Biyolojiye gercekci yaklasimin tek adresi.

Arama Sonuçları..

Toplam 14 kayıt bulundu.
Mide Kanserinde <b class=red>MikroRNA</b> Deregülasyonu ve <b class=red>MikroRNA</b> Hedeflerinin Mekanizmaları

Mide Kanserinde MikroRNA Deregülasyonu ve MikroRNA Hedeflerinin Mekanizmaları

Mide kanseri dünya çapında kansere bağlı ölümlere neden olan bir genetik hastalıktır. Bu hastalık üzerine her ne kadar çalışma yapılmış olsa da mide tümör oluşumunun ,yayılmasının ve metastasının moleküler mekanizması hala açıklanamamıştır.

http://www.biyologlar.com/mide-kanserinde-mikrorna-deregulasyonu-ve-mikrorna-hedeflerinin-mekanizmalari

XXIV.Ulusal Biyokimya Kongresi

XXIV.Ulusal Biyokimya Kongresi

Değerli Meslektaşlarım, Sizleri 25 - 28 Eylül 2012 tarihlerinde, tarih öncesi dönemden beri pek çok Anadolu Medeniyetine beşik olmuş, kucak açmış Konya’da, Hazreti Mevlana’nın kentinde yapılacak olan XXIV.Ulusal Biyokimya Kongresi ve Kongre öncesinde ve sonrasında gerçekleştirilecek olan çalıştaylara katılmaya davet etmekten onur duyuyorum. Açılış Konferansı, kongremizin de ana konusunu oluşturan Tıbbi Laboratuvarlarda İzlenebilirlik – Standardizasyon – Harmonizasyon üzerine Prof. Dr. Lothar Siekmann tarafından yapılacaktır. Prof. Siekmann, Joint Commission for Traceability in Laboratory Medicine (JCTLM) Yönetim Kurulu Üyesi, kuruluşun IFCC Temsilcisi ve JCTLM Reference Measurement Laboratories Çalışma Grubu Başkanı olup, izlenebilirlik – standardizasyon - harmonizasyon alanında en yetkin bilimcilerden biridir. Konuşmasının meslektaşlarımız için ilgi çekici olacağını düşünüyoruz. Kongre bilimsel programında bu yıl çok sayıda genel konferans da bulunmaktadır. Bunların başında “keynote” konuşmacılarımızdan Prof. Dr. Sevil Atasoy’un yapacağı Kepçe Kulaktan Kesik Kulağa Biyokriminolojinin Önlenemez Yükselişi başlıklı konuşma tüm katılımcılarımızın dikkatini çekecektir. Ayrıca, son zamanlarda yeniden canlanan Kolesterol, Dislipidemiler ve Statinler konusundaki tartışmalara klinisyenlerin nasıl baktığına yönelik olarak Kardiyolog Prof. Dr. Sinan Aydoğdu tarafından Klinisyen Gözüyle Kolesterol Tartışmalarına Güncel Bakış başlıklı bir genel konferans verilecektir. Son zamanlarda gerek tıp alanında, gerekse özel olarak tıbbi laboratuvar alanında önemli gelişmelerin olduğu Nanoteknoloji konusunda ise başarılı genç bilim insanlarımızdan Dr. Selman Yavuz tarafından Nanoteknoloji, Tıp ve Laboratuvar başlıklı bir genel konferans verilecektir. Bunlara ek olarak Prof. Dr. Reşat Apak, oksidatif stres, antioksidan aktivite/kapasite çalışmalarında kullanılan CUPRAC yöntemi konusunda Antioksidan Aktivite/Kapasite Tayin Yöntemleri, CUPRAC Yöntemi ve İnsan Sağlığındaki Önemi başlıklı, Prof. Dr. Sema Genç ise gene güncel bir konu olan osteoporoz üzerine Osteoporoz: Klinik ve Laboratuvar Yaklaşım başlıklı birer genel konferans vereceklerdir. Kongre bilimsel programında her zaman olduğu gibi Laboratuvar Yönetimine yönelik oturumlar bulunmaktadır. Bunlardan birisi tıbbi laboratuvarlarda ISO 15189 akreditasyon süreci ve hizmet kailte standartları üzerine düzenlediğimiz bir panel olup, panelde Sağlık Bakanlığı ve TÜRKAK’ın katkılarıyla birlikte akreditasyon alanında önemli yol kat etmiş meslektaşlarımız tarafından aktarılacak bilgilere ulaşacağız. Laboratuvar Yönetimi alanındaki diğer oturum ise, yakın zamanda kaybettiğimiz, derneğimizin kurucu üyesi Uzm. Dr. M. Engiz Tezcan anısına düzenlediğimiz Yalın Laboratuvar Yönetimi, Klinisyen Laboratuvarcı İlişkisi, Hasta Güvenliği, Kritik Değerlere Yaklaşım, Risk Yönetimi ve Kaliteye Etkisi, Biyolojik Varyasyon ve Laboratuvar Sonuçlarına Katkısı, Sağlık Bakanlığı’nın Laboratuvar Hizmetleri Dairesi’nin Güncel Çalışmaları ve Hedefleri konularının işleneceği bir paneldir. Laboratuvar Yönetimi ile ilgili diğer bir panelde, IFCC Referans Aralık Komitesi Başkanı Prof. Dr. Kiyoshi Ichihara’nın yürüttüğü Küresel Referans Aralık Çalışması ve bununla bağıntılı olarak ülkemizde yapılan çok merkezli referans aralık çalışmalarının sonuçları Prof. Dr. Yahya Laleli ve Prof. Dr. Yeşim Özarda’nın katkılarıyla tartışılacaktır. Bilimsel programda yer alan dikkat çekici oturumlardan tüm katılımcıların ilgisini çekeceğini düşündüğümüz ve birisi Prof. Dr. Mustafa Gültepe moderatörlüğünde yapılacak olan Tek Karbon Metabolizması ve Nörokimya üzerine, diğeri Prof. Dr. Arzu Seven moderatörlüğünde yapılacak olan Endoplazmik Retikülum Stresi ve Metabolik Homeostaz üzerine, bir diğeri ise Prof. Dr. Ali Ünlü moderatörlüğünde yapılacak olan, güncel ve popüler bir konu olan Gıda, Vitamin ve Eser Element Destekleri üzerine konuşmalar içeren üç paneldir. Programda her zaman olduğu gibi tıbbi laboratuvar alanında yeniliklere iki panelde yer verildi. Bunlardan birisi son zamanların gözde konusu MikroRNA’lar ve Tıbbi Laboratuvar üzerine olup yakın zamanda kaybettiğimiz Hocamız Prof. Dr. Yavuz Taga anısına düzenlenmiştir, diğeri ise bizzat uygulayıcıları tarafından aktarılacak olan moleküler tanıya yönelik çalışmalar üzerinedir. Tıbbi biyokimyada özel konular kapsamında yer verdiğimiz ve bizzat uygulayıcılar tarafından verilecek olan Adipokinler ve Alkolik Olmayan Yağlı Karaciğer, Lizozomal Depo Hastalıklarında Otofaji, Siklik Nükleotid Fosfodiesterazlar ve Klinik Önemi, Gen Klonlanması ve İfade Seviyesinin Belirlenmesinde Yenilikler konulu konferansların da ilgi çekeceğini düşünüyoruz. Eğitim hemen her kongremizin bilimsel programında yer verdiğimiz bir alandır. Bu kapsamda programda iki panel bulunmaktadır. Bu panellerin birisinde lisans düzeyinde biyokimya laboratuvar eğitimi her yönüyle tartışılacaktır. Diğeri ise tarihçesiyle birlikte biyokimya uzmanlık eğitiminin, ülkemiz gerçeklerinin ve özellikle Avrupa’daki durumun tartışılacağı Uzmanlık Eğitimi Panelidir. Eğitim alanında ayrıca tüm katılımcıların ilgisini çekeceğini düşündüğümüz ve Türk Biyokimya Dergisi Baş Editörü Prof. Dr. Yahya Laleli moderatörlüğünde yapılacak olan Bilimsel Makale Yazımı konusundaki panelin de çok yararlı olacağına inanıyoruz. Bu yıl 11-12 Mayıs tarihinde Ankara’da düzenlediğimiz, çok ilgi çekmesi ve istek gelmesi üzerine Kongre öncesinde yapacağımız bir günlük Kalite Kılavuzları Temelinda Laboratuvar Hesaplamaları Kursu ve Kongre sonrasında yapacağımız, gene bir günlük LC-MS/MS ve GC-MS/MS uygulamalarının yer aldığı Laboratuvarların Yeni Gözdesi Kütle Spektrometreleri ve Klinik Uygulamaları Kursu ile ilgili bilgilere kongre sitemizden ulaşabilirsiniz. Sınırlı sayıda katılımcının yer alacağı bu kurslar için çok gecikmeden başvuru yapmanızı öneririz. Bu Kongre’de yukarıda aktardıklarımızın yanı sıra sözlü sunumlar için de önemli bir zaman ayrılmıştır. Ayrıca, genç katılımcılar için kısmi yol ve kalacak yer desteği sağlamak üzere TUBITAK’a başvuru yapılacaktır, lutfen şimdiden Dernek’e başvurunuzu yapınız. Kapanış sırasında, Bilimsel Komite tarafından seçilmiş on poster arasından, kura ile belirlenen bir katılımcıya, bir diz üstü bilgisayar, diğer dokuz katılımcıya ise kitap hediye edilecektir. Ayrıca, orada bulunan katılımcılar arasından, kura ile belirlenecek, beş meslektaşımız TBD 2013 yılı Kongresine katılım ücreti ödemeden katılabileceklerdir. Kongre’de sunulan tüm çalışmalar, SCI Expanded, Journal Citation Reports/Science Edition, Chemical Abstracts, Directory of Open Access Journals, Index Copernicus, EmbaseScopus, indekslerinde indekslenen "Turkish Journal of Biochemistry-Türk Biyokimya Dergisi", özel sayısında yer alacaktır. Bu yıl kongrede önceki yıllara göre sosyal programa daha geniş yer ayrılmıştır. Bu kapsamda 25 Eylül'de Dedeman Otel'de gerçekleşecek Açılış Kokteyli ile başlayan, 26 Eylülde yer alacak Panoramik Konya Turu ve sonrasında gerçekleştirilecek olan Semazen Gösterisi ve Akşam Yemeği ve 27 Eylül akşamı tarihi Zazadin Han’da verilecek olan yerel yemeklerin sunulacağı akşam yemeği ile devam eden programa hepinizi davet ediyoruz. Kongremiz, her zaman olduğu gibi, 28 Eylül akşamı yapılacak olan Kapanış Töreni ve Gala Yemeği ile sonuçlanacaktır. Değerli Meslektaşlarım, Hepinizi bu zengin bilimsel ve sosyal programı paylaşmaya, kongremize katılmaya davet ediyoruz. Kongremize gösterdiğiniz ilgiden dolayı şimdiden teşekkür ederiz. Ek olarak, biyokimya ve ilgili tüm alanlarda yeni bilimsel gelişmelerin paylaşılacağı bu bilimsel toplantıların gerçekleştirilebilmesi için maddi desteklerini esirgemeyen ve teknolojik gelişmeleri standlarına taşıyarak laboratuvarlarımızın çağdaşlaşmasına katkıda bulunan diyagnostik firmalarını da 24. Ulusal Biyokimya Kongresi’nde, tüm meslektaşlarımızla birlikte aramızda görmekten mutluluk duyacağımızı belirtmek isterim. Saygılarımla,Prof. Dr. Nazmi ÖzerTürk Biyokimya Derneği Başkanı   Resmi Web Sitesi: http://www.biyokimyakongresi.org/kayit-ve-konaklama/konaklama-bilgileri/

http://www.biyologlar.com/xxiv-ulusal-biyokimya-kongresi

Genetik kod nedir ?

Genler, fonsiyonel etkilerini, genellikle, hücredeki fonksiyonların çoğundan sorumlu, proteinlerin üretimiyle ifade ederler. Proteinler amino asit zincirleridir ve bir genin DNA dizisi (bir RNA aracılığıyla) bir proteinin kendine has dizisini üretmede kullanılır. Yazılım (transkripsiyon) denilen bu süreç, genin DNA dizisine kaşılık gelen bir diziye sahip bir RNA molekülü üretimiyle başlar. Ardından, bu mesajcı RNA molekülü translasyon denilen bir süreçle, RNA dizisindeki enformasyona karşılık gelen bir amino asit dizisi üretmede kullanılır. RNA dizisindeki her üç nükleotitlik grup bir kodon olarak adlandırılır, bu kodonların her biri proteinleri oluşturan 20 amino asitten birine karşılık gelir. RNA dizisi ile amino asitler arasındaki bu ilişkiye genetik kod adı verilir. Bu enformasyon akışı tek yönlü olur; yani enformasyon nükleotit dizilerinden proteinlerin amino asit dizisine aktarılır, proteinden DNA dizisine aktarılmaz. Bu olgu Francis Crick tarafından “moleküler biyolojinin merkezî dogması” olarak adlandırılmıştır. Bir proteini amino asit dizisi, o proteinin üç boyutlu yapısını oluşturur ki, bu da proteinin fonsiyonuyla yakından ilişkilidir. Bunlardan bazıları, kollajen proteinince oluşturulmuş lifler gibi, basit yapılı moleküllerdir. Enzim denen proteinler başka proteinlere ve basit moleküllere bağlanabilirler, bağlandıkları moleküllerdeki kimyasal reaksiyonları kolaylaştırarak (proteinin kendi yapısını değiştirmeksizin) katalizör rolü oynarlar. Proteinin yapısı dinamiktir; örneğin hemoglobin proteini, memeli kanında oksijen moleküllerinin alınması, taşınması ve salınmasını kolaylaştırırken eğilip bükülerek farklı biçimler alır. DNA’daki tek bir nükleotitin farkı bile, bir proteinin amino asit dizisinde bir değişikliğin olmasına neden olabilir. Proteinlerin yapıları kendi amino asit dizilerinin sonucu olduğu için de, böyle bir değişiklik o proteinin özelliklerini değiştirebilir; örneğin proteinin özelliklerini, o proteinin yapısında istikrarın bozulmasına veya o proteinin diğer protein ve moleküllerle etkileşiminde değişiklikler olmasına yol açacak şekilde, değiştirebilir. İnsanlardaki kalıtımsal hastalıklardan orak hücre anemisi adlı kan hastalığı bu duruma örnek olarak gösterilebilir. Bu hastalık, hemoglobinin β-globin bölümünü belirleyen kodlama bölgesindeki tek bir baz farklılığından kaynaklanır; bu bir bazın farklı olması, hemoglobinin fiziksel özelliklerinin değişmesine yol açan bir amino asiti değişikliğine neden olur. Fiziksel özelliklerinin değişmesinin sonucunda ortaya çıkan hemoglobinin “orak hücre” versiyonları, birbirlerine yapışırlar, üstüste yığılarak lifler oluştururlar. Bu lifler proteini nakleden alyuvarların biçiminin bozulmasına yol açar. Orak biçimli hücreler kan damarları içinde rahat akamazlar, parçalanma veya damarı tıkama eğilimlidirler. Bu sorunlar sonunda kişide bu hastalıkla ilgili tıbbi rahatsızlıklara yol açar. Bazı genler RNA’da kopyalanmakla birlikte proteine çevrilmezler ki, bunlara “kodlamayan RNA” molekülleri denir. Bu ürünler, bazı durumlarda, kritik hücre fonksiyonlar ile ilgili yapılarda rol alırlar (Ribozomal RNA, taşıyıcı RNA gibi). RNA aynı zamanda, diğer RNA molekülleriyle "hibridizasyon" etkileşimleri yoluyla düzenleyici etki rolüne sahip olabilir. (Örneğin mikroRNA)

http://www.biyologlar.com/genetik-kod-nedir-

Nükleik Asitler

Nükleik Asitler

Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden oluşmuş polimerlerdir. En yaygın nükleik asitler deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA)'dır. İnsankromozomlarını oluşturan DNA milyonlarca nükleotitten oluşur. Nükleik asitlerin başlıca işlevi genetik bilgi aktarımını sağlamaktır, ancak bazı RNA türleri katalizör olarak da işlev görürler. RNA'yı oluşturan kimyasal gruplar. P, fosfat; Z, riboz şeker; A, C, G, U, sırasıyla adenin, sitozin, guanin ve urasil. Zincirin doğrultusu şekerlerin 5' ve 3' karbonlarının sırası tarafından belirlenir. Nükleik asitler başlıca hücre çekirdeğindeheterosiklik bir baz, 2) beş karbonlu (pentoz) bir şeker ve 3) bir fosfat grubu. RNA'da bulunan şekerriboz, DNA'da ise deoksiribozdur. DNA ve RNA içerdikleri azotlu bazlarda da farklılık gösterirler: adenin, guanin ve sitozin her ikisinde, timin yalnızca DNA'da, urasil ise yalnızca RNA'da bulunur. bulunmalarından dolayı keşfedildiklerinde bu şekilde adlandırılmışlardır. Bu polimerleri oluşturan nükleotid birimlerin her biri üç bölümden oluşur: 1) Azotlu RNA molekülleri ilk sentezlendiklerinde bu dört temel bazdan oluşmalarına rağmen bazı RNA türleri sonradan enzimler tarafından modifikasyona uğrarlar ve başka tür bazlar da içerebilirler. RNA moleküllerinde bulunan, değişime uğramış (modifiye) baz türlerinin sayısı yüze yakındır. Nükleik asitlerin dizinleri onları oluşturan nükleotitler bir harflik kısaltmalarla yazılırlar. Adenin, sitozin, guanin, timin ve urasilin kısaltmaları sırasıyla, A, C, G, T ve U'dur. Dizinin yazılış yönü şekerlerin 5' ve 3' karbonlarının zincir üzerindeki sırasına göredir, bilimsel konvansiyonda dizinler şekerlerin 5'-3' karbonlarının doğrultusunda okunurlar. Nükleik asitler tek bir zincirden oluşabildikleri gibi birbirine sarılmış iki zincirden de oluşabilirler. Spiral merdiven görünümlü bu yapıya çift sarmal denir. Çift sarmallı bir nükleik asitteki iki zincir aralarında oluşmuş hidrojen bağları ile birbirlerine bağlıdırlar. Bazı tek zincirli nükleik asitler de kendi üzerlerine katlanıp iki sarmallı bölgeler oluşturabilir. DNA genelde çift sarmallı olmakla beraber bazı virüslerin içerdikleri DNA tek zincirlidir. RNA molekülleri de genelde tek zincirden oluşmakla beraber bazı virüslerin içinde çift sarmallı RNA bulunur. Nükleik asit zincirindeki şeker ve fosfat grupları değişimli olarak birbirine bağlıdır, oksijen atomlarının paylaşılmasıyla oluşan bu bağlara fosfodiester grubu denir. Fosfat grupları şeker molekülünün 3' ve 5' karbon atomlarına bağlıdır. Azotlu bazlar pentoz halkasının 1' karbonuna bağlıdır. Çift sarmallı nükleik asitlerde şeker-fosfatlı zincirler silindirik yapının dışında yer alır, azotlu bazlar ise bu yapının ortasına doğru uzanarak birbirleriyle hidrojen bağları oluştururlar. Hidrojen bağı kurmuş her bir baz çiftindeki bazlardan biri pürin sınıfından, öbürü pirimidin sınıfındandır, bunların toplam uzunluğu sabittir. Genelde çift sarmalın genişliği onu oluşturan baz dizininden bağımsız ve sabittir. DNA'da adeninin her zaman timin ile, guanin de her zaman sitozin ile eşlidir. Bu baz çiftelerine tümleyici bazlar denir. Bu eşlenmenin gerçekleşmesi için iki zincir birbirlerine göre ters yönde akarlar. Yani iki sarmalın dizini iki satır olarak yazıldıklarında bir satırdaki dizin 5'-3' yönünde, öbür satırdaki ise 3'-5' yönündedir. Bu iki dizinden biri öbürünün tümleyici dizinidir. Baz eşlenmesinin bir diğer sonucu da iki zincirin birbirlerine sarılarak spiral merdiven gibi bir yapı oluşturmalarıdır. Bu çift sarmal genelde sağ el kuralına göre döner, bir dönmesinde 10 baz çifti vardır. James Watson ve Francis Crick DNA'nın bu üç boyutlu yapısını keşfedip 1962'de Nobel Tıp veya Fizyoloji ödülünü kazandılar. İşlevleri Nükleik asitlerin hücrede, bilgi depolama ve aktarımında önemli bir rol oynarlar. Dört temel taştan uzun polimerler oluşturabilmeleri, ayrıca bazların birbiriyle hidrojen bağı kurma özelliği, DNA'nın kendini ikilemesi, DNA'daki bilginin RNA'ya kopyalanması (transkripsiyon) ve diğer önemli hücresel süreçlerde kullanılır. Bilgi aktarımı Baz eşlenmesinin genetikte bilginin kopyalanması ve korunumunda çok önemli bir rol oynar. Hidrojen bağları, eşlenmiş bazları bir arada tutacak kadar güçlü, ancak iki nükleik asit zinciri ona etki eden çeşitli enzimler tarafından birbirinden kolaylıkla ayrılabilecek kadar zayıftır. Örneğin, DNA polimeraz enzimi tarafından katalizlenen DNA'nın kopyalanmasında iki zincir birbinden ayrılır, ve her bir bazın karşısına onu tamamlayıcı bazı içeren nükleotid yerleştirilerek yeni bir zincir oluşturulur. DNA'daki bilginin RNA'ya kopyalanması da benşâzer bir mekanizmayla gerçekleşir. Baz eşlenmesinin hücreye sağladığı bir diğer fayda, çift sarmalda bilginin iki kopya olarak saklı olmasıdır. DNA kopyalamasında meydana gelebilen hatalar bu sayede hücredeki hata kontrol mekanizmaları tarafından algılanıp tamir edilir. DNA molekülünün çift sarmal yapısının aksine RNA, tek zincirli olmasından dolayı çok çeşitli şekiller alabilir. Bunları belirleyen, nükleotitlerinin diziliş sıralaması, yani dizinidir. Molekülün farklı bölgeleri tümleyici dizinlere sahipseler oralardaki bazlar birbirleriyle hidrojen bağları oluşturabilirler. Bu bölgeledeki nükleotitler yapısal bir görev görürler, molekülün diğer kısımlarının ilmik veya saç firketesi gibi şekillere girmelerini sağlarlar. Karmaşık üç boyutlu şekiller oluşturabilmek RNA'nın başka moleküllerle etkileşiminde ve katalitik işlevlerinde önemlidir. Bazı RNA molekülleri bir iskelet görevine sahiptir, çok sayıda proteinden oluşmuş komplekslerin biraraya gelmesi ve beraber kalmalarını sağlar. Bir örnek, protein sentezinde görev alan taşıyıcı RNA (tRNA) molekülleridir, bunların kendilerine has şekilleri hem ribozomdaki enzimler ve rRNA tarafından tanınmalarını sağlar hem de taşıdıkları aminoasitin ribozom üzerinde doğru noktaya yanaşmasını sağlarlar. Katalitik RNA molekülleri enzim gibi çalışabilirler. Bu moleküllerin üç boyutlu yapıları öyledir ki içerdikleri bazların reaktif grupları bir kimyasal reaksiyonu katalizleyebilecek bir konumdadır. Bazı mRNA molekülleri bu şekilde kendi kendilerini kesme özelliğine sahiptirler. Ribozomlardaki ribozomal RNAaminotransferaz (rRNA) molekülü de reaksiyonunu katalizleyerek protein sentezinin gerçekleşmesini sağlar. Gen ifadesinin denetimi DNA ve RNA'nın içerdiği bazı dizinler DNA ve RNA'yı okuyan enzimlerin işleyişine etki edebilirler. Bu dizinleri tanıyan bir protein doğrudan oraya bağlanabilir. Bunun gen ifadesine etkisi duruma göre olumlu veya olumsuz olabilir. Mesajcı RNA (mRNA) durumunda, kendisiyle baz eşleşmesi yaparak oluşabilen çift sarmallı bir yapı ya bir proteinin ona bağlanmasına neden olabilir, ya da, aksine, üzerinde ilerlemekte olan bir ribozomun ondan ayrışmasına neden olabilir. MikroRNA (miRNA) adı verilen kısa RNA'lar ise mRNA ile eşleşerek çift sarmallı bir yapı oluşturur, bu da o mRNA'nın proteine çevirisini engeller.

http://www.biyologlar.com/nukleik-asitler-1

Genetik Kod Nedir ?

Hemoglobinin dinamik yapısı, memelinin kanındaki oksijen aktarımından sorumludur. Tek bir aminoasit değişikliği hemoglobinin lifler oluşturmasına yol açabilir. Genler, fonsiyonel etkilerini, genellikle, hücredeki fonksiyonların çoğundan sorumlu, proteinlerin üretimiyle ifade ederler. Proteinler amino asit zincirleridir ve bir genin DNA dizisi (bir RNA aracılığıyla) bir proteinin kendine has dizisini üretmede kullanılır. Yazılım (transkripsiyon) denilen bu süreç, genin DNA dizisine kaşılık gelen bir diziye sahip bir RNA molekülü üretimiyle başlar. Ardından, bu mesajcı RNA molekülü translasyon denilen bir süreçle, RNA dizisindeki enformasyona karşılık gelen bir amino asit dizisi üretmede kullanılır. RNA dizisindeki her üç nükleotitlik grup bir kodon olarak adlandırılır, bu kodonların her biri proteinleri oluşturan 20 amino asitten birine karşılık gelir. RNA dizisi ile amino asitler arasındaki bu ilişkiye genetik kod adı verilir. Bu enformasyon akışı tek yönlü olur; yani enformasyon nükleotit dizilerinden proteinlerin amino asit dizisine aktarılır, proteinden DNA dizisine aktarılmaz. Bu olgu Francis Crick tarafından “moleküler biyolojinin merkezî dogması” olarak adlandırılmıştır. Genetik kod: DNA, bir mesajcı RNA aracılığıyla, protein kodlamak için üçlü bir kod kullanır. Bir proteini amino asit dizisi, o proteinin üç boyutlu yapısını oluşturur, ki, bu da proteinin fonsiyonuyla yakından ilişkilidir. Bunlardan bazıları, kollajen proteinince oluşturulmuş lifler gibi, basit yapılı moleküllerdir. Enzim denen proteinler başka proteinlere ve basit moleküllere bağlanabilirler, bağlandıkları moleküllerdeki kimyasal reaksiyonları kolaylaştırarak (proteinin kendi yapısını değiştirmeksizin) katalizör rolü oynarlar. Proteinin yapısı dinamiktir; örneğin hemoglobin proteini, memeli kanında oksijen moleküllerinin alınması, taşınması ve salınmasını kolaylaştırırken eğilip bükülerek farklı biçimler alır. DNA’daki tek bir nükleotitin farkı bile, bir proteinin amino asit dizisinde bir değişikliğin olmasına neden olabilir. Proteinlerin yapıları kendi amino asit dizilerinin sonucu olduğu için de, böyle bir değişiklik o proteinin özelliklerini değiştirebilir; örneğin proteinin özelliklerini, o proteinin yapısında istikrarın bozulmasına veya o proteinin diğer protein ve moleküllerle etkileşiminde değişiklikler olmasına yol açacak şekilde, değiştirebilir. İnsanlardaki kalıtımsal hastalıklardan orak hücre anemisi adlı kan hastalığı bu duruma örnek olarak gösterilebilir. Bu hastalık, hemoglobinin β-globin bölümünü belirleyen kodlama bölgesindeki tek bir baz farklılığından kaynaklanır; bu bir bazın farklı olması, hemoglobinin fiziksel özelliklerinin değişmesine yol açan bir amino asiti değişikliğine neden olur. Fiziksel özelliklerinin değişmesinin sonucunda ortaya çıkan hemoglobinin “orak hücre” versiyonları, birbirlerine yapışırlar, üstüste yığılarak lifler oluştururlar. Bu lifler proteini nakleden alyuvarların biçiminin bozulmasına yol açar. Orak biçimli hücreler kan damarları içinde rahat akamazlar, parçalanma veya damarı tıkama eğilimlidirler. Bu sorunlar sonunda kişide bu hastalıkla ilgili tıbbi rahatsızlıklara yol açar. Bazı genler RNA’da kopyalanmakla birlikte proteine çevrilmezler ki, bunlara “kodlamayan RNA” molekülleri denir. Bu ürünler, bazı durumlarda, kritik hücre fonksiyonlar ile ilgili yapılarda rol alırlar (Ribozomal RNA, taşıyıcı RNA gibi). RNA aynı zamanda, diğer RNA molekülleriyle "hibridizasyon" etkileşimleri yoluyla düzenleyici etki rolüne sahip olabilir. (Örneğin mikroRNA) Doğuştan gelenler - sonradan kazanılanlarSiyam kedilerinin, pigment üretiminde ısıya-duyarlı bir mutasyonları vardır. Genler, bir organizmanın işleyişiyle ilgili tüm enformasyonu içermekteyse de, çevre, nihai fenotipin belirlenmesinde önemli bir rol oynar. Genetik faktör ile çevre faktörü ikilemi, “doğuştan gelenler ile sonradan kazanılanlar” anlamında kullanılan, İngilizce “nature versus nurture” (kısaca, nature vs. nurture, doğaya ve yetişme ikilemi) deyişiyle ifade edilir. Bir organizmanın fenotipi kalıtım ile çevrenin etkileşimine bağlıdır. “Isıya duyarlı mutasyonlar” olgusu bu duruma örnek olarak gösterilebilir. Genellikle, bir protein dizisi içinde değişen bir amino asit, onun davranışını ve diğer moleküllerle etkileşimini değiştirmez; fakat yapının istikrarını bozar. Yüksek sıcaklıkta moleküller daha hızlı hareket ettikleri ve birbirleriyle çarpıştıkları için, böylesi bir amino asit değişimi, proteinde yapısının bozulmasıyla ve işleyişinin zayıflamasıyla kendini gösteren bozukluklara yol açar. Düşük sıcaklıklı ortamlarda ise proteinin yapısı istikrarlı kalır ve işleyişi normal halde devam eder. Bu mutasyon türü siyam kedisinin kürkünde renk bakımından gözle görülür halde kendini gösterir: Pigment üretiminden sorumlu bir enzimdeki mutasyon, derideki yüksek sıcaklıklı bölgelerde yapısal istikrarının bozulmasına ve işleyişinin zayıflamasına yol açmaktayken bacak, kulak, kuyruk gibi daha soğuk bölgelerde protein, işleyişini zayıflatmadan sürdürür; böylece kedi, uç bölgeleri koyu renkli bir kürke sahip olur. Gen düzenlemesi Transkripsiyon faktörleri DNA’ya bağlanarak ilgili genlerin transkripsiyonuna etkide bulunur. Bir organizmanın genomu binlerce gen içermekle birlikte, bu genlerin hepsinin de belirli bir anda aktif olmaları gerekmez. Bir gen, mRNA transkripsiyonu gerçekleştiğinde (ve proteine çevrildiğinde) “ifade olmuş” demektir. Genlerin ifadesini denetleyen birçok hücre yöntemi vardır. Mesela proteinler yalnızca hücre ihtiyaç duyduğunda üretilirler. Transkripsiyon faktörleri genin transkripsiyonunu ya teşvik etmek ya da engellemek suretiyle düzenleyen proteinlerdir. Örneğin, Escherichia coli bakterisinin genomunda triptofan amino asitinin sentezi için gerekli bir seri gen vardır; fakat triptofanın hücrede kullanıma hazır hale gelmesinden sonra, bu genlere artık ihtiyaç kalmaz. Triptofanın varlığı genlerin faaliyetini doğrudan etkiler; triptofan molekülleri “triptofan represörü”ne (bir transkripsiyon faktörü) bağlanırlar, bağlanınca represörlerin yapısını öyle değiştirir ki, represörler genlere bağlanır. Triptofan represörü genlerin transkripsiyonu ve ifadesini durdurur, ve dolayısıyla, triptofan sentezi sürecinin “olumsuz geri beslemeli” (negative feedback) düzenlemesini sağlamış olur. Gen ifadesindeki farklılıklar, özellikle "çok hücreli organizmalar"da belirgindir, bu tip canlılarda hücrelerin hepsi aynı genomu içermelerine karşın, farklı gen kümelerinin "ifadesi"nden kaynaklanan çok farklı yapı ve davranışlara sahiptirler. Çok hücreli bir organizmadaki tüm hücreler, tek bir hücreden türerler. Bu tek hücrenin farklı hücre tiplerine farklılaştığı süreç sırasında, dış ve hücreler arası sinyallere tepki verir, aşamalı olarak farklı gen ifade şekilleri kurarak farklı davranış tipleri oluşturur. Çok hücreli organizmalarda yapıların gelişiminden tek bir gen sorumlu değildir; bu farklı davranış tipleri birçok hücre arasındaki karmaşık etkileşimlerden doğar. Ökaryotlarda kromatinde yapısal özellikler genlerin transkripsiyonunu etkiler. Bu özellikler “epigenetik”tir (üst-kalıtsal) ; çünkü etkileri DNA dizisinin üzerinde yer alır ve bir hücre kuşağından diğerine aktarılan kalıta haizdir. Epigenetik özelliklerden olayı, aynı ortamda oluşan farklı hücre tipleri çok farklı özelliklere sahip olabilirler.   Kaynak: http://tr.wikipedia.org

http://www.biyologlar.com/genetik-kod-nedir--1

RNA polimeraz nedir

RNA polimerazlar (kısaca RNAP veya RNApol), bir DNA veya RNA molekülündeki bilgiyi RNA molekülü olarak kopyalayan bir enzimler ailesidir. Bir gende yer alan bilginin RNA molekülü olarak kopyalanma işlemi transkripsiyon olarak adlandırılır. Hücrelerde RNAP genlerin RNA zincirleri halinde okunmasını sağlar. RNA polimeraz enzimleri, tüm canlılarda ve çoğu virüste bulunur. Kimyasal bir deyişle, RNAP, bir nükleotidil transferaz enzimidir, bir RNA molekülünün 3' ucunda ribonükleotitlerin polimerleşmesini sağlar.RNA polimerazlar iki ana kategoride gruplandırılırlar. Bakteri, ökaryot ve arkelerde bu enzim en az beş altbirimden oluşur. Bakteriyofaj, mitokondri ve kloroplastlardaki enzim ise tek altbirimden oluşur. Her gruptaki enzimlerin ortak özellikleri o gruptakilerin evrimsel olarak ilişkili olduklarına işaret eder.TarihçeRNAP, Sam Weiss ve Jerard Hurwitz tarafından, birbirlerinden bağımsız olarak, 1960'da keşfedilmiştir. Oysa, 1959 Nobel Tıp veya Fizyoloji Ödülü Severo Ochoa ve Arthur Kornberg'e RNA polimeraz zannettikleri enzimin keşfi için verilmiş, sonrasında bunun ribonükleaz olduğu ortaya çıkmıştır. Bakteriyel RNA polimerazın üç boyutlu yapısı 1999'da [1], maya RNA polimeraz II enzimininki ise 2000'de çözülmüştür.2006 Nobel Kimya ödülü Roger Kornberg'e, transkripsiyon sırasında RNA polimerazın ayrıntılı görüntülerini elde etmiş olmasından dolayı verilmiştir.Transkripsiyon kontrolüGen transkripsiyonunun kontrolü gen ifadesini etki ederek hücrenin ortamına uyum sağlamasını, organizma içinde özelleşmiş işlevlerini yerine getirmesinin ve canlı kalmak için gerekli olan temel metabolik süreçleri sürdürmesini sağlar. Dolayısıyla, RNA polimerazın etkinliğinin hem karmaşık olması hem de sıkı bir sekilde düzenlenmesi gereklidir. Escherichia coli bakterisinde RNA polimeraza etki edebilen 100'den fazla faktör tanımlanmıştır.RNA polimeraz, DNA üzerinde promotör olarak adlandırılan özel bölgelerden başlayarak transkripsiyonu başlatır. Kendisine şablon olarak kullandığı DNA zincirini tümleyici bir RNA zinciri meydana getirir. RNA zincirine nükleotidler eklenme sürecine uzama (elongasyon) denir; ökaryotlarda RNA polimeraz 2,4 milyon nükleotit uzunluğunda (distrofin geninin uzunluğu) zincirler oluşturabilir. Genin sonunda bulunan ve sonlayıcı (terminatör) olarak adlandırılan özel DNA dizgelerine gelince RNA polimeraz oluşturmuş olduğu RNA'yı salar.RNA polimerazın ürünleri arasında aşağıdakiler bulunur:    mesajcı RNA (mRNA)- ribozomlar tarafından protein sentezlenmesi için bir şablon işlevi görür.    Kodlamayan RNA - Protein kodlamayan genlerin ürünleridir. Bunların en belirgin örneği taşıyıcı RNA (tRNA) ve ribozomal RNA (rRNA)'dır, bunlar protein sentezinde görev alırlar. Ancak, 1990 sonlarında pek çok yeni tür RNA geni keşfedilmiştir. RNA genlerinin hücre biyolojisinde çok daha fazla rolleri olduğu artık bilinmektedir.        Taşıyıcı RNA (tRNA), spesifik amino asitleri protein sentezi sırasında büyümekte olan polipeptide eklenmek üzere ribozoma getirirler.        Ribozomal RNA (rRNA), ribozomların bir parçasıdır, peptid bağların oluşmasına katalizörlük yapar.        Mikro RNA (miRNA), gen ifadesini düzenler.        Katalitik RNA (ribozim), katalizör özellikli RNA molekülleridir.Transkripsiyon kofaktörleriRNAP'ye bağlanıp onun davranışı değiştirebilen, transkripsiyon faktörü (veya kofaktörü) olarak adlandırılan çeşitli proteinler vardır. Örneğin E.coli 'de greA ve greB proteinleri, RNA polimerazın büyümekte olan RNA zincirini koparma yeteneğini artırırlar. Bu sayede, hatalı bir baz eklenmesi yüzünden duraklamış olan bir RNA polimeraz kurtarılıp yeniden çalışır hale gelir. Bir diğer kofaktör olan Mfd, transkripsiyon eşlikli tamirde görev alır, bu süreç sırasında RNAP, DNA'daki bozuklukları farkedip DNA tamiri için gerekli olan enzimleri seferber eder. Diğer kofaktörlerin düzenleyici rolleri vardır, yani RNAP'nin bir geni ifade edip etmeyeceğini belirlerler.Çalışma mekanizmasının ana hatlarıAşağıda ana hatlarıyla verilen bakteri RNA polimerazının çalışma mekanizması genel olarak RNA polimerazların nasıl çalıştığı hakkında fikir vermek amacıyla özetlenmiştir. Diğer RNA polimerazlarda bulunan ek yardımcı proteinler bu mekanizmanın bazı ayrıntılarının farklı olmasına neden olabilir. Dolayısıyla belli bir enzim hakkında spesifik bilgi edinmek için onun maddesine bakınız. Bağlanma ve uzamaRNA polimerazın DNA'ya bağlanması için α altbiriminin RNA başlama noktasının yukarısında, -40 ila -70 konumları arasında bir DNA dizgesini tanıması, ayrıca sigma (σ) faktörünün de -10 ile -35 arasındaki bölgeye bağlanması gerekmektedir. Gen ifadesini düzenleyen çeşitli σ faktörleri vardır, bunlar belli gen sınıfları için özelleşmişlerdir. Örneğin σ70 normal şartlarda bulunur ve hücrenin normal çalışması için gerekli genlere RNA polimerazın bağlanmasını sağlar, buna karşın σ32 ısı şokuyla ilişkili genlere bağlanmayı sağlar.RNA polimeraz DNA'ya bağlandıktan sonra bu protein-DNA kompleksi "kapalı"dan "açık" hale dönüşür. Bu değişim sonucunda yaklaşık 13 bazlık bir bölümde DNA iplikleri birbirlerinden ayrılırlar. Ribonükleotitler şablon DNA zinciriyle baz çiftleri oluştururlar, Watson-Crick baz eşleşmeleriyle.Yanlış nükleotidin zincire katılması durumunda RNA polimeraz geri gidip hatalı nükleotit (ve ondan bir evvelkini) çıkarıp uzatmayı yeniden dener T. aquaticus RNA polimerazı RNA zincirini uzatması sırasındaki şematik görüntüsü. RNA ve DNA'nın aldığı şekiller daha belli olsun diye protein belli kısımları saydamlaştırılmıştır. Sarı renkli gözterilen magnezyum iyonu enzimin aktif bölgesinde yer almaktadır.UzamaTranskripsiyon uzaması sırasında açık kompleks bir transkripsiyon kompleksine dönüşür ve yeni ribonükleotitler eklenir. RNA transkript oluşurken polimerazın önündeki DNA daha çok açılır ve 13 çift bazlık açık kompleks 17 çift bazlık bir transkripsiyon kompleksine dönüşür. Bu aşamada promotörün -10 ile -35 arasındaki bölgesinin şekli bozulur, ve σ faktör RNA polimerazdan ayrışır. Bu sayede RNAP'nin kalan kısmı DNA üzerinde ilerleyebilir, çünkü daha evvel σ faktör polimerazı yerinde tutmaktaydı.17 çb'lik transkripsiyon kompleksinin içinde 8 çb'lik bir DNA-RNA hibridi vardır, yani RNA transkriptinin 8 bazı DNA ipliğindeki bazlarlar eşlenmiştir. Transkripsiyon devam ettikçe RNA transkriptinin 3' ucuna ribonükleotitler eklenir ve RNAP kompleksi DNA üzerinde ilerler.RNA'ya ribonükleotitlerin eklenme mekanziması DNA polimerizasyon mekanizmasına çok benzer, bu yüzden DNA ve RNA polimeraz enzimlerinin evrimsel olarak birbiriyle ilişkili olduğu tahmin edilir. RNAP'de aspartik asit kalıntıları Mg2+ iyonlarına bağlanırlar, bunlar da ribonükleotitlerin fosfatlarını koordine ederler. İlk Mg2+, eklenecek NTP'nin α-fosfatına bağlanır. Bu sayede RNA zincirindeki 3' OH grubundan nükleofilik bir saldırı mümkün olur ve zincire bir NTP daha eklenir. İkinci Mg2+ NTP'nin pirofosfatına bağlanır. Toplam reaksiyon denklemi şöyledir: (NMP)n + NTP --> (NMP)n+1 + PPiSonlanmaE. coli RNA polimerazında transkripsiyonun sonlanması rho'ya bağımlı veya rho'dan bağımsız olmak üzere iki türlü olabilir. Rho'dan bağımsız sonlanmada DNA'daki palindromik bir bölgenin okunması sonucunda oluşan RNA kendi kendisiyle baz eşlemesi yaparak firkete gibi bir şekil alır. Bu firkete yapı G-C zenginidir, DNA-RNA hibridinden daha kararlıdır. Bunun sonucundan Transkripsiyon kompleksi içinde yer alan 8 çb'lık DNA-RNA hibridi 4 bazlık bir hibride dönüşür. Bu 4 baz-çift de zayıf bağlı A-U baz çiftleridir ve bu yüzden tüm RNA transkripti polimerazdan kopar.RNA polimeraz türleriBakterilerde RNA polimerazBakterilerde aynı enzim hem mRNA, hem rRNA hem de tRNA'yı sentezler.RNA polimeraz göreli olarak büyük bir moleküldür. Toplam 400 kDA büyüklüğünde olan çekirdek enzim 5 altbirimden oluşur:    α2: İki α altbirimi enzimi bir araya getirirler ve düzenleyici faktörlerle etkileşirler. Bu altbirimlerin karboksil uç bölgesi, promotöre bağlanır, amino uç bölgesi polimerazın geri kalan kısmına bağlanır.    β: Polimeraz etkinliğine sahiptir, zincir başlatma ve uzatma dahil, RNA sentezini katalizler.    β': DNA'ya özgül olmayan şekilde (non-spesifik olarak) bağlanır.    ω: RNA polimerazın altbirimlerinin bir araya gelmesini sağlar. Denatüre olmuş RNA polimerazı tekrar çalışır hale getirir, koruyucu ve şaperon işlevine sahiptir.Promotörlere bağlanabilmek için çekirdek enzimin sigma (σ) adında bir altbirime daha gereği vardır. Sigma faktörü RNA polimerazın (non-spesifik) DNA'ya affinitesini iyice azaltıp bazı promotör bölgelere olan spesifiteyi artırır. Tüm holoenzim dolayısıyla 6 altbirimden oluşur: α2ββ'σω (~480 kDa). RNAP'nin bir kenarında, β ve β' arasında, 55 Å (5.5 nm) uzunluğunda ve 25 Å (2.5 nm) çapında bir oluk vardır, bunun içine 20 Å (2 nm) çapındaki DNA rahatça oturur. 55 Å (5.5 nm) uzunluk, 16 nükleotide karşılık gelir.RNA polimeraz çalışmadığı zamanlar DNA üzerinde düşük affiniteli yerlere bağlı olur, yani hücre içinde serbestçe dolaşmaz.Ökaryotlarda RNA PolimerazÖkaryotlarda birkaç tip RNAP vardır, bunlar farklı RNA tipleri sentezler.    RNA polimeraz I 45S pre-rRNAyı sentezlerler, bu olgunlaşıp ribozomda yer alan 28S, 18S ve 5,8S rRNA moleküllerini oluşturur.    RNA polimeraz II, mRNA'ların öncüllerini ve çoğu snRNA ve mikroRNA'yı sentezler. Bu polimeraz üzerinde en fazla araştırmanın yapılmış olanıdır. Pek çok transkripsiyon faktörü onun promotörlere bağlanmasına etki eder.    RNA polimeraz III, tRNA, 5S rRNA ve diğer bazı küçük RNA'ları sentezler.Arkelerde RNA polimerazArkelerde tek bir RNAP vardır, ökaryotlardaki üç polimeraza çok benzer. Bu yüzden arke polimerazının ökaryotlardaki özelleşmiş polimerazların atasına benzediği öne sürülmüştür.Virüslerde RNA polimerazÇoğu virüs kendi RNA polimearazını kodlar. En çok çalışılmış viral RNAP, bakteriofaj T7'de bulunan T7 RNA polimerazdır. Çoğu viral polimerazın DNA polimerazdan evrimleşmiş olduğu ve yukarıda tarif edilen çok alt birimli ökaryotik polimerazlarla doğrudan ilişkilerinin olmadığı düşünülmektedir. Buna rağmen RNA zincirinin oluşmasının mekanizmasını ayrıntıları temelde yukarıda anlatılan çok altbirimli RNA polimerazlarınki gibidir.GruplandırmaRNA polimeraz etkinliğine sahip olan çeşitli enzimler yapısal olarak iki ana grup oluştururlar.    Birinci grup RNA polimerazlar çok altbirimli olup, bakteri RNA polimerazı, ökaryotlardaki RNA polimeraz I, II ve III'ü, arke RNA polimerazı, ve plastit DNA'sında geni bulunan kloroplast RNA polimerazını kapsar.    İkinci gruptakiler ise tek bir altbirimden oluşurlar, bu grupta SP6, T3, T7 fajlarının RNA polimerazları ve çekirdek DNA'sında geni bulunan mitokondri ve kloroplast RNA polimerazları bulunur. Birinci gruba ait olan bakteri RNA polimerazının büyüklüğü 380 kDA iken, ikinci gruptaki polimerazların büyüklüğü 100 kDA civarındadır. Bu yüzden bu RNA polimerazların ortak bir atadan evrimleşmiş oldukları muhtemel sayılmaktadır.Burada RNA polimeraz enzimleri hakkında genel bilgiler verilmektedir, belli RNA polimerazlar hakkında daha fazla bilgi edinmek için ilgili maddelere bakınız.Çok altbirimli RNA polimerazlarBakterilerdeki RNA polimeraz ile ökaryotların RNA polimeraz II'si çeşitli benzerlikler gösterirler:bakteri RNA polimerazı     β'     β     αI     αII     ωarke RNA polimerazı     A'/A     B     D     L     K     +6 diğerökaryotik RNA polimeraz I     RPA1     RPA2     RPC5     RPC9     RPB6     +9 diğerökaryotik RNA polimeraz II     RPB1     RPB2     RPB3     RPB11     RPB6     +7 diğerökaryotik RNA polimeraz III     RPC1     RPC2     RPC5     RPC9     RPB6     +11 diğerBu RNA polimerazların üç boyutlu yapıları karşılaştırıldığında bir yengeç kıskacına benzerler. Kıskacın ortasında DNA için uygun boyutta yaklaşık 25 A'lık bir aralık bulunur. Enzimin aktif merkezinde bulunan Mg iyonu kıskacın tabınındadır, bakteri polimerazında β ve β' olarak adlandırılan altbirimler kıskaçları ve tabanın bir kısmını oluşturur. Birbirinin aynı olan αI ve αII altbirimleri kıskaçların dış kısımlarındadır, biri β, öbürü β' ile temas eder. ω altbirimi β' altbiriminin oluşturduğu kıskacın tabanında, DNA bağlanma aralıpından uzaktadır. Prokaryotik altbirimlerin her birinin üç boyutlu yapısı ile yukarıdaki tabloda ona karşılık gelen ökaryotik altbirimin üç boyutlu yapısı pek az bir farkla çakışır. Bu alt birimlerin birbirlerine göre olan konumları da prokaryotik ve ökaryotik enzimde ufak açı farklılıkları ile çakışır. Bu benzerliklerin yanı sıra aşağıdaki benzerlikler de vardır:    Her iki enzimin aktif merkezi aynı yerde (kıskacı tabanında) yer alır ve içinde bir Mg2+ barındırır.    Her iki enzimde de RNA'nın çıkması için benzer boyutlarda, konumda ve yapıda bir kanal vardır.    Her iki enzimde de RNA'ya eklenecek nükleotidin içeri girmesi için benzer boyutlarda, konumda ve yapıda bir kanal vardır.    Her iki enzimin de aktivasyon faktörleri tarafından etkinleştirildiği eşdeğer konumlu bir bölge vardır.    Transkripsiyon mekanzimasında da benzerlikler vardır. Her iki polimeraz da DNA'ya bağlanınca 14 baz çiftlik bir bölgenin açılmasına neden olur. Uzayan RNA 9-11 baz uzunluğa varınca RNA polimeraz promotörden ve başlama fakt,rlerinden kopup DNA üzerinde ilerlemeye başlar.Tek altbirimli RNA polimerazlarDNA'yı (kırmızı ve mavi zincirler) okuyarak bir mRNA (yeşil) oluşturmukta olan T7 RNA polymeraz (şematik olarak, mor renkli). Resim PDB 1MSW'den elde edilmiştir.Tek altbirimli RNA polimerazları DNA polimerazlarina ve ters trasnkriptaz enzimlerine benzerler. Tek altbirimli RNA polimerazların mekanizmaları faklılık gösterir. Başlama kompleksinde RNA-DNA hibiridinin uzunluğu sadece iki-üç nükleotittir, bu çok altbirimli RNA polimerazlardan oldukça farklıdır. Ancak uzama aşamasındaRNA-DNA hibridinin boyu E. coli polimerazındaki gibi 8-9 nükleotit uzunluktadır. Mitokondri RNA polimeraz, T3 ve T7 RNA polimerazdan farklı olarak, bakteriyel sigma faktörüne benzer bir yardımcı proteinle kompleksleşip sonra DNA'ya bağlanır.Tek protein birimli RNA polimerazlar DNA polimeraz ile aynı yapısal özelliklere sahip oldukları için "DNA/RNA polimerazları" adlı protein familyasında yer alırlar. Bu familyadaki diğer proteinler 1) DNA polimeraz I, 2) hata baypas DNA polimeraz katalitik bölgesi, 3) ters transkriptaz, 4) T7 RNA polimeraz, 5) RNA-bağımlı RNA polimeraz ve 6) çift iplikli RNA faj RNA-bağımlı RNA polimeraz.Mitokondri ve kloroplastların RNA polimerazları da bu familyaya aittir.

http://www.biyologlar.com/rna-polimeraz-nedir

RNA Epigenetiği ve Gen Ekspresyonu Düzenleyici Sinyalleri

RNA Epigenetiği ve Gen Ekspresyonu Düzenleyici Sinyalleri

RNA’ların çok sayıdaki ve çok geniş yelpazedeki fonksiyonlarının belirleyicisi olan temel modifikasyonların ve sekans özelliklerinin sanatçı izlenimi – Görsel : CHARLES WILLIAMS/MADEUP.ORG

http://www.biyologlar.com/rna-epigenetigi-ve-gen-ekspresyonu-duzenleyici-sinyalleri

Semender Türleri Uzuvlarını Nasıl Yeniliyor?

Semender Türleri Uzuvlarını Nasıl Yeniliyor?

Bazı hayvanların; ki bunlara kopan kuyruklarının yerine yeniden kuyruklarını büyütebilen kertenkeleler de dahil, yeni uzuvlar geliştirme, büyütebilme veya uzuvlarını yenileyebilme özellikleri olduğu bilinmektedir.

http://www.biyologlar.com/semender-turleri-uzuvlarini-nasil-yeniliyor

Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar: Genel Bakış, Ürünlere Örnekler ve Dikkat Edilmesi Gereken Sorunlar

Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar: Genel Bakış, Ürünlere Örnekler ve Dikkat Edilmesi Gereken Sorunlar

Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar (GDO) ile ilgili tartışmalar aralıklarla gündeme gelse de, bu tartışmalardan yola çıkarak gerçek anlamıyla bilimsel bir algının halk arasında yaratılmasının oldukça güç olduğu görülmektedir.

http://www.biyologlar.com/genetigi-degistirilmis-organizmalar-genel-bakis-urunlere-ornekler-ve-dikkat-edilmesi-gereken-sorunlar

Yemeyi Bırak! Doydun.

Yemeyi Bırak! Doydun.

Daejeon'daki Kore Gelişmiş Bilimler ve Teknolojiler Merkezi'nden Walton Jones ve meslektaşları PLOS Biyolojisi açık erişim dergisinde 28 Mart yayınlayan araştırmalarında; Meyve Sineği. Credit: John Tann/Wikipedia

http://www.biyologlar.com/yemeyi-birak-doydun-

Kanser Hücreleri Hakkında 10 Gerçek

Kanser Hücreleri Hakkında 10 Gerçek

Çağımızın hastalığı olan kanseri gerçekten tanıyor musunuz? Günümüzde artık her 10 kişiden 6’sı bu hastalığa yakalanıyor ve bu sayı her geçen yıl giderek artıyor. Peki bize bu kadar yakın olan hastalık hakkında ne biliyorsunuz?

http://www.biyologlar.com/kanser-hucreleri-hakkinda-10-gercek

İşçi mi, kraliçe mi? Arılarda sınıfsal farklılaşma nasıl belirleniyor?

İşçi mi, kraliçe mi? Arılarda sınıfsal farklılaşma nasıl belirleniyor?

"Sınıfsal" farklılaşma, sosyal böceklerin gelişim sürecindeki temel dönüşümlerden biri. Gösel : Heidi and Hans-Juergen Koch/Minden Pictures (sciencemag.org)

http://www.biyologlar.com/isci-mi-kralice-mi-arilarda-sinifsal-farklilasma-nasil-belirleniyor

<b class=red>MikroRNA</b>'lara Bakış ve <b class=red>MikroRNA</b> Biyogenezi

MikroRNA'lara Bakış ve MikroRNA Biyogenezi

Bir genin fonksiyonunu anlamak için, o genin işleyişini durdurmak ya da susturmak gerekmektedir. RNA interferans (RNAi) olarak adlandırılan mekanizma bu amaca yönelik kullanılan yöntemlerden biridir.

http://www.biyologlar.com/mikrornalara-bakis-ve-mikrorna-biyogenezi


 
3WTURK CMS v6.03WTURK CMS v6.0