RNA SENTEZİNİN EVRELERİ
RNA sentezinde 4 evre bulunur.
1) RNA polimeraz (RNAP)’ın DNA’nın özel bir bölgesi olan promotöre bağlanması .
2) Transkripsiyonun başlaması (initiation).
3) RNA zincirinin uzaması (elongation).
4) Uzamanın bitişi ve sentezlenen RNA ile RNAP’ın DNA ‘nın ilgili bölgesinden ayrılma-ları.
1) RNAP ‘ın Promotör Bölgeye Bağlanması
a) Promotör bölgelerin özellikleri
Promomotör bölge , her transkripsiyon biriminin (promotörle bitiş bazı arasındaki DNA kesiminin ) baş tarafında (kalıp DNA iplikçiğinin 3’ ucundan önce ) bulunan bir bölgedir. Bakteride uzunluğu 40 baz çifti (DNA çifte sarmalının 4 tam dönümü) kadardır. Bu da holopolimeraz tarafın-dan tamamen örtülecek kadar kısa bir bölgedir. E.coli de tüm promotörler 2 özel (kısmen korunan , baz dizilimleri açısından farklı promotörlerde benzerlik gösteren ) bölge bulundururlar . Bunlardan birincisi , -35 bölgesinde , kodlayıcı iplikçikdeki 8 bazlık TGTTGACA dizilimi, diğeride –10 böl-gesindeki TATAAT’dir.Bu bölgeler , kalıp iplikçiğin 3’ucundan başlayarak,ilk kopyalanan bazda (+1) kabul edilerek belirlenmişlerdir.TATAAT dizilimi ve variantları Pribnow box olarak da bilinir.
Transkripsiyon başlama yeri
PROMOTÖR
---- Kopyalanan bölge---
Kodlayıcı 5’ TGTTGACA TATAAT
Kalıp 3’
+1.baz
-35 bölgesi -10 bölgesi
5’ ppp
Sentezlenmiş RNA
TATAAT diziliminin 6. Bazı olan T,farklı promotörlerde (E. Coli ‘nin bilinen promotörleri içinde) değişim göstermez ve sabit kalır.
-35 bölgesindeki 8 bazdan (ortadaki TG / AC dışındaki ) 6’sının üçer üçer palindrom (gidiş-li-dönüşlü, madam,radar...gibi özellik göstermesi dikkat çekicidir :
5’
TGTTGACA
3’
3’
ACAACTGT
5’
Bu bölge, RNA polimerazın sigma biriminin bağlandığı bölgedir.-10 bölgesindeki TATAAT diziliminde ise,tüm bazlar çifte sarmalda ikişer hidrojen bağı ile tutunmuş olduklarından, birbirle-rinden ayrılmaları kolay olan bir bölgedir.
Burada açıklanan promotör bölge, sadece RNAP’ın bağlandığı kesimdir. Bu bölgenin daha solunda gen kontrolu ile ilgili bölgeler (örneğin cAMP’-CAP’ ın bağlandığı bölge ) bulunabilir.
b) Holopolimerazın promotöre bağlanması
1- Sigma birimi, promotördeki özel dizilimli-35 bölgesine bağlanır.
2- Holopolimeraz da bu bölgeye tutunur ve başlama kodonuna kadar olan bölgeyi örter.
3- Bu bölge RNAP tarafından iplikçiklerine ayrıştırılır.
4- Sigma birimi –35 bölgesinden ayrılır.
5- Kalıp iplikçik üstünde RNA sentezi başlar.
2) RNA Sentezinin Başlaması (Initiation)
RNAP , başlama ve uzama olmak üzere iki merkeze sahiptir. Başlama merkezine hep pürin ribonükleotid TP ( çoğunlukla ATP) bağlanır. İkinci ribonükleotid TP da uzama merkezine bağlanır. Bu bazlar aynı zamanda kalıp DNA iplikçiği üstünde kendilerine karşılık düşen bazlara hidrojen bağı kuracak şekilde seçilirler. Birinci baz başlama merkezinden ayrıldığında polimeri-zasyon da başlamış olur. Başlama merkezi ß alt birimi üzerindedir.
RNA Sentezini Durdurucu Antibiyotiklere Örnekler: Rifamycin SV,Rifampicin. Bun-lardan birincisi, ß alt birimine bağlanarak 1.bazın başlama merkezine bağlanmasını engeller. İkinci si ise RNAP’ın DNAüstünde hareketini durdurup, 3. Bazı polimerize etmesini engeller. Eğer ki 3. Baz da senteze katılmışsa, bu aşamadan sonra rifampicin ‘in etkisi olmaz Bu iki antibiyotik de uza-ma dönemine geçmiş RNA sentezini durdurmayan,başlangıç inhibitörleridirler.
3)RNA Zincirinin Uzaması (elongation)
Yaklaşık 8 baz polimerize olduktan sonra sigma alt birimi holoenzimden ayrılır. Uzama ge-nelde kor enzim tarafından yapılır. Uzama tüm bölgelerde aynı hızla gitmez. DNA’nın GC ce zen-gin bölgelerinde yavaşlar. Bir RNAP molekülünce DNA üstünde açık tutulan baz çifti sayısı yak-laşık olarak 17’dir. RNAP ilerledikçe arkada kalan bölgeler yeniden çifte sarmal yapıya girerlerken, uzayan RNA iplikçiği de 5’ ucundan itibaren bu bölgelerden ayrılmaya devam eder.
4) RNA Sentezinin Bitiş Evresi
RNA sentezinin bitişi, DNA ‘nın özel bir baz dizilim bölgesinde gerçekleşir. Bu bölge, ba-zen RNAP’ın kendisi,bazen de rho (ρ) proteini ya da bitiş proteini denilen, 200 Kd’luk bir tetramer tarafından tanınır. Sentezi bitmiş RNA ile RNAP,DNA’dan ayrılırlar. RNA ‘nın bitim bölgesindeki DNA kesimi, promotorün -35 bölgesinde görüldüğü gibi aralıklı palindrom dizilimlidir(*) Bu bölge RNA’ya çevrildiğinde ,arada kalan bölge bir halka , palindromik kesim de bu halkanın sap kısmını oluşturur. Sapın halkaya yakın kısmı GC’ ce zengindir. Bitişe doğru da kalıp DNA zinciri üstünde bulunan 6-8 kadar A nedeni ile UUU... ile tamamlanır. Sentezi bitmek üzere olan RNA’ya bağlanan rho proteini ATPaz aktivitesi de gösterir. RNA sentezinin bitimindeki etkileşimleri tam olarak ay-dınlatılmamıştır. Ancak rho proteininin RNAP ‘a bağlanmadığı bilinmektedir.
Genetik
-
İnsanlarda Kaç Kromozom Vardır?
-
Sık görülen mikrodelesyon sendromları nelerdir?
-
Bilim insanları kromozomları nasıl inceler?
-
Arkea'da Kromozomlar ve DNA Replikasyonu
-
DNA Onarım Mekanizmaları Nelerdir?
-
DNA hasarına neden olan etkenler nelerdir?
-
XYY Süper Erkek Sendromu - JACOB’S, Sendromu
-
Bitki doku kültürü çalışmaları ile haploid bitkiler elde edilebilir
-
Gram pozitif bakterilerden genomik DNA izolasyon protokolü
-
E. coli bakterisinden genomik DNA izolasyon protokolü
-
DNA’nın Keşfi
-
İnsan Genom Projesi Nedir ? Amaçları Nelerdir ?
-
Genomik mikrodizilimlerle ikilenme teşhisi yöntemi
-
Gen duplikasyonu ve amplifikasyonu nedir?
-
DNA ile RNA Arasndaki Farklar ve Benzerlikler Nelerdir