M. MercanlıgilHacettepe Üniversitesi - Sağlık Bilimleri Fakültesi Beslenme ve Diyatetik Bölümü Sağlık Bakanlığı Yayın No: 727ISBN :   978-975-590-243-2

http://www.biyologlar.com/kan-sekerini-etkileyen-besinler


 
3WTURK CMS v6.03WTURK CMS v6.0