Biyolojiye gercekci yaklasimin tek adresi.

Arama Sonuçları..

Toplam 478 kayıt bulundu.

Türkiye’deki önemli bitki alanları tehdit altında

11 bin tür bitkiye ev sahipliği yapan Anadolu, zenginliğiyle, tropikal kuşaktaki ülkelerle yarışıyor. Ancak, Türkiye’deki 122 önemli bitki alanından 114’ünün (yüzde 94’ü) tehdit altında olduğu belirlendi. Tehdidin en önemli nedenleri ise yoğun zirai faaliyetler, plansız yapılaşma, ormancılık çalışmaları, tarım alanlarının genişletilmesi ve sulak alanların kurutulması olarak sıralandı. Bilim adamlarının on yıldır konuyla ilgili olarak sürdürdüğü çalışmalar “Türkiye’nin 122 Önemli Bitki Alanı” kitabında bir araya getirildi. Çalışmalar sırasında daha önce dünyada varlığı bilinmeyen 5 yeni bitki türü de keşfedilirken, başka ülkelerde olduğu bilinen 20 türe de rastlandı. Kitabın yazarlarından Prof. Dr. Neriman Özhatay, Önemli Bitki Alanı (ÖBA) ve önemli kuş alanı (ÖKA) kavramlarının koruma statüsü olarak kabul edilmesini, yasal metinlere girmesini istedi. WWF-Türkiye, Doğal Hayatı Koruma Derneği, (DHKD) İstanbul Üniversitesi, Fauna&Flora International işbirliğiyle hazırlanan kitaba 20’ye yakın üniversiteden 40 akademisyen destek verdi. Öncelikle yedi coğrafi bölgede büyüklüğü Türkiye’nin yüzölçümünün yüzde 13’üne, (111 bin kilometrekare) ulaşan 122 alan tespit edildi. Bu alanların botanik, jeolojik ve doğa koruma durumları detaylı şekilde incelendi. Çalışmaların sonucunda ÖBA’lar doğa korumada öncelik durumlarına göre; “zarar görebilir”, “acil” ve “çok acil” olarak tanımlandı. Nadir bitki türlerinin tanıtıldığı kitapta, bu türlerin yüzde 83’ünün ÖBA’larda olduğu belirtildi. Çalışmalar sırasında bulunan ve bilim dünyası için yeni olan bitkilerin Latince isimleri şöyle: “Bellevalia mathewii, fritillaria byfieldii, fritillaria sibtharbiana, poa elsia minor, tulipa karamanica.” WWF Türkiye Genel Müdürü Filiz Demirayak, kitabın ülkemizin bitki envanterini çıkarmak açısından büyük önem taşıdığını kaydetti. ‘Çok acil’ tehdit tanımlı bitki alanlarından bazıları şunlar: Köyceğiz Gölü Ömerli Fundalıkları (İstanbul), Uludağ (Bursa) Kuzey Saros Kıyıları, Ergene Havzası, Ağaçlı ve Kilyos Kumulları, Batı İstanbul Meraları, Şile Kıyıları, Yeniçağa Gölü, Yukarı Gerede Vadisi, Çoruh Vadisi, Gölköy (Muğla), Dalaman Ovası, Sandras Dağı (Muğla), Acı Göl (Afyon), Antalya Falezleri, Lara Kumulları, Beyşehir Gölü, Seyhan ve Ceyhan Deltaları, Mogan Gölü (Ankara), Akşehir ve Eber Gölleri. Gürhan Savgı Ankara

http://www.biyologlar.com/turkiyedeki-onemli-bitki-alanlari-tehdit-altinda

Cells are crawling all over our bodies, but how?

Cells are crawling all over our bodies, but how?

For better and for worse, human health depends on a cell's motility –– the ability to crawl from place to place. In every human body, millions of cells –are crawling around doing mostly good deeds ––– though if any of those crawlers are cancerous, watch out.

http://www.biyologlar.com/cells-are-crawling-all-over-our-bodies-but-how

Bird genomes contain 'fossils' of parasites that now infect humans

Bird genomes contain 'fossils' of parasites that now infect humans

The researchers found DNA 'fossils' of parasitic nematodes in seven groups of birds (clockwise): trogons, mesites, parrots, hummingbirds, hornbills, manakins, tinamous. In rare instances, DNA is known to have jumped from one species to another. If a parasite's DNA jumps to its host's genome, it could leave evidence of that parasitic interaction that could be found millions of years later -- a DNA 'fossil' of sorts. An international research team led from Uppsala University has discovered a new type of so-called transposable element that occurred in the genomes of certain birds and nematodes.

http://www.biyologlar.com/bird-genomes-contain-aposfossils-apos-of-parasites-that-now-infect-humans-haber-8710

UW team stores digital images in DNA -- and retrieves them perfectly

UW team stores digital images in DNA -- and retrieves them perfectly

Technology companies routinely build sprawling data centers to store all the baby pictures, financial transactions, funny cat videos and email messages its users hoard. But a new technique developed by University of Washington and Microsoft researchers could shrink the space needed to store digital data that today would fill a Walmart supercenter down to the size of a sugar cube. The team of computer scientists and electrical engineers has detailed one of the first complete systems to encode, store and retrieve digital data using DNA molecules, which can store information millions of times more compactly than current archival technologies. In one experiment outlined in a paper presented in April at the ACM International Conference on Architectural Support for Programming Languages and Operating Systems, the team successfully encoded digital data from four image files into the nucleotide sequences of synthetic DNA snippets. More significantly, they were also able to reverse that process -- retrieving the correct sequences from a larger pool of DNA and reconstructing the images without losing a single byte of information. The team has also encoded and retrieved data that authenticates archival video files from the UW's Voices from the Rwanda Tribunal project that contain interviews with judges, lawyers and other personnel from the Rwandan war crime tribunal. "Life has produced this fantastic molecule called DNA that efficiently stores all kinds of information about your genes and how a living system works -- it's very, very compact and very durable," said co-author Luis Ceze, UW associate professor of computer science and engineering. "We're essentially repurposing it to store digital data -- pictures, videos, documents -- in a manageable way for hundreds or thousands of years." The digital universe -- all the data contained in our computer files, historic archives, movies, photo collections and the exploding volume of digital information collected by businesses and devices worldwide -- is expected to hit 44 trillion gigabytes by 2020. That's a tenfold increase compared to 2013, and will represent enough data to fill more than six stacks of computer tablets stretching to the moon. While not all of that information needs to be saved, the world is producing data faster than the capacity to store it. DNA molecules can store information many millions of times more densely than existing technologies for digital storage -- flash drives, hard drives, magnetic and optical media. Those systems also degrade after a few years or decades, while DNA can reliably preserve information for centuries. DNA is best suited for archival applications, rather than instances where files need to be accessed immediately. The team from the Molecular Information Systems Lab housed in the UW Electrical Engineering Building, in close collaboration with Microsoft Research, is developing a DNA-based storage system that it expects could address the world's needs for archival storage. First, the researchers developed a novel approach to convert the long strings of ones and zeroes in digital data into the four basic building blocks of DNA sequences -- adenine, guanine, cytosine and thymine. "How you go from ones and zeroes to As, Gs, Cs and Ts really matters because if you use a smart approach, you can make it very dense and you don't get a lot of errors," said co-author Georg Seelig, a UW associate professor of electrical engineering and of computer science and engineering. "If you do it wrong, you get a lot of mistakes." The digital data is chopped into pieces and stored by synthesizing a massive number of tiny DNA molecules, which can be dehydrated or otherwise preserved for long-term storage. The UW and Microsoft researchers are one of two teams nationwide that have also demonstrated the ability to perform "random access" -- to identify and retrieve the correct sequences from this large pool of random DNA molecules, which is a task similar to reassembling one chapter of a story from a library of torn books. To access the stored data later, the researchers also encode the equivalent of zip codes and street addresses into the DNA sequences. Using Polymerase Chain Reaction (PCR) techniques -- commonly used in molecular biology -- helps them more easily identify the zip codes they are looking for. Using DNA sequencing techniques, the researchers can then "read" the data and convert them back to a video, image or document file by using the street addresses to reorder the data. Currently, the largest barrier to viable DNA storage is the cost and efficiency with which DNA can be synthesized (or manufactured) and sequenced (or read) on a large scale. But researchers say there's no technical barrier to achieving those gains if the right incentives are in place. Advances in DNA storage rely on techniques pioneered by the biotechnology industry, but also incorporate new expertise. The team's encoding approach, for instance, borrows from error correction schemes commonly used in computer memory -- which hadn't been applied to DNA. "This is an example where we're borrowing something from nature -- DNA -- to store information. But we're using something we know from computers -- how to correct memory errors -- and applying that back to nature," said Ceze. "This multidisciplinary approach is what makes this project exciting. We are drawing from a diverse set of disciplines to push the boundaries of what can be done with DNA. And, as a result, creating a storage system with unprecedented density and durability," said Karin Strauss, a researcher at Microsoft and UW affiliate associate professor of computer science and engineering. Source: University of Washington http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/uw-team-stores-digital-images-in-dna-and-retrieves-them-perfectly-haber-8723

Monterey Körfezin’de bir asır sonra yeniden bulunan canlı

Monterey Körfezin’de bir asır sonra yeniden bulunan canlı

Bilim adamları, 1900 yılında ilk kez tarif edildiğinden beri kesin olarak görülemeyen garip ve zor bulunan bir yaratığın bulgularını doğruladılar.

http://www.biyologlar.com/monterey-korfezinde-bir-asir-sonra-yeniden-bulunan-canli

Amerikalı Bilim Adamları, İnsanlarda Kalıcı Gen Düzenlenmesini Destekliyor

Amerikalı Bilim Adamları, İnsanlarda Kalıcı Gen Düzenlenmesini Destekliyor

Tartışmalı bir adımla, ABD'li üst düzey bilimsel bir komite, sonraki nesiller tarafından miras alınacak olan insan embriyosuna yapılacak genetik değişimleri içeren en tartışmalı genom düzenleme biçimlerinden birine yeşil ışık yaktı.

http://www.biyologlar.com/amerikali-bilim-adamlari-insanlarda-kalici-gen-duzenlenmesini-destekliyor

Biyoinformatik

"Biyoinformatik, biyolojik bilgilerin yaratılması ve saklanması için veritabanlarının oluşturulmasıdır. Bu konudaki çalışmaların çoğu biyolojik verilerin analizi ile ilgilidir. Artan sayıdaki projelerde biyolojik bilgilerin organizasyonu gerekmektedir. Bu alanda oluşturulan veritabanlarının büyük bir kısmını nükleik asitler oluşturmaktadır. Milyonlarca nükleotidin depolanması ve organizasyonu için veritabanlarının oluşturulması, araştırıcıların bu bilgilere ulaşabilmeleri ve yeni veriler girebilmeleri için ilk aşamadır. Biyoinformatik’te nükleotid dizi bilgilerinin organizasyonu ve depolanması görevini üstlenmiş üç kuruluş vardır. Genbankası (GenBank), Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL) ve DNA Japonya veritabanıdır (DDBJ). Bu üç kuruluş, araştırıcıların yararlanmasına açık, nükleotid dizi bilgilerinin toplanması ve yayılmasında işbirliği içinde çalışmaktadır. Gen Bankası ABD’de Maryland, Bethesda’da, Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı, İngiltere’deki Hinxton’da ve DNA Japonya veritabanı ise Japonya’da Mishima’da yeni dizi bilgilerinin alışverişinde,İnternet üzerinde günlük olarak e-mail, ortak kullanılan ftp ve www üzerinden hizmet sunmaktadırlar. Protein dizi verileri ile ilgili başlıca hizmet sağlayıcılar ise GenBank, EMBL, PIR International ve Swiss-Prot’tur. NIH’in National Center for Biotechnology Information merkezi, biyoinformatik gereci sunan başlıca web sayfalarından biridir. BLAST program ailesi Veritabanlarında araştırma yapabilmek için tasarlanmış pek çok bilgisayar programı vardır. Bunlardan birisi de BLAST (Basic Local Aligment Search Tool) programıdır. Veritabanında homoloji araştırması için öncelikle uygun BLAST programının seçilmesi gerekir. BLASTN bir nükleotid dizisi ile komplementer diziyi ele alarak nükleotid dizisi veritabanlarıyla karşılaştırır. Hız amacıyla tasarlanmıştır. Yüksek duyarlılık aranan durumlar için uygun değildir. BLASTN ve BALSTX; EST verilerinin analizi, ekson yakalama yöntemi ve genomik dizi örneklemlerinin incelenmesinde kullanılır. NCBI’nın sunduğu diğer bir servis ENTREZ servisidir. ENTREZ servisinin en önemli özelliği veritabanları arasında çapraz gezinme olanağı sunmasıdır. Örneğin, bir dizi için BLAST araştırması yaptıktan sonra, ilgili gen ile ilgili literatür bilgileri MEDLINE’dan elde edilebilir. Daha sonra ilgili grafik programlarının yüklenmesi sonrasında protein yapısıyla ilgili veritabanları kullanılarak, proteinin iki veya üç boyutlu yapısı izlenebilir. Protein dizilerindeki işlevsel motifleri araştırmak amacıyla kullanılan bazı veritabanları ise PROSITE ve BLOCKS’tur. NCBI’nin bir başka alt hizmeti olan OMIM, genler ve genetik hastalıklarla ilgili ayrıntılı biyoteknolojik ve tıbbi bilgilerin bulunduğu servistir. Bu servis altında pek çok gende bugüne kadar tanımlanmış mutasyonlar ve ilgili klinik ilişkiler özetlendiğinden çok yararlıdır. Mikroarraylerle genomik yaklaşımlarda en kapsamlı proje ABD Ulusal İnsan Genom Araştırmaları Enstitüsünün Microarray projesidir (µAP). Microarray bulgularının yorumu da diğer yüksek çıktılı (highthroughput) genomik teknikler gibi biyoinformatik yöntemlerin kullanımına ihtiyaç yaratmıştır. Biyoinformatik Türkiye’de de yeni bir daldır. TUBITAK bünyesinde, Marmara Araştırma Merkezi (MAM) Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Araştırma Enstitüsü diğer kuruluşlar ve uluslararası kuruluşlar arasında köprü görevi görerek ülkemizde biyoteknoloji alanında bir sanayi oluşmasına ve genişlemesine yardımcı olmaktadır. Veritabanlarındaki bazı sorunlar; vektöriyel dizilerle kirlilik, bir gene ait dizi parçaçıklarının veritabanına birden çok kez girilmesi ile ortaya çıkan kalabalık, aynı gene ait birden fazla EST (Ekspressed Sequence Tag) içeren EST veritabanlarının olması gibi durumlardır. Bu durumlar; genom projelerinin ileri aşamalarını oluşturan UNIGENE, VecScreen gibi projelerle ortadan kaldırılmaya çalışılmaktadır. Biyoinformatiğin ikinci özelliği; saklanan biyolojik bilgilerin analizidir. Analiz kapsamına giren konular; 1-Çeşitli organizmalardaki DNA dizilerinin hangi genlere ait olduğunun belirlenmesi 2-Yeni keşfedilen proteinlerin ve RNA dizilerinin yapı işlev ilişkilerinin belirlenebilmesi için yöntem geliştirilmesi 3-Protein dizilerinin ilgili gen ailelerine kümelernmesi ve protein modellerinin geliştirilmesi 4-Benzer proteinlerin sıralanarak evrimsel ortaya çıkaracak filogenetik ailelerin oluşturulmasıdır."

http://www.biyologlar.com/biyoinformatik-1

Study documents catastrophic collapse of Sahara's wildlife

Study documents catastrophic collapse of Sahara's wildlife

A new study led by the Wildlife Conservation Society and Zoological Society or London warns that the world's largest tropical desert, the Sahara, has suffered a catastrophic collapse of its wildlife populations. The study by more than 40 authors representing 28 scientific organizations assessed 14 desert species and found that a shocking half of those are regionally extinct or confined to one percent or less of their historical range. A chronic lack of studies across the region due to past and ongoing insecurity makes it difficult to be certain of the causes of these declines, although overhunting is likely to have played a role. The study was published in the early online version of the journal Diversity and Distributions. The Bubal hartebeest is extinct; the scimitar horned oryx is extinct in the wild; and the African wild dog and African lion have vanished from the Sahara. Other species have only fared slightly better: the dama gazelle and addax are gone from 99 percent of their range; the leopard from 97 percent, and the Saharan cheetah from 90. Only the Nubian ibex still inhabits most of its historical range, but even this species is classified as vulnerable due to numerous threats including widespread hunting. The authors say that more conservation support and scientific attention needs to be paid to deserts noting that 2014 is the halfway point in the United Nations Decade for Deserts and the Fight against Desertification and the fourth year of the United Nations Decade for Biodiversity. "The Sahara serves as an example of a wider historical neglect of deserts and the human communities who depend on them," said the study's lead author Sarah Durant of WCS and ZSL. "The scientific community can make an important contribution to conservation in deserts by establishing baseline information on biodiversity and developing new approaches to sustainable management of desert species and ecosystems." The authors note that some governments have recently made large commitments to protecting the Sahara: Niger has just established the massive 97,000 square kilometer (37,451 square miles) Termit and Tin Toumma National Nature Reserve, which harbors most of the world's 200 or so remaining wild addax and one of a handful of surviving populations of dama gazelle and Saharan cheetah. There is also hope that the scimitar horned oryx may be reintroduced in the wild in the Ouadi Rimé-Ouadi Achim Game Reserve, with the support of the Chadian government. Source : ssautner@wcs.org http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/study-documents-catastrophic-collapse-of-saharas-wildlife

KÖK HÜCRELERE BAKIŞ:TANIMLAR, KAVRAMLAR ve SINIFLANDIRMALAR

KÖK HÜCRELERE BAKIŞ:TANIMLAR, KAVRAMLAR ve SINIFLANDIRMALAR

İki binli yıllarla beraber kök hücrelerin rejeneratif tıp (yenileyici tıp) alanındaki öneminin giderek arttığını ve tıbbın geleceğini şekillendirme potansiyelini gözlemlemekteyiz.

http://www.biyologlar.com/kok-hucrelere-bakistanimlar-kavramlar-ve-siniflandirmalar

Laboratuvarda Donör Organ Üretimi Gerçekleştirildi

Laboratuvarda Donör Organ Üretimi Gerçekleştirildi

Bir domuz embriyosuna, gelişiminin ilk safhalarında insan hücreleri enjekte edildi ve dört haftadır gelişimini sürdürüyor. Fotoğraf: Juan Carlos Izpisua Belmonte

http://www.biyologlar.com/laboratuvarda-donor-organ-uretimi-gerceklestirildi

Kloroplast’ın Kökeni

Kloroplast’ın Kökeni

Bristol Üniversitesi liderliğindeki yeni bir araştırma. Kloroplastın ilk geliştiği kökenine, zamanlama ve yaşam alanına ışık tuttu. Gösel: Patricia Sanchez-Baracaldo

http://www.biyologlar.com/kloroplastin-kokeni

Coral reefs in Palau surprisingly resistant to naturally acidified waters

Coral reefs in Palau surprisingly resistant to naturally acidified waters

Ocean researchers working on the coral reefs of Palau in 2011 and 2012 made two unexpected discoveries that could provide insight into corals' resistance and resilience to ocean acidification, and aid in the creation of a plan to protect them. The team collected water samples at nine points along a transect that stretched from the open ocean, across the barrier reef, into the lagoon and then into the bays and inlets around the Rock Islands of Palau, in the western Pacific Ocean. With each location they found that the seawater became increasingly acidic as they moved toward land. "When we first plotted up those data, we were shocked," said lead author Kathryn Shamberger, then a postdoctoral scholar at Woods Hole Oceanographic Institution (WHOI) and a chemical oceanographer. "We had no idea the level of acidification we would find. We're looking at reefs today that have levels that we expect for the open ocean in that region by the end of the century." Shamberger conducted the fieldwork in Palau with other researchers from the laboratory of WHOI biogeochemist Anne Cohen as well as scientists from the Palau International Coral Reef Center (PICRC). While ocean chemistry varies naturally at different locations, it is changing around the world due to increased levels of carbon dioxide (CO2) in the atmosphere. The ocean absorbs atmospheric CO2, which reacts with seawater, lowering its overall pH, and making it more acidic. This process also removes carbonate ions needed by corals and other organisms to build their skeletons and shells. Corals growing in low pH conditions, both in laboratory experiments that simulate future conditions and in other naturally low pH ocean environments, show a range of negative impacts. Impacts can include juveniles having difficulty constructing their skeletons, fewer varieties of corals, less coral cover, more algae growth, and more porous corals with greater signs of erosion from other organisms. The new research, published in Geophysical Research Letters, a journal of the American Geophysical Union, explains the natural biological and geomorphological causes of the more acidic water near Palau's Rock Islands and describes a surprising second finding – that the corals living in that more acidic water were unexpectedly diverse and healthy. The unusual finding, which is contrary to what has been observed in other naturally low pH coral reef systems, has important implications for the conservation of corals in all parts of the world. "When you move from a high pH reef to a low pH neighboring reef, there are big changes, and they are negative changes," said Cohen, a co-author on the paper and lead principal investigaor of the project. "However, in Palau where the water is most acidic, we see the opposite. We see a coral community that is more diverse, hosts more species, and has greater coral cover than in the non-acidic sites. Palau is the exception to the places scientists have studied." Through analysis of the water chemistry in Palau, the scientists found the acidification is primarily caused by the shell building done by the organisms living in the water, called calcification, which removes carbonate ions from seawater. A second reason is the organisms' respiration, which adds CO2 to the water when they breathe. "These things are all happening at every reef," said Cohen. "What's really critical here is the residence time of the sea water." "In the Rock Islands, the water sits in the bays for a long time before being flushed out. This is a big area that's like a maze with lots of channels and inlets for the water to wind around," explained Shamberger. "Calcification and respiration are continually happening at these sites while the water sits there, and it allows the water to become more and more acidic. It's a little bit like being stuck in a room with a limited amount of oxygen – the longer you're in there without opening a window, you're using up oxygen and increasing CO2." Ordinarily, she added pushing the analogy, without fresh air coming in, it gets harder and harder for living things to thrive, "yet in the case of the corals in Palau, we're finding the opposite. "What we found is that coral cover and coral diversity actually increase as you move from the outer reefs and into the Rock Islands, which is exactly the opposite of what we were expecting." The scientists' next steps are to determine if these corals are genetically adapted to low pH or whether Palau provides a "perfect storm" of environmental conditions that allows these corals to survive the low pH. "If it's the latter, it means if you took those corals out of that specific environment and put them in another low pH environment that doesn't have the same combination of conditions, they wouldn't be able to survive," said Cohen. "But if they're genetically adapted to low pH, you could put them anywhere and they could survive." "These reef communities have developed under these conditions for thousands of years," said Shamberger, "and we're talking about conditions that are going to be occurring in a lot of the rest of the ocean by the end of the century. We don't know if other coral reefs will be able to adapt to ocean acidification – the time scale might be too short." The scientists are careful to stress that their finding in Palau is different from every other low pH environment that has been studied. "When we find a reef like Palau where the coral communities are thriving under low pH, that's an exception," said Cohen. "It doesn't mean coral reefs around the globe are going to be OK under ocean acidification conditions. It does mean that there are some coral communities out there – and we've found one – that appear to have figured it out. But that doesn't mean all coral reef ecosystems are going to figure it out." By working with scientists at the Palau International Coral Reef Center (PICRC), the government of the Republic of Palau, and The Nature Conservancy, the researchers aim to assist in the development of indices of reef vulnerability to ocean acidification that can be directly incorporated into the selection and design of marine protected area networks. "In Palau, we have these special and unique places where organisms have figured out how to survive in an acidified environment. Yet, these places are much more prone to local human impacts because of their closeness to land and because of low circulation in these areas," said co-author Yimnang Golbuu, CEO of the PICRC. "We need to put special efforts into protecting these places and to ensure that we can incorporate them into the Protected Areas Network in Palau." Source : media@whoi.edu http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/coral-reefs-in-palau-surprisingly-resistant-to-naturally-acidified-waters

Improving the delivery of chemotherapy with graphene

Improving the delivery of chemotherapy with graphene

A new study published in IOP Publishing's journal 2D Materials has proposed using graphene as an alternative coating for catheters to improve the delivery of chemotherapy drugs. The research suggests that placing graphene - an extremely thin sheet of carbon atoms - on the internal surfaces of intravenous catheters commonly used to deliver chemotherapy drugs into a patient's body will improve the efficacy of treatments, and reduce the potential of the catheters breaking. The study indicates that damaging interactions can occur between the most commonly used chemotherapy drug, 5-Fluorouracil (5-Fu), and silver--one of the most widely used coating materials in medical applications. As a result of this damage the researchers believe the drug may not deliver the desired therapeutic effect in patients, and that chemotherapy treatment may be compromised. Furthermore, the research indicates that a by-product of the reaction between 5-Fu and silver is hydrogen fluoride (HF), a strong acid. This raises concerns that silver and HF may be injected into the patient along with the treatment. Co-author of the study Justin Wells, from the Norwegian University of Science and Technology, said: "As far as we know, nobody has ever looked at the chemical reaction between chemotherapy drugs and the materials they routinely come into contact with, such as catheters and needles and their coatings. It is just assumed that the drugs are delivered into the body intact. "We have shown that silver is catalytically degrading the chemotherapy drugs, which means they are probably not being correctly delivered into the patient. Our research indicates that one of the decay products of this reaction is HF, which would be a worrying thing to inject into a patient." As a solution to this problem, the international team of researchers have proposed using graphene as an alternative coating material for catheters. In their study, the researchers used a technique known as x-ray photoemission spectroscopy (XPS) to study the chemical composition of 5-Fu, as well as the drug's reactions with silver and graphene. XPS is a technique used to measure the surface chemistry of a particular material by firing a beam of x-rays at it and collecting the electrons that are subsequently emitted from the very top layer of the material. The researchers performed these measurements at the Swedish national synchrotron laboratory--MAX IV Laboratory. Their results showed that when 5-Fu comes into contact with silver, reactions occur in which there is a massive loss of the element fluoride from the drug, leading to the creation of HF. When the researchers repeated this experiment with 5-Fu and graphene, they found that these reactions completely disappeared and that graphene caused no damage to the drug. Graphene is a biocompatible material with low toxicity that has already been suggested as an external coating for biomedical applications. The researchers state that the fabrication of thin graphene coatings is technological feasible and can even be grown on top of silver to maintain compliance with existing fabrication methods. "Our findings are an important first step in this new field. Together with our collaborators and students, we are increasing our understanding of the critical interactions between drugs and medical coatings, with a view to making the knowledge freely available for all to use," Wells continued. "This study was a simplified version of real life chemotherapy treatment, so our future studies will look to mimic the processes more closely by examining real drug mixtures that contain other active ingredients as well as a salt solution. We will also look to extend our experiments to include other chemotherapy drugs." Source: Institute of Physics http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/improving-the-delivery-of-chemotherapy-with-graphene

Farklı Çeşitteki Patojenleri Tanıma Rehberi

Farklı Çeşitteki Patojenleri Tanıma Rehberi

Protozoa olan Giardia, giardiyaz adı verilen ishal hastalığına sebep olur. Giardia türleri serbest yaşayan (flamotin aracılığıyla) trofozitler ve yumurta şeklindeki kistler olarak bulunur.

http://www.biyologlar.com/farkli-cesitteki-patojenleri-tanima-rehberi

BİYOTEKNOLOJİK ÜRÜNLER, ORGANİK ÜRÜNLER VE ULUSLARARASI TİCARETTEKİ GELİŞMELER

Modern biyoteknoloji ifadesi, genel olarak, modern bilgi ve tekniklerin uygulanması ile yapılan, genetik mühendisliğine dayalı tekniklerle gerçekleştirilen biyoteknolojiyi tanımlamakta kullanılmaktadır. Günümüzde özellikle tarım ve eczacılık sanayi alanlarında, modern biyoteknoloji yöntemleri kullanılarak çeşitli özelliklere sahip yeni canlı türleri elde etmek mümkün hale gelmiş, bu şekilde üretilen tarım ürünleri ve bunları içeren işlenmiş ürünler ile eczacılık sanayi ürünleri uluslararası ticarete giderek artan oranda konu olmaya başlamıştır. Pahalı ve ileri teknoloji altyapısını gerektiren bu ürünler bünyelerinde birtakım riskleri de barındırmaktadırlar. Çeşitli çevrelerde, bu ürünlerin doğal canlı çeşitliliğine, insan sağlığına ve sosyo-ekonomik yapıya zarar verebileceği öngörüleri bulunmakta, ancak bu zararın boyutları tahmin edilememektedir. Bu nedenle bir çok ülke, bu alandaki ulusal politikalarını tespit ederek, anılan ürünlerin ticaretini, doğaya salımını ve kullanımını disiplin altına almışlardır. Organik ürün ifadesi, üründen çok ilgili ürünün üretim sürecini öne çıkaran bir anlam içermektedir. Uluslararası Gıda Kodeksi tanımına göre, organik tarım; “topraktaki biyolojik hareketi, biyolojik dönüşümü ve biyolojik çeşitliliği de içeren tarımsal eko sistem sağlığını artıran ve zenginleştiren bir üretim ve işletim sistemidir”. Organik tarım denildiğinde, sentetik girdilerin kullanımının yasaklandığı, toprağın doğal zenginliğini artıran bir ürün ekim sıralamasına göre üretimin esas alındığı, insan ve çevre sağlığı üzerinde zararlı etkileri olmayan doğal girdilerin kullanımının gerekli tutulduğu bir üretim süreci anlaşılmaktadır. Son zamanlarda, özellikle gelişmiş ülkelerde organik tarım ürünlerine yönelen talep gelişme yolundaki ülkeler için yeni ihracat olanakları ortaya çıkarmıştır. Buna bağlı olarak, belirli ülkelerdeki organik ürün üretimi ve ihracatında büyük bir gelişme kaydedilmiştir (Örneğin: AB’- deki bebek gıda sanayiinin talebini karşılamak üzere üretilen tropik meyveler, Güney Afrika pazarı için üretilen Zimbabwe baharatları, AB pazarı için altı Afrika ülkesinde üretilen pamuk, vs.). Bu açıklamalar ışığında, bu çalışmada genelde tarım ürünlerinin, özelde modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ürünler ve organik ürünlerin uluslararası ticaretinde kaydedilen gelişmeler; uygulanan çok taraflı ticaret kuralları; Dünya Ticaret Örgütü (DTÖ)’ nde tarım ürünleri ticaretini ilgilendiren yeni müzakere sürecinde bu ürünlerle ilgili olarak ortaya çıkabilecek gelişmeler ve bu ürünlere yönelik tüketici yaklaşımları konusuna yer verilmektedir. I. Küreselleşme, Dünya Ticaretindeki Gelişmeler, Biyoteknolojik ve Organik Ürünler: Dünya ticaret hacmindeki gelişmeler, uluslararası sermaye hareketlerindeki artış, çok uluslu şirketlerin gün geçtikçe daha fazla büyümesi ve güçlenmesi küreselleşmede etkili olan unsurlardır. Bu unsurlar aynı zamanda tarım ve gıda sektöründeki gelişmelerde ve teknolojik ilerlemelerde de etkili olmuştur. Küreselleşme ve iletişim olanaklarındaki gelişmeler dünya ticaretinde değişikliklere yol açmış, yeni ürünleri ve kavramları ortaya çıkarmıştır. Modern biyoteknolojideki gelişmelere bağlı olarak biyoteknolojik ürünlerin ve ayrıca, refah ve bilinçlenme düzeyindeki artışa bağlı olarak organik ürünlerin ticareti konusu gündeme gelmiştir. Uruguay Round çok taraflı ticaret müzakereleri sonucunda kabul edilen anlaşmaların 1995 yılında hayata geçmesiyle birlikte tarım sektörünün küresel ekonomiye entegrasyonu hızlanmış ve çok taraflı ticaret sisteminde tarım ürünleri ticaretine uygulanacak kurallar hükme bağlanmış; teknik engel ve sağlık önlemi olarak yapılacak uygulamalar belirli bir disiplin altına alınmış; fikri mülkiyet hakları alanında uygulanacak kurallar belirlenmiş; yeni bir kurumsal yapıyla etkin olarak çalışan bir uluslararası kuruluşa -Dünya Ticaret Örgütü (DTÖ)- hayat verilmiştir. Günümüzde, genel olarak, konvansiyonel ürünler olarak tanımlanan geleneksel ürünler ile modern biyoteknoloji yöntemleri kullanılarak üretilen genetik ürünler ve organik ürünlere uygulanan çok taraflı ticaret kuralları arasında farklılıklar bulunmamaktadır. Çok taraflı ticaret sisteminin bütün bu ürünler için geçerli olan en temel prensipleri; yerli ve yabancı ürünler arasında ayırım yapmamayı öngören milli muamele kuralı, bir ülke ürünlerine yönelik lehteki uygulamanın bütün diğer üye ülkelerin ürünlerine yönelik olması gerektiği konusundaki MFN kuralı ve ayrıca, dış ticaret uygulamalarında açıklığı öngören şeffalık kuralıdır. İlgili DTÖ Anlaşmalarına -Ticarette Teknik Engelller Anlaşması (TBT) Sağlık ve Bitki Sağlığı Önlemleri Anlaşması (SPS)- göre ticarette sağlık önlemi veya teknik önlem olarak yapılmasına izin verilen uygulamalarda, modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ürünler için özel düzenlemelere yer verilmemiştir. Fakat, ilgili Anlaşmalara göre, bilimsel temellerinin olması ve uluslararası standartlara dayanması koşuluyla, bu ürünlerin dış ticaretinde teknik önlem veya sağlık önlemi alınması mümkün bulunmaktadır. Diğer taraftan, DTÖ Ticaretle Bağlantılı Fikri Mülkiyet Hakları (TRIPS) Anlaşması, sanayide uygulanabilir olması ve bir yeniliği de beraberinde getirmesi koşuluyla teknolojik gelişmelerin patente bağlanabileceği hükmünü içermektedir. Bu kapsamda biyoteknolojik üretimdeki gelişmeler de patent konusu olabilmektedir. Modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ürünlerin ticaretinde uygulanacak kurallar konusu 1999 yılının başlarında DTÖ gündemine gelmiştir. Bu ürünlerin büyük bir ticari potansiyel olarak ortaya çıkması, Biyolojik Çeşitlilik Sözleşmesi kapsamında hazırlanan ve Cartagena’da yapılan Biyogüvenlik Protokolü taraflar toplantısının başarısızlıkla sonuçlanması ve bunu izleyen dönemde çeşitli DTÖ üyesi ülkelerin biyoteknolojik yöntemlerle üretilen çeşitli ürünlerin ticareti, üretimi ve kullanımında bu ürünleri doğal ürünlerden ayıran kontrol mekanizmalarını oluşturduklarına ilişkin (izin, risk değerlendirme veya etiketleme zorunluluğu) bildirimlerini DTÖ’ ne iletmeleri sonucunda konu özellikle tarımla bağlantılı olarak DTÖ gündemine girmiştir. DTÖ’nün Seattle Bakanlar Konferansı hazırlıkları sırasında ABD, Japonya ve Kanada gündeme getirdikleri bir öneri ile, genetik olarak değiştirilmiş mikroorganizmalardan üretilen ürünlerin ticaretindeki uygulamalar ve bunların ilgili DTÖ Anlaşmaları kapsamında incelenmesi amacıyla, bir çalışma grubu kurulmasını istemişlerdir. Dünya ticaretindeki diğer konuların yanısıra, tarım ürünleri ticaretinde de geniş kapsamlı yeni bir serbestleşme hareketini ve daha ileri bir entegrasyonu başlatması beklenen ve Millenium Round olarak tanımlanan ticaret müzakereleri; geçtiğimiz yıl Aralık ayında Seattle’da yapılan DTÖ’ nün III. Bakanlar Konferansında, gündemdeki konular üzerinde uzlaşmaya varılamaması nedeniyle başlatılamamıştır. Biyoteknolojik ürünler ve organik ürünlere uygulanacak kurallar konusu sadece DTÖ’ de değil, aynı zamanda farklı uluslararası kuruluşlarda da ele alınmaktadır. Temel gıda güvenliğini kontrol amacıyla uygulanacak genel standartları oluşturma görevi, Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü (FAO) ile Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından, ortak gıda standart programını uygulamak üzere kurulan "Codex Allimentarious Commission"a verilmiştir. Bu kapsamda anılan Komisyon, biyoteknolojik yöntemlerle üretilen ürünler ve organik ürünler için uygulanacak temel gıda standart programlarını oluşturmaktadır. Konuyla ilgili diğer uluslararası kuruluşlar ise; Birleşmiş Milletler Sanayi Kalkınma Teşkilatı (UNIDO), Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü (FAO), Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Uluslararası Genetik Mühendisliği ve Biyoteknoloji Merkezi (ICGEB), Ekonomik İşbirliği ve Kalkınma Teşkilatı (OECD), Birleşmiş Milletler Çevre Programı (UNEP), Biyolojik Çeşitlilik Sözleşmesi (CBD), Uluslararası Hayvan Hastalıkları Ofisi (OIE), Uluslararası Organik Tarım Hareketleri Federasyonu (IFOAM)dır. II.Gelişme Yolundaki Ülkeler, Seattle Konferansı ve Biyoteknolojik Ürünlerin Ticareti: Dünya ticaretini yönlendiren kuralların belirlendiği tek uluslararası kuruluş olan DTÖ’ nün toplam 136 üyesinin %80’nden fazlası; gelişme yolundaki ülkeler, en az gelişmiş ülkeler ve pazar ekonomisine geçiş sürecini yaşayan ülkelerden oluşmaktadır. Günümüzde, çok taraflı ticaret kurallarının gelişmiş ülkelerin tekelinde şekillenmediğini belirtmek mümkündür. Dünya ticaretinde büyük beklentilere yol açan ancak, başarısızlıkla sonuçlanan Seattle Bakanlar Konferansı sırasında, gelişmiş ülkelerin dünya ticaretindeki gelişmeleri tek başlarına yönlendiremeyecekleri ve gelişmekte olan ülkelerin çıkarlarını da dikkate almak zorunda oldukları anlaşılmıştır. Seattle görüşmelerinin yeni çok taraflı ticaret müzakerelerini başlatmaktaki başarısızlığının altında yatan en önemli iki nedenden birincisi, gündemdeki konular üzerinde, özellikle de çevre, sağlık, tarım, kültürel çeşitlilik, tekstil, fikri mülkiyet hakları, sosyal standartlar, rekabet gibi hassas konularda, gelişmiş ve gelişme yolundaki ülke çıkarları ve beklentileri arasında önemli farklılıkların bulunması ve her iki tarafın da taviz vermemesidir. İkinci neden ise, kamuoyu baskısıdır. Küreselleşmeyle birlikte birçok konunun birbiriyle bağlantılı olarak ele alınması gerekliliği ortaya çıkmış ve kamuoyu kendisini ilgilendiren alanlardaki gelişmelere karşı duyarlılığını sivil toplum kuruluşları kanalıyla, yoğun bir biçimde ortaya koymuştur. Gelişme yolundaki ülkelerin ve kamuoyunun, modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ürünlerin ticaretiyle ilgili olarak, üzerinde önemle durdukları ve hassas oldukları konular şunlardır: Modern biyoteknolojinin tarım sektöründeki eski sorunlara yeni çözümler üreterek kırsal kalkınmaya katkı sağlayabileceği belirtilmektedir. Ancak, biyoteknolojik araştırma yöntemleri geleneksel yöntemlere göre daha pahalıdır ve daha zor uygulanabilmektedir. Bu nedenle araştırmalar az sayıdaki ülkede, belirli firmalar tarafından sürdürülmektedir. Geleneksel yöntemlere göre sürdürülebilir gıda üretimi iklim, toprak ve su koşullarına bağlıdır. Modern biyoteknolojik yöntemlerle yapılan üretimde bunlardan bağımsız olarak üretim yapabilme olanağı bulunmaktadır. Ancak bu tür bir üretimin biyolojik çeşitlilik, insan, hayvan ve bitki sağlığı üzerinde kısa, orta ve uzun dönemde oluşturabileceği olumsuzlukların bilinmesi ve önlenmesi gerekmektedir. Modern biyoteknoloji yöntemleriyle yapılacak üretimde, kullanılan teknolojinin ne kadarının dışarıdan ithal edileceği, ne kadarının içeride üretileceği önemlidir. Bu yöntemlere başvurulduğunda sadece ürünün alınması yeterli olmayacak, teknolojinin de alınması gerekecektir. Modern biyoteknoloji alanındaki pek çok yenilik patente bağlanmıştır. Patent uygulaması, teknolojiyi üretmeyen ancak kullanmak durumunda olan ülkeler açısından ağır bir bedel ödenmesi anlamına gelmektedir. Çok uluslu şirketlerin zengin biyolojik çeşitliliğe sahip gelişme yolundaki ülkelerdeki canlı türlerinin genetik materyallerini patente bağlamaları ve ticari ürün olarak kullanmalarının önüne geçilmesi gerekmektedir. III. DTÖ Tarım Müzakereleri ve Biyoteknolojik Ürünlerin Ticareti: Her nekadar, DTÖ Seattle Bakanlar Konferansı yeni ticaret müzakerelerini başlatmak konusunda başarısızlıkla sonuçlanmış ise de, bu durum DTÖ Tarım Anlaşması kapsamında yapılması gereken tarım müzakerelerinin başlatılmasına engel olamamıştır. DTÖ Tarım Komitesi’nin 23 Mart 2000 tarihinde başlayan toplantısında tarım ürünleri ticaretindeki çok taraflı ticaret müzakerelerinin başlatılmasına karar verilmiştir. Tarımdaki reform sürecinin devamı ile ilgili olarak, DTÖ Tarım Anlaşmasının 20. Maddesi kapsamında yapılması öngörülen ticaret müzakerelerinde: tarımsal desteklemelerde azaltma, tarımdaki korumaların azaltılması, doğrudan ticaretle ilgili olmayan konular (tarımın çok yönlülüğü), başlıkları altında; pazara girişin kolaylaştırılması, iç destekler ve ihracat desteklerinin azaltılması, “peace clause” olarak tanımlanan sulh hükmünün gözden geçirilmesi, tarımın çok yönlü etkilerinin tartışılması, gıda güvenliği ve kalitesi konularının ele alınması beklenmektedir. Müzakereler sırasında, gıda güvenliği ve tarım ürünleri ticaretindeki engellerin kaldırılması başlıkları altında, belirli ülkelerin, özellikle de ABD'nin, modern biyoteknoloji yöntemleri kullanılarak üretilen genetik ürünlerin ticaretini kolaylaştırmaya yönelik uluslararası çerçevenin oluşturulması konusunda ısrarlı davranmaları beklenmektedir. Bu doğrultuda, DTÖ’de, yeni tarım müzakereleri döneminde, üzerinde önemli pazarlıkların yapılabileceği alanlardan birinin modern biyoteknoloji ile üretilen tarım ürünlerinin ticaretinde uygulanacak kurallar olduğunu belirtmek yanlış olmayacaktır. IV.Tüketici Eğilimleri ve Organik Ürünlerin Ticareti: Son zamanlarda, özellikle gelişmiş ülkelerdeki tüketici talebi refah ve bilinçlenme düzeyindeki artışa, iletişim ve ulaşım olanaklarındaki gelişmeye bağlı olarak organik ürünlere yönelmektedir. Tarım ürünü üreticisi ve ihracatçısı bazı gelişmekte olan ülkeler, bu talebi karşılamak üzere, organik tarım ürünlerinin üretimi ve ticareti üzerine yoğunlaşmaktadırlar. Organik tarımın öneminin sürekli arttığını belirtmek mümkündür. Ancak, organik ürün ve pazarlarla ilgili araştırmalar sınırlı, geleceğe ilişkin tahminler ise yetersizdir. Diğer taraftan, Dünya ticaretinde, organik ürünlerin ticareti biyoteknolojik ürünlerin ticareti kadar hızla artmamaktadır. Organik tarım ürünlerine yönelen talep gelişme yolundaki ülkeler için yeni ihracat olanakları yaratmıştır. Ancak, organik tarım ürünlerinin, organik olmayan ürünlere göre daha pahalıya üretilmesi ve satılması; organik tarım işletmeciliğine geçişin belirli bir zamanı gerektirmesi; organik üretimin sertifikayla belgelenmek durumunda olması ve organik ürün ve pazarlarla ilgili araştırmaların sınırlı olması organik ürün ticaretinin yaygınlaşmasının önündeki en önemli nedenlerdir. 1997 yılı itibariyle dünyada 10.455 milyon dolar tutarında olduğu belirlenen organik ürün perakende satışlarının % 50'sinden fazlası Avrupa ülkelerinde gerçekleşmiştir. Avrupada en gelişmiş organik gıda ve içecek pazarına sahip olan ülkeler Almanya, Fransa, İtalya ve İngiltere'dir. 1997 yılındaki satışların yaklaşık % 40'ı ABD'de, %10'u ise Japonya'da yapılmıştır. V. Biyoteknolojik Ürünlerin Ticareti: Dünya ticaretinde biyoteknolojik ürünlerin pazar payı hızla artmaktadır. Bu yöntemle büyük ölçekli üretim yapılabilmesi ve ayrıca, biyoteknolojik ürünlerin üretilmesi için gerekli teknolojik gelişmenin patent haklarının saklı tutulabilmesi nedenleriyle ticari kazancın boyutları da hızla artmaktadır. Modern biyoteknoloji yöntemleriyle elde edilen ürünlerin yaklaşık %74'ü ABD'de, geriye kalanı ise Arjantin (%15); Kanada (%10); Avustralya, Meksika, İspanya, Fransa Güney Afrika ve Çin Halk Cumhuriyeti'nde (%1) üretilmektedir. Bugün için, modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen yaklaşık 80 adet genetik ürünün uluslararası ticarete konu olduğu bilinmektedir. Yapılan araştırmalar, 1998 yılında biyoteknolojik yöntemlerle üretilen bitkilerin tüm satışlarının 1,5 milyar dolar civarında olduğunu, bu ürünlerin 1995-1998 dönemindeki satış gelirlerinin % 20 oranında arttığını göstermektedir. Bu trendin devam etmesi halinde, sözkonusu bitkilerin tüm satışlarının bu yıl 3 milyar dolara, 2005 yılında 8 milyar dolara, 2010 yılında ise 25 milyar dolara ulaşabileceği tahminleri yapılmaktadır. Biyoteknolojik ürünlerin tamamında, orta ve uzun dönemde, 100-150 milyar dolarlık potansiyel bir ticaret hacminden söz edilmektedir. VI. Tüketici Tercihleri ve Uluslararası Ticaret: Uluslararası ticareti yönlendiren unsurlardan biri tüketici tercihleridir. Tüketiciler bilimsel ve teknolojik gelişmeler karşısında daha bilinçli davranmak durumunda olan kesimdir. Bu kesim konuya sağlık, çevre ve etik kurallar olmak üzere üç farklı açıdan yaklaşmaktadır. Genel olarak tüketiciler, teknolojik gelişmelerin çok yönlü etkilerinin bulunduğunu ve bu etkilerin bazılarının olası riskleri de beraberinde getirdiğini bilirler ve kararlarını bilinçli olarak vermek isterler. Ayrıca, bunları bilimsel ve etik değerlendirmelerin gerektirdiği kritik kararlar olarak görürler. Yapılan araştırmalar, OECD ülkeleri arasında, Kuzey Amerika ülkeleri ile Avrupa ülkeleri arasında, biyoteknolojik ürünlere yaklaşım şeklinde önemli farklılıklar bulunduğunu ortaya koymaktadır. Bir kesim -Amerikalılar- gıda üretimi için modern biyoteknolojinin kullanımına olumlu yaklaşır ve modern biyoteknolojinin gıda üretimi açısından olduğu gibi, çevrenin de yararına olduğunu belirtirken, diğer kesim -Avrupalılar- bu düşüncenin aksine konuya şüpheyle yaklaşmaktadır. Amerika ve Avrupa ülkeleri arasındaki bu yaklaşım farklılığı mevzuat düzenlemelerine de yansımıştır. AB genetik olarak değiştirilmiş mikroorganizmalardan üretilen ürünlerin onaylanması konusunda ABD'den farklı bir süreç izlemekte ve uygulamaları "ihtiyatlılık" ilkesine dayanmaktadır. AB'nin Yeni Gıdalar Yasası, biyoteknolojik yöntemlerle üretilen ürünlerin etiketlenmesini gerektirmektedir. Biyoteknolojik ürünlerin ticaretinde uygulanacak kurallar konusunda, AB ile ABD arasında ciddi görüş farklılıkları bulunmaktadır. AB uluslararası kuruluşlardaki çalışmalarda, biyoteknolojik ürünlere yönelik etiket uygulamasının yaygınlaşması için çalışmaktadır. ABD ise, bu ürünlerin besin değeri, sağlık üzerine etkileri ve alerjik özellikleri bakımından incelendiğini ilgili kuruluşlar tarafından onaylanan genetik ürünlerin geleneksel benzerlerinden farklı bir sağlık riski taşımadığının kanıtlandığını belirtmekte, AB'yi ticarette korumacı uygulamalar yapmakla suçlamaktadır. Her iki taraf konuyu Transatlantik Ekonomik Ortaklığı, Transatlantik İş Diyaloğu ve OECD bünyesinde ve ayrıca, DTÖ tarım müzakereleri kapsamında görüşmektedir. Tüketiciler açısından esas olan kaygı, gıda üretiminde genetik biliminin kullanılmasının olası bilinmeyen riskleridir. Bu durum sağlık ve çevre açısından kabul edilebilir risk düzeyinin tanımlanmasını da güçleştirmektedir. Bu kaygılar tüketicileri, modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ürünlerin etiketlenmesi veya bu ürünlerin orta ve uzun dönemli etkileri konusunda risk değerlendirmesinin yapılması yönünde talepte bulunmaya yönlendirmektedir. VII. Etiketleme Uygulaması ve Uluslararası Ticaret: Çoğu kez, modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ürünler ile geleneksel yöntemlerle üretilen ürünleri birbirinden ayırt edebilmek mümkün değildir. Ancak, etkin pazar çözümlerine ulaşabilmek için, tüketicilerin aldıkları ürünle ilgili her türlü bilgiye ulaşabilmeleri gerekir. Bu doğrultuda etiketleme, uluslararası ticarette sıkça karşılaşılan ve tartışılan bir uygulamadır. Uluslararası ticarette önemli olan etiketleme uygulamasının ne şekilde yapılacağıdır. Uygulama gönüllü mü olmalıdır, yoksa zorunlu mu? Etikette ürünün içeriği mi tanımlamalıdır, yoksa üretim süreci mi? Etiketlerde yer verilecek bilginin kapsamı ne olmalıdır? Uluslararası ticarette yaygın olarak karşılaşılan uygulama, ürünün içeriğinin tanımlandığı etiket uygulamalarıdır. Genel olarak, üretim ve işleme yöntemleri (production and process methods) etiket programlarına konu olmamıştır. Genetik ürünlerin dış ticarete konu olmasıyla birlikte, OECD ve DTÖ'de, ticarette teknik engeller ve çevre ile bağlantılı ticaret önlemleri kapsamında, üretim ve işleme yöntemlerine ilişkin bilginin de etiketlemeye konu olabilmesi tartışılmaya başlanmıştır. Bu konu üzerinde henüz bir uzlaşmaya varılamamıştır. 1999 yılı içerisinde Japonya, Avustralya, Yeni Zelanda, AB, İsviçre, Norveç gibi ülkeler biyoteknolojik ürünlerle ilgili ulusal etiket programlarını devreye sokmuşlardır. Modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ve ayrıca, herhangi bir işlemden geçmeyen ürünlerde doğrudan etiketleme yapılabilmekte ancak, bunların işlenerek kullanılması durumunda etiketleme uygulamasında güçlük bulunmaktadır. Yapılan çeşitli araştırmalarda, bütün dünyada tüketiciye sunulan işlenmiş gıda maddelerinin yarısında modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen genetik ürünlerin bulunduğu tahminleri yapılmaktadır. Ürünün çiftlikten alınıp nihai ürün olarak tüketiciye sunulmasına kadar geçen her aşamada, kullanılan girdilerin tanımlanmasını gerektiren ve üretici ve tüketiciler için gıda zincirindeki bütün ürünleri izleyebilme olanağı veren bir yöntem olan ve organik ürünler için de uygulanabilen "identity preservation" sisteminin getirdiği yüksek maliyet nedeniyle biyoteknolojik yöntemler kullanılarak üretilen ürünlere uygulanmasında güçlük bulunmaktadır. Genel olarak, ürünün paketi ile ilgili olan etiketleme uygulaması, ürünün niteliğini ilgilendiren ve sağlık önlemi olarak uygulanan ürün standartlarına göre ticareti daha az bozucu uygulamalar olarak kabul edilmektedir. Ayrıca biyoteknolojik yöntemlerle üretilen ürünler için tüketicinin satın alma kararını olumsuz yönde etkileyen bu uygulama, organik ürünlerin ticaretinde teşvik edici bir etki yaratmaktadır. VIII. Türkiye'de, Biyoteknolojik Ürünlerin İthalatı, Organik Ürünlerin İhracatı: Ülkemiz İthalat Rejimi kapsamında kamu ahlakı, kamu düzeni ve kamu güvenliği ile insan, hayvan ve bitki sağlığının korunması veya sınai ve ticari mülkiyetin korunması amacıyla ilgili mevzuat hükümleri çerçevesinde önlem uygulanan ürünler kapsamı dışındaki tüm ürünlerin ithali serbesttir. Ayrıca, bütün tarım ve gıda maddelerinin ithalatında Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'ndan, eczacılık sanayi ürünlerinin ithalatında ise Sağlık Bakanlığı'ndan kontrol belgesi alınması gerekmektedir. Dış ticaretle ilgili veriler arasında, ülkemize modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen tarım ve gıda maddelerinin ithal edildiği yönünde bir bilgi bulunmamaktadır. Ancak, önümüzdeki dönemde kaydedilecek gelişmelere bağlı olarak, bu konunun gündeme gelmesi kaçınılmaz olacaktır. Bu nedenle, modern biyoteknoloji yöntemleriyle üretilen ürünler için geçerli olacak çok taraflı ticaret kurallarının oluşturulmasından önce, bu alanı düzenleyen ulusal düzenlemelerin yapılmasında yarar bulunmaktadır. Ancak, ulusal düzenlemeler yapılırken, modern biyoteknoloji alanındaki gelişmelerin de düzenli bir şekilde izlenmesi ve bunun sonuçlarının ulusal düzenlemelere yansıtılması gerekmektedir. Bu kapsamda, çağdaş sistemlerde geçerli bir uygulama olan ve tüketicilere almak istedikleri ürünle ilgili her türlü bilgiye ulaşabilmeleri imkanını veren etiketleme uygulamasına geçilmesi etkin pazar çözümlerine ulaşabilmek bakımından yararlı olacaktır. Diğer taraftan, Türkiye'de 1997 yılı sonu itibariyle 18 000 hektar alanda organik tarım üretimi yapılmaktadır. 1998 yılı sonuna kadar bu miktarın % 25 oranında artması beklenmektedir. Türkiye'deki organik tarım üretimi ağırlıklı olarak ihracata yöneliktir ve en önemli ihracat pazarları AB ve ABD'dir. Tarım sektörünün geleceği ile ilgili stratejik değerlendirmeler kapsamında organik tarımın Türkiye'nin dış ticaretinde yeni açılımlar sağlayabilecek önemli bir üretim alanı olarak görülmesi mümkündür. Ancak, bu durumda organik tarım yöntemleriyle yapılacak üretimin gerektirdiği altyapının (bilgi, belgelendirme ve kurumsal yapı, vs.) oluşturulması ve desteklenmesi gerekmektedir. DTÖ'nde yeni başlayan tarım müzakereleri kapsamında bu konulara ilişkin olarak gündeme getirilen önerilerin dikkatle izlenmesi ve bu ürünlerin uluslararası ticaretinde uygulanacak prensipleri de içerebilecek yeni çok taraflı ticaret kurallarının ülkemiz şartları ve önceliklerine göre şekillendirilmesine çalışılmasında yarar görülmektedir. Kaynakça: DTÖ Belgeleri. OECD Belgeleri. FAO Belgeleri. Codex Allimentarious Commission Belgeleri. ITC, Organic Food and Beverages:World Supply and Major European Markets. Center For International Development at Harvard university (CID), Biotechnology in International Trade Gernot Brodnig; Weatherhead Center for International Affairs, Harvard University. DPT 8. Beş Yıllık Kalkınma Planı, Biyoteknoloji ve Biyogüvenlik Özel İhtisas Komisyonu Taslak Raporu İGEME Dış Ticaret Bülteni- Şubat 2000.

http://www.biyologlar.com/biyoteknolojik-urunler-organik-urunler-ve-uluslararasi-ticaretteki-gelismeler

DENİZ KAPLUMBAĞALARININ KORUMA STATÜLERİ

Deniz kaplumbağalarının korunmalarına ve nesillerini devam ettirebilmelerine yönelik birtakım uluslararası antlaşmalar yapılmıştır. Bu antlaşmalar halen günümüzde yürürlükte bulunmaktadır. Ülkemizde de deniz kaplumbağaları yasalarla ve imzalanan uluslararası antlaşmalarla koruma altına alınmıştır. » BERN Konvansiyonu (Avrupa’nın Yaban Hayatı ve Yaşama Ortamlarının Korunması Sözleşmesi): Avrupa’nın Yaban Hayatı ve Yaşama Ortamlarının Korunması Sözleşmesinin amacı, yabani flora ve faunayı ve bunların yaşama ortamlarını muhafaza etmek, özellikle birden fazla devletin işbirliğini gerektirenlerin korunmasını sağlamak ve bu işbirliğini geliştirmektir. Bern Konvansiyonu yayınlamış olduğu listelerde deniz kaplumbağalarına da yer vermiş ve “Kesinlikle Korunması Gereken Türler” listesine dahil etmiştir. 1979 yılında imzaya açılmıştır. İmza koyan taraflara koruma konusunda yükümlülükler getirmektedir. IUCN “The World Conservation Union”: Dünya Koruma Birliği Ülkemizde görülen iki tür deniz kaplumbağası da IUCN “Uluslararası Doğayı Koruma Birliği” tarafından yayınlanan “Red Data Book” da “Nesilleri Tehlikede” “Endangered” olan türler kapsamına alınmıtır. Birliğin 140 ülke, 100 Devlet kuruluşu ve 750 den fazla NGO üyesi vardır. CITES The Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora Nesli Tehlikede olan Hayvan ve Bitki Türlerinin Uluslararası Ticareti Konvansiyonu: Sözleşmenin amacı, Nesli Tehlike Altında Olan Yabani Hayvan ve Bitki Türlerinin neslinin devamını ve gelecek nesillere aktarımını sağlamak amacıyla, sürdürülebilir kullanımını temin etmek için, Sözleşme ekinde yer alan türlerin uluslararası ticaretinin belirli esaslar çerçevesinde yapılmasıdır. CMS Convention on the Conservation of Migratory Species of Wild Animals Göçmen Yaban Hayvanlarının Korunması Konvansiyonu: Bu konvansiyona bağlı olarak deniz kaplumbağaları yayınlan Ek1: Nesli tehlikede olan Türler listesinde yer almaktadır. VİDEO İÇİN www.cyprusseaturtles.org/videolar/Ureme_..._Ureme_alanlari.html

http://www.biyologlar.com/deniz-kaplumbagalarinin-koruma-statuleri

New discovery in living cell signaling

New discovery in living cell signaling

A breakthrough discovery into how living cells process and respond to chemical information could help advance the development of treatments for a large number of cancers and other cellular disorders that have been resistant to therapy. An international collaboration of researchers, led by scientists with the U.S. Department of Energy (DOE)'s Lawrence Berkeley National Laboratory (Berkeley Lab) and the University of California (UC) Berkeley, have unlocked the secret behind the activation of the Ras family of proteins, one of the most important components of cellular signaling networks in biology and major drivers of cancers that are among the most difficult to treat. "Ras is a family of membrane-anchored proteins whose activation is a critical step in cellular signaling, but almost everything we know about how Ras signals are activated has been derived from bulk assays, in solution or in live cells, in which information about the role of the membrane environment and anything about variation among individual molecules is lost," says Jay Groves, a chemist with Berkeley Lab's Physical Biosciences Division and UC Berkeley's Chemistry Department. "Using a supported-membrane array platform, we were able to perform single molecule studies of Ras activation in a membrane environment and discover a surprising new mechanism though which Ras signaling is activated by Son of Sevenless (SOS) proteins." Groves, who is also a Howard Hughes Medical Institute (HHMI) investigator, is the corresponding author of a paper in Science that reports this discovery. The paper is titled "Ras activation by SOS: Allosteric regulation by altered fluctuation dynamics." The lead authors were Lars Iversen and Hsiung-Lin Tu, both members of Groves' research group at the time of the study. See below for a complete list of co-authors and their institutional affiliations. The cellular signaling networks of living cells start with receptor proteins residing on a cell's surface that detect and interact with the environment. Signals from these receptors are transmitted to chemical networks within the cell that process the incoming information, make decisions, and direct subsequent cellular activities. "Although cellular signaling networks perform logical operations like a computer microprocessor, they do not operate in the same way," Groves says. "The individual computational steps in a standard computer are deterministic; the outcome is determined by the inputs. For the chemical reactions that compose a cellular signaling network, however, the molecular level outcomes are defined by probabilities only. This means that the same input can lead to different outcomes." For cellular signaling networks involving large numbers of protein molecules, the outcome can be directly determined by the process of averaging. Even though the behavior of an individual protein is intrinsically variable, the average behavior from a large group of identical proteins is precisely determined by molecular level probabilities. Ras activation in a living cell, however, involves a relatively small number of SOS molecules, making it impossible to average the variable behavior of the individual molecules. This variation is referred to as stochastic "noise" and has been widely viewed by scientists as an error a cell must overcome. "Our study showed that, in fact, an important aspect of the SOS signal that activates Ras is encoded in the noise," says Groves. "The protein's dynamic fluctuations between different states of activity transmit information, which means we have found a regulatory coupling in a protein signaling reaction that is entirely based on dynamics, without any trace of the signal being seen in the average behavior." The Ras Enigma Ras proteins are essential components of signaling networks that control cellular proliferation, differentiation and survival. Mutations in Ras genes were the first specific genetic alterations linked to human cancers and it is now estimated that nearly a third of all human cancers can be traced to something going wrong with Ras activation. Defective Ras signaling has also been cited as a contributing factor to other diseases, including diabetes and immunological and inflammatory disorders. Despite this long history of recognized association with cancers and other diseases, Ras proteins have been dubbed "un-druggable," largely because their activation mechanism has been poorly understood. A roadblock to understanding Ras signaling is that the membranes to which Ras proteins are anchored play a major role in their activation through SOS exchange factors. SOS activity in turn was believed to be allosterically regulated through protein and membrane interactions, but this was deduced from cell biological studies rather than direct observations. For a better understanding of how Ras activation by SOS is regulated, scientists need to observe individual SOS molecules interacting with Ras in a membrane environment. However, membrane environments have traditionally presented a stiff experimental challenge. __IMAGE_3 Groves and his research group overcame this challenge with the development of supported membrane arrays constructed out of lipid layers embedded with fixed patterns of metal nanostructures and assembled onto a silica substrate. The metal structures allow for the controlled spacing of proteins and other cellular molecules placed on the membranes. This makes it possible for the membranes to serve as a platform for assays that can be used to observe in real-time the activity of single molecules. "In this case, our supported membrane allowed us to corral individual SOS molecules into nanofabricated patches that trapped all the membrane-associated Ras molecules they activated," Groves says. "This in turn allowed us to monitor the individual contribution of every molecule in the ensemble and reveal how the dynamic transitions of individual molecules encoded information that is lost in the average." What the collaboration discovered is that SOS regulation is based on the dynamics of distinct stochastic fluctuations between different activity states that last approximately 100 seconds but do not show up in ensemble averages. These long-lived fluctuations provide the mechanism of allosteric SOS regulation and Ras activation. "The allosteric regulation of SOS deduced from cell biological and bulk biochemical studies is conspicuously absent in direct single molecule studies," Groves says. "This means that something that was inferred to exist proved to be missing when we did an experiment that explicitly measured it. The dynamic fluctuations we observed within the system correlated with the expected allosteric regulation, and subsequent theoretical modeling confirmed that such stochastic fluctuations can give rise to known bulk effects." Understanding the role of stochastic dynamic fluctuations as signaling transduction mechanisms for Ras proteins, could point the way to new and effective therapies for Ras-driven cancers and other cellular disorders. In their Science paper, the collaborators also express their belief that the dynamic fluctuations mechanism they discovered is not unique to Ras proteins but could be applicable to a broad range of other cellular signaling proteins. "The reason this mechanism has not been reported before is that no previous experiment could have revealed it," Groves says. "All previous experiments on this system - and most others for that matter - were based on average behavior. Only single molecule measurements that can look at all the molecules in the system are capable of revealing this type of effect, which we think may prove to be very important in the function of living cell signaling systems." Source : lcyarris@lbl.gov http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/new-discovery-in-living-cell-signaling

One of the last strongholds for Western chimpanzees

One of the last strongholds for Western chimpanzees

When Liberia enters the news it is usually in the context of civil war, economic crisis, poverty or a disease outbreak such as the recent emergence of Ebola in West Africa. Liberia's status as a biodiversity hotspot and the fact that it is home to some of the last viable and threatened wildlife populations in West Africa has received little media attention in the past. This is partly because the many years of violent conflict in Liberia, from 1989 to 1997 and from 2002 to 2003, thwarted efforts of biologists to conduct biological surveys. An international research team, including scientists of the Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology in Leipzig, Germany, has now counted chimpanzees and other large mammals living in Liberia. The census revealed that this country is home to 7000 chimpanzees and therefore to the second largest population of the Western subspecies of chimpanzees. As Liberia has released large areas for deforestation, the local decision-makers can now use the results of this study in order to protect the chimpanzees more effectively. Following the complete war-time collapse of the country's economy, Liberia's government has been trying to fuel economic growth by selling large amounts of its rich natural resources, including rubber, timber and minerals. Here, accurate biological datasets on the distribution and abundance of wildlife populations are key for making evidence-based management decisions that balance economic and conservation priorities. In addition, they are important for locating and delineating conservation priority areas, making assessments of anthropogenic threats, and proposing mitigation measures to policy-makers. To close this data gap, researchers from the Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology in Leipzig, Germany, The Wild Chimpanzee Foundation in Abidjan, Côte d'Ivoire and The Royal Society for the Protection of Birds in Bedfordshire, UK, via the Across the River Project, together with experienced rangers from the Forestry Development Authority in Liberia, local research assistants from Liberia and Sierra Leone and graduate students from the University of Liberia, embarked on a remarkably ambitious project: a survey of chimpanzees and other large mammals across the entire country of Liberia. For two years, the survey teams searched for the presence of chimpanzees and other large mammals in more than 100 locations throughout the country. "This project was logistically very challenging", says corresponding author Jessica Junker, who also supervised all data collection in the field. "To reach these locations, we occasionally had to drive for two days, then continue on motorbikes for several hours before embarking on a 20 to 30 kilometres hike during which we sometimes had to cross rivers, climb mountains and pass through steep valleys." But the effort paid off. With an estimated population of more than 7000 individuals, Liberia now officially holds the second largest population of West African chimpanzees after Guinea. Even more excitingly for conservation, due to its relatively wide and continuous distribution within the country, the chimpanzee population of Liberia is also probably one of most viable chimpanzee populations in West Africa, making it a regional conservation priority. __IMAGE_2 Surprisingly, the survey results showed that more than 70 percent of the chimpanzees as well as some of the most species-diverse communities of large mammals occurred outside the fully-protected areas, which currently include only 3.8 percent of the country's forests. In 2003, the Liberian government agreed to increase the extent of the protected area network to conserve at least 30 percent of the country's forests. "The results of our study provide crucial information for site prioritization and selection in this ongoing process," says lead author Clement Tweh of the Wild Chimpanzee Foundation in Liberia. "For example, the shape and location of some of the proposed protected areas might have to be re-considered. Also, it will be necessary to rapidly implement full protection status for proposed conservation priority areas, as future mining and forestry projects are encroaching fast." Since the ban on timber exports was repealed in 2006, more than 20,000 square kilometres of forest have already been assigned as forestry concessions and awarded to international and local investors. Additionally, since 2010, logging companies were issued so-called Private Use Permits, which were subject to virtually no sustainability requirements and accounted for almost half of Liberia's remaining primary forest. Fortunately, President Ellen Johnson Sirleaf recently withdrew almost half of these allocations, thus saving tens of thousands of square kilometres of primary tropical rainforest. "Our survey makes it clear that this action has also saved a large number of West African chimpanzees," says co-author Menladi Lormie, Max Planck researcher and FDA ecologist, of the President's decision. This survey showed that in areas where primary rainforest was still abundant, hunting was the anthropogenic threat most frequently encountered, followed by logging, mining and non-timber forest product extraction. "This combination of large-scale habitat destruction and high hunting rates may seriously jeopardize the long-term survival of Liberia's wildlife populations", says Dr. Annika Hillers, co-author of the article and conservation scientist for The Royal Society for the Protection of Birds in the Gola Forests, Sierra Leone and Liberia. "With this study, we provide an accurate and comprehensive data-based platform for local wildlife protection authorities, policy-makers and international conservation agencies to inform effective conservation strategies to best protect what is left of this country's rich wildlife heritage". Source : info@eva.mpg.de http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/one-of-the-last-strongholds-for-western-chimpanzees

Surprising global species shake-up discovered

Surprising global species shake-up discovered

The diversity of the world's life forms — from corals to carnivores — is under assault. Decades of scientific studies document the fraying of ecosystems and a grim tally of species extinctions due to destroyed habitat, pollution, climate change, invasives and overharvesting. Which makes a recent report in the journal Science rather surprising. Nick Gotelli, a professor at the University of Vermont, with colleagues from Saint Andrews University, Scotland, and the University of Maine, re-examined data from one hundred long-term monitoring studies done around the world — polar regions to the tropics, in the oceans and on land. They discovered that the number of species in many of these places has not changed much — or has actually increased. Now wait a minute. A global extinction crisis should show up in declining levels of local biodiversity, right? That's not what the scientists found. Instead they discovered that, on average, the number of species recorded remained the same over time. Fifty-nine of the one hundred biological communities showed an increase in species richness and 41 a decrease. In all the studies, the rate of change was modest. But the researchers did discover something changing rapidly: which species were living in the places being studied. Almost 80 percent of the communities the team examined showed substantial changes in species composition, averaging about 10 percent change per decade — significantly higher than the rate of change predicted by models. In other words, this new report shows that a huge turnover of species in habitats around the globe is under way, resulting in the creation of novel biological communities. "Right under our noses, in the same place that a team might have looked a decade earlier, or even just a year earlier, a new assemblage of plants and animals may be taking hold," Gotelli says. The causes of this shift are not yet fully clear, but the implications for conservation and policy could be significant. Historically, conservation science and planning has focused on protecting endangered species more than on shifts in which plants and animals are assembled together. "A main policy application of this work is that we're going to need to focus as much on the identity of species as on the number of species," Gotelli says. "The number of species in a place may not be our best scorecard for environmental change." For example, the scientists write that disturbed coral reefs can be replaced by a group of species dominated by algae. This replacement might keep the species count the same, but not necessarily provide the fisheries, tourism ("algae diving" doesn't have quite the same appeal as "reef diving") or coastal protections that the original coral reef did. "In the oceans we no longer have many anchovies, but we seem to have an awful lot of jellyfish," says Gotelli. "Those kinds of changes are not going to be seen by just counting the number of species that are present." The new research, led by Maria Dornelas at Saint Andrews University in Scotland, carefully looked for previous studies that had tracked and tallied species over many years. The team selected 100 that contained six million observations of more than 35,000 different species — including datasets that go back to 1874 and many over the last 40 years. Given widespread observation of habitat change and individual species declines — and knowing that extinction rates are many times higher than normal — the scientists predicted a drop, over time, in the number of species observed in most of these studies. Why they didn't find this drop could be driven by many forces. One is related to what science writer David Quammen semi-famously termed our "planet of weeds." In other words, invasive species or successful colonists or weedy generalists — think kudzu and rats — may be spreading into new places, keeping the local species tally up, even as the planet's overall biodiversity is degraded. "We move species around," Gotelli says. "There is a huge ant diversity in Florida, and about 30 percent of the ant species are non-natives. They have been accidentally introduced, mostly from the Old World tropics, and they are now a part of the local assemblage. So you can have increased diversity in local communities because of global homogenization." And sampling issues may conceal important realities: some species may have become so rare — think white rhinos — that they're highly unlikely to be found in a general species survey and so don't show in the initial results nor disappear in later ones. Range shifts associated with climate change could be at work, too, quickly pushing species into new terrain. On May 6, the White House released its National Climate Assessment noting that, as a result of human-caused warming, "species, including many iconic species, may disappear from regions where they have been prevalent or become extinct, altering some regions so much that their mix of plant and animal life will become almost unrecognizable." This study in Science,"Assemblage Time Series Reveal Biodiversity Change Systematic Loss," published on April 18, underlines this emerging reality, giving it a new and worrisome precision and leading Nick Gotelli and his co-authors to conclude that there "is need to expand the focus of research and planning from biodiversity loss to biodiversity change." Source : joshua.e.brown@uvm.edu http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/surprising-global-species-shake-up-discovered

New stem cells go back further

New stem cells go back further

One of the obstacles to employing human embryonic stem cells for medical use lies in their very promise: They are born to rapidly differentiate into other cell types.

http://www.biyologlar.com/new-stem-cells-go-back-further

Rethinking the reef

Rethinking the reef

A new study by biologists at San Diego State University and Scripps Institution of Oceanography shows that inhabited coral islands that engage in commercial fishing dramatically alter their nearby reef ecosystems, disturbing the microbes, corals, algae and fish that call the reef home. The study's lead author, Linda Wegley Kelly, is a postdoctoral scholar in the lab of SDSU virologist Forest Rohwer. For the study, she looked at seawater samples collected from the surfaces of reefs surrounding all 11 of the Line Islands, a chain of atolls in the central Pacific Ocean. Over the past five years, Kelly and her colleagues have made sporadic trips to the islands, collecting the samples with a specially adapted bilge pump that sucks up approximately 100 liters of water in a given area. Kelly sequenced the microbiomes of the samples to determine the DNA encoded by the viruses, bacteria, archaea (tiny, single-celled microorganisms like Halobacteria), and protists (similarly tiny eukaryotic microorganisms such as diatoms) all living in the same space. Within these millions of DNA sequences, Kelly found that certain types of bacteria predicted whether the reef was predominantly composed up of coral or algae. Algae or coral? The preponderance of either of these organisms has huge ramifications for the health of the surrounding sea. "Corals are fierce competitors for space on the reef," Kelly said. "In a healthy marine environment, reefs support a vibrant population of corals and other calcifying organisms that continuously build the reef skyward." If reefs are dominated by algae, however, the entire habitat dissolves over time and the fish don't have anywhere to go, Kelly explained. When she sequenced the surfaces of algae-covered reefs, Kelly identified microbes that may contribute to an ecological feedback loop which impairs coral growth. Her study was published this week in the Proceedings of the National Academy of Sciences. Population centers Another observation, that the reef microbiomes on unpopulated islands were more similar to one another than to other geographically closer — but populated — islands, suggests that the entire community of reef inhabitants, including the microbes, is more significantly influenced by the degree of the reef's coral or algal cover than researchers previously realized. Her results have implications for conservationists looking for ways to improve strategies for managing coral reef ecosystems. "How do you create an environment for corals to thrive?" Kelly asked. "In addition to practicing sustainable fishing, one way to rehabilitate a reef would be to transplant corals to the site. This should promote an environment more conducive to coral growth by fostering a beneficial community of microorganisms." Source : natalia.elko@mail.sdsu.edu

http://www.biyologlar.com/rethinking-the-reef

Virüsler Hakkında Bilgi

Virüsler Hakkında Bilgi

Virüs, canlı hücreleri enfekte edebilen mikroskopik taneciktir. Virüsler ancak bir konak hücreyi enfekte ederek çoğalabilirler.

http://www.biyologlar.com/virusler-hakkinda-bilgi

<b class=red>National</b> Geographic Live! - People, Plants and Pollinators

National Geographic Live! - People, Plants and Pollinators

  Emerging Explorer Dino Martins says that from long-tongued bees to hawk moths, pollinators are the hidden workers that keep the planet running.

http://www.biyologlar.com/national-geographic-live-people-plants-and-pollinators

Signs of deforestation in Brazil

Signs of deforestation in Brazil

Multiple fires are visible in in this image of the Para and Mato Grosso states of Brazil. Many of these were most likely intentionally set in order to deforest the land. Deforestation is the removal of a forest or stand of trees where the land is thereafter converted to a nonforest use. Examples of deforestation include conversion of forestland to farms, ranches, or urban use. The herringbone-patterned tan lines cutting through the dark green of the Amazon Rainforest in the middle of the image are evidence of deforestation in the Brazilian state of Pará. The deforestation in Pará follows the Brazialian national motorway BR 163, passing by cities such as Novo Progresso. The lower half of the image shows the state of Mato Grosso. The beginning of the forest loss coincides with a 1979 decision by Brazil's Program of National Integration to build roads across the forest and offer cheap land for agriculture, thus encouraging a population boom in the area. Images of the "fishbone" deforestation in Rondônia state were widely publicized, and have become the visual shorthand for tropical deforestation worldwide as evidenced in this Aqua image. In recent decades the locus of deforestation in Brazil has shifted east to the states of Mato Grosso and Pará (seen in this image), where large tracts of land are being cleared for mechanized agriculture, rather than small-hold farming. Even so, Brazil's overall rate of deforestation has slowed in recent years. This natural-color satellite image was collected by the Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) aboard the Aqua satellite on August 15, 2014. Actively burning areas, detected by MODIS's thermal bands, are outlined in red. Source : robert.j.gutro@nasa.gov http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/signs-of-deforestation-in-brazil

ARITMA TESİSLERİ VE PROTOZOA

Çalışma metodları birbirinden farklı olsa da arıtma tesislerinin tamamı çeşitli protozoon gruplarını barındırır (Çizelge 1). Biyolojik unsurlar organik madde üzerinden beslenerek organik maddenin topaklaşmasını ve çökmesini sağlarlar. Bakteri bu maddelerin sıvı fazdan uzaklaştırılmasında rol alan en etkin organizma grubunu oluştur. Protozoonlar, atık su arıtma sistemlerinde biyolojik parçalanmadan sorumlu bakteriler üzerinden beslendiklerinden dolayı, önceleri sistem için zararlı organizmalar oldukları düşünülmekteydi. Fakat daha sonraları yapılan çalışmalar protozoal predasyonun bakteriyel aktiviteyi teşvik ettiği ve dolayısıyla mikrobiyal parçalanma hızını artırdığı sonucunu ortaya çıkarmıştır. Günümüzde aktif çamur sistemlerinde, protozoonların çıkış suyu kalitesi üzerinde hayati öneme sahip organizmalar oldukları bütün otoriteler tarafından kabul edilen bir gerçektir [5, 12, 24]. Aktif çamur sistemi ile çalışan arıtma tesislerinde protozoonların rolünü belirlemek amacıyla çeşitli çalışmalar yürütülmüştür [5, 32, 33]. Bu çalışmalarda laboratuvar koşullarında geliştirilen arıtma modelleri protozoonlu ve protozoonsuz olarak çalıştırılmış, çıkış suları analiz edilmiştir. Protozoonsuz olarak çalışan arıtma modellerinin tamamında düşük kaliteli, protozoonlu çalışanların ise daha yüksek kaliteli çıkış suları ürettikleri görülmüştür (Şekil 7). Daha sonra protozoonsuz çalışan ünitelere aktif çamur protozoonları aşılandığında çıkış suyu kalitesinde önemli iyileşmelerin olduğu gösterilmiştir. Şekil 7. Protozoonlu ve protozoonsuz çalışan aktif çamur arıtma modellerinin çıkış suyu parametrelerinin karşılaştırılması (Curds, 1992’den). Protzoonların bakteri predasyonu, mikrobiyal aktiviteyi uyardığı gibi aşırı bakteriyel üremeyi kontrol ederek, çıkış suyundaki bakteri süsbansiyonunun azaltılması açısından da önem arz ederler. Protozoonlar genel olarak bakterileri besin olarak kullanmakla birlikte bazı türleri ortamda bulunan çözünmüş ve partiküler organik maddeleri de tüketerek arıtım sürecine doğrudan katılırlar. Ayrıca kesin veriler olmamakla birlikte, protozoonların sil ve kamçı hareketleri mikrosirkülasyon sağlayarak bakterilerin organik maddeyi kullanmalarına katkıda bulunduklarına dair görüşler de mevcuttur KAYNAKLAR [1] Corliss, JO. 2000. Biodiversity, Classification, and Numbers of Species of Protists. In: Nature and Human Society: The Quest Sustainable World (ed. PH. Raven, T. Williams ), pp.130-155, National Academy Press, Washington DC. [2] Foissner W, 1999. Soil Protozoa as Bioindikators: Pros and Cons, Methods, Diversity, Representattive Examples. Agriculture, Ecosystems and Environment, 74:95-112. [3] Fenchel T, 1987. Ecology of Protozoa. Science Tech. Inc., Wisconsin, U.S.A. [4] Anderson OR, 1988. Comparative Protozoology-Ecology, Physiology, Life History. Springer-Verlag, New York Inc. [5] Curds CR, 1992. Protozoa in the Water Industry. Cambridge University Pres, U.K. [6] Sudo R, 1984. Role and Function of Protozoa in the Biological Threatment of Polluted Waters. Advances in Biochemical Enginering/Biotechnology, 29:117-141. [7] Augustin H, Foissner W, 1992. Morphologie und Ökologie einiger Ciliaten (Protozoa: Ciliophora) aus dem Belebtschlamm. Arch. Protistenkd., 141:243-283. [8] Foissner W, Berger H, 1996. A User-Friendly Guide to the Ciliates (Protozoa, Ciliophora) Commonly Used by Hydrobiologists as Bioindicators in Rivers, Lakes and Waste Waters, with Notes on their Ecology. Freshwater Biology, 35:375-482. [9] Şenler NG, Bıyık H, Yıldız, İ. 1999. A Study of the Relationships Between Microfauna and Water Quality in Biological Sewage-Treatment Plant of Yüzüncü Yıl University in Van. Bio-Science Research Bulletin, 15:37-47. [10] Campell NA, Reece JB, Urry LA, Cain ML, Minorsky PV, Wasserman SA, Jackson RB, 2008. Biology. Pearson Education Inc., 8. Edition, San Francisco. [11] Atatür KA, Budak A, Göçmen B, 2003. Omurgasızlar Biyolojisi. Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Kitaplar Serisi, N0: 187, İzmir. [12] Sleigh MA, 1989. Protozoa and Other Protists. Edward Arnold, New York, 342p. [13] Demirsoy A, Türkan İ, Gündüz E, 2004. Genel Biyoloji (Keton WT, Gould JL, Gould CG.’den çeviri). Palme Yayıncılık, Sıhhiye, Ankara. [14] Corliss JO, 1994. An Interim Utilitarian (“User-Friendly”) Hierarchial Classification and Characterization of the Protists. Acta Protozool. 33:1-51. [15] Lynn DH, Small EB, 2002. The Illustrated Guide to the Protozoa (ed. Lee JJ, Leedale GF, Bradbury P), 2. Edition. Allen Pres, Lawrence, Kansas. [16] Cavalier-Smith T, 2003. Protist Phylogeny and the High-Level Classification of Protozoa. Europ. J. Protistol., 39:338-348. [17] Finlay BJ, Esteban GF, 1998. Freshwater Protozoa: Biodiversity and Ecological Function. Biodiversity and Conservation, 7:1163-1186. [18] Fenchel T, Esteban F, Finlay BJ, 1997. Local Versus Global Diversity of Microorganisms: Cryptic Diversity of Ciliated Protozoa. Oikos, 80:220-225. [19] Finlay BJ, 1998. Global Diversity of Protozoa and Other Small Species. Int. J. Parasitol., 28:29-48. [20] Finlay BJ, 2002. Global Dispersal of Free-Living Microbial Eukaryote Species. Science, 296:1061-1063. [21] Finlay BJ, Fenchel T, 2004. Cosmopolitan Metapopulations of Free-Living Microbial Eukaryotes. Protist, 155:237-244. [22] Foissner W, 1999. Protist Diversity: Estimates of the Near-Imponderable. Protist, 150:363-368. [23] Foissner W, 1997. Global Soil Ciliate (Protozoa, Ciliophora) Diversity: A Probability-Based Approach Using Large Sample Collections From Africa, Australia and Antartica. Biodiversity and Conservation, 6:1627-1638. [24] Laybourn-Parry J, 1994. A Functional Biology of Free-Living Protozoa. London & Sydne,. UK, 218p. [25] Porter KG, Sherr EB, Pace M, Sanders MW, 1985. Protozoa in Planktonic Food Webs. J. Protozool., 32:409-415. [26] Pratt JR, Lang BZ, Kaesler RL, Cairns J, 1986. Effect of Seasonal Changes on Protozoans Inhabiting Artificial Substrates in a Small Pond. Arch. Protistenkd., 131:45-57. [27] Sherr EB, Sherr BF, 2002. Significance of Predation by Protists in Aquatic Microbial Food Webs. Antonie van Leeuwenhoek, 81: 293-308. [28] Patterson DJ, Hedley, S, 1992. Free Living Freshwater Protozoa. Wolfe Publishing Ltd., England. [29] Urawa S, Awakura T, 1994. Protozoa Diseases of Freshwater Fishes in Hokkaido. Sci. Rep., Hokkaido Fish Hatchery, 48:47-58. [30] Göçmen B. 2002. Genel Parazitoloji. Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Kitaplar Serisi, No: 168, Ege Üniversitesi Basımevi, Bornova-İzmir. [31] Kim J-H, Hayward CJ, Joh S-J, Heo, G-J, 2002. Parasitic Infections in Live Tropical Fishes İmported to Korea. Diseases of Aquatic Organisms, 52:169-173. [33] Curds, CR, 1973. The Role of Protozoa in the Activated – Sludge Process, Amer. Zool., 13: 161-169. [34] Madoni, P., Davoli, D., Chierici, E. 1993. Comparative Analysis of the Activated Sludge Microfauna in Several Sewage Treatment Works, Wat. Res., 27(9): 1485-1491. Naciye Gülkız ŞENLER İsmail YILDIZ Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 65080, Van, TÜRKİYE

http://www.biyologlar.com/aritma-tesisleri-ve-protozoa


Long-term changes in dead wood reveal new forest dynamics

Long-term changes in dead wood reveal new forest dynamics

Healthy forest ecosystems need dead wood to provide important habitat for birds and mammals, but there can be too much of a good thing when dead wood fuels severe wildfires. A scientist with the U.S. Forest Service's Pacific Southwest Research Station (PSW) compared historic and recent data from a forest in California's central Sierra Nevada region to determine how logging and fire exclusion have changed the amounts and sizes of dead wood over time. Results were recently published in Forest Ecology and Management. PSW Research Ecologist Eric Knapp and a field crew visited three research plots initially established in 1929 in old-growth, mixed conifer stands on the Stanislaus National Forest. The stands had not burned since 1889 and were logged with a variety of methods later in 1929, shortly after the first survey of the plots. In this study, Knapp and a research crew first used digitized maps to locate and re-measure all live and dead trees in the plots. They later used old plot maps to reconstruct the number and size of downed logs in the 1929 plots and also surveyed logs in the present-day plots. The research crew compared their present-day data with those from 1929 and documented a more than nine-fold increase in the density of standing dead trees (snags) coupled with a decrease in the average diameter of the snags. Additionally, they observed nearly three times as many logs on the ground (coarse woody debris), but found a substantial decrease in the size of these logs. The majority of downed logs in the present-day re-measurement were highly decayed. "Because larger-sized dead wood is preferred by many wildlife species, the current condition of more, smaller, and more decayed woody pieces may have a lower ratio of habitat value relative to potential fire hazard," says Knapp. Long-term dead wood changes in these forests pose a challenge for forest managers who must balance concerns for wildlife habitat with reducing the chance for damaging wildfires. But dead trees, like live trees, can be managed. "To restore dead wood to conditions more like those found historically will require growing larger trees and reducing the addition of dead wood from small and intermediate-sized trees," says Knapp. "Forest thinning, through mechanical means and/or fire has been shown to slow the mortality rate of the remaining trees. In addition, using prescribed fire and low-intensity wildfire, which preferentially consume smaller and more decayed wood, would shift the balance to larger and less decayed pieces of dead wood, and help reduce fuels that contribute to uncharacteristically severe wildfires." Source: USDA Forest Service - Pacific Southwest Research Station

http://www.biyologlar.com/long-term-changes-in-dead-wood-reveal-new-forest-dynamics

New method to grow zebrafish embryonic stem cells can regenerate whole fish

New method to grow zebrafish embryonic stem cells can regenerate whole fish

Zebrafish, a model organism that plays an important role in biological research and the discovery and development of new drugs and cell-based therapies, can form embryonic stem cells (ESCs).

http://www.biyologlar.com/new-method-to-grow-zebrafish-embryonic-stem-cells-can-regenerate-whole-fish

Dipteraların Ekonomik ve Tıbbi Önemleri

Larva ve erginlerinin farklı yaşam alanların uyum sağlamış olmaları nedeniyle her iki dönemde de oldukça farklı tarzlarda faydalı veya zararlı olurlar. Dipterlerin ekonomik önemleri henüz göz önünde bulundurulmamaktadır. Muhtemelen dipterler bu konuda diğer bütün böcek gruplarını geride bırakacak bir öneme sahip olup insan sağlığına ve ekonomiye sinek ve sivrisineklerin verdiği zarar asla düşünülmez. Ancak sivrisineklerin sebep olduğu hastalıklardan sadece sıtmadan Hindistan'da 1897'de 5 milyon, 1927'de 3 milyon ve daha yakın bir tarihte 1958'de 1,5 milyon insan ölmüştür. Yine Simulidae familyası türleri 1923 yılında Romanya'da 16.000 büyükbaş hayvanın ölümüne neden olmuştur. Bunların dışında İngiltere ve Galler'deki Oscinella frit (ekinbaşsineği; Chloropidae)'in yulaflara verdiği zarar 100.000 insanın yıllık besinine karşılık gelmektedir. Tanmsal zararlılar olarak her şeyden önce Tipulidae'nin bazı, Bibionidae, Sciaridae, Cecidomyiidae, Syrphidae, Phoridae, Tephritidae, Psilidae, Chloropidae, Agromyzidae, Ephydridae ve Anthomidae ve diğer familyalardan çok sayıdaki türün Iarvalann önemlidir. Fitofag dipter larvaları yedikleri besine göre 4 grupta toplamam mümkündür . Bunlar; 1. Mantar (Sciaroidea: Sciaridae, Bolithophilidae, Mycetophilidae, Keroplatidae) veya alg yiyenler (Ptychopteridae), 2. Diğer bitkilerle beslenenler , 3. Gal oluşturanlar (Cecidomyiidae, 4. Meyve yiyenler (Drosophilidae). Cecidomyiidae familyasının pek çok türü bitkilerde gal meydana getirir. Bitkinin kök kısımları dışında yumru halinde gal oluştururlar. Çok defa belirli bitki türlerinde hatta bitkinin belirli yerlerine özelleşmişlerdir. Gal oluşumuna larvarın tükrük salgısı önemli rol oynamaktadır. Mekanik uyanlarla birlikte bitkinin o bölgesinin hızlı büyümesi sağlanır. Özellikle dipter kökenli insan hastalıklarının teşhisinde bir taraftan kontaminöz materyal ile (leş ve dışkı), diğer taraftan besin maddelerine temas etmesi sonucu evlerdeki sinek faunasının araştırılması ihtiyacı ortaya çıkmaktadır. Stutgart şehri ile ilgili yapılan bir araştırmada evlerdeki Musca, Fannia, Drosophila, Stomoxys, Calliphora, Lucilia, Piophila, Psychoda ve Scatopse cinsi sineklerin önemli olduğunu ortaya koymuştur. Örneğin Asilidae türlerinin ergin ve larvalarının tamamı predatör olup, diğer böcek takımlarına ait böcekleri avlayarak yedikleri gibi, nadir olarak da diğer eklembacaklılarla beslenirler. Bazı türler yalnızca tek bir takıma ait bireylerle beslenmekte olup bazılarının ise tercih ettiği bir takım olmakla birlikte, o takıma ait bireyleri bulamayınca başka takımlara ait bireylerle de beslenmektedir. Dasypogon diadema önemli bir an parazitidir. Asilidae larvalarının toprak altındaki gelişim dönemlerinde de Coleoptera ve Diptera takımına ait bazı bireylerle beslenmektedir. Syphidae türleri tabiatta ekonomik yönden çok yararlı sinekler olup ergin ve larvalarının beslenme özellikleri yönünden önemli böcek gruplarından birini oluştururlar. Çiçeklerde yoğun olarak görülen erginler, birçok kültür ve yabani bitkilerin anlardan soma en önemli tozlaştırıcılar olarak kabul edilir. Hatta birçok türü hep aynı bitki türünü ziyaret etme eğiliminde olduğu için tozlaşma açısından bal arılan ve Bombus'lardan sonra 2. sırada gelirler. Syrphidae bir kısım türü bitkilere zarar veren küçük böceklerle beslenirler " Birçok türü eşit sayıdaki Coccinella septempunctata (gelin böceği) larvasından daha fazla yaprak biti tükettiğinden faydalıdır. Bunun yanında Episyrphus balteatus predatör syrphidler içerisinde en çok görülen tür olup değişik bitkilerdeki (genellikle Compositae ve Umbelliferae familyalanna ait 57 değişik bitkide rastlanmış) aphid (yaprak biti) kolonilerinde gelişir ve yılda 3-4 nesil verebilir. Bunların yanında Zambak, Nergis ve buna benzer soğanlı bitkilerin soğanları ile beslenen syrphidler zararlıdır. Arı benzeri sinekler olan bombyliidler diptera'nın tür sayısı bakımından en fazla türe sahip familyalarından birisidir. Pek çok türü çiçekleri ziyaret ederek polen ve nektar ile beslenirler. Bu sırada da bitkilerin tozlaşmasına yardım ederler. Bu sineklerin larvaları diğer pek çok böcek üzerinde hyperparazit, parazit veya yumurta zararlısıdır. Larvalarını bu özellik 1 eri bakımından böcek kontrolünde büyük yararlar sağlamaktadır .Mesela bir çok türünün larvaları çekirgelerin yumurta kümelerine saldım ve onlara zarar verirler. Ayrıca yaygın gece kelebeklerini, dana bumu gibi böceklerin larvalarını parazitleyerek bu böceklere de zarar verirler. Sineklerin en gelişmiş familyalarından olan Tachnidlerin gelişmeleri öncelikle kelebek, bunların yanı sıra coleopter, yaprakarısı ve tipulid larvaları ile çekirge, coleopter, hemipterler ve karıncalarda da parazit yaşayanları vardır. Bir kısmı monofajdır, sadece bir konukçuda gelişir. Parazit yaşamaları, geniş yayılış göstermeleri ve hızlı çoğalmaları biyolojik denge açısından oldukça önemlidir. Laboratuvar şartlarında yetiştirilmeleri olumlu ve başarılı sonuçlar vermesinden dolayı bilhassa orman ve tarım zararlılarının mücadelesinde büyük önem arz etmektedirler. Meyve sineklerinden (Drosophilidae) Drosophila melanogaster'in kolay yetiştirilmeleri ve hızlı çoğalmaları, az kromozom taşımaları, mutasyonlaşmaya yatkın olmaları ve mutasyonların kolayca saptanması bakımından bilhassa kalıtım deneylerinde sıklıkla kullanılmalarını sağlamıştır. Kaynaklar •Brauns, A., 1976, Taschenbuch der Waldinsekten, Band 2. Ökologische Freiland-Differential diagnose bildteil, 380-383. •Demirsoy, A., 1990, Omurgasızlar/Böcekler, Yaşamın Temel Kuralları, 713-792. •Hennig, W., 1973, 31. Ordnung Diptera (Zweiflügler).-In: Helmcke, J.G., D. Starck & H. Vermuth (Hrsg.), Handb. Zool., 4 (2) (lfg. 20): 1-337. •Lindner, E., 1949, Die Fliegen Der Paläarktischen Region, Bd. 1: 1-400. •Sedlag, U., 1986, Insekten Mitteleuropas. Diptera: 346-377, Ferdinand Enke Verlag, Stutgart. •Williams, D. Dudley, and Blair W. Feltmate. 1992. Aquatic Insects. CAB International. xiii, 358pp.

http://www.biyologlar.com/dipteralarin-ekonomik-ve-tibbi-onemleri

New Science paper calculates magnitude of plastic waste going into the ocean

New Science paper calculates magnitude of plastic waste going into the ocean

A plastic grocery bag cartwheels down the beach until a gust of wind spins it into the ocean. In 192 coastal countries, this scenario plays out over and over again as discarded beverage bottles, food wrappers, toys and other bits of plastic make their way from estuaries, seashores and uncontrolled landfills to settle in the world's seas. How much mismanaged plastic waste is making its way from land to ocean has been a decades-long guessing game. Now, the University of Georgia's Jenna Jambeck and her colleagues in the National Center for Ecological Analysis and Synthesis working group have put a number on the global problem. Their study, reported in the Feb. 13 edition of the journal Science, found between 4.8 and 12.7 million metric tons of plastic entered the ocean in 2010 from people living within 50 kilometers of the coastline. That year, a total of 275 million metric tons of plastic waste was generated in those 192 coastal countries. Jambeck, an assistant professor of environmental engineering in the UGA College of Engineering and the study's lead author, explains the amount of plastic moving from land to ocean each year using 8 million metric tons as the midpoint: "Eight million metric tons is the equivalent to finding five grocery bags full of plastic on every foot of coastline in the 192 countries we examined." To determine the amount of plastic going into the ocean, Jambeck "started it off beautifully with a very grand model of all sources of marine debris," said study co-author Roland Geyer, an associate professor with the University of California, Santa Barbara's Bren School of Environmental Science & Management, who teamed with Jambeck and others to develop the estimates. They began by looking at all debris entering the ocean from land, sea and other pathways. Their goal was to develop models for each of these sources. After gathering rough estimates, "it fairly quickly emerged that the mismanaged waste and solid waste dispersed was the biggest contributor of all of them," he said. From there, they focused on plastic. "For the first time, we're estimating the amount of plastic that enters the oceans in a given year," said study co-author Kara Lavender Law, a research professor at the Massachusetts-based Sea Education Association. "Nobody has had a good sense of the size of that problem until now." The framework the researchers developed isn't limited to calculating plastic inputs into the ocean. "Jenna created a framework to analyze solid waste streams in countries around the world that can easily be adapted by anyone who is interested," she said. "Plus, it can be used to generate possible solution strategies." Plastic pollution in the ocean was first reported in the scientific literature in the early 1970s. In the 40 years since, there were no rigorous estimates of the amount and origin of plastic debris making its way into the marine environment until Jambeck's current study. Part of the issue is that plastic is a relatively new problem coupled with a relatively new waste solution. Plastic first appeared on the consumer market in the 1930s and '40s. Waste management didn't start developing its current infrastructure in the U.S., Europe and parts of Asia until the mid-1970s. Prior to that time, trash was dumped in unstructured landfills--Jambeck has vivid memories of growing up in rural Minnesota, dropping her family's garbage off at a small dump and watching bears wander through furniture, tires and debris as they looked for food. "It is incredible how far we have come in environmental engineering, advancing recycling and waste management systems to protect human health and the environment, in a relatively short amount of time," she said. "However, these protections are unfortunately not available equally throughout the world." Some of the 192 countries included in the model have no formal waste management systems, Jambeck said. Solid waste management is typically one of the last urban environmental engineering infrastructure components to be addressed during a country's development. Clean water and sewage treatment often come first. "The human impact from not having clean drinking water is acute, with sewage treatment often coming next," she said. "Those first two needs are addressed before solid waste, because waste doesn't seem to have any immediate threat to humans. And then solid waste piles up in streets and yards and it's the thing that gets forgotten for a while." As the gross national income increases in these countries, so does the use of plastic. In 2013, the most current numbers available, global plastic resin production reached 299 million tons, a 647 percent increase over numbers recorded in 1975. Plastic resin is used to make many one-use items like wrappers, beverage bottles and plastic bags. With the mass increase in plastic production, the idea that waste can be contained in a few-acre landfill or dealt with later is no longer viable. That was the mindset before the onslaught of plastic, when most people piled their waste--glass, food scraps, broken pottery--on a corner of their land or burned or buried it. Now, the average American generates about 5 pounds of trash per day with 13% of that being plastic. But knowing how much plastic is going into the ocean is just one part of the puzzle, Jambeck said. With between 4.8 and 12.7 million metric tons going in, researchers like Law are only finding between 6,350 and 245,000 metric tons floating on the ocean's surface. "This paper gives us a sense of just how much we're missing," Law said, "how much we need to find in the ocean to get to the total. Right now, we're mainly collecting numbers on plastic that floats. There is a lot of plastic sitting on the bottom of the ocean and on beaches worldwide." Jambeck forecasts that the cumulative impact to the oceans will equal 155 million metric tons by 2025. The planet is not predicted to reach global "peak waste" before 2100, according to World Bank calculations. "We're being overwhelmed by our waste," she said. "But our framework allows us to also examine mitigation strategies like improving global solid waste management and reducing plastic in the waste stream. Potential solutions will need to coordinate local and global efforts." Source: University of Georgia

http://www.biyologlar.com/new-science-paper-calculates-magnitude-of-plastic-waste-going-into-the-ocean

Detecting HIV diagnostic antibodies with DNA nanomachines

Detecting HIV diagnostic antibodies with DNA nanomachines

New research may revolutionize the slow, cumbersome and expensive process of detecting the antibodies that can help with the diagnosis of infectious and auto-immune diseases such as rheumatoid arthritis and HIV. An international team of researchers have designed and synthetized a nanometer-scale DNA "machine" whose customized modifications enable it to recognize a specific target antibody. Their new approach, which they described this month in Angewandte Chemie, promises to support the development of rapid, low-cost antibody detection at the point-of-care, eliminating the treatment initiation delays and increasing healthcare costs associated with current techniques. The binding of the antibody to the DNA machine causes a structural change (or switch), which generates a light signal. The sensor does not need to be chemically activated and is rapid - acting within five minutes - enabling the targeted antibodies to be easily detected, even in complex clinical samples such as blood serum. "One of the advantages of our approach is that it is highly versatile," said Prof. Francesco Ricci, of the University of Rome, Tor Vergata, senior co-author of the study. "This DNA nanomachine can be in fact custom-modified so that it can detect a huge range of antibodies, this makes our platform adaptable for many different diseases". "Our modular platform provides significant advantages over existing methods for the detection of antibodies," added Prof. Vallée-Bélisle of the University of Montreal, the other senior co-author of the paper. "It is rapid, does not require reagent chemicals, and may prove to be useful in a range of different applications such as point-of-care diagnostics and bioimaging". "Another nice feature of our this platform is its low-cost," said Prof. Kevin Plaxco of the University of California, Santa Barbara. "The materials needed for one assay cost about 15 cents, making our approach very competitive in comparison with other quantitative approaches." "We are excited by these preliminary results, but we are looking forward to improve our sensing platform even more" said Simona Ranallo, a PhD student in the group of Prof. Ricci at the University of Rome and first-author of the paper. "For example, we could adapt our platform so that the signal of the nanoswitch may be read using a mobile phone. This will make our approach really available to anyone! We are working on this idea and we would like to start involving diagnostic companies." Source: University of Montreal http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/detecting-hiv-diagnostic-antibodies-with-dna-nanomachines

Wisconsin scientists find genetic recipe to turn stem cells to blood

Wisconsin scientists find genetic recipe to turn stem cells to blood

The ability to reliably and safely make in the laboratory all of the different types of cells in human blood is one key step closer to reality.

http://www.biyologlar.com/wisconsin-scientists-find-genetic-recipe-to-turn-stem-cells-to-blood

Virüslerin sınıflandırılması

Fosillerinin olmaması ve virüslerin canlı olup olmadığı tartışmaları nedeniyle taksonomide virüslerin sınıflandırılması sorunlu olmuştur. Biyolojik sınıflandırmadaki üst âlemlerin (domain) içine kolayca yerleştirilemedikleri için sınıfları takım basamağından başlatılmıştır. Ancak, bir üst âlem ismi olarak Acytota adı önerilmiştir. Bu öneriye göre virüsler Bakteria, Arkea ve Eukaryota üst âlemlerine denk bir taksona aittirler. Halen her familya bir takımın içinde yer almamaktadır ve her cins de bir familyanın içine yerleştirilmemiştir. Bir sınıflandırma örneği olarak su çiçeği virüsü Herpesviridae familyası, Alphaherpesviridae alt familyası ve Varicellovirus cinsine aittir. Takım olarak yerini almamıştır. İsimlendirmede genel yapı şöyledir: Takım (-virales) Familya (-viridae) Altfamilya (-virinae) Cins (-virus) Tür (-virus) Uluslararası Virüs Taksonomi Komitesi (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV) mevcut sınıflandırma sistemini oluşturmuş ve familyaların homojenliğini sağlamak amacıyla virüslerin bazı özelliklerine daha fazla ağırlık verilmesi yönünde yönergeler hazırlamıştır. Taksonomların bir virüsün takımını belirlerken içerdiği nükleik asit türüne, nükleik asitin tek mi, çift sarmallı mı olduğuna, ve bir zarının olup olmadığına dikkat etmesi gerekmektedir. Bu üç ana özelliğin ardından diğer yönleri göz önüne alınabilir: konak tipi, kapsit şekli, bağışıksal özellikleri ve neden olduğu hastalık tipi. Bu sınıflandırma sistemine ek olarak Nobel ödüllü biyolog David Baltimore, Baltimore sınıflandırması sistemini geliştirmiştir. Bu sistemde virüsler, çoğalma ve genom tiplerine bağlı olarak yedi gruptan birinde yer alırlar. Modern sınıflandırmada ICTV sistemi, Baltimore sistemi ile beraber kullanılır.

http://www.biyologlar.com/viruslerin-siniflandirilmasi

Virginia Tech researchers take cue from spider glue in efforts to create new materials

Virginia Tech researchers take cue from spider glue in efforts to create new materials

A taut tug on the line signals the arrival of dinner, and the leggy spider dashes across the web to find a tasty squirming insect. The spider, known as an orb weaver, must perfectly execute this moment, from a lightning-fast reaction to an artfully spun web glistening with sticky glue. This glue -- created when glycoproteins are secreted from a spider's abdomen and interact with the atmosphere -- has been studied for the past 12 years by Brent Opell, a professor of biological sciences in the College of Science and a Fralin Life Science Institute affiliate. Material scientists are interested in mimicking this glue -- nature's great adhesive -- for human products, and rely on biologists to determine factors involved in its creation, as well as its capabilities and limitations. Opell's research team, which included Sarah Stellwagen, a 2015 biological sciences doctoral graduate, and Mary Clouse of Fairfax Station, Virginia, a senior majoring in biological sciences, recently determined that ultraviolet rays, specifically UVB rays, are an important environmental factor in the performance of spider glue. They tested the webs of five local spider species -- three that catch prey in broad daylight, and two that hunt at night or in deep forest shade shaded areas. They found that the webs of sun-soaked spiders were far more resistant to UVB rays than the webs of those that hunt in the dark or shade, perhaps indicating an important adaptive trait.The results were published recently in the Journal of Experimental Biology and could inform efforts to develop new adhesives. "Our study adds UVB irradiation to the list of factors known to affect the performance of spider glycoprotein glue, which includes humidity, temperature, and strain rate," Opell said. "It is important to more fully understand these effects as material science moves toward producing environmentally non-toxic and energy conservative adhesives inspired by spider thread glycoprotein." "The work by Opell's research team provides insight on a novel approach used by spiders to withstand UVB light," said Ali Dhinojwala, H.A. Morton Professor in Polymer Science at the University of Akron. "Currently, we add UV stabilizers to prevent degradation of polymers that are exposed to UVB light. Inspired by this study we can learn from the chemistry of spider glue to design new molecules to improve resistance to UVB light." While Dhinjowala was not involved in this particular study, he has collaborated with Opell on other spider glue projects, such as a study on humidity's effect on spider glue supported by the National Science Foundation. Source: Virginia Tech http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/virginia-tech-researchers-take-cue-from-spider-glue-in-efforts-to-create-new-materials

Role of telomeres in plant stem cells discovered

Role of telomeres in plant stem cells discovered

The role played by telomeres in mammalian cells has been known for several years. It is also known that these non-coding DNA sequences, which are found at the ends of the chromosomes, protect them and are necessary to ensure correct cell division.

http://www.biyologlar.com/role-of-telomeres-in-plant-stem-cells-discovered

Wheat disease-resistance gene identified, potential to save billions

Wheat disease-resistance gene identified, potential to save billions

A gene that can prevent some of the most important wheat diseases has been identified--creating the potential to save more than a billion dollars in lost production in Australia alone each year. In a global collaboration including the University of Sydney's Plant Breeding Institute (PBI), the CSIRO, CIMMYT (Mexico), University of Newcastle, Chinese Academy of Sciences and the Norwegian University of Life Sciences, the gene Lr67 has been identified as providing resistance to three of the most important wheat rust diseases, along with powdery mildew, a significant disease in Norway. The findings, published today in Nature Genetics, should have wide-reaching ramifications, with wheat already providing a fifth of global caloric intake and set to spike in the next 50 years. The University of Sydney has played a crucial role in this research through the Grains Research and Development Corporation (GRDC)-funded Australian Cereal Rust Control Program at PBI, which leads rust research to cater for the needs of Australian cereal breeding companies to release disease resistant varieties for farmers. The CSIRO and the University of Newcastle contributed molecular genetics skills to clone this naturally occurring gene that provides resistance to multiple pathogens of wheat. Principal research fellow at the PBI, Associate Professor Harbans Bariana, said rust diseases are among the most significant constraints to global wheat production. "Estimates put potential losses from wheat rust diseases in Australia alone at more than one-and-a-half billion dollars each year*," Associate Professor Bariana said. "The transfer of the gene Lr67 into modern wheat cultivars is already in progress at the University of Sydney component of the Australian Cereal Rust Control Program. "Its transfer to future wheat varieties through marker assisted selection (MAS) based on this work will increase diversity for resistance," he said. The University of Sydney has also been selected in an international consortium, among eight groups globally in the International Wheat Yield Partnership's first competitive call. The project is: 'Increasing carbon capture by optimizing canopy resource distribution'. Project lead is Richard Trethowan, University of Sydney; principal partners are: University of California, Davis and Agharker Research Institute. Source: University of Sydney http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/wheat-disease-resistance-gene-identified-potential-to-save-billions

Functional human liver cells grown in the lab

Functional human liver cells grown in the lab

In new research appearing in the prestigious journal Nature Biotechnology, an international research team led by The Hebrew University of Jerusalem describes a new technique for growing human hepatocytes in the laboratory. This groundbreaking development could help advance a variety of liver-related research and applications, from studying drug toxicity to creating bio-artificial liver support for patients awaiting transplantations. The liver is the largest internal organ in the human body, serving as the main site of metabolism. Human hepatocytes - cells that comprise 85% of the liver - are routinely used by the pharmaceutical industry for study of hepatotoxicity, drug clearance and drug-drug interactions. They also have clinical applications in cell therapy to correct genetic defects, reverse cirrhosis, or support patients with a liver-assist device. Regrettably, while the human liver can rapidly regenerate in vivo, recognized by the ancient Greeks in the myth of Prometheus, this capability to proliferate is rapidly lost when human cells are removed from the body. Thus far, attempts to expand human hepatocytes in the laboratory resulted in immortalized cancer cells with little metabolic function. The scarce supply of human hepatocytes and this inability to expand them without losing function is a major bottleneck for scientific, clinical and pharmaceutical development. To address this problem, Prof. Yaakov Nahmias, director of the Alexander Grass Center for Bioengineering at the Hebrew University of Jerusalem, partnered with leading German scientists at upcyte technologies GmbH (formerly Medicyte) to develop a new approach to rapidly expand the number of human liver cells in the laboratory without losing their unique metabolic function. Based on early work emerging from the German Cancer Research Center (DKFZ) on the Human Papilloma Virus (HPV), the research team demonstrated that weak expression of HPV E6 and E7 proteins released hepatocytes from cell-cycle arrest and allowed them to proliferate in response to Oncostatin M (OSM), a member of the interleukin 6 (IL-6) superfamily that is involved in liver regeneration. Whereas previous studies caused hepatocytes to proliferate without control, turning hepatocytes into tumor cells with little metabolic function, the researchers carefully selected colonies of human hepatocytes that only proliferate in response to OSM. Stimulation with OSM caused cell proliferation, with doubling time of 33 to 49 hours. Removal of OSM caused growth arrest and hepatic differentiation within 4 days, generating highly functional cells. The method, described as the upcyte© process (upcyte technologies GmbH), allows expanding human hepatocytes for 35 population doubling, resulting in 1015 cells (quadrillion) from each liver isolation. By comparison, only 109 cells (billion) can be isolated from a healthy organ. "The approach is revolutionary," said Dr. Joris Braspenning, who led the German group. "Its strength lies in our ability to generate liver cells from multiple donors, enabling the study of patient-to-patient variability and idiosyncratic toxicity." The team generated hepatocyte lines from ethnically diverse backgrounds that could be serially passaged, while maintaining CYP450 activity, epithelial polarization, and protein expression at the same level as primary human hepatocytes. Importantly, the proliferating hepatocytes showed identical toxicology response to primary human hepatocytes across 23 different drugs. "This is the holy grail of liver research," said Prof. Nahmias, the study's lead author. "Our technology will enable thousands of laboratories to study fatty liver disease, viral hepatitis, drug toxicity and liver cancer at a fraction of the current cost." Nahmias noted that genetic modifications preclude using the cells for transplantation, "but we may have found the perfect cell source for the bio-artificial liver project." The proliferating hepatocyte library was recently commercialized by upcyte technologies GmbH (Hamburg, Germany), which is expanding the scope of the technology. "upcyte© hepatocytes represent the next generation of cell technology", said Dr. Astrid Nörenberg, the company's managing director. "We are poised to become the leading cell supplier for pharmaceutical development and chemical toxicity testing." Yissum, the Research and Development Company of the Hebrew University, and upcyte technologies GmbH submitted a joint patent application earlier this year and are actively seeking investment. Source: The Hebrew University of Jerusalem http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/functional-human-liver-cells-grown-in-the-lab

PROBİYOTİKLER HAKKINDA BİLGİ

Değişik sebeplerden ileri gelen ve insan sağlığı üzerinde olumsuz etkileri olan farklı oluşumlara karşı uzun yıllardan beri değişik antibiyotikler kullanılmıştır. Antibiyotiklerin belli periyotlarda ve belli dozlardaki kullanımı neticesinde, metabolizmada gözlenen rahatsızlıklar tedavi edilebilmiştir. Ancak zaman içerisinde kullanılan antibiyotik türleri ve bunların tedavideki dozlarının insan metabolizmasında yararlı faaliyetleri olan (özellikle de intestinal florada) mikroorganizmaları inaktive ettiği ya da populasyonunu azalttığı ve bunun neticesinde de normal floranın bozularak, vücutta antibiyotiklerden kaynaklanan bazı rahatsızlıkların (alerji, diyare, gaz vb. gibi) ortaya çıktığı belirlenmiştir. Bunun yanında araştırıcılar günlük yaşamın getirdiği bazı olumsuzluklardan (çevrede olan ani değişmeler, su ve besinlerin kaliteleri, hayvansal ürünlerin aşırı miktarları, kafein, alkol kullanımı) ve değişik türdeki patojenlerin enfeksiyonlarından dolayı (sinirsel yorgunluk ve stres gibi) vücudun normal florasının etkilendiğini de ortaya koymuşlardır. Vücudun doğal intestinal florasında bulunan ve organizma için yararlı olan bakterilerin gitgide sayılarının azalması, tamamen yok olması karşısında bilim dünyası bu yararlı florayı korumak ya da tekrar geri kazanmak için arayışa girmiş ve “Probiyotik mikroorganizmalar” değişik ürünler (mandıra ürünleri, meyve suları, çikolata ve et ürünleri) ile tüketime sunulmuşlardır. Probiyotikler; yaşayan mikroorganizmalar olup mukozal ve sistemik bağışıklığı ayarlayarak konağa tesir ederler. Ayrıca intestinal sistemdeki mikrobiyal dengeyi sağlarlar. Sağlıklı bir insan vücudunda probiyotik mikroorganizmalar belli oranlarda bulunmaktadır. Probiyotik mikroorganizma florası, vücudun mukoz membranlarında ve sindirim bölgelerinde kolonize olan bakterilerdir. Vücuttaki mikroorganizma florasında 400 ile 500 arasında farklı türde, sindirim bölgesinde yerleşmiş durumda bulunan, gerek patojen gerekse sağlığa yararlı mikroorganizmalar mevcuttur. Sindirim sisteminin önemli bir parçası olan bağırsaklarda, ilaç kullanımı veya hastalıklar sırasında açığa çıkan zararlı bakteriler, aynı ortamda bulunan iyi huylu bakterilere karşı atağa geçerler ve bağırsağa yerleşmeye çalışırlar. Probiyotik bakteri suşları ise bağırsak duvarına tutunarak, bu zararlıların içeriye girmesini önler. Probiyotik Olarak Kullanılan Mikroorganizmalar Probiyotikler esas olarak laktik asit bakterileridir. Bunun yanında araştırmalar mayaların da probitotik özelliğe sahip olduğunu göstermiştir. Yoğurt yapımında kullanılan mikroorganizmalar (Lactobacillus bulgaricus ve Streptococcus thermophilus) dışında tüm laktik asit bakterileri bağırsak florası elemanlarıdır. Bir probiyotik ürün bu mikroorganizmalardan birini ya da birkaçını içerebilir. İçerdiği mikroorganizma sayısı arttıkça probiyotiğin kullanım alanı genişlemektedir. Probiyotik Bakterilerin Özellikleri Probiyotik bakteriler Gram (+), sporsuz, basil şeklindedir. L. acidophilus’un üreme sıcaklığı 35 – 380C ‘dir. Probiyotik bakteriler mide asitliğine diğer bakterilere göre daha dayanıklıdır. Safra tuzuna ve lizozim enzimine daha dirençlidir. Lactobacillus türleri, ince bağırsakta fazla sayıda bulunurken, Bifidobacterium’lar kalın bağırsaktadırlar. Probiyotik bakteriler laktik asit, asetik asit, bakteriyosin gibi antimikrobiyal maddeler üreterek, bağırsaklarda istenmeyen mikroorganizmaların çoğalma hızını kontrol ederler ve doğal floranın denge içinde bulunmasını sağlarlar. Gram (+) bakteriler, bakteriyosinlere çok duyarlıdır. Beslenmede bitkisel besinlerin fazla olması, hayvansal besinlerin aksine bağırsaklardaki probiyotik bakterilerin sayısını artırır. Sağlıklı kişilerin bağırsak florasında probiyotik bakterilerin (örneğin Bifidobacterium’ların) sayısı zaman içerisinde sabitleşmekte; ancak günlük yaşamın getirdiği; antibiyotik kullanımı, stres, sinirsel yorgunluk, dengesiz beslenme, fazla alkol alımı, hastalık ve bağırsak ameliyatları gibi sonuçlar, bu bakterilerin azalmasına neden olur. Bunun sonucunda bağırsaklarda enterik bakteriler çoğalır ve enterik rahatsızlıklar ortaya çıkar. Probiyotik bakterilerin önemli özelliklerinden biri de, bağırsak çeperine tutunabilme yeteneğine sahip olmalarıdır. Bu tutunma en önemli ve hatta biyolojik etki gösterebilmeleri için mutlaka olması gereken bir özellik olarak belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, bağırsak çeperine tutunarak patojen mikroorganizmaların tutunmasını engellerler. Ayrıca sindirim sırasında bağırsak hareketlerinden çok fazla etkilenmeden hızla üreyerek orijinal populasyonda azalmayı engellerler. Bütün bunları maddeleyecek olursak; probiyotik olarak kullanılan mikroorganizmalarda aranan özellikler şunlardır: - Güvenilir olmalıdır, kullanıldığı insan ve hayvanda yan etki oluşturmamalıdır. - Stabil olmalıdır, düşük pH ve safra tuzları gibi olumsuz çevre koşullarından etkilenmeden bağırsakta metabolize olmalıdır. - Bağırsak hücrelerine tutunabilmeli ve kolonize olabilmelidir. - Kanserojenik ve patojenik bakterilere antagonist etkili olmalıdır. - Antimikrobiyal maddeler üretmelidir. - Konakta hastalıklara direnç artışı gibi yararlı etkiler oluşturma yeteneğinde olmalıdır. - Antibiyotiklere dirençli olmalıdır. Antibiyotiğe bağlı (diyare) ortaya çıkan hastalıklarda bağırsak florasını düzeltmek amacı ile kullanılabileceğinden, bağırsaktaki antibiyotiklerden etkilenmemelidir. - Minimum etki dozları bilinmediğinden, canlı hücrelerde büyük miktarlarda bulunabilmelidir. Probiyotik Olarak Kullanılan Mikroorganizmalar Lactobacillus Türleri: Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus cellebiosus Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus lactis Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus reuteri Lactobacillus brevis, Lactobacillus casei Lactobacillus curvatus, Lactobacillus fermentum Lactobacillus plantarum, Lactobacillus johsonli Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus Lactobacillus salivarius, Lactobacillus gasseri Bifidobacterium Türleri: Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium breve, Bifidobacterium infantis Bifidobacterium longum, Bifidobacretium thermophilum Bacillus Türleri: Bacillus subtilis, Bacillus pumilus, Bacillus lentus Bacillus licheniformis, Bacillus coagulans Pediococcus Türleri Pediococcus cerevisiae, Pediococcus acidilactici Pediococcus pentosaceus Streptococcus Türleri : Streptococcus cremoris, Streptococcus thermophilus Streptococcus intermedius, Streptococcus lactis Streptococcus diacetilactis Bacteriodes Türleri : Bacteriodes capillus,Bacteriodes suis Bacteriodes ruminicola, Bacteriodes amylophilus Propionibacterium Türleri : Propionibacterium shermanii, Propionibacterium freudenreichii Leuconostoc Türleri: Leuconostoc mesenteroides Küfler: Aspergillus niger, Aspergillus oryzae Mayala: Saccharomyces cerevisiae, Candida torulopsis Probiyotikler Tarafından Üretilen Esas Maddeler Vitaminler: K vitamini, folik asit, biotin, B1, B2, B12, Niasin ve priydoksin. Enzimler: Laktaz gibi sindirim enzimleri (esas olarak süt ürünlerin sindiriminde), serbest bölgelerin düzenlenmesine yardımcı olan karbonhidrat enzimleri, sindirim ve protein enzimleri, yağ enzimleri. Uçucu Yağ Asitleri: Besinlere ait yağ asitlerinin kısa zincirleri yardımıyla üretilen bu yağ asitleri sayesinde, optimum düzeyde sindirim için gerekli olan pH dengesinin sağlanması. İnsan sağlığına faydalı etkilerinin olduğu düşünülen canlı bakteri hücreleri üç temel kaynaktan yenmektedir: - Fermente süt ürünleriyle - Gıdalara ve içeceklere bu bakterilerin canlı hücrelerinin eklenmesiyle (meyve suları, çikolata, et ürünleri v.b.) - Probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinden hazırlanan farmakolojik ürünler olarak tablet veya kapsüllerin hazırlanmasıyla. Probiyotik Süt Ürünleri En önemli probiyotik süt ürünü yoğurttur. Bununla birlikte, Lactobacillus acidophilus içeren diğer süt ürünleri olan Acidophilus quarkı, Acidophilus’lu süt, Acidophilus’lu tereyağı, Acidophilus’lu süt tozu da bu grupta yer alan diğer ürünlerdir. Probiyotik süt ürünleri ülkemizde yeni üretilmekle birlikte, birçok ülkede bu ürünlerin tüketimi gün geçtikçe artmaktadır. İnsan sağlığı üzerindeki etkileri de dikkate alındığında Lactobacillus acidophilus içeren ürünlerin üretim yöntemleri ile ilgili çalışmaların geliştirilmesi yararlı olacaktır. Bağırsak sisteminde bulunan Lactobacillus türlerinden fermente süt ürünlerinde en çok kullanılanları Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum’dur. Lactobacillus acidophilus, yoğurt bakterilerinin aksine, insan sindirim sisteminin doğal bir üyesi olup, sindirim sisteminde bulunan yüksek asitlik ve bir takım enzimlerin inhibe edici etkisine ve safra kesesi tuzlarına dayanıklıdır. Bifidobacterium türlerinin başlangıçta yalnızca bebeklerin bağırsak florasında olduğu düşünülmüşse de, sonraki çalışmalarda bunların erişkin insanlarda ve sıcak kanlı hayvanlarda da bulunduğu ortaya konmuştur. Acidophilus ve Bifidobacterium türleri, ince bağırsaktaki mukoz membran tarafından tutulmakta, burada oluşturdukları asit ve diğer metabolik ürünler ile patojen ve diğer mikroorganizmalara karşı direnç göstermektedir. Bu durumda, Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum ile üretilen ürünlerin düzenli olarak tüketilmesi bu bakterilerin bağırsak sistemlerine tutunmasını sağlamakta ve tedavi edici bir özellik göstermesine neden olmaktadır. Bu nedenle, son yıllarda mide – bağırsak enfeksiyonları için klasik antibiyotik tedavilerine alternatif olarak probiyotik ürünler kullanılmaktadır. Nitekim antibiyotik kullanımına bağlı olarak ortaya çıkan diyarenin önlenmesinde, Clostridium difficile ile meydana gelen kolik diyarenin tekrarlama olasılığının düşürülmesinde, fermente süt ürünlerinden yoğurda aşılanan Saccharomyces boulardii’nin, günde 1 g. yenmesi ile Enterococcus faecium SF68 yada Lactobacillus rhamnosus GG suş’unun fermente süt ürünleri ile alınması neticesinde, hastalarda pozitif yönde gelişmeler olduğu tespit edilmiştir. Yoğurt etkisi altında ağız yolu ile yapılan beslenmenin düzenli olarak uygulanması ile organizmaya patojen bakteri bulaşımının azaldığı kesin olarak ispatlanmıştır. Konu ile ilgili olarak çalışan diğer araştırmacılar da ağız yolu ile yapılan bu beslenme sonucunda, vücudun virüslere karşı bir etki oluşturduğunu bildirmektedirler. Günümüzde tıp alanında birçok hastalığın tedavi edilmesinde yada tekrarının önlenmesinde, Probiyotiklerin kullanılma olgusunun ve bunların en yaygın olarak fermente süt ürünleri ile diyetlerde uygulanmasının, tıp alanında yeni tedavi oluşumlarına kaynak teşkil ettiği görülmektedir. Bağırsak Rahatsızlıklarının Önlenmesi Probiyotik bakteriler, barsak hareketlerini hızlandırarak bağırsak içeriğinin kolayca atılmasını sağlar. Bazı koşullar altında (örneğin antiboyotik alımı), bağırsaklarda faydalı bakterilerin azalmasına ve istenmeyen bakterilerin (Clostridium difficile, E. coli gibi) artışıyla enterik enfeksiyonlar ortaya çıkabilir. Bu problem, probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinin gıdalarla veya farmakolojik ürünlerin yenmesiyle önlenebilir. Probiyotik bakterilerin bağırsak yüzeyine tutunarak istenmeyen bakterilerin tutunmasını engellemeleri ve ürettikleri antimikrobiyal maddelerle (asitler, bakteriyosinler, reuterin gibi) çoğalmalarını kontrol altına alırlar. Safranın parçalanması safra asidine göre daha fazla antimikrobiyal etki gösterdiğinden, enterik bakterilerin çoğalması inhibe edilir. Yapılan değişik araştırmalarda, probiyotik bakterilerin özellikle çocuklarda enterik enfeksiyonlara karşı etkili olduğu belirtilmiştir. Araştırmalarda probiyotik bakterilerin süt ürünleriyle veya süte eklenerek bir süre yendiklerinde, bireylerin bağırsak florasında, C. perfingens, C. dificile, E. coli, Salmonella gibi enterik bakterilerin sayısında azalma ve buna karşılık probiyotik popülasyonda artış saptanmıştır. Ayrıca probiyotik bakterilerin yaşlı kişilerde görülen kabızlık gibi bağırsak problemlerini ve yine her yaş grubundaki kişilerde çeşitli nedenlere bağlı olarak görülen ishal, kabızlık, gaz oluşumu, karın şişliği gibi bağırsak rahatsızlıklarını önledikleri belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, bağırsak florasında bulunan Bacteroid, Clostridium, Enterobacter, Fusabacterium, Salmonella, Shigella, Campylobacter jejuni, Candida albicans, Staphylococcus aureus gibi patojen bakterilerin biyojenik amin, amonyak fenol gibi tehlikeli bileşikler üretmelerini engellerler. Probiyotik bakterilerin patojenler üzerindeki bu etkisi, bağırsaklarda laktik ve asetik asit üretmeleri ve pH’nın azalması ile açıklanmaktadır. Laktoz Hidrolizi Laktoz intolerant (bağırsak hipolaktemia) kişiler, laktozu hidrolize edecek beta galaktosidaz enzimini genetik rahatsızlık nedeniyle üretemezler. Sadece Kuzey Avrupalılar, beyaz Amerikalılar ve Afrika’da bazı kabileler laktozu parçalayacak beta-galaktosidaz enzimini oluştururlar. Laktoz intolerant kişiler süt veya dondurma ile laktoz yediklerinde, laktoz ince bağırsakta emilmeden kalın bağırsağa geçer. Kalın bağırsakta laktoz değişik bakteriler tarafından glikoz ve galaktoza hidrolize edildikten sonra asit ve gaza dönüştürülür. Asit ve gaz oluşumu bağırsaklardan sıvı emilmesini engeller ve bunun sonucunda bağırsak şişliği şeklinde rahatsızlıklar ortaya çıkar. Yoğurdun, asidophilus eklenmiş sütün (çoğunlukla L. acidophilus) ve probiyotik bakterilerin farmakolojik ürünlerinin yenmesi, ince bağırsaklara laktozu hidrolize edecek canlı bakteri bağladığından, laktozdan kaynaklanan rahatsızlıklar görülmez. Fermente ürünlerde laktoz, laktik asit bakterileri tarafından parçalandığından ve ürünlerde bakterilerin ürettiği beta-galaktosidaz enziminin bulunması nedeniyle fermente gıdaların sağlık üzerine faydaları bulunmaktadır. Lactobacillus bulgaricus ve Streptococcus thermophilus mide asitliğine dayanamaz ve normal bağırsak bakterisi değildirler. Fakat süte göre yoğurttan laktozun azalması, bağırsak rahatsızlıklarının ortaya çıkmasını engeller. Bağırsak bakterileri ve çoğunlukla bazı Lactobacillus türleri, belirli koşullarda ince bağırsaklara yerleşerek yiyeceklerle alınan laktozu hidrolize ederler. Serum Kolesterol Düzeyinin Düşürülmesi Farelerle yapılan bir çalışmada, farelere L. acidophilus içeren süt verilmesi sonucunda düşük serum kolesterol düzeyi bulunmuştur. Probiyotik bakteriler ile üretilen fermente süt ürünlerinin veya bu bakterilerin canlı hücrelerinin yenmesi, insanlarda düşük kolesterol düzeyinin oluşması, olası dört faktörden kaynaklanabilir: Yukarıda belirtilen beta-galaktosidaz enziminin fermente süt ürünlerinde bulunması. Bazı bağırsak bakterilerinin yiyeceklerle alınan kolesterolü metabolize etme yeteneğinde olması. Böylece kana geçmesinin azalmasına neden olur. Bakterilerin bağırsaklarda kolesterol prekürsörlerini veya kolesterolü azaltılır. Bazı Laktobasillerin safra tuzlarını parçalamasıyla safra tuzlarının karaciğer tarafından emilmesi engellenir. Böylece safra tuzu absorbe edemeyen karaciğerin, safra tuzu sentezlemek için fazla miktarda serum kolesterolünü kullanması sonucunda serumda kolesterol miktarını azaltır. Fakat bazı araştırma sonuçları, probiyotik bakterilerin vücutta kolesterol düzeyini azalttığı şeklindeki bulguları desteklememektedir. Bunun farklı deney düzenekleri, farklı mikroorganizma kültürü kullanılması gibi nedenlerden kaynaklanabileceği belirtilmiştir. Örneğin kolesterol hidroliz etmeyen veya safra asidini parçalamayan bakteri türünün kullanılması gibi. Kalın Bağırsak Kanserinin Azaltılması 1962 yılında laktik asit bakterilerinin antikarsinojenik etkiye sahip olduğu ileri sürülmüştür. Daha sonraki yıllarda hayvanlar üzerinde yapılan arıştırmalarda; deney hayvarları yoğurt ve yoğurda L. acidophilus, L.bulgaricus, L. casei, Bifidobakterium’un türleri gibi bakteriler ekleyerek beslenmiş, deney hayvanları üzerinde antikarsinojenik bir etki bulunmuş ve tümör riskinin azaldığı belirtilmiştir. Birçok araştırmada, probiyotik bakterilerin fazla miktarda ağızdan alımı sonucunda, istenmeyen bağırsak bakterilerinin oluşturduğu beta-glucuronidaz, azoredüktaz ve nitroredüktaz enzimlerinin azalmasını sağladığı belirtilmiştir. L. acidophilus’un fermente ürünlerle birlikte yenmesiyle bağırsaklarda kanserojenik maddelerin kanserojen maddelere dönüşümünde rol oynayan beta-glukoronidaz, nitroredüktaz ve azoredüktaz enzimlerinin düzeyinde iki ile dört kat azalma saptanmıştır. Probiyotik bakteriler kanser genlerinin aktivasyonundan sorumlu olan bakterilerin enzimatik aktivitelerinin düzenlenmesinde, kanser genlerinin bileşiminin ve toksik etkilerinin önlenmesinde yararlı oldukları kaydedilmiştir. Süt ürünlerinin, deney hayvanlarında tümör büyümesini baskılayan konjuge linoleik asitten anlamlı miktarlarda içerdikleri belirtilmiştir. İstenmeyen bakteriler, bağırsak normal pH’sının düşmesiyle laktik ve asetik asit ürettiklerinden dolayı, bağırsaklardan aminlerin ve amonyağın emilmesi azalır. Bu da kanser oluşumunda, tansiyon ve kolesterolün yükselişinde etkili olan nitroz aminlerin serumda artışına neden olur. Probiyotik bakteriler enterik bakterilerin aktivitelerini engelleyerek, serumda nitroz aminlerin artışını dolaylı olarak önlerler. İstenmeyen birçok bakteri türünün bağırsaklarda gıdalarla alınan kanserojen preküsörlerini aktive eden enzimleri üreterek, aktif karsinojen maddelerin oluşumuna neden oldukları belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, istenmeyen mikroorganizmaların çoğalmasını inhibe ederek bu enzimlerin oluşmasını engellerler. Bağışıklık Sistemine Etkileri Probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinin bağırsaklarda bulunmaları halinde, bağışıklık sistemini uyardıkları ve kuvvetlendirdikleri belirtilmiştir. Spesifik laktik asit bakteri suşları ile fermente edilen süt ürünlerinin tüketilmesiyle bağışıklığı artıran peptidlerin üretiminde artış olduğu ve bunlardan bazılarının antitümör etkinliğe sahip oldukları belirtilmiştir. Bağışıklık sisteminin uyarılmasıyla serumda IgA gibi antikorların artması virüs, Clostridium, E. coli gibi patojenlere karşı vücudun dirençliliğinin arttığı kaydedilmiştir. Metabolizmaya Yardımcı Olmaları Probiyotik bakteriler, gıdaların sindiriminde bağırsaklara yardımcı olurlar ve sağlıklı bir metabolik aktivitenin oluşmasını sağlarlar. Bu şekilde beslenmeye ve büyümeye yardım ederler. Bağırsaklarda selüloz ve diğer sindirilemeyen gıda bileşenlerini parçalayarak sindirim sistemine yardımcı olurlar. Bağırsak Doğal Florasının Korunması Probiyotik bakteriler; yeni doğanlarda, antibiyotik kullanımında veya günlük yaşamın getirdiği koşullara bağlı olarak bozulan bağırsak doğal florasının oluşmasına yardımcı olurlar. İstenmeyen bakterilerin, mayaların ve küflerin çoğalmasını kontrol altında tutarak bağırsak doğal florasının bozulmasını engellerler. Vitamin Üretimi Probiyotik bakteriler bağırsak florasında yeterli sayıda bulunduklarında, vitamin ve amino asit sentezledikleri belirtilmiştir. Bu bakterilerin ürettiği vitaminlerin en önemlileri, tiyamin (B1), riboflavin (B2), piridoksin (B6) ve naftokinin (K)’dır. Bir araştırmada, B. bifidum’un bağırsak florasında bulunduğunda, bağırsaklarda B6 vitaminin %400 artığı belirtilmiştir. Gıdalara Katılması Bifidobacterium gibi probiyotik bakteriler, bebek yiyecek ve içeceklerinde katkı olarak kullanılabilmektedir. Bu bakteriler yeni doğanlarda koruyucu antimikrobiyaller, vitaminler, asetik ve laktik asit üreterek enterik enfeksiyonlara karşı korunmalarına ve beslenmelerine yardımcı olurlar. Probiyotik bakteriler ishalin önlenmesinde, kemoterapik veya diğer amaçlar için gıdalara katılmaktadırlar. Özetle Probiyotiklerin Faydaları Yiyeceklerle alınan toksik (zehirli) maddelerin detoksifiye edilmesine (vücuttan atılmasına), kabızlık sorununun giderilmesine destek olurlar. Ağız kokusu sorununun giderilmesine yardımcı olurlar. İnce ve kalın bağırsaklardaki kötü ve zararlı bakterilerin yerine geçerek, onları kontrol altına alıp, bağışıklık sistemini güçlendirerek bir çok hastalığa karşı vücut direncinin artmasına katkıda bulunurlar. Antibiyotik ilaç kullanımı nedeniyle doğal florası bozulan bağırsakların dengesini düzeltmeye yardımcı olurlar. B grubu ve K vitamini üretimini ve emilimini sağlarlar. Kalsiyumun bağırsaklardan emilimini artırıp; kemik erimesini (osteoporoz) önlerler. Kötü bakterilerin neden olduğu enfeksiyonları yavaşlatırlar. Vajinal florayı dengede tutarak, vajinal enfeksiyonlara sebep olan patojen mikroorganizmaların (Candida) gelişimini baskılarlar. İdrar yolu enfeksiyonlarına ve seyahatlerde ishale sebep olan E. coli bakterisinin gelişimini engellemeye yardımcı olurlar. Alerji belirtisini azaltırlar. Zehirli maddelerin vücuttan atılmasına ve cildin görünümünün iyileşmesine yardımcı olurlar. Sindirim kanalında sağlıklı bir bakteri dengesi oluşturup, bazı gerekli enzimleri üreterek sindirime katkıda bulunurlar. Laktoz ve protein sindirimini kolaylaştırırlar. Probiyotik mikroorganizmalar ile ilgili bazı hususlar henüz aydınlatılabilmiş değildir. Örneğin; probiyotik mikroorganizmaların vücut içerisinde bir organdan başka bir organa geçişleri ile ilgili olarak herhangi bir belge yoktur. Ayrıca, gıdalarla alınan probiyotik bakteriler ile ilgili hiçbir enfeksiyon olgusu literatürde yer almayıp, sadece Sacchoromyces boulardii `ye ait enfeksiyonun raporlarda yer aldığı görülmektedir. Kaynaklar: 1- www.sutas.com.tr 2- forummate.com 3- www.gencbilim.com 4- H.M. Timmerman, C.J.M. Koning, L. Mulder, F.M. Rombouts, A.C. Beynen (2004). Monostrain, multistrain and multispecies probiotics- A comparison of functionality and efficacy, International Journal of Food Microbiology, 96, 219– 233 5- Robert Penner, Richard N Fedorak, Karen L Madsen (2005). Probiotics and nutraceuticals: non-medicinal treatments of gastrointestinal diseases, Current Opinion in Pharmacology, 5(6):596-603.

http://www.biyologlar.com/probiyotikler-hakkinda-bilgi

Closing the case on an ancient archeological mystery

Closing the case on an ancient archeological mystery

Climate change may be responsible for the abrupt collapse of civilization on the fringes of the Tibetan Plateau around 2000 B.C. WSU archaeologist Jade D'Alpoim Guedes and an international team of researchers found that cooling global temperatures at the end of the Holocene Climatic Optimum, a 4,000 year period of warm weather, would have made it impossible for ancient people on the Tibetan Plateau to cultivate millet, their primary food source. Guedes' team's research recently was published online in the Proceedings of the National Academy of Sciences. Her results provide the first convincing explanation for why the area's original inhabitants either left or so abruptly changed their lifestyles. They also help explain the success of farmers who practiced wheat and barley agriculture in the region 300 years later. Unlike millet, wheat and barley have high frost tolerance and a low heat requirement, making them ideally suited for the high altitudes and cold weather of eastern Tibet. Guedes argues this made the two crops an important facet of subsistence immediately after their introduction around 1700 B.C. "Wheat and barley came in at the opportune moment, right when millets were losing their ability to be grown on the Tibetan Plateau," Guedes said. "It was a really exciting pattern to notice. The introduction of wheat and barley really enabled Tibetan culture to take the form it has today, and their unique growth patterns may have played a crucial rule in the spread of these crops as staples across the vast region of East Asia." One offshoot of the research: The ancient millet seeds that fell out of cultivation on the Tibetan Plateau as the climate got colder might soon be useful again as the climate warms up. "Right now, these millets have almost become forgotten crops," Guedes said. "But due to their heat tolerance and high nutritional value, they may be once again be useful resources for a warmer future." An archaeological enigma At Ashaonao, Haimenkou, and other archeological sites in the Tibetan highlands, researchers for years had noticed a growing trend. An abundance of ancient wheat and barley seeds found at the sites suggested the crops rapidly replaced millet as the staple food source of the region during the second millennium BCE. The findings were puzzling considering that the scientific consensus of the time was the region's climate would have actually favored millet, due to its shorter growing season, over wheat or barley. The conundrum intrigued Guedes so she dove into the agronomy literature to investigate. She found agronomists tended to use a different measurement than archaeologists to determine whether crops can grow in cold, high altitude environments like the Tibetan Plateau. They used total growing degree days or the accumulated amount of heat plants need over their lifetime rather than the length of a growing season. "My colleagues and I created a new model based off what we found in the literature," Guedes said. "It revealed that global cooling would have made it impossible to grow millet in the Eastern Tibetan Highlands at this time but would have been amenable to growing wheat and barley. Our work turned over previous assumptions and explained why millet is no longer a staple crop in the area after 2000 BCE." Guedes' work points to climate cooling as the culprit behind the collapse of early civilization on the Tibetan Plateau. Ironically, the region is today one of the areas experiencing the most rapid climate warming on the planet. There are some areas in the southeastern plateau where temperatures are 6 degrees Celsius higher than they were 200 years ago. Rapid temperature increase is making it difficult for the region's inhabitants to raise and breed yaks, a staple form of subsistence in the central Asian highlands, and grow cold weather crops, once again endangering their survival. "So now we have a complete reversal and climate warming is having a big impact on the livelihood of smaller farmers on the Tibetan Plateau," Guedes said. Source: Washington State University

http://www.biyologlar.com/closing-the-case-on-an-ancient-archeological-mystery

Broad, MIT scientists overcome key CRISPR-Cas9 genome editing hurdle

Broad, MIT scientists overcome key CRISPR-Cas9 genome editing hurdle

Researchers at the Broad Institute of MIT and Harvard and the McGovern Institute for Brain Research at MIT have engineered changes to the revolutionary CRISPR-Cas9 genome editing system that significantly cut down on "off-target" editing errors. The refined technique addresses one of the major technical issues in the use of genome editing. The CRISPR-Cas9 system works by making a precisely targeted modification in a cell's DNA. The protein Cas9 alters the DNA at a location that is specified by a short RNA whose sequence matches that of the target site. While Cas9 is known to be highly efficient at cutting its target site, a major drawback of the system has been that, once inside a cell, it can bind to and cut additional sites that are not targeted. This has the potential to produce undesired edits that can alter gene expression or knock a gene out entirely, which might lead to the development of cancer or other problems. In a paper published today in Science, Feng Zhang and his colleagues report that changing three of the approximately 1,400 amino acids that make up the Cas9 enzyme from S. pyogenes dramatically reduced "off-target editing" to undetectable levels in the specific cases examined. Zhang and his colleagues used knowledge about the structure of the Cas9 protein to decrease off-target cutting. DNA, which is negatively charged, binds to a groove in the Cas9 protein that is positively charged. Knowing the structure, the scientists were able to predict that replacing some of the positively charged amino acids with neutral ones would decrease the binding of "off target" sequences much more than "on target" sequences. After experimenting with various possible changes, Zhang's team found that mutations in three amino acids dramatically reduced "off-target" cuts. For the guide RNAs tested, "off-target" cutting was so low as to be undetectable. The newly-engineered enzyme, which the team calls "enhanced" S. pyogenes Cas9, or eSpCas9, will be useful for genome editing applications that require a high level of specificity. The Zhang lab is immediately making the eSpCas9 enzyme available for researchers worldwide. The team believes the same charge-changing approach will work with other recently described RNA-guided DNA targeting enzymes, including Cpf1, C2C1, and C2C3, which Zhang and his collaborators reported on earlier this year. The prospect of rapid and efficient genome editing raises many ethical and societal concerns, says Zhang, who is speaking this morning at the International Summit on Gene Editing in Washington, DC. "Many of the safety concerns are related to off-target effects," he said. "We hope the development of eSpCas9 will help address some of those concerns, but we certainly don't see this as a magic bullet. The field is advancing at a rapid pace, and there is still a lot to learn before we can consider applying this technology for clinical use." Source: Broad Institute of MIT and Harvard http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/broad-mit-scientists-overcome-key-crispr-cas9-genome-editing-hurdle

Restoring vision with stem cells

Restoring vision with stem cells

Age-related macular degeneration (AMRD) could be treated by transplanting photoreceptors produced by the directed differentiation of stem cells, thanks to findings published today by Professor Gilbert Bernier of the University of Montreal and its affiliated Maisonneuve-Rosemont Hospital. ARMD is a common eye problem caused by the loss of cones. Bernier's team has developed a highly effective in vitro technique for producing light sensitive retina cells from human embryonic stem cells. "Our method has the capacity to differentiate 80% of the stem cells into pure cones," Professor Gilbert explained. "Within 45 days, the cones that we allowed to grow towards confluence spontaneously formed organised retinal tissue that was 150 microns thick. This has never been achieved before." In order to verify the technique, Bernier injected clusters of retinal cells into the eyes of healthy mice. The transplanted photoreceptors migrated naturally within the retina of their host. "Cone transplant represents a therapeutic solution for retinal pathologies caused by the degeneration of photoreceptor cells," Bernier explained. "To date, it has been difficult to obtain great quantities of human cones." His discovery offers a way to overcome this problem, offering hope that treatments may be developed for currently non-curable degenerative diseases, like Stargardt disease and ARMD. "Researchers have been trying to achieve this kind of trial for years," he said. "Thanks to our simple and effective approach, any laboratory in the world will now be able to create masses of photoreceptors. Even if there's a long way to go before launching clinical trials, this means, in theory, that will be eventually be able to treat countless patients." The findings are particularly significant in the light of improving life expectancies and the associated increase in cases of ARMD. ARMD is in fact the greatest cause of blindness amongst people over the age of 50 and affects millions of people worldwide. And as we age, it is more and more difficult to avoid - amongst people over 80, this accelerated aging of the retina affects nearly one in four. People with ARMD gradually lose their perception of colours and details to the point that they can no longer read, write, watch television or even recognize a face. ARMD is due to the degeneration of the macula, which is the central part of the retina that enables the majority of eyesight. This degeneration is caused by the destruction of the cones and cells in the retinal pigment epithelium (RPE), a tissue that is responsible for the reparation of the visual cells in the retina and for the elimination of cells that are too worn out. However, there is only so much reparation that can be done as we are born with a fixed number of cones. They therefore cannot naturally be replaced. Moreover, as we age, the RPE's maintenance is less and less effective - waste accumulates, forming deposits. "Differentiating RPE cells is quite easy. But in order to undertake a complete therapy, we need neuronal tissue that links all RPE cells to the cones. That is much more complex to develop," Bernier explains, noting nonetheless that he believes his research team is up to the challenge. Bernier has been interested in the genes that code and enable the induction of the retina during embryonic development since completing his PhD in Molecular Biology in 1997. "During my post-doc at the Max-Planck Institute in Germany, I developed the idea that there was a natural molecule that must exist and be capable of forcing embryonic stem cells into becoming cones," he said. Indeed, bioinformatic analysis led him to predict the existence of a mysterious protein: COCO, a "recombinational" human molecule that is normally expressed within photoreceptors during their development. In 2001, he launched his laboratory at Maisonneuve-Rosemont Hospital and immediately isolated the molecule. But it took several years of research to demystify the molecular pathways involved in the photoreceptors development mechanism. His latest research shows that in order to create cones, COCO can systematically block all the signalling pathways leading to the differentiation of the other retinal cells in the eye. It's by uncovering this molecular process that Bernier was able to produce photoreceptors. More specifically, he has produced S-cones, which are photoreceptor prototypes that are found in the most primitive organisms. Beyond the clinical applications, Professor Bernier's findings could enable the modelling of human retinal degenerative diseases through the use of induced pluripotent stem cells, offering the possibility of directly testing potential avenues for therapy on the patient's own tissues. Source: University of Montreal http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/restoring-vision-with-stem-cells

Brazilian beef industry moves to reduce its destruction of rain forests

Brazilian beef industry moves to reduce its destruction of rain forests

Expansion of cattle pastures has led to the destruction of huge swaths of rain forest in Brazil, home to the world's largest herd of commercial beef cattle. But a new study led by the University of Wisconsin-Madison's Holly Gibbs shows that market-driven "zero deforestation agreements" have dramatically influenced the behavior of ranchers and the slaughterhouses to which they sell. Publishing today [May 12, 2015] in the journal Conservation Letters, the research team - including other UW-Madison scientists, the National Wildlife Federation, and IMAZON Amazon Institute of People and the Environment -- is the first to evaluate the impacts of these agreements, which are aimed at curbing the destruction of rain forests in Brazil. The team found that these zero deforestation agreements prompted ranchers to swiftly register their properties in an environmental registry, led slaughterhouses to actively block purchases from ranches with recent deforestation, and saw lower deforestation rates among supplying ranches. "We show that concurrent public and private supply-chain pressures could be a game changer, and help to finally break the link between deforestation and beef production," says Gibbs, a professor of geography and environmental studies in the Nelson Institute for Environmental Studies Center for Sustainability and the Global Environment. However, the study also found that challenges remain to achieve zero-deforestation for beef production. Gibbs suggests that further investment by the beef industry and the Brazilian government to improve the agreements would pay high dividends for forest conservation. Historically, expansion of cattle pastures has driven deforestation in the Brazilian Amazon, where these pastures cover about two-thirds of all the deforested land. The state of Para, where the study was based, has the largest cattle herd in the Amazon biome. In 2009, under concurrent pressure from Greenpeace-Brazil and the federal prosecutor's office in Para, the region's largest slaughterhouse owners publicly committed to buy cattle only from those ranchers who ceased clearing rain forests and who registered their properties with Brazil's rural environmental registry. The three largest companies -- JBS, Marfrig, and Minerva -- also vowed to set up monitoring systems to track deforestation on their supplying properties. Gibbs and her team focused on JBS, the world's largest meatpacking company, and began by mapping the locations and land use histories of every cattle ranch that sold to JBS, before the agreements and after. They also interviewed ranchers to gain on-the-ground perspective about the changes they were or were not making following the agreements, and used rigorous statistical and spatial analysis to track changes in rancher and slaughterhouse behavior. They found the agreements rapidly incentivized the company's supplying ranchers to register their land, as mandated by a state law in 2006. Prior to the agreements, only 2 percent of JBS' suppliers had registered their properties. However, 60 percent were registered within the first five months of the zero-deforestation agreements and by 2013, nearly all suppliers were registered. In fact, JBS suppliers registered their properties two to three years sooner than neighboring properties that did not sell to JBS. Importantly, interviews with these suppliers revealed that 85 percent did so in order to continue selling to the company. Additionally, Gibbs' team found clear evidence that slaughterhouses actively blocked ranches with deforestation, in sharp contrast to their practices before the agreement. For instance, the study found that before 2009, nearly 4 in 10 of JBS's direct suppliers had recent deforestation and by 2013, this number dropped to fewer than 4 in 100. In response to these market signals, the supplying ranchers that sold to JBS after the agreements also dramatically reduced their deforestation overall and cleared only half as much rainforest as the properties JBS stopped buying from following the agreement. "Public enforcement of environmental laws is a formidable task in the Brazilian Amazon, which covers an area six times the size of Texas," says Gibbs. "But these market-based interventions are leading to rapid changes in the beef industry within a period of months, even in very remote areas." While these are important and encouraging results, Gibbs says much work remains to be done, since many ranchers are able to bypass the agreements. For example, the study found that slaughterhouses currently only monitor the fattening ranches from which they directly buy. "In Brazil, cows are moved around to multiple farms before they reach the final fattening farm that sells directly to the slaughterhouse," says Gibbs. Cattle can be calved, reared, and fattened on properties with illegal deforestation and then simply moved to another "clean" farm -- one without deforestation -- just prior to sale to JBS. Though the cattle may have spent a significant portion of their lives on farms with recent deforestation, the final ranch supplying JBS is still compliant with the agreements. This "laundering," Gibbs says, can be a shell game. Ranchers may also bypass the agreements by selling to one of the many slaughterhouses that do not monitor their supplying properties, presenting another challenge to reducing deforestation in the beef industry. Paulo Barreto, senior researcher at IMAZON and co-author of the paper, says the agreements need three developments to reach their full potential: First, they should involve all ranches in the cattle supply chain, including the ones specialized in calving and rearing. Second, the entire meatpacking industry should monitor its suppliers. Third, the government should increase the quality and transparency of public information used by private companies to enforce the agreements. Gibbs is encouraged by the findings and the potential for industry to help drive change through such market-driven agreements. She has observed what she calls "a gradual sea change," which has gained momentum over the last year or two. For instance, another research study she recently published in Science describes the impact of an agreement brought about with support from major retailers, like Walmart and McDonald's, to stop buying from producers in the Brazilian Amazon that clear tropical rain forest to grow soy. "Every few weeks we see a major global corporation come forward and commit to removing deforestation from their supply chain," says Gibbs. "These multinational companies have long profited from the exploitation of tropical forests, but they're now at the forefront of an environmental movement to reduce the deforestation caused by agricultural expansion." Source: University of Wisconsin-Madison http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/brazilian-beef-industry-moves-to-reduce-its-destruction-of-rain-forests

Türkiye'nin Önemli Doğal Yaşam Alanlar

Önemli Kuş Alanı - ÖKA nedir? Sağlıklı ve kapsamlı bir çevre koruma stratejisi; türlerin, alanların ve habitatların korunmasını ele alır. BirdLife International tarafından geliştirilmiş, uluslararası Önemli Kuş Alanları (ÖKA) yaklaşımı; kuş zenginliğinin, dolayısıyla biyolojik çeşitliliğin korunması açısından öncelik taşıyan bölgeler hakkında gerekli temel bilgileri sağlamak yoluyla, alanların korunmasını destekler. Kuşların yaşamları boyunca bulundukları alanların sayısı sonsuzdur. Dolayısıyla, tüm bu alanların etkli bir biçimde korunabilmesi olanaksızdır. ÖKA yaklaşımında, korunmaları ve iyi yönetilmeleri durumunda, kuşların ve biyolojik çeşitliliğin korunmasına en verimli katkıyı sağlayacak öncelikli alanlar belirlenir. Bu çalışmadaki bilgiler, Türkiye'nin Önemli Kuş Alanları (Yarar & Magnin, 1997) kitabından aktarılmıştır. Aynı konuda güncel çalışmalar, BirdLife International ve Doğa Derneği tarafından yürütülmektedir. Önemli Bitki Alanı - ÖBA nedir? İngiltere'de doğal bitki örtüsünün korunmasına yönelik çalışmalar yapan Plantlife, RSPB'nin (Kraliyet Kuşları Koruma Derneği) de desteğiyle, Avrupa çapında Önemli Bitki Alanları (ÖBA) ağının oluşturulması fikrini geliştirmiştir. Aynı zamanlarda Türkiye'de doğal bitki örtüsünün korunmasına yönelik çalışmalar yapan Doğal Hayatı Koruma Derneği (DHKD), Fauna ve Flora International (FFI) ve İ.Ü. Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Botanik Anabilim Dalı (ISTE) ülke çapında Önemli Bitki Alanları'nın belirlenmesi amacıyla işbirliği yapmaya karar vermiştir. Plantlife, Avrupa çapında ÖBA ağı oluşturma girişimini, 1995 yılında Fransa'nın Hyéres kentinde düzenlenen I. Planta Europa konferansında duyurmuştur. Bu konferans sırasında Türkiye'de başlanan ÖBA hazırlıkları, Avrupa'nın Önemli Bitki Alanları Projesi için pilot çalışma olarak sunulmuştur. Konferans sonunda, Avrupa çapında bir Planta Europa ağı oluşturulmasına, bu amaçla bir yürütme komitesi kurulmasına ve Planta Europa ağında yer alan ülkelerin ÖBA'larını belirlemelerine öncelik vermek için desteklenmesine karar verilmiştir. Planta Europa Yürütme Komitesi, ÖBA kavramını geliştirmek amacıyla çeşitli çalışma gupları oluşturmuştur. Bu bağlamda, Mayıs 1996'da Çek Cumhuriyeti'nde düzenlenen bir çalıştayda, ÖBA tanımı aşağıdaki gibi belirlenmiştir: Avrupa'da bir Önemli Bitki Alanı, botanik açısından olağanüstü zengin ve/veya nadir, tehlike altında ve/veya endemik bitki türlerinin çok zengin popülasyonlarını içeren ve/veya çok değerli bitki örtüsü barındıran doğal veya yarı doğal bir alandır. Bu çalışmadaki bilgiler, Türkiye'nin Önemli Bitki Alanları (Özhatay & Byfield & Atay, 2003) kitabından aktarılmıştır. Önemli Orman Alanı - ÖOA nedir? Sıcak Noktalar Doğa koruma konusunda çalışan kurumlar, örgütler ve uzmanlar, bazı alanların korunmasındaki önceliği tanımlarken sıcak nokta terimini kullanmaktadırlar. Doğa koruma çalışmalarında, bir alanın sıcak nokta olarak tanımlanmasında iki ölçüt temel alınır. Bu ölçütler, alanın doğa koruma açısından önemi ve karşı karşıya bulunduğu tehditlerin düzeyidir. Bir alanın doğa koruma açısından önemini ortaya koyan etkenler; Genetik, tür, habitat, ekosistem ve doğal süreç çeşitliliği; Barındırdığı endemik, nadir ve nesli tehlike altındaki türler; Yaşam alanlarının doğallığı ve bakirliği; Ormanların yaşlılık ve olgunluk düzeyi; Bunların dış etkilere karşı duyarlılığı; Bunları etkileyen çarpık gelişim, sürdürülebilir olmayan kaynak kullanımı ve kirlilik gibi tehditlerdir. Bu veriler ışığında, WWF, Avrupa'da bir an önce koruma altına alınması gereken alanları tespit etmiştir. Etkin bir koruma için gerekli kaynakların ve ulusal kapasitelerin sınırlılığı dikkate alınarak, bu alanlar arasında önceliklendirme yapılmış ve Avrupa ormanlarının 100 sıcak noktası belirlenmiştir. Söz konusu sıcak noktalar arasında Türkiye'nin de dokuz alanı bulunmaktadır. Bunlar; Küre Dağları, İstanbul Ormanları, İbradı-Akseki Ormanları, Karçal Dağları, Amanos Dağları, Baba Dağı, Yenice Ormanları, Datça v Bozburun Yarımadaları ve Fırtına Vadisi'dir. Bu sıralama, alanlar arasında bir derecelendirmeye dayanmayıp, yasal koruma statüsünü 1999 yılından sonra kazanmış olan birçok değerli alanı da içermemektedir. WWF-Türkiye, Türkiye'deki bu 9 sıcak noktanın korunması önerisini T.C. Çevre ve Orman Bakanlığı'na sundu. 9 sıcak noktanın 2005 yılına kadar koruma altına alınması düşüncesi Bakanlık tarafından da benimsendi. Bu girişim, WWF tarafından Türkiye'nin Dünyaya Armağanı olarak kabul edildi ve 2001 yılında dünya kamuoyuna duyuruldu. WWF-Türkiye, bu tarihten beri, Dünyaya Armağanlar projesi çerçevesinde, bu alanların korunması için Çevre ve Orman Bakanlığı ile işbirliği içinde çalışmalar yürütmektedir.

http://www.biyologlar.com/turkiyenin-onemli-dogal-yasam-alanlar

Bering Sea hotspot for corals and sponges

Bering Sea hotspot for corals and sponges

North of the Aleutian Islands, submarine canyons in the cold waters of the eastern Bering Sea contain a highly productive "green belt" that is home to deep-water corals as well as a plethora of fish and marine mammals. Situated along the continental slope, the area also supports a thriving -- but potentially environmentally damaging -- bottom-trawling fishing industry that uses large weighted nets dragged across the seafloor to scoop up everything in their path. A new study, conducted by research biologist Robert Miller of UC Santa Barbara's Marine Science Institute and colleagues from Greenpeace, combines a variety of data to identify coral and sponge habitats that may be threatened by bottom-trawling. Further, the investigators also used the results of their habitat models to evaluate how restrictions on bottom-contact fishing in Bering Sea canyons could impact the fishing industry. The results appear in the journal Global Ecology and Conservation. "There's a growing awareness of deep-water corals and their importance as fish habitat as well as their vulnerability to bottom trawling," said lead author Miller. "They take a long time -- tens to hundreds of years -- to recover from being destroyed by bottom trawlers, particularly the big specimens, which can be really old." The research model incorporated data from bycatch records, National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA) surveys and Greenpeace-led submersible expeditions as well as physical oceanographic data such as temperature, bottom slope and current speed to identify the best locations for coral and sponge habitat in the Bering Sea. They found that Pribilof Canyon -- an area larger than the Grand Canyon -- contains the area's densest populations of deep-sea corals and sponges. One of five major canyons carved into the Bering Sea slope, Pribilof contains more than 50 percent of the estimated high-quality deep-sea coral habitat and 45 percent of sponge habitat, despite making up less than 2 percent of the entire area covered by the study. The amount of quality coral and sponges varied in the other canyons, but overall they contained more than other parts of the continental slope. "In this study, we found Pribilof Canyon to be a hotspot for coral habitat in the Bering Sea," Miller said. "In a previous study, we showed that these corals seem to be important fish habitat. So if conserving essential fish habitat and corals is important to ocean managers, Pribilof Canyon would be a good area on which to focus their efforts. Equally important, our analysis also demonstrates that Pribilof Canyon could be conserved without disproportionately impacting the commercial fishing industry." Source: University of California - Santa Barbara http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/bering-sea-hotspot-for-corals-and-sponges

Lab experiments question popular measure of ancient ocean temperatures

Lab experiments question popular measure of ancient ocean temperatures

Understanding the planet's history is crucial if we are to predict its future. While some records are preserved in ice cores or tree rings, other records of the climate's ancient past are buried deep in the seafloor. An increasingly popular method to deduce historic sea surface temperatures uses sediment-entombed bodies of marine archaea, one of Earth's most ancient and resilient creatures, as a 150-million-year record of ocean temperatures. While other measures have gaps, this one is increasingly popular because it promises to fill in gaps to provide a near-global record of ocean temperatures going back to the age of the dinosaurs. But University of Washington research shows this measure has a major hitch: The single-celled organism's growth varies based on changes in ocean oxygen levels. Results published in August in the Proceedings of the National Academy of Sciences show that oxygen deprivation can alter the temperature calculations by as much as 21 degrees Celsius. "It turned out that oxygen has a huge, dramatic effect," said corresponding author Anitra Ingalls, a UW associate professor of oceanography. "It's a big problem." Recent research shows these archaea, which draw energy from mere whiffs of ammonia, make up about 20 percent of microbial life in the oceans. Their bodies are plentiful in the ocean floor. A method established in 2002 uses fats in the archaea's cell membrane to measure past ocean temperatures, including during a major warming event about 56 million years ago that is one of the best historical analogs for present-day climate change, and a sudden oceanic cooling of up to 11 degrees Celsius during a period of low ocean oxygen about 100 million years ago, when other records are scarce. Climate scientists found they could measure ocean temperature by looking at the change in the TEX-86 index, a temperature proxy named for the 86-carbon lipids in the cell membrane, which often tracks the surrounding water temperature. The method seems to work better in some samples than others, prompting Ingalls and her co-authors to wonder about its physiological basis. The newly published experiments tested that relationship and found an unexpectedly strong response to low oxygen. "Changing the oxygen gives us as much as 21 degree Celsius shift in the reading," said first author Wei Qin, a UW doctoral student in civil and environmental engineering. "That's solid evidence that it's not just a temperature index." This means the TEX-86 measurements are inaccurate in parts of the ocean that may have experienced oxygen changes at the same time -- for example, in low-oxygen zones or during major extinction events. This is exactly when the archaea are a popular index since other life forms, whose shells can provide a chemical signature for their growth temperatures, are absent. It's not known exactly why the archaea shift their lipid membranes. They may adapt to a temperature change by making their membrane tighter or less brittle in the new environment, Ingalls said. Low oxygen is another big environmental stressor. "The envelope that encloses the cell is sort of the gatekeeper, and when stress is encountered of any kind, that membrane needs to adjust," Ingalls said. The new study is the first to actually look at how these archaea grow in different temperatures. These archaea are famously hardy -- it's the same group that lives in Yellowstone hot springs -- but they have stymied attempts to grow them in captivity. Qin was first author of a 2014 study that was the first to grow and compare individual strains of the marine Thaumarchaeota archaea under different conditions. He used samples from Puget Sound, a Seattle beach and a tropical-water tank at the Seattle Aquarium to show that related strains occupy a wide range of ecological niches. In the new paper, he shows that the membrane lipids of different strains can have different temperature dependences. Some of them are a straight line, meaning they would be a good indication of past temperature, but others are not. He also did experiments in which he changed the oxygen concentration of the air above the culture flasks. Results show that as the oxygen level drops, the TEX-86 measures rise dramatically, with reading spanning 15 to 36 degrees C even though all samples were grown at 26 C. "This index provides an amazing historical record, but it's very important how you understand it," Qin said. "Otherwise it could be misleading." Knowing that oxygen affects the membrane structure can help improve interpretation of the TEX-86 record. Researchers can disregard samples from low-oxygen water to improve the accuracy of the technique, which as it is used now has error bars of about 2 degrees C. "Plus or minus 2 degrees is not very good when you think about the sensitivity of the climate system," Ingalls said. "This gives us a new way of thinking about the data." Next, the UW team hopes to do more experiments to learn how other factors, like nutrient levels and pH, affect these archaea's metabolisms. "We think there's reason to believe that there's all kinds of things that could affect the membrane lipid composition, not just temperature," Ingalls said. Source: University of Washington http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/lab-experiments-question-popular-measure-of-ancient-ocean-temperatures

Discovery of an embryonic switch for cancer stem cell generation

Discovery of an embryonic switch for cancer stem cell generation

An international team of scientists, headed by researchers at UC San Diego School of Medicine and UC San Diego Moores Cancer Center, report that decreases in a specific group of proteins trigger changes in the cancer microenvironment that accelerate growth and development of therapy-resistant cancer stem cells (CSCs). The discovery suggests the basis for a potential new therapeutic approach to eradicate blood cancers, which affect more than 1.1 million Americans. In fact, researchers found that in cell and mouse models, a treatment that employed a targeted monoclonal antibody effectively impaired the ability of CSCs to regenerate and made them easier to eradicate with existing enzyme-targeted (tyrosine kinase inhibitor) therapies. The findings are published in the November 30 online issue of Proceedings of the National Academy of Sciences. "This is the first description of cancer stem cell generation through decreased expression of a transcriptional repressor of an embryonic pattern of alternative splicing that enhances stem cell self-renewal and survival," said senior author Catriona Jamieson, MD, PhD, associate professor of medicine, chief of the Division of Regenerative Medicine and director of Stem Cell Research at Moores Cancer Center. "Rather than acquiring multiple DNA mutations, as was previously thought, cancer stem cells in chronic myeloid leukemia (CML) switch to embryonic RNA splicing, which enhances their capacity to self-renew or clone themselves," said Jamieson. "If we can detect and turn off embryonic splicing, we may be able to prevent cancer stem cells from propagating themselves. Also, if we target embryonic versions of proteins that are re-expressed by cancer, like CD44 variant 3, with specific antibodies together with tyrosine kinase inhibitors, we may be able to circumvent cancer relapse - a leading cause of cancer-related mortality." Jamieson and colleagues showed that downregulation of Muscleblind-like 3 (MBNL3) RNA binding proteins resulted in re-expression of a human embryonic stem cell-specific alternative splicing gene regulatory network - a mechanism that controls embryonic stem cell pluripotency and fate. One effect was reprogramming of progenitor cells into CSCs in blast crisis CML. Blast crisis occurs when there is 20 percent or more leukemia stem cells in the blood or bone marrow. It is the most advanced stage of leukemia. The researchers found, however, that treatment with a humanized pan-CD44 monoclonal antibody and a targeted tyrosine kinase antagonist disrupted development of CSCs in their protected microenvironment, forcing them to enter the blood stream where dasatinib - a tyrosine kinase inhibitor - could effectively target them. Source: University of California - San Diego http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/discovery-of-an-embryonic-switch-for-cancer-stem-cell-generation

Forensic botany uses plant DNA to trace crimes

Forensic botany uses plant DNA to trace crimes

Sam Houston State University is advancing the field of forensic botany with the publication of two recent studies that use marijuana DNA to link drug supplies and pollen DNA to aid in forensic investigations. In an article published in the International Journal of Legal Medicine, faculty and students from the Department of Forensic Science report that they developed a test to individualize samples of marijuana that could be used to link drugs across cases. The study examined 11 cases containing a total of 199 samples from U.S. Customs and Border Protection, which included four matching genotypes indicating drugs came from the same source. "The use of a DNA-based method for identification will allow federal law enforcement agencies (e.g., U.S. Customs and Border Protection (CBP) and Drug Enforcement Administration (DEA)) to form links between cases involving the cross-border trafficking of Cannabis," said Dr. David Gangitano, one of the authors on the study. In a second article published in Science and Justice, researchers found that pine pollen could provide a viable source of DNA for criminal investigations. Pine pollen remains viable for DNA testing for at least two weeks on cotton clothing and can help link a suspect or victim to a location. The study examined a new collection device, a high-throughput method for DNA extraction and amplification, and a newly-developed system for genotyping. "This study has shown that pollen can be a stable source of forensic DNA evidence, as a proof-of-principle, and that may persist on cotton clothing for at least 14 days of wear," said Dr. Gangitano. "This method can be applied in forensic cases where pollen grains larger than 10 μm (e.g., from herbs or trees) may be transferred to clothing (worn by suspect or victim) by primary contact." "Evaluation of a 13-loci STR multiplex system for Cannabis sativa genetic identification," by Rachel Houston, Matthew Birck, Sheree Hughes-Stamm and David Gangitano, is available at http://link.springer.com/article/10.1007/s00414-015-1296-x. "Identification and persistence of Pinus pollen DNA on cotton fabrics: A forensic application," by Cassandra Schield, Cassandra Campelli, Jennifer Sycalik, Christopher Randle, Sheree Hughes-Stamm, and David Gangitano is available at http://www.scienceandjusticejournal.com/article/S1355-0306(15)00139-2/fulltext. In addition to published research, Dr. Gangitano recently was invited as a key speaker to participate in the inaugural meeting of the First International Congress of Forensic Botany in Chile. He collaborated with the Investigative Police from the Republic of Chile on several cases involving plant evidence. In 2014, a Chilean forensic scientist was invited to Sam Houston State University to learn about molecular identification of a single grain of pollen. Dr. Gangitano also consulted on a double homicide case involving a few grains of potato pollen found on the suspect and a high profile case of an American student in Chile where the critical evidence involved an oak leaf. Source: Sam Houston State University http://www.biologynews.net

http://www.biyologlar.com/forensic-botany-uses-plant-dna-to-trace-crimes

12th INTER<b class=red>NATIONAL</b> CONGRESS ON THE ZOOGEOGRAPHY AND ECOLOGY OF GREECE AND ADJACENT REGIONS (12. Uluslararası Zoocoğrafya ve Ekoloji Kongresi )

12th INTERNATIONAL CONGRESS ON THE ZOOGEOGRAPHY AND ECOLOGY OF GREECE AND ADJACENT REGIONS (12. Uluslararası Zoocoğrafya ve Ekoloji Kongresi )

Dear Colleagues, It is a great honour for the Organizing Committee, to invite any professional or student who shares our mutual interest in Zoology to the 12th International Congress on the Zoogeography and Ecology of Greece and Adjacent Regions to be held in Athens, Greece, from June 18 to 22, 2012. The congress' scope includes all issues related to the animal systematics, ecology, phylogeny, phylogeography, and population genetics in Southeastern Europe and the eastern Mediterranean region. Research concerning all aspects of animal biodiversity (terrestrial, subterranean, freshwater and marine) within a geographical region that includes the Balkan and Italian peninsulas, Asia Minor and Anatolia, as well as the Near East and the Mediterranean coasts of north-eastern Africa are welcome. The official language of the 12th ICZEGAR will be English. Experience gained from the 11 previous successful congresses of this series during the last 33 years has shown that the meeting can become an important forum for contact and information exchange between scientists working on a wide range of subjects at a region with very high biodiversity. Participants will have the opportunity to discuss and collaborate on many basic and applied research subjects, such as conservation biology, biogeography, fisheries, population ecology, phylogenetics etc. Please visit regularly the web-site for updated information on all issues related to the congress. Communication via e-mail is strongly encouraged. We would like to express our special interest to welcome all of you in Athens. Sincerely, The Organizing Committee January 1, 2012: Beginning of registration and submission of abstracts and fees.March 15, 2012: Deadline for submission of abstracts.March 30, 2012: Deadline for acceptance of abstracts.April 15, 2012: Deadline for money transfers.April 15, 2012: Deadline for early registration.April 15, 2012: Deadline for notification of the day and time of presentations.May 15, 2012: Deadline for cancellation of fees.June 18, 2012: Beginning of Congress.On behalf of the organizing committee, we would like to thank you in advance for your in timely register, because what is important, is assembling the programme of our congress.Congress scheduleJune 18 – 22, 201212th ICZEGAR congress. Welcome reception and registration on Monday, June 18 from 15:00 to 20:30. The congress finishes on Friday, June 22. Contact ICZEGAR 12Section of Zoology-Marine BiologyDept. of BiologyUniv. of AthensPanepistimioupoliGR-157 84 AthensGreeceTel: +302107274372Fax: +302107274604e-mail: 12iczegar@gmail.com Organizing committees Local Organizing CommitteeMembersDr. Ioannis Anastasiou - Section of Zoology-Marine Biology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: ianastasiou@biol.uoa.gr) Christos Georgiadis - Section of Zoology-Marine Biology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: cgeorgia@biol.uoa.gr) Prof. Anastasios Legakis – Zoological Museum, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: alegakis@biol.uoa.gr) Prof. Panagiotis Pafilis - Section of Zoology-Marine Biology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: ppafilis@biol.uoa.gr) Dr. Aris Parmakelis - Section of Ecology & Taxonomy, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: aparmakel@biol.uoa.gr) Prof. Rosa Polymeni – Section of Zoology-Marine Biology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: rpolyme@biol.uoa.gr) Kostas Sagonas – Section of Animal and Human Physiology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: costas.sagonas@gmail.com) Prof. Maria Thessalou-Legaki - Section of Zoology-Marine Biology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: mthessal@biol.uoa.gr) Dr. Dimitris Tsaparis - Section of Zoology-Marine Biology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: tsaparis@biol.uoa.gr) Treasurer Dr. Dimitris Tsaparis - Section of Zoology-Marine Biology, Dept. of Biology, Univ. of Athens (e-mail: tsaparis@biol.uoa.gr) OFFICIAL WEB SITE  http://www.zoologiki.gr/12iczegar/welcome.php

http://www.biyologlar.com/12th-international-congress-on-the-zoogeography-and-ecology-of-greece-and-adjacent-regions-12-uluslararasi-zoocografya-ve-ekoloji-kongresi-

New GTEx findings show how DNA differences influence gene activity, disease susceptibility

New GTEx findings show how DNA differences influence gene activity, disease susceptibility

Researchers funded by the National Institutes of Health Genotype-Tissue Expression (GTEx) project have created a new and much-anticipated data resource to help establish how differences in an individual's genomic make-up can affect gene activity and contribute to disease. The new resource will enable scientists to examine the underlying genomics of many different human tissues and cells at the same time, and promises to open new avenues to the study and understanding of human biology. GTEx investigators reported initial findings from a two-year pilot study in several papers appearing online May 7, 2015, in Science and other journals. These efforts provide new insights into how genomic variants - inherited spelling differences in the DNA code - control how, when and how much genes are turned on and off in different tissues, and can predispose people to diseases such as cancer, heart disease and diabetes. "GTEx was designed to sample as many tissues as possible from a large number of individuals in order to understand the causal effects of genes and variants, and which tissues contribute to predisposition to disease," said Emmanouil Dermitzakis, Ph.D., professor of genetics at the University of Geneva Faculty of Medicine, Switzerland, and a corresponding author on the main Science paper. "The number of tissues examined in GTEx provides an unprecedented depth of genomic variation. It gives us unique insights into how people differ in gene expression in tissues and organs." NIH launched the GTEx Project in 2010 to create a data resource and tissue bank for scientists to study how genomic variants may affect gene activity and disease susceptibility. Investigators are collecting more than 30 tissue types from autopsy and organ donations in addition to tissue transplant programs. The DNA and RNA from those samples are then analyzed using cutting-edge genomic methods. The project will eventually include tissue samples from about 900 deceased donors. GTEx is supported by the NIH Common Fund and administered by the National Human Genome Research Institute (NHGRI), the National Institute of Mental Health (NIMH) and the National Cancer Institute (NCI), all part of NIH. "GTEx will be a great resource for understanding human biological function, and will have many practical applications in areas such as drug development," said NHGRI Program Director Simona Volpi, Pharm.D., Ph.D. "Scientists studying asthma or kidney cancer, for example, will be interested in understanding how specific variants influence the biological function of the lung, kidney and other organs." "Projects supported by the Common Fund aim to advance multiple areas of biomedical research," said James M. Anderson, M.D., Ph.D., director of the NIH Division of Program Coordination, Planning, and Strategic Initiatives, which houses the Common Fund. "The unprecedented breadth of GTEx donors and tissue types establishes a resource that scientists studying areas ranging from blood pressure to neurodegenerative disease would find invaluable." In the main Science paper, researchers analyzed the gene activity readouts of more than 1,600 tissue samples collected from 175 individuals and 43 different tissues types. One way that researchers evaluate gene activity is to measure RNA, which is the readout from the genome's DNA instructions. Investigators focused much of their analyses on samples from the nine most available tissue types: fat, heart, lung, skeletal muscle, skin, thyroid, blood, and tibial artery and nerve. The genomic blueprint of every cell is the same, but what makes a kidney cell different from a liver cell is the set of genes that are turned on (expressed) and off over time and the level at which those genes are expressed. GTEx investigators used a methodology - expression quantitative trait locus (eQTL) analysis - to gauge how variants affect gene expression activity. An eQTL is an association between a variant at a specific genomic location and the level of activity of a gene in a particular tissue. One of the goals of GTEx is to identify eQTLs for all genes and assess whether or not their effects are shared among multiple tissues. Investigators discovered a set of variants with common activity among the different tissue types. In fact, about half of the eQTLs for protein-coding genes were active in all nine tissues. They identified approximately 900 to 2,200 eQTL genes - genes linked to nearby genomic variants - for each of the nine tissues studied, and 6,486 eQTL genes across all the tissues. "We didn't know how specific this regulation would be in different tissues," said co-corresponding author Kristin Ardlie, Ph.D., who directs the GTEx Laboratory Data Analysis and Coordination Center at the Broad Institute of MIT and Harvard in Cambridge, Massachusetts. "The analysis showed a large number of variants whose effects are common across tissues, and at the same time, there are subsets of variants whose effects are tissue-specific." Comparing tissue-specific eQTLs with genetic disease associations might help provide insights into which tissues are the most relevant to a disease. The researchers also found a great deal of eQTL sharing among tissues, which can help explain how genomic variants affect the different tissues in which they are active. Even when active in multiple tissues, the same variant can sometimes have a different effect in different tissues. GTEx researchers found, for example, that a variant that affects the activity of two genes associated with blood pressure had a stronger effect on gene expression relevant to blood pressure in the tibial artery - even though there was greater overall gene activity in other tissues. They also noted that the same gene activity profiles characterizing tissues from living donors were seen in the GTEx samples from deceased donors. Two companion studies in Science used GTEx data to examine other aspects of gene activity in different tissues. One study characterized the effects of protein-truncating variants (PTVs) on gene activity. PTVs shorten the protein-coding sequence of genes, and affect their function. Some rare PTVs can lead to diseases, such as Duchenne muscular dystrophy. Each person's genome carries about 100 PTVs, though most have little or no effect (and in some cases can even protect against disease). Manuel Rivas, a Ph.D. candidate at the University of Oxford, and his colleagues used GTEx data and information from a large European project to examine the gene readouts from more than 600 individuals. The team found PTVs that affect protein production either through the degradation of gene transcripts or by disrupting a process called splicing. In both cases, the researchers were able to use the GTEx data to measure these effects across individuals and tissue types. The group is now developing better methods for predicting the impact of PTVs identified in patients with diseases. In another companion study in Science, Roderic Guigo, Ph.D., coordinator for the Bioinformatics and Genomics Program at the Centre for Genomic Regulation in Barcelona, Spain, and his colleagues examined patterns in gene readouts across nearly 1,500 GTEx tissue samples. The researchers found that gene activity differed substantially more across tissues than across individuals. Investigators discovered just under 2,000 genes that vary with age, including genes related to neurodegenerative diseases such as Parkinson's disease and Alzheimer's disease. They also found more than 750 genes with differences in activity between men and women. Some genes are related to diseases with differences in prevalence between men and women, including five related to heart disease. Source: NIH/National Human Genome Research Institute

http://www.biyologlar.com/new-gtex-findings-show-how-dna-differences-influence-gene-activity-disease-susceptibility

1st Annual World Congress of BioD 2012

1st Annual World Congress of BioD 2012

Dear Friends and Colleagues, BIT Congress Inc. is proud to present BIT’s 1st Annual World Congress of BioD 2012. With the theme of Today Eco-civilization, Tomorrow Happiness the conference will be held during April 25-28, 2012 in Xi’an, China. This event will continue to offer professionals in the field a multidisciplinary informative platform. BioDiversity as the measure or degree of ecosystems determines species on earth. The topic of BioDiversity has been accepted as an important global issue, and the precarious balance are affected by various complicated aspects. The BioD 2012 is bringing together scientists, industrial leaders and decision makers from all over the world in a great range of subjects through cluster conferences, expositions, excellent lectures, tech tours and training programs. On behalf of the organizing committee of BioD-2012, I would firstly welcome all participants for your passionate involvements to the annual event. Secondly, I appreciate so much to all our scientific advisors, session organizers, supporters and hardworking organizing committee members for their enormous efforts to bring this grand program together. We look forward to having you to be part of the must-attend event in 2012. Sincerely Yours, Hosting OrganizationInformation Research Center of International Talent, China State Administration of Foreign Experts Affairs, ChinaChina Council for the Promotion of International Trade Xi'an Sub-Council Operating OrganizationForeign Experts Databank of SAFEA-Dalian Biotechnological and Medical Experts Subdivision BIT Congress Inc. Executive ChairDr. Xiaodan Mei, President of BIT Conferences, China Advisory Board Members Dr. Neelam C. Poudyal, Assistant Professor, University of Georgia, USADr. Harpinder S.Sandhu, Research Scientist, Agricultural Landscapes, CSIRO Sustainable Ecosystems, AustraliaDr. Sarah Brunel, Scientific officer, Energy Policy and Planning Office, FranceDr. Stephen Hall , Professor, Department of Biological Sciences, University of Lincoln, UKDr. John Didhton, Professor, Director, Rutgers University, USADr. Adrian Delnevo, Advisor, Dutch Caribbean Nature Alliance, USADr. Caroline A.Sullivan, Associate Professor, School of Environmental Science and Management, Southern Cross University, AustraliaDr. Wouter Los, Professor and Driector, Faculty of Science, Institute for Systematics and Population Biology, University of Amsterdam, NetherlandsDr. Jian Wang, Professor, Queensland Herbarium, Department of Environment and Resource Management, AustraliaDr. Clive. A. McAlpine, Professor, School of Geography Planning and Environmental Management, The University of Queensland, AustraliaDr. Samuel A. Cushman, Research Landscape Ecologist, Rocky Mountain Research Station, US Forest Service, USADr. Yong Wang, Professor, Alabama A&M University, USADr. Anna Traveset, Professor, Spanish Research Council, SpainDr. Norbert Dankers, Senior Scientist, IMARES, NetherlandsDr. Kate S. He, Associate Professor, Department of Biological Sciences, Murray State University, USADr. A. M. Prins, President, Global Dairy Farmers, Netherlands Local Committee Members Ms. Nina Xia, Mr. Leo Wang, Ms. Vivian Ding, Ms. April Pang, Ms. Francis Wang, Ms. Evelyn Zhou, Mr. Charlie Zhou Contact Us For Speech OpportunityMs. Nina Xia (in charge of Symposium 1 and 2) Organizing Commission of BioD-2012 East Wing, 11F, Dalian Ascendas IT ParkNo. 1 Hui Xian Yuan, Dalian Hi-tech Industrial ZoneLN 116025, P.R.ChinaTel: 0086-411-84799609-820Email: nina@bitlifesciences.com Ms. Zara Liang (in charge of Symposium 3,4,5,6 and 7) Organizing Commission of BioD-2012 East Wing, 11F, Dalian Ascendas IT ParkNo. 1 Hui Xian Yuan, Dalian Hi-tech Industrial ZoneLN 116025, P.R.ChinaTel: 0086-411-84799609-820Email: zara@bitlifesciences.com  For Business DevelopmentMs. Francis WangBIT Congress Inc.East Wing, 11F, Dalian Ascendas IT ParkNo. 1 Hui Xian Yuan, Dalian Hi-tech Industrial ZoneLN 116025, P.R.ChinaTel: 0086-411-84799609-811Fax: 0086-411-84796897Email: francis@bitlifesciences.com  For Cooperation, Sponsorship, Exhibition,Media Sponsorship ,and Media Partnership  Mr. Louis LuBIT Congress Inc.East Wing, 11F, Dalian Ascendas IT ParkNo. 1 Hui Xian Yuan, Dalian Hi-tech Industrial ZoneLN 116025, P.R.ChinaTel: 0086-411-84799609-827Fax: 0086-411-84795469Email: louis@bitlifesciences.com Ms. Evelyn Sigrid Joo BIT Congress Inc. East Wing, 11F, Dalian Ascendas IT ParkNo. 1 Hui Xian Yuan, Dalian Hi-tech Industrial ZoneLN 116025, P.R.ChinaTel: 0086-411-84799609-827 Fax: 0086-411-84795469 Email: evelyn@bitlifesciences.com OFFICIAL WEB SITE; http://www.bitlifesciences.com/biod2012/default.asp

http://www.biyologlar.com/1st-annual-world-congress-of-biod-2012

 
3WTURK CMS v6.03WTURK CMS v6.0