Ökaryotlarda farklı RNA‘ları sentezleyen 3 çeşit RNAP bulunur:
1- RNAP-I, II ve III. Bunlar RNAP-A, B ve C olarak da bilinirler.
2- RNAP-I, çekirdekçikte (nükleolus’da ) bulunur ve rRNA’ları sentezler.
3- RNA-II, çekirdek plazmasında (nükleoplazmada ) bulunur ve mRNA’ları sentezler.
α-amitinin (bir çeşit şapkalı mantar zehiri) tarafından şiddetle baskılanır (10-8 –10-9 M düzeyinde ihnibisyon).
4- RNAP-III, çekirdek plazmasında bulunur ve tRNAP’larla 5SrRNA’yı sentezler.α-amani-tine az duyarlıdır.
Ökaryotik RNAP ‘lar 500-600 kd ağırlıktadırlar. Prokaryatlardaki tek RNA’ın temel yapısı-na benzer şekilde alt birimler bulundururlar (iki büyük ve belli sayılarda da küçük alt birimler taşır-lar.) Alt birimlerinde, bakterininkilere benzer aminoasit dizilimi de gösterirler. Her alt birimin özel görevi henüz bilinmemektedir.
Ökaryot promotörleri ve gen kontrol bölgeleri, genelde bakterilerinkinden daha karmaşık bir düzenlenme gösterirler. Kabaca iki bölgeden biri transkripsiyonun nereden başlayacağına,diğeri de hangi sıklıkla yineleneceğini belirler. RNAP dışında her bir bölgeyi tanıyan özel proteinler (faktör-ler) bulunur. Aynı bir DNAP molekülü üstünde bulunan gen kontrol bölgelerine Cis etkileşimli ele-manlar,başka kromozomlar üstünde sentezlenip de diğer kromozomlardaki gen bölgelerini kontrol eden faktörlere de(hormonlar dahil)trans etkileşimli elemanlar denilir.
Ökaryot genlerinden II. grupta olanlar(mRNA genleri ),yapısal bölgelerinin(mRNA‘ya kop-yalanan bölgelerinin ) dışında, bakteride görülen -35 ve- 10 bölgelerine benzer CAAT ve TATAAT (kısaca TATA) dizilimleri bulundururlar. Her ikisi de kodlayıcı iplikcik üstünde bulunan dizilimler-dir. TATA ‘nın transkripsiyonun uygun yerde başlamasında, CAAT’ın da transkripsiyonun hangi sıklıkla yineleneceğinde etkili olduğu var sayılır. Bu bölgelere farklı transkripsiyon faktörleri (TF) bağlanır. CAAT ve TATA dizilimi dışında,yapısal genin her iki tarafında 3’’—> 5’ yada 5’—>3’ yönlü olarak dizilebilen transkripsiyonu yükseltici / susturucu ve başka kontrol bölgeleri bulunabilir. Her biri özel proteinlerle etkileşerek gen ifadelerini değiştirirler. Bazen bu bölgelerle hormonlar, cAMP, metal iyonları ve değişik kimyasallar da etkileşime girebilirler. Genlerin dokuya özgü ifadeleri de DNA üstündeki özel bölgeler ve bu bölgelerle etkileşen faktörlerce sağlanırlar.
Ökaryotlardaki RNA sentezlerinin bitiş sinyalleri yeteri kadar aydınlatılamamıştır. mRNA’ ların bitiminde özel baz dizilim bölgelerinin bulunduğu ve 3’ ucunun belirmesinde endonükleazla-rın görev aldıkları bilinmektedir.
DNAP-III tarafından sentezlenen tRNA genleri ile küçük molekül ağırlıklı RNA genlerinin ortalarında (intragenik), aralıklı olarak bulunan ,A ve B diye ikiye ayrılmış bir promotör bölge bu-lunur. A ve B blokları arasında ki bölgeler, olgun tRNA’ların DHUve TΨC halkalarının (kollarının) yapısına karışmış olarak ifade olunurlar. Sentezin başlangıç noktası, A bloğunun 10 –16 baz üstün-de (kalıp zincirin 5’tarafında )bulunur.
Yine RNAP-III tarafından sentezlenen 5S RNA da intragenik bir promotör bölge bulundurur ve bu bölge trans etkileşimli bir faktör (protein)tarafından tanınarak , RNAP-III’ün bu bölgeye bağ-lanması sağlanır. tRNA genleri için de bu tür trans etkileşimli elemanlar düşünülmektedir.
Prokaryotlarda mRNA transkripsiyonu tamamlanmadan önce , bu m RNA’ların 5’ucundan itibaren translasyona da başlanır. Hatta prokaryotlarda, replikasyon,transkripsiyon ve translasyonu aynı zamanda, aynı bir DNA molekülü üstünde görmek mümkündür.
Ökaryotlarda ise, transkripsiyonun yeri çekirdek içi(nükleoplazma)olduğu halde, translasyon sitoplazmada gerçekleşir.
Tüm ökaryotik RNA çeşitleri de fonksiyonel (işlevsel)olmadan önce,çoğu çekirdek içinde olmak üzere, önemli değişimlere (processing’e) uğrarlar.
Birincil sentezden sonra her iki uca nükleotid eklenmesi, ara bölgelerin(intron)çıkartılması, baz ve ribozların alkillenmesi...bu değişimlere birer örnektirler.