Biyolojiye gercekci yaklasimin tek adresi.

Arama Sonuçları..

Toplam 72 kayıt bulundu.

KAN GLUKOZ TAYİN YÖNTEMLERİ

Glukoz insan kanında bulunan en önemli monosakkarittir. Glukoz insan ve hayvan dokularının enerjisini sağlar. Bu canlıların kalori ihtiyaçlarının yarısından fazlası glukoz tarafından sağlanmaktadır. Glukoz altı karbona sahip bir aldoheksozdur. Glukoz meyve sularında, nişastada, şeker kamışında, maltoz ve laktozda bulunur. Hidroliz ile açığa çıkar. Organizmanın kullandığı ve kanda taşınan en önemli şekerdir. Diabetes mellutuslu hastalarda idrarda da bulunur. İndirgeyici bir şekerdir. Maya tarafından fermente olur. Nitrik asidde çözünerek sakkarik asid oluşturur.Glukoz barsaklardan emilerek kana geçtikten sonra vücudun enerji ihtiyacı doğrultusunda glikolitik yola girerek piruvata kadar yıkılır. Glukozun piruvata yıkımı aerobik glukoliz ile olmaktadır ki bu yolu mitokondriye sahip hücreler kullanmaktadırlar. Ertrositler, kornea, lens ve retina hücreleri çok az mitokondri içerirler bu nedenle glikolitik yol bu dokuların pirimer enerji gereksinimlerini karşıladıkları yoldur. Bu dokularda aneorobik glikoliz olur ki son ürün laktik asiddir.Glukozun kandan hücrelere kullanılmak üzere girişinden sorumlu yegane hormon insülindir. İnsülin anabolizan bir hormondur. İnsüline zıt olarak çalışan bir diğer hormon ise glukagon hormonudur. Dolayısı ile kan glukoz konsantrasyonunu bu iki hormon öncelikli olarak etkilemektedirler. Kan glukozu azaldığında ve hücrelerin enerji ihtiyaçları arttığında glukagon hormonunun etkisi ile glikojen depoları boşalmaya ve kan şekeri artmaya başlar. Kan şekeri arttığında ise hücrelere glikozun girişi insülin hormonu aracılığı ile olmaktadır. Kan glukoz seviyesi karaciğer tarafından düzenlenir.Kan glukozunun kontrolü başlıca iki hormonun kontrolündedir. Bunlar insülin ve glukagon hormonlarıdır. Etkileri ise şu şekildedir.İNSÜLİN GLUKAGON Glikolisis Glikojenılisis ­Glikogenesis ­ Glikojen ® Glukoz Glukoz ® glikojen ® piruvat®acetyl-CoA Glikoneogenesis ­ Lipogenesis ­ Yağ asidi ® Asetil CoA ® KetonGlikojenolisis¯ Proteinler ® Amino asidler Kan glukoz ölçümlerinin başlıca iki amacı vardır. Bunlar ya hiperglisemiyi yada hipoglisemiyi tespit etmektir.*** Normal açlık plazma glikoz seviyesi : FPG < 110 mg / dl olmalıdır.HİPERGLİSEMİ HİPOGLİSEMİAçlıkKan glikozu > 110 mg / dl İlaçlarDiabetes mellitus EtanolHepatik hastalıklarTip I . İnsülinomaBeta- cell yıkımı . Doğmasal hiperinsülinizmAbsolut insülin yetmezliği G-6 Fosfataz yetmezliği ( Vov Gierke’s hast )Otoantibadiler İslet-cell otoantibadiler İnsülin otoantibadilerGlutmik asid dekarboksilaz otoantibadilerTip IIİnsülin resistansıRelatif insülin yetmezliğiDiğerSekonderBeta-cell genetik fonksiyon yetmezliğiPankreas hastalıklarıEndokrin hastalıklarİlaçlarİnsülin reseptör abnormalitesiGestasyonelGebelikte glikoz intoleransıMetabolik ve hormonal değişime bağlı KAN GLUKOZ TAYİN YÖNTEMLERİMODİFİYE SOMOGYI-NELSON METODU:Prensip:Glukoz tayini yapılacak olan kan, plazma, yada serum örneği,, içersinde glukozun yanı sıra indirgeyici özelliği bulunan proteinleri çöktürmek ve ortamdan uzaklaştırmak için deproteinize edilir. Bu amaçla Çinko Hidroksit kullanılır. Daha sonra numune Alkali Bakır solüsyonu ile ısıtılır. Cuprik ( cu+2 ) bakır iyonları glukozu okside eder ve Cuprous ( cu+1 ) iyonları oluşur. Bu esnada oluşan bu bakır miktarına eşit miktarda Arsenomolibdat indirgenir. Renk değişimi kolorimetrik olarak ölçülür ve glukoz kantitasyonu yapılır.Normal kan glukoz değeri: Tam kanda ( açlık ) 65 –110 mg / 100 ml’dir.Numune: Bu yöntemle tam kan, serum, plazma yada serebrospinal sıvıda glukoz tayini yapılabilir. Plazma için herhangi bir antikoagulant madde kullanılabilir. Tam kan hemen ölçümlerde kullanılmayacaksa, içersine glikolizisi durdurmak için Sodyum Florid katılarak buzdolabında saklanmalıdır.Reaktifler:1- 1- Sodyum hidroksit ( NaOH ), 0,08 N2- 2- Sodyum hidroksit ( NaOH ), 1 N3- 3- % 5’lik Çinko sülfat solüsyonu, ( ZnSO4 )4- 4- % 10 Bakır Sülfat solusyonu, ( CuSO4 )5- 5- Alkalen bakır solüsyonu,Çözelti A. 12 gr. Na2CO38 gr. NaOH CO36 gr. Potasyum sodyum tartarat ( C4N4KNaO6 ( 4H2O )72 gr. Na2SO4 Anhdril.Saf suda eritilir ve 400 ml ye tamamlanır.Çözelti B. 28 gr. Disodyum fosfat anhdr. ve 40 gr. Rochelle tuzu ( KnaC4H4O6 . 4H2O ) tartılıp bir bir balon jojede 700 ml saf suda eritilir. Magnetik karıştırıcıda bunlar çözünürler iken üzerine 100 ml 1 N Sodyum hidroksit ve 80 ml % 10 Bakır sülfat yavaş yavaş eklenir. Daha sonra üzerine 180 gr Sodyum sülfat anhdr. eklenir ve en son balon joje saf su ile 1 L ye tamamlanır.Kullanmadan önce 4 volüm A çözeltisi 1 volüm B çözeltisi ile karıştırılır.6- 6- Arsenomolibdat Çözeltisi: 25 gr. ( NH4 )6Mo7O27 . 4H2O ( amonyum molibdat ) 450 ml saf suda eritilir. 21 ml derişik H2SO4 ilave edilip karıştırılır. 25 ml saf suda eritilmiş 3 gr Disodyum hidrojen arsenat ( Na2HasO4 . H2O) ilave edilir. Çözelti karıştırıldıktan sonra etüvde 37 C0 de 24-48 saat bekletilir.7- 7- Standart glukoz çözeltisi: % 50 mg, % 100 mg, %200 mg, % 300 mg, % 400 mg.Standart Kalibrasyon Eğrisi: Stok standardı 10 ml.lik tüplerde 0.5, 1.0, 2.0, 3.0 ve 4.0 ml dilüe edilir. Bu çalışma standartları 50, 100, 200, 300, 400 mg glukoz / 100 ml konsantrasyona eşittir. Daha sonra test prosedürü bunlara aynen uygulanır. Blank referanslığında 530 nm dalga boyunda spektrofotometrede absorbansları alındıktan sonra, alınan absorbansa ve konsantrasyona göre bir grafik çizilir.Test Prosedürü:15 x 125 mm’lik deney tüplerine aşağıdaki sırada blank, numune ve standart çöeltileri sırayla konur. Sodyum hidroksit konduktan sonra 5 dk. kadar beklenir ve Çinko sülfat eklenir. Tüpler iyice karıştırılır. BLANK            NUMUNE              STANDARTSaf su ( ml )                                        1 ml                     0                         0Standart ( ml )                                      0                       0                        1.0Numune ( kan, serum, CSF ) ml                0                      1.0                       0NaOH, 0,08 M                                       7.0                     7.0                     7.0ZnSO4 ( ml ) ml                                     2.0                     2.0                    2.0· · Tüm tüpler 2500 rpm’de 5 dk. Santrifüj edilir.· · Blank için 1, standart ve numune sayısı kadar da Folin- Wu tüpleri alınır. Bu tüplere süpernatanttan birer ml konur. Her tüp mutlaka etiketlenmelidir.· · Her tüpe 2.0 ml Alkali bakır çözeltisi konur ve karıştırılır.· · Tüpler su banyosunda 15 dk kaynatılır. İşlem sonunda akan musluk suyunda tüpler soğutulur.· · Her tüpe 1.0 ml Arsenomolibdat reaktifi konur ve tüpler karıştırılır. Tüpler saf su ile 25 ml ‘lik hacime tamamlanır.· · 550 nm dalga boyuna ayarlanmış spektrofotometrede tüm tüpler köre karşı okunur.· · Standart eğrinin referanslığında numunenin glukoz konsantrasyonu hesaplanır.Not: Eğer standart grafik değilde tek bir standart kullanılıyorsa şu formül yardımı ile numunenin glukoz konsantrasyonu hesaplanabilir.Nc = NAB / SAB x Sc Nc : Numunenin konsantrasyonuNAB: Numunenin absorbansıSAB : Standardın absorbansıSc : Standart konsantrasyonuGLUKOZ OKSİDAZ ( Fermco Test ) METODUPrensip : Serum, plazma, CSF’ de bulunan glukoz moleküler oksijen tarafından Glukonic asid ve H2O2’ ye okside edilir. Bu reaksiyonu Glukoz Oksidaz enzimi katalizler. H2O2 Kromojen Peroksidaz enziminin etkisi ile renkli bir bileşiğe oksitlenir. Bu bileşik H2SO4 etkisi ilekalıcı kırmızı renk verir. Ölçüm kolorometrik olarak yapılır.1. Glukoz + O2 + H2O Glukoz Oksidaz Glukonik asid + H2O22. H2O2 + Chromogen Peroksidaz amber compaund3. Amber Compaund + H2SO4 ........... Stable red pigmentNormal Değerleri:Serum- Plazma ( açlık ) : 70 – 110 mg / 100 mlSerebrosipinal sıvı ( açlık ) : 45 – 80 mg / 100 mlNumune:Kan alındığında eritrosit hemolizinin olmamasına dikkat edilmelidir. Çünkü eritrositlerin sitoplazmik glikolitik enzimler serum-plazma glukozunun yanlış ölçülmesine yol açarlar. Bunu engellemek için Florid kullanılmamalıdır. Çünkü florid glikolitik enzimleri baskılamakla kalmaz deneyde kullanılan enzimleri de baskılar. En iyi ölçüm kan alındıktan hemen sonra serumu çıkartılıp yapılan ölçümdür.Reaktifler:1- 1- Enzim- Kromogen Buffer Reagent.2- 2- Sülfirik Asid ( 7.2 N )3- 3- Glukoz Standardları: 300 mg anhidroz reagent-grade glukoz ( dextroz ), 80 ml deiyonize suda çözülür. Üzerine 0,25 g benzoik asid ilave edilir ve karıştırılır. Karışımın üzeri 100 ml ye tamamlanır. Bu stok solüsyonda 60, 120 ve 240 mg / 100 ml’lik standart çalışma solüsyonları hazırlanır.Test Prosedürü:· · 13 x 120 mm’lik deney tüplerine numune, standard ve kör için birer ml enzim-kromogen karışımı reaktifinden konarak tüpler 37 C0 da su banyosuna kaldırılır.· · Aynı anda 20 ml bilinmeyen serumdan numune tüpünün üzerinde tabaka oluşturacak şekilde konur ve hemen karıştırılır. Blank sadece enzim- kromojen reaktifi içermelidir. Standartlar için de numuneye yapılan işlem yapılır.· · 10 dk. sonra reaksiyon her tüpe 4,0 ml 7,2 N H2SO4 eklenerek durdurulur.· · Blank referanslığında standard ve numunenin absorbansları 540 nm dalga boyunda spektrofotometrik olarak okunur.Hesaplama: Aşağıdaki formül yardımı ile glikoz konsantrasyonu bilinmeyen örneğin glukoz konsantrasyonu hesaplanır.Numunenin absorb. / Standardın absorb. X Standardın konstr. = Glukoz ( mg / 100 ml )

http://www.biyologlar.com/kan-glukoz-tayin-yontemleri-1

Bio-Der Kanun Taslağı

KANUN TEKLİFİ TASLAĞI 657 SAYILI DEVLET MEMURLARI KANUNUNDA BİYOLOGLARIN SAĞLIK HİZMETLERİ SINIFINDAN TEKNİK HİZMETLER SINIFINA GEÇİRİLMESİ YÖNÜNDE DEĞİŞİKLİK YAPILMASINA İLİŞKİN KANUN TASARISI Madde 1. 14.07.1995 Tarih ve 657 sayılı Devlet Memurları Kanunun 36. Maddesi aşağıdaki şekilde değiştirilmiştir. II. TEKNİK HİZMETLER SINIFI Bu kanunun kapsamına giren kurumlarda meslekleriyle ilgili görevleri fiilen ifa eden ve meri hükümlere göre yüksek mühendis, mühendis, yüksek mimar, mimar sıfatını almış olanlar ile bunlardan öğretmenlik hizmetinde çalışanlar, Erkek Teknik Yüksek Öğretmen Okulu, Erkek Teknik Öğretmen Okulu ve Devlet Tatbiki Güzel Sanatlar Yüksek Okulu mezunları, İstanbul Devlet Güzel Sanatlar Akademisi ile uygulamalı Endüstri Sanatları Yüksek Okulu mezunları, Teknik Eğitim Fakültesi (Yüksek Teknik Öğretmen Okulu ve Güzel Sanatlar Fakültesi, İstanbul Devlet Tatbiki Güzel Sanatlar Yüksek Okulu), jeolog, jeofizikçi, hidrojeolog, hidrolog, jeomorfolog, kimyager, fizikçi, matematikçi, istatikçi, yöneylemci (hareket araştırmacısı), matematiksel iktisatçı (Ekonometrici), Erkek Teknik Öğretmen Okulu mezunları, fen memurları, teknikerler ve yüksek teknikerler, tütün ve müskirat eksperleri, Tarım Alet ve Makineleri Uzmanlık Yüksek Okulu mezunları ile benzeri fen bilimleri ve teknik bilimler lisansiyerleri, Mimarlık ve Mühendislik Fakültesi veya Bölümlerinden mezun olan şehir plancısı, yüksek şehir plancısı, yüksek bölge plancısı. Gazi Üniversitesi Mesleki Eğitim Fakültesi Teknoloji Bölömü İş ve Teknik Anabilim Dalı mezunları, Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Ev Ekonomisi Yüksek Okulu mezunları, üniversitelerin Arkeoloji ve Sanat Tarihi Bölümlerinin Prehistorya, Protohistorya ve Ön Aysa Arkeolojisi, Klasik Arkeoloji Anabilim Dallarından mezun olanlar üniversitelerin Fen, Fen-Edebiyat ve Mühendislik Fakültelerinden mezun BİYOLOGLAR (Biyolog, Biyoteknolog, Botanikçi, Ekolog, Entomolog, Genetikçi, Hidrobiyolog, Limnolog, Deniz Biyoloğu, Moleküler Biyolog, Mikrobiyolog, Ornitolog, Zoolog, Yaban Hayatı Biyoloğu) ibaresi eklenmiştir. Madde 2: III. SAĞLIK HİZMETLERİ VE YARDIMCI SAĞLIK HİZMETLERİ SINIFI Sağlık hizmetlerinde (Hayvan sağlığı dahil) mesleki eğitim görerek yetişmiş olan tabip, diş tabibi, eczacı, veteriner hekim gibi memurlar ile bu hizmet sahasında çalışan yüksek öğrenim görmüş fizikoterapist, tıp teknoloğu, sağlık memuru, sosyal hizmetler mütehassısı, psikolog, diyetçi, sağlık mühendisi, sağlık fizikçisi, sağlık idarecisi ile ebe ve hemşire, hemşire yardımcısı, (Fizik tedavi, laboratuvar, eczacı, diş anestezi, röntgen teknisyenleri ve yardımcıları, çevre sağlığı ve toplum sağlığı teknisyeni dahil) sağlık savaş memuru, hayvan sağlık memuru ve benzeri sağlık personelini kapsar. Biyolog ibaresi çıkarılmıştır. Madde 3: Bu kanun yayımı tarihinde yürürlüğe girer.Madde 4: Bu kanun hükümlerini Bakanlar Kurulu Yürütür. GEREKÇE: Bilindiği üzere sağlık hizmetleri sınıfında yer alan Biyologlar Sağlık Kurumlarının yanı sıra Çevre ve Orman Bakanlığı, Tarım ve Köy İşleri Bakanlığı, Bayındırlık Bakanlığı, Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı, Adalet Bakanlığı, İçişleri Bakanlığı, Kültür ve Turizm Bakanlığı, Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı, Maliye Bakanlığı, Ulaştırma Bakanlığı, Başbakanlık ve Başbakanlığa bağlı kamu, kurum ve kuruluşlarda ve Denizcilik Müsteşarlığı’nda v.b kurum/kuruluşlarda aşağıdaki görevleri yapmaktadır. Biyologların Çalışma Alanları; 1. Sağlık hizmetleri veren kurum ve kuruluşlarda her türlü tıbbi analizlerin yapılmasında, tıbbi araştırma ve destek ünitelerinde, 2. Çevre koruma, kontrol ve ekolojik planlama ile ilgili alanlarda, 3. Biyoteknolojik çalışma yapan kurum ve kuruluşlarda her türlü araştırma-geliştirme ve üretim faaliyetinde, 4. Hidrobiyoloji ve su ürünleri ile ilgili araştırma ve üretim faaliyetlerinde, 5. Milli Parklar, Doğa Koruma, Yaban Hayatı Koruma ve Özel Cevre Koruma alanlarında biyoçeşitlilik (fauna ve flora), ekoloji, doğa yönetimi ve yaban hayatı uzmanı olarak, 6. Biyoloji eğitim-öğretim faaliyetleri ve Biyoloji Programlarının geliştirilmesinde, 7. ÇED (Çevresel Etki Değerlendirmesi) Raporlarının hazırlanmasında, 8. Tarım ve Ormancılık alanlarında araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde, 9. Gıda Kontrol Laboratuvarlarında, 10. Arıtma tesislerinde, 11. Biyolojik Ürünlerle ilgili standartların belirlenmesinde, 12. Kriminoloji Laboratuvarları ve Adli Tıp ile ilgili alanlarda, 13. Gümrük Biyologu olarak, 14. Biyomedikal çalışma alanlarında, 15. İlaç ve hammaddelerinin, kozmetik ürünlerinin üretimi, kalite kontrolünde, araştırma ve geliştirme çalışmalarında, 16. Pest ve vektör canlıların kontrolüne yönelik faaliyetlerde, yerleşkelerdeki haşere mücadelesinin planlanması ve yürütülmesinde, 17. Nükleer tesisler ve radyasyon kullanılan isletmelerde, 18. Hayvanat bahçelerinde, yaban hayvanı rehabilitasyon ve barındırma tesislerinde ve petshop işletmelerinde, 19. Arberatumlar, Botanik Bahçeleri, yabani bitki türlerinin depolandığı ve işlendiği merkezlerde GEREKÇEYE ESAS YÖNETMELİKLER VE BU YÖNETMELİKLERDE BİYOLOGLARIN YETKİ TANIMLARI GIDA ve GIDA İLE TEMAS EDEN MADDE ve MALZEMELERİ ÜRETEN İŞ YERLERİNİN ÇALIŞMA İZNİ ve GIDA SİCİLİ ve ÜRETİM İZNİ İŞLEMLERİ İLE SORUMLU YÖNETİCİ İSTİHDAMI HAKKINDA YÖNETMELİK, Yetki Kanunu:5179, Yayımlandığı R.Gazete: 27.08.2004-25566 EK: 7/A (www.kkgm.gov.tr/yonetmelik/sorumlu_yonetici.html) Gıda İsletmelerinde Üretimin Niteliğine Göre Sorumlu Yönetici Olarak İstihdam Edilecek Meslek Mensupları; 5- Meyve/Sebze Ambalajlayan İş Yerleri (taze/kurutulmuş): Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog. 7- Unlu Mamüller (simit-yufka-kadayıf-galeta...vb.), Ekmek ve Ekmek Çeşitleri, Pastacılık Ürünleri, Un, Bulgur ve Makarna Üreten İş Yerleri ile Hububat ve Bakliyat İsleyen İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bolümler), Gıda Mühendisi, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog.13- Baharat ve Kuru Yemiş İşleyen İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog. 17- Maya, Fermente ve Salamura Ürünleri Üreten İş Yerleri (sirke-yaprak-turşu, zeytin vb.): Ziraat Mühendisi (Gıda+Sut+Bahçe Bitkileri), Gıda Mühendisi, Biyolog.19- Su Ürünleri İşleyen İş Yerleri: Su Ürünleri Mühendisi, Ziraat Mühendisi (Gıda +Su Ürünleri+Zootekni), Gıda Mühendisi, Veteriner Hekim, Biyolog. 20- Yumurta Ambalajlayan İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bolümler), Gıda Mühendisi, Veteriner Hekim, Biyolog, Kimya Mühendisi, Kimyager. 21- Soğuk Hava Depoları, Sade Buz Üreten İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Veteriner Hekim, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog. 23- Sadece Gıda Maddelerini Ambalajlayan İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Biyolog, Kimya Mühendisi, Kimyager. HALK SAĞLIĞI ALANINDA HAŞERELERE KARŞI İLAÇLAMA USUL VE ESASLARI HAKKINDA YÖNETMELİK, RESMİ GAZETE:27 OCAK 2005, SAYI:25709, (www.saglik.gov.tr/) Mesul müdür Madde 8- İşyeri faaliyette olduğu sürelerde bir mesul müdür bulunması zorunludur. Mesul müdür sadece bir işyerinde mesul müdürlük görevini üstlenebilir. Mesul müdürlük için Hekim, Veteriner Hekim, Eczacı, Tıbbi Teknolog, Ziraat Mühendisi, Biyolog ünvanına sahip veya entomoloji, toksikoloji alanında yüksek lisans, çevre sağlığı ve toplum sağlığı bölümü en az önlisans diplomasına sahip olunması zorunludur. Bu diplomaya sahip kişiler Bakanlık tarafından belirlenecek eğitim programına katılarak sertifika almak zorundadırlar. Mesul müdür, idari işlerden bizzat, diğer işlemlerden ise ekip sorumluları ile birlikte sorumludur. Mesul müdürün idari işlerinden, işleyişten ve sunulan hizmetin gerektirdiği alt yapı olanaklarının sağlanmasından işyeri sahipleri de bizzat sorumludurlar. ÇEVRESEL ETKİ DEĞERLENDİRME (ÇED) RAPORU HAZIRLAMADA VE ÇED BÜROSU AÇMAK İÇİN GEREKLİ YETERLİLİK ŞARTLARI HAKKINDAKİ YÖNETMELİK (www.cevreorman.gov.tr/yasa/t/25383.doc) Yeterlik Belgesi Başvurularında Aranacak Koşullar Madde 5 — Yeterlik belgesi almak isteyen kurum ve kuruluşların aşağıdaki koşulları sağlamaları zorunludur: a) Kamu veya özel sektörde mesleği ile ilgili olarak en az iki yıl çalışmış bir çevre mühendisini sürekli olarak istihdam etmeleri, b) Mühendislik ve Mimarlık Fakülteleri, Fen-Edebiyat Fakültelerinin Fizik, Kimya, Biyoloji Bölümleri ile Jeoloji, Hidrojeoloji, Zooloji, Arkeoloji, Veteriner Hekim, Kamu Yönetimi, İşletme, Ekonomi, Maliye, İktisat, Sosyoloji Bölümleri Lisans Mezunlarından farklı meslek grubundan kamu veya özel sektörde mesleği ile ilgili olarak en az iki yıl çalışmış iki personeli sürekli olarak istihdam etmeleri, c) (a) ve (b) bentlerinde belirtilen meslek dallarından; raporu hazırlayacak kurum/kuruluşların Raporunun hazırlanması, incelenmesi veya denetiminde en az üç yıl çalışmış bir personeli rapor koordinatörü olarak ÇED sürecinde görevlendirmeleri, Bu yönetmeliklerden de anlaşılacağı gibi biyologların sağlık sektörü dışında çevrenin korunmasına yönelik her türlü çalışmada Çevre mühendisleri, İnşaat mühendisleri, Şehir plancıları, Mimarlar, Jeoloji mühendisleri, Kimya mühendisleri, Kimyagerler, Ziraat mühendisleri, Gıda mühendisleri ve benzeri meslek grupları ile birlikte teknik hizmet vermektedirler. Yukarıda saydığımız meslek gruplarıyla aynı koşullarda aynı işleri (Ekolojik planlama, Ekosistem yönetimi, CED raporu hazırlama, Haşere mücadelesi, ve Biyoçeşitliliğin saptanması gibi birçok alanda arazi ve laboratuar çalışmalarına fiilen katılmaktadırlar) yapmaktadırlar. Zira Yönetmeliklerle Belirlenen Yetkilerden ve Biyologların çalışma alanlarından da anlaşılacağı üzere aynı ortamlarda aynı yetkileri paylaşan ve aynı işleri yapan mühendis, yüksek mimar, mimar, jeolog, hidrojeolog, hidrolog, jeofizikçi, fizikçi, kimyager, matematikçi, istatistikçi, yöneylemci (Hareket araştırmacısı), matematiksel iktisatçı, ekonomici ve benzeri ile teknik öğretmen okullarından mezun olup da, öğretmenlik mesleği dışında teknik hizmetlerde çalışanlar, Mimarlık ve Mühendislik Fakültesi veya Bölümlerinden mezun şehir plancısı, yüksek şehir plancısı, v.b meslek grupları, Biyologlar dışındaki meslek gruplarının Teknik Hizmetler Sınıfında, Biyologların ise (Teknik Hizmet Üretmesine rağmen) Sağlık Hizmetleri Sınıfında olması anlaşılır değildir. Çevre koruma, kontrol ve ekolojik planlama ile ilgili arazi şartlarında; biyoteknolojik çalışma yapan kurum ve kuruluşlarda her türlü araştırma-geliştirme ve üretim faaliyetinde, Hidrobiyoloji ve Su ürünleri ile ilgili araştırma ve üretim faaliyetlerinde, Milli Parklar, Doğa Koruma, Yaban Hayatı Koruma ve Özel Cevre Koruma alanlarında biyoçesitlilik (fauna ve flora), ekoloji, doğa yönetimi ve yaban hayatı uzmanı olarak, Biyoloji eğitim-öğretim faaliyetleri ve Biyoloji programlarının geliştirilmesinde, ÇED (Çevresel Etki Değerlendirmesi) raporlarının hazırlanmasında, Tarım ve Ormancılık alanlarında araştırma ve geliştirme faaliyetleri, arıtma tesislerinde çalışan Biyologların sağlık sektörü dışında birçok sektörde de yer aldıkları açıkça görülmektedir. Ayrıca Biyologlar üniversitelerin Fen, Fen-Edebiyat ve Mühendislik Fakültelerinin Biyoloji Bölümlerinden mezun olup, Fizik, Kimya, Matematik, Biyoloji ağırlıklı dersler almışlardır, Kimyager, Fizik, Matematikçi, İstatistikçi gibi birçok meslek grubuyla aynı Fakültelerden ve 4 yıllık bir eğitimle mezun olmuşlardır. EŞİT İŞE EŞİT ÜCRET POLİTİKASI VE BİYOLOGLARIN MAĞDURİYETİ Sağlık Bakanlığı dışında diğer bakanlıklar ve kamu kurum kuruluşlarında çalışan Biyologlar döner sermaye almamakta, arazi koşullarında çalışmalarına rağmen arazi tazminatından faydalanamamaktır. Bilindiği gibi 21.03.2006 tarih ve 5473 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan “Değişik Adlar Altında İlave Ödemesi Bulunmayan Memurlara ve Sözleşmeli Personele Ek Ödeme yapılması İle Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun” ile kimi kamu personelinin almakta olduğu aylık ücretlere değişik adlar altında iyileştirmeler yapılmış ancak burada BİYOLOGLAR yer almamış ve mağdur edilmiştir. Bakanlar Kurulu’nun 2006/10344 sayılı söz konusu Kararı, Anayasa’ya ve hukuka açıkça aykırıdır. Aynı süreçte “Biyologlar” tarafından Bakanlar Kurulu’nun 2006/10344 sayılı kararına itirazlarda bulunulmuş, Devlet Personel Başkanlığı, Maliye Bakanlığı ve ilgili kurumlara bildirilmiş gelen cevabi yazı da “Eşit işe eşit ücret” politikası kapsamında söz konusu kanuna atıfta bulunularak yapılacak düzenleme kapsamında denge tazminatı ile durumun düzeltileceği belirtilmesine rağmen yeni düzenleme ile aradaki ücret dengesizliği daha da artmış ve “Eşit ise eşit ücret” politikasına uygun olmayan şekilde meslek grubumuz mağdur edilmiştir. SONUÇ OLARAK; Çevre ve Orman Bakanlığında, Tarım ve Köy işleri Bakanlığında, Kültür ve Turizm Bakanlığı, Denizcilik Müsteşarlığı, DSİ v.b kurumlarda görev yapan tüm Biyologlar teknik uzman olarak çalışmakta olmasına rağmen EN DÜŞÜK DEVLET MEMURU MAAŞINA YAKIN MAAŞ ALMAKTA OLUP, BU DURUM “Eşit işe eşit ücret” politikası İLE BAĞDAŞMAMAKTA VE BİYOLOGLAR MAĞDUR EDİLMEKTEDİRLER. Yeni düzenlemeden önce, Çevre ve Orman Bakanlığında çalışan Biyologlar, Mühendis, Veteriner Hekim, Şehir plancısı, Mimar, Jeolog, Kimyager v.b. meslek gruplarından 300,00-350,00 TL az maaş alırlarken yeni düzenleme ile (Denge Tazminatı) birlikte aynı ortamda, benzer işleri yapan hatta aynı Fakülteden mezun ve aldıkları derslerin neredeyse üçte biri ortak olan Kimyagerlerden 500,00-700,00 TL daha az ücret alır hale gelmişlerdir. Sonuçta 1250,00 ila 1400,00 TL arasında maaş almakta olan biyologlar EN DÜŞÜK DEVLET MEMURU MAAŞINA YAKIN MAAŞ ALMAKTADIRLAR. Bu nedenle Biyologların Teknik Hizmet üretmesi nedeniyle TEKNİK HİZMETLER SINIFINA DAHİL EDİLMESİ HUSUSUNDA GEREKLİ YASAL DEĞİŞİKLİKLERİN YAPILMASINI, TÜM HAKLARIMIZ SAKLI KALMAK ÜZERE ARZ VE TALEP EDERİZ. TÜRKİYE BİYOLOGLAR DERNEĞİ

http://www.biyologlar.com/bio-der-kanun-taslagi

Besiyeri Hazırlanmasında Kullanılan Maddeler

Besiyeri bileşimine giren maddeler gelişme açısından; a) Gelişme için gerekli olanlar, b) inhibitörler olarak 2 gruba ayrılabilir. Gelişme için gerekli olan maddeler doğrudan mikroorganizmaların beslenme şekilleri ile ilgilidir ve bu maddeler besiyeri içinde bir anlamda zorunlu olarak bulunurlar. İnhibitörler ise gelişmesi istenmeyen mikroorganizmalar için gerektiğinde selektif besiyerlerine ilave edilirler. Besiyerlerine giren kimyasal maddeler hakkında aşağıda kısaca bilgi verilmiştir.1. SuBesiyeri hazırlamada kullanılan suyun; distilasyon veya deiyonizasyon ile taze hazırlanmış olması, başta bakır olmak üzere toksik metallerden arı olması gerekir. İyon değiştirici reçineden geçirilerek elde edilen deiyonize (= demineralize) su kullanıldığında bu suyun içinde yüksek sayıda mikroorganizma bulunabileceği dikkate alınmalıdır. Destile (= Distile) su için en ideali cam sistemlerin kullanılmasıdır.Gerek deiyonize, gerek destile su eldesinde saf su sisteminin ve benzer şekilde saf suyun depolandığı kapların belirli aralıklarla temizlenmesi gerekir.Taze hazırlanmış saf suyun pH'sı 6,5-7,5 arasında olmalıdır. Depolanmış saf su atmosferik karbondioksitin absorbe edilmesi sonucu asit pH gösterir. Eğer saf suyun pH'sı 5,5'in altında ise bu su ısıtılarak CO2 uzaklaştırılır ve pH yeniden kontrol edilir. Eğer pH hala düşük ise NaOH ile saf su nötral pH 'ya getirilir ve saf su sistemi kontrol edilir. Besiyeri hazırlamada kullanılan su, asit özellik gösteriyor ise ve besiyeri bileşimde bikarbonat tamponlar varsa bunları etkileyerek hazırlanmış besiyerinde bir takım olumsuzluklara yol açabilir.2. Peptonlar"Pepton" deyimi ilk kez 1880 yılında Nageli tarafından kullanılmıştır. Nageli, kemoorganotrof mikroorganizmaların kısmen parçalanmış (hazmedilmiş = sindirilmiş = digested) protein içeren besiyerinde iyi geliştiklerini ilk açıklayan bakteriyologdur. Bugün pepton deyimi, proteinlerin hidrolizi ile elde edilen ürünlere verilen genel isimdir. Yaşayan tüm hücreler gibi mikroorganizmalar da azot, karbon, tuzlar ve diğer besin maddelerine gereksinirler. İstisnalar dışında mikroorganizmalar genel olarak proteini azot kaynağı olarak kullanamazlar ve azotlu bileşikleri daha kolay kullanabilecekleri protein hidrolizatlarına gerek duyarlar.Peptonlar sadece azot değil, aynı zamanda karbon kaynağı olarak da mikroorganizmalar tarafından kullanılırlar. Bunun yanında peptonların bileşiminde bulunan bazı aminoasitler ve vitaminler bazı mikroorganizmaları için gelişme faktörü olarak işlev görürler.Proteinler; kuvvetli asitler, kuvvetli alkaliler ile ya da enzimatik olarak temel bileşenleri olan peptit ve amino asitlere ayrışırlar. Bu amaçla en çok kullanılan proteolitik enzimler papain, pepsin ve pankreatin'dir.Peptonlar çeşitli ticari firmalar tarafından çeşitli hayvansal dokulardan, sütten ve soyadan farklı yöntemlerle elde edilirler ve farklı ticari isimler ile pazarlanır ve/veya dehidre besiyerleri içine ilave edilirler. Hammadde ve üretim yöntemi farklılığı doğal olarak peptonların bileşimlerinde farklılıklar oluşturur. Dolayısı ile farklı amaçlar için farklı peptonlar kullanılır.3. Ekstraktlar1. Maya EkstraktıMaya ekstraktı (maya özütü = yeast extract) otolize edilmiş (parçalanmış) bira mayasının (Saccharomyces cerevisiae) sulu ekstraksiyonu ile elde edilir. Özellikle yüksek B kompleksi vitamin konsantrasyonu nedeniyle çoğu mikroorganizmanın iyi bir şekilde gelişmesini sağlar. Bileşimindeki amino asitler, peptidler, vitaminler, karbohidratlar ve mineraller sayesinde pek çok mikrobiyolojik çalışmada kullanılır. Doğal karbohidratları nedeniyle fermentatif çalışmalarda kullanılmaz.2. Et EkstraktıEt ekstraktı (et özütü= meat extract = beef extract = lab lemco powder) genellikle yağı ve tendonları ayrılmış, ekstraksiyon öncesi hafifçe hidrolize edilmiş etten elde edilir. Karbohidrat içermez. Bu nedenle fermentasyon çalışmalarında kullanılabilir. Besiyerlerinde et peptonları yerini alabilir.3. Malt EkstraktıMalt ekstraktı (malt özütü = malt extract) biralık arpadan elde edilir. Başta maltoz olmak üzere çeşitli karbohidratların yüksek konsantrasyonuna bağlı olarak maya ve küflerin geliştirilmesi için kullanılır.4. Beyin ve Kalp EkstraktıBeyin ekstraktı (= brain extract) ve kalp ekstraktı (heart extract) zor gelişen (= fastidious) patojen bakterilerin (streptokoklar, pneumokoklar, meningokoklar, gonokoklar vs) geliştirilmesi için besiyeri bileşimine katılır (Brain Heart Broth, Brain Hearth Infusion).5. Pirinç EkstraktıPirinç ekstraktı (rice extract), başta Candida türleri olmak üzere mayaların ayrımında kullanılan Rice Extract Agar 'ın bileşimine girer. Bu besiyerinde besin maddesi olarak sadece pirinç ekstraktı bulunur.4. Jelleştiriciler1. AgarBesiyerlerinin katı hale getirilmesi için en çok kullanılan jelleştirici agar (= agar agar)'dır. Agar, bir poligalaktozid olup "agarophytes" olarak tanımlanan bazı kırmızı deniz yosunlarından (Gellidium, Eucheuma, Gracilaria, Acanthopeltis, Ahnfeltia, Pterocladia türleri) elde edilir. Bazı hidroksil grupları sülfürik asit ile esterifiye edilmiştir.Katılaştırma (= jelleştirme) özelliğini bileşimindeki D-galakton sağlar. Bileşiminde ayrıca inorganik tuzlar, çok az miktarda protein benzeri maddeler ve eser miktarda yağ vardır. Mikrobiyolojide kullanılan agarlar özel olarak saflaştırılırlar ve antimikrobiyel maddelerden arındırılırlar.Agarın bileşimindeki agaroz ve agaropektin adlı 2 polisakkarit agarın etkisini belirler. Agaroz, agarın yüksek jelleştirme özelliğinden sorumlu iken, agaropektin viskoz özellikler verir. Agardaki agaroz : agaropektin oranı hammaddelere göre değişmekle beraber agaroz oranı % 75'e kadar çıkabilir.Agar, besiyeri bileşimine sadece jelleştirici olarak katılır. Bir kaç istisna dışında mikroorganizmalar için agar, uzun ve dallanmış zincir yapısı nedeniyle mikroorganizmalar için besin maddesi değildir.Agar, 85 oC'da erir, 40 oC'da jelleşir. Gerek erime, gerek jelleşme sıcak-lığına ortamın pH'sı etkilidir. 5'in altındaki pH 'larda agar jelleşme özelliğini yitirir. Agarın jelleşme sıcaklığı literatürde 32-36 oC ve 32-39 oC olarak verilmektedir. Bununla beraber, petri kutularına döküm sırasında petri kutularının oda sıcaklığında (20 oC) olduğu ve dolayısıyla petri kutusu ile besiyeri arasında ısı değişimi olacağı dikkate alınarak döküm sıcaklığının 40 oC kadar olması gerekir.Agar, besiyerine amaca göre % 0,05-3 gibi geniş bir sınırda ilave edilebilir. Düşük agar konsantrasyonları (% 0,05-0,3) genellikle hareketliliğin belirlenmesi, mikroaerofillerin geliştirilmesi vb özel amaçlarla kullanılır. Standart kullanım konsantrasyonu %1-1,5'dur. Yüksek konsantrasyonlar ise yüksek asitli besiyerlerinde agarın jelleşme özelliğini göreceli olarak geri kazanması amacıyla kullanılır.2. JelatinMikrobiyolojinin gelişme yıllarında ilk kez Robert KOCH tarafından jelleştirici olarak kullanılan jelatin bu gün daha ziyade proteolitik aktivitenin belirlenmesi amacıyla kullanılmaktadır.Kollegen protein yapısında olup fermente olabilir karbohidratları içermez. Jelleştirici olarak besiyerine ilave edildiğinde jelatinin ısıya duyarlığı nedeni ile 115 oC 'da 10 dakika gibi düşük sterilizasyon normu kullanılmalıdır. Jelatin, 121 oC'da sterilizasyonda ise jelleşme özelliğini kayda değer ölçüde yitirir. Besiyeri bileşimine % 12-15 düzeyinde katılır. Yaklaşık 28 oC 'da eridiğinden jelatin kullanılan besiyerleri 28 oC 'ın altında inkübe edilmelidir.5. KarbohidratlarBazı besiyerlerinin bileşimine bakteriler için enerji ve karbon kaynağı olarak katılan karbohidratların bir başka kullanım şekli karbohidrat fermentasyonuna dayalı identifikasyon testleridir.Besiyeri bileşiminde karbon kaynağı olarak en çok kullanılan karbohidratlar glukoz, laktoz ve sakkarozdur. Bunlardan glukoz pek çok bakteri tarafından kullanılabildiği için daha çok genel besiyeri bileşimlerinde yer alır.Adonitol, arabinoz, sellobioz, sellüloz, dekstroz (= glukoz), dulsitol, galaktoz, inositol, inulin, laktoz, levuloz (= fruktoz), maltoz, mannitol, mannoz, melezitoz, mellibioz, nişasta, rafinoz, rhamnoz, sakkaroz (= sukroz), salisin, sorbitol, trehaloz, ksiloz çeşitli fermentasyon testlerinde kullanılmak üzere sıvı besiyerlerine katılabilmektedir.Glukoz, laktoz sakkaroz, mannitol gibi bazı karbohidratlar çeşitli katı besiyerlerine yine fermentasyonun izlenmesi ve buna göre koloninin ön identifikasyonunda yararlanmak amacı ile katılır.Koliform grup bakterilerin geliştirileceği besiyerlerinin hemen hepsinde C kaynağı olarak laktoz kullanılır. Koliform grubun geliştirilmesine yönelik olarak hazırlanmış besiyerlerinde laktozdan gaz oluşumu koliform grup için belirleyicidir.Nişasta, kullanımı (hidrolizi) bazı bakteriler için tipik olduğundan çeşitli özel besiyerlerinin bileşimine katılır.Karbohidratların genel olarak filitrasyon ile sterilize edilmesi önerilir. Bazı besiyerlerinin bileşimine katılan glukoz, laktoz, sakkaroz gibi bazı şekerler besiyeri ile birlikte otoklavda sterilize edilebilirler.6. TuzSodyum klorür, çoğu besiyerinin bileşimine izotonik bir ortam oluşturmak için katılır. Tuza dayanıklı bakterilerin selektif izolasyonu için yüksek konsantrasyonlarda özel besiyerlerinin bileşimine katılır.7. Tampon MaddelerMikroorganizmalar genel olarak nötr ve nötre yakın pH 'larda iyi gelişirler. Bazı mikroorganizmalar alkali pH 'ları yeğlerken (örneğin Rhizobium bakterileri) bazıları (örneğin mayalar, küfler, asidofilik bakteriler) asidik ortamları severler.Bir besiyerinde elden geldiğince çok sayıda mikroorganizma geliştirilmesi isteniyorsa pH nötre yakın değerde olmalı, tersine olarak geliştirilmesi istenen mikroorganizma yüksek asitliğe veya yüksek alkaliliğe dirençli (= rezistans) ise besiyeri pH'sı bu mikroorganizmanın gelişebileceği pH 'ya ayarlanmalıdır.Asitlik/alkalilik, besiyerlerinin selektivite kazandırılmasında çok kolay ve dolayısıyla çok yaygın olarak kullanılan bir faktördür. Örneğin maya ve küflerin, asidofilik bakterilerin geliştirileceği ortamlarda pH düşürülerek pek çok mikroorganizmanın gelişmesi kayda değer ölçüde önlenir/kısıtlanır.Metabolizmaya bağlı olarak besiyeri pH 'sında değişmeler meydana gelir. Bazı çalışmalarda inkübasyon sırasında pH 'nın değişmesi geliştirilmesi istenen mikroorganizmaya zarar vereceği için istenmez. pH değişmesinin minimumda tutulması amacıyla besiyerine çeşitli tampon (buffer) maddeler ilave edilir. Tampon olarak en çok kullanılan maddeler, fosfatlar (K2HPO4, KH2PO4, Na2HPO4, ß gliserofosfat), karbonatlar, asetatlar ve sitrat 'dır.8. İndikatörler1. pH İndikatörleriMikrobiyel metabolizma sonunda bazı besiyeri bileşenlerinden çeşitli asit veya alkali ürünler meydana gelir. PH 'daki değişme en kolay olarak pH indikatörleri ile belirlenir ve pH indikatörlerinin renk değişimine bağlı reaksiyonlar o besiyerinde gelişen mikroorganizmalar için önemli göstergelerdir.Aşağıda, besiyeri bileşiminde kullanılan çeşitli pH indikatörleri ve pH 'ya bağlı renkler verilmiştir.İndikatör Asit pH / renkAlkali pH / renkFenol blueFenol redBrom Cresol GreenBrom Cresol PurpleBrom Thymol BlueCresol RedLitmusMetil RedNeutral RedRosalic Asit 2. Redoks indikatörleriEn yaygın olarak kullanılan redoks indikatörü TTC (2,3,5 Triphenyl-tetrazolium chloride)'dir. Enterokokların selektif geliştirilmesinde yaygın olarak kullanılır. Enterokoklar TTC 'yi indirgeyerek kırmızı renkli bir bileşiğe (formazon) dönüştürürler. Özel besiyerinde oluşan kırmızı renkli kolonilerin enterokok kolonileri olduğu bu şekilde anlaşılır.Resazurin, yaygın olarak kullanılan bir diğer redoks indikatörüdür.3. Diğer İndikatörlerMikrobiyel metabolizmaya bağlı olarak bazı kimyasalların çeşitli reaksiyonlar sonucu oluşturdukları ürünlerin belirlenmesi bu besiyerlerinde gelişen mikroorganizmaların ön identifikasyonunda kullanılır. Aşağıda bu tip reaksiyonlarda kullanılan indikatörlere örnekler verilmiştir.- MUG (4-Methylumbelliferyl-ß-Glucuronide): E. coli tanımında son yıllarda en yaygın olarak kullanılan bir bileşiktir. E. coli 'deki MUGase enzimi MUG 'u UV ile fluoresans veren bir bileşiğe parçalar. MUG hakkında aşağıda 7.1.1. bölümünde ayrıntılı bilgi verilmiştir.- Kan: Defibrine kan (çoğunlukla koyun kanı) hemoliz reaksiyonunun belirlenmesi için besiyeri bünyesine katılır.- Lesitin: Yumurta sarısı ve soya fasulyesinde bulunan lesitin, çeşitli bakterilerdeki lesitinaz enzim aktivitesi sonunda parçalanır ve lesitin katılmış katı besiyerinde koloni etrafında berrak zonlar görülür.- Jelatin ve kazein: Jelatin ve kazein proteolitik bakterilerin belirlenmesi amacıyla besiyeri bünyesine katılır. Proteolitik bakteri kolonileri etrafında proteoliz sonunda berrak zonlar oluşur.- Tributirin: Lipolitik aktivitenin belirlenmesi için kullanılır. Lipolitik bakteri kolonileri etrafında lipoliz sonunda berrak zonlar oluşur.9. İnhibitörlerSelektif besiyeri bileşimlerinde istenmeyen mikroorganizmaların gelişmesini engelleyen/baskılayan çeşitli inhibitör maddeler kullanılır.İnhibitör maddelerin etki şekilleri çok farklıdır. Etkileri, öncelikle konsantrasyonlarına bağlıdır.Bir yaklaşıma göre her maddenin yüksek konsantrasyonlarda inhibisyon etkisi vardır. Örneğin çoğu besiyerine ozmotik basınç sağlamak için katılan NaCl, yüksek konsantrasyonlarda pek çok mikroorganizmanın gelişimini engeller. Çoğu mikroorganizma için C kaynağı olarak kullanılan glukoz, % 50 konsantrasyonda ozmofilik/ozmotolerant mayaların gelişimine izin verirken, diğer mikroorganizmaların gelişimini inhibe eden bir etki yapar.Besiyerlerinde inhibitör olarak kullanılan maddeler genel ve selektif inhibitörler olarak kabaca 2'ye ayrılabilir. Genel inhibitörler daha geniş bir spektrumda istenmeyen mikroorganizma gelişimini engellerken, selektif inhibitörler belirli mikroorganizmaların gelişimini etkiler.İnhibisyon etki, yukarıda belirtildiği gibi öncelikle konsantrasyona bağlıdır. Bunun dışında mikroorganizma cinsi ve hatta türü inhibisyonda önemlidir. Belirli bir madde (örneğin tellurit) bazı bakteriler için inhibitör etki yaparken bazı bakteriler telluriti metalik telluriuma indirgerler, sonuçta gri-siyah renkli koloni oluşumu tipik bir morfolojik göstergedir.İnhibitör olarak kullanılan maddenin görevi, istenmeyen mikroorganizmaların gelişmesini önlemek iken, kuşkusuz gelişmesi istenen mikroorganizma için inhibitör etki yapmamalıdır. Sadece belirli bir türün dışında tüm mikroorganizmaların gelişimini etkileyen inhibitör madde kullanımı oldukça nadirdir. Örneğin Malahit yeşili (Malachite Green) ve Cetrimide, Pseudomonas aeruginosa dışında, tüm refakatçi florayı inhibe eder.Besiyerinde tek bir inhibitör kullanımı yerine birden fazla inhibitör kullanmak ve/veya gelişmesi istenmeyen mikroorganizmayı kısıtlı besin maddesi bulundurmak, O/R potansiyelini değiştirmek, inkübasyon sıcaklığını ayarlamak vb yöntemlerle engellemek yaygın olarak uygulanan inhibisyon şekilleridir.İnhibitör olarak kullanılan tüm maddelerin hangi mikroorganizmalar için hangi konsantrasyonda ve hangi mekanizma ile inhibisyon etki sağladıklarını listelemek çok güçtür ve bu kitabın kapsamı dışındadır. Bununla beraber en çok kullanılan inhibitörler hakkında aşağıda kısaca bilgi verilmiştir.- Boyalar: Metakrom sarısı (Metachrome Yellow) Proteus kolonilerinin yayılmasını; Eosin Y, metilen mavisi (Methylen Blue) gram pozitif bakterilerin gelişimini; malahit yeşili (Malachite green) Pseudomonas aeruginosa dışındaki refakatçi floranın gelişimini engeller/baskılar.- Sodyum Azid: Gram negatif bakterilerin gelişimini engeller.- Safra Tuzları (Bile salts, Ox bile): Gram pozitiflerin gelişimi engeller. - Antibiyotikler: Genellikle bakterileri engellemek için geniş spektrumlu olarak küf geliştirme besiyerlerinde veya refakatçi bakteriyel florayı inhibe etmek için dar spektrumlu olarak kullanılırlar.- Deoksiçolat (Deoxycholate): Gram pozitif bakterileri, kısmen koliformları ve zayıf olarak Shigella 'yı engeller.Bunların dışında selenit, tetratiyonat, bizmut, lauryl sülfat, yüksek konsantrasyonda asetat vb maddeler çeşitli besiyerlerinde inhibitör madde olarak kullanılırlar.

http://www.biyologlar.com/besiyeri-hazirlanmasinda-kullanilan-maddeler

Biyologların Yönetmeliklerle Belirlenmiş Yetkileri

****ÇEVRE DENETİMİ YÖNETMELİĞİ, Resmi gazete 21 Kasım 2008, sayı: 27061 BİRİNCİ BÖLÜM Amaç, Kapsam, Dayanak ve Tanımlar ...Çevre Yönetim Birimi ve Çevre Görevlisinin Nitelikleri ve Görevleri Tesis veya faaliyetlerde, tesis veya faaliyetlerin çevre yönetim birimlerinde veya yetkilendirilmiş çevre danışmanlık firmalarında çalışacak çevre görevlisinde aranacak nitelikler MADDE 8 – (1) Tesis veya faaliyetlerde, tesis veya faaliyetlerin çevre yönetim birimlerinde veya yetkilendirilmiş çevre danışmanlık firmalarında çalışacak çevre görevlisinin en az dört yıllık yükseköğretim kurumlarının mühendislik, fizik, kimya veya BİYOLOJİ bölümlerinden mezun olması zorunludur. ***** GIDA ve GIDA İLE TEMAS EDEN MADDE ve MALZEMELERİ ÜRETEN İŞ YERLERİNİN ÇALIŞMA İZNİ ve GIDA SİCİLİ ve ÜRETİM İZNİ İŞLEMLERİ İLE SORUMLU YÖNETİCİ İSTİHDAMI HAKKINDA YÖNETMELİKYazdır, Yetki Kanunu:5179, Yayımlandığı R.Gazete: 27.08.2004-25566 EK: 7/A (www.kkgm.gov.tr/yonetmelik/sorumlu_yonetici.html) Gıda İşletmelerinde Üretimin Niteliğine Göre Sorumlu Yönetici Olarak İstihdam Edilecek Meslek Mensupları; 5- Meyve/Sebze Ambalâjlayan İş Yerleri (taze/kurutulmuş): Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog. 7- Unlu Mamuller (simit-yufka-kadayıf-galeta...vb.), Ekmek ve Ekmek Çeşitleri, Pastacılık Ürünleri, Un, Bulgur ve Makarna Üreten İş Yerleri ile Hububat ve Bakliyat İşleyen İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog. 13- Baharat ve Kuru Yemiş İşleyen İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog. 17- Maya, Fermente ve Salamura Ürünleri Üreten İş Yerleri (sirke-yaprak-turşu, zeytin vb.): Ziraat Mühendisi (Gıda+Süt+Bahçe Bitkileri), Gıda Mühendisi, Biyolog. 19- Su Ürünleri İşleyen İş Yerleri: Su Ürünleri Mühendisi, Ziraat Mühendisi (Gıda +Su Ürünleri+Zootekni), Gıda Mühendisi, Veteriner Hekim, Biyolog. 20- Yumurta Ambalâjlayan İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Veteriner Hekim, Biyolog, Kimya Mühendisi, Kimyager. 21- Soğuk Hava Depoları, Sade Buz Üreten İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Veteriner Hekim, Kimya Mühendisi, Kimyager, Biyolog. 23- Sadece Gıda Maddelerini Ambalâjlayan İş Yerleri: Ziraat Mühendisi (tüm bölümler), Gıda Mühendisi, Biyolog, Kimya Mühendisi, Kimyager. ****Halk Sağlığı Alanında Haşerelere Karşı İlaçlama Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik, Resmi gazete:27 Ocak 2005, Sayı: 25709, (www.saglik.gov.tr/) Mesûl müdür Madde 8- İşyeri faaliyette olduğu sürelerde bir mesûl müdür bulunması zorunludur. Mesûl müdür sadece bir işyerinde mesûl müdürlük görevini üstlenebilir. Mesûl müdürlük için Hekim, Veteriner Hekim, Eczacı, Tıbbi Teknolog, Ziraat Mühendisi, Biyolog unvanına sahip veya entomoloji, toksikoloji alanında yüksek lisans, çevre sağlığı ve toplum sağlığı bölümü en az önlisans diplomasına sahip olunması zorunludur. Bu diplomaya sahip kişiler Bakanlık tarafından belirlenecek eğitim programına katılarak sertifika almak zorundadırlar. Mesûl müdür, idari işlerden bizzat, diğer işlemlerden ise ekip sorumluları ile birlikte sorumludur. Mesûl müdürün idari işlerinden, işleyişten ve sunulan hizmetin gerektirdiği alt yapı olanaklarının sağlanmasından işyeri sahipleri de bizzat sorumludurlar. ****Çevresel Etki Değerlendirme (ÇED) raporu hazırlamada ve ÇED bürosu açmak için gerekli yeterlilik şartları aşağıdaki web adresinden öğrenilebilir, (www.cevreorman.gov.tr/yasa/t/25383.doc) Yeterlik Belgesi Başvurularında Aranacak Koşullar Madde 5 — Yeterlik belgesi almak isteyen kurum ve kuruluşların aşağıdaki koşulları sağlamaları zorunludur: a) Kamu veya özel sektörde mesleği ile ilgili olarak en az iki yıl çalışmış bir çevre mühendisini sürekli olarak istihdam etmeleri, b) Mühendislik ve mimarlık fakülteleri, fen-edebiyat fakültelerinin fizik, kimya, biyoloji bölümleri ile jeoloji, hidrojeoloji, zooloji, arkeoloji, veteriner hekim, kamu yönetimi, işletme, ekonomi, maliye, iktisat, sosyoloji bölümleri lisans mezunlarından farklı meslek grubundan kamu veya özel sektörde mesleği ile ilgili olarak en az iki yıl çalışmış iki personeli sürekli olarak istihdam etmeleri, c) (a) ve (b) bentlerinde belirtilen meslek dallarından; Raporu hazırlayacak kurum/kuruluşların Raporunun hazırlanması, incelenmesi veya denetiminde en az üç yıl çalışmış bir personeli rapor koordinatörü olarak ÇED sürecinde görevlendirmeleri,

http://www.biyologlar.com/biyologlarin-yonetmeliklerle-belirlenmis-yetkileri

PROBİYOTİKLER HAKKINDA BİLGİ

Değişik sebeplerden ileri gelen ve insan sağlığı üzerinde olumsuz etkileri olan farklı oluşumlara karşı uzun yıllardan beri değişik antibiyotikler kullanılmıştır. Antibiyotiklerin belli periyotlarda ve belli dozlardaki kullanımı neticesinde, metabolizmada gözlenen rahatsızlıklar tedavi edilebilmiştir. Ancak zaman içerisinde kullanılan antibiyotik türleri ve bunların tedavideki dozlarının insan metabolizmasında yararlı faaliyetleri olan (özellikle de intestinal florada) mikroorganizmaları inaktive ettiği ya da populasyonunu azalttığı ve bunun neticesinde de normal floranın bozularak, vücutta antibiyotiklerden kaynaklanan bazı rahatsızlıkların (alerji, diyare, gaz vb. gibi) ortaya çıktığı belirlenmiştir. Bunun yanında araştırıcılar günlük yaşamın getirdiği bazı olumsuzluklardan (çevrede olan ani değişmeler, su ve besinlerin kaliteleri, hayvansal ürünlerin aşırı miktarları, kafein, alkol kullanımı) ve değişik türdeki patojenlerin enfeksiyonlarından dolayı (sinirsel yorgunluk ve stres gibi) vücudun normal florasının etkilendiğini de ortaya koymuşlardır. Vücudun doğal intestinal florasında bulunan ve organizma için yararlı olan bakterilerin gitgide sayılarının azalması, tamamen yok olması karşısında bilim dünyası bu yararlı florayı korumak ya da tekrar geri kazanmak için arayışa girmiş ve “Probiyotik mikroorganizmalar” değişik ürünler (mandıra ürünleri, meyve suları, çikolata ve et ürünleri) ile tüketime sunulmuşlardır. Probiyotikler; yaşayan mikroorganizmalar olup mukozal ve sistemik bağışıklığı ayarlayarak konağa tesir ederler. Ayrıca intestinal sistemdeki mikrobiyal dengeyi sağlarlar. Sağlıklı bir insan vücudunda probiyotik mikroorganizmalar belli oranlarda bulunmaktadır. Probiyotik mikroorganizma florası, vücudun mukoz membranlarında ve sindirim bölgelerinde kolonize olan bakterilerdir. Vücuttaki mikroorganizma florasında 400 ile 500 arasında farklı türde, sindirim bölgesinde yerleşmiş durumda bulunan, gerek patojen gerekse sağlığa yararlı mikroorganizmalar mevcuttur. Sindirim sisteminin önemli bir parçası olan bağırsaklarda, ilaç kullanımı veya hastalıklar sırasında açığa çıkan zararlı bakteriler, aynı ortamda bulunan iyi huylu bakterilere karşı atağa geçerler ve bağırsağa yerleşmeye çalışırlar. Probiyotik bakteri suşları ise bağırsak duvarına tutunarak, bu zararlıların içeriye girmesini önler. Probiyotik Olarak Kullanılan Mikroorganizmalar Probiyotikler esas olarak laktik asit bakterileridir. Bunun yanında araştırmalar mayaların da probitotik özelliğe sahip olduğunu göstermiştir. Yoğurt yapımında kullanılan mikroorganizmalar (Lactobacillus bulgaricus ve Streptococcus thermophilus) dışında tüm laktik asit bakterileri bağırsak florası elemanlarıdır. Bir probiyotik ürün bu mikroorganizmalardan birini ya da birkaçını içerebilir. İçerdiği mikroorganizma sayısı arttıkça probiyotiğin kullanım alanı genişlemektedir. Probiyotik Bakterilerin Özellikleri Probiyotik bakteriler Gram (+), sporsuz, basil şeklindedir. L. acidophilus’un üreme sıcaklığı 35 – 380C ‘dir. Probiyotik bakteriler mide asitliğine diğer bakterilere göre daha dayanıklıdır. Safra tuzuna ve lizozim enzimine daha dirençlidir. Lactobacillus türleri, ince bağırsakta fazla sayıda bulunurken, Bifidobacterium’lar kalın bağırsaktadırlar. Probiyotik bakteriler laktik asit, asetik asit, bakteriyosin gibi antimikrobiyal maddeler üreterek, bağırsaklarda istenmeyen mikroorganizmaların çoğalma hızını kontrol ederler ve doğal floranın denge içinde bulunmasını sağlarlar. Gram (+) bakteriler, bakteriyosinlere çok duyarlıdır. Beslenmede bitkisel besinlerin fazla olması, hayvansal besinlerin aksine bağırsaklardaki probiyotik bakterilerin sayısını artırır. Sağlıklı kişilerin bağırsak florasında probiyotik bakterilerin (örneğin Bifidobacterium’ların) sayısı zaman içerisinde sabitleşmekte; ancak günlük yaşamın getirdiği; antibiyotik kullanımı, stres, sinirsel yorgunluk, dengesiz beslenme, fazla alkol alımı, hastalık ve bağırsak ameliyatları gibi sonuçlar, bu bakterilerin azalmasına neden olur. Bunun sonucunda bağırsaklarda enterik bakteriler çoğalır ve enterik rahatsızlıklar ortaya çıkar. Probiyotik bakterilerin önemli özelliklerinden biri de, bağırsak çeperine tutunabilme yeteneğine sahip olmalarıdır. Bu tutunma en önemli ve hatta biyolojik etki gösterebilmeleri için mutlaka olması gereken bir özellik olarak belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, bağırsak çeperine tutunarak patojen mikroorganizmaların tutunmasını engellerler. Ayrıca sindirim sırasında bağırsak hareketlerinden çok fazla etkilenmeden hızla üreyerek orijinal populasyonda azalmayı engellerler. Bütün bunları maddeleyecek olursak; probiyotik olarak kullanılan mikroorganizmalarda aranan özellikler şunlardır: - Güvenilir olmalıdır, kullanıldığı insan ve hayvanda yan etki oluşturmamalıdır. - Stabil olmalıdır, düşük pH ve safra tuzları gibi olumsuz çevre koşullarından etkilenmeden bağırsakta metabolize olmalıdır. - Bağırsak hücrelerine tutunabilmeli ve kolonize olabilmelidir. - Kanserojenik ve patojenik bakterilere antagonist etkili olmalıdır. - Antimikrobiyal maddeler üretmelidir. - Konakta hastalıklara direnç artışı gibi yararlı etkiler oluşturma yeteneğinde olmalıdır. - Antibiyotiklere dirençli olmalıdır. Antibiyotiğe bağlı (diyare) ortaya çıkan hastalıklarda bağırsak florasını düzeltmek amacı ile kullanılabileceğinden, bağırsaktaki antibiyotiklerden etkilenmemelidir. - Minimum etki dozları bilinmediğinden, canlı hücrelerde büyük miktarlarda bulunabilmelidir. Probiyotik Olarak Kullanılan Mikroorganizmalar Lactobacillus Türleri: Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus cellebiosus Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus lactis Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus reuteri Lactobacillus brevis, Lactobacillus casei Lactobacillus curvatus, Lactobacillus fermentum Lactobacillus plantarum, Lactobacillus johsonli Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus Lactobacillus salivarius, Lactobacillus gasseri Bifidobacterium Türleri: Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium breve, Bifidobacterium infantis Bifidobacterium longum, Bifidobacretium thermophilum Bacillus Türleri: Bacillus subtilis, Bacillus pumilus, Bacillus lentus Bacillus licheniformis, Bacillus coagulans Pediococcus Türleri Pediococcus cerevisiae, Pediococcus acidilactici Pediococcus pentosaceus Streptococcus Türleri : Streptococcus cremoris, Streptococcus thermophilus Streptococcus intermedius, Streptococcus lactis Streptococcus diacetilactis Bacteriodes Türleri : Bacteriodes capillus,Bacteriodes suis Bacteriodes ruminicola, Bacteriodes amylophilus Propionibacterium Türleri : Propionibacterium shermanii, Propionibacterium freudenreichii Leuconostoc Türleri: Leuconostoc mesenteroides Küfler: Aspergillus niger, Aspergillus oryzae Mayala: Saccharomyces cerevisiae, Candida torulopsis Probiyotikler Tarafından Üretilen Esas Maddeler Vitaminler: K vitamini, folik asit, biotin, B1, B2, B12, Niasin ve priydoksin. Enzimler: Laktaz gibi sindirim enzimleri (esas olarak süt ürünlerin sindiriminde), serbest bölgelerin düzenlenmesine yardımcı olan karbonhidrat enzimleri, sindirim ve protein enzimleri, yağ enzimleri. Uçucu Yağ Asitleri: Besinlere ait yağ asitlerinin kısa zincirleri yardımıyla üretilen bu yağ asitleri sayesinde, optimum düzeyde sindirim için gerekli olan pH dengesinin sağlanması. İnsan sağlığına faydalı etkilerinin olduğu düşünülen canlı bakteri hücreleri üç temel kaynaktan yenmektedir: - Fermente süt ürünleriyle - Gıdalara ve içeceklere bu bakterilerin canlı hücrelerinin eklenmesiyle (meyve suları, çikolata, et ürünleri v.b.) - Probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinden hazırlanan farmakolojik ürünler olarak tablet veya kapsüllerin hazırlanmasıyla. Probiyotik Süt Ürünleri En önemli probiyotik süt ürünü yoğurttur. Bununla birlikte, Lactobacillus acidophilus içeren diğer süt ürünleri olan Acidophilus quarkı, Acidophilus’lu süt, Acidophilus’lu tereyağı, Acidophilus’lu süt tozu da bu grupta yer alan diğer ürünlerdir. Probiyotik süt ürünleri ülkemizde yeni üretilmekle birlikte, birçok ülkede bu ürünlerin tüketimi gün geçtikçe artmaktadır. İnsan sağlığı üzerindeki etkileri de dikkate alındığında Lactobacillus acidophilus içeren ürünlerin üretim yöntemleri ile ilgili çalışmaların geliştirilmesi yararlı olacaktır. Bağırsak sisteminde bulunan Lactobacillus türlerinden fermente süt ürünlerinde en çok kullanılanları Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum’dur. Lactobacillus acidophilus, yoğurt bakterilerinin aksine, insan sindirim sisteminin doğal bir üyesi olup, sindirim sisteminde bulunan yüksek asitlik ve bir takım enzimlerin inhibe edici etkisine ve safra kesesi tuzlarına dayanıklıdır. Bifidobacterium türlerinin başlangıçta yalnızca bebeklerin bağırsak florasında olduğu düşünülmüşse de, sonraki çalışmalarda bunların erişkin insanlarda ve sıcak kanlı hayvanlarda da bulunduğu ortaya konmuştur. Acidophilus ve Bifidobacterium türleri, ince bağırsaktaki mukoz membran tarafından tutulmakta, burada oluşturdukları asit ve diğer metabolik ürünler ile patojen ve diğer mikroorganizmalara karşı direnç göstermektedir. Bu durumda, Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum ile üretilen ürünlerin düzenli olarak tüketilmesi bu bakterilerin bağırsak sistemlerine tutunmasını sağlamakta ve tedavi edici bir özellik göstermesine neden olmaktadır. Bu nedenle, son yıllarda mide – bağırsak enfeksiyonları için klasik antibiyotik tedavilerine alternatif olarak probiyotik ürünler kullanılmaktadır. Nitekim antibiyotik kullanımına bağlı olarak ortaya çıkan diyarenin önlenmesinde, Clostridium difficile ile meydana gelen kolik diyarenin tekrarlama olasılığının düşürülmesinde, fermente süt ürünlerinden yoğurda aşılanan Saccharomyces boulardii’nin, günde 1 g. yenmesi ile Enterococcus faecium SF68 yada Lactobacillus rhamnosus GG suş’unun fermente süt ürünleri ile alınması neticesinde, hastalarda pozitif yönde gelişmeler olduğu tespit edilmiştir. Yoğurt etkisi altında ağız yolu ile yapılan beslenmenin düzenli olarak uygulanması ile organizmaya patojen bakteri bulaşımının azaldığı kesin olarak ispatlanmıştır. Konu ile ilgili olarak çalışan diğer araştırmacılar da ağız yolu ile yapılan bu beslenme sonucunda, vücudun virüslere karşı bir etki oluşturduğunu bildirmektedirler. Günümüzde tıp alanında birçok hastalığın tedavi edilmesinde yada tekrarının önlenmesinde, Probiyotiklerin kullanılma olgusunun ve bunların en yaygın olarak fermente süt ürünleri ile diyetlerde uygulanmasının, tıp alanında yeni tedavi oluşumlarına kaynak teşkil ettiği görülmektedir. Bağırsak Rahatsızlıklarının Önlenmesi Probiyotik bakteriler, barsak hareketlerini hızlandırarak bağırsak içeriğinin kolayca atılmasını sağlar. Bazı koşullar altında (örneğin antiboyotik alımı), bağırsaklarda faydalı bakterilerin azalmasına ve istenmeyen bakterilerin (Clostridium difficile, E. coli gibi) artışıyla enterik enfeksiyonlar ortaya çıkabilir. Bu problem, probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinin gıdalarla veya farmakolojik ürünlerin yenmesiyle önlenebilir. Probiyotik bakterilerin bağırsak yüzeyine tutunarak istenmeyen bakterilerin tutunmasını engellemeleri ve ürettikleri antimikrobiyal maddelerle (asitler, bakteriyosinler, reuterin gibi) çoğalmalarını kontrol altına alırlar. Safranın parçalanması safra asidine göre daha fazla antimikrobiyal etki gösterdiğinden, enterik bakterilerin çoğalması inhibe edilir. Yapılan değişik araştırmalarda, probiyotik bakterilerin özellikle çocuklarda enterik enfeksiyonlara karşı etkili olduğu belirtilmiştir. Araştırmalarda probiyotik bakterilerin süt ürünleriyle veya süte eklenerek bir süre yendiklerinde, bireylerin bağırsak florasında, C. perfingens, C. dificile, E. coli, Salmonella gibi enterik bakterilerin sayısında azalma ve buna karşılık probiyotik popülasyonda artış saptanmıştır. Ayrıca probiyotik bakterilerin yaşlı kişilerde görülen kabızlık gibi bağırsak problemlerini ve yine her yaş grubundaki kişilerde çeşitli nedenlere bağlı olarak görülen ishal, kabızlık, gaz oluşumu, karın şişliği gibi bağırsak rahatsızlıklarını önledikleri belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, bağırsak florasında bulunan Bacteroid, Clostridium, Enterobacter, Fusabacterium, Salmonella, Shigella, Campylobacter jejuni, Candida albicans, Staphylococcus aureus gibi patojen bakterilerin biyojenik amin, amonyak fenol gibi tehlikeli bileşikler üretmelerini engellerler. Probiyotik bakterilerin patojenler üzerindeki bu etkisi, bağırsaklarda laktik ve asetik asit üretmeleri ve pH’nın azalması ile açıklanmaktadır. Laktoz Hidrolizi Laktoz intolerant (bağırsak hipolaktemia) kişiler, laktozu hidrolize edecek beta galaktosidaz enzimini genetik rahatsızlık nedeniyle üretemezler. Sadece Kuzey Avrupalılar, beyaz Amerikalılar ve Afrika’da bazı kabileler laktozu parçalayacak beta-galaktosidaz enzimini oluştururlar. Laktoz intolerant kişiler süt veya dondurma ile laktoz yediklerinde, laktoz ince bağırsakta emilmeden kalın bağırsağa geçer. Kalın bağırsakta laktoz değişik bakteriler tarafından glikoz ve galaktoza hidrolize edildikten sonra asit ve gaza dönüştürülür. Asit ve gaz oluşumu bağırsaklardan sıvı emilmesini engeller ve bunun sonucunda bağırsak şişliği şeklinde rahatsızlıklar ortaya çıkar. Yoğurdun, asidophilus eklenmiş sütün (çoğunlukla L. acidophilus) ve probiyotik bakterilerin farmakolojik ürünlerinin yenmesi, ince bağırsaklara laktozu hidrolize edecek canlı bakteri bağladığından, laktozdan kaynaklanan rahatsızlıklar görülmez. Fermente ürünlerde laktoz, laktik asit bakterileri tarafından parçalandığından ve ürünlerde bakterilerin ürettiği beta-galaktosidaz enziminin bulunması nedeniyle fermente gıdaların sağlık üzerine faydaları bulunmaktadır. Lactobacillus bulgaricus ve Streptococcus thermophilus mide asitliğine dayanamaz ve normal bağırsak bakterisi değildirler. Fakat süte göre yoğurttan laktozun azalması, bağırsak rahatsızlıklarının ortaya çıkmasını engeller. Bağırsak bakterileri ve çoğunlukla bazı Lactobacillus türleri, belirli koşullarda ince bağırsaklara yerleşerek yiyeceklerle alınan laktozu hidrolize ederler. Serum Kolesterol Düzeyinin Düşürülmesi Farelerle yapılan bir çalışmada, farelere L. acidophilus içeren süt verilmesi sonucunda düşük serum kolesterol düzeyi bulunmuştur. Probiyotik bakteriler ile üretilen fermente süt ürünlerinin veya bu bakterilerin canlı hücrelerinin yenmesi, insanlarda düşük kolesterol düzeyinin oluşması, olası dört faktörden kaynaklanabilir: Yukarıda belirtilen beta-galaktosidaz enziminin fermente süt ürünlerinde bulunması. Bazı bağırsak bakterilerinin yiyeceklerle alınan kolesterolü metabolize etme yeteneğinde olması. Böylece kana geçmesinin azalmasına neden olur. Bakterilerin bağırsaklarda kolesterol prekürsörlerini veya kolesterolü azaltılır. Bazı Laktobasillerin safra tuzlarını parçalamasıyla safra tuzlarının karaciğer tarafından emilmesi engellenir. Böylece safra tuzu absorbe edemeyen karaciğerin, safra tuzu sentezlemek için fazla miktarda serum kolesterolünü kullanması sonucunda serumda kolesterol miktarını azaltır. Fakat bazı araştırma sonuçları, probiyotik bakterilerin vücutta kolesterol düzeyini azalttığı şeklindeki bulguları desteklememektedir. Bunun farklı deney düzenekleri, farklı mikroorganizma kültürü kullanılması gibi nedenlerden kaynaklanabileceği belirtilmiştir. Örneğin kolesterol hidroliz etmeyen veya safra asidini parçalamayan bakteri türünün kullanılması gibi. Kalın Bağırsak Kanserinin Azaltılması 1962 yılında laktik asit bakterilerinin antikarsinojenik etkiye sahip olduğu ileri sürülmüştür. Daha sonraki yıllarda hayvanlar üzerinde yapılan arıştırmalarda; deney hayvarları yoğurt ve yoğurda L. acidophilus, L.bulgaricus, L. casei, Bifidobakterium’un türleri gibi bakteriler ekleyerek beslenmiş, deney hayvanları üzerinde antikarsinojenik bir etki bulunmuş ve tümör riskinin azaldığı belirtilmiştir. Birçok araştırmada, probiyotik bakterilerin fazla miktarda ağızdan alımı sonucunda, istenmeyen bağırsak bakterilerinin oluşturduğu beta-glucuronidaz, azoredüktaz ve nitroredüktaz enzimlerinin azalmasını sağladığı belirtilmiştir. L. acidophilus’un fermente ürünlerle birlikte yenmesiyle bağırsaklarda kanserojenik maddelerin kanserojen maddelere dönüşümünde rol oynayan beta-glukoronidaz, nitroredüktaz ve azoredüktaz enzimlerinin düzeyinde iki ile dört kat azalma saptanmıştır. Probiyotik bakteriler kanser genlerinin aktivasyonundan sorumlu olan bakterilerin enzimatik aktivitelerinin düzenlenmesinde, kanser genlerinin bileşiminin ve toksik etkilerinin önlenmesinde yararlı oldukları kaydedilmiştir. Süt ürünlerinin, deney hayvanlarında tümör büyümesini baskılayan konjuge linoleik asitten anlamlı miktarlarda içerdikleri belirtilmiştir. İstenmeyen bakteriler, bağırsak normal pH’sının düşmesiyle laktik ve asetik asit ürettiklerinden dolayı, bağırsaklardan aminlerin ve amonyağın emilmesi azalır. Bu da kanser oluşumunda, tansiyon ve kolesterolün yükselişinde etkili olan nitroz aminlerin serumda artışına neden olur. Probiyotik bakteriler enterik bakterilerin aktivitelerini engelleyerek, serumda nitroz aminlerin artışını dolaylı olarak önlerler. İstenmeyen birçok bakteri türünün bağırsaklarda gıdalarla alınan kanserojen preküsörlerini aktive eden enzimleri üreterek, aktif karsinojen maddelerin oluşumuna neden oldukları belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, istenmeyen mikroorganizmaların çoğalmasını inhibe ederek bu enzimlerin oluşmasını engellerler. Bağışıklık Sistemine Etkileri Probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinin bağırsaklarda bulunmaları halinde, bağışıklık sistemini uyardıkları ve kuvvetlendirdikleri belirtilmiştir. Spesifik laktik asit bakteri suşları ile fermente edilen süt ürünlerinin tüketilmesiyle bağışıklığı artıran peptidlerin üretiminde artış olduğu ve bunlardan bazılarının antitümör etkinliğe sahip oldukları belirtilmiştir. Bağışıklık sisteminin uyarılmasıyla serumda IgA gibi antikorların artması virüs, Clostridium, E. coli gibi patojenlere karşı vücudun dirençliliğinin arttığı kaydedilmiştir. Metabolizmaya Yardımcı Olmaları Probiyotik bakteriler, gıdaların sindiriminde bağırsaklara yardımcı olurlar ve sağlıklı bir metabolik aktivitenin oluşmasını sağlarlar. Bu şekilde beslenmeye ve büyümeye yardım ederler. Bağırsaklarda selüloz ve diğer sindirilemeyen gıda bileşenlerini parçalayarak sindirim sistemine yardımcı olurlar. Bağırsak Doğal Florasının Korunması Probiyotik bakteriler; yeni doğanlarda, antibiyotik kullanımında veya günlük yaşamın getirdiği koşullara bağlı olarak bozulan bağırsak doğal florasının oluşmasına yardımcı olurlar. İstenmeyen bakterilerin, mayaların ve küflerin çoğalmasını kontrol altında tutarak bağırsak doğal florasının bozulmasını engellerler. Vitamin Üretimi Probiyotik bakteriler bağırsak florasında yeterli sayıda bulunduklarında, vitamin ve amino asit sentezledikleri belirtilmiştir. Bu bakterilerin ürettiği vitaminlerin en önemlileri, tiyamin (B1), riboflavin (B2), piridoksin (B6) ve naftokinin (K)’dır. Bir araştırmada, B. bifidum’un bağırsak florasında bulunduğunda, bağırsaklarda B6 vitaminin %400 artığı belirtilmiştir. Gıdalara Katılması Bifidobacterium gibi probiyotik bakteriler, bebek yiyecek ve içeceklerinde katkı olarak kullanılabilmektedir. Bu bakteriler yeni doğanlarda koruyucu antimikrobiyaller, vitaminler, asetik ve laktik asit üreterek enterik enfeksiyonlara karşı korunmalarına ve beslenmelerine yardımcı olurlar. Probiyotik bakteriler ishalin önlenmesinde, kemoterapik veya diğer amaçlar için gıdalara katılmaktadırlar. Özetle Probiyotiklerin Faydaları Yiyeceklerle alınan toksik (zehirli) maddelerin detoksifiye edilmesine (vücuttan atılmasına), kabızlık sorununun giderilmesine destek olurlar. Ağız kokusu sorununun giderilmesine yardımcı olurlar. İnce ve kalın bağırsaklardaki kötü ve zararlı bakterilerin yerine geçerek, onları kontrol altına alıp, bağışıklık sistemini güçlendirerek bir çok hastalığa karşı vücut direncinin artmasına katkıda bulunurlar. Antibiyotik ilaç kullanımı nedeniyle doğal florası bozulan bağırsakların dengesini düzeltmeye yardımcı olurlar. B grubu ve K vitamini üretimini ve emilimini sağlarlar. Kalsiyumun bağırsaklardan emilimini artırıp; kemik erimesini (osteoporoz) önlerler. Kötü bakterilerin neden olduğu enfeksiyonları yavaşlatırlar. Vajinal florayı dengede tutarak, vajinal enfeksiyonlara sebep olan patojen mikroorganizmaların (Candida) gelişimini baskılarlar. İdrar yolu enfeksiyonlarına ve seyahatlerde ishale sebep olan E. coli bakterisinin gelişimini engellemeye yardımcı olurlar. Alerji belirtisini azaltırlar. Zehirli maddelerin vücuttan atılmasına ve cildin görünümünün iyileşmesine yardımcı olurlar. Sindirim kanalında sağlıklı bir bakteri dengesi oluşturup, bazı gerekli enzimleri üreterek sindirime katkıda bulunurlar. Laktoz ve protein sindirimini kolaylaştırırlar. Probiyotik mikroorganizmalar ile ilgili bazı hususlar henüz aydınlatılabilmiş değildir. Örneğin; probiyotik mikroorganizmaların vücut içerisinde bir organdan başka bir organa geçişleri ile ilgili olarak herhangi bir belge yoktur. Ayrıca, gıdalarla alınan probiyotik bakteriler ile ilgili hiçbir enfeksiyon olgusu literatürde yer almayıp, sadece Sacchoromyces boulardii `ye ait enfeksiyonun raporlarda yer aldığı görülmektedir. Kaynaklar: 1- www.sutas.com.tr 2- forummate.com 3- www.gencbilim.com 4- H.M. Timmerman, C.J.M. Koning, L. Mulder, F.M. Rombouts, A.C. Beynen (2004). Monostrain, multistrain and multispecies probiotics- A comparison of functionality and efficacy, International Journal of Food Microbiology, 96, 219– 233 5- Robert Penner, Richard N Fedorak, Karen L Madsen (2005). Probiotics and nutraceuticals: non-medicinal treatments of gastrointestinal diseases, Current Opinion in Pharmacology, 5(6):596-603.

http://www.biyologlar.com/probiyotikler-hakkinda-bilgi

Mikrobiyal Biyoteknoloji Bölüm 1

Biyoteknoloji Nedir ? - Biyolojik araç, sistem ve süreçlerin üretim ve hizmet endüstrilerine uygulanması - Endüstriyel uygulamalarda başarılı olabilmek için Biyokimya, Mikrobiyoloji ve Mühendislik bilimlerinin ortak kullanımı ile mikroorganizmaların, doku ve hücre kültürlerinin kapasitelerinin artırılması - Çeşitli yararlı maddelerin üretilmesi için biyolojik özellikleri kullanan bir teknoloji olması - Biyolojik araçlar tarafından üretilen materyallerin daha iyi ürün ve hizmet vermek üzere bilim ve mühendislik ilkelerinin uygulanması - Biyoteknoloji sadece teknik ve süreçlerin toplamına verilen bir addır. - Biyoteknoloji canlı organizmaları ve onların yapıtaşlarını tarım, gıda ve diğer endüstrilerde kullanan bir tekniktir. - Biyoteknoloji konu olarak “multidisipliner” yani bağımsız pek çok bilim dalını birarada barındırır. Eğer biyoteknoloji çalışması yapanları bir liste altında toplamak gerekirse Biyokimyacılar, Mikrobiyologlar,Genetikçiler, Moleküler biyologlar, Hücre biyologları, Botanikçiler, Ziraat mühendisleri, Virologlar, Analitik kimyacılar, Biyokimya mühendisleri, Kimya mühendisleri, Kontrol mühendisleri, Elektronik mühendisleri ve Bilgisayar mühendisleri bu liste içerisinde sayılabilir. BİYOTEKNOLOJİDE MİKROBİYAL SİSTEMLER 1-)Bakteriler ve Cyanobacteria (mavi-yeşil bakteriler) A-) Bakteriler: Toprak, hava, su, hayvan ve bitki yüzeylerinde bulunurlar. Bazıları hastalık etkeni olmakla beraber çoğu zararsız ve organik atıkların geri dönüşümü sırasındaki yararlı etkileri ve birçok faydalı ürünü üretmeleri nedeniyle biyoteknolojide oldukça önemli bir yere sahiptirler. Aynı genusa ait bazı türler endüstriyel açıdan faydalı özelliklere sahipken bazıları insanlar için zararlıdır. Örneğin Bacillus türleri toprakta yaşarlar ve aerop veya fakültatif anaerop metabolizmaya sahiptirler. § B. subtilis endüstride kullanılan amilaz enziminin kaynağıdır. § B. thruringiensis ise birçok bitki zararlısı böceğin patojenidir. Ve bu nedenle böceklere dirençli bitkilerin oluşturulmasında genetik mühendisliğinin önemli çalışma konularından birini oluşturur. § B.athracis ise insanlara patojen etkiye sahiptir ve şarbon hastalığının nedenidir. Prokaryotik biyolojik sistemler: § E.coli dışındaki diğer prokaryotlar § Acremonium chrysogenum § Bacillus brevis § Basillus subtilis, Basillus thuringiensis § Corynebacterium glutamicum § Erwinia herbicola § Peudomonas spp § Rhizobium spp § Streptomyces spp § Trichoderma resei § Xanthomonas campestris § Zymomonas mobilis Bu organizmalar iki grup altında toplanabilir. 1-) Özel bir fonksiyona sahip bir gen için konak olma. Ör: termofillerden izole edilen ve PCR teknolojisinde kullanılan ısıya dirençli DNA polimeraz enziminin E.coli’de klonlanması ve üretimin gerçekleşmesi. 2-)Belirli işleri çok daha etkin yapabilmek için genetik mühendisliği ile geliştirilme. Ör: Endüstriyel açıdan önemli amino asitlerin çok fazla üretilmesi için Corynebacterium glutamicum’un çeşitli türlerinin geliştirilmesi. 2-) Cyanobacteria (mavi-yeşil bakteriler): Mavi-yeşil bakteriler prokaryotlar sınıfına dahil olup fotosentez özelliğine sahiptir. Örnek olarak Anabaena cylindris, Nostok muskorum, Spirulina platensis türleri verilebilir. İlk kez varlıkları fosillerde saptanmıştır. Dünya oluşumunda belki de ilk canlı organizmalardır. Tatlı ve tuzlu suların yüzeylerinde bulunurlar. Karada ise ışığın ve nemin olduğu çamur ve kaya, tahta veya bazı canlı organizmaların yüzeylerinde bulunabilirler. Koyu yeşilimsi-mavi pigmentlerinden dolayı bu isimle adlandırılırlar. Sadece birkaç organizma atmosferik azotu amonyağa redüklemek yoluyla a.a. ve proteinleri üretmek üzere organik asitlere dönüştürülebilir. Azot fikse edebilen bakteriler gibi mavi-yeşil bakterilerde böyle bir yeteneğe sahiptir. Hücreler nitrogenaz enzimi ile bu reaksiyonu gerçekleştirirler. Bu enzim oksijen ile inaktive olur. Bu nedenle azot fikse eden hücrelerin içindeki koşullar anaerobik olmalıdır. Anabaena gibi bazı mavi-yeşil bakterler azot fiksasyonundan sorumlu heterosit adı verilen özel kalın duvarlı hücrelere sahiptirler Mavi-yeşil bakterilerin biyoteknolojik önemi: Mavi-yeşil bakteriler fotosentez yetenekleri, yüksek protein içerikleri ve basit besiyerlerinde hızlı çoğalmaları nedeniyle besin kaynağı olarak kullanım alanına sahiptir. Tek hücre proteini (THP) elde edilmesinde en çok denenen günümüzde insan ve hayvanların beslenmesinde geniş uygulama alanı olan mavi-yeşil bakteriler, diğer mikroorganizmalardan farklı olarak yeterli miktarda karbondioksit, belirli derecede aydınlatma, geniş üretim ortamı gibi özel koşullara gereksinim gösterirler. Sprilulina platensis Afrika ve güney Amerika’da ki sığ göllerde doğal olarak bulunur. Binlerce yıldan beri yöredeki insanlar tarafından toplanan bu algler kurutulduktan sonra besin kaynağı olarak çoğunlukla sos şeklinde veya çorba içinde kullanılmaktadır. Nostoc ise Peru ve Güney doğu Asya ‘da besin maddesi olarak kullanılan bir diğer siyanobakteridir. Gübre olarak kullanılmaları: Mavi-yeşil bakterilerin azot fiksasyon özelliği saptandıktan sonra kurutulmuş Tolypthrix tenuis pirinç tarlasına serpildiğinde azot fiksasyonunda ve verimde artış gözlenmiştir. M-Y bakterilerin Hindistan da pirinç tarlalarında gübre olarak kullanımıyla toprağın havalandırılması sonucunda su geçişi ve toprağın sıcaklığının daha homojen olması sağlanmaktadır. Azot fiksasyonu için M-Y bakterilerin Rhizobium’ların yerini almasının bazı avantajları vardır. Mavi-Yeşil bakteriler havadaki azotu amonyuma redüklerken fotosentez metabolik yolunu kullanırlar. Yani bir bitki ile simbiyotik bir yaşam ve enerji kaynağı olarak herhangi bir organik molekül ilavesi gerekmez. Tarımda azot fikse eden mavi-yeşil bakteriler organik gübre olarak kullanılabilir. Çin, Hindistan, Filipinler gibi pirinç tüketimi fazla olan bölgelerde büyük oranlarda ürerler. Pirincin büyüme sezonunun başında eğer suya siyanobakterlerin başlangıç kültürleri ekilirse pirinç veriminde %15-20 oranında artış olduğu bildirilmektedir. Mavi-Yeşil bakteriler antibiyotiklerin ve diğer biyolojik olarak aktif moleküllerin ticari boyutlardaki üretimi için büyük bir potansiyel oluştururlar. Çünkü Mavi-Yeşil bakteriler heterotrofturlar. Bu özellikleri de onların fermentasyon koşullarında üretilmelerine olanak sağlar. Henüz araştırma aşamasında olan Anacystis nidulans ile yapılan rekombinant DNA teknolojisi çalışmalarıyla nadir bileşiklerin üretiminde kullanımları amaçlanmaktadır. Araştırmalar Mavi-Yeşil bakterilerin güneş enerjisi dönüşüm sisteminde yer alması için devam etmektedir. Anabaena cylindrica heterocystleri vejatatif hücrelerde fotosentez yoluyla oluşturdukları oksijeni dışarı verirler. Azot yokluğunda ise heterositlerde nitrogenaz enzimi katalizörlüğünde elektronlar H+ iyonuna transfer edilerek Hidrojen gazı açığa çıkarırlar. Oksijen ve Hidrojen her ikisi de endüstride ihtiyaç duyulan gazlardır. Sonuç olarak; Fermentör koşullarında üreyebilirler, uzun süreli fizyolojik stabiliteye, basit besin gereksinimine, köpük oluşturmama özelliğine sahiptirler. Diğer alglerden farklı olarak azot fiksasyonu yapabilme farklılığına sahiptirler. Optimum sıcaklık 35oC dir. Karanlıkta veya gün ışığında heterotrofik olarak ürerler. 2-) MAYALAR: Tek hücreli tomurcuklanma veya bölünerek eşeysiz çoğalan ökaryotik mikroorganizmalardır. Mayaların tanımlanması maya biyoteknolojisi için oldukça önemlidir. Örneğin endüstriyel süreçlerde yabani ve kültüre edilmiş mayalar arasındaki farkı gösterebilmek esastır. Bira üretiminde üründe istenmeyen aroma oluşumuna neden olan yabani ırkın karışması veya ekmek mayası üretiminde şeker transport yeteneği daha fazla olan Candida utilis mayasının karışması ekmek mayası üretiminde kullanılan Saccharomyces cerevisiae mayasının üremesini engelleyecektir. Maya genuslarının ayrımında fizyolojik testlerle birlikte morfolojik testler de kullanılır. Günümüzde 700 civarında maya türü tanımlanmıştır. Fakat bu sayı maya çeşitliliğinde sadece çok küçük bir bölümü temsil etmektedir. Tanımlanmamış maya genus ve tür sayısı çok daha fazladır. Maya biyologları için maya çeşitliliğini tanımlamak kadar diğer önemli bir nokta özellikle biyoteknolojik öneme sahip türleri belirleyip saklamak ve koruyabilmektir. Moleküler biyoloji tekniklerinin yaklaşımıyla türler daha hızlı ve kolay bir şekilde karakterize edilebilmektedir. Günümüzde 6 mayanın genom projesi tamamlanmış ve işlevsel genomik çalışmaları ile genlerin işlevlerinin belirlenmesine devam edilmektedir. Maya hücreleri klorofil içermez ve zorunlu olarak kemoorganotrofiktirler. Üremek için organik karbona gerek duyarlar. Karbon metabolizmaları çok çeşitlidir. Örneğin basit şekerleri, polioller, organik ve yağ asitleri alifatik alkoller, hidrokarbonlar ve çeşitli heterosiklik ve polimerik bileşikleri karbon kaynağı olarak kullanabilirler. Bu özellikleri nedeniyle farklı habitatlar için özelleşmiş türler kolaylıkla saptanabilir. Mayalar toprak, hava ve sudan izole edilebilirler. Bazı mayalar ekstrem ortamlarda örneğin ozmofilik mayalar şeker bakımından zengin ortamlarda yaşayabilirler. Bu tür mayalar genellikle gıda bozucu olarak bilinir. Bunun dışında fırsatçı patojen olarak bazı maya türleride örneğin Candida albicans pek çok infeksiyondan sorumludur. Mayalar insanlar için; ekonomik, sosyal ve sağlık açısından oldukça önemli en eski evcilleştirilmiş organizmalardır. Alkollü içeçeklerin üretiminde, ekmek yapımında hamurun kabarması için binlerce yıl öncesinden beri kullanılmaktadırlar. Gerçekte bira yapımı belkide dünyanın ilk biyoteknolojisini temsil etmektedir. Günümüzde mayalar geleneksel gıda fermentasyonunun dışında çok çeşitli alanlarda da kullanılmaktadır. Özellikle genetik mühendisliğiyle geliştirilmiş mayalar hastalıkların önlenmesinde ve tedavisinde kullanılan pek çok farmasötik ajanın üretilmesinde yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Biyoteknolojik Öneme Sahip Bazı Mayalar - Axula adeninivorans: Nitrat ve aminleri asimile eder, 45 C üzerinde üreyebilir, pek çok hidrolaz salgılayabilir. - Candida türleri: C.albicans hidrokarbonlardan aminopenisillanik asit ve B6 vitamin üretimi, C.boidinii NAD, FAD metil ketonlar ve sitrik asit üretimi, C.famata riboflavin, C.maltosa biyokütle proteini için yağ asiti ve alkan kullanımı, C.tropicalis triptofan, C.pelliculosa selülozik materyalden biyokütle proteini, C.utilis, pek çok ürün eldesi, ksilozda üreyebilme, klonlama teknolojisinde kullanım, C.shehatae ksiloz fermentasyonu - Hansenula polymorpha: Heterolog gen anlatımı için kullanılabilen metilotrofik maya. - Kluyveromyces marxianus ve K.lactis: Laktoz ve polyfruktosanı fermente eder. Doğal kakao fermentayonu. Pek çok enzim için kaynak olabilir, klonlama teknolojisinde kullanılabilir. - Pachysolen tannophilus: Bitki lignoselülozik hidrolizatlarından kaynaklı pentoz şekerlerinin fermentasyonu. - Phaffia rhodozyma ve Pichia türleri: Gıda boyası olan astaksantin pigment üretimi. P.guilliermondii riboflavin sentezi ve hidrokarbonlardan biomas protein eldesi. P.methanolica etanol biosensörü olarak kullanılan alkol oksidaz üretimi.P.pastoris metanolden biomas protein eldesi, heterolog gen anlatımı ve insan terapötik proteinlerini üretebilen metilotrofik maya. - Rhodosporidium toruloides: Fenilketanüri tedavisinde kullanılan PAL enzim kaynağı. - Saccharomyces türleri: S.cerevisiae klasik gıda fermentasyonu. Bira, şarap, ekmek, rom, cin yapımı. Yakıt, alkol, gliserol, invertaz ve hayvan besini kaynağı.Rekombinant DNA teknolojisiyle sayısız protein üretimi. - Saccharomycopsis türleri: S.fibuligera amilolitik maya - Schizosaccharomyce pombe: Geleneksel Afrika alkollü bira yapımı. Şarapların deasidifikasyonu. Yüksek etanol ozmotik tolerans, biyokütle protein eldesi, heterolog gen anlatımı ve mutagenez testlerinde kullanım - Schwanniomyces türleri: S.castellii ve S.occidentalis amilolitik mayalar. Nişastanın ve inülinin etanole çevrimi ve heterolog gen anlatımında kullanılabilirler. - Trichosporon cutaneum: Fenol varlığına ilişkin bisensor olarak kullanılır. - Yarrowia lipolytica: Lipid ve hidrokarbonlardan biomas protein eldesi. Sitrik asit ve hücredışı enzim üretimi. Ø Zygosaccharomyces rouxii: Japon soya sosu karakteristik aromasını vermede kullanılan halofilik ve ozmotolerant maya türü. Alkollü içeçeklerin üretiminde mayalar Endüstriyel mayaların çoğu, özellikle de fermente içeçeklerin üretiminde kullanılanlar, genetik bakımından karmaşıktırlar ve stabil bir haploidi göstermezler. Örneğin bira yapımında kullanılan Sacchoromyces türleri poliploid veya anöpliod (diploid-heptaploid) ırklardır. Bu nedenle geliştirilmelerinde eşeyli üreme özelliklerinden yararlanılamaz. Bunun yerine klasik bira tadını veren organoleptik özellikleri iyi olan karakteristik fermentasyon yapan ırklardan doğal seçimle en iyi olan şeçilir. Bunun dışında endüstriyel mayaların geliştirilmesinde şüphesiz genetik mühendisliğinin önemi oldukça fazladır. Rekombinant DNA teknolojisi ile geliştirilen rekombinant mayalar tarafından üretilen biyolojik olarak aktif rekombinant proteinlerin veriminin arttırılmasında iki önemli yaklaşım vardır. Bunlar; moleküler genetik tekniklerin kullanımı ve fermentasyon teknolojisidir. Gıda tüzüğüne uygun olarak ekmek mayasının (glikoz baskısından kaçınmak ve hamurlaşmayı önlemek için) maltoz kullanım genleri değiştirilmiştir. Bira mayasında ise Maltodekstrinleri kısmi olarak parçalayan STA2 genini içeren plazmid bulunmaktadır. Genetik mühendisliği ile geliştirilmiş mayaların lignoselülozik (odunsu) atıkları substrat olarak kullanarak etanol üretmeleri yönünde yoğun çalışmalar yapılmaktadır. Etanol dışında mayaların ürettiği diğer biyoalkoller; gliserol ( alkollü içecekler için aroma katıcı, nitrogliserin türevli patlatıcılar yapımında), ksilitol (şeker yerine diyabetik ürünlerin yapımında), sorbitol, arabinitol (düşük şeker içerikli gıdaların yapımında; ilaçların kaplanmasında yenilebilir kaplama maddesi olarak) Etanolün yenilenebilir kaynaklardan mayalar kullanarak üretilmesi tüm dünyanın ilgisini çeken konulardan biridir. İlk üretim 1930’larda başlamıştır fakat petrol fiyatları düşürülünce teknoloji bırakılmıştır. 1970’deki petrol krizi ile birlikte yeniden gündeme gelmiştir. Brezilya, şeker kamışını ve melası substrat olarak kullanarak ürettiği petrolü yakıt amaçlı kullanmaktadır. Brezilya’da otomobillerin çoğu alkol veya alkol+benzin karışımı (gasohol) ile çalışmaktadır. KÜFLER Küfler hifli mantarlardır. Birçok organizma ve gıda maddesi ( ekmek, meyve, sebze.. vb) üzerinde oluşturdukları pamuk görüntüsündeki doku nedeniyle mayalardan çok daha önce keşfedilmişlerdir. Küfler, endüstride birçok ürünün eldesinde, atıklardan değerli ürünlerin oluşturulmasında kullanılan farklılaşma göstermeyen ve klorofil içermeyen mikroorganizmalardır. Doğada ve toprakta yaygın olarak bulunan küflerden endüstriyel mikrobiyoloji alanında önem taşıyanlar mikroskobik olanlardır. Küflerin üredikleri ortama proteaz, lipaz, karbonanhidrazlar gibi litik enzimleri salgılamaları ve küflerin ürettikleri çeşitli metabolitlerin birçok alanda kullanılabilir olması bu organizmaların endüstrideki önemini oldukça artırmaktadır. Ayrıca insan, hayvan ve bitkiler için patojen olan türleride bulunmaktadır. Küflerin Biyolojisi: Bir küf, protoplazma iplikleri veya uzantıları olan hiflerden ve sporlardan oluşur. Hiflerin yaptığı yumağı misel adı verilir. Hifler, bölmeli hifler ve bölmesiz hifler olarak ikiye ayrılır. Bölmeli hifler bölmeler ile hücrelere ayrılırlar ve her hücrede bir veya iki hücre çekirdeği bulunur. • Bölmesiz hiflere sönositik hif adı da verilir. • Bölme içermezler ve çok çekirdeklidirler. • Üreme hifleri genellikle koloninin yüzeyinde bulunan ve üreyen hücreleri veya sporları taşıyan hiflerdir. • Hifsel üreme ortamın besin koşulları ile yakından ilgilidir. • Beslenme hifleri ise koloniye besin sağlayan hiflerdir. Beslenme hifleri sayesinde hücrenin bulunduğu noktadan uzakta olan substratlara ulaşmaları sağlanır. • Küflerin hücre duvarı glukan, kitosan ve kitin gibi farklı glukoz polimerlerinden yapılabilir.

http://www.biyologlar.com/mikrobiyal-biyoteknoloji-bolum-1

Voges - Proskauer (VP) Testi

Bu test, bazı mikroorganizmaların glikozu fermente edilerek, nötral bir ürün olan acetylmethylcarbinol'u (acetoin) meydana getirme yeteneğini tayinde kullanılır. Bakteri türlerini (K. pneumoniae (+), E. coli (-) belirlemede kullanılır. Glikoz, önce pirüvik asit'e metabolize olur. Pirüvik asit, glikolizisde en önemli kilit intermedierdir. Pirüvik asidin ayrışması, bakterilerin türlerine göre aerobik veya anaerobik yolla olur. Glikozun fermentasyonu sonu acetoin ve bunun bir nötral redüksiyon ürünü olan 2,3 -butanediol'da (CH3.CHOH.CH3) meydana gelmektedir. Voges Proskauer testi ile metil red testi, ortamlarının aynı olması nedeniyle birlikte uygulanabilirler. Metil red pozitif olanlarda (organik asit fazla olması nedeniyle), VP reaksiyonu negatif olabilir. Nötral ürünler meydana gelmeyebilir (genel bir kural değil). İlk başlangıçta MR testi pozitif görülebilir. İnkubasyon süresi uzarsa acetoin oluşabilir. Materyal1) MR/VP besi yeri (Clark-Lubs, pH 6.9,5 ml)2) Mikroorganizmaların saf ve taze kültürleri3) Kontrol pozitif (E.cloacae, K.pneumoniae) ve negatif (E.coli) suşlarının kültürleri4) O'Meara ayıracı (veya Barzit VP ayıracı)5) Ekilmemiş besi yerleri Metotİçinde glikoz bulunan bufferlı besi yerine kültürlerden ekilir ve 37°C de 2-7 gün inkube edilir. Bu sürenin sonunda kültürlere ve ekilmemiş tüplere ayıraçtan (O'Meara) 1 ml ilave edilerek hafifçe çalkalanır ve su banyosunda (37°C de) 4 saat tutulur. Aralıklı olarak hafifçe çalkalanır.DeğerlendirmeBesiyerinin üstünde 2-5 dakika içinde pembe rengin oluşu, acetoin varlığını ortaya koyduğundan pozitif reaksiyon olarak kabul edilir. Eğer sarı renk meydana gelirse negatif olarak dikkate alınır.O'Meara testi, ortamda oluşan acetoin'e bağlıdır. Bu madde de, oksijenin bulunduğu durumda alkali ortamda okside olur ve diasetil (CH3.CO.CO.CO3) meydana gelir. Bu son madde de, kreatin'le reaksiyona girerek pembe renk meydana getirir.Dikkat edilecek noktalar1) Ayıraçlar kullanılmadan önce iyice kontrol edilmelidirler.2) Bazen ayıraç ilaveden 1 saat sonra bakır renkli gibi bir görünüm meydana gelebilir. Negatif olarak dikkate alınmalıdır.3) Et infusyon broth, içinde acetoin ve diasetil bulunabilmesi nedeniyle tercih edilmemelidir.

http://www.biyologlar.com/voges-proskauer-vp-testi-1

Vitamin üreten bakteriler

Değişik sebeplerden ileri gelen ve insan sağlığı üzerinde olumsuz etkileri olan farklı oluşumlara karşı uzun yıllardan beri değişik antibiyotikler kullanılmıştır. Antibiyotiklerin belli periyotlarda ve belli dozlardaki kullanımı neticesinde, metabolizmada gözlenen rahatsızlıklar tedavi edilebilmiştir. Ancak zaman içerisinde kullanılan antibiyotik türleri ve bunların tedavideki dozlarının insan metabolizmasında yararlı faaliyetleri olan (özellikle de intestinal florada) mikroorganizmaları inaktive ettiği ya da populasyonunu azalttığı ve bunun neticesinde de normal floranın bozularak, vücutta antibiyotiklerden kaynaklanan bazı rahatsızlıkların (alerji, diyare, gaz vb. gibi) ortaya çıktığı belirlenmiştir. Bunun yanında araştırıcılar günlük yaşamın getirdiği bazı olumsuzluklardan (çevrede olan ani değişmeler, su ve besinlerin kaliteleri, hayvansal ürünlerin aşırı miktarları, kafein, alkol kullanımı) ve değişik türdeki patojenlerin enfeksiyonlarından dolayı (sinirsel yorgunluk ve stres gibi) vücudun normal florasının etkilendiğini de ortaya koymuşlardır. Vücudun doğal intestinal florasında bulunan ve organizma için yararlı olan bakterilerin gitgide sayılarının azalması, tamamen yok olması karşısında bilim dünyası bu yararlı florayı korumak ya da tekrar geri kazanmak için arayışa girmiş ve “Probiyotik mikroorganizmalar” değişik ürünler (mandıra ürünleri, meyve suları, çikolata ve et ürünleri) ile tüketime sunulmuşlardır. Probiyotikler; yaşayan mikroorganizmalar olup mukozal ve sistemik bağışıklığı ayarlayarak konağa tesir ederler. Ayrıca intestinal sistemdeki mikrobiyal dengeyi sağlarlar. Sağlıklı bir insan vücudunda probiyotik mikroorganizmalar belli oranlarda bulunmaktadır. Probiyotik mikroorganizma florası, vücudun mukoz membranlarında ve sindirim bölgelerinde kolonize olan bakterilerdir. Vücuttaki mikroorganizma florasında 400 ile 500 arasında farklı türde, sindirim bölgesinde yerleşmiş durumda bulunan, gerek patojen gerekse sağlığa yararlı mikroorganizmalar mevcuttur. Sindirim sisteminin önemli bir parçası olan bağırsaklarda, ilaç kullanımı veya hastalıklar sırasında açığa çıkan zararlı bakteriler, aynı ortamda bulunan iyi huylu bakterilere karşı atağa geçerler ve bağırsağa yerleşmeye çalışırlar. Probiyotik bakteri suşları ise bağırsak duvarına tutunarak, bu zararlıların içeriye girmesini önler. Probiyotik Olarak Kullanılan Mikroorganizmalar Probiyotikler esas olarak laktik asit bakterileridir. Bunun yanında araştırmalar mayaların da probitotik özelliğe sahip olduğunu göstermiştir. Yoğurt yapımında kullanılan mikroorganizmalar (Lactobacillus bulgaricus ve Streptococcus thermophilus) dışında tüm laktik asit bakterileri bağırsak florası elemanlarıdır. Bir probiyotik ürün bu mikroorganizmalardan birini ya da birkaçını içerebilir. İçerdiği mikroorganizma sayısı arttıkça probiyotiğin kullanım alanı genişlemektedir. Probiyotik Bakterilerin Özellikleri Probiyotik bakteriler Gram (+), sporsuz, basil şeklindedir. L. acidophilus’un üreme sıcaklığı 35 – 380C ‘dir. Probiyotik bakteriler mide asitliğine diğer bakterilere göre daha dayanıklıdır. Safra tuzuna ve lizozim enzimine daha dirençlidir. Lactobacillus türleri, ince bağırsakta fazla sayıda bulunurken, Bifidobacterium’lar kalın bağırsaktadırlar. Probiyotik bakteriler laktik asit, asetik asit, bakteriyosin gibi antimikrobiyal maddeler üreterek, bağırsaklarda istenmeyen mikroorganizmaların çoğalma hızını kontrol ederler ve doğal floranın denge içinde bulunmasını sağlarlar. Gram (+) bakteriler, bakteriyosinlere çok duyarlıdır. Beslenmede bitkisel besinlerin fazla olması, hayvansal besinlerin aksine bağırsaklardaki probiyotik bakterilerin sayısını artırır. Sağlıklı kişilerin bağırsak florasında probiyotik bakterilerin (örneğin Bifidobacterium’ların) sayısı zaman içerisinde sabitleşmekte; ancak günlük yaşamın getirdiği; antibiyotik kullanımı, stres, sinirsel yorgunluk, dengesiz beslenme, fazla alkol alımı, hastalık ve bağırsak ameliyatları gibi sonuçlar, bu bakterilerin azalmasına neden olur. Bunun sonucunda bağırsaklarda enterik bakteriler çoğalır ve enterik rahatsızlıklar ortaya çıkar. Probiyotik bakterilerin önemli özelliklerinden biri de, bağırsak çeperine tutunabilme yeteneğine sahip olmalarıdır. Bu tutunma en önemli ve hatta biyolojik etki gösterebilmeleri için mutlaka olması gereken bir özellik olarak belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, bağırsak çeperine tutunarak patojen mikroorganizmaların tutunmasını engellerler. Ayrıca sindirim sırasında bağırsak hareketlerinden çok fazla etkilenmeden hızla üreyerek orijinal populasyonda azalmayı engellerler. Bütün bunları maddeleyecek olursak; probiyotik olarak kullanılan mikroorganizmalarda aranan özellikler şunlardır: - Güvenilir olmalıdır, kullanıldığı insan ve hayvanda yan etki oluşturmamalıdır. - Stabil olmalıdır, düşük pH ve safra tuzları gibi olumsuz çevre koşullarından etkilenmeden bağırsakta metabolize olmalıdır. - Bağırsak hücrelerine tutunabilmeli ve kolonize olabilmelidir. - Kanserojenik ve patojenik bakterilere antagonist etkili olmalıdır. - Antimikrobiyal maddeler üretmelidir. - Konakta hastalıklara direnç artışı gibi yararlı etkiler oluşturma yeteneğinde olmalıdır. - Antibiyotiklere dirençli olmalıdır. Antibiyotiğe bağlı (diyare) ortaya çıkan hastalıklarda bağırsak florasını düzeltmek amacı ile kullanılabileceğinden, bağırsaktaki antibiyotiklerden etkilenmemelidir. - Minimum etki dozları bilinmediğinden, canlı hücrelerde büyük miktarlarda bulunabilmelidir. Probiyotik Olarak Kullanılan Mikroorganizmalar Lactobacillus Türleri: Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus cellebiosus Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus lactis Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus reuteri Lactobacillus brevis, Lactobacillus casei Lactobacillus curvatus, Lactobacillus fermentum Lactobacillus plantarum, Lactobacillus johsonli Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus Lactobacillus salivarius, Lactobacillus gasseri Bifidobacterium Türleri: Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium bifidum Bifidobacterium breve, Bifidobacterium infantis Bifidobacterium longum, Bifidobacretium thermophilum Bacillus Türleri: Bacillus subtilis, Bacillus pumilus, Bacillus lentus Bacillus licheniformis, Bacillus coagulans Pediococcus Türleri Pediococcus cerevisiae, Pediococcus acidilactici Pediococcus pentosaceus Streptococcus Türleri : Streptococcus cremoris, Streptococcus thermophilus Streptococcus intermedius, Streptococcus lactis Streptococcus diacetilactis Bacteriodes Türleri : Bacteriodes capillus,Bacteriodes suis Bacteriodes ruminicola, Bacteriodes amylophilus Propionibacterium Türleri : Propionibacterium shermanii, Propionibacterium freudenreichii Leuconostoc Türleri: Leuconostoc mesenteroides Küfler: Aspergillus niger, Aspergillus oryzae Mayala: Saccharomyces cerevisiae, Candida torulopsis Probiyotikler Tarafından Üretilen Esas Maddeler Vitaminler: K vitamini, folik asit, biotin, B1, B2, B12, Niasin ve priydoksin. Enzimler: Laktaz gibi sindirim enzimleri (esas olarak süt ürünlerin sindiriminde), serbest bölgelerin düzenlenmesine yardımcı olan karbonhidrat enzimleri, sindirim ve protein enzimleri, yağ enzimleri. Uçucu Yağ Asitleri: Besinlere ait yağ asitlerinin kısa zincirleri yardımıyla üretilen bu yağ asitleri sayesinde, optimum düzeyde sindirim için gerekli olan pH dengesinin sağlanması. İnsan sağlığına faydalı etkilerinin olduğu düşünülen canlı bakteri hücreleri üç temel kaynaktan yenmektedir: - Fermente süt ürünleriyle - Gıdalara ve içeceklere bu bakterilerin canlı hücrelerinin eklenmesiyle (meyve suları, çikolata, et ürünleri v.b.) - Probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinden hazırlanan farmakolojik ürünler olarak tablet veya kapsüllerin hazırlanmasıyla. Probiyotik Süt Ürünleri En önemli probiyotik süt ürünü yoğurttur. Bununla birlikte, Lactobacillus acidophilus içeren diğer süt ürünleri olan Acidophilus quarkı, Acidophilus’lu süt, Acidophilus’lu tereyağı, Acidophilus’lu süt tozu da bu grupta yer alan diğer ürünlerdir. Probiyotik süt ürünleri ülkemizde yeni üretilmekle birlikte, birçok ülkede bu ürünlerin tüketimi gün geçtikçe artmaktadır. İnsan sağlığı üzerindeki etkileri de dikkate alındığında Lactobacillus acidophilus içeren ürünlerin üretim yöntemleri ile ilgili çalışmaların geliştirilmesi yararlı olacaktır. Bağırsak sisteminde bulunan Lactobacillus türlerinden fermente süt ürünlerinde en çok kullanılanları Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum’dur. Lactobacillus acidophilus, yoğurt bakterilerinin aksine, insan sindirim sisteminin doğal bir üyesi olup, sindirim sisteminde bulunan yüksek asitlik ve bir takım enzimlerin inhibe edici etkisine ve safra kesesi tuzlarına dayanıklıdır. Bifidobacterium türlerinin başlangıçta yalnızca bebeklerin bağırsak florasında olduğu düşünülmüşse de, sonraki çalışmalarda bunların erişkin insanlarda ve sıcak kanlı hayvanlarda da bulunduğu ortaya konmuştur. Acidophilus ve Bifidobacterium türleri, ince bağırsaktaki mukoz membran tarafından tutulmakta, burada oluşturdukları asit ve diğer metabolik ürünler ile patojen ve diğer mikroorganizmalara karşı direnç göstermektedir. Bu durumda, Lactobacillus acidophilus ve Bifidobacterium bifidum ile üretilen ürünlerin düzenli olarak tüketilmesi bu bakterilerin bağırsak sistemlerine tutunmasını sağlamakta ve tedavi edici bir özellik göstermesine neden olmaktadır. Bu nedenle, son yıllarda mide – bağırsak enfeksiyonları için klasik antibiyotik tedavilerine alternatif olarak probiyotik ürünler kullanılmaktadır. Nitekim antibiyotik kullanımına bağlı olarak ortaya çıkan diyarenin önlenmesinde, Clostridium difficile ile meydana gelen kolik diyarenin tekrarlama olasılığının düşürülmesinde, fermente süt ürünlerinden yoğurda aşılanan Saccharomyces boulardii’nin, günde 1 g. yenmesi ile Enterococcus faecium SF68 yada Lactobacillus rhamnosus GG suş’unun fermente süt ürünleri ile alınması neticesinde, hastalarda pozitif yönde gelişmeler olduğu tespit edilmiştir. Yoğurt etkisi altında ağız yolu ile yapılan beslenmenin düzenli olarak uygulanması ile organizmaya patojen bakteri bulaşımının azaldığı kesin olarak ispatlanmıştır. Konu ile ilgili olarak çalışan diğer araştırmacılar da ağız yolu ile yapılan bu beslenme sonucunda, vücudun virüslere karşı bir etki oluşturduğunu bildirmektedirler. Günümüzde tıp alanında birçok hastalığın tedavi edilmesinde yada tekrarının önlenmesinde, Probiyotiklerin kullanılma olgusunun ve bunların en yaygın olarak fermente süt ürünleri ile diyetlerde uygulanmasının, tıp alanında yeni tedavi oluşumlarına kaynak teşkil ettiği görülmektedir. Bağırsak Rahatsızlıklarının Önlenmesi Probiyotik bakteriler, barsak hareketlerini hızlandırarak bağırsak içeriğinin kolayca atılmasını sağlar. Bazı koşullar altında (örneğin antiboyotik alımı), bağırsaklarda faydalı bakterilerin azalmasına ve istenmeyen bakterilerin (Clostridium difficile, E. coli gibi) artışıyla enterik enfeksiyonlar ortaya çıkabilir. Bu problem, probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinin gıdalarla veya farmakolojik ürünlerin yenmesiyle önlenebilir. Probiyotik bakterilerin bağırsak yüzeyine tutunarak istenmeyen bakterilerin tutunmasını engellemeleri ve ürettikleri antimikrobiyal maddelerle (asitler, bakteriyosinler, reuterin gibi) çoğalmalarını kontrol altına alırlar. Safranın parçalanması safra asidine göre daha fazla antimikrobiyal etki gösterdiğinden, enterik bakterilerin çoğalması inhibe edilir. Yapılan değişik araştırmalarda, probiyotik bakterilerin özellikle çocuklarda enterik enfeksiyonlara karşı etkili olduğu belirtilmiştir. Araştırmalarda probiyotik bakterilerin süt ürünleriyle veya süte eklenerek bir süre yendiklerinde, bireylerin bağırsak florasında, C. perfingens, C. dificile, E. coli, Salmonella gibi enterik bakterilerin sayısında azalma ve buna karşılık probiyotik popülasyonda artış saptanmıştır. Ayrıca probiyotik bakterilerin yaşlı kişilerde görülen kabızlık gibi bağırsak problemlerini ve yine her yaş grubundaki kişilerde çeşitli nedenlere bağlı olarak görülen ishal, kabızlık, gaz oluşumu, karın şişliği gibi bağırsak rahatsızlıklarını önledikleri belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, bağırsak florasında bulunan Bacteroid, Clostridium, Enterobacter, Fusabacterium, Salmonella, Shigella, Campylobacter jejuni, Candida albicans, Staphylococcus aureus gibi patojen bakterilerin biyojenik amin, amonyak fenol gibi tehlikeli bileşikler üretmelerini engellerler. Probiyotik bakterilerin patojenler üzerindeki bu etkisi, bağırsaklarda laktik ve asetik asit üretmeleri ve pH’nın azalması ile açıklanmaktadır. Laktoz Hidrolizi Laktoz intolerant (bağırsak hipolaktemia) kişiler, laktozu hidrolize edecek beta galaktosidaz enzimini genetik rahatsızlık nedeniyle üretemezler. Sadece Kuzey Avrupalılar, beyaz Amerikalılar ve Afrika’da bazı kabileler laktozu parçalayacak beta-galaktosidaz enzimini oluştururlar. Laktoz intolerant kişiler süt veya dondurma ile laktoz yediklerinde, laktoz ince bağırsakta emilmeden kalın bağırsağa geçer. Kalın bağırsakta laktoz değişik bakteriler tarafından glikoz ve galaktoza hidrolize edildikten sonra asit ve gaza dönüştürülür. Asit ve gaz oluşumu bağırsaklardan sıvı emilmesini engeller ve bunun sonucunda bağırsak şişliği şeklinde rahatsızlıklar ortaya çıkar. Yoğurdun, asidophilus eklenmiş sütün (çoğunlukla L. acidophilus) ve probiyotik bakterilerin farmakolojik ürünlerinin yenmesi, ince bağırsaklara laktozu hidrolize edecek canlı bakteri bağladığından, laktozdan kaynaklanan rahatsızlıklar görülmez. Fermente ürünlerde laktoz, laktik asit bakterileri tarafından parçalandığından ve ürünlerde bakterilerin ürettiği beta-galaktosidaz enziminin bulunması nedeniyle fermente gıdaların sağlık üzerine faydaları bulunmaktadır. Lactobacillus bulgaricus ve Streptococcus thermophilus mide asitliğine dayanamaz ve normal bağırsak bakterisi değildirler. Fakat süte göre yoğurttan laktozun azalması, bağırsak rahatsızlıklarının ortaya çıkmasını engeller. Bağırsak bakterileri ve çoğunlukla bazı Lactobacillus türleri, belirli koşullarda ince bağırsaklara yerleşerek yiyeceklerle alınan laktozu hidrolize ederler. Serum Kolesterol Düzeyinin Düşürülmesi Farelerle yapılan bir çalışmada, farelere L. acidophilus içeren süt verilmesi sonucunda düşük serum kolesterol düzeyi bulunmuştur. Probiyotik bakteriler ile üretilen fermente süt ürünlerinin veya bu bakterilerin canlı hücrelerinin yenmesi, insanlarda düşük kolesterol düzeyinin oluşması, olası dört faktörden kaynaklanabilir: Yukarıda belirtilen beta-galaktosidaz enziminin fermente süt ürünlerinde bulunması. Bazı bağırsak bakterilerinin yiyeceklerle alınan kolesterolü metabolize etme yeteneğinde olması. Böylece kana geçmesinin azalmasına neden olur. Bakterilerin bağırsaklarda kolesterol prekürsörlerini veya kolesterolü azaltılır. Bazı Laktobasillerin safra tuzlarını parçalamasıyla safra tuzlarının karaciğer tarafından emilmesi engellenir. Böylece safra tuzu absorbe edemeyen karaciğerin, safra tuzu sentezlemek için fazla miktarda serum kolesterolünü kullanması sonucunda serumda kolesterol miktarını azaltır. Fakat bazı araştırma sonuçları, probiyotik bakterilerin vücutta kolesterol düzeyini azalttığı şeklindeki bulguları desteklememektedir. Bunun farklı deney düzenekleri, farklı mikroorganizma kültürü kullanılması gibi nedenlerden kaynaklanabileceği belirtilmiştir. Örneğin kolesterol hidroliz etmeyen veya safra asidini parçalamayan bakteri türünün kullanılması gibi. Kalın Bağırsak Kanserinin Azaltılması 1962 yılında laktik asit bakterilerinin antikarsinojenik etkiye sahip olduğu ileri sürülmüştür. Daha sonraki yıllarda hayvanlar üzerinde yapılan arıştırmalarda; deney hayvarları yoğurt ve yoğurda L. acidophilus, L.bulgaricus, L. casei, Bifidobakterium’un türleri gibi bakteriler ekleyerek beslenmiş, deney hayvanları üzerinde antikarsinojenik bir etki bulunmuş ve tümör riskinin azaldığı belirtilmiştir. Birçok araştırmada, probiyotik bakterilerin fazla miktarda ağızdan alımı sonucunda, istenmeyen bağırsak bakterilerinin oluşturduğu beta-glucuronidaz, azoredüktaz ve nitroredüktaz enzimlerinin azalmasını sağladığı belirtilmiştir. L. acidophilus’un fermente ürünlerle birlikte yenmesiyle bağırsaklarda kanserojenik maddelerin kanserojen maddelere dönüşümünde rol oynayan beta-glukoronidaz, nitroredüktaz ve azoredüktaz enzimlerinin düzeyinde iki ile dört kat azalma saptanmıştır. Probiyotik bakteriler kanser genlerinin aktivasyonundan sorumlu olan bakterilerin enzimatik aktivitelerinin düzenlenmesinde, kanser genlerinin bileşiminin ve toksik etkilerinin önlenmesinde yararlı oldukları kaydedilmiştir. Süt ürünlerinin, deney hayvanlarında tümör büyümesini baskılayan konjuge linoleik asitten anlamlı miktarlarda içerdikleri belirtilmiştir. İstenmeyen bakteriler, bağırsak normal pH’sının düşmesiyle laktik ve asetik asit ürettiklerinden dolayı, bağırsaklardan aminlerin ve amonyağın emilmesi azalır. Bu da kanser oluşumunda, tansiyon ve kolesterolün yükselişinde etkili olan nitroz aminlerin serumda artışına neden olur. Probiyotik bakteriler enterik bakterilerin aktivitelerini engelleyerek, serumda nitroz aminlerin artışını dolaylı olarak önlerler. İstenmeyen birçok bakteri türünün bağırsaklarda gıdalarla alınan kanserojen preküsörlerini aktive eden enzimleri üreterek, aktif karsinojen maddelerin oluşumuna neden oldukları belirtilmiştir. Probiyotik bakteriler, istenmeyen mikroorganizmaların çoğalmasını inhibe ederek bu enzimlerin oluşmasını engellerler. Bağışıklık Sistemine Etkileri Probiyotik bakterilerin canlı hücrelerinin bağırsaklarda bulunmaları halinde, bağışıklık sistemini uyardıkları ve kuvvetlendirdikleri belirtilmiştir. Spesifik laktik asit bakteri suşları ile fermente edilen süt ürünlerinin tüketilmesiyle bağışıklığı artıran peptidlerin üretiminde artış olduğu ve bunlardan bazılarının antitümör etkinliğe sahip oldukları belirtilmiştir. Bağışıklık sisteminin uyarılmasıyla serumda IgA gibi antikorların artması virüs, Clostridium, E. coli gibi patojenlere karşı vücudun dirençliliğinin arttığı kaydedilmiştir. Metabolizmaya Yardımcı Olmaları Probiyotik bakteriler, gıdaların sindiriminde bağırsaklara yardımcı olurlar ve sağlıklı bir metabolik aktivitenin oluşmasını sağlarlar. Bu şekilde beslenmeye ve büyümeye yardım ederler. Bağırsaklarda selüloz ve diğer sindirilemeyen gıda bileşenlerini parçalayarak sindirim sistemine yardımcı olurlar. Bağırsak Doğal Florasının Korunması Probiyotik bakteriler; yeni doğanlarda, antibiyotik kullanımında veya günlük yaşamın getirdiği koşullara bağlı olarak bozulan bağırsak doğal florasının oluşmasına yardımcı olurlar. İstenmeyen bakterilerin, mayaların ve küflerin çoğalmasını kontrol altında tutarak bağırsak doğal florasının bozulmasını engellerler. Vitamin Üretimi Probiyotik bakteriler bağırsak florasında yeterli sayıda bulunduklarında, vitamin ve amino asit sentezledikleri belirtilmiştir. Bu bakterilerin ürettiği vitaminlerin en önemlileri, tiyamin (B1), riboflavin (B2), piridoksin (B6) ve naftokinin (K)’dır. Bir araştırmada, B. bifidum’un bağırsak florasında bulunduğunda, bağırsaklarda B6 vitaminin %400 artığı belirtilmiştir. Gıdalara Katılması Bifidobacterium gibi probiyotik bakteriler, bebek yiyecek ve içeceklerinde katkı olarak kullanılabilmektedir. Bu bakteriler yeni doğanlarda koruyucu antimikrobiyaller, vitaminler, asetik ve laktik asit üreterek enterik enfeksiyonlara karşı korunmalarına ve beslenmelerine yardımcı olurlar. Probiyotik bakteriler ishalin önlenmesinde, kemoterapik veya diğer amaçlar için gıdalara katılmaktadırlar. Özetle Probiyotiklerin Faydaları Yiyeceklerle alınan toksik (zehirli) maddelerin detoksifiye edilmesine (vücuttan atılmasına), kabızlık sorununun giderilmesine destek olurlar. Ağız kokusu sorununun giderilmesine yardımcı olurlar. İnce ve kalın bağırsaklardaki kötü ve zararlı bakterilerin yerine geçerek, onları kontrol altına alıp, bağışıklık sistemini güçlendirerek bir çok hastalığa karşı vücut direncinin artmasına katkıda bulunurlar. Antibiyotik ilaç kullanımı nedeniyle doğal florası bozulan bağırsakların dengesini düzeltmeye yardımcı olurlar. B grubu ve K vitamini üretimini ve emilimini sağlarlar. Kalsiyumun bağırsaklardan emilimini artırıp; kemik erimesini (osteoporoz) önlerler. Kötü bakterilerin neden olduğu enfeksiyonları yavaşlatırlar. Vajinal florayı dengede tutarak, vajinal enfeksiyonlara sebep olan patojen mikroorganizmaların (Candida) gelişimini baskılarlar. İdrar yolu enfeksiyonlarına ve seyahatlerde ishale sebep olan E. coli bakterisinin gelişimini engellemeye yardımcı olurlar. Alerji belirtisini azaltırlar. Zehirli maddelerin vücuttan atılmasına ve cildin görünümünün iyileşmesine yardımcı olurlar. Sindirim kanalında sağlıklı bir bakteri dengesi oluşturup, bazı gerekli enzimleri üreterek sindirime katkıda bulunurlar. Laktoz ve protein sindirimini kolaylaştırırlar. Probiyotik mikroorganizmalar ile ilgili bazı hususlar henüz aydınlatılabilmiş değildir. Örneğin; probiyotik mikroorganizmaların vücut içerisinde bir organdan başka bir organa geçişleri ile ilgili olarak herhangi bir belge yoktur. Ayrıca, gıdalarla alınan probiyotik bakteriler ile ilgili hiçbir enfeksiyon olgusu literatürde yer almayıp, sadece Sacchoromyces boulardii `ye ait enfeksiyonun raporlarda yer aldığı görülmektedir. Kaynaklar: 1- www.sutas.com.tr 2- forummate.com 3- www.gencbilim.com 4- H.M. Timmerman, C.J.M. Koning, L. Mulder, F.M. Rombouts, A.C. Beynen (2004). Monostrain, multistrain and multispecies probiotics- A comparison of functionality and efficacy, International Journal of Food Microbiology, 96, 219– 233 5- Robert Penner, Richard N Fedorak, Karen L Madsen (2005). Probiotics and nutraceuticals: non-medicinal treatments of gastrointestinal diseases, Current Opinion in Pharmacology, 5(6):596-603.

http://www.biyologlar.com/vitamin-ureten-bakteriler

BİYOLOGLARIN ÖZEL SEKTÖRDE ÇALIŞMA ALANLARI

1) 15.05.2014 tarih ve 29001 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumundan) “TIBBİ CİHAZ SATIŞ, REKLAM VE TANITIM YÖNETMELİĞİ” ne göre piyasaya arz edilen tıbbi cihazların satış, reklam ve tanıtım faaliyetlerinde sorumlu müdür, satış - tanıtım elemanı ve klinik destek elemanı olarak çalışabilirsiniz. 2) 12.03.2014 tarih ve 28939 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı-Türkiye Halk Sağlığı Kurumu'ndan) "BİYOSİDAL ÜRÜNLER YÖNETMELİĞİNDE DEĞİŞİKLİK YAPILMASINA DAİR YÖNETMELİK" gereğince biyosidal ürün veya aktif maddeler üreten işletmelerde mesul müdür olarak çalışabilirsiniz. 3) 25.12.2013 tarih ve 28862 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Çevre ve Şehircilik Bakanlığın’dan) “ÇEVRE ÖLÇÜM VE ANALİZ LABORATUVARLARI YETERLİK YÖNETMELİĞİ” ne göre çevre mevzuatı kapsamında ölçüm ve analizleri yapacak, özel veya kamuya ait kurum ve kuruluş laboratuvarlarında; a) Laboratuvar sorumlusu, b) Kalite yöneticisi/kalite yöneticisi ve c) Laboratuvarda ölçüm ve analiz yapacak personel olarak çalışabilirsiniz. 4) 21.11.2013 tarih ve 28828 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Çevre ve Şehircilik Bakanlığı'ndan) “ÇEVRE GÖREVLİSİ, ÇEVRE YÖNETİM BİRİMİ VE ÇEVRE DANIŞMANLIK FİRMALARI HAKKINDA YÖNETMELİK” doğrultusunda a) Çevre Kanununca Alınması Gereken İzin ve Lisanslar Hakkında Yönetmeliğin Ek-1 ve Ek-2 listesinde yer alan işletmelerde, b) Belediyeler, il özel idareleri ve mahalli idare birlikleri veya bunların iştiraklerinin çevreye kirletici etkisi olan tesis ve faaliyetlerinde, c) Organize sanayi bölgesi, ihtisas organize sanayi bölgesi, endüstri bölgesi ve serbest bölge yönetimleri bünyesinde, d) Sağlık kuruluşları ve hastanelerden, yatak kapasitesi 20 ve üzerinde olanlarda ve e) Çevre danışmanlık firmalarında çevre görevlisi olarak çalışabilirsiniz. 5) 31.10.2013 tarih ve 28807 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Gümrük ve Ticaret Bakanlığı’ndan) “HAVUZ SUYUNDA KULLANILAN YARDIMCI KİMYASAL MADDELERİN ÜRETİMİ, İTHALATI, PİYASA GÖZETİMİ VE DENETİMİ İLE BİLDİRİM ESASLARINA DAİR TEBLİĞ” ine göre üretim yerinde biyologlar mesul müdür olarak çalışabilmektedir. 6) 31.10.2013 tarih ve 28807 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Gümrük ve Ticaret Bakanlığı’ndan) “KUVVETLİ ASİT VEYA BAZ İÇEREN TEMİZLİK ÜRÜNLERİNİN ÜRETİMİ, İTHALATI, PİYASA GÖZETİMİ VE DENETİMİ İLE BİLDİRİM ESASLARINA DAİR TEBLİĞ” ine göre üretim yerinde kimya veya sağlık alanında en az lisans eğitimi almış olanlar mesul müdür olarak çalışabilmektedir. 7) 31.10.2013 tarih ve 28807 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Gümrük ve Ticaret Bakanlığı’ndan) “TAMPON, HİJYENİK PED, GÖĞÜS PEDİ, ÇOCUK BEZİ VE BENZERİ ÜRÜNLERİN ÜRETİMİ, İTHALATI, PİYASA GÖZETİMİ VE DENETİMİ İLE BİLDİRİM ESASLARINA DAİR TEBLİĞ” ine göre üretim yerinde eczacı, kimya mühendisi, kimyager veya biyolog mesul müdür olarak çalışabilmektedir. 8) 01.10.2013 tarih ve 28807 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Gümrük ve Ticaret Bakanlığı’ndan) “HAVA AROMATİZE EDİCİ ÜRÜNLERİN ÜRETİMİ, İTHALATI, PİYASA GÖZET İMİ VE DENETİMİ İLE BİLDİRİM ESASLARINA DAİR TEBLİĞ” ine göre üretim yerinde kimya veya sağlık alanında en az lisans eğitimi almış olanlar mesul müdür olarak çalışabilmektedir. 9) 20.08.2013 tarih ve 28741 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı’ndan) “İŞ HİJYENİ ÖLÇÜM, TEST VE ANALİZİ YAPAN LABORATUVARLAR HAKKINDA YÖNETMELİK” gereğince iş sağlığı ve güvenliği mevzuatı kapsamında çalışma ortamındaki kişisel maruziyetlere veya çalışma ortamına yönelik fiziksel, kimyasal ve biyolojik etkenlerle ilgili iş hijyeni ölçüm, test ve analizleri yapacak özel veya kamuya ait kurum ve kuruluş laboratuarlarında “laboratuvar yöneticisi ve kalite yöneticisi” olarak Biyologlarda görev yapabilmektedir. 10) 02.08.2013 tarih ve 28726 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı-Türkiye Halk Sağlığı Kurumu’ndan) “AKTİF MADDE İÇERMEYEN BİYOSİDAL ÜRÜNLER TEBLİĞİ” kapsamında üretim yerlerinde mesul müdür olarak olarak çalışabilirsiniz. 11) 02.08.2013 tarih ve 28726 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan “BAZI KANUN VE KANUN HÜKMÜNDE KARARNAMELERDE DEĞİŞİKLİK YAPILMASINA DAİR KANUN” gereğince 20.06.2012 tarih ve 6331 sayılı “İŞ SAĞLIĞI VE GÜVENLİĞİ KANUNU”nda değişiklik yapılmıştır. Bu değişikliğe göre Biyologlar kamu ve özel sektöre ait işyerlerinde İş Güvenliği Uzmanı olarak çalışabilmektedir. 12)29.05.2013 tarih ve 28661 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Milli Eğitim Bakanlığı'ndan) “MİLLİ EĞİTİM BAKANLIĞI ÖZEL MOTORLU TAŞIT SÜRÜCÜLERİ KURSU YÖNETMELİĞİ”ne göre özel motorlu taşıt sürücüleri kurslarında ilk yardım dersini verebilmek için; en az yüksekokul mezunu olmak ve İlk Yardım Yönetmeliği kapsamında alınmış “İlk Yardım Eğitmeni Sertifikası” sahibi olmak şartı getirilmiştir. Yeni yönetmeliğe göre İlk Yardım Eğitmeni Sertifikası almış Biyologlarda özel motorlu taşıt sürücüleri kurslarında ilk yardım dersi verebileceklerdir. 13) 27.04.2013 tarih ve 28630 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı-Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu'ndan) “BEŞERİ TIBBİ ÜRÜNLERİN İMALATHANELERİ HAKKINDA YÖNETMELİK” kapsamında biyoteknolojik ürün imalat yerlerinde, ürün sorumlusu olarak çalışabilirsiniz. 14) 30.12.2012 tarih ve 28513 sayılı (2.mükerrer) Resmi Gazete’ de yayımlanan (Ekonomi Bakanlığı'ndan) “İHRACATTA TİCARİ KALİTE DENETİMLERİNİN RİSK ESASLI YAPILMASI AMACIYLA FİRMALARIN SINIFLANDIRILMASINA İLİŞKİN TEBLİĞ” e göre laboratuvarda biyolog olarak çalışabilirsiniz. Ayrıca sorumlu denetçi olarak da görev yapabilirsiniz. 15) 20.03.2012 tarih ve 28239 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan ( Milli Eğitim Bakanlığı’ndan) “MİLLÎ EĞİTİM BAKANLIĞI ÖZEL ÖĞRETİM KURUMLARI YÖNETMELİĞİ” ne göre okullarda, çeşitli kurslarda, dershanelerde, özel öğrenci etüt eğitim merkezlerinde, hizmet içi eğitim merkezlerinde ve uzaktan eğitim merkezlerinde öğretmen, uzman öğretici veya usta öğretici olarak çalışabilirsiniz. 16) 29.12.2011 tarih ve 281571 sayılı (3.mükerrer) sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan (Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'ndan) "GIDA KONTROL LABORATUVARLARININ KURULUŞ, GÖREV, YETKİ VE SORUMLULUKLARI İLE ÇALIŞMA USUL VE ESASLARININ BELİRLENMESİNE DAİR YÖNETMELİK" gereği gıda kontrol laboratuvarlarında Biyologlar çalışabilmektedir. 17) 13.12.2011 tarih ve 28141 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan (Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'ndan) "DENEYSEL VE DİĞER BİLİMSEL AMAÇLAR İÇİN KULLANILAN HAYVANLARIN REFAH VE KORUNMASINA DAİR YÖNETMELİK" gereği Biyolog olarak çalışabilirsiniz ( a. Bir şekilde genetik yapıları değiştirilmiş gen aktarımlı, nakavt gibi hayvanların bulunduğu araştırmaya yetkili, üretici ve kullanıcı kuruluşlarda,b. Genetik yapıları değiştirilmiş balıklar söz konusu olduğunda,c. Mikrobiyolojik özelliklerinden dolayı özel bakım gerektiren germfree, patojen ari, spesifik patojen free ve benzeri hayvanların bulunduğu üretici ve kullanıcı kuruluşlarda). 18) 11.12.2011 tarih ve 28139 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan (Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'ndan) “VETERİNER TEŞHİS VE ANALİZ LABORATUVARLARI YÖNETMELİĞİ” ne göre hayvan hastalık ve hayvanın yapısıyla ilgili teşhis ve analizlerini yapacak laboratuvarlarda teknik hizmet kadrosunda Biyologlarda çalışabilmektedir. 19) 24.08.2011 tarih ve 28035 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan (Çevre ve Şehircilik Bakanlığı'ndan) “AMBALAJ ATIKLARININ KONTROLÜ YÖNETMELİĞİ” ne göre toplama-ayırma tesislerinin sağlaması gereken kriterler arasında tam zamanlı olarak en az bir çevre görevlisi istihdam etmesi zorunluluğu getirilmiştir. Çevre görevlisi belgesini alan Biyologlarda toplama-ayırma tesislerde çalışabilmektedir. 20) 17.06.2011 tarih ve 27967 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Çevre ve Orman Bakanlığı'ndan) ” TOPRAK KİRLİLİĞİNİN KONTROLÜ VE NOKTASAL KAYNAKLI KİRLENMİŞ SAHALARA DAİR YÖNETMELİK YETERLİLİK BELGESİ TEBLİĞİ” ne göre yeterlilik belgesi alınması için, gerekli meslek grupları arasında Biyologlarda yer almaktadır. 21) 21.05.2011 tarih ve 27940 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “BİYOSİDAL ÜRÜNLERİN KULLANIM USUL VE ESASLARI HAKKINDA YÖNETMELİĞİ” ne göre mesul müdür olarak çalışabilirsiniz. 22) 26.04.2011 tarih ve 27916 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan (Çevre ve Orman Bakanlığı'ndan) “ATIK ARA DEPOLAMA TESİSLERİ TEBLİĞİ” ne göre tehlikeli atıkların dışındaki ara depolama tesislerinde çevre görevlisi olarak Biyologlarda çalışabilmektedir. 23) 06.03.2011 tarih ve 27886 sayılı Resmi Gazete ’de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “YÜZME HAVUZLARININ TABİ OLACAĞI SAĞLIK ESASLARI VE ŞARTLARI HAKKINDA YÖNETMELİK” gereği yüzme havuz sularının analizleri Bakanlıkça yetkilendirilmiş özel laboratuvarlarda da yapılabilmektedir. Bu yönetmeliğe göre Biyologlarda yetkilendirilmiş özel laboratuvarlarda çalışabilmektedir. 24) 12.11.2010 tarih ve 27757 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanarak (Ulaştırma Bakanlığı ile Çevre ve Orman Bakanlığı'ndan) yürürlüğe giren “DENİZ ÇEVRESİNİN PETROL VE DİĞER ZARARLI MADDELERLE KİRLENMESİNDE ACİL DURUMLARDA MÜDAHALE GÖREVİ VEREBİLECEK ŞİRKET/KURUM/KURULUŞLARIN SEÇİMİNE İLİŞKİN TEBLİĞDE DEĞİŞİKLİK YAPILMASINA DAİR TEBLİĞ” kapsamında, petrol ve diğer zararlı madde kirliliğine müdahale yetki belgesi almak isteyen şirket/kurum/kuruluşlarında Biyolog olarak çalışabilirsiniz. 25) 27.10.2010 tarih ve 27742 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “İNSAN DOKU VE HÜCRELERİ İLE BUNLARLA İLGİLİ MERKEZLERİN KALİTE VE GÜVENLİĞİ HAKKINDA YÖNETMELİĞİ” ne göre kapsama giren merkezlerde, merkezin faaliyeti ile ilgili alanda doktora düzeyinde eğitimini tamamlamış olan Biyolog merkezde tam gün görev yapmak kaydıyla merkez sorumlusu olarak çalışabilmektedir. 26) 13.06.2010 tarih ve 27610 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan 5996 nolu Kanun “VETERİNER HİZMETLERİ, BİTKİ SAĞLIĞI, GIDA VE YEM KANUNU” kapsamında gıda ve yem işletmelerinde çalışabilirsiniz (a. Maya, fermente ve salamura ürünler üreten iş yerleri b. Hayvan beslemede kullanılan biyoproteinler gibi belirli bazı ürünleri üreten işletmeler). 27) 10.03.2010 tarih ve 27517 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “TERAPÖTİK AFEREZ MERKEZLERİ HAKKINDA YÖNETMELİK” kapsamında terapötik aferez merkezlerinde teknik sorumlu veya diğer sağlık personeli olarak çalışabilirsiniz. 28) 06.03.2010 tarih ve 27513 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “ÜREMEYE YARDIMCI TEDAVİ UYGULAMALARI VE ÜREMEYE YARDIMCI TEDAVİ MERKEZLERİ HAKKINDA YÖNETMELİĞİ” ne göre tüp bebek merkezlerinde laboratuvar sorumlusu ve diğer personel statüsünde çalışabilirsiniz. 29) 18.12.2009 tarih ve 27436 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Çevre ve Orman Bakanlığı'ndan) “YETERLİK BELGESİ TEBLİĞİ” ne göre Çevresel Etki Değerlendirmesi Raporu ve Proje Tanıtım Dosyası hazırlayan şirketlerde çalışabilirsiniz. 30) 15.05.2009 tarih ve 27229 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'ndan) “TOHUMCULUK SEKTÖRÜNDE YETKİLENDİRME VE DENETLEME YÖNETMELİĞİ” doğrultusunda Tarımsal Üretim ve Geliştirme Genel Müdürlüğü’nden doku kültürü ile tohumluk üretici belgesi alarak doku kültürü ile tohumluk üreticisi iş yeri açabilirsiniz. 31) 08.10.2005 tarih ve 25960 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sanayi ve Ticaret Bakanlığı'ndan) “YETKİLİ SINIFLANDIRICILARIN LİSANS ALMA, FAALİYET VE DENETİMİ HAKKINDA YÖNETMELİĞİ” ne göre yetkili sınıflandırıcı personel olarak çalışabilirsiniz. 32) 23.05.2005 tarih ve 25823 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “KOZMETİK YÖNETMELİĞİ” doğrultusunda kozmetik ürünler üreten imalathane ve fabrikalarda Sorumlu Teknik Eleman olarak çalışabilirsiniz. 33) 21.04.2005 tarih ve 25793 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “PELOİDLERİN ÜRETİMİ VE SATIŞI HAKKINDA TEBLİĞ” e göre peloid üretim tesislerinde biyologlar mesul müdür olarak çalışabilirsiniz. İmalatçı-ihracatçılar kimyasal ve fiziksel analiz gerektiren ürünler için firmaların, laboratuvar elemanı olarak ürünün özelliğine göre Biyolog olarak da çalışabilirsiniz. Ayrıca bu laboratuvar elemanı şartları uygun olması halinde sorumlu denetçi olarak da görev yapabilmektedir. 34) 17.02.2005 tarih ve 25730 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “İNSANİ TÜKETİM AMAÇLI SULAR HAKKINDA YÖNETMELİĞİ” ne göre içme suyu işleme fabrikalarında mesul müdür olarak çalışabilirsiniz. 35) 01.12.2004 tarih ve 25657 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan)“DOĞAL MİNERALLİ SULAR HAKKINDA YÖNETMELİK” kapsamında doğal mineralli su tesislerinde mesul müdür olarak çalışabilirsiniz. 36) 20.05.2002 tarih 24760 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “KAN ÜRÜNLERİNİN RUHSATLANDIRILMASINA DAİR YÖNETMELİĞİ” ne göre mesul müdür olarak çalışabilirsiniz. 37) 30.12.2011 tarih 52388 sayılı Makam oluruyla yayımlanan “DOKU TİPLEME LABORATUVARLARI YÖNERGESİ” ne göre Tetkik ve Analiz Sorumlusu ve Laboratuvar Teknisyeni olarak çalışabilirsiniz. 38) 15.12.2011 tarih ve 28143 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “YÜZME HAVUZLARININ TABİ OLACAĞI SAĞLIK ESASLARI VE ŞARTLARI HAKKINDA YÖNETMELİKTE DEĞİŞİKLİK YAPILMASINA DAİR YÖNETMELİK” gereği yüzme havuzlarında teknik işler ve havuzun uygun şekilde işletilmesinden sorumlu kimya veya sağlık eğitimi almış, en az lise mezunu mesul müdür bulundurulması zorunludur. Ayrıca yüzme havuzlarında kullanılan suyu kimyasal, fiziksel ve mikrobiyolojik yönden kullanıma hazırlayan, bu konuda eğitim almış ve en az lise mezunu kişiler havuz suyu operatörü olarak çalışabilmektedir. 39) 05.07.2005 tarih ve 25866 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Sağlık Bakanlığ'ından) “KORDON KANI BANKACILIĞI YÖNETMELİĞİ” gereğince Banka ekibi: Banka ekibi, kök hücre işleme, ayrıştırma, dondurulması konularında eğitim görmüş sertifikalı bir hekim ile ikinci bir eleman olarak yine sertifikalı bir laboratuar teknisyeninden oluşur. 40) 09.12.2004 tarih ve 25665 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Sağlık Bakanlığından) “KAPLICA YÖNETMELİĞİ” gereğince kaplıca tesislerinde işletmecinin devamlı olarak işinin devamlı surette bulunmasına imkan olmayan hallerde mesul müdür olarak işin yürütülmesi mümkündür. Mesul Müdür; sağlık eğitimi görmüş yüksekokul mezunundan olur. 41) 22.05. 2002 tarih ve 24762 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan (Sağlık Bakanlığı'ndan) “İLKYARDIM YÖNETMELİĞİ” ne göre ilkyardım eğitim merkezlerinde mesul müdür veya ilkyardım eğitmeni olarak çalışabilirsiniz. 42) “TÜRKİYE KÖK HÜCRE KOORDİNASYON MERKEZİ ÇALIŞMA ESASLARI YÖNERGESİ” ne göre Tarama ve Eşleştirme Birimi Personeli olarak çalışabilirsiniz. YALÇIN DEDEOĞLU

http://www.biyologlar.com/biyologlarin-ozel-sektorde-calisma-alanlari

Nitrat Redüksiyon Testi

Bu test, mikroorganizmaların nitratları redükte edebilme yeteneğini belirlemede kullanılır. Bazı bakteriler nitratları (NO3) redükte ederek nitritlere (NO2) ve hatta daha ileri basamaklara (amonyak (NH3) ve gaz nitrojen (N2) kadar ayrıştırabilmektedir (denitrifikasyon). Olay genellikle anaerobik koşullarda ve redüktase enzimlerinin katalitik etkisiyle sürdürülür.Test, mikropların türlerini ayırt etmede büyük yardımcı olur. Enterobacteriaceae familyası genellikle pozitif reaksiyon verir. Nitratların ayrışması sonu oluşan ürünler mikropların karakterine göre değişebilir. Her ne kadar gaz nitrojen meydana gelirse de bunun yanı sıra nitrik oksidi (NO) ve nitrös oksid (N2O) veya hidroksilamin (R.NH.OH) de teşekkül edebilir. Bu maddeler hücre içinde metabolize edilerek protein ve nukleik asit yapımında yapıtaşı olarak kullanılırlar. Materyal 1) İçinde Durham tüpleri bulunan nitratlı (KNO3, % 0.1) sıvı besi yerleri (pH 7.0, 5 ml) gerektiğinde yarı katı besi yeri.2) Mikroorganizmaların saf ve taze kültürleri3) Kontrol pozitif (S. gallinarum) ve negatif (H. vaginalis, veya Acinetobacter anitratus) kültürleri.4) Griess-Ilosvay ayıracı (taze hazırlanmış) (alfa naftilamin % 0.5 (A) + sulfanilik asit %0.8 5) Ekilmemiş sıvı besi yerleri.MetotÜremiş mikroorganizmalarından nitratlı sıvı besi yerlerine ekim yapıldıktan sonra tüpleri 37°C de 1-5 gün inkubasyona bırakılır. Durham tüpleri içinde gazın oluşumuna dikkat edilir. Tüplere Griess-IIlosvay ayıraçlarından (A+:)5'er damla konur.Değerlendirme1) Tüplerde gaz oluşumu (N2) denitrifikasyonu gösterir ve pozitif olarak kabul edilebilir (eğer bakteriler fermenter değilse). Ancak, böyle tüplere Griess-Illosvay ayıracından A ve B solusyonlarından 5'er damla damlatıldıktan sonra hafifçe çalkalanır. Bir iki dakika içinde kırmızı rengin meydana gelmesi de nitratların nitritlere kadar redükte olduğunu ifade eder (pozitif reaksiyon).2) Tüplerde gaz yoksa, yine ayıraç damlatılır. Bir iki dakika içinde kırmızı rengin meydana gelmesi pozitif olarak kabul edilir.3) Eğer, sonuç negatif (hiç reaksiyon oluşmazsa) olarak görülürse, ya nitratlar hiç ayrışmamıştır veya nitratların ayrışması nitrit safhasından da öteye (amonyak veya gaz nitrojene ulaşmış olabilir. Bu durumda, ayıraçlar konmuş olan tüplere çok az miktarda toz çinko (15-20 mg) katılır. Eğer, çinko ilavesi sonu kırmızı renk meydana gelirse (nitrat nitrite redükte olmuştur). Sonuç negatif olarak değerlendirilir. Eğer kırmızı renk oluşmazsa, bu durum, nitratların nitritden de daha öteki safhalara redükte olduğunu ifade eder (pozitif reaksiyon). Amonyak oluşumu de Nessler ayıracı ile ortaya konabilir. Dikkat edilecek noktalar1) Bazı mikroorganizmalar fermentasyon sonu tüpler içinde gaz (hidrojen) meydana getirebilir. Bu durum karşısında bakterinin karakterini iyi bilmek gerekir. Eğer tüpte gaz oluşmuşsa ve mikroorganizma fermentasyon oluşturan türden değilse, gazın nitrojen (N2) olma olasılığı büyüktür ve ayıracı koymaya gerek olmayabilir. Ancak, bakteri fermenter türden ise ayıraçları kullanmak zorunludur.2) Bazı araştırıcılar ayrı katı ortamların daha iyi sonuç verdiğini bildirmektedirler. Gerekirse içinde % 0.02 - 0.04 agar ve % 0.1 KNO3 bulunan yarı katı besiyeri de denenebilir.3) Ayıraçlar taze hazırlanmaları ve iyi çalıştıkları kontrol edilmelidir. A-reagenti buzdolabında ve buna karşın b-reagenti ise oda sıcaklığında muhafaza edilmelidir.4) Alfa naftil amin karsinojenik etkiye sahip olduğundan dikkatlice kullanılmalıdır (pamuklu pipetle ve ağızdan çekilerek kullanılmaz).

http://www.biyologlar.com/nitrat-reduksiyon-testi-1

Fungusların yararlı ve zararlı faaliyetleri nelerdir?

Hayvansal ve bitkisel atıkların çürütülmesinde, bu yapılarda bulunan azot, fosfor, potasyum, sülfür, demir ve kalsiyum gibi elementlerin serbest bırakılmasında, bazı peynir tiplerinin (Rokufort, Kamembert) eldesinde, antibiyotik (penisilin) eldesinde, thiamin, biyotin, riboflavin gibi bazı vitaminlerin, amilaz, pektolaz gibi enzimlerin ve gibberellin gibi hormonların eldesinde funguslardan yararlanılır. Bir fungus grubu olan mayalar ekmekçilikte ve şarap, bira gibi fermente ürünlerin eldesinde kullanılır. Tüm bu yararlarının yanısıra, fungusların çeşitli zararları da olabilir. Örneğin; insan, hayvan ve bitkilerde çeşitli hastalıklara, yiyecek ve gıdaların bozulmasına ve hatta uçakların benzin depolarında gelişerek uçakların düşmesine dahi neden olabilirler. Funguslarda vejetatif yapı tallus adını alır. Tallus, yaklaşık 5 mm çapındaki iplikçiklerin dallanarak çoğalmasından oluşur ve tüm alana yayılır. Vejetatif yapıyı oluşturan iplikçiklerin her birine hif, bir türe ait hiflerin tümüne ise misel denir. Bazı funguslarda hifi oluşturan uzun, silindirik hücreler genelikle septum denen bölmelerle birbirinden ayrılır. Fungus hücreleri etrafında, iyi gelişmiş bir hücre çeperi yer alır. Hücre çeperi ya sellüloz ya kitin veya her ikisini de içerebilir. Funguslarda da diğer eukaryotiklerde olduğu gibi sitoplazmaya dağılmış olarak ribozomlar, kofullar ve bazılarında golgi aygıtı da bulunur. Yedek besinler glikojen ve lipid olarak depo edilir. Yüksek bitki ve hayvanlardaki kadar çok olmasa da endoplazmik retikulum yer alır. Fungus hücreleri bakteri hücrelerinden farklı olarak sitoplazma içinde çekirdek zarına sahip bir veya birden fazla nükleus içerebilirler. Hareketli hücreler olan zoosporlarda bakteri hücrelerininkine benzer yapıda flagella (kamçı) bulunur. Funguslarda çoğalma eşeyli ve eşeysiz olmak üzere iki çeşittir. Bazı funguslar sadece eşeysiz olarak çoğalırken, bazıları her iki yolla da çoğalabilir.

http://www.biyologlar.com/funguslarin-yararli-ve-zararli-faaliyetleri-nelerdir

Katalase Testi

Bu test, bazı mikroorganizmalarca sentezlenen katalase enzimini (hidrojenperosid oksidoredüktase) saptamak amacıyla yapılır ve identifikasyonda kullanılır. Bu enzim ekseri sitokrom ihtiva eden aerobik bakterilerde ve bazı fakültatiflerde bulunur. Katalase bir hemeprotein olup prostetik grubunda, her molekülde, 4 atomlu ve 3 değerli demir (Fe+++) bulunur. Enzim, hidrojen peroksid'i (H2O2) su (H2O) ve oksijene (O2) ayrıştırır. Hidrojen peroksidin ayrışmasında, bir molekülü substrate donor olarak görev yapar. Substrat ve suda donorun hidrojeni yardımı ile redükte olur ve böylece, substrat redükte, donor da okside olur.Bakterilerde hidrojen peroksidin ayrışmasında başlıca iki enzim etkili olabilmektedir. Bunlardan biri, katalase ve diğeri de peroksidase'dir. Hidrojen peroksidin dışında diğer bazı substratlar da katalase enzimi tarafından kullanılabilirler. Bunlar arasında, alkoller (etanol), hidratlanmış formaldehid (H2C(OH2), nötröz asidi (HNO2) ve formik asit (HCOOH) vardır. Katalase enzimi, hidrojenperoksidi, metilalkol'u (CH3OH) ve etlalkol'u (C2H5OH) okside etmek için kullanılabilir.Materyal1) Taze hazırlanmış hidrojen peroksid solusyonları (% 3 ve % 30) 2) Muayenesi istenen mikroorganizmaların taze (18-24 saatlik) sıvı veya katı besiyerindeki kültürleri3) Bilinen ve kontrol olarak kullanılacak, pozitif (S. aureus) ve negatif (S. faecalis) taze kültürleri.Metot1) Katı besi yerinde (kanlı agar hariç) üremiş olan mikroorganizma kolonilerinden platin öze (veya cam baget) yardımı ile yeterli miktarda alınarak temiz ve yağsız bir lamın üzerine konulur. Sonra buna % 30 luk hidrojen peroksidden bir damla damlatılır veya2) Sıvı besiyerinde (5 ml) üremiş kültür üzerine % 3 lük hidrojen peroksid'den 3-4 damla ilave edilir.DeğerlendirmeHidrojenperoksid katılmasından sonra kabarcıkların görülmesi veya çıkması pozitif reakiyon olarak değerlendirilir. Şüpheli durumlarda mikroskop altında muayene yapılabilir. Reaksiyon en iyi pH 7.0 da meydana gelir ve oda sıcaklığında yapılır. Sonuçlar, negatif (-), zayıf (+), orta (++) ve kuvvetli (+++) pozitif olarak derecelendirilir.Dikkat edilecek hususlar1) Mikroorganizmaları üretmede kullanılan katı besi yerinde kan bulunmamalıdır. Bunun yerine, eğer zorunlu ise, çikolata agar denenebilir.2) Lam üzerinde uygulanan yöntemde, aerosol infeksiyonlara veya deri-göz konjonktivasına etkenin sıçraması sonu hastalanmalara rastlanabilir. Bu yönden dikkatli bulunulmalıdır.3) Hidrojenperodsid dayanıksızdır. Bu nedenle taze hazırlanmalı ve kullanılıncaya kadar buz dolabı sıcaklığında muhafaza edilmelidir.4) Testte kontrol mikroorganizmalar bulundurulmalıdır (S. aureus ve S. faecalis).5) Muayene edilecek kültürler 18-24 saatlik olmalıdır. Eski kültürler yalancı negatif reaksiyon verebilirler.6) Hidrojenperoksid (% 30) deri için zararlı bir etkiye sahiptir. Bu nedenle, % 70'lik alkol daima hazırda bulundurmalı ve gerekitği zaman deriye sürülmelidir.7) Test oda sıcaklığında yapılmalıdır. Asit ortamlar, katalase aktivitesini önlediğinden, nötr pH 7.0 tercih edilmelidir.8) Yalancı pozitif reaksiyonlar, kirli malzeme kullanılmadığında görülebilir. Bu nedenle bütün cam malzemenin kimyasal yönden temiz olması gereklidir.9) Eğer, anaerobik koşullarda üretilmiş kültürlerin yoklaması söz konusu ise, bu takdirde, kültürler teste tabi tutulmadan önce 30 dakika açık havada bulundurulmalıdırlar.02.15. Kazein Hidrolizasyon TestiBu test, sütün proteinini oluşturan ve kolloidal karakterde bulunan kazeinin, bakterilerce sentezlenen, proteolitik ve ekstrasellüler bir enzim olan protease tarafından hidrolize edilebilme durumunu saptamak için kullanılır. Mikroorganizmaların türlerinin identifikasyonunda işe yarar.Materyal 1) İçinde % 10 yağsız süt bulunan agar (sütlü agar)2) Mikroorganizmaların saf ve taze kültürleri3) Kontrol pozitif (B. subtilis) ve negatif (E. coli) mikroorganizma kültürleri4) Ekilmemiş besi yeri 5) Gerektiğinde sütlü sıvı besi yeri de kullanılabilir.MetotSütlü agar besi yerine çizgi tarzında mikroorganizmalar ekilir ve petri kutusu 37°C de 2-14 gün kadar inkubasyona bırakılır. Petri kutuları her gün, kontrollerle karşılaştırılarak, muayene edilirler.DeğerlendirmeSüre sonunda koloniler etrafında oluşan açık alan, sütteki kazeinin hidrolize olduğunu ifade eder (pozitif reaksiyon). Negatif durumlarda koloni etrafında hafif opaklaşma görülür. Dikkat edilecek noktalar1) Sonucu iyi değerlendirmek için Petri kutuları siyah bir zemin üzerine konulur. 2) Sütte bulunan laktozu fermente eden mikroorganizmalar asit oluşturmaları nedeniyle süt proteininde değişmeler meydana getirebilir ve açılmalara yol açabilir. Bunu anlamak için, petri kutusuna % 1 HCl veya % 1 Cıva klorür solusyonundan konur. Eğer açılan sahaların rengi kaybolursa, kazein hidrolize olmamıştır.

http://www.biyologlar.com/katalase-testi-1

Aflatoksin Nedir

Aflatoksin Nedir

Aspergillus flavus ve Aspergillus parasiticus tarafından üretilen toksik ve karsinojenik maddelerdir. Karaciğer tarafından M1 tipine ve epoksite metabolize olur. Sıklıkla alfatoksin ile karışıtırlır.

http://www.biyologlar.com/aflatoksin-nedir

Beta Galaktosidase (ONPG) Testi

Bu test, o-nitrophenyl - beta-D-galactoside'in (ONPG) ayrışmasını katalize eden beta-galaktosidase enziminin varlığının belirlenmesi amacıyla yapılmaktadır. Beta galaktosidase ortamda bulanan basit galoktozid'leri (laktoz dahil) ayrıştıran ve indüklenebilen intrasellüler bir enzimdir. Bakterilerin, laktozu fermantasyon kabiliyeti, ortamda bulunan ONPG 'nin ayrışması için gerekli olan beta-galaktosidase enziminin varlığına bağlıdır. Eğer besiyerinde galaktosidase pozitif bir bakteri varsa, renksiz olan ONPG hidrolize edilerek, sarı kromojenik bir madde olan O-nitrofenol (ONP) serbest kalır. Pozitif reaksiyon da bu maddenin tespiti üzerine dayanır. Serbest kalan o-nitrofenol, alkali bir solusyonda bulunursa, tautometrik değişmelere maruz kalarak sarı renk meydana getirir. Asit ortamlarda ise sarı renkli bir görünümdedir. Bu nedenle de ß-galaktosidase aktivitesini ölçmede, besi yerinin iyi buffer'lı olması gerekir.Bu reaksiyon, özellikle, laktozu geç parçalayan veya şüpheli reaksiyon veren mikroorganizmalara kesinlik kazandırmada işe yarar. Böyle bakterilerin çoğu ß-galaktosidase pozitif reaksiyon vermektedirler. Pozitif reaksiyon laktozun fermente olduğunu gösterir. Materyal1) İçinde ONPG bulunan 5 ml miktarında sıvı besiyeri.2) Muayene edilecek mikroorganizmaların saf ve taze sıvı kültürleri.3) Kontrol pozitif (E. coli) ve negatif (P. morganii) suşların kültürleriMetotONPG brothda mikroorganizmalar bolca ekildikten sonra 37 °C de 18-24 saat inkubasyona bırakılırlar. Sürenin sonunda kültürler santrifuje edilerek üst taraf atılır. Bakteri tortusuna 0.25 ml fizyolojik su ilave edilerek homojen bir suspansiyon yapılır. Buna bir damla toluene konularak iyice çalkalanır. Tüp 37 °C de 5-10 dakika su banyosuna bırakılır. Sonra, buna 0.25 ml ONPG solusyonu katılır ve tekrar su banyosuna 20 dakika ile 24 saat süre ile konulur. Tüplerdeki renk değişimine dikkat edilir. Tüplerde 20 dakika içinde bir değişiklik yoksa inkubasyona devam edilir.DeğerlendirmeTüplerde sarı rengin meydana gelmesi ONPG nin hidrolize edildiğini (pozitif reaksiyon) ve renksiz olması da negatif reaksiyonu gösterir. Dikkat Edilecek Noktalar1) Kimyasal maddeler (ONPG, toluene, NaCl, vs.) saf ve en iyi kalitede olmalıdır.2) ONPG solusyonu renksiz olmalıdır. Çalıştığı (etkinliği) pozitif ve negatif kontroller de denenmelidir.3) İndikatörler buzdolabı sıcaklığında tutulmalıdır. Kullanılacağı zaman su banyosuna (37°C) konarak hafifçe sıcaklığı yükseltilmelidir (özellikle, ONPG solusyonu için).4) Besiyerinin pH sının iyi ayarlanması gerekir, genellikle 7.5 civarında olmalıdır. Asit ortamda reaksiyon meydana gelmez.5) Sarı pigment veren (kromojenik) bakterilerde, test, uygulanmamalıdır.6) Ortamda glikoz bulunmamalıdır (ß galaktozidase aktivitesine mani olur).

http://www.biyologlar.com/beta-galaktosidase-onpg-testi-1

ONPG (β-Galaktozidaz) Testi

Laktozlu bir besiyerinde geliştirilmiş olan kültürden bir öze dolusu alınarak 0,25 ml fizyolojik tuzlu su ile süspanse edilir. Bu süspansiyonun üzerine 0,25 ml Ortho Nitrofenol β-D-Galaktopronosid (ONPG) Peptonlu Su besiyeri ilave edilerek optimum sıcaklıkta 3-4 saat inkübasyona bırakılır. Bu sürenin sonunda tüplerde sarı rengin meydana gelmesi pozitif, renk değişikliğinin olmaması ise negatif olarak değerlendirilir.ONPG, enterik bakterilerde β-galaktozidaz varlığının belirlenmesi amacı ile kullanılır. Özellikle laktozu fermente edebilen Salmonella arizonae ve Citrobacter 'in diğer Salmonella türlerinden hızlı bir şekilde ayrımında faydalanılır. Salmonella arizonae β-galaktozidaz pozitif, diğer Salmonella türleri ise negatiftir.ONPG Peptonlu Su hazırlamak için (a) çözeltisi olarak ; 100 ml distile su içinde 10,0 g Tripton ve 5,0 g NaCl eritilerek pH 7,5 'e ayarlanır ve 121 oC 'da 15 dakika süre ile sterilize edilir. (b) çözeltisi ise O-Nitrophenyl-β-D-Galaktopyranosid 'den 0,6 gram alınarak 100 ml 0,01 M Sodyum Fosfat Tampon (pH 7,5) da çözülür. 0,45 μm porlu filtreden geçirilerek sterilize edilir. Daha sonra 30 ml (a) ve 10 ml (b) çözeltisinden alınarak karıştırılarak aseptik koşullar altında steril tüplere 2 'şer ml dağıtılır.

http://www.biyologlar.com/onpg-galaktozidaz-testi

Karbohidrat Fermantasyon Testi

Fermantasyon; anaerobik, fakültatif anaerobik ve mikroaerofilik bazı mikroorganizmalar tarafından gerçekleştirilen anaerobik bir biyolojik oksidasyondur. Mikroorganizmalar, ortamda bulunan çeşitli organik maddeleri değişik şekillerde fermente ederek, geliştikleri ortamda hem okside hem de redükte bazı son ürünler oluştururlar. Bakteriler belirli karbohidratları belirli şekillerde metabolize ederler. Bunun sonucunda fermantasyon ürünü olarak çeşitli asitler, nötral ürünler ve gazlar çıkabilir.Karbohidrat fermantasyon testlerinde, test edilecek karbohidratlar eklenerek hazırlanmış olan Karbohidrat Broth Base hazır besiyerinden yararlanılır. 5 'er ml olacak şekilde tüplere dağıtılan besiyeri sterilize edildikten sonra, 0,1 ml 'lik karbohidrat çözeltisi ilave edilerek hazırlanır. Karbohidrat çözeltisi 2,5 g / 10 ml konsantrasyonunda hazırlanarak filtrasyon ile sterilize edilmelidir.Tanımlanacak bakteri kültüründen öze ile hazırlanmış olan besiyerine aşılama yapılarak optimum sıcaklıkta 5 güne kadar inkübe edilir. Besiyeri renginin değişmesi asit oluşumunu yani test edilen karbohidratın kullanıldığını gösterir. Reaksiyon genellikle ilk 24 – 48 saat içinde tamamlanır. Karbohidrat testlerinde reaksiyon her gün izlenmeli ve pozitif sonuç alındığında analize son verilmelidir.Bazı bakterilerin denenmekte olan karbohidratları kullanma aktivitelerinin yanı sıra, proteolitik aktiviteleri de çok yüksektir. Bunlar karbohidratları çok kısa bir sürede kullanarak besiyeri pH 'sını hızla düşürürler. pH indikatörü olan fenol red kullanımı nedeniyle kırmızı olan besiyeri rengi, pH 'nın düşmesi nedeni ile sarıya döner. Karbohidratın tüketiminden sonra besiyeri bileşimindeki peptonların kullanımına bağlı olarak bu kez pH yükselir ve renk tekrar kırmızıya döner. Bu sahte sonuçlardan sakınmak için karbohidrat fermantasyon testlerinde reaksiyon sık sık kontrol edilmelidir.

http://www.biyologlar.com/karbohidrat-fermantasyon-testi

Toprakta Metan Oluşumu ve Dönüşümleri

Topraklarda oksijen yetmezliği koşullarında, selüloz, hemiselüloz, organik asitler, proteinler ve alkoller gibi organik maddelerin ayrışması önemli miktarlarda metan (CH4) oluşumu ile ilişkilidir. Su baskını altındaki topraklarda karbonlu maddelerin ayrışması sırasında önemli düzeyde metan oluşmaktadır. Metan oluşturan bakteriler Methanobacteriaceae familyası üyeleridir. Çubuk şekilli olanlar Methanobacterium, küresel şekilli olanlar Methanosarcina ve Methanococcus. Metan üreten bakteriler kompleks karbonhidratlar ve aminoasitler yerine formik, asetik, propiyonik, bütirik, valerik asitler ile metanol, etanol, isopropanoli isobütanol ve pentanol gibikısa zincirli yağ asitleri ve basit alkol türündeki organik maddeleri metabolize ederler. Doğal koşullarda iki ya da daha fazla mikrobiyal grubun birlikte çalışmasıyla şekerler, proteinler, selüloz ve hemiselülozlar metana çevrilebilir. Bu reaksiyonlarda diğer organizmaların ana substrattan türetmiş olduğu organik asit ve alkoller metan bakterileri tarafından fermente edilir. Toprakta oluşan ikinci uçucu nitelikteki basit hidrokarbon etilendir. Agaricus, Alternaria, Aspergillus,Fusarium, Mucor, Penicillum gibi mantarlar yanında Candida, Trichosporon türü mayalar ve Pseudumonas türü spor oluşturan bakteriler ile aktinomisetler sayılabilir. Etilen toprakta yatay kök sistemi gelişimi ve tohum çimlenmesini artırmaktadır.

http://www.biyologlar.com/toprakta-metan-olusumu-ve-donusumleri

Kligler Iron Agar (KIA) ve TSI agar

Materyal:Kligler Agar Base                       55 gDistile su                              1000 ml Not: TSI besiyerinin KIA ‘dan tek farklı içerisinde sukroz bulunmasıdırHazırlanması:Üretici firmanın önerileri doğrultusunda, erlen içine 55 g Kligler Agar base konur ve içine distile su eklenir. Isıtılarak iyice eritilir. pH 7.4’e ayarlanır. 16 X 25 cm boyutundaki tüplere 5-7 mL  olacak  şekilde  dağıldıktan  sonra, 121°C  de  15  dakika  otoklavlanır. Tüpler  yatık pozisyonda,  dip  kısmı  3  cm,  yüzeyi  2  cm  olacak  şekilde  ayarlanarak  dondurulur. Etiketlenerek besiyerinin adı, hazırlanma ve son kullanma tarihleri yazılır. Kapaklı tüplerde 4 °C’de 6 ay saklanabilir. Kullanım öncesi kalite kontrolü yapılmalıdır. Testin yapılışı: Öze ile incelenecek bakteri  kolonisi KIA besiyerinin ortasından dibe 1 cm kalana kadar batırılır. Daha sonra besiyerinin yatık kısımına zigzag çizerek ekim yapılır. 35°C de 24-48 saat inkübe edilir. Testin değerlendirmesi: Reaksiyon besiyerinin iki ayrı bölgesinde meydana gelir. Yüzeyde oluşan reaksiyon aerobik, dip kısımda oluşan reaksiyon ise anaerobiktir. Yüzey asit – dip asit → Bakteri hem laktozu hem de glukozu fermente etmektedir. Yüzey alkali -dip asit → Bakteri glukozu fermente etmekte, laktozu etmemektedir. Yüzey alkali -dip alkali → Bakteri nonfermenterdir. Besiyerinde hava kabarcıkları veya çatlakların varlığı bakterilerin gaz oluşturduğunu gösterir. Siyah rengin oluşması ise H2S oluşumunu gösterir. Kalite kontrol: Her  yeni  besiyeri  hazırlandığında  kalite  kontrol  çalışması  yapılır.  Kalite  kontrolunde kullanılacak bakteriler aşağıdaki tabloda sunulmaktadır. Tablo KIA ve TSI agar besiyerlerinin kalite kontrolünde kullanılan suşlar Sınırlandırma: Test 18-24 saat içinde okunup değerlendirilmelidir. Erken okumalar yanlış asit-asit, geç okumalar ise yanlış alkali-alkali sonuç olarak değerlendirilebilir. Fazla  H2S  üretimi  glukoz  reaksiyonunu  maskeleyebilir.Eğer  bu  durum  gözlenirse glukoz fermentasyonu vardır. Eğer gözlenmiyorsa gaz üretimi kontrol edilmelidir. TSI  ve  KIA Enterobacteriaceae,  non-enterik Gram negatif basiller ve çeşitli aerobik Gram pozitif  basillerin identifikasyonunda kulanılmaktadır. Kaynak:RSHMB Ulusal Enterik Patojenler Referans Laboratuvarı

http://www.biyologlar.com/kligler-iron-agar-kia-ve-tsi-agar

Antosiyaninlerin çiçeklerin renklendirilmelerindeki rolleri

Antosiyanin ismi, Yunanca iki kelimeden, anthos (çiçek) ve kyanos (mavi) kelimelerinden oluşmuştur. E163 kodu ile bilinen antosiyaninler, suda iyi çözünebilen ve birçok meyveye, sebzeye ve çiçeğe etkileyici mavi, kırmızı ve mor renklerini veren pigmentlerdir. Bugün dünyada 200'ün üzerinde farklı antosiyanin kaynağı bulunmuştur. Antosiyaninler, pH değişimine karşı duyarlıdırlar. Çoğu antosiyanin, yüksek asitli koşulda kırmızıya, düşük asitli koşulda ise maviye döner. Antosiyanin pigmentleri, antosiyanidin ve glikozittir. Bu pigmentler suda çözünür ve gıdalarda kullanıma uygundur. Genel olarak ısıya ve ışığa karşı stabiliteleri yüksektir. Pastörizasyon ve UHT uygulamalarındaki yüksek sıcaklıklarda dahi stabildir. Özellikle üzüm kabuğundan elde edilmiş, yüksek polimerik yapıya sahip antosiyaninler, çok daha dayanıklıdır. Renklendirici olarak kullanılmasının yanı sıra, ürün bir polifenol olduğundan, son yıllarda, sağlığa yararları konusunda geniş çalışmalar yapılmıştır. Kırmızı şarabın her gün bir kadeh alınması şeklindeki tavsiyeler de, içerdiği antosiyaninlerden dolayıdır. Pigmentin bu özelliği, gelecekte fonksiyonel gıdalarda ve sağlıklı gıdalarda çok daha fazla kullanılacağını göstermektedir.   Gıda sektörü: İçecekler, dondurma çeşitleri, yenilebilir buzlar, jöleler, reçeller, şekerlemeler, süsleme ve kaplama malzemeleri, unlu mamuller, baık yumurtası, tüm çerezler, diyet ürünler, ek gıdalar, sıvı ve katı gıda katkıları, aromalandırılmış şaraplar, distile alkollü içkiler, kokteyller, meyve şarapları, elma şarabı, soslar, hardal, çeşni maddeleri, turşular ve şalgam suyu. Kozmetik sektörü: Cilt bakım ürünleri, saç bakım ürünleri. Antosiyaninlerin kullanımları için pH’nın düşük olması, bulanıklığın olmaması gerekir Alkolsüz İçecekler: Antosiyanin renk maddelerinin temel kullanım alanları alkolsüz içkilerdir. Koruyucu olarak SO2 içermeyen pH 3,4’ün altındaki berrak içecekler ideal uygulamalardır. Doğal renkleri ve antosiyanini hesaplarken, renk katkısı yapılacak gıdanın rengini belirlemeden önce, rengin sabitlenmesi için 24 saat beklemek akıllıca bir önlem olur. Antosiyaninlerin sülfit türevlerinden serbest bırakılmaları peryodu boyunca renkteki artışı görmek mümkündür. İçime hazır içeceklerde koyu kırmızı rengi vermek için 30 ile 40 ppm antosiyanin dozu yeterlidir. Antosiyaninlerin her zaman bulanık içeceklerde kullanımları uygun değildir. Ticari uygulamaları sınırlı olmasına rağmen, teknik olarak alkollü içecek ve sirke içeren ürünlerin antosiyaninlerle renklendirilmesi mümkündür. Meyveler: Antosiyaninler, meyve preparatlarında, marmelatlarda kullanılır. Meyvenin kalitesi ve özelliği önemlidir. Taze veya donmuş meyve, sülfitlenmiş ya da konserve meyveler tercih edilir. Konserve meyveler daha kahverengi olabilir. Antosiyaninler kahverengi alanda absorbe ettiklerinden (420-440nm) kahverengiliğin antosiyanin kullanarak maskelenmesi zordur. Şekerlemeler: Asit kullanılarak yüksek sıcaklıklarda kaynatılan şekerlemeler ve pektin jelleri, kırmızı rengin gözlendiği antosiyaninler için ideal uygulamalardır. Bazı antosiyanin ekstraktları, özellikle üzüm türevliler jelatinle birbirine uymazlar bu nedenle son üründe istenen rengi elde etmek için doğru uygulama biçimi seçimine dikkat edilmelidir. Üzümden elde edilen konsantre antosiyaninler, jelatin çözeltisine eklendiğinde bulanıklık veya çökelti oluşabilir. Konsantrasyon derecesinin artması daha fazla problem demektir. Rengi kullanmadan önce seyreltmek ve üretim denemelerini başarmadan önce jelatin uygunluğunu kontrol etmek gerekir. Kuru Karışımlar: Asidik tatlı karışım çeşitlerinde ve püskürtmeli kurutucuyla kurutulmuş toz içeceklerin renklendirilmesinde antosiyaninler kullanılır. (Küçük ve Ballıkaya, 2003)   Antosiyaninlerin Ekstraksiyonu Antosiyaninlerin çeşitli bitkisel kaynaklardan ekstraksiyonunda kullanılacak yöntemler, çoğunlukla ekstraksiyonun amacına ve antosiyaninlerin yapısına bağlı olmaktadır. Ekstraksiyon işlemleri için antosiyaninlerin yapısını ve stabilitesini etkileyen faktörlerin bilinmesi gerekmektedir. Ekstrakte edilen pigmentler kalitatif veya kantitatif olarak hemen analiz edilecekse yöntem pigmentleri mümkün olduğunca doğal durumlarına yakın tutacak şekilde seçilmelidir. Ekstrakte edilen pigmentlerin renklendirici veya gıda bileşeni olarak kullanılması durumunda maksimum pigment verimi, boyama kuvveti ve stabilite gibi faktörler de önem kazanmaktadır. Ayrıca ekstraksiyon ve temizleme işlemlerinin çok kompleks olmaması, zaman alıcı ve pahalı olmaması gerekmektedir . Antosiyaninler nötral veya alkali çözeltilerde stabil olmadığından ekstraksiyon işlemlerinde genellikle asidik çözeltilerin kullanılması önerilmektedir. Antosiyaninlerin ekstraksiyonunda geleneksel ve en yaygın yöntem bitkisel materyalin az miktarda mineral asit içeren ve düşük kaynama noktasına sahip olan alkol ile ekstraksiyonudur. Alkol olarak çoğunlukla metanol kullanılmakla birlikte metanolün toksik etkisinden dolayı, ekstrakte etme gücü metanole göre daha düşük olmasına ve yüksek kaynama noktasından dolayı daha zor konsantre edilmesine rağmen asitlendirilmiş etanol de gıda esaslı preparatların hazırlanmasında tercih edilmektedir. HCI ile asitlendirme düşük pH’yı korumaya yardımcı olmakla birlikte, bu gibi mineral asitlerin kullanımı, kompleks yapıdaki pigmentlerin doğal formunu değiştirebilmekte ve daha sonraki konsantrasyon aşamasında dayanıklı olmayan acil ve şeker kalıntılarında kayıplara neden olabilmektedir. Bu nedenle pek çok araştırmacı açillenmiş pigmentlerin bozunmasını en aza indirmek için çok düşük konsantrasyonlarda asit kullanımını önermişler, güçlü asit çözeltilerinin bazı bileşiklere zarar verdiğini bildirmişlerdir. Bu nedenle antosiyaninleri doğal formlarına yakın elde etmek için pek çok araştırmacı tarafindan başlangıç pigment ekstraksiyonunda nötral çözgenlerin kullanımı (% 60 metanol, aseton/metanol/su karışımları, n- butanol, soğuk aseton veya kaynamış su ) önerilmiştir. Ayrıca zayıf organik asitlerin de (çoğunlukla formik asit, asetik asit, sitrik asit ve tartarik asit) ekstraksiyon çözgenlerinde kullanıldığı bildirilmektedir. Rengin bitkisel materyalden yeterli ekstraksiyonu sağlandığında, alkol içeren çözelti düşük sıcaklıklarda konsantre edilmekte ve daha sonra gerekirse konsantratın kolon veya kağıt kromatografisi gibi tekniklerle saflaştırılması yoluna gidilmektedir. Antosiyaninlerin çeşitli bitkisel materyalllerden ekstraksiyonu üzerine günümüze kadar pek çok çalışma yapılmıştır. Bu konuyla ilgili literatür özetleri aşağıda verilmektedir. Bir çeşit erik meyvesinin (Prunus cerasifera) kabuğu ve yapraklarının antosiyanin kaynağı olarak kullanılabilme durumunun araştırıldığı Baker ve ark., 1974,nın çalışmasında siyanidin ve peonidin 3- glikozit ve 3-rutinozitleri içeren erik antosiyaninleri, asitlendirilmiş etanol kullanılarak ekstrakte edilmiş ve elde edilen ekstraktın organoleptik açıdan kabul edilebilir özelliklere sahip olduğu ifade edilmiştir. Antosiyaninler için en iyi kaynaklardan biri olan üzüm küspesinin kullanıldığı Tiinberlake ve Bridle, 1980, in çalışmalarında, ekstrakte edici çözgen olarak %0.1-1.0 oranında tartarik asit içeren metanol sonra tartarik asidin fazlası %40’lık KOH çözeltisi kullanılarak çöktürülmüştür . Metivier ve ark.(1980), antosiyaninlerin üzüm posasından ekstraksiyonunda kullanılan çözgen ve asidin ekstraksiyon derecesi ve oranı üzerine etkisini incelemişlerdir. Çalışmada çözgen olarak etanol, metanol ve su; asit olarak hidroklorik asit, sitrik asit, tartarik asit, formik asit ve propiyonik asit kullanılmış ve kullanılan ekstraksiyon çözgenleri arasında en iyi ekstraktantın metanol olduğu bildirilmiştir. %10 HCI içeren metanolün , etanolden %20 ve sudan %73 oranında daha etkili olduğu saptanmıştır. Metanol ekstraktındaki en yüksek pigment konsantrasyonuna 48 saat sonunda ulaşıldığı bildirilmiştir. HCI’nın oldukça korozif bir etkiye sahip olmasından dolayı çalışmada ekstraksiyon çözgeninde asit olarak organik asitler de denenmiştir. Organik asitle yapılan denemelerden elde edilen bulgulara göre sitrik asidin metanol ile ve asetik asidin su ile birlikte kullanıldığında daha etkili olduğu rapor edilmiştir. Pigment analizi Fuleki ve Francis (1968)’in uyguladığı yönteme göre pH 1 ve 4.5’da pH differential yöntem ile yapılmıştır. Bu çalışmada 100 g üzüm posasında 85 mg antosiyanin içeriği saptanmıştır. Kocabıyık ve Yurdagel (1987) de kırmızı üzüm cibresinden boyar bileşiklerin eldesi ve bunların gıdalarda kullanılabilirliği üzerinde çalışmışlardır. Araştırmada Carignane Grenache çeşidi üzümlerin artığı karışık cibre kullanılmış, cibredeki renk maddeleri sitrik asit içeren metanol ile ekstrakte edilmiştir. Ekstrakt süzüldükten sonra vakum altında konsantre edilmiş ve buzdolabı koşullannda depolanmıştır. Elde edilen doğal renk maddeleri gül reçeli, gül likörü, akide şekeri ve oksidasyona uğramış beyaz şaraplann roze formunun renklendirilmesinde kullanılmış ve 60 gün boyunca belirli zaman aralıklarında absorbans değerlerine bakılarak renk kayıpları incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre renklendirilen gıdalarda renk açılmalarının kullanılan gıdanın pH’sına bağlı olarak değiştiği ve gül reçelinde alıkonan renk şiddetinin oldukça yüksek olduğu bulunmuş, bu nedenle renk maddelerinin pH 4 altındaki gıdalarda kullanılabileceği ifade edilmiştir. Palmidis ve Markakis (1975) de fermente üzüm kabuklarındaki antosiyaninleri sıcak su ve farklı konsantrasyonlarda (500, 1000 ve 2000 ppm) SO2 çözeltisi ile ekstrakte ederek alkolsüz karbonatlı içeceklerdeki stabilitelerini incelemişlerdir. Sıcak su ve 500 ppm SO2 çözeltisinin diğerlerinden daha iyi sonuç verdiği rapor edilmiştir. Ekstraktlar konsantre edilip kurutulduktan sonra hazırlanan karbonatlı içecek karışımına katılmış, içecekler farklı sıcaklık ve ışık koşullarında depolanarak belirli aralıklarla antosiyanin içerikleri saptanmıştır. Ekstrakt ve içeceklerin antosiyanin içeriği pH differential yöntem ile saptanmıştır. pH’ları 1 ve 4.5 olan iki tampon kullanılarak örneklerin absorbansları 520 nm’ de okunmuş ve pigment içeriği enosiyanin eşdeğeri olarak ifade edilmiştir. Sıcak su ekstraksiyonu ile elde edilen antosiyaninlerle hazırlanan içeceğin 581 mg enosiyanin /100 mg ve 500 ppm SO2 çözeltisi ile hazırlanan içeceğin ise 640 mg enosiyanin/100 mg içerdiği saptanmıştır. Sıcaklık ve ışığın karbonatlı içeceğe eklenen antosiyaninin stabilitesini etkilediği, depolama sıcaklığı ve ışık şiddetindeki artışın pigment degradasyonunu hızlandırdığı bulunmuştur. Aynca 500 ppm SO2 çözeltisi ile ekstrakte edilen pigmentlerin sıcak su ile ekstrakte edilenlere göre %30-60 oranında daha stabil olduğu saptanmıştır. Mok ve Hettiarachchy (1991), ayçiçeği kabuğundaki antosiyaninlerin 65-95 °C arasında değişen sıcaklıklarda ve pH 1-5 aralığında termal stabiliteleri üzerinde çalışmış ve ekstraksiyon çözgeninde SO2 kullanımının elde edilen pigmentlerin termal stabilitesi üzerine etkilerini incelemişlerdir. Ekstraksiyon çözgeni olarak 500, 1000 ve 2000 ppm SO2 içeren sulu çözeltilerin kullanıldığı çalışmada 1000 ppm SO2 içeren çözeltinin en yüksek termal stabiliteye ve antosiyanin içeriğine sahip olduğu saptanmıştır. 1000 ppm’in üzerindeki konsantrasyonlarda SO2 çözeltisinin daha düşük antosiyanin içeriği vermesinin sebebi SO2 nin yüksek konsantrasyonlarda geri dönüşümsüz ağartma etkisi ile açıklanmıştır. Isıl işlem görmüş ekstraktlardaki toplam antosiyanin içeriği pH differential yöntem ile saptamış ve mg siyanidin 3-glikozit/L olarak ifade edilmiştir. Antosiyaninlerin degradasyon indeksi (DI) değerleri Fuleki ve Francis (l968)’in yöntemine göre saptanmıştır. Degradasyon indeksi, örnekteki degrade olmuş antosiyanin kısmını belirten bir ifadedir. Bu değerin sıcaklık ve süre arttıkça arttığı, 95 °C’deki DI değerinin 65 ve 80°C dekine göre daha yüksek olduğu ve 65 ve 80 °C’de elde edilen DI değerleri arasında önemli bir fark olmadığı bildirilmiştir. En yüksek DI değerinin pH 5’de elde edildiği, bu değeri sırasıyla pH 1 ve pH 3’ de elde edilen değerlerin izlediği rapor edilmiştir.   Antosiyaninlerin Antioksidan Aktivitesi documents/240934301.pdf

http://www.biyologlar.com/antosiyaninlerin-ciceklerin-renklendirilmelerindeki-rolleri

Enfeksiyon hastalıklarının ilk kez tanınması, etkenlerinin bulunuşu ve/veya üretilmesi konularında tarihsel sıralamalara örnekler veriniz.

İlk Çaglarda Ilk insanlar, hayatin baslangici, doga, dogal olaylar (yagmur, kar, dolu, simsek, yildirim, gök gürültüsü, zelzele, su taskinlari, vs.), ay, dünya, yildizlar, günes, bulasici hastaliklar ve ölüm gibi kavramlar üzerinde fazlaca durmuslar, içinde bulundugu veya yakin iliskide olduklari toplumlarin törelerine göre bazi izahlar ve yorumlar yapmislar ve bunlara inanmislardir. Çözümleyemedikleri konularda, bunlari, insan veya doga üstü kuvvetlere, ilâhlara, cinlere ve seytanlara veya mucizelere baglamislardir. Hastaliklar ve ölümlerin, tanrilar veya insan üstü güçler tarafindan, yeryüzündeki kötü kisilere ceza olarak gönderildigine inanmislar ve bu inançlarini da yüzyillar boyu devam ettirmislerdir. Kötülüklerden ve kötü ruhlardan kurtulmak için, bu insan üstü kuvvetlere tapilmasi, adak verilmesi korku ve saygi duyulmasi ve dua edilmesi, o devirlere ait dinsel kisiler tarafindan siki bir sekilde ögütlenirdi.Bu amaçlari gerçeklestirmek için, özel yerler, tapinaklar yapildigi gibi, tanrilarin gazabindan korunmak için de çesitli hayvanlarin yani sira bazen insanlar da kurban edilirdi. Yapilan arkeolojik kazilarda, kaya tabakalari arasinda bakteri fosillerine benzeyen olusumlara rastlandigi ve bunlarin milyonlarca yil öncesine ait oldugu bildirilmistir. Hatta, kömür tabakalari içinde bakteri fosillerinin bulundugu Renault tarafindan da iddia edilmistir. Permian tabakalarinda rastlanilan dinozorlarin hastalikli kemiklerinin bakteriler tarafindan meydana getirilmis olacagina kuvvetle bakilmaktadir. Dinozorlardan ayri olarak, magara ayilari ve diger hayvanlarin fosillerindeki kemik bozukluklari ve eosen devrine ait üç tirnakli atlarda tesadüf edilen dis çürüklerinin de mikrobial orijinli olabilecekleri ileri sürülmüstür. Milattan Önce 8000-7000 yillari arasinda Mezopotamya bölgesinde yasayan insanlarin hastaliklar, ölümler ve bunlarin nedenleri hakkindaki bilgi ve görüsleri yok denecek kadar azdi. Bunlarin, insan üstü kuvvetler tarafindan olusturulduklarina inaniyorlar, bunlardan korkuyorlar ve bu duygularini da saygi ve tapinma tarzinda gösteriyorlardi. Zamanla, halk, bazi bitki ve hayvanlarin zehirleyici nitelikte olduklarini ve bir kisim bitkilerin de bazi hastaliklara iyi geldigini ögrenmis ve böylece, yenecek veya yenmeyecek, bitki ve meyveleri belirlemisler ve hastaliklarin sagaltiminda kullanilacak olanlari da saptamislardir. Ilkel yasantinin hüküm sürdügü bu dönemde hayata, dogaya ve dogal olaylara insan üstü kuvvetlerin hakim olduguna inanilirdi. Eski Misirlilar döneminde (MÖ. 3400-2450), yagmur sularini toplamak ve lagim sularini akitmak için kanallar, arklar ve borular yapilmistir. Eski krallik devresinde baslayan bu tür çalismalara yeni kralliklar döneminde de (MÖ. 1580-1200) devam edildigine rastlanilmaktadir. Bu tarihlerde bazi saglik kurallarinin konuldugu ve bunlara titizlikle uyuldugu papirüslerden anlasilmaktadir. En eski papirüs olan Kuhn papirüs 'ünde (MÖ. 1900) köpeklerdeki paraziter hastaliklardan ve muhtemelen, sigirlardaki sigir vebasindan bahsedilmektedir. Bunlarin sagaltimi için hayvanlarin kendi hallerine birakilmasi ve tütsü edilmeleri önerilmektedir. Smith papirüs 'ünde (MÖ.1700) yaralarin sagaltiminda taze etin, ve hemorajilerde koterizasyonun kullanilabilecegine dair bilgiler bulunmaktadir. Bu papirus, o devirlere ait bazi önemli tibbi bilgiler de vermektedir. Ebers papirüs 'ünde (MÖ. 1550), hastaliklarin esas nedenlerinin seytanlar oldugu ve hastaliklarin ancak sihir ve dualarla giderilebilecegi belirtilmektedir. Bazi hastaliklarin tedavisinde sinek ve timsah pisliklerinin ve farelerin yararli olacagina da inaniliyordu. Hayat solugunun da sag kulaktan çiktigi zannediliyordu. Heredot 'un eserlerinde, Misirlilarin tuzu antiseptik olarak kullandiklari belirtilmektedir. Elliot Smith tarafindan bulunan ve MÖ. 1000 yilina ait oldugu sanilan mumyalarda spinal tüberkulozise rastlandigi açiklanmistir. Eski Yunanlilar dönemi MÖ. 3400 yillarina kadar uzanmaktadir. Ancak, bu periyoda ait bilgiler pek yeterli degildir. MÖ. 1850-1400 yillarinda bazi saglik kurallarinin konuldugu, ventilasyona dikkat edildigi, ark ve kanallarin açildigi, mabetlerin ve yerlesim yerlerinin kaynak su ve agaçlik yerlerde kurulmasina özen gösterildigi anlasilmaktadir. Tababet ve tedavinin kurucusu veya babasi sayilan Hipokrat (Hippocrates, MÖ. 460-377), halk sagligi ve hastaliklari konusunda 7 cilt kitap yazmis ve bunlarda sitma, lekeli humma, çiçek, veba, sara ve akciger veremine ait bilgilere yer vermistir. Tip alanina deneysel yöntem, gözlem ve arastirma prensiplerini getirmis olan Hipokrat, hastaliklari vücüdun vital sivilarindaki bozukluklara baglamis ve hastaliklari akut, kronik, epidemik ve endemik olarak siniflandirmistir. Ayrica, yaralarin sagaltiminda kaynatilmis su ile irrigasyonu, operatörlerinin ellerini ve tirnaklarini temizlemelerini, yaralarin etrafina bazi ilaçlarin sürülmesi gerektigini de vurgulamistir. Bilgin, hastaliklarin topraktan çikan fena hava ile su, yildiz, rüzgarlarin yönü ve mevsimlerin etkisiyle olustuguna da inanmistir (miasmatik teori). Hipokrat, ayni zamanda, 4 element (ates, hava, su, toprak), 4 kalite (sicak, soguk, nem, kuru) ve vücudun 4 sivisi (kan, mukus, sari safra, siyah safra) üzerinde de bilgiler vermis, bunlari ve birbirleri ile olan iliskilerini açiklayan görüsler getirmistir. Senenin çesitli mevsimlerinde isinin ve nemin degismesinin hastaliklarin çikisinda önemli rol oynadigini da savunmustur. Aristo (Aristoteles, MÖ. 384-322), veba, lepra, verem, trahom ve uyuz hastaliklari ve bunlarin bulasma tarzlari hakkinda bazi açiklayici bilgiler vermistir. Ayrica, temasla bulasmaya da dikkati çekmis ve vebali hastalarin soluk havasinin bulasici oldugunu da belirtmistir. Empedokles (Empedocles, MÖ. 450-?), Sicilya'da batakliklarin kurutulmasinin malaryayi kontrol altina alacagina deginmis ve malarya ile batakliklar arasinda bir iliskinin varligini gözlemistir. Aristofan (Aristophanes, MÖ. 422-385) malarya ve bulasmasi hakkinda bilgiler vermistir. Zamanla, miasmatik görüs ve düsünüs, yerini vücuttaki dogal delikler (porlar) teorisine birakmistir. Bunun taraftarlari arasinda, Eskülap (Esclepiades, MÖ. 124), Temison (Themison, MÖ. 143-23) ve Tesalus, (Thesallus, MS. 60) gibi düsünürler bulunmaktadir. Bu bilginler arasinda da bazi farkli görüslerin olmasina karsin, genelde birlestikleri ortak nokta, vücudun dogal delikleri arasindaki uyumun degismesinin hastalik ve ölümlerin nedeni olacagidir. Galen (Gallenos, MS. 120-200), hastaliklarin nedenleri hakkinda daha ziyade, miasmatik görüse katilmis ve desteklemistir. Bilgin, Hipokrat 'in 4 sivi teorisini kabul etmekte, sivilarin azalmasi veya artmasini hastaliklarin nedeni olarak göstermekteydi. Galen, gözlemlerine göre, sahislari 4 gruba (kanli, flegmatik, safrali ve melankolik) ayirmistir. Galen, ayni zamanda, kan almanin bazi hastaliklarin sagaltimi için yararli olacagini da düsünmüstür. Anadolu'da büyük bir imparatorluk kuran Hititler (Etiler, MÖ. 2000) hastaliklarin ilahi kuvvetler tarafindan olusturulduguna inanirlardi. Romalilar döneminde, su ve lagim kanallarinin yapildigi, temiz gida ve içme suyuna önem verildigi anlasilmaktadir. Eski Ibraniler (MÖ. 1500), Babilliler’in hastaliklarin nedenleri ve ölümler hakkindaki görüslerini, genellikle, benimsemislerdi. Bu dönemde, hastaliklardan korunmak için bazi kurallarin konuldugu ve adli tibba ait de bazi esaslarin saptandigi açiklanmaktadir. Ancak, Ibraniler arasinda, hastaliklarin günahkâr insanlara, ilâhi kuvvetler tarafindan gönderildigi görüsü yaygindi. Liviticus 'un kitabinda, dogumdan sonra kadinlarin çok iyi temizlenmeleri gerektigine, menstrasyon hijyenine, bulasici hastaliklardan korunmaya, temiz olmayan esyalara dokunmamaya, izolasyon ve dezenfeksiyonun bazi hastaliklarin (veba, uyuz, antraks, sara, trahom, verem, frengi) kontrolünde gerekli olduguna dair bazi açiklamalar bulunmaktadir. Bu dönemde, difteri, lepra, gonore ve diare bilinmekteydi. Musa peygamber (MÖ. 1300), zamaninda bazi saglik kurallari konulmussa da, bunlara sonradan uyulmamistir. Bu dönemde, özellikle, gida hijyenine önem verilmis, domuz eti, ölmüs hayvanin eti, deniz kabuklu hayvanlarin eti, kan ve yagin yenmemesi ögütlenmistir. Hindular (MÖ. 1500) döneminde, Sanskrit'ler de, hastaliklarin nedenleri olarak seytanlar, cinler ve büyücüler gösterilmektedir. Büyük kral Asoka (MÖ. 269-232) zamaninda hayvan hastanelerinin kuruldugu ve tarihi yazilarda tedavi ile iliskili bazi bilgilerin bulundugu açiklanmistir. Hindistan ve Seylan'da MS. 368'de, hastanelerin kuruldugu belirtilmektedir. Sustrata (MS. 500) dogal ve doga üstü olarak 120 hastalik bildirilmistir. Bu dönemde, malaryanin sinekler tarafindan bulastirildigi bilinmekte ve farelerin de vebadan öldüklerinde evlerin terk edilmesi geregine dikkat çekilmektedir. Sustrata, bunlarin yanisira, çocuk bakim ve hijyenine ait bilgiler de vermektedir. Sacteya adli sanskritte de insanlari çiçege karsi asilamada kullanilan yöntemler bildirilmektedir. Eski Çin Medeniyeti (MÖ. 3000-2000) döneminde yazilan "Materia Medika" adli kitapta kan dolasimina ait bilgiler verilmekte, dolasimin kanin kontrolünde yapildigi, kanin sürekli ve günde bir defa dolastigi bildirilmektedir. Ayrica, kitapta, akupunktur ve nabiz hakkinda da bazi bilgilere yer verilmistir. Bu dönemde, Çin'de frengi, gonore ve çiçek hastaliklari bilinmekte ve bunlara karsi bazi önlemlerin de alinmakta oldugu belirtilmektedir. Milattan Sonra 2. asirda hashasin agri kesici olarak kullanildigi da zannedilmektedir. Wong Too (MS. 752), insan ve hayvanlarda rastlanilan hastaliklar ve bunlarin sagaltim yöntemlerini "Dis Alemlerin Sirlari" adli eserinde 40 bölümlük bir yazida toplamistir. Konfüçyüs (MÖ. 571-479) döneminde kuduzun tanindigi ve bazi önlemlerin alindigi bilinmektedir. Eski Çin döneminde, hastaliklarin nedeni olarak, erkek ve olumsuz unsur olan Yang ile disi ve olumlu öge olan Yu 'nun arasindaki düzenin bozulmasina baglanmaktadir. Milattan önceki dönemlere ait olan Eski Japonya'da, hastaliklarin ilahi kuvvetler tarafindan insanlara ve hayvanlara gönderildigine inanilir ve bazi saglik kurallarina da dikkat edilirdi. Eski Iran'da, hastaliklarin nedenleri ilahi ve büyüsel kuvvetlere baglanmaktadir.Zerdüst dinini temsil eden Avesta adli kitapta hastaliklara, hekimlere ve saglik kurallarina ait bölümler bulunmaktadir. Iyilik tanrisi olan Ahura Mazda ve karanliklarin ruhu (seytan) Ahirman kabul edilir ve bunlara saygi gösterilir ve dualar edilirdi. Babil döneminde (MÖ. 768-626), saglik kurallarina dikkat edildigi, hastaliklari önlemek ve sagaltmak için bazi ilaçlarin kullanildigi, bu konulara deginen 800'den fazla tabletten anlasilmaktadir. Hastalari tedavide, ayin ve dualar edilir ve büyüler kullanilirdi. Zincir vurmak ve kamçilamak da dahil olmak üzere, insanlarin içindeki seytan ve kötü ruhlari çikarmak ve atmak için 50'ye yakin çare belirtilmekteydi. Hastalanan sahislarin cinlere ve seytanlara yakalanmasi tarzinda düsünülürdü. Bu dönemde, lepranin bilindigi, bulasici oldugu ve hasta kisilerin ayrilmasi gerektigine de inanilirdi. Milattan önceki Türklerde, insan ve hayvanlardaki hastaliklara ve jeolojik ve meteorolojik olaylar ile fena ruhlarin (Erklik) yol açtigina inanilirdi. Iyi ruhlar ise insan ve hayvanlari korurlardi. Ülgen en büyük tanriyi, Erklik de kötülükleri temsil ederdi. Samanlar, kötü ruhlarin yaptiklari fenaliklari ve hastaliklari önlerlerdi. Ruhlara inanma temeli üzerine kurulan Samanizm'de samanlar (ruhlarla iliski kurabilen dinsel kisiler), hastalari iyi etmek için çesitli dualar okur, danslar yapar ve esyalari atesten geçirirlerdi. Müslümanlik döneminde, insan ve hayvan hastaliklari hakkinda bir çok yazilar yazilmis ve gözlemler yapilmistir. Ilk hastanenin Sam'da MS. 707'de kurulmus oldugu açiklanmistir. Bagdat'da yasamis olan Ebubekir Mehmet bin Zekeria El Razi (MS. 854-925), yazdigi "Tip Ansiklopedisi'nde" çiçek ile kizamik hastaliklarini tanimlamis ve bulasici hastaliklarin fermentasyona benzedigini bildirmistir. Buharali Ibni Sina (Avicenna, MS. 980-1038), bulasici hastaliklarin gözle görülmeyen kurtçuklardan ileri geldigini ve korunmak için temizligin önemli oldugunu vurgulamistir. Ayrica, yazdigi kitaplarda, bazi hastaliklari da (plörizi, verem, deri ve zührevi hastaliklar) tanimlamis ve korunmak için de bazi ilaç adlarini vermistir. Abu Marvan Ibn Zuhr (MS. 1094-1162), tip konusunda 6 cilt kitap yazmis ve birçok hastaliklari da (mediastinal tümor, perikarditis, tüberkulozis, uyuz, vs.) tarif etmistir. Ak Semsettin (MS. 1453), kitabinda malaryanin ayni bir bitki tohumu gibi, görülmeyen bir etkeni oldugunu ve vücuda girdikten sonra üredigini açiklamistir. 02. Orta Çagda Orta Çag döneminde de Hipokrat ve Galen'in görüsleri kabul görmüs ve fazlaca taraftar toplamistir. Roger ve Roland (11. ve 12.asirlar arasinda) Salorno'da kurulan ilk bagimsiz medikal okulda çalismislar, kanseri tanimlamislar, paraziter hastaliklarda civali bilesikleri kullanmislar ve irinin yaranin içinde meydana geldigini bildirmislerdir. Orta Çag döneminde, veba, lepra, erisipel, kolera, terleme hastaligi (muhtemelen influenza) ve frengi gibi hastaliklar oldukça fazla yaygindi. Milyondan fazla insanin bu hastaliklardan öldügü açiklanmistir. Venetian Hükümeti, infekte gemileri limanlara sokmamak için bazi karantina önlemleri almis ve bir halk sagligi örgütü kurmustur (1348). Boccacio (1313-1375), yazdigi Dekameron (decameron) adli eserinde, öldürücü ve yaygin olan vebanin bulasmasi hakkinda ayrintili bilgiler vermistir. Bu dönemde, sirke antiseptik olarak tavsiye ediliyordu. 03. Rönesans Döneminde Rönesans Döneminde (1453-1600), bilimde ve özellikle tip alaninda yeni gelismeler meydana gelmistir. Hastaliklarin nedenleri olarak gösterilen ilahi ve insanüstü kuvvetlere inanisa ve miasmatik görüslere karsi çikilmaya baslandi. Deneylere, gözlemlere ve bu tarzdaki arastirmalara önem verildi. Paracelcus (1493-1541), hastaliklari 5 esas nedene (kozmik, gidalardaki zehirler, ay ve yildizlar tarafindan kontrol edilen dogal olaylar, ruh ve seytanlar, ilahi nedenler) baglamistir. Çiçek, tifo, kizamik gibi hastaliklar 1493-1553 yillari arasinda oldukça yaygin ve öldürücü seyretmekteydi. Fracastorius (1478-1553), yayimlandigi kitabinda (1546), bulasici hastaliklarin jermler (Seminaria morbi) tarafindan saglamlara nakledildigi, bulasmada direkt temas, hastalarin esyasi ve havanin önemli oldugu üzerinde durmustur. Böylece, ilk defa jerm teorisi ortaya atilmis ve bulasmada da canli varliklarin (Contagium vivum) rol alabilecegi düsünülmüstür. Fracastorius, ayrica, veba, frengi, tifo ve hayvanlardaki sap hastaligi üzerinde de bazi çalismalar yapmistir. Bir sahisdan digerine geçen hastaliklarin, o sahisda da ayni veya benzer hastalik tablosu olusturdugu, Fracastorius'un gözlemleri arasinda yer almaktadir. Von Plenciz (1762), Fracastorius'un görüslerini benimseyerek, hastaliklarin gözle görülemeyen küçük canlilar araciligi ile bulasabilecegini ileri sürmüstür. 04. Mikroskobun Gelistirilmesi Mikroskoplarin temelini olusturan ilk basit büyütecin Roger Bacon (1214-1294) tarafindan yapildigi ve bazi objelerin incelendigi bilinmektedir. Hollandali bir gözlükçü olan Zacharias Janssen 1590 yilinda, iki mercekten olusan basit bir büyüteç yaparak, bazi objeleri 50x ve 100x büyütebilmistir. Cornelius Drebbel ve Hans'in da, 1590-1610 yillari arasinda benzer tarzda bazi büyütme aletleri gelistirdikleri açiklanmistir. Galileo Galilei (1564-1642), 1610 yilinda, Italya'da, bir tüp içine yerlestirdigi bir seri mercekle, daha fazla büyütme gücü elde etmistir. Kepler, 1611'de, iki mercekten olusan bir büyütme aleti gelistirmistir. Petrus Borellus (1620-1689), yaptigi büyüteçle uzaklari daha iyi görebildigini açiklamistir. Robert Hooke (1635-1703) ve Nehemiah Grew gelistirdikleri büyütme aletleri ile (200x) bazi objeleri ve bitkileri incelediklerini açiklamislardir. Hooke, 1665'de, yayimladigi Micrographia adli eserinde yüksek organizmalarin ve flamentöz mantarlarin mikroskobik görünümlerini çizmis ve bunlar hakkinda bilgiler vermistir. Athanasius Kircher (1602-1680), 32 defa büyütebilen aleti yardimi ile vebali hastalarin kaninda bazi kurtçuklari gördügünü iddia etmistir. Histolojinin kurucusu olarak taninan Italyan bilgin Marcello Malpighi (1628-1694), basit bir mikroskop yardimi ile akciger dokusunu incelemistir. Jan Swanmmerdan 1658'de, alyuvarlari mikroskopla incelemistir. Pierre Borrel (1620-1671), bakterileri görebildigini iddia etmistir. Hollandali bir tüccar ve amatör bir mercek yapimcisi olan Antony van Leeuwenhoek (1632-1723), 200 defadan fazla büyütebilen ve iki metal arasina yerlestirilmis bikonveks mercekten olusan büyütme aleti ile yaptigi çesitli incelemelerde mikroskobik canlilar dünyasini bulmayi basarmistir. Bu nedenle kendisine mikrobiyolojinin kurucusu gözü ile bakilmistir. Yaptigi arastirmalar arasinda, kanal ve ark sularinda protozoa, bir gece bekletilmis yagmur sularinda bakteri, dis kiri, biber dekoksiyonu, mantar,yaprak, salamander kuyruk kan dolasimi, seminal sivi, idrar, gaita, vs., materyaller, esas konusunu olusturmustur. Ilk bakterileri 1676 yilinda görerek, sekil ve hareketlerini izlemis ve sekillerini çizerek bu konuda hazirladigi 200'den fazla mektubunu Londra'daki "Phylosophical Transaction of the Royal Society" ye göndermis ve Ingilizce olarak yayimlanmasi saglanmistir. Bu mektuplarinda, özellikle, dis kiri ve biber infusyonundan yaptigi muayenelerde milyonlarca küçük canliya (hayvanciklara, animaculate) rastladigini da belirtmistir. Arastirici, ayni zamanda, bakterileri yüksek isida tuttugunda veya sirke ile muamele ettiginde öldüklerini de belirtmistir. Huygens, 1684'de, iki mercekli oküleri gelistirmistir. Chester Moor Hall ve John Dalland, 1773'de, birbirlerinden bagimsiz olarak, dispersiyonu düzelten mercekler gelistirdiklerini açiklamislardir. J.N. Lieberkühn, 1739'da, A. van Leeuwenhoek'in mikroskobunu daha da gelistirmistir. Chevalier, 1824'de, mikroskopta birçok mercekleri bir araya getirerek basarili olarak kullanmistir. J.J. Lister, 1830'da, modern mikroskobun prensiplerini koymustur. Ernest Abbe (1840-1905), 1870'de, akromatik objektif ve kondansatörü yapmis ve kullanmistir. A. Abbe ve Carl Zeiss (1816-1866), apokromatik mercek sistemini bulmuslardir. Andrew Ross (1798-1853), 1843'de binoküler mikroskobu yapmistir. J.J. Woodvard, 1883-1884'de, mikroskop yardimi ile fotograf çekmeyi, Heimstadt, Carl Reichert (1851-1922) ve Lehmenn, ilk olarak fluoresans mikroskobu yapmayi basarmislardir. Louis de Broglie elektron mikroskobun esasini bulmustur. Max Knoll ve Ernst Ruska ilk elektron mikroskubu yapmislardir (1933). 05. Spontan Generasyon Teorisi (Abiyogenezis) Uzun yillar, canlilarin kendiliginden meydana geldikleri görüsü, oldukça fazla bir taraftar bulmustu. Bunlara göre, canlilar, çamurdan, dekompoze organik materyallerden, sicak sulardan ve benzer karakterleri gösteren durumlardan orijin almaktadir. Van Helmont (1477-1544), farelerin meydana gelebilmesi için, toprak içeren bir tülbent içine bugday ve biraz da peynir konulduktan sonra ahir veya benzer bir yerde hiç dokunulmadan uygun bir süre bekletilmesinin yeterli olacagini iddia etmistir. Ayrica, havada kalmis etlerde kurtçuklarin olusmasi da bu görüs için destek kabul ediliyordu. Francesco Redi (1626-1697), canlilarin bir önceki canlidan gelmekte oldugu görüsünü savunan ve bunu deneysel olarak gösteren ilk bilim adamidir. F. Redi, iki kavanoz içine et ve balik koyduktan sonra birinin agzini sikica baglamis ve digerini açik birakmistir. Deneme sonunda, agzi kapali olan kavanozdaki et ve balikta kurtçuklarin bulunmadigini, buna karsilik açik olanda ise kurtçuklarin varligini göstermistir. Tülbent üzerinde sinek kurtlarinin bulunmasina ragmen içinde olmamasi, kurtçuklarin sinekler tarafindan meydana getirildigi görüsünü de dogrulamistir. Arastirici, ayrica, kurtçuklardan sineklerin meydana gelisini de izlemistir. Böylece, etin belli bir süre içinde kurtçuklara dönüsü veya etin kurtçuk meydan getirmesi görüsü (spontan generasyon) gölgelenmis ve reddedilmistir. Biyolog, sair ve lisanci F. Redi, 105 parazitin tanimini yapmistir. Bu görüsleri nedeniyle kilisenin zulmüne ugramis, odun yiginlari üzerine konulmus ve kanaatini degistirmedigi için de yakilmistir. Louis Joblot (1647-1723), samani iyice kaynattiktan sonra ikiye ayirarak kavanozlara koymus, bunlardan birinin agzini iyice kapatmis digerini ise açik birakmistir. Açik olan kavanozda birkaç gün sonra mikroorganizmalarin üredigini buna karsilik, kapali olanda ise böyle bir seyin olusmadigini gözlemistir. Böylece, L. Joblot, bir kere ve iyice kaynatilarak her türlü canlidan arindirilmis bir ortamda, yeniden bir canlinin olusamadigi ve canlilarin kendiliginden meydana gelemeyecegini ispatlamistir. Bu da, F. Redi gibi, dekompoze hayvan ve bitki materyallerininin kendiliginden bir canli olusturma yetenegine sahip olamayacagi görüsünü benimseyerek, abiyogenezis teorisinin olanaksiz oldugunu kanitlamistir. John Needham (1713-1781), yaptigi denemede, isitilmis ve agzi kapatilmis et suyu içeren bir kavanozda bir süre sonra canlilarin üredigini gözlemis ve benzer durumu isitilmamis ve agzi kapali olan kavanozda da saptamistir. Bu arastirmasina göre, J. Needham, spontan generasyon görüsüne katilmis ve desteklemistir. Buna göre, isitilarak tahrip edilen mikroorganizmalar sonradan yeniden hayatiyet kazanarak kendiliginden olusmuslardir. Hayvansal dokularin "vejetatif veya vital kuvvetleri" olduklarina ve cansiz materyalleri canli hale getirebilecegine de inanmistir. Bu görüs, bir natüralist olan Buffon tarafindan da dogrulanarak kabul görmüstür. Lazzaro Spallanzani (1729-1799), yaptigi bir seri deneme sonunda, J. Needham'in çalismalarini ve görüsünü reddetmis ve isitmanin yeterli derece ve sürede yapilmadigini ileri sürmüstür. L. Spallanzani, isitmanin yeterli derece ve sürede yapildiktan ve agizlarinin, mantar yerine, atesle ve hava girmeyecek derecede kapatilmasi halinde herhangi bir animakulatin meydana gelmeyecegini açiklamistir. Needham, bu görüse karsi olarak, uzun süre kaynatmanin organik maddelerdeki "vejetatif veya vital kuvvetleri" yok edecegini ve spontan jenerasyon için gerekli olan güçleri ortadan kaldiracagini belirtmistir. Buna karsi, Spallanzani verdigi yanitta, ayni süre kaynatilmis et suyu veya saman enfusyonunun agzi açik birakilirsa belli bir süre sonra içinde tekrar animakulatlarin meydana gelecegini belirtmistir. Lavoisier, 1775 yilinda yaptigi denemelerde havada oksijenin varligini saptamis ve bunun yasam için gerekli oldugunu vurgulayarak, spontan jenerasyon teorisinin dogrulugunu iddia etmistir. Arastirici, kaynatmakla siselerin içindeki oksijenin disari çiktigini buna bagli olarak da et suyu veya saman infusyonunda canlilarin olusmadigini da savunmustur. Schulze ve Schwann, Lavoisier'in oksijeni bulmasindan yaklasik 61 yil sonra, yaptiklari bir seri çalismada, eger hava sülfürik asit veya potasyum hidroksit solüsyonundan (Schulze, 1836) veya çok sicak bir cam tüpten (Schwann, 1837) geçirildikten sonra et suyuna veya saman infusyonuna gelirse herhangi bir mikroorganizmanin üremedigini gözlemlemislerdir. Ancak, bu denemeye karsi çikanlar, havanin bu tarz isleme tabi tutulmasinin havadaki hayat jermlerinin asitten veya sicak cam tüpten geçerken tahrip olacaklarini ve böylece abiyogenezis'in olusamayacagini savunmuslardir. Schwann, ayrica oksijenin yalniz olarak, ortamda mikroorganizmalarin olusmalarina veya üremelerine yeterli olamayacagini da açiklamistir. Schröder ve von Dush, 1854 ile 1861 yillari arasinda, Schulze ve Schwann'in arastirmalarina bazi yenilikler ilave etmislerdir. Söyle ki, bunlar havayi asit veya isitilmis tüpten geçirmek yerine, pamuktan geçirerek et suyu veya saman infusyonuna vermisler. Deneme sonunda, ortamda herhangi bir animakulata rastlamadiklarini açiklamislardir. Bu deneme ile , hem pamugun mikroplari tutabilecegini ve hem de asit veya sicak havanin animakulat olusmasina zararli bir etkisi olmadigini da göstermislerdir. Ancak, bazilari, havadaki tozlarda bulunan bazi canlilarin, havanin asit veya alkaliden veya pamuktan geçirilisi sirasinda tutulacagini iddia etmislerdir. Sonralari, pamukta da mikroorganizmalarin bulunabilecegi ortaya konulmustur. John Tyndall (1820-1893), ön tarafinda cam bulunan agaçtan bir kültür kutusu hazirlamis ve iki yan tarafina camdan küçük pencereler yerlestirmis ve tozlari tutmasi için de , kutunun iç yüzü gliserinle sivamistir. Yandaki küçük camdan gönderilen isik (isinlari) yardimi ile kutunun içinde tozlarin bulunmadigi saptanmis ve optikal olarak temiz bulunmustur. Sonra kutu içindeki tüplere pipetle steril besiyerleri konmus ve tüpler alttan isitilarak steril hale getirilmistir. Tüpler içindeki besiyerleri oda sicaklik derecesine kadar ilitildiktan sonra besiyerlerinin steril olarak kaldiklarini gözlemlemistir. Bu denemenin sonucuna göre, toz içermeyen havanin mikropsuz olacagi görüsüne varilmistir. Tyndall, yaptigi bir seri çalismada, mikroorganizmalarin iki formunun olabilecegine dikkati çekmistir. Termolabil (vejetatif formlar) ve termostabil (sporlu mikroorganizmalar). Fraksiyone sterilizasyonla sivilarin mikroorganizmalardan arindirilmasinin mümkün olabilecegini de saptayarak kendi adi ile anilan Tindalizasyon (Tyndallization, fraksiyone sterilizasyon) yöntemini bulmustur. 06. Hastaliklarda Jerm Teorisi Mikroorganizmalarin bulunmasindan sonra, spontan jenerasyon (abiyogenezis) teorisi, yavas yavas yerini, bir canlinin diger canlidan türeyebilecegi (biyogenezis) görüsüne birakmistir. Viyanali bir doktor olan Marcus Antonius von Plenciz, 1792'de, "Hastaliklarda Jerm Teorisi" adi altinda yayimladigi bir eserinde konu üzerinde görüslerini açiklamis ve her hastaligin kendine özgü görülmeyen bir nedeni olduguna dikkati çekmistir. Louis Pasteur (1822-1895), kuduz, tavuk kolerasi ve antraks hastaliklari üzerinde bazi arastirmalar (korunma ve asilama) yapmis ve ayrica sarap ve biranin maya hücreleri tarafindan fermente edildigini de (fermentasyon) saptamistir. Bunlarin yani sira, optimal kosullarin disinda üretilmeye çalisilan mikroorganizmalalar da bazi degismelerin meydana gelebilecegini, özellikle, virülensde olusan varyasyonlarin, asilama ile koruyucu etki göstereceklerini saptamistir. Pasteur, 1879-1880 yillari arasinda, hayvanlardaki antraks hastaligina karsi hazirladigi iki attenüe susla (Pasteur-1 ve -2) bagisiklik elde etmis ve koyunlari bu hastaliktan korumustur. Bu çalismalarin yani sira, 1885'de, kendi yöntemi ile virüs fiksli tavsan omuriligini bir desikatöre uygun bir süre (8-14 gün) koyarak kurutmus ve böylece hazirladigi asi ile korunmanin mümkün olabilecegini ortaya koymustur. Bu konu üzerinde de Paris'te bir konferans vermistir. Fermentasyon üzerindeki çalismalari sonunda da, Pasteur asagidaki esaslari ortaya koymustur: 1) Bira veya sarapta meydana gelen her degisme, bunlari fermente eden veya bozan mikroorganizmalar tarafindan ileri gelmektedir. 2) Fermente eden etkenler, hava, kullanilan alet ve maddelerden gelmektedirler. 3) Bira veya sarap herhangi bir mikroorganizma içermezse, hiç bir degisiklige ugramaz. Pasteur, yaptigi çalismalarin sonucuna göre, kendi adi ile anilan pastörizasyonun esasini da kurmustur. Bir Ingiliz cerrahi olan Joseph Lister (1827-1912), Pasteur 'ün prensiplerini cerrahiye uygulamistir. Operasyonlarda dezenfektan bir maddeye (asit fenik) batirilmis sargilar kullanarak infeksiyonun önüne geçmistir. Böylece, Lister cerrahide, antiseptiklerin önemini ve antisepsinin yerini ortaya koymustur (1852). Schoenlein, 1839'da, deri hastaliklarindan olan favus ve pamukçuk'un mantarlardan ileri geldigini saptamistir. Edwin Klebs (1834-1913), Löffler ile birlikte difteri hastaliginin etkenini izole etmeyi basarmislardir. Bilim adami, bunun yanisira, travmatik infeksiyonlar, malarya ve kursun yaralari üzerinde de bazi faydali çalismalar yapmistir. Hayvanlarda da, deneysel olarak, ilk tüberkulozis lezyonlarini olusturmayi basarmistir. Karl Joseph Eberth (1835-1926), insanlarda tehlikeli bir hastalik olan tifonun etkenini (Eberthella typhosa) bulmustur. Robert Koch (1843-1910), mikroorganizmalari saf üretebilmek için kati besiyerlerini gelistirmis ve karisik kültürlerden saf kültürler elde etmeyi basarmistir. Böylece, bakteriyolojiye yeni teknikler getirmistir. Koch, ayni zamanda, hastaliklar üzerinde de bazi kriterler ortaya koymustur. Bunlar da "Koch postulatlari" olarak bilinmektedir. 1) Hastaliklar spesifik etkenler tarafindan olusturulurlar, 2) Etkenler izole edilmeli ve saf kültürler halinde üretilmelidir, 3) Duyarli saglam deneme hayvanlarina verildiklerinde hastalik olusturabilmeli ve 4) Tekrar saf kültürler halinde üretilebilmelidirler. Bu 4 görüs uzun yillar geçerliligini korumustur. Koch, mikroorganizmalari anilin boyalari ile boyama yöntemlerini de gelistirmis ve bakteriyoloji alaninda uygulanabilir hale getirmistir. Antraks hastaliginin bulasma tarzini ve etkeninin sporlu oldugunu da saptayan Koch, 1882'de, tuberkulozis'in etkenini de izole edebilmis ve sonralari, tuberkulozlu hastalarin teshisinde çok yararlar saglayan bir biyolojik madde olan "Tüberkülin"i de hazirlamistir. Otto Obermeier (1843-1873), 1873' de, Borrelia recurrentis 'i bulmustur. Karl Weigert (1845-1904) bakterileri boyamada anilin boyalarini kullanmistir. B. Bang (1848-1932), sigirlarda yavru atimlarina yol açan hastaligin etkenini (Brucella abortus) bulmustur. Agostino Bassi, 1835' de, ipek böcegi hastaligini açiklamis ve bunun kontak ve gida ile bulastigini göstermistir. George Gaffky (1850-1918), tifonun etkenini (E. typhosa) saf kültürler halinde üretmis ve tifonun etiyolojisini açiklamistir. John Snow, 1839'da, epidemik koleranin sulardan bulastigina dikkati çekmistir. William Welch (1850-1939), 1892'de, gazli kangrenin etkenini (C. welchii) ve Hansen'de 1874'de, lepra hastaliginin etkenini (Hansen basili, M. johnei) tanimlamislardir. Nicolaier, 1885'de, topraktan tetanoz mikrobunu izole etmis ve hastaligi hayvanlarda deneysel olarak meydana getirmistir K. Shige, 1898'de, dizanteri basilini bulmus M.leprae'nin de kültürü üzerinde çalismalar yapmistir. Friedrich Löffler (1852-1915), Koch ile birlikte difteri basilini üretmeye çalismislar ve 1884'de saf kültürler halinde üretebilmislerdir. W. Löffler, 1882'de, domuz erisipel etkenini bulmustur. David Bruce (1855-1931), malta hummasinin, nagana hastaliginin ve uyku hastaliginin etkenlerini bulmus ve uyku hastaliginin çeçe sinegi ile bulastigini da ortaya koymustur. Ronald Ross (1857-1923), 1896'da, Plasmodium malaria 'nin yasam tarzini saptamis ve bunu aydinlatmistir. Theobald Smith (1859-1934), Texas sigir hummasinin kene ile nakledildigini saptamistir. Albert Neisser (1885-1916), insanlarda gonore'nin etkeni olan gonokok'lari bulmustur. Hideye Noguchi (1878-1928), kültür teknikleri ve hayvan zehirleri üzerinde çalismalar yapmistir. Treponema pallidum 'u da saf kültürler halinde üretmistir. 07. Virolojinin Tarihçesi Bakteriler üzerinde yapilan çalismalardan sonra, nedenleri saptanamayan bir çok hastaliklar konusunda da yogun arastirmalar yapilmaya baslanmistir. Bakterileri geçirmeyen filtrelerin bulunmasi, bu yöndeki incelemeleri daha kolay hale getirmistir. Pasteur, Berkefeld ve Chamberland kendi adlari ile taninan ve bakterileri tutan filtreleri yapmayi basarmislardir. Iwanowski, 1892'de, ilk defa tütün mozaik virusunu bulmustur. Yine ayni yillarda, Löffler ve Frosch, sigirlarda önemli hastaliklara yol açan sap virusunun filtreleri geçtigini saptamislardir. Nicolle ve Adil Bey, 1899'da, sigir Vebasi virusunun filtreleri geçebildigini açiklamislardir. Tword, 1915'de, Ingiltere'de ve d'Herelle, 1917'de, Fransa'da bakteriyofajlari bulmuslar ve bunlarin süzgeçleri geçtiklerini göstermislerdir. W. Reed ve ark.1901'de, insanlarda sari humma (Yellow fever) hastaligi etkeninin filtreleri geçtiklerini kanitlamislardir. 08. Immunolojinin Tarihçesi Insan ve hayvanlari hastaliklardan koruma çalismalari çok öncelere kadar uzanmaktadir. Bu yöndeki ilk adimi, bir Ingiliz olan, Edward Jenner (1749-1823) atmistir. Bagisikligin kurucusu olarak tanilan arastirici, sigir çiçegi alan bir sahsin, insan çiçegine karsi bagisik olacagini ve hastalanmayacagini göstermis ve asilama ile immunitenin elde edilebilecegi görüsünü yerlestirmistir. Pasteur de ayni tarzda, hazirladigi birçok asilarla (tavuk kolerasi, koyun antraksi ve kuduza karsi yaptigi asilar) ve bunlarla elde ettigi bagisiklik o devir için çok önemli buluslar arasindadir. Emil Roux ve Alexander Yersen, 1888'de, difteri toksinini bulduktan sonra, Emil Von Behring de difteriye karsi antitoksin elde etmeyi basarmistir. August Von Wassermann (1886-1925), frenginin teshisinde Bordet Gengou, fenomenini uygulamis ve kendi adi ile bilinen Wassermann reaksiyonunu ortaya koymustur. Nuttal, 1888'de, hayvanlarin kaninda B. anthracis için bakterisidal etkiye sahip maddelerin bulundugunu saptamistir. Paul Ehrlich (1854-1916) ve Bordet bagisikligin humoral ve Elie Metschnikoff (1845-1916) da hücresel (fagositoz) yönlerini açiklamis ve bunlarin önemi üzerinde durmuslardir. Jules Bordet (1871-1962) ve Gengou ile birlikte komplement fikzasyon reaksiyonunu bildirmislerdir. Albert Calmette (1868-1933) ve Guerin ile birlikte BCG 'yi hazirlamislardir. H. Durham ve Max Gruber, 1896'da, mikroorganizmalarin spesifik antiserumlar tarafindan aglutine olduklarini göstermislerdir. 09. Mikolojinin Tarihçesi Mantarlarin varliginin taninmasi çok eski zamanlara (Devonian ve Prekambium) kadar uzanmaktadir.Bitkiler üzerinde mantarlarin üredigini ve bazi zararlara neden olduguna ait ilk bilgileri Vedas (MÖ. 1200) vermektedir. Romalilar zamaninda, depolarda saklanan danelerde ve tahillarda mantarlarin üredigini Pliny (MS. 23-79) bildirmektedir. Yine bu dönemlerde, mantarlara ait bazi resimlerin çizildigi, Pompei'deki kazilardan anlasilmaktadir. Loncier, çavdar mahmuzunu (Claviceps purpurae mantarinin sklerotiumu) taniyan ve bunun morfolojik özellikleri hakkinda bilgi veren kisi olarak taninmaktadir (1582). Clusius (1526-1609), mantarlar üzerinde arastirmalar yapmis ve elde ettigi bilgileri 28 sayfalik bir monograf içinde yayimlamistir. Gaspard Bauhin (1560-1624), mantar üzerinde arastirmalar yapmis ve hazirladigi "Pinax Theatri Botanici" adli eserinde 100 kadar mantarin özelliklerini bildirmistir (1623). Marcello Malpighi (1628-1694), Rhizopus, Mucor, Penicillium ve Botrytis gibi bazi mantarlar üzerinde arastirmalar yapmis ve bunlara iliskin özlü bilgiler vermistir (1679). Van Sterbeeck (1630-1693), yenilebilen mantarlarla zehirli olanlar arasinda ayrimlari belirtmeye çalismis ve bu konudaki görüslerini yayimlamistir. Hooke (1635-1703), mantarlar üzerinde birçok arastirmalar yapmis ve bunlari "Micrographia" adli yapitinda resimleyerek Royal Society 'ye sunmustur. Arastirici, özellikle, iki mantar üzerinde (Phragmidium ve Mucor) incelemeler yapmis, bunlarin bitki olduklarina ve bitkilerden orijin aldiklarina inanmistir (1667). Tournefort (1656-1708), çesitli mantarlar ve likenler üzerinde incelemeler yaparak bunlari, morfolojik ve diger karakterlerine dayanarak, 6 gruba (1-Fungus, 2-Boletus, 3-Agaricus, 4-Lycoperdon, 5-Coralloides, 6-Tubira) ayirmis ve "Element de Botanique" adli eserinde yayimlamistir (1694). Sebastian Vaillant (1669-1750), mantarlar üzerinde ayrintili çalismalar yapmis, bazilarini alfabetik olarak klasifiye etmis, önemli gördüklerinin de resimlerini çizmis ve "Botanicon Parisiense" adli kitabinda açiklamistir (1727). Antonio Micheli (1679-1737), mantarlar üzerinde yaptigi inceleme ve arastirmalari grup isimlerinden yararlanarak siniflandirmis (Clavaria, Clathrus, Geaster, Lycoperdon, Phallus, Tuber gibi) ve bunlari "Nova Genera Plantarum" adli eserde yayimlamistir (1729). Arastiricinin, çizdigi resimler ve verdigi bilgilere dayanarak spesifik identifikasyon yapilabilir. Bu eserin çok degerli oldugu ve mantarlarin ayrimlarinda bazi önemli anahtarlari açikladigi bildirilmektedir. Kendisinin yaptigi özel klasifikasyonda bazi büyük mantarlara özel yer vermis ve bunlari Fungi lamellati (Agaricaceae), Fungi porosi (Polyporaceae) ve Fungi romosi (Clavariaceae) diye 3 gruba ayirmistir. Botrys ve Rhizopus gibi bazi mantarlari da saf kültürler halinde üretmistir. Carl Von Linne (Linneaus, 1707-1778), bir botanikçi olan bu arastirici, kendi yaptigi klasifikasyon içinde mantarlari "Species Plantarum" adli yapitinda "Cyrptogamia Fungi" sinifinda toplamis ve Agaricus, Boletus, gibi bazi generik isimler de kullanmistir. (l753). Gleditsch (l7l4-l786), mantarlarin sporlari ve sporulasyon özellikleri üzerinde arastirma ve incelemeler yapmis ve bu karakterlerine göre mantarlari 2 ana bölüme ayirmistir. Builliard, Discomycetes, Pyrenomycetes, Mucorales ve Mycetozoa 'lar üzerinde arastirmalar yapmis ve bulgularini "Champignon de France" de yayimlamistir (l79l). Hendrik Persoon (l76l-l836), mantarlara iliskin incelemelerini, taksonomik bir yapit olan "Synopsis Methodica Fungorum" da toplamistir (l80l). Ayrica kendisinin 3 volum halinde olan, l822 ve l828 yillarinda yayimlanan "Mycologia Europaea" adli çalismalari da vardir. Arastirici, mantarlari 2 sinif, 6 ordo ve 71 genusa ayirarak bir klasifikasyon yapmistir. Schweinitz (l780-l834), Kuzey Amerika'da, North Carolina eyaletinde 3000 ve Pennsylvania'da da l200 mantar toplayarak incelemis ve bunlari "Synopsis Fungorum Carolina Superioris ve Synopsis Fungorum in America Boreali Medico Degantium" adli yayinlarda açiklamistir. Elias Fries (1794-1878), bugünkü mantarlar sistematiginin esasini kurmus ve Isveç'de de mantar klasifikasyonu ile bir fonun kurulmasinda önderlik etmis olan arastirici çalismalarini "Systema Mycologicum" adli eserde toplamistir. Josef Cordo (l809-l849)' nun, mantarlar üzerindeki çalismalarini 6 cilt halinde olan "Icones Fungorum Hucusque Cognitorum" adi altinda yayimlanmistir. Anton de Bary (1831-1888), mantarlarin yasam dönemleri üzerinde incelemeler yaparak bir çok kapali noktalari aydinliga kavusturmustur. Mycetozoa 'nin yasam siklusunu dönemini 1859'da açiklamistir. Harton Peck (1833-1917) de 2500 tür mantar üzerinde çalismistir. Andrea Saccardo (1845-1920), mantarlar üzerinde 1880 yilina kadar yapilmis inceleme ve arastirmalari, 25 cilt halinde olan ve ilki 1882'de yayimlanan "Sylloge Fungorum" adli eserde toplamistir. Son cilt, ölümünden sonra 1931'de yayimlanmistir. Bu çalismalarda, 80.000 mantar türü bildirilmistir. Tulasne'nin güzel resimlerle süslenmis olan "Selecta Fungorum Carpologia" adli eseri 1861-1865 yillari arasinda ve 3 cilt halinde basilmistir. Bunlardan sonra bir çok arastirici, mantarlar üzerinde çok degerli çalismalar yapmis ve bunlari siniflandirmaya çalismislardir. Patouillard, Quelet, Cooke (1871-1883), Massee (1892-1895), Bresadola (1927-1932), ayrica, Engler, Prantl, Rabenhorst, Sydows, Oudemans, Seymour, gibi arastiricilar da mantarlar üzerinde inceleme ve çalismalar yapmislardir. Mantarlar, bitkilerde oldugu gibi, insan ve hayvanlarda da çesitli hastaliklara (mycoses) neden olurlar. Mantarlarin bitkilerde hastalik olusturduguna dair birçok yayinlar vardir (Fontana (1767), Prevot (1807), Berkeley (1832), Kühn (1858), de Bary (1866), Hartig (1874), Woronin (1878), Whetzel (1918). Lafar, mayalarin endüstride kullanilmalari hakkinda, "Technische Mykologie (1904)" adli yayinda bilgi vermistir. Baliklarda (sazanlarda) Saprolegnia türü mantarlardan ileri gelen infeksiyonlar hakkindaki bilgilere, 1748 yilinda yayimlanan "Transactions of the Royal Society" adli bilimsel dergide rastlanmaktadir. Richard Owen (1804-1892), Avian Aspergillosis üzerinde çalismalar yapmis ve bulgularini nesretmistir (1832). Agostina Bassi (1773-1856), ipek böceklerindeki mantar hastaliklari üzerinde çalismalar yapmis ve bulgularini bir monografta ayrintili olarak açiklamistir (1837). Berg (1806-1887), insanlardaki Candida albicans infeksiyonlari üzerinde arastirmalar yapmis ve bulgularini yayimlamistir. David Gruby (1810-1898), insanlardaki Dermatophyt infeksiyonlari ile ilgilenmis ve bunlara ait bir rapor düzenlemistir. Sabouraud (1864-1938), medikal mikoloji üzerinde çok degerli çalismalar yapmis ve bu konuda da bir kitap yayimlamistir (1910). Bugün mantarlarin çesitli yönlerini (morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal özellikleri ve antijenik yapilari, patojeniteleri epidemiyolojileri ve diger karakterleri) açiklayan çok degerli arastirmalar yapilmakta ve henüz kesinlik kazanmamis veya tam olarak bilinmeyen yönleri aydinlatilmaya çalisilmaktadir. 10. Mikrobiyoloji Alaninda Nobel Ödülü Kazanan Bilim Adamlari 1901 Emil Von Behring Difteri antitoksini ve serumlarla sagaltma yöntemleri 1902 Sir Ronald Ross Malarya üzerinde arastirmalar 1905 Robert Koch Verem etkeninin bulunmasi ve verem üzerinde çalismalar, bakteri kültürleri üzerine arastirmalar 1907 C.L.A Laveran Hastalik yapan protozoonlar 1908 Elie Metschnikoff Bagisikligin hücresel yönü ve fagositoz 1908 Paul Ehrlich Humoral bagisiklik 1913 C.Robert Richet Allerji ve anaflaksi 1919 Jules Bordet Bagisiklik ve komplement fikzasyon reaksiyonu 1928 C.J.H. Nicolle Tifüsun naklinde bitlerin rolü 1930 Karl Landsteiner Insan kan guruplari üzerinde arastirmalar 1939 Gerhard Domagk Prontosilin bulunmasi ve antibakteriyel etkisi 1945 Sir Alexander Fleming, E.Boris Chain, Sir H.Walter Florey Penicilinin bulunmasi ve etkileri 1948 P.Hermann Müller DDT’nin bulunmasi. 1951 Max Theiler Yellow fever asisi üzerinde arastirmalar 1952 S.Abraham Waksman Streptomisinin bulunmasi 1954 J.Franklin Enders, Thomas H.Weller, Frederich C.Robbins Poliomiyelit virusu ve diger viruslarin hücre kültürlerinde üretilmeleri. 1958 Joshua Lederberg, George V.Beadle, Edward L.Tatum Mikrop genetigi 1960 Sir F.M.Burnet Transplante dokularin immunolojik kontrolleri. 1965 Andre Lwoff, Jacques Monod, François Jacob RNA’nin bulunmasi. 1966 Charles Huggins, Peyton Rous Kanser ve kanatli sarkomu üzerinde çalismalar 1967 R.Granit, H.R.Hartlin, G.Wald Fotoreseptörlerin fonksiyonlari. 1968 R.W.Holley, H.Gobind, M.W. Nirenberg protein sentezinde genetik kodlarin çalismasi. 1969 M.Delbrück, A.D.Hershey, E.Luria Bakteriyofajlarin hakkinda yayinlar 1970 J.Axelrod. S.Bernard Katz, Ulf von Euler, Earl W.Sutherland AMP’nin metabolizmadaki önemi 1971 E.Sutherland AMP’nin metabolizmadaki önemi 1972 Porter,R.R, Edelman,G.M Immunoglobulinler üzerinde sütrüktürel çalismalar. 1973 K.Von Frisch, K.Lorenz, N.Timbergen Evolusyon ve analoji üzerinde çalismalar 1974 C.de duve, G.E.Palade Hücre anatomisi,sitokrom ve mitokondrialar hakkinda yayinlar 1975 D.Baltimore, R.Dulbeco, H.M. Temin RNA’ya bagli DNA polimerase üzerinde 1976 Baruch Blumberg Serum hepatiti. 1976 Daniel C.Gajdusek Latent virus hastaliklari 1977 Rosalyn Yellow Radio immunoloji üzerinde çalismalar 1977 Andrew Schally, Roger Guillemin Üç ayri hormon serbest birakma faktörleri üzerinde arastirmalar 1978 N.O.Smith, D.Nathans, W. Arber Restriksiyon enzimlerinin bulunmasi ve bunlarin kullanilmasi 1980 B.Benarerraf, G.Snell, J.Dausset Histokompatibilite antijenlerinin bulunmasi 1980 P. Berg, W.Gilbert rekombinant DNA teknolojisinin gelismesi 1980 F.Sanger DNA sekans analizlerinin yapilmasi. 1982 A.Klug Kristalografik elektron mikroskobun gelismesi, virus yapisinin aydinlatilmasi 1984 C.Milstein, G.J.F.Köhler Monoklonal antikorlarin elde edilmesi. 1984 N.K.Jerne Immunolojide teorik çalismalar 1986 E.Ruska Transmisyon elektron mikroskobunun gelismesi 1987 S.Tonegawa antikor çesitliliginin genetik prensipleri. 1988 J.Deisenhofer, R.Huber, H.Michel Bakteri membranlarnda fotosentetik reaksiyon merkezleri. 1988 G.Elion, G.Hitching Kanser, malarya ve viral infeksiyonlarin tedavisinde kullanilan ilaçlarin gelistirilmesi 1989 J.M.Bishop, N.E.Varmus, S.Altman Onkogenlerin bulunmasi 1989 T.R.Cech Katalitik RNA’larin bulunmasi 1990 J.E.Murray Immunsupresif ajan kullanarak transplantasyon 1992 E.H.Fisher, E.G.Krebs Protein kinasenin bulunmasi 1993 R.J.Robets, P.A.Sharp DNA’nin farkli segmentlerindeki genler 1993 K.B.Mullis PCR’nin bulunmasi 1993 M.Smith Site directed mutagenezis Türkiye 'de Mikrobiyolojinin Kurulmasi Yurdumuzda mikrobiyoloji alanindaki ilk çalismalar asi yapmakla baslamis ve buna da çiçek hastaligi ve asi hazirlama çabalari önderlik etmistir. Bu yöndeki aktiviteler, 1840 yilindan sonra giderek gelismis ve çiçek asisi hazirlanarak basari ile kullanilmistir. Pasteur 'ün, Paris Tip Akademisi'nde, 27 Ekim 1885'de verdigi "Isirildiktan Sonra Kuduzdan Korunma" adli bildiri dünyada büyük yankilar yarattiktan ve ayni teblig 31 Ekim 1885'de Istanbul'da yayimlandiktan sonra, kuduz üzerindeki çalismalari yakindan izlemek amaci ile, Osmanli Hükümeti tarafindan, Tibbiye Mektebi Dahiliye Muallimi Dr. Aleksander Zoeros Pasa baskanliginda, Veteriner Hekim Hüseyin Hüsnü ve Zooloji Muallimi Dr. Hüseyin Remzi Beyler 'den olusan üç kisilik bir heyet, Pasteur 'ün yanina Fransa'ya gönderildi (1886). Bu heyetle birlikte, Padisah Abdulhamid, Pasteur 'e verilmek üzere, bir nisan ve laboratuarina yardim için 1000 altin göndermistir. Paris 'de Pasteur 'ün yaninda 6 ay kalan ve kuduz hastaligi asisinin hazirlanmasi ve kullanilmasi konularindaki tüm bilgileri ögrenen heyet, yurda döndükten sonra da bu hastalik üzerindeki "Daül-kelb Ameliyathanesi"nde asi yapimina baslamistir (1887). Vet. Hekim Hüseyin Hüsnü ile Dr. Hüseyin Remzi Beyler de, Pasteur ve Chamberland'in eserini "Mikrob Emrazi Sariye ve Sarboniyenin Vesaili Sirayeti ve Usulü Telkihiyesi" adi altinda tercüme etmisler ve yayimlamislardir (1887). Ayrica, Dr. Remzi Bey, "Kuduz Illeti ve Tedavisi" adli 19 sayfalik bir brosür nesretmistir (1890). Tip Mekteplerinde 1891'de okutulmaya baslanan bakteriyoloji dersi, Veteriner Mekteplerinde ancak 1893'den sonra ve Dr. Rifat Hüsamettin Bey tarafindan okutulmaya baslanmistir. Istanbul 'da 1893 'de, kolera vakalarinin çikmasi üzerine, önleyici tedbirlerin alinmasi ve hastaligin üzerinde gerekli arastirmalarin yapilmasi için, Fransa'dan Dr. Andre Chantemesse getirildi. Istanbul'da 3 ay kadar kalarak kolera konusunda çok olumlu çalismalar yapan bu kisiye, Rutbei Üla ile nisan verildi. Bu arada, Dr. Chantemesse, ülkemizde bir bakteriyoloji laboratuarinin kurulmasi üzerinde israrla durdu ve böyle bir müessese kuruldugunda bunun idaresi için Dr. Maurice Nicolle'i tavsiye etti. Dr. M. Nicolle, 1893'de, Istanbul'a geldi ve Gülhane'de Tibbiye Mektebi civarindaki bir binada çalismaya basladi. Bu laboratuar, sonradan, Bakteriyolojihane-i Osmani olarak adlandirildi ve Dr. Nicolle buranin müdürlügüne atandi. Çalisma konularinin fazla olmasi nedeniyle, bu bina da sonralari dar gelmege basladi. Bu yüzden, Nisantasi 'ndaki Süleyman Pasa konagina nakledildi. Bu yeni binada, bakteriyoloji üzerinde kurslar düzenleyen Dr. Nicolle, doktor kursiyerlerin yani sira çok takdir ettigi Veteriner Dr. Refik Güran'i da seçerek istirak ettirdi. Dr. Maurice Nicolle (1862-1920), Istanbul'da kaldigi 8 sene içinde, laboratuarlari basari ile yürütmüs, çok kiymetli çalismalarda (sigir vebasi, keçi ciger agrisi, sark çibani, P. aeruginosa'nin pigmenti, sigir babesiozu, pnömokok, vaksin virusu) bulunmus ve ülkemizde mikrobiyolojinin yerlesmesi ve gelismesinde büyük katkilari olmustur. Osmanli Imparatorlugu zamaninda bakteriyoloji ve viroloji çalismalari hem insan hekimligine ait çesitli müesseselerde (Telkihhane-i Sahane, Daülkelb Ameliyathanesi, Bakteriyolojihane-i Sahane, Mekteb-i Tibbiye-i Askeriye ve Mektebi Tibbiye-i Mülkiye ve diger laboratuvarlarda) ve hem de Veteriner Hekimlige ait organizasyonlarla (Bakteriyolojihane-i Baytar'i, Baytar Mektebi Alisi, Askeri ve Sivil Baytar Mektepleri, Pendik Bakteriyoloji hanesi ve diger müesseselerde) yürütülmüstür. Dr. M. Nicolle 'den baska, çalismalari ve buluslari ile adlari dünya literatürlerine geçmis çok degerli meslektaslarimiz bulunmaktadir. Bunlardan kisaca bahsetmek yerinde olur. Ahmet Refik Güran (1870-1963), Dr. M. Nicolle ile birlikte 7 sene gibi uzun bir süre çalismis, mikrobiyoloji alaninda birçok degerli çalismalar yapmis ve yayimlamistir. Bakteriyolojihane-i Osmani'de; sularda bulunan kolibasillerin envari, Vebaibakari hastaligi ve serumu, lökosit sayimi, keçi ciger agrisi hastaligi; Baktriyolojihane-i Baytari'de: Barbon asisi, sarbon asisi, sarbon serumu, tavuk kolerasi asisi, kuru serum, kan alma ve vermeye yarayan alet ve periton kanülü yapan Dr. Refik Güran, ayrica ilk Türk peptonunu da yapmayi basarmistir. Yukarida bildirilen çalismalari yani sira, daha birçok önemli incelemeleri ve ihtira berati almis oldugu buluslari da olan Dr. Refik Güran, yurdumuzda bakteriyolojinin kurulmasinda, gelismesinde, bakteriyoloji laboratuar veya enstitülerinin açilmasinda, bakteriyologlarin yetismesinde çok büyük katkilari olmus bir bilim adamimizdir. Adil Mustafa Sehzadebasi (1871-1904), Dr. R. Güran'in çok yakin çalisma arkadaslarindan biridir. Dr. Nicolle ile birlikte ve özellikle sigir vebasi üzerinde yaptiklari arastirmalarla kendilerini dünya literatürlerine geçirmislerdir. Bu iki bilim adami, ilk defa, sigir vebasi etkeninin filtreleri geçtigi ve süzüntünün hastalik yapici nitelikte oldugunu deneysel olarak ispat etmislerdir (1897). Fransa'da Prof. Nocard'in yaninda da çalisarak difteri serumu hazirlayan Dr. Adil Bey, ayrica, malleus ve piroplasmosis üzerinde de degerli arastirmalar yapmistir. Kendisi, sivil ve askeri okullarda da bakteriyoloji ögretmenliginde bulunmustur. Nikolaki Mavridis (Mavraoglu) (1871-1955), Veteriner mikrobiyoloji alaninda çok degerli çalismalar yapmistir. Özellikle, sigir vebasi, keçi ciger agrisi, malleus, tavuk kolerasi, barbon ve diger hayvan hastaliklari üzerinde kiymetli çalismalari vardir. Mavraoglu, Refik Güran ve Adil Sehzadebasi Bey 'lerin çok yakin çalisma arkadaslaridir. Osman Nuri Eralp (1876-1940), bakteriyoloji ve viroloji üzerinde degerli arastirmalar yapmis bir bilim adamidir. Çalismalarini, özellikle, tüberküloz, tüberkülin, sarbon, sigir vebasi, kolera, gonokok, frengi, sütte yasayan ve sütle bulasan mikroorganizmalar ve diger konular kapsamaktadir. Riza Ismail Sezginer (1884-1963), Baytar Yüksek Mektebinde salgin hastaliklar, bakteriyoloji ve gida kontrolü dersleri vermis, Istanbul mezbahasinin kurulmasinda önemli rol oynamis ve bunun laboratuvar sefi olmus ve ayrica kiymetli çalismalar yapmis olan bir bakteriyologumuzdur. Ahmet Sefik Kolayli (1886-1976), sigir vebasi virusunun insanlarda hastalik olusturmadigini, sigir vebasina tutulan hayvanlarin kesilerek etlerinin askerlere yedirilebilecegini, böyle etleri yiyenlerde hastalik görülmesi halinde kendisinin kursuna dizilmesini isteyen ve bu cesareti gösteren degerli bir bilim adamidir. Çatalca'da bulunan aç ve gidasiz askerlerin bu etleri yemesinden sonra Edirne sehri düsmandan bu askerler sayesinde kurtarilmistir. Sefik Kolayli Bey özellikle, sigir vebasina karsi serum hazirlamis ve böyle müesseselerde bulunmustur. Ayrica, tüberkülin, mallein, tavuk kolerasi ve barbon asilari da hazirlamis, sigir vebasi, antraksin teshisi, çiçek asisi, keçilerin bulasici salgin ciger agrisi üzerinde de çalismistir. Yukarida adlari bildirilen bilim adamlarinin disinda, kendilerini bu ise adamis daha birçok kiymetli bakteriyologlarimiz bulunmaktadir. Bunlar arasinda, Cafer Fahri Dikmen, Josef, Ahmet Hamdi, Ethem Eren, Mustafa Hilmi, Ibrahim Erses ve digerleri sayilabilir. Baslangiçta, hayvan hastaliklarina karsi hazirlanan asi ve serumlar ile insan hastaliklarini ilgilendiren biyolojik maddeler ayni bina içinde yapildigindan, Veterinerler ile Doktorlar birlikte çalismaktaydilar. Sonra is hacminin ve eleman miktarinin artmasi üzerine laboratuarlar birbirlerinden ayrilmak zorunda kalmistir. Bakteriyoloji ve viroloji alaninda, Osmanli Imparatorlugu zamaninda, çalismis, degerli arastirmalar ve yayinlar yapmis birçok doktorlar da bulunmaktadir. Bunlar arasinda, Hüseyin Remzi, Rifat Hüsamettin Pasa, Hasan Zühtü, Kemal Muhtar, Sait Cemal, Aleksandr Zoeros Pasa, Ahmet Sadi, Cemalettin Muhtar, Riza Arif ve digerleri. Bu kisilerin de ayni sekilde, yurdumuzda mikrobiyolojinin gelismesinde ve yerlesmesinde önemli katkilari olmustur. Prof. Dr. Mustafa Arda Kaynak : Temel Mikrobiyoloji

http://www.biyologlar.com/enfeksiyon-hastaliklarinin-ilk-kez-taninmasi-etkenlerinin-bulunusu-veveya-uretilmesi-konularinda-tarihsel-siralamalara-ornekler-veriniz-

Fermentasyoni, Mayalanma nedir , Tarihçesi

Fermentasyon (mayalanma), genellikle glikozun alkole dönüştüğü reaksiyonlar için kullanılan bir isimdir. Bu dönüştürme işi maya adı verilen tek hücreli canlıların sitoplazmalarında gerçekleşir. Ancak fermentasyonun daha uygun bir tanımı, karbonhidratların alkol ve asitlere dönüştürülmesidir. Fermentasyon, anaerobik şartlarda, yani oksidatif fosforilasyon olamadığı durumlarda, glikoliz yoluyla ATP (adenozin trifosfat) üretimini sağlayan önemli bir biyokimyasal süreçtir. Fermentasyon işlemi pek çok farklı besin maddesinin üretiminde kullanılmaktadır. Yoğurt, boza, alkollü içkiler fermentasyon yoluyla üretilen pek çok besinden bazılarıdır. Özel olarak fermentasyonla ilgilenen bilimin adı ¨Zimoloji¨dir. Biyokimyası Alkol fermentasyonu Fermentasyon, anaerobik koşullarda, glikoliz yoluyla ATP üretilmesinin devamı için önemlidir. Fermentasyon esnasında glikolizin son ürünü olan pirüvat farklı maddelere dönüştürülebilir. Homolaktik fermentasyonda pirüvattan laktik asit, alkol fermentasyonunda etil akol, heterolaktik fermentasyonda ise laktik asit ve bazı başka asitler ve alkoller üretilir. Reaksiyon Reaksiyona giren şekerin türüne göre, reaksiyon eştiliğinde değişiklikler olur. Sembolle eşitliği C6H12O6 → 2C2H5OH + 2CO2 + 2 ATP (açığa çıkan enerji:118 kJ mol−1) Yazıyla Şeker (glikoz) → Alkol + Karbon Dioksit + Enerji (ATP) Organizmalarda Mitokondrisi olmayan hücrelerde, oksijen kaynağı tükenen dokularda anaerobik glikoliz yoluyla laktik asit üretilir. Fermentasyon bakteriler ve maya hüvreleri tarafından enerji üretmek için kullanılır. Fermentasyon yapan bakterilere bir örnek yersinia pestis olabilir. Fermentasyonda glikoz (veya başka bir bileşik) hidrojenlerini teker teker kaybederek enerji üretimini sağlar. Oksijen olmadığı için bu parçalanma sonucunda ortaya çıkan basit organik bileşikler hücrenin kullanabileceği nihai elektron ve hidrojen alıcıları olurlar. Fermentasyonun son adımı (pirüvatın fermantasyon ürünlerine dönüşmesi) enerji üretmese dahi, bu süreç anaerobik bir hücre için önemlidir çünkü glikozun pirüvata dönüşmesi sırasında harcanan nikotinamit adenin dinükleotit'in (NAD+) yenilenmesini sağlar; glikolizin devamı için bu gereklidir. Örneğin alkol fermentasyonunda pirüvattan oluşan asetaldehit, NADH + H+ tarafından etanola dönüşür, bu da hücreden dışarı atılır. Glikozun fermantasyonunda genelde en sık üretilen basit bileşik pirüvat veya ondan türemiş bir veya bir kaç bileşiktir: bunlar arasında etanol, laktik asit, hidrojen, bütirik asit ve aseton sayılabilir. Şeker ve amino asitlerin fermantasyonu çeşitli canlılarda görülmekle beraber, bazı ender organizmalar alkanoik asitler, pürinler, pirimidinler ve başka bileşikler de fermente edebilir. Çeşitli fermantasyon tipleri ürettikleri ürünlere göre adlandırılırlar. Fermentasyon terimi biyokimyada oksijen yokluğunda enerji üreten reaksyonlar için kullanılmasına karşın, gıda sanayisinde daha genel bir anlam taşır, mikroorganizmaların oksijen varlığında yaptığı parçalama reaksiyonlarını da kapsar (sirke fermantasyonu gibi). Biyoteknolojide bu terim daha da genel kullanılır ve büyük tanklarda büyütülen mikroorganizmalara yaptırılan her türlü üretime (proteinler dahil) fermantasyon denir. Türleri Glikozun Fermentasyonu Glikoz fermentasyonu sırasında pirüvat çeşitli bileşiklere dönüşür: Alkol fermentasyonu pirüvatın alkol ve karbon diyoksite dönüşümüdür. Laktik asit fermentasyonu iki tipli olabilir: Homolaktik fermentasyon, pirüvattan laktik asit üretimidir; Bakteriler arasında Streptokoklarda (örneğin Streptococcus lactis) ve laktobasillerde (örneğin Lactobacillus casei, L. pentosus) görülür. Kaslar da yeterince oksijen almadıkları zaman laktik asit üreterek kısa süreli olarak enerji üretimini sürdürürler. Glikoz başına 2 ATP üretilir. Heterolaktik fermentasyon (veya heterofermentasyon) ise laktik asit ile diğer asit ve alkollerin üretimidir. Örneğin E. coli, fosfoketolaz yoluyla glikozdan laktik asit + etanol + CO2 üretip, bu yolla 1 ATP elde edebilir. Laktik asit fermentasyonunun nihai ürünü laktik asittir. Glikoz fermentasyonu ile yalnızca laktik asit üreten organizmalara homofermentatif denir. Glikozu birden çok nihai ürüne (asetik asit, etanol, formik asit, karbon dioksit gibi) fermente eden organizmalar ise heterofermentatif denir. Bu özelliğe sahip olan Lactobacillus, Leuconostoc ve Microbacterium türleri, Enterobacteriaceae familyasından bakteriler (örneğin Escherichia coli, Salmonella, Shigella ve Proteus türleri), ve zorunlu anerobik Clostridium türleri, fermentasyonla CO2, H2 ve çeşitli asitler (formik, asetik, laktik, süksinik gibi) veya nötür ürünler (etanol, 2,3-butilen glikol, bütanol, aseton, vd.) üretirler. Karışık asit fermentasyonu: Enterobacteriaceae grubunda görülür. Pirüvat'tan asetat ve format, veya pirüvat, suksinik asit ve formik asit meydana gelir ve glikoz başına 3 ATP elde edilir. Düşük pH'de (6pH'den küçük) formik asit CO2 + H2'ye dönüşür. Clostridium türleri de karışık asit fermantasyonu yapar. Butirik asit fermentasyonu: Asidojenik bir bakteri olan Clostridium tyrobutyricum ATCC 25755 başlıca fermantasyon ürünleri olarak bütirat, asetat, CO2 ve H2 meydana getirir. Solvent fermentasyonu: Bazı Clostridium türleri şekerleri asetik asit ve bütirik aside dönüştürüp sonra bunlardan aseton ve butanol yaparlar. Bütandiol fermentasyonu Erwinia-Enterobacter-Serratia grubunun özelliğidir, son ürün olarak bütandiol oluşur. Propionik asit fermentasyonu Bu fermentasyonda pirüvat oksaloasetik asite dönüşür, bu süksinik asite indirgenir, o da propionik aside dönüşür. Bu süreçte 9 karbondan sadece 1 ATP oluştuğu için bu yolu kullanan bakteriler çok yavaş büyür. Aminoasit Fermentasyonu (Stickland Fermantasyonu) Bu fermantasyon türü çürüme sırasında olur ve karbonhidrat yokluğunda, proteinden beslenen Clostridium cinsi bakteriler tarafından yapılır. Bazı amino asitler elektron alıcısı, bazıları da elektron vericisi olarak işler ve reaksiyon sonunda çeşitli kötü kokulu ürünler oluşur. Amino asit başına 3 ATP molekülü üretilir. Enerji Üretimi Glikoliz anaerobik şartlarda ATP'nin tek kaynağıdır. Fermentasyon ürünleri tamamen oksitlenmemiş olduklarından kimyasal enerji barındırırlar. Ancak, oksijenin (veya başka daha yükseltgenmiş elektron alıcılarının) yokluğunda bunlar daha fazla ¤¤¤¤bolize olamadıklarından hücre için artık üründürler. Bu yüzden fermeantasyon yoluyla ATP üretimi, pirüvatın kabon dioksite kadar tamamen yükseltgendiği oksidatif fermantasyona kıyasla daha az verimlidir. Fermentasyonda glikoz başına iki ATP molekülü üretilmesine karşın, aerobik solunumda bu rakam 36-38 civarındadır. Enerji randımanı düşük olsa da, oksijen eksikliğinde yaşama olanağı sağladığından dolayı fermantasyon pek çok canlıya bir avantaj sağlar. Kaslarda Laktik Asit Üretimi Fermentasyon omurgalılarda dahi enerji üretiminin etkili bir yolu olarak özel şartlarda kullanılır. Kısa süreli ve yoğun güç sarfı gerektiğinde, kaslara giden oksijen aerobik ¤¤¤¤bolizma için yeterli olmayınca kaslar fermentasyon yoluyla enerji üretimine gider. Ancak, bu fermentasyon uzun süreli devam edemez. Örneğin, insanlarda laktik asit fermentasyonu 30 sn ilâ iki dakika arası bir süre boyunca enerji sağlar. ATP'nin fermentasyonla üretim hızı oksidatif fosforilasyona kıyasla 100 katı daha yüksektir. Laktik asit kasta birikince hücre sitoplazmanın pH'si hızla düşer ve bunun sonucunda glikolizden sorumlu enzimler engellenir. Genel inancın aksine, bu pH düşmesinin nedeni laktik asit değil, ATP tarafından hücre içine pompalanan hidrojen iyonlarıdır. İdman sonrası uzun vadeli kas ağrılarının nedeni ise laktik asit değil, kas iplikçiklerinde meydana gelen mikrotravmalardır. Laktik asit ve diğer artık ürünler idman sonrası kaslardan hızla atılır, karaciğerde tekrar pirüvata dönüşür. Kaslar uzun süreli ama düşük seviyede enerji üretmek için aerobik glikoliz yöntemini kullanırlar. Tarihçesi Fransız kimyageri Louis Pasteur 1857'de fermentasyon etmeninin canlı maya hücreleri olduğunu bulmuştur. 1907 Nobel Kimya Ödülünü kazanan Eduard Buchner, fermantasyonun canlı hücrelere has bir olay olmadığını, maya hücrelerinin parçalanması sonucu elde edilen öz suyun da fermentasyon gücüne sahip olduğunu göstermiştir Buchner'in bu sıvıda fermantasyon gücüne sahip etmene "zimaz" adını vermişti. Zimaz'ın aslında tek bir etmen olmadığı, izleyen yıllarda keşfedilen alkol dehidrojenaz, pirüvat dekarboksilaz, heksokinaz, glikoz fosfat izomeraz, pirüvat kinaz, enolaz, fosfofrüktokinaz ve aldolaz gibi enzimleri ortaya çıktı. Danimarka'daki Carlsberg araştırmacılarının bira mayalanması üzerindeki çalışmaları sayesinde hem maya hem de fermantasyon hakkında pek çok bilgi edinildi. (Vikipedi, özgür ansiklopedi) İlgili Bir Yazışma: Fermentasyon olayında sadece karbonhidratlar kullanılır ifadesi doğru mudur? Bazı kaynaklarda yazılan aminoasitlerin fermentasyona uğraması durumu gerçekten doğru mu ve bu olay pütrifikasyon mu? (Gül Altan) Evet, oksijensiz fermentasyonda en sık kullanılan besin maddesi glukoz gibi altı karbonlu şekerler olmasına karşın, bazı bakteriler 5 karbonlu şekerleri (pentozları), yağ asitlerini ve amino asitleri fermentasyona uğratarak, hatta alkolleri yeniden fermente ederek de enerji elde edebiliyor. Farklı moleküller kullanıldığında, ¤¤¤¤bolik tepkimenin bütününe katılış basamağı değişiyor. Pütrifikasyon (ya da doğrusu ''pütrefaksiyon'') tanım olarak, protein ya da öncüllerinin ayrıştırılması. Bu iki tanım birbiriyle örtüşüyor. Dolayısıyla, yaklaşımınızda haklısınız, NH3 gibi kötü kokulu bileşikler çıktığı ve son ürün bir fermentasyon ürünü olduğu sürece, aminoasitlerin fermentasyonu pütrefaksiyon adını alıyor. Bu arada, amino asit fermentasyonu olarak anılan sürecin, sıklıkla bu olaydan farklı olduğunu ve aslında ''fermentasyon sonucu amino asit eldesi'' anlamına geldiğini hatırlatmakta yarar görüyorum.

http://www.biyologlar.com/fermentasyoni-mayalanma-nedir-tarihcesi

Bakteriyosinler

Gıdaların korunması ve muhafaza sürelerinin uzatılmasında, düşük sıcaklık veya ısıl işlem uygulaması, paketleme yöntemleri gibi prosesler ve tuz, şeker ve antimikrobiyal katkı maddeleri gibi katkılar kullanılmaktadır. Ancak yine de gıda kaynaklı sağlık sorunlarıyla karşılaşılabilmektedir. Gıdaların güvenliğinin sağlanmasında mümkün olduğunca proses uygulamalarından kaçınılması ve doğal katkı maddelerinin kullanımı gerekmektedir. Bu amaçla biyokontrol yöntemi önerilmektedir. Bu yöntemde, antagonistik mikroorganizmaların ve metabolitlerinin kullanımıyla patojen ve bozulma etmeni mikroorganizmaların inaktive edilmesi sağlanmaktadır . Gram (+) ve Gram (-) mikroorganizmaların önemli bir kısmı antimikrobiyal bileşenler üretmelerine rağmen, gıdaların biyokontrolünde laktik asit bakterilerinin ayrı bir önemi vardır. Bu bakteriler fermentasyon teknolojisinin tipik bakterileri olup, gıdalarda uzun yıllardan beri güvenli bir şekilde kullanılmaktadırlar .Gıdaların korunmasında laktik asit bakterileri gibi koruyucu kültürlerin kullanımı yanında, bu kültürlerden elde edilen bakteriyosin gibi metabolitler de kullanılmaktadır. Bakteriyosinler bakteriler tarafından sentezlenerek salgılanan, protein yapısındaki antimikrobiyal bileşenlerdir. İnhibisyon etkileri daha çok yakın türler üzerinde bulunmaktadır. Farklı özelliklere sahip birçok çeşitlerinin olmasına rağmen, gıdalarda güvenli bir şekilde ve yaygın olarak daha çok laktik asit bakterilerinden elde edilen nisin kullanılmaktadır. Dolayısıyla, nisinle birlikte diğer bakteriyosinlerin özelliklerinin bilinmesi, bu antimikrobiyal maddelerin birçok gıda maddesinde etkin bir şekilde kullanımını sağlayabilecektir.Bakteriyosinlerin Tanımlanması ve SınıflandırılmasıBakteriyosinlerin tanımlanmasına yönelik ilk çalışma 1925’te E. coli tarafından sentezlenen colicin’in tespit edilmesiyle başlamıştır. Bakteriyosinlerin aynı ya da farklı bakteri grupları tarafından sentezlenen yüzden fazla çeşidi bulunmaktadır. E coli suşlarının yanı sıra Lactococcus, Lactobacillus, Pediococcus, Leuconostoc, Staphylococcus ve Enterococcus gibi birçok mikroorganizma bakteriyosin üretmektedir.Daha çok gıdalar da güvenli olduğu düşünülen laktik asit bakterileri tarafından sentezlenen bakteriyosinler üzerinde araştırma yapılmakta ve gıdalarda bu bakteriyosinler kullanılabilmektedir. Bu nedenle laktik asit bakterileri, özellikle de Lactobacillus ve Lactococcus tarafından sentezlenen bakteriyosinler üzerinde önemle durulmaktadır.Bakteriyosinler için farklı sınıflandırmalar yapılmakla birlikte, daha çok Klaenhammer’in özellikle Gram (+) bakterileri dikkate alarak yaptığı sınıflandırma kullanılmaktadır. Biyokimyasal özellikleri dikkate alınarak yapılan sınıflandırmada, bakteriyosinler molekül büyüklüğü, kimyasal yapıları, etki mekanizmaları ve ısı stabilitelerine göre genel olarak 4 sınıfa ayrılmışlardır (Tablo 1). Ancak, biyokimyasal tanımlanması bakımından daha çok ilk 3 sınıf dikkate alınmaktadır..Bakteriyosin Sentezleyen Etki SpektrumlarıGrup I ANisin Lactococcus lactis Lactococcus ssp., Lactobacillus ssp., Streptococcus ssp., Micrococcus ssp., Mycobacterium ssp., Staphylococcus aureus, Corynebacterium ssp., Clostridium ssp., Bacillus ssp., Listeria ssp.Lactocin S Lactobacillus sake Lactobacillus ssp., Lc.mesenteroides, P. acidilactici, P. pentosaceusEpidermin Staphylococcus epidermisGallidermin Staphylococcus gallinarumLacticin 481 Lactobacillus lactis Lactococcus ssp.,L. helveticus, L. bulcaricus,Grup I BMersacidin Bacillus subtilisCinnamycin Streptomyces cinnamoneusAncovenin Streptomyces ssp.Duramycin S. cinnamoneusActagardin Actinoplanes ssp.Grup II APediocin PA-1 Pediococcus acidilactici PAC 1.0 Lactobacillus ssp., Pediococcus ssp.,L. monocytogenesPediocin AcH Pediococcus acidilactici H L. monocytogenes, L. ivanovii, LinnocuaSakacin A L. sake Lactobacillus ssp., L.monocytogenesSakacin P L. sake Enterococcus ssp., Lactobacillus, Pediococcus,L. monocytogenes, L. innocua, L. ivanoviLeucocin A-UAL 87 Leustonostoc gelidumMesentericin Y105 Leuconostoc mesenteroides L. monocytogenesEnterocin A Enterococcus faeciumDivercin V41 Carnobacterium divergens Enterococcus ssp., Lactobacillus, Pediococcus,L. monocytogenes, L. innocua, L. ivanoviLactococcin MMFII L. lactis Enterococcus ssp., Lactobacillus ssp., Lactococcus ssp., L. ivanoviGrup II BLactococcin G L. lactisLactococcin M L. lactisLactacin F Lactobacillus johnsonii L. bulcaricus, L. leichmanni, L. helveticus, L. lactis, L. fermentum 1750, E. faecalisPlantaricin A Lactobacillus plantarum L. plantarum, L. paramesenteroides, E. faecalis, Pediococcus pentosaceusPlantaricin S L. plantarum Lactobacillus ssp., Leuconostoc ssp., Pediococcus ssp.Plantaricin EF L. plantarumPlantaricin JK L.plantarumGrup II CAcidocin B Lactobacillus acidophilusCarnobacteriocin A Carnobacterium piscicolaDivergicin A C. divergensEnterocin P E. faeciumEnterocin B E. faeciumGrup IIIHelveticin J Lactobacillus helveticus L. helveticus 1846 ve 1244, L. bulcaricus 1373 ve 1489, L. lactis 970, L.caseiHelveticin V-1829 L. helveticusGRUP I BakteriyosinlerBu gruptaki bakteriyosinler daha çok “lanthionine” içermeleri nedeniyle lantibiyotikler olarak adlandırılmakta ve yapılarında bilinen amino asitlerden farklı olarak lanthionine (Lan) ve methyllanthionine (MeLan) amino asit türevlerini içermektedirler. Bununla birlikte yapılarında biyokimyasal özelliklerini etkileyen dehydroalanine ve dehydrobutyrine de bulunmaktadır .Bu gruptaki bakteriyosinler kimyasal yapılarına ve antimikrobiyal aktivitelerine göre I A ve I B lantibiyotikleri olmak üzere iki gruba ayrılırlar.Grup IA: Bu gruptaki bakteriyosinler net pozitif yüke sahip ve hidrofobik polipeptid yapısındadırlar. Membran aktif peptidler olup, bakteri zarında gözenek oluşturarak antimikrobiyal aktivite göstermektedirler. Grup IB : Bu gruptaki bakteriyosinler yüksüz veya negatif yüklü olup, globüler peptid yapısındadırlar. Spesifik enzimleri inhibe ederek antimikrobiyal aktivite göstermektedirlerGRUP II BakteriyosinlerBu gruptaki bakteriyosinler Grup I’den farklı olarak lanthionine içermezler. Ayrıca, molekül ağırlıkları daha düşük olup, ısı stabilitesine sahiptirler. Antimikrobiyal aktiviteleri, membran aktif olmalarından kaynaklanmaktadır. Çok sayıda bakteriyosin içeren bu grup 3 alt gruba ayrılmaktadır Grup IIA : Bu gruptakiler özellikle listeria’ya karşı aktif olup, yapılarında bulunan peptid’in N-terminalinin sonunda Try-Gly-Asn-Gly-Val-Xaa-Cys amino asit dizisine sahiptirler .Grup IIB :Bu gruptaki bakteriyosinler primer yapıları birbirinden farklı iki polipeptid içerirler. Ayrı ayrı aktivite gösterebildikleri gibi, etkin bir şekilde aktif hale gelebilmeleri için her ikisinin de aktif olması gerekmektedir. İki polipeptidin aktif hale gelmesiyle, hücre membranında gözenek oluşturarak antimikrobiyal aktivite göstermektedir . Grup IIC : Bu gruptaki bakteriyosinler, Grup II deki bakteriyosinlerin özelliklerini gösteren, Grup IIA ve IIB dışındaki diğer bakteriyosinlerdir. Bu gruptakilerin birçoğu sistein amino asit rezidüsü içermekte ve bu bakteriyosinlere thiolbiotic’ler veya cystibiotic’ler denilmektedir. Tiyo-aktif bakteriyosinler olup, aktiviteleri için indirgenmiş cystine rezidüsüne gereksinim duyarlar .GRUP III BakteriyosinlerBu gruptaki bakteriyosinler daha büyük molekül ağırlığına sahip olup, ısıya karşı duyarlı peptid zincirlerinden oluşmaktadırlar. Ancak bu gruptaki bakteriyosinler henüz yeterince karakterize edilememişlerdir.GRUP IV BakteriyosinlerBu gruptaki bakteriyosinler ise büyük ve kompleks moleküller olup, aktiviteleri için karbonhidrat veya lipid bileşenlerine gereksinim duymaktadırlar. Bu bakteriyosinler hakkındaki bilgiler yetersiz olup, biyokimyasal olarak henüz yeterince karakterize edilememişlerdir. Dolayısıyla bu konuda daha fazla bilgiye ihtiyaç duyulmaktadır.Bakteriyosinlerin Sentezlenmeleri ve Etki MekanizmalarıBakterilerin, bakteriyosinleri veya benzeri maddeleri neden sentezledikleri ve nasıl kullanmaya başladıkları hakkında çalışmalar yapılmasına rağmen, henüz bu durum tam olarak açıklığa kavuşturulamamıştır. Ancak bakteriyosinlerin üretim mekanizmaları, amino asit dizilişleri, etki mekanizmaları, üretici genlerin RNA dizilişleri belirlenmiş ve genel olarak bir çok ortak özelliklere sahip oldukları saptanmıştır. Bakteriyosinlerin daha çok plazmid kökenli oldukları ifade edilmesine rağmen, bir kısım bakteriyosinlerin kromozomal kökenli olduğu da ifade edilmektedir. Genel olarak bakteriyosinlerin üretimlerindeki temel prosesler aynıdır. Polipeptid dizisi RNA tarafından kodlandıktan sonra öncü protein olarak ayrılıp bir moleküler sinyalizasyona uğrayıp, çeşitli modifikasyonların ardından sistein sayısına göre son şeklini kazanmakta, daha sonra sec-dependent mekanizması yardımıyla hücre dışına salgılanmaktadır Bakteriyosinler duyarlı mikroorganizmalar üzerinde farklı etki mekanizmalarına sahiptirler. Hücrenin stoplazmik zarına bağlanarak, hücre içerisine girip, zarda gözenekler oluştururlar. Böylece düşük molekül ağırlığına sahip hücre bileşenlerinin hücre dışına sızmasına yol açarlar. Bununla birlikte, iyonların, özellikle de ATP kaybı ve hücre içi pH dengesinin korunmasında etkili olan K+ iyonunun hücre dışına sızması, hücrede enerji tüketimine neden olmaktadır . Hücrede meydana gelen bu değişimler, DNA ve RNA gibi hücre için hayati önemi olan makro moleküllerin degredasyonuna, bu moleküllerle birlikte protein ve peptidoglycan gibi biyolojik proseslerin inhibisyonuna yol açmaktadırBakteriyosinler ve Gıdada KullanımıBilindiği gibi gıda güvenliği açısından, patojen mikroorganizmaların gıdalarda gelişiminin önlenmesi gerekmektedir. Gıdalarda gelişen patojen mikroorganizmalar üzerinde antagonistik mikroorganizmaların ve bakteriyosin gibi metabolik ürünlerinin etkili olması nedeniyle, gıda güvenliğinde bakteriyosin kullanımının önemi oldukça artmıştır. Bakteriyosinlerin gıdalarda antimikrobiyal aktivitelerinin yanı sıra, doğal olmaları, renksiz, tatsız ve kokusuz olmaları da ürün özellikleri açısından oldukça önemlidir.Peptid veya protein yapılarında olmaları ise pankreas kaynaklı proteolitik enzimlerden, mide salgılarından etkilenebildiklerini ve insan vücudunda sindirilebileceklerini göstermektedir. Ayrıca bazı bakteriyosinlerin (Grup II) ısı stabilitelerinin olması, yüksek sıcaklıkta işlem gören birçok gıda maddesinde kullanılabilirliğini sağlamaktadır . Hatta bazı bakteriyosinler otoklavlama sıcaklığında bile stabil kalabilmektedir. Dolayısıyla bakteriyosinlerin et ve süt ürünleri başta olmak üzere birçok gıdada kullanımı mümkün olmaktadır.Gıdalarda bakteriyosinlerden farklı şekillerde yararlanılmaktadır. Doğrudan gıda maddesine katılabildikleri gibi, bakteriyosin sentezleyen koruyucu kültürlerin gıdaya inokulasyonuyla veya gıdanın koruyucu ambalaj materyali ile birlikte de kullanılabilirler. Bu amaçlarla koruyucu kültür olarak daha çok laktik asit bakterileri, bakteriyosin olarak ise, yasal kullanımına izin verilen nisin kullanılmaktadır. Nisinin etki spektrumu diğer birçok bakteriyosine kıyasla daha geniş olup, asidik gıdalarda ve Gram (+) mikroorganizmalar üzerinde oldukça aktiftirler Nisinin pH 2’deki çözünürlüğü, pH 8’e kıyasla 228 kez daha fazladır. Dolayısıyla pH yükseldikçe çözünürlük azalmaktadır. Nisinin koruyucu katkı maddesi olarak kullanımına ilk kez krem peynirlerinde izin verildikten sonra, günümüzde 47 ülke tarafından güvenli gıda koruyucusu olarak kabul edilerek kullanılmaktadır. Birleşik Devletler Gıda ve İlaç Dairesi (US FDA) yetişkinler için günlük kabul edilebilir nisin miktarını 2.9 mg olarak belirlemiştirNisin et ve et ürünlerinde birçok mikroorganizma üzerinde etkilidir. Bununla birlikte, en önemli özelliklerinden birisi, hastalık ve ölümlere yol açabilen Listeria monocytogenes ‘i inhibe edebilmesidir. Yine nisin, et ve et ürünlerinde oldukça tehlikeli bir patojen olan C. botulinum üzerinde etkilidir. Nisin, antimikrobiyal olarak nitrit için belli düzeylerde alternatif oluşturabilmektedir. Ayrıca nisinin Brochothrix thermosphacta, Carnobacterium divergens ve L. innocua üzerindeki etkisini araştırmak amacıyla, karkas yüzeyine spreylenmesi, bu mikroorganizmaların sayısını önemli düzeyde azaltmaktadır. Brochothrix thermosphacta üzerinde etkili nisin seviyesinin 400 IU/ml olduğu da bildirilmektedirSüt ürünleri üzerinde yapılan çalışmalarda, nisinin özellikle eritme peynirlerinde toksin üretebilen C. botulinum ‘u inhibe ettiği ve spor oluşumunu engellediği ifade edilmektedir. Bu ürünlerde inhibisyon etkisini gösterebilmesi için farklı seviyelerde kullanılabileceği ifade edilmekle birlikte, kullanım seviyelerinin pH, tuz ve fosfat içeriği ile proses şartlarına bağlı olarak değişebileceği de ifade edilmektedir. Nisinin yanı sıra farklı bakteriyosinlerin gıdalarda kullanımı ve sonuçlarıyla ilgili bazı bilgiler Tablo 2’de verilmiştir.Bakteriyosin Uygulanan gıda EtkileriNisin A Yeniden şekillendirilen et ürünleri (formed meat products) Bakteriyel inaktivasyonNisin A Ricotta peynirinde L. monocytogenes’in kontrolü için kullanılmıştır L. monocytogenes’i 8 hafta etkili bir şekilde inhibe etmiştirPediocin AcH Pediocin AcH sentezleyen L. plantarum WHE 92, olgunlaşmanın başlangıcında Munstar peynirinin yüzeyine spreylenmiştir L. monocytogenes’in gelişimini engellemiştirEnterocin 4 Enterocin sentezleyen E. faecalis INIA4, Manchego peyniri üretiminde kullanılmıştır L. monocytogenes Ohio ‘yu inhibe ederken, Listeria monocytogenes Scott A’yı inhibe etmemiştirLinocin M-18 B. lines kırmızı peynir üretiminde starter olarak kullanılmıştır L. ivanovi ve L. monocytogenes’te 2 log düşüşe neden olmuşturPiscicolin 126 Jambonda L. monocytogenes kontrolü için kullanılmıştır Ticari bakteriyosinlerden daha etkili bulunmuşturLeucocin A L. gelidium UAL187 vakum paketlenmiş sığır etinde bozulma kontrolü için kullanılmıştır L. sake ‘nin de etkisiyle bozulma 8 haftaya kadar geciktirilmiştir.Lactocin 705 Kıyılmış sığır etinde L. monocytogenes’ in gelişimini önlemek için kullanılmıştır L. monocytogenes’ in kıyılmış etlerde gelişimini önlemiştir.Pediocin AcH Tavuk eti sosisinde L. monocytogenes’i nhibe etmek için pediosin üreten P. acidilactici (Ped+) kullanılmıştır Etkili bir şekilde L. monocytogenes sayısını azaltmıştır.Pediocin Şarap ve fırıncılık ürünlerinde kullanım potansiyeli araştırılmıştır Bu tür ürünlerde kullanım potansiyeli olduğu belirlenmiştirPediocin AcH Tavuk etine pediosin preparatı ilave edilmiştir 5 oC’de 28 gün L. monocytogenes gelişimini kontrol etmiştirPediocin PA-1 Fermente sosiste starter olarak P. acidilactici (Ped+) kullanılmıştır L. monocytogenes’i etkili bir şekilde kontrol etmiştir.Enterocin Jambon, domuz eti, tavuk göğüs eti, pate ve sosis’te kullanılmıştır Çeşitli şartlar altında L. monocytogenes gelişimini kontrol etmiştir.Bakteriyosinlerin Diğer Koruyucu Maddeler ve Prosesler ile Birlikte KullanımıBakteriyosinlerin etki spektrumlarının sınırlı olması nedeniyle gıdalardaki etkileri de sınırlı kalabilmektedir. Özellikle Gram (+) mikroorganizmalar üzerinde etkili olmaları nedeniyle, genellikle Gram (-) mikroorganizmalara karşı fazla etkili olamamaktadırlar. Dolayısıyla Gram (-) olan patojen mikroorganizmaların da olduğu düşünüldüğünde, sadece nisin kullanımıyla gıda güvenliğinin sağlanamayacağı açıktır. Bu nedenle, nisinle birlikte diğer gıda koruyucu katkıların veya proseslerin kullanılması gerekmektedir Gram (-) bakterilerin dış zarlarının bütünlüğü bozulduğunda bakteriyosinlere karşı oldukça hassasiyet göstermektedirler. Bu nedenle nisinle beraber hücre zarını bozabilecek trisodyum fosfat veya EDTA gibi çelatların kullanılmasının inhibisyon etkisi yapabileceği bildirilmektedirÖrneğin EDTA, Gram (-) mikroorganizmanın lipopolisakkarit kısmında Mg+2 ’u bağlayarak dış zarın yapısını bozup, nisinin sitoplazmik zara ulaşmasını sağlamaktadırErkan GÜNEŞGıda MühendisiTarım İl Müdürlüğü

http://www.biyologlar.com/bakteriyosinler

Bordetella pertussis ( Boğmaca etkeni)

Boğmaca, Bordetella pertussis‟in etken olduğu akut, bulaşıcı bir solunum sistemi enfeksiyonudur. Boğmaca ülkemizde bildirimi zorunlu hastalıklar arasında yer alır ve aşı ile önlenebilir bir hastalık olarak özel program yürütülmektedir (1,2,3,4).Tanı mikrobiyolojik incelemeye dayanır. Hem hasta yönetimi hem de süre giden bağışıklama programlarının etkinliğinin analizi bakımından vakalara kesin tanı konulabilmesi önem taşımaktadır. Kesin tanı Bordetella spp‟nin kültürden izole edilmesi ile konur. Ayrıca PCR, DFA ve serolojik yöntemlerden de yararlanılabilir. B. pertussis klasik mikrobiyoloji eğitiminin iyi bilinen mikroorganizmalarından biri olmasına rağmen ülkemizde az sayıda klinik laboratuvarın B. pertussis tanısı koyabiliyor olması dikkat çekicidir. 2012 yılında ülke genelinde laboratuvar kapasitesinin mevcut durumunun değerlendirildiği bir çalışmanın sonuçlarına göre, çalışmaya katılan 510 klinik mikrobiyoloji laboratuvarının sadece %2.1‟i boğmaca tanısı koyabilmektedir (5).Tanının sahada yaygın bir eğilimle klinikte karakteristik öykü ve fizik muayene bulgularına dayalı konuyor olması laboratuvar tanı kapasitesini sınırlayan faktörlerden biri gibi gözükmektedir. Çünkü çoğu laboratuvar boğmaca tanısı için gereken kaynağı (iş gücü, maddi vb.) yetersiz örnek akışı olasılığı yüzünden verimli kullanamayacağını varsayarak ayırmamaktadır.Ancak etkili bir eliminasyon ya da kontrol programı için laboratuvara dayalı tanı esastır. Program çerçevesinde, hekimlerin şüpheli vakaları laboratuvara yönlendirme konusunda giderek daha duyarlı hale gelecekleri düşünülürse, uygun bir laboratuvar tanı rehberinin el altında olması da ülke genelinde tanının yaygınlaşmasını teşvik edecek bir araç olarak önemli görünmektedir. Bu nedenlerle bu UMS belgesinde klinik laboratuvarlara, boğmacanın tanısında yöntemlerin seçimi, tanıdaki yerleri ve doğru uygulanmaları için bir Rehber sunulması hedeflenmiştir.Boğmaca, Bordetella pertussis‟in neden olduğu her yaş grubundaki duyarlı bireyleri etkileyebilen, özellikle bebeklik döneminde ağır seyreden, akut bulaşıcı bir solunum sistemi enfeksiyonudur (6). Dünyada her yıl 20 milyon boğmaca vakasının gözlendiği ve çoğu küçük çocuklar olmak üzere yaklaşık 200.000 ölüme neden olduğu bilinmektedir (7). Görülme sıklığı, aşı ve antibiyotik öncesi dönemlere göre azalmış olsa da boğmaca halen tüm dünyada endemik olarak gözlenmekte ve her 3-5 yılda bir epidemilere yol açmaktadır (6,8).Aşının koruyuculuğunun zamanla azalması nedeniyle ergenlik çağından itibaren erişkin popülasyondaki duyarlılığın arttığı, anneden bebeğe geçen koruyucu antikorların bebeği ilk aşı dozu uygulanana kadar yeterince koruyamayabileceği bilinmektedir. Duyarlı yaş gruplarındaki bu epidemiyolojik kaymanın yanı sıra son yıllarda hastalıkla ilgili farkındalığın artışı, tanıda gelişmiş tekniklerin uygulanması, suşların biyoevrimi ile yeni B. pertussis kökenlerinin ortaya çıkması, insidansdaki artışın önemli nedenleri arasında gösterilmektedir ( 8,9,10). Öte yandan boğmaca insidansının belirlenmesinde bazı güçlüklerle karşılaşılmaktadır. Bunlar; hastalığın farklı gruplarda farklı görülüşü (ergen/erişkinlerde asemptomatik veya ılımlı enfeksiyon gözlenirken yeni doğan ve bebeklerde yaşamı tehdit eden ciddi enfeksiyon oluşabilmesi), karma enfeksiyonlar nedeniyle yanlış tanı konması, hastalıktan şüphelenme indeksinin düşük oluşu ve bazı bölgelerde laboratuvar tanı kapasitesinin yetersizliğidir (11,12,13).Boğmaca bildirimi zorunlu bir hastalıktır (2,3). Sağlık Bakanlığı, Genişletilmiş Bağışıklama Programı kapsamında boğmaca hastalığının kontrolüne yönelik çalışmalar yürütmektedir (4). Öte yandan, ülkemizde oldukça az sayıda laboratuvar boğmaca kültürü yapma yeteneğine sahiptir. Çünkü uzun bir dönem boyunca boğmaca tanısında klinik bulgular yeterli kabul edilmiş, laboratuvara başvurulmamıştır. B.pertussis için tanı kapasitesi de bu durumdan olumsuz yönde etkilenmiştir. Son yıllarda yenilenen bulaşıcı hastalıklar bildirim sistemi bulaşıcı hastalıkların tanısında laboratuvarlara önemli bir rol vermektedir. Zira, aşılama etkinliğini, yüksek riskli bölgeleri ve salgınları öngörmek ancak iyi işleyen bir laboratuvara dayalı sürveyanstan elde edilen veriler ile mümkündür.Boğmacanın etkeni olan B. pertussis, yalnızca insanlar için patojenik olan, küçük, aerobik, zor üreyen, hareketsiz, gram negatif kokobasil yapısında bir bakteridir. B. pertussis, izolasyonu için özel besiyerlerine ihtiyaç duyar, karbonhidratları fermente etmez, aminoasitleri okside eder. Bakterinin en önemli virulans faktörleri arasında adhezinleri ve toksinleri yer alır. Adhezin olarak filamentöz hemaglütinin (FHA), Fim 2, Fim 3, pertaktin ve trakeal kolonizasyon faktörü; toksin olarak da pertussis toksin (PT), adenilat siklaz hemolizini ve sitotrakeal toksin son derece önemlidir. Bunlar; başlıca klinik belirti ve bulgular ile immün yanıttan sorumludurlar (6,14,15,16).Boğmaca hastalığının rutin laboratuvar bulguları özgül olmasa da bazı özellikler gösterir. Geç kataral ve erken paroksismal dönemlerde hematolojik bulgular tipik olabilir. Mutlak lenfositozun gözlendiği bu tabloda toplam beyaz küre sayısı 100.000/mm3‟e ulaşabilir. Öksürük şiddeti ile beyaz küre sayısı paralellik arz eder. Periferik yaymada lenfositler normal büyüklüktedirler ve bu özellikleri ile büyük atipik lenfositlerin gözlendiği viral enfeksiyonlardan ayırt edilirler. Hastalık süresince hiperinsülinemi ve epinefrine azalmış bir glisemik cevap vardır. Bu bulgular klinik belirtilerle beraber boğmacayı güçlü bir şekilde düşündürse de boğmacanın kesin tanısı mikrobiyolojik inceleme ile konabilir.Kaynaklar1 Boğmaca Saha Rehberi. Sağlık Bakanlığı, Ankara-2003.2 Bulaşıcı Hastalıkların İhbarı ve Bildirim Sistemi, Standart Tanı, Sürveyans ve Laboratuvar Rehberi, Sağlık Bakanlığı Ankara. 2004.http://www.shsm.gov.tr/public/documents/legislation/bhkp/asi/bhibs/BulHastBilSistStanSurveLabReh.pdf (erişim tarihi: 06.01.2014).3 Bulaşıcı Hastalıklar Sürveyans ve Kontrol Esasları Yönetmeliğinde Değişiklik Yapılmasına Dair Yönetmelik. Resmi Gazete; 02.04.2011 – 27893. http://www.resmigazete.gov.tr/eskiler/2011/04/20110402-3.htm (son erişim tarihi: 06.01.2014).4 Genişletilmiş Bağışıklama Programı Genelgesi. http://www.saglik.gov.tr/TR/belge/1-8187/genisletilmis-bagisiklama-programi-genelgesi-2009.html (son erişim tarihi 06.01.2014).5 T.C. Sağlık Bakanlığı (Bulaşıcı Hastalıkların Sürveyansı ve Kontrolü Projesi TR0802.16-01 Avrupa Birliği ve Dünya Bankası desteği ile) (Akbaş E, Pr Danışmanı). Türkiye‟de Bulaşıcı Hastalıkların Tanısında Mikrobiyoloji Laboratuvar Kapasitesi Mevcut Durum Değerlendirmesi: Anket - LabKap2012. XXXV. Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Kuşadası, 4 Kasım 2012.6 Mattoo S, Cherry JD. Molecular pathogenesis, epidemiology, and clinical manifestations of respiratory infections due to Bordetella pertussis and other Bordetella subspecies. Clin Microbiol Rev 2005;18:326–382.7 Pertussis vaccines: WHO position paper. Weekly Epidemiological Record 2010;85:385–400. http://www.who.int/wer/2010/wer8540.pdf8 Cherry JD. Epidemic Pertussis in 2012-Resurgence of a Vaccine-Preventable Disease. New England J Medicine 2012;30:785-787.9 EUVAC-NET Report of the 7th Annual Meeting. 25-26 January 2010. Athens, Greece.10 Cherry JD. The present and future control of pertussis. Clin Infect Dis 2010;51:663-667.11 Cherry JD. Pertussis: Challenges today and for the future. PLOS Pathogens 2013;9(7):1-3.12 Carlsson RM et al. Control of pertussis-lessons learnt from a 10-year surveillance programme in Sweden. Vaccine 2009;(27):5709-5718.13 Bamberger ES, Srugo I. What is new in pertussis? Eur J Pediatr 2008;167:133-139.14 WHO. Laboratory manual for the diagnosis of whooping cough caused by Bordetella pertussis/ Bordetella parapertussis. Immunisation, Vaccine and Biologicals. WHO/IVB/ 04.14, 2004.15 Wirsing von König CH, Riffelmann M, Coenye T. Bordetella and related genera. In: Versalovic J (ed. in chief). Manual of Clinical Microbiology. 10th ed., ASM Press, Washington D.C. 2011, p.739-750.16 CDC. Pertussis. Epidemiology and Prevention of Vaccine-Preventable Diseases. The Pink Book: Course Textbook - 12th Edition Second Printing, 2012. http://www.cdc.gov/vaccines/pubs/pinkbook/pert.html (son erişim tarihi: 06.01.2014)

http://www.biyologlar.com/bordetella-pertussis-bogmaca-etkeni

E.coli, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Citrobacter freundii, Klebsiella pneumoniae genel ve sısteamtık bilgi

E.coli Alem: Eubacteria Şube: Proteobacteria Sınıf: Gamma Proteobacteria Takım: Enterobacteriales Familya: Enterobacteriaceae Cins: Escherichia Tür: E. coli Genelde E. coli kısaltması ile veya koli basili olarak bilinen Escherichia coli (okunuşu Eşerişiya koli), memeli hayvanların kalın bağırsağında yaşayan faydalı bakteri türlerinden biridir. Normalde bağırsakta yaşadığı için, E. coli 'nin çevresel sularda varlığı dışkı kirlenmesinin bir belirtisidir. E. coli, pediyatrist ve bakteriyolog olan Theodor Escherich tarafından bebek dışkılarında keşfedilmiştir ve adını ondan alır; coli, "kalın bağırsaktan" demektir. E. coli, genel olarak bakteri biyolojisinin anlaşılması amacıyla üzerinde sıkça çalışılmış bir model organizma olmuştur. Canlılar arasında hakkında en fazla şey bilinen organizma olduğu söylenebilir. İnsanın bir günde dışkı yoluyla vücudundan geçen E. coli bakteri sayısı 100 milyar ila 10 trilyon arasındadır. Dışkıyı oluşturan bakteriler başlıca anerobik bakterilerdir, seçmeli anerobik E. coli hücrelerinin sayısı diğer bakteri türlerinin binde biri dolayındadır. Başka hayvanlarda etkisiz olan bazı E. coli tipleri insana bulaştıklarında hastalık yapabilirler. Bunların en ünlüsü sayılan O157:H7 adlı serotip kanlı ishale ve ölüme yol açabilir. E. coli, normal bağırsak florasına aittir, biyolojik sınıflandırmada da bağırsaklarda yaşayan bakterilerden oluşan enterik bakteriler ailesinde yer alır. Bakteri çubuk şeklinde olup, boyutları 1-2 µm uzunluğunda ve 0.1-0.5 µm çapındadır. E. coli Gram-negatif bir bakteri olduğundan endospor oluşturmaz, pastörizasyon veya kaynatma ile ölür. Memeli hayvanların bağırsaklarında büyümeye adapte olmuş olduğu için en iyi vücut sıcaklığında çoğalır.   Enterobacter cloacae, Enterobacter aerogenes Kingdom: Bacteria Phylum: Proteobacteria Class: Gamma Proteobacteria Order: Enterobacteriales Family: Enterobacteriaceae Genus: Enterobacter Tür: Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae - genel özellikleri Gram boyanma : Negatif, basiller Basiller : Tek tek durur. Respirasyon tipi : Aerob Hücreye yerleşimi : Ekstrasellüler Kolonileri : Kanlı agarda beyaz, mukoid olabilen koloniler yapar. Motilite : Flagella'ları ile hareket eder. Kapsül ve glikokaliks : Küçük bir kapsülü vardır (bazende kapsül bulunmaz). Polisakkarit yapıdadır. Class: Gamma Proteobacteria Order: Enterobacteriales Family: Enterobacteriaceae Genus: Enterobacter Tür: Enterobacter cloacae Enterobakterilerin genel özelikleri Enterobacteriaceae ailesi içinde, insan ve hayvan bagirsak florasinda sürekli olarak bulunurlar, bazen bagirsak florasinda yer alanlar ve bir kismi da bitkilerde bulunan heterojen bir grup bakteri bulunur. Bu aile içinde önemli bagirsak patojenleri Shigella, Salmonalle, Yersinia’dir. Ailenin bazi üyeleride gastrointestinal sistemde normalde kolonize olurlar. Bunlar Esherichia, Enterobacter, Klebsiella gibi bakteriler olup ‘‘Enterik bakteri ’’ olarakta adlandirilirlar. Enterobakteri ailesi içindeki bakerilerin çogu su ortak özellikleri paylasirlar. 1. Gram negatif basil olmalari 2. Sporsuz olmalari 3. Peritris kirpiklerle hareketli veya hareketsiz olmalari 4. Pepton veya etözlü besiyerlerinde, NaCi veya baska madde ilave etmeden üreme özelliginde olmalari 5. Mac Conkey aparda iyi üremeleri 6. Fakültatif üremeleri (Aerop ve Anaerop) 7. Katalaz pozitif olmalari 8. Oksidaz negatif olmalari 9. Nitratlari nitrite çevirmeleri 10. DNA’da G+C oranlari %39 – 39 arasinda olmalari 11. Erwinia cinsi disindaki tüm enterik bakteri türlerinde ortak Enterbacteria antijen (ECA= Enterobacterial Common Antigen) bulundurmalari Enterobakteriler toprakta, suda, bitkilerde yaygin olarak bulunduklari gibi insan vehayvanlarin bagirsaklarinda yerlesirler. Insanlarin Gastrointestinal yolunun %99 dan fazlasini anaerop bakteriler olusturur çogunluguda Bacteroideslerdir. Fakat diski kültürleri aerop inkübe edildiginden rutin kültürlerde en çok enterobakteriler üremektedir. E.coli diskida bulunan en çok fakültatif bakteridir. Enterobakteriler, Gram negatif, sporsuz basiller olup genel olarak 0.3 – 1.0μm eninde 1.0 – 6.0μm boyunda mikroorganizmalardir. Enterobakterilerin hücre duvarlari çok tabakali bir yapi gösterirler. Hücre duvarini olusturan Peptidoglikan, Lipoprotein, Fosfolipit, Protein ve Lipopolisakkaritler(LPS) tabakalar halindedir. Lipopolisakkartiler tasidiklari özel polisakkarit yan zincirlerle çesitli cinslerin antijenitesini belirler. Ayrica hücrenin endotoksik aktiviteden sorumlu kismidir. Hücre duvarindan disari uzanan organeller vardir. Bu organeller diger bakterilere konak hücrelere ve bakteriyofajlara tutunmada rol oynarlar. Enterobakteriler en iyi 35 – 37 °c de ve CO2 siz ortamda ürerler. Bazi cinsler serratia ve Yersinia düsük isilarda 1-5°c de üreyebilirler. Koloniler 18 – 24 saate görünür hale gelirler. Enterobakterilerin üretimi için Kanli agar, Mac Conkey, EMB, Hektoenterik(HE) agar Xylose Lysine deOxcholate(XLD)agar kullanilir. Mac Conkey veya EMB agarda laktozu formente eden türler, laktoz fermentasyon sonucu olusan asit nedeniyle pembe – kirmizi koloniler meydana getirirleri kristal viyde çöker ve nötral kirmizisi asit pH’da kirmiziya döner. Laktoz negatifler Mac Conkey agarda renksiz koloniler olusturur. Safra ve kristal viyole Gram pozitif bakterilerin üremesini engeller. HE agarda laktoz pozitif türler sari koloniler olusturur, laktoz negatif olanlar ise yesil koloni yaparlar. H2S olusturan türler(Proteus) yesil ortasi siyah koloni olusturur. Salmonella bakterileri(laktoz negatif) kirmizi ortasi siyah koloni olustururlar. Enterobakterilerin çogu glikozu karmasik asit fermentasyon yolu ile fermente ederler glukoz Embden – Meyerhaf yolu ile pruvik asit gibi ara ürünler olusturarak yikilir, karmasik asitler olusur. Enterobakterilerin cins ve türlerinin karbohidrad fermentasyonlari farklidir. Fermente edilebildikleri karbonhidradlarin ve olusan son ürünlerin farkli olusu cins ve türlerin identifikasyonunda kullanilir. Ayrica indol olusumu(Triptofan aminoasitinin yikim ürünü) ve sitrat kulanimi degerlendirilir. Triptofanaz enzimi indol, piruvik asit ve amonyak olusur. Paradimetil aminobenzaldehit(PDAB ) eklenmesi ile kirmizi renk meydana gelir. Sitrat testi, bakterilerin metabolizmasi için karbon kaynagi olarak sitrati kullanip kullanmadigi ortaya çikar. Sitratin kullanilmasi ile olusan alkali pH, brontimol indikatörünün yesilden maviye dönmesine yol açar. Enterobakterilerin identifikasyonunda genel olarak IMVIC testi kullanilir.indol reaksiyonu(I), metil kirmizisi testi(M), Voges – Proskauer reaksiyonu(V) ve sitrat reaksiyonu(C) dur. Örnegin E.coli IMVIC testi(++--), Klebsiella IMVIC testi(--++) dir. Enterobakterilerin antijen yapisi epidemiyoloji ve siniflandirmada önemli rol oynar. Genel olarak; 1. Somatik(O) ag. 2. Kirpik(H) ag 3. Kapsül(K) ag. 4. ECA(Hücrenin dis yüzeyinde bulunan) agleri temel antijenlerdir. Somatik agler bütün gram negatif bakterilerde bulunur. LPS dir. Üç bölgeden olusur. 1. bölge tekrarlayan oligosakkarit parçalarindan olusmustur. Belli cinslerde bu oligosakkaritler farklilik gösterir. 2. bölge kor polisakkaritten olusur. Bu yapi her bir cins bakteri için özeldir. 3. bölge disakkarittir(5 – 6 yag asitine tutunmustur). LPS’nin 1. bölgesindeki karbonhidradlar infeksyon sirasinda bakteri hücrelerinin konak dokuya tutunmasini saglar ve bakteriyi serumun bakterisit etkisinden korur. Somatik antijenler isiya, alkole ve asitlere dayaniklidir. Anti o antikorlari IgM niteligindedir. Formaldehite duyarlidir. Kirpik antijenleri(H=flogella) protein yapisindadir. Hareketli türlerde bulunur. Anti H antikorlarida immunglobulinG yapisindadir. Isiya, alkole ve asite duyarlidir. Formaldehite dirençlidir. Kapsül antijenleri polisakkarit yapisindadir. Enterobakterilerin Virulans ve Patojenite Özellikleri Adezinler çogu gram (-) bakterilerde fimbria veya pili denen yüzey organelleri vardir. Bunlar bakterinin mukozalara tutunmasini saglar. Endotoksin hücre duvarinin LPS’inin Lipid A kismi toksik aktiviteden sorumludur. Enterotoksin genellikle ince bagirsaklari etkileyip barsak bosluguna bol sivi atimina ve diyareye neden olan toksinlerdir. E.coli, Salmonella, Shigella, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii ve Enterobacter suslari enterotoksin salgilar. Shiga toksin ve Shiga toksin benzeri toksinler bazi Shigella suslari ve E.coli suslarinca salgilanir. Hemolizinler, çesitli enterobakteri türlerince(suslarinca) salgilanan hücre disi ürünlerdir. Hemolizinlerin sitotoksik etkileri yalniz eritrositlere sinirli olmayip lenfositlerede etlindirler. Sideroforlarla demir kazanimi,Fe esansiyel bir gelisme faktörüdür.demiri siderofor denen düsük molekül agirlikli moleküller ile saglar, dolayisiyla konak organizmada canli kalabimekve barsak disi dokulara yayilabimek için kullanir.Birçok Enterobakter(Salmonella, Esherichia, Klebsiella, Shigella, Enterobacter) siderofor sentezlerler. Enterobakterilerin antibiyotik direncinden sorumlu olan direnç plazmidleride vardir. (R-Plasmidler) Kapsül enterobakterilerde antikorlarin bakteriye baglanma ve lökositlerin bakteriyi fagosite etme özelligini azaltarak bakterinin virulansina katkida bulunur. Enterobakteriler Bakteriyosin adi verilen protein yapisinda maddeler üretirler, bu maddeler duyarli bakterilerin yüzeyindeki özel reseptörlere baglanarak ölümüne yol açarlar. Örnegin: E.colinin yaptigi bakteriyosine Colisin, Serratianin ise marcescin ve Yersinia pestis’inkine de pesticin adi verilir. Enterobakteriler gastrointestinal yol disinda vücudun baska anatomik bölsgelerinde normalde bulunmazlar.Gastrointestinal yol disindaki infeksiyonlara en çok:E.coli,Klebsiella pneumoniae , K.oxytoca, proteu mirabilis, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Citrobacter türlei, Serratia marcescens neden olurlar. Diyare etkeni olan baslica Enterobakteriler: çesitli E.coli serotipleri, Shigella türleri, Salmonella türleri, Yersinia enterocolitica dir. Hastane infeksiyonuna yol açan enterobacteriler:E.coli(en basta), Enterobacter türleri, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Citrobacter türleri, seratia marcescens tir. Enterobakteriler Klinik mikrobiyoloji laboratuarlarinda kinik önemi olan izolatlarin %50 sini, izole edilen Gram negatif basillerin yaklasik %80 ini, bakteriyel gastroenteritlerin %65-70 ini, septisemilerin %50 sini, üriner sistem izolatlarinin % 70 den sorumludur.   Citrobacter freundii Kingdom: Bacteria Phylum: Proteobacteria Class: Gamma Proteobacteria Order: Enterobacteriales Family: Enterobacteriaceae Genus: Citrobacter Species:C. freundii   Klebsiella pneumoniae Kingdom: Bacteria Phylum: Proteobacteria Class: Gamma Proteobacteria Order: Enterobacteriales Family: Enterobacteriaceae Genus: Klebsiella Species: K. pneumoniae

http://www.biyologlar.com/e-coli-enterobacter-aerogenes-enterobacter-cloacae-citrobacter-freundii-klebsiella-pneumoniae-genel-ve-sisteamtik-bilgi

Fenotipik Varyasyonlar (Modifikasyonlar )

Fenotipik varyasyonlar, genellikle, optimal çevresel koşulların değişmesi sonu kültürlerde spontan olarak oluşabildiği gibi, normal şartlar altında da meydana gelmektedirler. Besi yerlerinin sınırlı olması nedeni ile kısa bir süre içinde üreyen mikroorganizmalar gıda maddelerini tükettiği gibi ortamda metabolizma artıkları ve toksik intermedierlerin birikmesine, oksijenin sarf edilmesine, osmotik basınç ve yüzey geriliminin değişmesine, kültürlerin eskimesine ve pH'ın düşmesi gibi olumsuz yönde etkileyen koşulların meydana gelmesine neden olurlar. Bu değişen şartlar mikroorganizmalarda 10-6-10-10 oranında modifikasyonlara yol açarlar. Bakterilerde görülen fenotipik varyasyonlar, çeşitli karakterlere etkiler ve orijinalinden farklı nitelikte varyantları meydana getirirler. Modifikasyonlar, etkilediği başlıca karakterlere göre, şöyle klasifiye edilebilirler. 1- Morfolojik varyasyonlar, 2- Kültür varyasyonları, 3- Fizyolojik ve biyokimyasal varyasyonlar. 02.01. Morfolojik Varyasyonlar 1- Koloni varyasyonları: Eskimiş sıvı kültürlerden, durma veya ölme döneminde olanlarından, katı besi yerlerine ekim yapılırsa başlıca 2 tür koloni karakterine rastlanılır. Bunlardan biri yuvarlak, düzgün, pürüzsüz, parlak ve konveks (S-tipi), diğerleri ise düzensiz, pürüzlü ve mat (R-tipi) kolonilerdir. Bunların dışında ara koloni tipleri (intermedier koloniler ve mukoid-M) koloniler de oluşabilirler. Eskimiş kültürlerde veya çok pasajı yapılmış mikroorganizmalarda, R-koloni formasyonlarına genellikle, rastlamak mümkündür. Ayrıca, besi yerlerine, Lithium chloride veya anti-S immunserum katılması S ® R varyasyonlarına neden olabilir. Halbuki, R-formundaki mikropları, S-formuna döndürmek daha güçtür. Bunu sağlamak, yani S-formuna döndürmek için, duyarlı laboratuar hayvanlarında pasaj yapılması gereklidir. Mikroorganizmalar S-formundan R-formuna döndükleri zaman birçok karakterinde de değişmeler meydana gelir. Bu durum aşağıdaki tabloda belirtilmiştir. Mikroorganizmalar, penisilin ve diğer kimyasal ajanların bulunduğu ortamlarda üretilirse, katı besi yerlerinde, normalinden çok değişik, ortası papillalı koloniler oluşur (L-formlu koloni). Bu mikroplar üzerinden baskı kaldırılırsa tekrar normal koloni ve individüel (bireysel) formalarına ulaşırlar. 2- Kapsül varyasyonları: Bazı mikroorganizmalarda (B. anthracis, streptokok, P. multocida, D. pneumoniae, K. pneumoniae, C. welchii, v.s.), hücre duvarının dışında ve bundan ayrı olarak bakteriyi çevreleyen, kalınlıkları ve yapıları türlere göre değişen kapsül formasyonuna rastlanır. Kapsül oluşumu, genellikle, vücut içinde meydana gelmesine karşın, bazı özel koşullar (serumlu, sütlü, karbondioksitli, v.s.) altında vücut dışında da teşekkül edebilmektedir. Kapsül, mikropların antijenik kabiliyetini oluşturduğu gibi virulensi artırıcı özelliğe de sahiptir. Ayrıca, bakteriyi fagositozdan ve diğer bakterisidal vücut maddelerinden de koruma görevi vardır. Mukoid veya S-karakterli koloniler oluşturan kapsüllü mikroorganizmalar, laboratuarlarda uzun süre pasaj yapılırsa veya içinde kapsüler antiserum bulunan besi yerlerinde üretilirse bu yeteneğini yitirirler ve kapsülsüz formlara dönerler. Bu değişiklik ile birlikte hastalık yapma özelliğini de kaybederler. Böyle mikroplar hayvan pasajları ile tekrar kapsüllenirler ve hastalık oluşturma kabiliyetlerini de kazanırlar. 3- Flagella varyasyonları: Mikroorganizmalarda flagella oluşumundaki değişmelere sıkça rastlanılmakta ve flagellalı mikroplardan flagellasız varyantlar meydana gelmektedir. Örn, P. vulgaris ve E. coli 'de bu tür varyasyonlara fazla tesadüf edilebilir. Salmonellalar, içinde %0.1 oranında fenol bulunan ortamlarda üretilirse, flagella sentezi geriler ve flagellasız örnekler meydana gelebilir. Bunlar, normal besi yerlerine aktarılırsa hemen flagellalı formlarını alırlar. L. monocytogenes oda ısısında (22-25°C) üretilirse, 37°C. 'de üretilen kültürlerden daha fazla aktif harekete rastlanır. Çünkü, oda ısısında üreyen kültürlerde, etkende 4 flagella oluşmasına karşın 37°C'dekilerde ise bir tane flagella sentezlenir. Flagellanın kaybı ile, bakteriler H-antijenik özelliklerini ve hareket kabiliyetlerini de yitirirler. 4- Fimbria varyasyonları: Flagellalı veya flagellasız mikroorganizmalarda görülebilen, kısa ve düz fimbrialar (pilus) bu mikropların anaerobik koşullarda, katı besi yerlerinde veya çalkalama kültürlerinin yapılması hallerinde, sentezleri durur ve fimbriasız türler meydana gelir. 5- Spor varyasyonları: Bazı mikroorganizmaların (B. anthracis, B. cereus, B. subtilis, C. tetani, C. welchii, C. botulinum, v.s) in vitro veya in vivo spor oluşturma kabiliyetleri vardır. Sporulasyon her ne kadar bir genetik karakter ise de, oluşumunda çevresel koşulların etkisi de çok büyüktür. Örn, B. anthracis vücut içinde spor vermez, in vitro koşullarda sporulasyona rastlanır. Buna karşın, klostridum sınıfı mikroorganizmalar, anaerobik koşullarda hem vücut içinde ve hem de vücut dışında spor verebilirler. Besi yerlerinde gıdaların azalması sporulasyonu hızlandırır. 6- Şekil varyasyonları: Taze kültürlerdeki veya üreme dönemindeki mikroorganizmalar morfolojik yönden bir örneklilik gösterdikleri gibi, diğer fizyolojik ve biyokimyasal karakterler bakımından da az çok homojen bir durumdadırlar. Kültürlerin eskimesi, bileşiminin değişmesi ve diğer optimal çevresel faktörlerin normallerinden ayrılması sonu, böyle ortamda bulunan mikroorganizmaların şekillerinde bozukluklar (involusyon formları) meydana gelir. Bu formlar kendini, şekillerinin yuvarlak, oval, granüllü, yıldız, halka, flamentli, branşlı, v.s. olmasıyla belli ederler. Bazı mikroplar da (PPLO), normal üreme dönemi sırasında düzensiz formlar (yuvarlak, halka, yüzük, yıldız v.s.) gösterirler (pleomorfizm). Penisilin veya anti bakteriyel maddelerin etkisi altında bazı bakterilerin (Streptobacillus moniliformis, v.s.) gerek bireysel ve gerekse koloni morfolojilerinde değişmeler meydana gelebilir (L-formları). Bu mikroorganizmalar kimyasal maddelerin baskısından kurtarılırsa, eski normal form ve kültürel karakterlerini kazanırlar. L-formları, koloni ve bireysel morfolojileri bakımından PPLO 'lara benzerler. 02.02. Kültür Varyasyonları Mikroorganizmaların sıvı ve katı besi yerlerinde üreme özellikleri ortam karakterinin optimalden ayrılması sonu değişebilir. Örn, B. subtilis, sıvı ortamda genellikle üstte pelikül oluşturarak ürer. Bu ortamın yüzey gerilimi düşürülürse, bu sefer homojen bir tarzda üreme gösterir. S. aureus, sıvı besi yerinde homojen ürer, ortamın yüzey gerilimi artırılırsa, üstte üremeye başlar. Mikropların üreme tarzı üzerine besi yerinin bileşimi ve çevresel koşulların etkisi büyüktür. 02.03. Fizyolojik ve Biyokimyasal Varyasyonlar 1- Boyanma özelliğinde varyasyonlar: Taze kültürlerdeki mikroorganizmalar boyanma özelliklerinde bir örneklik (homojenite) göstermesine karşın, eski kültürlerde bu karakterlerinde sapmalar görülmektedir. Örn, Klostridium sınıfı mikroorganizmalar taze kültürlerde kuvvetli Gram pozitif olmasına karşın, eski kültürlerde ise Gram negatifliğe doğru bir eğilim vardır. 2- Pigment varyasyonları: Pigment oluşturan mikroplar, laboratuarda uzun süre pasajları yapılırsa veya uygun olmayan koşullarda üretilirse, pigmentasyonun zayıfladığı ve kaybolduğu görülür: Örn, S. marcescens en iyi aerobik koşullarda ve oda ısısında tipik kırmızı pigment oluşturur. Aynı mikroorganizma 37°C 'de ve anaerobik şartlarda pigment oluşturmaz. S. aureus da sütlü ortamda iyi pigment yapar ve pasajlar bu özelliği azaltır. 3- Granül oluşumunda varyasyonlar: Bazı mikroorganizmalarda besi yerinin bileşimine göre içlerinde lipid, karbonhidrat (nişasta), fosfat granüllerine rastlanır. Bunların azlığı veya çokluğu, besi yerlerindeki lipid, karbonhidrat ve fosfat bileşiklerine bağlıdır. 4. Enzimatik varyasyonlar: Mikroplar, ortamdaki çeşitli türdeki gıda maddelerinden yararlanabilmesi için, bunlara etkileyen değişik özellikteki enzimleri sentez ederler. Bunların bir kısmı devamlı olarak sentezlenirler (yapısal enzimler) ve bu sentezlenme durumu besi yerinin bileşimi ile fazla ilgili değildirler. Buna karşın, bazı enzimler de besi yerinde özel maddelerin varlığına ve bunların stimulasyonuna bağlıdırlar. Örn; E. coli 'deki beta galaktosidase ve galaktosid permease enzimleri böyledirler. Bu enzimler, ortamda laktoz varsa, bunun uyarımı ile sentezlenirler. Laktoz ortamda bitince, enzim sentezi de durur. Böyle enzimlere, indüklenebilen enzimler adı verilir. Bu nedenle, E. coli 'nin glukozu ayrıştırması, laktozu fermente etmesinden daha çabuktur. Çünkü, glukozu ayrıştıran enzimler her zaman sentezlendiği için hazırdırlar ve zaman geçmeden etkileyebilirler. Buna karşın, laktozun fermantasyonu için, buna etkileyen enzimin (beta galaktosidase) sentezi için en azından 30 dakikalık bir süreye gereksinim duyulur. 5. Diğer değişmeler: Mikroorganizmaların fizyolojik karakterlerinde (toksin, toksik substanslar, enzimler, vb. sentezi), diğer özelliklerinde olduğu gibi, aynı şekilde, varyasyonlar meydana gelebilir. Bunların bir kısmı mutasyonlar sonunda da oluşabilirler. 6. Attenüasyon: Mikroorganizmalar, normal koşulların dışında üretildikleri zaman oluşan değişikliklerden yararlanılarak aşılar meydana getirilmektedir. Örn, B. anthracis 42-43°C 'de devamlı pasajı yapılırsa, yalnız kapsül formasyonunu kaybetmez, aynı zamanda, duyarlı hayvanlar için hastalık oluşturma kabiliyetinde de zayıflama görülür (Pasteur'ün aşısı). Aynı şekilde, sığır tüberküloz mikropları, gliserinli safralı patatesli besi yerinde yıllarca pasajı yapıldıktan sonra, insanlar için çok önemli olan ve korunmada büyük yararlar sağlayan tüberküloz aşısı (BCG) haline getirilmiştir. At vebası virusunu fare beynine adapte edilmek suretiyle, fareler için patojenik, fakat atlar için patojenik olmayan ancak atlarda bağışıklık oluşturan, attenue virus haline dönüştürülmüştür. Pasteur, kuduzlu tavşanın omuriliğini desikatörde (KOH'lı) kurutmak suretiyle virulensini azaltmış ve aşı olarak kullanmıştır. Doku kültürleri, deneme hayvanları embriyolu yumurtalar ve değişik bileşime sahip sıvı ve katı besi yerleri mikroorganizmaların virulensini azaltmak veya değiştirmek amacı ile kullanılmaktadırlar.

http://www.biyologlar.com/fenotipik-varyasyonlar-modifikasyonlar-

Fizyolojik ve Biyokimyasal Varyasyonlar

1- Boyanma özelliğinde varyasyonlar: Taze kültürlerdeki mikroorganizmalar boyanma özelliklerinde bir örneklik (homojenite) göstermesine karşın, eski kültürlerde bu karakterlerinde sapmalar görülmektedir. Örn, Klostridium sınıfı mikroorganizmalar taze kültürlerde kuvvetli Gram pozitif olmasına karşın, eski kültürlerde ise Gram negatifliğe doğru bir eğilim vardır. 2- Pigment varyasyonları: Pigment oluşturan mikroplar, laboratuarda uzun süre pasajları yapılırsa veya uygun olmayan koşullarda üretilirse, pigmentasyonun zayıfladığı ve kaybolduğu görülür: Örn, S. marcescens en iyi aerobik koşullarda ve oda ısısında tipik kırmızı pigment oluşturur. Aynı mikroorganizma 37°C 'de ve anaerobik şartlarda pigment oluşturmaz. S. aureus da sütlü ortamda iyi pigment yapar ve pasajlar bu özelliği azaltır. 3- Granül oluşumunda varyasyonlar: Bazı mikroorganizmalarda besi yerinin bileşimine göre içlerinde lipid, karbonhidrat (nişasta), fosfat granüllerine rastlanır. Bunların azlığı veya çokluğu, besi yerlerindeki lipid, karbonhidrat ve fosfat bileşiklerine bağlıdır. 4. Enzimatik varyasyonlar: Mikroplar, ortamdaki çeşitli türdeki gıda maddelerinden yararlanabilmesi için, bunlara etkileyen değişik özellikteki enzimleri sentez ederler. Bunların bir kısmı devamlı olarak sentezlenirler (yapısal enzimler) ve bu sentezlenme durumu besi yerinin bileşimi ile fazla ilgili değildirler. Buna karşın, bazı enzimler de besi yerinde özel maddelerin varlığına ve bunların stimulasyonuna bağlıdırlar. Örn; E. coli 'deki beta galaktosidase ve galaktosid permease enzimleri böyledirler. Bu enzimler, ortamda laktoz varsa, bunun uyarımı ile sentezlenirler. Laktoz ortamda bitince, enzim sentezi de durur. Böyle enzimlere, indüklenebilen enzimler adı verilir. Bu nedenle, E. coli 'nin glukozu ayrıştırması, laktozu fermente etmesinden daha çabuktur. Çünkü, glukozu ayrıştıran enzimler her zaman sentezlendiği için hazırdırlar ve zaman geçmeden etkileyebilirler. Buna karşın, laktozun fermantasyonu için, buna etkileyen enzimin (beta galaktosidase) sentezi için en azından 30 dakikalık bir süreye gereksinim duyulur. 5. Diğer değişmeler: Mikroorganizmaların fizyolojik karakterlerinde (toksin, toksik substanslar, enzimler, vb. sentezi), diğer özelliklerinde olduğu gibi, aynı şekilde, varyasyonlar meydana gelebilir. Bunların bir kısmı mutasyonlar sonunda da oluşabilirler. 6. Attenüasyon: Mikroorganizmalar, normal koşulların dışında üretildikleri zaman oluşan değişikliklerden yararlanılarak aşılar meydana getirilmektedir. Örn, B. anthracis 42-43°C 'de devamlı pasajı yapılırsa, yalnız kapsül formasyonunu kaybetmez, aynı zamanda, duyarlı hayvanlar için hastalık oluşturma kabiliyetinde de zayıflama görülür (Pasteur'ün aşısı). Aynı şekilde, sığır tüberküloz mikropları, gliserinli safralı patatesli besi yerinde yıllarca pasajı yapıldıktan sonra, insanlar için çok önemli olan ve korunmada büyük yararlar sağlayan tüberküloz aşısı (BCG) haline getirilmiştir. At vebası virusunu fare beynine adapte edilmek suretiyle, fareler için patojenik, fakat atlar için patojenik olmayan ancak atlarda bağışıklık oluşturan, attenue virus haline dönüştürülmüştür. Pasteur, kuduzlu tavşanın omuriliğini desikatörde (KOH'lı) kurutmak suretiyle virulensini azaltmış ve aşı olarak kullanmıştır. Doku kültürleri, deneme hayvanları embriyolu yumurtalar ve değişik bileşime sahip sıvı ve katı besi yerleri mikroorganizmaların virulensini azaltmak veya değiştirmek amacı ile kullanılmaktadırlar.

http://www.biyologlar.com/fizyolojik-ve-biyokimyasal-varyasyonlar

Mutant Türler Nelerdir ?

Gerek spontan mutasyonlar (bilinen mutajenlerin olmadığı durumlarda, uygun olmayan çevresel koşulların altında kendiliğinden oluşan ve daha ziyade girme, çıkma, transisyon ve transversiyon tarzında görülen mutasyonlar) ve gerekse fiziksel veya kimyasal mutajenlerin etkisi altında oluşan mutasyonlar sonu, birçok karakterlerde değişmeler meydana gelebilir. Böyle mutasyonlar sonu oluşan başlıca mutant türleri şöyledir. 06.01. Rezistans Mutantlar Mutasyonlar sonu çeşitli ilaç, dezenfektan, antibiyotik, kemoterapötik, inhibitörler, ultraviole ışınları, fajlar, v.s. etkenlere karşı dirençlilik gösteren mutantlar oluşabilir. 06.02. Nutrisyonel Mutantlar Özel üretme faktörlerine gereksinim göstermeyen orijinal parental (prototrof) hücrelerden, mutasyonlar sonu bir veya birkaç üretme faktörüne gereksinim duyan mutat (okzotrof) hücreler meydana gelebilir. Prototrof hücreler basit ortamlarda (minimal ortam) gelişebildikleri halde okzotroflar gelişemezler. Bunların besi yerlerine üretme faktörleri (amino asit, vitamin, nukleik asit, v.s.) katılır (kompleks ortam). 06.03. Fermentasyon Mutantlar Orijinlerinde karbonhidratlardan bazılarını fermente etmeyen (veya eden) suşlardan oluşan mutantların bu karbonhidratlara etkilediği (veya etkilemediği) görülebilir. Örn; salmonella, proteus veya shigella arasında laktozu fermente eden, E. coli arasında da laktozu fermente etmeyen mutantlar ortaya çıkabilir. 06.04. Pigmentasyon Mutantları Bazı mutasyonlar, pigment oluşturan mikroorganizmalarda bu kabiliyetin kaybolmasına yol açar. S. marcescens veya S. aureus 'dan uzun pasajlar veya mutasyonlar sonunda pigment oluşturmayan mutantlar elde edilmiştir. 06.05. İndüksiyon Mutantları Bu tür mutantlar, mutajenik maddelerin etkisiyle meydana gelirler. 06.06. Antijenik Mutantlar Bakterilerde bulunan kapsül, flagella, hücre duvarı ve piluslar antijenik karakterlere sahiptirler. Bunların biyosentezini idare eden genlerde oluşan mutasyonlar, bu faktörlerin meydana gelmesine ve fonksiyonlarına etkiler ve değişikliğe uğratarak antijenik bozukluklara yol açarlar. Flagellalı bakteriler flagellasız, ve kapsüllüler de kapsülsüz hale gelebilirler. Somatik (O) antijenlerinde de önemli değişmeler görülür. Hücre duvarında lokalize olan bu antijen salmonellalarda lipopolisakkarid fraksiyonda lokalize olmuştur. Bu lippolisakkaridin iç kısmında 2-keto 3-deoxyoctanate, etanolamin, fosfat, lipid ve dış kısmında da kısa zincirli glikoz, galaktoz, heptozfosfat ve N-acetyl glukoz amin yerleşmiştir. Spesifik yan zincirlerde bulunan şekerlerin cinsi ve tekrarlanan ünitelerdeki dizilişleri, salmonellalar arasında O-antijenik özelliği yaratır. Esas yapıda veya yan zincirlerin oluşumunu idare eden genlerde meydana gelen mutasyonlar; O-antijenik özelliğinin değişmesine veya kaybolmasına neden olur. Böyle mutasyonlar sonu S-kolonilerinden R-tipli koloniler meydana gelir. Ayrıca, yan zincirlerin tekrarlanan üniteleri polimerize olmasa, yine mutantlar ortaya çıkabilir. Hücre duvarının biyosentezlerine çeşitli dönemlerde etkileyen mutasyonlar, canlılığa tesir etmeden, antijenik karakterde değişmeler yapabilir. Bazen flagella hareketini yöneten gende mutasyon olabilir. Böyle bakterilerde flagella olsa bile hareket olmaz. S. typhimurium 'da pürin sentezine etkileyen mutasyonlar, bu mikrobun fareler için virulensinin kaybolmasına neden olurlar. Kaynak: www.mikrobiyoloji.org

http://www.biyologlar.com/mutant-turler-nelerdir-

Streptococcus

Streptokoklar Gram pozitif, katalaz negatif, yuvarlak veya oval yapılı, 2 µm’ den daha küçük, hareketsiz, sporsuz, sıvı besiyerlerinde üretildiklerinde zincir oluşturmuş gibi peş peşe dizilen, fakültatif anaerop, glikozu heksozdifosfat yolu ile fermente ederek laktik asit oluşturan mikroorganizmalardır. Özellikle A gurubu streptokoklarda bulunan hiyolüronik asitten oluşan kapsül, mikroorganizma organizmadan yeni ayrıldığında ve zengin besiyerlerinde bulunduğunda açığa çıkar. Üretilme sırasında kapsül görülmez ve besiyeri içerisinde hiyolüronik asit maddesi dağılmış olarak bulunur. Lipoteichoic asitle kaplı tüyler yani pililer epitel hücrelerine yapışmada rol alırlar. pH 7,4 düzeyinde üremeyi severler. Ortamda % 10 CO2 bulunması üremeye ve hemolizin oluşturmaya olumlu etki yapar. Streptokoklar; doğada oldukça yaygın olup; vücudun normal florasında bulunabildikleri gibi saprofit olarak süt ve süt ürünleri gibi gıda maddelerinde de rastlanılırlar. Ayrıca patojen olanları insan ve hayvanların çeşitli enfeksiyonlarının etkeni olarak görülür. Streptokoklar ile ilgili olarak veteriner mikrobiyoloji bilgileri için burayı tıklayın.Streptococcus pneumoniae ise ayrı bir bölümde bulunmaktadır. Sınıflandırma Streptokokların sınıflandırılması çeşitli özelliklerine göre yapılır. Streptokoklardan gruplara özel ve polisakkarit yapısında C maddesi adı verilen antijenik bir madde elde edilmiştir. Birçok streptokok kökenlerinde bulunan bu C maddesinin gösterdiği antijenik özelliğine bakılarak hemolitik streptokoklar A, B, C, D, E, F, G, H, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V serolojik guruplara ayrılmıştır. 01. Hemolitik Özelliklerine Göre Brown tarafından yapılan sınıflandırma aşağıda verilmiştir. A) Beta Hemolitik Streptokoklar: Streptokoklar kanlı agar plaklarında üretildikleri zaman kolonilerinin etrafında eritrositlerin tam olarak eritilmesine bağlı olarak şeffaf zonlar oluşur. Bu tür hemolize beta hemoliz; bunu oluşturan streptokoklara da Beta Hemolitik Streptokoklar denir. Örneğin, Streptococcus pyogenes. B ) Alfa Hemolitik Streptokoklar: Kanlı agar plaklarında kolonilerin etrafında eritrositlerin tam olarak eritilmemesi sonucu yeşilimsi bir bölge oluşur. Bu tür hemolize alfa hemoliz bunu oluşturan streptokoklara da Alfa Hemolitik Streptokoklar denir. Örneğin, Viridans streptokoklar. C) Gama Hemolitik (Non Hemolitik) Streptokoklar: Kanlı agarda koloni etrafında herhangi bir hemoliz yapmayan streptokoklardır. 02. Antijenik Yapılarına Göre Lancefield tarafından yapılan sınıflamadır. Hücre duvarındaki C polisakkaridinin serolojik farklılıklar temeline dayanır. Streptokoklar A,B,C,D...V arasında sero gruplara ayrılmıştır. İnsanda sıklıkla A, B, C, D, ve G grupları bulunur. Ayrıca S. pyogenes ’de bulunan M, T ve R adlı yüzey antijenlerine göre de streptokoklar serotiplere ayrılmıştır. 03. Sherman Sınıflandırması Streptokoklar Sherman tarafından biyokimyasal yapılarına, üreme özelliğine, hemoliz özelliğine ve antijenik yapılarına göre: Piyojen ; Viridans ; Laktik ; Enterokoklar şeklinde sınıflandırılır. 04. Genişletilmiş (Jones) Sınıflandırma Jones tarafından yapılan genişletilmiş sınıflandırmaya göre streptokoklar aşağıdaki gibi ayrılır. Piyojenik Streptokoklar : S. pyogenes (A), S. agalactiae (B ), S. equi (C), S. spp. grup C, S. spp. grup G, S. spp. grup L, N, P, U, V, S. iniae, S. pneumoniae Oral Streptokoklar : S. salivarius (K, -), S. sanguis (H), S. milleri (C, F, G) (S. anginosus, S. constellatus, S. intermedius), S. mutans Enterokoklar (D) : S. faecalis (E. faecalis) (D), S. faecium (E. faecium) (D), S. avium (E. avium), S. gallinarum (E. gallinarum) Laktik streptokoklar : S. lactis, S. rafinolactis, Anaerop Streptokoklar : S. morbillorum,S. hansenii, S. pleomorphus, S. parvulus Diğer Streptokoklar : S. uberis, S. bovis (D), S. equinus (D), S. thermophilus Yeni türler: S. alactolyticus, S. cecorum, S. equi sbsp. zooepidemicus, S. arriae Laboratuvar Tanısı -İnceleme Maddesi : Streptokok enfeksiyonlarının çeşidine göre alınan maddeler değişir.Deri ve mukozadaki kapalı enfeksiyon yeri bir antiseptik ile temizlenir ve steril enjektörle ponksiyon yapılır ya da lezyon bistürüyle açılarak eküvyonla irin alınır. Boğaz ve püerperal bölgelere eküvyon sürtülerek örnek alınır. Septisemi, akut ve subakut bakteriyel endokarditlerde hemokültür için kan alınır. Menenjitlerde BOS incelenir. Örnekler hemen uygun besiyerlerine ekilmeyecekse, eküvyon steril bir tüp içerisinde kurumaya bırakılabilir çünkü streptokoklar kuruluğa dayanıklıdırlar fakat nemli ortam çabuk ölmelerine neden olur. -Alınan muayene maddelerinden temiz lamlar üzerine preparat yapılarak havada kurutulur. Hazırlanan preparatlar Gram boyası ile boyanır. Burada Gram pozitif kısa ya da uzun zincir yapmış ve çoğu kez ikişerli veya birkaç koktan ibaret zincir halindeki streptokoklar görülür. -Eküvyon ile alınan örnekler at veya koyun kanlı agar plaklarına tek koloni düşecek şekilde azaltma yöntemli ekim yapılarak 37 oC de 18 saat inkübe edilir ve hemoliz olup olmadığı incelenir. Çalkalama ekimi yapılarak hemoliz daha iyi görülebilir. Hemoliz anaerop koşullarda daha iyi oluşur. Bunun için ekim alanının ilk bölgesine ekim yapıldıktan sonra agarın kalınlığının 2/3’ü derinliğinde kesiler yapılır. -Hemokültür için kan 1/10 oranında sulanacak şekilde özel hemokültür besiyerine alınır. -Ekimler incelenerek streptokok kolonileri varlığı, hemoliz olup olmadığı tespit edilir. Hemoliz türüne bakılarak ve grupları ayırmada kullanılan yukarıdaki tablodaki testler yapılarak streptokokların grubu aşağıdaki şekilde tanımlanır. 04.01. Beta Hemolitik Streptokokların İdentifikasyonu Bacitracin (0.04 Ü/Disk) testi Duyarlı A Grubu Beta Hemolitik Streptokok Dirençli CAMP ve Hipurat deneyi Pozitif B Grubu Streptokok Negatif %40 Safrada üreme ve Eskulin testi Pozitif D Grubu Streptokok Negatif Diğer Streptokoklar A grubu beta hemolitik streptokokların laboratuvar tanısında bacitracin testi uygulanır. A grubu streptokokların, diğer streptokoklardan ayıran en önemli özelliği bacitracin’ e duyarlı olmasıdır. Beta hemolitik streptokok kolonisi alınır ve kanlı agara yoğun olarak ekilir. Bacitracin ve SXT diskleri uygulanır. Bacitracin Duyarlı, SXT Dirençli : A Grubu Beta Hemolitik Streptokok Bacitracin Dirençli, SXT Dirençli : B Grubu Beta Hemolitik Streptokok Bacitracin Dirençli, SXT Duyarlı : Diğer Streptokok Grupları -Alınan materyalden yapılan preparatlar fluoresanlanmış özel A grup bağışık serumu ile boyanıp fluoresan mikroskopta incelenebilir. -Hastalık materyalinden kanlı besiyerinde üretilmiş olan streptokok kolonilerinin çabuk identifikasyonları amacıyla çabuk mikro ve otomatik yöntemler uygulanabilir. - Çabuk tanı yöntemleri : Boğaz materyalinden A grubu ve serviks, uterus ve plasenta materyalinden B grubu streptokok antijenlerinin varlığı araştırılır. Bu amaçla; antijen ekstraksiyonu, lateks aglütinasyonu, ELIZA, ko-aglütinasyon, protein dot blot ve DNA probe testleri kullanır. - A grubu streptokok enfeksiyonlarının serolojik tanısı; serumdaki Anti Streptolysin O titresi (ASO) ölçülür. Post streptokoksik hastalıklarda devam eden bir streptokok enfeksiyonunun bulunup, bulunmadığı ve hastalığın düzeyi tespit edilir. ASO titresinin 200 ünitenin üzerine çıkması anlamlıdır. A grubu streptokok hastalıkları geçirenlerde ve akut romatizmal ateş geçirmekte olan; kimselerde ASO yanında antihiyalüronidaz, anti DNAse düzeyinde de artış görülebilir. 04.02. Alfa Hemolitik Streptokok İdentifikasyonu Optokin testi Duyarlı Streptokok pneumoniae Dirençli---- %40 safrada üreme ve Eskulini hidrolize etme Negatif Streptokok viridans Pozitif D Grubu Streptokok %6,5 NaCl de üreme Pozitif Enterokok Negatif Non Enterokok 04.03. Non Hemolitik Streptokok İdentifikasyonu %40 Safralı besiyerinde üreme ve Eskulini hidrolize etme testi Negatif Viridans veya B Grubu Streptokok Pozitif D Grubu Streptokok % 6,5 NaCl de üreme deneyi Negatif Non Enterokok Pozitif Enterokok Bağışıklık A grubu streptokok enfeksiyonlarında sadece tipe karşı bir bağışıklık oluşur. Anti M antikorlarına dayanan bağışıklık sonucunda hastalar enfekte oldukları A grubu streptokokun tipine karşı bağışıklanırlar. Fakat tipi farklı bir streptokok ile enfeksiyon yeniden meydana gelebilir. Buna karşın kızılda; kızıl geçirildikten sonra eritrojenik toksine karşı oluşan antitoksinler hastalığı geçirenleri eritrojenik toksinin etkilerine karşı korur. Eritrojenik toksinli başka bir streptokok ile enfekte olsalar bile bu defa kızıl döküntüsü oluşamaz hastalık basit bir anjin şeklinde görülür. Tedavi Streptokok enfeksiyonlarının tedavisi tamamen antibiyotiklere dayanır Epidemiyoloji ve Korunma İnsan A Grubu Beta Hemolitik Streptokokların yayılma kaynağıdır. Özellikle üst solunum yolları hastaları ve belirti vermeden streptokokları bulunduran kişiler (taşıyıcılar) enfeksiyonu yayıcılardır. Koruyucu önlemler; taşıyıcıların tedavi edilmesi, toplu yaşanılan yerlerde kişilerin gerekli hijyen koşullarına uyması ile sağlanır. Streptokok Türleri 01. A Grubu Streptokok ;Streptococcus pyogenes İnsanlarda en çok hastalık oluşturan streptokoklardır. Kanlı agarda küçük grimsi, hafif bulanık görünümünde, etraflarında geniş, tam hemoliz (beta hemoliz) zonlu koloniler oluşur. Hücresel yapı maddeleri; lipoteichoic acid, M proteini, kapsül polisakkaridi, streptokinaz, streptolizin, nukleazlar, hyalüronidaz, eritrojenik toksinler en sıklıkla rastlanılan maddelerdir. Ayrıca streptokoklar proteinaz, fosfataze, esteraz, amilaz, N-asetil glukoz-aminidaz, nörominidaz, lipoproteinaz, ribonükleaz, difosfopiridin nükleotidaz, esteraz gibi enzim özellikli maddeler de yaparlar. A grup streptokok enfeksiyonları olarak; yılancık (erizipel), sepsis, endokardit, loğusa ateşi (püerperal sepsis), toksik şok benzeri ateş, deri ve deri altı enfeksiyonları, streptokok anjini (farenjit), kızıl, akut romatizmal ateş, akut glomerilonefrit görülebilir. 02. B Grubu Streptokok ; Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae adı verilen B grubu streptokoklar, streptokok genel özelliklerini gösterirler. Kanlı besiyerinde A grubu streptokoklardan daha büyük, morumsu renkte koloniler ve koloniler etrafında dar bir hemoliz yaparlar. % 5-15 ’inde hemoliz görülmez. B grubu streptokoklar insanların genital bölge ve bağırsak normal florasında, gebelerde, kreş personelinde, yeni doğanlarda özellikle göbek bağı ve çevresinde hastalık yapmaksızın bulunur. Enfeksiyonları; yeni doğanlarda, septisemi, pnömoni, osteomiyelit, artrit, menenjit görülebilir. Yetişkinlerde, endometrit, endokardit, piyelonefrit, pnömoni, sellülit, septik artrit, menenjit den sorumlu olabilir.Vajinalarında B grubu streptokok bulunan kadınların eşlerinin % 50' sinde üretrada görülür ve üretrit oluşabilir. 03. C Grubu Streptokoklar S. equisimilis, S. zooepidemicus, S. equi beta hemoliz yapan türler ve S. dysgalactiae gibi alfa hemolizli veya hemoliz yapmayan türlerden meydana gelir. Farenjit, tonsillit, septisemi, pnömoni, menenjit, osteomiyelit, artrit, endokardit gibi hastalıkların etkeni olarak görülebilir. 04. D Grubu Streptokoklar Mikroskobik görünümleri ikişerli diplokoklar ya da kısa zincirler şeklinde olabilir. Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium ve Streptococcus durans Penisiline dirençlidirler. Alfa, beta ve gama hemolitik özellik gösterirler. Streptococcus bovis ve Streptococcus equinus Enterokok olmayan D grubu streptokoklardır. D grubu streptokoklar ve enterokoklar insan ve bazı hayvanların bağırsak, ağız ve bazen deri normal florasında bulunur ve uygun koşullarda insanlarda endokardit, idrar yolları enfeksiyonları, abse, kolesistit gibi çeşitli hastalıklara yol açabilirler. 05. Viridans Streptokoklar Viridans grubu (oral) streptokoklar insanda normal ağız florasının % 30-60 ini oluştururlar. Diş yüzeyi, diş eti aralıkları, diş kökü kanalı, damak, dil ve farinks mukozalarında bulunurlar. Enfeksiyon yapabilmeleri için, bulundukları yerden ayrılmaları ve organizmanın direncinin kırılması gerekir. Kanlı agarda alfa hemoliz yaparlar. Diş kökü enfeksiyonları, subakut bakteriyel endokardit, kronik akciğer, genital bölge, üriner enfeksiyonları, kolanjit, peritonit ve çeşitli abselerin etkeni olarak izole edilebilir. Diğer Streptokok Türleri 01. Aerococcus 1.0 - 2.0 µm çapında koklar, dörtlü gruplar oluştururlar. Gram pozitif ve mikroaerofildir. Katalaz negatif olup kanlı agarda yeşil hemoliz yaparlar. Aerococcus viridans genellikle saprofit bir bakteridir. Bazı endokardit vakalarından ve hastane ortamından izole edilmiştir. 02. Gemella Birbirlerine bakan yüzleri düz diplokok veya tek tek kok, bazen de kısa zincirler şeklinde görünürler. Gram pozitiftir. Kanlı agarda küçük beta hemolitik streptokok kolonilerine benzer koloni oluşturur. Bu cinste bulunan tek tür Gemella haemolysans ’dır. 03. Peptococcus Gram pozitif, anaerop, 0.3 - 1.3 µm çapında tek tek, ikişerli, tetrat ve kümeler şeklinde görünüm veren koklardır. Kanlı agardaki kolonileri 0.5 mm çapında yuvarlak, parlak, düzgün, hemoliz yapmayan siyah renklidir. Peptococcus niger vajinal bölgede ve göbek çukurunda normal flora elamanı olarak bulunur. 04. Peptostreptococcus Gram pozitif, ikişerli, tetrat şeklinde düzensiz kümeler, veya zincir görünümünde anaerop koklardır. Peptokokların ve peptostreptokokların izolasyonları oldukça güçtür. Özellikle hastalık materyalinden yapılan doğrudan boyalı preparatlarda Gram pozitif kokların görülmesine karşın aerop kültürlerde üreme olmaması ve anaerop kültürlerde şüpheli Gram pozitif kokların bulunması peptokok ve peptostreptokokların varlığını gösterir. Peptostreptoccus ’lar normal ve patolojik durumlarda kadın genital organlarından, puerperal sepsiste kandan, insan ve bazı hayvanların normal solunum. bağırsak, ağız florasından bazı piyojen enfeksiyonlardan, septik harp yaralarından, apandisitten izole edilebilir.

http://www.biyologlar.com/streptococcus

Pneumokoklar

Streptococcus pneumoniae 0.5 - 1.2 µm büyüklüğünde, birbirlerine bakan yüzleri düz, diğer uçları sivri, mum alevi ya da lanset biçiminde yani boyları enlerinden biraz uzun diplokoklar şeklindedir. Hareketsiz, sporsuz ve kapsüllüdür. Kapsül organizma içinde, kan, serum gibi proteinli besiyerlerinde görülür. Gram pozitiftir. Kanlı agarda; küçük, nemli, hafif bulanık, yuvarlak, az kabarık, aerop koşullarda alfa hemolizli koloniler yapar. % 5 - 10 CO2 bulunan ortamda daha iyi ürerler. Pnömokoklarda iki çeşit antijen vardır. Birisi kapsül antijeni olup hapten özelliğinde bir polisakkarit bileşiğidir. Diğer antijenik özelliği somatik antijenleridir. Somatik kısımda iki antijen maddesi bulunur. Birisi protein yapısında ki M proteini, ikincisi karbonhidrat yapısına olan C maddesidir. Organizmada C maddesine karşı onunla birleşip presipitasyona yol açan C reaktif protein maddesi oluşur. C reaktif protein, özgül antikor özelliğinde olmayan, her enfeksiyondan sonra kişilerin serumlarında oluşan ve beta globulin yapısında bir maddedir. Miyokard infarktüsü gibi doku haraplığı ile ilgili hastalıklarda, akut romatizmal ateş de kanda görülür. Bu proteinin varlığı, C reaktif protein (CRP) deneyi ile gösterilir. Kapsüller pnömokokları fagositoza karşı koruyarak virülanslarını etkilerler. Serumlarında enfeksiyonu yapan pnömokokun kapsül polisakkaridine (SSS maddesine) karşı antikor bulunan kişiler, o tip pnömokokun enfeksiyonuna karşı dayanıklıdırlar. Pnömoni, menenjit, mastoidit, anjin, perikardit, peritonit, sinüzit, sepsis, konjonktivit, endokardit etkeni olarak izole edilebilir. Streptokoklarla ilgili genel bilgi için burayı tıklayın . Laboratuvar Tanısı Balgam ve irinden direkt olarak, beyin omurilik sıvısı santrifüj edildikten sonra dipte kalan çökeltiden hazırlanan preparatlar Gram yöntemi ile boyanarak pnömokoklar görülebilir. Kapsül şişme testi yapılarak pnömokok varlığı ve tipi belirlenebilir. Kültür için pnömokok; iyi üreyebildikleri kanlı agara ve sıvı besiyeri olarak da glikozlu veya serumlu buyyona ekim yapılıp % 5-10 CO2 ortamında inkübe edilerek üretilir. Kanlı agarda 24 saat içinde alfa hemoliz yapmış koloniler görülür. Bu koloniden alınarak yapılan saf kültürün inülini fermente edip etmediği, safra veya safra tuzlarında eriyip erimediği, optokine duyarlı olup olmadığı incelenerek alfa hemolitik streptokoklardan ayrılırlar. Tipe özel bağışık serumlarla aglütinasyon ve kapsül şişme reaksiyonları ile tiplendirilmeleri de yapılabilir. Tedavi Tedavi, antibiyotikler ile olur. Bunun için antibiyogram yapılarak duyarlı olduğu tespit edilen antibiyotikler kullanılır. Epidemiyoloji ve Korunma Pnömokoklar normal insanların üst solunum mukozalarına yerleşirler. Hastalar pnömokokları öksürük damlacıkları ile yayarlar. Fakat hastalığın yayılmasında hastalardan çok sağlam mikrop taşıyıcılarının rolü önemlidir. Pnömokok enfeksiyonu geçirenlerde oluşan tipe özgü bağışıklık, o kimseyi yalnız o tipe karşı korumakta olup diğer tip pnömokoklara karşı koruyucu etkisi yoktur. Sık rastlanan tiplerin pnömokok kapsül polisakkaritini bulunduran polivalan aşılar etkili bağışıklık oluşturmaktadır.

http://www.biyologlar.com/pneumokoklar

Jerm Teorisi Nedir

Mikroorganizmaların bulunmasından sonra, spontan jenerasyon (abiyogenezis) teorisi, yavaş yavaş yerini, bir canlının diğer canlıdan türeyebileceği (biyogenezis) görüşüne bırakmıştır. Viyanalı bir doktor olan Marcus Antonius von Plenciz, 1792'de, "Hastalıklarda Jerm Teorisi" adı altında yayımladığı bir eserinde konu üzerinde görüşlerini açıklamış ve her hastalığın kendine özgü görülmeyen bir nedeni olduğuna dikkati çekmiştir. Louis Pasteur (1822-1895), kuduz, tavuk kolerası ve antraks hastalıkları üzerinde bazı araştırmalar (korunma ve aşılama) yapmış ve ayrıca şarap ve biranın maya hücreleri tarafından fermente edildiğini de (fermentasyon) saptamıştır. Bunların yanı sıra, optimal koşulların dışında üretilmeye çalışılan mikroorganizmalalar da bazı değişmelerin meydana gelebileceğini, özellikle, virülensde oluşan varyasyonların, aşılama ile koruyucu etki göstereceklerini saptamıştır. Pasteur, 1879-1880 yılları arasında, hayvanlardaki antraks hastalığına karşı hazırladığı iki attenüe suşla (Pasteur-1 ve -2) bağışıklık elde etmiş ve koyunları bu hastalıktan korumuştur. Bu çalışmaların yanı sıra, 1885'de, kendi yöntemi ile virüs fiksli tavşan omuriliğini bir desikatöre uygun bir süre (8-14 gün) koyarak kurutmuş ve böylece hazırladığı aşı ile korunmanın mümkün olabileceğini ortaya koymuştur. Bu konu üzerinde de Paris'te bir konferans vermiştir. Fermentasyon üzerindeki çalışmaları sonunda da, Pasteur aşağıdaki esasları ortaya koymuştur: 1) Bira veya şarapta meydana gelen her değişme, bunları fermente eden veya bozan mikroorganizmalar tarafından ileri gelmektedir. 2) Fermente eden etkenler, hava, kullanılan alet ve maddelerden gelmektedirler. 3) Bira veya şarap herhangi bir mikroorganizma içermezse, hiç bir değişikliğe uğramaz. Pasteur, yaptığı çalışmaların sonucuna göre, kendi adı ile anılan pastörizasyonun esasını da kurmuştur. Bir İngiliz cerrahı olan Joseph Lister (1827-1912), Pasteur 'ün prensiplerini cerrahiye uygulamıştır. Operasyonlarda dezenfektan bir maddeye (asit fenik) batırılmış sargılar kullanarak infeksiyonun önüne geçmiştir. Böylece, Lister cerrahide, antiseptiklerin önemini ve antisepsinin yerini ortaya koymuştur (1852). Schoenlein, 1839'da, deri hastalıklarından olan favus ve pamukçuk'un mantarlardan ileri geldiğini saptamıştır. Edwin Klebs (1834-1913), Löffler ile birlikte difteri hastalığının etkenini izole etmeyi başarmışlardır. Bilim adamı, bunun yanısıra, travmatik infeksiyonlar, malarya ve kurşun yaraları üzerinde de bazı faydalı çalışmalar yapmıştır. Hayvanlarda da, deneysel olarak, ilk tüberkulozis lezyonlarını oluşturmayı başarmıştır. Karl Joseph Eberth (1835-1926), insanlarda tehlikeli bir hastalık olan tifonun etkenini (Eberthella typhosa) bulmuştur. Robert Koch (1843-1910), mikroorganizmaları saf üretebilmek için katı besiyerlerini geliştirmiş ve karışık kültürlerden saf kültürler elde etmeyi başarmıştır. Böylece, bakteriyolojiye yeni teknikler getirmiştir. Koch, aynı zamanda, hastalıklar üzerinde de bazı kriterler ortaya koymuştur. Bunlar da "Koch postulatları" olarak bilinmektedir. 1) Hastalıklar spesifik etkenler tarafından oluşturulurlar, 2) Etkenler izole edilmeli ve saf kültürler halinde üretilmelidir, 3) Duyarlı sağlam deneme hayvanlarına verildiklerinde hastalık oluşturabilmeli ve 4) Tekrar saf kültürler halinde üretilebilmelidirler. Bu 4 görüş uzun yıllar geçerliliğini korumuştur. Koch, mikroorganizmaları anilin boyaları ile boyama yöntemlerini de geliştirmiş ve bakteriyoloji alanında uygulanabilir hale getirmiştir. Antraks hastalığının bulaşma tarzını ve etkeninin sporlu olduğunu da saptayan Koch, 1882'de, tuberkulozis'in etkenini de izole edebilmiş ve sonraları, tuberkulozlu hastaların teşhisinde çok yararlar sağlayan bir biyolojik madde olan "Tüberkülin"i de hazırlamıştır. Otto Obermeier (1843-1873), 1873' de, Borrelia recurrentis 'i bulmuştur. Karl Weigert (1845-1904) bakterileri boyamada anilin boyalarını kullanmıştır. B. Bang (1848-1932), sığırlarda yavru atımlarına yol açan hastalığın etkenini (Brucella abortus) bulmuştur. Agostino Bassi, 1835' de, ipek böceği hastalığını açıklamış ve bunun kontak ve gıda ile bulaştığını göstermiştir. George Gaffky (1850-1918), tifonun etkenini (E. typhosa) saf kültürler halinde üretmiş ve tifonun etiyolojisini açıklamıştır. John Snow, 1839'da, epidemik koleranın sulardan bulaştığına dikkati çekmiştir. William Welch (1850-1939), 1892'de, gazlı kangrenin etkenini (C. welchii) ve Hansen'de 1874'de, lepra hastalığının etkenini (Hansen basili, M. johnei) tanımlamışlardır. Nicolaier, 1885'de, topraktan tetanoz mikrobunu izole etmiş ve hastalığı hayvanlarda deneysel olarak meydana getirmiştir K. Shige, 1898'de, dizanteri basilini bulmuş M.leprae'nin de kültürü üzerinde çalışmalar yapmıştır. Friedrich Löffler (1852-1915), Koch ile birlikte difteri basilini üretmeye çalışmışlar ve 1884'de saf kültürler halinde üretebilmişlerdir. W. Löffler, 1882'de, domuz erisipel etkenini bulmuştur. David Bruce (1855-1931), malta hummasının, nagana hastalığının ve uyku hastalığının etkenlerini bulmuş ve uyku hastalığının çeçe sineği ile bulaştığını da ortaya koymuştur. Ronald Ross (1857-1923), 1896'da, Plasmodium malaria 'nın yaşam tarzını saptamış ve bunu aydınlatmıştır. Theobald Smith (1859-1934), Texas sığır hummasının kene ile nakledildiğini saptamıştır. Albert Neisser (1885-1916), insanlarda gonore'nin etkeni olan gonokok'ları bulmuştur. Hideye Noguchi (1878-1928), kültür teknikleri ve hayvan zehirleri üzerinde çalışmalar yapmıştır. Treponema pallidum 'u da saf kültürler halinde üretmiştir.

http://www.biyologlar.com/jerm-teorisi-nedir

EMB (EOZİN METİLEN BLUE) BESİ YERİ

Besiyerinin içerdiği boyalar gram olumlu, bir kisim gram olumsuz bakterilerin üremelerini inhibe eder. Özellikle Enterobakteriaceae ve benzeri bakterilerin ayirt edilmesinde kullanilan ayirtici bir besiyeridir. Laktoz veya sukroz üzerine etki eden bakteriler asit oluştururlar. Boyalar bu ortamda presipite olurlar. Sonuç olarak E.coli gibi tipik laktozu fermante eden bakteriler madeni parlaklik veren yeşil, siyah koloniler yaparlar. Salmonella, Shigella, Proteus gibi şekeri fermante etmeyenler saydam, renksiz koloniler oluştururlar. Besiyeri içerisinde; Pepton 10 gr. Laktoz 5 gr. Sukroz 5 gr. K2HPO4 2 gr. Agar 13.5 gr. Eozin Y 0.4 gr. Metilen blue 0.065 gr. Saf su 1000 ml. Maddeler kariştirilir. Kaynatilarak eritilir. 121°C de 15 dk. otoklavlanir. pH 7.1 e ayarlanir. Plaklara dökülür.   Aşağıda görüldüğü gibi bu besiyerinde protein, buffer, boyalar, agar ve iki karbonhidrat bulunmaktadır. Eozin Y ve metilen mavisi birçok gram pozitif bakteriler için inhibitördür. Grarn negatif basillere karşı ise ya daha az toksik veya etkisizdir. Gram negatif basillerin ayırdedilmesi, laktoz fermentasyonu yoluyladır. Tipik olarak laktoz fermentasyonu yapan Gram negatif basiller için alternatif karbonhidrat kaynağı olarak ortama sükroz eklenir. Çünki Gram negatif basiller bazen laktozu fermente etmez veya yavaş fermente etmektedir. Bu besiyerine ekilen bakterilerin renkli koloni teşkil etmeleri iki faktöre bağlıdır. Bunlardan birincisi laktoza tesir eden bakterinin kafi düşüklükte pH teşkili i1e her koloninin boya bileşiğini alması, ikincisi ise bakteri kolonileri tarafından alınan boya bileşiğini yapmak üzere eozin (bir asid boya) ile metilen mavisinin (bir bazik boya) reaksiyona girmesidir. Laktoza tesirsiz bakteri kolonileri renksizdir. Şeftaf görünür. Laktoza tesir eden (E. coli gibi) bakteri kolonileri koyu renklidir. EMB agar da E. coli için tipik olan koloniler merkezi koyu renkte yeşilimsi, parlak metalik renkte kolonilerdir. Laktoz ve sükroz fermentasyonu yapan bakteri kolonilorindeki bu koyu pigmentasyon, boya çökeltisi olup muhtemelen "methylene blue-eozinat"tır. Karbonhidratları fermentasyona uğratan bakteri kolonileri etrafında düşük pH (asid reaksiyon) meydana gelmesinin sonucu boya çökeltileri meydana gelmektedir. Bu boya çökeltileri şüphesiz koloni içine absorbe olmuştur. Fermentasyon yapmayanlar, muhtemelen proteinlerin oksidatif deaminasyonu nedeniyle yüzeyde pH'ı artırırlar. Böylece metilen mavisi eozin kompleksi çözülür ve renksiz kolonilere sebep olurlar. Pepton 10 gr Laktoz 5 gr Sükroz 5 gr Dipotasyum fosfat 2 gr Eozin Y 0.4 gr Metilen mavisi 0.065 gr Agar 13.5 gr Distile su 1000 ml   Levine EMB Agar In vitro (canlı hücre dışında) yapılan standart mikrobiyolojik analizlerde E. coli ve diğer Enterobacter türlerinin izolasyon ve ayrımı ile Candida albicans 'ın hızlı tanımlanması için selektif katı besiyeri olarak kullanılır. Bileşim Peptone 10,0 g/L; Lactose 10,0 g/L; K2HPO4 2,0 g/L; Eosin yellowish 0,4 g/L; Methylene blue 0,065 g/L; Agar-agar 13,5 g/L Etki şekli Bileşimdeki boyalar, pek çok Gram pozitif bakterinin gelişimini baskılar. Koagülaz pozitif stafilokoklar karakteristik renksiz ve toplu iğne başı büyüklüğünde koloni oluşturarak gelişirler ve bunlara koagülaz testi uygulanabilir. Koliform grup bakteri analizinde yayma ya da sürme ile inoküle edilen Petri kutuları aerobik olarak 35 oC'da 1-2 gün inkübe edilirken, Candida analizi %10 CO2 atmosferinde yapılır.

http://www.biyologlar.com/emb-eozin-metilen-blue-besi-yeri

Enterobacteriaceae

Enterobacteriaceae, Salmonella ve Escherichia coli gibi ünlü hastalık etkenlerini de içeren büyük bir bakteri ailesidir. Genetik araştırmalar, bu aileyi, Proteobacteria şubesine koyar. Enterobacteriales takımının içinde yer alan tek familyadır. Bu familyanın içinde enfeksiyon hastalıklarına yol açan zararlı cinslere rastlandığı gibi gıda ve ilaç endüstrilerinde kullanılan yararlı cinsler de vardır. Bazı cinsler organik maddelerin doğada çürümesine yardım eder, bir çoğu ise insan ve diğer hayvanların normal bağırsak florasını oluştururlar. Enterobakterileri tanimlamak için klasik olarak belirlenmiş yedi kıstas vardır. Ancak yeni taksonomi yöntemleri (ribozomal RNA dizinlerinin karşılaştırılması) ile bakteri sınıfları yeniden düzenlenmiş, bunun sonucu bazı cinsler bu kıstaslara artık uymamaktadır: Gram-negatif özellikli, spor oluşturmayan, çomak şekilli (basil) bakteriler (genelde boyları 1-5 μm civarındadır). Kolay kültürlenme (özel gereksinimlerinin olmaması) Oksidaz negatif (Pleisomonas hariç) ve genelde katalaz positif (Shigella dysenteriae haricinde). Nitrat redüktaz pozitif (nitratı nitrite indirgeyebilme). Seçmeli (fakültatif) anaerob (oksijen varlığında da, yokluğunda da büyüyebilme). Glikoz fermantasyonu yapabilme (gaz üretimi olabilir de, olmayabilir de). Çoğu bütün hücre yüzeyine yayılmış flagellaya sahip olmaları sonucu hareketlidirler, birkaç cins ise hareketsizdir. Bu genellemenin bir istisnası Pleisomonas 'tır, bu cinsteki türlerin kutupsal flagellası vardır. Bu familyayı oluşturan cins ve türleri ayırdetmek için tanımlanmış ayrıntılı kıstaslar vardır, örneğin çeşitli şekerlerin fermente edilebilmesi, kükürtlü bileşiklerin üretilebilmesi, bazı metabolik enzimlerin varlığı (β-galaktosidaz, deaminazlar, dekarboksilazlar, gibi), yapabildiği fermantasyon tipi (karışık asit veya 2,3 bütandiol fermantasyonu) gibi. Bu kıstaslarla bilinmeyen bir bakteri türü belli gruplara yerleştirilerek tam kimliği kesinleştirilebilir. Ancak bu grupları oluşturan türler filojenetik anlamda birbirlerine yakın olmayabilirler, çünkü kullanılan kıstaslar klasik bilimsel sınıflandırmada olduğu gibi, sadece fenotipe dayalıdır. Çok yaygındırlar, bazıları sadece doğada, özellikle nemli ortamlarda bulunurlar. Bu cinslerin çoğu hastalık etmeni türler içerir, bunların neden olduğu hastalıkların ciddiyeti bir suştan öbürüne çok farkedebilir. Bazıları bitki hastalıklarına neden olur, bazıları ise hayvan hastalıklarına. Bu bakteriler pek çok ekosistemde bulunabilir: Bazı türler sadece çürümekte olan organik maddeler üzerinde büyürler (saprotroflar). Bunlar nemli ortamlarda, özellikle toprakta, bitkilerin üzerinde, gıda maddelerinde bulunurlar. Bazıları bitkilerde hastalık yaparlar: Erwinia, Pantoea gibi. Türlerin büyük bir çoğunluğu kommensaldirler, insan ve diğer hayvanların bağırsaklarından izole edilebilirler, enterobakter ismi de burdan kaynaklanır. Genelde bir konak hayvanda da doğada da aynı derecede çoğalmakla beraber bazı türler bir ortama daha iyi adapte olmuş olabilirler. Kommensal enterik bakteriler Genelde insan ve hayvanların bağırsaklarında yaşarlar. Ancak, buna ilaveten derinin nemli bölgelerinde, burun boşluğunda ve kadın üreme kanalında da geçici olarak bulunabilirler. Enterik bakteriler bağırsak florasının önemli bir bölümünü oluştururlar. Kolon içinde (çekum ile rektum arasında) sayıları çok yüksektir, gıda artıklarının yıkımına ve bağırsak gazlarının oluşumuna katkıda bulunurlar. Bağırsaklardaki Enterik bakterilerin arasında Escherichia coli türü başta gelir. Aerobik bakterilerin %80'nini oluşturur, dışkıdaki miktarı 108E. coli /gram'dır. Daha düşük sayıda olan diğer türler arasında Proteus ve Klebsiella, daha değişken olarak da Citrobacter, Hafnia, Providencia, Enterobacter cinsleri sayılabilir. Hastalık etmeni enterobakteriler Hastalık yapan enterobakteriler, zorunlu patojenler ve fırsatçı patojenler olarak iki gruba ayrılabilir. Zorunlu patojenler Organizmanın içinde bunların varlığı, sayıları ne kadar olursa olsun anormal sayılır ve genelde bir enfeksiyona yol açarlar. Pislenmiş gıdalarla vücuda giren bu bakteriler bağırsak mukozasına bağlanıp sonra da bağırsak duvarını ötesine geçerek bağırsak sorunlarına yol açarlar. Genelde ağır ishal vakaları olarak kendilerini belli ederler. Bu gruptaki bazı türler: Salmonella typhi, tifoya neden olur. Shigella dysenteriae, bakteriyel dizanterinin etmenidir. Yersinia pestis, vebaya neden olur. Fırsatçı patojenler Fırsatçı patojenler sağlıklı bir konağı hasta edecek bir özellikleri yoktur. Bağışıklık yetersizliği olan bir konakta ise enfeksiyona yol açarlar. Septisemi, solunum yolu, idrar yolu veya abdominal enfeksiyonlara neden olabilirler. Bunlar bağırsağın normal florasını oluşturabilirler. Örneğin Escherichia coli (özellikle kadınlarda), örneğin kronik kabızlık durumunda, idrar yolu enfeksiyonuna yol açabilir. Klebsiella pneumonia da bazen solunum yolu enfeksiyonuna yol açabilir. Saprofit enterobakteriler Saprofit enterobakteriler toprakta, suda bitkilerde ve genelde tüm nemli ortamlarda bulunurlar. Organik maddelerin çürümesine yardım ederler. Bunlarına arasında Proteus türleri (hem saprofit hem kommensal olarak yaşarlar), Providencia, Enterobacter, Serratia, Hafnia sayılabilir. Cins Alishewanella Alterococcus Aquamonas Aranicola Arsenophonus Azotivirga Candidatus Blochmannia Brenneria Buchnera Budvicia Buttiauxella Cedecea Citrobacter Dickeya Edwardsiella Enterobacter Erwinia, örn. Erwinia amylovora *Escherichia, örn. Escherichia coli Ewingella Grimontella Hafnia Klebsiella, örn. Klebsiella pneumoniae Kluyvera Leclercia Leminorella Moellerella Morganella Obesumbacterium Pantoea Pectobacterium Candidatus Phlomobacter Photorhabdus Plesiomonas, örn. Plesiomonas shigelloides Pragia Proteus, örn. Proteus vulgaris Providencia Rahnella Raoultella Salmonella Samsonia Serratia, Sodalis Tatumella Trabulsiella Wigglesworthia Xenorhabdus Yersinia pestis Yokenella

http://www.biyologlar.com/enterobacteriaceae

Mikroorganizmaların bulaşma yolları

Mikroorganizmaların bulaşma yolları

Toprak yüzeyinin kuruması sonucu oluşan toz içindeki mikroorganizmalar tozun rüzgarla dağılması sonucu diğer topraklara, nehirlere, okyanuslara vb. dağılmaktadır.

http://www.biyologlar.com/mikroorganizmalarin-bulasma-yollari

Bakterilerin Üremelerine Etkili Faktörler

Mikroorganizmalar bulundukları ortamlarda (kültürler de dahil), optimal koşullar altında, cins ve türlerinin genetik karakterine göre, iyi bir üreme ve gelişme gösterirler. Ancak, bu uygun şartlar, aynı durumda uzun bir süre devam etmez ve belli bir zaman sonra, mikroorganizmaların üremeleri sınırlanır ve durur. Eğer, olumsuz koşullar değiştirilmezse veya iyileştirilmezse, mikroorganizma populasyonunda ölümler başlar, giderek artar ve canlı mikroorganizma sayısında azalmalar meydana gelir. Ancak, canlı kalmayı başarabilen mikroplarda da, morfolojik bazı değişiklikler (şekillerinde bozukluklar: flamentöz, branşlı, pleomorfik ve diğer aberent formlar) ortaya çıkar. Yukarıda bahsedilen durumlar, genellikle, doğal koşullar altında meydana gelen bazı olumsuz faktörlerin mikroorganizmaların üremeleri üzerine olan etkilerini kapsamaktadır. 1 "Temel Mikrobiyoloji; Genişletilmiş İkinci Baskı. Prof. Dr. Mustafa Arda. Medisan Yayın Serisi no 46. 2000. Medisan Yayınevi, Ankara" adlı kitabın 09. bölümüdür. Böyle etkiye sahip faktörleri başlıca 4 grupta toplamak mümkündür. Bunlar da, 1) Fiziksel faktörler 2) Kimyasal faktörler 3) Biyolojik faktörler 4) Mekanik faktörler 02. Fiziksel Faktörler Yeryüzünde (toprakta, sularda, göllerde, denizlerde, havada, evlerde, barınaklarda, vs.) ve canlıların vücudunda, değişik fiziksel, kimyasal biyolojik ve doğal koşullara adapte olmuş, yaşayan ve üreyen mikroorganizmalar bulunmaktadır. Bakteriler, 20° Güney paralelinden 90° Kuzey paraleline kadar, okyanus sularında, değişik derinliklerde ve ortamlarda oldukça farklı hidrostatik basınç altında kolayca yaşayabilecek tarzda bir adaptasyon göstermektedirler. Bazıları da sıcak su kaynaklarındaki 100°C civarındaki sıcaklıkta ve bir kısmı da donma derecesindeki çevrede kolayca yaşayabildikleri belirlenmiştir. Doğada bu kadar değişken, fazla ve olumsuz koşullara direnç gösteren ve adapte olan mikroorganizmalardan ancak çok azı canlılarda hastalık oluşturabilmektedir. Çünkü, ekseri patogenlerin üreyebildiği sınırlar, üzerinde veya içinde yaşadıkları canlılarınki ile bir uyum göstermektedirler. Maksimal veya minimal sıcaklık sınırlarına yaklaşıldıkça veya geçildikçe, mikroorganizmalar üreseler bile virulens faktörlerinin etkinliğinde inhibisyon veya zayıflamalar oluşmaktadır. Kapsüllü mikroplar, bakteri ve mantar sporları çevre koşullarına çok dayanıklıdırlar ve uzun süre (yıllar) canlı kalabilir ve infeksiyöz yeteneklerini koruyabilirler. Mikroorganizmaların üremeleri üzerine etkileyen önemli fiziksel faktörler aşağıda özet olarak belirtilmiştir. 02.01. Isının Etkisi Mikroorganizmalar üzerine ısı başlıca iki tarzda etkilemektedir. A) Sıcağın etkisi: Ortamın sıcaklığı, mikroorganizmaların üremeleri üzerine büyük ölçüde etkiler. Mikroplar, genellikle, kendi türlerine özel sıcaklık limitleri (minimal ve maksimal) içinde gelişebilir ve üreyebilirler. Bu sınırlar arasında, üremenin en iyi meydana geldiği optimal sıcaklık bulunur. Bu uygun sıcaklıktan minimal veya maksimal hudutlara doğru gidildikçe üremenin yavaşladığı ve bu sınırları geçince üremenin durduğu görülür. Optimal sıcaklık maksimalden 5-10 derece daha düşük olmasına karşın, minimal sıcaklıktan genellikle 20-30 derece daha yüksektir. Maksimal limitin aşılması halinde yalnız üremede durma meydana gelmez, sıcaklığın yüksekliğine göre, mikroplarda az veya çok oranda ölümler de başlar. Buna karşılık minimal sıcaklık sınırının geçilmesi halinde üremede duraklama meydana gelir. Ölümler, sıcaklığın düşme hızına ve sıcaklık derecesine göre çok az olur. Mikroorganizmalar arasında sıcaklık limitleri bakımından bazı ayrılıklar vardır. Bu durum, mikropların doğal adaptasyon ve seleksiyonları sonu oluşmuştur. Patogenik mikroplar, en iyi gelişme ısısını (optimal sıcaklık), adapte oldukları konakçının içinde bulurlar. Diğer bir deyimle, bu tür mikroorganizmalar en iyi, konakçı sıcaklığında ürerler. Bu nedenle de, hastalık yapıcı karakterde olan mikropların üreme sıcaklığı varyasyonları çok geniş olmayıp, belli ve dar limitler arasında bulunmaktadır. Buna karşın, saprofitikler ve doğada serbest yaşayan diğer mikroorganizmaların, sıcaklık genişlik limitleri arası daha geniştir. Optimal sıcaklık, mikropların gelişmesi ve üremeleri için genellikle iyi olmasına karşın, bazı yan ürünlerin (çeşitli metabolitlerin, enzim, toksin, endüstride değeri olan ürünlerin, vs.) sentez edilebilmesi için her zaman uygun olmayabilir. Optimal sıcaklık, hücre içinde enzimlerin aktivitesi için de genellikle, uygun kabul edilir. Sıcaklık arttıkça veya azaldıkça, enzim aktivitesinde de değişiklik oluşacağından, metabolizma üzerine olumsuz yönde etkiler. Mikroorganizmalar üreme sıcaklığı derecelerine göre başlıca 3 bölüme ayrılırlar: a) Soğuk seven (psikrofil) mikroplar: Toprak, su, deniz ve göllerde yaşayan bazı mikroplar ile balıklarda ve soğuk kanlı hayvanlarda hastalık oluşturan mikroorganizmalar bu bölüme girerler. Balıklarda hastalık meydana getiren gerek Gram negatif (A. salmonicida, C. psychrophila, H. piscium, V. anguillarum, vs.) ve gerekse Gram pozitif (korinebakteri, mikobakteri türleri, vs.) mikroplar 15-20°C arasında iyi gelişme olanaklarına sahiptirler. Soğuk seven bazı mikroplar ve mantarlar buzdolabı sıcaklığında (+4 °C' de) kolaylıkla üreyebilir ve gıdaları bozabilirler. Bu nedenle psikrofilik mikroorganizmaların enzimleri -5°C ile +20 °C' ler arasında aktivite gösterebilirler. b) Ilık seven (mezofil) mikroplar: Bu mikroplar, genellikle 20-45 °C' ler arasında gelişme ve üreme kabiliyetlerine sahiptirler. İnsan ve hayvanlarda hastalık oluşturan mikroorganizmaların büyük bir kısmı, bu gruba dahildirler. Bu nedenle optimal sıcaklıkları 35 °C ile 42 °C' ler arasıdır. Mezofil mikroorganizmalar, 65 °C' de 20 dakikada ve pastörizasyon sıcaklığında (70 °C' de bir dakikada) ölürler. c) Sıcak seven (termofil) mikroplar: Termofilik mikropların gelişme ve üreme sıcaklıkları, mezofillerin çok üstündedir (50-60 °C). Mezofiller bu sıcaklıkta yaşayamazlar. Bu tür mikroplara, sıcak su kaynaklarında, gübrelerde ve tropikal ülkelerde rastlamak mümkündür. Termofil mikroplar ve sporlar pastörizasyon ısısına dayanıklıdırlar. Sütlerin pastörizasyonundan sonra da ısıya dayanıklı birçok mikroplar canlı kalırlar. Konserve gıdaların sterilizasyonu bu nedenle önem kazanmaktadır. T. aquaticus, B. stearothermophilus, bu tür mikroplara örnek verilebilir. Mikroplar yüksek sıcaklıkta ölürler. Ancak, sıcaklık yardımı ile ölme üzerine, sıcaklıktan başka, birçok faktörlerin de etkisi bulunmaktadır. Bunlar da kısaca şöyledir: 1- Yüksek sıcaklık: Maksimal limiti aşan sıcaklık, mikropların karakterine göre kısa ve uzun bir süre içinde ölümlere neden olur. Psikrofilik mikropların çoğu 30-35 °C' de, mezofillerin ekserisi 65 °C' de 20-30 dakikada, termofiller ise 80-90 °C' de tahrip olurlar. Sporlar 100-110 °C' de ve bütün mikroorganizmalar da rutubetli sıcaklıkta 120 °C' de 15-20 dakika içinde ölürler (sterilizasyon). 2- Mikrop türü: Mikroorganizmaların vegetatif formları, kapsüllü ve sporlu olanlardan daha erken ölürler. B. anthracis 'in sporları 100-110 °C' de 10-15 dakika canlı kalabilir. Buna karşın doğa koşulları altında 40-50 sene yaşayabilir ve hastalık yapma kabiliyetini muhafaza edebilir. Tüberküloz mikroorganizmalarının etrafında bulunan balmumu tabakası, bunları çevresel koşullarının her türlü olumsuz etkisinden koruduğu gibi ısıya da dayanıklı hale  getirir. Isıya direnç bakımından mikroplar arasında farklar bulunmaktadır. 3- Mikrop sayısı: Bir ortamdaki ve kültürdeki mikrop sayısı arttıkça, bunları öldürmek için geçen süre de, artar. Bu artış, mikrop sayısındaki her logaritmik azalış için, bir sıcaklık birimi kadardır. Çünkü, belli zaman dilimleri içinde populasyonda belli oranda logaritmik azalmalar olur. Örn. başlangıçta kültür içinde 24 milyon mikrop varsa, 100 °C' de ilk dakika sonunda 24x 105, ikinci dakikada 24 x 105, üçüncü dakikada 24 x 103, dördüncü dakikada 24 x 102,.... ve böylece mikroorganizma miktarı ile orantılı olarak süre de uzayacaktır. Ancak, bu rakamlar yaklaşık olup tam kesin değildir. 4- Ortamın bileşimi: İçinde yağ, protein, mukoid sıvılar, organik maddeler, vs. bulunan ortamlardaki mikroplar daha yavaş ve geç ölürler. Bazı durumlarda da, eğer süre ve sıcaklığınderecesi uygun değilse, ölmeyebilirler. Besiyerlerinin viskozitesi arttığında  sıcaklık iletme kabiliyetinde azalma meydana gelir. Bu durumun, göz önünde tutulması gerekir. 5- Ortamın pH 'sı: Mikroorganizmalar, optimal pH derecelerinde ısıya karşı dayanıklı, maksimal ve minimal pH limitlerine doğru dirençlerinde azalmalar meydana gelir. 6- Mikropların üreme durumları: Sıvı kültürlerde üreme döneminde olan mikroplar, ısıya durma veya ölme periyodlarından daha duyarlıdırlar. 7- Rutubet: Rutubetli sıcaklık, kuru sıcaklıktan daha etkilidir. Otoklavda (rutubetli sıcaklık) 115 °C' de 15 dakikada ölen sporlar, Pasteur fırınında (kuru sıcaklıkta) 150 °C' de bir saatte ölürler. 8- Süre: Süre ne kadar uzun olursa, sıcaklığın mikroplar üzerinde olan etkisi de artar. 9-Soğuğun etkisi: Mikroorganizmalar soğuğa sıcaktan, daha fazla dayanırlar. Minimal sıcaklığı geçince üremeleri duran mikroplar, bu limit çok aşılsa bile ölmedikleri görülür. Soğukluk –80 °C veya –190 °C olunca canlılıklarını ve infeksiyöz kabiliyetlerini uzun süre (yıllarca) koruyabilmektedirler. Bu nedenle, mikroorganizmalar (bakteri, mantar, virus) ve çeşitli hücreler (doku hücreleri, sperma, vs.) sıfırın çok altında (-190 °C' de) muhafaza edilmektedirler. Ancak, bazı mikropların özel duyarlılığını da göz önünde tutmak gereklidir. Ayrıca, donarken ve çözülürken populasyonda canlılık miktarında ve hastalık oluşturma yeteneğinde de azalmalar meydana gelir. Bakterilerin hücre duvarı, donma ve çözülme sırasında parçalanabilir. Eğer mikroorganizmalar çok kısa süre içinde dondurulur, kurutulur ve havası alınmış ampuller içinde saklanırsa uzun yıllar canlılıklarını ve aktivitesini koruyabilir (liyofilizasyon). Mikropların ve hücrelerin liyofilizasyonunda, steril yağsız süt, serum, gliserin, laktalbumin, sodyum glutamat, vs. gibi ara maddelerden yararlanılır. Çeşitli sıvılar ve serumlar aynı şekilde, ya çok soğuk derecelerde veya liyofilizasyon suretiyle uzun yıllar muhafaza edilmektedirler. Mikroorganizmaların sıcaklık ile ilişkili fizyolojik karakterlerini saptamada bazı özel kriterler konulmuştur. Bunlardan biri, termal ölüm noktasıdır. Bu nokta, belli bir yoğunluk ve ortamda üretilen mikropların, 10 dakika içinde ölebildikleri en düşük sıcaklık derecesidir. Bu limit mikroplar arasında değişiklik gösterir. İyi bir kontrol sağlandığı takdirde, konservecilikte, süt ve gıda maddelerinin muhafazasında yararlar sağlayabilir. Diğer bir nokta da, termal ölüm süresidir. Bu süre, belli sıcaklık derecesinde veya sabit bir sıcaklık derecesinde bütün mikropların ölmesi için geçen zamanı kapsar. Bu süreye, ortamın viskozitesi, pH' sı, mikroorganizmaların tür ve yaşı, mikrop sayısı ve çevresel koşullar fazlasıyla etkiler. Aynı etkenler, termal ölüm noktasına da tesir ederler. 02.02. Radyasyonun Etkisi Radyasyon, boşlukta veya materyal bir ortamda enerjinin dalgalar halinde yayılması olayıdır. Pratikte mikrobiyoloji alanında radyasyonlardan başlıca iki amaçla yararlanılır. 1- Sterilizasyon ve dezenfeksiyon, 2- Mutasyonlar oluşturmak için Radyasyonlar karakterlerine göre başlıca iki türdür A) İyonizan olmayan radyasyonlar 1- Ultraviolet (mor ötesi) ışınları, 2- İnfrared (kızıl altı) ışınları, 3- Ultrasonik (ses ötesi) dalgalar. B) İyonizan radyasyonlar I). Elektromagnetik radyasyonlar 1- İks (X) ışınları, 2- Gama ışınları. II).Partiküler radyasyonlar 1- Alfa ışınları, 2- Beta ışınları, 3- Katot ışınları Mikrobiyolojide en çok kullanılan radyasyonlar ultraviolet ışınları, X ışınları, gama ışınları, katot ışınları ve ultrasonik vibrasyonlardır. 02.02.01. İyonizan Olmayan Radyasyonlar Ultraviolet (UV-) ışınları: Bunların dalga uzunlukları, diğer ışınlardan daha büyüktür. UV- ışınlarının kuvantum enerjisi düşük olduğundan iyonizasyon oluşturamaz ve ancak moleküllerde ekzitasyonlar meydana getirirler. Ultraviolet ışınlarının dalga boyları 10 nm ile 380 nm (100 A°-3800 A°) arasında değişmektedir. Bu ışınların bakteri, mantar, virus, spor ve hücreler üzerine letal etkileri vardır. Pratikte UV-ışınları, cıva buharlı lambalardan elde edilir. Derinlere girememeleri nedeniyle, hastanelerde operasyon odalarının ve bazı özel yerlerin havasını ve burada bulunan eşyaların yüzeyini sterilize etmekte kullanılır. UV-ışınlarının mikroplar üzerine, letal etkilerinden başka, mutagenik olarak ta tesir eder. Proteinlerin, özellikle, nukleik asitlerin, bu ışınlara karşı olan özel affiniteleri nedeniyle kolayca absorbe edilirler. Bunun sonucu olarak ta, DNA iplikçiklerinde yan yana bulunan timinler arasında bağların kurulması (timin dimerleri) olayı meydana gelir (dimerizasyon). Oluşan bu dimerizasyon, DNA'nın normal yapısını çarpıtır. Bu durum DNA replikasyonuna, transkripsiyona ve dolayısıyla da translasyona etkileyerek bakteride protein sentezin ve diğer mekanizmaları bozar ve ölümlere neden olur. UV-ışınlarının dozajı artarsa bu sefer timin dimerleri yanı sıra, sitozin dimerleri de oluşmaya başlar ve ölümler çoğalır. Absorbe edilemeyen ışınların DNA üzerinde etkileri çok zayıf veya yoktur. Dalga uzunlukları 300 nm.'den aşağı olanlar daha fazla absorbe edilirler. Cam, su ve organik maddeler, UV-ışınlarını absorbe ederek etkisini azaltırlar. Oksijensiz ortamlarda daha etkili olabilen UV-ışınları, gözün retinası üzerinde bozukluk yaptığından, UV-ışınları bulunan bir odaya özel gözlük takarak veya UV-ışığı söndürülerek girilir. Absorbe edilen UV-ışınları ve görülebilen ışınların, kuvantum enerjileri fazla olmadığından maddelerin atomlarından elektronların çıkmasına neden olacak güçte değildirler. Bu nedenlerle iyonizasyon yapamayıp, ancak elektronlar arasındaki aktivasyonu artırarak yüksek enerji oluştururlar (ekzitasyon). Bu da fotokimyasal olaylara neden olur ve bazı bozukluklar meydana getirir. Atomlardan elektronların çıkabilmesi için radyasyon enerjisinin 10 elektrovolttan daha yüksek olması gereklidir. Bu yüksek enerji, atomları iyonize ederek bazı elektronların çıkmasına sebep olur (iyonizasyon). Bu tür enerjiye X ve gama ışınları sahiptirler. Kuvantum enerjinin (elektromagnetik dalgaları oluşturan en küçük enerji demetleri) derecesi,dalga uzunluğu ile ters orantılıdır.  Buna karşılık bir biyolojik sistem tarafından absorbe edilen kuvanta miktarı, radyasyonun süresi ve yoğunluğu ile doğrusal orantılıdır. Bir atomdaki elektronların kuvantum absorbsiyonu, molekülün aktivasyonuna yol açar. Bu da, kimyasal reaksiyonlarda ekstra enerji olarak kullanılır veya kaybedilir (fluoresens, sıcaklık, vs). Fotoreaktivasyon: Eğer bakteri hücreleri UV-ışınlamasından sonra hemen, görülebilen ışınlara (300-400 nm. dalga boyu) tutulursa, UV-ışınlarının letal etkileri azalır. Bu olay, UV- ışınlaması sonu oluşan primidin dimerlerinin görülebilen ışınlarca aktive edilen özel enzimler tarafından, hidrolize edilerek giderilmesi sonu meydana gelir. Böylece, dimerler ortadan kaldırılarak bozukluk tamir edilir. Işıkta yapılan bu tamir mekanizması yan ısıra bakterilerde, karanlıkla iş görebilen ve dimerizasyonu gideren diğer bir tamir sistemi daha bulunmaktadır (karanlıkta tamir). Bu mekanizmada 4 enzim (endonuklease, ekzonuklease, DNA polimerase, polinukleotid ligase) görev alır ve bozulan bölgeyi tamir ederler. 02.02.02. Güneş Işınları Güneş ışınları dünya için iyi bir radyasyon kaynağıdır. Güneş ışınlarını, görülebilen ışınlar, UV-ışınları, infrared ışınları ve radyo dalgalar oluşturur. Özellikle ısınmayı da infrared ışınları sağlar. Görülebilen ışınların, dünyadaki yaşam için önemi çok fazladır. Fotosentetik organizmalar ışık enerjisinden yararlanırlar. Güneş ışınlarının %60'ını infrared ışınları teşkil eder. Dünya yüzeyine ulaşan UV-ışınlarından 290-300 nm dalga boyunun altında olanları çok azdır. UV-ışınlarının 287 nm' nin altında dalga boyuna sahip olanlar atmosferdeki oksijen tarafından absorbe edilir. Bu işlemi, dünyadan 35-55 km. yukarda bulunan ozon (O3) tabakası yapar. Ozon tabakası, daha uzun dalga boyundakileri de absorbe ederek tekrar oksijen oluşturur. Güneş ışınları (UV-ışınları), mikroorganizmalar üzerine, hem mutasyonlar oluşturarak ve hem de sıcaklığı ile etkiler. 02.02.03. İnfrared Işınlar Biyolojik materyallerde kimyasal değişikliğe neden olabilecek kuvantum enerjisine sahip olmadıklarından pratikte değerleri azdır. Dalga uzunlukları çok büyüktür. 02.02.04. Ultrasonik Vibrasyonlar Ses dalgalarının 20-1000 Kc. olanları bakteri hücrelerini parçalayabilecek niteliktedirler. Bu durumdan yararlanılarak, enzimatik çalışmalar ve bakterilerin iç yapı karakterlerini incelemek mümkün olabilmektedir. Ultrasonik dalgalarının frekansı arttıkça, parçalayıcı etkisi de artar. Sıvı içinden geçen ses dalgaları 10 mikrometre çapında boşluklar meydana getirir. Bunlar birbirleriyle birleşir ve sonra da kollapse olurlar. Bu kollaps sırasında oluşan yüksek basınçlı enerji bakterilerde hücre duvarını parçalayabilecek kudrettedir. Bunun yanı sıra sıvı içinde bazı fiziksel ve kimyasal değişmeler de meydana gelir. Bunlar da bakteriler üzerine olumsuz yönde etkileyerek parçalanmayı hızlandırırlar. Ultrasonik vibrasyonlar, hücre içindeki makromoleküllerin ve intramoleküler organizasyonların depolimerizasyonuna yol açar. Ultrasonik vibrasyonlara stafilokoklar dirençli olmasına karşın, diğer Gram pozitif ve negatif mikroorganizmalar daha duyarlıdırlar. Hücreleri parçalayarak içindeki virusları dışarı çıkarmada ultrasonik vibrasyonlardan yararlanıldığı gibi suların sterilizasyonunda da aynı amaçla kullanılmaktadırlar. 02.02.05. İyonizan Radiyasyonlar İyonizan ışınlar, fiziksel özelliklerine göre iki kısma ayrılırlar. 1- Elektromagnetik olanlar ve 2- Partüküler olanlar. Bu ışınların dalga boyları çok kısadır ve derinlere girme kabiliyeti fazladır. Bu özelliklerinden yararlanarak pratikte sterilizasyon amacıyla kullanılırlar. Çok fazla enerjiye sahip olduklarından atomlardan elektronların çıkmasına neden olurlar (iyonizasyon) ve letal etkileri de çok fazladır.Bu etkileri, absorbe edilen enerji miktarı ile bağıntılıdır. İyonizan ışınların hücrelerde bulunan ve çok önemli görevlere sahip olan makro ve mikromoleküller üzerine olan olumsuz etkileri de çok fazladır. Biyolojik sistemlerde suyun fazla olması ve böyle ortamlardan iyonizan ışınların geçmesi suyun iyonizasyonuna da neden olur. enerji (1) H2O ›H2O +e- kuvantum Bu reaksiyonda oluşan pozitif yüklü su iyonu, iyonize olmamış su molekülü ile reaksiyon vererek serbest hidroksil radikalleri oluşturur. (2) H2O + H3O ›H3O + OH (serbest radikal) Birinci reaksiyonda açığa çıkan elektron, iyonize olmamış su ile reaksiyon vererek serbest hidroksil radikallerine yol açar. Hidroksil radikallerinin çok kuvvetli oksidan etkisi olduğundan, DNA üzerinde zedelenmelere sebep olur. Hücrede, irradyasyon sırasında, oksijenin bulunması ışınların etkisini daha da arttırır. Serbest radikallerin oksijenle birleşmesi sonu bir seri otooksidatif reaksiyonlara ve ayrıca da peroksidase oluşumuna neden olur. Bunlar ışınların etkisini artırırlar. Buna karşılık hücre içinde bulunan sülfidril grupları da, biyolojik sistemlerin koruyucu olarak, irradyasyonun zararlarını hafifletirler. İyonizan ışınlardan pratikte, sterilizasyon amacı ile yararlanılır. Gram pozitif ve negatif mikroorganizmalar üzerine letal etkileri fazladır ve bu tesir logaritmik bir kural içinde meydana gelir (belli zaman aralıklarında belli veya sabit düzeyde mikroorganizmalar ölürler). Öldürme olayı, ışınların dalga uzunluğu ve total radyasyon dozu ile bağıntılıdır. İyonizan ışınlarla genellikle soğuk sterilizasyon meydana gelir. Sıcaklık oluşumu ya çok az veya yoktur. Gıdaların sterilizasyonu esnasında, bu maddelere özel tat ve koku verebilir. Bu nedenle de çok tercih edilmemektedirler. 02.02.06. Elektromagnetik İyonizan Radyasyonlar X-ışınları: Bu elektromagnetik ışınlar elektrik jeneratörleri tarafından oluşturulur. Dalga uzunlukları 10 Ao ile 10-4 A° arasında değişir ve yüksek enerjiye sahiptirler. Bu nedenle mikroorganizmalara ve yüksek organizmalara etkilidirler. Elde edilmesi güç ve pahalı olduğu gibi çıkış yerinden her tarafa yayılma özelliğine de sahiptirler. Derinlere girebilme özellikleri bunların letal etkilerini artırır. Bu ışınlardan pratikte, mutasyonlar meydana getirmekte ve paketlenmiş gıdaları sterilize etmede yararlanmaktadır. Gama ışınları: Bu da elektromagnetik bir ışınım olup doğal veya yapay radyoaktif elementlerden elde edilirler. Bu amaç için kobalt-60 fazla kullanılır. Yüksek enerjili olup dalga boyu, X-ışınlarından daha kısadır ve bu nedenle letal etkisi de daha fazladır. Her tarafa yayılma özelliği gösteren bu ışınlardan gıdaların sterilizasyonunda yararlanılır. 02.02.07. Partiküler Radyasyonlar 1- Alfa ışınları: Radyoaktif elementlerden elde edilen çok hızlı ve yüksek enerjili bir helyum çekirdeğidir. 2- Beta ışınları: Aynı tarzda, radyoaktif elementlerden elde edilen hızlı ve yüksek enerjili negatif yüklü bir ışınımdır. 3- Katot ışınları: Elektrik akseleratörleri tarafından oluşturulan ve elektron demetleri halinde ışınlardır. Yüksek voltajlı ve vakumlu tüplerde katottan çıkarak anoda doğru hızla hareket ederler. Bu ışınlardan pratikte, sterilizasyon amacı ile sınırlı olarak yararlanılır. 02.03. Yüzey Geriliminin Etkisi Besiyerlerinde bulunan gıda maddelerinin mikroorganizmalara girebilmesi, bakteri içinde sentezlenen enzimlerin ve oluşan metabolitlerin dışarı çıkabilmesi için, hücre duvarının yarı geçirgen özelliğinin önemi çok fazladır. Metabolizma olaylarının normal meydana gelebilmelerinde mikropların bulunduğu sıvı ile bakteri yüzeyi arasındaki moleküler gerilimin dengede bulunması gereklidir. Bu denge, bakteriye giriş-çıkışı büyük ölçüde kolaylaştırır. Bakteriye temas eden sıvı yüzeyindeki moleküllerin oluşturduğu gerilim çok fazla olursa, oluşan kuvvetli moleküler membran nedeniyle, sıvı ortamdan bakteriye gıda maddelerinin girişi çok güç olur ve bakteri beslenemez. Aksine, bu moleküler gerilim zayıf olursa, sıvı ile bakteri yüzeyi birbirine çok sıkı temas ederek sıvı içindeki maddelerin bakteri yüzeyinde toplanmasına sebep olur. Buna bağlı olarak bakteri içinden dışarı ve dışardan içeri gıdaların akışı güçleşir ve bakteri yine beslenemez. Yukarıda bildirilen nedenlerle, bakteri yüzeyi ile buna temas eden sıvı ortamın yüzeysel moleküler gerilimin dengede bulunması zorunludur. Eğer bir bakteri, kendi türüne göre, yüzey gerilimi fazla olan bir sıvı içinde kültürü yapılırsa, üstte üreme gösterir ve tüpün geri kalan kısmında üreme zayıf olur (B. subtilis gibi). Eğer bu besi yerinin yüzey gerilimi düşürülürse, B. subtilis homogen bir tarzda üreme gösterir. S. aureus buyyonda genellikle homojen bir tarzda ürer. Eğer bu besi yerinin yüzey gerilimi artırılırsa (%0.05 sodium ricionaleate veya lipoid madde ilavesi ile), etken bu sefer üstte üremeye başlar. Yüzey gerilimini düşüren maddeler arasında sabunlar, deterjanlar, safra, fenol vs. ajanlar vardır. Bu nedenle böyle maddelerin ıslatma özellikleri bulunmaktadır. Yüzey gerilimi (interfascial gerilim) iki sıvı veya sıvı ile katı (sıvı besi yeri ile bakteri yüzeyi gibi) arasında olabileceği gibi sıvı ile hava arasında da olabilir. 02.04. Osmotik Basıncın Etkisi Bir ortamın osmotik basıncı, içinde eriyen maddelerin konsantrasyonu ile ilişkilidir. Mikroorganizmalar, içinde üredikleri sıvı besi yerinin osmotik basıncı ile kendi hücre içindeki osmotik basınç arasında bir denge kurmuşlardır. Bu denge yarı geçirici olan hücre membranları yardımı ile regule edilir ve devam ettirilir. Mikropların en iyi üreyebildikleri ortamın osmotik basıncı, bakteri içindeki ile aynı veya çok az farklıdır (isotonik, isoosmotik). Böyle ortamlarda bakteri zarlarından giriş ve çıkış kolaylıkla olur ve bakteri gelişmesine ve üremesine devam eder. Eğer ortamın osmotik basıncı azalmış ise (hipotonik, hipoosmatik), böyle durumlarda dışardan bakteri içine fazla sıvı girerek bakteriyi şişirir ve olay devam ederse bakteriyi patlatır (plasmoptiz). Hipertonik, hiperosmotik ortamlarda ise, bakterinin içinden dışarı fazla sıvının çıkması sitoplasmik membranın hücre duvarından ayrılarak büzülmesine ve ortada toplanmasına neden olur (plasmoliz). Osmosis, yarı geçirgen bir membranla ayrılan konsantrasyonları farklı olan iki sıvının bu zardan birbirine doğru geçişini ifade eder. Bu geçiş olayı her iki tarafın osmotik basıncı veya yoğunluğu birbirine eşit olancaya kadar devam eder. Eğer bakteri, %20 tuz konsantrasyonu içinde suspansiyon yapılırsa, hipertonik bir ortam oluşacağından, plasmoliz olayı meydana gelir. Bunun aksine, bazı bakteriler, %1 oranındaki tuz konsantrasyonu içinde suspansiyon yapılırlarsa, su akışı bu sefer dışardan içeri doğru olur ve bakteri şişerek parçalanır (plasmoptiz). Bakteri içindeki osmotik basınç, bakteri türlerine göre değişmek üzere, 5-20 atmosfer arasında bulunmaktadır. Bu basınca mikroplar hücre duvarı ile karşı koymaktadır. Bakteri içindeki bu fazla osmotik basınç, içte bulunan organik maddeler (protein, amino asit, karbonhidrat, vs.) ve inorganik tuzlar tarafından oluşturulur. Gram pozitif mikroorganizmaların iç osmotik basıncı genellikle 15-20 atmosfer ve Gram negatiflerin ki ise bundan daha azdır (5-10). Mikroorganizmalar normal sınırlar içindeki osmotik basınç değişmelerine kolayca adapte olabilirler ve bu değişmeleri yarı geçirgen membranları ile kolayca regule edebilirler (osmofilik mikroplar). Bu sınırların dışına çıkıldığında bakterilerde gelişme de ve üremede noksanlıklar, plasmoliz ve plasmoptiz olayları görülebilir. Ancak, denizlerde, tuzlu göl ve sularda, salamuralarda, reçellerde, vs. yerlerde bulunan yüksek orandaki tuz veya şeker konsantrasyonlarına alışarak üreyebilen ve bunların bozulmalarına neden olan mikroorganizmalar da vardır (halofilik ve sakkarofilik). Pratikte, et ve balık muhafazaları için %10-20 tuz ve reçellerde de %50-70 oranında şeker kullanılarak osmotik basınç yükseltilir ve mikropların üremesine mani olunur. Ancak böyle hipertonik ortamlarda da, küf, maya, alg ve bazı bakteriler az da olsa üreyebilirler. 02.05. Hidrostatik Basıncın Etkisi Mikroorganizmalar hücre duvarının sert ve dayanıklı olması nedeniyle mekanik ve hidrostatik basınçlara karşı oldukça fazla direnç gösterirler. Çelik bir silindire konan ve suspansiyon halindeki mikroplar, burada oluşturulan fazla basınca, kendilerinde görülebilir önemli zararlı etkiler olmadan dayanabilirler. Okyanusların, denizlerin ve göllerin diplerinde bulunan barofilik mikroplar (B. submarineus, B. thalassokiotes) 10000 libre/inc2 (psu)'lik bir basınca kolayca dayanırlar ve bu basınç altında yaşamlarını sürdürürler. Ancak yüksek basınç altında mikroplarda, az da olsa, bazı değişmeler meydana gelebilmektedir. Örn. flagellalı mikroplar hareketlerini ve bazıları da bölünme kabiliyetini kaybedebilirler. Hidrostatik basınç 15000 psu olunca proteinlerde denatürasyon ve enzimlerde inaktivasyon görülebilir. Serratia marcescens ve S. lactis 85000-100000 psu basınç altında 10 dakika içinde ölürler. 02.06. Rutubetin ve Kurumanın Etkisi Su, mikropların üremesinde, gıda maddelerinin içeri girişinde ve içeride biriken metabolitlerin ve diğer maddelerin dışarı çıkışında ve metabolik olaylarda çok önemli göreve sahiptir. Üreme ortamlarında bulunan gıda maddelerinin bakteriler tarafından alınabilmesi ancak bunların suda eriyebilir olmaları ile mümkündür ve su aracılığı ile de bakteriye girerler. Aynı şekilde, bakteri içindeki enzim veya metabolitlerin dışarı çıkabilmesinde de su önemli rol oynar. İçinde su oranı yüksek katı besi yerlerinde mikropların gelişmesi daha kolay olur ve oluşan koloniler daha iridirler. Mikropları üretmek için kullanılan etüvlerin havasının relatif rutubetinin de yukarıda bildirilen nedenlerle uygun olması gereklidir. Rutubetli etüvlerde, böylece, besiyerlerinin suyunun uçması ve besi yerlerinin kuruması önlenir ve mikroplar için gerekli nem sağlanmış olur. Sıvı besi yerlerinden suyun buharlaşması, bu besi yerinde bulunan kimyasal maddelerin konsantrasyonunu arttırır. Bu durum üreme üzerine olumsuz yönde etkiler. Katı besiyerlerinde üreyen mikropların beslenebilmesi için de agardan gıda maddelerinin diffusyonla bakterilere ulaşması lâzımdır. Bu görevi de yine su yapar. Katı besi yerlerindeki suyun ve bunların konulduğu etüvlerin havasındaki rutubetin çok önemli olduğu bunun azlığı durumlarında bakteri üremesinin yavaşladığı ve durduğu görülür. Bu rutubet, katı besi yerlerinde beslenme üzerine etkili olduğu gibi mikroorganizmalardan suyun çıkması bakımından da önemlidir. Mikroorganizmalar içinde %70-90 kadar su bulunmaktadır. Bunun azalması birçok biyokimyasal olayların durmasına ve mikropların ölümüne sebep olur. Ancak, mikropların kurumaya karşı dirençleri değişiktir. Bazılarının (gonokok, meningokok, leptospira, pastörella. vs.) çok çabuk ölmesine karşın, bir kısım mikroorganizmalar da (stafilokoklar, E. coli, mikobakteriler, sporlar, mantarlar, vs.) daha dayanıklıdırlar. Sporların içinde %5-20 kadar suyun bulunması ve etraflarında kalın membranların oluşu bunları çeşitli fiziksel ve kimyasal etkenlere karşı çok dirençli hale getirmiştir. Liyofilize edilen mikroorganizmalar uzun süre canlılıklarını korurlar. Liyofilizasyon sırasında uygulanan dondurma, kurutma ve havasını alma işlemleri sırasında bazı mikroplar ölebilirlerse de çoğu, uzun zaman canlı kalır ve infektivitesini korurlar. Hasta bir vücuttan çeşitli yollarla dışarı çıkan mikroplar, eğer direk olarak güneş ışınlarına maruz kalmazlarsa, kuruyarak uzun bir süre canlı kalabilirler ve tozlarla havaya karışarak infeksiyon oluşturabilirler. Mikropların etraflarında vücut sıvılarından (mukoid, organik madde, serum, kan, vs.) bir muhafaza varsa veya dışardan diğer organik veya inorganik maddelerle örtülürse yine uzun bir zaman canlı kalabilirler. Gölge, mikroorganizmaların yaşamını uzatıcı bir faktördür. 02.07. Elektriğin Etkisi Sıvı ortamlarda suspansiyon halinde bulunan mikroorganizmalardan direk veya alternatif elektrik cereyanı geçirilirse, mikroplar zarar görebilirler. Cereyanın şiddetli ve geçme süresi fazla olursa daha zararlı ve öldürücü olurlar. Elektrik nedeniyle sıvı ortamda bazı kimyasal değişmeler de meydana gelebilir. Oluşan sıcaklık ve elektroliz olayı sonu meydana gelen ara maddeler (klor, ozon, vs.) mikroplar üzerine zararlı etkide bulunurlar. Elektroforezis: Protein moleküllerinin veya mikroorganizmaların sıvı ortam içinde suspansiyonları yapılırsa, yüzeyleri pozitif (+) veya negatif (-) elektrikle yüklenirler. Böyle bir ortamdan uygun bir süre ve şiddette elektrik geçirilirse, pozitif yüklü olanlar katoda, negatif elektrikle yüklenmiş olanlar da anoda doğru hareket ederler (elektroforezis). Elektroforezisin birçok yöntemleri vardır. Bunların arasında kâğıt elektroforezis özellikle, pratikte, anormal serum proteinlerinin saptanmasında, serum ve sıvılardaki gama globülinlerin düzeylerini ölçülmesinde kullanılır. Jel elektroforezis yöntemi de daha ziyade proteinlerin nukleikasitlerin sütrüktürel durumlarını ortaya koymada veya analitik amaçlarla kullanılmaktadırlar. 03. Kimyasal Faktörler Doğada serbest olarak yaşayan veya laboratuvarlarda üretilen mikroorganizmalar üzerine etkileyen birçok kimyasal faktör bulunmaktadır. Bunların bazıları optimal koşullarda olduğunda üremeyi artırıcı etkilemesine karşın bu sınırların dışında ise üremeyi kısıtlayıcı, durdurucu ve hatta öldürücü etkide bulunurlar. Doğaldır ki, bu tarzdaki etkinlik dereceleri, kimyasal maddelerin yoğunluğu, yapısı ve etkileme süresi ile direkt ilişkili olduğu kadar mikroorganizmalara da bağımlıdır. Mikropların üremelerinde etkili olan kimyasal faktörler arasında oksijen (O2), karbon dioksit (CO2), hidrojen iyon konsantrasyonu (pH), redoks potansiyel, ortama katılan bufferler yanı sıra hastalık oluşturan mikroorganizmaların üremelerini önlemek (stasis) veya öldürmek (sidal) amacı ile kullanılan antibiyotik, kemoterapötik maddeler ile çeşitli dezenfektanlar da bulunmaktadır. Bu son maddeler, özellikle, mikroorganizmaları kontrol altına almada kullanılırlar. 03.01. Oksijenin Etkisi Mikroorganizmaların, üremeleri için oksijene olan ihtiyaçları, çok değişiklik göstermektedir. Bu gereksinmeye göre mikroplar 5 temel bölüme ayrılarak incelenebilirler. Yandaki şekilde sırasıyla aerobik, anaerobik, fakültatif, mikroaerofil, aerotolerant üreme şekilleri görülmektedir. 1- Aerobik mikroorganizmalar: Üremeleri ve yaşamaları için havadaki oksijene ihtiyaç gösteren mikroplar, doğada diğerlerinden daha fazla bulunurlar. Bunlar havasız koşullar altında gelişemezler. Çünkü oksijensiz ortamlarda enerji elde edebilecek mekanizmaya sahip değillerdir. Dik agar besiyerlerinde üretildikleri zaman genellikle üst kısımda koloni oluştururlar. Tam aerobik mikroorganizmalar, havadaki moleküler oksijeni elektron alıcısı olarak kullanırlar. Bu tür mikropların enzim sistemleri, hidrojeni (H+), serbest oksijene (O2) transfer ederek hidrojen peroksit (H2O2) oluştururlar. Bu madde toksik olduğundan katalase enzimi tarafından hemen H2O ve O2 'ye ayrıştırılır (H2O2 ›.H2O + O2). Bazı mikroplar da H2O2 'yi hidrojen (H) alıcısı olarak ta kullanılabilirler (H2O2 + 2 (H) ›2H2O). Aerobik mikroorganizmaların üremeleri esnasında kültürlerin aerasyonu üreme üzerine olumlu yönde etki yapar. Aerobik mikroorganizmalar arasında, M. tuberculosis, B.anthracis, B. subtilis, sarcina, vs. sayılabilir. 2- Fakültatif mikroorganizmalar: Bu gruba giren mikroplar hem aerobik ve hem de anaerobik koşullarda üreyebilme mekanizmasına (enzimatik sisteme) sahiptirler. Bunlar, oksijen içeren koşullarda aynı aerobik mikroplar gibi üremelerine devam ederler. Anaerobik şartlarda da redükte olabilen maddeleri (sülfür, karbon, sodyum nitrat, vs.) hidrojen alıcısı olarak kullanabilirler. Ancak, bu mikroorganizmalar daha fazla enerji sağlayan aerobik koşullarda daha iyi gelişirler. Anaerobik durumlarda, fakültatif mikroplar az bir fermantatif metabolizma gösterirler. Diğer bir deyimle, substratları tam olarak okside edemezler. Bu tür mikroplar (enterobakteriler, stafilokoklar, vs.) dik agarın her tarafında üreme yeteneğine sahiptirler. 3- Anaerobik mikroorganizmalar: Anaerobik mikroplar oksijenin bulunmadığı ortamlarda gelişebilirler. Oksijen bunlar için zehirleyici tesir yapar. Bunlarda bulunan enzimler oksijen tarafından bloke edildiği gibi, enzim sistemleri, hidrojeni (H+), oksijene transfer edemez ve başka oksijen alıcısı (nitrat, sulfat, karbonat, vs) kullanırlar. Bu nedenle, hücre içinde H2O2 oluşmaz. Bu maddeyi ayrıştıramadıklarından, kendileri için toksik etki yapar. Bu tür mikroplar dik agar besiyerinin dip tarafında ürerler. Anaerobik mikroplar arasında, klostridiumlar, aktinomyces, Sphaerophorus necrophorus, v.s. sayılabilir. 4- Mikroaerofilik mikroorganizmalar: Bu mikroplar havada bulunan orandaki kadar oksijen içeren ortamlarda gelişemeyip, oksijen oranı %1-2 kadar düşürülmüş veya havasına %5-10 CO2 katılmış yerlerde üreme olanağına sahiptirler. Bunlar anaerobik olmayıp böyle koşullarda da gelişemezler. Mikroaerofilik mikroorganizmalardan B. abortus, C. fetus, bazı mikoplasma türleri vs. sayılabilir. Bu tür mikroplar katı besiyerlerinin yüzeyinden 1-1.5 cm kadar aşağıda ürerler. 5- Aerotolerant mikroorganizmalar: Bu mikroorganizmalar daha fazla yüzeyde olmak üzere, hem aerobik ve hem de anaerobik ortamlarda üreme yeteneğine sahiptirler. 03.02. Redoks Potansiyelin Etkisi (Oksidasyon-Redüksiyon Potansiyeli) Oksidasyon-redüksiyon (O-R) elektriksel bir olaydır ve elektron transferi üzerine dayanır. Oksidasyon (elektron kaybı) ve redüksiyon (elektron kazanma) fenomenleri genellikle birlikte cereyan ederler. Bir madde okside olurken diğeri redükte olur. Elektron alıcısı okside eden, elektron vericisi de redükte eden ajandır. Elektronun bir maddeden diğerine geçişi iki madde (reaktant) arasında potansiyel farkını yaratır. Bu farkın şiddeti, kazanılan ve kaybedilen elektronlara bağlıdır. Bu da, maddenin oksidan veya redüktan oluşuyla ilgilidir. Eğer, madde çok fazla oksidan ise elektriksel potansiyeli (veya O-R potansiyeli) o oranda büyük olur ve pozitif değer taşır. Eğer redüktan madde ise, bu değer düşüktür ve negatiftir. Okside olan ile redükte olan maddelerin konsantrasyonu birbirine eşitse, O-R potansiyeli sıfır olur. Anaerobikler düşük bir O-R potansiyeline gereksinme duyarlar (0.2 volt). Aerobiklerde ise durum + 0.2-0.4 volt'dur. O-R potansiyeli Eh sembolü ile gösterilir ve milivolt (mV) olarak ölçülür. Bu potansiyelin ölçülmesi, ekilen mikropların üreyip - üremediklerini de ifade etmesi bakımından önem taşır. Kuvvetli oksidan maddeler pozitif potansiyel (+ 200 mV) ve kuvvetli redüktanlar da negatif potansiyel (-200 mV) meydana getirirler. Hidrojenin bir atmosfer altındaki potansiyeli -400 mV 'dur. Kültürlerin aerasyonu, pozitif potansiyel yaratır. Mikroplar üremeye başlayınca potansiyel düşmeye başlar. O-R potansiyeli, elektrometrik veya kolorimetrik yollarla ölçülebilir. 03.03. Hidrojen İyon Konsantrasyonunun Etkisi (pH, Potansiyel Hidrojen) Mikroorganizmaların üremeleri için, besiyerinin pH 'sının optimal sınırlar içinde bulunması gereklidir. Minimal ve maksimal pH limitlerine yanaştıkça üreme azalır ve durur. Bakterilerin optimal pH limitleri oldukça değişiktir. Asit ortamı seven mikroorganizmalar (maya, küf, laktobasil, asetobakter, vs) yanı sıra, alkali besiyerlerinde üreyenler de (mikoplasma, toprak bakterileri, V. cholera, vs.) vardır. İnsan ve hayvanlarda hastalık oluşturanlar genellikle, konakçının sıvı ve dokularının pH derecesinde (pH. 7.0-7.4) ürerler. Patogenik mikroorganizmaların besi yerlerinde üreme pH limitleri, apatogenlerden daha dardır. Ortamın pH 'sının değişmesinde besiyerine katılan ve fermente olabilir karbonhidratların ayrışması sonu oluşan organik asitlerin, nitrogenli veya proteinli maddelerin dekompoze olması neticesinde meydana gelen amonyak veya alkalen maddelerinin önemi fazladır. Ayrıca, hücrede oluşan ve dışarı çıkan diğer metabolizma artıkları da pH 'nın değişmesine büyük ölçüde etkilerler. Bazı mikroplar da reaksiyonu dönüştürebilirler. E. aerogenes glukozu ayrıştırarak asit yapar ve ortamın pH 'sı düşer. Glukoz sarf edildikten sonra, bu sefer teşekkül eden, asit ürünler mikrop tarafından ayrıştırılır. Bu durumda besiyerinin pH 'sı normaline doğru çıkış gösterir. Üremeyi olumsuz yönde etkileyen pH değişmesini önlemek için, besiyerine buffer'ler katılır. Bu amaçla, genellikle, ayrı ayrı veya birlikte K2HPO4 veya KH2PO4 kullanılır. Bunlar meydana getiren hidrojen (H) ve hidroksil (OH) iyonlarının serbest kalmasının önüne geçer ve onlarla birleşikler oluşturur. Bu nedenle de, ortamın pH 'sı hemen asit veya alkali olmaz bir süre optimal limitler arasında kalır. Bir besiyeri hazırlanırken pH'sı da mikroorganizmanın fizyolojik karakterine uygun olarak (optimal pH) ve genellikle %10-20 NaOH 'la ayarlanır. Otoklavdan sonra 1-2 diziyem düşeceği hesap edilerek pH iyice saptanır. Bir sıvı ortamın pH 'sını ölçmede ya elektrikle çalışan pH metreler veya daha az duyarlı olan kolorimetrik yöntemler kullanılır. Bir ortamın pH'sı, içinde bulunan hidrojen iyonların konsantrasyonu ile ölçülür. Saf suyun litresinde, + 22 °C' de 10-7 gram hidrojen iyonu (H+) ile yine aynı miktarda (10-7 gram hidroksil iyonu (OH-) bulunur. Her iki iyon aynı konsantrasyonda bulunması nedeniyle saf suyun reaksiyonu nötrdür ve pH 'sı 7.0 olarak kabul edilir. Bir sıvının pH 'sı 1 ile 14 arasında değişir. Eğer pH = 1-6 arası ise asit, pH = 7.0 nötr ve pH = 8 ile 14 arası ise alkalidir. Asitlik 1'den 6 aya doğru azalır ve alkalilik ise 8'den 14'e doğru gittikçe artar. Diğer bir ifade ile bir sıvının pH' sı 7'den küçükse asit, büyükse alkalidir. Her pH birimi azaldıkça, hidrojen iyon konsantrasyon artar, buna karşılık, hidroksil iyon konsantrasyonu azalır. Bir sıvıdaki hidrojen (H+) ve hidroksil (OH-) iyon konsantrasyon çarpımları sabittir. (H+) x (OH) = K = 10-7 x 10-7 = 10-14). Bir solusyonun pH 'sı sıfır ise, hidrojen iyon konsantrasyonu 10° veya 1 normaldir. Bu solusyon çok asittir. Kuvvetli asitler suda fazla dissosiye olurlar (HCl, H2SO4, vs). Buna karşılık asetik asit, sitrik asit, vs. zayıf asitlerdir ve suda az dissosiye olurlar. 04. Biyolojik Faktörler Canlıların vücudunda özellikle, sindirim, solunum, urogenital sistemleri ile derilerinde değişik cinslere ait sayısız mikroorganizma (yerleşik devamlı mikroflora) bulunmaktadır. Bunlar birbirleri ile ekolojik bir denge içinde, birbirlerinin üremelerini sınırlayarak yaşamaktadırlar. Sentezledikleri veya salgıladıkları substanlar karşılıklı etkileyerek birbirlerinin üremelerine ve hatta ölmelerine de yol açarlar. Aynı zamanda, bu yerleşik flora bazı patojenik mikroorganizmaların kolonizasyonuna da mani olur. Eğer bu metabolitleri sentezleyen mikroorganizmalardan biri veya ikisi ortadan kaldırılırsa, diğerinin fazla üremelerine ve bazı durumlarda hastalık yapmalarına da neden olur. Özellikle antibiyotiklere duyarlı olmayan mikroorganizmalar C. albicans veya C. difficile infeksiyonlar oluşturabilirler. Sindirim sistemi florasında bulunan, E. coli 'nin sentezlediği colicin (bakteriyosinler), bu maddeyi sentezlemeyen E. coli 'ler üzerine öldürücü etkide bulunur. Eğer bakteriyosin sentezleyen E. coli 'ler antibiyotik tedavileri sonunda çok azalırlarsa, diğer E. coli 'ler çoğalma fırsatı bulurlar. Böylece, sindirim, solunum, urogenital ve deride bulunan mikroflora birbirleri ile çok hassas bir denge içinde bulunurlar ve sentezledikleri antagonist etkiye sahip metabolitlerle birbirlerinin üremelerini kontrol altında tutarlar. Vücudun çeşitli sistemlerinde (sindirim, solunum, urogenital) ve diğer bölgelerin de (oral ve deri de) bulunan yerleşik mikroflora aynı zamanda karşılıklı bir ortak yaşam içinde de bulunurlar. 05. Mekanik Faktörler 05.01. Çalkalamanın Etkisi Bu faktörler laboratuvarlarda mikroorganizmaların, özellikle, hareketsiz olanlarının veya zayıf üreme gösterenlerin üremelerini ajite etmek ve bulunduğu ortamlardan daha elverişli yerlere ulaşmasını sağlamak amacı ile uygulanmaktadır. Laboratuvarlarda kültürlerin çalkalanması genellikle çok hafif olmakta (dakikada 10-20 devir) ve üreme üzerine olumlu etkide bulunmaktadır. Eğer çalkalama çok hızlı veya sert olursa mikroorganizmalarda ölümler meydana gelebilir. 05.02. Filtrasyon Sıvı kültürlerde, sıvı besiyerinde, patolojik sıvılarda, serumlardaki, bakterileri ve partikülleri gidermede filtrelerden fazla yararlanılır. Bu amaçla, bakterileri tutan ve delik çapları belli olan özel filtreler kullanılır. Bakteri geçirmeyen filtrelerin delik çapı 1 mikrometreyi (µm) aşmamalıdır. Bakteri alıkoyan filtreler yapısını oluşturan maddelere göre başlıca 5 kısma ayrılırlar. 1- Seitz filtreleri: Bu tür filtreler asbestden yapılmış diskler halindedirler. Delik çaplarına göre birçok türleri vardır. Bakterileri tutan EK (entkeimung) ve sıvıları berraklaştıran (K) gibi fitrelerden mikrobiyoloji laboratuvarında, gereğine göre, önce (K) sonra da (EK) tipleri kullanılabilir. Seitz filtreleri komple olarak etrafı gümüşle kaplı veya paslanmaz çelikten yapılmış özel metal parçadan ve bir de metal elekten oluşur. Otoklavda sterilize edildikten sonra kullanılır. Asbest filtre de bu metal parçalardaki elek üzerine monte edilir. Seitz filtrelerin sıvıları absorbe özelliği yanı sıra bazı toksik maddeleri de sıvıya verme durumları da vardır. Bu nedenle, filtrasyondan önce, filtreden steril distile su geçirilerek yıkanır ve olumsuz etkileri giderilir. Sonra, bu süzüntü çekilerek alınır ve sonra süzülmek istenen sıvı süzülür. Kullanıldıktan sonra asbest diskler atılır. Seitz filtrelerinin çok eski bir tarihi olmasına karşın bu günde hala kullanan yerler vardır. 2- Berkefeld filtreleri: Bu tür filtreler fosil diatome toprağından yapılmıştır. Sıvıları emme kabiliyeti fazladır. Delik çapları çok değişik olarak imal edilir. Başlıca 3 tür porositeye sahiptir, kaba (V), normal (N) ve ince (W). Bu nedenle, en çok (W) tipi kullanılır ve bu mikropları geçirmez. Bu tür filtreler kullanmadan önce sterilize edilirler. Kullanıldıktan sonra çok ince fırça ile temizlenir ve suda kaynatılırlar. Sonra, dıştan içeri su geçirmek suretiyle temizlenirler. Filtreler, kurutulur ve tekrar sterilize edilerek kullanılırlar. Eğer organik madde ile tıkanıklık, meydana gelmişse filtre fırında yakılarak bu tıkanıklık giderilir. Tarihsel değeri vardır. Bugün kullanılmamaktadır. 3- Chamberland filtreleri: Bu filtre türü sırsız porselenden yapılmıştır ve çeşitli porositeye sahiptir. Bu özelliğine göre L1a, L2 ve L3 tipleri, Berkefeld filtrelerinin (V) (N) ve (W) bujilerinin eşdeğerdedir. Kullanıldıktan sonra temizlenir, kurutulur ve otoklavda sterilize edilir. Tarihsel değeri vardır. 4- Cam tozu filtreleri: Cam tozlarının bir araya getirilip birleştirilmesinden oluşan cam filtreler de porositelerine göre E (çok kaba), C (kaba), M (orta) F (ince), UF (çok ince) olarak yapılmıştır. Laboratuvarlarda çeşitli amaçlar için kullanılır. Ancak, özel bir filtrasyon aparatına monte edilerek otoklavda sterilize edilirler. Kullanıldıktan sonra akan su ile ters yönde yıkanır. Lüzum halinde, KNO3 ihtiva eden sıcak H2SO4 solusyonu, filtreyi temizlemek için kullanılır. Sülfirik asit + bikromat karışımı kullanılmaz. Bugün çok nadiren kullanılmaktadır. 5- Sellüloz membran filtreler: Başlıca iki tür sellüloz membran filtre vardır. Biri eski tip olan sellüloz nitrat (gradokol membran) diğeri de yeni veya modern tip olan sellüloz asetat filtreleridir. Gradokol membranlar, çeşitli porositede (3 nm-10 nm) yapılabilir. Genellikle virusların büyüklüğünü ölçmede kullanılırlar. Milipor filtreler de aynı şekilde delik çapları değişik büyüklükte (8µm-0.01 µ) hazırlanmaktadırlar. Sellüloz asetat filtreler de iki tabaka vardır. Basal tabakada 3-5 µm ve üst tabakada 0.1-1.0 µm çapında porosite bulunur. Bu nedenle bakteriler üst tabakada tutulurlar. Otoklava (121 °C.) 35-45 dakika dayanabilirler. Filtre disklerinin çapları 1.7-14 cm kadar olabilir. Özel metal veya cam tutucularda muhafaza edilirler. Sellüloz filtrelerin, absorbsiyon kabiliyetinin daha az olması nedeniyle, Seitz filtrelerine tercih edilirler. Ayrıca daha hızlı süzme kapasitesi de vardır. Bakteri üst yüzeyde tutulduğu için de, bir agarın üzerine yatırılarak ekilebilirler. Filtrasyonda, filtrelerin özelliğine göre, negatif veya pozitif basınç kullanılır. 05.03. Santrifugasyon Normal laboratuvar santrifüjleri ile bir sıvı içindeki mikropları gidermek pratik olarak mümkün değildir. Yüksek devirli santrifüjlerle hem bakteriler ve hem de viruslar çökebilirler. Ancak, bu çökme işlemi viruslar ve bakteriler için %100 kabul edilemez. Özellikle, sıvı içinde fazlaca virus kalabilir. Bu sebeple santrifüj yardımıyla bütün mikroorganizmalar giderilemezler veya sıvı steril hale getirilemez. 05.04. Ezmek Santrifüj yardımıyla çöktürülen mikroplar bir havana veya ezme aletine konur burada ezilerek parçalanabilir. Bu yöntemle de bütün mikroplar ölmezler. 05.05. Basınç Uygulamak Devamlı ve yüksek basınç altında bazı mikroplar ölebilirler. Ancak hepsi ölmez. 05.06. Çalkalamak Mikropların sertçe ve devamlı çalkalanması bazılarının ölümüne neden olabilir. Fakat büyük bir kısmı canlı kalabilir. 05.07. Vibrasyon Suspansiyon halindeki mikroplar ultrasonik vibrasyonlara maruz bırakılırsa ölebilirler. Bu, tam anlamıyla sterilizasyon sağlamaz. Prof. Dr. Mustafa ARDA

http://www.biyologlar.com/bakterilerin-uremelerine-etkili-faktorler-1

Mikroorganizmaların Sınıflandırılması ve İsimlendirilmesi

Mikroorganizmaların Sınıflandırılması ve İsimlendirilmesi

1675 Yılında Anton Van Leewenhoek(layvenhuk)’un mikroskobu keşfiyle, mikroorganizmalar bulunmuştur. Mikroorganizmalar ancak bu keşiften sonra incelenmeye başlanabilmiştir.

http://www.biyologlar.com/mikroorganizmalarin-siniflandirilmasi-ve-isimlendirilmesi

Gıda biyoteknolojisi nedir

Gıda biyoteknolojisi mikroorganizma, bitki ve hayvanlar gibi canlı organizmaların, bu organizmalardan izole edilen metabolitlerin (örneğin enzimler) yeni gıda ürünleri ve katkı maddeleri eldesinde kullanımları; gıda işleme tekniklerinin geliştirilmesi, gıdalarda genetik modifikasyon uygulamaları ve gıda güvenliği açısından irdelenmesi, hızlı gıda analiz teknikleri konularını kapsamaktadır. Günümüzde canlı sistemlerin temel kontrol mekanizması ve süreklilikleri için bilgi taşıyıcı molekül olan DNA’nın tanımlanması ve molekül üzerinde değişiklik yapılmasını sağlayan yeni tekniklerin kullanılması, mikroorganizmaların kontrollü koşullarda ve istenilen amaca uygun olarak üretimlerini sağlayan mikrobiyolojik ve biyokimyasal tekniklerdeki gelişmeler sayesinde biyoteknolojik uygulamalar yaygın olarak kullanılmaktadır. Gıdalar uygun koşullarda üretilmedikleri takdirde içerdikleri besin elementleri mikrobiyal gelişmeyi teşvik ederek gıda kaynaklı hastalıklara ve gıda bozulmalarına neden olmaktadır. Günümüzde gıda kaynaklı hastalık ve zehirlenmelerde mikroorganizmalrın ilk sıralarda yer aldıkları belirtilmektedir. Öte yandan mikroorganizmalar doğada çok yararlı roller de üstlenmişlerdir. Kompleks organik maddelerin parçalanmasında rol oynayarak toprağa tekrar besin elementi olrak dönüşümlerini sağladıkları gibi, ekmek, yoğurt, peynir vb. fermente gıdalar, alkollü içecekler ile çeşitli gıda katkıları, protein, yağ ve probiyotik ürün eldesinde de kullanılmaktadır. Bunların yanında genetik modifikasyon uygulamalarında da mikroorganizmalardan yararlanılmaktadır. Gıdalarda bulunan başlıca mikroorganizma grupları bakteriler, mayalar, küfler ve virüslerdir. Bunların dışında bazı algler, protozoerler ve makro parazitler de gıda mikrobiyolojisinin inceleme alanı içinde yer alan diğer organizma gruplardır. Virüsler, bazı bakteriler, protozoerler ve makro parazitler gıda kaynaklı hastalık etkenleridir. Küfler üzerinde geliştikleri gıdalarda ürettikleri mikotoksinlerle, algler ise su ürünleri kanalıyla dolaylı olarak gıda güvenliğini etkilemektedirler. Bakteri, maya ve küfler aynı zamanda gıda bozulma etkenleridir. Öte yandan, bazı bakteri, küf, maya, alg türlerinden çeşitli gıdaların, gıda katkılarının, sağlıklı beslenme ürünlerinin eldesinde yararlanılmaktadır. Bakteriler Tek hücreli mikroorganizmalar olan bakteriler, yuvarlak (koklar: “cocci”), çubuk şeklinde (basil. “bacilli”) veya virgül (vibrion: “vibrio”) şeklinde olup, uzunlukları 2-10 µm, çapları 0,5-2,5 µm arasında değişmektedir.bazı bakteriler sahip oldukları “flagellum”lar (flagella) nedeni ile hareket yeteneğine sahiptirler. Bakteriler gram-boyama reaksiyonlarına göre de Gr(+) ve Gr(-) olmak üzere iki grup altında incelenmektedirler. Mikroskopik incelemelerde Gr(+)’ler koyu mor, Gr(-)’ler açık pembe renklerde görünürler. Gıda mikrobiyolojisinde önemli olan bakteri grupları aşağıdaki çizelgede verilmiştir. Koklar şekil olarak yuvarlak ve homojen büyüklüklerde iken, üremenin başlangıcında genellikle biraz oval görünebilirler. Bölünmeyi takiben tek tek bulunabilecekleri (mikrokoklar), ikili hücreler halinde (diplokok), zincir şeklinde (streptokok), düzensiz ve üzüm salkımı gibi (stafilakok) veya paket biçiminde (sarsina) de bulunabilirler. Mikrokoklar patojen değildirler, ancak gıda bozulmalrına neden olurlar; düşük su aktivitesi ve sıcaklık değişimlerinden nispeten daha az etkilenirler. Gr(+) spor oluşturmayan çubuk şeklindeki bakteriler arasında yer alan laktobasiller gıda endüstrisinde çok önemli rol oynayan bakterilerdir. Öte yanda mikroaerofilik özellikte olmaları nedeniyle vakum ambalajlı ürünlerde bozulma etkeni olan başlıca bakteriler arasında yer alırlar. Spor oluşturan Gr(+) çubuklar aerobik/fakültatif anaerobik bacillus türleri ile obligat anaerobik Clostridium türlerinden oluşurlar. Gıda mikrobiyolojisi açısından önemli diğer bir grup da Gr(-) aerofilik çubuklardır. Yüksek sıcaklık, kurutma, dondurma, düşük pH vb. olumsuz ortam koşullarına Gr(+) çubuklardan daha az dayanıklıdırlar. Mayalar Boyutları bakterilerden daha büyük tek hücreli, ökaryotik mikroorganizmalar olan mayalar, oval, yuvarlak veya silindir şeklindedir. Uzunlukları 10-30 µm, genişlikleri 2-6 µm arasında değişir. Gıdalar açısından önemli maya cinsleri Saccharomyces, Pichia, Rhodotorula, Torulopsis ve Candida dır. Gıda endüstrisinde özellikle ekmek ve alkol üretimi olmak üzere en yaygın kullanılan maya türü Saccharomyces cerevisiae’dır.Mayalardan ekmek, şarap, bira ve diğer alkollü içecekler, etanol, maya ekstraktları, pigmentler, probiyotikler ve çeşitli biyokimyasalların üretiminde yararlanılmaktadır.bakteri ve küflerden farklı olarak gıdalar üzerinde toksik bileşikler oluşturmazlar. Mayalar anaerobik koşullarda karbonhidratları parçalayarak alkol ve CO2 oluşturmaktadırlar (alkol fermentasyonu). Ortamda oksijen mevcudiyetinde ise şekerler daha ileri seviyede parçalanarak CO2 ve suya dönüşürler. Küfler Küfler miselyum olarak adlandırılan yapılardan oluşmuş çok hücreli hareketsiz organizmalardır. Gıda güvenliği ve endüstriyel mikrobiyoloji açısından önemli başlıca küfler Aspergillus, Fusarium,Mucor, Penicillium ve Rhizopus cinsi küflerdir.Küfler gıdalarda oluşturdukları çeşitli olumlu ve olumsuz değişiklikler nedeniyle gıda mikrobiyolojisinde önemli bir yer tutarlar. Düşük pH, su aktivitesi (aw) ve yüksek ozmotik basınca bakterilerden daha dirençlidirler. Küfler ürettikleri bazı enzimlerle protein, yağ ve karbonhidratları küçük moleküllere ayırarak, ortamda yeni bileşikler sentezleyebilmekte, sonuçta lezzet, koku, yapı ve diğer özellikleri ile gıda maddesi olumlu yönde etkilenmektedir. 8örneğin “Roquefort” ve “Camembert” peynirleri). Küfler tarafından üretilen başlıca ürünlere örnek olarak antibiyotikler, sitrik asit başta olmak üzere organik asitler ve enzimler verilebilmektedir. Küflerin gıdalar üzerindeki olumsuz etkileri ise renk bozulmaları, acılık, istenmeyen kokuların oluşumu gibi dıştan gözlenebilen değişimler ile besin elementleri kaybı ve “mikotoksin” olarak adlandırılan toksik metabolitlerin oluşumudur. Mikotoksinlerin canlılar üzerinde alındıkları dozlara bağlı olarak ölümle sonuçlanabilen etkileri olabildiği gibi kanserojen, dermatitik, nörotoksik etkileri de vardır. Küfler toksin etkini özellikle kuruyemiş ve baklagiller üzerinde kanserojen olarak gösterir. Algler Algler tek veya çok hücreli yapılarda olabilen organizmalardır. Genellikle sularda yaşarlar ve gelişmeleri için kompleks organik maddelere gereksinim duymazlar. Alg hücre duvarları selüloz, ksilanlar ve galaktanlar gibi polisakkaritleri içermektedir.Alglerin fotosentez yapmalarına olanak sağlayan klorofil veya benzeri pigmentleri içeren makroskobik formları da vardır. Spirulina, Dunaliella, Chlorella, Scenedesmus başta olamk üzere algler çeşitli sağlık ürünleri ve gıda katkılarının üretiminde kullanılırlar. Toksik algler cins ve türlerine bağlı olarak suda yaşayan bazı canlılara da zarar verebilmektedir. Virüsler Bakteriyofaj olarak da adlandırılan ve doğada yaygın olarak bulunan virüsler, nükleik asitler (DNA veya RNA) ve çeşitli proetinlerden oluşan, ışık mikroskobu ile görülemeyen küçük partiküllerdir. Boyutları 0,02-0,12 µm olan virüsler ancak elektron mikroskobu ile görülebilmektedir. Obligat parazitler olarak tanımlanan virüsler su ve gıdalarla taşınabilmelerine karşın ancak canlı organizmalarda çoğalabilirler. Virüsler gıdalar üzerinde çoğalamazlar, ancak canlılıklarını koruyabilirler. Gıda kaynaklı hastalık etkeni başlıca virüsler hepatit a (sarılık etkeni) ve Norwalk virüsleridir. Diğer fekal kökenli diğer virüsler ise poliovirüsler (çocuk felci etkeni) Echovirus ve Coxsackievirus’tür. Bakteriyel virüsler olarakta adlandırılan bakteriyofajlar ısıya çoğunlukla dayanıklıdırlar. Bu sebeple pastörizasyonda canlı kalabilirler. Protozoerler Çoğunlukla sularda yaşayan tek hücreli hareketli canlılardır. En yaygın örnek amiplerdir. Büyük bir bölümü patojen değildir. Sadece patojen tiplere sebep olabilirler. İnsanlara içme ve kullanma suları ile, hayvansal gıdalar yoluyla bulaşır. Mikroorganizmalar gıda endüstrisinde ve insan sağlığı üzerinde oynadıkları rollere göre 4 gruba ayrılırlar: Patojenler (hastalık yapıcılar): Virüslerin hepsi, bakterilerin bir kısmı bu gruba girer. Bozulma yapan mikroorganizmalar: Mayalar, küfler ve bazı bakteriler Yararlı mikroorganizmalar: Endüstriyel mikrobiyoloji alanında kullanılan mikroorganizmalar İndikatör mikroorganizmalar: Bunların bulunması ürünün hijyenik koşullarda üretilmediğini gösterir.(E.coli).

http://www.biyologlar.com/gida-biyoteknolojisi-nedir

IMViC TESTİ

IMViC TESTİ İsim, içeriğindeki testlerin baş harflerinden oluşmaktadır. I -Indol M -Metil kırmızısı Vi-Voges-Proskauer C -Sitrat Indol Testi Sıvı ve yüksek oranda triptofan içeren buyyon içerisine örneğin ekimi yapılır ve 24 saatlik enkübasyona bırakılır. Enkübasyon süresi sonunda Kovacs ya da Ehrlich ayracından 0,5 ml eklenir. Eğer bakteri besiyerinde bulunan triptofan'ı indol'e dönüştürebilmiş ise tüp üzerinde kırmızı/mor halka oluşacaktır. Bu durumda test sonucu pozitiftir. Eğer iki dakika içerisinde kırmızı/mor renkli halka yerine açık sarı halka gözlenirse test negatif olarak kabul edilir. Metil Kırmızısı (MR) Bakterilerin besiyerindeki glikozu fermente edebilme yetisini gösteren testtir. Eğer bakteriler besiyerinde bulunan glikozu fermente ederek kuvvetli asit oluştururlarsa bu testte de pozitif sonuç elde edilir. Deney için Clark Lubs besiyerine ekim yapılır. 24 saatlik enkübasyon sonucunda Metil Kırmızısı (MR) ayracı eklenir. Kırmızı renk oluşumu pozitif olarak değerlendirilir. Voges-Proskauer (VP) Bu testte amaç, bakterinin glikozu parçalayarak asetoin (acetyl methyl carbinol) oluşturmasını tayin etmektir. Deney için Clark Lubs besiyerine ekim yapılır. 24 saatlik enkübasyon sonrasında alfa naftol ve KOH içeren ayraç eklenir. Deney tüpünde kırmızı/pembe renk oluşumu pozitif olarak değerlendirilir. Sitrat Bakterilerin karbon kaynağı olarak sitrat'ı, azot kaynağı olarak da amonyum tuzlarını kullanabildiğini gösteren testtir. Test için saf kültürden Simons Sitrat besiyerine çizgi ekim yapılır. 24 saatlik enkübasyon sonucunda besiyerinin mavi/lacivert renk alması testin pozitif sonuç verdiğini, yeşil olarak kalması da negatif sonuç verdiğini gösterir. Kullanım Alanı Koliform bakterilerin (Özellikle Enterobacteriaceae ailesinin) cins tanımlanmasında kullanılır. Bu teste yardımcı olmak için ayrıca Ürease Testi de eklenebilir. Bakteri İndol MR VP Sitat Escherichia coli + + - - Proteus vulgaris + + - - Salmonella spp. - + - + Enterobacter aerogenes - - + + Shigella spp. - + - -

http://www.biyologlar.com/imvic-testi

Enterobacteriaceae

Enterobacteriaceae, Salmonella ve Escherichia coli gibi ünlü hastalık etkenlerini de içeren büyük bir bakteri ailesidir. Genetik araştırmalar, bu aileyi, Proteobacteria şubesine koyar. Enterobacteriales takımının içinde yer alan tek familyadır. Bu familyanın içinde enfeksiyon hastalıklarına yol açan zararlı cinslere rastlandığı gibi gıda ve ilaç endüstrilerinde kullanılan yararlı cinsler de vardır. Bazı cinsler organik maddelerin doğada çürümesine yardım eder, bir çoğu ise insan ve diğer hayvanların normal bağırsak florasını oluştururlar. Tanım Enterobakterileri tanimlamak için klasik olarak belirlenmiş yedi kıstas vardır. Ancak yeni taksonomi yöntemleri (ribozomal RNA dizinlerinin karşılaştırılması) ile bakteri sınıfları yeniden düzenlenmiş, bunun sonucu bazı cinsler bu kıstaslara artık uymamaktadır: Gram-negatif özellikli, spor oluşturmayan, çomak şekilli (basil) bakteriler (genelde boyları 1-5 μm civarındadır). Kolay kültürlenme (özel gereksinimlerinin olmaması) Oksidaz negatif (Pleisomonas hariç) ve genelde katalaz positif (Shigella dysenteriae haricinde). Nitrat redüktaz pozitif (nitratı nitrite indirgeyebilme). Seçmeli (fakültatif) anaerob (oksijen varlığında da, yokluğunda da büyüyebilme). Glikoz fermantasyonu yapabilme (gaz üretimi olabilir de, olmayabilir de). Çoğu bütün hücre yüzeyine yayılmış flagellaya sahip olmaları sonucu hareketlidirler, birkaç cins ise hareketsizdir. Bu genellemenin bir istisnası Pleisomonas 'tır, bu cinsteki türlerin kutupsal flagellası vardır. Bu familyayı oluşturan cins ve türleri ayırt etmek için tanımlanmış ayrıntılı kıstaslar vardır, örneğin çeşitli şekerlerin fermente edilebilmesi, kükürtlü bileşiklerin üretilebilmesi, bazı metabolik enzimlerin varlığı (β-galaktosidaz, deaminazlar, dekarboksilazlar, gibi), yapabildiği fermantasyon tipi (karışık asit veya 2,3 bütandiol fermantasyonu) gibi. Bu kıstaslarla bilinmeyen bir bakteri türü belli gruplara yerleştirilerek tam kimliği kesinleştirilebilir. Ancak bu grupları oluşturan türler filojenetik anlamda birbirlerine yakın olmayabilirler, çünkü kullanılan kıstaslar klasik bilimsel sınıflandırmada olduğu gibi, sadece fenotipe dayalıdır. Ekoloji Habitatları Çok yaygındırlar, bazıları sadece doğada, özellikle nemli ortamlarda bulunurlar. Bu cinslerin çoğu hastalık etmeni türler içerir, bunların neden olduğu hastalıkların ciddiyeti bir suştan öbürüne çok farkedebilir. Bazıları bitki hastalıklarına neden olur, bazıları ise hayvan hastalıklarına. Bu bakteriler pek çok ekosistemde bulunabilir: Bazı türler sadece çürümekte olan organik maddeler üzerinde büyürler (saprotroflar). Bunlar nemli ortamlarda, özellikle toprakta, bitkilerin üzerinde, gıda maddelerinde bulunurlar. Bazıları bitkilerde hastalık yaparlar: Erwinia, Pantoea gibi. Türlerin büyük bir çoğunluğu kommensaldirler, insan ve diğer hayvanların bağırsaklarından izole edilebilirler, enterobakter ismi de burdan kaynaklanır. Genelde bir konak hayvanda da doğada da aynı derecede çoğalmakla beraber bazı türler bir ortama daha iyi adapte olmuş olabilirler. Kommensal enterik bakteriler Genelde insan ve hayvanların bağırsaklarında yaşarlar. Ancak, buna ilaveten derinin nemli bölgelerinde, burun boşluğunda ve kadın üreme kanalında da geçici olarak bulunabilirler. Enterik bakteriler bağırsak florasının önemli bir bölümünü oluştururlar. Kolon içinde (çekum ile rektum arasında) sayıları çok yüksektir, gıda artıklarının yıkımına ve bağırsak gazlarının oluşumuna katkıda bulunurlar. Bağırsaklardaki Enterik bakterilerin arasında Escherichia coli türü başta gelir. Aerobik bakterilerin %80'nini oluşturur, dışkıdaki miktarı 108E. coli /gram'dır. Daha düşük sayıda olan diğer türler arasında Proteus ve Klebsiella, daha değişken olarak da Citrobacter, Hafnia, Providencia, Enterobacter cinsleri sayılabilir. Hastalık etmeni enterobakteriler Hastalık yapan enterobakteriler, zorunlu patojenler ve fırsatçı patojenler olarak iki gruba ayrılabilir. Zorunlu patojenler Organizmanın içinde bunların varlığı, sayıları ne kadar olursa olsun anormal sayılır ve genelde bir enfeksiyona yol açarlar. Pislenmiş gıdalarla vücuda giren bu bakteriler bağırsak mukozasına bağlanıp sonra da bağırsak duvarını ötesine geçerek bağırsak sorunlarına yol açarlar. Genelde ağır ishal vakaları olarak kendilerini belli ederler. Bu gruptaki bazı türler: Salmonella typhi, tifoya neden olur. Shigella dysenteriae, bakteriyel dizanterinin etmenidir. Yersinia pestis, vebaya neden olur. Fırsatçı patojenler Fırsatçı patojenler sağlıklı bir konağı hasta edecek bir özellikleri yoktur. Bağışıklık yetersizliği olan bir konakta ise enfeksiyona yol açarlar. Septisemi, solunum yolu, idrar yolu veya abdominal enfeksiyonlara neden olabilirler. Bunlar bağırsağın normal florasını oluşturabilirler. Örneğin Escherichia coli (özellikle kadınlarda), örneğin kronik kabızlık durumunda, idrar yolu enfeksiyonuna yol açabilir. Klebsiella pneumonia da bazen solunum yolu enfeksiyonuna yol açabilir. Saprofit enterobakteriler Saprofit enterobakteriler toprakta, suda bitkilerde ve genelde tüm nemli ortamlarda bulunurlar. Organik maddelerin çürümesine yardım ederler. Bunlarına arasında Proteus türleri (hem saprofit hem kommensal olarak yaşarlar),gram pozitif ve negatifle hiçbir alakaları yoktur yalan söylenmektedirler mikrobiyoloji kıtablarında ayrı başlık altlarındadırlar Cinslerin listesi Alishewanella Alterococcus Aquamonas Aranicola Arsenophonus Azotivirga Candidatus Blochmannia Brenneria Buchnera Budvicia Buttiauxella Cedecea Citrobacter Dickeya Edwardsiella Enterobacter Erwinia, örn. Erwinia amylovora *Escherichia, örn. Escherichia coli Ewingella Grimontella Hafnia Klebsiella, örn. Klebsiella pneumoniae Kluyvera Leclercia Leminorella Moellerella Morganella Obesumbacterium Pantoea Pectobacterium Candidatus Phlomobacter Photorhabdus Plesiomonas, örn. Plesiomonas shigelloides Pragia Proteus, örn. Proteus vulgaris Providencia Rahnella Raoultella Salmonella Samsonia Serratia, Sodalis Tatumella Trabulsiella Wigglesworthia Xenorhabdus Yersinia pestis

http://www.biyologlar.com/enterobacteriaceae-1

Glikoz Fermantasyonu , Mayalanma

Fermantasyon ya da Mayalanma, bir maddenin bakteriler, mantarlar ve diğer mikroorganizmalar aracılığıyla, genellikle ısı vererek ve köpürerek kimyasal olarak çürümesi olayıdır. Fermantasyon anaerobik şartlarda, yani oksidatif fosforilasyon olamadığı durumlarda, glikoliz yoluyla ATP üretimini sağlayan önemli bir biyokimyasal süreçtir. Biyokimyanın fermantasyonla ilgilenen dalı zimolojidir. Fermantasyonda glikoz (veya başka bir bileşik) hidrojenlerini teker teker kaybederek enerji üretimini sağlar. Oksijen olmadığı için bu parçalanma sonucunda ortaya çıkan basit organik bileşikler hücrenin kullanabileceği nihai elektron alıcısı ve hidrojen alıcıları olurlar. Fermantasyonun son adımı (pirüvatın fermantasyon ürünlerine dönüşmesi) enerji üretmese dahi, bu süreç anaerobik bir hücre için önemlidir çünkü glikozun pirüvata dönüşmesi sırasında harcanan nikotinamit adenin dinükleotit'in (NAD+) yenilenmesini sağlar; glikolizin devamı için bu gereklidir. Örneğin alkol fermantasyonunda pirüvattan oluşan asetaldehit, NADH + H+ tarafından etanola dönüşür, bu da hücreden dışarı atılır. Glikozun fermantasyonunda genelde en sık üretilen basit bileşik pirüvat veya ondan türemiş bir veya birkaç bileşiktir: bunlar arasında etanol, laktik asit, hidrojen, bütirik asit ve aseton sayılabilir. Şeker ve amino asitlerin fermantasyonu çeşitli canlılarda görülmekle beraber, bazı ender organizmalar alkanoik asitler, pürinler, pirimidinler ve başka bileşikler de fermente edebilir. Çeşitli fermantasyon tipleri ürettikleri ürünlere göre adlandırılırlar. Fermantasyon terimi biyokimyada oksijen yokluğunda enerji üreten reaksiyonlar için kullanılmasına karşın, gıda sanayisinde daha genel bir anlam taşır, mikroorganizmaların oksijen varlığında yaptığı parçalama reaksiyonlarını da kapsar (sirke fermantasyonu gibi). Biyoteknolojide bu terim daha da genel kullanılır ve büyük tanklarda büyütülen mikroorganizmalara yaptırılan her türlü üretime (proteinler dahil) fermantasyon denir. Glikoz fermantasyonu sırasında pirüvat çeşitli bileşiklere dönüşür: Alkol fermantasyonu pirüvatın alkol ve karbon dioksite dönüşümüdür. Laktik asit fermantasyonu iki tipli olabilir: homolaktik fermantasyon, pirüvattan laktik asit üretimidir; Bakteriler arasında Streptokoklarda (örneğin Streptococcus lactis) ve laktobasillerde (örneğin Lactobacillus casei, L. pentosus) görülür. Kaslar da yeterince oksijen almadıkları zaman laktik asit üreterek kısa süreli olarak enerji üretimini sürdürürler. Glikoz başına 2 ATP üretilir. heterolaktik fermantasyon (veya heterofermantasyon) ise laktik asit ile diğer asit ve alkollerin üretimidir. Örneğin E. coli, fosfoketolaz yoluyla glikozdan laktik asit + etanol + CO2 üretip, bu yolla 1 ATP elde edebilir . Laktik asit fermantasyonunun nihai ürünü laktik asittir. Glikoz fermantasyonu ile yalnızca laktik asit üreten organizmalara homofermantatif denir. Glikozu birden çok nihai ürüne (asetik asit, etanol, formik asit, karbon dioksit gibi) fermante eden organizmalar ise heterofermantatif denir. Bu özelliğe sahip olan Lactobacillus, Leuconostoc ve Microbacterium türleri, Enterobacteriaceae familyasından bakteriler (örneğin Escherichia coli, Salmonella, Shigella ve Proteus türleri), ve zorunlu anerobik Clostridium türleri, fermantasyonla CO2, H2 ve çeşitli asitler (formik, asetik, laktik, süksinik gibi) veya nötür ürünler (etanol, 2,3-butilen glikol, bütanol, aseton, vd.) üretirler. Karışık asit fermantasyonu: Enterobacteriaceae grubunda görülür. Pirüvat'tan asetat ve format, veya pirüvat, suksinik asit ve formik asit meydana gelir ve glikoz başına 3 ATP elde edilir. Düşük pH'de (pH 6'dan küçük) formik asit CO2 + H2'ye dönüşür. Clostridium türleri de karışık asit fermantasyonu yapar butirik asit fermantasyonu: Asidojenik bir bakteri olan Clostridium tyrobutyricum ATCC 25755 başlıca fermantasyon ürünleri olarak bütirat, asetat, CO2 ve H2 meydana getirir. solvent fermantasyonu: Bazı Clostridium türleri şekerleri asetik asit ve bütirik aside dönüştürüp sonra bunlardan aseton ve butanol yaparlar. bütandiol fermantasyonu Erwinia-Enterobacter-Serratia grubunun özelliğidir, son ürün olarak bütandiol oluşur. Propionik asit fermantasyonu Bu fermantasyonda pirüvat oksaloasetik asite dönüşür, bu süksinik asite indirgenir, o da propionik aside dönüşür. Bu süreçte 9 karbondan sadece 1 ATP oluştuğu için bu yolu kullanan bakteriler çok yavaş büyür. Amino asit fermantasyonu (Stickland Fermantasyonu) Bu fermantasyon türü çürüme sırasında olur ve karbonhidrat yokluğunda, proteinden beslenen Clostridium cinsi bakteriler tarafından yapılır. Bazı amino asitler elektron alıcısı, bazıları da elektron vericisi olarak işler ve reaksiyon sonunda çeşitli kötü kokulu ürünler oluşur. Amino asit başına 3 ATP molekülü üretilir.... Enerji üretimi Glikoliz, anaerobik şartlarda ATP'nin tek kaynağıdır. Fermantasyon ürünleri tamamen oksitlenmemiş olduklarından kimyasal enerji barındırırlar. Ancak, oksijenin (veya başka daha yükseltgenmiş elektron alıcılarının) yokluğunda bunlar daha fazla metabolize olamadıklarından hücre için artık üründürler. Bu yüzden fermantasyon yoluyla ATP üretimi, pirüvatın kabon dioksite kadar tamamen yükseltgendiği oksidatif fermantasyona kıyasla daha az verimlidir. Fermantasyonda glikoz başına iki ATP molekülü üretilmesine karşın, aerobik solunumda bu rakam net 38 ATP dir. Enerji randımanı düşük olsa da, oksijen eksikliğinde yaşama olanağı sağladığından dolayı fermantasyon pek çok canlıya bir avantaj sağlar. Tarihçe Fransız kimyageri Louis Pasteur 1857'de fermantasyon etmeninin canlı maya hücreleri olduğunu bulmuştur. 1907 Nobel Kimya Ödülünü kazanan Eduard Buchner, fermantasyonun canlı hücrelere has bir olay olmadığını, maya hücrelerinin parçalanması sonucu elde edilen öz suyun da fermantasyon gücüne sahip olduğunu göstermiştir Buchner'in bu sıvıda fermantasyon kuvvetine sahip etmene "zimaz" adını vermişti. Zimaz'ın aslında tek bir etmen olmadığı, izleyen yıllarda keşfedilen alkol dehidrojenaz, pirüvat dekarboksilaz, heksokinaz, glikoz fosfat izomeraz, pirüvat kinaz, enolaz, fosfofrüktokinaz ve aldolaz gibi enzimleri ortaya çıktı. Danimarka'daki Carlsberg araştırmacılarının bira mayalanması üzerindeki çalışmaları sayesinde hem maya hem de fermantasyon hakkında pek çok bilgi edinildi.

http://www.biyologlar.com/glikoz-fermantasyonu-mayalanma

Mikrobiyolojinin Tarihçesi ve tarihi gelişimi

Ilk Çaglarda Ilk insanlar, hayatin baslangici, doga, dogal olaylar (yagmur, kar, dolu, simsek, yildirim, gök gürültüsü, zelzele, su taskinlari, vs.), ay, dünya, yildizlar, günes, bulasici hastaliklar ve ölüm gibi kavramlar üzerinde fazlaca durmuslar, içinde bulundugu veya yakin iliskide olduklari toplumlarin törelerine göre bazi izahlar ve yorumlar yapmislar ve bunlara inanmislardir. Çözümleyemedikleri konularda, bunlari, insan veya doga üstü kuvvetlere, ilâhlara, cinlere ve seytanlara veya mucizelere baglamislardir. Hastaliklar ve ölümlerin, tanrilar veya insan üstü güçler tarafindan, yeryüzündeki kötü kisilere ceza olarak gönderildigine inanmislar ve bu inançlarini da yüzyillar boyu devam ettirmislerdir. Kötülüklerden ve kötü ruhlardan kurtulmak için, bu insan üstü kuvvetlere tapilmasi, adak verilmesi korku ve saygi duyulmasi ve dua edilmesi, o devirlere ait dinsel kisiler tarafindan siki bir sekilde ögütlenirdi.Bu amaçlari gerçeklestirmek için, özel yerler, tapinaklar yapildigi gibi, tanrilarin gazabindan korunmak için de çesitli hayvanlarin yani sira bazen insanlar da kurban edilirdi. Yapilan arkeolojik kazilarda, kaya tabakalari arasinda bakteri fosillerine benzeyen olusumlara rastlandigi ve bunlarin milyonlarca yil öncesine ait oldugu bildirilmistir. Hatta, kömür tabakalari içinde bakteri fosillerinin bulundugu Renault tarafindan da iddia edilmistir. Permian tabakalarinda rastlanilan dinozorlarin hastalikli kemiklerinin bakteriler tarafindan meydana getirilmis olacagina kuvvetle bakilmaktadir. Dinozorlardan ayri olarak, magara ayilari ve diger hayvanlarin fosillerindeki kemik bozukluklari ve eosen devrine ait üç tirnakli atlarda tesadüf edilen dis çürüklerinin de mikrobial orijinli olabilecekleri ileri sürülmüstür. Milattan Önce 8000-7000 yillari arasinda Mezopotamya bölgesinde yasayan insanlarin hastaliklar, ölümler ve bunlarin nedenleri hakkindaki bilgi ve görüsleri yok denecek kadar azdi. Bunlarin, insan üstü kuvvetler tarafindan olusturulduklarina inaniyorlar, bunlardan korkuyorlar ve bu duygularini da saygi ve tapinma tarzinda gösteriyorlardi. Zamanla, halk, bazi bitki ve hayvanlarin zehirleyici nitelikte olduklarini ve bir kisim bitkilerin de bazi hastaliklara iyi geldigini ögrenmis ve böylece, yenecek veya yenmeyecek, bitki ve meyveleri belirlemisler ve hastaliklarin sagaltiminda kullanilacak olanlari da saptamislardir. Ilkel yasantinin hüküm sürdügü bu dönemde hayata, dogaya ve dogal olaylara insan üstü kuvvetlerin hakim olduguna inanilirdi. Eski Misirlilar döneminde (MÖ. 3400-2450), yagmur sularini toplamak ve lagim sularini akitmak için kanallar, arklar ve borular yapilmistir. Eski krallik devresinde baslayan bu tür çalismalara yeni kralliklar döneminde de (MÖ. 1580-1200) devam edildigine rastlanilmaktadir. Bu tarihlerde bazi saglik kurallarinin konuldugu ve bunlara titizlikle uyuldugu papirüslerden anlasilmaktadir. En eski papirüs olan Kuhn papirüs 'ünde (MÖ. 1900) köpeklerdeki paraziter hastaliklardan ve muhtemelen, sigirlardaki sigir vebasindan bahsedilmektedir. Bunlarin sagaltimi için hayvanlarin kendi hallerine birakilmasi ve tütsü edilmeleri önerilmektedir. Smith papirüs 'ünde (MÖ.1700) yaralarin sagaltiminda taze etin, ve hemorajilerde koterizasyonun kullanilabilecegine dair bilgiler bulunmaktadir. Bu papirus, o devirlere ait bazi önemli tibbi bilgiler de vermektedir. Ebers papirüs 'ünde (MÖ. 1550), hastaliklarin esas nedenlerinin seytanlar oldugu ve hastaliklarin ancak sihir ve dualarla giderilebilecegi belirtilmektedir. Bazi hastaliklarin tedavisinde sinek ve timsah pisliklerinin ve farelerin yararli olacagina da inaniliyordu. Hayat solugunun da sag kulaktan çiktigi zannediliyordu. Heredot 'un eserlerinde, Misirlilarin tuzu antiseptik olarak kullandiklari belirtilmektedir. Elliot Smith tarafindan bulunan ve MÖ. 1000 yilina ait oldugu sanilan mumyalarda spinal tüberkulozise rastlandigi açiklanmistir. Eski Yunanlilar dönemi MÖ. 3400 yillarina kadar uzanmaktadir. Ancak, bu periyoda ait bilgiler pek yeterli degildir. MÖ. 1850-1400 yillarinda bazi saglik kurallarinin konuldugu, ventilasyona dikkat edildigi, ark ve kanallarin açildigi, mabetlerin ve yerlesim yerlerinin kaynak su ve agaçlik yerlerde kurulmasina özen gösterildigi anlasilmaktadir. Tababet ve tedavinin kurucusu veya babasi sayilan Hipokrat (Hippocrates, MÖ. 460-377), halk sagligi ve hastaliklari konusunda 7 cilt kitap yazmis ve bunlarda sitma, lekeli humma, çiçek, veba, sara ve akciger veremine ait bilgilere yer vermistir. Tip alanina deneysel yöntem, gözlem ve arastirma prensiplerini getirmis olan Hipokrat, hastaliklari vücüdun vital sivilarindaki bozukluklara baglamis ve hastaliklari akut, kronik, epidemik ve endemik olarak siniflandirmistir. Ayrica, yaralarin sagaltiminda kaynatilmis su ile irrigasyonu, operatörlerinin ellerini ve tirnaklarini temizlemelerini, yaralarin etrafina bazi ilaçlarin sürülmesi gerektigini de vurgulamistir. Bilgin, hastaliklarin topraktan çikan fena hava ile su, yildiz, rüzgarlarin yönü ve mevsimlerin etkisiyle olustuguna da inanmistir (miasmatik teori). Hipokrat, ayni zamanda, 4 element (ates, hava, su, toprak), 4 kalite (sicak, soguk, nem, kuru) ve vücudun 4 sivisi (kan, mukus, sari safra, siyah safra) üzerinde de bilgiler vermis, bunlari ve birbirleri ile olan iliskilerini açiklayan görüsler getirmistir. Senenin çesitli mevsimlerinde isinin ve nemin degismesinin hastaliklarin çikisinda önemli rol oynadigini da savunmustur. Aristo (Aristoteles, MÖ. 384-322), veba, lepra, verem, trahom ve uyuz hastaliklari ve bunlarin bulasma tarzlari hakkinda bazi açiklayici bilgiler vermistir. Ayrica, temasla bulasmaya da dikkati çekmis ve vebali hastalarin soluk havasinin bulasici oldugunu da belirtmistir. Empedokles (Empedocles, MÖ. 450-?), Sicilya'da batakliklarin kurutulmasinin malaryayi kontrol altina alacagina deginmis ve malarya ile batakliklar arasinda bir iliskinin varligini gözlemistir. Aristofan (Aristophanes, MÖ. 422-385) malarya ve bulasmasi hakkinda bilgiler vermistir. Zamanla, miasmatik görüs ve düsünüs, yerini vücuttaki dogal delikler (porlar) teorisine birakmistir. Bunun taraftarlari arasinda, Eskülap (Esclepiades, MÖ. 124), Temison (Themison, MÖ. 143-23) ve Tesalus, (Thesallus, MS. 60) gibi düsünürler bulunmaktadir. Bu bilginler arasinda da bazi farkli görüslerin olmasina karsin, genelde birlestikleri ortak nokta, vücudun dogal delikleri arasindaki uyumun degismesinin hastalik ve ölümlerin nedeni olacagidir. Galen (Gallenos, MS. 120-200), hastaliklarin nedenleri hakkinda daha ziyade, miasmatik görüse katilmis ve desteklemistir. Bilgin, Hipokrat 'in 4 sivi teorisini kabul etmekte, sivilarin azalmasi veya artmasini hastaliklarin nedeni olarak göstermekteydi. Galen, gözlemlerine göre, sahislari 4 gruba (kanli, flegmatik, safrali ve melankolik) ayirmistir. Galen, ayni zamanda, kan almanin bazi hastaliklarin sagaltimi için yararli olacagini da düsünmüstür. Anadolu'da büyük bir imparatorluk kuran Hititler (Etiler, MÖ. 2000) hastaliklarin ilahi kuvvetler tarafindan olusturulduguna inanirlardi. Romalilar döneminde, su ve lagim kanallarinin yapildigi, temiz gida ve içme suyuna önem verildigi anlasilmaktadir. Eski Ibraniler (MÖ. 1500), Babilliler’in hastaliklarin nedenleri ve ölümler hakkindaki görüslerini, genellikle, benimsemislerdi. Bu dönemde, hastaliklardan korunmak için bazi kurallarin konuldugu ve adli tibba ait de bazi esaslarin saptandigi açiklanmaktadir. Ancak, Ibraniler arasinda, hastaliklarin günahkâr insanlara, ilâhi kuvvetler tarafindan gönderildigi görüsü yaygindi. Liviticus 'un kitabinda, dogumdan sonra kadinlarin çok iyi temizlenmeleri gerektigine, menstrasyon hijyenine, bulasici hastaliklardan korunmaya, temiz olmayan esyalara dokunmamaya, izolasyon ve dezenfeksiyonun bazi hastaliklarin (veba, uyuz, antraks, sara, trahom, verem, frengi) kontrolünde gerekli olduguna dair bazi açiklamalar bulunmaktadir. Bu dönemde, difteri, lepra, gonore ve diare bilinmekteydi. Musa peygamber (MÖ. 1300), zamaninda bazi saglik kurallari konulmussa da, bunlara sonradan uyulmamistir. Bu dönemde, özellikle, gida hijyenine önem verilmis, domuz eti, ölmüs hayvanin eti, deniz kabuklu hayvanlarin eti, kan ve yagin yenmemesi ögütlenmistir. Hindular (MÖ. 1500) döneminde, Sanskrit'ler de, hastaliklarin nedenleri olarak seytanlar, cinler ve büyücüler gösterilmektedir. Büyük kral Asoka (MÖ. 269-232) zamaninda hayvan hastanelerinin kuruldugu ve tarihi yazilarda tedavi ile iliskili bazi bilgilerin bulundugu açiklanmistir. Hindistan ve Seylan'da MS. 368'de, hastanelerin kuruldugu belirtilmektedir. Sustrata (MS. 500) dogal ve doga üstü olarak 120 hastalik bildirilmistir. Bu dönemde, malaryanin sinekler tarafindan bulastirildigi bilinmekte ve farelerin de vebadan öldüklerinde evlerin terk edilmesi geregine dikkat çekilmektedir. Sustrata, bunlarin yanisira, çocuk bakim ve hijyenine ait bilgiler de vermektedir. Sacteya adli sanskritte de insanlari çiçege karsi asilamada kullanilan yöntemler bildirilmektedir. Eski Çin Medeniyeti (MÖ. 3000-2000) döneminde yazilan "Materia Medika" adli kitapta kan dolasimina ait bilgiler verilmekte, dolasimin kanin kontrolünde yapildigi, kanin sürekli ve günde bir defa dolastigi bildirilmektedir. Ayrica, kitapta, akupunktur ve nabiz hakkinda da bazi bilgilere yer verilmistir. Bu dönemde, Çin'de frengi, gonore ve çiçek hastaliklari bilinmekte ve bunlara karsi bazi önlemlerin de alinmakta oldugu belirtilmektedir. Milattan Sonra 2. asirda hashasin agri kesici olarak kullanildigi da zannedilmektedir. Wong Too (MS. 752), insan ve hayvanlarda rastlanilan hastaliklar ve bunlarin sagaltim yöntemlerini "Dis Alemlerin Sirlari" adli eserinde 40 bölümlük bir yazida toplamistir. Konfüçyüs (MÖ. 571-479) döneminde kuduzun tanindigi ve bazi önlemlerin alindigi bilinmektedir. Eski Çin döneminde, hastaliklarin nedeni olarak, erkek ve olumsuz unsur olan Yang ile disi ve olumlu öge olan Yu 'nun arasindaki düzenin bozulmasina baglanmaktadir. Milattan önceki dönemlere ait olan Eski Japonya'da, hastaliklarin ilahi kuvvetler tarafindan insanlara ve hayvanlara gönderildigine inanilir ve bazi saglik kurallarina da dikkat edilirdi. Eski Iran'da, hastaliklarin nedenleri ilahi ve büyüsel kuvvetlere baglanmaktadir.Zerdüst dinini temsil eden Avesta adli kitapta hastaliklara, hekimlere ve saglik kurallarina ait bölümler bulunmaktadir. Iyilik tanrisi olan Ahura Mazda ve karanliklarin ruhu (seytan) Ahirman kabul edilir ve bunlara saygi gösterilir ve dualar edilirdi. Babil döneminde (MÖ. 768-626), saglik kurallarina dikkat edildigi, hastaliklari önlemek ve sagaltmak için bazi ilaçlarin kullanildigi, bu konulara deginen 800'den fazla tabletten anlasilmaktadir. Hastalari tedavide, ayin ve dualar edilir ve büyüler kullanilirdi. Zincir vurmak ve kamçilamak da dahil olmak üzere, insanlarin içindeki seytan ve kötü ruhlari çikarmak ve atmak için 50'ye yakin çare belirtilmekteydi. Hastalanan sahislarin cinlere ve seytanlara yakalanmasi tarzinda düsünülürdü. Bu dönemde, lepranin bilindigi, bulasici oldugu ve hasta kisilerin ayrilmasi gerektigine de inanilirdi. Milattan önceki Türklerde, insan ve hayvanlardaki hastaliklara ve jeolojik ve meteorolojik olaylar ile fena ruhlarin (Erklik) yol açtigina inanilirdi. Iyi ruhlar ise insan ve hayvanlari korurlardi. Ülgen en büyük tanriyi, Erklik de kötülükleri temsil ederdi. Samanlar, kötü ruhlarin yaptiklari fenaliklari ve hastaliklari önlerlerdi. Ruhlara inanma temeli üzerine kurulan Samanizm'de samanlar (ruhlarla iliski kurabilen dinsel kisiler), hastalari iyi etmek için çesitli dualar okur, danslar yapar ve esyalari atesten geçirirlerdi. Müslümanlik döneminde, insan ve hayvan hastaliklari hakkinda bir çok yazilar yazilmis ve gözlemler yapilmistir. Ilk hastanenin Sam'da MS. 707'de kurulmus oldugu açiklanmistir. Bagdat'da yasamis olan Ebubekir Mehmet bin Zekeria El Razi (MS. 854-925), yazdigi "Tip Ansiklopedisi'nde" çiçek ile kizamik hastaliklarini tanimlamis ve bulasici hastaliklarin fermentasyona benzedigini bildirmistir. Buharali Ibni Sina (Avicenna, MS. 980-1038), bulasici hastaliklarin gözle görülmeyen kurtçuklardan ileri geldigini ve korunmak için temizligin önemli oldugunu vurgulamistir. Ayrica, yazdigi kitaplarda, bazi hastaliklari da (plörizi, verem, deri ve zührevi hastaliklar) tanimlamis ve korunmak için de bazi ilaç adlarini vermistir. Abu Marvan Ibn Zuhr (MS. 1094-1162), tip konusunda 6 cilt kitap yazmis ve birçok hastaliklari da (mediastinal tümor, perikarditis, tüberkulozis, uyuz, vs.) tarif etmistir. Ak Semsettin (MS. 1453), kitabinda malaryanin ayni bir bitki tohumu gibi, görülmeyen bir etkeni oldugunu ve vücuda girdikten sonra üredigini açiklamistir. 02. Orta Çagda Orta Çag döneminde de Hipokrat ve Galen'in görüsleri kabul görmüs ve fazlaca taraftar toplamistir. Roger ve Roland (11. ve 12.asirlar arasinda) Salorno'da kurulan ilk bagimsiz medikal okulda çalismislar, kanseri tanimlamislar, paraziter hastaliklarda civali bilesikleri kullanmislar ve irinin yaranin içinde meydana geldigini bildirmislerdir. Orta Çag döneminde, veba, lepra, erisipel, kolera, terleme hastaligi (muhtemelen influenza) ve frengi gibi hastaliklar oldukça fazla yaygindi. Milyondan fazla insanin bu hastaliklardan öldügü açiklanmistir. Venetian Hükümeti, infekte gemileri limanlara sokmamak için bazi karantina önlemleri almis ve bir halk sagligi örgütü kurmustur (1348). Boccacio (1313-1375), yazdigi Dekameron (decameron) adli eserinde, öldürücü ve yaygin olan vebanin bulasmasi hakkinda ayrintili bilgiler vermistir. Bu dönemde, sirke antiseptik olarak tavsiye ediliyordu. 03. Rönesans Döneminde Rönesans Döneminde (1453-1600), bilimde ve özellikle tip alaninda yeni gelismeler meydana gelmistir. Hastaliklarin nedenleri olarak gösterilen ilahi ve insanüstü kuvvetlere inanisa ve miasmatik görüslere karsi çikilmaya baslandi. Deneylere, gözlemlere ve bu tarzdaki arastirmalara önem verildi. Paracelcus (1493-1541), hastaliklari 5 esas nedene (kozmik, gidalardaki zehirler, ay ve yildizlar tarafindan kontrol edilen dogal olaylar, ruh ve seytanlar, ilahi nedenler) baglamistir. Çiçek, tifo, kizamik gibi hastaliklar 1493-1553 yillari arasinda oldukça yaygin ve öldürücü seyretmekteydi. Fracastorius (1478-1553), yayimlandigi kitabinda (1546), bulasici hastaliklarin jermler (Seminaria morbi) tarafindan saglamlara nakledildigi, bulasmada direkt temas, hastalarin esyasi ve havanin önemli oldugu üzerinde durmustur. Böylece, ilk defa jerm teorisi ortaya atilmis ve bulasmada da canli varliklarin (Contagium vivum) rol alabilecegi düsünülmüstür. Fracastorius, ayrica, veba, frengi, tifo ve hayvanlardaki sap hastaligi üzerinde de bazi çalismalar yapmistir. Bir sahisdan digerine geçen hastaliklarin, o sahisda da ayni veya benzer hastalik tablosu olusturdugu, Fracastorius'un gözlemleri arasinda yer almaktadir. Von Plenciz (1762), Fracastorius'un görüslerini benimseyerek, hastaliklarin gözle görülemeyen küçük canlilar araciligi ile bulasabilecegini ileri sürmüstür. 04. Mikroskobun Gelistirilmesi Mikroskoplarin temelini olusturan ilk basit büyütecin Roger Bacon (1214-1294) tarafindan yapildigi ve bazi objelerin incelendigi bilinmektedir. Hollandali bir gözlükçü olan Zacharias Janssen 1590 yilinda, iki mercekten olusan basit bir büyüteç yaparak, bazi objeleri 50x ve 100x büyütebilmistir. Cornelius Drebbel ve Hans'in da, 1590-1610 yillari arasinda benzer tarzda bazi büyütme aletleri gelistirdikleri açiklanmistir. Galileo Galilei (1564-1642), 1610 yilinda, Italya'da, bir tüp içine yerlestirdigi bir seri mercekle, daha fazla büyütme gücü elde etmistir. Kepler, 1611'de, iki mercekten olusan bir büyütme aleti gelistirmistir. Petrus Borellus (1620-1689), yaptigi büyüteçle uzaklari daha iyi görebildigini açiklamistir. Robert Hooke (1635-1703) ve Nehemiah Grew gelistirdikleri büyütme aletleri ile (200x) bazi objeleri ve bitkileri incelediklerini açiklamislardir. Hooke, 1665'de, yayimladigi Micrographia adli eserinde yüksek organizmalarin ve flamentöz mantarlarin mikroskobik görünümlerini çizmis ve bunlar hakkinda bilgiler vermistir. Athanasius Kircher (1602-1680), 32 defa büyütebilen aleti yardimi ile vebali hastalarin kaninda bazi kurtçuklari gördügünü iddia etmistir. Histolojinin kurucusu olarak taninan Italyan bilgin Marcello Malpighi (1628-1694), basit bir mikroskop yardimi ile akciger dokusunu incelemistir. Jan Swanmmerdan 1658'de, alyuvarlari mikroskopla incelemistir. Pierre Borrel (1620-1671), bakterileri görebildigini iddia etmistir. Hollandali bir tüccar ve amatör bir mercek yapimcisi olan Antony van Leeuwenhoek (1632-1723), 200 defadan fazla büyütebilen ve iki metal arasina yerlestirilmis bikonveks mercekten olusan büyütme aleti ile yaptigi çesitli incelemelerde mikroskobik canlilar dünyasini bulmayi basarmistir. Bu nedenle kendisine mikrobiyolojinin kurucusu gözü ile bakilmistir. Yaptigi arastirmalar arasinda, kanal ve ark sularinda protozoa, bir gece bekletilmis yagmur sularinda bakteri, dis kiri, biber dekoksiyonu, mantar,yaprak, salamander kuyruk kan dolasimi, seminal sivi, idrar, gaita, vs., materyaller, esas konusunu olusturmustur. Ilk bakterileri 1676 yilinda görerek, sekil ve hareketlerini izlemis ve sekillerini çizerek bu konuda hazirladigi 200'den fazla mektubunu Londra'daki "Phylosophical Transaction of the Royal Society" ye göndermis ve Ingilizce olarak yayimlanmasi saglanmistir. Bu mektuplarinda, özellikle, dis kiri ve biber infusyonundan yaptigi muayenelerde milyonlarca küçük canliya (hayvanciklara, animaculate) rastladigini da belirtmistir. Arastirici, ayni zamanda, bakterileri yüksek isida tuttugunda veya sirke ile muamele ettiginde öldüklerini de belirtmistir. Huygens, 1684'de, iki mercekli oküleri gelistirmistir. Chester Moor Hall ve John Dalland, 1773'de, birbirlerinden bagimsiz olarak, dispersiyonu düzelten mercekler gelistirdiklerini açiklamislardir. J.N. Lieberkühn, 1739'da, A. van Leeuwenhoek'in mikroskobunu daha da gelistirmistir. Chevalier, 1824'de, mikroskopta birçok mercekleri bir araya getirerek basarili olarak kullanmistir. J.J. Lister, 1830'da, modern mikroskobun prensiplerini koymustur. Ernest Abbe (1840-1905), 1870'de, akromatik objektif ve kondansatörü yapmis ve kullanmistir. A. Abbe ve Carl Zeiss (1816-1866), apokromatik mercek sistemini bulmuslardir. Andrew Ross (1798-1853), 1843'de binoküler mikroskobu yapmistir. J.J. Woodvard, 1883-1884'de, mikroskop yardimi ile fotograf çekmeyi, Heimstadt, Carl Reichert (1851-1922) ve Lehmenn, ilk olarak fluoresans mikroskobu yapmayi basarmislardir. Louis de Broglie elektron mikroskobun esasini bulmustur. Max Knoll ve Ernst Ruska ilk elektron mikroskubu yapmislardir (1933). 05. Spontan Generasyon Teorisi (Abiyogenezis) Uzun yillar, canlilarin kendiliginden meydana geldikleri görüsü, oldukça fazla bir taraftar bulmustu. Bunlara göre, canlilar, çamurdan, dekompoze organik materyallerden, sicak sulardan ve benzer karakterleri gösteren durumlardan orijin almaktadir. Van Helmont (1477-1544), farelerin meydana gelebilmesi için, toprak içeren bir tülbent içine bugday ve biraz da peynir konulduktan sonra ahir veya benzer bir yerde hiç dokunulmadan uygun bir süre bekletilmesinin yeterli olacagini iddia etmistir. Ayrica, havada kalmis etlerde kurtçuklarin olusmasi da bu görüs için destek kabul ediliyordu. Francesco Redi (1626-1697), canlilarin bir önceki canlidan gelmekte oldugu görüsünü savunan ve bunu deneysel olarak gösteren ilk bilim adamidir. F. Redi, iki kavanoz içine et ve balik koyduktan sonra birinin agzini sikica baglamis ve digerini açik birakmistir. Deneme sonunda, agzi kapali olan kavanozdaki et ve balikta kurtçuklarin bulunmadigini, buna karsilik açik olanda ise kurtçuklarin varligini göstermistir. Tülbent üzerinde sinek kurtlarinin bulunmasina ragmen içinde olmamasi, kurtçuklarin sinekler tarafindan meydana getirildigi görüsünü de dogrulamistir. Arastirici, ayrica, kurtçuklardan sineklerin meydana gelisini de izlemistir. Böylece, etin belli bir süre içinde kurtçuklara dönüsü veya etin kurtçuk meydan getirmesi görüsü (spontan generasyon) gölgelenmis ve reddedilmistir. Biyolog, sair ve lisanci F. Redi, 105 parazitin tanimini yapmistir. Bu görüsleri nedeniyle kilisenin zulmüne ugramis, odun yiginlari üzerine konulmus ve kanaatini degistirmedigi için de yakilmistir. Louis Joblot (1647-1723), samani iyice kaynattiktan sonra ikiye ayirarak kavanozlara koymus, bunlardan birinin agzini iyice kapatmis digerini ise açik birakmistir. Açik olan kavanozda birkaç gün sonra mikroorganizmalarin üredigini buna karsilik, kapali olanda ise böyle bir seyin olusmadigini gözlemistir. Böylece, L. Joblot, bir kere ve iyice kaynatilarak her türlü canlidan arindirilmis bir ortamda, yeniden bir canlinin olusamadigi ve canlilarin kendiliginden meydana gelemeyecegini ispatlamistir. Bu da, F. Redi gibi, dekompoze hayvan ve bitki materyallerininin kendiliginden bir canli olusturma yetenegine sahip olamayacagi görüsünü benimseyerek, abiyogenezis teorisinin olanaksiz oldugunu kanitlamistir. John Needham (1713-1781), yaptigi denemede, isitilmis ve agzi kapatilmis et suyu içeren bir kavanozda bir süre sonra canlilarin üredigini gözlemis ve benzer durumu isitilmamis ve agzi kapali olan kavanozda da saptamistir. Bu arastirmasina göre, J. Needham, spontan generasyon görüsüne katilmis ve desteklemistir. Buna göre, isitilarak tahrip edilen mikroorganizmalar sonradan yeniden hayatiyet kazanarak kendiliginden olusmuslardir. Hayvansal dokularin "vejetatif veya vital kuvvetleri" olduklarina ve cansiz materyalleri canli hale getirebilecegine de inanmistir. Bu görüs, bir natüralist olan Buffon tarafindan da dogrulanarak kabul görmüstür. Lazzaro Spallanzani (1729-1799), yaptigi bir seri deneme sonunda, J. Needham'in çalismalarini ve görüsünü reddetmis ve isitmanin yeterli derece ve sürede yapilmadigini ileri sürmüstür. L. Spallanzani, isitmanin yeterli derece ve sürede yapildiktan ve agizlarinin, mantar yerine, atesle ve hava girmeyecek derecede kapatilmasi halinde herhangi bir animakulatin meydana gelmeyecegini açiklamistir. Needham, bu görüse karsi olarak, uzun süre kaynatmanin organik maddelerdeki "vejetatif veya vital kuvvetleri" yok edecegini ve spontan jenerasyon için gerekli olan güçleri ortadan kaldiracagini belirtmistir. Buna karsi, Spallanzani verdigi yanitta, ayni süre kaynatilmis et suyu veya saman enfusyonunun agzi açik birakilirsa belli bir süre sonra içinde tekrar animakulatlarin meydana gelecegini belirtmistir. Lavoisier, 1775 yilinda yaptigi denemelerde havada oksijenin varligini saptamis ve bunun yasam için gerekli oldugunu vurgulayarak, spontan jenerasyon teorisinin dogrulugunu iddia etmistir. Arastirici, kaynatmakla siselerin içindeki oksijenin disari çiktigini buna bagli olarak da et suyu veya saman infusyonunda canlilarin olusmadigini da savunmustur. Schulze ve Schwann, Lavoisier'in oksijeni bulmasindan yaklasik 61 yil sonra, yaptiklari bir seri çalismada, eger hava sülfürik asit veya potasyum hidroksit solüsyonundan (Schulze, 1836) veya çok sicak bir cam tüpten (Schwann, 1837) geçirildikten sonra et suyuna veya saman infusyonuna gelirse herhangi bir mikroorganizmanin üremedigini gözlemlemislerdir. Ancak, bu denemeye karsi çikanlar, havanin bu tarz isleme tabi tutulmasinin havadaki hayat jermlerinin asitten veya sicak cam tüpten geçerken tahrip olacaklarini ve böylece abiyogenezis'in olusamayacagini savunmuslardir. Schwann, ayrica oksijenin yalniz olarak, ortamda mikroorganizmalarin olusmalarina veya üremelerine yeterli olamayacagini da açiklamistir. Schröder ve von Dush, 1854 ile 1861 yillari arasinda, Schulze ve Schwann'in arastirmalarina bazi yenilikler ilave etmislerdir. Söyle ki, bunlar havayi asit veya isitilmis tüpten geçirmek yerine, pamuktan geçirerek et suyu veya saman infusyonuna vermisler. Deneme sonunda, ortamda herhangi bir animakulata rastlamadiklarini açiklamislardir. Bu deneme ile , hem pamugun mikroplari tutabilecegini ve hem de asit veya sicak havanin animakulat olusmasina zararli bir etkisi olmadigini da göstermislerdir. Ancak, bazilari, havadaki tozlarda bulunan bazi canlilarin, havanin asit veya alkaliden veya pamuktan geçirilisi sirasinda tutulacagini iddia etmislerdir. Sonralari, pamukta da mikroorganizmalarin bulunabilecegi ortaya konulmustur. John Tyndall (1820-1893), ön tarafinda cam bulunan agaçtan bir kültür kutusu hazirlamis ve iki yan tarafina camdan küçük pencereler yerlestirmis ve tozlari tutmasi için de , kutunun iç yüzü gliserinle sivamistir. Yandaki küçük camdan gönderilen isik (isinlari) yardimi ile kutunun içinde tozlarin bulunmadigi saptanmis ve optikal olarak temiz bulunmustur. Sonra kutu içindeki tüplere pipetle steril besiyerleri konmus ve tüpler alttan isitilarak steril hale getirilmistir. Tüpler içindeki besiyerleri oda sicaklik derecesine kadar ilitildiktan sonra besiyerlerinin steril olarak kaldiklarini gözlemlemistir. Bu denemenin sonucuna göre, toz içermeyen havanin mikropsuz olacagi görüsüne varilmistir. Tyndall, yaptigi bir seri çalismada, mikroorganizmalarin iki formunun olabilecegine dikkati çekmistir. Termolabil (vejetatif formlar) ve termostabil (sporlu mikroorganizmalar). Fraksiyone sterilizasyonla sivilarin mikroorganizmalardan arindirilmasinin mümkün olabilecegini de saptayarak kendi adi ile anilan Tindalizasyon (Tyndallization, fraksiyone sterilizasyon) yöntemini bulmustur. 06. Hastaliklarda Jerm Teorisi Mikroorganizmalarin bulunmasindan sonra, spontan jenerasyon (abiyogenezis) teorisi, yavas yavas yerini, bir canlinin diger canlidan türeyebilecegi (biyogenezis) görüsüne birakmistir. Viyanali bir doktor olan Marcus Antonius von Plenciz, 1792'de, "Hastaliklarda Jerm Teorisi" adi altinda yayimladigi bir eserinde konu üzerinde görüslerini açiklamis ve her hastaligin kendine özgü görülmeyen bir nedeni olduguna dikkati çekmistir. Louis Pasteur (1822-1895), kuduz, tavuk kolerasi ve antraks hastaliklari üzerinde bazi arastirmalar (korunma ve asilama) yapmis ve ayrica sarap ve biranin maya hücreleri tarafindan fermente edildigini de (fermentasyon) saptamistir. Bunlarin yani sira, optimal kosullarin disinda üretilmeye çalisilan mikroorganizmalalar da bazi degismelerin meydana gelebilecegini, özellikle, virülensde olusan varyasyonlarin, asilama ile koruyucu etki göstereceklerini saptamistir. Pasteur, 1879-1880 yillari arasinda, hayvanlardaki antraks hastaligina karsi hazirladigi iki attenüe susla (Pasteur-1 ve -2) bagisiklik elde etmis ve koyunlari bu hastaliktan korumustur. Bu çalismalarin yani sira, 1885'de, kendi yöntemi ile virüs fiksli tavsan omuriligini bir desikatöre uygun bir süre (8-14 gün) koyarak kurutmus ve böylece hazirladigi asi ile korunmanin mümkün olabilecegini ortaya koymustur. Bu konu üzerinde de Paris'te bir konferans vermistir. Fermentasyon üzerindeki çalismalari sonunda da, Pasteur asagidaki esaslari ortaya koymustur: 1) Bira veya sarapta meydana gelen her degisme, bunlari fermente eden veya bozan mikroorganizmalar tarafindan ileri gelmektedir. 2) Fermente eden etkenler, hava, kullanilan alet ve maddelerden gelmektedirler. 3) Bira veya sarap herhangi bir mikroorganizma içermezse, hiç bir degisiklige ugramaz. Pasteur, yaptigi çalismalarin sonucuna göre, kendi adi ile anilan pastörizasyonun esasini da kurmustur. Bir Ingiliz cerrahi olan Joseph Lister (1827-1912), Pasteur 'ün prensiplerini cerrahiye uygulamistir. Operasyonlarda dezenfektan bir maddeye (asit fenik) batirilmis sargilar kullanarak infeksiyonun önüne geçmistir. Böylece, Lister cerrahide, antiseptiklerin önemini ve antisepsinin yerini ortaya koymustur (1852). Schoenlein, 1839'da, deri hastaliklarindan olan favus ve pamukçuk'un mantarlardan ileri geldigini saptamistir. Edwin Klebs (1834-1913), Löffler ile birlikte difteri hastaliginin etkenini izole etmeyi basarmislardir. Bilim adami, bunun yanisira, travmatik infeksiyonlar, malarya ve kursun yaralari üzerinde de bazi faydali çalismalar yapmistir. Hayvanlarda da, deneysel olarak, ilk tüberkulozis lezyonlarini olusturmayi basarmistir. Karl Joseph Eberth (1835-1926), insanlarda tehlikeli bir hastalik olan tifonun etkenini (Eberthella typhosa) bulmustur. Robert Koch (1843-1910), mikroorganizmalari saf üretebilmek için kati besiyerlerini gelistirmis ve karisik kültürlerden saf kültürler elde etmeyi basarmistir. Böylece, bakteriyolojiye yeni teknikler getirmistir. Koch, ayni zamanda, hastaliklar üzerinde de bazi kriterler ortaya koymustur. Bunlar da "Koch postulatlari" olarak bilinmektedir. 1) Hastaliklar spesifik etkenler tarafindan olusturulurlar, 2) Etkenler izole edilmeli ve saf kültürler halinde üretilmelidir, 3) Duyarli saglam deneme hayvanlarina verildiklerinde hastalik olusturabilmeli ve 4) Tekrar saf kültürler halinde üretilebilmelidirler. Bu 4 görüs uzun yillar geçerliligini korumustur. Koch, mikroorganizmalari anilin boyalari ile boyama yöntemlerini de gelistirmis ve bakteriyoloji alaninda uygulanabilir hale getirmistir. Antraks hastaliginin bulasma tarzini ve etkeninin sporlu oldugunu da saptayan Koch, 1882'de, tuberkulozis'in etkenini de izole edebilmis ve sonralari, tuberkulozlu hastalarin teshisinde çok yararlar saglayan bir biyolojik madde olan "Tüberkülin"i de hazirlamistir. Otto Obermeier (1843-1873), 1873' de, Borrelia recurrentis 'i bulmustur. Karl Weigert (1845-1904) bakterileri boyamada anilin boyalarini kullanmistir. B. Bang (1848-1932), sigirlarda yavru atimlarina yol açan hastaligin etkenini (Brucella abortus) bulmustur. Agostino Bassi, 1835' de, ipek böcegi hastaligini açiklamis ve bunun kontak ve gida ile bulastigini göstermistir. George Gaffky (1850-1918), tifonun etkenini (E. typhosa) saf kültürler halinde üretmis ve tifonun etiyolojisini açiklamistir. John Snow, 1839'da, epidemik koleranin sulardan bulastigina dikkati çekmistir. William Welch (1850-1939), 1892'de, gazli kangrenin etkenini (C. welchii) ve Hansen'de 1874'de, lepra hastaliginin etkenini (Hansen basili, M. johnei) tanimlamislardir. Nicolaier, 1885'de, topraktan tetanoz mikrobunu izole etmis ve hastaligi hayvanlarda deneysel olarak meydana getirmistir K. Shige, 1898'de, dizanteri basilini bulmus M.leprae'nin de kültürü üzerinde çalismalar yapmistir. Friedrich Löffler (1852-1915), Koch ile birlikte difteri basilini üretmeye çalismislar ve 1884'de saf kültürler halinde üretebilmislerdir. W. Löffler, 1882'de, domuz erisipel etkenini bulmustur. David Bruce (1855-1931), malta hummasinin, nagana hastaliginin ve uyku hastaliginin etkenlerini bulmus ve uyku hastaliginin çeçe sinegi ile bulastigini da ortaya koymustur. Ronald Ross (1857-1923), 1896'da, Plasmodium malaria 'nin yasam tarzini saptamis ve bunu aydinlatmistir. Theobald Smith (1859-1934), Texas sigir hummasinin kene ile nakledildigini saptamistir. Albert Neisser (1885-1916), insanlarda gonore'nin etkeni olan gonokok'lari bulmustur. Hideye Noguchi (1878-1928), kültür teknikleri ve hayvan zehirleri üzerinde çalismalar yapmistir. Treponema pallidum 'u da saf kültürler halinde üretmistir. 07. Virolojinin Tarihçesi Bakteriler üzerinde yapilan çalismalardan sonra, nedenleri saptanamayan bir çok hastaliklar konusunda da yogun arastirmalar yapilmaya baslanmistir. Bakterileri geçirmeyen filtrelerin bulunmasi, bu yöndeki incelemeleri daha kolay hale getirmistir. Pasteur, Berkefeld ve Chamberland kendi adlari ile taninan ve bakterileri tutan filtreleri yapmayi basarmislardir. Iwanowski, 1892'de, ilk defa tütün mozaik virusunu bulmustur. Yine ayni yillarda, Löffler ve Frosch, sigirlarda önemli hastaliklara yol açan sap virusunun filtreleri geçtigini saptamislardir. Nicolle ve Adil Bey, 1899'da, sigir Vebasi virusunun filtreleri geçebildigini açiklamislardir. Tword, 1915'de, Ingiltere'de ve d'Herelle, 1917'de, Fransa'da bakteriyofajlari bulmuslar ve bunlarin süzgeçleri geçtiklerini göstermislerdir. W. Reed ve ark.1901'de, insanlarda sari humma (Yellow fever) hastaligi etkeninin filtreleri geçtiklerini kanitlamislardir. 08. Immunolojinin Tarihçesi Insan ve hayvanlari hastaliklardan koruma çalismalari çok öncelere kadar uzanmaktadir. Bu yöndeki ilk adimi, bir Ingiliz olan, Edward Jenner (1749-1823) atmistir. Bagisikligin kurucusu olarak tanilan arastirici, sigir çiçegi alan bir sahsin, insan çiçegine karsi bagisik olacagini ve hastalanmayacagini göstermis ve asilama ile immunitenin elde edilebilecegi görüsünü yerlestirmistir. Pasteur de ayni tarzda, hazirladigi birçok asilarla (tavuk kolerasi, koyun antraksi ve kuduza karsi yaptigi asilar) ve bunlarla elde ettigi bagisiklik o devir için çok önemli buluslar arasindadir. Emil Roux ve Alexander Yersen, 1888'de, difteri toksinini bulduktan sonra, Emil Von Behring de difteriye karsi antitoksin elde etmeyi basarmistir. August Von Wassermann (1886-1925), frenginin teshisinde Bordet Gengou, fenomenini uygulamis ve kendi adi ile bilinen Wassermann reaksiyonunu ortaya koymustur. Nuttal, 1888'de, hayvanlarin kaninda B. anthracis için bakterisidal etkiye sahip maddelerin bulundugunu saptamistir. Paul Ehrlich (1854-1916) ve Bordet bagisikligin humoral ve Elie Metschnikoff (1845-1916) da hücresel (fagositoz) yönlerini açiklamis ve bunlarin önemi üzerinde durmuslardir. Jules Bordet (1871-1962) ve Gengou ile birlikte komplement fikzasyon reaksiyonunu bildirmislerdir. Albert Calmette (1868-1933) ve Guerin ile birlikte BCG 'yi hazirlamislardir. H. Durham ve Max Gruber, 1896'da, mikroorganizmalarin spesifik antiserumlar tarafindan aglutine olduklarini göstermislerdir. 09. Mikolojinin Tarihçesi Mantarlarin varliginin taninmasi çok eski zamanlara (Devonian ve Prekambium) kadar uzanmaktadir.Bitkiler üzerinde mantarlarin üredigini ve bazi zararlara neden olduguna ait ilk bilgileri Vedas (MÖ. 1200) vermektedir. Romalilar zamaninda, depolarda saklanan danelerde ve tahillarda mantarlarin üredigini Pliny (MS. 23-79) bildirmektedir. Yine bu dönemlerde, mantarlara ait bazi resimlerin çizildigi, Pompei'deki kazilardan anlasilmaktadir. Loncier, çavdar mahmuzunu (Claviceps purpurae mantarinin sklerotiumu) taniyan ve bunun morfolojik özellikleri hakkinda bilgi veren kisi olarak taninmaktadir (1582). Clusius (1526-1609), mantarlar üzerinde arastirmalar yapmis ve elde ettigi bilgileri 28 sayfalik bir monograf içinde yayimlamistir. Gaspard Bauhin (1560-1624), mantar üzerinde arastirmalar yapmis ve hazirladigi "Pinax Theatri Botanici" adli eserinde 100 kadar mantarin özelliklerini bildirmistir (1623). Marcello Malpighi (1628-1694), Rhizopus, Mucor, Penicillium ve Botrytis gibi bazi mantarlar üzerinde arastirmalar yapmis ve bunlara iliskin özlü bilgiler vermistir (1679). Van Sterbeeck (1630-1693), yenilebilen mantarlarla zehirli olanlar arasinda ayrimlari belirtmeye çalismis ve bu konudaki görüslerini yayimlamistir. Hooke (1635-1703), mantarlar üzerinde birçok arastirmalar yapmis ve bunlari "Micrographia" adli yapitinda resimleyerek Royal Society 'ye sunmustur. Arastirici, özellikle, iki mantar üzerinde (Phragmidium ve Mucor) incelemeler yapmis, bunlarin bitki olduklarina ve bitkilerden orijin aldiklarina inanmistir (1667). Tournefort (1656-1708), çesitli mantarlar ve likenler üzerinde incelemeler yaparak bunlari, morfolojik ve diger karakterlerine dayanarak, 6 gruba (1-Fungus, 2-Boletus, 3-Agaricus, 4-Lycoperdon, 5-Coralloides, 6-Tubira) ayirmis ve "Element de Botanique" adli eserinde yayimlamistir (1694). Sebastian Vaillant (1669-1750), mantarlar üzerinde ayrintili çalismalar yapmis, bazilarini alfabetik olarak klasifiye etmis, önemli gördüklerinin de resimlerini çizmis ve "Botanicon Parisiense" adli kitabinda açiklamistir (1727). Antonio Micheli (1679-1737), mantarlar üzerinde yaptigi inceleme ve arastirmalari grup isimlerinden yararlanarak siniflandirmis (Clavaria, Clathrus, Geaster, Lycoperdon, Phallus, Tuber gibi) ve bunlari "Nova Genera Plantarum" adli eserde yayimlamistir (1729). Arastiricinin, çizdigi resimler ve verdigi bilgilere dayanarak spesifik identifikasyon yapilabilir. Bu eserin çok degerli oldugu ve mantarlarin ayrimlarinda bazi önemli anahtarlari açikladigi bildirilmektedir. Kendisinin yaptigi özel klasifikasyonda bazi büyük mantarlara özel yer vermis ve bunlari Fungi lamellati (Agaricaceae), Fungi porosi (Polyporaceae) ve Fungi romosi (Clavariaceae) diye 3 gruba ayirmistir. Botrys ve Rhizopus gibi bazi mantarlari da saf kültürler halinde üretmistir. Carl Von Linne (Linneaus, 1707-1778), bir botanikçi olan bu arastirici, kendi yaptigi klasifikasyon içinde mantarlari "Species Plantarum" adli yapitinda "Cyrptogamia Fungi" sinifinda toplamis ve Agaricus, Boletus, gibi bazi generik isimler de kullanmistir. (l753). Gleditsch (l7l4-l786), mantarlarin sporlari ve sporulasyon özellikleri üzerinde arastirma ve incelemeler yapmis ve bu karakterlerine göre mantarlari 2 ana bölüme ayirmistir. Builliard, Discomycetes, Pyrenomycetes, Mucorales ve Mycetozoa 'lar üzerinde arastirmalar yapmis ve bulgularini "Champignon de France" de yayimlamistir (l79l). Hendrik Persoon (l76l-l836), mantarlara iliskin incelemelerini, taksonomik bir yapit olan "Synopsis Methodica Fungorum" da toplamistir (l80l). Ayrica kendisinin 3 volum halinde olan, l822 ve l828 yillarinda yayimlanan "Mycologia Europaea" adli çalismalari da vardir. Arastirici, mantarlari 2 sinif, 6 ordo ve 71 genusa ayirarak bir klasifikasyon yapmistir. Schweinitz (l780-l834), Kuzey Amerika'da, North Carolina eyaletinde 3000 ve Pennsylvania'da da l200 mantar toplayarak incelemis ve bunlari "Synopsis Fungorum Carolina Superioris ve Synopsis Fungorum in America Boreali Medico Degantium" adli yayinlarda açiklamistir. Elias Fries (1794-1878), bugünkü mantarlar sistematiginin esasini kurmus ve Isveç'de de mantar klasifikasyonu ile bir fonun kurulmasinda önderlik etmis olan arastirici çalismalarini "Systema Mycologicum" adli eserde toplamistir. Josef Cordo (l809-l849)' nun, mantarlar üzerindeki çalismalarini 6 cilt halinde olan "Icones Fungorum Hucusque Cognitorum" adi altinda yayimlanmistir. Anton de Bary (1831-1888), mantarlarin yasam dönemleri üzerinde incelemeler yaparak bir çok kapali noktalari aydinliga kavusturmustur. Mycetozoa 'nin yasam siklusunu dönemini 1859'da açiklamistir. Harton Peck (1833-1917) de 2500 tür mantar üzerinde çalismistir. Andrea Saccardo (1845-1920), mantarlar üzerinde 1880 yilina kadar yapilmis inceleme ve arastirmalari, 25 cilt halinde olan ve ilki 1882'de yayimlanan "Sylloge Fungorum" adli eserde toplamistir. Son cilt, ölümünden sonra 1931'de yayimlanmistir. Bu çalismalarda, 80.000 mantar türü bildirilmistir. Tulasne'nin güzel resimlerle süslenmis olan "Selecta Fungorum Carpologia" adli eseri 1861-1865 yillari arasinda ve 3 cilt halinde basilmistir. Bunlardan sonra bir çok arastirici, mantarlar üzerinde çok degerli çalismalar yapmis ve bunlari siniflandirmaya çalismislardir. Patouillard, Quelet, Cooke (1871-1883), Massee (1892-1895), Bresadola (1927-1932), ayrica, Engler, Prantl, Rabenhorst, Sydows, Oudemans, Seymour, gibi arastiricilar da mantarlar üzerinde inceleme ve çalismalar yapmislardir. Mantarlar, bitkilerde oldugu gibi, insan ve hayvanlarda da çesitli hastaliklara (mycoses) neden olurlar. Mantarlarin bitkilerde hastalik olusturduguna dair birçok yayinlar vardir (Fontana (1767), Prevot (1807), Berkeley (1832), Kühn (1858), de Bary (1866), Hartig (1874), Woronin (1878), Whetzel (1918). Lafar, mayalarin endüstride kullanilmalari hakkinda, "Technische Mykologie (1904)" adli yayinda bilgi vermistir. Baliklarda (sazanlarda) Saprolegnia türü mantarlardan ileri gelen infeksiyonlar hakkindaki bilgilere, 1748 yilinda yayimlanan "Transactions of the Royal Society" adli bilimsel dergide rastlanmaktadir. Richard Owen (1804-1892), Avian Aspergillosis üzerinde çalismalar yapmis ve bulgularini nesretmistir (1832). Agostina Bassi (1773-1856), ipek böceklerindeki mantar hastaliklari üzerinde çalismalar yapmis ve bulgularini bir monografta ayrintili olarak açiklamistir (1837). Berg (1806-1887), insanlardaki Candida albicans infeksiyonlari üzerinde arastirmalar yapmis ve bulgularini yayimlamistir. David Gruby (1810-1898), insanlardaki Dermatophyt infeksiyonlari ile ilgilenmis ve bunlara ait bir rapor düzenlemistir. Sabouraud (1864-1938), medikal mikoloji üzerinde çok degerli çalismalar yapmis ve bu konuda da bir kitap yayimlamistir (1910). Bugün mantarlarin çesitli yönlerini (morfolojik, fizyolojik, biyokimyasal özellikleri ve antijenik yapilari, patojeniteleri epidemiyolojileri ve diger karakterleri) açiklayan çok degerli arastirmalar yapilmakta ve henüz kesinlik kazanmamis veya tam olarak bilinmeyen yönleri aydinlatilmaya çalisilmaktadir. 10. Mikrobiyoloji Alaninda Nobel Ödülü Kazanan Bilim Adamlari 1901 Emil Von Behring Difteri antitoksini ve serumlarla sagaltma yöntemleri 1902 Sir Ronald Ross Malarya üzerinde arastirmalar 1905 Robert Koch Verem etkeninin bulunmasi ve verem üzerinde çalismalar, bakteri kültürleri üzerine arastirmalar 1907 C.L.A Laveran Hastalik yapan protozoonlar 1908 Elie Metschnikoff Bagisikligin hücresel yönü ve fagositoz 1908 Paul Ehrlich Humoral bagisiklik 1913 C.Robert Richet Allerji ve anaflaksi 1919 Jules Bordet Bagisiklik ve komplement fikzasyon reaksiyonu 1928 C.J.H. Nicolle Tifüsun naklinde bitlerin rolü 1930 Karl Landsteiner Insan kan guruplari üzerinde arastirmalar 1939 Gerhard Domagk Prontosilin bulunmasi ve antibakteriyel etkisi 1945 Sir Alexander Fleming, E.Boris Chain, Sir H.Walter Florey Penicilinin bulunmasi ve etkileri 1948 P.Hermann Müller DDT’nin bulunmasi. 1951 Max Theiler Yellow fever asisi üzerinde arastirmalar 1952 S.Abraham Waksman Streptomisinin bulunmasi 1954 J.Franklin Enders, Thomas H.Weller, Frederich C.Robbins Poliomiyelit virusu ve diger viruslarin hücre kültürlerinde üretilmeleri. 1958 Joshua Lederberg, George V.Beadle, Edward L.Tatum Mikrop genetigi 1960 Sir F.M.Burnet Transplante dokularin immunolojik kontrolleri. 1965 Andre Lwoff, Jacques Monod, François Jacob RNA’nin bulunmasi. 1966 Charles Huggins, Peyton Rous Kanser ve kanatli sarkomu üzerinde çalismalar 1967 R.Granit, H.R.Hartlin, G.Wald Fotoreseptörlerin fonksiyonlari. 1968 R.W.Holley, H.Gobind, M.W. Nirenberg protein sentezinde genetik kodlarin çalismasi. 1969 M.Delbrück, A.D.Hershey, E.Luria Bakteriyofajlarin hakkinda yayinlar 1970 J.Axelrod. S.Bernard Katz, Ulf von Euler, Earl W.Sutherland AMP’nin metabolizmadaki önemi 1971 E.Sutherland AMP’nin metabolizmadaki önemi 1972 Porter,R.R, Edelman,G.M Immunoglobulinler üzerinde sütrüktürel çalismalar. 1973 K.Von Frisch, K.Lorenz, N.Timbergen Evolusyon ve analoji üzerinde çalismalar 1974 C.de duve, G.E.Palade Hücre anatomisi,sitokrom ve mitokondrialar hakkinda yayinlar 1975 D.Baltimore, R.Dulbeco, H.M. Temin RNA’ya bagli DNA polimerase üzerinde 1976 Baruch Blumberg Serum hepatiti. 1976 Daniel C.Gajdusek Latent virus hastaliklari 1977 Rosalyn Yellow Radio immunoloji üzerinde çalismalar 1977 Andrew Schally, Roger Guillemin Üç ayri hormon serbest birakma faktörleri üzerinde arastirmalar 1978 N.O.Smith, D.Nathans, W. Arber Restriksiyon enzimlerinin bulunmasi ve bunlarin kullanilmasi 1980 B.Benarerraf, G.Snell, J.Dausset Histokompatibilite antijenlerinin bulunmasi 1980 P. Berg, W.Gilbert rekombinant DNA teknolojisinin gelismesi 1980 F.Sanger DNA sekans analizlerinin yapilmasi. 1982 A.Klug Kristalografik elektron mikroskobun gelismesi, virus yapisinin aydinlatilmasi 1984 C.Milstein, G.J.F.Köhler Monoklonal antikorlarin elde edilmesi. 1984 N.K.Jerne Immunolojide teorik çalismalar 1986 E.Ruska Transmisyon elektron mikroskobunun gelismesi 1987 S.Tonegawa antikor çesitliliginin genetik prensipleri. 1988 J.Deisenhofer, R.Huber, H.Michel Bakteri membranlarnda fotosentetik reaksiyon merkezleri. 1988 G.Elion, G.Hitching Kanser, malarya ve viral infeksiyonlarin tedavisinde kullanilan ilaçlarin gelistirilmesi 1989 J.M.Bishop, N.E.Varmus, S.Altman Onkogenlerin bulunmasi 1989 T.R.Cech Katalitik RNA’larin bulunmasi 1990 J.E.Murray Immunsupresif ajan kullanarak transplantasyon 1992 E.H.Fisher, E.G.Krebs Protein kinasenin bulunmasi 1993 R.J.Robets, P.A.Sharp DNA’nin farkli segmentlerindeki genler 1993 K.B.Mullis PCR’nin bulunmasi 1993 M.Smith Site directed mutagenezis Türkiye 'de Mikrobiyolojinin Kurulmasi Yurdumuzda mikrobiyoloji alanindaki ilk çalismalar asi yapmakla baslamis ve buna da çiçek hastaligi ve asi hazirlama çabalari önderlik etmistir. Bu yöndeki aktiviteler, 1840 yilindan sonra giderek gelismis ve çiçek asisi hazirlanarak basari ile kullanilmistir. Pasteur 'ün, Paris Tip Akademisi'nde, 27 Ekim 1885'de verdigi "Isirildiktan Sonra Kuduzdan Korunma" adli bildiri dünyada büyük yankilar yarattiktan ve ayni teblig 31 Ekim 1885'de Istanbul'da yayimlandiktan sonra, kuduz üzerindeki çalismalari yakindan izlemek amaci ile, Osmanli Hükümeti tarafindan, Tibbiye Mektebi Dahiliye Muallimi Dr. Aleksander Zoeros Pasa baskanliginda, Veteriner Hekim Hüseyin Hüsnü ve Zooloji Muallimi Dr. Hüseyin Remzi Beyler 'den olusan üç kisilik bir heyet, Pasteur 'ün yanina Fransa'ya gönderildi (1886). Bu heyetle birlikte, Padisah Abdulhamid, Pasteur 'e verilmek üzere, bir nisan ve laboratuarina yardim için 1000 altin göndermistir. Paris 'de Pasteur 'ün yaninda 6 ay kalan ve kuduz hastaligi asisinin hazirlanmasi ve kullanilmasi konularindaki tüm bilgileri ögrenen heyet, yurda döndükten sonra da bu hastalik üzerindeki "Daül-kelb Ameliyathanesi"nde asi yapimina baslamistir (1887). Vet. Hekim Hüseyin Hüsnü ile Dr. Hüseyin Remzi Beyler de, Pasteur ve Chamberland'in eserini "Mikrob Emrazi Sariye ve Sarboniyenin Vesaili Sirayeti ve Usulü Telkihiyesi" adi altinda tercüme etmisler ve yayimlamislardir (1887). Ayrica, Dr. Remzi Bey, "Kuduz Illeti ve Tedavisi" adli 19 sayfalik bir brosür nesretmistir (1890). Tip Mekteplerinde 1891'de okutulmaya baslanan bakteriyoloji dersi, Veteriner Mekteplerinde ancak 1893'den sonra ve Dr. Rifat Hüsamettin Bey tarafindan okutulmaya baslanmistir. Istanbul 'da 1893 'de, kolera vakalarinin çikmasi üzerine, önleyici tedbirlerin alinmasi ve hastaligin üzerinde gerekli arastirmalarin yapilmasi için, Fransa'dan Dr. Andre Chantemesse getirildi. Istanbul'da 3 ay kadar kalarak kolera konusunda çok olumlu çalismalar yapan bu kisiye, Rutbei Üla ile nisan verildi. Bu arada, Dr. Chantemesse, ülkemizde bir bakteriyoloji laboratuarinin kurulmasi üzerinde israrla durdu ve böyle bir müessese kuruldugunda bunun idaresi için Dr. Maurice Nicolle'i tavsiye etti. Dr. M. Nicolle, 1893'de, Istanbul'a geldi ve Gülhane'de Tibbiye Mektebi civarindaki bir binada çalismaya basladi. Bu laboratuar, sonradan, Bakteriyolojihane-i Osmani olarak adlandirildi ve Dr. Nicolle buranin müdürlügüne atandi. Çalisma konularinin fazla olmasi nedeniyle, bu bina da sonralari dar gelmege basladi. Bu yüzden, Nisantasi 'ndaki Süleyman Pasa konagina nakledildi. Bu yeni binada, bakteriyoloji üzerinde kurslar düzenleyen Dr. Nicolle, doktor kursiyerlerin yani sira çok takdir ettigi Veteriner Dr. Refik Güran'i da seçerek istirak ettirdi. Dr. Maurice Nicolle (1862-1920), Istanbul'da kaldigi 8 sene içinde, laboratuarlari basari ile yürütmüs, çok kiymetli çalismalarda (sigir vebasi, keçi ciger agrisi, sark çibani, P. aeruginosa'nin pigmenti, sigir babesiozu, pnömokok, vaksin virusu) bulunmus ve ülkemizde mikrobiyolojinin yerlesmesi ve gelismesinde büyük katkilari olmustur. Osmanli Imparatorlugu zamaninda bakteriyoloji ve viroloji çalismalari hem insan hekimligine ait çesitli müesseselerde (Telkihhane-i Sahane, Daülkelb Ameliyathanesi, Bakteriyolojihane-i Sahane, Mekteb-i Tibbiye-i Askeriye ve Mektebi Tibbiye-i Mülkiye ve diger laboratuvarlarda) ve hem de Veteriner Hekimlige ait organizasyonlarla (Bakteriyolojihane-i Baytar'i, Baytar Mektebi Alisi, Askeri ve Sivil Baytar Mektepleri, Pendik Bakteriyoloji hanesi ve diger müesseselerde) yürütülmüstür. Dr. M. Nicolle 'den baska, çalismalari ve buluslari ile adlari dünya literatürlerine geçmis çok degerli meslektaslarimiz bulunmaktadir. Bunlardan kisaca bahsetmek yerinde olur. Ahmet Refik Güran (1870-1963), Dr. M. Nicolle ile birlikte 7 sene gibi uzun bir süre çalismis, mikrobiyoloji alaninda birçok degerli çalismalar yapmis ve yayimlamistir. Bakteriyolojihane-i Osmani'de; sularda bulunan kolibasillerin envari, Vebaibakari hastaligi ve serumu, lökosit sayimi, keçi ciger agrisi hastaligi; Baktriyolojihane-i Baytari'de: Barbon asisi, sarbon asisi, sarbon serumu, tavuk kolerasi asisi, kuru serum, kan alma ve vermeye yarayan alet ve periton kanülü yapan Dr. Refik Güran, ayrica ilk Türk peptonunu da yapmayi basarmistir. Yukarida bildirilen çalismalari yani sira, daha birçok önemli incelemeleri ve ihtira berati almis oldugu buluslari da olan Dr. Refik Güran, yurdumuzda bakteriyolojinin kurulmasinda, gelismesinde, bakteriyoloji laboratuar veya enstitülerinin açilmasinda, bakteriyologlarin yetismesinde çok büyük katkilari olmus bir bilim adamimizdir. Adil Mustafa Sehzadebasi (1871-1904), Dr. R. Güran'in çok yakin çalisma arkadaslarindan biridir. Dr. Nicolle ile birlikte ve özellikle sigir vebasi üzerinde yaptiklari arastirmalarla kendilerini dünya literatürlerine geçirmislerdir. Bu iki bilim adami, ilk defa, sigir vebasi etkeninin filtreleri geçtigi ve süzüntünün hastalik yapici nitelikte oldugunu deneysel olarak ispat etmislerdir (1897). Fransa'da Prof. Nocard'in yaninda da çalisarak difteri serumu hazirlayan Dr. Adil Bey, ayrica, malleus ve piroplasmosis üzerinde de degerli arastirmalar yapmistir. Kendisi, sivil ve askeri okullarda da bakteriyoloji ögretmenliginde bulunmustur. Nikolaki Mavridis (Mavraoglu) (1871-1955), Veteriner mikrobiyoloji alaninda çok degerli çalismalar yapmistir. Özellikle, sigir vebasi, keçi ciger agrisi, malleus, tavuk kolerasi, barbon ve diger hayvan hastaliklari üzerinde kiymetli çalismalari vardir. Mavraoglu, Refik Güran ve Adil Sehzadebasi Bey 'lerin çok yakin çalisma arkadaslaridir. Osman Nuri Eralp (1876-1940), bakteriyoloji ve viroloji üzerinde degerli arastirmalar yapmis bir bilim adamidir. Çalismalarini, özellikle, tüberküloz, tüberkülin, sarbon, sigir vebasi, kolera, gonokok, frengi, sütte yasayan ve sütle bulasan mikroorganizmalar ve diger konular kapsamaktadir. Riza Ismail Sezginer (1884-1963), Baytar Yüksek Mektebinde salgin hastaliklar, bakteriyoloji ve gida kontrolü dersleri vermis, Istanbul mezbahasinin kurulmasinda önemli rol oynamis ve bunun laboratuvar sefi olmus ve ayrica kiymetli çalismalar yapmis olan bir bakteriyologumuzdur. Ahmet Sefik Kolayli (1886-1976), sigir vebasi virusunun insanlarda hastalik olusturmadigini, sigir vebasina tutulan hayvanlarin kesilerek etlerinin askerlere yedirilebilecegini, böyle etleri yiyenlerde hastalik görülmesi halinde kendisinin kursuna dizilmesini isteyen ve bu cesareti gösteren degerli bir bilim adamidir. Çatalca'da bulunan aç ve gidasiz askerlerin bu etleri yemesinden sonra Edirne sehri düsmandan bu askerler sayesinde kurtarilmistir. Sefik Kolayli Bey özellikle, sigir vebasina karsi serum hazirlamis ve böyle müesseselerde bulunmustur. Ayrica, tüberkülin, mallein, tavuk kolerasi ve barbon asilari da hazirlamis, sigir vebasi, antraksin teshisi, çiçek asisi, keçilerin bulasici salgin ciger agrisi üzerinde de çalismistir. Yukarida adlari bildirilen bilim adamlarinin disinda, kendilerini bu ise adamis daha birçok kiymetli bakteriyologlarimiz bulunmaktadir. Bunlar arasinda, Cafer Fahri Dikmen, Josef, Ahmet Hamdi, Ethem Eren, Mustafa Hilmi, Ibrahim Erses ve digerleri sayilabilir. Baslangiçta, hayvan hastaliklarina karsi hazirlanan asi ve serumlar ile insan hastaliklarini ilgilendiren biyolojik maddeler ayni bina içinde yapildigindan, Veterinerler ile Doktorlar birlikte çalismaktaydilar. Sonra is hacminin ve eleman miktarinin artmasi üzerine laboratuarlar birbirlerinden ayrilmak zorunda kalmistir. Bakteriyoloji ve viroloji alaninda, Osmanli Imparatorlugu zamaninda, çalismis, degerli arastirmalar ve yayinlar yapmis birçok doktorlar da bulunmaktadir. Bunlar arasinda, Hüseyin Remzi, Rifat Hüsamettin Pasa, Hasan Zühtü, Kemal Muhtar, Sait Cemal, Aleksandr Zoeros Pasa, Ahmet Sadi, Cemalettin Muhtar, Riza Arif ve digerleri. Bu kisilerin de ayni sekilde, yurdumuzda mikrobiyolojinin gelismesinde ve yerlesmesinde önemli katkilari olmustur. Prof. Dr. Mustafa Arda Kaynak : Temel Mikrobiyoloji

http://www.biyologlar.com/mikrobiyolojinin-tarihcesi-ve-tarihi-gelisimi

Suda Biyolojik parametri tespiti

İçme ve kullanma suyunun güvenirliği belirlemek için, atıksuların işlendikten sonra çevreye bırakılmadan önce, standartları sağlayıp sağlamadığını kontrol etmek için bakteriyolojik testler yapılır. Sularda bulunabilecek tek veya çok hücreli patojen organizmaların miktarı bu testler ile belirlenir. En çok rastlanan patojen türleri koli basili ve streptokoktur. Koliformlar üniversal indikatör organizmalardır. Ancak koliformların varlığı patojenlerin mutlak varlığını göstermez. Şayet ortamda çok sayıda koliform varsa, suyun sıcak kanlı canlıların dışkıları ile yeni kirletilmiş olduğu anlaşılır ve bu nedenle su, patojen organizmalar içerebilir. Koliformların ölçümünde üç yöntem vardır. En basit test, steril özel bir filtre ile (membran filtre) su örneğinin süzülerek koliformların tutulmasıdır. Bu filtre koliformların gelişmesine uygun agarlı besiyeri içeren plaklara yerleştirilerek inkübe edilir. 24 veya 48 saat sonra beliren parlak siyah noktaların miktarı (koliform kolonileri) sayılır. İkinci yöntem, En Olası Sayı (EOS= MPN (most probable number)) yöntemidir. İstatistiksel olan bu yöntemde 100 ml su örneklerinden değişik hacimlerde kısımlar alınır (10, 1, 0.1., 0.01 ve 0.001 ml) ve her hacimden 5 test tüpü hazırlanır. Üzerlerine laktoz ilave edildikten sonra her tüp içine ters (başaşağı) olacak şekilde birer tane Durham tüpü atılarak ana tüpler 35 °C de kuluçkaya bırakılır. 48 saat sonra gaz çıkışı olan tüplerde laktozun bakteriler tarafından fermente edildiği anlaşılır ve bunlar pozitif olarak işaretlenir. Pozitif sonuçların değişik kombinasyonları için önceden hazırlanmış olan % 95'lik günvenirlilik limitine karşılık gelen EOS veren çizelgeler yardımı ile bakteri derişimi bulunur. Üçüncü yöntem ise, klasik varlık-yokluk testi olup hazırlanan besi yerine uygun seyreltmeler yapılarak ekim yapılır ve inkübasyon sonucu örnekte vardır veya yoktur denir. Seyreltme oranları bilindiği taktirde ve uygun besi yerinde miktar tahmini de yapılabilir.

http://www.biyologlar.com/suda-biyolojik-parametri-tespiti

Mikrobiyoloji’nin Tarihçesi

Mikrobiyoloji’nin Tarihçesi

Mikrobiyolojinin konusunu oluşturan canlıların bitkiler ve hayvanlar ortaya çıkmadan milyarlarca yıl önce yeryüzünde olduğunun kanıtı fosil mikroorganizmalardır.

http://www.biyologlar.com/mikrobiyolojinin-tarihcesi

Bitki Hastalıkları - Fitopatoloji

Bitki Koruma içinde yer alan anabilim dallarından biri olan fitopatoloji, kelime anlamı olarak bitki hastalıkları bilimi olarak ifade edilir. Bitki Koruma; Bitkilerde hastalığa neden olan canlı ve cansız faktörleri, hastalıkların oluşumunu, hastalık etmenleriyle hasta bitkiler arasındaki ilişkileri, bitkileri hastalık etmenlerinden koruma yolları ile bitki hastalıklarının tedavi yöntemlerini araştıran bilim dalıdır. Fitopatoloji, bitki hastalıklarını 5 ana bölümde incelemektedir. 1. Simptomatoloji: Hastalık belirtileri bilimi 2. Etioloji: Hastalık sebepleri bilimi 3. Patoloji: Hastalık oluşumu bilimi 4. Epidemiyoloji: Hastalık salgınları bilimi 5. Hijyen ve Terapi: Bitkileri hastalıklardan koruma ve tedavi yöntemleri 1. Simptomatoloji Cansız ve canlı hastalık etmenlerinin zararlı faaliyetleri sonucu bitki fizyolojisinde ortaya çıkan anormallikler, bitkilerde yapısal bazı değişikliklere neden olmaktadır. Bir bitkide, herhangi bir hastalık etmeninin etkisi sonucu, hastalığın belirli bir döneminde ortaya çıkan ve o hastalık için karakteristik olan belirtilerin tümüne birden "sendrom", sendromu oluşturan belirtilerin her birine ise "semptom" denir. Hastalık etmenleri bitkilerin kök,gövde,yaprak, meyve gibi değişik organlarında gözle görülebilir belirtiler oluşturabildikleri gibi hücre ve dokularda gözle görülemeyen ancak mikroskop altında incelendiğinde fark edilebilen belirtiler de meydana getirebilirler. Hastalıkların teşhisinde yol gösterdiği için önem taşıyan, gözle görülebilen morfolojik simtomlar üç grup altında incelenmektedir; nekrotik, hipoplastik ve hiperplastik semptomlar. 1.1. Nekrotik Simptomlar Protoplastların tahrip olması sonucu hücre veya dokuların ölmesi ile ortaya çıkan koyu renkli ölü alanlara "nekroz" denir. Hücre ölümlerinden hemen önce oluşan sararma, solgunluk ve sulanma gibi belirtilerde bu grup içinde ele alınmaktadır. Nekrotik simptomların başlangıçları şunlardır: Sararma (Kloroz) : Bitkilere yeşil rengini veren klorofil oluşumundan sorumlu kloroplastların tahrip olması sonucu, normalde yeşil renkte olan doku ve organların sarı renk almasıdır. Solgunluk: Bitkilerin transpirasyonla kaybettikleri suyu karşılayamamaları sonucu hücrelerinin turgorunu kaybederek pörsümesidir. Çeşitli sebeplerle bitki bünyesinden aşın su kaybı, iletim demetlerinin tıkanmasıyla su iletiminin aksaması yada topraktan yeterince su alamama gibi durumlarda solgunluk ortaya çıkar. Sulanma (Hidrosis): Çeşitli faktörlerin etkisiyle hastalanan hücrelerden çıkan suyun hücreler arasındaki boşluklara dolması sonucu, dokuların sulumsu şeffaf bir görünüm almasıdır. Bunu çürüklük, lekelenme gibi diğer nekrotik simptomlar izler. Yanıklık : Canlı veya cansız çeşitli hastalık etmenlerinin etkisi sonucu bitki dokularının hızla su kaybederek kurumasıdır. Lekeler: Bitkilerin yaprak, çiçek ve meyve gibi organlarında görülen ve genellikle daha koyu renkte bir sınırla çevrili olan, açık veya koyu renkli belirgin nekrotik alanlardır. Hastalık etmenleri değişik tip ve büyüklükte lekelere neden olabilirler. Bazen küçük lekeler birbirleriyle birleşerek daha büyük lekeler oluşturabilirler. Lekeyi oluşturan ölü doku çatlayıp dağılarak saçma deliği şeklinde delikler meydana gelebilir. Yaprak ve çiçeklerde yüzeysel lekeler oluşurken, dal ve meyvelerdeki lekeler daha çökük tipte olur. Kanser yaraları : Gövde veya köklerdeki kabuk ve korteks dokularında çeşitli etmenlerin etkisi ile oluşan sınırlı nekrozlara kanser yarası denir.Bu nekrotik yara dokusu genellikle kallusla çevrilidir ve bu şekilde etrafındaki sağlıklı dokudan ayrılır. Patojenlerin neden olduğu kanserlerde, patojenin ve yarayı kapatmaya çalışan kallus dokusunun karşılıklı faaliyetleri sonucu iç içe şişkinlikler şeklinde, derin ve açık kanser yaraları oluşur. Çökerten : Genç bitkilerde kök boğazında yani toprak seviyesine yakın gövde kısmında patojenlerin etkisi ile oluşan şiddetli nekroz sonucu bitkilerin aniden solarak kök boğazından kıvrılıp toprağa devrilmesidir. Bu hastalık fideliklerde daha dikkat çekicidir. Fideliğin bazı kısımlarındaki toprakta patojenlerin daha yoğun olarak bulunmaları ve etkinliklerinin fazla olması sonucu bu kısımlarda bulunan bitkilerin topluca devrilip ölmeleriyle fidelikte yer yer boşluklar meydana gelebilmektedir. Çürüklük : Tohum, soğan, yumru, kök, meyve gibi değişik bitki organlarında, dokuların yapılarının bozulması suretiyle dağılmasına "çürüme" denir. Çürüyen doku üzerindeki değişik renklerdeki gelişme ve çürüklüğün sulu yada kuru oluşu bize çürüklüğe neden olan etmenler hakkında fikir verebilir. Bazı meyve hastalıklarında, meyveler çürürken hızla su kaybederek büzüşür ve kururlar, buna "mumyalaşma" denir. Akıntı : Çeşitli nedenlerle zarar görmüş bitki dokularından çıkan sıvılara akıntı denir. Akıntılar, bitki hücre zarlarının erimesiyle hücre öz suyunun akması şeklinde olabildiği gibi bazı bakteriyel hastalıklarda nemli koşullarda yaralardan bakteri hücrelerini içeren sümüksü sıvının akması şeklinde de olabilir. Olumsuz çevre koşullarının neden olduğu fizyolojik bozukluklarda ise şekerli maddeler içeren bir akıntı görülür. Nemli koşullarda bu akıntı üzerinde saprofit fungusların çoğalmasıyla ortaya çıkan siyahlaşmaya ise fumajin denir. Geriye Doğru Ölüm : Çok yıllık bitkilerde sürgünlerde uçtan başlayıp aşağıya doğru gelişen geniş nekrozlar şeklindeki belirtiye denir. 1.2. Hipoplastik Simptomlar Bitki organ ve dokularının tam olarak gelişememesi ve hastalıklı kısımların normalden daha küçük yada açık renkli olmasına hipoplasya denir. Cüceleşme : Bitkilerin normal büyüklüklerine ulaşamaması halidir. Canlı ve cansız birçok etmen bitkilerde cüceleşmeye neden olabilir. Rozetleşme : Bitkilerde boğum aralarının uzayamaması halidir. Yapraklar kısa gövdelerin ucunda çiçek taç yaprakları gibi bir arada oluşurlar. Bu belirtiye kamçılaşma da denir. Durgunluk : Bitki organlarının tam olarak gelişememesi durumudur. Bitkinin çiçek veya meyvelerinin gelişememesi şeklinde belirli bazı organlarda oluşabildiği gibi bitkinin tümünü de etkileyebilir. Beyazlaşma (Albikasyon) : Bitkilerde klorofilin oluşamaması nedeniyle tamamen renksizleşme halidir. Bu durumda normalde yeşil olan renk beyaza döner. Sarılık (Kloroz) : Klorofilin tam olarak oluşamaması nedeniyle ortaya çıkan sararmadır. Etiolasyon : Yeterli miktarda ışık almayan bitkilerde yaprakların normalden küçük, gövdenin ince, uzun ve dokuların klorozlu veya beyazlaşmış olmasıdır. 1.3. Hiperplastik Simptomlar Bitkilerin bazı organlarında yada tamamında boy veya renk bakımından normalin üzerinde bir gelişme yada bitki organlarında şekil değişikliği olması, veya bazı organların zamanından önce gelişmesi hiperplastik simptomları oluşturmaktadır. Bir dokuyu oluşturan hücrelerin sayısındaki anormal artışa "hiperplasya", bunun sonucunda bir organın aşırı gelişmesine ise "hipertrofi" denir. Aşırı Büyüme (Gigantizm) : Hücre, doku yada organların aşırı büyümesidir.Yaprak, meyve veya yumrularda, epidermis ve altındaki dokuların aşırı gelişmesiyle kabarık, pürüzlü, sertleşmiş yapılar oluşur ki bu belirtiye uyuz denir. Hastalık etmenlerinin zararlı etkisiyle, gövde ve köklerde ortaya çıkan aşırı büyüme sonucu oluşan şişkinliklere "ur" veya "gel", yaprak damarları üzerinde oluşan kulak şeklindeki çıkıntılara ise "enasyon" denilmektedir. Anormal Renklenme : Normal olarak klorofil bulunmayan dokularda klorofil oluşumu, klorofil fazlalığı sonucu mavi-yeşil renk oluşumu veya antosiyanin pigmentlerinin fazlalığı nedeni ile kırmızı yada mor renk oluşmasıdır. Bazı Dokuların Zamanından Önce Oluşması : Sürgünlerin normal zamanından önce gelişmesi yada yaprak ve meyve saplarının dip kısımlarındaki süberin dokusunun erken oluşmasıdır, Dokularda Anormal Gelişme : Çiçek organlarının yaprak haline dönüşmesi, olgun bitkilerde fide yaprakları gibi küçük, genç yaprakların gelişmesi yada tohumların normalden farklı bir yerde oluşmasıdır. 2. Etioloji Bitkilerde hastalığa neden olan etmenlerin sınıflandırılmaları, isimlendirilmeleri, yaşayış ve zarar şekilleri ve hayat dönemleri etioloji içinde ele alınmaktadır. Hastalık etmenleri iki grup altında incelenebilir. Olumsuz çevre ve yetiştirme koşullarının ele alındığı cansız hastalık etmenleri ve bitkiler üzerinde yada çevresinde çoğalarak bitki gelişimini sınırlayan canlı hastalık etmenleri, bu iki grubu oluşturmaktadır. Cansız hastalık etmenlerinin neden olduğu hastalıklar geri dönüşümlüdür; yani hastalığa neden olan olumsuz koşul ortadan kaldırıldığında hastalık belirtilerinde gerileme olabilir, bitki yeniden sağlıklı gelişimini sürdürebilir. Ayrıca, bu gruptaki hastalık etmenleri hastalıklı bitkiden sağlıklı bitkiye bulaştırılamaz. Canlı hastalık etmenlerinin yani, bitki patojenlerinin neden olduğu hastalıklarda ise, hastalık sebebi olan patojen ortadan kaldırılsa da bir kez oluşan belirtilerin düzelmesi, bitkinin eski sağlıklı haline dönmesi mümkün değildir. Canlı etmenler çeşitli faktörlerin etkisiyle hastalıklı bitkiden sağlıklı bitkilere kolayca bulaşabilir ve bu suretle hastalık bir bölge içindeki bütün bitkilere yada bir yerden bir yere taşınıp yayılabilir. Bitkilerde hastalık meydana getiren etmenleri şu şekilde sınıflandırılabilir; A- Cansız hastalık etmenleri; 1. Bitkiler için uygun olmayan sıcaklıklar, 2. Uygun olmayan nispi nem ve yağışlar, 3. Zararlı atmosfer olayları, 4. Işık azlığı veya fazlalığı, 5. Uygun olmayan toprak sıcaklığı, 6. Toprak reaksiyonu, 7. Toprak neminin azlığı veya fazlalığı, 8. Besin maddesi eksiklik veya fazlalıkları, 9. Zararlı endüstriyel atıklar, 10. Hatalı tarımsal uygulamalar, B- Canlı hastalık etmenleri; 1. Funguslar, 2. Bakteriler, 3. Virüsler, 4. Parazit bitkiler ve yabancı otlar. 2.1. Cansız Hastalık Etmenleri Her bitki türünün kendi genetik yapısından kaynaklanan ekolojik istekleri vardır. Çevre faktörlerinden biri yada birkaçı uygun olmadığında bitki fizyolojisinde olumsuz değişiklikler meydana gelir ve hastalık durumu ortaya çıkar. Olumsuz faktörün şiddetine ve süresine bağlı olarak bitkilerde ortaya çıkan hastalık belirtileri bazen hafif olarak görülebilir, koşullar normale döndüğünde bitki sağlıklı gelişimini sürdürebilir, bazen de bitkinin ölümüne neden olabilecek kadar şiddetli olur. - Bitkiler için uygun olmayan sıcaklıklar Bitkilerin büyük bir çoğunluğu 15-30 °C dereceler arasında sağlıklı gelişmelerini sürdürürler. Farklı tür ve yaştaki bitkiler ile, değişik bitki organlarının sıcaklık istekleri ve buna bağlı olarak da ekstrem sıcaklıklardan etkilenmeleri farklılık göstermektedir. Genelde yüksek sıcaklık bitkilerde daha ani ve şiddetli zarar meydana getirmektedir. Fakat doğada bu tip zarar sık görülmez. Yüksek sıcaklıkta bitki fizyolojisinde önemli işlevi olan bazı enzimlerin ve bitki hücrelerindeki proteinlerin yapıları bozulur. Bitki hücrelerinin ani olarak su kaybetmesi sonucu protoplazmanın yapısı bozulur, hücre zarı yırtılır. Ayrıca hücrelerde bazı toksik bileşikler oluşur. Bütün bu etkiler sonucu bitkilerin değişik organlarında solma, kuruma, yanıklık gibi belirtiler ortaya çıkar. - Uygun olmayan nispi nem ve yağışlar Doğada bitkiler için asıl zararlı olan, toprak neminin eksik yada çok fazla oluşudur. Nispi nem o kadar önemli değildir. Fakat, ender de olsa nispi nem eksikliğinin de bitkilerde zararlı etkisi görülebilir. Nispi nem düşüklüğü, yüksek sıcaklık ve rüzgarla birlikte olduğunda, bitkilerde aşırı su kaybı nedeniyle, yaprak uçlarında ve kenarlarında yanıklıklar, genel solgunluk ve meyvelerde pörsüme ortaya çıkar. Saksı bitkilerinde, özellikle kaloriferli evlerde, nispi nemin % 15'e kadar düşmesi sonucu solgunluk, alt yapraklarda yanıklık, yaprak dökümü, çiçeklerde solma ve dökülme olur. Yüksek nispi nem bitkilerde doğrudan ve dolaylı zararlara neden olmaktadır. Nispi nemle birlikte toprak neminin fazla olması sonucu, bitkilerde parankima hücreleri uzayarak "entümesans" denilen çıkıntılar meydana gelir. Bunlar yaprakların alt yüzünde, dallarda, nadiren de çiçek, meyve ve meyve saplarında görülür. Yüksek nispi nemin dolaylı etkisi de fungusların enfeksiyonu için uygun ortam oluşturmasıdır. Bazı funguslar, özellikle mildiyö hastalığı etmenleri, ancak çok yüksek nispi nem koşullarında, yapraklar üzerinde su damlası olduğunda enfeksiyon yapabilirler. Aşırı nem sonucu oluşan sis de fungal hastalıkların gelişimini teşvik eder. Yağmur ise hasada yakın dönemde bitkiler için zararlı olur. Ekinlerin hasadını geciktirir ve tarlada kalan ekinlerde aşırı nemin etkisi ile başaklarda saprofit funguslar gelişir. Meyvelerde ise olgunlaşma döneminde kabuk çatlamaları görülebilir. Şiddetli yağmur ekinlerin yatmasına, bitkilerin yapraklarının yırtılmasına neden olur. Ayrıca hastalık etmenlerinin sporlarının taşınmasını sağlar. Dolu, aynı şekilde bitki dokularında yaralar açar, yaprak, çiçek ve meyveleri tahrip eder. Açılan yaralar patojenlere giriş kapısı olur. Kar ise fazla yağdığı zaman ağaçlar üzerinde ağırlık yaparak ince dalların kırılmasına neden olur. - Zararlı atmosfer olayları Hava hareketlerinin yani rüzgarın dolaylı etkisi, yine hastalık etmenlerinin sporlarını ve yabancı ot tohumlarını uzun mesafelere taşımak şeklindedir. Ayrıca hastalıklı bitkiler rüzgar vasıtasıyla sağlıklı bitkilere temas eder, böylece virüs hastalıkları bitkiden bitkiye mekanik olarak taşınır. Şiddetli rüzgarın zararı daha fazladır. Yaprak, çiçek ve meyve dökümüne, dalların kırılmasına, ekinlerin yatmasına neden olur.Yıldırımlar ise düştükleri alanlarda bulunan bitki örtüsünün yanarak tahrip olmasına neden olurlar. - Işık azlığı veya fazlalığı Bitkilerin gelişmesi için en önemli faktörlerden biri de ışıktır. Işık fazlalığı çok sık görülen bir durum değildir. Ancak yüksek, dağlık yerlerde, bazı bitkilerde zararlı olabilir. U-V ışınlar yeterince süzülemediği için yapraklarda yanıklıklara neden olur. Işık eksikliği daha sık görülen bir durumdur. Yeterli miktarda klorofil oluşamadığı için bitkilerin doğal yeşil rengi kaybolur, açık yeşil, sarı yapraklar oluşur. Bitki gelişimi geriler, boğum araları uzar, gövdeler incelir. Bazen yaprak ve çiçek dökümü olur. Işık azlığı nedeniyle ortaya çıkan bu duruma "etiolasyon" denir. Kapalı havalarda seralarda, sık ekilmiş bitkilerde veya meyve bahçelerinde ağaçlar altında yetiştiricilik yapıldığında bitkiler etiole olabilir. Evde yetiştirilen süs bitkilerinde de zaman zaman bu durum görülebilir. Etiole olmuş bitkiler zayıf geliştikleri için hastalıklara da kolaylıkla yakalanırlar. - Uygun olmayan toprak sıcaklığı Ortam sıcaklığına bağlı olarak toprak sıcaklığı da değişiklik gösterir. Toprak sıcaklığının fazla olması yumrulu bitkilerde, yumruların iç kısmında nekrozlara neden olur. Atmosfer ısısına bağlı olarak toprak ısısının normalin altına düşmesi tohumların çimlenmesini geciktirir. Bu da tohumların daha uzun süre toprak patojenlerinin saldırısına maruz kalmasına neden olur. Toprak içinde bulunan suyun donması da bitki köklerinin sıkışıp yaralanmasına veya ince köklerin kopmasına neden olur. Bu şekilde yaralanmış köklerden sekonder patojenlerin girişi kolaylaşır, bunlar da kök çürüklüğüne neden olurlar. Ayrıca toprak sıcaklığı toprakta bulunan mikroorganizmalar açısından önemlidir. Bunlardan bazıları sıcak topraklarda, bazıları ise nispeten serin topraklarda daha iyi gelişirler. Bunun sonucunda bazılarının popülasyonları artarken, diğerlerininki azalır. Eğer popülasyonu artan mikroorganizmalar bitki patojeni ise bitkilerin aleyhine bir durum ortaya çıkar. - Toprak reaksiyonu Toprakta anyon veya katyon halinde çok sayıda element bulunmaktadır. Bunların farklı bölge topraklarındaki miktarları değişiktir. Elementlerden bazılarının az, bazılarının daha fazla bulunması toprağın asit yada alkali karakterde olmasına neden olur. Bazı bitkiler asit’e, bazıları ise alkaliliğe duyarlıdır. Genellikle 4 ile 8 arasındaki pH aralığında bitkiler iyi gelişirler. Asit topraklarda bazı bitkilerde gelişme yavaşlar. Ayrıca, böyle topraklarda mineral tuzlar yüksek oranda çözündükleri için bitkilere toksik etki yaparlar, yada bitkilerin ihtiyacı olan elementlerin alımını engelliyerek besin noksanlığı belirtilerinin ortaya çıkmasına neden olurlar. Asit topraklarda toksisitesi görülen elementler bor, bakır, mangan, alüminyum ve demirdir. Bakır ve mangan toksisitesi aynı zamanda demirin bitki tarafından alımını önler ve demir noksanlığına neden olur. Sodyum tuzlarının, özellikle sodyum klorür, sodyum sülfat ve sodyum karbonatın toprakta fazla miktarda bulunması ise toprak pH 'sini yükseltir ve alkali zararına neden olur. Şekerpancarı, yonca gibi bitkiler alkali toksisitesine dayanıklı oldukları halde, buğday ve elma gibi bazı bitkiler oldukça duyarlıdırlar. Alkali zararı hassas bitkilerde kloroz, cüceleşme, yaprak yanıklığı, solgunluk ve fide ölümleri şeklinde görülebilir. Toprağın asit yada alkali karakterde oluşu toprakta bulunan patojenler açısından da önem taşır. Bakteriler asit’e oldukça dayanıksızdır, bu nedenle nötr veya hafif alkali toprakları tercih ederler. Funguslardan bazıları, örneğin Pythium türleri alkali topraklarda, Plasmodiophora brassicae gibi bazı funguslar ise asit topraklarda daha iyi gelişirler. - Toprak neminin azlığı veya fazlalığı Toprak nemi yada toprakta bulunan su miktarı ve buna bağlı olarak da toprağın hava kapasitesi bitkiler için hayati önem taşır. Bitkilerin normal olarak gelişebilmesi için toprakta yeterli miktarda su ve havanın olması gerekir. Bu dengenin bozulması, yani toprağın susuz kalması yada çok fazla miktarda su bulunması nedeni ile hava kapasitesinin düşmesi bitkilerde hastalıklara neden olur. Toprakların su tutma durumu toprak yapısı ile de ilgilidir. Ağır, killi topraklar fazla su tuttuğu için kökler yeterince hava alamaz, bitkiler zayıf gelişir ve kök çürüklüğüne neden olan patojenlerin saldırısına karşı koyamaz. Köklerin çürümesiyle bitkinin üst kısmına su iletimi durur. Bu durum bir süre devam ederse bitkiler tamamen solarak ölebilirler. Toprak havasının çok az olduğu koşullarda, anaerobik mikroorganizmaların gelişmesi sonucu nitrit’ler gibi bitkilere toksik olan maddeler oluşur. Bunun yanında, oksijen eksikliğinden zarar gören hücreler seçici geçirgenliklerini kaybederler ve toksik metaller bitki tarafından alınır. Bu nedenlerle bitkilerde solgunluk görülür. Fazla sulanan saksı bitkilerinde de toprak nemi fazlalığı sonucu zarar ortaya çıkabilir. En tipik belirti alt yapraklardan başlayan ani yaprak dökümüdür. Ayrıca yapraklarda sararma olur. Bazı bitkilerde gövdede ve yapraklarda kahverengi veya siyah sulu lekeler meydana gelebilir. Köklerde ise siyahlaşma ve ölüm görülebilir. Rutubetli dönemlerde fazla sulamanın etkisiyle bitkilerde şişkinlikler de görülebilir. Genellikle gövdelerde veya yaprakların alt yüzeyinde damarlar boyunca, yeşilimsi beyaz, daha sonra kahverengileşip mantarımsı bir yapıya dönüşen, büyüyüp çoğalan hücre kitlelerinden oluşan şişkinlikler oluşur. Bunları önlemek için bitkiler düzenli olarak toprak kurudukça azar azar sulanmalıdır. Killi toprakların aksine kumlu topraklar su tutmazlar, hava kapasiteleri yüksektir. Böyle topraklarda veya kayalık, eğimli arazilerde toprak rutubetinin azlığı nedeniyle bazı bitkiler zarar görebilir. Yapraklarda açık yeşil-san renk oluşumu, cüceleşme, yapraklarda küçülme ve azalma, çiçek ve meyve dökümü olur. Kuraklık devam ederse bitkiler ölebilir. Tek yıllık bitkiler kuraklığa daha hassastır. Bununla birlikte çok yıllıklarda da, gelişmede gerileme, yaprak ve filizlerde küçülme, yanıklık, yaprak dökümü, solgunluk ve ölüm görülebilir. Hafif kumlu topraklar nem içeriği açısından çok dengesizdirler. Toprakta suyun bir az, bir fazla olması, sulamanın dengesiz yapılması bitkilerde çeşitli hastalıklara neden olur. Domateslerde çiçek dibi çürüklüğü, salatalıklarda acılaşma, marullarda uç yanıklığı görülür. Yine domateslerde bir süre kurakta kaldıktan sonra olgunlaşma döneminde birden sulanırsa meyvelerde çatlaklar oluşur Elmalarda ise su düzensizliği sonucu acı çürüklük (bitter pit) denilen belirti ortaya çıkar. - Besin maddesi eksiklik veya fazlalıkları Bitkiler normal gelişmelerini sürdürebilmek için bazı elementlere ihtiyaç duyarlar. Azot, fosfor, potasyum, kalsiyum, magnezyum ve kükürt gibi bitkilerin fazlaca kullandığı elementlere makro elementler; demir, bor, mangan, çinko, bakır, molibden ve klor gibi daha az kullanılanlara ise mikro elementler denir. Bu elementlerin toprakta yeterli miktarda bulunmaması bitkilerde besin maddesi noksanlığı hastalıklarına neden olur. Bunların normalden fazla bulunması ise toprak reaksiyonunu nötrden uzaklaştırır ve bitkilere toksik etki yapar. Elementlerin fazlalığında meydana gelen zarar esasen, elementin hücre üzerindeki doğrudan etkisi sonucudur. Bunun yanında bir elementin fazlalığı diğer bir elementin bitki tarafından alımını yada fonksiyonunu engelleyebilir. Böylece bitki element eksikliğinden ötürü de zarar görür. Örneğin, normalden fazla sodyum, bitkilerde kalsiyum eksikliğine yol açmaktadır. Bitkiler için önemli elementler, bunların fonksiyonları ve eksiklik ya da fazlalıklarından ileri gelen hastalıklar şunlardır: Azot: Bitkiler tarafından fazla miktarda kullanılan bir elementtir. Bu nedenle yetiştiricilik sırasında gübre halinde toprağa verilmesi gerekir. Bitkiler azotu genellikle nitrat şeklinde, bazen de amonyak şeklinde alırlar. Bitki hücrelerindeki birçok maddenin içeriğinde; proteinlerde, enzimlerde, klorofilde ve solunum sisteminde bulunmaktadır. Azot noksanlığında bitkiler zayıf ve açık yeşil renkte gelişirler. Bitkiler bodurlaşır, çiçek ve meyve oluşumu azalır. Azot noksanlığı belirtilerini ortadan kaldırmak için toprağa düzenli olarak azotlu gübreleme yapılması gerekir. Rotasyonda baklagillere yer verilmesi topraktan aşırı azot kaybını önler. Gereğinden fazla azot vermek de sakıncalıdır. Bitkiler gevrek ve sert bir yapıda olur, vegetatif gelişme ağırlık kazanır, çiçeklenme ve meyve oluşumu gecikir. Ayrıca bitkiler hastalık ve zararlıların saldırısına hassas hale gelirler. Fosfor: Bitki hücrelerindeki birçok madde içinde; DNA ve RNA 'da, ADP ve ATP içinde enerji mekanizmasında, solunum enzimlerinde, fosfolipitlerde (zarlarda) ve bazı proteinlerin yapısında yer alır. Noksanlığında ortaya çıkan belirtiler azot noksanlığı belirtilerine benzer. Bitkiler yine zayıf, ince gelişir. Yapraklar normal yeşil rengini kaybeder, koyu donuk, mavimsi yeşil bir renk alır, antosiyan birikimi sonucu yer yer mor lekelenmeler görülür. Bazen alt yapraklarda bronzlaşma olabilir. Sürgünler ince, uzun, dik ve dönük gelişir. Fosfor normalden fazla olduğunda ise bitkiler çinkoyu alamaz ve çinko noksanlığı belirtileri görülür. Potasyum: Hücredeki birçok kimyasal reaksiyonda katalizör görevi yapar, enzimleri aktivite eder. Hücre geçirgenliğini, hücredeki iyon dengesini sağlar. Noksanlığında bitkilerde boğumlar arasında kısalma, sürgünlerde incelme, yaşlı yapraklarda kloroz ve uçlarda kahverengileşme, yaprak kenarlarına yakın kısımlarda kahverengi lekeler, etli dokularda uçlarda nekroz görülür. Şiddetli olduğunda geriye doğru ölümle sonuçlanır. Potasyum eksikliği daha çok süzek topraklarda ortaya çıkar. Toprağa potasyumlu gübre verilerek önlenir. Potasyum fazlalığında ise magnezyum noksanlığı ortaya çıkabilir. Magnezyum: Kloroplastlarda klorofilin yapı maddesi olarak, mitokondrilerde ve birçok enzimin yapısında bulunur. Noksanlığında tipik olarak klorofil kaybı sonucu kloroz görülür. Önce yaşlı , sonra genç yapraklarda damarlar arasında kloroz oluşur, yaprak kenarları yeşil kalır. Yaprak uçları ve kenarları yukarı doğru kıvrılıp sonunda yapraklar dökülebilir. Magnezyum noksanlığı genelde kumlu topraklarda ortaya çıkar. Potasyum fazlalığında da magnezyum bitki tarafından almayabilir. Şeker pancarı, patates, domates ve meyveler hassastır. Yaprağa veya toprağa MgS04 halinde birkaç uygulama şeklinde verilebilir. Kalsiyum: Hücre zarlarının geçirgenliğini ayarlar. Birçok enzimin aktivitesiyle de ilgilidir. Noksanlığında özellikle bitkilerin büyüme uçları, sürgünler zarar görür. Genç yapraklarda şekilsizleşme, kenarlarında kıvrılma ve nekroz, kahverengi benekler oluşur. Bitkilerin kök sistemleri de zayıf olur. Ayrıca değişik bitkilerde farklı belirtilere neden olur. Patateslerde uçtan itibaren siyahlaşma, çok sayıda şekilsiz yumru oluşumu, çileklerde uç kısımda yanıklık ve ölüm,elma ve daha birçok meyvede acı çürüklük, marulda uç yanıklığı, kirazlarda ve havuçlarda çatlamalar, bakla gibi büyük daneli baklagillerde tohum bağlamama veya tohumlarda çökme, buruşma, tahıllarda yeni çıkan yaprağın kıvrık kalması, domateslerde çiçek dibi çürüklüğü gibi hastalıklar oluşur. Elma ve domateslerde ışık şiddeti azaltılarak kalsiyum noksanlığı belirtileri azaltılabilir. Bunun dışında toprağa kireç uygulaması da olumlu sonuç verir. Bor: Hücre içindeki fonksiyonu tam olarak bilinmemekle birlikte, şekerlerin taşınması ve hücre duvarı oluşumunda, kalsiyumun kullanılmasıyla ilgili rolü olduğu düşünülmektedir. Noksanlığında uç sürgünlerindeki genç yaprakların dip kısımlarında renk açık yeşile döner, gövde ve yapraklarda şekil bozukluğu olur. Bitkiler bodurlaşır. Meyve, yumru, kök veya gövdelerde yüzey çatlakları yada öz çürüklükleri meydana gelir. Değişik bitkilerde farklı belirtiler ortaya çıkar. Kerevizlerde gövde çatlakları, şeker pancarında öz çürüklüğü, turunçgillerde sert meyve oluşumu, elmalarda rozetleşme, geriye doğru ölüm ve meyvelerinde mantarımsı öz, yoncada sarılık ve tütün, domates, keten ve daha birçok bitkide tepe ölümleri görülür. Eksikliği daha çok kumlu, kireçli topraklarda ortaya çıkmaktadır.Toprağa veya yapraklara boraks uygulaması yapılabilir. Bor, topraklarda gereksinimden beş kat fazla bulunduğunda bitkilere toksik etki yapar. Yapraklarda kloroz ve uçlarda koyu-kahverengi, siyah yanıklık olur. Patates, mısır, turunçgiller, çilek ve şeftali çok duyarlıdır. Kükürt: Bitkilerde bazı amino asitlerin ve ko-enzimlerin yapısında bulunur. Protein sentezinde rolü vardır. Eksikliğinde ortaya çıkan belirtiler azot eksikliği belirtilerine benzer.Tek fark genç yaprakların daha hassas olmasıdır.Yapraklar uçuk yeşil veya açık sarı renkte olur. Gerektiğinde toprağa kükürt verilerek noksanlık giderilebilir. Demir: Klorofil sentezinde katalizör olarak rol alır. Birçok enzimin, özellikle solunum enzimlerinin yapısında bulunur. Noksanlığında tipik olarak genç yapraklarda damarlar arasında kloroz ortaya çıkar, damarlar yeşil kalır. Şiddetli olduğunda damarlar da sararıp yapraklar tamamen kuruyabilir. Bitkilerin gelişmesinde gerileme olur. Demir noksanlığı daha çok kireçli topraklarda görülür. Demirli bileşikler kireç tarafından tutulup bitkinin yararlanamayacağı forma girdikleri için demir noksanlığı ortaya çıkar. Toprakta suyun fazla olması ve köklerin havasız kalmasıyla yada ışığın çok fazla oluşuyla hücre özsuyunun alkali hale gelmesi de demirin bitki tarafından alımını engeller. Alkali topraklarda toprağı asit hale getirmek için bol ahır gübresi kullanılmalı, fazla güneş ışığını önleyecek şekilde budama yapılmalı ve toprağa veya yapraklara demirli preparatlar verilmelidir. Bu amaçla, karaboya (FeS04,1-3 kg / ağaç) yada hazır demirli preparatlardan biri (Sequestrene 138 Fe, % 0.05 -% 1; Fetrilon, %0.1-0.3) kullanılabilir. Çinko: Şekerlerin oksidasyonuyla ilgili enzimlerin yapısında yer alır. Noksanlığında yaprak damarları arasında kloroz görülür. Daha sonra bu yapraklar nekrotikleşir ve morumsu renge dönüşürler. Boğum araları kısalır, yapraklar küçülür, şekilsizleşir, rozetleşme veya kamçılaşma belirtileri ortaya çıkar. Meyve verimi de düşer. Hastalık birkaç yıl devam ederse kamçılaşan sürgün ve dallar kuruyarak ağaç ölüme doğru gidebilir. Ağaçlara durgun dönemde %5'lik (100 litre suya 5 kg), yapraklı dönemde %1'lik çinko sülfat (100 litre suya 1 kg ZnS04 + 0.5 kg sönmemiş kireç) püskürtülerek noksanlık giderilebilir. Bakır: Birçok oksidatif enzimin yapısında yer alır. Noksanlığında bitkilerde değişik belirtiler ortaya çıkar. Tahıllarda genç yaprakların uçlarında kuruma, kenarlarında kloroz meydana gelir. Yapraklar tam olarak açılamaz, kıvrık kalır, solgunluk oluşur. Başaklar normalden kısa ve şekilsiz olur, daneler buruşur. Turunçgillerde, yumuşak ve sert çekirdekli meyve ağaçlarında, yazın sürgünlerde geriye doğru ölüm, yaprak kenarlarında yanıklık, kloroz, rozetleşme gibi belirtiler ortaya çıkar. Sebzeler ise normal gelişme gösteremez. Meyve ağaçlarını paraziter hastalık etmenlerinden korumak için atılan Bordo Bulamacı (CuSO4) veya diğer bakırlı preparatlar, bakır noksanlığını kısmen giderir.Toprağa da bakır sülfat uygulanabilir. Bakırın fazlası da bitkilerde toksik etki yapar. Yapraklarda yanıklıklara neden olur. Manganez : Solunum, fotosentez ve azot metabolizması ile ilgili enzimlerin yapısında yer alır.Noksanlığında, demir noksanlığına benzer şekilde yapraklarda kloroz ortaya çıkar.Yalnız farklı olarak damarların olduğu kısımlar kalın bir bant halinde normal rengini muhafaza eder.Ayrıca yapraklar üzerinde nekrotik lekeler oluşabilir. Şiddetli durumlarda yapraklar kahverengileşerek kururlar. Organik, turba, kumlu topraklarda, yüksek pH 'da mangan eksikliği görülür. Yapraklara MnS04 püskürtülmesi tavsiye edilir. Toprak asilliğinin çok yüksek olduğu yerlerde magnezyum ve kalsiyumun alamayışı nedeni ile mangan toksisitesi ortaya çıkar. Özellikle karnabahar, lahana ve arpa hassastır. Damarlar arasında düzensiz klorotik lekeler oluşur, daha sonra koyu kahve, mor veya siyah nekrotik lekelere dönüşür. Lekeler yaprak kenarlarında yoğundur ve yaprak kenarları içe doğru kıvrılabilir. Molibden: Nitraz redüktaz enziminin önemli bir yapıtaşı olduğu bilinmektedir. Azot fiksasyonunda da rolü vardır. Noksanlığında şiddetli sararma ve cüceleşme görülür. Özellikle kavun bitkisi hassastır, meyve vermez. Haçlıgillerde şekilsiz, parçalı yaprak oluşumuna neden olur. Diğer birçok bitkide ise yapraklarda damarlar arasında parlak san-yeşil beneklenmeler, yaprak kenarlarında kıvrılmalar ve sonunda yapraklarda kuruma ve çökme şeklinde belirtiler oluşur. Toprağa amonyum molibdat uygulanarak bu belirtiler önlenebilir. Bazı bitkilerde klor ve sodyum noksanlığı zararı görülebilir. Domates, marul ve lahana klor noksanlığına, semizotu ise sodyum noksanlığına duyarlıdır. Halojenlerin noksanlığında ortaya çıkan belirtiler birbirine benzer. Yapraklarda sararma, solgunluk ve yaprak kenarı nekrozu görülür. Toprak asitliğinin fazla olduğu durumlarda alüminyum toksisitesi görülebilir. Arpa, şekerpancarı ve fasulye buna duyarlıdır. Köklerde lobutlaşma, büyümede gerilik ortaya çıkar. Zararlı endüstriyel atıklar Dünyamızı saran atmosfer tabakasında; azot % 78, oksijen %21, karbondioksit, su buharı ve diğer gazlar ise %1'lik bir oranda bulunurlar. Ancak insan aktiviteleri sonucu değişik gazlar atmosfere karışarak, bu oranlar bitkilere zararlı olacak şekilde değişebilmektedir. Isınma, enerji üretimi ve endüstri faaliyetleri sırasında hidrojen florür, azot oksitleri, ozon, kükürt dioksit, peroksiasil nitratlar gibi gaz ve kurşun, demir oksit, bor partikülleri, yol tozları, çimento tozları gibi partikül halindeki kirleticiler atmosfere karışarak bitkilerde çeşitli zararlara neden olurlar. Kirleticilere karşı bitkilerin tepkisi, gözle görülür belirtilerin oluşması, büyümenin yada gelişmenin engellenmesi, fizyolojik ve metabolik dengenin bozulması ve belirli bazı elementlerin ve metabolitlerin birikmesi şeklinde olabilir. Etkinin şiddeti, bitkinin kirleticiye maruz kalma süresine, kirleticinin dozuna ve ışık şiddeti, nispi nem, toprak nemi, sıcaklık ve diğer kirleticilerin varlığına bağlı olarak değişmektedir. Birden fazla kirletici bir arada bulunduğunda değişik şekilde etkileşim gösterebilirler. Bazen birlikte etkileri, tek tek etkilerinin toplamına eşit olabilir ki, buna eklemeli etki denir (EAB=EA+EB). Bazen de birlikte etkileri, etki toplamından büyük olur ki buna sinerjitik etki denir (EAB>EA+EB), yada küçük olur, buna da antagonistik etki denir (EAB Doğada yaygın olarak bulunan kirletici gazlardan biri kükürtdioksittir (SO2). Fabrika bacalarından (bakır, gübre, demir-çelik, kurşun-çinko, petrol arıtım, deri işleme, kağıt vs.), otomobil eksozları ve diğer iç yanmalı motorlardan kaynaklanır. Birçok bitki, özellikle yonca, bezelye, pamuk, fasulye ve ibreliler hassastır. Kükürtdioksit 0.3-0.5 ppm konsantrasyonlarda fitotoksiktir. Düşük konsantrasyonları genel kloroza neden olur. Yüksek konsantrasyonlarda ise yapraklarda damarlar arasında kalan bölgeler beyazlaşır. Klorofili parçalayarak fotosentezi engellemektedir. Ozon stratosferde doğal olarak bulunur. Bunun dışında, otomobil eksozları ve diğer iç yanmalı motorlardan çıkan NC>2, güneşin ultraviole ışınlarının etkisiyle oksijenle reaksiyona girerek ozonu meydana getirir (NÛ2+02 güneş ışığı Os+NO). Ozonun 0.1-0.5 ppm'lik dozları birkaç saatte bitkilere zarar verebilir. Stomalardan yaprağa girerek hücrelerin ölümüne ve beyaz nekrotik alanların oluşumuna neden olur. Turunçgiller, yonca, fasulye, soya fasulyesi, asma, patates, tütün, buğday, çam ve kavak gibi bazı bitkiler ozona çok duyarlıdır. Ozonun oluşumu sırasında açığa çıkan NO, otomobil eksozlarından çıkan tam yanmamış hidrokarbonlarla birleşerek yine bitkilere toksik olan peroksiasilnitratlan (PAN) meydana getirir. Bunlar da Stomalardan yaprak dokusuna girerler ve 0.001-0.02 ppm kadar küçük dozları bile hassas bitkilere zarar verebilir. Yapraklar gümüşi bir renk alır. Bunun nedeni de yaprakların alt yüzünün parlak beyaz-bronz renge dönüşmesidir. Zarar gören yaprakların mezofil hücrelerindeki protoplastlar çöker, buraya hava dolar. Bu hava boşlukları yapraklara gümüşi rengi verir. Ispanak, domates, marul en hassas bitkilerdir. Azot oksitlerinin asıl kaynağı biyolojik olarak bakteriler tarafından oluşturulan NO 'dir. Fakat bu şekilde oluşan NO dünyada homojen olarak dağıldığı için bitkilere zarar vermez. Halbuki şömine, soba gibi ısınma araçlarından yada iç yanmalı motorlardan çıkan azot oksitleri belirli alanlarda yoğunluk kazanarak bitkilere toksik etki yaparlar. Bunların 2-3 ppm 'de fitotoksik oldukları belirlenmiştir. En duyarlı bitkiler; fasulye, domates, yulaf, buğday ve bezelyedir. Bitkilerdeki zararı SO2 zararına benzer. Yapraklarda renk açılması, bronzlaşma görülür. Ayrıca gelişmeyi de olumsuz yönde etkiler. Flor ve floritler, maden ve petrol işleyen fabrikalardan kaynaklanır. Mısır, şeftali, lale, fasulye gibi hassas bitkilerde 0.1 ppm 'de toksik etki yapabilir. Dikotiledonlarda yaprak kenarlarından, monokotiledonlarda yaprak uçlarından itibaren kahverengileşme olur. Rafineri ve cam fabrikaları çevresinde bazen Cl2 ve HCI zararı görülebilir. Klor 0.1 ppm 'de toksiktir. Yine yaprak kenarlarında yanıklıkla kendini gösterir. Kapalı yerlerde, soğutma depolarında amonyak ve etilen gibi gazlar da zararlı olabilirler. Meyvelerde değişik lekeler meydana gelir. Doğada gazların tek tek etkilerinden çok, kombine etkilerine rastlanır. Ozon, SO2 ve NO2 kombinasyonları en çok zarar oluşturan kirleticilerdir. SO2 ve NO2 , rüzgarla uzun mesafelere taşınabilirler ve sülfirik ve nitrit asitlere dönüşerek asit yağmurları şeklinde de etkili olurlar. Asit yağmurları doğrudan yapraklar üzerinde lezyonlar meydana getirerek zararlı oldukları gibi, toprağın kimyasal ve biyolojik yapısını değiştirerek dolaylı olarak da bitki sağlığını tehdit ederler. Gaz kirleticiler ve asit yağmurlarından başka partikül halindeki kirleticiler de bitkilerde önemli zararlara neden olmaktadır. Bunlardan en önemlileri çimento fabrikalarından çıkan çimento fırın tozları, kireç ocaklarından çıkan kireç tozları, kurşun ve bor partikülleri, mozaik fabrikaları tozları ve yol tozlarıdır. Bunlar bitki yapraklarının üzerini kaplayarak fotosenteze engel olur, bunun sonucunda bitki verimi düşer. Ayrıca pH 'yi etkileyerek normal hücre yapısının bozulmasına neden olur, bitki besin maddelerinin alımını engeller. Ülkemizde de sanayinin yoğun olduğu bölgelerde, çevreye zararlı gazların yayıldığı fabrikaların çevresinde bulunan tarım alanlarında önemli zararlar meydana gelmektedir. Örneğin Murgul ve Samsun 'daki bakır işletmeleri çevrede bulunan tarım alanlarında neden oldukları zararlar için üreticilere her yıl milyonlarca lira tazminat ödemektedirler. Hatalı tarımsal uygulamalar Pestisitlerin hatalı kullanımlarından dolayı bitkilerde çeşitli zararlar meydana gelmektedir, ilaçların tavsiye edilen normal kullanım dozlarının üzerinde kullanılması, uygulama zamanının iyi ayarlanmaması nedeni ile yanlış dönemde uygulanması, topraktaki kalıcılığının dikkate alınmaması, uygulama sırasında rüzgarla istenmeyen yerlere taşınması ve çevre koşullarının ilaçlamaya uygun olmadığı durumlarda, pestisitler kültür bitkilerine zarar verebilirler. Seçici özellikleri nedeniyle pestisitler içinde en çok herbisitlerin fitotoksisitelerine rastlanır. 2,4 D ester formülasyonlu herbisitler buharlaşma özelliklerinden dolayı rüzgarla taşınarak, uygulama alanının dışındaki geniş yapraklı kültür bitkilerini etkileyebilirler. Bu durumda yapraklarda şekil bozukluğu meydana gelir. Yaprak damarları birbirine paralel, yaprak kenarları ise parçalı bir görünüm alır. Diğer bazı herbisitler de yanlış kullanıldıklarında fotosentezi, lipit sentezini, hücre bölünmesini önleyebilirler. Bazı bitkilerde bir fungisit veya insektisite hassasiyet görülür, özellikle süs bitkilerinde ilaç kullanımına dikkat edilmelidir. Kabakgillerin bakirli, şeftalinin çinkolu ilaçlara hassas olduğu bilinmektedir. Ayrıca kükürtlü veya yazlık beyaz yağlı preparatlar 30 °C' nin üzerindeki sıcaklıklarda bitkilere toksik etki yaparlar. Derin dikim, derin veya sık ekim, aşın yada hatalı toprak işleme, gübreleme, sulama, budama işlemleri ve uygun olmayan koşullarda depolama gibi kültürel işlemler de bitkilerde birtakım zararlara yol açarlar. Derin dikim, ağaç köklerinin yeterince hava alamamasına ve bitkilerin kök çürüklüklerine daha hassas hale gelmesine neden olur. Kök sistemi görevini yapamaz. Bunun sonucunda ağaçların gövdelerinde zamklanma görülebilir. Ekimde derinlik önemlidir. Her tohumun istediği bir ekim derinliği vardır. Fazla yüzmek yada derin ekilen tohum normal çimlenemez veya toprak yüzeyine çıkamaz, yada gelişen bitki zayıf olur. Aynı şekilde sık ekimde bitkilerin zayıf gelişmesine neden olur. Sık ekim sonucu bitkilerin havalanması önlenecek ve fazla nem patojenlerin enfeksiyonuna uygun bir ortam oluşturacaktır. Aşırı toprak işleme topraktan fazla su kaybına neden olur. Sıra arası çapalamanın dikkatsiz yapılması bitki köklerinin yaralanmasına yada kopmasına neden olur. Aşırı veya düzensiz sulama bitkilerin sağlıksız gelişmesine yol açar. Hıyar gibi bazı bitkilerde acılaşma olur. Gübrelemenin az yada fazla olması da besin maddesi noksanlığı veya toksisitesi belirtilerini ortaya çıkarır. Aşın ve yanlış budama ağaçlarda zararlanmalara bunun sonucunda da verim düşüklüğüne neden olur. Budama yaralarının kapatılmaması sonucu buralardan giren patojenler bitkileri hastalandırır. Uygun olmayan koşullarda depolama bitkisel ürünlerde fizyolojik ve patojenlerin neden olduğu bozulmalarla sonuçlanır, ürünlerin kalitesi ve pazar değeri azalır. Bu bölümde ele alınan ve bunların dışında kalan tüm tarımsal işlemlerden her birinin uygun şekilde ve zamanında yapılmaması halinde bitkiler zayıf gelişir ve sekonder etmenlerin hücumuna duyarlı hale gelirler. 2.2. Canlı (Paraziter) Hastalık Etmenleri Funguslar, bakteriler ve virüsler bitkilerde hastalık meydana getiren canlı etmenlerdir. Parazit bitkiler ve yabancı otların da bitkilerin gelişmesini olumsuz yönde etkiledikleri için paraziter hastalık etmenleri içinde ele alınırlar. Bu grup içinde çok sayıda etmen olduğu için bunlarla ilgili çalışmaları kolaylaştırmak ve araştırıcılar arasında birlik sağlamak açısından, bunlar belli bir düzene göre isimlendirilmekte ve sınıflandırılmaktadır. Sınıflandırma birbirine benzeyen canlıları aynı kategoriler içinde ele almaktır. Canlıların sınıflandırılmasında belirli bazı kategoriler kullanılır: * Alem (Regnum veya Kingdom) * Bölüm (Şube) (Phylum, Division) * Sınıf (Classis) * Takım (Ordo) * Familya (Family.Familia) * Cins (Genus) * Tür (Species) Bu kategoriler arasında, gerektiğinde ara kategoriler de kullanılmaktadır. Bunlar; altbölüm, altsınıf, alttakım, altfamilya, altcins ve alttür olarak isimlendirilirler. Bu sınıflandırma kategorilerine verilen isimler Latince'den yada Yunanca'dan alındığı için isimlendirmelerde yine bu dillerden gelen bazı ekler kullanılır. * Alem - ae * Bölüm - mycota * Altbölüm - mycotina * Sınıf - mycetes * Altsınıf - mycetidae * Takım - ales * Familya - aceae Tür isimleri cins ve türün adı olmak üzere iki isimli (binomial) olarak kullanılır ve bunlar italik harflerle veya altı çizilerek yazılır. Alttür isimleri ise üçlü (trinomial) olarak yazılır, isimlerden sonra bu türün ilk tanımını yapan araştırıcının adı veya kısaltması yazılır. Eğer sonradan başka bir araştırıcı aynı türü başka şekilde isimlendirirse ilk tanımlayanın adı parantez içinde, son isimlendirenin adı ise en sonra yazılır (Örneğin: Bipolaris oryzae (Breda de Haan) Shoemaker). Bitkilerde hastalığa neden olan funguslar, bakteriler ve virüsler, canlılar aleminin iki ana grubu olan bitkiler ve hayvanlara hem benzer, hem de farklı özellikleri nedeniyle her iki gruba da dahil edilememiş, Protista adı altında ayrı bir alem olarak ele alınmışlardır. Protistler hücre yapıları birbirinden farklı iki alt gruba ayrılırlar: Prokaryonlar (ilkel protistler) ve Ökaryonlar (yüksek protistler). Prokaryonlar tek hücreli canlılardır. Stoplazmalan ya sadece hücre zarı ile, yada hücre zarı ve hücre duvarı ile çevrilidir ve küçük (70 S*) ribozomlar içerir. Genetik materyal yani DNA, bir zarla çevrili değildir, stoplazma içinde tek bir iplikçik halinde, serbest olarak bulunur. Ökaryonlar gelişmiş mikroorganizmaları içine alan gruptur. Hücrede, etrafı zarla çevrili gerçek bir çekirdek bulunur. DNA prokaryonlarda olduğu gibi tek bir kromozomdan ibaret değil, kromozom dizeleri halindedir. Stoplazma zarı, endoplazmik reticulum ile çekirdek zarına kadar uzanmaktadır ve stoplazma büyük (80 S) ribozomlar içerir. Bakteriler prokaryonlar arasında, funguslar Ökaryonlar arasında yer alırlar. Virüsler ise her iki gruba da dahil edilemeyen farklı yapıda canlılardır. Prokaryonlar ve Ökaryonlar gibi hücresel bir yapıları yoktur ve çoğalmaları için canlı bir hücreye gerek duyarlar. Bitki Patojeni Funguslar Funguslar klorofil içermeyen ve genellikle sporlarıyla çoğalan mikroorganizmalardır. Eskiden benzer bir takım özellikleri nedeniyle bitkiler aleminde ele alınarak, kök, gövde ve yaprak gibi organları olmayan bitkiler olarak tanımlanırlarken, günümüzde Protista üst alemi içinde, Mycetae (Fungi) adı verilen kendi alemleri içinde ele alınmakta ve kendilerine has özellikleri olan ayrı bir grup organizma olarak düşünülmektedirler. Yaklaşık 100.000 fungus türü tanımlanmıştır ve her yıl buna yeni türler eklenmektedir. Şapkalı mantarlar, kav mantarları, küfler ve mildiyö fungusları hemen herkes tarafından bilinmektedir. Fungusların bir çoğu insanlar için yararlıdır. Gıda olarak tüketilebilir veya gıda ve ilaç endüstrisinde kullanılabilirler. Yemeklik kültür mantarları taze olarak yada konserve veya çorba halinde hemen tüm marketlerde bulunabilmektedir. Ekmek, bira, şarap, soya sosu gibi gıda ve içeceklerin yapımında özel funguslar kullanılmaktadır. Birçok hayatı kurtaran penisilin adlı antibiyotik ise 1929 yılında Fleming adlı araştırıcının laboratuarında, kültürde çoğalan bir fungustan elde edilmiştir. Ayrıca funguslar bakterilerle birlikte çürüme olayının başlıca etkenleri olarak, organik maddenin parçalanması yoluyla bitkilerin beslenmesinde önemli ve mutlak bir rol alırlar. Tüm funguslar karışık yapıdaki organik besinleri daha basit bileşiklere ayırma ve bu bileşikleri enerji kaynağı olarak kullanma yeteneğine sahiptir. Çürümekte olan organik madde üzerinde yaşayabilen funguslar saprofit olarak isimlendirilirler. Funguslar; kitaplar, giyecekler, meyveler, deri, et, kağıt, depolanmış tohum ve diğer bitkisel materyal ve odun gibi çok değişik maddeleri parçalayabilirler. Bazı funguslar bitki kökleriyle simbiyotik (her iki organizmaya da fayda sağlayan bir ortak yaşam) bir birlik oluştururlar. Bu yapıya "mikoriza" (mycorrhiza) denir. Funguslar bitki köklerinin üzerinde (ektomikoriza) veya içinde (endomikoriza) yaşarlar. Fungus bitki köklerinden besin maddeleri ihtiyacını karşılarken, fosfor gibi belirli bazı besin elementlerini de bitki köklerinin alabileceği forma çevirir. Bazı mikoriza fungusları, zararlı patojenik fungusların bitki köklerini enfekte etmesine karşı bitkiyi koruyabilir. Zararlı funguslar insan , hayvan ve özellikle de bitkilerde hastalıklara neden olurlar. 8000 kadar fungus türünün bitkilerde hastalıklara neden olduğu ve her bitkinin bazı funguslar tarafından hastalandırıldığı bilinmektedir. Bazı bitki patojeni funguslar çok sayıda bitki türüne zarar verebilir, bazıları ise yalnızca bir tek konukçuya sahiptir. Bazı funguslar da yalnızca canlı bir konukçu üzerinde çoğalıp yaşayabilir, bunlara "obligat (mecburi) parazitler" denir. "Fakültatif parazitler" ise ölü organik madde ile beslenerek de yaşamlarını sürdürebilirler. Bitki paraziti bazı funguslar tarafından gıdalar üzerinde üretilen ve "mikotoksin" denilen bazı maddeler hayvanlara ve insanlara zararlıdır. Buğday, arpa, mısır gibi bazı gıdalar depolandığında, uygun sıcaklık ve nem mevcutsa bunlar üzerinde bazı funguslar gelişir. Mısır daneleri üzerinde Aspergillus flavus fungusunun gelişmesi sonucu aflatoksin üretimi gerçekleşir. Aflatoksin seviyesi yüksek olduğunda bu danelerden yapılan gıdayı tüketen hayvan veya insanlar zarar görür. Hububat tohumları üzerinde gelişen bazı Fusarium türleri de tehlikeli toksik maddeler üretirler. Claviceps purpurea fungusunun neden olduğu "çavdar mahmuzu" hastalığında ise daneler fungusun canlılığını sürdürmesini sağlayan yapılar olan sklerotlarla bulaşır ki bunlar da oldukça zehirli maddeler içerirler. Fungusların neden olduğu bitki hastalıkları her yıl ürün kaybına neden olmakta ve bu hastalıkları önlemek için kullanılan fungisitler için de milyarlarca lira harcanmaktadır. Morfolojik özellikleri Bir fungusun vücudu veya vegetatif dönemdeki yapısı "hif adı verilen (hyphae, çoğulu: hypha) dallanmış ipliksi yapılardan ibarettir. Hifler bir araya gelerek "misel" (mycelium, çoğulu: mycelia) meydana getirirler. Gelişmiş funguslarda hifler, "septum" (çoğulu: septae) denilen bölmelerle, içleri protoplazma dolu hücrelere bölünmüştür. Protoplazma yarı geçirgen stoplazmik zarla çevrili ve bir veya daha fazla çekirdek içermektedir. İlkel fungusların hifleri bölmesizdir, bunlar protoplazma içeren uzun tüpler şeklindedir ve mikroskop altında sıvı protoplazmanın hif içinde ileri geri akışı görülebilmektedir. Bir hif genellikle bir sporun çimlenmesi ile oluşur. En basit sporlar, bir çekirdek ve stoplazma içeren, mikroskobik boyutlarda tek hücreli yapılardır. İlkel fungusların sporları kamçıları ile yüzerek hareket etme kabiliyetindedir. Bir spor hücre duvarındaki ince bir yerden tüp yada iplik şeklinde bir çim borusu çıkararak çimlenir. Çim borusu gelişerek bir hife dönüşür ve hif de dallanarak miseli oluşturur. Gelişme büyük ölçüde hiflerin ucunda olur ve sıvı maddelerin doğrudan doğruya hücre duvarından emilmesi ile gerçekleşir. Miselyum genellikle fungusun geliştiği ortam içinde gizlidir. Gelişmekte olan hif uçları, en sert odun dokusu da dahil olmak üzere birçok bitki dokusunun hücre duvarından doğrudan bitki hücreleri içerisine girebilme yeteneğindedir. Bu giriş enzim" denilen ve gelişmeleri sırasında çıkardıkları organik maddeler yolu ile olur. Enzimler hücre duvarlarını ve diğer hücre kısımlarını oluşturan yapılan çözebilir veya parçalayabilirler. Fungusların konukçu dokuları içine girişi mekanik basınç yoluyla da olabilir. Bu amaçla hifler özel işleve sahip bazı yapılara dönüştürülürler. Hiflerin konukçu dokuları içine girebilmek için oluşturduğu ucu çivi şeklinde sivrilmiş yapılara "apressoryum" (appressorium, çoğulu: appressoria) denir. Appressorium konukçu epidermisi üzerine oluşturduğu basınçla epidermisi delerek doku içine girer. Fungus hiflerinin oluşturduğu özel yapılardan bir diğeri "haustoryum"dur (haustorium, çoğulu: haustoria). Tüp veya parmak şeklinde olan bu yapı, fungusun konukçu hücreleri içinden besin maddelerini alabilmesi için meydana getirilmektedir. Misel, konukçu bitkinin veya çürüyen organik maddenin üzerinde yada içinde oluşabilir ve fungusun teşhisine yarayan değişik yapı ve organları oluşturabilir. Fungus miselleri yoğun bir şekilde gelişerek fungal dokuları "plektenkima" (plectenchyma) meydana getirirler. Misellerin düzensiz ve sıkı bir şekilde bir araya gelerek oluşturdukları fungal dokulara "psödoparankima" (pseudoparanchyma) denir. Bu tip dokulara örnek olarak, bazı funguslarda oluşturulan ve "sklerot" (sclerotium, çoğulu: sclerotia) adı verilen dormant yada dinlenici yapılar verilebilir. Bunların boyutları birkaç hücreden (mikrosklerotlar) binlerce hücreye kadar değişebilir. Bazıları 4 kg ağırlığa kadar ulaşabilirken çoğu küçüktür. Renk (şeffaf, açık sarı, kahverengi, siyah) ve şekil (düzensiz şekilli, küresel, uzunumsu) bakımdan da değişiktirler. Funguslar, soğuk, kurak, sıcak veya konukçu yokluğu gibi olumsuz koşullarda sklerot halinde canlılıklarını koruyabilirler. Uygun koşulların yeniden ortaya çıkmasıyla sklerot konukçuyu enfekte edecek olan hifi oluşturur, yeni bir miselyum meydana getirir, yada başka bir üretken yapıya dönüşür. Fungus misellerinin biri birine paralel olarak sıkı bir şekilde bir araya gelerek oluşturdukları ip veya halat şeklindeki yapılara "rizomorf" (rhizomorph) denir. Rizomorf fungusun hem uygun olmayan koşulları geçirmesini, hem de bir konukçudan diğerine ulaşmasını sağlar. Misellerin düzenli ve gevşek bir şekilde bir araya gelerek oluşturdukları fungal dokulara ise "prosenkima" (prosenchyma) denir, içinde değişik çoğalma yapılarının oluştuğu "stroma" bu tip fungal dokulardandır. Fungus miselleri konukçu bitki dokuları üzerinde veya içinde gelişebilirler. Konukçu yüzeyinde gelişen funguslara "ektoparazit funguslar" denir Ektoparazit funguslar haustoryumları ile bitki hücrelerinden besinlerini alırlar. Bitki dokuları içinde gelişen funguslara ise "endoparazit funguslar" denir. Bunlarda misel gelişimi bitki hücreleri arasında (intercelluler) veya hücre içine girmek suretiyle olur (intracelluler). Üremeleri Funguslarda üreme, eşeyli ve eşeysiz olmak üzere iki tipte gerçekleşir. Eşeysiz veya aseksüel üreme, somatik yapının belirli bir dönemde kendi benzerlerini oluşturmasına denir. Eşeysiz üreme değişik fungus gruplarında dört farklı şekilde olabilmekte ve bunun sonucunda değişik tipte sporlar oluşmaktadır. Eşeysiz üreme tiplerinden biri olan "fragmentasyon"da, hiflerin uç veya orta kısımlarındaki hücreler hifden kopup ayrılmakta ve yeni bireyleri oluşturmaktadır. Hiflerin uç veya orta kısımlarındaki hücrelerin çeperleri kalınlaşıp, yuvarlaklaşarak hif den ayrılmasıyla oluşan sporlara "klamidospor" (chlamidospor) denir. Bunlar genellikle fungusların olumsuz koşulları geçirmek için oluşturdukları sporlardır. Belirli bir olgunluğa ulaşan hiçlerin uç kısımlarındaki hücrelerin tespih tanesi gibi koparak hinden ayrılmasıyla oluşan sporlara ise "arthrospor" denir. Bu iki spor tipi hif hücrelerinden yani, thallusdan oluştukları için bunlara "thallospor" da denilmektedir. Somatik yapısı tek hücreden oluşan funguslar, hücrelerinin uzayarak ortadan bölünmesiyle eşeysiz çoğalmayı gerçekleştirirler. Buna "bölünerek çoğalma" denir. Bazı funguslarda, protoplazma ve çekirdeğin hücrenin uç kısmında oluşan tomurcuk içine geçerek, tomurcuğun ana hücreden koparak ayrılmasıyla oluşan üreme şekli görülmektedir. Bu tip eşeysiz üremeye "tomurcuklanma" denir. Bazı funguslar ise doğrudan doğruya farklılaşmış miseller üzerinde yada misellerin oluşturduğu özel çoğalma yapıları üzerinde veya içinde, Spor oluşturmak suretiyle çoğalırlar. Funguslarda eşeysiz dönemde iki tip spor oluşumu görülmektedir. Dallanmış hiflerin ucunda bulunan ve içinde çok sayıda spor taşıyan kese şeklindeki çoğalma organlarına "sporangium" (çoğulu: sporangia), spor keseleri içinde oluşan sporlara ise "sporangiospor" denir. Nemli koşullarda yaşayıp gelişen funguslar bir veya birkaç kamçıya (flagellum, çoğulu: flagella) sahip hareketli sporlar üretirler, bunlara "zoospor" denir . Bununla birlikte fungusların çoğu rüzgar, yağmur sulan yada toprakla taşınan hareketsiz sporlar üretirler. Sporangium içinde oluşan hareketsiz sporlara "aplanospor" denir. Funguslarda eşeysiz dönemde oluşan ikinci tip sporlar ise "konidi"lerdir (conidium, çoğulu: conidia). Bunlar konidiofor (conidiophore) adı verilen farklılaşmış hiflerin ucunda oluşurlar, tek veya çok hücrelidirler. Konidiler bazen doğrudan doğruya hiflerin ucunda oluşur, bazen de daha kompleks yapılar içinde kitle halinde meydana gelirler. Stromatik doku içinde gömülü halde oluşan, kese şeklindeki konidi taşıyan organlara "piknit" (pycnidium , çoğulu: pycnidia) denir. Bazı fungus gruplarında konidiler "aservulus" (acervulus, çoğulu: acervuli) denilen yatak şeklindeki organlar içinde, bazılarında ise "sporodokyum" (sporodochium, çoğulu: sporodochia) adı verilen yastık şeklinde kabarık yapılar üzerinde oluşur. Bazen de konidioforlar çiçek demeti gibi yan yana gelerek uçlarında konidiler toplu halde oluşur, bu yapıya da "sinnema" (synnema) denir. Funguslarda seksüel (eşeyli) üreme üç aşamada; plasmogami, karyogami ve mayoz bölünme şeklinde gerçekleşmektedir. Plasmogami, farklı karakterde iki eşey hücresinin (gamet) veya eşey organının (gametangium, çoğulu: gametangia) plasmalarının birleşmesi olayıdır. Plasmogamide rol alan gametler birbirinin benzeri olabildiği gibi, birbirinden farklı büyüklük ve yapıda olabilirler. Karyogami ise iki gametin çekirdeklerinin birleşmesi olayıdır. Bundan sonra mayoz bölünme ile diploid çekirdek bölünerek haploid hücreler oluşturulur. Funguslar eşeyli ve eşeysiz üreme sırasında oluşturdukları özel yapı ve organlara göre sınıflandırılırlar. Bitki dokusuna girişleri ve bitkiden bitkiye taşınmaları Fungusların bitki dokularına girebilmeleri için yaralar yada doğal açıklıklar olması gerekmez. Fungus hifleri mekanik veya kimyasal yollarla sağlıklı bitki dokularına girebilme yeteneğindedirler. Fungus (liflerinin bitki dokusuna mekanik olarak girişi enfeksiyon çivisi yada apressoryum denilen sivri hif uçlarının basınçla bitki dokusunu delmesiyle gerçekleşir. Kimyasal giriş ise fungus emzimlerinin bitki hücre duvarlarını eritmesiyle olur. Bitki içine giren fungus hifleri hücreler arasında, hücreler içinde yada iletim dokularında yayılarak bitkiyi istila ederler. Fungusların bitkiden bitkiye taşınmaları aktif yada pasif taşınma şeklinde olur. Aktif taşınma, hareketli fungus sporlarının toprak suyunda yüzerek sağlıklı bitki köklerine ulaşmasıdır. Pasif taşınmada ise rüzgar, yağmur ve sulama suları, böcekler ve diğer hayvanlar, insanlar rol oynarlar. Aktif taşınma yalnızca hareketli zoosporları olan Myxomycetes, Chytridiomycetes ve Oomycetes sınırlarındaki funguslarda görülür. Bunların dışında kalan ve fungusların çoğunluğunu oluşturan gruplarda ise pasif taşınma söz konusudur. Fungusların ertesi yıla geçişleri toprakta yada bitki artıklarında kalan dayanıklı miseller, sklerotler, dinlenici sporlar veya eşeyli üreme sonucu oluşan dayanıklı yapılarla olur. Bitkilerde meydana getirdikleri belirtiler Funguslar bitkilerde çok değişik tipte belirtiler meydana getirirler. Bitki hücrelerini yada dokularını öldürerek neden oldukları nekrotik simptomlar; yaprak lekeleri, yanıklıklar, gövde veya dal kanserleri, geriye doğru ölüm, kök çürüklüğü, çökerten, gövde veya sap çürüklükleri, etli dokularda kuru veya yumuşak çürüklükler, antraknoz ve uyuz belirtileridir. Bundan başka lobut köklülük, gal veya siğil oluşumu, yaprak kıvırcıklığı gibi hiperplastik ve cücelik gibi hipoplastik belirtiler de oluştururlar. Funguslarla mücadele Mücadelede esasen kültürel tedbirler önem taşır. Sağlıklı üretim materyali kullanılması, hastalıklı bitki artıklarının imha edilmesi, ara konukçu ve vektörlerin ortadan kaldırılması, rotasyon ve dayanıklı bitki çeşitlerinin yetiştirilmesi gibi önlemler her hastalığın önlenmesinde etkili olabilecek uygulamalardır, Ama yinede bazı fungal hastalıklarla mücadelede kimyasal preparatların kullanılması gerekebilir. Toprak kökenli etmenler için toprak fümigasyonu, tohumla taşınan etmenler için sistemik fungusitlerle ilaçlaması, bitkinin toprak üstü kısımlarında zararlı etmenler için de yeşil aksam ilaçlaması önerilir. Funguslarda sınıflandırma ve bitkilerdeki önemli fungal hastalıklar Funguslar, eşeyli ve eşeysiz üreme sırasında oluşturdukları özel yapılar dikkate alınarak sınıflandırılırlar (Şekil 2.6). Mycota yani funguslar alemi iki bölüme ayrılır: Myxomycota ve Eumycota. * Bölüm 1. Myxomycota: Bunlara akışkan veya sümüksü funguslar denir. Bu grup funguslarda gerçek bir misel yapısı yoktur. Bunun yerine çıplak, amipsi, çok çekirdekli "plasmodium" denilen yapıya sahiptirler Bu bölümde bitki patojeni funguslar iki sınıfta toplanmıştır. * Sınıf 1. Myxomycetes: Miselleri yoktur. Yapılan plasmodiumdan ibarettir. Çoğalmaları hareketli zoosporlarla olur. * Takım 1. Physarales: İki kamçılı zoosporları vardır. Fuligo, Mucilago ve Physarum cinslerine bağlı funguslar otsu bitkilerde akışkan çürüklüğe neden olurlar. * Sınıf 2. Plasmodiophoromycetes * Takım 1. Plasmodiophorales: Plasmodiumlarim konukçu bitki kök ve gövde hücrelerinde oluştururlar, iki kamçılı zoosporları vardır. Plasmodiophora brassicae: Haçligillerde kök uru hastalığına neden olur. Polymyxa graminis. Hububatta kök çürüklüğü yapar. Polymyxa betae: Şeker pancarlarında kök çürüklüğüne neden olur. Spongospora subterranea: Patateslerde tozlu uyuz hastalığı etmenidir. Bölüm 2. Eumycota: Gerçek funguslar denir. Thallus, dallanmış ipliksi miselyumdan ibarettir. Beş altbölümde incelenir. Altbölüm 1. Mastigomygotina: Eşeysiz çoğalma zoosporlarla olur. Miselyum bölmesizdir. Sınıf 1. Chytridiomycetes: Zoosporlar tek kamçılıdır. Eşeyli üremede meydana gelen gametler morfolojik olarak birbirinin aynıdır. Takım 1. Chytridiales: Hücre duvarı vardır; fakat, gerçek bir miselyumu yoktur. "Rhizomycelium" denilen kök şeklinde uzantıları vardır. Olpidium brassicae : Lahanalarda kök çürüklüğü yapar. Physoderma maydis : Mısırlarda kahverengi leke hastalığı etmenidir. Synchytrium endobioticum : Patateslerde siğil hastalığına neden olur. Patates x virüsünün de vektörüdür. Urophlyctis alfalfae : Yoncalarda siğil hastalığı etmenidir. Sınıf 2. Oomycetes: Zoosporlar sporangium içinde oluşur. Zoosporlar çift kamçılıdır. Eşeyli üremeden sonra oluşan dinlenme sporları (oosporlar) morfolojik olarak birbirinden farklı gametlerin (dişi gamet: oogonium, erkek gamet: antheridium) birleşmesiyle oluşur. Takım 1. Saprolegniales : Zoosporlar uzun, silindirik sporangiumlar içinde oluşur. Aphanomyces spp. . Birçok bitkide kök çürüklüğüne neden olurlar. Takım 2. Peronosporales : Bu takımda önemli bitki patojenleri bulunmaktadır. Familya 1. Pythiaceae : Bu grupta, yaşamlarının bir kısmını toprakta geçiren fakültatif parazitler yer almaktadır. İki önemli cins vardır; bunlar Pythium ve Phytophthora cinsleridir. Pythium spp.: Bu cinse ait funguslarda zoosporlar vesicle içinde oluşur. Dünyanın her yerinde yaygın olarak bulunan bitki patojenleridir. Kültür bitkilerinde tohum, kök, gövde veya meyve çürüklüğüne neden olan 100 'den fazla türü vardır. Dünyada ve ülkemizde en yaygın türlerden biri P. ultimum 'dur. Pythium türlerinin bitkilerin fide döneminde neden oldukları tohum ve kök çürüklüğüne, çıkış öncesi veya sonrası "çökerten hastalığı" adı da verilmektedir. Sebze ve tütün fidelikleri hastalığın en çok dikkat çektiği yerlerdir. Fidelerde solgunluk ve sararma ortaya çıkar, bir süre sonra bu bitkiler kök boğazından devrilerek toprağa düşer ve ölürler. Sararmış bitkiler topraktan çekildiklerinde kolayca çıkarlar. Bunların kök boğazlarının inceldiği ve kahverengileştiği, ince köklerin tamamen tahrip olduğu görülür. Bunun sonucunda fidelikte yer yer boşluklar meydana gelir. Tohum ve fide ölümleri sonucu ekonomik kayıp ortaya çıkar. Hastalık ağır, fazla su tutan topraklarda, nemli ve serin koşullarda daha sık görülmektedir. Mücadelesi: Küçük alanlarda (fidelik ve seralarda) toprak dezenfeksiyonu önerilebilir. Ayrıca rekabetçi mikroorganizma yoğunluğunun artırılması etkili olabilir. Phytophthora türleri ise tek ve çok yıllık bitkilerde mildiyö, kök ve gövde çürüklüğü veya kök boğazı yanıklığı gibi değişik hastalıklara neden olabilirler. Çoğu obligat parazittir. Zoosporları doğrudan doğruya sporangium   Streptomyces scabies : Patates uyuzu Patateslerde yaygın bir hastalıktır. Özellikle nötr veya hafif alkali ve kumlu topraklarda görülür. Patatesten başka pancar, şekerpancarı gibi bazı bitkilerde de hastalık görülebilmektedir. Ürün miktarını ekonomik önemde azaltmamakla birlikte, kaliteyi düşürmektedir. Hastalığın en tipik belirtileri yumrular üzerinde küçük, kahverengimsi, hafif tümsek şeklinde, mantarsi lekelerdir. Bunlar zamanla genişleyip birleşerek yumru yüzeyinin büyük bir kısmını kaplayabilirler. Lekeler birkaç mm derinliğe ilerleyerek yumruyu etkiler. Etmen miselimsi iplikçikler veya sporlar halinde toprakta saprofit olarak yaşamını sürdürebilir. Vegetatif yapısı yassı dallanmış iplikçiklerden ibarettir. Sporlar ise silindirik yapıdadır ve spiral şeklinde, bölmeli bir hif üzerinde üretilirler. Sporların çimlenmesi ile vegetatif misel oluşur. Etmen toprak suyu veya bulaşık yumrularla taşınır. Doğal açıklıklardan veya yaralardan yumruyu enfekte eder, hücreler arasında veya içinde gelişir, hücrelerin ölmesiyle onlar üzerinde saprofit olarak yaşamaya devam eder. Aynı zamanda sentezlediği bazı kimyasal maddeler çevredeki hücreleri hızla bölünmeye ve birkaç kat hücreden meydana gelen bir mantar tabakası oluşturmaya teşvik eder. Mücadelesi: Sertifikalı, hastalıksız yumru kullanımı etkili bir önlem olarak tavsiye edilir. Dayanıklı çeşit yetiştirmek veya toprak pH 'sini kükürt uygulaması ile 5.3 civarında tutmak da yararlı olur. Kimyasal mücadelede PCNB ile toprak veya tohumluk ilaçlaması uygulanabilir. Kısım 5. Mollicutes : Hücre duvarı bulunmayan prokaryotlar Familya 1. Mycoplasmataceae ( Bitki patojeni MLO'lar) Asteryellovvs : yıldız çiçeklerinde sarılık hastalığı Tomato big bud : domates ve patateste iri yumru hastalığı Familya 2. Spiroplasmataceae Spiroplasma citri: Turunçgillerde palamutlaşma (Stubbom) Portakal, greyfurt gibi turunçgillerin üretimini tehdit eden bir hastalıktır. Yavaş geliştiği için başlangıçta teşhisi zordur. Hastalıklı bitkilerde verim düşer, çok küçük, pazar değeri olmayan meyveler oluşur. Ağaçların yaprak, meyve ve dallarında belirtiler ortaya çıkar. Bulaşık ağaçlarda dal ve sürgünlerin yukarı doğru gelişmesi ve boğum aralarının kısalmasıyla çalımsı bir görünüm dikkati çeker. Bazı sürgünlerde geriye doğru ölüm olur. Kabuk kalınlaşır ve bazen toplu iğne başı büyüklüğünde delikler oluşabilir. Ağaçlar cüceleşir ve tepe kısımları düzleşir. Yapraklar küçük, klorotik veya benekli ve bozuk şekilli olur. Bulaşık ağaçlar çiçek açar fakat az sayıda meyve oluşturur. Meyveler küçük ve bozuk şekillidir, meyve kabuğu, sapa bağlantı kısmından meyvelerin ortasına kadar normalden kalın, buradan meyvenin dip kısmına kadar ise incedir. Hastalıklı meyveler dökülür ve birçoğu mumyalaşır, acı veya ekşi lezzette ve kötü kokulu meyvelerdir, bozuk şekilli ve renkli, iyi gelişmemiş tohumlara sahiptirler. Etmen, hastalıklı turunçgil ağaçlarının floem kalbur borularından tespit edilmiştir. Özel seçici ortamlarda yetiştirilebilmiştir. Aşı gözü ve kalemi ile veya cüce ağustos böcekleriyle taşınır. Mücadelede indeksleme yoluyla hastalıksız aşı kalemi veya gözü kullanılması ve hastalıklı bitkilerin ortadan kaldırılması etkili olur. Genç bitkilerin kökleri tetrasiklin çözeltileriyle muamele edildiğinde bitkilerin korunduğu yada bulaşık alanlarda belirtilerin hafiflediği belirlenmiştir. Bitki patojeni viruslar Hastalık etmeni olarak virüslerin keşfi bilimsel açıdan büyük bir adımdır. Günümüzde insan, hayvan, bitki, fungus ve bakteri gibi değişik canlılarda virüslerin hastalık oluşturabildiği bilinmektedir. Sadece bitkilerde 500'den fazla virüs hastalığı saptanmıştır. Bitki virüs hastalıklarıyla ilgili ilk bulgular 1880'li yıllarda yapılan çalışmalarla ortaya konmuştur. Araştırıcılar bazı hastalıkların; hastalıklı bir bitkiden aşı kaleminin sağlıklı bir bitkiye aşılanmasıyla veya özsuyunun sağlıklı bitki dokuları üzerine sürülmesiyle bulaşabildiğin! tespit etmişlerdir. 1890'lı yıllarda tütünlerde mozaik hastalığına bulaşıcı bir canlı sıvının neden olduğu ileri sürülmüştür. Bundan çok sonra ancak 1935'de Stanley adlı bir araştırıcı mozaik hastalığı ile bulaşık tütün bitkilerinin yapraklarından küçük, beyaz kristaller halinde etmeni izole etmiş ve saflaştırmıştır. Hastalık etmeninin çoğalabilmek için canlı hücrelere ihtiyaç duyan bir protein olduğunu ortaya atan araştırıcı, bu buluşuyla 1946 yılında kimya dalında Nobel ödülünü kazanmıştır. Daha sonra yapılan araştırmalar virüslerin gerçekte protein ve nükleik asitten oluştuğunu, enfeksiyona nükleik asitin neden olduğunu, proteinin ise sadece onu koruma işlevini yüklendiğini ortaya koymuştur. 1945'de elektron mikroskobun keşfiyle, araştırıcılar virüs partiküllerini görebilmişler ve viruslar hakkındaki bilinmeyenler yavaş yavaş aydınlanmıştır. 1971'de ise protein kılıfı olmayan, sadece nükleik asitten ibaret olan hastalık etmenleri, yani "viroidler" tanımlanmıştır. Morfolojik özellikleri Viruslar, ışık mikroskobu ile görülemeyecek kadar küçük (enleri 200 nm'den küçük, boyları ise en fazla 2000 nm) ve konukçu organizmayı daha fazla virüs sentezlemeye teşvik eden bir dizi genetik koddan ibaret, obligat parazitler olarak tanımlanmaktadırlar. Hücresel yapıları yoktur. Tek veya çift sarmal RNA veya DNA partikülleri ile bunları saran koruyucu protein kılıftan oluşmuşlardır. Virüs partiküllerinin şekilleri değişik olabilir. Uzun sert çubuklar, kısa bakteri benzeri çubuklar, bükülebilir iplikçikler şeklinde olabildikleri gibi küre veya çok yüzlü (polihedral) de olabilirler (Şekil 2.10). Protein kılıf alt ünitelerden oluşmuştur. Değişik şekillere sahip virüs partiküllerinin protein ve nükleik asit içerikleri farklıdır. Çubuk veya ipliksi virüsler genelde daha az miktarda nükleik asit ve daha fazla miktarda protein içerirler. Küresel virüslerde ise aksine nükleik asit oranı daha yüksektir. Genel olarak bir virüs partikülünün % 5-40 kadarını nükleik asit, % 60-95'ini ise protein oluşturmaktadır. Bitki patojeni virüslerin büyük bir çoğunluğunda nükleik asit RNA'dir. Nükleik asiti DNA olan 25 kadar fitopatojen virüs saptanmıştır. Üremeleri (Replikasyonları) Virüslerde üreme, virüslerin konukçu hücrelerini kendi çoğalmaları için kullandıkları biyokimyasal bir olaydır. Bir virüs partikülü konukçu hücreye girdikten sonra önce nükleik asit protein kılıftan ayrılır. Konukçu hücresinde virüsün teşvikiyle RNA polimeraz ve RNA replikaz enzimleri salgılanır. Bu enzimler virüs RNA'sının benzerinin sentezlenmesini sağlarlar. Yeni oluşan virüs nükleik asitleri, üzerlerinde taşıdıkları genetik şifre yardımıyla, konukçu için gerekli proteinlerin sentezlenmesinde kullanılan bilgileri taşıyan ribozomları, virüs proteinlerini sentezlemeye teşvik ederler. Virüslerin konukçu metabolizmasındaki bu temel işleve karışmaları sonucu bitkilerde çeşitli hastalık belirtileri ortaya çıkmaktadır. Bitki dokusuna girişleri ve bitkiden bitkiye taşınmaları Virüsler konukçu bitki dokularına sadece yaralardan girebilirler. Söz konusu yaralar böcek emgileri yada dolu veya çeşitli tarım aletleri tarafından açılmış yaralar olabilir. Virüs bitki içine girdikten sonra hücreden hücreye geçerek hızlı bir şekilde çoğalır. Bazı virüsler ise doğrudan iletim demetlerine geçerek buradan bitkinin büyüme noktalarına (uç meristem) veya yumru, rizom gibi diğer kısımlarına ulaşırlar ve böylece sistemik enfeksiyonu gerçekleştirirler. Virüslerin bitki içindeki hareketleri virüse ve konukçuya bağlı olarak değişebilmektedir. Bazı sistemik enfeksiyonlarda virüsler bitkilerin bütün canlı hücrelerine yayılabilirler. Bazen de virüs bitki içinde virüssüz alanlar bırakarak ilerler. Bazı virüsler ise bitkinin bazı hücrelerini etkiler ve bu kısımda lokal olarak kalırlar. Virüsler hastalık oluşturdukları bitki dokularından dışarı çıkmazlar. Bu nedenle de bitkiden bitkiye taşınmalarında rüzgar veya su rol oynamaz. Virüs taşınmasında böcekler, akarlar, nematodlar, funguslar gibi bitki zararlıları etkili olmaktadır. Virüsleri konukçudan konukçuya taşıyan bu canlılara "vektör" denir. Böceklerden özellikle Homoptera takımının Aphididae, Cicadellidae ve Aleyrodidae familyalarına bağlı türler önemlidir. Akarlardan Tetranychidae ve Eriophyiidae familyalarına bağlı türler virüs taşınmasında rol oynamaktadırlar. Nematodlardan ise çoğu toprak kökenli Longidorus, Trichodorus, Paratrichodorus ve Xiphinema türleri önemli virüs vektörleridir. Funguslardan da yine toprak kökenli ve toprak suyunda yüzerek hareket eden zoosporlara sahip olan Olpidium, Spongospora, Polymyxa ve Pythium cinslerine bağlı türler virüsleri taşırlar. Bunlardan başka, parazit bir bitki olan küsküt de virüsleri bitkiden bitkiye bulaştırabilmektedir. Hastalıklı bitkilerden elde edilen tohum, yumru, rizom, soğan, aşı kalemi, aşı gözü gibi üretim materyalleri virüs taşınmasında önemli rol oynamaktadır.özellikle meyve ağaçları ve süs bitkilerinde bu şekilde taşınma önemlidir. Ayrıca bazı virüsler bulaşık bitki özsuyu ile mekanik olarak, yani hastalıklı bitki dokularının sağlıklı bitkiye teması ile de taşınabilmektedir. Bu taşınma şekli doğada çok yaygın olmamakla birlikte önemli bir bitki patojeni olan Tütün Mozaik Virüsü (TMV) bu şekilde taşınmaktadır. Mekanik taşınma virüslerin teşhisinde kullanılan indikatör bitkilere virüslerin bulaştırılmasında da önem taşımaktadır. Bitkilerde meydana getirdikleri belirtiler Virüslerin konukçularında meydana getirdiği en yaygın ve bazen de tek belirti bitki gelişimindeki azalma ve buna bağlı olarak bazı bitki organlarında yada bitkinin tümünde görülen cüceleşmedir. Virüsle bulaşık bitkilerde ortaya çıkan en belirgin simptomlar genelde bitkilerin yapraklarında görülmektedir. Bununla birlikte, bazı virüsler bitkilerin gövde.kök veya meyvelerinde tipik belirtiler oluşturabilirler. Virüslerin bitki içindeki yayılışlarına bağlı olarak lokal ve sistemik olmak üzere genel anlamda iki tip belirti görülmektedir. Lokal enfeksiyonlarda virüs sadece bitki dokusuna girdiği noktada küçük nekrotik lekeler oluşturur. Viral enfeksiyonların çoğunluğunu oluşturan sistemik enfeksiyonlarda ise virüs bitkinin tamamında etkili olarak sistemik belirtilerin ortaya çıkmasına neden olur. Sistemik belirtilerden en yaygın olanlar; mozaik ve halkalı lekelerdir. Yaprak, çiçek veya meyvelerde sağlıklı doku rengi yanında açık yeşil, san ve beyazın değişik tonlarında alacalı bir görünümün ortaya çıkması "mozaik" belirtisi olarak anılır. Beneklenme, çizgi ve damarlarda renk açılması gibi belirtiler, mozaik simptomunun hastalığın şiddetine ve yayılma şekline bağlı olarak ortaya çıkan değişik tipleridir. "Halkalı leke" ise bitki dokularında virüs enfeksiyonu sonucu oluşan halka şeklinde klorotik veya nekrotik alanlara denir. Bunlardan başka; yaprak damarlarında çekilme, yapraklarda şekil bozukluğu, çalılaşma, gövde nekrozu, gal oluşumu, odun dokusunda diken benzeri çıkıntılar, meyvelerde çatlama, sertleşme, tohum oluşmaması gibi belirtiler de virüs simptomlan arasındadır. Virüs belirtileri virüs hastalıklarının teşhisinde yardımcı olan kriterlerdendir. Ancak belirtiler, virüsün tipine, konukçunun hassasiyetine, yaşına ve çevre koşullarına bağlı olarak değişebilmektedir. Bazen bir bitkide virüs enfeksiyonu olduğu halde belirtiler ortaya çıkmayabilmektedir. Bu şekilde konukçusunda enfeksiyon yaptığı halde belirti oluşturmayan virüslere "latent virüsler" denir. Bazen de virüs latent olmadığı halde çevre koşulları uygun olmadığından simptomlar maskelenebilmektedir. Virüslerle mücadele Virüs hastalıklarının mücadelesi zordur. Herhangi bir bitki virüsle bulaştıktan sonra virüsün bitki dokularından arındırılması mümkün olmadığı ve bu bitki çevredeki sağlıklı bitkilere virüsün yayılmasında rol oynayacağı için mücadelede amaç virüsün bulaşmasını ve yayılmasını önlemektir. Bu bakımdan kültürel önlemler viruslarla mücadelede en çok başvurulan yöntemlerdir. En başta virusla bulaşık olmayan üretim materyalinin kullanılması gerekir. Bu amaçla son yıllarda özellikle turunçgil ve süs bitkileri yetiştiriciliğinde meristem doku kültürü tekniği yaygın olarak kullanılmaktadır. Fidelik, sera gibi küçük alanlarda toprak dezenfeksiyonu, çevrede bulunan ve virusa konukçuluk yapabilecek olan yabancı otların ortadan kaldırılmasını sağlaması bakımından yararlı olur.Aynca vektörlerle taşınan viruslarm yayılmasını önlemek için vektörler de ortadan kaldırılmalı, bunlara karşı etkin bir mücadele yapılmalıdır. Bazı bitkiler virüs enfeksiyonlarına karşı genetik olarak dayanıklıdırlar. Bazı bitkilerde ise viruslarm hafif enfeksiyon oluşturan ırkları aşılanmak suretiyle şiddetli enfeksiyona neden olan ırklara karşı bağışıklık oluşabilmektedir.Sonradan kazanılmış bağışıklık, biyolojik mücadele içinde ele alınmaktadır. Viruslara karşı fiziksel mücadele yöntemi olarak sıcaklık uygulaması iyi sonuç verebilmektedir. Bu amaçla, virusla bulaşık üretim materyali 35-54° C'de, virusa ve bitkinin türüne bağlı olarak, birkaç dakikadan birkaç saate kadar değişen sürelerde tutulabilir. Aynı şekilde, gelişmekte olan bitkiler de sera koşullarında yüksek sıcaklığa maruz bırakılarak bitki bünyesinde bulunan virüs partiküllerinin inaktive olması sağlanır. Virüs belirtilerinin şiddetini azaltan veya viruslan ortadan kaldirabilen bazı kimyasal maddeler bulunmasına karşılık, pratikte kimyasal mücadelede kullanılabilecek etkili bir preparat yoktur. Süt bazı viruslan, örneğin TMV'nu, inaktive ettiği için bazı bitkilere sulandırılmış süt püskürtülerek enfeksiyonlar azaltabilmektedir. Viruslarda sınıflandırma ve önemli viral bitki hastalıkları Viruslar Protista üstalemi içinde Vira (Viruslar) aleminde yer almaktadırlar. Fakat viruslarm sınıflandırma ve isimlendirilmeleriyle ilgili olarak tam olarak yerleşmiş bir sistem yoktur. Bu nedenle hala konukçulan ve bunlar üzerinde meydana getirdikleri belirtiler dikkate alınarak isimlendirilmektedirler. Örneğin; tütün bitkilerinde mozaik hastalığına neden olan virüs "tütün mozaik virüsü" olarak adlandırılmıştır. Bu şekilde verilen isimler genelde birkaç kelimeden oluştuğu için, kolaylık sağlaması amacıyla, virüslerin İngilizce isimlerindeki kelimelerin ilk harfleri alınarak ortaya çıkarılan kısaltma yaygın olarak kullanılmaktadır. Buna göre; tütün mozaik virüsü TMV, patates Y virüsü PVY, tütün nekroz virüsü TNV olarak isimlendirilmektedir. Bu kısaltmalara "akronim" (acronym) adı verilir. Viruslar değişik özellikleri dikkate alınarak gruplara ayrılmıştır. Sınıflandırmada kullanılan özellikler arasında; nükleik asit tipi, protein özellikleri, virüs partikülünün yapısı, fiziksel ve kimyasal özellikleri, bitkiden bitkiye taşınmalar! sayılabilir. Uluslararası komite tarafından bitki patojeni viruslar 27 grupta toplanmışlardır: 1. Luteovirus : Arpa sarı cücelik virüsü (BYDV), 2. Mısır klorotik cücelik virüsü : (MCDV), 3. Sobemovirus : Fasulye güney mozaik virüsü (SBMV), 4. Tütün nekroz virüsü : (TNV), 5. Tombusvirus : Domates cüce çalılık virüsü (TBSV), 6. Tymovirus : Lale sarı mozaik virüsü (TYMV), 7. Comovirus : Yem bezelyesi mozaik virüsü (CpMV), 8. Dianthovirus : Karanfil halkalı leke virüsü (CRSV), 9. Nepovirus : Tütün halkalı leke virüsü (TobRV), 10. Bezelye enasyon mozaik virüsü : (PEMV), 11. Yonca mozaik virüsü : (AMV), 12. Bromovirus : Brom mozaik virüsü (BMV), 13. Cucumovirus : Hıyar mozaik virüsü (CMV), 14. Ilarvirus : Tütün çizgi virüsü (TSV), 15. Kadife tütün benek virüsü : (VTMV), 16. Tobravirus : Tütün ratil virüsü (TRV), 17. Tobamovirus : Tütün mozaik virüsü (TMV), 18. Hordeivirus : Arpa bant mozaik virüsü (BSMV), 19. Potexvirus : Patates X virüsü (PVX), 20. Carlavirus : Karanfil latent virüsü (CLV), 21. Potyvirus : Patates Y virüsü (PVY), 22. Closterovirus : Turunçgil tristeza virüsü (CTV), 23. Rhabdovirus : Şekerpancarı yaprak kivircikliği virüsü (BLCV), 24. Domates lekeli solgunluk virüsü (TSWV), 25. Reovirus : Çeltik cücelik virüsü (RDV), 26. Geminivirus : Şekerpancarı tepe kivircikliği virüsü (CTV) : Şekerpancarında ekonomik önemde zarara neden olan bir virüstür. Fasulye, domates, ıspanak , kavun gibi bitkiler de konukçulan arasındadır. Domateslerde sarılık hastalığına neden olmaktadır. Etmenin oluşturduğu ilk belirtiler genç yaprakların damarlarında renk açılması ve şişmedir. Daha sonra yapraklar içe doğru kıvrılır. Genç bitkiler enfekte olursa gelişemez, bir süre kivirciklaşmiş cüce bir bitki olarak yaşar ve sonunda ölür. Gelişmiş bitkilerde de cüceleşme belirgindir ve çok miktarda küçük yaprak oluştururlar. Yapraklar kıvrılır ve damarları şişer. Yaprakların alt yüzünde meme gibi çıkıntılar oluşur. Bazen damarlardan yapışkan kahverengimsi bir akıntı çıkabilir. Hasta yapraklar önce koyu yeşil renktedir, sonra sarıya ve kahverengiye dönerler. Gelişmiş yapraklar enfekte olursa bunlarda kıvırcıklaşma olmaz, fakat sarararak ölürler. Hastalıklı bitkilerde sağlıklı bir kök gelişimi olmaz. Kesit alındığında iletim demetlerinin kahverengileştiği görülür. Etmen cüce ağustos böcekleriyle taşınmaktadır. Kuru yapraklarda 4 ay, kurutulmuş böcek vektörün vücudunda ise 6 ay enfeksiyon yeteneğini kaybetmeden kalabilmektedir. Bitkilerde floemde ve buna komşu parankima hücrelerinde çoğalmaktadır. Bulaşık bitki artıkları ve yabanciotlar üzerinde kışı geçirir. Mücadelesi: Dayanıklı çeşit yetiştirmek, yabanciot ve böcek vektörle etkin bir mücadele yapmak, başvurulan yöntemlerdir. 27. Caulimovirus : Karnabahar mozaik virüsü (CaMV) Günümüze kadar bitkilerde hastalık meydana getiren 10 kadar da viroid tesbit edilmiştir. Küre şeklinde tek sarmal RNA molekülleridir.Bunlarm konukçularmda nasıl hastalık oluşturduğu ve nasıl çoğaldıkları hala tam olarak anlaşılamamıştır. Bulaşık üretim materyaliyle veya mekanik olarak taşınmaktadırlar. Yüksek sıcaklığa viruslardan daha dayanıklıdırlar. Viroidlerin neden olduğu önemli bitki hastalıkları arasında; patates iğ yumru, turunçgil cücelik ve krizantem cücelik hastalıkları sayılabilir. Turunçgil Cücelik (Exocortis) Viroidi (CEV)Akdeniz, Ege ve Karadeniz Bölgesindeki turunçgil alanlarında değişik oranlarda bulunan ve portakal, limon ve Rize mandarinlerinde zarara neden olan bir hastalıktır. Etkilenen ağaçlarda ölüm nadiren görülür, meyve kalitesi de etkilenmez, fakat bulaşık kalemler hassas anaç üzerine aşılandığında verim önemli oranda azalır. Hastalıkla bulaşık ağaçların değişik seviyelerde cüceleştiği görülür. Bazı bitkilerde yaprak deformasyonu ve damar nekrozları oluşabilir. Belirti göstermeyen bulaşık ağaçlardan alınan kalemler hassas anaçlar üzerine aşılanırsa, anaçta kabuk çatlaması ve soyulmalar ortaya çıkar. Bazen bu durum toprak altındaki köklere kadar ulaşabilir ve büyük kökler ölebilir. Soyulan kabuk tabakasının altında zamklanma da olabilir.Etmen tek sarmal bir RNA molekülünden oluşan bir viroiddir. Işığa ve kimyasallara oldukça dayanıklıdır. Uzun süre kuru dokuda canlılığını koruyabilir. Taşınması çoğunlukla aşı yoluyla olur. Ayrıca aşılamada ve budamada kullanılan bıçak ve makaslarla mekanik olarak da taşmabilmektedir. Mücadele açısından bu malzemenin, sodyum hipoklorit gibi bir dezenfektanla temizlenmesi önemlidir. Ayrıca sürgün ucu aşılama tekniği ile hastaliksiz bitki elde edilebilir. Yabanciotlar ve Çiçekli Parazit Bitkiler Kültür bitkilerinde zarara neden olan canlı etmenler arasında yabanciotlar ve parazit bitkiler de bulunmaktadır. Bunlar hem kültür bitkilerinin besinine ortak olarak doğrudan zarar oluşturur, hem de hastalık etmenlerine konukçuluk ederek veya onları sağlıklı bitkilere taşıyarak dolaylı olarak da bitkisel verimin azalmasına neden olurlar. Kültür bitkilerinin yetiştirildiği alanlarda veya su kanalları, havaalanları, demiryolları gibi yerlerde bulunması istenilmeyen bitkilere yabanciot denilmektedir. Yabanciotlar yaşam süreleri bakımından; tek yıllıklar, iki yıllıklar ve çok yıllıklar olmak üzere 3 grupta ele alınmaktadır. Tek yıllık yabanciotlar yazlık tek yıllıklar ve kışlık tek yıllıklar olarak iki gruba ayrılmışlardır. Yazlık tek yıllık yabanciotlarm tohumlan ilkbaharda çimlenir. Bunlar gelişmelerini sonbaharda tamamlarlar ve tohumlarını oluşturarak kışı bu şekilde geçirirler. Kışlık tek yıllıkların ise tohumları sonbaharda çimlenir, gelişmeleri kış boyunca sürer, ilkbaharda hızlanır ve sonbaharda tohum vererek ölürler. Tek yıllık yabanciotlara örnek olarak, yabani hardal (Sinapis arvensis) ve tilki kuyruğu (Alepecurus myosuroides) verilebilir. İki yıllık yabanciotlar gelişmelerini iki yıl içinde tamamlar, ikinci yıl tohum vererek ölürler. Yabani havuç (Daucus carota) iki yıllık bir yabanciottur. Çok yıllık yabanciotlar ise 1-2 yıl içinde ölmez, stolon, rizom gibi yapıları ile yaşamlarını sürdürür, ayrıca tohum oluşturarak da yoğunluklarını artırırlar. Tarla sarmaşığı (Convolvulus arvensis), ayrık (Agropyron repens) ve köy göçüren (Circium arvense) çok yıllık yabanciotlardan bazılarıdır. Yabanciotlar morfolojik yapıları bakımından pratikte geniş yapraklılar ve dar yapraklılar olmak üzere 2 grupta ele alınırlar. Geniş yapraklı yabanciotlar botanikte çift çenekliler olarak isimlendirilmekte ve Dicotyledoneae sınıfında yer almaktadırlar. Dar yapraklılar ise tek çenekliler olup Monocotyledoneae sınıfında ele alınırlar. Yabanciotlarm yaşam süreleri, biyolojileri, tohum, stolon ya da rizomlan ile çoğalıp çoğalmamaları ve morfolojik özellikleri, yani dar veya geniş yapraklı olmaları oniarla mücadele açısından önem taşımaktadır. Yabancıotlar gelişimleri sırasında kültür bitkilerine, hasattan sonra da onları tüketen canlılara çeşitli şekillerde zarar vermektedirler. Bu zararlar şu şekilde sıralanabilir: 1. Yabanciotlar kültür bitkilerinin suyuna ortak olurlar. Kültür bitkilerine oranla çok daha fazla su tüketen yabanciotlar, özellikle yeterli miktarda su içermeyen topraklarda kültür bitkilerinin su alımını büyük oranda azaltırlar. 2. Kültür bitkilerinden daha kuvvetli kök sistemine sahip olduklarından topraktan daha fazla miktarda bitki besin elementi alırlar. Bu şekilde kültür bitkilerinin zayıf gelişmesine neden olarak verimi azaltırlar. 3. Yoğun olarak geliştikleri alanlarda yabanciotlar toprak sıcaklığını birkaç derece düşmesine neden olarak kültür bitkilerinin gelişimini olumsuz yönde etkileyebilirler. Kültür bitkilerinin gelişme ve olgunlaşma süreleri düşük toprak sıcaklığında daha uzun sürede olacağından, bitkiler olumsuz koşullardan, hastalık ve zararlılardan daha uzun süre etkilenirler ve verimleri azalır. 4. Yabanciotlar kültür bitkilerinden çok daha hızlı geliştikleri için kültür bitkilerinin yeterli ışık almasına da engel olurlar. Bunun sonucunda aynı tarlada gelişen kültür bitkilerinden bazıları daha az ışık alarak gelişmesi geri kaldığından, kültür bitkileri arasında heterojen bir gelişme söz konusu olmaktadır. 5. Bazı yabanciotlar salgıladıkları maddelerle çevrelerinde bulunan kültür bitkilerine olumsuz etkide bulunabilirler. Örneğin ayrık isimli yabanciot köklerinden salgıladığı maddelerle bazı kültür bitkilerinin çimlenme ve gelişmesini engellemektedir. 6. Yabanciotlar, ilaçlama, hasat gibi tarımsal uygulamaları da büyük ölçüde zorlaştırmakta, özellikle hasat sırasında kalite ve kantite bakımından kayıplara neden olmaktadır. 7. Kültür bitkilerine zarar veren hastalık ve zararlılara konukçuluk ederek onların yoğunluklarının artmasına ve böylece bitkilerde daha fazla zararlı olmalarına neden olurlar. 8. Sözü edilen tüm bu zararlılar nedeniyle mücadeleyi gerektirdiklerinden tarımda ilave yatırım ve işgücü ihtiyacı ortaya çıkarmak suretiyle ekonomik kayba neden olurlar. 9. Mücadele yapılmadığı takdirde hasat sırasında yabanciotlann ürüne karışmaları sonucu toksik maddeler içeren bazı yabanciotlar onları tüketen kişilerde zehirlenmeye neden olabilirler. Ayrıca otlaklarda bulunan bu zehirli bitkiler hayvanlarda da öldürücü etki yaparlar. 10. Tarım alanlarında sözü edilen bu zararları dışında, yabanciotlar havalanlan, karayolları, demiryolları, su kanalları ve binaların dış yüzeylerindeki çatlaklarda çimlenip gelişerek bunların çatlayıp bozulmasına neden olabilirler. Bu nedenle zaman zaman yol ve kanallarda bulunan yabanciotlarla da mücadele edilmesi gerekmektedir. Herhangi bir yerdeki yabanciot tür sayısı ve yoğunluğu, o bölgede hakim olan iklim faktörlerine, toprak özelliklerine ve orada yetiştirilmekte olan kültür bitkisi türüne bağlı olarak değişmektedir, iklim ve toprak istekleri bölgeye uyum sağlayan ve kültür bitkisi ile rekabet edebilecek türlerin yoğunluğu artacak, diğer türler ise zamanla azalacaktır. Kültür bitkisi değiştiğinde buna bağlı olarak yoğunluğu azalmış olan türlerden bazıları yeniden artış gösterebilir. Azalan türler tamamen ortadan kalkmazlar, tohumları toprakta çimlenmeden bir süre canlılığını koruyabilir. Yabanciot türüne göre değişen ve tohumların çimlenmeden toprakta bekledikleri bu süreye "dormansi" denir. Dormansi dönemi, tohumların olgunlaşmak için beklediği primer dormansi ile, çimlenmek için uygun koşulları beklediği sekonder dormansi olmak üzere 2 bölümde ele alınmaktadır. Tohumun çimlenmesinden sonra vegetatif ve generatif gelişme dönemleri gelir ve gelişimini tamamlayan yabanciot yeniden tohum oluşturarak dormansiye girer. Ülkemizde yetiştirilmekte olan çeşitli tarımsal ürünlerde verimi azaltan önemli yabanciot türleri şunlardır: * Sinapis arvensis: Yabani hardal, * Cirsium arvense: Köygöçüren, * Convolvulus arvensis: Tarla sarmaşığı, * Chenopodium albüm: Kazayağı (Sirken), * Papa ver rhoeas: Gelincik, * Galium aparine: Yapişkanotu, * Boreova orientalis: Sariot, * Bifora radians: Kokarot, * Avena spp.: Yabani yulaf, * Cynodon dactylon: Ayrık, * Echinocloa crus-galli: Dancan, * Sorghum halepense: Kanyaş (Geliç), * Yaşaması için gerekli besin maddelerini kendisi sentezleyen veya mineralleri topraktan alamayan, beslenip gelişebilmek için konukçu bitkilere gerek duyan ve bu bitkiler üzerinde parazit olarak yaşayan bitkilere "parazit çiçekli bitkiler" denir. Bunlardan bazılarının kök sistemleri gelişmiştir ve klorofil sentezi de yapabilirler, fakat su ve mineral maddeler bakımından konukçuya bağımlıdırlar. Bunlara "yarı parazitler" denir. Bazılarının ne kök sistemleri ne de klorofilleri vardır. Tamamen konukçuya bağımlı olan bu bitkilere ise "tam parazitler" denir. Ülkemizde 3 farklı familyadan 3 parazit bitki, kültür bitkilerinde zararlı olmaktadır. * Familya 1. Cuscutaceae * Cuscuta spp.: Küsküt * Küsküt tam parazit bir bitkidir. Yaprak ve kök gibi organlara sahip değildir. Bu nedenle besinini emeçleriyle konukçu bitkiden temin ederek yaşamını sürdürür. Tropik ve subtropik bölgelerde gelişebilen 100 'den fazla türü vardır. Gri veya kırmızı kahverengi tohumlar vardır. Tohumları toprakta 5 yıl kadar canlı kalabilir. Tohum çimlenince spiral şeklinde gelişen sarı renkli bir sürgün oluşturur. Sürgünün ucu konukçu bitkinin gövdesine temas edince, gövdenin etrafına sarılarak gelişir ve oluşturduğu "haustoryum" (haustorium) denilen emeçleriyle bitki özsuyunu emerek beslenir. Hızlı bir şekilde gelişerek çeverdeki bitkinin üzerini sarı veya turuncu, iplik benzeri gövdesiyle sararak ağ şeklinde örter. Sürgünleri konukçu bulamazsa birkaç hafta canlılığını sürdürebilir, beslenemediği için daha sonra ölür. Konukçulan arasında yonca, soğan, şekerpancarı, patates, tütün ve süs bitkileri sayılabilir. Bulaşık bitkiler iyi bir gelişme göstermez, verimleri düşer. Parazit yoğun olursa bitkiler ölebilir, ilkbahar sonu veya yaz başlarında parazit, kitle halinde beyaz, pembe veya sarımsı renkte çiçeklerini oluşturur. Birkaç hafta sonra oluşan tohumları toprağa düşerek burada hemen çimlenir ya da ertesi yıla kadar dormanside kalırlar. Küsküt tohumları suyla, tarım aletleriyle, hayvanlarla veya bulaşık tohumla uzak mesafelere taşınabilir. Bu parazit doğrudan zararı yanında bazı virüs hastalıklarını taşımak suretiyle de kültür bitkilerine zarar vermektedir. * Mücadelesi: Temiz tohum kullanımı, evcil hayvanların bulaşık alanlardan temiz alanlara hareketini önlemek, tarım aletlerinin bulaşık olmamasına dikkat etmek gibi kültürel önlemler başta gelmektedir. Bulaşık alanlarda küsküt tohum oluşturmadan önce kimyasal veya mekanik mücadele yapılması gerekir. Toprak ilaçlaması da tohumun çimlenmesinden hemen sonra paraziti öldürerek konukçuya ulaşmasını engeller. * Familya: Orobanchaceae * Orobanche spp.: Canavar Otu * Canavar otu, tek yıllık tam parazit bir bitkidir. Etli bir gövdesi, pul benzeri yaprakları ve çok sayıda, sarımsı beyaz veya leylak rengi güzel çiçekleri vardır. Birkaç milimetre uzunlukta oval tohum kapsülleri içinde yüzlerce küçük tohum oluşturur. Parazit bitki kışı tohum halinde geçirir. Tohumları olumsuz koşullarda toprakta 10 yıldan daha uzun süre canlı kalabilmektedir. Tohumların yakınında uygun bir konukçu bitki geliştiğinde tohum çimlenir ve konukçu bitkinin köküne doğru gelişir ve oraya tutunarak disk şeklinde "apressoryum" (appressorium) adı verilen bir kökçük oluşturur. Apressoryum kökü sararak penetrasyonu gerçekleştirir, ksileme ulaşarak su ve besin maddelerini buradan temin eder. Daha sonra toprak üzerinde parazitin gövdesi gelişir. Toprak altında ise sekonder kökler oluşarak çevredeki konukçulann köklerini enfekte eder ve yeni yeni gövdeler toprak üzerinde oluşmaya başlar. Aynı konukçu kökünde birkaç canavar otu aynı anda bulunabilir, iki aydan daha kısa bir süre içinde çiçek ve tohumları oluşarak tohumlar yeniden toprağa karışır. Konukçulan arasında tütün, domates, patates, yonca gibi bitkiler bulunmaktadır. Bitkiler sağlıklı gelişemez, cücelik görülür, verim azalır. Bazen üründe % 10-70 arasında değişen kayıplara neden olabilmektedir. * Mücadelesi: Tohumun bulaşması önlenmeli, konukçusu olmayan bitkiler yetiştirilmeli ve görülen parazit bitkiler tohum oluşturmadan imha edilmelidir. Küçük alanlarda metil bromitle toprak dezenfeksiyonu yapılabilir. Ayrıca glyphosate etkili maddeye sahip herbisitler de kullanılabilir. * Familya: Viscaceae * Viscum albüm: Ökse Otu Ökse otu klorofil sentezi yapabilen, yan-parazit bir bitkidir. Küçük yeşil yaprakları ve 1-2 cm çapında gövdesi, küçük çiçekleri ve içinde tek tohum taşıyan küçük meyveleri vardır. Yaprakları fotosentez yapabilir. Fakat su ve mineral maddeleri, kökleri olmadığı için haustoryum benzeri emeçleriyle, konukçu bitkinin dallarından temin eder. Kuşlar tohumlarını severek yedikleri için yapışkan tohumlarını ağaçların tepe kısımlarına dışkılarıyla bulaştırırlar. Tohum çimlenerek konukçu bitkinin gövdesini enfekte eder. Haustoryumlan ile beslenerek gelişir. Ağaçların gövdesinde enfekte olmuş kısımlarda şişkinlikler meydana gelir. Daha sonra bu kısımlarda ökse otu bitkileri gelişir. Bazen ağaçların değişik kısımlarında enfeksiyon sonucu ağaç üzerinde büyük kitleler halinde yeşillikler dikkati çeker. Özellikle kış aylarında ağaç sanki yaprak dökmemiş gibi görünebilir; fakat gelişmeleri geriler, enfekte olmuş kısımlarda gelişme bozukluğu ve ölüm görülebilir. Konukçulan arasında elma, kiraz, turunçgiller, ardıç gibi çok yıllık meyve ve süs ağaçlan bulunmaktadır. Mücadelesi. Bulaşık kısımlar budanarak imha edilmelidir. Yabancı otlarla Mücadele Yabancı otlarla mücadelede çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Bazen birden fazla yöntemin bir arada kullanılması daha iyi sonuç vermektedir. Öncelikle yabancı otların bulunmadığı alanlara taşınmalarını, bulundukları yerlerde de yoğunluklarını artırmalarını önlemek için dikkat edilmesi gerekli hususlar kültürel mücadele içinde ele alınır. Yabancı ot tohumlarının kültür bitkisi tohumuna karışmaları önlenmeli, temiz tohumluk kullanılmalıdır. Hasat artıkları da bol miktarda yabancı ot tohumu içerdiğinden, bunların tarlada bırakılmaması gerekir. Yabancı ot tohumları hayvan yemi olarak kullanılan kültür bitkisi tohumlarına karışabilir. Bunlardan bir kısmı sindirim sırasında canlılığını kaybeder; fakat, büyük bir kısmı gübre ile birlikte yeniden tarım alanlarına bulaşabilir. Bu nedenle hayvan gübresi iyice fermente olduktan sonra kullanılmalıdır. Ayrıca bulaşmada rol oynayabilecek tarım aletlerinin temizliğine de dikkat edilmelidir. Kültür bitkilerinin yabancı otlarla rekabette üstün olmaları için bazı kültürel uygulamalar etkili olabilmektedir. Örneğin kültür bitkilerini ekerken normalden biraz fazla tohum kullanmak, ekim tarihini öne alarak yada geciktirerek kültür bitkilerinin yabancı otlardan mümkün olduğunca az etkilenmelerini sağlamak, bu uygulamalar arasında sayılabilir. Rotasyonda rekabet gücü yüksek bitkileri kullanmak da oldukça etkili bir kültürel uygulamadır. Yabancı ot mücadelesinde, özellikle de kültür bitkilerinin bulunmadığı alanlarda, yabancı otları yakmak, su altında bırakmak, biçmek gibi mekanik uygulamalar tercih edilebilir. Fidelik, sera gibi küçük alanlarda az miktarda yabancı ot varsa bunlar elle yolunarak temizlenebilir. Sıraya ekilerek yetiştirilen kültür bitkilerinde ise yabancı ot temizliğinde çapalama oldukça etkili bir yöntemdir. Ancak iş gücünün pahalı olduğu yerlerde ve çok geniş alanlarda uygulanması zordur. Yabancı otların ortadan kaldırılmasında sıcaklık veya değişik dalga boyundaki ışığın yada elektromanyetik dalgaların kullanılması fiziksel mücadele içinde ele alınır. Bugün içinde pratikte uygulanan tek fiziksel mücadele yöntemi sıcaklık uygulamasıdır. Bu da, toprak üzerinin özellikle sıcak yaz aylarında koyu renk plastik örtülerle kapatılarak, örtü altında toprak sıcaklığının yükselmesini sağlamak suretiyle yapılmaktadır. Bu şekilde yabancı otlar ışık alamayacakları için de zarar görürler. Yabancı ot yoğunluğunun ekonomik zarar seviyesinin altında tutulması amacıyla, yabancı otlar üzerinde beslenen böcek veya patojenlerin kullanılması, biyolojik mücadele uygulamalarıdır. Bugüne kadar pratikte uygulanan çok az sayıda örnek olmasına rağmen, bu yöntemle ilgili olarak hala çok sayıda araştırma yapılmaktadır. Biyolojik mücadelede başarıya ulaşmış yabancı otlardan bazıları Frenk inciri (Opuntia sp.) ve Koyun kıran (Hypericum perforatum) 'dır. Frenk inciri ile savaşta bir kelebek (Cactoblastis cactorum), koyun kıran bitkisiyle savaşta ise iki kın kanatlı böcek (Chrysolina hypericive C. quadrigemina) kullanılmıştır. Patojenlerle ilgili olarak da başarılı örnekler vardır. Cyperus esculentus'a karşı Puccinia canaliculata, Malva pusilla'ya karşı ise Colletotrichum gloeosporioides fungusları biyolojik mücadelede kullanılmaktadır. Biyolojik mücadelede başarılı olabilmek için uygulanan zararlı veya patojenin yabancı otlara özelleşmiş olması gerekir. Ayrıca yabancı otun bulunduğu alana adapte olabilmelidir. Böyle bir adaptasyon söz konusu olursa biyolojik mücadelede kullanılacak etmenin bir kez bulaştırılması yeterli olacaktır. Aksi halde mücadele gerektiğinde kimyasallarda olduğu gibi tekrar tekrar uygulama yapma durumu ortaya çıkar. Şimdiye kadar genelde fungal patojenler bu şekilde uygulanmışlar ve "miko herbisit" olarak isimlendirilmişlerdir. Bir patojenin miko herbisit olarak kullanılabilmesi için laboratuvar koşullarında kolay ve ucuz bir şekilde üretilebilmesi ve preparat haline getirilebilmesi gerekir. Kimyasal preparatlarin çevre üzerindeki olumsuz etkileri nedeniyle biyolojik mücadele ve miko herbisit kullanımı önemini korumakta ve bu konuda çalışmalar sürdürülmektedir. Herbisit kullanılarak yabancı otların ortadan kaldırılması kimyasal mücadele olarak ele alınmaktadır. Şu anda yabancı otlara karşı en çok kullanılan mücadele yöntemidir. Kimyasal mücadelede kullanılan herbisitler iki kısma ayrılmıştır: Bunlar Total herbisitler ve Seçici herbisitlerdir. "Total herbisitler" kullanıldıkları alanda bulunan bütün bitkileri etkileyen herbisitlerdir. Bu nedenle daha çok yol ve meydanlarda ortadan kaldırılması istenen yabancı otlara karşı kullanılırlar. Kültür bitkilerinin bulunduğu alanlarda kullanılan ve kültür bitkilerine zarar vermeden sadece yabancı otları etkileyen herbisitler ise "selektif yani seçici herbisitlerdir". Selektif herbisitlerin seçiciliği çeşitli faktörlerden kaynaklanmaktadır. Bu faktörler 3 grupta incelenebilir: 1. Bitkinin özelliklerinden kaynaklanan selektivite: Kültür bitkisi ve yabancı ot arasında genetik yapıları bakımından ortaya çıkan farklılıklar selektiviteye neden olabilir. Aynı kimyasal maddeye bir bitki tepki göstermezken, aynı gruptan bir başka bitki bu maddeden etkilenebilmektedir. Aynı şekilde bitkilerin gelişme dönemleri, morfolojik yapılan ve fizyolojilerindeki farklılıklar da selektiviteyi ortaya çıkarabilir. Örneğin dar yapraklı bir kültür bitkisi herbisitten etkilenmezken, geniş yapraklı yabancı otlar kolaylıkla etkilenip ölebilirler. 2. Herbisitin özelliklerinden kaynaklanan selektivite: Herbisitlerin kimyasal yapıları, formülasyonları ve uygulama şekilleri selektivite de rol oynayabilir. 3. Çevre koşullarından kaynaklanan selektivite: Sıcaklık, nem, ışık, toprağın fiziksel ve kimyasal özellikleri herbisitlerin seçiciliği üzerinde önemli rol oynamaktadır. Herbisitler kullanım zamanlarına göre de gruplandırılmışlardır. Kültür bitkilerinin ekilisi ve toprak yüzeyine çıkışı dikkate alındığında herbisitler; Ekim öncesi (Pre-plant), Çıkış öncesi (Pre-emergence), Çıkış sonrası (Post-emergence), kullanılan herbisitler olmak üzere 3 grupta incelenirler. Ancak bazı herbisitler değişik zamanlarda da uygulanabilmektedirler. 3. Patoloji Bitkilerde hastalığın oluşabilmesi için öncelikle bir patojenle veya abiotik bir faktörle bitkinin karşı karşıya gelmesi gerekir. Bu karşılaşma anında yada sonrasında çevre koşullan uygun değilse; çok soğuk, çok sıcak ve kurak koşullarda hastalık etmeni canlı çoğalamayacağı için, hastalık oluşamaz. Hastalığın oluşabilmesi için bitkinin dispozisyonu uygun olmalı, bitki immun yani bağışık olmamalı, hastalık etmeninin virülensi yüksek olmalı, yani hipovirülent olmamalı ve çevre koşulları da hastalık oluşumuna uygun olmalıdır Bu üç faktörün etkileşimi bir üçgen halinde gösterilir ve buna "hastalık üçgeni" denir. Bu üç faktör ne kadar uygun olursa, hastalık o kadar şiddetli olur. 3.1. Hastalıkların Gelişim Devreleri Bitkilerde hastalığın oluşumu belirli evrelerde gerçekleşir. Bu olaylar zincirine "hastalık çemberi" denir. Hastalık çemberi bazen patojenin hayat çemberine bağlı olarak gelişir. Hastalık çemberindeki başlıca olaylar; inokulasyon, penetrasyon, enfeksiyon, inkubasyon ve fruktifikasyon 'dur. "inokulasyon" herhangi bir patojenin konukçu bitkiye temasıdır. Konukçu dokuları üzerine ulaşarak bitki ile temasa geçen patojenlere veya patojenlere ait spor, misel parçası gibi parçacıklara "inokulum" denir, inokulum, konukçu üzerinde çimlenerek enfeksiyonu başlatır. Bakteri, mikoplasma, virüs ve viroidlerde inokulum mikroorganizmanın tamamıdır; fakat, funguslarda bir spor, misel parçası, sklerot gibi çimlenerek fungusu oluşturabilecek herhangi bir yapıl olabilir, inokulum çeşitli çevresel faktörler yardımıyla taşınarak konukçu bitkiye ulaşır. Bitki yüzeyine ulaşan inokulumun bitki dokuları içine girmesine F "penetrasyon" denir. Patojenlerin bitki dokuları içine girişi yaralardan, doğal açıklıklardan veya doğrudan doğruya epidermisten olabilir. Bazen penetrasyonda vektörler rol oynayabilir. Penetrasyon mutlaka enfeksiyonlaI sonuçlanmaz. Konukçu bitki dayanikhysa, penetrasyon gerçekleşse bile bitki hastalanmayabilir, patojen hastalığı oluşturamadan ölür. Penetrasyondan sonra patojenin hassas konukçu hücre ve dokularına ulaşarak burada beslenmeye başlamasına ve gelişerek çoğalmasına "enfeksiyon" denir. Başarılı enfeksiyonlar konukçu dokularında belirtilerin ortaya çıkmasına neden olur. Ancak bazı enfeksiyonlarda bir süre belirti oluşmayabilir. Bu süre "latent dönem" olarak adlandırılır. Birçok hastalıkta belirtiler inokulasyondan birkaç gün veya birkaç hafta sonra oluşmaktadır. * Bazen bu süre birkaç yıl kadar da sürebilmektedir. İnokulasyondan feelirtilerin ortaya çıkmasına kadar geçen bu süreye "inkubasyon dönemi" denir. Enfeksiyondan sonra patojen konukçu dokularına veya organlarına yayılarak gelişmeye devam eder. Bazı patojenler hücreler arasında, bazıları hücre içinde, bazıları da iletim demetlerinde çoğalır ve yayılırlar. Birçok enfeksiyon lokaldir; yani, patojen konukçunun bir yada birkaç hücresinde veya bitki üzerindeki küçük bir alanda etkili olur. Bazı enfeksiyonlar ise sistemiktir; yani, patojen girdiği noktadan bitkinin tüm hassas hücre ve dokularına yayılır. Enfeksiyonlar sonucunda patojenlerin bitki dokuları içinde gelişerek, eşeyli veya eşeysiz çoğalma yapılarını oluşturmalarına "fruktifikasyon" veya "sporulasyon" denir. Koşullar hastalık oluşumuna uygun devam ettiği sürece hastalık çemberi tekrarlanır. Koşullar uygunsuz hale gelince patojenler dayanıklı yapılarını oluşturarak bitki artıklarında veya toprakta canlılıklarını sürdürür ve ertesi yıla bu şekilde geçerler. Patojenlerden bazıları hastalık çemberini bir yılda (monocyclic), bazıları birkaç yılda (polyetic) tamamlayabilir. Bazı hastalık etmenleri ise bir yıl içinde birkaç döl verebilir, defalarca hastalık çemberini tekrarlar ve inokulum miktarlarını kat kat artırırlar (polycyclic). 3.2. Patojenlerin Hastalık Oluşturma Mekanizmaları Tüm canlılar gibi bitkiler de hücrelerden oluşurlar. Çevreleri ile temasta olan yüzeyleri; köklerin epidermis hücrelerinde ve yaprak parankima hücrelerinin hücreler arası boşluklarında selülozdan, toprak üstü kısımlarında ise epidermis duvarını kaplayan kutikuladan ibarettir. Özellikle genç dokularda kutikulanın dışında mum tabakası bulunur. Patojenler bitki hücrelerini istila edebilmek için öncelikle bu dış tabakayı aşmak zorundadırlar. Funguslar ve parazit bitkiler genellikle appressorium oluşturarak mekanik bir basınçla kutikulayı ve hücre duvarını aşarlar. Fakat yine de patojenlerin bitki bünyesi içindeki faaliyetleri esasen kimyasaldır. Bitkilerde hastalıkların oluşumunda patojenler tarafından salgılanan enzim, toksin, büyüme düzenleyicisi ve polisakkaritlerin önemli rolleri vardır. Yumuşak çürüklüklerde enzimler, tütünlerde vahşi ateş hastalığında toksinler, kök uru oluşumunda ise büyüme düzenleyicileri yani hormonlar rol oynar Patojenlerden sadece virüsler ve viroidler bu maddeleri salgılayamazlar. Fakat bunlar, bitki hücrelerinde doğal olarak oluşan bazı maddelerin, bitkilere zarar verecek düzeyde salgılanmasını teşvik ederler. Enzimler bitki hücrelerindeki yapı maddelerini eritir, hücredeki ana gıda maddelerini parçalar yada doğrudan protoplasti etkileyerek işlevini engellerler. Toksinler doğrudan protoplasmayı etkiler, stoplasma zarının geçirgenliğini ve fonksiyonunu bozarlar. Hormonlar hücre bölünmesi yada hücre boyutları üzerinde etkili olurlar. Polisakkaritler ise sadece iletim demeti hastalıklarında rol oynar, su ve mineral maddelerin taşınmasını etkileyerek zararlı olurlar. 3.3. Bitkilerdeki Savunma Mekanizmaları Bitkiler patojenlerin saldırısına karşı kendilerini savunurlar. Savunmada bitkinin yapısal özellikleri yada bitki bünyesinde gerçekleşen biyokimyasal reaksiyonlar rol oynar. Savunma mekanizmalarının bir kısmı bitkide doğal olarak bulunur, bazıları ise patojenle temastan sonra oluşturulur. Bitkilerde doğal olarak bulunan savunma mekanizmalarından ilkini bitkinin yüzeysel yapısı oluşturmaktadır. Epidermis üzerinde mum tabakasının veya tüylerin olup olmaması yada bunların yoğunluğu, kütikulanın kalınlığı, stomaların açık kalma süresi, sayıları ve yapıları, bitkilerdeki morfolojik dayanıklılık unsurlarından bazılarıdır. Bitkilerde doğal olarak bulunan bazı kimyasal bileşiklerin de savunmada önemli rolleri vardır. Bir bitki türünde bazı kimyasal maddelerin bulunup bulunmaması yada bunların miktarları, bitkinin patojenlere karşı dayanıklı veya duyarlı olmasında etkili olur. Örneğin konukçuda polisakkarit, protein veya glikoprotein (lektin) yapısında maddelerin bulunması, patojenlerin konukçu bitkiyi tanıyarak appressorium yada enzimlerini oluşturmasını sağlar. Bitki bünyesinde patojenlerin gelişebilmesi için gerekli besin maddelerinin olup olmaması ve bunların konsantrasyonları da hastalık oluşumunda önem taşımaktadır. Bitkilerde doğal olarak bulunan ve patojenlerin gelişmesini önleyen kimyasal maddeler arasında, fenolik bileşikler ve taninler sayılabilir. Bunlar genç yaprak ve meyve hücrelerinde yüksek konsantrasyonlarda bulunan bileşiklerdir. Patojenlerin pektolitik enzimlerinin işlevini önleyerek etkili olurlar. Bitki dokuları yaşlandıkça hücrelerin içerdiği inhibitör madde miktarı ve buna bağlı olarak dayanıklılık azalır. Ayrıca bitkilerde bulunan bazı enzimler (glukanaz, kitinaz) patojenlerin hücre duvarının yapısını bozmak suretiyle savunmada rol oynarlar. Bitki bünyesinde doğal olarak bulunan savunma yapılarına ve kimyasal bileşiklere rağmen, bazı patojenler konukçularına penetrasyonu gerçekleştirerek değişik seviyelerde enfeksiyona neden olurlar Bitkilerde ise enfeksiyondan sonra, yani bitki patojen saldırısına uğradıktan sonra değişik savunma mekanizmaları devreye girer. Patojenin geliştiği bitki hücrelerinin yakınındaki hücrelerde birtakım değişiklikler ortaya çıkar. Bu hücrelerde dokusal savunma yapıları oluşur. Bazı bitkilerde enfeksiyon noktasının hemen ilerisinde, patojen tarafından salgılanan maddelerin teşvikiyle, birkaç tabaka halinde mantar hücreleri meydana getirilir. Mantar tabakası patojenin ve onun oluşturduğu zararlı bileşiklerin ilerideki sağlıklı hücrelere ulaşmasını önlemektedir. Ayrıca sağlıklı hücrelerden patojenin bulunduğu kısma besin maddelerinin geçişini de engelleyerek onun besinsiz kalmasına neden olur. Bazen, özellikle sert çekirdekli meyve ağaçlarının genç, gelişmekte olan yapraklarında, enfeksiyondan sonra, enfekte olan hücrelerin etrafında ayırıcı doku oluşturulur. Bunun sonucunda lekeli kısım koparak uzaklaşır. Böylece patojen uzaklaştırılarak yaprakların diğer kısımları sağlıklı kalmış olur. Enfeksiyondan sonra oluşan savunma yapılarından biri de bitkilerin iletim demetlerinde içe doğru meydana gelen ve "tylose" adı verilen çıkıntılardır. Bunlar iletim demetine komşu parankima hücrelerinin protoplastlarının aşırı büyümesi sonucu oluşur ve iletim demetini tamamen tıkayabilirler. Böylece patojen burayı aşıp yukarı doğru ilerleyemez. Enfeksiyondan sonra çok hızlı bir şekilde tylose oluşturan bitkiler solgunluk hastalıklarına dayanıklı olurlar. Bazı bitkiler ise enfeksiyondan sonra, zarar gören dokuların çevresine zamk salgılarlar. Zamk salgısı enfeksiyon noktasının etrafındaki hücrelerin içini ve hücreler arası boşlukları doldurarak, patojenin aşamayacağı bir engel oluşturur. Bitkilerde enfeksiyondan sonra hücresel bazı değişiklikler de söz konusudur. Patojenle karşılaşan parankima hücrelerinin duvarlarının dış tabakası şişkinleşir, hücre duvarı kalınlaşır veya yine hücre duvarının iç yüzeyinde "papilla" denilen çıkıntılar oluşur. Bunlar bazen appresoriumun hücre içine girişini önleyerek penetrasyonu geciktirirler. Bitki hücrelerinin protoplazmasının yoğunlaşarak tanecikli bir yapı kazanması özellikle fungal patojenlerin misellerinin hücre içinde gelişmesini önler. Patojenle karşı karşıya geldikten sonra bitkilerde ortaya çıkan savunma mekanizmalarından biri de aşırı duyarlılık reaksiyonudur (hypersensitive reaksiyon). Patojen hücre duvarından girdikten sonra hücre çekirdeğinin ve protoplazmasının yapısı hızlı bir şekilde bozularak hücre ölür. Böylece patojenin orada gelişerek çevredeki hücreleri etkilemesi önlenmiş olur. Patojenle karşılaştıktan sonra bitki bünyesinde bazı kimyasal bileşiklerin oluşması veya normalde bulunan bazı bileşiklerin miktarlarının artması, savunmada önemli rol oynar. Enfeksiyondan sonra birçok bitkide klorogenik asit, kafeik asit, skopoletin gibi fenolik bileşiklerin miktarlarının arttığı belirlenmiştir. Bunlar patojen enzim ve toksinlerinin işlevini önler, yüksek konsantrasyonları ise patojenlere toksik etki yapar. Daha önce bitkide bulunmayan, enfeksiyondan sonra oluşan ve patojenlere toksik etki yapan kimyasal bileşiklere ise "fitoaleksin" denir. Bunlar patojenlerin bitkiye girişinden sonra, kimyasal yada mekanik zararın başlangıcında oluşurlar. Patojenlerin hücre duvarında bulunan glukan, kitosan, glikoprotein ve polisakkaritler, bitkilerde fitoaleksin oluşumunu teşvik ederler. Fitoaleksinler, oluştukları bitki türüne göre isimlendirilmişlerdir, örnek olarak, fasulye bitkilerinde oluşan phaseolin, bezelyelerde pisatin ve pamukta gossypol verilebilir. 4. Epidemiyoloji Bir tarım alanında, gelişme mevsimi boyunca sadece birkaç bitkide düşük şiddette belirti görülüyorsa, bu durumda ekonomik önemde bir hastalık oluşumundan söz edilemez. Çevre koşulları hastalık oluşumuna uygun, konukçu duyarlı ve patojenin virülensi yüksek olduğunda ise hastalık geniş alandaki bitkileri şiddetli bir biçimde etkileyebilir. Bu şekilde hastalıkların bir gelişme döneminde belirli bir konukçu populasyonunda şiddeti gittikçe artacak ve yayılacak tarzda ortaya çıkmasına, yani salgın oluşturmasına "epidemi" denir. Hastalık epidemilerine neden olan faktörleri, epidemiyoloji bilimi incelemektedir. Hastalık oluşumuyla ilgili, yani konukçu, patojen ve çevreye bağlı faktörler aynı şekilde epidemilerin ortaya çıkmasında da etkili olurlar. 4.1. Epidemi Oluşumunda Etkili Faktörler Konukçunun belirli bir yoğunlukta ve hastalığa duyarlı olması, konukçuya bağlı faktörler olarak sayılabilir. Uygun konukçunun yeterli yoğunlukta olmadığı durumlarda hastalıkların salgın oluşturması söz konusu olamaz. Aynı şekilde konukçunun hastalık etmenine karşı duyarlı olması da gerekir. Dayanıklı bitkilerde hastalık etmenleri salgın oluşturacak kadar hızlı ve yoğun bir gelişme gösteremezler. Epidemilerin oluşabilmesi için patojenin hastalandırma gücünün, yani virülensinin yüksek olması gerekir. Ayrıca patojen söz konusu alanda yeterli miktarda inokuluma sahip olmalıdır. Kısa sürede ne kadar fazla sayıda inokulum konukçuya ulaşırsa, epideminin oluşma şansı o kadar yüksek olur. Ayrıca bir gelişme mevsiminde çok sayıda döl veren patojenlerin epidemi yapma şansı daha yüksektir. Fusarium, Alternaria gibi funguslar vegetasyon dönemi süresince birkaç döl verirler, bu nedenle epidemilere neden olurlar Tilletia ve Ustilago türleri gibi funguslar ise hayat döngülerini ancak bir yıl içinde tamamlayabildiklerinden, bunlarda inokulum yıldan yıla artış gösterir ve epidemiler birkaç yıl içinde oluşabilir. Hayat çemberini birkaç yılda tamamlayabilen patojenler ise daha uzun sürede epidemi oluşturabilirler. Patojenin üreme gücü, yani bir defada meydana getirdiği inokulum miktarı da önemli bir faktördür. Ayrıca söz konusu inokulum kolayca bir konukçudan diğerine taşınabilmelidir. Bu bakımdan sporları hava akımıyla taşınan patojenler daha avantajlıdır. Vektörlerle taşınan patojenlerin yayılarak epidemi oluşturabilmeleri için vektörlerinin yoğunluğu ve hareket yeteneği yüksek olmalıdır. Hassas konukçu ve virülent patojenin bulunduğu tarım alanlarında her zaman hastalık epidemileri oluşmaz. Bu da çevre koşullarının epidemilerin oluşumu üzerindeki etkisini göstermektedir. Çevre koşulları konukçunun yoğunluğunu, duyarlılığını, gelişme dönemini etkileyebildiği gibi, patojenin çoğalma oranını, spor yada inokulum sayısını, canlı kalma yeteneğini, virulensini, yayılma gücünü, spor çimlenmesini ve penetrasyonunu da etkileyebilmektedir. Ayrıca vektörün yoğunluğunu ve aktivitesini de etkiler Bitki hastalıkları epidemilerini etkileyen en önemli faktörler; nem, sıcaklık ve insanlar tarafından yapılan tarımsal uygulamalardır. Nem, konukçunun yeni ve hassas organlar oluşturmasını sağladığı gibi patojenlerin çoğalmasını da teşvik eder. Fungus sporları ve bakteriler su damlacıkları ile taşınır ve yine su içinde hareket ederler. Yeterli oranda nispi nem olmadığında birçok fungusun sporları çimlenip enfeksiyonu oluşturamaz. Nem, virüs ve mikoplazmalar üzerinde dolaylı bir etkiye sahiptir. Vektörün aktivitesini etkileyerek hastalığın yayılmasında rol oynarlar. Sıcaklık bitki gelişimi için uygun olmadığında, bitkinin dayanıklılığı üzerinde olumsuz etki yaparak hastalık epidemilerine neden olabilir. Bazen de patojenin inokulumunu, virülensini veya vektörleri etkileyerek epidemi oluşumu üzerinde rol oynar. Genelde düşük sıcaklık vektör aktivitesini ve patojenlerin inokulum miktarını azaltır. Fakat sıcaklığın asıl önemli etkisi patojen sporlarının oluşumu ve çimlenmesi üzerinde olur. Sıcaklık uygun olduğunda patojen en kısa sürede hayat döngüsünü tamamlar ve bir mevsim içinde çok sayıda döl verebilir. Monokültür tarım, hastalıkla bulaşık üretim materyali kullanma, hassas çeşit yetiştirme, aşırı azotlu gübreleme, yağmurlama sulama, gibi tarımsal uygulamalar da epidemi oluşumunu teşvik ederler. 4.2. Tek ve Çok Döngülü Hastalıklar Belirli bir zaman süresi içindeki artışları bakımından patojenler arasında belirgin farklılıklar vardır. Basit faizde olduğu gibi artış gösteren hastalıklarda başlangıçtaki inokulum miktarı önem taşımaktadır. Bunlar "tek döngülü", yani bir gelişme mevsiminde yalnız bir döl veren, hayat çemberini bir kez tamamlayabilen patojenlerin meydana getirdiği hastalıklardır. Çoğu toprak kökenlidir ve hastalığı başlatan primer inokulum toprakta veya bitki artıkları üzerinde bulunan dinlenici yapılardan (chlamidospor, sclerotium, vs.) oluşur. Bu patojenlerin neden olduğu epidemiler yavaş gelişir. Fakat aynı konukçunun, ortamda sürekli olarak bulunduğu durumlarda, inokulum yıldan yıla artarak, uzun vadede ciddi boyutlara ulaşabilir. Verticillium ve Fusarium türleri basit faiz şeklinde artış gösteren hastalıklara neden olan funguslardır. Böyle bir hastalığın zamana karşı artışı grafikle gösterilecek olursa, ortaya bir doğru çıkar. Hastalık oranı zamana bağlı olarak doğrusal bir artış göstermektedir . Bazı hastalıklarda ise, patojen bir mevsim içinde çok sayıda döl verdiği, hayat çemberini birkaç kez tamamlayabildiği için, kısa sürede daha hızlı bir artış gösterir. Phytophthora infestans, Erysiphe graminis gibi üreme gücü yüksek, yani fazla miktarda spor oluşturan ve döl sayısı fazla olan patojenler bileşik faiz şeklinde artış gösteren hastalıklara neden olurlar. Böyle bir hastalığın zamana bağlı olarak artışı sigmoid bir grafikle gösterilir. Başlangıçta sınırlı miktardaki inokuluma bağlı olarak yavaş bir artış görülür inokulumun belli bir oranda artmasından sonra konukçunun da yeterli miktarda bulunmasıyla hastalık oranı hızlı bir şekilde yükselir ve üçüncü fazda ortamda enfekte edilmemiş konukçu sayısının azalmasıyla epidemi yavaşlar ve hastalık artış oranı sabit kalır. Hastalık epidemileri matematiksel olarak, x = xoert formülüyle ifade edilirler. Bu formülde, x = herhangi bir zamandaki hastalık oranını, x0 = başlangıçtaki inokulum miktarını, r = ortalama enfeksiyon oranını, t = enfeksiyonun oluştuğu zaman süresini ve e = doğal logaritma tabanını ifade etmektedir. Belirli bir zaman dilimi içinde, bir hastalığın enfeksiyon artış oranı ise şu formülle gösterilir: r = 1/ t2-t1 log e x2/x1 Hastalıklarla mücadelede Xo,yani başlangıçtaki inokulum miktarı, yada r, enfeksiyon artış oranı azaltılmaya çalışılır. Tarla temizliği, hastalıklı bitki artıklarının imhası, tohum ilaçlaması gibi uygulamalar x0'ı, dayanıklı çeşit kullanımı ve yeşil aksam ilaçlaması ise r’yi azaltmaya yönelik uygulamalardır. Aynı konukçu bitkiye ait hastalıkların veya değişik konukçu-patojen ilişkilerinin karşılaştırılmasında da r değeri kullanılmaktadır. Bileşik faiz tipi hastalıklarda r değeri, basit faiz tipi hastalıklara göre belirgin ölçüde yüksektir. 5. Hijyen ve terapi Bitkilerde hastalık oluşumuna neden olan cansız ve canlı etmenlerin zararlı etkilerinden bitkileri korumak ve hastalanan bitkileri yeniden sağlıklı hale getirmek için çeşitli yöntemlere başvurulmaktadır. Bitki hastalıklarına karşı etkin bir mücadele yapabilmek için öncelikle hastalık etmeninin doğru olarak teşhis edilmesi gereklidir. Etmen tanındıktan sonra onun özellikleri ve hastalık oluşturma mekanizması dikkate alınarak nasıl bir mücadele programı uygulanması gerektiğine karar verilir. Uygulanacak olan yöntemin ekonomik ve kolay uygulanabilir olması da önemlidir. Hastalık etmenlerine karşı uygulanan başlıca mücadele yöntemleri; yasal, kültürel, mekanik, fiziksel, biyolojik ve kimyasal mücadeledir 5.1. Yasal Önlemler Canlı hastalık etmenlerine karşı uygulanan bir yöntemdir. Herhangi bir patojenin daha önce bulunmadığı bir alana girmesini önlemek için kanuni yasaklar düzenlenmiştir. Bir ülkede bulunmayan herhangi bir hastalık etmeninin bulaşmasını önlemek için dış karantina uygulanır. Etmenle bulaşık olma olasılığı taşıyan bitki veya bitki parçalarının ülkeye girişi kontrol altındadır. Hastalıksız olduğuna dair sertifika taşımayan bitkisel materyalin girişi yasaktır. Bununla ilgili olarak Avrupa ve Akdeniz Ülkeleri Bitki Koruma Organizasyonu (EPPO), düzenli olarak çıkardığı bültenlerle yeni tespit edilen hastalıklar ve bunlardan korunmak için yapılması gerekli düzenlemelerle ilgili bilgi vermektedir. Üye ülkeler ithal edilen bitkisel materyalle ilgili olarak bu düzenlemelere uymak durumundadırlar. Bulaşık olan bitkisel materyalin ithali kesinlikle yasaklanmış olan hastalıklar belirlenmiştir. Ayrıca ithal edilen bitkisel materyalin taşıması gerekli sağlık sertifikasının nasıl düzenleneceği de kararlaştırılmıştır. Bu işlemler ülkemizde 1957 'de kabul edilen 6968 sayılı Zirai Mücadele ve Zirai Karantina Kanunu çerçevesinde yürütülmektedir. Bu kanun, dış karantina yanında, ülke içinde hastalıkların bir bölgeden diğer bir bölgeye bulaşmasını önlemek için uygulanan iç karantina düzenlemelerini de içermektedir. Buna göre, turunçgil dal kanseri (Xanthomonas citri), çilek kök çürüklüğü (Phytophthora fragariae) gibi hastalık etmenleri dış karantina, bakteriyel solgunluk (Pseudomonas solanacearum) ayçiçeği mildiyösü (Plasmopara helianthi) gibi diğer bazı hastalıklar ise iç karantina listelerinde yer almaktadır. Ancak yasal önlemler hastalıkların yayılmasını önlemede tam anlamıyla etkili olamamaktadır, örneğin daha önce ülkemizde bulunmayan ve dış karantina listesinde yer alan Ateş Yanıklığı (Envinia amylovora) Hastalığı 1985 'de ülkemize de bulaşmıştır. 5.2. Kültürel Mücadele Bu mücadele yöntemi, bitkilerde hastalık oluşumunu etkileyebilecek, bitki yetiştiriciliğiyle ilgili tüm işlemleri içermektedir. Ekim, dikim, gübreleme, sulama, toprak işleme, budama, hasat gibi tarımsal uygulamaların hastalık oluşumunu azaltıcı ya da ortadan kaldırıcı tarzda yapılmasıdır. Ekim veya dikim zamanı hastalık etmeninin biyolojisi dikkate alınarak öne veya geriye alınmak suretiyle hastalık oluşumu önlenebilir. Salma sulama ile yayılabilecek bir toprak patojeninin zararını önlemek için yağmurlama sulamanın, bakteriyel bir hastalığın yayılmasını önlemek içinse salma sulamanın tercih edilmesi, kültürel mücadele içinde ele alınabilir. En etkili kültürel metotlardan biri de rotasyondur. Zarara neden olan hastalık etmeninin konukçusu olmayan bitki türlerinin bir süre yetiştirilmesi etmenin yoğunluğunu azaltır ya da tamamen ortadan kaldırır. Örneğin Gaeumannomyces graminis ile konukçulan olan Graminae bitkilerinin bir iki yıl yetiştirilmemesiyle etkin bir mücadele yapılabilir. Hastalıklı bitki artıklarının ortadan kaldırılması patojen inokulumunu azaltmak suretiyle etkili olur. Meyvelerde karaleke ve monilya hastalıkları bu şekilde azaltabilmektedir. Hububat pasları gibi bazı hastalıklarda ise patojenin ara konukçusu olan bitkileri ortadan kaldırmak etkili bir kültürel önlemdir. Örneğin, buğday tarlaları kenarında bulunan Berberis çalılarını ortadan kaldırmak kara pas hastalığını önemli oranda azaltabilmektedir. Bitki hastalıklarının önlenmesi yada azaltılması açısından önem taşıyan kültürel uygulamalardan biri de uygun gübrelemedir. Kültür bitkilerinin sağlıklı bir şekilde yetiştirilmesini sağlayarak onların hastalık etmenlerine karşı duyarlılıkları azaltılabildiği gibi, gübreleme yada uygun kimyasal maddelerin katılmasıyla toprak özellikleri patojenler için uygun olmayan hale de getirilebilir. Örneğin alkali ya da nötr koşulları seven Streptomyces scabies 'e karşı toprağın asitliğini artıran gübreler kullanılır. Haşatın uygun zamanda, uygun şekilde yapılması ve depo koşullarının, patojenlerin gelişimi için uygun olmaması da bitkileri ve hasat edilen ürünü hastalıklardan korur. Birçok odunsu bitkide dallara vurmak suretiyle yapılan hasat sonucunda açılan yaralardan patojenler rahatça girerek enfeksiyonları oluştururlar. Üretimde kullanılan bitkisel materyalin hastalıksız olması, en çok dikkat edilmesi gereken hususlardan biridir. Tohum, soğan, yumru, aşı kalemi, aşı gözü, fide, fidan gibi üretim materyalinin herhangi bir hastalık etmeni ile bulaşık olması hastalığın bir bölgede yaygın olarak ortaya çıkmasına, hatta daha önce bulunmadığı yerlere taşınmasına neden olur. Bu bakımdan kontrol edilerek sertifika verilmiş olan materyal tercih edilmelidir.

http://www.biyologlar.com/bitki-hastaliklari-fitopatoloji-1

FERMENTASYON (oksijensiz solunum) NEDİR?

Her canlının yaşamını devam ettirebilmek için enerjiye gereksinimi vardır. Enerji elde etmek için kullanılan yollardan biri fermentasyon yani oksijensiz=anaerobik solunumdur. Kimi mikroorganizma oksijensiz solunumla yaşamak zorundadır. Kimi mikroorganizmalar da yaşam döngülerinin bir kısmında çevresel etkilere bağlı olarak oksijensiz solunum yaparlar. Fakat oksijensiz solunumu kullanan sadece mikroorganizmalar değildir. Örneğin biz insanlar da sıkı bir fiziksel egzersiz sırasında oksijenli solunumun yeterli derecede oksijen sağlayamaması durumunda kaslarımızda oksijensiz solunum yaparız. Canlılarda enerji elde etmek için izlenen yolun ilk adımında, genellikle 6 karbonlu bir şeker olan glikoz parçalanır. (Kimi bakteriler yağ asitlerini ya da amino asitleri de kullanabilirler.) Glikoz çok çeşitli şekillerde fermente edilmektedir. Fakat bunlar aras*nda en çok rastlanan başlıca iki tip fermentasyon vardır: Altı karbonlu glikoz molekülünün iki tane üç karbonlu laktik asite yıkılması. (Homolaktik fermentasyon.) Glikozun bu şekilde yıkıma uğraması, mikroorganizmaların çoğunda ve memelileri de içine alan çok sayıda yüksek organizasyonlu hayvan hücresinde görülür. Bu olaya genellikle glikozun erimesi anlamına gelen glikolizis adı verilmektedir. Bu tepkimeyi formüle şöyle dökebiliriz: C6H12O6 --> C3H6O3 (laktik asit)+ 2 ATP + 2H2O Altı karbonlu glikoz molekülünün, iki tane iki karbonlu etanole ve iki karbon dioksit molekülüne yıkımı. Bu tip oksijenli solunuma “alkolik fermentasyon” denmektedir. Alkolik fermentasyon glikolizle aynı enzimatik tepkimelerden oluşmakta fakat üç karbonlu bileşiğin etanol ve karbon dioksite parçalanması için ek olarak iki enzim tepkimesi daha gerekmektedir. Bu tepkimeyi ise şöyle formüle dökebiliriz: C6H12O6 --> 2 C2H5OH (etanol) + 2 ATP + 2H2O + 2 CO2 Son olarak, sülfür bakterileri gibi kimi canlıların bu saydıklarımızdan daha farklı yollar izleyerek oksijensiz solunum yaptıklarını ekleyelim.

http://www.biyologlar.com/fermentasyon-oksijensiz-solunum-nedir

KAN GLUKOZ TAYİN YÖNTEMLERİ

Glukoz insan kanında bulunan en önemli monosakkarittir. Glukoz insan ve hayvan dokularının enerjisini sağlar. Bu canlıların kalori ihtiyaçlarının yarısından fazlası glukoz tarafından sağlanmaktadır. Glukoz altı karbona sahip bir aldoheksozdur. Glukoz meyve sularında, nişastada, şeker kamışında, maltoz ve laktozda bulunur. Hidroliz ile açığa çıkar. Organizmanın kullandığı ve kanda taşınan en önemli şekerdir. Diabetes mellutuslu hastalarda idrarda da bulunur. İndirgeyici bir şekerdir. Maya tarafından fermente olur. Nitrik asidde çözünerek sakkarik asid oluşturur. Glukoz barsaklardan emilerek kana geçtikten sonra vücudun enerji ihtiyacı doğrultusunda glikolitik yola girerek piruvata kadar yıkılır. Glukozun piruvata yıkımı aerobik glukoliz ile olmaktadır ki bu yolu mitokondriye sahip hücreler kullanmaktadırlar. Ertrositler, kornea, lens ve retina hücreleri çok az mitokondri içerirler bu nedenle glikolitik yol bu dokuların pirimer enerji gereksinimlerini karşıladıkları yoldur. Bu dokularda aneorobik glikoliz olur ki son ürün laktik asiddir. Glukozun kandan hücrelere kullanılmak üzere girişinden sorumlu yegane hormon insülindir. İnsülin anabolizan bir hormondur. İnsüline zıt olarak çalışan bir diğer hormon ise glukagon hormonudur. Dolayısı ile kan glukoz konsantrasyonunu bu iki hormon öncelikli olarak etkilemektedirler. Kan glukozu azaldığında ve hücrelerin enerji ihtiyaçları arttığında glukagon hormonunun etkisi ile glikojen depoları boşalmaya ve kan şekeri artmaya başlar. Kan şekeri arttığında ise hücrelere glikozun girişi insülin hormonu aracılığı ile olmaktadır. Kan glukoz seviyesi karaciğer tarafından düzenlenir. Kan glukozunun kontrolü başlıca iki hormonun kontrolündedir. Bunlar insülin ve glukagon hormonlarıdır. Etkileri ise şu şekildedir. İNSÜLİN GLUKAGON Glikolisis Glikojenılisis ­ Glikogenesis ­ Glikojen ® Glukoz Glukoz ® glikojen ® piruvat®acetyl-CoA Glikoneogenesis ­ Lipogenesis ­ Yağ asidi ® Asetil CoA ® Keton Glikojenolisis¯ Proteinler ® Amino asidler Kan glukoz ölçümlerinin başlıca iki amacı vardır. Bunlar ya hiperglisemiyi yada hipoglisemiyi tespit etmektir. *** Normal açlık plazma glikoz seviyesi : FPG < 110 mg / dl olmalıdır. HİPERGLİSEMİ HİPOGLİSEMİ Açlık Kan glikozu > 110 mg / dl İlaçlar Diabetes mellitus Etanol Hepatik hastalıklar Tip I . İnsülinoma Beta- cell yıkımı . Doğmasal hiperinsülinizm Absolut insülin yetmezliği G-6 Fosfataz yetmezliği ( Vov Gierke’s hast ) Otoantibadiler İslet-cell otoantibadiler İnsülin otoantibadiler Glutmik asid dekarboksilaz otoantibadiler Tip II İnsülin resistansı Relatif insülin yetmezliği Diğer Sekonder Beta-cell genetik fonksiyon yetmezliği Pankreas hastalıkları Endokrin hastalıklar İlaçlar İnsülin reseptör abnormalitesi Gestasyonel Gebelikte glikoz intoleransı Metabolik ve hormonal değişime bağlı KAN GLUKOZ TAYİN YÖNTEMLERİ MODİFİYE SOMOGYI-NELSON METODU: Prensip: Glukoz tayini yapılacak olan kan, plazma, yada serum örneği,, içersinde glukozun yanı sıra indirgeyici özelliği bulunan proteinleri çöktürmek ve ortamdan uzaklaştırmak için deproteinize edilir. Bu amaçla Çinko Hidroksit kullanılır. Daha sonra numune Alkali Bakır solüsyonu ile ısıtılır. Cuprik ( cu+2 ) bakır iyonları glukozu okside eder ve Cuprous ( cu+1 ) iyonları oluşur. Bu esnada oluşan bu bakır miktarına eşit miktarda Arsenomolibdat indirgenir. Renk değişimi kolorimetrik olarak ölçülür ve glukoz kantitasyonu yapılır. Normal kan glukoz değeri: Tam kanda ( açlık ) 65 –110 mg / 100 ml’dir. Numune: Bu yöntemle tam kan, serum, plazma yada serebrospinal sıvıda glukoz tayini yapılabilir. Plazma için herhangi bir antikoagulant madde kullanılabilir. Tam kan hemen ölçümlerde kullanılmayacaksa, içersine glikolizisi durdurmak için Sodyum Florid katılarak buzdolabında saklanmalıdır. Reaktifler: 1- 1- Sodyum hidroksit ( NaOH ), 0,08 N 2- 2- Sodyum hidroksit ( NaOH ), 1 N 3- 3- % 5’lik Çinko sülfat solüsyonu, ( ZnSO4 ) 4- 4- % 10 Bakır Sülfat solusyonu, ( CuSO4 ) 5- 5- Alkalen bakır solüsyonu, Çözelti A. 12 gr. Na2CO3 8 gr. NaOH CO3 6 gr. Potasyum sodyum tartarat ( C4N4KNaO6 ( 4H2O ) 72 gr. Na2SO4 Anhdril. Saf suda eritilir ve 400 ml ye tamamlanır. Çözelti B. 28 gr. Disodyum fosfat anhdr. ve 40 gr. Rochelle tuzu ( KnaC4H4O6 . 4H2O ) tartılıp bir bir balon jojede 700 ml saf suda eritilir. Magnetik karıştırıcıda bunlar çözünürler iken üzerine 100 ml 1 N Sodyum hidroksit ve 80 ml % 10 Bakır sülfat yavaş yavaş eklenir. Daha sonra üzerine 180 gr Sodyum sülfat anhdr. eklenir ve en son balon joje saf su ile 1 L ye tamamlanır. Kullanmadan önce 4 volüm A çözeltisi 1 volüm B çözeltisi ile karıştırılır. 6- 6- Arsenomolibdat Çözeltisi: 25 gr. ( NH4 )6Mo7O27 . 4H2O ( amonyum molibdat ) 450 ml saf suda eritilir. 21 ml derişik H2SO4 ilave edilip karıştırılır. 25 ml saf suda eritilmiş 3 gr Disodyum hidrojen arsenat ( Na2HasO4 . H2O) ilave edilir. Çözelti karıştırıldıktan sonra etüvde 37 C0 de 24-48 saat bekletilir. 7- 7- Standart glukoz çözeltisi: % 50 mg, % 100 mg, %200 mg, % 300 mg, % 400 mg. Standart Kalibrasyon Eğrisi: Stok standardı 10 ml.lik tüplerde 0.5, 1.0, 2.0, 3.0 ve 4.0 ml dilüe edilir. Bu çalışma standartları 50, 100, 200, 300, 400 mg glukoz / 100 ml konsantrasyona eşittir. Daha sonra test prosedürü bunlara aynen uygulanır. Blank referanslığında 530 nm dalga boyunda spektrofotometrede absorbansları alındıktan sonra, alınan absorbansa ve konsantrasyona göre bir grafik çizilir. Test Prosedürü: 15 x 125 mm’lik deney tüplerine aşağıdaki sırada blank, numune ve standart çöeltileri sırayla konur. Sodyum hidroksit konduktan sonra 5 dk. kadar beklenir ve Çinko sülfat eklenir. Tüpler iyice karıştırılır. BLANK NUMUNE STANDART Saf su ( ml ) 1 ml 0 0 Standart ( ml ) 0 0 1.0 Numune ( kan, serum, CSF ) ml 0 1.0 0 NaOH, 0,08 M 7.0 7.0 7.0 ZnSO4 ( ml ) ml 2.0 2.0 2.0 · · Tüm tüpler 2500 rpm’de 5 dk. Santrifüj edilir. · · Blank için 1, standart ve numune sayısı kadar da Folin- Wu tüpleri alınır. Bu tüplere süpernatanttan birer ml konur. Her tüp mutlaka etiketlenmelidir. · · Her tüpe 2.0 ml Alkali bakır çözeltisi konur ve karıştırılır. · · Tüpler su banyosunda 15 dk kaynatılır. İşlem sonunda akan musluk suyunda tüpler soğutulur. · · Her tüpe 1.0 ml Arsenomolibdat reaktifi konur ve tüpler karıştırılır. Tüpler saf su ile 25 ml ‘lik hacime tamamlanır. · · 550 nm dalga boyuna ayarlanmış spektrofotometrede tüm tüpler köre karşı okunur. · · Standart eğrinin referanslığında numunenin glukoz konsantrasyonu hesaplanır. Not: Eğer standart grafik değilde tek bir standart kullanılıyorsa şu formül yardımı ile numunenin glukoz konsantrasyonu hesaplanabilir. Nc = NAB / SAB x Sc Nc : Numunenin konsantrasyonu NAB: Numunenin absorbansı SAB : Standardın absorbansı Sc : Standart konsantrasyonu GLUKOZ OKSİDAZ ( Fermco Test ) METODU Prensip : Serum, plazma, CSF’ de bulunan glukoz moleküler oksijen tarafından Glukonic asid ve H2O2’ ye okside edilir. Bu reaksiyonu Glukoz Oksidaz enzimi katalizler. H2O2 Kromojen Peroksidaz enziminin etkisi ile renkli bir bileşiğe oksitlenir. Bu bileşik H2SO4 etkisi ilekalıcı kırmızı renk verir. Ölçüm kolorometrik olarak yapılır. 1. Glukoz + O2 + H2O Glukoz Oksidaz Glukonik asid + H2O2 2. H2O2 + Chromogen Peroksidaz amber compaund 3. Amber Compaund + H2SO4 ........... Stable red pigment Normal Değerleri: Serum- Plazma ( açlık ) : 70 – 110 mg / 100 ml Serebrosipinal sıvı ( açlık ) : 45 – 80 mg / 100 ml Numune: Kan alındığında eritrosit hemolizinin olmamasına dikkat edilmelidir. Çünkü eritrositlerin sitoplazmik glikolitik enzimler serum-plazma glukozunun yanlış ölçülmesine yol açarlar. Bunu engellemek için Florid kullanılmamalıdır. Çünkü florid glikolitik enzimleri baskılamakla kalmaz deneyde kullanılan enzimleri de baskılar. En iyi ölçüm kan alındıktan hemen sonra serumu çıkartılıp yapılan ölçümdür. Reaktifler: 1- 1- Enzim- Kromogen Buffer Reagent. 2- 2- Sülfirik Asid ( 7.2 N ) 3- 3- Glukoz Standardları: 300 mg anhidroz reagent-grade glukoz ( dextroz ), 80 ml deiyonize suda çözülür. Üzerine 0,25 g benzoik asid ilave edilir ve karıştırılır. Karışımın üzeri 100 ml ye tamamlanır. Bu stok solüsyonda 60, 120 ve 240 mg / 100 ml’lik standart çalışma solüsyonları hazırlanır. Test Prosedürü: · · 13 x 120 mm’lik deney tüplerine numune, standard ve kör için birer ml enzim-kromogen karışımı reaktifinden konarak tüpler 37 C0 da su banyosuna kaldırılır. · · Aynı anda 20 ml bilinmeyen serumdan numune tüpünün üzerinde tabaka oluşturacak şekilde konur ve hemen karıştırılır. Blank sadece enzim- kromojen reaktifi içermelidir. Standartlar için de numuneye yapılan işlem yapılır. · · 10 dk. sonra reaksiyon her tüpe 4,0 ml 7,2 N H2SO4 eklenerek durdurulur. · · Blank referanslığında standard ve numunenin absorbansları 540 nm dalga boyunda spektrofotometrik olarak okunur. Hesaplama: Aşağıdaki formül yardımı ile glikoz konsantrasyonu bilinmeyen örneğin glukoz konsantrasyonu hesaplanır. Numunenin absorb. / Standardın absorb. X Standardın konstr. = Glukoz ( mg / 100 ml )

http://www.biyologlar.com/kan-glukoz-tayin-yontemleri

Beta Galaktosidase (ONPG) Testi

Bu test, o-nitrophenyl - beta-D-galactoside'in (ONPG) ayrışmasını katalize eden beta-galaktosidase enziminin varlığının belirlenmesi amacıyla yapılmaktadır. Beta galaktosidase ortamda bulanan basit galoktozid'leri (laktoz dahil) ayrıştıran ve indüklenebilen intrasellüler bir enzimdir. Bakterilerin, laktozu fermantasyon kabiliyeti, ortamda bulunan ONPG 'nin ayrışması için gerekli olan beta-galaktosidase enziminin varlığına bağlıdır. Eğer besiyerinde galaktosidase pozitif bir bakteri varsa, renksiz olan ONPG hidrolize edilerek, sarı kromojenik bir madde olan O-nitrofenol (ONP) serbest kalır. Pozitif reaksiyon da bu maddenin tespiti üzerine dayanır. Serbest kalan o-nitrofenol, alkali bir solusyonda bulunursa, tautometrik değişmelere maruz kalarak sarı renk meydana getirir. Asit ortamlarda ise sarı renkli bir görünümdedir. Bu nedenle de ß-galaktosidase aktivitesini ölçmede, besi yerinin iyi buffer'lı olması gerekir. Bu reaksiyon, özellikle, laktozu geç parçalayan veya şüpheli reaksiyon veren mikroorganizmalara kesinlik kazandırmada işe yarar. Böyle bakterilerin çoğu ß-galaktosidase pozitif reaksiyon vermektedirler. Pozitif reaksiyon laktozun fermente olduğunu gösterir. Materyal 1) İçinde ONPG bulunan 5 ml miktarında sıvı besiyeri. 2) Muayene edilecek mikroorganizmaların saf ve taze sıvı kültürleri. 3) Kontrol pozitif (E. coli) ve negatif (P. morganii) suşların kültürleri Metot ONPG brothda mikroorganizmalar bolca ekildikten sonra 37 °C de 18-24 saat inkubasyona bırakılırlar. Sürenin sonunda kültürler santrifuje edilerek üst taraf atılır. Bakteri tortusuna 0.25 ml fizyolojik su ilave edilerek homojen bir suspansiyon yapılır. Buna bir damla toluene konularak iyice çalkalanır. Tüp 37 °C de 5-10 dakika su banyosuna bırakılır. Sonra, buna 0.25 ml ONPG solusyonu katılır ve tekrar su banyosuna 20 dakika ile 24 saat süre ile konulur. Tüplerdeki renk değişimine dikkat edilir. Tüplerde 20 dakika içinde bir değişiklik yoksa inkubasyona devam edilir. Değerlendirme Tüplerde sarı rengin meydana gelmesi ONPG nin hidrolize edildiğini (pozitif reaksiyon) ve renksiz olması da negatif reaksiyonu gösterir. Dikkat Edilecek Noktalar 1) Kimyasal maddeler (ONPG, toluene, NaCl, vs.) saf ve en iyi kalitede olmalıdır. 2) ONPG solusyonu renksiz olmalıdır. Çalıştığı (etkinliği) pozitif ve negatif kontroller de denenmelidir. 3) İndikatörler buzdolabı sıcaklığında tutulmalıdır. Kullanılacağı zaman su banyosuna (37°C) konarak hafifçe sıcaklığı yükseltilmelidir (özellikle, ONPG solusyonu için). 4) Besiyerinin pH sının iyi ayarlanması gerekir, genellikle 7.5 civarında olmalıdır. Asit ortamda reaksiyon meydana gelmez. 5) Sarı pigment veren (kromojenik) bakterilerde, test, uygulanmamalıdır. 6) Ortamda glikoz bulunmamalıdır (ß galaktozidase aktivitesine mani olur).

http://www.biyologlar.com/beta-galaktosidase-onpg-testi

Katalase Testi

Bu test, bazı mikroorganizmalarca sentezlenen katalase enzimini (hidrojenperosid oksidoredüktase) saptamak amacıyla yapılır ve identifikasyonda kullanılır. Bu enzim ekseri sitokrom ihtiva eden aerobik bakterilerde ve bazı fakültatiflerde bulunur. Katalase bir hemeprotein olup prostetik grubunda, her molekülde, 4 atomlu ve 3 değerli demir (Fe+++) bulunur. Enzim, hidrojen peroksid'i (H2O2) su (H2O) ve oksijene (O2) ayrıştırır. Hidrojen peroksidin ayrışmasında, bir molekülü substrate donor olarak görev yapar. Substrat ve suda donorun hidrojeni yardımı ile redükte olur ve böylece, substrat redükte, donor da okside olur. Bakterilerde hidrojen peroksidin ayrışmasında başlıca iki enzim etkili olabilmektedir. Bunlardan biri, katalase ve diğeri de peroksidase'dir. Hidrojen peroksidin dışında diğer bazı substratlar da katalase enzimi tarafından kullanılabilirler. Bunlar arasında, alkoller (etanol), hidratlanmış formaldehid (H2C(OH2), nötröz asidi (HNO2) ve formik asit (HCOOH) vardır. Katalase enzimi, hidrojenperoksidi, metilalkol'u (CH3OH) ve etlalkol'u (C2H5OH) okside etmek için kullanılabilir. Materyal 1) Taze hazırlanmış hidrojen peroksid solusyonları (% 3 ve % 30) 2) Muayenesi istenen mikroorganizmaların taze (18-24 saatlik) sıvı veya katı besiyerindeki kültürleri 3) Bilinen ve kontrol olarak kullanılacak, pozitif (S. aureus) ve negatif (S. faecalis) taze kültürleri. Metot 1) Katı besi yerinde (kanlı agar hariç) üremiş olan mikroorganizma kolonilerinden platin öze (veya cam baget) yardımı ile yeterli miktarda alınarak temiz ve yağsız bir lamın üzerine konulur. Sonra buna % 30 luk hidrojen peroksidden bir damla damlatılır veya 2) Sıvı besiyerinde (5 ml) üremiş kültür üzerine % 3 lük hidrojen peroksid'den 3-4 damla ilave edilir. Değerlendirme Hidrojenperoksid katılmasından sonra kabarcıkların görülmesi veya çıkması pozitif reakiyon olarak değerlendirilir. Şüpheli durumlarda mikroskop altında muayene yapılabilir. Reaksiyon en iyi pH 7.0 da meydana gelir ve oda sıcaklığında yapılır. Sonuçlar, negatif (-), zayıf (+), orta (++) ve kuvvetli (+++) pozitif olarak derecelendirilir. Dikkat edilecek hususlar 1) Mikroorganizmaları üretmede kullanılan katı besi yerinde kan bulunmamalıdır. Bunun yerine, eğer zorunlu ise, çikolata agar denenebilir. 2) Lam üzerinde uygulanan yöntemde, aerosol infeksiyonlara veya deri-göz konjonktivasına etkenin sıçraması sonu hastalanmalara rastlanabilir. Bu yönden dikkatli bulunulmalıdır. 3) Hidrojenperodsid dayanıksızdır. Bu nedenle taze hazırlanmalı ve kullanılıncaya kadar buz dolabı sıcaklığında muhafaza edilmelidir. 4) Testte kontrol mikroorganizmalar bulundurulmalıdır (S. aureus ve S. faecalis). 5) Muayene edilecek kültürler 18-24 saatlik olmalıdır. Eski kültürler yalancı negatif reaksiyon verebilirler. 6) Hidrojenperoksid (% 30) deri için zararlı bir etkiye sahiptir. Bu nedenle, % 70'lik alkol daima hazırda bulundurmalı ve gerekitği zaman deriye sürülmelidir. 7) Test oda sıcaklığında yapılmalıdır. Asit ortamlar, katalase aktivitesini önlediğinden, nötr pH 7.0 tercih edilmelidir. 8) Yalancı pozitif reaksiyonlar, kirli malzeme kullanılmadığında görülebilir. Bu nedenle bütün cam malzemenin kimyasal yönden temiz olması gereklidir. 9) Eğer, anaerobik koşullarda üretilmiş kültürlerin yoklaması söz konusu ise, bu takdirde, kültürler teste tabi tutulmadan önce 30 dakika açık havada bulundurulmalıdırlar. 02.15. Kazein Hidrolizasyon TestiBu test, sütün proteinini oluşturan ve kolloidal karakterde bulunan kazeinin, bakterilerce sentezlenen, proteolitik ve ekstrasellüler bir enzim olan protease tarafından hidrolize edilebilme durumunu saptamak için kullanılır. Mikroorganizmaların türlerinin identifikasyonunda işe yarar. Materyal 1) İçinde % 10 yağsız süt bulunan agar (sütlü agar) 2) Mikroorganizmaların saf ve taze kültürleri 3) Kontrol pozitif (B. subtilis) ve negatif (E. coli) mikroorganizma kültürleri 4) Ekilmemiş besi yeri 5) Gerektiğinde sütlü sıvı besi yeri de kullanılabilir. Metot Sütlü agar besi yerine çizgi tarzında mikroorganizmalar ekilir ve petri kutusu 37°C de 2-14 gün kadar inkubasyona bırakılır. Petri kutuları her gün, kontrollerle karşılaştırılarak, muayene edilirler. DeğerlendirmeSüre sonunda koloniler etrafında oluşan açık alan, sütteki kazeinin hidrolize olduğunu ifade eder (pozitif reaksiyon). Negatif durumlarda koloni etrafında hafif opaklaşma görülür. Dikkat edilecek noktalar 1) Sonucu iyi değerlendirmek için Petri kutuları siyah bir zemin üzerine konulur. 2) Sütte bulunan laktozu fermente eden mikroorganizmalar asit oluşturmaları nedeniyle süt proteininde değişmeler meydana getirebilir ve açılmalara yol açabilir. Bunu anlamak için, petri kutusuna % 1 HCl veya % 1 Cıva klorür solusyonundan konur. Eğer açılan sahaların rengi kaybolursa, kazein hidrolize olmamıştır.

http://www.biyologlar.com/katalase-testi

Nitrat Redüksiyon Testi

Bu test, mikroorganizmaların nitratları redükte edebilme yeteneğini belirlemede kullanılır. Bazı bakteriler nitratları (NO3) redükte ederek nitritlere (NO2) ve hatta daha ileri basamaklara (amonyak (NH3) ve gaz nitrojen (N2) kadar ayrıştırabilmektedir (denitrifikasyon). Olay genellikle anaerobik koşullarda ve redüktase enzimlerinin katalitik etkisiyle sürdürülür. Test, mikropların türlerini ayırt etmede büyük yardımcı olur. Enterobacteriaceae familyası genellikle pozitif reaksiyon verir. Nitratların ayrışması sonu oluşan ürünler mikropların karakterine göre değişebilir. Her ne kadar gaz nitrojen meydana gelirse de bunun yanı sıra nitrik oksidi (NO) ve nitrös oksid (N2O) veya hidroksilamin (R.NH.OH) de teşekkül edebilir. Bu maddeler hücre içinde metabolize edilerek protein ve nukleik asit yapımında yapıtaşı olarak kullanılırlar. Materyal 1) İçinde Durham tüpleri bulunan nitratlı (KNO3, % 0.1) sıvı besi yerleri (pH 7.0, 5 ml) gerektiğinde yarı katı besi yeri. 2) Mikroorganizmaların saf ve taze kültürleri 3) Kontrol pozitif (S. gallinarum) ve negatif (H. vaginalis, veya Acinetobacter anitratus) kültürleri. 4) Griess-Ilosvay ayıracı (taze hazırlanmış) (alfa naftilamin % 0.5 (A) + sulfanilik asit %0.8 (B). 5) Ekilmemiş sıvı besi yerleri. Metot Üremiş mikroorganizmalarından nitratlı sıvı besi yerlerine ekim yapıldıktan sonra tüpleri 37°C de 1-5 gün inkubasyona bırakılır. Durham tüpleri içinde gazın oluşumuna dikkat edilir. Tüplere Griess-IIlosvay ayıraçlarından (A+B) 5'er damla konur. Değerlendirme 1) Tüplerde gaz oluşumu (N2) denitrifikasyonu gösterir ve pozitif olarak kabul edilebilir (eğer bakteriler fermenter değilse). Ancak, böyle tüplere Griess-Illosvay ayıracından A ve B solusyonlarından 5'er damla damlatıldıktan sonra hafifçe çalkalanır. Bir iki dakika içinde kırmızı rengin meydana gelmesi de nitratların nitritlere kadar redükte olduğunu ifade eder (pozitif reaksiyon). 2) Tüplerde gaz yoksa, yine ayıraç damlatılır. Bir iki dakika içinde kırmızı rengin meydana gelmesi pozitif olarak kabul edilir. 3) Eğer, sonuç negatif (hiç reaksiyon oluşmazsa) olarak görülürse, ya nitratlar hiç ayrışmamıştır veya nitratların ayrışması nitrit safhasından da öteye (amonyak veya gaz nitrojene ulaşmış olabilir. Bu durumda, ayıraçlar konmuş olan tüplere çok az miktarda toz çinko (15-20 mg) katılır. Eğer, çinko ilavesi sonu kırmızı renk meydana gelirse (nitrat nitrite redükte olmuştur). Sonuç negatif olarak değerlendirilir. Eğer kırmızı renk oluşmazsa, bu durum, nitratların nitritden de daha öteki safhalara redükte olduğunu ifade eder (pozitif reaksiyon). Amonyak oluşumu de Nessler ayıracı ile ortaya konabilir. Dikkat edilecek noktalar 1) Bazı mikroorganizmalar fermentasyon sonu tüpler içinde gaz (hidrojen) meydana getirebilir. Bu durum karşısında bakterinin karakterini iyi bilmek gerekir. Eğer tüpte gaz oluşmuşsa ve mikroorganizma fermentasyon oluşturan türden değilse, gazın nitrojen (N2) olma olasılığı büyüktür ve ayıracı koymaya gerek olmayabilir. Ancak, bakteri fermenter türden ise ayıraçları kullanmak zorunludur. 2) Bazı araştırıcılar ayrı katı ortamların daha iyi sonuç verdiğini bildirmektedirler. Gerekirse içinde % 0.02 - 0.04 agar ve % 0.1 KNO3 bulunan yarı katı besiyeri de denenebilir. 3) Ayıraçlar taze hazırlanmaları ve iyi çalıştıkları kontrol edilmelidir. A-reagenti buzdolabında ve buna karşın b-reagenti ise oda sıcaklığında muhafaza edilmelidir. 4) Alfa naftil amin karsinojenik etkiye sahip olduğundan dikkatlice kullanılmalıdır (pamuklu pipetle ve ağızdan çekilerek kullanılmaz).

http://www.biyologlar.com/nitrat-reduksiyon-testi

Voges - Proskauer (VP) Testi

Bu test, bazı mikroorganizmaların glikozu fermente edilerek, nötral bir ürün olan acetylmethylcarbinol'u (acetoin) meydana getirme yeteneğini tayinde kullanılır. Bakteri türlerini (K. pneumoniae (+), E. coli (-) belirlemede kullanılır. Glikoz, önce pirüvik asit'e metabolize olur. Pirüvik asit, glikolizisde en önemli kilit intermedierdir. Pirüvik asidin ayrışması, bakterilerin türlerine göre aerobik veya anaerobik yolla olur. Glikozun fermentasyonu sonu acetoin ve bunun bir nötral redüksiyon ürünü olan 2,3 -butanediol'da (CH3.CHOH.CH3) meydana gelmektedir. Voges Proskauer testi ile metil red testi, ortamlarının aynı olması nedeniyle birlikte uygulanabilirler. Metil red pozitif olanlarda (organik asit fazla olması nedeniyle), VP reaksiyonu negatif olabilir. Nötral ürünler meydana gelmeyebilir (genel bir kural değil). İlk başlangıçta MR testi pozitif görülebilir. İnkubasyon süresi uzarsa acetoin oluşabilir. Materyal 1) MR/VP besi yeri (Clark-Lubs, pH 6.9,5 ml) 2) Mikroorganizmaların saf ve taze kültürleri 3) Kontrol pozitif (E.cloacae, K.pneumoniae) ve negatif (E.coli) suşlarının kültürleri 4) O'Meara ayıracı (veya Barzit VP ayıracı) 5) Ekilmemiş besi yerleri Metot İçinde glikoz bulunan bufferlı besi yerine kültürlerden ekilir ve 37°C de 2-7 gün inkube edilir. Bu sürenin sonunda kültürlere ve ekilmemiş tüplere ayıraçtan (O'Meara) 1 ml ilave edilerek hafifçe çalkalanır ve su banyosunda (37°C de) 4 saat tutulur. Aralıklı olarak hafifçe çalkalanır. Değerlendirme Besiyerinin üstünde 2-5 dakika içinde pembe rengin oluşu, acetoin varlığını ortaya koyduğundan pozitif reaksiyon olarak kabul edilir. Eğer sarı renk meydana gelirse negatif olarak dikkate alınır.O'Meara testi, ortamda oluşan acetoin'e bağlıdır. Bu madde de, oksijenin bulunduğu durumda alkali ortamda okside olur ve diasetil (CH3.CO.CO.CO3) meydana gelir. Bu son madde de, kreatin'le reaksiyona girerek pembe renk meydana getirir. Dikkat edilecek noktalar 1) Ayıraçlar kullanılmadan önce iyice kontrol edilmelidirler. 2) Bazen ayıraç ilaveden 1 saat sonra bakır renkli gibi bir görünüm meydana gelebilir. Negatif olarak dikkate alınmalıdır. 3) Et infusyon broth, içinde acetoin ve diasetil bulunabilmesi nedeniyle tercih edilmemelidir.

http://www.biyologlar.com/voges-proskauer-vp-testi

HÜCRE SOLUNUMU - ATP sentez şekiller

ATP sentez şekilleri : A-)Substrat düzeyinde fosforilasyon : ADP molekülü yüksek enerji potansiyeline sahip molekülle direkt ilişkiye girer.Solunumun glikoliz ve krebs evrelerinde görülür. ADP+fosfoenol pirüvat pirüvat+ATP B-)Oksidatif fosforilasyon : Enerji verici besin maddelerinin yıkımından oluşan yüksek enerjili elektronların mitokondrilerde ETS’den oksijene iletilirken ATP’nin sentezlenmesidir.O2’li solunumda görülür. C-)Fotofosforilasyon : Işık enerjisi ile ADP’ye fosfat bağlanmasına denir.Klorofile sahip hücrelerde fotosentezde meydana gelir. D-)Kemosentetik fosforilasyon : Kemosentez reaksiyonlarında açığa çıkan enerji ile ATP sentezi yapılmasıdır.Kemosentetik bakteriler gerçekleştirir. Bir hücrede endergonik ve ekzergonik reaksiyonlar vardır. Endergonik reaksiyon =Enerji gerektiren reaksiyonlardır.(Protein sentezi ,Hücre bölünmesi,Aktif taşıma ,Fotosentez) Ekzergonik reaksiyonlar=Enerji veren reaksiyonlardır.(Hücre solunumu) HÜCRE SOLUNUMU Hücrelerde organik besin monomerlerinin enzimler yardımı ile parçalanması ve bu sırada açığa çıkan enerji ile ATP sentezlenmesine Hücresel solunum denir. O2’siz Solunum (Fermantasyon) : Organik besin maddelerinin O2 kullanılmadan yıkılarak enerji üretilmesine denir.Fermantasyon olayının tamamı hücrenin stoplazmasın da meydana gelir. Gerçek solunum denklemi C6H12O6+6O2+6H2O > 6CO2+12H2O Sadeleştirilmiş solunum denklemi C6H12+6O2 >6CO2+6H2O C6H12O6+6O2+6H2O > 6CO2+12H2O+38ATP+ISI O2’siz yolla enerji eldesi bakterilerin büyük bir bölümünde maya mantarlarında,omurgalıların çizgili kaslarında ve bazı tohumlarda gerçekleşir. Fermantasyon iki kademeden oluşur. a-)Glikoliz b-)Son ürün Glikoliz reaksiyonları : Glikozun prüvik asite kadar parçalanması reaksiyonlarına Glikoliz denir.Bu reaksiyonlar hem O2’li hem de O2’siz solunumun başlangıç kısmını oluşturur. Her canlı hücre glikoliz olayını gerçekleştirebilir.Bütün canlılarda glikoliz safhasında görev yapan enzimler aynıdır.Pirüvik asitden sonra kullanılan enzimler farklı türlerde farklılık gösterir.Bunun için fermantasyonun son ürünleri canlı türlerinde farklılık gösterir.Pasif haldeki glikoz moleküllerinin aktifleşerek reaksiyona girebilmesi için canlıların vücut ısısı yetersizdir.Bunun için aktivasyon enerjisi olarak ATP harcanır. S-ATP sentezi için gerekli enerji nereden alınır. C-Elektronların ortama bıraktığı enerjiden alınır. S-ETS’de elektronların aktarım sırası rast gelemidir. C-ETS elamanları birbirlerinden elektron alma ve bir sonrakine elektron verebilme yeteneklerine göre dizilmiş olup elektronların aktarım sırası bu sıraya göre gerçekleşir. S –Elektronlar neden doğruda son elektron alıcısı oksijen ile birleşmez. C-Elektronların başlanğıc da yüksek enerjili olmaları nedeniyle doğrudan oksijen ile birleşmesi yüksek düzeyde enerjinin aniden açığa çıkmasına neden olurdu ki bu da canlıya önemli derecede zarar verirdi. NAD ve FAD hidrojen ve elektron taşıyıcı koenzimler olup ilk elektron alıcı NAD’dır. ETS elamanlarının özellikleri : NAD,FAD ve CoQ organik yapılı koenzimler olup H ve elektron taşırlar.Yapılarında vitamin vardır.Sitokromlar ise yapısında demir bulunan kofaktörler olup sadece elektron taşırlar. Glikozun aktifleşmesi için 2 molekül ATP gereklidir. Glikoliz sonucu : a-) 4 molekül ATP b-) 2 molekül NADH2 c-) 2 molekül pirüvik asit (Pürivat) Son ürünlerin oluşması : Pirüvik asit her canlı türünde en uygun artık maddeye dönüştürülerek vücut dışına atılır.Bu dönüşümü sağlayan enzimlerde farklıdır.Bu kademelerde ATP harcanmaz ve oluşmaz. 1-)Etil alkol fermantasyonu : Bira mayası (bakteri) ve maya mantarlarında (Fungi) ve şarap bakterilerinde görülür. Glikoz 2 Pirüvat 2 Asetaldehit 2Etil alkol CO2 > 2NADH2 > 2NAD Pirüvik asit CO2 kaybederek,Asetaldehide dönüşür.Buda NADH2’nin hidrojenlerini tutarak etil alkole dönüşür.Bu reaksiyonda serbest kalan NAD glikolizde tekrar kullanılabilir. Glikoz+2 ATP > 2 CO2+ 2Etil alkol+4 ATP+Isı Enzimler Bu canlılarda fermantasyon ürünleri üremeyi durdurucu etki yapar.Bira mayasının ortamdaki alkol oranı % 18’i geçerse üremesi engellenir. 2-)Laktik asit fermantasyonu : Omurgalıların çizgili kaslarında ve yoğurt bakterilerinde olur. Glikoz > 2 Pirüvat > 2 Laktik asit(C3H6O3) 2NADH2 2 NAD İnsanda çizgili kas hücrelerinde oksijensiz solunum,oksijen yetmezliğinde gerçekleştirilir.Bu durumda ortamda pirüvik asit birikimi olur.Hücrelerde pirüvik asit (pirüvat) PH’ı düşürür ve bu madde stoplazma dışına çıkamaz. UYARI : Memeli hayvanlardan olan At’larda laktik asit üretimi olmadığı için yorgunluk hissi oluşmaz. Pirüvat NADH2’nin hidrojenlerini tutarak laktik asite dönüşür.Yoğurt bakterileri süt şekerini fermente ederek laktik asit yaparlar.Az miktarda oluşan laktik asit kasın daha iyi çalışmasını sağlar.Fakat fazla birikirse kasın sertleşmesine ve kasılamamasına neden olur.Laktik asit hücre stoplazmasından kana geçer ve kanın PH’ını düşürür ve beyne giderek yorgunluk hissi verir. Laktik asit kalpte karaçiğerde ve yeterli O2 varlığında kas hücrelerinde yeniden prüvik asite dönüştürülür.Karaçiğer ve kas hücrelerinde glikozda üretilebilir yani dönüştürülebilir.Pirüvat da yeniden mitokondriye girerek enerji üretimi gercekleşir. Glikoz+2ATP >2C3H6O3 (Laktik asit)+4ATP Enerji kazancının az olması O2’nin kullanılmaması,monomerlerine tam olarak parcalanamamasından kaynaklanır. Glikojen bittiği zaman karaciğer diğer organik bileşikleri glikoza dönüştürür.Dönüşüm de yağ asidi ,gliserol,aa’ler kullanılır.Buna glikoneogenezis denir. Protein Karbonhidrat Yağ Oksijensiz solunum Oksijenli solunum 1-Bazı bakteriler ,tohumlar , omurgalıların çizgili kaslarında görülür. 1-Bütün ökaryotik canlılar, bazı bakteriler ve mavi yeşil alglerde görülür. 2-Stoplazma da gerçekleşir 2-Stoplazma ve mitokondride olur. 3-Net 2 ATP elde edilir. 3-Net 38 ATP üretilir. 4-Sonuçta etil alkol,laktik asit,asetik asit,CO2 gibi artık ürünler oluşur. 4-Sonuçta CO2,H2o ve NH3 gibi inorganik artık ürünler oluşur. 5-Sadece substrat düzeyinde fosforilasyon meydana gelir. 5-Substrat ve oksidatif fosforilasyon meydana gelir. 6-Enerji verimliliği % 2-10 kadardır. 6-Enerji verimliliği % 40 kadardır. O2’li Solunum : Karbonhidrat,yağ ve proteinlerin O2’ile parçalanması ve ATP sentezlenmesi olayına denir. O2’li solunumun 3 kademesi vardır. 1-Glikoliz (Stoplazmada görülür) (O2’li ve O2’siz solunumda görülür) 2-Krebs çemberi (Mitokondride görülür) (O2’li solunumda görülür.) 3-Oksidatif fosforilasyon (Mitokondride görülür)(O2’li solunumda görülür) Krebs çemberi : Üretilen pirüvik asitler oksijen varlığında ortama birer tane CO2 ve H2 vererek asetik asite parçalanır.Asetik asit kısa adı CoA olan bir enzim ile bağlanarak asetil CoA oluşur.Bu arada açığa çıkan hidrojenler NAD tarafından tutularak NADH2 üretimi yapılır. 2Pirüvik asit > 2 Asetil CoA+2CO2+2NADH2 Pirüvik asitin asetil CoA ya dönüştüğü reaksiyonlar glikoliz veya krebs devri reaksiyonlarına dahil olmayıp ara bir reaksiyondur.Bu reaksiyonlar mitokondride gerçekleşir. Solunum sonucu oluşan 12 molekül suyun 6 molekülü krebs devrinde kullanılır.Glikoliz evresinde oluşan Pirüvatın mitokondri içerisindeki matrixe geçip O2’li solunuma katılabilmesi için Asetil CoA ya dönüşmesi gerekir.Ortamda O2 varsa pirüvat,Asetil CoA ya döndürülür. Sonuçta = 4 CO2,6 NADH2,2 FADH2 , 2 ATP üretilir(Substrat düzeyinde). NADH2 kendi başına enerji değildir.Enerji haline dönüşmesi ,ATP üretiminin yapılabilmesi için NADH2’nin taşıdığı yüksek enerjili elektronlerın ve hidrojenin ETS ye aktarılması gerekir. ETS ( Elektron taşıma sistemi) : Yükseltgenme yolu ile ETS ‘de ATP sentezlenmesine Oksidatif fosforilasyon denir.Bu safhada görev yapan NAD( nikotin amid adenin dinüklleotid) ,FAD (Flavin adenin di nükleotid),koenzim ve stokromlar(Sit-b, Sit-c, Sit-a , Sit –a3) gibi elektron alıcıları yukarıda olduğu gibi elektron çekme özelliğine göre mitikondrinin iç zarında yer alırlar. ETS’de bir NADH2 kullanımı sonucu : 3 ATP ve H2O üretilir.Bir atom oksijen tüketilir. ETS’de bir FADH2 kullanımı sonucu : 2 ATP ve H2O üretilir.Bir atom oksijen tüketilir. NAD ile koparılan hidrojenler ETS’ne en üst basamaktan girdiklerinden NADH2’den 3 ATP, FAD ile koparılanlar ETS’ne bir alt basamaktan girdiğinden dolayı FADH2’den 2 ATP sentezlenir. UYARI: 1 glikoz yakılırsa 690000 kalori açığa çıkar. 1 glikoz,organizmada yakılırsa 277400 kalori açığa çıkar.Geri kalan enerji ısı olarak serbest bırakılır. 277400 kal.=38 ATP oluşturulur.(ATP ADP+P+7300 kal.) C6H12O6+6O2+6H2O > 6CO2+12 H2O Değişik kademelerden ayrılan 24 hidrojen enerji yüklü elektronlarını Elektron taşıma sistemine (ETS) verip iyon haline geçer. Solunum katsayısı= Verilen CO2 Solunumda kullanılan maddenin Alınan O2 cinsine göre solunum katsayısı değişebilir. 277400 = % 40 Enerji verimi ortaya çıkar. 686000 Enerjinin geri kalan % 60’lık kısmı ise canlıların vüçüdünda ısı enerjisine dönüştürülür. Oksijenli solunumda meydana gelen % 40 lık enerji veriminin sebebi ise ,glikozun oksijen sayesinde CO2 ve H2O’ya kadar parçalanması sonucu üretilen enerji miktarının fazla olmasıdır. NOT : Yağ asitleri,gliserol,aminoasitler ve karbonhidratlar farklı sayıda karbon taşıdıkları için farklı sayılarda ATP üretilmesine sebep olurlar. Solunumda ATP üretiminin hesaplanması karbon sayısına ve reaksiyona hangi basamaktan katıldığına bakılarak yapılır. 4C’lu Aminoasitler krebsden,3C’lu Aminoasitler Pirüvatdan,2C’lu aminoasitler Asetil Co-a’dan solunuma katılırlar. 2C’lu yağ asitleri Asetil Co-a’dan ,3C’lu Gliserol Prüvatdan solunuma katılırlar. Glikoz, galaktoz ve fruktoz Glikoza dönüşerek katılırlar. Görevi biten 24 H ile O2 birleşir ve su oluşur.O2’li solunum reaksiyonlarında 6H2O açığa çıktığı gösterilir.Çünkü diğer 6H2O mitokondride tutlarak enzimlerin aktive edilmesinde kullanılır. Sonuçta ETS’ler de toplam 34 ATP elde edilir.Bu durumda ETS’ler oksijenli solunumda en fazla ATP üretilen yerlerdir.Ayrıca 12 H2O oluşurken dışarıdan alınan 6 O2’de harcanır. Oksijenli solunum(Glikoliz+Krebs+ETS) ATP Net Kazanç Stoplazma Glikoliz Substrat düzeyinde fosforilasyonla Oksidatif fosforilasyonile (2NADH+H) 4H Aktivasyon İçin 4 6 -2 8 ATP Mitokondri Pirüvat Asetil CoA Oksidatif fosforilasyonile (2NADH+H) 4H 6 6 ATP Krebs Çemberi ve ETS Substrat düzeyinde fosforilasyonla Oksidatif fosforilasyonla (2FADH+H) 4H Oksidatif fosforilasyonla (6NADH+H) 12H 2 4 18 24 ATP Toplam Substrat düzeyinde fosforilasyonla Aktivasyon için 10 NADH+H 24 H 2 FADH+H 6 -2 34 38 ATP 277.400 Kalori

http://www.biyologlar.com/hucre-solunumu-atp-sentez-sekiller

 
3WTURK CMS v6.03WTURK CMS v6.0