Ökaryotlarda Homolog rekombinasyon
Homolog rekombinasyonun olması çoğu ökaryotik hücrede mitoz ve mayoz için esastır. Mitoz sırasında homolog rekombinasyon, iyonlaştırıcı radyasyon veya DNA'ya hasar verici kimyasalların neden olduğu çift iplikli kırıkları tamir etmeye yarar.[21] Bunların tamir edilmemesi durumda somatik hücrelerde kromozom parçaları arasında büyük ölçekli yer değişimlerine (rearrangement) yol açar,[22] bu da kansere neden olabilir.
Mayozda homolog rekombinasyon, profaz I evresindeki kromozom krosoverini kolaylaştırır.[23] Mayotik homolog rekombinasyon Spo11 proteininin programlanmış olarak DNA'da çift iplikli bir kırık yapması ile başlar.[24] Bu kesilme yerleri öoğunlukla rekombinasyon "hotspotlarında" meydana gelir, bunlar kromozom üzerinde rekombinasyon sıklığını yüksek olduğu 1000-2000 baz çiftlik bölgelerdir. Aynı kromozomdaki iki gen arasında rekombinasyon hotspotunun olmazsa bu demektir ki bu iki gen gelecek kuşaklarda eşit oranda kalıtılacaktır, yani bu iki gen, bağımsız assorti olan genlerden beklenecek bağlantıdan daha yüksek bir bağlantıya sahip olacaktır.[25] Ebeveyn kromozomlarındaki genetik malzemenin karışması (karılması?) sonraki kuşaklardaki genetik çeşitliliğin önemli bir kaynağıdır.
Çift iplikli kırık tamiri
HR ve NHEJ arasında seşim
Çift iplikli kırıklar homolog rekombinasyon veya homolog olmayan (non-homolog) uç birleştirme (NHUB) ile tamir edilebilir. NHUB, homolog rekombinasyondan farklı olarak, onarıma kılavuzluk yapmak için uzun homolog bir diziye gerek göstermez. çift iplik kırıklarının tamiri için homolog rekombinasyon mu, NHUB mu kullanılacağı hücre döngüsünün evresine bağlıdır. Kardeş kromatitlere kolayca erişilebildiği hücre döngüsünün S ve G2 evrelerinde ve homolog rekombinasyon yukarı ayarlanır. Kardeş kromatitler birbirlerinin tam bir kopyası olduklarından homolog rekombinasyon için ideal birer substrattır, buna karşın homolog kromozomlar birbirlerine benzer olmakla beraber tıpatıp aynı değildirler. NHUB G1 evresinde hakimdir, ondan sonra aşağıa ayarlanır ama tüm hücre döngüsü boyunca bir miktar etkinliğini sürdürür. Homolog rekombinasyon ve NHUB'nin hücre döngüsüne dayalı düzenlenmeleri türlere göre çarklılık gösterir. Siklin-bağımlı kinazlar (CDK) tomurcuklanan mayalarda ve memelilerde homolog rekombinasyonun özellikle önemli düzenlenyicileridir, ama çalışma mekanizmaları bu iki taksada farklıdır.[26] Tomurcuklanan mayalarda, S evresine girince, Cdc28 adlı CDK, Sae2 proteinini fosforile ederek homolog rekombinasyonu başlatır.[27]
Modeller
Homolog rekombinasyonun çift iplikli kırık tamirine nasıl yardım ettiği hakkında iki ana model, çift iplikli kırık tamir yolağı (çifte Holliday bağlantı modeli olarak da değinilir) ve sentez-bağımlı iplik tavlama (SBİT) yolağıdır.[28] Bu iki yolak ilk birkaç adımlarında benzerdirler. Çift iplikli bir kırık meydana geldikten sonra, MRX kompleks (insanlarda MRN kompleksi) olarak adlandırılan bir heterotrimerik potein, kırığın iki tarafındaki DNA'lara bağlanır. Sonra bir çift iplikli kırığın bir "rezeksiyon"u olur, yani her iki zincirde de kırığın hemen akış yukarısındaki (yani 5' ucu tarafındaki) DNA çıkartılır. Resekziyonun ilk adımında MRX kompleksi Sae2'yi seferber eder, bunlar beraberce kırığın iki tarafındaki 5' uçları kırparak tek iplikli kısa 3' çıkıntılar yaratırlar. İkinci adımda, üç diğer enzim ile 5'→3' rezeksiyon devam eder: Sgs1 helikaz (bakteriyel RecQ helikazın bir homoloğu, bkz. yukarıdaki bölüm), Exo1 ve Dna2 nükleazları.[27].
İkileşme proteini A (İng. Replication protein A veya RPA), tek iplikli DNA'ya yüksek afiniteli bir proteindir, ilk aşamada 3' çıkıntılara bağlanır.[29] Sonra, birkaç aracı proteinin de yardımıyla, Rad51 (ve mayoz sirasinda Dmc1) RPA ile kaplanmış tek iplikli DNA üzerinde bir nükleoprotein filaman oluşturur ve 3' çıkıntıya benzer diziye sahip DNA dizileri aramaya başlarlar. Böyle bir dizi bulunca, iplik işgali denen bir süreç başlar, tek iplikli nükleoprotein filaman, homolog kromozomun içine girer, onu "işgal" eder. İplik işgali sırasında, işgalci 3' çıkıntı ipliği ile homolog kromozom arasında bir deplasman (yerinden çıkma) ilmiği (İng. displacement loop veya D-ilmiği) oluşur. İplik işgalininin ardından, bir DNA polimeraz işgalci 3' ipliği uzatır ve D-ilmiğini, Holliday bağlantısı olarak adlandırılan, haç şekilli bir yapıya dönüştürür. Bunun ardından, işgalci iplik (yani orijinal 3' çıkıntılardan biri) üzerinde DNA sentezi olur, böylece iplik işgali sırasında yerinden çıkarılan iplik yerine yenisi getirilmiş olur.[28]
Çift ipliklikçikli kırık tamir yolağı
Rezeksiyon, iplik işgali ve DNA sentez aşamalarının ardından, ÇİKT ve SBİT yolakları ayrışırlar.[28] ÇİKT yolağının farklı olan yönü, ikinci 3' çıkıntının (iplik işgaline rol oynamayan çıkıntının) da homolog kromozom ile bir Holliday bağlantısı oluşturmasıdır. Çifte Holliday bağlantıları sonra kertici endonükleazlar (İng. nicking endonükleaz; DNA'nın tek ipliğini kesen (kerten) bir restriksiyon endonükleaz tipi) tarafından rekombinasyon ürünlerine dönüştürülür. ÇİKT yolağında rekombinasyon ürünü kromozomda krosover olma olasılığı olmama olasılığından çok daha yüksek olduğu bulunmuştur.[30] ÇİKT yolağı çoğu zaman kromozom krosoveri ile sonuçlandığı için, mayozda homolog rekombinasyonun nasıl olduğunun esas modelidir.
ÇİKT yolağında rekombinasyonun kromozomal krosoverine yol açması çifte Holliday bağlantısının nasıl çözüldüğüne bağlıdır. Eğer iki Holliday bağlantısı kesişen ipliklerde kesilirse (yandaki şekildeki siyah ok uçlarında), krosoversiz kromozomlar meydana gelir. Alternatif olarak, eğer bir Holliday bağlantısı kesişen iplikte kesilir, öbür bağlantı ise kesişmeyen iplikte kesilirse (yani şekilde görülen bir Holiday bağlantısındaki siyah okta, ve öbüründeki turuncu okta), kromozomal krosover meydana gelir.[31]
SBİT yolağı
sentez-bağımlı iplik tavlama (SBİT) yolağı üzerinden homolog rekombinasyon mitozda olur ve krosoversiz ürünlerle ile sonuçlanır. Bu modelde, Holliday bağlantısının DNA ipliği üzerindeki hareketi (dal ilerlemesi, branch migration olarak adlandırılan bir süreç ile), uzatılmış işgalci ipliğin serbest bırakılması ile son bulur. İşgalci ipliğin yeni sentezlenmiş 3' ucu, zarar görmüş kromozomdaki öbür orijinal 3' ile komplementer baz eşleşmesi ile tavlanır. Tavlanmadan sonra 3' uçta kalan fazlalıklar çıkarılır, tek iplikli bölgeler tamir edilir ve SBİT tamamlanır.[32]
Tek iplik tavlama yolağı
TİT yolağı üzerinden rekombinasyon iki tekrar elemanı (mor) arasında olur, bunun sonucunda aradaki genetik malzeme kaybolur. (Eğer kullandığınız Web tarayıcısı Safari, Opera veya Chrome ise resmi tıklayarak animasyonu izleyebilirsiniz.)Homolog rekombinasyonun tek iplik tavlama (TİT) yolağı, iki tekrar dizisi arasındaki çift iplikli kırıklar tamir edilir.[32][33] Kavram olarak bu yolak görece basittir: DNA ikilisinin iki ipliğinin 5'→3' rezeksiyonunun ardından, meydana gelen iki 3' çıkıntı hizalanır ve Rad50'nin yardımıyla birbirlerine tavlanırlar. Tavlanma tamamlanınca, 3' çıkıntıların homolog olmayan, artık uçları (Slx4 ve Saw1'in eşliğindeki) Rad1/10 nükleaz tarafından sindirilip yok edilir.[34] Kalan boşluklar yeni DNA sentezi ile doldurulur, ligasyon ile DNA ikilisindeki iplikler birleşir.[35] Tekrar dizileri arasındaki DNA dizisi ve tekrar dizilerinden biri bu süreç sonunda kaybolur. Genetik mazlemede delesyonlara neden olmasından dolayı TİT yolağı mutajenik sayılır.[32]
Kİİ yolağı
DNA ikileşmesi sırasında, DNA helikaz DNA'yı açarken bazen ikileşme çatalında çift iplikli kırıklara rastlanabilir. Bu bozukluklar homolog rekombinasyonun "kırık-indüklenmiş ikileşme" (İng. break-induced replication) (Kİİ) yolağı ile tamir edilir. Bu konuda önerilmiş üç model, iplik işgali ile başlar ama D-ilmiğinin ilerlemesi ve onu takip eden, post-sinaptik (Holliday bağlantısının ayrışması sonrası) evrelerde farklılık gösterirler. [36]
Kİİ yolağı, telomerazların yokluğunda (veya onların eşliğinde) telomerlerin uzunluğunu muhafaza etmeye yarayabilir (telomerler ökaryotik kromozomların uçlarındaki DNA bölgeleridir). Telomeraz enzimleri olmayınca telomerle her mitoz bölünmesinin ardından biraz kısalırlar, bu da nihayet hücre bölünmesini engeller ve yaşlanmaya neden olur. Mutasyonlar sonucu telomerazın etkinsizleştirildiği tomurcuklanan maya hücrelerinde, Kİİ yolağını kullanarak telomerlerini uzatan ve beklenenden daha geç yaşlanan iki tip hücre tipi bulunmuştur. Her iki tip hücre Rad52 proteinine gerek duyar, Tip I hücreler ayrıca Rad51'e gerek duyar, Tip II hücreler ise duymaz. Bu iki tip hücrenin spontan mutasyonlar ile ortaya çıkarlar, Tip I hücreler Tip II ücrelere kıyasla daha sık oluşurlar ama daha yavaş büyürler.[36]
Telomer uzunluğunun korunması, kanserin anahtar özelliklerinden biri olan hücre ölümsüzleşmesinde kritik bir öneme sahiptir. Çoğu kanser, telomerlerini korumak için telomerazları yukarı ayarlar. Ancak, bazı insan kanser tiplerinde, Kİİ-benzeri bir yolak, telomer muhafazası için alternatif bir mekanizma olarak çalışarak tümörlerin varlıklarını sürdürmelerini sağlar.[37] Rekombinasyona dayalı bir telomer muhafaza mekanizması yüzünden telomeraz inhibitörlerine dayanıklılık oluşabileceği hâlen araştırılmaktadır.[38]
İşlevsizliğin etkileri
Homolog rekombinasyonda yetersizlik insanlarda kanser oluşumu ile bağlantılı olduğu görülmüştür. Örneğin kanserle ilişikli Bloom sendromu, Werner sendromu ve Rothmund-Thomson sendromu, RecQ helikaz genlerinden birinin (sırasıyla BLM, WRN ve RECQ4) hatalı çalışmasından kaynaklanır.[39] BLM proteinin eksik olduğu Bloom sendrom hastalarında homolog rekombinasyon sıklığında bir artma vardır.[40] BLM'siz farelerde yapılan deneylerde, bu mutasyonun neden olduğu homolog rekombinasyon sonucu meydana gelen heterozigotluk kaybı kansere yol açmaktadır.[41]
Homolog rekombinasyon sıklığının azalması da kansere yol açabilir.[42] BRCA1 bunun bir örneğidir. Bir tümör baskılayıcı gen olan BRCA1'nın kötü çalışmasının göğüs ve yumurtalık kanserine yatkınlığını artırdığı gösterilmiştir. BRCA1 geni olmayan hücrelerde homolog rekombinasyon vakaları 5 kat daha azdır; iyonlaştırıcı radyasyona daha duyarlı olmaları DNA'da daha çok sayıda çift iplikli kırık hasarının meydana geldiğini gösteri.[42] BRCA1 ile yakın ilişkili bir gen olan BRCA2'nin tek bilinen işlevi homologrekombinasyonu kolaylaştırmaktır. Bu genin ürünü olan 3418 amino asit uzunluğundaki büyük protein, tek iplikli DNA'ya bağlanarak ve RAD51 uzamasi için bir platform sağlayarak homolog rekombinasyonu kolaylaştırır. Bu filaman homolog rekombinasyonun başlamasında önemli bir adımdır ve BRCA2 mutasyonları yüzünden bu süreci eksik olak hücrelerde BRCA1 mutanlarındakine benzer bir fenotip görülmüştür: azalmış homolog rekombinasyon ve radyasyona karşı artmış bir duyarlılık. [42]
Evrimsel köken
Homolog rekombinasyonla ilişkili proteinleri canlıların üç üst-aleminde (arkeler, bakteriler ve ökaryotlar) korunmuştur.Amino asit dizilerindeki benzerliklere dayanarak homolog rekombinasyon (HR) ile ilişkili proteinlerin ortak evrimsel kökenlere sahip olduğu düşünülmektedir.[43] HR-ilişkili protein gruplarından biri RecA/Rad51 protein ailesidir, bunun içinde bakterilerdeki RecA proteini, arkelerdeki benzer proteinler (RadA ve RadB) ve ökaryotlardaki proteinler (Rad51, Rad51B, Rad51C, Rad51D, Dmc1, XRCC2 and XRCC3). Tüm bu proteinler, RecA/RAD51 olarak adlandırılan yaklaşık 230 amino asit uzunluğunda korunmuş bölgeye sahiptir. Bu protein bölgesi içinde iki dizi motifi vardır, Walker A ve Walker B, bunlar bu gen ailesinin protein ürünlerine ATP hidroliz etkinliği sağlar.[43]
Filogenetik ağaçlarda RadA, Rad51 ve Dmc1'in aynı monofiletik gruba ait olması, bu proteinlerin ortak bir ataya ait olduğunu ima eder. Bu protein ailesinde Rad51 ve Dmc1 beraberce gruplandırılır, RadA'dan ayrı bir klad olarak. Okaryotik bir RecA geninde kadim bir gen ikileşme olayının modern RAD51 ve DMC1 genlerinin kökeni olduğu öne sürülmüştür.[43] Bu üç proteinin beraberce gruplandırılma kıstaslarından biri, herbirinin N-uçlarında bir sarmal-kıvrım-sarmal (helix-turn-helix) motifine sahip olmalarıdır, bu motif DNA'ya bağlanma özelliği sağlar.
Ökaryotlardan en erken ayrılan protistalardan biri olan Giardia 'da Dmc1'in keşfedilmesi, mayotik homolog rekombinasyonun (ve mayozun kendisinin) ökaryotik evrimde erken ortaya çıkmış olabileceğini göstermektedir.[44]
Dmc1 üzerine yapılan araştırmalara ek olarak, Spo11 protein ve homologlarının moleküler ve filogenetik analizi de mayotik rekombinasyonun orijini hakkında bilgi vermektedir.[45] Spo11, mayozda homolog rekombinasyonu başlatmak için çift iplikli kırıkları katalizleyen bir tip II topoizomerazdır.[24] Hayvan, mantar, bazı bitkiler, protistalar ve arkelerde Spo11 protein dizilerine dayanarak inşa edilen filogenetik ağaçlar, ökaryotik Spo11'in ökaryot ve arkebakterilerin en osn ortak atasında ortaya çıktığını ine sürmektedir.[45]
Teknolojik uygulamalar
Gen hedeflemesi
Gelişiminin ambiryo aşamasında bu kimerik farenin DNA'sına gen hedefleme tekniği ile aguti renk kürk rengi geni dahil edilmiştir. Yavruları aguti geni için homozigottur.Ana madde: gen hedeflenmesi
Canlıların içine DNA dizileri sokup rekombinant DNA ve genetik değişime uğramış canlı üretmekte kullanılan pekçok yöntem homolog rekombinasyon sürecini kullanır.[46] Gen hedeflemesi olarak da adlandırılan bu yöntemler maya ve fare genetiğinde özellikle yaygın kullanılır. Nakavt farelerde kullanılan gen hedefleme tekniği, yapay genetik malzemenin aktarılması için fare embriyonik kök hücreleri kullanır. Homolog rekombinasyon yoluyla hedef genin yerine dışardan eklenen gen gelir. Dolayısıyla fare, belli bir memeli genin etkilerini anlamak için bir model olarak kullanılır. Homolog rekombinasyon kullanarak embriyonik kök hücreler farelerde nasıl genetik değişim yaratılabileceğini keşfettikleri için Mario Capecchi, Martin Evans ve Oliver Smithies 2007 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü kazanmışlardır.[47]
Protein mühendisliği
Homolog rekombinasyon ile protein mühendisliğinde iki proteindeki parçalar yer değiştirerek kimera protein meydana getirir. Bu tekniklerde rekombinasyon kullanarak proteinin birincil dizisinde yüksek düzeyde çeşitlilik yaratılsa da proteinin katlanarak üçüncül yapısını oluşturma yeteneği korunur.[48] Buna karşın diğie rprotein mühendislik tekniklerinde, örneğin rassal noktasal mutagenezde, proteinin işlevinin muhafaz olasılığı, artan amino asit substitusyonlarında artmayla üssel olarak olarak azalır.[49] Rekombinasyon teknikleri ile üretilen kimeralar katlanma yeteneklerini muhafaza ederler çünkü yer değiştiren parçaları yapısal ve evrimsel olarak korunmuştur. Rekombinasyon yapabilen yapısal "bloklarda" amino asit kalıntıları arasındaki etkileşimler korunmuştur. SCHEMA gibi yöntemler ve istatistik bağlaşım analizi (statistical coupling analysis) rekombinasyona uygun yapısal birimlerin tespitini mümkün kılar.[50][51][52]
Homolog rekombinasyona dayana teknikler protein mühendisliğinde kullanılmıştır.[50] 2007'de yayımlanan bir çalışmada, isoprenoid bileşiklerin biyosenteziyle ilişkili iki enzimin kimeraları üretilmiştir. Ebeveyn proteinler isoprenoid biyosentezindeki gerekli bir adımı sentezleme yetneğine sahip değilken, kimerada bu yetenek bulunmuştur.[53] Recombinasyonlu protein mühendisliği ile üretilen sitokrom P450 proteinleri de ebeveyn proteinlerin kullanamadığı substratları kabul ettiği bulunmuş böylece tasarımlı kimeralarda önemli derecede işlevsel çeşitlilik olabildiği gösterilmiştir.[54]
Kaynakçalar
Bu maddenin 30 Ekim 2009 tarihli bu sürümü tamamen, İngilizce Vikipedi'deki Homologous recombination maddesinin 22 Ekim 2009 tarihli bu sürümünden çevrilmiştir.
1.^ Alberts, B et al (2002). “Chapter 5: DNA Replication, Repair, and Recombination”, Molecular Biology of the Cell. New York: Garland Science. ISBN 0-8153-3218-1. OCLC 145080076 48122761 57023651 69932405.
2.^ Kowalczykowski, SC et al. (September 1994). "Biochemistry of homologous recombination in Escherichia coli". Microbiology and Molecular Biology Reviews 58 (3): 401–465. PMID 7968921.
3.^ Rocha, EPC et al. (August 2005). "Comparative and evolutionary analysis of the bacterial homologous recombination systems". PLoS Genetics 1 (2): e15. doi:10.1371/journal.pgen.0010015. PMID 16132081.
4.^ Singleton, MR et al (11 November 2004). "Crystal structure of RecBCD enzyme reveals a machine for processing DNA breaks". Nature 432: 187-193. doi:10.1038/nature02988. PMID 15538360. www2.biochemtech.uni-halle.de/xray/seminars/8_3.pdf.
5.^ a b Dillingham, MS; Kowalczykowski, SC (December 2008). "RecBCD enzyme and the repair of double-stranded DNA breaks". Microbiology and Molecular Biology Reviews 72 (4): 642-671. doi:10.1128/MMBR.00020-08. PMID 19052323.
6.^ Spies, M et al (5 September 2003). "A molecular throttle: the recombination hotspot chi controls DNA translocation by the RecBCD helicase". Cell 114 (5): 647-654. doi:10.1016/S0092-8674(03)00681-0. PMID 13678587.
7.^ Donaldson, JR et al (2006). "RuvABC is required to resolve Holliday junctions that accumulate following replication on damaged templates in Escherichia coli". Journal of Biological Chemistry 281 (39): 28811-28821. doi:10.1074/jbc.M603933200. PMID 16895921. www.jbc.org/cgi/content/full/281/39/28811.
8.^ Gumbiner-Russo, LM; Rosenberg, SM (2007). "Physical analyses of E. coli heteroduplex recombination products in vivo: on the prevalence of 5′ and 3′ patches". PLoS One 2 (11): e1242. doi:10.1371/journal.pone.0001242. PMID 18043749.
9.^ Hiom, K (July 2009). "DNA Repair: Common Approaches to Fixing Double-Strand Breaks". Current Biology 19 (13): R523-R525. doi:doi:10.1016/j.cub.2009.06.009.
10.^ a b Handa, N et al (2009). "Reconstitution of initial steps of dsDNA break repair by the RecF pathway of E. coli". Genes and Development 23: 1234-1245. doi:10.1101/gad.1780709. PMID 19451222.
11.^ Kowalczykowski, SC et al (1987). "Effects of the Escherichia coli SSB protein on the binding of Escherichia coli RecA protein to single-stranded DNA. Demonstration of competitive binding and the lack of a specific protein-protein interaction". Journal of Biological Chemistry 193 (1): 81-95. doi:10.1016/0022-2836(87)90629-2. PMID 3295259.
12.^ a b c Sakai, A; Cox, MM (2009). "RecFOR and RecOR as distinct RecA loading pathways". Journal of Biological Chemistry 284 (5): 3264-3272. doi:10.1074/jbc.M807220200. PMID 18986990. PMC: PMC2631980. www.biochem.wisc.edu/faculty/cox/lab/publications/pdfs/118.pdf.
13.^ Inoue, H et al (January 2008). "The process of displacing the single-stranded DNA-binding protein from single-stranded DNA by RecO and RecR proteins". Nucleic Acids Research 36 (1): 94–109. doi:10.1093/nar/gkm1004. PMID 18000001.
14.^ a b West, SC (July 2003). "Molecular views of recombination proteins and their control". Nature Reviews Molecular Cell Biology 4: 435-437. doi:doi:10.1038/nrm1127. PMID 12778123.
15.^ a b c Watson, JD et al (2003). Molecular Biology of the Gene, 259-291, Pearson/Benjamin Cummings. ISBN 978-0805346350.
16.^ Gumbiner-Russo, LM; Rosenberg, SM (28 November 2007). "Physical analyses of E. coli heteroduplex recombination products in vivo: on the prevalence of 5′ and 3′ patches". PLoS One 2 (11): e1242. doi:10.1371/journal.pone.0001242. PMID 18043749.
17.^ Thomas, CM; Nielson, KM (September 2005). "Mechanisms of, and barriers to, horizontal gene transfer between bacteria". Nature Reviews Microbiology 3 (9): 711-721. doi:10.1038/nrmicro1234. PMID 16138099. molecular.biosciences.wsu.edu/academics/...%20and%20Nielsen.pdf.
18.^ Vulic, M et al (2 September 1997). "Molecular keys to speciation: DNA polymorphism and the control of genetic exchange in enterobacteria". Proceedings of the National Academy of Sciences USA 94 (18): 9763–9767. PMID 9275198.
19.^ Majewski, J; Cohan, FM (January 1998). "The effect of mismatch repair and heteroduplex formation on sexual isolation in Bacillus". Genetics 48 (1): 13–18. PMID 9475717.
20.^ Majewski, J et al (February 2000). "Barriers to genetic exchange between bacterial species: Streptococcus pneumoniae transformation". Journal of Bacteriology 182: 1016–1023. PMID 10648528.
21.^ Lodish H et al. (2000). “12.5: Recombination between Homologous DNA Sites: Double-Strand Breaks in DNA Initiate Recombination”, Molecular Cell Biology. W. H. Freeman and Company. ISBN 0-7167-3136-3.
22.^ Griffiths, Anthony J.F. et al. (1999). “8: Chromosome Mutations: Chromosomal Rearrangements”, Modern Genetic Analysis. W. H. Freeman and Company. ISBN 0-7167-3118-5.
23.^ Marcon, E; Moens, PB (August 2005). "The evolution of meiosis: recruitment and modification of somatic DNA-repair proteins". Bioessays 27 (8): 795–808. doi:10.1002/bies.20264. PMID 16015600.
24.^ a b Keeney, S et al (7 February 1997). "Meiosis-specific DNA double-strand breaks are catalyzed by Spo11, a member of a widely conserved protein family". Cell 88 (3): 375–384. doi:10.1016/S0092-8674(00)81876-0. PMID 9039264.
25.^ "A DNA recombination “hotspot” in humans is missing in chimps". PLoS Biology 2 (6): e192. June 2004. doi:10.1371/journal.pbio.0020192.
26.^ Shrivastav, M et al (January 2008). "Regulation of DNA double-strand break repair pathway choice". Cell Research 18: 134–147. doi:10.1038/cr.2007.111. PMID 18157161. www.nature.com/cr/journal/v18/n1/full/cr2007111a.html.
27.^ a b Mimitou, EP; Symington, LS (May 2009). "Nucleases and helicases take center stage in homologous recombination". Trends in Biochemical Science 34 (5): 264-272. doi:10.1016/j.tibs.2009.01.010. PMID 19375328.
28.^ a b c Sung, P; Klein, H (October 2006). "Mechanism of homologous recombination: mediators and helicases take on regulatory functions". Nature Reviews Molecular Cell Biology 7 (10): 739–750. doi:10.1038/nrm2008. PMID 16926856.
29.^ Wold, MS (1997). "Replication protein A: heterotrimeric, single-stranded DNA-binding protein required for eukaryotic DNA metabolism". Annual Review of Biochemistry 66: 61–92. doi:10.1146/annurev.biochem.66.1.61. PMID 9242902.
30.^ McMahill, MS et al (November 2007). "Synthesis-dependent strand annealing in meiosis". PLoS Biology 5 (11): e299. doi:10.1371/journal.pbio.0050299. PMID 17988174.
31.^ Alberts B et al. (2008). Molecular Biology of the Cell, 5., 312–313, Garland Science. ISBN 978-0-8153-4105-5.
32.^ a b c Helleday, T et al (1 July 2007). "DNA double-strand break repair: from mechanistic understanding to cancer treatment". DNA Repair (Amst.) 6 (7): 923–935. doi:10.1016/j.dnarep.2007.02.006. PMID 17363343.
33.^ Şablon:Cite web kullanımında hata: Parametreler url ve başlık tanımlanmalı.
34.^ Mimitou, EP; Symington, LS (September 2009). "DNA end resection: Many nucleases make light work". DNA repair 8 (9): 983-995. doi:10.1016/j.dnarep.2009.04.017.
35.^ Pâques, F; Haber, JE (June 1999). Multiple pathways of recombination induced by double-strand breaks in Saccharomyces cerevisiae. 63. pp. 349–404. PMID 10357855.
36.^ a b McEachern, MJ; Haber, JE (2006). "Break-induced replication and recombinational telomere elongation in yeast". Annual Review of Biochemistry 75: 111–135. doi:10.1146/annurev.biochem.74.082803.133234. PMID 16756487.
37.^ Morrish, TA; Greider, CW (January 2009). "Short telomeres initiate telomere recombination in primary and tumor cells". PLoS Genetics 5 (1): e1000357. doi:10.1371/journal.pgen.1000357. PMID 19180191.
38.^ Muntoni, RR; Reddel (October 2005). "The first molecular details of ALT in human tumor cells". Human Molecular Genetics 14 (Review Issue 2): R191-R196. doi:10.1093/hmg/ddi266. PMID 16244317.
39.^ Cold Spring Harbor Laboratory (2007). "Human RecQ Helicases, Homologous Recombination And Genomic Instability". ScienceDaily. 18 Aralık 2008 tarihinde erişilmiştir.
40.^ Modesti, M; Kanaar, R (2001). "Homologous recombination: from model organisms to human disease". Genome Biology 2 (5): REVIEWS1014. doi:10.1186/gb-2001-2-5-reviews1014. PMID 11387040.
41.^ Luo, G et al (December 2000). "Cancer predisposition caused by elevated mitotic recombination in Bloom mice". Nature Genetics 26 (4): 424–429. doi:10.1038/82548. PMID 11101838.
42.^ a b c Powell, SN; Kachnic, LA (September 2003). "Roles of BRCA1 and BRCA2 in homologous recombination, DNA replication fidelity and the cellular response to ionizing radiation". Oncogene 22 (37): 5784–5791. doi:10.1038/sj.onc.1206678. PMID 12947386.
43.^ a b c Lin, Z et al (2006). "Origins and evolution of the recA/Rad51 gene family: evidence for ancient gene duplication and endosymbiotic gene transfer". Proceedings of the National Academy of Sciences USA 103 (27): 10328–10333. doi:10.1073/pnas.0604232103. PMID 16798872.
44.^ Ramesh, MA et al (26 January 2005). "A phylogenomic inventory of meiotic genes; evidence for sex in Giardia and an early eukaryotic origin of meiosis". Current Biology 15 (2): 185–191. doi:10.1016/j.cub.2005.01.003. PMID 15668177.
45.^ a b Malik, SB et al (December 2007). "Protist homologs of the meiotic Spo11 gene and topoisomerase VI reveal an evolutionary history of gene duplication and lineage-specific loss". Molecular Biology and Evolution 24 (12): 2827–2841. doi:10.1093/molbev/msm217. PMID 17921483.
46.^ Lodish H et al. (2000). “8.5:Gene Replacement and Transgenic Animals: DNA Is Transferred into Eukaryotic Cells in Various Ways”, Molecular Cell Biology. W. H. Freeman and Company. ISBN 0-7167-3136-3.
47.^ "The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2007". The Nobel Foundation. 15 Aralık 2008 tarihinde erişilmiştir.
48.^ Drummond, DA et al (12 April 2005). "On the conservative nature of intragenic recombination". Proceedings of the National Academy of Sciences USA 102 (15): 5380-5385. doi:10.1073/pnas.0500729102. PMID 15809422.
49.^ Bloom, JD et al (15 January 2005). "Thermodynamic prediction of protein neutrality". Proceedings of the National Academy of Sciences USA 102 (3): 606-611. doi:10.1073/pnas.0406744102. PMID 15644440.
50.^ a b Carbone, MN; Arnold, FH (August 2007). "Engineering by homologous recombination: exploring sequence and function within a conserved fold". Current Opinion in Structural Biology 17 (4): 454-459. doi:10.1016/j.sbi.2007.08.005. PMID 17884462.
51.^ Otey, CR et al (May 2006). "Structure-guided recombination creates an artificial family of cytochromes P450". PLoS Biology 4 (5): e112. doi:10.1371/journal.pbio.0040112. PMID 16594730.
52.^ Socolich, M et al (22 September 2005). "Evolutionary information for specifying a protein fold". Nature 437: 512–518. doi:10.1038/nature03991. PMID 16177782.
53.^ Thulasiram, HV et al (6 April 2007). "Chimeras of two isoprenoid synthases catalyze all four coupling reactions in isoprenoid biosynthesis". Science 316 (5821): 73-76. doi:10.1126/science.1137786. PMID 17412950.
54.^ Landwehr, M (March 2007). "Diversification of catalytic function in a synthetic family of chimeric cytochrome P450s". Chemistry and Biology 14 (3): 269-278. doi:10.1016/j.chembiol.2007.01.009. PMID 17379142.
Genetik
-
İnsanlarda Kaç Kromozom Vardır?
-
Sık görülen mikrodelesyon sendromları nelerdir?
-
Bilim insanları kromozomları nasıl inceler?
-
Arkea'da Kromozomlar ve DNA Replikasyonu
-
DNA Onarım Mekanizmaları Nelerdir?
-
DNA hasarına neden olan etkenler nelerdir?
-
XYY Süper Erkek Sendromu - JACOB’S, Sendromu
-
Bitki doku kültürü çalışmaları ile haploid bitkiler elde edilebilir
-
Gram pozitif bakterilerden genomik DNA izolasyon protokolü
-
E. coli bakterisinden genomik DNA izolasyon protokolü
-
DNA’nın Keşfi
-
İnsan Genom Projesi Nedir ? Amaçları Nelerdir ?
-
Genomik mikrodizilimlerle ikilenme teşhisi yöntemi
-
Gen duplikasyonu ve amplifikasyonu nedir?
-
DNA ile RNA Arasndaki Farklar ve Benzerlikler Nelerdir