Biyolojiye gercekci yaklasimin tek adresi.

Arama Sonuçları..

Toplam 378 kayıt bulundu.
Amerikalı Bilim Adamları, İnsanlarda Kalıcı Gen Düzenlenmesini Destekliyor

Amerikalı Bilim Adamları, İnsanlarda Kalıcı Gen Düzenlenmesini Destekliyor

Tartışmalı bir adımla, ABD'li üst düzey bilimsel bir komite, sonraki nesiller tarafından miras alınacak olan insan embriyosuna yapılacak genetik değişimleri içeren en tartışmalı genom düzenleme biçimlerinden birine yeşil ışık yaktı.

http://www.biyologlar.com/amerikali-bilim-adamlari-insanlarda-kalici-gen-duzenlenmesini-destekliyor

Histolojide Kullanılan Özel Yöntemler

Freeze-Fracture-Etch(Dondurup Kırma ve Asitle Eritme)Hücre zarının ve hücrelerarası bağlantıların incelenmesinde kullanılan bir yöntemdir. Esası sıvı nitrojen gibi bir ortamda dokuyu kristalleşme olmadan çabucak dondurduktan sonra vakum altında kırmaktır. Bu kırılma esnasında iki lipid tabakalı hücre membranı ortasındaki hidrofobik yüzlerinden ayrılır. Daha sonra hücre yüzeyleri ince bir metal tabakası ile kaplanır.Organik kısımlar bir asit ile eritilip alınır. Geriye hücrenin yüzey özelliklerini ortaya koyan metal bir kalıbı kalır. Bu da elektron mikroskopta incelenerek hem hücrenin dış yüzeyi hem de protoplazmaya bakan iç yüzeyi üzerinde inceleme olanağı sağlar.4.2. Differential Centrifugation (Ayırıcı Santrifüjleme)Yüksek devirli santrifüj kullanarak hücre elemanlarını grup grup ayırmak prensibine dayanır.Bunun için organ ya da doku parçaları bir homojenizatör içinde ezilip parçalanır. Bu işlem esnasında hücreler parçalanarak organeller ve diğer sitoplazmik içerikleri sıvı içine geçer.Daha sonra değişik hız ve sürede santrifüj edilerek dipte oluşan çökeltiden değişik hücre elemanları elde edilir. En düşük devirde ilk olarak hücrelerin çekirdekleri çöker. Her defasında dipteki sediment alınarak değişik hız ve sürelerin sonunda sırasıyla, mitokondri ve lizozomlar,  sonra mikrozomlar, daha sonra endoplazmik retikulum ve en son olarak ribozomlar elde edilir. Böylece değişik hücre elemanlarının histolojik, biyokimyasal, fizyolojik çalışmaları yapılabilir.

http://www.biyologlar.com/histolojide-kullanilan-ozel-yontemler-1

CANLILAR NASIL OLUŞTU VE GELİŞTİ

Yakın geçmişteki atalarımız acaba nasıl bir canlıydı?Daha önce neydik? Oksijenli ortamdaki yaşam nasıl bir canlıyla başladı? Bilim çevrelerinde, insanların ve hayvanların atasının, bir barsak paraziti (giardia)ne benzer bir canlıdan türediği görüşü ağırlıkta. Dünya var olduğundan beri üzerinde milyarlarca canlı, yaşam sürdü. Bu gün de en az 30 milyon tür yaşamını sürdürüyor. Elbette tüm canlıları birer birer sayma ve sınıflandırma olanağı yok. 18. yüzyılda Linnaeus, 10 000 canlıyı sınıflayabilmişti. Daha sonraları canlıların nasıl sınıflandırılacağı konusu gündeme geldi. Bir yol, organizmaları gözle görülebilir özelliklerine göre sınıflamaktı( Taksonomi). Darwin' le birlikte bu bakış açısı değişti. Canlılar soy ağaçlarına göre sınıflandırılmaya başlandı. Bu sınıflandırma, evrimsel ortaya çıkışın izini sürer. Güneş Sistemi' nin yaşi yaklaşik 4.5 milyar yil. İlk canlıların oksijensiz ortamda, 4.5 milyar yıl önce türediklerini biliyoruz. O zamanlarda atmosfer, büyük oranda azot ve daha az oranlarda karbon dioksit, metan, amonyak gazlarıyla ve az miktarda su buharından oluşmuştu. Oksijen yoktu. Ozon da yoktu. Ozon tabakası olmayınca Güneş' ten gelen morötesi ışınlar, yeryüzünü tüm şiddetiyle bombalıyordu. Bu morötesi ışınlar, yüksek enerjili ışınlardı. Moleküllerin Yaşam Savaşi Morötesi ışınlar, bol miktarda çakan şimşek ve yıldırımlar, milyonlarca yıl boyunca, mevcut basit molekülleri parçaladı. Parça birimler, birleşerek yeni moleküller oluşturdu. Bazı moleküller, başka moleküllerin oluşmasını kolaylaştırdı. Böylesi maddelere katalizör diyoruz. Bazı moleküller, kendinin aynısı olan moleküllerin oluşmasını da kolaylaştırır ( kendi kendinin katalizörü, otokatalizör). " Bugün artık kopyalama (çoğalma) işleminde belli protein ve enzimler aracı oluyor. İkinci olarak, "kendinin tıpkısı" bir molekül yaratmak, özelliklerini "yeni kuşak" moleküle aktarmak demek oluyor ki, bu da "kalıtım" mekanizmasının müjdecisidir. Kopyalama işlemi sırasında arada bir hatalar oluyordu. Yeni yaratılan moleküllerin büyük bölümü, bu hatadan ötürü bulundukları ortama uyamıyor, hemen parçalanıyordu; ya da ortama uysa bile çoğalabilme özlelliğini kaybediyor ve çoğalamıyordu. Ancak, çok nadiren de olsa, bazı hatalı moleküller hem ortama uyabiliyor hem de çoğalma yeteneğini kaybetmiyordu. Ortalığı dolduran bu değişik moleküller yeni bir tür oluşturuyorlardı. Bu da canlıların çeşitliliğini sağlayan" mütayon" mkanizmasının başlangıcını oluşturdu." Bu değişik moleküller, canlı çeşitliliğinin başlangıcıydı. Bazı moleküller sıcağa, yüksek enerjiye dayanıklıydı; onlar "hayatta" kalıyordu. Bunlar diğerlerinin dayanamayacağı ortamlarda çoğalabiliyordu. Kimileri sıcaktan parçalanıyor ve "ölüyor" du.(Prof. Dr. Orhan Kural, Bilim ve Teknik 343. sayı) Sudan Doğan Yaşam Moleküllerin yaşam savaşi suda, deniz ve göllerde kök salmişti. Suyun dişindaki moleküller, morötesi işinlarin bombardimaniyla paramparça oluyordu. Su ise bu işinlarinin bombardiman ateşini kesiyordu. Denizlere ve göllere siginmiş moleküller, uzaylilarin saldirisina ugramiş dünyalilar gibi adeta bir siginaktaydilar. Su, sicakligi sabit bir ortamdi; ayrica moleküllere hareket ve yaşama olanagi taniyan iyi bir akişkandi."Yaşayan" moleküller, giderek daha karmaşik yapilar geliştirdi. teel yapilari, " çift sarmal" olarak bildigimiz DNA idi. Bu moleküller, çevrelerine bir zarf yaparak kendilerini diş etkilerden bir ölçüde korumayi başardilar ve böylece ilk bakteriler oluştu. Bu noktaya gelme, yaklaşik yarim milyar yil aldi. Bakteriyi Küçümsemeyelim! Bakteriler bir anlamda en ilkel canlılar. Ama bakterileri küçümsemeyelim. " Biz, her zamanki insan merkezli bakışımızla "en başarılı yaratık insandır" der ve bunu hiç sorgumlamayız. Oysa ki, bizim türümüz olan homo sapiens sapiens' in bilemediniz en fazla 100 bin yıllık bir geçmişi var, geleceği de pek parlak görünmüyor. Bakteriler 3.5 milyar yıldır var, heryere yayıldılar, değil insan, başka hiçbir canlının yaşayamayacağı koşullar altında dahi yaşamaya uyum sağladılar ve insanlar yok olduktan sonra da, hiçbir şey olmamışçasına varlıklarını sürdürecekleri kesin. Üstelik bakterilerin olmadığı bir dünyada başka hayatın olması da pek düşünülemez. şimdi siz söyleyin, gerçek başarı kiminki? Bir süre sonra bazı bakteriler, işbirliğine giderek yeteneklerinde özdeşleştiler, bu küçük bakteriler toplumu da ilk hücrelerei yarattı. Bu hücrelerin bazıları çoğalma sırasında bölünürken birbirinden ayrılmadılar ve zamanla çok hücreli organizmalar oluştu. Bu da yaklaşık olarak 3 milyar yıl önce oldu....." "Derken, yaklaşik 2 milyar yil önce, doga en büyük keşfini yapti: Cinsiyet.... O zamana kadar, bakteriler ve hücreler tek başlarina bölünerek çogaliyorlardi. Bölünme sirasinda kendileri ile ilgili yapisal ve davranişsal her türlü bilgiyi (yani genetik kodu) taşiyan DNA' lar kopyalaniyor ve iki yeni varlik arasinda paylaşiliyordu. Bu temel işlem, hiç degişmemişti..... Derken, bazi hücreler çogalirken kendi DNA' larina bir başka hücrenin DNA' larini katarak genetik kodlari kariştirmayi keşfettiler. Sonuçta her iki hücreden farkli bir hücre meydana geliyordu. Birden bire, mütasyon çok büyük bir hiz kazandi ve çeşitlilikte bir patlama oldu. Bunun önemi şöyle anlaşilabilir: Ilk 2 milyar yilda evrim, ancak bazi basit organizmalar yaratabildi. Cinsiyetin keşfinden sonraki 2 milyar yilda ise bugün çeremizde gördügümüz bu inanilmaz çeşitliligi yaratti." Kendini, Türünü Koru ve Çoğal "Bu sıralarda orada bulunnsaydınız, deniz ve göllerin içindeki bakterileri, tek ve çok hücreli canlıları görebilseydiniz aklınıza gelecek cümlecik mutlaka şu olurdu: " Bir faaliyet, bir faaliyet...!" Gerçekten de bu canlı-ların adeta oraya buraya koştuklarını, hızla çoğaldiklarını, bazılarının diğerlerini yediğini, bazılarının ise ortaklıklar kurup bir takım üstünlükler sağladıklarını görecektiniz. Bütün bunlar taa başından beri süregelen 1 numaralı genitik emrin uygulanmaları idi : "Kendini, türünü koru ve çoğal ". Bunu yerine getirmek için bütün türler kendilerine uygun taktik ve stratejiler geliştiriyor, bunlardan en başarılı olanların sahipleri ortama egemen oluyor, diğerleri yok oluyordu. Bu amansız mücadele hiç dinmeden bugüne kadar geldi. Cinsiyetin keşfinden 500-600 milyon yil sonra önemli bir adim daha atildi. Bazi bakteriler atik olarak oksijen üretmeye başladilar. Başlangiçta, varolan canlilar için bir zehir olan bu yeni gazi kullanarak enerji üretmeyeyi ögrenen canililar büyük üstünlük sagladilar, çünkü yeni enerji üretim mekanizmasi eskiye göre çok daha verimli idi." ( Bilim ve Teknik,TÜBITAK, 343. sayi s: 29 ; Prof. Dr. Orhan Kural) “Atmosferdeki oksijen miktarının ancak % 1' e ulaşması yaklaşık 2 milyar yıl önce gerçekleşmiştir." Bugünkü yaşamın sürdüğü ortamın büyük bir kısmı oksijenli kara ortamı olduğu, ve insanoğlu da bu ortamın bir üyesi olduğu için, oksijensiz yaşamın önemi gözden kaçabilir. Oysa oksijensiz ortamın canlıları, yakından tanıdığımız gelişmiş, çok hücreli canlıları incelerken değerli açılımlar sunabilir. 3-4 milyar yıl öncesinin oksijensiz ortam canlılarının yaşadığı ortamda ancak iz miktarda oksijen vardı. Canlıların evriminde oksijenin rol oynamaya başlamasından çok önce, 500 milyon yıl boyunca, oksijensiz ortam canlılarının hükümranlığı sürmüştü. Bu sürecin ortalarında bir yerde, Güneş enerjisini kullanarak fotosentez yapan bir prokaryot türü; siyanobakteriler türemişti.... Büyük olasılıkla, bugün soluduğumuz oksijen moleküllerinin bir kısmı da, yaklaşık 2 milyar yıl önce, siyanobakterilerce üretilmiştir." Atmosferdeki oksijen miktarı arttıkça oksijene bağımlı bakteriler türedi. Bunlar, hücre zarı, hücre çekirdeği, bağımsız organeller gibi öğelerle donatılmış canlı türleriydi. Oksijen enerji metebolizmasında olağanüstü bir verimlilik artışı sağlamıştı. Öte yandan oksijenin zehir (toksik) özlelliğini gidermek için canlılar enzim (biyolojik katalizör) üretmeliydi Ayrıca oksijene dayanmayan fotosentez sistemlerinin, oksijen kullanan sistemlerden mekanik bakımdan çok daha basit oluşu, oksijenli fotosentezin evrim tarihinin ileri bir aşamasında ortaya çıktığını gösteriyor." Zamanla atmosferde çoğalan oksijen, ozon tabakasını yarattı, bu da morötesi ışınları önemli ölçüde kestiği için artık canlıların sudan çıkmalarına engel kalmadı. Sonuçta karalar, hızla artan bir bitki ve hayvan çeşitliliği ile doldu. Bitkiler oksijeni üretiyor, hayvanlar tüketiyor, hayvanlar karbon dioksit üretiyor, bitkiler tüketiyordu. Bitkiler enerjilerini Güneş' ten alıyor, hayvanların bazıları bitkilerin bu hazır enerjilerini, onları yiyerek alıyor, bazıları ise daha yoğun bir enerji almak için diğer hayvanları yiyorlardı.Daha sonra da ölen hayvanlar, yapı maddelerini, çürüyen vücutları ile toprağa geri veriyor, bu da bitkiler tarafından alınıyor, çıkar zinciri tamamlanıyordu. Herkes gül gibi geçiniyordu. Bu, o kadar iyi işleyen bir mekanizma idi ki günümze kadar değişmeden geldi. Bütün bu gelişmeler sırasında, her adımda genetik bilgilere sürekli yenileri ekleniyordu. Genellikle eski bilgiler kalıyor, yeni edinilenler ekleniyordu. Buna örnek olarak, virüslerin (yalnızca bir parazit olarak yaşayabilen en basit canlıdır) genetik kodunda yaklaşık 10 bin "bit" vardır (Buradaki "bit", parazit değil, "bilgi taneciği" diye tanımlanabilecek olan bilgi ölçüsü). Bir bakterininkinde 1 milyon, bir amibinkinde 400 milyon ve bir insanınkinde yaklaşık 5 milyar bit vardı. Hemen gözünüze çarpmıştır, bir amip ile bir insan arasında genetik bilgi olarak yalnızca 10 kadar bir katsayı var, bu çok aşağılayıcı değil mi? Değil aslında, o fazla bitlerin bir kısmı çok önemli bir gelişme için kullanılmış: Bir yazılım üretme ve depolama organı, yani beyni geliştirmeye." (Orhan Kural, Bilim ve Teknik 343. sayı) Fotosentez, yalnız oksijenle olmaz. Örneğin, elektron vericisi olarak su yerine hidrojen sülfürü kullanan fotosentez sistemleri, atık olarak oksijen yerine kükürt salar. Oksijensiz ortamın canlıları bu yolla yakıt olarak yalnız Güneş enerjisini kullanabilir. Tek hücreli bu ilk hayvanlar, giderek oksijen kullanmaya başladı. Organizmaların, oksijenli yaşama görece hızlı bir biçimde uyum sağladıkları düşünülüyor. Bu kurama göre, organizmalar oksijenle beslenen küçük organizmaları bünyelerine almıştı. Bu küçük organizmaların mitokondri organelinin atası olduğu düşünülüyor. Mitokondri, hem kendisi, hem de konakladığı hücre için oksijeni ATP enerjisine dönüştürüyordu. Buna karşılık büyük hücre de mitokondri için protein sentezliyordu. Günümüz hücrelerindeki mitokondri organeli, işte bu bakteri benzeri atadan türemiştir. mitokondriye bitki ve hayvan hücrelerinde, ayrıca bitkilerin kloroplastlarında rastlanır. Mitokondri, kendi DNA sına sahiptir ve hücre bölünürken bağımsız biçimde kendi kendini kopyalayabilir. Elde edilebilen en eski mitokondrili fosil 850 milyon yıl öncesine ait. ( Bilim ve Teknik 332. sayı, Özgür Kurtuluş)

http://www.biyologlar.com/canlilar-nasil-olustu-ve-gelisti

HİSTOLOJİDE KULLANILAN ÖZEL YÖNTEMLER

1.Freeze-Fracture-Etch (Dondurup Kırma ve Asitle Eritme) Hücre zarının ve hücrelerarası bağlantıların incelenmesinde kullanılan bir yöntemdir. Esası sıvı nitrojen gibi bir ortamda dokuyu kristalleşme olmadan çabucak dondurduktan sonra vakum altında kırmaktır. Bu kırılma esnasında iki lipid tabakalı hücre membranı ortasındaki hidrofobik yüzlerinden ayrılır. Daha sonra hücre yüzeyleri ince bir metal tabakası ile kaplanır. Organik kısımlar bir asit ile eritilip alınır. Geriye hücrenin yüzey özelliklerini ortaya koyan metal bir kalıbı kalır. Bu da elektron mikroskopta incelenerek hem hücrenin dış yüzeyi hem de protoplazmaya bakan iç yüzeyi üzerinde inceleme olanağı sağlar. 2. Differential Centrifugation (Ayırıcı Santrifüjleme) Yüksek devirli santrifüj kullanarak hücre elemanlarını grup grup ayırmak prensibine dayanır. Bunun için organ ya da doku parçaları bir homojenizatör içinde ezilip parçalanır. Bu işlem esnasında hücreler parçalanarak organeller ve diğer sitoplazmik içerikleri sıvı içine geçer. Daha sonra değişik hız ve sürede santrifüj edilerek dipte oluşan çökeltiden değişik hücre elemanları elde edilir. En düşük devirde ilk olarak hücrelerin çekirdekleri çöker. Her defasında dipteki sediment alınarak değişik hız ve sürelerin sonunda sırasıyla, mitokondri ve lizozomlar, sonra mikrozomlar, daha sonra endoplazmik retikulum ve en son olarak ribozomlar elde edilir. Böylece değişik hücre elemanlarının histolojik, biyokimyasal, fizyolojik çalışmaları yapılabilir.

http://www.biyologlar.com/histolojide-kullanilan-ozel-yontemler

GENETİK KOPYALAMA

İşçilerin tulumları beyazdı; ellerinde soğuk, kadavra rengi kauçuk eldivenler vardı. Işık donuktu, ölüydü: Bir hayalet sanki!.. Yalnız mikroskopların sarı borularından zengin ve canlı bir öz akıyor, bir baştan bir başa uzanan çalışma masalarının üzerinde tatlı çizgiler yaratarak, parlatılmış tüpler boyunca tereyağ gibi yayılıyordu. "Bu da" dedi Müdür kapıyı açarak, "döllenme odası işte..." Doğal olarak, ilkin döllenmenin cerrahlığa dayanan başlangıcından söz etti, derken "Toplum uğruna seve seve katlanılan bir ameliyattır bu" dedi, "altı maaşlık ikramiyesi de caba... Bir yumurta bir oğulcuk, bir ergin; bu normal... Oysa, Bokanovskilenmiş bir yumurta tomurcuk açar, ürer bölünür. Eş ikizler yalnız insanların doğurduğu o eski zamanlardaki gibi yumurtanın bazen rastlantıyla bölünmesinden oluşan ikiz, üçüz parçaları değil, düzinelerle yirmişer, yirmişer." Müdür "yirmişer" diyerek sanki büyük bir bağışta bulunuyormuş gibi kollarını iki yana açtı; "yirmisi birden!.." Ama öğrencilerden biri bunun yararının ne olduğunu sormak gibi bir sersemlikte bulundu. "İlahi yavrucuğum!" Müdür olduğu yerde ona dönüvermişti. "Görmüyor musun? Görmüyor musun, kuzum?" Bir elini kaldırdı; heybetli bir duruşa geçmişti. "Bokanovski süreci toplumsal dengenin en başta gelen araçlarından biridir! Milyonlarca eş ikiz; toptan üretim ilkesinin sonunda biyolojiye uygulanmış olması..." YUKARIDAKİ PARÇA, Aldous Huxley’in 1930’larda yazdığı, geçtiğimiz ay bilim gündemini birdenbire fetheden "koyun kopyalama" deneyine değinen haberlerde sıkça gönderme yapılan, Brave New World (Cesur Yeni Dünya) romanının girişinden kısaltılarak alınmış bir bölüm. Huxley, olumsuz bir ütopya (distopya) niteliği taşıyan romanında, Alfa, Beta, Gama, Delta ve Epsilon adlarıyla, kendi içinde genetik özdeşlerden oluşan beş farklı sınıfa bölünmüş bir toplum tablosu çiziyor. Özdeş vatandaşların üretildiği bu hayali "Bokanovski Süreci", çağdaş anlamıyla klonlama (veya genetik kopyalama) olmasa da, sürecin yolaçtığı etik (ahlaki) ve toplumbilimsel kaygılar, sekiz ay önce İskoçya’da gerçekleştirilen ve geçtiğimiz ay kamuoyuna duyurulan gelişmelerin doğurduklarına denk düşüyor. Şimdi herkesin tartıştığı, son gelişmelerin insanlık için daha insanca bir dönemin mi yoksa, hızla gerçeğe dönüşen korkunç bir distopyanın mı kapısını araladığı. Şubat ayının 22’sinden itibaren, İskoçya’nın Edinburg kentinde, biyoteknoloji alanında tuhaf bir gelişme kaydedildiği, "Dünyanın sonu", "Frankenstein" gibi ifadeleri de içeren dedikodularla birlikte etrafta konu olmaya başladı. Bilim çevreleri de basın da şaşkındı, çünkü, seçkin yazarların ve bazı bilim adamlarının birkaç gündür zaten haberdar oldukları ve konuyu "patlatmayı" bekledikleri bu gelişme, bir biçimde basına sızmış, dilden dile dolaşmaya başlamıştı bile. Normalde pek de ciddiye alınmayacak böyle bir "dedikodunun" bu denli yayılabilmesi, işin içine çeşitli dallarda makalelere yer veren saygın bilimsel dergi Nature’ın adının karışmasıyla olmuştu. Gerçekten de Nature, dedikodu niteliğini fersah fersah aşan bir bilimsel gelişmeyle ilgili bir makaleyi 27 Şubat’ta yayınlayacağını bilim yazarlarına duyurmuş ve bu tarihe kadar "ambargolu" olan bir basın bülteni dağıtmıştı. Batı ülkelerinde yazarlar normal olarak bu ambargolara uyar, hazırladıkları yazıları, ambargonun bittiği tarihte, aynı anda yayına verirler. Ancak, aralarında ünlü The Observer’ın da bulunduğu bazı dergi ve gazeteler ambargoyu çoktan delmiş, konuyu kamuoyuna duyurmuştu bile. Haberin, kaynağı olan Nature ve ambargoya saygı gösteren çoğu nitelikli dergi ve gazetede yer almaması da, dedikodu trafiğini artırmış, ortaya atılan spekülasyonlarla beklenenden fazla ilgi toplanabilmişti. Hatta, Mart ayının başlarında, koyun klonlama haberinin yarattığı ilgi ortamını değerlendirmek isteyen bazı haberciler, aynı yöntemle Oregon Primat Araştırmaları Merkezi’nde maymunların klonlandığını öne sürdüler. Oysa, Oregon’da gerçekleştirilen, embriyo hücrelerinin oldukça sıradan bir yöntemle çoğaltılmasıyla yapılmış bir deneydi. Klonlama, yetişkin bir canlıdan alınan herhangi bir somatik (bedene ait) hücrenin kullanılmasıyla canlının genetik ikizinin yaratılmasını açıklamakta. Kavramsal temelleri çoktandır hazır olan bu işlemin uygulamada gerçekleştirilemeyeceği düşünülüyordu. Edinburg’daki Roslin Enstitüsünden Dr. Wilmut ve ekibi bunu başarmış gibi görünüyor. "Ben bu filmi daha önce seyretmiştim!" diyenleri rahatlatmak için hemen belirtelim ki, aynı ekip 1995 yılında embriyo hücrelerini kullanarak yine ikiz koyunlar üretmiş ve bunu duyuran makaleyi yine Nature dergisinde yayımlatmıştı. Bu deney de basına yansımış, ancak, son gelişmeler kadar yankı uyandırmamıştı. Ne de olsa bu yöntem, döllenmiş yumurtanın kazayla bölünüp tek yumurta ikizlerine yol açtığı bildik süreçlerden farksızdı. Sıklıkla unutulduğu için tekrarlamakta yarar var ki, Wilmut’un son başarısının önemi, işe somatik bir hücrenin çekirdeğiyle başlamasında yatıyor. Bu başarının ortaklarını anarken PPL Tıbbi Araştırmalar şirketini de atlamamak gerek. Borsalarda tırmanışa geçen hisseleriyle gelişmenin meyvelerini şimdiden yemeye başlayan PPL, projenin hem amaçlarını belirleyerek hem de maddi olanakları yaratarak kuzu Dolly’nin varlığının temel sebebi olmuş. Dr. Wilmut’un gerçekleştirdiği başarı şöyle özetlenebilir: Yetişkin bir koyundan alınan somatik bir hücrenin çekirdeğini dahice bir yöntemle, başka bir koyuna ait, çekirdeği alınmış bir yumurtaya yerleştirmek ve bilinen "tüp bebek" yöntemiyle yeni bir koyuna yaşam vermek. Adını, ünlü şarkıcı Dolly Parton’dan alan kuzu Dolly, isim annesinin değilse de, DNA annesinin genetik ikizi. Dolly, sevimli görünüşüyle kamuoyunun sempatisini kazanmış ve tüm bu süreç ilginç bir bilimsel oyun olarak sunulmuşsa da gerçekte deney oldukça iyi belirlenmiş bilimsel ve maddi hedefleri olan, soğukkanlı bir süreç. Zaten Dolly’nin araştırmacılar arasındaki adı da en az varlığı kadar "soğukkanlıca" seçilmiş: 6LL3... PPL’in idari sorumlusu Dr. Ron James, şirket sırlarını kaybetme kaygısıyla maddi hedeflerini pek açığa vurmamakla birlikte, hemofili hastaları için koyunlara insan kanı pıhtılaşma faktörü ürettirmeyi de içeren pek çok önemli ticari hedefin ipuçlarını veriyor. PPL ve Roslin Enstitüsü’nün çalışmaları, geçmişi çok eskilere dayanan ve önemli gelişmelerin kaydedildiği bir alan olan transjenik (gen aktarılmasıyla ilgili) araştırmaların bir üst aşamaya, nükleer transfer (çekirdek aktarılması) evresine doğru ilerletilmesinden başka birşey değil. Yıllardır başarıyla sürdürülen transjenik çalışmalarda tek boynuzlu keçi, üç bacaklı tavuk gibi görünüşte çarpıcı, yararı kısıtlı çalışmaların yanı sıra, insan proteinlerinin hayvanlara ürettirilmesi gibi, modern tıp için çığır açıcı sayılabilecek başarılar kaydedildi. Son gelişmelere imzasını atan ekip, daha önce insan bünyesince üretilen molekülleri gen transferi yöntemiyle bir koyuna ürettirmeyi başarmıştı. Söz konusu deneyde gerek duyulan moleküllerin koyunun tüm hücrelerinde değil, sadece süt bezlerinde sentezlenmesinin sağlanması, koyunun "ilaç fabrikası" olarak değerlendirilmesini beraberinde getiriyordu. Dolly başarısının en önemli potansiyel yararı da bununla ilgili zaten. Gen transferi yöntemiyle, istediğiniz maddeyi sentezleyebilen bir canlıya sahip olduğunuzda, madde verimini artırmak üzere aynı süreci zaman ve para harcayarak yinelemeye çabalamak yerine elinizdeki canlının genetik ikizlerini yaratabilirseniz, ticari değer arz edebilecek miktarda ilaç hammaddesi üretimine geçebilirsiniz. Elinizde birkaç on tane genetik özdeş canlı biriktikten sonra, bu küçük sürüyü doğal yollardan üremeye bırakacak olursanız, hem "yatırımınız" kendi kendine büyüyecek, hem de genetik çeşitlilik yeniden oluşmaya başlayacağından, tek bir virüs tipinin tüm "fabrikayı" yok etmesinin önünü alacaksınız demektir. Biraz Ayrıntı İskoç ekibin gerçekleştirdiği klonlama deneyinin, dünyanın pek çok bölgesine dağılmış sayısız standart biyoteknoloji laboratuvarında "kolayca" gerçekleştirilebileceği söyleniyor. Yine de uygulanan yöntem, günlük gazetelerdeki basit şemalarda anlatıldığı kadar kolay ve hemen tekrarlanabilir türden değil. İskoç ekibin başarısı ve önceki sayısız benzeri çalışmanın başarısızlığı, Wilmut’un, verici koyundan alınan hücre çekirdeğiyle, kullanılan embriyonik hücrenin "frekanslarını" çok hassas biçimde çakıştırabilmesine dayanıyor. Bu yöntemle araştırmacılar, yetişkin çekirdeğin genetik saatini sıfırlamayı, tüm gelişim sürecini başa almayı becerebilmişler. Yöntemin ayrıntılarına girmeden önce bazı temel kavramlara açıklık getirmekte yarar var. Çoğu memeli canlı gibi insan bedeni de milyarlarca hücreden oluşuyor. Bu hücrelerin milyonlarcası her saniye bölünmeyi sürdürerek beden gelişimini devam ettiriyor ve yıpranmış hücreleri yeniliyor. Bu hücrelerin önemli kısmı bedenimizin belli başlı bölümlerini oluşturan "somatik hücreler." Tek istisna, üreme hücreleri. Eşeyli üreme, gametlerin (sperm ve yumurta) ortaya çıktığı "mayoz bölünme"yle başlıyor. Cinsel birleşme sonucunda, spermin yumurtayı döllemesiyle de yeni bir canlının ilk hücresi "zigot" oluşuyor. Bu noktadan sonra gelişmeye dönük hücre bölünmeleri, "mayoz" değil, "mitoz" yoluyla ilerliyor. Koyun ve insan hücrelerinin de dahil olduğu ökaryotik yani, çekirdeği olan hücreler, farklı gelişim evreleri içeren bir yaşam döngüsü geçiriyorlar. Bu döngüyü, hücrenin görece durağan olduğu "interfaz" ve belirgin biçimde bölünmenin gerçekleştiği mitoz evrelerine ayırmak mümkün. Hücre, yaşam döngüsünün yüzde doksan kadarını interfaz evresinde geçiriyor. Aslında, bu duraklama evresi göründüğü kadar sakin değil; hücre, tüm bileşenlerini DNA’yı sona bırakacak biçimde çoğaltarak, bölünmeye hazırlanıyor. Alt evreleri son derece iç içe girmiş olan interfaz evresini işlevsellik açısından G1, S ve G2 alt evrelerine ayırmak yerleşmiş bir gelenek. Yani, hücrenin yaşam döngüsü bu üç evre ve M (mitoz)’dan oluşuyor. G1 evresi, DNA dışındaki bileşenlerin çoğaldığı bir dinlenme dönemi. S, DNA’nın bölünmesiyle sonuçlanan bir geçiş evresi. G2 ise, iç gelişmenin tamamlanıp, hücrenin mitoz yoluyla bölünmeye hazırlandığı süreci içeriyor. Hücrelerin hangi evreyi ne kadar sürede tamamlayacakları bir biçimde programlanmış durumda. Belli bir organizmanın tüm hücreleri bu evreleri aynı sürede tamamlıyorlar. Yine de, ani çevresel koşul değişiklikleri hücreleri G1 evresinde kıstırabiliyor; sözgelimi, besleyici maddelerin miktarı birdenbire minimum düzeye düştüğünde. G1 evresinin belli bir aşamasında, öncesinde bu duraklamaya izin verilen sabit bir kritik noktası var. Bu kritik nokta aşılırsa, çevresel koşullar ne yönde olursa olsun, DNA replikasyonunun önü alınamıyor. İleride göreceğimiz gibi, bu noktanın denetim altında tutulabilmesi, Wilmut ve ekibinin başarılı bir klonlama gerçekleştirebilmelerinin altın anahtarı olmuştur. Bu noktada bir parantez açarak G1, S, G2 ve M evrelerinin denetim altına alınmasının, hücrenin yaşam döngüsünü olduğu kadar, hücrenin özelleşmesini, sözgelimi beyinden veya kas hücrelerinden hangisine dönüşeceğini de kontrol altına alabilmeyi, bir başka deyişle, hücrenin genetik saatini sıfırlamayı sağladığını ekleyelim. Wilmut ve ekibi Dolly’i klonlayıncaya kadar bu sürecin tersinmez olduğu, söz gelimi, bir defa kas hücresi olmaya karar vermiş bir hücrenin yeniden programlanamayacağı zannediliyordu. Peki Wilmut bunu nasıl başardı? Soruyu tersinden cevaplayacak olursak, diğerlerinin bunu başaramamalarının nedeninin, kullandıkları somatik hücrelerin çekirdeklerini S veya G2 evrelerindeki konakçı hücrelere yerleştirmeleri olduğunu söyleyebiliriz. Eski kuramsal bilgilere göre bu yöntemin işe yaraması gerekiyordu, çünkü çekirdeğin mitoza yaklaşmış olması avantaj olarak görülüyordu. Ancak bu denemelerde, işler bir türlü yolunda gitmedi. Kaynaştırmadan sonra, hücre fazladan bir parça daha mitoz geçiriyor ve yararsız, kopuk kromozom parçaları meydana geliyordu. Bu "korsan" genler, gelişimin normal seyrini sürdürmesi için ciddi bir engel oluşturuyordu. Dersini çok iyi çalışmış olan Wilmut, bu olumsuz deneyleri değerlendirerek hücreyi G1 evresinin kritik noktadan önceki duraksama döneminde, "G0 evresinde" kıstırmaya karar verdi. Verici koyundan alınan meme dokusu hücrelerini kültür ortamında gelişmeye bırakan Wilmut, hücrelerin geçirdiği evreleri sıkı gözetim altında tutarak bir hücreyi G0 evresinde kıstırıp bu haliyle durağanlığa bırakmayı başarmıştı. Bunun için, hücrenin besin ortamını neredeyse öldürme sınırına kadar geriletmiş, tüm süreci dondurarak bir anlamda genetik saati de sıfırlayabilmişti. Üstelik bu evre, kaynaştırılacağı yumurta hücresinin mayoz gelişim sırasında girdiği, bu işlem için en uygun olan metafaz-II evresiyle de mükemmel bir uyum içindeydi. İşlemin diğer kısımları yemek tariflerinde olduğu kadar sıradan ve kolay uygulanabilir nitelikte. G0 evresindeki çekirdek metafaz-II evresindeki yumurtayla kaynaştırılıp, normal besin koşulları ve hafif bir elektrik şoku etkisiyle olağan çoğalma sürecine yeniden sokulduğunda, her şey tüp bebek olarak bilinen, in vitro fertilizasyon sürecindeki işleyişe uygun hale geliyor. Zigot, anne koyunun rahmine yerleştiriliyor ve gerekli hormonlarla normal hamilelik süreci başlatılıyor. Wilmut ve ekibinin gerçekleştirdikleri hakkında bilinenler, yukarıda kaba hatlarıyla anlatılanlarla sınırlı. Sürecin duyurulmayan kritik bir evresi varsa, bu ticari bir sır olarak kalacağa benziyor. Ancak, herkesin olup bitenler hakkında aynı bilgilere sahip olması, deneyin başarısı konusunda kimsenin şüphe duymamasını gerektirmiyor. 277 denemeden sadece birinin başarılı olması başta olmak üzere, çoğu uzmanın takıldığı pek çok soru işareti var. Herşeyin ötesinde, herhangi bir olgunun bilimsel gelişme olarak kabul edilmesi için, sürecin yinelenebilirliğinin gösterilmesi gerekiyor. Bir embriyolog, Jonathan Slack, çok daha temel şüpheleri öne sürüyor: "Araştırmacılar, yumurta hücresindeki DNA’ları tümüyle temizleyememiş olabilirler. Dolayısıyla Dolly, sıradan bir koyun olabilir." Slack, alınan meme hücresinin henüz tamamen özelleşmemiş olabileceğini, böyle vakalara meme hücrelerinde, bedenin diğer kısımlarına göre daha sık rastlanılabildiğini de ekliyor. Zaten Wilmut da, bedenin diğer kısımlarından alınan hücrelerin aynı sonucu verebileceğinden bizzat şüpheli. Örneğin, büyük olasılıkla kas veya beyin hücrelerinin asla bu amaçla kullanılamayacaklarını belirtiyor. Üstüne üstlük, koyun bu deneylerde kullanılabilecek canlılar arasında biraz "ayrıcalıklı" bir örnek. Koyun embriyolarında hücresel özelleşme süreci zigot ancak 8-16 hücreye bölündükten sonra başlıyor. Geleneksel laboratuvar canlısı farelerde ise aynı süreç ilk bölünmeden itibaren gözlenebiliyor. İnsanlarda ise ikinci bölünmeden itibaren... Bu durum, aynı deneyin fare ve insanlarda asla başarılı olamaması olasılığını beraberinde getiriyor. Dile getirilen açık noktalardan biri de, hücrelerde DNA barındıran tek organelin çekirdek olmayışı. Kendi DNA’sına sahip organellerden mitokondrinin özellikle önem taşıdığı savlanıyor. Memeli hayvanlarda mitokondriyal DNA, embriyo gelişimi sırasında sadece anneden alınıyor. Her yumurta hücresi, farklı tipte DNA’lara sahip yüzlerce mitokondriyle donatılmış. Bu mitokondriler zigotun bölünmesinin ileri evrelerinde, embriyo hücrelerine dengeli bir biçimde dağılıyor; ancak, canlının daha ileri gelişim evrelerinde, bu denge belli tipteki DNA’lara doğru kayabiliyor. Parkinson, Alzheimer gibi hastalıkların temelinde bu mitokondriyal DNA kayması sürecinin etkileri var. Bu yüzden kimileri, sağlıklı bir kuzu olarak doğan Dolly’nin, zigot gelişimine müdahele edilmiş olması yüzünden sağlıksız bir koyun olarak yaşlanabileceğini öne sürüyorlar. Şimdilik Dolly’nin tek sağlıksız yönü, basına teşhir edilirken sabit tutulması amacıyla fazla beslenmesi yüzünden ortaya çıkan tombulluğu. Klonlamalı mı? Klonlamanın özellikle de insan klonlama konusunun etik boyutu kamuoyunca, günlük yaşamda kültürün, temel bilimsel birikimin, tarih, siyaset ve toplumbilimin en yaygın ve temel kavramlarıyla tartışılabilir nitelik kazanmıştır. Nükleer enerji kullanımı, hormon destekli tarım, ozon tabakasına zarar veren gazların üretimi gibi, farklı toplum kesimlerince kolayca anlaşılabilir ve tartışılabilir kabul edilen klonlama, şimdiden kamuoyunun gündeminde yerini aldı. Kamuoyunun, bilimsel ve teknolojik gelişmelerin uygulanıp uygulanmaması konusunda birtakım ahlaki gerekçelerle ne şekilde ve ne ölçüde yaptırım uygulayabileceği tartışmalı olsa da, şu anda kamuoyunun isteksizliği klonlama çalışmalarının daha ileri aşamalara taşınmasına en güçlü engel olarak gösteriliyor. Oysa, "tüp bebek" diye bilinen in vitro fertilizasyonun, başlangıçtaki şiddetli tepkilerden sonra kolayca kabullenilmesi, işin içine "çocuk sahibi olma isteği ve hakkı" karıştığı durumlarda (aynı argüman klonlama konusunda da sıkça kullanılıyor) toplumun ne kadar kolay ikna olabileceğinin bir göstergesi. Bilimkurgu romanları ve filmlerinde kaba hatlarıyla çokça tartışılmış olan klonlama konusunda halihazırda belli belirsiz bir kamuoyu "oluşturulmuş" durumda. Şu anda sürmekte olan tartışmaların bilinen yanlışlara yeniden düşmemesi için birkaç temel olguya açıklık getirmek gerekiyor. Olası yanılgıların en sık rastlananı, klonlanmış bir canlının, (tartışmalara sıkça insan da dahil ediliyor) genin alındığı canlının fizyolojik özellikleri bir yana, kişilik özellikleri bakımından özdeşi olacağı kanısı. Kazanılmış özelliklerin kalıtsal yolla taşınabileceği yanılgısı, Philosophie Zooloique (Zoolojinin Felsefesi) adlı ünlü yapıtı 1809 yılında yayınlanmış olan, Fransız zoolog Jean Baptiste Lamarck’a dayanıyor. Lamarck’ın görüşlerinin takipçileri, insanların gözlemlenebilir kişilik özelliklerinin önemli ölçüde kalıtsal nitelik taşıdığını savlayarak, çevresel koşulların gelişim üzerindeki etkilerini neredeyse tamamen yadsıyorlardı. Oysa, genetik, evrim, psikoloji gibi alanların ortaya koyduğu çağdaş ölçütler, kazanılmış karakterlerin kalıtsal nitelik gösteremeyeceğini ortaya koyarak, kişilik oluşumunda çevresel etmenlerin güçlü bir paya sahip olduğunu kanıtlamıştır. Bu bağlamda, basında da yankı bulan "koyunlar zaten birbirlerine benzerler" esprisinin aslında ciddi bilimsel doğrulara işaret ettiğinin altını çizmek gerekiyor. Klonlanmış bir koyunun, genetik annesinin genetik ikizi olduğu ölçülerek gösterilebilir bir gerçektir. Oysa, gözlemlenebilir kişilik özellikleri oldukça kısıtlı olan koyunların birbirlerine benzemeleri kaçınılmazdır. Çok daha karmaşık bir organizma olan insanoğlu, sayısız gözlemlenebilir kişilik özelliği sayesinde, genetik ikizinden kolayca ayırt edilebilir. Tüm bunların ötesinde, klonlanmış bir insanın sadece kişilik bakımından değil, fizyolojik ve bedensel özellikleri bakımından da, genetik ikizinden farklı olacağını peşinen kabullenmek gerekiyor. Bir bebeğin biçimsel özelliklerinin ana rahminde geçirdiği gelişim süreci içerisinde tümüyle DNA’sı tarafından belirlendiği görüşü yaygın bir yanılgı. DNA molekülü, insan geometrisine dair tüm bilgileri en sadeleşmiş biçimiyle bile bütünüyle kapsayamayacak kadar küçük. Çoğu biçimsel özellik, akışkan dinamiği, organik kimya gibi alanlardaki temel evrensel yasaların kontrolünde meydana geliyor. Bu süreçte de, her zaman için rastlantı ve farklılaşmalara yeterince yer var. Bir genetik ikiz, kuramsal açıdan, eşine en fazla eş yumurta ikizlerinin birbirlerine benzedikleri kadar benzeyebilir. Uygulamada ise, benzerlik derecesi çok daha düşük olacaktır; aynı rahimde aynı anda gelişmediği, aynı fiziksel ve kültürel ortamda doğup büyüyemediği için... İşin bu boyutunu da göz önünde bulunduran Aldoux Huxley, romanında, Bokanovski Süreci’yle çoğaltılmış bebekleri, yetiştirme çiftliklerinde psikolojik koşullandırmaya tutma gereği duymuştu. Benzer biçimde, 1976’da yazdığı The Boys from Brazil romanında Adolf Hitler’den klonlanan genç Hitler’lerin öyküsünü kurgulayan Ira Levin, klonları, Adolf Hitler’in kişiliğinin geliştiği tüm olaylar zincirinin benzerine tabi tutma gereğini hissetmişti. Tüm bu "hal çarelerine" rağmen, kopya insanın genetik annesinden çoğu yönden farklı olması kaçınılmaz görünüyor. Diğer tüm koşullar denk olsa bile, kopya birey, aynı zamanda ikizi olan bir anneye sahip olmasından psikolojik bakımdan etkilenecektir. Sağduyumuz bize Hitler’i genlerinin değil, Weimar Cumhuriyeti sonrası sosyo-ekonomik koşulların ve genç Adolf’un kıstırıldığı maddi ve manevi bunalımların yarattığını öğretiyor. Tüm bunların ışığında, klonlama konusundaki popüler tartışmaları, tıkanıp kaldıkları, "beklenmedik bir ikize sahip olma" fobisinden kurtarılıp, daha gerçekçi zeminlere çekilmesi gerekiyor. Gen havuzunun (belli bir topluluktaki genetik çeşitlilik) daralması, hayvancılığın geleneksel yapısından koparılıp biyoteknoloji şirketlerinin güdümüne girmesi, yol açılabilecek genetik bozuklukların kontrolden çıkması, bu alanda çalışan bazı şirketlerin (söz gelimi PPL’in) tüm tekel karşıtı yasal önlemleri delerek ciddi ekonomik dengesizliklere yol açması gibi akla gelebilecek sayısız somut etik sorununun tartışılması gerekiyor. Yoksa, akademik organlardan dini cemaatlere kadar sayısız grup gelişmeleri "kitaba uydurma" çabasıyla, kısır tartışmalara girebilir. Örneğin, Budist bir araştırmacı, Dolly’nin eski yaşamında ne gibi bir kabahat işleyip de bu yaşama klonlanmış olarak gelmeyi hak ettiği üzerine kafa yoruyormuş. Aslında biyoteknolojik tekelcilik tehdidine, Cesur Yeni Dünya’da Aldous Huxley de işaret etmişti: "İç ve Dış Salgı Tröstü alanından hormon ve sütleriyle Fernham Royal’daki büyük fabrikaya hammadde sağlayan şu binlerce davarın böğürtüsü duyuluyordu..." İnsanoğlunun temel kaygıları, şimdilik bazı temel koşullarda klonlamayla çelişiyor gibi görülüyor: Bir çiftçi düşünün ki, kendisi için tüm evreni ifade eden kasabasında herkese hayranlıktan parmaklarını ısırtan bir danaya sahip olsun. Bu danayı klonlayıp tüm sürüsünü özdeş yapmayı ister miydi? Büyük olasılıkla biraz düşündükten sonra bundan vazgeçerdi. Danasının biricik oluşu ve genetik çeşitliliği sayesinde bu danaya yaşam veren sürüsünün daha da güzel bir dana doğurması olasılığı çok daha değerli. Ömrü boyunca aynı dananın ikizlerine sahip olmayı kabullenmiş bir çiftçinin komşusu her an elinde daha güzel bir danayı ipinden tutarak getirebilir. Özgür Kurtuluş Kaynaklar: Biospace Huxley A., Cesur Yeni Dünya, Çev: Gürol E., Güneş Yayınları, 1989 Nash M. J., "The Age of Cloning", Time, 10 Mart 1997 Roslin Enstitüsü Basın Bültenleri Star C., Taggart R., Biology: The Unitiy and Diversity of Life, 1989 Underwood A., "Little Lamb Who Made Thee", Newsweek, 10 Mart 1997 Wilmut I., Schnieke A. E., McWhir J., Kind A. J., Campbell K. H. S., "Viable Offspring Derived From Fetal and Adult Mammalian Cells", Nature, 27 Şubat 1997

http://www.biyologlar.com/genetik-kopyalama

Bakterilerin Boyanması

- Danimarkalı bakteriyolog gramın geliştirdiği boyalarla boyananlara gram(+), boyanmayanlara ise gram(-) bakteriler denir.SOLUNUMLARINA GÖRE(1)Anaerop bakteriler; organik besinlerini parçalarken oksijen kullanmazlar. Havasız yerlerde yaşar ve çoğalırlar. Oksijenin olduğu yerlerde bazıları gelişemezler- Aerop bakteriler; escherichia coli, zature ve yoğurt bakterisi gibi oksijenli ortamlarda yaşayabilirler. Mitokondri olmadığından mezozomdan gerçekleştirilir.- Geçici aerob veya geçici Anaerop olanlar; asıl solunumları oksijensiz olduğu için kısa süreli aerob “geçici Aerop” denir. Normal solunum şekli Aerop olanlar ise havasız kalınca fermantasyona başvururlar. Bunlara “geçici Anaerop” denir.

http://www.biyologlar.com/bakterilerin-boyanmasi

Histoloji Preparatlarının Hazırlanması

Canlılardan alınan doku ya da organ parçalarını mikroskopla incelenir duruma getirebilmek için takip ettiğimiz işlemlerin tümüne birden histolojik teknik adını veriyoruz. Bu amaçla kullanılan yöntemler uygulayacağımız mikroskobi tekniğine bağlı olarak ilk bakışta bazı farklılıklar görünse de temelde prensipler aynıdır. Bu konuyla ilgili temel prensipleri anlayabilmek için klasik ışık mikroskobunda inceleyeceğimiz bir preparatın hazırlanışını görelim.Tespit (Fiksasyon)Bir histolojik incelemenin sağlıklı bir şekilde yapılabilmesi için dokuya ait yapı özelliklerinin, kimyasal içeriklerinin iyi korunmuş olması gerekir. Bunun için canlılara ait preparatların hazırlanışında ilk temel prensip hücre ve dokuları canlıdakine en yakın şekilde tutabilmektir.Bunun için ilk hedef otolizi engellemek olmadır. Canlı hücre içinde, etrafı membranla çevrili, eritici enzimler içeren, lizozom adını verdiğimiz organeller vardır. Hücre bu yapıları sindirim amacıyla kullanır. Ölümden sonra eritici enzimler sitoplazma içine geçerek hücreyi eritmeye başlar. Bu olaya kendini eritme anlamına gelen otoliz adı verilir. Otolize uğramış hücreler normal görünümünü kaybederek incelenmesi imkansız hale gelir. Otolizi engellemek amacıyla kullanılan bazı maddeler lizozomların içindeki enzimlerin sitoplazmaya geçişini ve erimeyi önlerler. Bu olaya tespit ya da fiksasyon, bu amaçla kullanılan maddelere de fiksatör adı verilir. Pek çok tespit maddesi ve tespit yöntemi vardır. Uygulayacağımız tespitin sonraki işlemlere, özellikle boyama işlemine bir zarar vermiyor olmasına dikkat etmek gerekir. Örneğin, klasik yöntemlerle tespit ve takip edilen dokularda yağ hücreleri içindeki  depo yağını korumak imkansızdır. Hücrelerdeki yağ içeriği takip işlemleri esnasında akar, hücrelerin içleri sonradan boş görünür. Eğer bir çalışmada bu hücreleri yağ içerikleri ile beraber görmek istiyorsak fiziksel bir tespit yöntemi olan dondurma tekniğine başvurabiliriz.Fiziksel olarak tespit yöntemlerine örnek olarak periferik kan yayma preparatlarının boyanmadan önce ısıtılarak ya da doğrudan kurutularak tesbitini verebiliriz.Otoliz nedir? Fiksasyon hangi amaçla yapılır?Kimyasal tespit yöntemleri hem kullanılma sıklığı hem de kullanılan fiksatörlerin çeşitliliği açısından daha çok zenginlik gösterir. En bilinen ve yaygın kullanılan fiksatör formoldür. Formol genellikle %10'luk sulu çözeltisi şeklinde kullanılır. Ticari formol %100'lükmüş gibi kabul edilerek 1 kısım formol, 9 kısım suyla karıştırılarak tesbit sölüsyonu hazırlanır. Ayrıca, glutaraldehit, osmium tetraoksit, bazı asitler, alkoller ya da bunların kombine formları daha az sıklıkla kullanılan kimyasal fiksatörlere örnek olarak verilebilir. Bütün fiksatiflerin istenenözelliklerinin yanı sıra istenmeyen bazı etkileri de vardır. Değişik kombinasyonlar kullanılarak istenen tespit özelliklerinin artmasını, istenmeyen bazı etkilerin en aza indirgenmesini sağlamak mümkündür. Birleşik olarak kullanılan fiksatörler çoğu kere ilk bulup kullanan araştırıcının adıyla anılırlar (Bouin, Carnoy, Zenker gibi).Elektron mikroskopta incelenecek preparatların hazırlanmasında ultrastruktürel yapının detaylı incelenebilmesi için çift fiksasyon işlemine gereksinim vardır. Bu işlemde önce tamponlanmış glutaraldehit ilk fiksatör olarak, daha sonra tamponlanmış osmium tetroksit ikinci fiksatör olarak kullanılır.Birleşik tespitten ne anlıyorsunuz?Doku ve organlardan alınan parçaların tespitinde aşağıdaki konulara dikkat etmek gerekir:- Tespit ve takipte kullanılan sölüsyonların dokunun içine iyi işlemesi için parçaların yeterince küçültülmüş olmasına özen gösteriniz. Parçanın boyutlarının 0.5 cm. yi geçmiyor olması daha olumlu sonuç verecektir.- Parçalar alındıktan hemen sonra bekletilmeden tespit sıvısına konulmalıdır.- Parçalar büyük ve kanlı ise tespit sıvısı yenilenmelidir.- Tespit sıvısının, hacim olarak konulan parça ya da parçaların minimum kırk katı fazlalığında olmasına çalışılmalıdır.- Uygulayacağımız her tespit yöntemi için önerilen süreye uyulmalıdır.- Tespitten sonra parçalar iyi yıkanmalı, yapay görüntülere neden olmaması için tespit maddesi dokudan tamamen uzaklaştırılmalıdır.- Ayrıca SAĞLIĞIMIZ AÇISINDAN:Histoloji laboratuvarlarında kullanılan pek çok madde gibi tespit maddelerinin buharlarının canlı hücre ve organizma için son derece zararlı olduğunu aklımızdan çıkarmayıp, bu işlemlerin çeker ocak denilen yerlerde yapılmasına dikkat etmeliyiz. Eğer bu mümkün olmuyorsa laboratuvar ortamının çok iyi havalandırılıyor olmasına özen göstermeliyiz.Tespitte uyulması gereken kurallar nelerdir?Tespit işlemleri ne tür yerlerde yapılmalıdır, neden?DehidratasyonTespit edilmiş parçalar bu aşamadan sonra suyundan arındırılır. Bu işleme dehidratasyon adı verilir. Dehidratasyon işlemi için suyu kolaylıkla kendi bünyesine kabul eden etil alkol, izopropil alkol, dioksan, anilin gibi maddeler kullanılır. Bunlardan en yaygın kullanılanı etil alkoldür. Derecesi absolu alkole kadar ulaşan banyolardan geçirilen parçalar daha sonra ışığı geçirgen hale getirilir. Bu işleme şeffaflaştırma (clearing) işlemi denir. Bu amaçla en sık kullanılan madde ksiloldur. Ayrıca benzen, toluen, kloroform gibi maddeler bu amaçlakullanılan maddelere örnektir.Bu işlemler petri kutuları gibi buharlaşmayı engellemek için düzgün kapaklı cam kaplarda elle takip şeklinde yapılabildiği gibi otomatik takip makineleri ile de yapılabilir. Otomatik takip makineleri zaman ayarlaması yapılabilen, doku parçalarının istenilen kaplarda istediğmiz kadar kalmasını sağlayan makinelerdir.Dehidratasyon nedir? Hangi maddeler bu amaçla kullanılırElektron mikroskop için hazırlanan preparatlar da doku parçaları dehitratasyon işleminden geçirilir. Bu işlem için de yine ethanol kullanılır. Gömme işleminden önce plastik eritici olan propilen oksit gibi maddelerde infiltre edilir.Bloklama (Gömme)Parçalardan rahatça kesitler alabilmek, düzgün kesit yüzeyleri sağlayabilmek için gömme ya da bloklama olarak ifade ettiğimiz işleme başvururuz. Parafin, jelatin, selloidin, karbovaks gibi maddeler bu işleme uygundur. En yaygın kullanılan madde parafindir. 56-60 derecede sıvılaşan parafin etüvde hazır tutulur. Parça prizmatik kalıplar içine konur, üzerine sıvı parafin dökülür. Parafin laboratuvar ısısında mum gibi donarak sertleşir. Kalıptan çıkarınca içinde bizim doku parçamız da bulunan düzgün prizmatik bir parafin bloku elde ederiz. Parafinintersüller boşluklara hatta hücrelerin içine bile penetre olarak dokuyu daha sabit ve kesilebilir hale getirir. Elektron mikroskop için ışık mikroskobuna oranla çok daha ince kesitlere ihtiyaç vardır. Bu nedenle gömme ya da bloklama işleminde daha sert plastik maddeler gereklidir. Bunun için epon, araldit gibi epoxy plastik maddeler kullanılır.Bloklama işleminde ne tür maddeler kullanılır?Kesit AlmaBlokladığımız doku ve organ parçalarında düzgün ince kesitler almak için kullandığımız aletlere mikrotom denir. Işık mikroskop incelemeleri için kullandığımız mikrotomlar mikron düzeylerinde ince kesitler alabilirlerken elektron mikroskop araştırmalarında kullanılan ultramikrotomlar angström inceliklerinde kesitler sağlarlar. Işık mikroskobu için kesitler almakta kullandığımız mikrotomlarda çelik bıçaklar kullanılırken, EM için kesitler aldığımızultra mikrotomlarda cam ya da daha iyisi elmas bıçaklar kullanılır. Işık mikroskop çalışmalarında genellikle 6-10 mikronluk kesitler kullanılır. Mikrotomların bıçakların hareketli olduğu kızaklı mikrotom denilen tipleri ya da bıçaklarının sabit, kesilecek blokların hareketli olduğu rotari mikrotom tipleri vardır. Mikrotom aracılığıyla parafin bloklardan isteğimiz kalınlıklarda dilimler keserken blok içindeki parçadan da aynı kalınlıkta kesitler elde etmiş oluruz. Daha sonra lam üzerinde alınan kesitler boyama işlemine hazır olurlar.Xylol gibi bazı solventler doku içindeki lipidler gibi bazı maddeleri eritebilirler. Bu istenmeyen etkinin önüne geçmek için cryostat adı verilen dondurma mikrotomları kullanılır. Dokular bu yöntemle düşük ısıda aniden dondurularak takip işlemlerinden geçirilmeden ve bloklanmadan kesit alınabilir hale gelir.Mikrotom ve Ultramikrotom neye denir?Boyama (Kolorasyon)Çok ufak ayrıcalıklar dışında dokuların büyük bir kısmı renksizdir ve boyanmadığı sürece ışık mikroskobunda incelenmesi zordur. Çeşitli doku ve hücre kısımlarının yapıları nedeniyle farklı kimyasal özellikteki boyaları farklı bir şekilde tutmaları histolojide boyamanın esasını teşkil eder. Histolojik araştırmalarda kullanılan boyaların büyük bir çoğunluğu asit veya baz özelliğinde olup dokudaki ionize köklerle elektrostatik bağlantı yaparlar. Bu şekilde doku ve hücrelerin daha belirgin bir şekilde ortaya çıkması sağlanırken diğer yandan kimyasalyapısını bildiğimiz boyalarla reaksiyona giren yapıların kimyasal özellikleri ortaya konmuş olur. Histolojik boyalar renklendirici gruplarının asit ya da baz oluşuna göre asit ve bazik boyalar olmak üzere iki ana grupta toplanırlar. Bazik boyaları çeken, o boyanın renginde boyanan hücre ve doku kısımları bazofil boyanıyor ya da bazofili gösteriyor diye tanımlanır.Genel olarak granüllü endoplazmik retikulumun yoğun olduğu kısımlar, hücre çekirdeği bazofili gösteren yapılardır. Asit boyalarla reaksiyona girerek onun renginde boyanan hücre ya da doku kısımları için asidofil boyanıyor ya da asidofili gösteriyor denir. Bazı ayrıcalıkları olmakla birlikte hücre sitoplazması, kollajen lifler, mitokondrium ve lizozomlar asidofilik yapılardır. Bazik boyalara örnek olarak Metilen Mavisi, Jansiyan Viyole, Bazik Füksin, Azokarmin, Safranin, Hematoksilin, Nükleer Fast Red verilebilir. Eozin, Pikrik Asit, AsitFüksin, Oranj G, Eritrosin, Kongo Kırmızısı, Light Green gibi boyalar asit boyalara örnektir.Boyalar bazı yöntemlerde tek olarak kullanılır. Bazı yöntemlerde ikili ya da daha çok boya içeren birleşik yöntemler dediğimiz şekillerde kullanılırlar. Birleşik yöntemlerde kesitler birbiri ardından bazik ve asit boyalarla işleme tabi tutulurlar. Birleşik boya yöntemlerinden ikili olanlara örnek olarak çok yaygın bir boyama yöntemi olan Hematoksilin+Eozin (HE) yöntemi gösterilebilir. Azokarmin, Oranj G ve Anilin Mavisinden oluşan Heidenhein İn Azan yöntemi ise üçlü bir boyama yöntemidir.Asidofili ve bazofili neye denir?Birleşik boyama neye denir?Bazı boyalar, bazı yapıları boyanan çözelti renginden farklı bir renge boyarlar. Bu olaya metakromazi, böyle boyalara da metakromatik boyalar denir. Örneğin toluidin mavisi dokuya düşük konsantrasyonda bağlandığında mavi renkte boyar (ortokromatik). Oysa bir yapıya yüksek konsantrasyonda bağlandığında mor-kırmızı renkte boyar (metakromatik). Toluidin mavisinin Mast hücrelerinin granüllerini mor-kırmızı boyaması metakromatik boyanmadır.Bazı lipidler, makromoleküller metafosfat, sülfomukopolisakkaritler, nükleik asitler metakromazi gösteren yapılardır. Toluidin mavisi, Metilen mavisi, Azur A gibi boyalar ise metakromatik boyalara örnek verilebilir.Ortokromazi ve metakromazi nedir?Bazı boyalar deneysel amaçla doğrudan canlıya verilebilir. Bu renkli maddeler organizmada bazı yerlerde tutularak canlıda boyanma sağlarlar. Örneğin, tripan mavisi deney hayvanının dolaşımına verildiğnide karaciğer kupffer hücreleri tarafından tutulur. Böylece hayvan daha canlıyken sitoplazması mavi tanecikler tarzında boyunmış olur. Vital boyalardan Tripan mavisi, Kongo kırmızısı, Çini mürekkebi, Alizarin ve Lityum karmin asit karakterde vital boyalardır. Metilen Mavisi, Nötral Red, Janus Green, Krezil Viyole ve Nigrosin bazik karakterdevital boyalardır.Vital boyamanın diğer boyama yöntemlerinden farkı nedir?Boyama işleminden sonra kesitler yeni baştan dehidrate edilir ve şeffaflaştırılır. Daha sonra üzerlerine lamel kapatılarak korunur. Preparatların kapatılmasında Kanada Balsamı ya da son zamanlarda ucuzluğu ve çabuk kuruması yönünden tercih edilen bazı sentetik yapıştırıcılar kullanılmaktadır. Uzun süre saklanılması düşünülen preparatları doğrudan güneş ışığı ya da kuvvetli ışıklardan sakınmak gerekir. Aksi takdirde boya solacaktır.Dokuların renkli boyalarla boyanmasının yanı sıra altın, gümüş gibi bazı metallerin seçici olarak bazı kısımlara çöktürülmesi de o bölgelerin mikroskop altında kolayca belirlenmesini sağlayan boyadışı bir renklendirme yöntemi olarak karşımıza çıkar.

http://www.biyologlar.com/histoloji-preparatlarinin-hazirlanmasi-1

HİSTOLOJİ PREPARATLARININ HAZIRLANMASI

Canlılardan alınan doku ya da organ parçalarını mikroskopla incelenir duruma getirebilmek için takip ettiğimiz işlemlerin tümüne birden histolojik teknik adını veriyoruz. Bu amaçla kullanılan yöntemler uygulayacağımız mikroskobi tekniğine bağlı olarak ilk bakışta bazı farklılıklar görünse de temelde prensipler aynıdır. Bu konuyla ilgili temel prensipleri anlayabilmek için klasik ışık mikroskobunda inceleyeceğimiz bir preparatın hazırlanışını görelim. Tespit (Fiksasyon) Bir histolojik incelemenin sağlıklı bir şekilde yapılabilmesi için dokuya ait yapı özelliklerinin, kimyasal içeriklerinin iyi korunmuş olması gerekir. Bunun için canlılara ait preparatların hazırlanışında ilk temel prensip hücre ve dokuları canlıdakine en yakın şekilde tutabilmektir. Bunun için ilk hedef otolizi engellemek olmadır. Canlı hücre içinde, etrafı membranla çevrili, eritici enzimler içeren, lizozom adını verdiğimiz organeller vardır. Hücre bu yapıları sindirim amacıyla kullanır. Ölümden sonra eritici enzimler sitoplazma içine geçerek hücreyi eritmeye başlar. Bu olaya kendini eritme anlamına gelen otoliz adı verilir. Otolize uğramış hücreler normal görünümünü kaybederek incelenmesi imkansız hale gelir. Otolizi engellemek amacıyla kullanılan bazı maddeler lizozomların içindeki enzimlerin sitoplazmaya geçişini ve erimeyi önlerler. Bu olaya tespit ya da fiksasyon, bu amaçla kullanılan maddelere de fiksatör adı verilir. Pek çok tespit maddesi ve tespit yöntemi vardır. Uygulayacağımız tespitin sonraki işlemlere, özellikle boyama işlemine bir zarar vermiyor olmasına dikkat etmek gerekir. Örneğin, klasik yöntemlerle tespit ve takip edilen dokularda yağ hücreleri içindeki depo yağını korumak imkansızdır. Hücrelerdeki yağ içeriği takip işlemleri esnasında akar, hücrelerin içleri sonradan boş görünür. Eğer bir çalışmada bu hücreleri yağ içerikleri ile beraber görmek istiyorsak fiziksel bir tespit yöntemi olan dondurma tekniğine başvurabiliriz. Fiziksel olarak tespit yöntemlerine örnek olarak periferik kan yayma preparatlarının boyanmadan önce ısıtılarak ya da doğrudan kurutularak tesbitini verebiliriz. Otoliz nedir? Fiksasyon hangi amaçla yapılır? Kimyasal tespit yöntemleri hem kullanılma sıklığı hem de kullanılan fiksatörlerin çeşitliliği açısından daha çok zenginlik gösterir. En bilinen ve yaygın kullanılan fiksatör formoldür. Formol genellikle %10'luk sulu çözeltisi şeklinde kullanılır. Ticari formol %100'lükmüş gibi kabul edilerek 1 kısım formol, 9 kısım suyla karıştırılarak tesbit sölüsyonu hazırlanır. Ayrıca, glutaraldehit, osmium tetraoksit, bazı asitler, alkoller ya da bunların kombine formları daha az sıklıkla kullanılan kimyasal fiksatörlere örnek olarak verilebilir. Bütün fiksatiflerin istenen özelliklerinin yanı sıra istenmeyen bazı etkileri de vardır. Değişik kombinasyonlar kullanılarak istenen tespit özelliklerinin artmasını, istenmeyen bazı etkilerin en aza indirgenmesini sağlamak mümkündür. Birleşik olarak kullanılan fiksatörler çoğu kere ilk bulup kullanan araştırıcının adıyla anılırlar (Bouin, Carnoy, Zenker gibi). Elektron mikroskopta incelenecek preparatların hazırlanmasında ultrastruktürel yapının detaylı incelenebilmesi için çift fiksasyon işlemine gereksinim vardır. Bu işlemde önce tamponlanmış glutaraldehit ilk fiksatör olarak, daha sonra tamponlanmış osmium tetroksit ikinci fiksatör olarak kullanılır. Birleşik tespitten ne anlıyorsunuz? Doku ve organlardan alınan parçaların tespitinde aşağıdaki konulara dikkat etmek gerekir: - Tespit ve takipte kullanılan sölüsyonların dokunun içine iyi işlemesi için parçaların yeterince küçültülmüş olmasına özen gösteriniz. Parçanın boyutlarının 0.5 cm. yi geçmiyor olması daha olumlu sonuç verecektir. - Parçalar alındıktan hemen sonra bekletilmeden tespit sıvısına konulmalıdır. - Parçalar büyük ve kanlı ise tespit sıvısı yenilenmelidir. - Tespit sıvısının, hacim olarak konulan parça ya da parçaların minimum kırk katı fazlalığında olmasına çalışılmalıdır. - Uygulayacağımız her tespit yöntemi için önerilen süreye uyulmalıdır. -Tespitten sonra parçalar iyi yıkanmalı, yapay görüntülere neden olmaması için tespit maddesi dokudan tamamen uzaklaştırılmalıdır. - Ayrıca SAĞLIĞIMIZ AÇISINDAN: Histoloji laboratuvarlarında kullanılan pek çok madde gibi tespit maddelerinin buharlarının canlı hücre ve organizma için son derece zararlı olduğunu aklımızdan çıkarmayıp, bu işlemlerin çeker ocak denilen yerlerde yapılmasına dikkat etmeliyiz. Eğer bu mümkün olmuyorsa laboratuvar ortamının çok iyi havalandırılıyor olmasına özen göstermeliyiz. Tespitte uyulması gereken kurallar nelerdir? Tespit işlemleri ne tür yerlerde yapılmalıdır, neden? Dehidratasyon Tespit edilmiş parçalar bu aşamadan sonra suyundan arındırılır. Bu işleme dehidratasyon adı verilir. Dehidratasyon işlemi için suyu kolaylıkla kendi bünyesine kabul eden etil alkol, izopropil alkol, dioksan, anilin gibi maddeler kullanılır. Bunlardan en yaygın kullanılanı etil alkoldür. Derecesi absolu alkole kadar ulaşan banyolardan geçirilen parçalar daha sonra ışığı geçirgen hale getirilir. Bu işleme şeffaflaştırma (clearing) işlemi denir. Bu amaçla en sık kullanılan madde ksiloldur. Ayrıca benzen, toluen, kloroform gibi maddeler bu amaçla kullanılan maddelere örnektir. Bu işlemler petri kutuları gibi buharlaşmayı engellemek için düzgün kapaklı cam kaplarda elle takip şeklinde yapılabildiği gibi otomatik takip makineleri ile de yapılabilir. Otomatik takip makineleri zaman ayarlaması yapılabilen, doku parçalarının istenilen kaplarda istediğmiz kadar kalmasını sağlayan makinelerdir. Dehidratasyon nedir? Hangi maddeler bu amaçla kullanılır Elektron mikroskop için hazırlanan preparatlar da doku parçaları dehitratasyon işleminden geçirilir. Bu işlem için de yine ethanol kullanılır. Gömme işleminden önce plastik eritici olan propilen oksit gibi maddelerde infiltre edilir. Bloklama (Gömme) Parçalardan rahatça kesitler alabilmek, düzgün kesit yüzeyleri sağlayabilmek için gömme ya da bloklama olarak ifade ettiğimiz işleme başvururuz. Parafin, jelatin, selloidin, karbovaks gibi maddeler bu işleme uygundur. En yaygın kullanılan madde parafindir. 56-60 derecede sıvılaşan parafin etüvde hazır tutulur. Parça prizmatik kalıplar içine konur, üzerine sıvı parafin dökülür. Parafin laboratuvar ısısında mum gibi donarak sertleşir. Kalıptan çıkarınca içinde bizim doku parçamız da bulunan düzgün prizmatik bir parafin bloku elde ederiz. Parafin intersüller boşluklara hatta hücrelerin içine bile penetre olarak dokuyu daha sabit ve kesilebilir hale getirir. Elektron mikroskop için ışık mikroskobuna oranla çok daha ince kesitlere ihtiyaç vardır. Bu nedenle gömme ya da bloklama işleminde daha sert plastik maddeler gereklidir. Bunun için epon, araldit gibi epoxy plastik maddeler kullanılır.  Bloklama işleminde ne tür maddeler kullanılır?  Kesit Alma Blokladığımız doku ve organ parçalarında düzgün ince kesitler almak için kullandığımız aletlere mikrotom denir. Işık mikroskop incelemeleri için kullandığımız mikrotomlar mikron düzeylerinde ince kesitler alabilirlerken elektron mikroskop araştırmalarında kullanılan ultramikrotomlar angström inceliklerinde kesitler sağlarlar. Işık mikroskobu için kesitler almakta kullandığımız mikrotomlarda çelik bıçaklar kullanılırken, EM için kesitler aldığımız ultra mikrotomlarda cam ya da daha iyisi elmas bıçaklar kullanılır. Işık mikroskop çalışmalarında  genellikle 6-10 mikronluk kesitler kullanılır. Mikrotomların bıçakların hareketli olduğu kızaklı mikrotom denilen tipleri ya da bıçaklarının sabit, kesilecek blokların hareketli olduğu rotari mikrotom tipleri vardır. Mikrotom aracılığıyla parafin bloklardan isteğimiz kalınlıklarda dilimler keserken blok içindeki parçadan da aynı kalınlıkta kesitler elde etmiş oluruz. Daha sonra lam üzerinde alınan kesitler boyama işlemine hazır olurlar. Xylol gibi bazı solventler doku içindeki lipidler gibi bazı maddeleri eritebilirler. Bu istenmeyen etkinin önüne geçmek için cryostat adı verilen dondurma mikrotomları kullanılır. Dokular bu yöntemle düşük ısıda aniden dondurularak takip işlemlerinden geçirilmeden ve bloklanmadan kesit alınabilir hale gelir. Mikrotom ve Ultramikrotom neye denir? Boyama (Kolorasyon) Çok ufak ayrıcalıklar dışında dokuların büyük bir kısmı renksizdir ve boyanmadığı sürece ışık mikroskobunda incelenmesi zordur. Çeşitli doku ve hücre kısımlarının yapıları nedeniyle farklı kimyasal özellikteki boyaları farklı bir şekilde tutmaları histolojide boyamanın esasını teşkil eder. Histolojik araştırmalarda kullanılan boyaların büyük bir çoğunluğu asit veya baz özelliğinde olup dokudaki ionize köklerle elektrostatik bağlantı yaparlar. Bu şekilde doku ve hücrelerin daha belirgin bir şekilde ortaya çıkması sağlanırken diğer yandan kimyasal yapısını bildiğimiz boyalarla reaksiyona giren yapıların kimyasal özellikleri ortaya konmuş olur. Histolojik boyalar renklendirici gruplarının asit ya da baz oluşuna göre asit ve bazik boyalar olmak üzere iki ana grupta toplanırlar. Bazik boyaları çeken, o boyanın renginde boyanan hücre ve doku kısımları bazofil boyanıyor ya da bazofili gösteriyor diye tanımlanır. Genel olarak granüllü endoplazmik retikulumun yoğun olduğu kısımlar, hücre çekirdeği bazofili gösteren yapılardır. Asit boyalarla reaksiyona girerek onun renginde boyanan hücre ya da doku kısımları için asidofil boyanıyor ya da asidofili gösteriyor denir. Bazı ayrıcalıkları olmakla birlikte hücre sitoplazması, kollajen lifler, mitokondrium ve lizozomlar asidofilik yapılardır. Bazik boyalara örnek olarak Metilen Mavisi, Jansiyan Viyole, Bazik Füksin, Azokarmin, Safranin, Hematoksilin, Nükleer Fast Red verilebilir. Eozin, Pikrik Asit, Asit Füksin, Oranj G, Eritrosin, Kongo Kırmızısı, Light Green gibi boyalar asit boyalara örnektir. Boyalar bazı yöntemlerde tek olarak kullanılır. Bazı yöntemlerde ikili ya da daha çok boya içeren birleşik yöntemler dediğimiz şekillerde kullanılırlar. Birleşik yöntemlerde kesitler birbiri ardından bazik ve asit boyalarla işleme tabi tutulurlar. Birleşik boya yöntemlerinden ikili olanlara örnek olarak çok yaygın bir boyama yöntemi olan Hematoksilin+Eozin (HE) yöntemi gösterilebilir. Azokarmin, Oranj G ve Anilin Mavisinden oluşan Heidenhein İn Azan yöntemi ise üçlü bir boyama yöntemidir. Asidofili ve bazofili neye denir? Birleşik boyama neye denir? Bazı boyalar, bazı yapıları boyanan çözelti renginden farklı bir renge boyarlar. Bu olaya metakromazi, böyle boyalara da metakromatik boyalar denir. Örneğin toluidin mavisi dokuya düşük konsantrasyonda bağlandığında mavi renkte boyar (ortokromatik). Oysa bir yapıya yüksek konsantrasyonda bağlandığında mor-kırmızı renkte boyar (metakromatik). Toluidin mavisinin Mast hücrelerinin granüllerini mor-kırmızı boyaması metakromatik boyanmadır. Bazı lipidler, makromoleküller metafosfat, sülfomukopolisakkaritler, nükleik asitler metakromazi gösteren yapılardır. Toluidin mavisi, Metilen mavisi, Azur A gibi boyalar ise metakromatik boyalara örnek verilebilir. Ortokromazi ve metakromazi nedir? Bazı boyalar deneysel amaçla doğrudan canlıya verilebilir. Bu renkli maddeler organizmada bazı yerlerde tutularak canlıda boyanma sağlarlar. Örneğin, tripan mavisi deney hayvanının dolaşımına verildiğnide karaciğer kupffer hücreleri tarafından tutulur. Böylece hayvan daha canlıyken sitoplazması mavi tanecikler tarzında boyunmış olur. Vital boyalardan Tripan mavisi, Kongo kırmızısı, Çini mürekkebi, Alizarin ve Lityum karmin asit karakterde vital boyalardır. Metilen Mavisi, Nötral Red, Janus Green, Krezil Viyole ve Nigrosin bazik karakterde vital boyalardır. Vital boyamanın diğer boyama yöntemlerinden farkı nedir? Boyama işleminden sonra kesitler yeni baştan dehidrate edilir ve şeffaflaştırılır. Daha sonra üzerlerine lamel kapatılarak korunur. Preparatların kapatılmasında Kanada Balsamı ya da son zamanlarda ucuzluğu ve çabuk kuruması yönünden tercih edilen bazı sentetik yapıştırıcılar kullanılmaktadır. Uzun süre saklanılması düşünülen preparatları doğrudan güneş ışığı ya da kuvvetli ışıklardan sakınmak gerekir. Aksi takdirde boya solacaktır. Dokuların renkli boyalarla boyanmasının yanı sıra altın, gümüş gibi bazı metallerin seçici olarak bazı kısımlara çöktürülmesi de o bölgelerin mikroskop altında kolayca belirlenmesini sağlayan boyadışı bir renklendirme yöntemi olarak karşımıza çıkar.

http://www.biyologlar.com/histoloji-preparatlarinin-hazirlanmasi

Bütün hücresel membranlar neden çift katlı lipid tabakasından oluşmuştur?

Nedenlerden birisi lipid moleküllerinin özel karakteridir. Bu moleküller sıvı bir ortamda hücre dışında bile çift tabaka oluştururlar. Hücre zarı hücrelerin işlevlerine uygun olarak bazı özel şekiller kazanırlar. Bu şekillere hücre yüzey farklılaşmaları denir. Yüzey farklılaşmaları ile ilgili geniş bilgileri epitel dokusunda göreceksiniz. Şekil 2.6: Hücre Ultrastrüktürünün şematik görünümü 1-Golgi kompleksi 2-Salgı granülleri 3- Sentrozom 4-Granülsüz endoplazmatik retikulum 5-Mitokondriyon 6-Hücre zarı 7-Mikrotübülüslar ve mikrofilamanlar 8-Lipid damlacıkları 9-Çekirdekçik 10-Çekirdek zarı 11-Granüllü endoplazmik retikulum 12-Lizozomlar      

http://www.biyologlar.com/butun-hucresel-membranlar-neden-cift-katli-lipid-tabakasindan-olusmustur

Tatlı Su Protozoonları ve Önemi

Protozoa tek hücreli, ökaryotik mikroorganizmalardır. Özellikle bakteri, tek hücreli alg ve diğer protistler üzerinden beslenirler. 80.000’in üzerinde protozoon türü tanımlanmıştır. Bunların yarıdan fazlası fosil, yaklaşık 10.000 kadarı da simbiyonttur [1]. Protozoon türleri uzun yıllar sadece insanlara verdikleri zarar düşünülerek, parazitolojik açıdan ele alınmış, serbest yaşayan protozoonlar ihmal edilmiştir. Gerçekte çok sayıda parazit protozoon olmasına rağmen, daha da fazla sayıda hem sucul hem de karasal habitatlarda yaşayan serbest protozoon türü bulunmaktadır. Serbest yaşayan protozoonların bulundukları ortamdaki önemlerinin anlaşılmasından sonra, araştırmacılar dikkatlerini tıbbi protozoolojiden, serbest yaşayan protozoonların ekolojisine çevirmişlerdir. Genel limnolojik çalışmalarda heterotrofik protozoa uzun bir süre dikkate alınmamıştır. Kesin olarak ortaya koymak güç olmakla birlikte, bu ihmalin sebebi, muhtemelen uzman eksikliği veya daha büyük olan metazoonlara göre preparasyon işlemlerinin zor ve zaman alıcı olması gösterilebilir [2]. Protozoonların mikrobiyal besin ağında ve organik kirlilik yükü yüksek suların arıtılmasında önemli rolleri bulunmaktadır. Bunların yanı sıra atık su arıtma sistemlerinin performans göstergesi ve doğal suların kirlilik ve ötrofikasyon indikatörü olarak da kullanılmaktadırlar [3-9]. Protozoon türlerinin planktonik besin ağının önemli bir parçası olduğu ve sucul habitatlarda toplam zooplankton biyoması içerisinde önemli bir yere sahip olduğunun anlaşılmasından sonra göl, gölet, akarsu, rezervuar, kaynak suları ve sulak alanlar gibi tatlı su ekosistemlerinde, protozoon biyomas ve tür çeşitliliğinde meydana gelen mevsimsel değişimler, komünite yapıları çeşitli çalışmalarda ele alınmıştır. Ülkemizde değişik ekosistemlerde bulunan farklı organizma gruplarına ait çalışmalarda büyük aşamalar kaydedilmiş olmasına karşın, protozoonlar ile ilgili çalışmalar yeterli ölçüde değildir. Türkiye tatlı su protozoonları ile ilgili bilgiler yeni, az ve eksiktir. Bu çalışmanın bu alanda yapılacak olan araştırmalara temel bilgi sağlaması beklenmektedir. Protısta Alemi ve Protozoonlar Önceleri tüm canlılar iki alemli sınıflandırma sistemi (Kingdom: Plantae, Kingdom: Animalia) içerisinde ya bitki ya da hayvan olarak kabul edilmişler ve protozoonlar hayvanlar alemine dahil edilmişlerdir. Uzun bir zamandır kullanılmakta olan Whittaker’in beş-alemli sınıflandırma sisteminde bitki, mantar ya da hayvan tanımına uymayan tüm ökaryotik hücre organizasyonu gösteren tek hücreli canlılar Protista alemini oluşturmaktadır. Moleküler tekniklerin gelişmesi sonucunda canlı türleri arasındaki filogenetik ilişkiler ortaya çıkarılmış ve üç domain (süperkingdom) sistemi (Bacteria-Archaea-Eukarya) bilim dünyasına girmiştir. Bu sınıflandırma sisteminde bütün ökaryotik canlılar üçüncü domain olan Eukarya’ya dahil edilmiş ve domain Eukarya dört aleme (Protista-Plantae-Fungi-Animalia) bölünmüştür. Son zamanlarda bilim adamları bugün yaşayan türler arasındaki filogenetik ilişkilere dayanan sekiz alemden (Archaebacteria-Eubacteria-Archaezoa-Protista-Chromista-Plantae-Fungi-Animalia) oluşan yeni bir sınıflandırma sistemini teklif etmişlerdir [10,11]. Archaezoa olarak sınıflandırılan bir hücreli organizmalar (Archaeamoebae-Metamonada-Microsporidia) gerçek bir çekirdeğe sahiptirler, ancak mitokondri, endoplazmik retikulum ve Golgi aygıtından yoksundurlar. Moleküler verilere göre, Archaezoa üyeleri en eski ökaryotik hücreler olup, anaerobik periyodda, Golgi ve endoplazmik retikulumun gelişimi ve mitokondriyal simbiyontların hücreye dahil olmasından önce, ökaryotik evrim hattından ayrılmışlardır. Kahverengi algler ile klorofil c içeren diğer tek hücreli ökaryotlar Chromista adı altında ayrı bir alem içerisinde toplanmış, geriye kalan bir hücreli ökaryotlar, Protista alemine dahil edilmişlerdir [10-13] . Protista üyeleri yapı ve işlev bakımından çok çeşitlidir ve sınıflandırılması güçlüklerle dolu bir geçmişe sahiptir. Bu alemin sınırı değişik sınıflandırmalar arasında büyük farklılıklar göstermektedir [12, 14-16]. Çoğunluğu tek hücreli ve mikroskobik ökaryot canlılar olmasına karşın, aynı zamanda daha basit çok hücrelileri ve hatta deniz yosunları gibi karmaşık yapılı iri organizmaları da kapsar. Bunları bir araya toplayan asıl faktör hayvan, mantar ya da gerçek bitki olmamalarıdır. Protista aleminin, geleneksel bir yaklaşımla hayvan benzeri (Mastigophora-Sarcodina-Ciliata), mantar benzeri (Sporozoa-Mycetozoa-Gymnomycota), bitki benzeri (Euglenoidea-Dinoflagellata) gruplar şeklinde düzenlenmesi kabul görmektedir. Hayvan benzeri bir hücreliler olarak “Protozoa”, evrimsel ya da sistematik bir anlam ifade etmediğinden, takson olarak kabul edilmez. Protozoa kavramı, fonksiyonel anlamda bir organizasyon düzeyini ifade etmek için kullanılır. Bu grubu oluşturan organizmalar, hayvanlarla aynı tip beslenme stratejisini kullanırlar. Hayvan benzeri bir hücreliler enerji ve besinlerini heterotrofi yoluyla (osmotrofi-fagotrofi) elde ederler. Çok sayıda flagellat miksotrofiktir ve her iki beslenme stratejisini de (heterotrofi-ototrofi) kullanırlar. Bir çok heterotrofik protozoa da sitoplazmalarında fotosentez yapabilen endosimbiyontlar içerirler. Protozoanın olağanüstü çeşitliliğini içeren bir sınıflandırma sistemi düzenlemek oldukça zordur. Finlay ve Esteban [17] belirleyici karakter olarak fagotrofinin önemini vurgulayarak, tatlı suda yaygın olarak bulunan serbest yaşayan protozoonları aşağıda belirtildiği gibi 16 şubeye ayırmışlardır. Bu sınıflandırmada protozoa kavramı, eski sınıflandırmalarda tanımlanan Kingdom Protozoa’yı ve geleneksel bir şekilde protozoon olarak kabul edilen ancak şimdi Archaezoa ve Chromista’ya (esas olarak fototrofik protistler ya da alglerdir) dahil edilen organizmaları içermektedir. ARCHAEAMOEBAE: Mitokondriden yoksun, tek-kamçılı ameboyit hücreler olup, “pelobiont”lar da denir (örneğin Mastigamoeba, Mastiginella, Pelomyxa). Kamçı Pelomyxa cinsinde güçlükle gözlenir, bu nedenle amip olarak da tanımlanmaktadır. Organik madde bakımından zengin, anoksik sedimentlerde yaygın olarak bulunurlar. Özel bir besin tercihleri yoktur; bakteri, alg, detritus vs. üzerinden beslenirler. METAMONADA: Mitokondriden yoksun anaerobik kamçılı protistlerdir. İki, dört, sekiz (ya da bazen daha fazla) kamçı taşırlar. Çoğunluğu endokommensal olmasına karşın, parazit türler ve serbest yaşayan diplomonad türleri de (örneğin Hexamita, Trepomonas) içerir. Organik olarak zengin, anoksik sedimentlerde yaygın olarak bulunurlar, bakteri üzerinden osmotrofik ve fagotrofik olarak beslenirler. PERCOLOZOA: Genellikle 1-4 (bazen daha fazla) arasında değişen kamçı taşıyan flagellatları (örneğin ameboyit olmayan dört kamçılı Percolomonas, çok kamçılı pseudosiliyatlar), geçici kamçılı safhaları bulunan ameboyit flagellatları (örneğin iki kamçılı Naeglaria, dört kamçılı Tetramitus), kamçılı safha bulunmayan ameboyit formları (örneğin Vahlkampfia) ve modifiye olmuş mitokondri (hidrogenozom) içeren anaerobik flagellatları (örneğin Psalteriomonas) içeren karışık bir gruptur. Bazıları fakültatif patojendirler. Tümü sedimentlerde yaşar ve esas olarak bakteri üzerinden beslenirler. PARABASALA: Çok sayıda kamçıya sahip hidrogenozom içeren anaerobik, heterotrofik flagellatlardır. Karakteristik olarak parabasal cisimcik (modifiye olmuş Golgi) içerirler. Muhtemelen Ditrichomonas, Pseudotrichomonas hariç, hemen hemen tümü endosimbiyotiktir. İyi bilinmemekle beraber, bakteri üzerinden beslendikleri tahmin edilmektedir. Bazı araştırıcılar Parabasala’yı Archaezoa alemine dahil ederler. EUGLENOZOA: Genellikle iki (nadiren daha fazla) kamçı taşıyan flagellatlardır. Kamçılardan biri ya da her ikisi de anteriyör bir çöküntüden çıkar. Çoğu fagotrofiktir (örneğin Rhyhchomonas, Bodo, Astasia, Paranema, Entosiphon, Anisonema). Fagotrofik türler esas olarak sedimentlerde yaşarlar ve buraya tutunmuş bakteriler ya da su sütununda asılı duran bakteriler üzerinden beslenirler. Entosiphon gibi daha büyük öglenoyitler büyük partiküllerle beslenirler. Kinetoplastid içeren biflagellat bodonidleri de içerir. Serbest yaşayanlara ilaveten simbiyotik olan üyeleri de vardır. Ichthyobodo necator tatlı su balıklarının solungaçlarında ektoparazit olarak yaşar. OPALOZOA: Çoğu biflagellat protistlerdir (Anisomonas, Apusomonas, Cercomonas, Heteromita). Esas olarak bakteri üzerinden beslenirler. Kathalepharis türleri planktonda küçük algler üzerinden, bazıları ise (örneğin Cercomonas) pseudopod oluşturarak bakteri üzerinden beslenirler. Cyathobodo kendini zemine tespit etmek için sap oluşturur. Bu takson endokommensal olarak yaşayan opalinidleri de kapsar. CHOANOZOA: Serbest yaşayan, tek kamçılı, renksiz flagellatlardır. Hücrelerin apikal yüzeyinde bulunan çok sayıda ince sitoplazmik uzantı, kamçının etrafında yaka benzeri bir yapı oluşturur. Çoğunlukla sesildirler. Soliter ya da koloniyal, çıplak ya da lorikalı olabilirler. Sadece fagotrofik formları içerir, tatlı sudaki süspanse bakteri ve diğer küçük partiküller üzerinden beslenirler (örneğin Codonosiga, Diploeca, Diplosigopsis, Monosiga, Sphaeroeca). DINOZOA: Ekolojik bakımdan önemli olan bir şubedir. Deniz ve tatlı sularda serbest, bir kısmı da diğer protistler veya metazoonlarda simbiyont olarak yaşayan, iki heterodinamik kamçı taşıyan flagellatlardır. Renksiz türler osmotrofiktirler, detritus ya da diğer protistler üzerinden beslenirler. Katadinium, Peridinium, Gymnodium ve Ceratium cinslerinde fagotrofik tatlı su türleri bulunur. CILIOPHORA: Protista içerisinde yer alan şubeler arasında en homojen gruplardan biridir. Nüklear dualizm (makro- ve mikronükleus) göstermeleri, hareket ve beslenme için sil veya bileşik sil yapıları (sir, membranel vs.) taşımaları, homothetogenik (enine) bölünmenin görülmesi (flagellatlarda symmetrogenik bölünme görülür) diagnostik özellikleridir. Bir çoğu kompleks ağız siliyatürüne sahiptir. Çoğu aerobiktir, anaerobik türlerde mitokondri yoktur ya da hidrogenozom bulunur. Siliyatlarda beslenme heterotrofiktir, fakat bazı türler fotosentetik algal protistler içerirler. Çoğunluğu serbest yaşar, çok sayıda türü kommensal veya nadiren de parazit olarak yaşayan simbiyontlardır. Ichthyopthyrius multifiliis balıklarda beyaz benek hastalığı etkenidir. Yumuşak zeminlerde geniş populasyonlar oluştururlar (örneğin Loxodes, Spirostomum, Caenomorpha, Aspidisca, Acineta, Nassula, Cyclidium, Vorticella, Frontonia, Paremecium, Prorodon, Lacrymaria, Actinobolina). Bir çok siliyat serbest, fakat bazı peritrich ve suktorlar sesil yaşarlar. Vorticella soliterdir, fakat Epistylis, Carchesium, Zoothamnium ve Operculaia koloniyaldir. Küçük türler bakteri üzerinden, büyük türler ise büyük tek hücreli algler, flamentöz siyanobakteri, diğer protozoonlar ve nadiren rotifer ve diğer mikrozooplankton üzerinden beslenirler. Halteria viridis gibi miksotrofik türlerin metalimniyonda aşırı çoğalması primer üretim bakımından önemli olabilir. RHIZOPODA: Beslenme ve hareket için pseudopod oluşturan, kamçısız amiplerdir. Yalancı ayaklar lobsu (lopopod), ipliksi (filopod) ya da ağsı (retikulopod) olabilir. Çıplak amipler lobsu (örneğin Amoeba, Acanthamoeba) ya da ipliksi (örneğin Vampyrella) yalancı ayaklara, kabuklu amipler ya lobsu (örneğin Arcella) ya da ipliksi (örneğin Euglypha) yalancı ayaklara sahiptirler. Foraminiferlerin (Granuloreticulosa) tümü hemen hemen denizeldir, kabuk yüzeyindeki deliklerden yalancı ayaklar ipliksi şekilde çıkarlar ve ağsı bir yapı şekillendirirler. Taksonun üyeleri esas olarak serbest yaşarlar, fakat endosimbiyont olarak yaşayanları da vardır (örneğin Entamoeba). Serbest yaşayanların tümü fagotrofik heterotroflardır. Alg, detritus, bakteri vs. üzerinden beslenirler. Vampyrella flamentöz yeşil algler üzerinde parazit yaşarlar. Bazı kabuklular planktoniktirler (örneğin Difflugia). HELIOZOA: Aksopodlu fagotrofik hücrelerdir. Sert, mikrotübüler aksonem içeren aksopodlar hücrenin etrafından ışınsal olarak çıkar. Güneş hayvancıkları da denir. Esas olarak tatlı sularda yaşarlar (örneğin Actinosphaerium, Actinophrys, Clathrulina). Bazıları denizeldir. Alg, protozoa ve rotiferler üzerinden beslenirler. Aksopodlar diffüzyonla beslenmede kullanılır. Esas olarak planktonik protistlerdir ve sap ya da aksopodlar aracılığı ile yüzeye tutunabilirler. BICOSOECA, DICTYOCHAE, PHAEOPHYTA, HAPTOMONADA ve CRYPTOMONADA : Kingdom Chromista’ya ait şubelerdir. Çoğunluğu fototrof olduğu halde, fagotrofik türler de içerirler. Tatlısu formlarında miksotrofi ve fagotrofi özellikle chrysomonadlarda yaygındır. Chrysomonadlar iki kamçılı, sesil ya da hareketli ve soliter ya da koloniyal olabilirler (örneğin Spumella, Uroglena, Dinobryon). Beslenme ile ilgili organelleri başta olmak üzere, protozoon morfolojisi ve fonksiyonel rolleri arasında yakın bir ilişki vardır. Bulundukları habitatlarda fonksiyonel rolleri dikkate alındığında, serbest protozoonlar siliyatlar, sarkodinler (kök bacaklılar) ve heterotrofik flagellatlar olmak üzere üç büyük gruba ayrılırlar. Fonksiyonel gruplar aynı yerde, bir arada yaşadıkları halde, besin yakalama mekanizmaları farklıdır. Flagellatlar genellikle 20μm’den, amipler 50 μm’den, siliyatlar 200 μm’den daha küçüktürler. Ancak bazı amip ve siliyatların büyüklükleri 2 mm’ye kadar ulaşabilir (örneğin Pelomyxa, Actinosphaerium, Stentor). Protozoonlar kendi büyüklüklerine uygun besini tercih ederek, mikrobiyal populasyonları kontrol altında tutarlar. Fonksiyonel özellikler dikkate alındığında, siliyatlar (besin yakalamada sil kullanırlar) yırtıcı beslenenler (örneğin Prorodon, Monodinium, Didinium, Dileptus, Chidonella, Nassula), süzerek beslenenler (Cyclidium, Colpidium, Vorticella, Aspidisca, Eupletes, Strombidium, Strobilidium) ve difüzyon ile beslenenler (Suctoria) olarak ayrılabilirler. Sarkodinler kendi içinde üç fonksiyonel gruba ayrılır: çıplak amipler, kabuklu amipler ve heliozoonlar. Bu protistler gruplara göre çeşitlilik gösteren pseudopodlarla, protistin büyüklüğüne uygun olarak alg yada bakteriler üzerinden, Pelomyxa türleri canlı olmayan organik partiküller üzerinden beslenirler. Heterotrofik flagellatlar diğer gruplara göre daha küçüktürler. Bu nedenle sucul ortamlarda, yüzey ve dipte önemli bakteri tüketicileridir. Yırtıcı beslenme (örneğin chrysomonadlar), süzerek beslenme (örneğin choanoflagellatlar) ve difüzyonla beslenme (örneğin Ciliophrys ve helioflagellatlar) bu grupta da görülür. Taksonomik gruplar ile fonksiyonel gruplar arasında yakın bir ilişki yoktur. Farklı türler, benzer ekolojik fonksiyonları olmasına karşın, farklı taksonomik gruplarda yer alabilirler. Heliozoonlar ve helioflagellatlar morfolojik olarak birbirlerine benzedikleri halde, farklı şubelerde yer alırlar. Bu iki şube benzer beslenme stratejisine sahiptirler. Benzer şekilde farklı beslenme stratejisi geliştiren bir hücrelilere çeşitli taksonomik gruplarda rastlanmaktadır. Örneğin değişik pek çok bir hücreli grubunda fotosentez yapan türler vardır. Bir grup fotosentez yapan türleri, heterotrofik türleri ve miksotrofik türleri içerebilir. Protist çeşitliliği ile ilgili iki farklı görüş bulunmaktadır. Mikrobiyal çeşitliliğin, makroskobik hayvan ve bitki çeşitliliği ile ayırt edici bazı özelliklere sahip olduğunu vurgulayan Finlay ve Esteban [17], tatlı su protozoon türlerinin az sayıda bireyle ya da kist olarak temsil edilse bile, tüm nemli habitatlarda her zaman bulunduklarını ve muhtemelen hiçbir zaman da yok olmadıklarını ifade etmişlerdir. Lokal olarak, birçok tür nadir ya da kriptiktir (gizli türler, kist halinde olanlar). Çevresel koşulların onların tercih ettikleri yönde gelişmesini beklerler. Uzun süre “aktif” durumdan çok “potansiyel” durumda kalırlar. Bundan dolayı aktif biyoçeşitlilikten çok, potansiyel biyoçeşitlilikten söz edilir. Boyutlarının küçük olması, dirençli kistler oluşturmaları ve bir yerden bir yere kolay bir şekilde taşınmalarından dolayı kozmopolit türler olarak kabul edilirler. Mikrobiyal ökaryot türlerin dağılışı nadir olarak coğrafik bariyerlerle sınırlanmıştır. Bu nedenle spesifik coğrafik dağılımları hakkında bilgi vermek oldukça zordur. Endemizm nadirdir,global tür çeşitliliği azdır ve en azından siliyatların çoğu halihazırda tanımlanmıştır [18-21]. Siliyat türlerinin çoğunun kozmopolit olduğu konusunda Finlay ve Fenchel’in görüşlerine katılan Foissner [22] önceki araştırıcıların aksine tür çeşitliliğinin çok fazla olduğunu, halen tanımlanmamış çok sayıda türün olduğunu, endemizmin yaygın olduğu ve spesifik coğrafik dağılış gösterdiklerini ileri sürmüştür. Yüksek yapılı hayvan ve bitkilerle karşılaştırıldığında, küçük oldukları ve yaşamlarının çoğunu kist safhasında geçirdikleri için protistleri tanımlamanın güç olduğunu ifade eden Foissner [23], sadece uygun koşullar oluştuğunda kistten çıktıklarını, birkaç tane her zaman mevcut ve sayısal olarak dominant tür tarafından gizlendiğini ve bu nedenle nadir türlerin gözden kaçırılabileceğini açıklamıştır.

http://www.biyologlar.com/tatli-su-protozoonlari-ve-onemi

Takson örneklemesi ve filogenetik sinyal

Moleküler biyolojideki ileri dizileme teknolojilerinin gelişimi sayesinde, filogenileri belirlemek için büyük miktarlarda veri (DNA veya protein dizileri) elde etmek mümkün hale gelmiştir. Örneğin, mitokondriyal genomlara dayanan karakter matrisleri kullanan bilimsel çalışmalar yaygındır. Ancak, kimi araştırmacı, bu matrislerdeki karakter sayısının yüksek olmasındansa takson sayısının yüksek olmasının daha önemli olduğunu iddia etmiştir, çünkü takson sayısı ne kadar çok olursa elde edilecek filogeni o derece daha güvenilir olur. Bunun bir nedeni uzun dalların ayrışmasıdır. Mümkün olduğu durumlarda fosil verilerinin filogenilere dahil edilmesinin bu yüzden önemli bir neden olduğu öne sürülmüştür. Ağaç inşasının doğruluğuna etki eden bir diğer önemli unsur, kullanılan veride faydalı bir filogenetik sinyal olup olmadığıdır. Filogenetik sinyal terimi, birbiriyle ilişkili organizmaların genetik malzeme veya fenotipik özellikleri bakımından birbirlerine benzeyip benzemedikleri ile ilgilidir.

http://www.biyologlar.com/takson-orneklemesi-ve-filogenetik-sinyal

Kreatinin tayini

Kreatinin, kreatin’in anhidrit seklidir.Kreatin bobrek, karaciger ve pankreasta sentezlenir. Sentez olayinda iki enzim rol oynar: Glisin amidinotransferaz ve S-adenozilmetiyonin:guanidoasetat N-metiltransferaz. 1.reaksiyon mitokondride, 2. Reaksiyon sitoplazmada gerceklesir.1-Arginin + Glisin Û Ornitin + Guanidoasetat2-guanidoasetat + S.-adenozilmetiyonin Û Kreatin + S-adenozil homosisteinSentezlenen kreatin kan yoluyla beyin ve cizgili kaslara tasinir ve burada kreatin fosfat olarak depo edilir.Kreatin + ATP Û Kreatin-P + ADPBu reaksiyonu kreatin kinaz (CK) katalizler.Kreatin-P, ozellikle kas kasilmasi sirasinda enerjiye (ATP) gereksinim aninda CK reaksiyonunun tersine donmesiyle ATP saglar. Serbest kreatin’in bir kismi kendiliginden bir molekul su kaybederek kreatinin’e donusur.Olusan kreatinin bobrek yoluyla itrah edilir.Her bireyde gunluk kreatinin itrahi hemen hemen sabittir.Idrar kreatinini bireyin kas kutlesi ile dogrudan ilgilidir.Buna kreatinin katsayisi denir.Kreatinin katsayisi=....mg kreatinin /24 s/kg vucut agirligi olarak ifade edilir.Erkeklerde 18-32 mg/24s/kg, kadinlarda 10-25 32mg/24s/kg’dir.Kreatinin klirensi:1 dakikada idrarla kreatininden temizlenen plazma hacmi olarak tanimlanir.Kreatinin klirensi degeri glomeruler filtrasyon hizinin (GFR) bir gostergesidir.GFR, is goren glomerul sayisinin bir gostergesi olarak kabul edilir.Kreatinin klirensi = Idrar kreatinin x dakikalik idrar hacmiSerum kreatinin lKreatinin klirensi normal degeri= Kadin : 95 ± 20 ml/dkErkek : 105 ± 20 ml/dk.Serum kreatinin duzeyi normal degeri= 0.6-1.2 mg/dl.Serum kreatinin duzeyinin arttigi durumlar1-Bobrek hastaliklari2-Idrar yolu obstruksiyonlari3-Akromegali4-Gigantizm5-HipertiroidiSerum kreatinin duzeyinin azaldigi durumlar1-Kas distrofisi2-Ileri yaslilik3-Kas kitlesini azaltan kas erimeleri4-GebelikKreatinin Tayin YontemleriA-Kolorimetrik yontem (Jaffe yontemi)B-Enzimatik yontem Bugun laboratuvarlarda kreatinin olcumu otoanalizorlerde kinetik kolorimetrik assay (Jaffe metodu) ile olculmektedir.Prensip:Alkali ortamda pikrik asit ile kreatininin reaksiyona girerek sari-turuncu renkli kompleks olusturmasi ve bunun kolorimetrik olcumudur.Jaffe yontemiyle kreatinin olcumu ve kreatinin klirensinin hesaplanmasiReaktifler:1-%10 sodyum tungstat2- 2/3 N sulfirik asit3- 0.75 N NaOH4-Doymus pikrik asit cozeltisiDeneyin Yapilisi:Kreatinin klirensinin saptanmasi icin kisiden sureli (2 saatlik,4 saatlik,24 saatlik v.s) idrar toplanir ve dakikalik idrar hacmi (V)saptanir.Idrar toplama suresinin ortasinda kan alinir. Idrar toplandigi sure boyunca cay ,kahve, ilac kullanilmaz.Idrar toplamaya baslamadan kisiye 1-2 bardak su icirilir.Serumda kreatinin tayiniNumune Kor Serum 4ml ¾Distile su 2ml 6ml%10 sodyum tungstat 2ml 2ml2/3 sulfirik asit 2ml 2mlKaristirilir 1-2 dk bekletilip suzulur.N suzuntusu 3ml ¾Kor suzuntusu ¾ 3mlPikrik asit 1ml 1ml0.75 N NaOH 1ml 1ml15 dk oda sicakliginda bekletilip kore karsi numunenin absorbansi 530 nm de okunur.Serum kreatinin konsantrasyonu (mg/dl) standart egri grafiginden saptanir.Idrarda kreatinin tayiniNormal degerler: Erkek®14-26 mg/dlKadin®11-20 mg/dlDeneyin Yapilisi:Idrar 1:100 oraninda sulandirilir.(1ml idrar + 99ml distile su) 3ml sulandirilmis idrar alinir + 1 ml pikrik asit +1 ml 0.75 N NaOH konup karistirilir.15 dk oda sicakliginda beklettikten sonra kore (serumda kreatinin tayininde hazirlanan) karsi absorbansi olculur.Standart egri grafiginden idrar kreatinin konsantrasyonu (mg/dl) saptanir.Bulunan deger 20 ile carpilir.

http://www.biyologlar.com/kreatinin-tayini

Yatay gen transferi

Yatay gen transferi, bir organizmanın, ikinci bir organizmadan türemeden, o ikinci organizmaya ait genetik malzeme edinmesini sağlayan herhangi bir süreçtir. Buna karşın, dikey transfer bir organizmanın kendi atalarından (yani ebeveynlerinden) genetik malzeme edinmesidir. Genetik bilmi bu iki transfer biçiminden daha yaygını olan dikey transfere odaklanmış olmakla beraber, yakın zamanda yatay transferin de anlamlı bir olgu olduğu bilincine varılmıştır. Yatay gen transferinin yapay biçimi bir genetik mühendislik şeklidir. Yatay gene transferi ilk defa 1959'da, farklı bakteri türleri arasında antibiyotik direncinin aktarılabildiğinin gösterilmesi ile keşfedilmiştir. Japon araştırmacılar tarafından yapılan bu buluşunun ne anlama geldiği Batı bilimcileri tarafından anlaşılması için bir 10 yıl geçti. Michael Syvanen bu konuda çalışmış ilk batılı araştırmacılardandır. Syvanen, 1984'ten itibaren yatay gen transferi üzerine bir dizi makale yayınlamış, yatay gen trasnferinin olduğunu öngörmüş, yeryüzünde yaşamın başlangıcından itibaren evrim tarihini etkilemiş olan bir süreç olduğunu belirtmiştir. Gen ve genom çalışmaları prokaryotlar arasında önemli miktarda yatay gen transferi olduğunu göstermekteler. Bu olgunun tek hücreli ökaryotlar için de anlamlı olduğu görülmektedir. Bulgular, protistaların evriminde de yatay gen transferinin önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Bitki ve hayvanların da bu olgudan etkilendiğine dair belirtiler vardır, ama bunun ne derece önemli olduğu açık değildir Virüsler Mimivirüs adı verilen virüs, sputnik adlı uydu virüs tarafından enfekte edilebilir. Sputnik virüsünün genlerinde 13'ü herhangi başka hiçbir gene benzemekle beraber, 3 tanesi mimivirüs ve mamavirüs genleriyle yakın ilişkilidir. Bu genlerin mimivirüsün kendini paketlemesi sırasında edinilmiş olduğu tahmin edilmektedir. Bu bulgular, bazı uydu virüslerin, virüsler arasında yatay gen transferi yapabileceğini göstermektedir. Bakteriyofajların bakteriler arasında gen taşıması da buna benzetilebilir. Prokaryotlar Yatay gen transferi birbirine uzak akraba olan bakteriler arasında dahi yaygındır. Bu süreç, antibiyotik direncinin baçlıca nedeni olarak sayılmaktadır; bir bakteri direnç edinince, direnç genini kısa sürede başka türlere de aktarabilmektedir. Enterik bakteriler, içinde bulundukları bağırsaktaki diğer bakterilerle genetik alışverişte bulunurlar. Yatay gen transferi için başlıca üç mekanizma vardır: Transformasyon, hücre içine yabancı genetik malzeme (DNA veya RNA) girmesi sonucu hücrenin kalıtsal değişime uğramasıdır. Bu süreç bakterilerden göreceli olarak yaygındır, ama ökaryotlarda daha enderdir. Transformasyon, deneysel, endüstriyel amaçlar için bakterilere yeni genlerin sokulması için sıkça kullanılır. Bakınız moleküler biyoloji ve biyoteknoloji maddeleri. Transdüksiyon (genetik), bakteri DNA'sının bir virüs (bakteriyofaj, veya kısaca faj) aracılığıyla bir bakteriden diğerine taşınması. Bakteriyel konjugasyon, bir bakterinin hücresel temas yoluyla DNA'sını bir diğer bakteriye aktarması. Ökaryotlar DNA dizilerinin analizi ökaryotların içinde, mitokondri ve kloroplast genomlarından çekirdek genomuna, yatay gen transferinin olmuş olduğuna işaret etmektedir. Endosimbiyoz teorisinde belirtildiği gibi, kloroplast ve mitokondrilerin kaynağı, ökaryotik hücrelerin atası bir hücrenin içindeki bakteriyel endosimbiyontlardı. DNA dizi karşılaştırmaları farklı türler arasında pek çok genin yatay transferini göstermiştir, bu transferlerin bazıları farklı üst-alemler arasında dahi gerçekleşmiştir. Bakterilerden bazı mantarlara, özellikle Saccharomyces cerevisiae mayasına yatay gen transferi iyi belgelenmiştir. Aduki fasulya kınkanatlısının kendi endosimbiyontu Wolbachia 'dan genetik malzeme edindiğine dair de kanıtlar vardır. Wolbachia bakterilerini artropod ve filaria nematodlarında önemli bir genetik malzeme kaynağı olduğu gösterilmiştir Rafflesiaceae bitki ailesinin parazitlerinin, konak bitkiden bazı mitokondri genlerini yatay transfer yapmış olduğu da gösterilmiştir. Ayrıca, henüz kimliği bilinmeyen bir bitkinin kloroplastından Phaseolus fasulyasının mitokondrisine transfer olduğu gösterilmiştir.  

http://www.biyologlar.com/yatay-gen-transferi

Hangi yapılar hücrede paraplazmik maddelerdir?

Besin maddeleri, salgı granülleri ve pigmentler hücre içindeki paraplazmik maddelerdir. Sitoplazmada şekilli unsurlar olarak isimlendirilen yapılardan hücre organellerini, endoplazmik retikulum, ribozomlar, Golgi kompleksi, lizozomlar, peroksizomlar, mitokondriyonları sırası ile ayrıntılı olarak inceleyelim.

http://www.biyologlar.com/hangi-yapilar-hucrede-paraplazmik-maddelerdir

KAN GLUKOZ TAYİN YÖNTEMLERİ

Glukoz insan kanında bulunan en önemli monosakkarittir. Glukoz insan ve hayvan dokularının enerjisini sağlar. Bu canlıların kalori ihtiyaçlarının yarısından fazlası glukoz tarafından sağlanmaktadır. Glukoz altı karbona sahip bir aldoheksozdur. Glukoz meyve sularında, nişastada, şeker kamışında, maltoz ve laktozda bulunur. Hidroliz ile açığa çıkar. Organizmanın kullandığı ve kanda taşınan en önemli şekerdir. Diabetes mellutuslu hastalarda idrarda da bulunur. İndirgeyici bir şekerdir. Maya tarafından fermente olur. Nitrik asidde çözünerek sakkarik asid oluşturur.Glukoz barsaklardan emilerek kana geçtikten sonra vücudun enerji ihtiyacı doğrultusunda glikolitik yola girerek piruvata kadar yıkılır. Glukozun piruvata yıkımı aerobik glukoliz ile olmaktadır ki bu yolu mitokondriye sahip hücreler kullanmaktadırlar. Ertrositler, kornea, lens ve retina hücreleri çok az mitokondri içerirler bu nedenle glikolitik yol bu dokuların pirimer enerji gereksinimlerini karşıladıkları yoldur. Bu dokularda aneorobik glikoliz olur ki son ürün laktik asiddir.Glukozun kandan hücrelere kullanılmak üzere girişinden sorumlu yegane hormon insülindir. İnsülin anabolizan bir hormondur. İnsüline zıt olarak çalışan bir diğer hormon ise glukagon hormonudur. Dolayısı ile kan glukoz konsantrasyonunu bu iki hormon öncelikli olarak etkilemektedirler. Kan glukozu azaldığında ve hücrelerin enerji ihtiyaçları arttığında glukagon hormonunun etkisi ile glikojen depoları boşalmaya ve kan şekeri artmaya başlar. Kan şekeri arttığında ise hücrelere glikozun girişi insülin hormonu aracılığı ile olmaktadır. Kan glukoz seviyesi karaciğer tarafından düzenlenir.Kan glukozunun kontrolü başlıca iki hormonun kontrolündedir. Bunlar insülin ve glukagon hormonlarıdır. Etkileri ise şu şekildedir.İNSÜLİN GLUKAGON Glikolisis Glikojenılisis ­Glikogenesis ­ Glikojen ® Glukoz Glukoz ® glikojen ® piruvat®acetyl-CoA Glikoneogenesis ­ Lipogenesis ­ Yağ asidi ® Asetil CoA ® KetonGlikojenolisis¯ Proteinler ® Amino asidler Kan glukoz ölçümlerinin başlıca iki amacı vardır. Bunlar ya hiperglisemiyi yada hipoglisemiyi tespit etmektir.*** Normal açlık plazma glikoz seviyesi : FPG < 110 mg / dl olmalıdır.HİPERGLİSEMİ HİPOGLİSEMİAçlıkKan glikozu > 110 mg / dl İlaçlarDiabetes mellitus EtanolHepatik hastalıklarTip I . İnsülinomaBeta- cell yıkımı . Doğmasal hiperinsülinizmAbsolut insülin yetmezliği G-6 Fosfataz yetmezliği ( Vov Gierke’s hast )Otoantibadiler İslet-cell otoantibadiler İnsülin otoantibadilerGlutmik asid dekarboksilaz otoantibadilerTip IIİnsülin resistansıRelatif insülin yetmezliğiDiğerSekonderBeta-cell genetik fonksiyon yetmezliğiPankreas hastalıklarıEndokrin hastalıklarİlaçlarİnsülin reseptör abnormalitesiGestasyonelGebelikte glikoz intoleransıMetabolik ve hormonal değişime bağlı KAN GLUKOZ TAYİN YÖNTEMLERİMODİFİYE SOMOGYI-NELSON METODU:Prensip:Glukoz tayini yapılacak olan kan, plazma, yada serum örneği,, içersinde glukozun yanı sıra indirgeyici özelliği bulunan proteinleri çöktürmek ve ortamdan uzaklaştırmak için deproteinize edilir. Bu amaçla Çinko Hidroksit kullanılır. Daha sonra numune Alkali Bakır solüsyonu ile ısıtılır. Cuprik ( cu+2 ) bakır iyonları glukozu okside eder ve Cuprous ( cu+1 ) iyonları oluşur. Bu esnada oluşan bu bakır miktarına eşit miktarda Arsenomolibdat indirgenir. Renk değişimi kolorimetrik olarak ölçülür ve glukoz kantitasyonu yapılır.Normal kan glukoz değeri: Tam kanda ( açlık ) 65 –110 mg / 100 ml’dir.Numune: Bu yöntemle tam kan, serum, plazma yada serebrospinal sıvıda glukoz tayini yapılabilir. Plazma için herhangi bir antikoagulant madde kullanılabilir. Tam kan hemen ölçümlerde kullanılmayacaksa, içersine glikolizisi durdurmak için Sodyum Florid katılarak buzdolabında saklanmalıdır.Reaktifler:1- 1- Sodyum hidroksit ( NaOH ), 0,08 N2- 2- Sodyum hidroksit ( NaOH ), 1 N3- 3- % 5’lik Çinko sülfat solüsyonu, ( ZnSO4 )4- 4- % 10 Bakır Sülfat solusyonu, ( CuSO4 )5- 5- Alkalen bakır solüsyonu,Çözelti A. 12 gr. Na2CO38 gr. NaOH CO36 gr. Potasyum sodyum tartarat ( C4N4KNaO6 ( 4H2O )72 gr. Na2SO4 Anhdril.Saf suda eritilir ve 400 ml ye tamamlanır.Çözelti B. 28 gr. Disodyum fosfat anhdr. ve 40 gr. Rochelle tuzu ( KnaC4H4O6 . 4H2O ) tartılıp bir bir balon jojede 700 ml saf suda eritilir. Magnetik karıştırıcıda bunlar çözünürler iken üzerine 100 ml 1 N Sodyum hidroksit ve 80 ml % 10 Bakır sülfat yavaş yavaş eklenir. Daha sonra üzerine 180 gr Sodyum sülfat anhdr. eklenir ve en son balon joje saf su ile 1 L ye tamamlanır.Kullanmadan önce 4 volüm A çözeltisi 1 volüm B çözeltisi ile karıştırılır.6- 6- Arsenomolibdat Çözeltisi: 25 gr. ( NH4 )6Mo7O27 . 4H2O ( amonyum molibdat ) 450 ml saf suda eritilir. 21 ml derişik H2SO4 ilave edilip karıştırılır. 25 ml saf suda eritilmiş 3 gr Disodyum hidrojen arsenat ( Na2HasO4 . H2O) ilave edilir. Çözelti karıştırıldıktan sonra etüvde 37 C0 de 24-48 saat bekletilir.7- 7- Standart glukoz çözeltisi: % 50 mg, % 100 mg, %200 mg, % 300 mg, % 400 mg.Standart Kalibrasyon Eğrisi: Stok standardı 10 ml.lik tüplerde 0.5, 1.0, 2.0, 3.0 ve 4.0 ml dilüe edilir. Bu çalışma standartları 50, 100, 200, 300, 400 mg glukoz / 100 ml konsantrasyona eşittir. Daha sonra test prosedürü bunlara aynen uygulanır. Blank referanslığında 530 nm dalga boyunda spektrofotometrede absorbansları alındıktan sonra, alınan absorbansa ve konsantrasyona göre bir grafik çizilir.Test Prosedürü:15 x 125 mm’lik deney tüplerine aşağıdaki sırada blank, numune ve standart çöeltileri sırayla konur. Sodyum hidroksit konduktan sonra 5 dk. kadar beklenir ve Çinko sülfat eklenir. Tüpler iyice karıştırılır. BLANK            NUMUNE              STANDARTSaf su ( ml )                                        1 ml                     0                         0Standart ( ml )                                      0                       0                        1.0Numune ( kan, serum, CSF ) ml                0                      1.0                       0NaOH, 0,08 M                                       7.0                     7.0                     7.0ZnSO4 ( ml ) ml                                     2.0                     2.0                    2.0· · Tüm tüpler 2500 rpm’de 5 dk. Santrifüj edilir.· · Blank için 1, standart ve numune sayısı kadar da Folin- Wu tüpleri alınır. Bu tüplere süpernatanttan birer ml konur. Her tüp mutlaka etiketlenmelidir.· · Her tüpe 2.0 ml Alkali bakır çözeltisi konur ve karıştırılır.· · Tüpler su banyosunda 15 dk kaynatılır. İşlem sonunda akan musluk suyunda tüpler soğutulur.· · Her tüpe 1.0 ml Arsenomolibdat reaktifi konur ve tüpler karıştırılır. Tüpler saf su ile 25 ml ‘lik hacime tamamlanır.· · 550 nm dalga boyuna ayarlanmış spektrofotometrede tüm tüpler köre karşı okunur.· · Standart eğrinin referanslığında numunenin glukoz konsantrasyonu hesaplanır.Not: Eğer standart grafik değilde tek bir standart kullanılıyorsa şu formül yardımı ile numunenin glukoz konsantrasyonu hesaplanabilir.Nc = NAB / SAB x Sc Nc : Numunenin konsantrasyonuNAB: Numunenin absorbansıSAB : Standardın absorbansıSc : Standart konsantrasyonuGLUKOZ OKSİDAZ ( Fermco Test ) METODUPrensip : Serum, plazma, CSF’ de bulunan glukoz moleküler oksijen tarafından Glukonic asid ve H2O2’ ye okside edilir. Bu reaksiyonu Glukoz Oksidaz enzimi katalizler. H2O2 Kromojen Peroksidaz enziminin etkisi ile renkli bir bileşiğe oksitlenir. Bu bileşik H2SO4 etkisi ilekalıcı kırmızı renk verir. Ölçüm kolorometrik olarak yapılır.1. Glukoz + O2 + H2O Glukoz Oksidaz Glukonik asid + H2O22. H2O2 + Chromogen Peroksidaz amber compaund3. Amber Compaund + H2SO4 ........... Stable red pigmentNormal Değerleri:Serum- Plazma ( açlık ) : 70 – 110 mg / 100 mlSerebrosipinal sıvı ( açlık ) : 45 – 80 mg / 100 mlNumune:Kan alındığında eritrosit hemolizinin olmamasına dikkat edilmelidir. Çünkü eritrositlerin sitoplazmik glikolitik enzimler serum-plazma glukozunun yanlış ölçülmesine yol açarlar. Bunu engellemek için Florid kullanılmamalıdır. Çünkü florid glikolitik enzimleri baskılamakla kalmaz deneyde kullanılan enzimleri de baskılar. En iyi ölçüm kan alındıktan hemen sonra serumu çıkartılıp yapılan ölçümdür.Reaktifler:1- 1- Enzim- Kromogen Buffer Reagent.2- 2- Sülfirik Asid ( 7.2 N )3- 3- Glukoz Standardları: 300 mg anhidroz reagent-grade glukoz ( dextroz ), 80 ml deiyonize suda çözülür. Üzerine 0,25 g benzoik asid ilave edilir ve karıştırılır. Karışımın üzeri 100 ml ye tamamlanır. Bu stok solüsyonda 60, 120 ve 240 mg / 100 ml’lik standart çalışma solüsyonları hazırlanır.Test Prosedürü:· · 13 x 120 mm’lik deney tüplerine numune, standard ve kör için birer ml enzim-kromogen karışımı reaktifinden konarak tüpler 37 C0 da su banyosuna kaldırılır.· · Aynı anda 20 ml bilinmeyen serumdan numune tüpünün üzerinde tabaka oluşturacak şekilde konur ve hemen karıştırılır. Blank sadece enzim- kromojen reaktifi içermelidir. Standartlar için de numuneye yapılan işlem yapılır.· · 10 dk. sonra reaksiyon her tüpe 4,0 ml 7,2 N H2SO4 eklenerek durdurulur.· · Blank referanslığında standard ve numunenin absorbansları 540 nm dalga boyunda spektrofotometrik olarak okunur.Hesaplama: Aşağıdaki formül yardımı ile glikoz konsantrasyonu bilinmeyen örneğin glukoz konsantrasyonu hesaplanır.Numunenin absorb. / Standardın absorb. X Standardın konstr. = Glukoz ( mg / 100 ml )

http://www.biyologlar.com/kan-glukoz-tayin-yontemleri-1

HİSTOLOJİ PREPARATLARI BOYAMA TEKNİKLERİ VE BOYALAR

Belki de alınmamaktadır. Negatif boyamada yapıların şekilleri boyanın penetre olrnasından değil boya ile çevrelendiğinden gösterilmektedir. Bazen boyalar yenir. Daha kusursuz olarak, boya reaktifleri organizmanın fizyolojik aktivitelerine bağlı olan değişik yollarla canlı hücre içine alınabilir. Bu ise vital boyama ve supra-vital boyama olarak adlandırılır.Daha da genellersek, boya alınımı, boya-doku veya reaktif-doku affiniteleri nedeniyledir. Bazı doku kompenentlerinin bazı boyalar için yüksek bir affiniteye sahip olduğu söylendiğinde, spesifik kullanım şartlarında-kompenent yoğun olarak boyanacaktır. Öte yandan dokuya boyayı bağladığı düşünülen Coulomb, hidrojen bağı ve diğer bağlar gibi çekici kuvvetleri de açıklamak için de kullanılmaktadır. Bu yüzden affinite, bir boya maddesini boya banyosundan bir kesite transfer olma eğiliminin bir ölçümü olarak düşünülebilir ve affinitenin önemi (büyüklüğü), bu prosese eklenen veya engellenen her faktöre bağlıdır. 1-VİTAL BOYAMACanlı hücreler, boyama sıvılarındaki ayrışma ile (supra-vital boyama) veya canlı organizma içine boyanın enjeksiyonu ile (intra-vital boyama) boyanabilirler. Bu yöntemler, tespit edilmiş dokudan alınan kesitlere uygulanmaz. Fakat boyanmış kesitlerin karşılaştırılmasında değerli bir kontrol olarak kullanılabilirler. Canlı hücrelerin boyanması için ilk uygulama, önce metilen blue'yu (l887), daha sonra nötral red'i (l894) kullanan Paul Ehrlich' ten gelmiştir. Vital boyamada önce sitoplazmik yapılar ortaya konur. Canlı hücrelerin çekirdek zarı boyalara geçirgen değildir ve canlı çekirdeği boyamak mümkün değildir. Trypan mavisi ile makrofaj sistem hücrelerinin vital boya ile gösterimi, sitoplazmik fagositoza bir örnek oluşturur. Bu boya kolloidaldir. Çini mürekkebi gibi ince süspansiyonlar, Makrofaj Sistemi hücreleri ve diğer hücrelerce fagositik kapasiteleri ile alınmaktadır. Hücresel bileşenlerin gerçek vital boyanması, mitokondrilerin Janus green ile gösterilmesidir.2-SEÇİLEN ÇÖZÜNURLUKLE BOYAMASu, hücrenin her tarafında geniş olarak dağıldığı için sulu boyalar uygun değildir ve boyama çok gevşek olacaktır. Dokularda çözünen maddeler ''Lysochrom'' lar olarak bilinmektedir. Hemen hemen tüm lysokromlar lipidde çözünür ve doku kesitlerinde lipidlerin gösterimi için histolojide kullanılırlar. Yağ damlacıkları, eğer boya yağda alkolden daha çözünürse, alkolik solusyonlardaki (sıklıkla % 70' lik) boyalarla seçici olarak renklenirler. Solusyonla başarılı histolojik boyama esas olarak yağ boyaları ile sınırlandırılmıştır ve lysokromlar, parlak renkli, lipidlerde yüksek çözünür olmalı ve seçilen tercihli çözünürlükler hariç diğer hücresel yapıların hiçbirine affinitesi olmamalıdır. 3-DOKULARDAKİ RENKLİ MADDELERİN KİMYASAL URUNLERİ İLE BOYAMABazı boyama yöntemlerinde, doku kompenentleri ile reaksiyona girip renkli maddeler üretecek soluk veya renksiz solusyonlar kullanılır. Bu reaksiyonların sonunda oluşan renkli ürünler ya gerçek boyalar veya boya olmayan renkli kimyasal ürünlerdir.Birinci gruba örnek olarak PAS reaksiyonunda kullanılan Schiff reaktifi ve Feulgen reaksiyonu verilebilir. Saman renkli veya renksiz solusyon, dokulardaki aldehitlerin varlığı ile mor renge dönüşür. Histokimyasal reaksiyonların ikinci grubu renkli olan fakat bir boya olmayan final ürününe sahiptir. Reaksiyona örnek olarak demirin gösteriminde kullanılan Perls' reaksiyonu verilebilir. Potasyum ferrosiyanid, potasyum ferric ferrosiyanid (prusya mavisi) oluşturmak için demir iyonları ile birleşir (+3 değerlikli Fe). Bu basit bir kimyasal reaksiyondur. Ürün olan Prusya mavisi bir boya değildir ve boya olarak kullanılmaz. Fakat görülebilen, koyu boyanmış çözünmeyen bir birikimdir. Dokuların böylesi renklendirilmesinin bir diğer değişik tipi enzim histokimyasında görülmektedir. Enzimler, renkli son ürünler oluşturmak üzere kimyasal substratlarla birleşmezler ya enzim aktivitesi olan alanlarda substratları renkli maddelere dönüştürerek ya da iki basamaklı bir reaksiyonda renkli bir bileşikle yer değiştirebilecek renksiz bir ürün oluşturarak substratları üzerine etki yaparlar. Renkli bir final reaksiyon bileşiği üretimi ile ilgili tüm bu yöntemlerin sonuçları benzerdir. Reaksiyonun yoğunluğu, dokulardaki aktif reaktifin miktarı ile orantılıdır. Histolojik kesitlerdeki bu kimyasal reaksiyonların başarısı, aktif hücresel yapıların hücre içindeki orijinal yerlerinde ve orijinal konsantrasyonlarında korunmasına bağlıdır; glikojen veya enzimler gibi stabil olmayan maddelerin kaybından kaçınmak için özel önlemler alınmalıdır. Ayrıca son ürünler opak veya koyu boyanmış olmalıdır. 4-METALİK ÇÖKTÜRMEBazı metalik bileşikler dokular tarafından opak, genellikle siyah birikinti oluşturarak metalik duruma indirgenebilirler. Kolayca indirgendiğinden ve depo edilmiş gümüş stabil olduğundan Ag(NH3)20H çözeltileri histoloji için çok uygundur. Melanin gibi tyrosin türevleri ve intestinal bezlerin Kultschitzky hücre granüllerinde bulunan fenolik bileşikler, görülebilen birikinti oluşturmak üzere Ag(NH3)2)OH’ı indirgeme kapasitesine sahiptir. Bu tip hücreler arjentaffin hücreler bilinirler. (Ag(NH3)2)OH’ ı direkt olarak indirgeyemeyen fakat bunu dışarıdan ilave edilen bir indirgeyicinin eklenmesi ile gerçekleştiren hücreler argirofil hücreler olarak bilinir.Metalik çöktürme aynı zamanda fibrillerin gösterilmesinde kullanılan standart bir yöntemdir. Sinir fibrilleri ve retiküler fibriller gibi diğer fibril1er Ag(NH3)2OH ile birleşirler ve bu transparan indirgenmemiş gumüş, bir fotografik developer tarafından veya tekniğin ikinci basamağındaki diğer bazı indirgeyici ajanlar tarafından opak metalik gümüş olarak fibril1er üzerinde birikebilir. Metalik çöktürme ile boyama, dokulardaki indirgeyici ajanlar yeterli güçte ise tek basamaklı bir teknik olabilir. Fakat fibrillerin impregrasyonla gösteriminde, argirofil hücrelere benzer olarak genellikle iki basamaklı indirgenmeye gereksinim olacaktır. Hassaslaştırıcı ajanların ve gümüş yöntemlerinin varyasyonlarını kullanarak, birçok hücresel yapı, pigmentler, spiroketler ve funguslar metalik impregnasyonla gösterilebilir.5-DOĞAL VE YAPAY BOYALARLA BOYAMABoyama tekniklerinin büyük bölümü bu gruba girmektedir. Ticari boyalara ait bilgilerin histolojiye aktarımı, dokularla boya kombinasyonları ile ilgili birçok faktörü anlamamıza yardım etmiştir.Histolojide Kullanılan BoyalarHistolojide iki tip boya kullanılmaktadır. Bunlar:a-Doğal boyalar b-Yapay (sentetik) boyalar dır.Doğal Boyalar: Örnek/ Carmin ve Hematoksilendir. Carmin boyası, Orta Amerika sulak ormanlarında yaşayan Dactylopius cacti türü dişi böceğin (kırmız böceği) kurutulmuş gövdelerinden elde edilir. Carminik asit, kırmız böceğinin suda kaynatılması ile ve kimyasal saflaştırmayı takiben ekstre edilmesi ile elde edilmektedir. Kaba form olan Carmin, kırmızın potasyum alimunyum sulfatla çöktürülmesi ile hazırlanır.Hematoksilen ise Meksika'dan orijin almış ve Jamaika'da ıslah edilmiş Haematoxylen campechianum türü küçük bir ağacın tahtalarından ekstrakte edilmektedir. Hematoksilen histolojide en çok kul1anılan boyalardandır. Hematoksilenin doğal formunun boyama yeteneği çok azdır veya yoktur. Bu nedenle ya hava ile temas ederek doğal yoldan ya da sodyum iodat veya mercuric oksit gibi oksitleyici ajan kullanarak kimyasal yoldan hemateine okside olması gerekmektedir.Yapay Boyalar: Kömür-gaz endüstrisinde kömürden elde edilen organik bileşiklerdir. Son yıllarda petrol yağları önemli bir alternatif kaynak haline gelmiştir. Benzen, toluen ve naftalin gibi hidrokarbonlar; fenol ve cresol' ler gibi fenoller primer ürünlerdir. Yapay boyaların büyük bir bölümü üç olası alternatif yapısal formülü bir türevli moleküldür a-Benzen b-Quinone c-Anilin Resonans, ışığın absorbsiyonu ve renk oluşumu ile ilgilidir. Benzen renksiz bir bileşik olmasına rağmen, ultraviyole bandında bir absorbsiyon bandına sahiptir ve eğer gözlerimiz ultraviyole ışığa duyarlı olsaydı benzen renkli görünecekti. Benzenden renkli bir bileşik yapmak için, bazı kimyasal değişiklikler yapmaya gereksinim vardır ve renk oluşturan kimyasal konfügirasyonlar "kromofor ‘ lar olarak bilinmektedir. Üç esas tip chromofor vardır (Şekil ). Bunlar:l-Quinonoid halka (genellikle paraquinonoid, bazen orto-quinonoid)2-Azo-eşlenme3-Nitro-gruplanma, NO2 d-Nitro-gruplanma(nitrobenzen) QİNONE, sarı renkte, önemli bir kromofor içeren bileşiktir. Daha kompleks organik bileşiklerde bir quinonoid halkanın bulunuşu, parlak daha koyu renkler oluşturur. Kromoforları içeren bileşikler ' Kromojen' ler olarak bilinirler. Dokuları ve kumaşları renklendirirler. Oluşan renkler sabit değildir ve basit solusyonlarda yıkama ile kolaylıkla uzaklaşabilirler. Kromojenler solusyonlarda moleküller oluşturarak çözünürler. Halbuki tatmin edici boyalar iyonlar şeklinde çözünürler. Bir kromojeni gerçek bir boyaya çevirmek için iyonize edici bir grubun ortama verilmesine gereksinim vardır.Bu iyonlaştırıcı gruplar ''auxokrom'' lar olarak bilinirler ve rengin yoğunluğunu artırırlar. Auxokromlar ya asidik veya baziktirler ve tüm molekülün boyanma hareketini belirleyen boya parçalarıdır.En önemli bazik auxokrom, amino-qrubu (-NH2) dur. Boya endüstrisinin temelini oluşturan anilin halkayı içeren boyalar (Şekil-c), histolojide birçok boyama tekniğinde hala kullanılmaktadır.Asidik auxochromlar ise şunlardır:sülfür grubu (-SO3)karboksil grubu (-COOH)hidroksil grubu (-OH) Bir boya bileşiği içeren asidik veya bazik auxokromların büyük bir bölümü, bazik (katyonik) veya asidik (anyonik) boya karakterlerinin gücünü belirler. Bir bazik ve bir asidik gruba sahip boyalar baziktir ve bazik grup predominanttır fakat asidik grubun varlığı ile boyama özelliği zayıflamıştır. Boyalar modifier ' ler olarak adlandırılan ve boyanın rengini değiştirme etkisine sahip ek kimyasal gruplar içerirler. Bunlar metil (-CH3) veya etil (-C2H5 grupları olabilir ve boyanın rengini daha belirginleştirirler. Rosanilin, pararosanilin' den rengi biraz daha mavi yapan bir metil grubuna sahip olması ile ayrılır. Eğer bazik amino-auxochromların hidrojenleri metil veya aril grupları ile yer değiştirirse, boya daha mavi olur. Kristal viyole birden fazla modifiere sahip boyalara örnek olarak verilebilir. Şöyleki, bir koromofor ile renklenmiş ve bir auxokrom ile iyonize edilmiş organik bileşikten oluşmuş bir boyanın final rengi, bir modifier ile değiştirilir veya kuvvetlendirilir. Örnekler aşağıda verilmiştir.QUİNONOİD BOYALAR:Asit ve bazik fuksinKrista1 viyoleAnilin blueEozinThioninMetilen blueNötral redDoğal boyalardan hematein ve karminik asitAZO BOYALAR : Küçük bir boya grubudur .Orange GCongo RedTrypan blueNİTRQ BOYALAR :En küçük boya grubudur.Pikrik asit (trinitrofenol) Aurantia a-Quinoid boya (hematein) b-Azo boya (Orange G) c-Nitro-boya (Pikrik Asit)

http://www.biyologlar.com/histoloji-preparatlari-boyama-teknikleri-ve-boyalar

EPİTEL HÜCRELERİNİN BİYOLOJİSİ

Hücreler farklılaşırken zamanla yüklenecekleri çeşitli fonksiyonlara ait morfolojik ve fizyolojik özellikler kazanırlar. İyon Transportu Yapan Epitel Hücreleri: Bütün hücreler ATP’yi kullanarak kontsantrasyona ve elektriksel güç gradyanına karşı belirli iyonları taşırlar (Aktif transport). İyon transportu ve onu izleyen sıvı akımı çeşitli epitel hücrelerinde zıt yönlere (Apikalden bazale, bazalden apikale ) olabilir. Her iki durumda da sıkı bağlantılar hücrenin apikal kısmını kapatarak iç ve dış doku kompartmalarını oluşturur. Sıkı bağlantılar hücrenin apikal kısmını kapatarak iç ve dış doku kompartmanlarını oluşturur. Sıkı bağlantılar, epitelden geçmiş materyelin geriye diffüzyonunu engelleyerek enerjinin fazla harcanması engellenir. Pinositozla Transport Yapan Epitel Hücreleri:Hücre membranı yüzeyinde oluşan çok sayıda pinositotik vezikül, makromoleküllerin plazma membranından transportunu sağlar. Endotel, mezotel gibi tek katlı (organel azdır) yassı epitelde belirgin olarak gözlenir. Taşıma her iki yönde 2-3 dakika içinde gerçekleşmektedir. Kimyasal Haberci Üreten Hücreler: Kimyasal haberci üreten hücreler habercinin üretiliş şekline göre 3 grupta sınıflandırılır. Nörokrin : Nöronlar, impulsları sinapslar yolu ile diğer hücreye aktarırlar. Parakrin: Hücreler mesajı çevrelerindeki hücre dışı sıvısı içine yayarlar. Bu da komşu hedef hücreleri etkiler. Endokrin: Haberci bileşikleri direkt kana aktarırlar. Dolaşımla uzaktaki hedef organlara taşınırlar. Protein Sentezleyen Hücreler: Her hücre protein sentezler. Bazıları ise çok fazla protein sentezler. Polizomda sentezlenen proteinler, sitoplazmada kalırken (tümör hücreleri, hemoglobin), GER’ de sentezlenenler membranla çevrilidir. Bir bölümü hücre içi sindirim için sitoplazmada tutulur (lökositler, makrofaj). Diğerleri ise sekresyon denilen işlemle hücrelerarası alana atılır. (fibroblast, plazma hücreleri, ekzokrin pankreas). Bazı hücreler ( plazmositler, fibroblastlar gibi ) hiç biriktirmeden hemen dışarı aktarılır. GER --- Golgi--- dışarı Ekzositoz Bazılarında hücre apikalinde biriktirilir ve daha sonra özel uyarı ile dışarı verilir. Müköz Salgılayıcı Hücreler: Seröz Salgılayıcı Hücreler: Protein sentezleyen hücre özelliğinde Steroid Salgılayan Hücreler:Testisler, ovaryumlar, adrenallerde steroidleri hormonal aktivite olarak salgılayan ve sentezleyen özelleşmiş endokrin hücrelerdir. Bu hücrelerde: Nuk.merkezde Yuvarlak ya da ovoid Eozinofilik sitoplazma Sitoplazmalarında lipid damlacıkları SER den zengin Tubuler tipte kristalı mitokondriler SER +mit ® Steroid sentezi

http://www.biyologlar.com/epitel-hucrelerinin-biyolojisi

HİSTOLOJİ LABORATUVARI TEMEL BOYAMA YÖNTEMLERİ

Boyanmamış preperatlarda çoğu doku elemanları renksizdirler. Değişik kırma indeksine sahip olmaları nedeniyle ışık mikroskobu ile hücresel detayı görmek güçtür. Farklı morfolojik kısımların, farklı boyalarla boyanması gereklidir. Bu durumda çekirdek sitoplazmadan, kas bağ dokusundan farklı boyanarak, morfolojik inceleme kolaylaşır. Boyalar histokimyasal işlemlerle, dokuların kimyasal reaksiyonlarını ortaya koyar.Histolojik Boyamanın Kimyasal Temeli:Genel olarak kesitler iki boya ile boyanırlar. Bazik ve asit boyalarla boyanan kesitleri mikroskop altında incelediğinde bazik ve asit boyaların bazı doku elemanlarını boyadıkları görülür. Bazik boya ile boyanan doku elemanları "bazofilik'' asit boya ile boyananlar ise "asidofilik" olarak adlandırılırlar. Bazı doku elemanları bazik, bazıları ise asit boyaları tutmaktadır. Genel olarak kullanılan bazik boyalar doku elemanları ile mavi-mor, asit boyalar ise pembe-kırmızı renk verirler.Boyalar sulu bir solusyon içinde anyon ve katyonlara ayrılırlar. Boyaların renk verme kabiliyeti, anyon ve katyonlardaki boya taşıyan organik gruplara bağlıdır. Eğer boya taşıyan grup katyonda ise boya bazik (katyonik) , anyonda ise asit ( anyonik) bir boyadır. Boyaların doku elemanlarına bağlanma mekanizması genel olarak şöyledir: Doku kesitlerindeki protein, lipoprotein ve glikoproteinler amphoteric' tirler. Yani pH'ya ve çevrelerindeki çeşitli diğer şartlara bağlı olarak iyonize olabilirler. Bir protein,sahip olduğu elektrik yüküne ve boyanmanın meydana geldiği pH' da geldiği ( - ) ve (+ ) yüklerin cebirsel toplamına bağlı olarak asit veya baz olarak hareket eder. Bu her iki tür proteinin (-) ve (+) yük sayılarının eşit olduğu bir pH vardır. Bu pH' ya o proteinin "izoelektrik noktası'' denir. Bu pH'da o protein çok az boyanır. Fakat izoelektrik noktanın üstünde proteinin anyonik gruplarının iyonizasyonu kolaylaşır ve protein, metilen mavisi veya bazik fuksin gibi bazik boyalara bağlanır. Bu izoelektrik noktasının altında, aynı protein, pozitif yüke sabiptir ve bu durumda eosin, orange G veya light green gibi asidik ( anyonik) boyalarla birleşirler. Dokulardaki proteinlerin amino asitleri nisbi miktar bakımından oldukça farklıdırlar ve farklı izoelektrik noktalarına sahiptirler. Dolayısıyla histolojik boyama için kullanılan mutat pH' da, bazı elemanlar daha çok bazik boyaları alarak bazofilik, bazıları ise aynı pH' da asit boyalarla asidofilik olarak boyanır. Eritrositler, eosinofilik lökositlerin granülleri ve midedeki parietal hücrelerin sitoplazmaları pH 6' da asit boyalarla boyanırlar. Buna karşılık çekirdek kromatini sinir hücrelerinin sitoplazmaları ve kıkırdak dokusunun ara maddesi ise bütün bazik boyalarla boyanmaktadır. Dokuları boyamak için ilk girişim, Leuwenhoek(l7l9) tarafından safran kullanılarak yapılmıştır. Bu girişim başarılı olmadığı gibi diğer araştırıcılar tarafından da takip edilmemiştir.l9. yüzyıl ortalarında dokuların mikroskobik yapıları ayrıntılı olarak açıklanmaya başlanmıştır (Kölliker, l852). Bu dönemde boya endüstrisi gelişmiştir. Histolojide ticari boyaların uygulanması, önceden görülemeyen hücresel yapı detaylarını saptamayı, görülmesini ve çalışılmasını sağlamıştır. Boya teknikleri son yüzyılın ikinci yarısında gelişmiştir ve birçok yöntem o zamandan beri çok az değişikliğe uğramıştır. İki botanikçi ilk kez Carmin boyama yöntemini tanıtmışlardır ancak bu yöntemle sadece dokuların hafifçe renklenmesini sağlayabilmişlerdir. Seçici çekirdek boyamasının ilk kullanımının, sinir hücrelerini boyamaya çalışan Gerlach (l858) tarafından yapıldığı kabul edilmektedir. Başlangıçtaki başarısızlıktan sonra potasyum bikromatta sertleştirilen bir cerebellum kesiti yanlışlıkla fazlasıyla seyreltik amonyaklı carmin solusyonunda bırakılmış ve 24 saat sonra bulunduğunda çok güzel boyanmış olduğu, sinir fibrilleri ve sinir hücrelerinin ayrılabildiği görülmüştür. Gerlach aynı zamanda zayıf asetik asitle differansiyasyonla gerileyen (çekinik) boyanmayı da keşfetmiştir. Hematoksilen ilk kez yetersiz sulu ekstrak olarak kullanılmıştır. Fakat iki yıl sonra Böhmer (l865), hematoksileni bir mordant olarak alumla (şapla) karıştırmıştır ve daha spesifik boyanma elde etmiştir.Endüstriyel kullanım için anilin boyalar geliştirildikten sonra bu boyalar, hematoksilenle birlikte hala histolojide çok yaygın kullanılmaktadır. Eski boya yöntemlerinin büyük bölümü hala kullanılmaktadır. Carmin , histolojide daha az kullanılmakla beraber, zoologlar tarafından günümüzde bütün haldeki cestodlar, medusalar vs gibi hayvanların boyanmasında kullanllmaktadır.Günümüzdeki boyama yöntemleri genellikle klasik yöntemlerin modifikasyonlarıdır. Son yöntemler genellikle spesifik kimyasal yapıların ve enzimlerin tayini için renkli reaksiyonlar veren histokimyasal yöntemlerdir.  Histologlarca kullanılan temel boyama teknikleri aşagıdaki tabloda verilmiştir.Tablo :Histolojide Kullanılan Boyama Süreçlerinin Esas TipleriBOYAMA YÖNTEMİ BELİRLEDİĞİ YAPILAR NEREDE NE İLE1- Vital Boyama a-partiküllerin Makrofaj sistemi. canlı dokular trypan mavisfagositozub-canlı yapıların Mitokondri canlı hücreler Janus greenspesifik boyanması 2- Seçilen Çözünebilirlik yağ damlacıkları dondurma kesitler Sudan boyaları gibi lizokromlar 3- Renkli kimyasal madde-lerin yapımıa-Stabil bileşikler Ferrik demir tüm kesitler Perls' yöntemib-Stabil olmayan bi- Enzimler özel hazırlanmış kesitler Histokimyasal Yön. 4 -Metal Çöktürme a-Intrasellüler yapılar Melanin tüm kesitler Fontana gümüşb-Fibriller Reticulin tüm kesitler Gümüş yöntemi 5- Boyalarla Boyamaa-Genel kimyasal ve Doku yapıları tüm kesitler H+Efiziksel hareketler b-Metakromazi kıkırdak, amyloid " " Thionin, crystal violet c-Bir boyanın lokal DNA parafin kesit Feulgen reak. Şekillenmesi Enzim histokimyasından, gumüş çöktürme yöntemine kadar tüm yöntemlerin fizikokimyasal temelleri aynıdır. Bütün boyama yöntemlerinde sorulacak en önemli sorular şunlardır:a-Doku kompenentleri neden boyanır?b-Neden boyanmış kompenentler boyalı olarak kalırlar?c-Neden tüm kompenentler boyanmazlar?

http://www.biyologlar.com/histoloji-laboratuvari-temel-boyama-yontemleri

FİKSASYONDAN SONRA DOKULARA UYGULANAN İŞLEM

%10' luk formal-saline%1O'1uk tamponlanmış formalin %70'1ik alkol ileBouinFormal-sublimat %8O-90'lık alkolleSusa %95' lik alkolleCarnoy %95'lik ve %lOO' lük alkolleZenker Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat)Helly Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat)Sanfelice Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat)Flemming Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat)Lewitsky-Baker Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat)Orth Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat)İKİNCİ FİKSASYON%10' luk formal-salin ile tespit edilen dokuların hala diğer ve daha etkili precipitant fiksatiflerin etkilerine duyarlı olduğunu gösterilmiştir. Uygulama ''ikinci fiksasyon'' olarak adlandırılır. Civa klorür-formalin ve Helly fiksatifi özellikle ikincil fiksatif olarak yararlıdır. Böylelikle dokular daha iyi korunur ve boyanırlar.Post-kroming ve post mordantlama: Korunmayı ve özel doku bileşenlerini boyamayı kolaylaştıran ve doku bloklarının (fiksasyondan sonra) veya kesitlerinin bir krom tuzu ile muamele edilmesiyle yapılan yöntemlerdir. Yöntem özellikle mitokondri ve miyelini göstermek için kullanılır. Postfiksasyon: Bazı doku proteinlerinin çoğu fiksatiflerin tam penetrasyonunu önleyen yağsı maddelerle maskelenir veya saklanır. Bu protein sonradan yağ çözücüleri ile şeffaflandırma sırasında yağsı maddenin ortadan kaldırılmasından sonra kaybolur. Dokular bir yağ çözücü içinde tespit edilip, sudan kurtarma, şeffaflandırma ve sonradan tekrar şeffaflandırma ve parafine gömmeden önce absolu alkolde postfikse edilirse iyi sonuçlar verir. Hemen kesit alınmasına gerek olmayan formalinle tespitlenmiş dokular fiksatif değiştirilmeden uzun yıllar fiksatifde kalabilir.Tamponlanmış nötral solusyonlar bu etkiyi geçiktirmesine rağmen, boyanma kalitesi kademeli olarak bozulur. Diğer bir yöntemde fiksasyondan ve fiksatifin yıkanarak uzaklaştırılmasından sonra saklama solusyonu olarak %70'lik alkole koymaktır. Formal-sublimat ve yıkamadan sonra %30’luk gliserol, %10-20' lik dietilen g1ikol önerilmektedir.

http://www.biyologlar.com/fiksasyondan-sonra-dokulara-uygulanan-islem-1

Peroksizomlar (=Mikrocisimler)

Peroksizomlar sitoplazmada çapları lizozomlara yakın yuvarlak şekilli organellerdir. Katalaz, peroksidaz ve oksidaz enzimleri içerirler. Oksidazlar yolu ile mitokondriyonlar gibi enerji üretirler. Ancak bir hücrede enerji üretiminin yaklaşık %90'ı mitokondriyonlarda, %10'u peroksizomlardadır. Diğer enzimlerin işlevleri çeşitlidir. Peroksizomlar hemen bütün hücrelerde bulunurlar. Metabolik aktivitesi çok olan hücrelerde sayıca fazladırlar.

http://www.biyologlar.com/peroksizomlar-mikrocisimler

FİKSATİFLER VE HAZIRLANIŞLARI

Fiksatifler kullanımlarına göre iki gruba ayrılabilir.l-Mikro-anotomik fiksatifler: Bu fiksatifler doku tabakaları arasındaki bağlantıları ve geniş hücre kümelerinin diğeri ile bağlantılarını tam olarak korumak amaçlandığında kullanılır. Normal ve patolojik histolojinin rutin çalışmalarının çoğu bu tip fiksatiflerle yapılmaktadır. 2-Sitolojik fiksatifler: Hücreyi oluşturan elementleri korumak istendiğinde kullanılırlar. Penetre olma gücü, büyük doku kütleleri ile çalışma yeteneği, kesit almayı veya boyamayı engellememeli. Şöyleki Flemming fiksatifinde ara zon çok güzel fikse olurken en dış ve iç parçalar kötü fikse olabilirler. % 10’luk FormalinFormalin 100 ccÇeşme Suyu 900 cc %10'luk Formal SalinFormalin 100 ccNaCl 8.5 grÇeşme suyu 900 cc %10' luk Tamponlanmış Formalin (pH=7.0)Formalin 100 ccÇeşme suyu 900 ccNaH2P04 : H20 4 gr .Na2HP04 6.5 grFormalini nötralize etmek için %2' lik kalsiyum asetat birçok araştırıcı tarafından tavsiye edilmiştir. Fakat yumuşak dokularda artifakta benzer alanlar oluşturabilir. %10' luk formal-salin histolojik fiksatiflerin ençok kullanılanıdır. Aşırı bir sertleşme olmaksızın dokuyu sertleştirir. Fiksasyon süresine dayanıklıdır. Genellikle formalin fiksasyonundan sonra dokuların doğal rengini kısmen veya tamamen korumak mümkündür. Bu fiksatif, müze örneklerinin hazırlanmasında özel bir değere sahiptir. Özellikle nötral tamponlanmış olarak kullanıldığında kırmızı kan hücrelerinin korunması içeren iyi fiksatiftir.Formalinde uzun süre kalma (aylarca-yıllarca) dokunun kesit alma niteliğini bozmaz. Dokunun bazik boyalarla boyanmasında biraz kayba yol açabilir. Bazı gümüş çöktürme tekniklerindeki sonuçlar daha iyiye gidebilir. İnce bloklar % 10'luk formal-salinle 24-48 saatte iyi şekilde fikse olurlar fakat optimum fiksasyon süresi 7-10 gündür. Formalin fiksasyonundan sonra, değişen miktarlarda kan içeren dokular bir artifakt pigmenti (formalin pigmenti) gösterebilirler. Bu, kahverengi, granüler, ekstraselüler bir materyeldir. Çoğunlukla post-mortem dokularda bulunur, saklandıkca artar ve sıklıkla formaline daldırdıktan birkaç saat sonra yoktur fakat birkaç gün sonra dokularda çok geniş ve fazla olarak depo edilir. Kanla asit formalin pigmente yol açar ve nötral tamponlu solusyonlar kullanarak bunlardan kurtulabilir. Pikrik asidin alkolde doymuş solusyonunda 20 dakika ya da daha fazla tutarak kesitlerden uzaklaştırılabilir. Pigmentin görünümü ve özellikleri malarya pigmentine benzemektedir fakat malarya pigmenti intraselülerdir.% 10' luk formal-saline mikroanotomik bir fiksatiftir. Birçok boyama yöntemi için uygundur. Hematoksilenle iyi sonuçlar verir. Nadiren belirli hiçbir neden olmaksızın formal-salinle tespit edilip, H+E ile boyanmış kesitlerde garip bir artifakt görüIür. Nukleusların hematoksilen ile kısmen veya tamamen boyanmamasına, bunun yerine eozini almasına sonuçta ise çekirdek kenarlarının kaybına yol açar. Ençok lenfoid ve epitel dokusunda göze çarpan artifakt, dağılımında aşırı olarak bozuktur ve garip bir şekilde fiksasyonu iyi yapılmış dokularda ortaya çıkar. Nadiren otolize olmasına rağmen, postmortem dokularda da görülür. Bu artifakt "pembe hastalık" olarak açıklanmıştır ve ortaya çıkmaması için %1O'luk formalindeki %2' lik asetik asit kullanımı ile korunur veya olduğunda parafini alınmış kesitlerin hematoksilenle boyanmasından önce absolu alkoldeki %l'lik HCl ile 1 saat bırakarak uzaklaştırılır. Formalin fiksasyonundan sonra hiçbir şeye gereksinim yoktur ve dokular gömmeden önce direkt % 70'lik alkole alınabilir veya dondurma yöntemi ile kesit alınabilir .ALKOL-FORMALİN SOLUSYONU: Nötralize edilmiş formalin 10 cc %95 Alkol 90 cc , Bu fiksatifte parçalar 2-4 saat içinde çabucak tespit olur. Eğer doku parçaları kalın olursa, bu solusyon içinde buzdolabında 24 saat kalmalıdır. Bilhassa polisakkaridlerin gösterilmesi için kullanılan fiksatiflerden biridir. ALKOL FİKSATİFLERİ: Absolu alkol (%99) özellikle hücrelerde glikojenin gösterilmesinde kullanılan bir fiksatiftir. Eğer buzdolabında veya daha düşük derecede kullanılmazsa dokuda büzülmelere sebep olur. Doku parçaları absolü alkolde 20C'de iki gün bırakılacak olursa en elverişli şekilde, büzülrne meydana gelmeden tespit olurlar. %80 alkol fiksatif ise 5C'de 24-48 saat arasında dokuyu büzmeden tesbit etme özelliğine sahiptir. Bu solusyon alkaline phosphatasın gösterilmesinde kullanılır. Alkol fiksatifleri oda ısısında kullanıldiklarında bunların %65-%70' lik solusyonları kullanılmalıdır. Aksi halde dokuda çok fazla büzülme ve değişikliklere sebep olurlar. LİSON VOKAER' İN GLİKOJEN TESPİT ÇÖZELTİSİ: %96' lık alkolde doymuş picricasit çözeltisinden 85 ml; 10 ml formalin, 5 ml asetik asit. Küçük parçaları buzdolabında 5-10 saatte tespit eder. Glikojen için iyi tespit edicidir. Tespitten sonra absolu alkolden geçirilerek gömme işlemi yapılmalıdır. Çünkü gıikojen suda erir. MERKÜRİK KLORİD-FORMALİN (FORMAL-SUBLİMATE)Suda doymuş merkürik klorid 900ccFormalin 100 cc Mükemmel bir mikro-anotomik fiksatiftir. Formal-salindeki distorsion olmadan dokuyu büzer. Asit boyalarla çok parlak boyadığı gibi mükemmel bir sitoplazma korunması sağlar ve metakromaziyi artırır.Formal-saline göre sinir fibrilleri ve hücreler için gümüş çöktürme tekniklerinde daha az elverişli olmasına rağmen mükemmel retiküler fibril impregnasyonu elde edilebilir. Bloklar 12-24 saat tespit edilir fakat uzun süre işlem kesit almayı zorlaştıran bir sertlik yaratmaz. Formal-sublimat özellikle formal-salinle birinci fiksasyondan sonra ikinci fiksatif olarak yararlıdır. En büyük dezavantajı pahalı olması ve metallere korosiv olmasıdır. Dokular fiksasyondan sonra %70-90' lık alkole aktarılmalı ve mercury pigmenti kesitlerden daha önce açıklandığı gibi uzaklaştırılmalıdır. SUSA FİKSATİFİ ( HEİDENHAIN 1916)Merkürid klorid 45 grSodyum klorid 5 grTrikloroasetik asit 20 grAsetik asit 40 ccFormalin 200 ccDistile su 800 cc Özellikle biopsi materyelleri için uygun bir fiksatiftir. İyi bir mikro-anotomik fiksatiftir. Nedeni açık olmamakla birlikte Susa' dan sonra elastik fibriller Weigert'in (1898) elastik fibril boyası ile zayıf boyanırlar. Hazırlanması için gerekli maddelerin çokluğu dezavantajdır. Ancak karışım bir önceki formal-sublimata göre biraz daha avantajlıdır.Bloklar 3-24 saatte fikse olurlar ve direkt olarak % 95' lik etil alkole aktarılırlar. Daha sulu solusyonlara aktarma kollajen fibril1erin şişmesine yol açmaktadır. ZENKER FİKSATİFİ ( ZENKER 1894)Merkürik klorid 5 grPotasyum dikromat 2.5 grSodyum sülfat 1 gr .Distile su 100 ccAsetik asit 5 cc (kullanımdan hemen önce eklenir) Asetik asitsiz stok solusyon iyi korunur. Zenker etkili bir mikro-anotomik fiksatiftir ve özellikle sitoplazmik ve fibril boyaları üzerine çok yararlı etkisinden dolayı kullanılmaktadır. Taze materyelde post-mortem dokulara göre daha yararlıdır. Alyuvarları iyi korumazlar. Bloklar 3-8 saatte fikse olurlar ve fazla dikromatı uzaklaştırmak için çeşme suyuyla yıkanırlar. Mercury pigmenti ise daha önceki yöntemle uzaklaştırılır. HELLY SIVISI ( VEYA ZENKER-FORMAL, HELLY 1903) Zenkerdeki asetik asit yerine 5 cc formalin kullanmadan hemen önce eklenir. Helly sıvısı bir oksitleyici ajan (potasyum dikromat ve bir indirgeyici ajan (formalin) içermesine rağmen rnükemmel bir fiksatiftir. Helly özellikle kemik iliği, dalak, lenf bezleri, hipofiz ve pankreas için çok yararlıdır. Bloklar 6-24 saat tespit edilmeli ve mercury pigmenti Zenkerdeki gibi uzaklaştırılmalıdır. Helly hem mikro-anotomik hem de sitolojik (sitoplazmik) fiksatif olarak kullanılabilir ve formal-sublimat gibi % 10' luk formal-salinden sonra ikinci fiksatif olarak da uygulanabilir. BOUİN FİKSATİFİ ( BOUİN l897) Suda doyurulmuş pikrik asit 75 cc Formalin 25 ccAsetik asit 5 cc Bouin, alyuvarların kısmen veya tamamen lizisine yol açar ve kollajen fibrilleri şişebilir. Aşırı sertleşmeye yol açmaz. Sitoplazmik boyalarla parlak boyanma sağlar. Glikojen çok iyi korunur (özellikle yukardaki karışımın alkolik varyantı ile) fakat böbrek iyi korunamaz. Bazı sitoplazmik granüller çözünebilir. Bouin, bir mikro-anotomik fiksatif veya kromozomların gösterilmesi için kul1anıldığında da sitolojik (nükleer) fiksatiftir. Bloklar 6-24 saat fikse edilirler ve % 70 lik alkole aktarılırlar. Dokuların sarı boyanması çok küçük örnekler için avantaj oluşturur. Fakat kesitlerden bu boya, alkolü takiben bazik anilin boyaları kullanmadan önce % 2.5 lik sodyum thiosulfat kullanarak uzaklaştırılmalıdır, aksi takdirde precipat oluşacaktır. CARNOY FİKSATİFİ (CARNOY, 1887)Absolü alkol 60 ccKloroform 30 ccAsetik asit 10 cc Carnoy, hızla penetre olan ve hareket eden bir fiksatiftir. Acil teşhis için dokuların hızlı tespit edilmesi ve kısmi dehidrasyonu için kullanılır. Kromozom çalışmaları için kullanılır fakat alyuvarların lizisine ve fazla büzülmeye yol açar. Glikojen korunur fakat bazı sitoplazmik granüller çözünebilir. 3 mm' den kalın olmayan dokular 30-90 dakikada fikse edilmeli ve % 95'lik ya da % 100' lük alkole transfer edilmelidir. Bir mikro-anotomik veya sitolojik (nükleer) fiksatifdir. SANFELİCE FİKSATİFİ (SANFELİCE, 1918)Çözelti A Çözelti BFormalin 128 cc %l'1ik kromik asit 100 ccAsetik asit 16 cc Karışım: Kullanmadan az önce hazırlanır. 9 cc A +16 cc B Genellikle mitotik figürler ve kromozomlar için mükemmel bir fiksatifdir. 3 mm den kalın olmayan küçük parçalar 12-24 saatte tespit edilmeli ve sonra akarsu ile yıkanmalıdır. Sitolojik (nükleer) fiksatiftir. FLEMİNG FİKSATİFİ (FLEMMİNG, 1884) % l'1ik kromik asit 15 cc%2' lik OSO4 4 ccAsetik asit 1 cc ya da daha az Kullanmadan önce hazırlanmalıdır. Penetrasyon eşit olmayabilir ve tam olmayan fiksasyonla yüzeyel tabakaların aşırı kararmasına neden olabilir ve sonradan en içteki hücrelerin zayıf boyanmasına yol açabilir. Page (1970), Flemming sıvısını formalin fiksasyonunu takip eden ikinci fiksatif olarak kullanarak miyelini .başarılı şekilde göstermiştir. İki mm kalınlığındaki küçük parçalar 12-48 saat tespit edilmeli ve sonradan akarsuda yıkanmalıdır. Asetik asit içeriği ile bir nükleer fiksatiftir. Lipidler OSO4 ile siyahlaşır. Bu fiksatiften sonra alum hematoksilen nükleer boyaları kolaylıkla alınmaz, bunun yerine safranin kullanılmalıdır.FLEMİNG SIVISlNIN LEWITSKY-BAKER MODIFIKASYONUFlemming sıvısını asetik asitsiz fakat % O.75'lik sulu NaCl solusyonunu distile su yerine çözücü olarak ekleyerek hazırlanır. 12-24 saatlik fiksasyondan sonra dokular akarsuya aktarılır. Sitolojik (sitoplazmik) fiksatif, bu ve diğer krom-osmium karışımlar omurgasız ve alt omurgalıların dokuları ile çok iyi sonuçlar verirler. Helly sıvısı memeli dokuları için tavsiye edilmemektedir. ORTH FİKSATİFİ ( ORTH 1896) Formalin 10 ccMüller sıvısı (Potasyum dikromat 2.5 gr +sodyum sülfat 1 gr+distile su 100cc) 100 cc Taze olarak hazırlanmalıdır. Formalin ve Müller sıvısını karıştırma mitokondri gibi sitolojik yapılar üzerine ve kromaffin reaksiyonundaki mordantlama özelliği nedeni ile çok yararlıdır. Bloklar çeşme suyuyla yıkanmadan veya distile sudaki %2.5'lik potasyum dikromatla ileri kromasyondan önce 24-48 saat tespit edilmelidir.Bazen potasyum dikromatla uzun süre muamele etme hemen hemen kaçınılmaz olarak kırılganlıkta artış ve parafin kesitlerden kesit alma zorluğu ile (özellikle yumuşak dokularda, dalak ve beyin gibi) sonuçlanmaktadır.

http://www.biyologlar.com/fiksatifler-ve-hazirlanislari-1

<b class=red>Mitokondri</b>yon ( Çoğul ismi <b class=red>mitokondri</b>a)

Mitokondriyon ( Çoğul ismi mitokondria)

Mitokondriyonun İç ve Dış Zar Yapısı Mitokondriyonlar canlıhücrelerin sitoplazmalarında yavaş hareketleri olan boyları ve şekillerini değiştiren organellerdir. Zaman zaman bölünebilirler. Genellikle sitoplazma hacminin %25'ini kapsarlar. Sitoplazma içinde iki kat zarla çevrilidirler. Işık mikroskobu ile tanecik ya da ipliksi yapılar şeklinde görülürler. Hücre organelleri içinde en büyük olanlarıdır (0,5-1μ). Enerji üretimi yapan, ayrıca çok sayıda kimyasal işlemin gerçekleştiği organellerdir. Yiyeceklerdeki karbonhidratlar, aminoasitler ve yağlar mitokondriyon içinde okside edilerek C02 ve su ile birlikte ATP şeklinde serbest enerji sağlanır. ATP yaşamsal fonksiyonların hepsinde kullanılan bir enerji tipidir.      

http://www.biyologlar.com/mitokondriyon-cogul-ismi-mitokondria

Boyar Maddeler

Fizyolojik sular ve ringer eriyiğinin dışında da bazı hallerde maddeler incelenirken bir takım boyalar kullanılır. 1- Nötral ruj: Hayvanı öldürmez. Bunu hazırlamak için bir şişe saf su içine bistüri ucu ile nötral ruj ilave edilir ve solüsyonun kırmızı olması beklenir. 2- Sirke asitli metilen yeşili:  100 cc’lik saf suya 2 cc sirke asiti (asetik asit) konur. Bunun içerisine bistüri ucu ile az miktarda metilen yeşili karıştırılır. Solüsyon rengi mavidir. Öldürücüdür. Bilhassa hücre nukleus’ unu boyar.3- Yanus yeşili: Öldürücüdür. 100 cc'lik saf suya yanus yeşili konur. Hücrenin mitokondrisini boyar.4- Karmin + sirke asiti (asetik asit) solusyonu: 45 ml asetik asit, 3-4 gr karmin alınır. 55 cc'lik saf su ile karıştırılır. Bu maddeler dar boyunlu bir cam kap içine konur. 1 saat kadar hafif ateşte ısıtılır. Çözelti soğuduktan sonra filtre kâğıdından süzülür. Solüsyon damlalıklı şişelerde saklanır. Daimi preparat vermez. Daimi preparatlar için hemotoksilin kullanılır.

http://www.biyologlar.com/boyar-maddeler

HİSTOLOJİK PREPARAT TESPİT AJANLARI

A-SIVI TESPİT AJANLARI: Tek ya da diğer sıvılarla ve katılarla karıştırılarak kullanılan en çok kullanılan sıvı tespit ajanları, alkol, aseton, formalin, gluter aldehit ve asetik asittir. Trikloroasetik asit daha az kullanılır. Son yıllarda trikloroasetik asit hem fiksatif hem de dekalsifiye ajanı olarak kullanılmaktadır.1-Absolu Alkol: 78 C de kaynayan, renksiz, tutuşabilen bir sıvıdır. Glikojeni iyi korur ancak çekirdek detayının kaybına ve sitoplazmanın büzülmesine neden olur.2-Soğuk Aseton: Özellikle lipazlar ve fosfatazlar gibi enzimlerin histokimyasal çalışmalarında tercih edilir. Rutin fiksatif olarak kullanılmaz. Çekirdek detayının kaybına ve sitoplazmanın büzülmesine neden olur. Glikojeni iyi korumaz.3-Formaldehit: Ağırlığının yaklaşık %40 ı kadar suda çözunebilen bir gazdır ve formaldehit (%40) veya formalin adı altında satılmaktadır. Proteinleri precipite etmez ve diğer hücre bileşenlerini ise kısmen precipite eder. Albümini sertleştirmez ve çözünür halde tutar ve sonraki dehidratasyonda alkollerle sertleşmeyi engeller Formalin yağları ne korur ne de haraplar. Kompleks lipidler için iyi bir fiksatiftir fakat nötral lipidler üzerine etkisi yoktur. Formalin karbohidratlar için seçilen bir fiksatif olmamasına rağmen glikojeni kolaylıkla çözünmesini engelleyerek korur. Frozen kesitler için ideal bir fiksatiftir. Solusyonun nötralizasyonu arzu edilir. Tampon tuzları nötralizasyon sağlanabilir. Konsantre asit formalin sonuçta çıkan CO2 in labarotuvarda ciddi patlamalara yol açtığından Mg veya CaCO3 ile muamale edilmemelidir. Kalsiyuım karbonat dokularda pseudokalsifikasyon oluşturabilir. Konsantre formalin solusyonu bazen paraformaldehit oluşumu nedeni ile bulanıklaşır, solusyonun gücü azalır. Fakat filtre edilirse kullanılabilir. Formalin renksiz olmalıdır. Sarı solusyonlar kullanılan demir kaptan kaynaklanan demir iyonları ile kontamine olmuştur. Demir içeren formalinle fikse edilen dokuların kesitleri pozitif Prusya mavisi reaksiyonu verir ve kontamine olacağı düşünülen formalin örnekleri aynı yöntemle test edilebilir. Formalini konsantre solusyon olarak kullanmak uygun değildir ve çesme suyuyla serum fizyolojik ile veya tampon tuz solusyonları ile yaygın olarak %10 luk olarak seyreltilir. Bu solusyonlar %4 oranında formaldehit içermektedir.Formalin, özellikle bazı kişilerde gözlere, solunum epiteli iridasyonuna yol açan istenmeyen bir duman çıkarır. Bu nedenle formalinle tespit edilen dokuların diseksiyonu için iyi havalandırılan oda kullanılmalı, tüm saklama kaplarının ağzı sıkıca kapatılmalı, korozyona dirençli kapaklar kullanılmalıdır. Bunlara ek olarak eldiven veye etkili krem bariyer, formalinle tespit edilmiş materyal tutulduğunda kullanılmalıdır. Bazı çalışmalar bu etkilere bağışıktır fakat bazıları bu solusyona ellerini daldırdıktan sonra istenmeyen "formalindermatitis" den yakınırlar. Formalin, ideal bir fiksatif olarak önerilse de bazı çekirdek şişmeleri oluşabilir. Asetik asit formalini ile post fikse edilirse bu etki ortadan kaldırılır ve H-E ile parlak boyanma sağlanır. Formalin, kromatlar formik asite oksitleyeceğinden kromatlarla kullanılmamalıdır.4-Gluter Aldehit: Formaldehitten daha yavaş penetre olur.Elektron mikroskopi ve enzim histokimyası için çok yararlıdır. E.m için standart bir fiksatiftir ve OsO4 den önce birinci fiksatif olarak kullanılmaktadır. Fikse edilen örnekler solusyonda aylarca kalabilir. GA ile tespit edilen kesitler PAS+reaksiyon vermeye meyillidirler. Formaline göre daha pahalıdır.5-Trikloro Asetik Asit: Günümüzde kullanılmamaktadır. Sistin, sistein ve metionin gibi sülfür grubu amino asitleri iyi korur. Dekalsifiye ajanı olarak kullanılmaktadır.6-Asetik Asit: Tek olarak kullanılmaz. Hızlı ve iyi penetre olur ancak alyuvarların lizisine yol açar. Kollajen fibrilleri şişirir, nukleoproteinleri precipite eder ve bazı sitoplazmik granüller üzerine çözücü bir etkiye sahiptir. B-KATI TESPİT AJANLARI:1-Civa Klorür (HgCl2): Çok zehirli ve metallere korosivdir. Merkurik klorid kapları kesinlikle metal kapaklı olmamalı ve kullanılan metal aletler parafine daldırılarak kullanılmalıdır. Civa klorür, kuvvetli bir protein precipitantıdır. Dokuya hızla penetre olur ve dokuyu sertleştirir. Dokuyu büzer fakat eğri büğrü etmez. Hem nukleusu hem de sitoplazmayı iyi fikse eder. Çekirdeğin özellikle sitoplazmanın asit boyalarla boyanmasını sağlar. Diğer fiksatiflerle (özelikle formalin, potasyum dikromat ve asetik asit) karıştırılarak kullanır fakat dokunun her tarafına uniform olarak dağılan kahverengiden siyaha kadar değişen granüler madde oluşturur. "Mercury pigment'' olarak adlandırılan bu madde alkolik iodinde, çözünür ve daha sonraki boyamayı etkilemez. Dehidratasyon sırasında bloklardan %70-80 alkoldeki %0.-25-05 iodin eklenmesiyle veya kesitleri boyamadan önce aşağıdaki gibi işlemden geçirerek uzaklaştırılır.İşleml-Ksilol ile muamele ederek parafin uzaklaştırııir.2-%100'lük alkolde yıka3-%70'lik alkolle hazırlanmış %0.5'lik iodinle 3-5 dakika muamele et4-Çeşme suyunda kısa bir süre çalkala5-%2.5 luk sodyum thiosulfatla(hipo) beyazlaşıncaya kadar (30 saniye-iki dakika) muamele et6-Akarsuda 5 dakika yıka7-Boyamayı yap 2-Potasyum Dikromat: Potasyum dikromat solusyonlarının pH’sı fiksasyonu önemli ölçüde etkiler. pH 3.4-3.8 arasında sitoplazma homojen olarak ve mitokondriler fikse olurken, nukleoproteinler korunamazlar. Daha asidik olduğunda ise kromik asit gibi davranır; hem nukleus hem sitoplazma mitokondri harabiyeti ile birlikte precipite olur. Potasyum dikromat diğer maddelerle karıştırılarak birçok önemli fiksatif elde edilir. Potasyum dikromatla tespit edilen dokular, çözülemeyen precipitelerin oluşumunu engellemek için alkolden geçirilmeden önce akarsuda yıkanmalıdır. Dokuya uzun süre maruz bırakmak (günlerden haftalara kadar) özellikle parafine gömülmüşse gevrekleşerek kesit almada zorluk çıkarır.3-Kromik Asit: Kromik asit anhidritin(Cr03)' in koyu kırmızı kristallerini distile suda çözerek hazırlanır. %2'lik solusyon fiksatiflerin hazırlanması için uygundur. Proteinleri precipite eder ve karbohidratları tespitler. Kuvvetli bir oksitleyici ajan olarak genel olarak alkol veya formalinle karıştırılmamalıdır. Kromik asitle fiksasyondan sonra dokular alkolle muamele edilmeden önce akarsuda yıkanmalıdır. Böyle yapılmazsa dokularda çözünemez precipat oluşumuyla sonuçlanabilir. 4-Pikrik Asit: Pikrik asit parlak sarı kristalin bir maddedir. Isıtılırsa patlayıcı özelliği vardır. Tedbirli olarak suda oda ısısında yaklaşık %1 oranında, benzende %10 oranında çözünür. Pikrik asit nukleoproteinleri precipite eder ve biraz büzer fakat hafif sertleştirir. Sitoplazmik boyalarla zenginleştirir ve glikojen için kullanılan fiksatiflerin faydalı bir elemanıdır. Pikrik asit fiksasyonundan sonra dokular direkt olarak alkole alınırlar. 5-Osmiyum Tetroksit: Yaygın olarak söylendiği gibi osmik asit, 0.5 veya 1 gramlık etiketli ampullerde bulunan soluk sarı kristal bir maddedir. Pahalıdır. Hem kristalin hem de çözeltinin dumanı iridanttır ve tehlikelidir. Gözün dumana maruz kalmasından sıkı gözlük kullanarak kaçınılmalıdır. Kullanıldığı şişe sıkıca kapatılmalıdır. Çözelti aşağıdaki gibi hazırlanır.Etiketi çıkarın.Tüpteki yapışkanı suyla (sıcak su değil) yıkayıp çıkarın.Temiz bir bezle ampulu kurulayın, ortasından kırın. Her iki yarısını uygun miktarda distile su içeren koyu renkli cam şişeye koyun. Kristallerin çözünmesi zaman alır. Fakat hızlandırmak için ısı kullanılmamalıdır. Şişenin cam kapağı olmalı ve soğukta muhafaza edilmelidir. OSO4' ışık, ısı veya organik etkenlerle kolaylıkla gri veya siyah lower okside indirgenir ve bir kere kullanılan solusyon, stok şişesine geri konulmamalıdır. İndirgenmeyi önlemenin etkili bir yolu her 10 cc lik solusyona bir damla suda doyurulmuş merkurik klorid eklemektir. OSO4, formalin gibi protein ile additive bileşikler oluşturur, miyelini de içeren çoğu lipidler OS04 in lower okside indirgenmesiyle siyahlaşır. Penetrasyonu zayıftır. Küçük objeler, smearler ve ince kesitler sıvıya daldırmaksızın dumanıyla fikse olabilir. Genel histolojik ve histopatolojik çalışmalarda az kullanılmasına rağmen (fiat yüksek, kullanımdaki sınırlamalar) e.m de yaygın kullanılmaktadır.

http://www.biyologlar.com/histolojik-preparat-tespit-ajanlari

Bakterilerde Köken ve erken evrim

Modern bakterilerin ataları, yaklaşık 4 milyar yıl önce, dünyada gelişen ilk yaşam biçimi olan tek hücreli mikroorganizmalardı. Yaklaşık 3 milyar yıl boyunca tüm canlılar mikroskopiktiler, bakteri ve arkeler yaşamın başlıca biçimleriydi. Bakteri fosilleri, örneğin stromatolitler, mevcut olmakla beraber, bunların kendine has morfolojilerinin olmaması, bunlar kullanılarak bakteri evriminin anlaşılmasına veya belli bakteri türlerinini kökeninin belirlenmesini engellemektedir. Ancak gen dizileri bakteri filogenetiğinin inşası için kullanılabilir, bu çalışmalar bakterilerin arke/ökaryot soyundan ayrılmış evrimsel bir dal olduğunu göstermiştir. Bakteri ve arkelerin en yakın zamanlı ortak atası muhtemelen yaklaşık 2,5-3,2 milyar yıl önce yaşamış bir hipertemofil'di. Bakteriler, evrimdeki ikinci büyük ayrışmada, ökaryotların arkelerden oluşmasında da yer almışlardır. Bunda, eski bakteriler, ökaryotların ataları ile endosimbiyotik bir ilişki kurmuşlardır. Bu süreçte, proto-ökaryotik hücreler, alfa-proteobakteriyel hücreleri içlerine alıp mitokondri veya hidojenozomları oluşturdular. Bu organeller günümüz ökaryotlarının tümünde hala bulunmaktadır ("mitokondrisiz" protozoalarda dahi aslında son derece küçülmüş olarak mevcutturlar). Daha sonraki bir dönemde, farklı bir olay sonucu, bazı mitokondrili ökaryotların, siyanobakteri-benzeri canlıları içlerine alması sonucunda, bitki ve yosunlardaki kloroplastlar oluştu. Hatta bazı yosun gruplarında bu olayı izleyen başka içe almalar meydana gelmiş, bazı heterotrofik ökaryotik konak hücrelerin, ökaryotik bir alg hücresini içine alması sonucunda "ikinci kuşak" bir plastid oluşmuştur.

http://www.biyologlar.com/bakterilerde-koken-ve-erken-evrim

ATP sentezi için neler gereklidir? Mitokondriyon enzimleri nerede bulunur?

ATP sentezi için birçok enzim gerekir. Bu enzimler mitokondriyon iç ve dış zarı ile, zarlararası kısım ve matrikste bulunur.

http://www.biyologlar.com/atp-sentezi-icin-neler-gereklidir-mitokondriyon-enzimleri-nerede-bulunur

Krista nedir ?

Mitokondriyon iç zarı Şekil 2.9'da görüldüğü gibi matrikse doğru bir takım çıkıntılar yapar.Bu çıkıntılara krista adı verilir. Kristaların temel fonksiyonu iç yüzeyi artırmaktır. Mitokondriyonlar genellikle hücrenin belli bölgelerinde birikirler. Bunun nedeni üretilen enerjinin tüketileceği bölgeye mümkün olduğunca yakın tutulmak istenmesidir.

http://www.biyologlar.com/krista-nedir-

Bakterilerde Hücresel yapı

Bakterilerde Hücresel yapı

Bakteri hücresi hücre zarı olarak adlandırılan bir lipit zarla çevrilidir. Bu zar, hücrenin içindekiler içine alıp, besinler, protein ve sitoplazmanın diğer gerekli bileşenlerini hücrenin içinde tutar.

http://www.biyologlar.com/bakterilerde-hucresel-yapi

Mitokondriyonun çoğalma yeteneği hangi özelliğinden kaynaklanır?

Mitokondriyonlar hakkında önemli buluşlardan birisi kendi DNA molekülünün ve ribozom gibi organellerinin bulunmasıdır. DNA molekülünün nispeten küçük kopyalarını barındırır. Bu organelleri yardımı ile bağımsız bölünme ve protein sentez etme özelliklerine sahiptir. Hücreye yönelik olumsuz koşullardan en çabuk etkilenen organel mitokondriyonlardır. Hemen büyüyüp şişerler.

http://www.biyologlar.com/mitokondriyonun-cogalma-yetenegi-hangi-ozelliginden-kaynaklanir

SİTOLOJİK TESPİT SOLUSYONLARI

A – Champy Karışımı % 3 ‘lük potasyum dikromat …………….………7 cc% 1 ‘lik Kromik asit ……………………………7 cc% 3 ‘lik Osmium tetraoksit (O5O4)………..……4 cc Fiksatif hazırlanıp saklanabilir. Doku parçaları 6 -24 saat kadar tespit edilir. Bu süre kadar akarsuda yıkanır. B- Hirschler Fiksatifi% 3 ‘lük potasyum dikromat …………….… ….1 cc% 1 ‘lik Kromik asit …………………………….1 cc% 3 ‘lik Osmium tetraoksit (O5O4)………….….2 ccC- Flemming  Fiksatifi % 1 ‘lik Kromik asit ……………………………….…15 cc% 2 ‘lik Osmium tetraoksit (O5O4)…………………..…4 ccGlasiyel asetik asit …………………………………….. 1 cc Stoplazmik organeller için iyi bir fiksatiftir. Doku parçaları 12-24 saat tespit edilir. Fiksatifdeki kimyasal maddeler kullanılacağı zaman karıştırılmalıdır. Parçalar daha sonra 24 saat akarsuda bırakılır. D- Altmann Fiksatifi% 5 ‘lük potasyum dikromat …………….… ……1 cc % 2 ‘lik Osmium tetraoksit (O5O4)………..……1 ccüE- Susa Fiksatifi %0.6 NaCl’de doymuş civa klorür………………………50 ccTriklor asetik asit ………………………………………2 ccGlasiyel asetik asit………………………………………. 4 ccFormaldehit……………………………………………20 ccSaf su……………………………………………….....30 ccHücre içerisine geçen en iyi fiksatiflerdendir . Kullanılacağı zaman hazırlanmalıdır.F- Hermann Fiksatifi%1’lik platin klorür………………………..….…75 ccGlasiyel asetik asit………………………..……….5 cc% 2 ‘lik Osmium tetraoksit (O5O4)……..…….….20 ccProtoplazma için kromik asit içeren diğer fiksatiflerden daha iyi bir fiksatiftir. Kromatinde büzülme yapabilir. Fakat nükleusların iyi boyanmasını sağlar. Sitoplazmanın boyanmasını ise azaltır.Hermann fiksatifinin bir modifikasyonu :%1’lik platin klorür………………………………….   15 ccGlasiyel asetik asit………………………………..…….1 cc% 2 ‘lik Osmium tetraoksit (O5O4)………….……..…3 ccAsetik asit konmadan hazırlandığında mitokondriler için iyi bir fiksatiftir.

http://www.biyologlar.com/sitolojik-tespit-solusyonlari

YAĞ DOKUSU HAKKINDA BİLGİ

Yağ dokusu, yağ hücrelerinden (adipositler) oluşan zengin kan damarı ve sinir içeren bir dokudur. Erkeklerde vücut ağırlığının % 15-20’ sini, dişilerde % 20-25’ ini oluşturur. Yağ hücreleri, nötral yağların depolanması ve ısı üretilmesi için özelleşmiş hücrelerdir. Memelilerde beslenme aralıklı, enerji tüketimi sürekli olduğundan enerji deposu olarak önemli fonksiyon üstlenir. Travmalara karşı yastık görevi yanısıra ısı yalıtımını da sağlar. Sinirsel ve hormonal uyarılara karşı hassastır. Yağ dokusunun 2 tipi vardır: Uniloküler (Beyaz) Yağ Dokusu: İçerdikleri karetonoidlere bağlı olarak çıplak gözle sarı renkte izlenir. Penis, scrotum, göz kapakları ve kulak kepçesinde bulunmaz. Göz küresi ve orbitadaki boşlukları doldurur. Yeni doğanlarda her yerde aynı oranda bulunur. Adipositler, 50-150 mm çapları ile vücudun en iri hücrelerindendir. Hücre içinde başlangıçta oluşan küçük yağ vakuolleri birleşerek tek bir yağ vakuolüne dönüşür. Yağ hücrelerinin içerikleri ile birlikte incelenebilmeleri için dondurma fiksasyonu yapılmalı ve dondurma mikrotomu ile kesit alınmalıdır. Bu uygulanmazsa yağ içeriğinin boşalmasından dolayı çekirdek dar bir sitoplazma ile birlikte hücre periferinde izlenir. Bu görünümleri nedeni ile taşlı yüzük hücreleri olarak da adlandırılır. Multiloküler (Esmer – Kahverengi) Yağ Dokusu: Kan damarları ve mitokondriden ( sitokromlar ) zengin olduklarından dolayı kahve renkte izlenirler. Esmer yağ dokusu hücrelerinde çekirdek merkezi yerleşimlidir ve çok sayıda yağ vakuolü içerirler. Hücreleri de, beyaz yağ dokusuna göre daha küçüktür. Bu tip yağ dokusu bağ dokusu ile daha belirgin loplara ayrılırlar. Kış uykusuna yatan hayvanlarda görüldüğünden hibernasyon guddesi olarak da adlandırılır. Isı üreterek yeni doğanı soğuktan korur. Sayıları giderek azalır. Doğum sonrası dönemde mitoz hücre bölünmesi geçirmezler. Hipertrofik obesitede, yağ hücrelerinde normalden fazla yağ birikimi vardır. Hiperblastik obesitede, yağ hücrelerinin sayısında artış vardır.      

http://www.biyologlar.com/yag-dokusu-hakkinda-bilgi

HÜCRENİN ORGANELLERİ

Organel: Hücrelerin, biyolojik olaylarını gerçekleştirdiği yerdir. Hücre organellerini aşağıdaki özellikleriyle tanıyacağız. Hücre Organelleri: Mitokondri Plastidler. Koful. Endoplazmik Retikulum. Golgi Aygıtı. Lizozom. Ribozom. Sentrozom.

http://www.biyologlar.com/hucrenin-organelleri

Hücre Fizyolojisi

Hücreler yaşayan organizmaların yapısal ve fonksiyonel birimleridir. Hücreler küçük fakat kompleks yapılardır. Yaşamın bu temel birimi hakkında ayrıntılı bilgiler ilk kez 17. Yüzyılda ışık mikroskobunun geliştirilmesi ile edinildi. Bir müze müdürü olan İngiliz Robert Hooke 1663 yılında mantar ve diğer bitki örneklerini bir jiletle keserek mikroskop altında 30 kat büyüterek inceledi. Bu incelemeler sonucunda bitkilerin "hücre" adını verdiği küçük bölmelerle dolu olduğunu buldu. Anton van Leeuwenhoek isimli bir Alman dükkancı ise doku örneklerini 300 kat büyüterek, bakteri, kan hücresi, sperm hücresi gibi tek hücreli organizmaları inceledi. Bu organizmalara hayvancık anlamına gelen "animalcules" adını verdi. Hücrelerin Genel Özellikleri: Hücreler hem morfolojik (şekilsel) hem de metabolik olarak çok büyük farklılıklar gösterirler. E.coli isimli bakteri 1m m (m m=mikrometre= 1 metrenin milyonda biri) uzunluğundayken, aksonları 1 metre uzunluğunda olan sinir hücreleri vardır. Ama yine de hücrelerin çok büyük bir çoğunluğu 1-30 m m arasındadır. Hücreler küçük olmak zorundadırlar, çünkü metabolizmalarında diffüzyon çok önemlidir. Diffüzyon, termal hareketle moleküllerin rasgele hareket etmesidir. Diffüzyon moleküllerin, yüksek konsantrasyon bölgesinden düşük konsantrasyon bölgesine doğru, her yerde eşit dağılıncaya kadar olan, rastgele hareketleridir. Diffüzyon termodinamiğin 2. Kanuna bir örnektir. Bu kanuna göre entropi (düzensizlik ya da rasgelelik) sürekli olarak artar. Evrendeki düzensizliğin derecesi sadece ve sadece artabilir. Hücrelerin çoğu aktivitelerinin büyük bir bölümünü diffüzyon ile düzenlerler. Diffüzyon, molekülün özelliğine (büyüklük gibi) ve çevreye (vizkozite, membran gibi) bağlıdır. Bir partikül (madde parçası) tarafından katedilen mesafe zamanın karekökü ile doğru orantılıdır. Yani bir partikül 1 saniyede 1 m m gidiyorsa, 4 saniyede 2 m m ve 100 saniyede 10 m m ve 3 saatte (10.000 saniye) 100 m m gidecek demektir. Hücrelerin Fonksiyonel Özellikleri: Hücreler ortamdan ham materyali alırlar. Enerji üretirler: Bu enerji iç ortam dengesini sağlamak, ve sentez reaksiyonlarını yürütmek için gereklidir. Termodinamiğin 2. Kanununa karşı koymak ancak enerji ile mümkündür. Kendi moleküllerini sentez ederler. Organize bir şekilde büyürler. Çevreden gelen uyarılara cevap verirler. Çoğalırlar (bazı istisnalar haricinde). Hücrelerin Yapısal Özellikleri: Kalıtsal bilgiler DNA içinde saklanır. Genetik kod temelde aynıdır. Bilgi DNA dan proteinlere RNA aracılığı ile geçer. Proteinler ribozomlar tarafından yapılır. Proteinler hücrenin fonksiyon ve yapısını düzenlerler. Bütün hücreler seçici geçirgen bir zar olan plazma membranı ile çevrilmiştir. HÜCRELERİ BİRBİRİNDEN AYIRAN ÖZELLİKLER Hücreler arasında pek çok benzerlik olmasına rağmen, çok belirgin farklılıklar da vardır. Bu farklılıklar hücreleri çeşitli ana guruplara ayırmamıza yardımcı olur. İki yaygın ana gurup şunlardır. Prokaryotlar Eukaryotlar Prokaryotlarla Eukaryotlar arasındaki en temel farklar prokaryotların bir nükleusa (çekirdek) ve membrana bağlı organellerinin (birkaç istisna haricinde) olmamasıdır. Her ikisinin de DNA sı, hücre zarı, ribozomları vardır. HÜCRE ORGANELLERİNİN YAPI VE FONKSİYONLARI Hücreler ışık mikroskopu ile incelendiği zaman, sitoplazma ve çekirdek adı verilen iki bölümden oluştuğu görülür. Ancak daha büyük büyütme sağlayan elektron mikroskopuyla yapılan incelemeler, hücrenin bir takım alt birimlerden, hücre organellerinden oluştuğunu ortaya koymuştur. Hücre şunlardan oluşmuştur. Hücre zarı Sitozol Organeller Çekirdek Hücre Zarı: Zar ya da membranlar yaşam için çok önemlidir, çünkü bir hücre 2 sebebten dolayı kendisini dışarıdaki ortamdan ayırmak zorundadır. DNA, RNA ve benzeri yaşamsal moleküllerini dağılmaktan korumalıdır. Hücre molekül yada organellerine zarar verebilecek yabancı molekülleri uzak tutmalıdır. Ancak hücre bu iki kurala uyarken bir taraftan da çevreyle haberleşmeli, dış ortamı sürekli olarak izlemeli ve ortam değişikliklerine ayak uydurmak zorundadır. Ayrıca hücre besin maddelerini dışarıdan almalı ve metabolizması sonucunda ürettiği toksik (zehirli) maddeleri dış ortama vermelidir. Biyolojik membranlar Şekil 1 de görüldüğü gibi bilipit katmandan oluşur. Şekildeki her bir fosfolipiti temsil eder. Daire ya da baş negatif yüklü fosfat gurubudur, ve iki kuyruk da çok hidrofobik (hidrofobik=suyu iten) olan hidrokarbon zincirlerini temsil eder. Fosfolipit zincirlerinin Şekil 1. De görüldüğü düzenlenmesi sonucu hidrofobik kısımlar membranın içinde kalır. Membran yaklaşık 5 nanometre (1 nanometre = 1 metrenin milyarda biri) kalınlığındadır. Membran semipermeabledır (yarı geçirgen), yani bazı maddelerin membrandan serbestçe geçmesine (diffüze olmasına) izin verir. Membran büyük moleküllere geçirgen değilken, yüklü iyonları çok az geçirir, ve yağda eriyen küçük moleküllere oldukça geçirgendir. Tüm biyolojik membranlar gibi hücre zarı (membranı) da lipit, protein ve az miktarda karbonhidrattan oluşmuştur. Hücre zarı, hücre içinde ve dışında bazı uzantılarla devam eder. Hücre dışına doğru olan uzantılar hücrenin yüzeyinden interstisiyel mesafeye doğru uzanırlar, bu uzantılara mikrovillus denir. Hücre içine doğru devam eden zar sistemi ise dış ortamın hücre içiyle daha yakın ilişki kurmasını sağlar. Bu sisteme endoplazmik retikulum denir. Endoplazmik Retikulum: Endoplazmik retikulum lipid, protein (ribozomlar aracılığı ile) ve kompleks karbonhidratların yapım yeridir. Endoplazmik retikulum hücredeki toplam membranların yarısından fazlasını oluşturur. Endoplazmik retikulum iki membrandan oluşur, iki membran arasında kalan boşluğa endoplazmik retikulum lümeni denir. İki tip endoplazmik retikulum vardır. Granüllü Endoplazmik Retikulum: Üzerinde ribozomlar vardır. Sisterna denilen yassılaşmış keseler şeklindedir. Golgi Kompleksi: Golgi kompleksi hem yapı hem de fonksiyon yönünden endoplazmik retikulum ile yakından ilişkilidir. Bu organel birbirine paralel bir dizi membranöz kanaldan oluşur ve salgı yapan hücrelerde iyi gelişmiştir. Golgi kompleksinin fonksiyonu endoplazmik retikulumda sentezlenen maddelere son şeklini vermek ve bu maddeleri bir membranla çevrelemektir. Ayrıca hücre zarının yenilenmesi ve yüzeyinin genişletilmesi görevini de üstlenir. Lizozom: Lizozomlar 0,2 ila 2 m m çapında organellerdir. Hücreiçi sindirimi sağlamak üzere yaklaşık 40 civarında enzim içerirler. Lizozom membranı lizozomun hücreyi tümüyle sindirmesini önler. Bu enzimler için optimal pH 5 civarıdır. Lizozomlarda ATP hidrolizi ile çalışan H+ pompası vardır. Bu sayede lizozomun pH I düşük tutularak enzimlerin etkin hale geçmesi önlenir. Peroksizom: Peroksizom membranında spesifik proteinler ve oksidasyon enzimleri vardır. Karaciğerdeki peroksizomların ana görevi detoksifikasyondur (bir maddeyi zararsız hale getirme). Ribozom: Ribozomlar proteinlerin sentez edildikleri yerdir. Protein sentezi için gerekli bilgi DNA dadır, bu bilgi RNA ya transfer edilir, ve ribozomlarda RNA daki bu bilgiyle protein yapılır. Bir hücre için protein sentezi çok önemlidir, bu yüzden de hücrede binlerce ribozom bulunur. Ribozomlar ya sitoplazmada serbestçe yüzerler ya da endoplazmik retikuluma bağlı olarak bulunur. Ribozomların membranı yoktur. Protein sentezlemedikleri zaman 2 alt gurup halinde bulunurlar. Alt guruplar ribozomal RNA (rRNA) ve ribozomal proteinlerden oluşur. Mitokondri: Mitokondriler eukaryotik hücrelerde ana enerji üretim merkezleridir. Biri iç diğeri dış olmak üzere iki membranı vardır. İç membranda çok sayıda katlanmalar vardır, bu membranın yüzey alanını genişleterek, membran bağımlı raksiyonların daha fazla sayıda olamasını sağlar. Mitokondrilerin kendi DNA ve ribozomları vardır. Çekirdek (Nükleus): Nükleus DNA nın bulunduğu ve DNA daki bilginin RNA ya aktarıldığı yerdir. Çift katlı bir membranla sarılmıştır, bu membranda çok sayıda büyük porlar bulunur. Çekirdeğin içini dolduran esas madde DeoksiriboNükleik Asit ve protein molekülleridir. Bu DNA molekülleri nükleus içinde rastgele dağılmış olamayıp kromozom denilen yapılar içinde protein molekülleri ile birlikte organize olmuşlardır. İnsanda 46 adet (23 çift) kromozom bulunur. DNA molekülleri hücrede mevcut bütün proteinlerin nasıl yapılacağının genetik bilgisini içerirler. Bilgi nükleusdadır fakat proteinler sitoplazmada yapılır, bu sebeple bilginin sitoplazmaya aktarılması gereklidir. Bu amaçla DNA kalıp gibi kullanılarak, bu kalıptan RNA yapılır, oluşan RNA sitoplazmaya geçerek, protein yapım yeri olan ribozomlara protein sentezi için gerekli bilgiyi aktarır. Çekirdek hücrenin kontrol merkezidir, buradaki genetik mekanizmalar yoluyla sadece hücre içindeki kimyasal olaylar değil, aynı zamanda hücrenin özelliklerinin yeni hücre nesillerine aktarılması da sağlanır. Hücre İskeleti: Aslında hücre iskeleti terimi yanlış bir deyimdir. Hücre iskeleti transparan olduğu için hem ışık hem de elektron mikroskobu preperatlarında görülmez. Hücre çizimlerinde de gösterilmemesine rağmen önemli bir hücre komponenttidir. Hücre iskeleti hücrenin şeklini, hücre organellerinin yerinde durmasını sağlar, ve hücre hareketinden sorumludur. Hücre iskeleti şunlardan oluşmuştur. Sentriyoller Mikrotübüller Aktin filamentleri Sentriyoller çekirdeğe yakın olarak yer alan bir çift silindirik yapıdır. Her biri üçerli guruplar halinde dokuz tübülden oluşmuştur. Sentriyoller hücre bölünmesi sırasında kromozomların hücre kutuplarına çekilmesini sağlarlar. Mikrutübüller tübülin denilen alt birimlerden oluşmuştur. Görevi hücreyi yerinde tutmaktır, aynı zamanda silya ve flagellanın da ana bileşenidir. Aktin filamentleri ise hücrenin şeklini değiştirmesinde görev alırlar.

http://www.biyologlar.com/hucre-fizyolojisi

KEMİK DOKUNUN HÜCRELERİ NELERDİR

Kemik dokusunda 4 tip hücre ayırt edilir: ■Osteoprogenitör hücre ■Osteoblast ■Osteosit ■Osteoklast Osteoprogenitör Hücreler ; Kemiğin ana hücreleri olup mezanşimden kaynaklanırlar. Genellikle soluk boyanan nukleuslu,asidofilik sitoplazmalı hücreler olup endosteumda, periyosteumun iç katında ve Havers kanal-ları gibi bölgelerde bulunurlar. Osteoprogenitor hücreleri mitozla olgun kemik hücrelerine fark-lılaşmaktadırlar. Bu hücreler kemik büyümesinde, zedelenmesi veya kırık tamirinde aktif halegelerek bölünürler ve osteoblast hücrelerine dönüşürler. Osteoblastlar; Kemik dokusunda matriksin yapımında sorumlu olan bu hücreler, kübik ya da alçak prizmatikboylu hücrelerden yapılmıştır. İri nukleuslarıolup sitoplazmalarıkoyu bazofiliktir. Elektron mik-roskobunda Golgi ve endoplazmik retikulumları iyi gelişmiş olarak görülür. Lipid damlacıklarıve lizozom benzeri yapılar da sitoplazmada yer alır. Hücreler birbirleriyle kısa çıkıntılarla ilişki-dedir. Kuvvetli alkalen fosfataz ve PAS pozitif reaksiyon verirler. Alkalen fosfataz hem matrikshem de kalsifiskasyonda rol alan önemli bir enzimdir. Enzim fosfatın hidroliziyle lokal inorganikfosfat konsantrasyonunu arttırmakta ve bunun kalsiyum iyonlarıyla birleşmesi sonucu kalsi-yum tuzlarıhalinde dokuya çökmesi sağlanmaktadır (kemikteki inorganik matriks yapısına ba-kınız). Organizmada kemik yapım hızının ölçülmesi istendiğinde de kandaki alkalen fosfatazenzimi seviyesine bakılmaktadır. Osteositler; Kemiğin esas hücreleri olup, olgun kemik hücresi adını da alır. Bu hücreler lakünaları içindeyerleşmişlerdir. Gelişimlerini tamamlamış olduklarından sentez yapamazlar. Bu nedenle gra-nüllü ER ve Golgilerinde azalma görülür. Sitoplazma bazofilisi de daha azdır. En tipik özellikle rinden biri de uzantılarıdır. Konunun başında değindiğimiz gibi bu sitoplazmik uzantılar kanali-küller içinde seyreder (Şekil 7.1). Bu şekilde her hücre lakünasıiçine gömülü kalmayıp birbirle-riyle temas kurmaktadırlar. Bu noktalarda neksuz ve aralıklı bağlantı kompleksleri olduğuelektron mikroskopunda gösterilmiştir. Osteositlerin kalsiyumun kemiklerden kana verilmesin-de ve hameostatik mekanizmayı düzenleme (kalsiyum konsantrasyonunu düzenleyerek) gibiönemli metabolik rolleri de vardır. Hücrelerin ölmesi halinde ise matrikste rezorbsiyon olayıgö-rülür. Osteoklastlar; Kemikte yıkımı veya kemik rezorbsiyonunu gerçekleştiren hücrelerdir. 20-100 µm çapındaçok büyük hücrelerdir ve 2 den 50 kadar değişen sayılarda nukleusları bulunur. Fonksiyonla-rından dolayı makrofaj türü hücre olarak da kabul edilirler. Ayrıca mononüklear fagositer siste-me dahil hücrelerdir ancak aktif fagositoz yapmazlar. Osteoklastlar içerdikleri kollagenaz ve di-ğer proteolitik enzimlerle kemiği rezorbe etmektedirler. Eritici enzimlerle eritilen kemik dokusuuzantılarla hücre içine alınmaktadır. Osteoklastların sitoplazmaları genellikle asidofil ve vaku-ollüdür. Hücrelerin çok sayıda lizozomları, mitokondriyonlarıve iyi gelişmişbir Golgi kompleks-leri vardır. Bu hücreler kemikte Howship lakünası adı verilen boşluklarda yerleşmişlerdir.Osteoklastlarda kemiğe bitişik yüzlerinde hücre yüzeyinin genişletilmesinde rol oynayan fırçakenarlı hücre uzantıları gözlenir. Osteoklastlar hormonlara karşı da çok duyarlıdırlar. Örneğinparatiroid hormonu hücrede RNA sentezini arttırmada etkili olurken, kalsitonun hormonu bu-nun tersi etki yapmaktadır. Kemik yıkımı, kemiğin modelleşmesinde önemli rol oynar (kemikoluşumuna bakınız). Bu olay osteoklast ve osteoblastların uyumlu çalışması neticesinde ger-çekleşmektedir.

http://www.biyologlar.com/kemik-dokunun-hucreleri-nelerdir

Hücre teorisi

1)Bütün canlılar hücrelerden meydana gelmiştir. 2)Hücreler bağımsız hareket ettikleri halde birlikte iş görürler. 3)Hücreler bölünerek çoğalırlar. Bilinen en büyük hücre deve kuşu yumurtasıdır.Bilinen en uzun hücre ise sinir hücresidir. Hücreler ökaryot ve prokaryot olmak üzere iki kısımda incelenir. Prokaryot hücre: Kalıtım maddesi etrafında çekirdek zarı bulunmayan ve ribozom hariç hücre organellerine sahip olmayan ilkel hücre tipidir. Bakteri ve mavi – yeşil alg örnek verilebilir. Ökaryot hücre Kalıtım maddesi etrafında çekirdek zarı bulunan ve hücre organellerine sahip olan gelişmiş hücre tipidir. Ökaryot hücre üç kısımda incelenir. 1) HÜCRE ZARI · Yağ,protein az miktarda karbonhidrattan oluşur.Hücre zarının yapısı akıcı-mozaik zar modeli ile açıklanır.Bu modele göre zar; yağ denizinde yüzen proteinlerden oluşmuştur. · Karbonhidratlar hücre zarındaki yağlarla birleşerek glikolipid, proteinlerle birleşerek glikoprotein şeklinde bulunur.Bunun sağladığı avantaj ise hücrelerin birbirini tanıması ve bağışıklıktır.Hücre zarının özgüllüğünü veren kimyasal madde glikoproteindir. Glikolipidi ve glikoproteini golgi sentezler. · Madde giriş-çıkışı proteinler üzerindeki porlardan olur. · Zarın özellikleri : Canlıdır,saydamdır,esnektir ve seçici geçirgendir. · Zardaki proteinler enzim görevi yapar. · Zarın görevleri : Hücreyi dağılmaktan korur. Hücreye şekil verir. Hücreyi dış etkilerden korur. Madde alışverişini sağlar. Zarın seçici-geçirgen olması onun canlı olduğunu gösterir. Hücre çeperi cansızdır,esnek değildir,tam geçirgendir.Hücrenin dayanıklılığını arttırır, hücreye şekil verir.Üzerindeki deliklere geçit denir. Selülozik yapıdadır. Prokaryot hücrelerde de bulunur ama yapısı selülozik değildir. 2) SİTOPLAZMA Hücre zarı ile çekirdek arasını dolduran, canlı, renksiz, yarısaydam, suda çözünmeyen bir sıvıdır. İki kısımdır. a) Sıvı kısım: Su,protein,yağ,karbonhidrat,mineral,vitamin,RNA çeşitleri,nükleotidler,ATP ve enzimler gibi organik ve inorganik maddelerden oluşmuştur Görevi: 1) Biyokimyasal reaksiyonlar için zemin oluşturmak 2) Organellere yataklık etmek. 3) Rotasyon ve sirkülasyon hareketleri ile organellerin hareketini sağlamak. b) Organeller:Özel yapı ve görevi olan sitoplazmik cisimlerdir. ENDOPLAZMİK RETİKULUM Hücre zarından çekirdek zarına kadar uzanan zarlı kanallar sistemidir. Memeli alyuvarı hariç bütün çekirdekli hücrelerde bulunur. Hücre içine ve dışına madde taşır.Bazı maddeleri depolar.(Ca ve protein). Çekirdek zarı ve golgiyi yapar.Hücreyi bölmelere ayırarak,sitoplazmadaki asidik ve bazik tepkimelerin birbirini etkilemeden yapılabilmesini sağlar. Üzerinde ribozom bulunanlarına granüllü ER; bulundurmayanlara da granülsüz ER denir. Granüllü ER enzim salgılayan hücrelerde, granülsüz ER yağ sentezleyen hücrelerde çoktur. GOLGİ Çekirdeğe yakın bulunur.Hücre zarı yapımına katılır. Salgı maddelerin yapılması,paketlenmesi ve salgılanmasından sorumludur.Onun için süt bezi, tükrük bezi,ter bezi gibi salgı yapan hücrelerdeki sayısı diğer hücrelerdekilere oranla daha fazladır. Enzimleri paketliyerek lizozomu oluşturur.Hücre zarı yapımına katılır. Glikoprotein,lipoprotein,mukus,bağ dokusu ara maddesi ve ayrıca bitkilerde selülozlu maddeler salgılar. Memeli alyuvarı hariç bütün çekirdekli hücrelerde bulunur. LİZOZOM Büyük moleküllü besinleri parçalar.Kurbağa larvalarında kuyruğun kopması,salgılama dönemi biten memelilerde süt bezlerinin körelmesi,pasif kalan kasların küçülmesi,harap olmuş dokuların, yaşlı alyuvarların ve vücuda giren mikropların yok edilmesi lizozom sayesindedir. Fagositoz ve pinositoz yapan hücrelerde çoktur.ÖRNEK:Akyuvar hücresi ve tek hücreliler. Lizozom parçalanırsa hücre kendini sindirir.Buna otoliz denir. Lizozomun etrafındaki zar golgiden oluşur. İçerisindeki enzimler ribozomlarda üretilir. Üretilen enzimler ER ile taşınır. ER ile taşınan enzimler golgide paketlenerek lizozom oluşturulur. · Yani lizozomun oluşmasında ribozom,golgi ve ER etkilidir. NOT 1 : (Bazı kitaplara göre)Hayvanlara özgüdür.Bitkilerde ise lizozom benzeri yapılara fitolizozom denir. RİBOZOM Bütün hücrelerde bulunan en küçük organeldir. Protein ve rRNA’dan oluşur.Çekirdekçikte üretilir. Zarsızdır ve iki birimdir.Üst birim(büyük birim) protein,alt birimse(küçük birim) rRNA’dan oluşur. Protein ve enzim sentezler. Granüllü ER ve çekirdek zarı üzerinde,mitekondri ve kloroplastın sıvısında ve ayrıca sitoplazma da bulunabilir. Yoğun protein sentezi sırasında yan yana gelerek polizomları oluştururlar. Her canlıda ribozomların farklı olmasının sebebi rRNA’ ların farklılığındandır. Bir hücrenin canlılığını sürdürebilmesi için mutlaka ribozoma ihtiyacı vardır.(Enzimlerden dolayı) Enzim salgılayan bez hücrelerinde sayısı daha fazladır. MİTOKONDRİ Çift zarlıdır.İç zar kıvrımlıdır. Kıvrımlara krista,zarların arasını ve içini dolduran sıvıya matriks denir. Oksijenli solunum yaparak enerjinin üretildiği ve depolandığı yerdir. Enerji ihtiyacı fazla olan kas,sinir ve karaciğer gibi hücrelerde sayısı daha fazladır. Bulundukları hücrenin de enerjiye en çok ihtiyaç olan bölümlerinde toplanırlar. ÖRNEK:Sinirlerin sinaps bölgelerinde,spermlerin kuyruklarında ve kasların kasılma bölgelerinde,karaciğer hücrelerinde ve beyin hücrelerinde çok bulunur. Kendine ait DNA,RNA,ribozom ve ETS’si bulunur. Kendi DNA’sı olmasına rağmen hücre DNA’ sına bağımlıdır. Bitkilerde mesozom ve klorofil bulunduğundan dolayı mitokondri miktarı daha azdır. Prokaryotlarda ve memeli alyuvarında bulunmaz. SENTROZOM Bazı su yosunu,mantar,hayvan ve insan hücrelerinde bulunur. Sentriol denilen iki alt birimden oluşur. Hücre bölünmesi sırasında kendini eşleyerek zıt kutuplara çekilir ve iğ ipliklerinin oluşmasını sağlar. Hücre dışına uzanan kirpik,kamçı,sil gibi yapıları oluşturur. Sentrioller dikine duran dokuz çift tüpçükten oluşur. PLASTİDLER Sadece bitki hücrelerinde bulunan renk maddesidir.3 tiptir. a) Kloroplast Bitkiye yeşil rengini verir. Çift zarlıdır.İç zarı katmanlıdır.Bu katmanlara grana,içini dolduran sıvıya ise stroma denir. Fotosentez yaparak besin üretir. Kendine has DNA,RNA,ribozom ve ETS’si bulunur. Granalar içinde bitkiye yeşil rengini veren ve fotosentez için gerekli ışığı absorbe eden klorofil vardır. Bütün bitki hücrelerinde bulunmaz.ÖRNEK:Kökte. b) Kromoplast Bitkilerde meyve ve çiçeklerin rengini verir.Likopin(kırmızı),ksantofil(sarı) ve karoten (turuncu) olmak üzere üç çeşittir. Bitkilerde diğer renkler; koful öz suyunun asit veya baz oluşuna göre renk değiştiren aktokyan denen maddeler ile oluşturulur. c) Lökoplast Renksizdir.Genelde kök,gövde ve tohumda bulunur. Nişasta,yağ ve protein depolar. Işıkla karşılaşınca kloroplastlara dönüşür. KOFUL ER’dan,golgiden,hücre zarından ve lizozomdan oluşabilir. Hayvansal hücrelerde az ve küçük,bitkisel hücrelerde ise gençken küçük,yaşlandıkça büyürler.Çünkü tuzlu artıklar kofullarda biriktirilir. Hücre içi osmatik basınç ve pH’ı ayarlar. Kofulda bulunan su turgor basıncı oluşturarak hücreye diklik ve direnç verir. Metabolizmanın aktiflik derecesini belirler.Eğer koful büyük ve sitoplazmada miktarı çok ise metabolizma yavaşlar. Besin kofulu : Fagositoz ve pinositozla alınan besinlerin bir zarla çevrilmesiyle oluşur.Akyuvarlar mikropları fagositoz ve pinositozla aldığında dolayı,akyuvarlarda daha fazla sayıda besin kofulu bulunur. Kontraktil (vurgan) koful : Tatlı su tek hücrelilerinde bulunan daimi kofuldur.Fazla suyu dışarı atar. Boşaltım kofulu : Artık maddeleri ekzositozla dışarı atar. PEROKSİZOM Bitkisel ve hayvansal hücrelerde bulunan ve içerisinde katalaz enzimi bulunan organeldir. İçerisindeki katalaz enzimi H2O2 ‘yi H2O ve O2′ye parçalar. H2O2 hücre için çok tehlikelidir.Çünkü O2′nin reaksiyona girmesini yani solunumu önler. Sitoplazmanın pH derecesi 8,0′dır. Hücre Çeperi: Hücre zarı üzerinde selüloz birikmesi ile oluşur. Bitki hücresine sertlik ve desteklik verir. Bitki hücrelerinde bulunur.ölüdür.bazen yapısına bağlı olarak kütin, lignin mum gibi maddeler katılır. 3) ÇEKİRDEK Hücre bölünmesini sağlar.Kalıtım bilgisini taşır. Hücresel olayların yönetilmesinde ve karakterlerin sonraki nesillere aktarılmasında görevlidir4 bölümdür. A) ÇEKİRDEK ZARI · Çift katlı bir zardır. · Üzerindeki deliklere por denir.Bunlar hücre zarındaki porlardan daha büyüktür. · Hücre bölünmesi sırasında kaybolan bu zarın bölünmeden sonra yeniden yapılmasında ER ve golgi görevlidir   B) ÇEKİRDEK SIVISI · Homojen görünümlüdür.İçerisinde bol miktarda ATP,nükleotit,ribozom ve protein bulunur. C) ÇEKİRDEKÇİK · Bol miktarda RNA ve protein bulunur.Ribozom sentezi yapılır.Bakterilerde yoktur. D) KROMATİN İPLİK · Hücrede en çok bulunan maddedir. · DNA’nın kendisi olup kromozomları oluşturur.Kromozomlar DNA ve proteinden oluşmuştur. Kalıtsal karakterleri taşır.Üreme ve büyümeyi sağlar.Hücreyi yönetir. Kromozom sayısı, türlere göre değişkenlik gösterir. Örneğin insanda 46, soğanda 16 kromozom bulunur. Homolog Kromozom:Birisi anneden diğeri babadan gelen şekil ve yapısı aynı olan karşılıklı lokuslarında aynı karakter üzerine etkili genleri taşıyan kromozomlara denir. Homolog kromozom taşıyan hücrelere diploid( 2n) hücre denir.Üreme hücreleri gibi (n) kromozom taşıyan hücrelere haploid hücre denir.

http://www.biyologlar.com/hucre-teorisi

Hücre iskeletini hangi yapılar oluşturur?

Mikrotübüller, mikrofilamanlar ve ara filamanlar hücre iskeletini oluştururlar. Ayrı bir başlık altında topladığımız bu yapıları sitoplazma içinde de anlatmak mümkündür. Hücre iskeleti unsurları organeller arasında bir çatı oluştururlar. Şekil de görüldüğü gibi organellerin çevresini bir ağ gibi kuşatırlar. Hücre iskeletinin yapısına katılan elemanlar ile hücre organelleri ilişkisi 1-Mitokondriyon 2-Endoplazmik retikulum 3- Mikrotübüller 4-Ribozom (endoplazmik retikuluma tutunmuş) 5-Serbest ribozomlar.

http://www.biyologlar.com/hucre-iskeletini-hangi-yapilar-olusturur

Sitoloji Soruları

1. Hücrede enerji üretiminin (ATP sentezi) yapıldığı organel hangisidir? A) Lizozom B ) Golgi Kompleksi C) Mitokondriyon D) Sentrozom E) Ribozom 2. Hücre zarının yapısı nasıldır? A) Lipidlerden oluşmuştur B ) Karbonhidratlardan oluşmuştur C) Proteinlerden oluşmuştur D) Lipidler ve proteinlerden oluşmuştur E) Elektrolitlerden oluşmuştur 3. Çekirdeği ökromatini egemen görünen hücre için ne düşünürsünüz? A) Metabolizması çok hızlı B ) Kalıtım materyali eksik C) Hücre interfazda D) Hücre bölünmeye başlamış E) Hücre ölümü gözleniyor 4. Dış çevreden gelen olumsuz etkilerden en çabuk etkilenen organeller hangisidir? A) Mikrotübüller B ) Mitokondriyonlar C) Lizozomlar D) Mikrofilamentler E) Endoplazmik retikulum 5. Bölünme olayında mitoz mekiğinin yerinin belirlenmesinde rol oynar diye belirtilen organel hangisidir? A) Lizozom B ) Peroksizom C) Ribozom D) Granülsüz endoplazmik retikulum E) Sentrozom 6. Hücrede protein sentezi yapan mikromakineler hangisidir? A) Sentrozom B ) Ribozomlar C) Golgi kompleksi D) Peroksizomlar E) Mitokondriyonlar 7. Hücre içindeki organellerin arasındaki sıvıya ne ad verilir? A) Metaplazma B ) Öplazma C) Esas plazma D) Paraplazma E) Alloplazma 8. Hücrede depo maddesi gibi bulunan hayati olaylara karışmayan yapılar nasıl isimlendirilir? A) Paraplazma B ) Metaplazma C) Öplazma D) Hyaloplazma E) Esas plazma 9. Hücreyi yöneten merkez ayrıca kalıtım materyalini bulunduran organel hangisidir? A) Çekirdekçik B ) Golgi kompleksi C) Mitokondriyonlar D) Çekirdek E) Granüllü endoplazmik retikulum 10. Hücre içinde membranında ribozomlar bulunduran organel hangisidir?   A) Granüllü endoplazmik retikulum B ) Golgi kompleksi C) Mitokondri D) Peroksizom E) Lizozom

http://www.biyologlar.com/sitoloji-sorulari

Programlı hücre ölümü

Sorunuzun Cevabı burada var. www.biyologlar.com/index.php?option=com_...atid=25&id=1881#2266 Animasyon: Apoptosis: Overview www.promega.com/paguide/animation/selector.htm?coreName=apop01 Apoptosis: Intrinsic Triggers www.promega.com/paguide/animation/selector.htm?coreName=apop02   Apoptozis hakkında bilgiler Programlanmış hücre ölümü Programlanmış hücre ölümü (PHÖ veya PCD), herhangi bir hücrenin, hücre içi bir programla ölmesinin planlaması ve gerçekleştirilmesidir.[1]. Nekrozdan farklı olarak, ölen hücrelerin sonucunda dokuda akut hasarlanma ve enflamasyon yanıt oluşturulmaz. Programlanmış hücre ölümü, genellikle canlının yaşamı boyunca yarar sağlayan düzenli bir süreçtir. PHÖ, bitkiler ve metazoa gruplarının doku gelişimleri sırasında esasi fonksiyonları sergiler. Apoptozis ya da Tip I hücre-ölümü Otofajik ya da Tip II hücre ölümü (sitoplazmik - hücre çekirdeğinin yok edilmesinden önce özel bir sırayla büyük vakuollerin organelleri yemesiyle bilinen süreç.)[2] Programlanmış hücre ölümünün bu iki şeklinden başka yollarda bulunmuştur.[3] apotoptik olmayan programlanmış hücre ölümü olarak bilinen (ya da "kaspas-bağımısz programlanmış hücre ölümü" veya "nekroz benzeri programlanmış hücre ölümü") bu alternatif ölüm yolları apoptozis gibi etkiliidir, arka planda işlem görürler ve PHÖ'nün ana tiplerini oluştururlar. Bitki hücrelerinde kısmen otofajik hücre ölümüne benzer şekilde PHÖ görülür. PHÖ'nün bazı temel özellikleri bitkiler ve metazoada büyük oranda korunmuştur. "Programlanmış hücre ölümü", 1964'de Lockshin ve Williams [4]tarafından böcek dokularının gelişimindeki ilişkilerde kullanılmıştır, ondan sekiz yıl kadar önce de apotozis keşfedilmiştir. O zamandan bu yana "PHÖ", bu iki terimden daha genel bir kullanım haline gelmiştir. PHÖ, son zamanlarda gittkiçe artan ilgi ve araştırmaların konusu olmuştur. Bu eğilim, 2002'de Sydney Brenner (BK), H. Robert Horvitz (USA) ve John E. Sulston (BK)'ın Nobel Fizyoloji ve Tıp Ödülü'nü almasıyla da vurgulanmıştır. Bitki dokularında programlanmış hücre ölümü Arabidopsis türlerinde tanımlanan "APL", düzenler vasküler dokuları düzenler[6] Bonke ve çalışma arkadaşları, vasküler bitkilerin uzun mesafeli taşıma yapan iki sisteminden biri olan ksilemde, çeşitli hücre tiplerinin "hücre duvarları kalınlıklarında ve programlanmış hücre ölümlerinde, döküntülerin dikkatlice bağlanmasının farklılıklar" içeridiğini belirtmişlerdir. Yazarlar, bitkilerdeki PHÖ ürünlerinin yapısal önemli bir rolü olduğunu da vurgulamıştır. PHÖ'nün temel morfolojik ve biyokimyasal özellikleri, bitkiler ve hayvanlar aleminde korunmuştur.[7]. Bitki hücrelerin spesifik çeşitleri eşsiz hücre ölümü programlarını her nasılsa başardıklarını not düşmek gerekir. Hayvan apotozisiyle birlikte bunlar yaygın özelliklerdir -örneğin çekirdek DNA'sı degredasyonu- fakat bitkiler ksilemin trakeid elemanlarındaki vakuolün çökmesiyle tetiklenen hücre çekirdeği degredasyonu gibi kendi özelliklerine sahiplerdir. [8] Oxford Üniversitesinden bitki bilimciler, Janneke Balk ve Christopher J. Leaver, ayçiçeği bitkisinin hücrelerindeki mitokondriyal genomdaki mutasyona ulaşmayı başarmışlardır. Bu araştırmanının sonucu olarak mitokondrinin vasküler bitkilerin ve diğer ökaryotik hücrelerin PHÖ'de temel rol oynadığı ileri sürülmüştür.[9] Mycetozoa'da programlanmış hücre ölümü Sosyal tabaka küfü Dictyostelium discoideum eğer uniselüler formundaysa avcı amipe benzer bir davranış sergilerken, gelecek nesili verecek olan sporlarını dağıtırken hareketli bir sümüklüböceğe benzer bir özellik sergiler.[11] Bitkinin ölü hücrelerden oluşan sapı, bir çeşit PHÖ olan otofajik hücre ölümünün bazı özelliklerini paylaşır: hücrelerin içide oluşan büyük vakuoller, kromatin yoğunlaşmasının bir aşaması fakat DNA'nın hiç parçalanmaması. [12] Ölü hücrelerce bırakılan kalıntıların yapısal rolü bitki dokusundaki PHÖ'nin ürünlerini anımsatır. D. discoideum, günümüzden milyonlarca yıl önce ökaryotik atalarından meydana gelen olası bir dalın parçası olan sıvaşık bir küftür. Görünüşe göre, onlar yeşil bitkilerin, mantarların ve hayvanların atalarından sonra farklılaşmışlardır. Fakat evrim ağacındaki yerlerine göre gerçek şudur; PHÖ basitçe D. discoideumun 6. kromozomumda saklanıp, ona ek bir anlam katar: apoptozisin özelliklerinden olan kaspaslara bağımlı olmayan gelişimsel PHÖ yolunun çalışmasına izin verir. [13] Kaynaklar 1 Engelberg-Kulka H, Amitai S, Kolodkin-Gal I, Hazan R (2006). "Bacterial Programmed Cell Death and Multicellular Behavior in Bacteria". PLoS Genetics 2 (10). genetics.plosjournals.org/perlserv/?requ...journal.pgen.0020135. 2 Lawrence M. Schwartz et al. (1993). "Do All Programmed Cell Deaths Occur Via Apoptosis?". PNAS 90 (3): 980. www.pnas.org/cgi/content/abstract/90/3/980. ;and, for a more recent view, see W. Bursch et al. (2000). "Programmed Cell Death (PCD): Apoptosis, Autophagic PCD, or Others?". Annals of the New York Academy of Sciences 926: 1. www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?c...t&list_uids=11193023. 3 Kroemer G, Martin SJ (2005). "Caspase-independent cell death". Nat Med. 11 (7): 725-30. www.ncbi.nlm.nih.gov//entrez/query.fcgi?...n&list_uids=16015365. 4 Richard A. Lockshin, Carroll M. Williams (1964). "Programmed cell death—II. Endocrine potentiation of the breakdown of the intersegmental muscles of silkmoths". Journal of Insect Physiology 10 (4): 643-649. www.sciencedirect.com/science?_ob=Articl...c6e6979401175da87303. 5 2002 Nobel Prize in Medicine or Physiology[1] 6 Martin Bonke et al., published in Nature Vol. 425, Nov. 13, 2003, p. 181. 7 Mazal Solomon, et al.: "The Involvement of Cysteine Proteases and Protease Inhibitor Genes in the Regulation of Programmed Cell Death in Plants", The Plant Cell, Vol. 11, 431-444, March 1999. See also related articles in The Plant Cell Online, [2] 8 See Jun Ito and Hiroo Fukuda: "ZEN1 Is a Key Enzyme in the Degradation of Nuclear DNA during Programmed Cell Death of Tracheary Elements", The Plant Cell, Vol. 14, 3201-3211, December 2002. 9 "The PET1-CMS Mitochondrial Mutation in Sunflower Is Associated with Premature Programmed Cell Death and Cytochrome c Release", The Plant Cell, Vol. 13, 1803-1818, August 2001 10 Thomas, and Franklin-Tong: "Self-incompatibility triggers programmed cell death in Papaver pollen", Nature Vol. 429, 20 May 2004, p. 305. 11 Crespi B, Springer S: "Ecology. Social slime molds meet their match" Science 2003 Jan 3;299(5603):105-6 [3]. 12 See the article by Levraud et al.: "Dictyostelium cell death : early emergence and demise of highly polarized paddle cells", The Journal of Cell Biology Vol. 160, 7, p. 1105 [4]. 13 See also Roisin-Bouffay et al.: "Developmental Cell Death in Dictyostelium Does Not Require Paracaspase", The Journal of Biological Chemistry Vol. 279, 12, p. 11489, 19 March 2004 [5]. 14 see "The Birth of Complex Cells", by Christian de Duve, Scientific American Vol. 274, 4, April, 1996 15 See "Ancient Invasions: From Endosymbionts to Organelle", by Sabrina D. Dyall et al., Science Vol. 304 p. 253, 9 April. 2004[6]. 16 see Chiarugi and Moskowitz, in Science 297, p. 200[7]

http://www.biyologlar.com/programli-hucre-olumu

Mikroorganizmalarda Sınıflandırma ve yapı

Mikroorganizmalar gezegenimiz üzerindeki yaşamın taksonomisine ait herhangi bir yerde bulunabilir. Çoğu protistleri, bazı mantarları, aynı zamanda bazı mikro hayvanları ve bitkileri da içine alan belli sayıda ökaryotlar mikroskobik iken, bakteri ve arkeaların çoğunluğu mikroskobiktir. Virüsler, mikrobiyolojinin çalışma alanında olmasına rağmen, genellikle cansız sayılır ve dolayısıyla mikroorganizma olarak kabul edilmez. Prokaryotlar Prokaryotlar ya da Prokaryota; bakteriler, mavi-yeşil algler, riketsiyalar, aktinomisetler, ve mikoplazmaların gruplarının dahil olduğu; gerçek çekirdek zarları ve membrana bağlı organelleri olmayan, fosfolipid barındıran hücre duvarı ve tek helezonlu DNA molekülü hücre içinde serbest halde bulunan mikroorganizmaları kapsayan canlılar üstalemdir. Halk arasında mikrop diye adlandırılan mikroorganizmalar, hücresel yapılı olanlar ve hücresel yapıda olmayanlar olmak üzere ikiye ayrılır. Hücresel yapıda olanlar Bakteriler, mantarlar, protistlerdir. Hücresel yapıda olmayanlar ise Virüsler, viroidler, prionlardır. Canlıların bilimsel sınıflandırması içinde çok çeşitli grupları içerdiği için genel geçer özellikler belirtmek zordur. Bakteriler Bakteriler tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadan biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır. Arkea Arkeler, Arkea  veya Arkebakteriler, canlı organizmaların bir ana bölümüdür. Yabancı literatürde bu gruptaki canlılar Archaea veya Archaebacteria, grubun tek bir üyesi ise tekil olarak Archaeum, Archaean, veya Archaeon olarak adlandırılır Arkeler, Ökaryotlar ve Bakteriler, üç-saha sisteminin (İngilizce three domain system) temel gruplarıdır. Bakteriler gibi arkaeler de çekirdeği olmayan tek hücreli canlılardır, yani prokaryotlardır (prokaryotlar altı-alemli sınıflandırmada Monera olarak adlandırılırlar). İlk tanımlanan arkaeler aşırı ortamlarda bulunmuş olmalarına rağmen sonradan hemen her habitatta raslanmışlardır. Bu üst krallığa ait tek bir organizma "arkeli" (Arkea'ye ait anlamında; İngilizce archaean) olarak adlandırılır, bu sözcük sıfat olarak da kullanılır. Ökaryotlar Ökaryotlar (Latince: Eukaryota), hücrelerinin yapısından dolayı beraber gruplandırılmış bir canlılar grubudur. Bilimsel sınıflandırmada Ökaryotlar, Bakteriler ve Arkeler, tüm canlıları kapsayan üç ana gruptur. Ökaryotların tanımlayıcı özelliği genetik malzemelerinin zarla çevrili bir (veya birkaç) çekirdek içinde yer almasıdır. Bu nedenle kelime, Eski Yunanca eu, gerçek ve karyon, çekirdek sözcüklerinden türetilmiştir. Sıfat hali ökaryotiktir. Bakteri ve arkeler çekirdeksiz olduklarından beraberce prokaryot olarak adlandırılırlar (Eski Yunanca pro-, evvel ve karyon çekirdek sözcüklerinden). Çekirdeğin yanı sıra, ökaryotların mitokondri veya kloroplast gibi zarla çevrili çeşitli organelleri vardır, bu tür hücre içi karmaşık yapılar da prokaryotlarda bulunmaz. Ökaryotların ortak bir atası olduğu için bir üst alem (domain) olarak tanımlanmışlardır. Üst alem sisteminde ökaryotların, prokaryotlara kıyasla, arkelerle daha çok ortak özellikleri vardır ve bu yüzden arkelerle beraber Neomura kladı içinde gruplandırılırlar. Protistler Protistler (Protista, bazen Protoctista), ayrışık (heterojen) bir canlı grubudur ve hayvan, bitki ya da mantar olarak değerlendirilemeyen ökaryot canlılardan oluşur. Protistler bilimsel sınıflandırma açısından âlem olarak değerlendirilse de tek soylu (monophyletic) değil, kısmi soylu (paraphyletic) bir gruptur. Protistler içinde değerlendirilen canlıların da görece basit yapılı (tek hücreli ya da ileri düzeyde özelleşmiş dokuları olmayan çok hücreli) olmak dışında ortak özellikleri pek yoktur. Beslenmeleri fotosentez, absorbsiyon ya da fagositoz ile, çoğalmaları ise eşeyli ya da eşeysiz üreme ile gerçekleşen protistlerin hareketsiz olanları olabildiği gibi, kamçı, siller ya da yalancı ayaklarla hareket ederleri de bulunur. Yaklaşık olarak 60.000 yaşayan, 60.000 kadar da soyu tükenmiş fosil türü bilinmektedir. Protistalar canlılar dünyasının ökaryot hücreli en ilkel organizma grubudur. Çoğunlukla tek hücre halinde yaşamakla birlikte koloni halinde yaşayanları da vardır. Protistalar kamçılılar, silliler, kökayaklılar, sporlular, cıvık mantarlar ve algler olmak üzere gruplara ayrılırlar. Mikro Hayvanlar Mantar Mantarlar (Fungi), çok hücreli ve tek hücreli olabilen ökaryotik canlıları kapsayan bir canlılar alemi ve şapkalı mantarların tümüne halk arasında verilen genel addır. Halk arasında küf, pas, rastık, maya, mildiyö, şapkalı mantar, kav mantarı, puf mantarı gibi çeşitli isimlerle anılan bütün mantarlar, mantarlar (Fungi) alemi içersinde incelenirler. Latince Fungi mantarlar, Fungus ise mantar anlamındadır. Dünyanın heryerinde bulunurlar. Fazla nemli yerlerde daha çokturlar. Yeryüzünde 1,5 milyon kadar mantar türü olduğu düşünülmekte ise de günümüzde sadece 69.000 kadar türü tanımlanmıştır. Çoğu insan, mantarların bitki olduğunu düşünmektedir, ancak mantarlar bitki değildir. Çünkü, mantarlar kendi besinlerini üretemezler. Bitkiler Bitkiler (Plantae), fotosentez yapan, ökaryotik, ağaçlar, çiçekler, otlar, eğreltiotları, yosunlar ve benzeri organizmaları içinde bulunduran çok büyük bir canlılar alemidir. Bitkiler, topluluk halinde yaşarlar. Bitkilerin bir bölgede oluşturdukları örtüye bitki örtüsü denir. Flora, bir bölgede yetişen bütün bitki türlerinin hepsine denir. Herhangi bir bölgenin yaşam koşullarında gelişen, benzer ekolojik yapı içeren bitki topluluğuna vejetasyon denir. Bunlar 4 sınıftır: Ormanlar (her zaman yeşil tropikal yağmur, subtropikal, orta kuşak, sert yapraklı, iğne yapraklı, kışın yaprak dökenler, muson ormanları, tropikal kuru, mangrov, galeri, bataklık), Çalılar (maki, garig, psödomaki), otlar (savan, step, çöl), tundra. Bitkilerin yetişmesini etkileyen bir çok faktör vardır. Bunlar; ekvatora uzaklık, denizden yükseklik(rakım), arazi eğimi, ışık, sıcaklık, nem, yıllık yağış miktarı, toprak içeriği, canlı faktörler(insan, hayvan, diğer bitkiler, mikroorganizmalar)'dir Bitkiler, fotosentezle ekolojik dengeyi sağlamada temel rol oynadıklarından, canlılar dünyasında çok önemli yere sahiptirler. Bitkiler aleminin 350.000'e yakın türü mevcuttur. 2004 itibariyle 287.655 bitki türü tanımlanmıştır. Bunlardan 258.650'si çiçekli bitkilerden, 15,000'i de yosunlardan olarak tanımlanmıştır. Bitkiler genelde ototrof (özbeslek) organizmalardır ve enerjilerini güneş ışığından alırlar. Birçok bitki kloroplastları sayesinde fotosentez ile organik bileşiklerini üretir. Bitki hücreleri genellikle kareye benzer şekildedir. Habitat ve Ekoloji [değiştir]Habitat, bir organizmanın yaşadığı ve geliştiği yer. Bu yer, fiziksel bir bölge, yeryüzünün özel bir parçası, hava, toprak ya da su olabilir. Habitat, bir okyanus ya da bir çayırlık kadar büyük olabileceği gibi, çürümüş bir ağaç kütüğünün altı ya da bir böceğin bağırsağı kadar küçük de olabilir. Bununla beraber, her zaman tanımlanabilen ve fiziksel olarak sınırlı bir bölgedir. Birden fazla hayvan ya da bitki özel bir habitatta yaşayabilir. Ekoloji, canlıların birbirleri ve çevreleriyle ilişkilerini inceleyen bilimdir. Ekosistem ise canlı ve cansız çevrenin tamamıdır. Ekosistemi de abiotik faktörler (toprak, su, hava, iklim gibi cansız faktörler) ve biyotik (üreticiler, tüketiciler ve ayrıştırıcılar) faktörler olmak üzere iki faktör oluşturur. Ekstremofil [değiştir]Ekstremofiller çoğunlukla tek hücreli olup ekstrem koşullarda yaşama gereksinim duyan ve bu koşullarda optimum olarak gelişen organizmalara denir.Ekstremofiller karasal mezofilik organizmaların büyümeleri ve üremeleri için gerekli optimal koşullardan çok farklı olan ekstrem çevrelerde gelişirler.Çoğu ekstremofiller(ekstrem koşulları seven) mikroorganizmalardır.Archaea domaini ekstremofillerin geniş dağılımlı olduğu bir domain olarak bilinmesine karşın,ekstremofiller hem bakterilerin hem de archaeaların içinde sayısız ve farklı genetik hatlarda yer almaktadır.Archaea ve ekstremofil terimleri ara sıra kendi içerisinde yer değiştirmesine karşın,pek çok mezofilik archaeaların ve pek çok ekstremofilik bakterilerin olduğu bilinmektedir.Yine,tüm ekstremofiller tek hücreli değildir.Çok hücrelilere örnek olarak ekstremofilik metazoalardan Pompeii kurdu ,psikrofilik(soğukta yaşamı seven) Grylloblattodea(böcek),artartik kabuklular(crustacea)ve Tardigrade(mikroskobik canlı) verilebilir. Mikrop terimi, bilim dünyasına ilk defa 1878'de Fransız cerrahı Charles Sédillot tarafından getirilmiştir. Sédillot, mikropların kendilerine has apayrı bir dünyası olduğunu savunmuştur. Mikrobiyoloji ilim dalı beş ana kısma ayrılmıştır: Viroloji, bakteriyoloji, protozooloji, algoloji ve mikoloji. Bunlara ilaveten moleküler ve hücresel biyoloji, biyokimya, fizyoloji, ekoloji, botanik ve zoolojiyle de yakından ilgilidir.

http://www.biyologlar.com/mikroorganizmalarda-siniflandirma-ve-yapi

PREPARAT TESPİT AJANLARI NELERDİR

A-SIVI TESPİT AJANLARI: Tek ya da diğer sıvılarla ve katılarla karıştırılarak kullanılan en çok kullanılan sıvı tespit ajanları, alkol, aseton, formalin, gluter aldehit ve asetik asittir. Trikloroasetik asit daha az kullanılır. Son yıllarda trikloroasetik asit hem fiksatif hem de dekalsifiye ajanı olarak kullanılmaktadır. 1-Absolu Alkol: 78 C de kaynayan, renksiz, tutuşabilen bir sıvıdır. Glikojeni iyi korur ancak çekirdek detayının kaybına ve sitoplazmanın büzülmesine neden olur. 2-Soğuk Aseton: Özellikle lipazlar ve fosfatazlar gibi enzimlerin histokimyasal çalışmalarında tercih edilir. Rutin fiksatif olarak kullanılmaz. Çekirdek detayının kaybına ve sitoplazmanın büzülmesine neden olur. Glikojeni iyi korumaz. 3-Formaldehit: Ağırlığının yaklaşık %40 ı kadar suda çözunebilen bir gazdır ve formaldehit (%40) veya formalin adı altında satılmaktadır. Proteinleri precipite etmez ve diğer hücre bileşenlerini ise kısmen precipite eder. Albümini sertleştirmez ve çözünür halde tutar ve sonraki dehidratasyonda alkollerle sertleşmeyi engeller Formalin yağları ne korur ne de haraplar. Kompleks lipidler için iyi bir fiksatiftir fakat nötral lipidler üzerine etkisi yoktur. Formalin karbohidratlar için seçilen bir fiksatif olmamasına rağmen glikojeni kolaylıkla çözünmesini engelleyerek korur. Frozen kesitler için ideal bir fiksatiftir. Solusyonun nötralizasyonu arzu edilir. Tampon tuzları nötralizasyon sağlanabilir. Konsantre asit formalin sonuçta çıkan CO2 in labarotuvarda ciddi patlamalara yol açtığından Mg veya CaCO3 ile muamale edilmemelidir. Kalsiyuım karbonat dokularda pseudokalsifikasyon oluşturabilir. Konsantre formalin solusyonu bazen paraformaldehit oluşumu nedeni ile bulanıklaşır, solusyonun gücü azalır. Fakat filtre edilirse kullanılabilir. Formalin renksiz olmalıdır. Sarı solusyonlar kullanılan demir kaptan kaynaklanan demir iyonları ile kontamine olmuştur. Demir içeren formalinle fikse edilen dokuların kesitleri pozitif Prusya mavisi reaksiyonu verir ve kontamine olacağı düşünülen formalin örnekleri aynı yöntemle test edilebilir. Formalini konsantre solusyon olarak kullanmak uygun değildir ve çesme suyuyla serum fizyolojik ile veya tampon tuz solusyonları ile yaygın olarak %10 luk olarak seyreltilir. Bu solusyonlar %4 oranında formaldehit içermektedir. Formalin, özellikle bazı kişilerde gözlere, solunum epiteli iridasyonuna yol açan istenmeyen bir duman çıkarır. Bu nedenle formalinle tespit edilen dokuların diseksiyonu için iyi havalandırılan oda kullanılmalı, tüm saklama kaplarının ağzı sıkıca kapatılmalı, korozyona dirençli kapaklar kullanılmalıdır. Bunlara ek olarak eldiven veye etkili krem bariyer, formalinle tespit edilmiş materyal tutulduğunda kullanılmalıdır. Bazı çalışmalar bu etkilere bağışıktır fakat bazıları bu solusyona ellerini daldırdıktan sonra istenmeyen "formalin dermatitis" den yakınırlar. Formalin, ideal bir fiksatif olarak önerilse de bazı çekirdek şişmeleri oluşabilir. Asetik asit formalini ile post fikse edilirse bu etki ortadan kaldırılır ve H-E ile parlak boyanma sağlanır. Formalin, kromatlar formik asite oksitleyeceğinden kromatlarla kullanılmamalıdır. 4-Gluter Aldehit: Formaldehitten daha yavaş penetre olur.Elektron mikroskopi ve enzim histokimyası için çok yararlıdır. E.m için standart bir fiksatiftir ve OsO4 den önce birinci fiksatif olarak kullanılmaktadır. Fikse edilen örnekler solusyonda aylarca kalabilir. GA ile tespit edilen kesitler PAS+reaksiyon vermeye meyillidirler. Formaline göre daha pahalıdır. 5-Trikloro Asetik Asit: Günümüzde kullanılmamaktadır. Sistin, sistein ve metionin gibi sülfür grubu amino asitleri iyi korur. Dekalsifiye ajanı olarak kullanılmaktadır. 6-Asetik Asit: Tek olarak kullanılmaz. Hızlı ve iyi penetre olur ancak alyuvarların lizisine yol açar. Kollajen fibrilleri şişirir, nukleoproteinleri precipite eder ve bazı sitoplazmik granüller üzerine çözücü bir etkiye sahiptir. B-KATI TESPİT AJANLARI: 1-Civa Klorür (HgCl2): Çok zehirli ve metallere korosivdir. Merkurik klorid kapları kesinlikle metal kapaklı olmamalı ve kullanılan metal aletler parafine daldırılarak kullanılmalıdır. Civa klorür, kuvvetli bir protein precipitantıdır. Dokuya hızla penetre olur ve dokuyu sertleştirir. Dokuyu büzer fakat eğri büğrü etmez. Hem nukleusu hem de sitoplazmayı iyi fikse eder. Çekirdeğin özellikle sitoplazmanın asit boyalarla boyanmasını sağlar. Diğer fiksatiflerle (özelikle formalin, potasyum dikromat ve asetik asit) karıştırılarak kullanır fakat dokunun her tarafına uniform olarak dağılan kahverengiden siyaha kadar değişen granüler madde oluşturur. "Mercury pigment'' olarak adlandırılan bu madde alkolik iodinde, çözünür ve daha sonraki boyamayı etkilemez. Dehidratasyon sırasında bloklardan %70-80 alkoldeki %0.-25-05 iodin eklenmesiyle veya kesitleri boyamadan önce aşağıdaki gibi işlemden geçirerek uzaklaştırılır. İşlem l-Ksilol ile muamele ederek parafin uzaklaştırııir. 2-%100'lük alkolde yıka 3-%70'lik alkolle hazırlanmış %0.5'lik iodinle 3-5 dakika muamele et 4-Çeşme suyunda kısa bir süre çalkala 5-%2.5 luk sodyum thiosulfatla(hipo) beyazlaşıncaya kadar (30 saniye-iki dakika) muamele et 6-Akarsuda 5 dakika yıka 7-Boyamayı yap 2-Potasyum Dikromat: Potasyum dikromat solusyonlarının pH’sı fiksasyonu önemli ölçüde etkiler. pH 3.4-3.8 arasında sitoplazma homojen olarak ve mitokondriler fikse olurken, nukleoproteinler korunamazlar. Daha asidik olduğunda ise kromik asit gibi davranır; hem nukleus hem sitoplazma mitokondri harabiyeti ile birlikte precipite olur. Potasyum dikromat diğer maddelerle karıştırılarak birçok önemli fiksatif elde edilir. Potasyum dikromatla tespit edilen dokular, çözülemeyen precipitelerin oluşumunu engellemek için alkolden geçirilmeden önce akarsuda yıkanmalıdır. Dokuya uzun süre maruz bırakmak (günlerden haftalara kadar) özellikle parafine gömülmüşse gevrekleşerek kesit almada zorluk çıkarır. 3-Kromik Asit: Kromik asit anhidritin(Cr03)' in koyu kırmızı kristallerini distile suda çözerek hazırlanır. %2'lik solusyon fiksatiflerin hazırlanması için uygundur. Proteinleri precipite eder ve karbohidratları tespitler. Kuvvetli bir oksitleyici ajan olarak genel olarak alkol veya formalinle karıştırılmamalıdır. Kromik asitle fiksasyondan sonra dokular alkolle muamele edilmeden önce akarsuda yıkanmalıdır. Böyle yapılmazsa dokularda çözünemez precipat oluşumuyla sonuçlanabilir. 4-Pikrik Asit: Pikrik asit parlak sarı kristalin bir maddedir. Isıtılırsa patlayıcı özelliği vardır. Tedbirli olarak suda oda ısısında yaklaşık %1 oranında, benzende %10 oranında çözünür. Pikrik asit nukleoproteinleri precipite eder ve biraz büzer fakat hafif sertleştirir. Sitoplazmik boyalarla zenginleştirir ve glikojen için kullanılan fiksatiflerin faydalı bir elemanıdır. Pikrik asit fiksasyonundan sonra dokular direkt olarak alkole alınırlar. 5-Osmiyum Tetroksit: Yaygın olarak söylendiği gibi osmik asit, 0.5 veya 1 gramlık etiketli ampullerde bulunan soluk sarı kristal bir maddedir. Pahalıdır. Hem kristalin hem de çözeltinin dumanı iridanttır ve tehlikelidir. Gözün dumana maruz kalmasından sıkı gözlük kullanarak kaçınılmalıdır. Kullanıldığı şişe sıkıca kapatılmalıdır. Çözelti aşağıdaki gibi hazırlanır. Etiketi çıkarın.Tüpteki yapışkanı suyla (sıcak su değil) yıkayıp çıkarın.Temiz bir bezle ampulu kurulayın, ortasından kırın. Her iki yarısını uygun miktarda distile su içeren koyu renkli cam şişeye koyun. Kristallerin çözünmesi zaman alır. Fakat hızlandırmak için ısı kullanılmamalıdır. Şişenin cam kapağı olmalı ve soğukta muhafaza edilmelidir. OSO4' ışık, ısı veya organik etkenlerle kolaylıkla gri veya siyah lower okside indirgenir ve bir kere kullanılan solusyon, stok şişesine geri konulmamalıdır. İndirgenmeyi önlemenin etkili bir yolu her 10 cc lik solusyona bir damla suda doyurulmuş merkurik klorid eklemektir. OSO4, formalin gibi protein ile additive bileşikler oluşturur, miyelini de içeren çoğu lipidler OS04 in lower okside indirgenmesiyle siyahlaşır. Penetrasyonu zayıftır. Küçük objeler, smearler ve ince kesitler sıvıya daldırmaksızın dumanıyla fikse olabilir. Genel histolojik ve histopatolojik çalışmalarda az kullanılmasına rağmen (fiat yüksek, kullanımdaki sınırlamalar) e.m de yaygın kullanılmaktadır.

http://www.biyologlar.com/preparat-tespit-ajanlari-nelerdir

FİKSATİFLER VE HAZIRLANIŞLARI

Fiksatifler kullanımlarına göre iki gruba ayrılabilir. l-Mikro-anotomik fiksatifler: Bu fiksatifler doku tabakaları arasındaki bağlantıları ve geniş hücre kümelerinin diğeri ile bağlantılarını tam olarak korumak amaçlandığında kullanılır. Normal ve patolojik histolojinin rutin çalışmalarının çoğu bu tip fiksatiflerle yapılmaktadır. 2-Sitolojik fiksatifler: Hücreyi oluşturan elementleri korumak istendiğinde kullanılırlar. Penetre olma gücü, büyük doku kütleleri ile çalışma yeteneği, kesit almayı veya boyamayı engellememeli. Şöyleki Flemming fiksatifinde ara zon çok güzel fikse olurken en dış ve iç parçalar kötü fikse olabilirler. % 10’luk Formalin Formalin 100 cc Çeşme Suyu 900 cc %10'luk Formal Salin Formalin 100 cc NaCl 8.5 gr Çeşme suyu 900 cc %10' luk Tamponlanmış Formalin (pH=7.0) Formalin 100 cc Çeşme suyu 900 cc NaH2P04 : H20 4 gr . Na2HP04 6.5 gr Formalini nötralize etmek için %2' lik kalsiyum asetat birçok araştırıcı tarafından tavsiye edilmiştir. Fakat yumuşak dokularda artifakta benzer alanlar oluşturabilir. %10' luk formal-salin histolojik fiksatiflerin ençok kullanılanıdır. Aşırı bir sertleşme olmaksızın dokuyu sertleştirir. Fiksasyon süresine dayanıklıdır. Genellikle formalin fiksasyonundan sonra dokuların doğal rengini kısmen veya tamamen korumak mümkündür. Bu fiksatif, müze örneklerinin hazırlanmasında özel bir değere sahiptir. Özellikle nötral tamponlanmış olarak kullanıldığında kırmızı kan hücrelerinin korunması içeren iyi fiksatiftir. Formalinde uzun süre kalma (aylarca-yıllarca) dokunun kesit alma niteliğini bozmaz. Dokunun bazik boyalarla boyanmasında biraz kayba yol açabilir. Bazı gümüş çöktürme tekniklerindeki sonuçlar daha iyiye gidebilir. İnce bloklar % 10'luk formal-salinle 24-48 saatte iyi şekilde fikse olurlar fakat optimum fiksasyon süresi 7-10 gündür. Formalin fiksasyonundan sonra, değişen miktarlarda kan içeren dokular bir artifakt pigmenti (formalin pigmenti) gösterebilirler. Bu, kahverengi, granüler, ekstraselüler bir materyeldir. Çoğunlukla post-mortem dokularda bulunur, saklandıkca artar ve sıklıkla formaline daldırdıktan birkaç saat sonra yoktur fakat birkaç gün sonra dokularda çok geniş ve fazla olarak depo edilir. Kanla asit formalin pigmente yol açar ve nötral tamponlu solusyonlar kullanarak bunlardan kurtulabilir. Pikrik asidin alkolde doymuş solusyonunda 20 dakika ya da daha fazla tutarak kesitlerden uzaklaştırılabilir. Pigmentin görünümü ve özellikleri malarya pigmentine benzemektedir fakat malarya pigmenti intraselülerdir. % 10' luk formal-saline mikroanotomik bir fiksatiftir. Birçok boyama yöntemi için uygundur. Hematoksilenle iyi sonuçlar verir. Nadiren belirli hiçbir neden olmaksızın formal-salinle tespit edilip, H+E ile boyanmış kesitlerde garip bir artifakt görüIür. Nukleusların hematoksilen ile kısmen veya tamamen boyanmamasına, bunun yerine eozini almasına sonuçta ise çekirdek kenarlarının kaybına yol açar. Ençok lenfoid ve epitel dokusunda göze çarpan artifakt, dağılımında aşırı olarak bozuktur ve garip bir şekilde fiksasyonu iyi yapılmış dokularda ortaya çıkar. Nadiren otolize olmasına rağmen, postmortem dokularda da görülür. Bu artifakt "pembe hastalık" olarak açıklanmıştır ve ortaya çıkmaması için %1O'luk formalindeki %2' lik asetik asit kullanımı ile korunur veya olduğunda parafini alınmış kesitlerin hematoksilenle boyanmasından önce absolu alkoldeki %l'lik HCl ile 1 saat bırakarak uzaklaştırılır. Formalin fiksasyonundan sonra hiçbir şeye gereksinim yoktur ve dokular gömmeden önce direkt % 70'lik alkole alınabilir veya dondurma yöntemi ile kesit alınabilir . ALKOL-FORMALİN SOLUSYONU: Nötralize edilmiş formalin 10 cc %95 Alkol 90 cc , Bu fiksatifte parçalar 2-4 saat içinde çabucak tespit olur. Eğer doku parçaları kalın olursa, bu solusyon içinde buzdolabında 24 saat kalmalıdır. Bilhassa polisakkaridlerin gösterilmesi için kullanılan fiksatiflerden biridir. ALKOL FİKSATİFLERİ: Absolu alkol (%99) özellikle hücrelerde glikojenin gösterilmesinde kullanılan bir fiksatiftir. Eğer buzdolabında veya daha düşük derecede kullanılmazsa dokuda büzülmelere sebep olur. Doku parçaları absolü alkolde 20C'de iki gün bırakılacak olursa en elverişli şekilde, büzülrne meydana gelmeden tespit olurlar. %80 alkol fiksatif ise 5C'de 24-48 saat arasında dokuyu büzmeden tesbit etme özelliğine sahiptir. Bu solusyon alkaline phosphatasın gösterilmesinde kullanılır. Alkol fiksatifleri oda ısısında kullanıldiklarında bunların %65-%70' lik solusyonları kullanılmalıdır. Aksi halde dokuda çok fazla büzülme ve değişikliklere sebep olurlar. LİSON VOKAER' İN GLİKOJEN TESPİT ÇÖZELTİSİ: %96' lık alkolde doymuş picric asit çözeltisinden 85 ml; 10 ml formalin, 5 ml asetik asit. Küçük parçaları buzdolabında 5-10 saatte tespit eder. Glikojen için iyi tespit edicidir. Tespitten sonra absolu alkolden geçirilerek gömme işlemi yapılmalıdır. Çünkü gıikojen suda erir. MERKÜRİK KLORİD-FORMALİN (FORMAL-SUBLİMATE) Suda doymuş merkürik klorid 900cc Formalin 100 cc Mükemmel bir mikro-anotomik fiksatiftir. Formal-salindeki distorsion olmadan dokuyu büzer. Asit boyalarla çok parlak boyadığı gibi mükemmel bir sitoplazma korunması sağlar ve metakromaziyi artırır.Formal-saline göre sinir fibrilleri ve hücreler için gümüş çöktürme tekniklerinde daha az elverişli olmasına rağmen mükemmel retiküler fibril impregnasyonu elde edilebilir. Bloklar 12-24 saat tespit edilir fakat uzun süre işlem kesit almayı zorlaştıran bir sertlik yaratmaz. Formal-sublimat özellikle formal-salinle birinci fiksasyondan sonra ikinci fiksatif olarak yararlıdır. En büyük dezavantajı pahalı olması ve metallere korosiv olmasıdır. Dokular fiksasyondan sonra %70-90' lık alkole aktarılmalı ve mercury pigmenti kesitlerden daha önce açıklandığı gibi uzaklaştırılmalıdır. SUSA FİKSATİFİ ( HEİDENHAIN 1916) Merkürid klorid 45 gr Sodyum klorid 5 gr Trikloroasetik asit 20 gr Asetik asit 40 cc Formalin 200 cc Distile su 800 cc Özellikle biopsi materyelleri için uygun bir fiksatiftir. İyi bir mikro-anotomik fiksatiftir. Nedeni açık olmamakla birlikte Susa' dan sonra elastik fibriller Weigert'in (1898) elastik fibril boyası ile zayıf boyanırlar. Hazırlanması için gerekli maddelerin çokluğu dezavantajdır. Ancak karışım bir önceki formal-sublimata göre biraz daha avantajlıdır. Bloklar 3-24 saatte fikse olurlar ve direkt olarak % 95' lik etil alkole aktarılırlar. Daha sulu solusyonlara aktarma kollajen fibril1erin şişmesine yol açmaktadır. ZENKER FİKSATİFİ ( ZENKER 1894) Merkürik klorid 5 gr Potasyum dikromat 2.5 gr Sodyum sülfat 1 gr . Distile su 100 cc Asetik asit 5 cc (kullanımdan hemen önce eklenir) Asetik asitsiz stok solusyon iyi korunur. Zenker etkili bir mikro-anotomik fiksatiftir ve özellikle sitoplazmik ve fibril boyaları üzerine çok yararlı etkisinden dolayı kullanılmaktadır. Taze materyelde post-mortem dokulara göre daha yararlıdır. Alyuvarları iyi korumazlar. Bloklar 3-8 saatte fikse olurlar ve fazla dikromatı uzaklaştırmak için çeşme suyuyla yıkanırlar. Mercury pigmenti ise daha önceki yöntemle uzaklaştırılır. HELLY SIVISI ( VEYA ZENKER-FORMAL, HELLY 1903) Zenkerdeki asetik asit yerine 5 cc formalin kullanmadan hemen önce eklenir. Helly sıvısı bir oksitleyici ajan (potasyum dikromat ve bir indirgeyici ajan (formalin) içermesine rağmen rnükemmel bir fiksatiftir. Helly özellikle kemik iliği, dalak, lenf bezleri, hipofiz ve pankreas için çok yararlıdır. Bloklar 6-24 saat tespit edilmeli ve mercury pigmenti Zenkerdeki gibi uzaklaştırılmalıdır. Helly hem mikro-anotomik hem de sitolojik (sitoplazmik) fiksatif olarak kullanılabilir ve formal-sublimat gibi % 10' luk formal-salinden sonra ikinci fiksatif olarak da uygulanabilir. BOUİN FİKSATİFİ ( BOUİN l897) Suda doyurulmuş pikrik asit 75 cc Formalin 25 cc Asetik asit 5 cc Bouin, alyuvarların kısmen veya tamamen lizisine yol açar ve kollajen fibrilleri şişebilir. Aşırı sertleşmeye yol açmaz. Sitoplazmik boyalarla parlak boyanma sağlar. Glikojen çok iyi korunur (özellikle yukardaki karışımın alkolik varyantı ile) fakat böbrek iyi korunamaz. Bazı sitoplazmik granüller çözünebilir. Bouin, bir mikro-anotomik fiksatif veya kromozomların gösterilmesi için kul1anıldığında da sitolojik (nükleer) fiksatiftir. Bloklar 6-24 saat fikse edilirler ve % 70 lik alkole aktarılırlar. Dokuların sarı boyanması çok küçük örnekler için avantaj oluşturur. Fakat kesitlerden bu boya, alkolü takiben bazik anilin boyaları kullanmadan önce % 2.5 lik sodyum thiosulfat kullanarak uzaklaştırılmalıdır, aksi takdirde precipat oluşacaktır. CARNOY FİKSATİFİ (CARNOY, 1887) Absolü alkol 60 cc Kloroform 30 cc Asetik asit 10 cc Carnoy, hızla penetre olan ve hareket eden bir fiksatiftir. Acil teşhis için dokuların hızlı tespit edilmesi ve kısmi dehidrasyonu için kullanılır. Kromozom çalışmaları için kullanılır fakat alyuvarların lizisine ve fazla büzülmeye yol açar. Glikojen korunur fakat bazı sitoplazmik granüller çözünebilir. 3 mm' den kalın olmayan dokular 30-90 dakikada fikse edilmeli ve % 95'lik ya da % 100' lük alkole transfer edilmelidir. Bir mikro-anotomik veya sitolojik (nükleer) fiksatifdir. SANFELİCE FİKSATİFİ (SANFELİCE, 1918) Çözelti A Çözelti B Formalin 128 cc %l'1ik kromik asit 100 cc Asetik asit 16 cc Karışım: Kullanmadan az önce hazırlanır. 9 cc A +16 cc B Genellikle mitotik figürler ve kromozomlar için mükemmel bir fiksatifdir. 3 mm den kalın olmayan küçük parçalar 12-24 saatte tespit edilmeli ve sonra akarsu ile yıkanmalıdır. Sitolojik (nükleer) fiksatiftir. FLEMİNG FİKSATİFİ (FLEMMİNG, 1884) % l'1ik kromik asit 15 cc %2' lik OSO4 4 cc Asetik asit 1 cc ya da daha az Kullanmadan önce hazırlanmalıdır. Penetrasyon eşit olmayabilir ve tam olmayan fiksasyonla yüzeyel tabakaların aşırı kararmasına neden olabilir ve sonradan en içteki hücrelerin zayıf boyanmasına yol açabilir. Page (1970), Flemming sıvısını formalin fiksasyonunu takip eden ikinci fiksatif olarak kullanarak miyelini .başarılı şekilde göstermiştir. İki mm kalınlığındaki küçük parçalar 12-48 saat tespit edilmeli ve sonradan akarsuda yıkanmalıdır. Asetik asit içeriği ile bir nükleer fiksatiftir. Lipidler OSO4 ile siyahlaşır. Bu fiksatiften sonra alum hematoksilen nükleer boyaları kolaylıkla alınmaz, bunun yerine safranin kullanılmalıdır. FLEMİNG SIVISlNIN LEWITSKY-BAKER MODIFIKASYONU Flemming sıvısını asetik asitsiz fakat % O.75'lik sulu NaCl solusyonunu distile su yerine çözücü olarak ekleyerek hazırlanır. 12-24 saatlik fiksasyondan sonra dokular akarsuya aktarılır. Sitolojik (sitoplazmik) fiksatif, bu ve diğer krom-osmium karışımlar omurgasız ve alt omurgalıların dokuları ile çok iyi sonuçlar verirler. Helly sıvısı memeli dokuları için tavsiye edilmemektedir. ORTH FİKSATİFİ ( ORTH 1896) Formalin 10 cc Müller sıvısı (Potasyum dikromat 2.5 gr +sodyum sülfat 1 gr+distile su 100cc) 100 cc Taze olarak hazırlanmalıdır. Formalin ve Müller sıvısını karıştırma mitokondri gibi sitolojik yapılar üzerine ve kromaffin reaksiyonundaki mordantlama özelliği nedeni ile çok yararlıdır. Bloklar çeşme suyuyla yıkanmadan veya distile sudaki %2.5'lik potasyum dikromatla ileri kromasyondan önce 24-48 saat tespit edilmelidir.Bazen potasyum dikromatla uzun süre muamele etme hemen hemen kaçınılmaz olarak kırılganlıkta artış ve parafin kesitlerden kesit alma zorluğu ile (özellikle yumuşak dokularda, dalak ve beyin gibi) sonuçlanmaktadır.

http://www.biyologlar.com/fiksatifler-ve-hazirlanislari

Mitokondrilerdeki DNA replikasyonu

Mitokondrilerdeki DNA replikasyonu documents/mitokondrile-deki-dna-replikasyonu.pdf

http://www.biyologlar.com/mitokondrilerdeki-dna-replikasyonu

FİKSASYONDAN SONRA DOKULARA UYGULANAN İŞLEM

%10' luk formal-saline %1O'1uk tamponlanmış formalin %70'1ik alkol ile Bouin Formal-sublimat %8O-90'lık alkolle Susa %95' lik alkolle Carnoy %95'lik ve %lOO' lük alkolle Zenker Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat) Helly Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat) Sanfelice Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat) Flemming Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat) Lewitsky-Baker Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat) Orth Çeşme suyu ile yıkama (l2-24 saat) İKİNCİ FİKSASYON %10' luk formal-salin ile tespit edilen dokuların hala diğer ve daha etkili precipitant fiksatiflerin etkilerine duyarlı olduğunu gösterilmiştir. Uygulama ''ikinci fiksasyon'' olarak adlandırılır. Civa klorür-formalin ve Helly fiksatifi özellikle ikincil fiksatif olarak yararlıdır. Böylelikle dokular daha iyi korunur ve boyanırlar. Post-kroming ve post mordantlama: Korunmayı ve özel doku bileşenlerini boyamayı kolaylaştıran ve doku bloklarının (fiksasyondan sonra) veya kesitlerinin bir krom tuzu ile muamele edilmesiyle yapılan yöntemlerdir. Yöntem özellikle mitokondri ve miyelini göstermek için kullanılır. Postfiksasyon: Bazı doku proteinlerinin çoğu fiksatiflerin tam penetrasyonunu önleyen yağsı maddelerle maskelenir veya saklanır. Bu protein sonradan yağ çözücüleri ile şeffaflandırma sırasında yağsı maddenin ortadan kaldırılmasından sonra kaybolur. Dokular bir yağ çözücü içinde tespit edilip, sudan kurtarma, şeffaflandırma ve sonradan tekrar şeffaflandırma ve parafine gömmeden önce absolu alkolde postfikse edilirse iyi sonuçlar verir. Hemen kesit alınmasına gerek olmayan formalinle tespitlenmiş dokular fiksatif değiştirilmeden uzun yıllar fiksatifde kalabilir.Tamponlanmış nötral solusyonlar bu etkiyi geçiktirmesine rağmen, boyanma kalitesi kademeli olarak bozulur. Diğer bir yöntemde fiksasyondan ve fiksatifin yıkanarak uzaklaştırılmasından sonra saklama solusyonu olarak %70'lik alkole koymaktır. Formal-sublimat ve yıkamadan sonra %30’luk gliserol, %10-20' lik dietilen g1ikol önerilmektedir.

http://www.biyologlar.com/fiksasyondan-sonra-dokulara-uygulanan-islem

Medikal Biyolojiye Giriş

HÜCRE BİLİMİ En ilkel yapılı hücre prokaryotik hücredir.Nukleus zarı bulunmaz. DNA hücre sitoplazmasında bulunur.Organellere sahip değildir. Örnek bakteri hücresi verilebilir. İleri yapı göstaeren hücreler eukaryotik hücrelerdir.DNA materyali nukleus zarı ile çevrelenmiştir.Çok değişik organelleri mevcuttur. Örnek insan hücresi verilebilir. HÜCREYİ İNCELEME YÖNTEMLERİ DOKU KÜLTÜRLERİ VİTAL BOYAMA HÜCRE ORGANELLERİNİN AYRILMASI YÖNTEMİ TESPİT YÖNTEMİ HÜCRENİN GENEL ÖZELLİKLERİ Hücrenin Şekli: Yaptığı işe ve bulunduğu yere göre değişir. Hücrenin Büyüklüğü: Ortalama olarak 10 – 15 mikron arasında değişirler. Hücrenin mikroskobik yapısı: Hücre zarı ve protoplazma olarak iki ana bölümde incelenir. HÜCRE ZARI Hücre zarı hücreyi dış ortamdan ayırır ve hücreye belli bir şekil verir. Ayrıca besin maddelerinin hücre içine girmesini, metabolizma artıkları ve salgı maddelerinin hücre dışına çıkmasını sağlayarak hücre içeriğini düzenler. Biyolojik bütün zarlar ortak temel bir yapıya sahip olup çift katlı lipid yapısındadır. Bu çift katlı lipid tabakasında daima özel zar proteinleri bulunur. Hücre zarının iç yüzeyinde bulunan proteinler daha çok enzim görevi yaparken dış yüzeydekiler reseptör görevi yaparlar.Zarın protein bileşeni hücreye ıslanabilme ve esneme özelliği verir. Yanyana iki hücrenin zarları arasında bir aralık vardır.(100-200 Angstrom ) Hücre zarı permeabl İmpermeabl Semipermeabl olabilir. Hücre zarının rejenerasyon yeteneği vardır. HÜCRE ZARINDA SERBEST YÜZEY FARKLILAŞMALARI MİKROVİLLUSLAR TİTREK TÜYLER (CİLİA ) KAMÇI (FLAGELLUM ) HÜCRE ZARINDA YAN YÜZEY FARKLILAŞMALARI Terminal Tıkaç: Serbest yüzeyin hemen altında bulunur.Zarlar kaynaşır, aralık kalmaz. Desmosom: Zar kalınlaşmaz, sitoplazma yoğunlaşır, bölge disk şeklinde görülür. Sıvı rahat dolaşır. Gap Junction aralır. Fakat kapanmaz, sıvı geçer. PROTOPLAZMA Protoplazma, sitoplazma ve nukleus bölümlerini içeren bir kavramdır. Sitoplazma ve nukleus dış taraflarında bir zar sistemiyle sarılarak çevrelerinden ve birbirlerinden ayrılırlar. Protoplazma ,su, elektrolitler, karbonhidratlar, lipidler ve proteinlerden oluşur. SİTOPLAZMA Hücre zarı ile nukleus arasında yer alan akışkan kısımdır. Membrana yakın kısmına ektoplazma, iç kısmına endoplazma denir. Her hücrenin sitoplazması içinde ondan bir zar birimi ile ayrılmış ve çeşitli görevler yapmak üzere gelişmiş farklılaşmalar (ORGANEL ) vardır. Sitoplazma içindeki yağ damlacıkları, pigment granülleri, vitellus ve salgı damlaları gibi erimiş maddelere paraplazma veya inkluzyon denir. Eukaryotik hücrelerde membranın dış kısmında karbonhidratça zengin olan asimetrik kısma GLİKOKALİKS denir. Glikokaliks, hücreye antijen özelliği verir.Hücrelerin moleküler düzeyde birbirini tanımasını ve etkileşimini sağlar.Doku organ trasplantasyonunda hücreler bu sayede birbirlerini tanıyarak doku reddi olur. SİTOPLAZMADA BULUNAN BAŞLICA ORGANELLER ENDOPLAZMİK RETİCULUM E.R. üzerinde taşıdığı enzim ve ribozomlardan dolayı kimyasal olayların cereyan ettiği, oluşan maddelerin taşındığı ve sentezlenen maddelerin depo edilmesini sağlayan bir sitoplazma iskeletidir. E.R. İki tiptir. Granülsüz E.R.: Karaciğer paranşim hücrelerinde, yağlı maddelerin sentezini yapan yağ bezi hücrelerinde veya steroid hormon sentezleyen bazı endokrin bezlerde fazla bulunur. Granüllü E.R. E.R. Un başlıca görevi protein sentezi yapmak, sentezlenen proteinleri kanalcıkları ile hücrenin gerekli yerlerine veya hücre dışına taşımak veya sentezlenen maddeleri keseciklerinde depo etmektir. RİBOZOMLAR Ribozomlar hemen hemen eşit miktarda RNA ve proteinden oluşmuş, oval granüllerdir. Bakteriden yüksek organizasyonlu hayvan ve bitkilere kadar her tür hücrede bulunur. Görevleri protein sentezi yapmaktır. Memelilerde eritrosit ve trombositler , bitkilerden de bakteriler hariç bütün hayvan ve bitki hücrelerinde hücre membranının sitoplazma içinde devamı olan hücre zarı ile nukleus zarı arasında uzanan ince kanalcık ve keseciklerden yapılmış zar sistemine E.R. denir. GOLGİ CİSİMCİĞİ Işık mikroskobunda ancak özel boyama ile sitoplazma içinde; ağ, granül, iplik veya belirli şekilleri olmayan yapılar halinde görülürler Elektron mikroskobunda sitoplazma içinde, düz veya hafif konveks demetler halinde birbirine paralel sıralanmış, yassı kanal ve kesecikler halindedirler. Golgi elemanları E.R.a benzemekle beraber ribozomların olmayışı, küçük olmaları ve devamlı olmamaları nedeni ile E.R. dan ayrılır. İşlevlerine göre yeri ve morfolojisi değişir. Ör : Pankreasta salgı granülleri oluşmadan ağ şeklinde salgı granülleri oluşunca vakuol şeklinde görülür. KOH, protein ve lipid için geçici depodur İntersellüler salgı teşekkülüne yardım eder.(farede süt bezlerinde süt proteini oluşturur.) Golgide lipoprotein, bağ ve kıkırdak doku yapılır. Yağların sindirilmesinde rol oynar. Spermatidlerin spermatozoa haline geçmesinde rol oynar. Lizozomların teşekkülünde rol oynar. Glucosyl ve galactosyl transferaz enzimlerine sahiptir. Bu enzimler sayesinde kompleks KOH lar sentezlenir, proteinle birleşir ve glikoproteinler oluşur. LİZOZOM Küçük, yuvarlak organellerdir. Yapısı hücre zarı gibidir. Büyüklük bakımından mitokondriuma benzerlerse de sayıca onlardan azdır. Eritrositlerin dışında tüm hayvan hücrelerinde mevcuttur. En çok makrofaj, lökosit, karaciğer hücresi ve böbrek tubulus hücrelerinde bulunur. Bitki hücrelerinde bulunmazlar. Lizozomlar golgi elemanlarından veya E.R. dan meydana gelirler. İçlerinde sindirim enzimleri bulunur. Besin maddelerini, zararlı yabancı maddeleri, bakterileri sindirir. Hücredeki lizozom zarları herhangi bir nedenle parçalanırsa (şok, bakteriyel ve viral enfeksiyonlar, diğer bazı patolojik haller) İçlerindeki hidroliz enzimleri sitoplazmayı sindirerek hücrenin ölümüne sebep olur.Ör. Kronik romatoid artritis’de eklem aralığına boşalan lizozom enzimleri kıkırdağı harap eder. Hücre organellerinin yenilenmesinde rol oynar. Eskiyen organeller otoliz ile sindirilip yenileri yapılır. Lizozomlar fazla miktarda ortaya çıkan salgı granüllerini fagosite ederek salgı bezlerinin salgı çıkarmasında düzenleyici rol oynarlar. PEROKSİZOM Son yıllarda keşfedilen yuvarlak görünüşlü, tek bir zarla çevrili, yoğun matrix ihtiva eden küçücük cisimlerdir. Microbodies de denilen bu cisimcikler lizozomlara benzer enzimleri ve hidrojen peroksit metabolizmasıyla ilgili enzimleri taşırlar. Sayıları lizozomlardan azdır. Karaciğer, böbrek ve kalp hücrelerinde bol bulunurlar. Bazı protozoa ve bitki hücrelerinde de bulunurlar. Ömürleri kısa olup 3 – 4 gün kadardır. VAKUOL (KOFUL) Daha çok bitki hücrelerinde ve tekhücreli hayvanlarda rastlanır. Bazı çok hücreli hayvanlarda da rastlanır. Vakuoller hücre zarından, E.R. dan , golgi elemanlarından veya nukleus zarından meydana gelmiş içi sıvı dolu bir organeldir. Bazı tekhücreli hayvanlarda kofullar, hücrenin daimi organelidir (Paramecium’daki kontraktil kofullar.) Bazı canlılarda ise kofullar gerektiği zaman oluşur ve işi bitince kaybolurlar. (Besin kofulu yada pinositik koful ) Pinositoz ve fagositoz olayları amipten başka lökositlerde, böbrek hücrelerinde, kapiller çeper hücrelerinde, karaciğer hücrelerinde görülür. Besin kofulu sitostom ile alınan besinin etrafında da oluşur. İşi biten koful parçalanır. Kofullar sabit değildir. MİTOKONDRİUM Özel boyalarla boyandıktan sonra ışık mikroskobunda incelenen hücrelerde küreden, çubuğa kadar değişen şekillerde görülen yapılara mitokondrium adı verilir. Genellikle mitokondriumlar, hücrelerin metabolik faaliyetlerinin aktif olduğu kısımlarda toplanır. Elektron mikroskobu ile incelendiğinde mitokondriumların, iç içe iki zarla çevrili olduğu görülür. Mitokondriumun içi matrix adı verilen, küçük granüllü veya homojen bir sıvı ile doludur.Bu maddenin yoğunluğu zarlar arasında ve mitokondriumun içinde birbirinden farklıdır. Mitokondriumun dış zarı esnektir. Bu nedenle gerektiğinde genişleyip büzülerek mitokondriumun içine veya dışarıya bazı maddelerin geçmesine olanak sağlar. Mitokondriumun iç zarı , içeriye doğru krista denilen uzantılar yaparak iç yüzeyin genişlemesini sağlar. Mitokondriumların yapısında protein, yağ, DNA, RNA, solunum enzimleri ve vitaminler (A ,C ) bulunur. İçinde solunum enzimlerinin bulunuşu, bunların hücre solunumu yaptıkları kanısını vermektedir. Solunumda rol oynayan oksidasyon enzimleri mitokondriumun matrixi içinde ve fosfatlaştırıcı enzimler de zarları üzerinde bulunurlar. Mitokondriumları hücrenin solunum merkezi olarak düşünürsek, burada kullanılan yakıt maddeleri , besin olarak dışardan alınan protein, KOH ve yağlardır. Proteinler amino asitlere, KOH lar piruvik asite ve yağlar da yağ asitlerine parçalanarak mitokondrium zarlarından geçerek matrixe girerler. Matrixte , oksidasyon enzimleri bu asitlerin karbon atomlarını parçalayarak daha küçük moleküllere ayırırlar. ( oksidasyon ) Daha sonra bu ürünler, mitokondrinin zarlarına geçerek oradaki fosfatlaştırıcı enzimlerin etkisi ile, son ürün olan karbondioksit, su ve 38 ATP’ lik bir enerji meydana getirirler. Bu enerji , ısı enerjisi halinde olmayıp, kimyasal bağ enerjisi halinde ( ATP ) birikerek, gerektiğinde hücrenin ihtiyacı olan yere taşınır. SENTROZOM Bütün hayvan hücrelerinde ve bazı mantarlarda görülen sentrioller yüksek bitki hücrelerinde yoktur. Işık mikroskobunda çekirdek zarının dış tarafında açık renkli ve yuvarlak olarak görülen sitoplazma alanına sentrozom adı verilir. Sentrozomda iki kısım ayırt edilir.Bunlardan biri, sentrozomun merkezinde bulunan ve bir çift olan sentriol, diğeri sentriolleri çeviren, homojen bir tabaka halindeki sentrosferdir.Daima çift halde bulunan sentriollerden her biri, küçük bir silindir şeklindedir. Sentrioller uzun eksenlerinde birbirleriyle dik açı oluşturacak şekilde bulunurlar. Enine kesitte bir daire üzerinde dizilmiş 9 adet iplikten yapılmış görülür.Bu ipliklerin her biri üçer protein iplikçikten yapılmıştır. Bu iplikçiklerin birer tarafı kapalı olup, içleri sitoplazmik matrix ile doludur. Sentriollerin hücre bölünmesinde rolü vardır. Sperma kuyruklarında, cilium ve kamçıların enine kesitinde, sentriolun yapısına benzer bir yapı görülür, bu benzerlik cilium ve kamçıların sentriolden oluştukları kanısını vermektedir. Yüksek bitki hücresi, çizgili kas hücresi, protozoonların bazılarında, nöron gövdesinde ve olgun yumurta hücresinde bulunmaz. Mikrotübüller Hücrelerin çoğunda yaklaşık 250 Angstrom çapında, birkaç mikron uzunluğunda borucuklar bulunur ki bunlara mikrotübülü denir. İncecik tüp şeklindeki mikrotübüller genellikle demetler halinde bulunurlar. Yapıları sert olduğundan eğildikleri zaman kırılabilirler. Gerçek bir zar taşımazlar. Mikrotübüller spermium kuyruğunda ve ciliumların yapısında aksial filament halinde bulunurlar. Mikrotübüller hücrede sitoplazma iskeleti oluşturma görevi yaparlar.Hücreye veya bulunduğu organa sağlamlık kazandırırlar. Gerçek bir zar taşımazlar. Mikrotübüller spermium kuyruğunda ve ciliumların yapısında aksial filament halinde bulunurlar. Mikrotübüller hücrede sitoplazma iskeleti oluşturma görevi yaparlar.Hücreye veya bulunduğu organa sağlamlık kazandırırlar. Her kromozom bölünme sırasında son gideceği yere mikrotübül kümesine bağlanarak ulaşır. Mikrotübüller sentriollerin, bazal cisimlerin, cilium ve flagellerin yapımlarında kullanılırlar. Sinir hücresi aksonları içinde boylu boyunca uzanırlar ve hücre içi madde iletimini sağlarlar. NUCLEUS Bakteri ve viruslar hariç hemen hemen bütün hayvan ve bitki hücrelerinin birer nukleusu vardır. Memeli karaciğer hücreleri, böceklerin orta bağırsak hücreleri, testisdeki Leydig hücreleri ve bazı tek hücreliler iki nukleuslu, çizgili kas hücreleri ise çok nukleusludur. Çok nukleuslu hücrelere POLİKARYOTİK hücre adı verilir. Nukleus hücrenin morfolojik ve biyolojik yönden kontrol merkezidir.Bütün canlılık olaylarını yönettiği gibi canlının kalıtsal karakterlerinin dölden döle geçmesini de sağlar. Nukleus zarı ( Karyotheca ) Nukleus zarı çift katlıdır ve bu zar büyük bir olasılıkla E. R. dan oluşur. Dış zarın üzerinde ribozomlar vardır. İç zar ise düzdür. İç ve dış zarlar yer yer birleşerek bir açıklık meydana getirir. Bunlara por denir.Sentez olayları çok olan hücrelerin nukleus zarlarında por sayısı fazladır. Porlar nukleus ile sitoplazma arasında gerekli maddelerin geçişine olanak sağlar. Hücre bölünmesinde, patolojik hallerde, X ışınlarına maruz kalınca, uzun süren otoliz sonucu nukleus zarı ortadan kalkar. NUKLEOPLAZMA Nukleus zarı tarafından çevrilmiş olup kromatin ağı ve nukleolus dışında kalan sahayı doldurur. Nukleoplazma; RNA, büyük moleküllü proteinler, lipid ve inorganik tuzlar içerir. Nukleusun morfolojik görünümünde olan değişmeler klinikte önemlidir. Nukleolus Hücre nukleusu içinde belirli bir kromozomun belirli bir bölgesine bağlı olarak bulunan nukleolus yuvarlak ve oval bir yapı gösterir. Nukleolus bir zarla çevrilmiş olmadığından kolayca gözden kaybolabilir ve ayrı bir organel olarak kabul edilmez. Sayısı hücreden hücreye değişir, Nukleolus granüllü ve fibrilli bölgelerden oluşur. Her iki bölge de proteince zengin olup ayrıca nukleotid ve koenzim sentezi yapan enzimlerle RNA bulunur. Fakat DNA bulunmaz. Nukleustaki proteinler ya histon, protamin gibi bazik veya kromozamin gibi asit proteinlerdir. Hücre bölünmesinde önemli bir rolü vardır. Kromatin ağı ve kromozom İnterfazda hücrenin, nukleusu boyandığı zaman, nukleoplazma içinde iyi boyanmış uzun ağ veya yumak halinde iplikler görülür. Bunlara kromatin iplikleri veya kromonema denir. Bu iplikler üzerinde, daha kuvvetle boyanmış tanecikler dizilmiştir. Bunlara da kromatin taneleri veya kromomer denir. İnterfazdaki nukleusun içinde görülen bu iplikçikler, helezonları açılmış, uzamış ve dağınık durumda bulunan kromozomlardır. Hücre bölüneceği zaman bu iplikçikler, helezon yaparak kısalır ve kalınlaşırlar, böylece de kromozomları meydana getirirler. Bölünmekte olan bir hücrenin nukleusu boyandıktan sonra mikroskopta incelenirse belirli şekillerde ve koyu boyanmış yapılar görülür, bunlara kromozom adı verilir. Bir kromozomun şekli, kromozomun kollarını birleştiren boğumun yerine göre isimlendirilir. Bu boğuma sentromer (kinetokor ) veya primer boğum denir. Bu boğum küçük bir granül veya sentromeri kapsayan açık renkli bir alandır. Kromozomlar üzerinde sentromerden başka boğumlarda bulunabilir, bunlara sekonder boğum ve ayrılan kısma uydu veya satellit denir. Kromozom tipleri METASENTRİK KROMOZOM SUBMETASENTRİK KROMOZOM AKROSENTRİK KROMOZOM TELOSENTRİK KROMOZOM Bölünme anında kromozomlar kutuplara doğru çekilirken, sentromerlerinden iğ ipliklerine tutunurlar, Bu nedenle sentromeri herhangi bir nedenle tahrip olan veya bulunmayan bir kromozom bölünme olayına katılamadığından parçalanır. Her kromozomun kendine öz bir şekli vardır. Bu şekil canlının bütün hücrelerinde aynıdır. Bir türün kromozomunun şekli gibi sayısı da sabittir. Bir canlının bütün hücreleri aynı, yani biri anadan, diğeri babadan gelen aynı şekil ve büyüklükte ikişer takım kromozoma sahiptir. Buna diploit kromozom sayısı denir. Anadan ve babadan gelen eş kromozomların her birine de homolog kromozom adı verilir. Olgun üreme hücrelerinde ise kromozom sayısı vücut hücrelerinkinin yarısı kadardır.Burada homolog kromozomlardan her biri, başka hücreye geçtiğinden sayı yarıya inmiştir. Buna da haploit kromozom denir. Kromozomun şekli ve sayısı gibi büyüklüğü de değişmez. Aynı kromozom bir türün farklı bireylerinin vücut hücrelerinde daima aynı büyüklüktedir. Bir kromozomda her biri iki kromonema taşıyan iki kromatid bulunur. Kromonemanın üst üste katlanmasıyla veya nukleoproteinin o bölgede yogunlaşmasıyla kromomerler oluşur. Kromonema üzerinde kromomerlerin bulunduğu yerler genlerin yerleştiği bölgeler olarak kabul edilir. Bazik boyalarla boyanan bir kromozomun her yerinin aynı derecede boyanmadığı görülür. Kuvvetli boyanan bölgelere heterokromatik bölgeler denir.Bu bölgeler interfazda sıkı bir şekilde helezonlaşmış olup, içinde fazla miktarda DNA ve RNA bulunur. Daha az boyanan bölgelere ise ökromatik bölgeler denir. Bu bölgenin yapısında da histonlar ve DNA vardır. Hücrenin kimyasal yapısı İNORGANİK MADDELER 1- SU: Hayatsal faaliyetlerin sürdürülmesinde önemli rolü vardır Canlı türüne, hücrenin görevine, yaşlı ve genç olmasına göre hücrelerde değişik oranlarda bulunmaktadır.Genel olarak sitoplazmanın % 85-95 kadarı sudur. Embriyonal hücrelerde, genç ve aktif hücrelerde su oranı fazla, yaşlı hücrelerde azdır. Hücre protoplazmasında su serbest ve bağlı su olarak bulunur.Serbest su kan ve lenf sıvılarındaki sudur.Bağlı su ise ikiye ayrılır.Anyon ve katyonlara bağlı olarak bulunan su (Hidratasyon Suyu ) ve anyon ve katyonlara bağlı bulunan suyun dışındaki sudur (Moleküller Arası Su ). 2-ELEKTROLİTLER: C,H,O,N,K,Ca, Mg, Fe,S,P sitoplazmanın temel elementleridir. İlk dördü protoplazmada bulunan organik maddeler yönünden daha önemlidir.Mg ve Fe ise klorofil ve hemoglobin gibi yapıları oluşturma yönünden de temel element sayılırlar. Bu elementler hücredeki bileşikleri teşkil ederler.Özellikle temel elementlerin eksikliği halinde hücre fonksiyonlarını tam olarak sürdüremez. Bu elementler ayrıca protoplazmik aktiviteyi artırır, osmotik basıncı sağlar, asit-baz dengesini ayarlar, birçok enzimleri aktifleştirir ve bazı vitaminlerin terkibine girer. Canlı hücredeki inorganik maddeler asit baz ve tuzlardır.Fakat bunlar hücre suyu içinde erimiş yani iyonlaşmış olup elektrolitleri teşkil ederler. Bir solusyonda iyonların bulunuşu, solusyonun elektrik akımını geçirmesini sağlar. Böylece iyonlarına ayrılan ve dolayısıyla elektrik akımını ileten maddelere elektrolit (iletken) denir. ORGANİK MADDELER Hücre yapısında çeşitli organik maddeler mevcuttur. Karbonhidratlar: Enerji kaynağıdır. Bu enerji hücre çoğalması, büyümesi ve hareket yeteneği için gereklidir. Karbonhidratlar üç grupta toplanır. Monosakkaritler: Hidroliz sonucu daha küçük moleküllere ayrılamazlar. Triozlar Pentozlar Heksozlar ( Glukoz,Fruktoz, Galaktoz) Oligosakkaritler: 2,3,4,5,6 monosakkaritin aralarından birer mol su çıkmasıyla diğer bir deyişle glikozit bağları ile birbirine bağlanarak meydana getirdikleri bileşiklere oligosakkaritler denir. Disakkaritler( Sakkaroz, Maltoz, Laktoz) Trisakkaritler Polisakkaritler: Canlıda en önemli polisakkaritler heksozlardan yapılmış olanlar olup bitki hücresi çeperinde sellüloz, bitkide depo edilen nişasta ve hayvan hücrelerinde depo edilen glikojendir. Lipidler: Enerji kaynağı olarak ve hücre membranında yapı taşı olarak önemlidir. Lipidleri şöyle gruplandırabiliriz. Basit lipidler Bileşik lipidler( Fosfolipid, glikolipid) Diğer lipidler ( Steroid, kolesterol) Kolesterol Hayvansal hücre zarlarının yapısında, sinir dokusu ve diğer dokularda yapı maddesi olarak iş görür. Bitkisel dokularda bulunmaz. Kolesterol deri hücrelerinin zarlarında yağlarla birlikte birikerek derinin asitlere ve eritici maddelere karşı direncini arttırır, aynı zamanda derinin su kaybını önler. Omurgalılarda, besinlerle alınan veya organizmada sentez edilen kolesterol diğer steroid gruplarına çevrilmektedir. Bunlardan biri de safra tuzlarıdır. Safra tuzları karaciğerde yapılır ve safra kanalları yoluyla bagırsaklara iletilir, orada yağların sindirim ve absorbsiyonunda rol oynar. Bunun yanında kanda kolesterol oranının yükselmesi, arteriosclerozis denen damar sertliği meydana getirir.Bunda damarların iç yüzünde plaklar oluşarak damar çeperi daralır ve esnekliği kaybolur. PROTEİNLER: Basit proteinler:Bunlar sadece amino asitlerden ibarettir. Albuminler Globulinler Gluteninler Histonlar Protaminler Bileşik proteinler: Fosfoproteinler: (vitellin) Metalloproteinler:Bunlar proteine bağlı olarak Fe,Cu vb. ağır metalleri kapsayan bileşik proteinlerdir. (Hemoglobin , Hemosiyanin) Nukleoproteinler: Hücrede RNA ve DNA proteinle birleşmiş halde bulunur ki bunlara nukleoproteinler adı verilir. NUKLEİK ASİTLER: Nukleotid denen birimlerden oluşur. Baz + Şeker + Fosforik asit = Nukleotid Nukleotidler dehidrasyon senteziyle nukleik asitleri meydana getirirler. Böylece DNA ve RNA molekülleri oluşur. ENZİMLER: Hücrede meydana gelen sayısız biyokimyasal reaksiyonu katalizleyen ve canlı hücrede sentezlenen protein yapısındaki organik moleküllere enzim denir.Enzimler kimyasal katalizörler gibi görev yaparak reaksiyonu başlatır ve sonlandırır. Bazı enzimler sadece saf protein moleküllerinden yapılmıştır.Bunlara basit enzimler denir. (Pepsin, tripsin, kimotripsin) Diğer bazı enzimler ise protein yapılarına ilaveten aktivite gösterebilmek için kofaktör denen inorganik metal iyonları ve koenzim denen kompleks organik moleküllerle birlikte çalışırlar.Bu tip enzimlere de bileşik enzim denir. Enzim koenzim veya faktörü ile birlikte katalitik bakımdan tamamen aktif durumda ise bu haline holoenzim adı verilir.Bir holoenzimin koenzim veya kofaktöre ayrılıp inaktif hale gelen protein kısmına Apoenzim denir. VİTAMİNLER: Hücre metabolizması için gerekli olan, çok az miktarları ile büyüme, gelişme ve sıhhatli yaşama için gerekli organik maddelerdir.Vitaminler aynı zamanda hücrede geçen biyokimyasal olayları katalizleyen çoğu enzimlerin koenzim grubunu teşkil ederler. Bu nedenle avitaminozda reaksiyonlar gerçekleşmez ve canlı bunun eksikliğini duyar. Suda eriyen vitaminler: B ,C Yağda eriyen vitaminler: A,D,E,K HORMONLAR HÜCREDE PROTEİN SENTEZLENMESİ Protein sentezlenmesinde molekül ağırlıkları ve diğer bazı özellikleri farklı üç çeşit RNA görev yapar.Bunlardan biri elçi RNA dır. eRNA nukleusta DNA molekülünden aldığı genetik bilgiyi sitoplazmaya iletir.İkincisi ribozomal RNA dır.Protein sentezi ribozomun büyük bir kısmını oluşturan rRNA üzerinde gerçekleşir. Üçüncüsü taşıyıcı RNA dır. tRNA nın görevi bir polipeptid zinciri oluşurken sitoplazmadaki uygun amino asitleri alarak zincirdeki uygun yerlere yerleştirmektir. Her üç RNA da DNA tarafından sentezlenir. DNA çift dizi olmakla beraber bunlardan sadece biri genetik bilgiyi aktarır ve eRNA yı oluşturur, buna anlamlı dizi denir. Protein sentezi özetlenirse; Önce nukleusta çift diziden oluşan DNA molekülünün dizilerinden biri, sentezlenmesini istediği protein için gerekli nukleotitleri kapsayan kısmının kopyasını çıkararak, özel bir eRNA hazırlar.Hazırlanan bu eRNA nukleus zarının porundan çıkarak sitoplazmaya geçer ve ribozomla birleşir. Böylece ribozomlarda, DNA nın emrettiği proteini sentezlemek üzere özel bir eRNA kalıbı yerleşmiş olur.Daha sonra bu kalıp üzerindeki her kodona uygun antikodonlu tRNA lar sitoplazmadan uygun amino asitleri alarak ribozomdaki eRNA kalıbında yerine koyar. Böylece her ribozomda , DNA dan gelen şifreye uygun amino asitler yan yana peptid bağları ile bağlanarak istenen protein sentezlenmiş olur. Sentezlenen bu protein ribozomlardan ayrılarak gerekli yerlere taşınır, işi biten eRNA lar daha sonra parçalanır. HÜCRE BİLİMİ En ilkel yapılı hücre prokaryotik hücredir.Nukleus zarı bulunmaz. DNA hücre sitoplazmasında bulunur.Organellere sahip değildir. Örnek bakteri hücresi verilebilir. NUCLEUS Bakteri ve viruslar hariç hemen hemen bütün hayvan ve bitki hücrelerinin birer nukleusu vardır. Memeli karaciğer hücreleri, böceklerin orta bağırsak hücreleri, testisdeki Leydig hücreleri ve bazı tek hücreliler iki nukleuslu, çizgili kas hücreleri ise çok nukleusludur. Çok nukleuslu hücrelere POLİKARYOTİK hücre adı verilir. Nukleus hücrenin morfolojik ve biyolojik yönden kontrol merkezidir.Bütün canlılık olaylarını yönettiği gibi canlının kalıtsal karakterlerinin dölden döle geçmesini de sağlar. Nukleus zarı ( Karyotheca ) Nukleus zarı çift katlıdır ve bu zar büyük bir olasılıkla E. R. dan oluşur. Dış zarın üzerinde ribozomlar vardır. İç zar ise düzdür. İç ve dış zarlar yer yer birleşerek bir açıklık meydana getirir. Bunlara por denir.Sentez olayları çok olan hücrelerin nukleus zarlarında por sayısı fazladır. Porlar nukleus ile sitoplazma arasında gerekli maddelerin geçişine olanak sağlar. Hücre bölünmesinde, patolojik hallerde, X ışınlarına maruz kalınca, uzun süren otoliz sonucu nukleus zarı ortadan kalkar. NUKLEOPLAZMA Nukleus zarı tarafından çevrilmiş olup kromatin ağı ve nukleolus dışında kalan sahayı doldurur. Nukleoplazma; RNA, büyük moleküllü proteinler, lipid ve inorganik tuzlar içerir. Nukleusun morfolojik görünümünde olan değişmeler klinikte önemlidir. Nukleolus Hücre nukleusu içinde belirli bir kromozomun belirli bir bölgesine bağlı olarak bulunan nukleolus yuvarlak ve oval bir yapı gösterir. Nukleolus bir zarla çevrilmiş olmadığından kolayca gözden kaybolabilir ve ayrı bir organel olarak kabul edilmez. Sayısı hücreden hücreye değişir, Nukleolus granüllü ve fibrilli bölgelerden oluşur. Her iki bölge de proteince zengin olup ayrıca nukleotid ve koenzim sentezi yapan enzimlerle RNA bulunur. Fakat DNA bulunmaz. Nukleustaki proteinler ya histon, protamin gibi bazik veya kromozamin gibi asit proteinlerdir. Hücre bölünmesinde önemli bir rolü vardır. Kromatin ağı ve kromozom İnterfazda hücrenin, nukleusu boyandığı zaman, nukleoplazma içinde iyi boyanmış uzun ağ veya yumak halinde iplikler görülür. Bunlara kromatin iplikleri veya kromonema denir. Bu iplikler üzerinde, daha kuvvetle boyanmış tanecikler dizilmiştir. Bunlara da kromatin taneleri veya kromomer denir. İnterfazdaki nukleusun içinde görülen bu iplikçikler, helezonları açılmış, uzamış ve dağınık durumda bulunan kromozomlardır. Hücre bölüneceği zaman bu iplikçikler, helezon yaparak kısalır ve kalınlaşırlar, böylece de kromozomları meydana getirirler. Bölünmekte olan bir hücrenin nukleusu boyandıktan sonra mikroskopta incelenirse belirli şekillerde ve koyu boyanmış yapılar görülür, bunlara kromozom adı verilir. Bir kromozomun şekli, kromozomun kollarını birleştiren boğumun yerine göre isimlendirilir. Bu boğuma sentromer (kinetokor ) veya primer boğum denir. Bu boğum küçük bir granül veya sentromeri kapsayan açık renkli bir alandır. Kromozomlar üzerinde sentromerden başka boğumlarda bulunabilir, bunlara sekonder boğum ve ayrılan kısma uydu veya satellit denir. Kromozom tipleri METASENTRİK KROMOZOM SUBMETASENTRİK KROMOZOM AKROSENTRİK KROMOZOM TELOSENTRİK KROMOZOM Bölünme anında kromozomlar kutuplara doğru çekilirken, sentromerlerinden iğ ipliklerine tutunurlar, Bu nedenle sentromeri herhangi bir nedenle tahrip olan veya bulunmayan bir kromozom bölünme olayına katılamadığından parçalanır. Her kromozomun kendine öz bir şekli vardır. Bu şekil canlının bütün hücrelerinde aynıdır. Bir türün kromozomunun şekli gibi sayısı da sabittir. Bir canlının bütün hücreleri aynı, yani biri anadan, diğeri babadan gelen aynı şekil ve büyüklükte ikişer takım kromozoma sahiptir. Buna diploit kromozom sayısı denir. Anadan ve babadan gelen eş kromozomların her birine de homolog kromozom adı verilir. Olgun üreme hücrelerinde ise kromozom sayısı vücut hücrelerinkinin yarısı kadardır.Burada homolog kromozomlardan her biri, başka hücreye geçtiğinden sayı yarıya inmiştir. Buna da haploit kromozom denir. Kromozomun şekli ve sayısı gibi büyüklüğü de değişmez. Aynı kromozom bir türün farklı bireylerinin vücut hücrelerinde daima aynı büyüklüktedir. Bir kromozomda her biri iki kromonema taşıyan iki kromatid bulunur. Kromonemanın üst üste katlanmasıyla veya nukleoproteinin o bölgede yogunlaşmasıyla kromomerler oluşur. Kromonema üzerinde kromomerlerin bulunduğu yerler genlerin yerleştiği bölgeler olarak kabul edilir. Bazik boyalarla boyanan bir kromozomun her yerinin aynı derecede boyanmadığı görülür. Kuvvetli boyanan bölgelere heterokromatik bölgeler denir.Bu bölgeler interfazda sıkı bir şekilde helezonlaşmış olup, içinde fazla miktarda DNA ve RNA bulunur. Daha az boyanan bölgelere ise ökromatik bölgeler denir. Bu bölgenin yapısında da histonlar ve DNA vardır. Hücrenin kimyasal yapısı İNORGANİK MADDELER 1- SU: Hayatsal faaliyetlerin sürdürülmesinde önemli rolü vardır Canlı türüne, hücrenin görevine, yaşlı ve genç olmasına göre hücrelerde değişik oranlarda bulunmaktadır.Genel olarak sitoplazmanın % 85-95 kadarı sudur. Embriyonal hücrelerde, genç ve aktif hücrelerde su oranı fazla, yaşlı hücrelerde azdır. Hücre protoplazmasında su serbest ve bağlı su olarak bulunur.Serbest su kan ve lenf sıvılarındaki sudur.Bağlı su ise ikiye ayrılır.Anyon ve katyonlara bağlı olarak bulunan su (Hidratasyon Suyu ) ve anyon ve katyonlara bağlı bulunan suyun dışındaki sudur (Moleküller Arası Su ). 2-ELEKTROLİTLER: C,H,O,N,K,Ca, Mg, Fe,S,P sitoplazmanın temel elementleridir. İlk dördü protoplazmada bulunan organik maddeler yönünden daha önemlidir.Mg ve Fe ise klorofil ve hemoglobin gibi yapıları oluşturma yönünden de temel element sayılırlar. Bu elementler hücredeki bileşikleri teşkil ederler.Özellikle temel elementlerin eksikliği halinde hücre fonksiyonlarını tam olarak sürdüremez. Bu elementler ayrıca protoplazmik aktiviteyi artırır, osmotik basıncı sağlar, asit-baz dengesini ayarlar, birçok enzimleri aktifleştirir ve bazı vitaminlerin terkibine girer. Canlı hücredeki inorganik maddeler asit baz ve tuzlardır.Fakat bunlar hücre suyu içinde erimiş yani iyonlaşmış olup elektrolitleri teşkil ederler. Bir solusyonda iyonların bulunuşu, solusyonun elektrik akımını geçirmesini sağlar. Böylece iyonlarına ayrılan ve dolayısıyla elektrik akımını ileten maddelere elektrolit (iletken) denir. ORGANİK MADDELER Hücre yapısında çeşitli organik maddeler mevcuttur. Karbonhidratlar: Enerji kaynağıdır. Bu enerji hücre çoğalması, büyümesi ve hareket yeteneği için gereklidir. Karbonhidratlar üç grupta toplanır. Monosakkaritler: Hidroliz sonucu daha küçük moleküllere ayrılamazlar. Triozlar Pentozlar Heksozlar ( Glukoz,Fruktoz, Galaktoz) Oligosakkaritler: 2,3,4,5,6 monosakkaritin aralarından birer mol su çıkmasıyla diğer bir deyişle glikozit bağları ile birbirine bağlanarak meydana getirdikleri bileşiklere oligosakkaritler denir. Disakkaritler( Sakkaroz, Maltoz, Laktoz) Trisakkaritler Polisakkaritler: Canlıda en önemli polisakkaritler heksozlardan yapılmış olanlar olup bitki hücresi çeperinde sellüloz, bitkide depo edilen nişasta ve hayvan hücrelerinde depo edilen glikojendir. Lipidler: Enerji kaynağı olarak ve hücre membranında yapı taşı olarak önemlidir. Lipidleri şöyle gruplandırabiliriz. Basit lipidler Bileşik lipidler( Fosfolipid, glikolipid) Diğer lipidler ( Steroid, kolesterol) Kolesterol Hayvansal hücre zarlarının yapısında, sinir dokusu ve diğer dokularda yapı maddesi olarak iş görür. Bitkisel dokularda bulunmaz. Kolesterol deri hücrelerinin zarlarında yağlarla birlikte birikerek derinin asitlere ve eritici maddelere karşı direncini arttırır, aynı zamanda derinin su kaybını önler. Omurgalılarda, besinlerle alınan veya organizmada sentez edilen kolesterol diğer steroid gruplarına çevrilmektedir. Bunlardan biri de safra tuzlarıdır. Safra tuzları karaciğerde yapılır ve safra kanalları yoluyla bagırsaklara iletilir, orada yağların sindirim ve absorbsiyonunda rol oynar. Bunun yanında kanda kolesterol oranının yükselmesi, arteriosclerozis denen damar sertliği meydana getirir.Bunda damarların iç yüzünde plaklar oluşarak damar çeperi daralır ve esnekliği kaybolur. PROTEİNLER: Basit proteinler:Bunlar sadece amino asitlerden ibarettir. Albuminler Globulinler Gluteninler Histonlar Protaminler Bileşik proteinler: Fosfoproteinler: (vitellin) Metalloproteinler:Bunlar proteine bağlı olarak Fe,Cu vb. ağır metalleri kapsayan bileşik proteinlerdir. (Hemoglobin , Hemosiyanin) Nukleoproteinler: Hücrede RNA ve DNA proteinle birleşmiş halde bulunur ki bunlara nukleoproteinler adı verilir. NUKLEİK ASİTLER: Nukleotid denen birimlerden oluşur. Baz + Şeker + Fosforik asit = Nukleotid Nukleotidler dehidrasyon senteziyle nukleik asitleri meydana getirirler. Böylece DNA ve RNA molekülleri oluşur. ENZİMLER: Hücrede meydana gelen sayısız biyokimyasal reaksiyonu katalizleyen ve canlı hücrede sentezlenen protein yapısındaki organik moleküllere enzim denir.Enzimler kimyasal katalizörler gibi görev yaparak reaksiyonu başlatır ve sonlandırır. Bazı enzimler sadece saf protein moleküllerinden yapılmıştır.Bunlara basit enzimler denir. (Pepsin, tripsin, kimotripsin) Diğer bazı enzimler ise protein yapılarına ilaveten aktivite gösterebilmek için kofaktör denen inorganik metal iyonları ve koenzim denen kompleks organik moleküllerle birlikte çalışırlar.Bu tip enzimlere de bileşik enzim denir. Enzim koenzim veya faktörü ile birlikte katalitik bakımdan tamamen aktif durumda ise bu haline holoenzim adı verilir.Bir holoenzimin koenzim veya kofaktöre ayrılıp inaktif hale gelen protein kısmına Apoenzim denir. VİTAMİNLER: Hücre metabolizması için gerekli olan, çok az miktarları ile büyüme, gelişme ve sıhhatli yaşama için gerekli organik maddelerdir.Vitaminler aynı zamanda hücrede geçen biyokimyasal olayları katalizleyen çoğu enzimlerin koenzim grubunu teşkil ederler. Bu nedenle avitaminozda reaksiyonlar gerçekleşmez ve canlı bunun eksikliğini duyar. Suda eriyen vitaminler: B ,C Yağda eriyen vitaminler: A,D,E,K HORMONLAR HÜCREDE PROTEİN SENTEZLENMESİ Protein sentezlenmesinde molekül ağırlıkları ve diğer bazı özellikleri farklı üç çeşit RNA görev yapar.Bunlardan biri elçi RNA dır. eRNA nukleusta DNA molekülünden aldığı genetik bilgiyi sitoplazmaya iletir.İkincisi ribozomal RNA dır.Protein sentezi ribozomun büyük bir kısmını oluşturan rRNA üzerinde gerçekleşir. Üçüncüsü taşıyıcı RNA dır. tRNA nın görevi bir polipeptid zinciri oluşurken sitoplazmadaki uygun amino asitleri alarak zincirdeki uygun yerlere yerleştirmektir. Her üç RNA da DNA tarafından sentezlenir. DNA çift dizi olmakla beraber bunlardan sadece biri genetik bilgiyi aktarır ve eRNA yı oluşturur, buna anlamlı dizi denir. Protein sentezi özetlenirse; Önce nukleusta çift diziden oluşan DNA molekülünün dizilerinden biri, sentezlenmesini istediği protein için gerekli nukleotitleri kapsayan kısmının kopyasını çıkararak, özel bir eRNA hazırlar.Hazırlanan bu eRNA nukleus zarının porundan çıkarak sitoplazmaya geçer ve ribozomla birleşir. Böylece ribozomlarda, DNA nın emrettiği proteini sentezlemek üzere özel bir eRNA kalıbı yerleşmiş olur.Daha sonra bu kalıp üzerindeki her kodona uygun antikodonlu tRNA lar sitoplazmadan uygun amino asitleri alarak ribozomdaki eRNA kalıbında yerine koyar. Böylece her ribozomda , DNA dan gelen şifreye uygun amino asitler yan yana peptid bağları ile bağlanarak istenen protein sentezlenmiş olur. Sentezlenen bu protein ribozomlardan ayrılarak gerekli yerlere taşınır, işi biten eRNA lar daha sonra parçalanır. HÜCRENİN FİZİKSEL YAPISI DİFFUSİON: Sıvı veya gaz molekülleri taşıdıkları kinetik enerjiden dolayı, moleküllerinin yoğunluğuyla ilgili olarak çok yoğun bir ortamdan az yoğun ortama hareket ederler ki bu olaya diffüzyon denir. Her yöne doğru olan bu hareket iki ortam arasında yoğunluk farkı kalmayıncaya kadar devam eder. SOLUSYON: İki ayrı yapının birbiri içinde eriyerek oluşturdukları karışımlara denir.Solusyonlar birkaç tipte olur. 1- Hakiki veya gerçek solusyon: Suda dağılan partiküller 1 milimikrondan daha küçüktür ve su molekülleri tarafından taşınır. Saydam olan bu solusyonların suyu uçurulursa geride partiküller kristal halde kalır, o nedenle bunlara kristalloid de denir.Tuz gölünde tuzun oluşması gibi. Canlı sistemde çözücü moleküller sudur.Protoplazmada bulunan çözünmüş tuzlar, şekerler ve diğer maddeler hücreye belli bir yoğunluk ve osmotik basınç kazandırır. Bu sayede hücre bulunduğu ortamın yoğunluğuna göre çevresiyle alışveriş yapabilir.Hücre içinde bulunduğu üç solusyon tipine göre durumunu değiştirir. İzotonik solusyon: Hücre içi yoğunluğu ile hücrenin konulduğu ortamın yoğunluğu aynıdır. Bu yüzden hücrede bir değişiklik olmaz.İki tarafa eşit miktarda su molekülü geçer, vücut veya kan hücrelerinde büzülme veya gerginlik olmaz. Normalde vücuttaki hücrelerin hücre sıvısı ile kan plazması ve diğer vücut sıvıları izotoniktir.% 0.9 NaCl çözeltisi insan hücreleri ile izotoniktir. Buna fizyolojik eriyik denir. Hipotonik solusyon: Ortam sıvısı yoğunluğu, hücre sıvısınınkinden daha az olan solusyonlardır. Bu durumda hücre dışarıdan su alır.Eritrositler % 0.6 lık tuz solusyonuna konursa su alır ve sonunda giren suyun basıncına dayanamayan zar patlar(hemoliz). Hemoliz yolu ile içindeki maddeleri atılabilen yegane zar eritrositlerdir. Hipertonik solusyon: Bunda ortam sıvısı yoğunluğu, hücre sıvısından fazladır.Eritrositler böyle bir ortama konursa su kaybedip büzülürler. Aynı şekilde ellerimizi tuzlu suda bir müddet bekletirsek ellerimizin derisi buruşur. 2- Kolloid çözelti: Bunlarda partiküllerin büyüklükleri gerçek çözelti ile süspansiyon partikülleri arasındadır. (1-100 milimikron çaptadır.)Bunlar tabana çökmek için küçük, gerçek çözelti yapmak için büyüktür. Filtre edilemezler . Hakiki çözeltilerdeki gibi kristal teşkil etmezler. 3- Suspension: Eğer su içinde çözünen partiküller 100 milimikrondan büyük olursa bunlara süspansiyon denir.Süspansiyon birçok molekülün yanyana gelmesinden meydana gelir. CANLI SİSTEMDE VE HÜCREDE SIVILAR Semipermeabl olan hücre membranı bulunduğu ortamla veya komşu hücrelerle madde alışverişi yapar.İki komşu hücrenin membranları arasında 80 Angstrom kadar bir aralık bulunur.Bu aralığa hücreler arası alan (intersellüler alan), buradaki sıvıya da hücreler arası sıvı (intersellüler sıvı) ve doku sıvısı anlamında (interstisiel sıvı) denir. Damar içi sıvısına (plazma) intravasküler sıvı denir. İntravasküler sıvı ve intersellüler sıvının ortak adı da hücre dışı sıvıdır(extrasellüler sıvı). Böylece her ribozomda , DNA dan gelen şifreye uygun amino asitler yan yana peptid bağları ile bağlanarak istenen protein sentezlenmiş olur. Sentezlenen bu protein ribozomlardan ayrılarak gerekli yerlere taşınır, işi biten eRNA lar daha sonra parçalanır. HÜCRE BİLİMİ En ilkel yapılı hücre prokaryotik hücredir.Nukleus zarı bulunmaz. DNA hücre sitoplazmasında bulunur.Organellere sahip değildir. Örnek bakteri hücresi verilebilir. NUCLEUS Bakteri ve viruslar hariç hemen hemen bütün hayvan ve bitki hücrelerinin birer nukleusu vardır. Memeli karaciğer hücreleri, böceklerin orta bağırsak hücreleri, testisdeki Leydig hücreleri ve bazı tek hücreliler iki nukleuslu, çizgili kas hücreleri ise çok nukleusludur. Çok nukleuslu hücrelere POLİKARYOTİK hücre adı verilir. Nukleus hücrenin morfolojik ve biyolojik yönden kontrol merkezidir.Bütün canlılık olaylarını yönettiği gibi canlının kalıtsal karakterlerinin dölden döle geçmesini de sağlar. Nukleus zarı ( Karyotheca ) Nukleus zarı çift katlıdır ve bu zar büyük bir olasılıkla E. R. dan oluşur. Dış zarın üzerinde ribozomlar vardır. İç zar ise düzdür. İç ve dış zarlar yer yer birleşerek bir açıklık meydana getirir. Bunlara por denir.Sentez olayları çok olan hücrelerin nukleus zarlarında por sayısı fazladır. Porlar nukleus ile sitoplazma arasında gerekli maddelerin geçişine olanak sağlar. Hücre bölünmesinde, patolojik hallerde, X ışınlarına maruz kalınca, uzun süren otoliz sonucu nukleus zarı ortadan kalkar. NUKLEOPLAZMA Nukleus zarı tarafından çevrilmiş olup kromatin ağı ve nukleolus dışında kalan sahayı doldurur. Nukleoplazma; RNA, büyük moleküllü proteinler, lipid ve inorganik tuzlar içerir. Nukleusun morfolojik görünümünde olan değişmeler klinikte önemlidir. Nukleolus Hücre nukleusu içinde belirli bir kromozomun belirli bir bölgesine bağlı olarak bulunan nukleolus yuvarlak ve oval bir yapı gösterir. Nukleolus bir zarla çevrilmiş olmadığından kolayca gözden kaybolabilir ve ayrı bir organel olarak kabul edilmez. Sayısı hücreden hücreye değişir, Nukleolus granüllü ve fibrilli bölgelerden oluşur. Her iki bölge de proteince zengin olup ayrıca nukleotid ve koenzim sentezi yapan enzimlerle RNA bulunur. Fakat DNA bulunmaz. Nukleustaki proteinler ya histon, protamin gibi bazik veya kromozamin gibi asit proteinlerdir. Hücre bölünmesinde önemli bir rolü vardır. Kromatin ağı ve kromozom İnterfazda hücrenin, nukleusu boyandığı zaman, nukleoplazma içinde iyi boyanmış uzun ağ veya yumak halinde iplikler görülür. Bunlara kromatin iplikleri veya kromonema denir. Bu iplikler üzerinde, daha kuvvetle boyanmış tanecikler dizilmiştir. Bunlara da kromatin taneleri veya kromomer denir. İnterfazdaki nukleusun içinde görülen bu iplikçikler, helezonları açılmış, uzamış ve dağınık durumda bulunan kromozomlardır. Hücre bölüneceği zaman bu iplikçikler, helezon yaparak kısalır ve kalınlaşırlar, böylece de kromozomları meydana getirirler. Bölünmekte olan bir hücrenin nukleusu boyandıktan sonra mikroskopta incelenirse belirli şekillerde ve koyu boyanmış yapılar görülür, bunlara kromozom adı verilir. Bir kromozomun şekli, kromozomun kollarını birleştiren boğumun yerine göre isimlendirilir. Bu boğuma sentromer (kinetokor ) veya primer boğum denir. Bu boğum küçük bir granül veya sentromeri kapsayan açık renkli bir alandır. Kromozomlar üzerinde sentromerden başka boğumlarda bulunabilir, bunlara sekonder boğum ve ayrılan kısma uydu veya satellit denir. Kromozom tipleri METASENTRİK KROMOZOM SUBMETASENTRİK KROMOZOM AKROSENTRİK KROMOZOM TELOSENTRİK KROMOZOM Bölünme anında kromozomlar kutuplara doğru çekilirken, sentromerlerinden iğ ipliklerine tutunurlar, Bu nedenle sentromeri herhangi bir nedenle tahrip olan veya bulunmayan bir kromozom bölünme olayına katılamadığından parçalanır. Her kromozomun kendine öz bir şekli vardır. Bu şekil canlının bütün hücrelerinde aynıdır. Bir türün kromozomunun şekli gibi sayısı da sabittir. Bir canlının bütün hücreleri aynı, yani biri anadan, diğeri babadan gelen aynı şekil ve büyüklükte ikişer takım kromozoma sahiptir. Buna diploit kromozom sayısı denir. Anadan ve babadan gelen eş kromozomların her birine de homolog kromozom adı verilir. Olgun üreme hücrelerinde ise kromozom sayısı vücut hücrelerinkinin yarısı kadardır.Burada homolog kromozomlardan her biri, başka hücreye geçtiğinden sayı yarıya inmiştir. Buna da haploit kromozom denir. Kromozomun şekli ve sayısı gibi büyüklüğü de değişmez. Aynı kromozom bir türün farklı bireylerinin vücut hücrelerinde daima aynı büyüklüktedir. Bir kromozomda her biri iki kromonema taşıyan iki kromatid bulunur. Kromonemanın üst üste katlanmasıyla veya nukleoproteinin o bölgede yogunlaşmasıyla kromomerler oluşur. Kromonema üzerinde kromomerlerin bulunduğu yerler genlerin yerleştiği bölgeler olarak kabul edilir. Bazik boyalarla boyanan bir kromozomun her yerinin aynı derecede boyanmadığı görülür. Kuvvetli boyanan bölgelere heterokromatik bölgeler denir.Bu bölgeler interfazda sıkı bir şekilde helezonlaşmış olup, içinde fazla miktarda DNA ve RNA bulunur. Daha az boyanan bölgelere ise ökromatik bölgeler denir. Bu bölgenin yapısında da histonlar ve DNA vardır. Hücrenin kimyasal yapısı İNORGANİK MADDELER 1- SU: Hayatsal faaliyetlerin sürdürülmesinde önemli rolü vardır Canlı türüne, hücrenin görevine, yaşlı ve genç olmasına göre hücrelerde değişik oranlarda bulunmaktadır.Genel olarak sitoplazmanın % 85-95 kadarı sudur. Embriyonal hücrelerde, genç ve aktif hücrelerde su oranı fazla, yaşlı hücrelerde azdır. Hücre protoplazmasında su serbest ve bağlı su olarak bulunur.Serbest su kan ve lenf sıvılarındaki sudur.Bağlı su ise ikiye ayrılır.Anyon ve katyonlara bağlı olarak bulunan su (Hidratasyon Suyu ) ve anyon ve katyonlara bağlı bulunan suyun dışındaki sudur (Moleküller Arası Su ). 2-ELEKTROLİTLER: C,H,O,N,K,Ca, Mg, Fe,S,P sitoplazmanın temel elementleridir. İlk dördü protoplazmada bulunan organik maddeler yönünden daha önemlidir.Mg ve Fe ise klorofil ve hemoglobin gibi yapıları oluşturma yönünden de temel element sayılırlar. Bu elementler hücredeki bileşikleri teşkil ederler.Özellikle temel elementlerin eksikliği halinde hücre fonksiyonlarını tam olarak sürdüremez. Bu elementler ayrıca protoplazmik aktiviteyi artırır, osmotik basıncı sağlar, asit-baz dengesini ayarlar, birçok enzimleri aktifleştirir ve bazı vitaminlerin terkibine girer. Canlı hücredeki inorganik maddeler asit baz ve tuzlardır.Fakat bunlar hücre suyu içinde erimiş yani iyonlaşmış olup elektrolitleri teşkil ederler. Bir solusyonda iyonların bulunuşu, solusyonun elektrik akımını geçirmesini sağlar. Böylece iyonlarına ayrılan ve dolayısıyla elektrik akımını ileten maddelere elektrolit (iletken) denir. ORGANİK MADDELER Hücre yapısında çeşitli organik maddeler mevcuttur. Karbonhidratlar: Enerji kaynağıdır. Bu enerji hücre çoğalması, büyümesi ve hareket yeteneği için gereklidir. Karbonhidratlar üç grupta toplanır. Monosakkaritler: Hidroliz sonucu daha küçük moleküllere ayrılamazlar. Triozlar Pentozlar Heksozlar ( Glukoz,Fruktoz, Galaktoz) Oligosakkaritler: 2,3,4,5,6 monosakkaritin aralarından birer mol su çıkmasıyla diğer bir deyişle glikozit bağları ile birbirine bağlanarak meydana getirdikleri bileşiklere oligosakkaritler denir. Disakkaritler( Sakkaroz, Maltoz, Laktoz) Trisakkaritler Polisakkaritler: Canlıda en önemli polisakkaritler heksozlardan yapılmış olanlar olup bitki hücresi çeperinde sellüloz, bitkide depo edilen nişasta ve hayvan hücrelerinde depo edilen glikojendir. Lipidler: Enerji kaynağı olarak ve hücre membranında yapı taşı olarak önemlidir. Lipidleri şöyle gruplandırabiliriz. Basit lipidler Bileşik lipidler( Fosfolipid, glikolipid) Diğer lipidler ( Steroid, kolesterol) Kolesterol Hayvansal hücre zarlarının yapısında, sinir dokusu ve diğer dokularda yapı maddesi olarak iş görür. Bitkisel dokularda bulunmaz. Kolesterol deri hücrelerinin zarlarında yağlarla birlikte birikerek derinin asitlere ve eritici maddelere karşı direncini arttırır, aynı zamanda derinin su kaybını önler. Omurgalılarda, besinlerle alınan veya organizmada sentez edilen kolesterol diğer steroid gruplarına çevrilmektedir. Bunlardan biri de safra tuzlarıdır. Safra tuzları karaciğerde yapılır ve safra kanalları yoluyla bagırsaklara iletilir, orada yağların sindirim ve absorbsiyonunda rol oynar. Bunun yanında kanda kolesterol oranının yükselmesi, arteriosclerozis denen damar sertliği meydana getirir.Bunda damarların iç yüzünde plaklar oluşarak damar çeperi daralır ve esnekliği kaybolur. PROTEİNLER: Basit proteinler:Bunlar sadece amino asitlerden ibarettir. Albuminler Globulinler Gluteninler Histonlar Protaminler Bileşik proteinler: Fosfoproteinler: (vitellin) Metalloproteinler:Bunlar proteine bağlı olarak Fe,Cu vb. ağır metalleri kapsayan bileşik proteinlerdir. (Hemoglobin , Hemosiyanin) Nukleoproteinler: Hücrede RNA ve DNA proteinle birleşmiş halde bulunur ki bunlara nukleoproteinler adı verilir. NUKLEİK ASİTLER: Nukleotid denen birimlerden oluşur. Baz + Şeker + Fosforik asit = Nukleotid Nukleotidler dehidrasyon senteziyle nukleik asitleri meydana getirirler. Böylece DNA ve RNA molekülleri oluşur. ENZİMLER: Hücrede meydana gelen sayısız biyokimyasal reaksiyonu katalizleyen ve canlı hücrede sentezlenen protein yapısındaki organik moleküllere enzim denir.Enzimler kimyasal katalizörler gibi görev yaparak reaksiyonu başlatır ve sonlandırır. Bazı enzimler sadece saf protein moleküllerinden yapılmıştır.Bunlara basit enzimler denir. (Pepsin, tripsin, kimotripsin) Diğer bazı enzimler ise protein yapılarına ilaveten aktivite gösterebilmek için kofaktör denen inorganik metal iyonları ve koenzim denen kompleks organik moleküllerle birlikte çalışırlar.Bu tip enzimlere de bileşik enzim denir. Enzim koenzim veya faktörü ile birlikte katalitik bakımdan tamamen aktif durumda ise bu haline holoenzim adı verilir.Bir holoenzimin koenzim veya kofaktöre ayrılıp inaktif hale gelen protein kısmına Apoenzim denir. VİTAMİNLER: Hücre metabolizması için gerekli olan, çok az miktarları ile büyüme, gelişme ve sıhhatli yaşama için gerekli organik maddelerdir.Vitaminler aynı zamanda hücrede geçen biyokimyasal olayları katalizleyen çoğu enzimlerin koenzim grubunu teşkil ederler. Bu nedenle avitaminozda reaksiyonlar gerçekleşmez ve canlı bunun eksikliğini duyar. Suda eriyen vitaminler: B ,C Yağda eriyen vitaminler: A,D,E,K HORMONLAR HÜCREDE PROTEİN SENTEZLENMESİ Protein sentezlenmesinde molekül ağırlıkları ve diğer bazı özellikleri farklı üç çeşit RNA görev yapar.Bunlardan biri elçi RNA dır. eRNA nukleusta DNA molekülünden aldığı genetik bilgiyi sitoplazmaya iletir.İkincisi ribozomal RNA dır.Protein sentezi ribozomun büyük bir kısmını oluşturan rRNA üzerinde gerçekleşir. Üçüncüsü taşıyıcı RNA dır. tRNA nın görevi bir polipeptid zinciri oluşurken sitoplazmadaki uygun amino asitleri alarak zincirdeki uygun yerlere yerleştirmektir. Her üç RNA da DNA tarafından sentezlenir. DNA çift dizi olmakla beraber bunlardan sadece biri genetik bilgiyi aktarır ve eRNA yı oluşturur, buna anlamlı dizi denir. Protein sentezi özetlenirse; Önce nukleusta çift diziden oluşan DNA molekülünün dizilerinden biri, sentezlenmesini istediği protein için gerekli nukleotitleri kapsayan kısmının kopyasını çıkararak, özel bir eRNA hazırlar.Hazırlanan bu eRNA nukleus zarının porundan çıkarak sitoplazmaya geçer ve ribozomla birleşir. Böylece ribozomlarda, DNA nın emrettiği proteini sentezlemek üzere özel bir eRNA kalıbı yerleşmiş olur.Daha sonra bu kalıp üzerindeki her kodona uygun antikodonlu tRNA lar sitoplazmadan uygun amino asitleri alarak ribozomdaki eRNA kalıbında yerine koyar. Böylece her ribozomda , DNA dan gelen şifreye uygun amino asitler yan yana peptid bağları ile bağlanarak istenen protein sentezlenmiş olur. Sentezlenen bu protein ribozomlardan ayrılarak gerekli yerlere taşınır, işi biten eRNA lar daha sonra parçalanır. HÜCRENİN FİZİKSEL YAPISI DİFFUSİON: Sıvı veya gaz molekülleri taşıdıkları kinetik enerjiden dolayı, moleküllerinin yoğunluğuyla ilgili olarak çok yoğun bir ortamdan az yoğun ortama hareket ederler ki bu olaya diffüzyon denir. Her yöne doğru olan bu hareket iki ortam arasında yoğunluk farkı kalmayıncaya kadar devam eder. SOLUSYON: İki ayrı yapının birbiri içinde eriyerek oluşturdukları karışımlara denir.Solusyonlar birkaç tipte olur. 1- Hakiki veya gerçek solusyon: Suda dağılan partiküller 1 milimikrondan daha küçüktür ve su molekülleri tarafından taşınır. Saydam olan bu solusyonların suyu uçurulursa geride partiküller kristal halde kalır, o nedenle bunlara kristalloid de denir.Tuz gölünde tuzun oluşması gibi. Canlı sistemde çözücü moleküller sudur.Protoplazmada bulunan çözünmüş tuzlar, şekerler ve diğer maddeler hücreye belli bir yoğunluk ve osmotik basınç kazandırır. Bu sayede hücre bulunduğu ortamın yoğunluğuna göre çevresiyle alışveriş yapabilir.Hücre içinde bulunduğu üç solusyon tipine göre durumunu değiştirir. İzotonik solusyon: Hücre içi yoğunluğu ile hücrenin konulduğu ortamın yoğunluğu aynıdır. Bu yüzden hücrede bir değişiklik olmaz.İki tarafa eşit miktarda su molekülü geçer, vücut veya kan hücrelerinde büzülme veya gerginlik olmaz. Normalde vücuttaki hücrelerin hücre sıvısı ile kan plazması ve diğer vücut sıvıları izotoniktir.% 0.9 NaCl çözeltisi insan hücreleri ile izotoniktir. Buna fizyolojik eriyik denir. Hipotonik solusyon: Ortam sıvısı yoğunluğu, hücre sıvısınınkinden daha az olan solusyonlardır. Bu durumda hücre dışarıdan su alır.Eritrositler % 0.6 lık tuz solusyonuna konursa su alır ve sonunda giren suyun basıncına dayanamayan zar patlar(hemoliz). Hemoliz yolu ile içindeki maddeleri atılabilen yegane zar eritrositlerdir. Hipertonik solusyon: Bunda ortam sıvısı yoğunluğu, hücre sıvısından fazladır.Eritrositler böyle bir ortama konursa su kaybedip büzülürler. Aynı şekilde ellerimizi tuzlu suda bir müddet bekletirsek ellerimizin derisi buruşur. 2- Kolloid çözelti: Bunlarda partiküllerin büyüklükleri gerçek çözelti ile süspansiyon partikülleri arasındadır. (1-100 milimikron çaptadır.)Bunlar tabana çökmek için küçük, gerçek çözelti yapmak için büyüktür. Filtre edilemezler . Hakiki çözeltilerdeki gibi kristal teşkil etmezler. 3- Suspension: Eğer su içinde çözünen partiküller 100 milimikrondan büyük olursa bunlara süspansiyon denir.Süspansiyon birçok molekülün yanyana gelmesinden meydana gelir. CANLI SİSTEMDE VE HÜCREDE SIVILAR Semipermeabl olan hücre membranı bulunduğu ortamla veya komşu hücrelerle madde alışverişi yapar.İki komşu hücrenin membranları arasında 80 Angstrom kadar bir aralık bulunur.Bu aralığa hücreler arası alan (intersellüler alan), buradaki sıvıya da hücreler arası sıvı (intersellüler sıvı) ve doku sıvısı anlamında (interstisiel sıvı) denir. Damar içi sıvısına (plazma) intravasküler sıvı denir. İntravasküler sıvı ve intersellüler sıvının ortak adı da hücre dışı sıvıdır(extrasellüler sıvı). Hücre içi ve dışı sıvı bileşimlerinin organizma tarafından sabit tutulmasına HOMEOSTASİS denir.Homeostasisin aşırı değişimi hücreyi ölüme kadar götürebilir.Ör: kolerada barsaklardan çok aşırı su kaybı, suyla birlikte birçok elektrolitin de atılmasına neden olur.Eğer bunlar kısa sürede yerine konamazsa hasta ölür. HÜCRE BÖLÜNMESİ Amitosis Mitosis Meiosis AMİTOSİS BÖLÜNME Bu tip bölünme; açlık esnasında dejenere olan hücrelerde, yaşlı hücrelerde, süratle büyüyen hücrelerde ve memelilerin döl yatağı (uterus) epitel hücrelerinde görülür. Eşey hücrelerinde amitoza hiçbir zaman rastlanmaz. MİTOSİS BÖLÜNME HAZIRLIK EVRESİ (Metabolik faz) Kromozomların kendini eşlemesi Sentriollerin kendini eşlemesi İğ ve aster iplikleri için gerekli proteinlerin sentezlenmesi Enerji sağlanması DAĞILMA EVRESİ Profaz: Dağınık ve kromatit halindeki kromozomlar helezon yaparak kısalır ve kalınlaşır. Tomurcuklu sentrioller kutuplara itilirken iğ ve aster iplikleri oluşur. Nukleolus küçülerek kaybolur. Nukleus zarı erir. Kısalıp kalınlaşan kromozomlar hücrenin merkezinde toplanır. SOLUSYON: İki ayrı yapının birbiri içinde eriyerek oluşturdukları karışımlara denir.Solusyonlar birkaç tipte olur. 1- Hakiki veya gerçek solusyon: Suda dağılan partiküller 1 milimikrondan daha küçüktür ve su molekülleri tarafından taşınır. Saydam olan bu solusyonların suyu uçurulursa geride partiküller kristal halde kalır, o nedenle bunlara kristalloid de denir.Tuz gölünde tuzun oluşması gibi. Canlı sistemde çözücü moleküller sudur.Protoplazmada bulunan çözünmüş tuzlar, şekerler ve diğer maddeler hücreye belli bir yoğunluk ve osmotik basınç kazandırır. Bu sayede hücre bulunduğu ortamın yoğunluğuna göre çevresiyle alışveriş yapabilir.Hücre içinde bulunduğu üç solusyon tipine göre durumunu değiştirir. İzotonik solusyon: Hücre içi yoğunluğu ile hücrenin konulduğu ortamın yoğunluğu aynıdır. Bu yüzden hücrede bir değişiklik olmaz.İki tarafa eşit miktarda su molekülü geçer, vücut veya kan hücrelerinde büzülme veya gerginlik olmaz. Normalde vücuttaki hücrelerin hücre sıvısı ile kan plazması ve diğer vücut sıvıları izotoniktir.% 0.9 NaCl çözeltisi insan hücreleri ile izotoniktir. Buna fizyolojik eriyik denir. Hipotonik solusyon: Ortam sıvısı yoğunluğu, hücre sıvısınınkinden daha az olan solusyonlardır. Bu durumda hücre dışarıdan su alır.Eritrositler % 0.6 lık tuz solusyonuna konursa su alır ve sonunda giren suyun basıncına dayanamayan zar patlar(hemoliz). Hemoliz yolu ile içindeki maddeleri atılabilen yegane zar eritrositlerdir. Hipertonik solusyon: Bunda ortam sıvısı yoğunluğu, hücre sıvısından fazladır.Eritrositler böyle bir ortama konursa su kaybedip büzülürler. Aynı şekilde ellerimizi tuzlu suda bir müddet bekletirsek ellerimizin derisi buruşur. 2- Kolloid çözelti: Bunlarda partiküllerin büyüklükleri gerçek çözelti ile süspansiyon partikülleri arasındadır. (1-100 milimikron çaptadır.)Bunlar tabana çökmek için küçük, gerçek çözelti yapmak için büyüktür. Filtre edilemezler . Hakiki çözeltilerdeki gibi kristal teşkil etmezler. 3- Suspension: Eğer su içinde çözünen partiküller 100 milimikrondan büyük olursa bunlara süspansiyon denir.Süspansiyon birçok molekülün yanyana gelmesinden meydana gelir. CANLI SİSTEMDE VE HÜCREDE SIVILAR Semipermeabl olan hücre membranı bulunduğu ortamla veya komşu hücrelerle madde alışverişi yapar.İki komşu hücrenin membranları arasında 80 Angstrom kadar bir aralık bulunur.Bu aralığa hücreler arası alan (intersellüler alan), buradaki sıvıya da hücreler arası sıvı (intersellüler sıvı) ve doku sıvısı anlamında (interstisiel sıvı) denir. Damar içi sıvısına (plazma) intravasküler sıvı denir. İntravasküler sıvı ve intersellüler sıvının ortak adı da hücre dışı sıvıdır(extrasellüler sıvı). Hücre içi ve dışı sıvı bileşimlerinin organizma tarafından sabit tutulmasına HOMEOSTASİS denir.Homeostasisin aşırı değişimi hücreyi ölüme kadar götürebilir.Ör: kolerada barsaklardan çok aşırı su kaybı, suyla birlikte birçok elektrolitin de atılmasına neden olur.Eğer bunlar kısa sürede yerine konamazsa hasta ölür. MİTOSİS BÖLÜNME HAZIRLIK EVRESİ (Metabolik faz) Kromozomların kendini eşlemesi Sentriollerin kendini eşlemesi İğ ve aster iplikleri için gerekli proteinlerin sentezlenmesi Enerji sağlanması DAĞILMA EVRESİ Profaz: Dağınık ve kromatit halindeki kromozomlar helezon yaparak kısalır ve kalınlaşır. Tomurcuklu sentrioller kutuplara itilirken iğ ve aster iplikleri oluşur. Nukleolus küçülerek kaybolur. Nukleus zarı erir. Kısalıp kalınlaşan kromozomlar hücrenin merkezinde toplanır. Metafaz: Kromozomlar iğ ipliklerine dik olan metafaz düzleminde toplanırlar.Sentromerlerinden bükülürler. İki eş kromatitden oluşan her kromozomun sentromeri birbirinden ayrılır. İğ iplikleri sentromerlere bağlanır.Profazın 30-60 dakika sürmesine karşılık metafaz ancak 2-6 dakikadır. Anafaz: İğ ipliklerinin kasılması sonucu eş kromatitler bir sıçrama hareketiyle birbirlerinden uzaklaşmaya başlar. Ve artık kardeş kromozomlar olarak adlandırılırlar. 3-15 dakika süren anafaz kardeş kromozomlar kutuplara ulaşınca son bulur. Telofaz: Bu fazda profazın tamamen aksi yönde olaylar gelişir. Ayrı kutuplardaki kromatitler, sentriollerin etrafında toplanır. Helezonları çözülür. Sitoplazma tarafından kromozomların etrafında nukleus zarı oluşturulur. Nukleolus oluşur. Ve meydana gelen iki yavru nukleusta metabolik evre başlar. SİTOKİNEZ Sitoplazma hücre zarından içeriye doğru ve iğ ipliklerine dik bir yönde girinti yapmaya başlar.Karşılıklı gelişen bu girintiler, gittikçe derinleşerek sonuçta sitoplazmanın iki ayrı parçaya bölünmesini sağlar. Böylece tamamlanmış olan mitoz bölünme ile bir hücreden, ana hücre ile aynı sayıda kromozoma sahip iki yavru hücre meydana gelir. Bazen nukleus bölündüğü halde sitoplazma bölünmez ve iki nukleuslu bir hücre oluşur. (Sinsisyum) Çizgili kas dokusunda bu durum görülür. MEİOSİS BÖLÜNME Mayoza hazırlık evresi: Dağılma evresi: Birinci meiosis (Redüksiyon bölünme): - Birinci profaz : - Leptoten: Kromonema ipleri kısalıp kalınlaşmaya başlar. Nukleus zarı henüz mevcuttur. Kromozomlar belirir. -Zigoten: Homolog kromozomlar birbirlerini bularak birleşirler bu birleşme noktalarına sinapsis , görüntüye de bivalent denir. - Pakiten: 4 kromatitli görünen homolog kromozom çiftine tetrad adı verilir. - Diploten: Sinapsis yapan homolog kromozomlar birbirlerinden ayrılırken birkaç noktada birbirlerine dokunurlar ve bu değme noktaları yüzünden X haline benzer bir durum alırlar (Kiazma) . Bağlandıkları yerden kopan homolog kromozomların parçalarının yer değiştirmesine Crossing-over denir. - Diakinez: Parça değişen fakat materyali azalmayan kromozomlar birbirinden ayrılır, spiralleşip kalınlaşır,boyları kısalır ve koyu olarak boyanır.Çekirdekçik kaybolur, çekirdek zarı dağılır ve profaz sona erer. Birinci metafaz: Nukleus zarı erimiştir. Sentriol çiftleri kutuplara gider, iğ iplikleri meydana gelir. Tetratlar ekvatorial düzlemde sıralanır. Birinci anafaz: Homolog kromozomlar bölünmeden sentromerlerinden yakalanarak kutuplara çekilmeye başlarlar. Bu kromozom sayısını haploid duruma düşürür. Birinci telofaz:Kromozomlar interfazdaki durumlarına geçmeye başlar, çekirdek zarı belirginleşir fakat çekirdekçik oluşmaz. Hücre ikiye bölünerek erkekte secunder spermatosit, dişide secunder oosit ve primer kutup hücresi meydana gelir.Böylece haploid kromozomlu olarak birinci mayoz sona erer. İkinci meiosis: Arada bir interfaz evresi yoktur. Mitozun bütün safhaları yeniden tekrarlanır. İkinci profaz:Birinci bölünme sonucunda kendini eşlemiş olan sentrioller, kutuplara doğru giderken aralarında iğ ve hücre zarına doğru aster iplikleri

http://www.biyologlar.com/medikal-biyolojiye-giris

Evrimi Destekleyen Kanıtlar ve Analizleri

Evrim,biyolojinin felsefi bir boyutudur. Evrim konusunu anlayabilmek ve yorumlayabilmek için ,biyolojik bilimler bilgisine genel anlamda sahip olunması gerekir. Biyolojik bilimlerde ne kadar iyi bilgi düzeyine sahipseniz,bu konuda o kadar net yorumlar yapabilirsiniz. Evrimi açıklayabilmek için yararlanılan bilimsel verileri aşağıdaki maddeler halinde özetlemek mümkündür. 1.Paleontolojik(fosil) kanıtlar: Jeolojik devirlere ait katmanların incelenmesi sonucu, geçmişten günümüze," basitten karmaşığa doğru" bir değişim sürecinin yaşandığı tespit edilmektedir. 2.Embriyolojik kanıtlar:Omurgalı embriyonlarının, gelişimlerinin ilk evrelerinde gösterdiği şekil benzerliği, "canlıların ortak atadan evrimleşmesine" kanıt olarak gösterilmektedir. 3.Biyokimya ve Fizyolojik kanıtlar:Evrimsel kriterler baz alınarak yapılan sınıflandırmada, birbirine yakın olan taksonomik kategorilerin, türlerinin protein benzerliği söz konusudur. Bu durum aynı zamanda gen benzerliği demektir. Örneğin :Memelilerin sindirim sitemlerindeki enzimlerin çoğunun benzerliği... 4.Morfolojiden elde edilen kanıtlar: Homolog(kökendeş=ortak bir atadan kalıtılan fakat farklı görevler yapan) organların varlığı. Örneğin fok ve kedinin ön üyeleri homolog organlardır. Bu anlamda bazı canlılardaki ön üyeler, örneğin:İnsanda kollar,koyun,at ve kertenkelede ön bacak,fok ve balinada yüzgeç ;kuş ve yarasada kanatlar homolog organlardır. Kuş ve yarasa kanadı bağımsız olarak geliştiğinden kanat olarak homolog organ değillerdir. Ancak her ikisinin anatomisinde homolog kemikler vardır. Bu nedenle kanat olarak analog, ön üye olarak ise homolog kabul edilirler.(Keeton-Gould Genel Biyoloji s520) Anolog (görevdeş=işlev ve çoğunlukla yüzeysel yapıda benzerliği olan fakat kökenleri faklı) organlar bu anlamda kullanılamazlar. 5.Sistematikten elde edilen kanıtlar:Taksonomik kategorilerin oluşturulması sonucu ortaya çıkan düzen ,evrimsel açıdan yakınlıkları da ifade eder. 6.Evcilleştirme olayından elde edilen kanıtlar:Evcileştirilen türlerin, doğal türlerle eşleşebilmeleri, verimli döller oluşturabilmeleri söz konudur. 7.Parazitolojiden elde edilen kanıtlar:Ortak atadan geldikleri var sayılan iç parazitlerin bazılarının ileri derecede farklılaşması söz konusudur. Örneğin insan ve domuz ascaris parazitleri, birbirlerinin konaklarını etkileyemezler. 8.Sitoloji ve genetikten elde edilen kanıtlar:Tüm canlıların hücrelerden oluşması ve hücre içi yapıların ortak olması söz konusudur. Genetik olarak ise şu örnek verilebilir:Hayvanlar (omurgalı(memeliler),omurgasız(böcekler)),bitkiler ve mantarlar alemlerindeki 28 türde mitokondri yapısındaki Sitokrom C'nin amino asit dizisi incelenmiş ve çarpıcı bir benzerlikler gözlenmiştir.(Keeton-Gould Genel Biyoloji s524) 9.Organizmaların coğrafi dağılımlarından elde edilen kanıtlar:Biyocoğrafya da genel olarak kabul edilen bir görüşe göre; "hayvan ve bitki türlerinin tek bir noktadan ve bir defada ortaya çıkmıştır." EVRİMSEL ve EKOLOJİK GENELLEME KURALLARI ALLEN KURALI :Soğuk iklimde yaşayan memeli ve kuşların vücut çıkıntıları ve üyeleri , sıcak iklimde yaşayan akrabalarına göre daha küçüktür. Böylece vücudun dış ortamla temas yüzeyi daha az olduğundan daha az ısı kaybına yönelik bir adaptasyondur. BERGMAN KURALI:Soğuk iklimde yaşayan memeli ve kuşların vücut büyüklükleri ,sıcak bölgelerde yaşayan akrabalarına göre daha büyüktür. Böylece vücut büyüdükçe yüzey/hacim oranı küçülmekte ve daha az sıcaklık kaybı yaşanmaktadır. Klin:Bir türün bir karakterinin coğrafya ile ilişkili göreceli varyasyon göstermesi durumunda ,bu varyasyonlara verilen isimdir."Örnek olarak bir çok memeli ve kuş ortalama vücut büyüklüğü açısından kuzey-güney klinleri gösterirler."(Bergman kuralı) DOLLO KURALI:Evrim bası geri mutasyonların olmasına karşılık,geriye dönük değildir. Sürekli ileriye doğru giden bir düzendedir. COPE KURALI:Omurgalılar, sürekli vücutlarını büyütme eğilimi içindedirler. Vücut büyüdükçe, çevre şartlarına olan bağımlılık(besin açısından) azalacaktır. GLOGER KURALI:Kuzey yarım küredeki kuş ve memeliler,kuzeye doğru gittikçe açık renkli,güneye doğru gittikçe daha koyu renkli olmaktadırlar. GAUS KURALI: Aynı habitatta aynı nişi gerçekleştiren iki tür uzun süre birlikte kalamazlar. Güçlü olan diğerini baskılar ve dışlar.Zayıf olan tür zamanla tükenebilir.

http://www.biyologlar.com/evrimi-destekleyen-kanitlar-ve-analizleri

TEMELİNDE DİKROMAT BULUNAN TESPİT SOLUSYONLARI

Kromik asit ve bunun tuzları dokuya az nüfuz eder ve tam olmayan tespit edicilerdir. Potasyum dikromat hücrenin stoplazmik yapısını iyi korur fakat nükleusları bozar. Yağları eritmez. Kullanılacağı zaman tek başına kullanılmaz. Bir takım karışımın terkibine girer. A – Tellyernicki fiksatifi% 3’lük Potastum dikromat …………………………………….95 cc.Asetik asit ……………………………….……………………………5 cc. Kullanılacağı zaman bu 2 solusyon birbiri ile karıştırılmalıdır. Tespit Süresi: Parçanın büyüklüğüne göre 1-2 gündür. Tespit işlemi karanlıkta yapılmalıdır. Yıkama:  24 saat su ile yıkanır sonra % 70’lik alkolde 24 saat yıkanır. Yıkamada karanlıkta yapılmalıdır.   Üstünlükleri:   Asetik asit bulunması nedeniyle dokuya hızlı nüfuz eder. Nükleusu bozmaz. Dikromatın dokuya nüfuzu yavaş olduğundan stoplazmik proteinlerde bozulmaz. Ayrıca yağlarda erimez. Sakıncaları: Asetik asit bulunması nedeniyle mitokondriler tahrip olur. Tespit süresi uzarsa nükleusların boyanması zorlaşır. B – Regaud fiksatifi% 3 ‘lük potasyum dikromat …………………………40 ccFormaldehit  ……………………………………………. 10 ccTespit Süresi:  Parçalar karanlıkta 24 saat veya daha fazla süre bekletilerek tespit edilir. Mitokondri ve stoplazmik granüller için iyi bir fiksatiftir. Yıkama:  24 saat kadar akan çeşme suyunda olur.   Üstünlükleri:   Stoplazmik yapılar iyi korunur. Stoplazmik lipitler bozulmaz ve iyi boyanır. Sakıncaları : Fiksatif dokuya geç nüfuz eder. Dokunun merkezi kısmında meydana gelecek olan bozulmadan (erimeden)  sakınmak için parçaların küçük olmasına dikkat edilir. Parçaların bazı boyalarla boyanmaları güçleşir. Tespit süresi uzadığı takdirde hemotoksilen boyası ile nükleus boyanması zorlaşır.

http://www.biyologlar.com/temelinde-dikromat-bulunan-tespit-solusyonlari

Mantarların Sınıflandırılmaları ve İsimlendirilmeleri

Mantarlar kök, gövde, yaprak, çiçek ve klorofile sahip olmayan ökaryotik, heterotrofik çok hücreli organizmalardır. Klorofilin bulunmaması nedeniyle fotosentez olayına rastlanamaz. Çok hücreli ve büyük olmaları, üreme tarzları, yaşam siklusları, çekirdek etrafında bir zarın bulunması, çok kromozoma sahip olması, nukleolus içermeleri ve hücre içi organellerin (mitokondrium, golgi aparatı, endoplasmik retikulum, vesikül, vakuol, vs) bulunmaları gibi nedenlerle prokaryotiklerden ayrılırlar. Mantarlar doğada (kara ve sularda) çok yaygın bir yaşam spektrumu gösterirler. Büyük bir çoğunluğu saprofitik bir yaşantıya sahip olup kendilerine gerekli gıda maddelerini cansız materyallerden ve basit organiklerden temin ederler. Bir kısım mantarlar da, insan ve hayvanların yanı sıra, bitki, balık, kerevit, algler, insektler vs. canlılar üzerinde parazitik, sembiyotik veya komensal bir yaşam içinde bulunurlar. Şimdiye dek 110000' den fazla mantar türü (bunun 30000' den fazlası Basidiomycetes, 30000 den fazlası Deuteromycetes, 30000 den fazlası Ascomycetes sınıflarına aittir) saptanmış olup bazılarının da karakterleri henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Çok doğaldır ki bu kadar fazla ve aynı zamanda çeşitlilik gösteren türlerin bütün özelliklerini ayrıntıları ile saptamak, açıklamak oldukça güçtür ve ayrıca zaman alıcıdır da. Hatta, bazılarının biyokimyasal, sitolojik, fizyolojik ve genetik özellikleri de hala tam bir açıklığa kavuşturulamamıştır. Mantarları klasifiye etmede, bunların başlıca, makroskobik ve mikroskobik morfolojileri, miselyal özellikleri, spor, sporulasyon ve sporangium şekilleri, yaşam siklusları, üreme tarzları ve diğer önemli karakterleri dikkate alınmaktadır. Ancak, bakterilerde olduğu gibi, mantarlarda da henüz kesinleşmiş ve yerleşmiş bir sistematik bulunmamaktadır. Patojenik mantarlar, yukarıda açıklanan kriterler dikkate alınarak bazı sınıflandırmalara tabi tutulmuşlardır. Bunlar da özetle şöyledir: I) Mikroskobik Morfolojilerine Göre Sınıflama Bu sınıflamaya göre, mantarların hifa yapısı (septumlu, septumsuz, branşlı, spiral, makro ve mikro konidiumlar, artrospor, klamidospor, blastospor, vs.), konidiumlar (basit, kompleks, vs.) ve sporangioforların özellikleri dikkate alınır. II) Üreme Özelliklerine Göre Sınıflama 1) Perfekt mantarlar: Seksüel veya hem seksüel ve hem de aseksüel üreme yeteneğine sahip olan mantarlar. 2) İmperfekt mantarlar: Sadece aseksüel üreme sistemine sahip olan mantarlar için kullanılan bir terimdir. Çünkü, böyle mantarların seksüel durumları henüz bilinmemektedir. III)Yerleştikleri Bölgelere Göre Sınıflama 1) Kutan mikozeslere neden olanlar: Bunlar derinin kutan tabakasında yerleşerek hastalıklara neden olurlar. Epidermofiton, Mikrosporum, Trikofiton cinslerine ve diğer cinslere ait mantar türleri gibi. 2) Subkutan mikozeslere neden olanlar: Sporotrichum schenkii, Rhinosporidiumseeberi, vs. mantarlar subkutan dokulara yerleşerek bozukluklara yol açarlar. 3) Sistemik mikozeslere neden olanlar: Bazı mantarlar da çeşitli iç organlara yerleşerek hastalık meydana getirirler. Bunlar arasında, A. fumigatus, C. albicans, B. dermatitidis, C. immitis, C. neoformans, H. capsulatum, N. asteroides, N. brasiliensis vs. vardır. IV) Makroskobik Morfolojilerine Göre Sınıflama Bu tür sınıflamada koloni morfolojisi esas alınmaktadır. Miselyal ve maya benzeri koloniler, difazik ve monofazik mantarlar, yuvarlak, oval, vs. durumlar dikkate alınır. V) Toksin Sentezlemelerine Göre Sınıflama Mikotoksin sentezleyenler ve sentezlemeyenler olarak başlıca iki grup mantar oluşturulabilmektedir. Doğadaki tüm mantarlar Alexopulos (1979'da) tarafından yapılan sınıflamada Mycetae 'ye konulmaktadır. Bu da aşağıda belirtilen tarzda bir taksimata tabi tutulmaktadır. Alem (Kingdom):Mycetae (mantarlar) Divizyon:Mycota Altdivizyon-1 :Myxomycota (hücre duvarı olmayan mantarlar) Altdivizyon-2:Eumycota (hücre duvarı olan mantarlar) Sınıf-1 :Mastigomycotina (zoosporlu mantarlar) Sınıf-2 :Zygomycotina (Zygomycetes) Sınıf-3 :Ascomycotina (Ascomycetes) Sınıf-4 :Basidiomycotina (Basidiomycetes) Sınıf-5 :Deuteromycotina (Deuteromycetes, fungi imperfecti) Mantarlar da aynen bakterilerde olduğu gibi, binomial sisteme göre iki kelime ile adlandırılırlar. Bunlardan ilki cins (genus) adı olup büyük harfle başlar. Diğeri ise tür (species) ismi olup küçük harfle başlar ve yazılır. Bu isimler de italik olarak yazılır. Mantarların alt bölümlerinin belirlenmesinde de, genellikle, bitkilere uyulmaktadır. Bu sıralama şöyledir. Alem, divizyon, alt divizyon, sınıf, altsınıf, order, familya, seksiyon, kabile, cins ve tür. Bu düzenlemeye göre, patojenik bir mantar olan Histoplasma capsulatum'un durumu aşağıdaki gibidir. Alem:Mycetae Divizyon:Mycota Altdivizyon:Eumycota Sınıf:Deuteromycetes Order:Moniliales Familya:Moniliaceae Seksiyon:Amerosporeae Kabile :Eleuriosporeae Cins:Histoplasma Tür:Histoplasma capsulatum Yukarıda açıklanan mantar bölümlerini ifade etmede mantarların sonlarına bazı ekler konulmaktadır. Örneğin, divizyon ...mycota ; sınıf ..mycetes ; alt sınıf ...mycetidae ; order ....ales ; familya ...aceae gibi eklerle ifade edilirler.  

http://www.biyologlar.com/mantarlarin-siniflandirilmalari-ve-isimlendirilmeleri

HİSTOLOGLARCA UYGULANAN BOYAMA İŞLEMLERİ

Histologlarca kullanılan temel boyama teknikleri aşagıdaki tabloda verilmiştir. Tablo :Histolojide Kullanılan Boyama Süreçlerinin Esas Tipleri BOYAMA YÖNTEMİ BELİRLEDİĞİ YAPILAR NEREDE NE İLE 1- Vital Boyama a-partiküllerin Makrofaj sistemi. canlı dokular trypan mavis fagositozu b-canlı yapıların Mitokondri canlı hücreler Janus green spesifik boyanması 2- Seçilen Çözünebilirlik yağ damlacıkları dondurma kesitler Sudan boyaları gibi lizokromlar 3- Renkli kimyasal maddelerin yapımı a-Stabil bileşikler Ferrik demir tüm kesitler Perls' yöntemi b-Stabil olmayan bi- Enzimler özel hazırlanmış kesitler Histokimyasal Yön. 4 -Metal Çöktürme a-Intrasellüler yapılar Melanin tüm kesitler Fontana gümüş b-Fibriller Reticulin tüm kesitler Gümüş yöntemi 5- Boyalarla Boyama a-Genel kimyasal ve Doku yapıları tüm kesitler H+E fiziksel hareketler b-Metakromazi kıkırdak, amyloid " " Thionin, crystal violet c-Bir boyanın lokal DNA parafin kesit Feulgen reak. Şekillenmesi Enzim histokimyasından, gumüş çöktürme yöntemine kadar tüm yöntemlerin fizikokimyasal temelleri aynıdır. Bütün boyama yöntemlerinde sorulacak en önemli sorular şunlardır: a-Doku kompenentleri neden boyanır? b-Neden boyanmış kompenentler boyalı olarak kalırlar? c-Neden tüm kompenentler boyanmazlar?  

http://www.biyologlar.com/histologlarca-uygulanan-boyama-islemleri

PREPARAT BOYAMA TEKNİKLERİ VE BOYALAR

Belki de alınmamaktadır. Negatif boyamada yapıların şekilleri boyanın penetre olrnasından değil boya ile çevrelendiğinden gösterilmektedir. Bazen boyalar yenir. Daha kusursuz olarak, boya reaktifleri organizmanın fizyolojik aktivitelerine bağlı olan değişik yollarla canlı hücre içine alınabilir. Bu ise vital boyama ve supra-vital boyama olarak adlandırılır.Daha da genellersek, boya alınımı, boya-doku veya reaktif-doku affiniteleri nedeniyledir. Bazı doku kompenentlerinin bazı boyalar için yüksek bir affiniteye sahip olduğu söylendiğinde, spesifik kullanım şartlarında-kompenent yoğun olarak boyanacaktır. Öte yandan dokuya boyayı bağladığı düşünülen Coulomb, hidrojen bağı ve diğer bağlar gibi çekici kuvvetleri de açıklamak için de kullanılmaktadır. Bu yüzden affinite, bir boya maddesini boya banyosundan bir kesite transfer olma eğiliminin bir ölçümü olarak düşünülebilir ve affinitenin önemi (büyüklüğü), bu prosese eklenen veya engellenen her faktöre bağlıdır. 1-VİTAL BOYAMA Canlı hücreler, boyama sıvılarındaki ayrışma ile (supra-vital boyama) veya canlı organizma içine boyanın enjeksiyonu ile (intra-vital boyama) boyanabilirler. Bu yöntemler, tespit edilmiş dokudan alınan kesitlere uygulanmaz. Fakat boyanmış kesitlerin karşılaştırılmasında değerli bir kontrol olarak kullanılabilirler. Canlı hücrelerin boyanması için ilk uygulama, önce metilen blue'yu (l887), daha sonra nötral red'i (l894) kullanan Paul Ehrlich' ten gelmiştir. Vital boyamada önce sitoplazmik yapılar ortaya konur. Canlı hücrelerin çekirdek zarı boyalara geçirgen değildir ve canlı çekirdeği boyamak mümkün değildir. Trypan mavisi ile makrofaj sistem hücrelerinin vital boya ile gösterimi, sitoplazmik fagositoza bir örnek oluşturur. Bu boya kolloidaldir. Çini mürekkebi gibi ince süspansiyonlar, Makrofaj Sistemi hücreleri ve diğer hücrelerce fagositik kapasiteleri ile alınmaktadır. Hücresel bileşenlerin gerçek vital boyanması, mitokondrilerin Janus green ile gösterilmesidir. 2-SEÇİLEN ÇÖZÜNURLUKLE BOYAMA Su, hücrenin her tarafında geniş olarak dağıldığı için sulu boyalar uygun değildir ve boyama çok gevşek olacaktır. Dokularda çözünen maddeler ''Lysochrom'' lar olarak bilinmektedir. Hemen hemen tüm lysokromlar lipidde çözünür ve doku kesitlerinde lipidlerin gösterimi için histolojide kullanılırlar. Yağ damlacıkları, eğer boya yağda alkolden daha çözünürse, alkolik solusyonlardaki (sıklıkla % 70' lik) boyalarla seçici olarak renklenirler. Solusyonla başarılı histolojik boyama esas olarak yağ boyaları ile sınırlandırılmıştır ve lysokromlar, parlak renkli, lipidlerde yüksek çözünür olmalı ve seçilen tercihli çözünürlükler hariç diğer hücresel yapıların hiçbirine affinitesi olmamalıdır. 3-DOKULARDAKİ RENKLİ MADDELERİN KİMYASAL URUNLERİ İLE BOYAMA Bazı boyama yöntemlerinde, doku kompenentleri ile reaksiyona girip renkli maddeler üretecek soluk veya renksiz solusyonlar kullanılır. Bu reaksiyonların sonunda oluşan renkli ürünler ya gerçek boyalar veya boya olmayan renkli kimyasal ürünlerdir. Birinci gruba örnek olarak PAS reaksiyonunda kullanılan Schiff reaktifi ve Feulgen reaksiyonu verilebilir. Saman renkli veya renksiz solusyon, dokulardaki aldehitlerin varlığı ile mor renge dönüşür. Histokimyasal reaksiyonların ikinci grubu renkli olan fakat bir boya olmayan final ürününe sahiptir. Reaksiyona örnek olarak demirin gösteriminde kullanılan Perls' reaksiyonu verilebilir. Potasyum ferrosiyanid, potasyum ferric ferrosiyanid (prusya mavisi) oluşturmak için demir iyonları ile birleşir (+3 değerlikli Fe). Bu basit bir kimyasal reaksiyondur. Ürün olan Prusya mavisi bir boya değildir ve boya olarak kullanılmaz. Fakat görülebilen, koyu boyanmış çözünmeyen bir birikimdir. Dokuların böylesi renklendirilmesinin bir diğer değişik tipi enzim histokimyasında görülmektedir. Enzimler, renkli son ürünler oluşturmak üzere kimyasal substratlarla birleşmezler ya enzim aktivitesi olan alanlarda substratları renkli maddelere dönüştürerek ya da iki basamaklı bir reaksiyonda renkli bir bileşikle yer değiştirebilecek renksiz bir ürün oluşturarak substratları üzerine etki yaparlar. Renkli bir final reaksiyon bileşiği üretimi ile ilgili tüm bu yöntemlerin sonuçları benzerdir. Reaksiyonun yoğunluğu, dokulardaki aktif reaktifin miktarı ile orantılıdır. Histolojik kesitlerdeki bu kimyasal reaksiyonların başarısı, aktif hücresel yapıların hücre içindeki orijinal yerlerinde ve orijinal konsantrasyonlarında korunmasına bağlıdır; glikojen veya enzimler gibi stabil olmayan maddelerin kaybından kaçınmak için özel önlemler alınmalıdır. Ayrıca son ürünler opak veya koyu boyanmış olmalıdır. 4-METALİK ÇÖKTÜRME Bazı metalik bileşikler dokular tarafından opak, genellikle siyah birikinti oluşturarak metalik duruma indirgenebilirler. Kolayca indirgendiğinden ve depo edilmiş gümüş stabil olduğundan Ag(NH3)20H çözeltileri histoloji için çok uygundur. Melanin gibi tyrosin türevleri ve intestinal bezlerin Kultschitzky hücre granüllerinde bulunan fenolik bileşikler, görülebilen birikinti oluşturmak üzere Ag(NH3)2)OH’ı indirgeme kapasitesine sahiptir. Bu tip hücreler arjentaffin hücreler bilinirler. (Ag(NH3)2)OH’ ı direkt olarak indirgeyemeyen fakat bunu dışarıdan ilave edilen bir indirgeyicinin eklenmesi ile gerçekleştiren hücreler argirofil hücreler olarak bilinir. Metalik çöktürme aynı zamanda fibrillerin gösterilmesinde kullanılan standart bir yöntemdir. Sinir fibrilleri ve retiküler fibriller gibi diğer fibril1er Ag(NH3)2OH ile birleşirler ve bu transparan indirgenmemiş gumüş, bir fotografik developer tarafından veya tekniğin ikinci basamağındaki diğer bazı indirgeyici ajanlar tarafından opak metalik gümüş olarak fibril1er üzerinde birikebilir. Metalik çöktürme ile boyama, dokulardaki indirgeyici ajanlar yeterli güçte ise tek basamaklı bir teknik olabilir. Fakat fibrillerin impregrasyonla gösteriminde, argirofil hücrelere benzer olarak genellikle iki basamaklı indirgenmeye gereksinim olacaktır. Hassaslaştırıcı ajanların ve gümüş yöntemlerinin varyasyonlarını kullanarak, birçok hücresel yapı, pigmentler, spiroketler ve funguslar metalik impregnasyonla gösterilebilir. 5-DOĞAL VE YAPAY BOYALARLA BOYAMA Boyama tekniklerinin büyük bölümü bu gruba girmektedir. Ticari boyalara ait bilgilerin histolojiye aktarımı, dokularla boya kombinasyonları ile ilgili birçok faktörü anlamamıza yardım etmiştir. Histolojide Kullanılan Boyalar Histolojide iki tip boya kullanılmaktadır. Bunlar: a-Doğal boyalar b-Yapay (sentetik) boyalar dır. Doğal Boyalar: Örnek/ Carmin ve Hematoksilendir. Carmin boyası, Orta Amerika sulak ormanlarında yaşayan Dactylopius cacti türü dişi böceğin (kırmız böceği) kurutulmuş gövdelerinden elde edilir. Carminik asit, kırmız böceğinin suda kaynatılması ile ve kimyasal saflaştırmayı takiben ekstre edilmesi ile elde edilmektedir. Kaba form olan Carmin, kırmızın potasyum alimunyum sulfatla çöktürülmesi ile hazırlanır. Hematoksilen ise Meksika'dan orijin almış ve Jamaika'da ıslah edilmiş Haematoxylen campechianum türü küçük bir ağacın tahtalarından ekstrakte edilmektedir. Hematoksilen histolojide en çok kul1anılan boyalardandır. Hematoksilenin doğal formunun boyama yeteneği çok azdır veya yoktur. Bu nedenle ya hava ile temas ederek doğal yoldan ya da sodyum iodat veya mercuric oksit gibi oksitleyici ajan kullanarak kimyasal yoldan hemateine okside olması gerekmektedir. Yapay Boyalar: Kömür-gaz endüstrisinde kömürden elde edilen organik bileşiklerdir. Son yıllarda petrol yağları önemli bir alternatif kaynak haline gelmiştir. Benzen, toluen ve naftalin gibi hidrokarbonlar; fenol ve cresol' ler gibi fenoller primer ürünlerdir. Yapay boyaların büyük bir bölümü üç olası alternatif yapısal formülü bir türevli moleküldür (Şekil ) a-Benzen b-Quinone c-Anilin Resonans, ışığın absorbsiyonu ve renk oluşumu ile ilgilidir. Benzen renksiz bir bileşik olmasına rağmen, ultraviyole bandında bir absorbsiyon bandına sahiptir ve eğer gözlerimiz ultraviyole ışığa duyarlı olsaydı benzen renkli görünecekti. Benzenden renkli bir bileşik yapmak için, bazı kimyasal değişiklikler yapmaya gereksinim vardır ve renk oluşturan kimyasal konfügirasyonlar "kromofor ‘ lar olarak bilinmektedir. Üç esas tip chromofor vardır (Şekil ). Bunlar: l-Quinonoid halka (genellikle paraquinonoid, bazen orto-quinonoid) 2-Azo-eşlenme 3-Nitro-gruplanma, NO2 d-Nitro-gruplanma(nitrobenzen) QİNONE, sarı renkte, önemli bir kromofor içeren bileşiktir. Daha kompleks organik bileşiklerde bir quinonoid halkanın bulunuşu, parlak daha koyu renkler oluşturur. Kromoforları içeren bileşikler ' Kromojen' ler olarak bilinirler. Dokuları ve kumaşları renklendirirler. Oluşan renkler sabit değildir ve basit solusyonlarda yıkama ile kolaylıkla uzaklaşabilirler. Kromojenler solusyonlarda moleküller oluşturarak çözünürler. Halbuki tatmin edici boyalar iyonlar şeklinde çözünürler. Bir kromojeni gerçek bir boyaya çevirmek için iyonize edici bir grubun ortama verilmesine gereksinim vardır.Bu iyonlaştırıcı gruplar ''auxokrom'' lar olarak bilinirler ve rengin yoğunluğunu artırırlar. Auxokromlar ya asidik veya baziktirler ve tüm molekülün boyanma hareketini belirleyen boya parçalarıdır.En önemli bazik auxokrom, amino-qrubu (-NH2) dur. Boya endüstrisinin temelini oluşturan anilin halkayı içeren boyalar (Şekil-c), histolojide birçok boyama tekniğinde hala kullanılmaktadır. Asidik auxochromlar ise şunlardır: sülfür grubu (-SO3)  karboksil grubu (-COOH)  hidroksil grubu (-OH) Bir boya bileşiği içeren asidik veya bazik auxokromların büyük bir bölümü, bazik (katyonik) veya asidik (anyonik) boya karakterlerinin gücünü belirler. Bir bazik ve bir asidik gruba sahip boyalar baziktir ve bazik grup predominanttır fakat asidik grubun varlığı ile boyama özelliği zayıflamıştır. Boyalar modifier ' ler olarak adlandırılan ve boyanın rengini değiştirme etkisine sahip ek kimyasal gruplar içerirler. Bunlar metil (-CH3) veya etil (-C2H5 grupları olabilir ve boyanın rengini daha belirginleştirirler. Rosanilin, pararosanilin' den rengi biraz daha mavi yapan bir metil grubuna sahip olması ile ayrılır. Eğer bazik amino-auxochromların hidrojenleri metil veya aril grupları ile yer değiştirirse, boya daha mavi olur. Kristal viyole birden fazla modifiere sahip boyalara örnek olarak verilebilir. Şöyleki, bir koromofor ile renklenmiş ve bir auxokrom ile iyonize edilmiş organik bileşikten oluşmuş bir boyanın final rengi, bir modifier ile değiştirilir veya kuvvetlendirilir. Örnekler aşağıda verilmiştir. QUİNONOİD BOYALAR: Asit ve bazik fuksin Krista1 viyole Anilin blue Eozin Thionin Metilen blue Nötral red Doğal boyalardan hematein ve karminik asit AZO BOYALAR : Küçük bir boya grubudur . Orange G Congo Red Trypan blue NİTRQ BOYALAR :En küçük boya grubudur. Pikrik asit (trinitrofenol) Aurantia a-Quinoid boya (hematein) b-Azo boya (Orange G) c-Nitro-boya (Pikrik Asit)

http://www.biyologlar.com/preparat-boyama-teknikleri-ve-boyalar

Hücre  <b class=red>Mitokondri</b> ve Plastitler

Hücre Mitokondri ve Plastitler

Mitokondri ve kloroplastın yapısı, ortak ve farklı yönleri, kromoplast, lökoplast anlatılmaktadır.

http://www.biyologlar.com/hucre-mitokondri-ve-plastitler

 
3WTURK CMS v6.03WTURK CMS v6.0